O objetivo desse estudo foi avaliar diferentes modelos estatísticos com diferentes pressuposições para definir o melhor modelo que descreva a presença de interação genótipo x ambiente no ganho de peso pós-desmama ajustado (GPD345) de bovinos Hereford, mediante o estudo de normas de reação ao ambiente, obtidas por regressão aleatória, usando uma abordagem bayesiana. Quatro modelos hierárquicos de normas de reação (MHNR) e um modelo animal padrão (MA) foram empregados por meio do programa INTERGEN. O MHNRk utiliza as soluções de grupos contemporâneos estimadas previamente pelo modelo animal padrão (MA) e as considera como nível ambiental e o de uma única análise, MHNRS, que estima simultaneamente esses dois conjuntos de incógnitas considerando nas duas metodologias a variância residual homogênea (hm) e heterogênea (ht). Pelo critério de informação da "deviance", o MHRNshm foi que apresentou melhor ajuste aos dados, seguido pelo MHNRsht, MHNRKhm, MHNRkht e o pior ajuste foi obtido pelo MA, já pelo Fator de Bayes os MHNR homoscedásticos foram os que melhor ajustaram-se aos dados. Pela ordenada preditiva condicional o MA, foi melhor em relação aos MHNR. As herdabilidades nos MHNR foram crescentes nos gradientes ambientais em GPD345 de -60; 0 e +60 kg. As correlações genéticas entre o nível e inclinação das normas de reação foram de alta magnitude caracterizando efeito de escala em interação GxE. Os modelos hierárquicos de normas de reação são eficientes para descrever as alterações nos componentes de variância em função do ambiente ao qual o genótipo está exposto bem como para descrever a presença de interação genótipo x ambiente na característica GPD345 em bovinos Hereford. / The objective of that study was to evaluate different statistical models with different presuppositions to define the best model than it describes the presence of genotype by environment interaction in the characteristic weight post weaning gain (GPD345) of Hereford cattle, by the study of reaction norms to the environment, obtained by aleatory regression, using an bayesian approach. Four hierarchical models of reaction norms (MHNR) and one animal model (MA) they were used through the program INTERGEN. MHNRk uses the solutions of contemporary groups previously esteemed by the standard animal model (MA) and it considers them as environmental level and the one of an only analysis, MHNRS, that esteems those two groups simultaneously of incognito considering in the two methodologies the homogeneous residual variance (hm) and heterogeneous (ht). For the criterion of information of the "deviance", MHRNshm was that it presented better adjustment to the data, followed for MHNRsht, MHNRKhm, MHNRkht and the worst adjustment was obtained by MA, already for the Factor of Bayes the MHNR homoscedastic the ones that best was adjusted to the data were. For the conditional predictive ordinate MA, was better in relation to MHNR. The heritability in MHNR were growing in the environmental gradients in GPD345 -60 Kg; 0 Kg and +60 Kg. The genetic correlations between the level and inclination of the reaction norms were of high magnitude characterizing scale effect in interaction GxE. The hierarchical models of reaction norms are efficient to describe the alterations in the variance components in function of the environment to which the genotipe is exposed and to describe the presence of genotype by environment interaction in the characteristic GPD345 in Hereford catlle.

Nós realizamos este estudo a fim de contribuir para o entendimento da evolução de espécies do gênero Drosophila e o quanto fenômenos epigenéticos estão relacionados a isto. Analisando 14 espécies do subgênero Sophophora, as quais apresentam diferentes histórias evolutivas e exploram ambientes divergentes, investigamos a possibilidade de recorrência do fenômeno de metilação sexo-específica do rDNA como descrito previamente para a espécie D. willistoni. Utilizando as técnicas de seqüenciamento e PCR bissulfito, nós demonstramos que o gene 28S apresenta-se metilado nas espécies do subgrupo willistoni de Drosophila, bem como na espécie D. melanogaster, corroborando a hipótese de que, em insetos, as regiões internas dos genes são metiladas. Entretanto, não detectamos padrões de metilação sexo-específicos para o DNA ribossomal das espécies D. melanogaster e D. paulistorum. Através da técnica de MSRE combinada com Southern blot, verificamos que a metilação diferencial entre sexos do rDNA ocorre exclusivamente nas espécies do subgrupo willistoni, com exceção de D. paulistorum. Nossos resultados indicam que o fenômeno de metilação do DNA pode variar bastante, mesmo entre espécies proximamente relacionadas, como D. willistoni e D. paulistorum, por exemplo. Nós também sugerimos que fatores ambientais, operando diferencialmente nos territórios ocupados pelas diferentes espécies e o menor tempo evolutivo de surgimento dos fenômenos epigenéticos, podem contribuir para a formação do panorama aqui detectado. / The present study aimed to contribute to the comprehension of the role of epigenetic phenomena for the evolution of species of the Genus Drosophila.. We analyzed 14 species of the Sub Genus Sophophora, with different evolutionary histories and exploring very divergent environments, investigating the putative occurrence of the phenomenon of sex-specific methylation patterns of the rDNA, as described previously in Drosophila willistoni. Through the use of PCR bissulfite and sequencing, we demonstrated that the 28S gene is methylated in members of the willistoni subgroup of Drosophila, as in D. melanogaster, corroborating the hypothesis that the internal regions of the genes are methylated in insects. No sex-specific patterns of methylation, however, were detected in the ribosomal DNA of the species D. melanogaster and D. paulistorum. Using the methods of MSRE and Southern blot, we detected differential methylation of the rDNA between sexes exclusively in the species of the willistoni subgroup, excepting D. paulistorum. Our results indicate that the phenomenon of DNA methylation can varied considerably even so between species closely related, as D. willistoni and D. paulistorum, for example. We also suggested that different environmental factors operating in the territories occupied by the different species studied and the shorter evolutionary time of the raising of the epigenetic phenomena can contribute to the formation of the scenario detected.

