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An ensemble representation refers to a statistical summary representation of a group of similar objects. Recent work has shown that we can form multiple ensemble representations – ensemble representations for a single feature dimension across multiple stimulus groups, ensemble representations for multiple feature dimensions in the same stimulus group, and ensemble representations across multiple sensory domains. In our study, we use hierarchical stimuli based on the Navon figures (Navon 1977) to study properties of ensemble representations across multiple spatial scales. In Experiments 1 and 3, we study properties of ensemble representations for the orientation and size feature dimension, respectively. In Experiment 2, we study properties of individual representations for the orientation feature dimension. Results indicate that it is possible to form ensemble representations across multiple spatial scales. Experiment 1 shows that the global ensemble representations may be extracted automatically (without intent) whereas the local ensemble representation is only extracted in response to task demands (with intent). Finally, in both Experiment 1 and Experiment 3, participants were more accurate at reporting the global ensemble representation than the local ensemble representation whereas in Experiment 2, performance did not differ across the levels. These results point towards global precedence in the formation of ensemble representations.

The present thesis project focused on the preclinical study of Neurotensin receptor 1 (Ntsr1), Endoglin/CD105 (Eng), Glypican 6 (Gpc6) and Sprouty homolog 4 (Spry4) as potential markers or molecular targets for future therapeutic interventions of gastrointestinal stromal tumors (GIST). Ntsr1 expression was characterized was reported in a paper that I co-authored entitled “Neurotensin receptor 1 is expressed in gastrointestinal stromal tumors but not in interstitial cells of Cajal.” by Gromova et al. PLOS ONE, 2009. As radio-labeled NTSR1 ligand analogues have already been reported for whole-body imaging and therapeutic interventions, prompting us to investigate NTSR1 as a target for in vivo imaging of GIST.Next, expression of Eng was characterized in the KitK641E murine GIST model, human GIST, GIST882 and BaF3 cells. This study has been reported in “Endoglin/CD105 is expressed in KIT positive cells in the gut and gastrointestinal stromal tumors” by Gromova et al. JCMM, 2011, a paper I co-authored. As result, an American start-up approached us to assess their proprietary compound targeting ENG on GIST882 cells. However, concerns were raised about possible non-selective action and the project was stalled by the company.Subsequently, GIST tissue microarrays were examined by immunohistochemistry using the sole commercially available GPC6 antibody. No statistical correlation could be found between GPC6-ir and GIST clinic-pathological features and concerns were raised about the reliability of the GPC6 antibody used. Ultimately, Spry4 was investigated in the last part of my thesis. In vitro, we have demonstrated that Spry4 is specifically upregulated by the ERK pathway in GIST882 cells. In vivo, Spry4 deficient mice showed an ICC hyperplasia in antrum and colon, using a new ICC quantification method developed in the lab, which was reminiscent of the oncogenic GIST murine model KitK641E. Similarities between Spry4 KO and KitK641E heterozygous animals were even further emphasized by functional studies, as both genotypes showed a delay in transit time. This study lead to the publication “Hyperplasia of interstitial cells of Cajal in Sprouty homolog 4 deficient mice” by Thys et al. 2015, PLOS ONE. / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le métabolisme des phosphoinositides est constitué d’un réseau complexe d’enzymes et de seconds messagers phospholipidiques et solubles cruciaux pour de nombreux processus cellulaires. Le phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate (PtdIns(3,4,5)P3), second messager très important dans la cellule est contrôlé par plusieurs phosphatases. La phosphatase PTEN, fréquemment mutée dans de nombreux cancers humains (glioblastome, cancer de la prostate, cancer du sein, …), le déphosphoryle en position 3 pour donner du phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PtdIns(4,5)P2). Les cellules de mammifères possèdent