O objetivo deste trabalho foi desenhar primers, amplificar fragmentos de três loci que codificam antígenos de superfície de protozoários do gênero Sarcocystis spp. isolados do intestino de marsupiais do gênero Didelphis spp., sequenciar os fragmentos gênicos de todos isolados e compará-los entre si e com fragmentos de sequências homólogas disponíveis no GenBank. Trinta e duas amostras de Sarcocystis spp. de gambás do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, tiveram o DNA extraído e amplificado utilizando marcadores moleculares em genes codificadores de antígeno de superfície (SAG-2, SAG-3, e SAG-4). Entre essas amostras, 28 tiveram pelo menos um dos fragmentos gênicos sequenciados. Foi possível sequenciar os 3 fragmentos gênicos de 20 amostras. As análises das sequências dos genes renderam os seguintes resultados: SAG-2: 275 nucleotídeos e sete alelos para 26 amostras; SAG-3: 353 nucleotídeos e seis alelos para 21 amostras; SAG-4: 278 nucleotídeos e onze alelos para 25 amostras. Para cada marcador, análises filogenéticas foram realizadas empregando métodos de distância. As reconstruções filogenéticas permitiram verificar as relações de ancestralidade entre os diferentes alelos, que foram nomeados de acordo com o critério de evolução inferido na topologia das árvores. Para os três loci, diferentes alelos foram agrupados em três grupos ou genótipos, que foram nomeados com caracteres em números romanos I, II, III e IV. Diferenças intra-genótipo (sub-genótipos) foram representados por letras minúsculas (Ia, Ib, Ic, etc.). Cada alelo foi nomeado com numeração arábica (Ia1, Ia2, Ia3, etc.). Nas analises filogenéticas concatenadas baseada em dados de aminoácidos foi possível dividir as amostras dentro de três grupos. A filogenia baseada nas sequências de aminoácidos indica que três grupos de organismos devem existir dentro do complexo de indivíduos da população estudada (Sarcocystis-RS, Falcatula-like e Neurona-like). Embora o grupo designado como Sarcocystis-RS tenha um único alelo para o locus gênico SAG-3 (configuração do tipo III), táxons deste grupo compartilham alelos com indivíduos do grupo Falcatula-like. Assim, seria plausível assumir que exista uma troca gênica entre as duas populações. No que diz respeito ao grupo Neurona-like, nenhum dos indivíduos deste grupo compartilham alelos com indivíduos de outros grupos. No entanto, esta observação precisa ser confirmada, pois as análises foram baseadas em poucas sequências Neurona-like (duas sequências). Este relato revela uma notável diversidade genética entre os isolados de Sarcocystis spp de gambás do Brasil. / The present work aimed to design primers and amplify fragments of three loci that code for surface antigens of the protozoan genus Sarcocystis spp. isolated from intestine of marsupials of the genus Didelphis spp and to sequence the gene fragments of all isolates and compare them with each other and with fragments of homologous sequences available in GenBank. Thirty two samples of Sarcocystis spp. from opossums from the State of Rio Grande do Sul, had the nuclear DNA extracted and amplified using the molecular markers targeted to genes encoding surface antigens (SAG-2, SAG-3, and SAG-4). Among these samples, 28 had at least one of the gene fragments sequenced. It was possible to sequence the three gene fragments from 20 samples. The analysis of gene sequences yielded the following results: SAG-2: 275 nucleotides and seven alleles for 26 samples; SAG-3: 353 nucleotides and six alleles for 21 samples; SAG-4: 278 nucleotides and eleven alleles for 25 samples. For each marker phylogenetic analysis was performed employing distance methods. The phylogenetic reconstructions allowed us to verify the ancestry relationships between different alleles, which were named according to the criteria of evolution inferred from the tree topology. For the three loci, different alleles were grouped into three groups or genotypes, which were named with characters in Roman numerals I, II, III and IV. Intra-genotype differences (sub-genotypes) were represented by lowercase letters (Ia, Ib, Ic, etc.). Each allele was named with Arabic numerals (Ia1, Ia2, Ia3, etc.). With concatenated phylogenetic analysis based on amino acid dataset it was possible to divide the samples into three groups. The amino acid based phylogeny indicates that three groups of organisms must exist within the complex of individuals in the population studied (Sarcocystis-RS, Falcatula-like, and Neurona-like). Although the group designated as Sarcocystis-RS has a unique allele for the genetic locus SAG-3 (configuration type III), the taxa of this group share alleles with individuals in the Falcatula-like. Thus, it is plausible to assume that gene exchange occurs between these two populations. Regarding the Neurona-like group, none of the individuals in this group share alleles with individuals of the other groups. However, this observation remains to be confirmed, because this analysis was based on very few Neurona-like sequences (two sequences). This report reveals a striking genetic diversity among Sarcocystis spp isolated from opossums from Brazil.

Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2018-02-07T23:27:35Z No. of bitstreams: 1 593497.pdf: 8124107 bytes, checksum: cd381895e10bdfedcd7ccd1c77dbb4e7 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-07T23:27:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 593497.pdf: 8124107 bytes, checksum: cd381895e10bdfedcd7ccd1c77dbb4e7 (MD5) Previous issue date: 1999-12-03 / Esta dissertação avalia as relações filogenéticas entre os gêneros viventes e fósseis da Subfamília Didelphinae a partir de uma metodologia cladista. Quatro opções de enraizamento foram avaliadas em diferentes conjuntos de análises: Caluromys (Caluromyinae, Didelphidae ), Sparassocynus (Sparassocynidae ), Caenolestes (Caenolestidae) e Dromiciops (Microbiotheriidae). Um total de 146 caracteres cranianos e dentários, todos interpretados como não-ordenados, foram utilizados nas análises de parcimônia realizadas utilizando-se a opção heurística... / This thesis used a cladistic analysis to evaluate the phylogenetic relationships among living and fossil genera of the Subfamily Didelphinae. Four different genera were used as outgroups: Caluromys (Caluromyinae, Didelphidae), Sparassocynus (Sparassocynidae), Caenolestes (Caenolestidae) e Dromiciops (Microbiotheriidae). A total of 146 cranial and dental characters were utilized in the analysis, that was performed using the...

O objetivo deste trabalho foi desenhar primers, amplificar fragmentos de três loci que codificam antígenos de superfície de protozoários do gênero Sarcocystis spp. isolados do intestino de marsupiais do gênero Didelphis spp., sequenciar os fragmentos gênicos de todos isolados e compará-los entre si e com fragmentos de sequências homólogas disponíveis no GenBank. Trinta e duas amostras de Sarcocystis spp. de gambás do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, tiveram o DNA extraído e amplificado utilizando marcadores moleculares em genes codificadores de antígeno de superfície (SAG-2, SAG-3, e SAG-4). Entre essas amostras, 28 tiveram pelo menos um dos fragmentos gênicos sequenciados. Foi possível sequenciar os 3 fragmentos gênicos de 20 amostras. As análises das sequências dos genes renderam os seguintes resultados: SAG-2: 275 nucleotídeos e sete alelos para 26 amostras; SAG-3: 353 nucleotídeos e seis alelos para 21 amostras; SAG-4: 278 nucleotídeos e onze alelos para 25 amostras. Para cada marcador, análises filogenéticas foram realizadas empregando métodos de distância. As reconstruções filogenéticas permitiram verificar as relações de ancestralidade entre os diferentes alelos, que foram nomeados de acordo com o critério de evolução inferido na topologia das árvores. Para os três loci, diferentes alelos foram agrupados em três grupos ou genótipos, que foram nomeados com caracteres em números romanos I, II, III e IV. Diferenças intra-genótipo (sub-genótipos) foram representados por letras minúsculas (Ia, Ib, Ic, etc.). Cada alelo foi nomeado com numeração arábica (Ia1, Ia2, Ia3, etc.). Nas analises filogenéticas concatenadas baseada em dados de aminoácidos foi possível dividir as amostras dentro de três grupos. A filogenia baseada nas sequências de aminoácidos indica que três grupos de organismos devem existir dentro do complexo de indivíduos da população estudada (Sarcocystis-RS, Falcatula-like e Neurona-like). Embora o grupo designado como Sarcocystis-RS tenha um único alelo para o locus gênico SAG-3 (configuração do tipo III), táxons deste grupo compartilham alelos com indivíduos do grupo Falcatula-like. Assim, seria plausível assumir que exista uma troca gênica entre as duas populações. No que diz respeito ao grupo Neurona-like, nenhum dos indivíduos deste grupo compartilham alelos com indivíduos de outros grupos. No entanto, esta observação precisa ser confirmada, pois as análises foram baseadas em poucas sequências Neurona-like (duas sequências). Este relato revela uma notável diversidade genética entre os isolados de Sarcocystis spp de gambás do Brasil. / The present work aimed to design primers and amplify fragments of three loci that code for surface antigens of the protozoan genus Sarcocystis spp. isolated from intestine of marsupials of the genus Didelphis spp and to sequence the gene fragments of all isolates and compare them with each other and with fragments of homologous sequences available in GenBank. Thirty two samples of Sarcocystis spp. from opossums from the State of Rio Grande do Sul, had the nuclear DNA extracted and amplified using the molecular markers targeted to genes encoding surface antigens (SAG-2, SAG-3, and SAG-4). Among these samples, 28 had at least one of the gene fragments sequenced. It was possible to sequence the three gene fragments from 20 samples. The analysis of gene sequences yielded the following results: SAG-2: 275 nucleotides and seven alleles for 26 samples; SAG-3: 353 nucleotides and six alleles for 21 samples; SAG-4: 