O objetivo desse estudo foi avaliar diferentes modelos estatísticos com diferentes pressuposições para definir o melhor modelo que descreva a presença de interação genótipo x ambiente no ganho de peso pós-desmama ajustado (GPD345) de bovinos Hereford, mediante o estudo de normas de reação ao ambiente, obtidas por regressão aleatória, usando uma abordagem bayesiana. Quatro modelos hierárquicos de normas de reação (MHNR) e um modelo animal padrão (MA) foram empregados por meio do programa INTERGEN. O MHNRk utiliza as soluções de grupos contemporâneos estimadas previamente pelo modelo animal padrão (MA) e as considera como nível ambiental e o de uma única análise, MHNRS, que estima simultaneamente esses dois conjuntos de incógnitas considerando nas duas metodologias a variância residual homogênea (hm) e heterogênea (ht). Pelo critério de informação da "deviance", o MHRNshm foi que apresentou melhor ajuste aos dados, seguido pelo MHNRsht, MHNRKhm, MHNRkht e o pior ajuste foi obtido pelo MA, já pelo Fator de Bayes os MHNR homoscedásticos foram os que melhor ajustaram-se aos dados. Pela ordenada preditiva condicional o MA, foi melhor em relação aos MHNR. As herdabilidades nos MHNR foram crescentes nos gradientes ambientais em GPD345 de -60; 0 e +60 kg. As correlações genéticas entre o nível e inclinação das normas de reação foram de alta magnitude caracterizando efeito de escala em interação GxE. Os modelos hierárquicos de normas de reação são eficientes para descrever as alterações nos componentes de variância em função do ambiente ao qual o genótipo está exposto bem como para descrever a presença de interação genótipo x ambiente na característica GPD345 em bovinos Hereford. / The objective of that study was to evaluate different statistical models with different presuppositions to define the best model than it describes the presence of genotype by environment interaction in the characteristic weight post weaning gain (GPD345) of Hereford cattle, by the study of reaction norms to the environment, obtained by aleatory regression, using an bayesian approach. Four hierarchical models of reaction norms (MHNR) and one animal model (MA) they were used through the program INTERGEN. MHNRk uses the solutions of contemporary groups previously esteemed by the standard animal model (MA) and it considers them as environmental level and the one of an only analysis, MHNRS, that esteems those two groups simultaneously of incognito considering in the two methodologies the homogeneous residual variance (hm) and heterogeneous (ht). For the criterion of information of the "deviance", MHRNshm was that it presented better adjustment to the data, followed for MHNRsht, MHNRKhm, MHNRkht and the worst adjustment was obtained by MA, already for the Factor of Bayes the MHNR homoscedastic the ones that best was adjusted to the data were. For the conditional predictive ordinate MA, was better in relation to MHNR. The heritability in MHNR were growing in the environmental gradients in GPD345 -60 Kg; 0 Kg and +60 Kg. The genetic correlations between the level and inclination of the reaction norms were of high magnitude characterizing scale effect in interaction GxE. The hierarchical models of reaction norms are efficient to describe the alterations in the variance components in function of the environment to which the genotipe is exposed and to describe the presence of genotype by environment interaction in the characteristic GPD345 in Hereford catlle.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-01-05T19:39:18Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Jessica Motta de Sousa.pdf: 16274582 bytes, checksum: 070535e90da95d5052fdada5bc749d48 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-05T19:39:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Jessica Motta de Sousa.pdf: 16274582 bytes, checksum: 070535e90da95d5052fdada5bc749d48 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-06-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Several hypotheses have been formulated to explain Amazonian biodiversity patterns, whose biotic diversification has been seen as a result of historically complex scenarios covering a wide range of temporal and spatial scales. Anurofauna has the potential to enhance our understanding of the biogeographic patterns of diversification and processes of speciation, since it serves as a model for inferring historical events. However, the challenge for those seeking to elucidate the processes of diversification of Amazonian frogs is that large portion of its diversity is cryptic, which result in an inaccuracy of limits and distributions of species, which drastically alters our perception of structuring of biodiversity and obscures biogeographic patterns. One of the components of the Amazon anurofauna is the species Hypsiboas cinerascens, which was used as a model to investigate and contribute to the knowledge of the patterns of genetic distribution of anurofauna in the Amazon. Given its wide geographic distribution, some authors have indicated the existence of a species complex with molecular data (mitochondrial gene sequences and genomic data) providing of important tools for the delimitation of evolutionary lineages and their distributional limits, thus clarifying current taxonomy, and for the identification of cryptic species, and thus biogeographic patterns. Given the above, we used sequences of mitochondrial genes 16S RNA and cytochrome b together with the new8 generation sequences (ddRAD-tags) to study the distribution patterns of genetic diversity of H. cinerascens in the Amazon and so testing for cryptic lineages, and inferring biogeographic patterns of the lineages found. Through genetic distance analyses and formation of biological groups with 16S rRNA, concatenated phylogeny of the mitochondrial 16S rRNA and Cytochrome B genes, phylogenomic analyses