également une activité « inositol 5-phosphatase » pour de nombreux dérivés du myo-inositol. C’est la protéine SHIP2 (SH2-containing Inositol 5-phosphatase 2), une lipide phosphatase membre de la famille des phosphatidylinositol polyphosphate 5-phosphatases qui est, entre autres, responsable de cette activité. <p>Le but de ce travail de thèse a été de mettre en évidence un rôle potentiel de SHIP2 et/ou PTEN dans un modèle murin de tumeurs stromales gastro-intestinales (GIST) ;ce modèle exprime une forme constitutivement active du récepteur tyrosine kinase Kit muté sur l’acide aminé 641. Les souris qui ont été générées par le groupe du Dr Brian Rubin (Lerner Research Institute and Taussig Cancer Center, Cleveland) sont dénommées, les souris KitK641E.<p>La caractérisation des souris KitK641E nous a permis de montrer que SHIP2 et PTEN étaient exprimés dans les cellules Kit positives, les cellules de Cajal et qu’ils semblaient régulés de façons différentes.<p>En effet, nous avons pu mettre en évidence une augmentation de l’expression de PTEN dans l’antre gastrique des souris KitK641E homozygotes. Cette augmentation d’expression a également été observée dans l’antre gastrique de souris double transgéniques KitK641E x PTEN+/- alors que l’expression de PTEN dans le foie, un tissu n’exprimant pas de cellules Kit positives, était bien diminuée. Des expériences de PCR quantitative ont également permis de montrer que cette augmentation d’expression de PTEN ne provenait pas d’une augmentation du taux d’ARNm mais qu’elle se situait plutôt au niveau post-traductionnel. Ces données nous permettent de conclure que l’augmentation d’expression de PTEN dans les cellules Kit positives des souris KitK641E homozygotes est influencée par l’activation constitutive du récepteur Kit. <p>A l’inverse, l’expression de SHIP2 dans les cellules Kit positives n’a pu être mise en évidence qu’après activation constitutive du récepteur Kit. En parallèle, l’étude des voies de signalisation dépendantes du récepteur Kit nous ont permis de montrer que la phosphorylation de PKB ne semblait pas être affectée et que ce serait plutôt la voie des MAPK kinases qui interviendrait dans ce modèle. <p>Nous avons également observé la localisation subcellulaire de SHIP2 et de PTEN en utilisant un modèle cellulaire de cellules GIST882 (cellules dérivées d’un GIST humain portant la mutation correspondante à notre modèle murin). Dans ce modèle, PTEN est principalement localisé dans le noyau alors que SHIP2 est localisé à la fois au sein du noyau et du cytoplasme. Ce modèle nous a également permis de montrer que la forme phosphorylée sur tyrosine de SHIP2 (Y1135) était localisée dans le noyau et qu’elle était modulée en fonction du cycle cellulaire.<p>En conclusion, ces travaux ont permis de montrer que dans le modèle de souris KitK641E, SHIP2 et PTEN étaient localisés au sein des cellules Kit positives et qu’ils étaient modulés par des mécanismes différents. L’augmentation d’expression de PTEN observée dans les souris KitK641E homozygotes pourrait constituer un mécanisme de rétrocontrôle négatif afin de modifier l’impact de voies de signalisation en aval du récepteur Kit dans ce modèle oncogénique.<p> / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les tumeurs gastro-intestinales stromales (Gastro-Intestinal Stromal Tumours - GIST en Anglais) sont les sarcomes les plus fréquents du tube digestif. Sur base de leur profil d'expression génique et de similitudes morphologiques, il a été établi que les GIST dérivent des cellules interstitielles de Cajal (Interstitial Cells of Cajal - ICC en Anglais) ou d'un précurseur commun. Le développement et le maintient des ICC sont dépendant de voies de signalisation du récepteur tyrosine kinase KIT. Des mutations oncogéniques de KIT, conduisant indépendamment du ligand à l'activation des voies de signalisation en aval, sont présentes dans environ 85% des GIST. Depuis une dizaine d'années, des molécules de synthèse qui inhibent la phosphorylation -et donc l'activation - de KIT ont été introduites avec succès dans le traitement clinique des GIST. Cependant des résistances, souvent causées par des mutations secondaires, apparaissent fréquemment et environ 50% des patients traités rechutent dans les 2 ans. Le développement de nouvelles stratégies diagnostiques et thérapeutiques pour les GIST demeure donc essentiel. Ces dernières années, de nouveaux marqueurs diagnostiques ou cibles thérapeutiques potentielles ont été rapportés dans la littérature (p.ex. Discovered on GIST-1 (DOG1, anoctamin 1), Protein kinase C theta (PKC theta), Carbonic anhydrase II (CAII)) .Il faut relever que tous ces gènes sont aussi exprimés par les ICC KIT+ du tube digestif normal et que leur présence dans les GIST reflète donc vraissemblablement essentiellement leur parenté avec les ICC.