of the ddRAD-tags, and estimating the time of divergence of both genomes, we identified the possible existence of nine evolutionary lineages in H. cinerascens that originated in the Miocene to the Pliocene: Japurá-Peru, Manaus-Juruti-Guyana, Matupiri-Purus, Santarém-Alta Floresta, Tefé-Jutaí, Morrinho-Rondônia, Uacari, French Guiana and Negro-Trombetas. The filogenomic analyzes confirmed the lineages found in the mtDNA, but with some discrepancies between the topologies. Due to the robustness of the dating of gDNA, we use it to infer the biogeographical history of the group. We suggested that the transcontinental formation of the Amazon River in the last 10 Ma may have been the precursor event for the diversification of the lineages, but due to the complexity of the relationships between groups and the lack of sampling throughout the complete distribution of the H. cinerascens species complex, possibly different historical and ecological factors events influenced their distributions, which can not be identified accurately with our data. The Negro-Trombetas lineage has a distinct biogeographic history of the other lineages of the complex, which may be associated with open forest environments in the region of Guyana. In the future a taxonomic revision of the group should be carried out to verify the existence of new species. / Diversas hipóteses foram formuladas para explicar os padrões de biodiversidade amazônica, cuja diversificação biótica tem sido vista como um produto que envolve cenários historicamente complexos e que abrangem uma ampla gama de escalas temporais e espaciais. A anurofauna possui o potencial de aprimorar o entendimento dos processos biogeográficos nos padrões de especiação e diversificação, já que serve como modelo para inferir eventos históricos. Porém, o desafio para quem busca elucidar o processo de diversificação de anuros amazônicos é que grande parcela de sua diversidade é críptica, que tem por consequência uma imprecisão de limites e distribuições das espécies, o que altera drasticamente a nossa percepção da estrutura da biodiversidade e oculta padrões biogeográficos. Um dos componentes da anurofauna amazônica é a espécie Hypsiboas cinerascens, que foi utilizada como modelo para investigar e contribuir com o conhecimento sobre os padrões de distribuição genética da anurofauna na Amazônia. Considerando sua ampla distribuição geográfica, alguns autores indicam a existência de um complexo de espécies e os dados moleculares (sequências de genes mitocondriais e dados genômicos) são importantes ferramentas para a delimitação de linhagens evolutivas e seus limites de distribuição, de forma a clarificar a taxonomia vigente, bem como para a identificação de espécies crípticas, e consequentemente a mostrar padrões biogeográficos. Conforme o exposto, utilizamos o sequenciamento dos genes mitocondriais 16S rRNA e Citocromo b juntamente com o sequenciamento de nova geração (ddRAD-tags), para estudar os padrões de distribuição da diversidade genética de H. cinerascens na Amazônia e assim testar a presença de linhagens crípticas, inferindo padrões biogeográficos sobre as linhagens encontradas. Por meio de análises de distâncias genéticas e formação de grupos biológicos com o 16S rRNA, filogenia concatenada dos genes mitocondriais 16S rRNA e Citocromo B, filogenômica dos ddrad-tags, e estimação do tempo de divergência de ambos genomas, definimos a possível existência de 9 linhagens evolutivas em H.. cinerascens que se originaram do Mioceno ao Plioceno: Japurá- Peru, Manaus-Juruti-Guiana, Matupiri-Purus, Santarém-Alta Floresta, Tefé-Jutaí, Morrinho- Rondônia, Uacari, Guiana Francesa e Negro-Trombetas. As análises filogenômicas confirmaram as linhagens encontradas com o mtDNA, porém com algumas discordâncias entre as topologias. Devido a maior robustez da datação do gDNA, a utilizamos para inferir a história biogegráfica do grupo. Sugerimos que a formação transcontinental do Rio Amazonas nos últimos 10 Ma pode ter sido o evento precursor da diversificação de linhagens, porém devido a complexidade das relações entre os grupos e a falta de amostragem da completa distribuição da espécie, possivelmente diferentes eventos históricos e fatores ecológicos influenciaram as suas distribuições, nos quais não podem ser definidos com exatidão com os nossos dados. A linhagem Negro-Trombetas possui uma história biogeográfica distinta das outras linhagens do complexo, que pode estar associada a ambientes florestais mais abertos na região das Guianas. Futuramente deve ser realizada a revisão taxonômica do grupo para verificar a existência de novas espécies.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-01-06T19:28:43Z No. of bitstreams: 2 Tese_Natalia Dayane Moura Carvalho.pdf: 6463489 bytes, checksum: 97adced66113479245624ef1a4a4624c (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-06T19:28:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese_Natalia Dayane Moura Carvalho.pdf: 6463489 bytes, checksum: 97adced66113479245624ef1a4a4624c (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-10-13 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Macroteiids Neotropical lizards Teiidae family. Classical cytogenetic approaches in this group revealed karyotype variation with diploid numbers ranging 34-52 chromosomes, as well as differences in the distribution patterns of heterochromatin and composition thereof. However, the physical chromosomal mapping of repetitive DNA and comparative analysis of these elements is incipient fundamental to the understanding of the dynamics, organization and carioevolution this group of lizards. In that sense, this study mapped different classes of sequences of repetitive DNA, such as 5S rDNA, telomeric sequences, genes of tropomyosin 1 and retrotransposons Rex 1 and SINE and repetitive fraction Cot1-DNA in chromosomes of five species