<p>Dans la présente étude, nous nous sommes attachés à identifier de nouveaux marqueurs diagnostiques ou cibles thérapeutiques potentielles exprimés par les GIST mais absent des ICC KIT+ normales.<p>Pour ce faire, nous avons comparé le profile d'expression géniques de l'antre gastrique de souris porteuses de la mutation oncogénique Kit K641E et de souris contrôles (wild type WT en Anglais) par la technique de cDNA microarray. Les différences d'expression génique ont été ensuite confirmées par réactions de PCR quantitative (qPCR) en temps réel et l'immunoréactivité (-ir) pour les candidats les plus prometteurs a été localisée par immunofluorescence (IF) dans la muscularis propria du tube digestif, avec une attention spéciale pour les cellules KIT+.<p>Plusieurs gènes identifiés appartenaient tant au profil d'expression génique des GIST qu'au profil d'expression des ICC Kit+ de l'intestin grêle murin, validant ainsi la pertinence du modèle murin KitK641E pour l'approche choisie (Chapitre 3). D'autre part, trois gènes identifiés (Neurotensin receptor 1 (Ntsr1), Trophoblast glycoprotein (Tpbg/5T) et Sprouty homolog 4 (Spry4)) étaient quant à eux présents dans la couche hypertrophié de cellules Kit+ de l'antre des souris KitK641E mais absentes des ICC Kit+ chez les souris WT (Chapitres 3, 4, 5). Ces gènes représentant donc de nouveaux candidats potentiels comme marqueurs spécifiques et/ou comme cibles thérapeutiques dans les GIST, nous avons, dans la seconde partie de notre travail, approfondi l'étude de leur expression et de leur régulation en utilisant des modèles cellulaires et tissulaires murins, ainsi que du matériel anatomopathologique de GIST humains.<p>Dans le tube digestif normal, NTSR1 et TPBG/5T4 ir ont été identifiés dans les neurones myentériques mais pas dans les ICCKIT+. Deux "tissue arrays" indépendants, totalisants 97 spécimens humains de GIST, ont révélés la présence de NTSR1-ir dans tous les GIST, en ce compris les cas négatifs pour KIT, tandis que TPBG/5T4-ir était présente dans 36/49 GIST. Un fort immunomarquage pour TPBG/5T4 était statistiquement associée aux tumeurs malignes et de haut risque (Chapitre 5; Annexe 1).<p>L'expression différentielle de membres de la famille des "Sprouty homologues" (Spry) dans l'antre des souris KitK641E a aussi été identifiée. Spry4-ir n'était pas détectable dans les ICC KIT+ des souris WT alors que Spry4-ir était présente dans la couche hyperplasique des cellules Kit+ chez les souris KitK641E. A l'opposé, l'ARN messager de Spry2 présentait un niveau d'expression similaire et Spry2-ir était détectée dans les cellules musculaires lisses - mais pas dans les cellules Kit+ - dans tous les génotypes (Chapitre 3). Pour sa part, l'expression de Spry1 apparaissait réprimée par le mutant oncogénique KitK641E, tant in vivo qu'in vitro, conduisant à la dérégulation de la boucle de rétrocontrôle négatif de la voie Ras/Erk (Chapitre 4). <p>Dans la dernière partie de cette thèse, nous avons étudié l'expression Endoglin (ENG) - aussi connues sous le nom de CD105 – dans le modèle murin de GIST KitK641E, dans les GIST humains et dans le modèle cellulaire murin Ba/F3 in vitro. ENG est une glycoprotéine transmembraire et un composant auxiliaire du complexe du récepteur au TGF-& / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques / info:eu-repo/semantics/nonPublished

The aim of this thesis is to propose a way to implement the missing XML functionality for the database system PostgreSQL. The second chapter discusses the theoretical paradigm with an XML-related technologies like Xpath or XQuery. The third chapter discusses the ISO SQL standards and describes the current level of implementation of native XML databases, versus traditional relational databases. The last part focuses on different approaches and it proposes a solution to implement the XML API to PostgreSQL, which validates XML documents against XSD, DTD and RelaxNG schemes. Next point is focused on XML indexing techniques and proposal of new index based on GiST.