of Ameiva ameiva, Cnemidophorus sp.1, Kentropyx calcarata, Kentropyx pelviceps and Tupinambis teguixin. The mapping of repetitive sequences revealed a distinct pattern in Cnemidophorus sp.1, while the remaining species showed all sequences associated with each other in the heterochromatic region. The chromosomal physical mapping of tropomyosin 1 gene was first performed in lizards and revealed that in addition to being functional, has a structural function similar to the other mapped repetitive elements (rDNA 5S, telomeric sequences, retrotransposons Rex 1 and SINE) being located preferably in the centromeric regions of chromosomes and terminals. The FISH Cot1-DNA isolated from both Ameiva ameiva much Cnemidophorus sp.1 showed that these sequences are mainly located in the regions heterochromatic centromeric and telomeric chromosome of Ameiva ameiva, Kentropyx calcarata, Kentropyx pelviceps and Tupinambis teguixin. In Cnemidophorus sp.1 the Cot1-DNA probe isolated from Ameiva ameiva had multiple interstitial markings on chromosomes, while the mapping Cot1-DNA isolated from the species itself marked centromeric regions of some chromosomes, highlighting the centromeric differential composition in this species. The cloning and sequencing oh the repetitive fraction showed that different microsatellites, transposons, retrotransposons and some gene families also make up the fraction of moderately and highly repetitive DNA in the species teídeos. The results of this study demonstrated that different classes of repetitive DNA are part of the genome of Ameiva ameiva, Cnemidophorus sp.1, Kentropyx calcarata, Kentropyx pelviceps and Tupinambis teguixin, being interspersed heterochromatin and differences in the composition of this repetitive fraction between teideos are evident. These sequences plays an important role in the functional and structural organization of the centromere and telomere these species. / Macroteídeos são lagartos Neotropicais da família Teiidae, a qual apresenta variação cariotípica quanto ao número diploide e diferenças nos padrões de distribuição da heterocromatina. Contudo, o mapeamento físico cromossômico de DNAs repetitivos bem como análises comparativas destes elementos são incipientes no grupo, sendo fundamentais para o entendimento da dinâmica, organização e a carioevolução destes lagartos. Diante disto, o presente estudo isolou e mapeou diferentes classes de sequências de DNAs repetitivos, tais como fração repetitiva Cot1-DNA, DNAr 5S, sequências teloméricas, genes da tropomiosina 1 e os retroelementos Rex 1 e SINE em cromossomos mitóticos de cinco espécies de teídeos amazônicos: Ameiva ameiva, Cnemidophorus sp.1, Kentropyx calcarata, Kentropyx pelviceps e Tupinambis teguixin. O mapeamento das sequências repetitivas revelou um padrão diferenciado em Cnemidophorus sp.1, enquanto que as demais espécies apresentaram todas as sequências associadas entre si na região heterocromática. O mapeamento físico cromossômico do gene da tropomiosina 1 foi realizado pela primeira vez em lagartos e revelou que, além de ser funcional, este possui função estrutural semelhante aos demais elementos repetitivos mapeados, estando localizados preferencialmente nas regiões centroméricas e terminais dos cromossomos. A FISH com Cot1-DNA isoladas tanto de Ameiva ameiva quanto de Cnemidophorus sp.1 evidenciou que estas sequências estão localizadas principalmente nas regiões heterocromáticas centroméricas e teloméricas dos cromossomos de Ameiva ameiva, Kentropyx calcarata, Kentropyx pelviceps e Tupinambis teguixin. Em Cnemidophorus sp.1 a sonda de Cot1-DNA isolada de Ameiva ameiva apresentou múltiplas marcações intersticiais nos cromossomos, enquanto que o mapeamento do Cot1-DNA isolado da própria espécie marcou regiões centroméricas de alguns cromossomos, ressaltando a composição centromérica diferencial nesta espécie. A clonagem e o sequenciamento do Cot1-DNA evidenciou que diferentes microssatélites, transposons, retrotransposons e algumas famílias gênicas também compõe a fração de DNA moderada e altamente repetitiva nas espécies de teídeos. Assim, os resultados obtidos neste estudo demonstraram que diversas classes de DNAs repetitivos fazem parte do genoma das espécies analisadas, estando estes intercalados e alocados na heterocromatina, especialmente em regiões centroméricas e teloméricas, indicando que estes desempenham papel importante na organização funcional e estrutural.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-02-12T13:44:06Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Joel da Silva Cordeiro.pdf: 3200673 bytes, checksum: 312bd542cfc04a8d008964edbf17a151 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-12T13:44:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Joel da Silva Cordeiro.pdf: 3200673 bytes, checksum: 312bd542cfc04a8d008964edbf17a151 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2010-09-21 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Dengue virus (DENV) are the etiologic agent of the most important arbovirosis from Tropical and Subtropical region. They are classified as flaviviruses following their genetic and antigenic properties into four groups: DENV1, DENV2, DENV3 and DENV4. In the last decades, dengue fever has increased its virulence and several factors had been associated to this increasing. Secondary infection and viral factors are the main one implicated to increase of severe form of dengue fever. In this study, were analysed 80 samples of serum from patients with suspect of dengue infection from Boa Vista. We aim to identify the DENV serotypes and genotypes circulating in this city. Eighty samples were inoculated in C6/36 cells. The RNAs were extracted and viral identity was archieved using by Reverse Transcription – Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) method developed by Lanciotti et