Each year millions of people face the medical decision-making cycle that comes with a diagnosis of cancer. For patients and their families, this can be a rollercoaster of confusion and fear. Researchers have indicated that the complexity of the decision-making process is underrepresented in the current approach of informed decision-making. The purpose of this study was to add to scientifically-validated research expanding the identification of factors that influence decision-making for individuals diagnosed with cancer. Fuzzy trace theory (FTT) is the dual process memory theory used as the framework for this study. Qualitative data were collected using semistructured interviews with 10 participants. The sampling strategy included purposeful sampling and snowball or chain sampling. The audio-recorded interviews were transcribed and analyzed. Software tools were used to aid in the creation of word mapping and clusters and a naming structure emerged. A comprehensive thematic analysis was completed. Participants detailed experiences with family and social dynamics, psychological or emotional stress, external influencing factors to the decision-making process, and experiences with cancer advertising. This research can create positive social change through the advancement of scientifically-validated research to support patients during the decision-making process.

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This thesis summarizes the information retrieval theory, the relational model basic and focuses on the data indexing in relational database systems. The thesis focuses on multimedia data searching. It includes description of automatic multimedia data content extraction and multimedia data indexing. Practical part discusses design and solution implementation for improving query effectivity for multidimensional vector similarity which describes multimedia data. Thesis final part discusses experiments with this solution.

Objective: Soft tissue sarcomas (STS) and gastrointestinal stromal tumours (GIST) are a group of rare malignant tumours with a high and heterogenous disease burden. As evidence is scarce, we analysed the prevalence of increased emotional distress and identified distress‐associated factors in these patients. - Methods: The PROSa‐study (Burden and medical care of sarcoma) was conducted between 2017 and 2020 in 39 study centres. Cross‐sectional data from adult STS and GIST patients were analysed. Distress was measured with the Patient Health Questionnaire (PHQ‐4). The relation of socioeconomic and clinical factors with distress was explored in adjusted logistic regression models. - Results: Among 897 patients, 17% reported elevated anxiety and 19% reported depression. Unemployed patients (odds ratio [OR] 6.6; 95% CI 2.9–15.0), and those with a disability pension (OR 3.1; 95% CI 1.9–5.0) were more likely to experience distress compared to employed patients. Also, patients with a disability pass had higher odds of increased distress than those without (OR 1.8; 95% CI 1.2–2.7). Lowest distress was observed in patients 2 to <5 years and ≥5 years after diagnosis (comparison: <6 months) (OR 0.4; 95% CI 0.2–0.6) and (0.3; 95% CI 0.2–0.6). Patients with thoracic STS (vs. lower limbs) had twice the odds to experience distress(OR2.0;95%CI 1.1–3.6). Distress was seen almost twice as often in patients with progressive disease (vs. complete remission) (OR 1.7; 95% CI 1.1–2.8). - Conclusion: The prevalence of elevated distress in STS and GIST patients is high. In unemployed patients, in those with a disability pension and in newly diagnosed patients a noticeable increase was observed. Clinicians should be aware of these factors and consider the social aspects of the disease.