al. (1992). After viral type identification, cDNA was used to PCR with specific primers to gene E. The sequencing was performed on MEGABACE1000 platform. Maximum Likelihood dendrograms were constructed by PhyML 3.0. Branch confidences were calculated using approximated Likelihood Ratio Test (aLRT). Thirty four samples were isolated and identified: 23 DENV1 strains and 11 DENV2 strains, three of them were coinfection. After edition of sequences, 15 fragments with 962nt large of DENV1 and three fragments with 825nt large of DENV2 were used to analysis. DENV1 strains isolated in this study grouped with strains of genotype V, together with strains from Venezuela and Brazil, previously described. DENV2 strains were classified as american/asian genotype, together to Cuba and Taiwan strains. Data obtained shown strong relantionship between Roraima strains and Venezuelan and Caribbean strains. The results help future analysis about DENV evolution and gene flow in Brasil and its relationship with DENV isolated in other regions of American Continent. / Vírus Dengue (DENV) são agentes etiológicos da mais importante arbovirose das regiões tropical e subtropical do planeta. São flavivírus classificados, segundo suas propriedades genéticas e antigênicas, em quatro tipos virais: DENV1, DENV2, DENV3 e DENV4. Nas últimas décadas, o dengue tem aumentado sua virulência e muitos fatores têm sido associados a esse aumento. Infecção secundária e fatores virais são os principais apontados para aumento da ocorrência das formas graves do Dengue. Neste estudo foram analisadas 80 amostras de soros de pacientes com suspeita de infecção pelos vírus dengue, provenientes da cidade de Boa Vista, com intuito de identificar os sorotipos e genótipos circulantes. Oitenta amostras foram inoculadas em células C6/36 de Aedes albopictus. O RNA foi extraído e a identificação do tipo viral foi realizada por transcrição reversa seguida de reação em cadeia da polimerase (RT-PCR) desenvolvida por Lanciotti et al. (1992). Após identificar o tipo viral, o cDNA viral foi submetido à PCR com primers específicos para o gene E. O seqüenciamento das amostras foi realizado na plataforma MEGABACE1000. A reconstrução filogenética foi realizada no programa PhyML 3.0 utilizando o método de Máxima Verossimilhança. A confiabilidade dos ramos foi calculada pelo Teste de Razão de Verossimilhança (aLRT).Do total, 34 amostras foram isoladas e identificadas. Foram 23 cepas de DENV1 e 11 DENV2, sendo 03 casos de co-infecção. Após o seqüenciamento e edição das seqüências, foram obtidos 15 fragmentos de 962nt para DENV1 e 03 fragmentos de 825nt para DENV2. As cepas de DENV1 isoladas neste trabalho formaram clado com o genótipo V, junto com cepas da Venezuela, Brasil, previamente descritas. As cepas de DENV2 foram classificadas como genótipo “Americano/Asiático”, formando um clado com as cepas isoladas de Cuba e de Taiwan. Os dados demonstram uma forte relação entre as cepas isoladas em Roraima e cepas isoladas no Caribe e Venezuela. Os resultados obtidos abrem caminho para novas análises da evolução e fluxo gênico do DENV no Brasil e suas relações com DENV isolados em outras regiões do Continente Americano.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-02-12T13:57:01Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Gilson Martins de Azevedo Junior.pdf: 1254971 bytes, checksum: 51958f6bacdcafd4834c3897c43f6193 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-12T13:57:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Gilson Martins de Azevedo Junior.pdf: 1254971 bytes, checksum: 51958f6bacdcafd4834c3897c43f6193 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2011-05-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Disease-transmitting insects have been studied to characterize several biological and evolutionary aspects. Whole Genome sequencing has been allowing comparisons between the gene sequences of different species, providing molecular data. The mosquitoes Anopheles gambiae (subfamily Anophelinae), the most important vector of malaria in Africa, whose genome contains 278.253.050 base pairs (bp), Aedes aegypti, transmitter of Dengue, with 1.310.090.344 bp and Culex quinquefasciatus, vector of arbovirus, with 579.042.118 bp, both of (subfamily Culicinae) are cited. In Brazil, the Anopheles darlingi (subfamily Anophelinae) is the most important malaria vector, whose partial EST (Expressed Sequences Tags) libraries of adults and larvae previously obtained were analyzed in this study. Genic sequences of An. gambiae, Ae. aegypti and Cx. quinquefasciatus were analyzed for the presence of orthologous genes, in these mosquitoes in comparison with An. darling. An. darlingi’s ESTs (568 Unigenes) were virtually mapped in An. gambiae’s chromosomes. After that, differential gene expressions were analyzed, which allowed to statistically quantify the levels of differential expression of each gene, in the transcriptome of An. darlingi. The An. darlingi sequences were mapped according to onthologic terms of Gene Ontology (GO) and the sequences differentially expressed, with good statistical value that indicates the orthology were manually analyzed, according to the literature.The studies showed that 61% of An. darlingi are orthologous in An. gambiae and the in silico chromosomal mapping showed that the An. darling’s 568 Unigenes are represented in 793 chromosomal regions of An. gambiae, corroborating with evolutionary studies that say that the two species are evolutionarily close. An. darlingi sequences mapped in GO were associated with 1249 ontholgy levels and sublevels that describe a gene according to its function and cellular location. Differential expression analysis of some gene products was found more intense in larvae than in An. darlingi adults. Phylogenetic analysis of the An. darlingi glutathione-s-transferase (GST) gene was also done, an insecticide resistance gene which is well conserved, evolutionarily speaking, in An. gambiae, Ae. aegypti and Cx. quinquefasciatus. The Phylogenetic tree grouped An. darlingi and An. gambiae as sister species, because they are more evolutionarily related than Ae. aegypti and Cx. quinquefasciatus. In this analyses, the Phlebotomus papatasi was used as an external group, as the root of the tree. The manual annotation of An. darlingi ESTs sequences helped to understand the gene expression and evolutionary aspects of this mosquito related with An. gambiae, Ae. aegypti and Cx. quinquefasciatus, and also provided important data for further studies about individual genes of this malaria-transmitting species in Brazil. / Insetos transmissores de doenças têm sido estudados para caracterização de diversos aspectos biológicos e evolutivos. Sequenciamentos de genomas inteiros têm permitido comparações entre sequências gênicas de espécies diferentes, fornecendo dados moleculares. Citam-se os mosquitos Anopheles gambiae (subfamília Anophelinae), principal vetor da malária na África, cujo genoma contém 278.253.050 pares de bases (pb), o Aedes aegypti, transmissor do Dengue, com 1.310.090.344 pb e Culex quinquefasciatus, vetor de arboviroses, com 579.042.118 pb, ambos da (subfamília Culicinae). No Brasil, o Anopheles darlingi (subfamília Anophelinae) é o principal vetor da malária, cuja bibliotecas de ESTs (Expressed SequenceTags) parcial de adultos e larvas previamente obtidas foram analisadas no presente trabalho. Sequências gênicas de An. gambiae, Ae. aegypti e Cx. quinquefasciatus foram analisadas quanto a presença de genes em comum e genes ortólogos, nesses mosquitos em comparação com An. darlingi. ESTs (568 Unigenes) de An. darlingi foram mapeadas virtualmente em cromossômos de An. gambiae. Em seguida, foram realizadas análises de expressão diferencial gênica, o que permitiu quantificar estatisticamente os níveis de expressão de cada gene, no transcriptoma de An. darlingi. As sequências de An. darlingi foram mapeadas nos termos ontológicos do Gene Ontology (GO) e as sequências diferencialmente expressas, com bons valores estatísticos que indicam ortologia, foram analisadas manualmente, segundo a literatura. Os resultados mostraram que, 61% das sequências de An. darlingi são ortólogas em An. gambiae e o mapeamento cromossômico in silico mostrou que os 568 Unigenes de An. darlingi estão representados em 793 regiões cromossômicas do An. gambiae, corroborando estudos evolutivos de que as duas espécies são próximas evolutivamente. As sequências de An. darlingi analisadas no programa GO foram associadas a 1.249 níveis e subníveis de ontologias que descrevem um gene de acordo com sua função e localização celular. Análises de expressão diferencial de alguns produtos gênicos mostraram-se mais intensas em larvas do que em adultos de An. darlingi. Realizaram-se, ainda, a análise filogenética do gene da Glutationa-S-Transferase (GST) de An. darlingi, um gene de resistência a inseticidas bem conservado em termos evolutivos em An. gambiae, Ae. aegypti e Cx. quinquefasciatus. A árvore filogenética agrupou o gene da GST de An. darlingi com An. gambiae como espécies irmãs, estando estas proximamente relacionadas evolutivamente do que em relação ao Ae. aegypti e Cx. quinquefasciatus. O Phlebotomus papatasi, constou como grupo externo, para enraizamento dessa árvore. A anotação manual de ESTs de An. darlingi auxiliou na compreensão da expressão gênica e aspectos evolutivos desse mosquito em relação ao An. gambiae, Ae. aegypti e Cx. quinquefasciatus, além de fornecer dados importantes para estudos posteriores sobre funções gênicas individuais de An. darlingi transmissor da malária no Brasil.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-02-15T18:06:05Z No. of bitstreams: 2 Tese_Francisco Carlos de Souza Valentim.pdf: 2597303 bytes, checksum: 992c22466691779226a8d8a5e8661024 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-15T18:06:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese_Francisco Carlos de Souza Valentim.pdf: 2597303 bytes, checksum: 992c22466691779226a8d8a5e8661024 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2011-02-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / The family Potamotrygonidae in the order Myliobatiformes comprises all the Neotropical freshwater ray species. The knowledge about this fish group is limited, for example, the species number is uncertain, some species names are questionable, there is no information about how their diversification in freshwater happened, and there are no studies about their real marine sister group. Cytogenetic studies in this family are incipients. With the objective of widen the knowledge about this fish group, that arouses interests in aquarium, and are indicated as an overfishing group, were analyzed, cytogenetically, seven nominal species and two cytotypes: Plesiotrygon iwamae (2n=74, FN=120), Potamotrygon sp. C (cururu) (2n=67♂/68♀, FN=104/106), with a sex determination system XX/X0, Potamotrygon sp. C1 female (2n=68, FN=108), Potamotrygon scobina (2n=66, FN=102), Potamotrygon cf. scobina (2n=66, FN=101), both with a probable sex determination system XX/XY, Potamotrygon constellata (2n=66, FN=110), Potamotrygon leopoldi (2n=64, FN=102), Potamotrygon orbignyi (2n=66, FN=106), with a confirmed XX/XY system and Potamotrygon motoro from differents localities of the central Amazon basin. Among the specimens of Potamotrygon sp. identified a distinct female specimen, which showed the same diploid number (2n=68) of Potamotrygon sp. C, but with different morphology and karyotype formula. Therefore, it may represent another species to be recognized and described this taxon, provisionally named Potamotrygon sp. C1. However, the occurrence of the system XX/XO may for now be characterized only in Potamotrygon sp. C. All the species presented multiple nucleolar organizer regions (NORs), although those regions were not always active, and the silver nitrate stains number ranged from four to eight, in most of the metaphases they were localized in the terminal position of the long arms, except in one pair in P. constellata that was localized in the short arm. The constitutive heterochromatin is located, in the centromeric regions of all the complement chromosomes, in all the species. Chromosomal rearrangements, specially fusions or fissions, inversions and translocations, were indispensable mechanisms of karyotype evolution in the freshwater stingrays, and may be involved in the speciation processes of this group. / A família Potamotrygonidae, ordem Myliobatiformes abriga todas as espécies de arraias de água doce neotropical. Pouco ainda se conhece a respeito deste grupo de peixes, por exemplo, o número de espécies é incerto, alguns nomes ainda são duvidosos, como ocorreu sua diversificação em água doce, qual o grupo irmão marinho. Estudos citogenéticos são ainda incipientes nesta família. Com o objetivo de ampliar o conhecimento neste grupo de peixes, de grande interesse na aquariofília e com indicativos de sobrepesca, foram analisadas, citogeneticamente, sete espécies nominais: Plesiotrygon iwamae (2n=74, NF=120), Potamotrygon sp. C (cururu) (2n=67♂/68♀, NF=104/106), com sistema de determinação do sexo XX/X0, Potamotrygon scobina (2n=66, NF=102), Potamotrygon cf. scobina (2n=66, NF=101), ambas com provável sistema de determinação de sexo XX/XY, Potamotrygon constellata (2n=66, NF=110), Potamotrygon leopoldi (2n=64, NF=102), Potamotrygon orbignyi (2n=66, NF=106), confirmando a presença do sistema XX/XY e Potamotrygon motoro de diferentes localidades da bacia amazônica central. Entre os espécimes de Potamotrygon sp. foi identificado um exemplar fêmea distinto, que apresentou o mesmo número diploide (2n=68) de Potamotrygon sp. C, mas com morfologia e fórmula cariotípica diferenciadas podendo, portanto, representar mais uma espécie a ser reconhecida e descrita neste táxon, provisoriamente denominada Potamotrygon sp. C1. Entretanto, a ocorrência do sistema XX/XO pode, por ora, ser caracterizado apenas em Potamotrygon sp. C. Todas as espécies têm regiões organizadoras de nucléolo múltiplas, com número variando de 4 a 8, as quais porém, nem sempre estiveram todas ativas. Estas regiões encontram-se preferencialmente localizadas na região terminal dos braços longos dos cromossomos, exceto um par presente em P. constellata que se localizou nos braços curtos. A heterocromatina constitutiva, encontra-se localizada na complemento, região em centromérica todas as de espécies. todos os cromossomos Rearranjos do cromossômicos, principalmente os do tipo fusão e/ou fissão, inversões e translocações, foram mecanismos determinantes da evolução cariotípica das arraias de água doce, podendo estar implicados nos processos de especiação desse grupo.

FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / Shrimp is the most important commodity, by value, in the international seafood trade, while new techniques and technologies are needed to keep the shrimp farming and industry growing exponentially and with sustainability in Brazil. Shrimp farmers and aquaculture scientists will demand knowledge gathered from genetic improvement programs through husbandry and/or disease management to reduce the loss of genetic diversity in successive generations. A currently popular type of molecular marker aproach to evaluate genetic variability (both in wild and farmed populations) is microsatellites. They can be assayed more rapidly than other types of molecular markers and their high allelic nature (high polymorphism and co-dominance) means that they confer more information per unit assay than any other marker systems, thus reducing costs. Another type of marker is the sequence analysis of hypervariable segments within the mitochondrial DNA (mtDNA) control region, a set of non-coding A+T rich genes that are useful to evaluate genetic intraspecies variation. In this study, icrosatellite loci and the mtDNA control region of Litopenaeus vannamei were used to estimate the genetic variability of commercial broodstocks. Expected results might help in developing strategies to fully explore the available germplasm. Broodstocks from two laboratories located in the State of Cearà were investigated using 10 microsatellite DNA loci. The genetic diversity between laboratories was indicated by the number of alleles per locus, together with the observed heterozygosity (ranging from 3,0 to 10,5 and from 0,46 - 0,84, respectively). Deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium were found at most loci in both laboratories. Inbreeding levels have shown positive Fis values, exception made to the locus 1003 that had negative values for both laboratories. Fst values were not significantly different between the two laboratories. Analyses of multiple sequence alignment of the mtDNA control region showed high homology. Using Kimuraâs two-parameter (K2P) model, a dendrogram was generated with our sequences (those obtained in this study) and wild populationsâ sequences available at GenBankÂ/NCBI. The resulting dendrogram confirmed a good variability index in the mtDNA control region, without evidences of population differentiation among them. Accordingly, analyses of our data do indicate that cultured shrimp populations in Cearà still keep some level of genetic variability, with studied broodstocks seeming to have accumulated genetic differences. / Visando nÃo sà o progresso da carcinicultura como tambÃm a sua sustentabilidade, novas tÃcnicas e tecnologias vÃm sendo Buscadas. Dentre elas, destaca-se o desenvolvimento de programas de melhoramento genÃtico, os quais visam à construÃÃo de linhagens de altas performances. Atualmente, a classe de marcadores moleculares mais amplamente utilizados para avaliar e monitorar a variabilidade genÃtica, tanto em populaÃÃes naturais como em espÃcies domesticadas, sÃo os microssatÃlites, devido ao seu alto polimorfismo e co-dominÃncia. Outra classe de marcadores utilizada à o conjunto de genes do DNA mitocondrial, no qual a regiÃo controle, rica em A+T e nÃo codificadora demonstrou ser a mais Ãtil para avaliaÃÃo de variaÃÃo genÃtica intraespecÃfica, quando comparada com outros genes mitocondriais. No presente estudo, locos de microssatÃlites e a regiÃo controle mitocondrial de Litopenaeus vannamei foram utilizados com o objetivo de estimar a variabilidade intraespecÃfica e avaliar o potencial destas regiÃes do genoma em subsidiar a elaboraÃÃo de estratÃgias que permitam explorar o potencial representado pelo germoplasma disponÃvel. A variabilidade de reprodutores de laboratÃrios de maturaÃÃo de duas fazendas do Estado do Cearà foi analisada atravÃs da utilizaÃÃo de 10 loci de microssatÃlites. A diversidade genÃtica entre os laboratÃrios foi estimada pelo nÃmero de alelos por loci e heterozigosidade observada que variaram de 3,0 a 10,5 e de 0,46 a 0,84 respectivamente. Desvios do EquilÃbrio de Hardy-Weinberg foram detectados para a maioria dos loci estudados dos dois laboratÃrios. Os nÃveis de endocruzamento foram analisados pelos valores positivos de Fis com exceÃÃo do loci 1003 que apresentou valores negativos para os dois laboratÃrios. Valores de Fst nÃo demonstraram diferenciaÃÃo significante entre os dois laboratÃrios. Na anÃlise da regiÃo controle mitocondrial o alinhamento das seqÃÃncias obtidas apresentou alta homologia entre si. Um dendrograma construÃdo a partir da matriz Kimura 2P entre as seqÃÃncias deste estudo e seqÃÃncias de populaÃÃes naturais disponÃveis no GenBankÂ/NCBI demonstrou um bom nÃvel de variabilidade da regiÃo controle mitocondrial, nÃo havendo nenhum tipo de diferenciaÃÃo populacional entre estas. Com os resultados obtidos neste estudo percebe-se que as populaÃÃes de camarÃo marinho cultivados no Cearà ainda guardam grande variabilidade genÃtica e os plantÃis estudados jà acumulam diferenÃas genÃticas, ainda que em pequeno nÃvel.

O gênero Drosophila abrange pelo menos 1.149 espécies, subdivididas em oito subgêneros, muitas das quais vêm desempenhando um papel fundamental no desenvolvimento do conhecimento biológico, principalmente nos âmbitos genético e evolutivo. Toda esta diversidade, entretanto, ao mesmo tempo em que gera inúmeras oportunidades de pesquisa, impõe uma série de desafios taxonômicos e filogenéticos. Desta forma, apesar de Drosophila compor um dos organismos experimentais mais bem estudados, muitas questões acerca de sua evolução permanecem irresolvidos ao longo do tempo. A presente tese foi, portanto, desenvolvida com o objetivo de auxiliar na resolução de aspectos particulares relacionados à história evolutiva deste complexo grupo de espécies. Neste sentido, os Capítulos II e III foram designados com o intuito de elucidar as relações filogenéticas entre espécies e grupos tradicionalmente situados no subgênero Drosophila, com ênfase naqueles de distribuição primariamente Neotropical. A inclusão de outros gêneros pertencentes à família Drosophilidae levou, porém, a definições parafiléticas para o gênero e para o subgênero Drosophila. Mesmo assim, níveis adicionais de resolução foram acrescentados à filogenia do subgênero Drosophila, que se apresentou subdividido em duas (Capítulo II) ou três (Capítulo III) grandes radiações. Os Capítulos IV e V, por outro lado, buscaram a inferência de cenários evolutivos mais restritos. No Capítulo IV o foco foi um pequeno grupo de espécies pertencente ao subgênero Drosophila, o grupo mesophragmatica, para o qual se obteve descrições evolutivas confiáveis. No Capítulo V, por outro lado, o grupo willistoni, pertencente ao subgênero Sophophora teve sua complexidade evolutiva mais uma vez reiterada. Em cada um destes casos, entretanto, novos estudos são incentivados para que um dia realmente nos aproximemos da história evolutiva verdadeira do gênero Drosophila. / The genus Drosophila encompasses at least 1.149 species subdivided into eight subgenera, many of which presented a central role in the development of the biological knowledge, mainly in the genetical and evolutionary areas. However, at the same time that this diversity provides numberless opportunities of research, it imposes a set of taxonomic and phylogenetic challenges. Thus, although Drosophila composes one of the best studied experimental organisms, many questions concerning its evolution remain unsolved through time. This thesis was developed with the aim of helping to solve particular questions related to the evolutionary history of this complex group of species. In this sense, Chapters II and III were designed with the aim of elucidating the phylogenetic relationships within and between species groups traditionally placed in the Drosophila subgenus, with an emphasis in those mainly Neotropical in distribution. The inclusion of other Drosophilidae genera, nevertheless, led the Drosophila genus and subgenus entirely paraphyletic. Even so, improved levels of resolution were provided to the subgenus Drosophila phylogeny, which was subdivided into two (Chapter II) or three (Chapter III) major radiations. Chapters IV and V, on the other hand, addressed more restricted evolutionary scenarios. In Chapter IV the focus was a small group of species included in the Drosophila subgenus, the mesophragmatica group, for which a confident evolutionary description was attained. In Chapter V, otherwise, the willistoni group, included in the Sophophora subgenus, had its evolutionary complexity once again reiterated. In each of these cases, nevertheless, new studies are encouraged in order to approach the genus Drosophila real evolutionary history.