278 nucleotides and eleven alleles for 25 samples. For each marker phylogenetic analysis was performed employing distance methods. The phylogenetic reconstructions allowed us to verify the ancestry relationships between different alleles, which were named according to the criteria of evolution inferred from the tree topology. For the three loci, different alleles were grouped into three groups or genotypes, which were named with characters in Roman numerals I, II, III and IV. Intra-genotype differences (sub-genotypes) were represented by lowercase letters (Ia, Ib, Ic, etc.). Each allele was named with Arabic numerals (Ia1, Ia2, Ia3, etc.). With concatenated phylogenetic analysis based on amino acid dataset it was possible to divide the samples into three groups. The amino acid based phylogeny indicates that three groups of organisms must exist within the complex of individuals in the population studied (Sarcocystis-RS, Falcatula-like, and Neurona-like). Although the group designated as Sarcocystis-RS has a unique allele for the genetic locus SAG-3 (configuration type III), the taxa of this group share alleles with individuals in the Falcatula-like. Thus, it is plausible to assume that gene exchange occurs between these two populations. Regarding the Neurona-like group, none of the individuals in this group share alleles with individuals of the other groups. However, this observation remains to be confirmed, because this analysis was based on very few Neurona-like sequences (two sequences). This report reveals a striking genetic diversity among Sarcocystis spp isolated from opossums from Brazil.

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:37:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_sergio_jorge.pdf: 980348 bytes, checksum: 9e56cf9be902454868ace419c988ca33 (MD5) Previous issue date: 2009-07-20 / Leptospirosis is a zoonotic disease that occurs all over the world, particularly in developing countries, caused by bacteria of the genus Leptospira. Several marsupial species are considered susceptible to infection caused by a wide variety of Leptospira serovars, acting as reservoirs. In this work were collected serum and urine samples of 33 White-eared opossum, trapped within distinct locations of Capão do Leão and Pelotas cities, in the South of Brazil, aiming to detect antibodies and to isolate leptospires. Serum samples were screened against a panel of 58 Leptospira spp and Leptonema illini serovars using the microscopic agglutination test (MAT). To attempt isolation, urine samples from all animals were inoculated in culture medium.EMJH enriched with 10% of supplement Difco® One pathogenic serovar was isolated after two months of inoculation, and is first isolate the country for this animal species and was characterized by PCR using primers for 16S and Lipl32 genes. The technique of partial sequencing of the rpoB gene was used to identify the genomic specie. The isolated strain belongs to the specie L. borgpetersenii, which along with L .interrogans are the main cause disease in humans. The isolate, was tested on MAT using dog, cattle and human sera. Cut off titer of 50 was used for domestic animal sera and 25 for human and opossum sera. Both human and animal sera presented agglutination on MAT to isolated strain corresponding to 3.3% (2/60), 28.33% (17/60) and 1.67% (1/60) in human, dog and cattle sera, respectively. The opossum sera presented 36.36% (12/33) of reaction. These findings suggest a probable white-eared opossum role in the maintenance of pathogenic Leptospira on the environment since low titer sera and urine elimination were observed. These animals could be important reservoirs of Leptospira serovars for human and domestic animals. / A Leptospirose é uma antropozoonose de ocorrência mundial, particularmente nos países em desenvolvimento, causada por bactérias do gênero Leptospira. Várias espécies de marsupiais e didelfídeos são consideradas suscetíveis a infecção causada por uma grande variedade de sorovares patogênicos de Leptospira spp. tendo sido considerados possíveis hospedeiros deste agente. Neste trabalho foram coletadas amostras de soro e urina de 33 gambás-de-orelha-branca (Didelphis albiventris), capturados em diferentes regiões dos municípios do Capão do Leão e Pelotas, no sul do Brasil, com o objetivo de detectar anticorpos e isolar leptospiras. As amostras de soro foram testadas por aglutinação microscópica (MAT), utilizando 58 sorovares de Leptospira spp. e 1 de Leptonema. Para o isolamento, amostras de urina foram inoculadas em meio de cultura EMJH enriquecido com 10% de suplemento Difco®. Um sorovar patogênico foi obtido da urina, sendo o primeiro isolado do país para esta espécie, e foi caracterizado quanto ao gênero e patogenicidade por PCR utilizando primers para os genes 16S rDNA e Lipl32. A técnica de seqüenciamento parcial do gene rpoB foi utilizada para identificar a espécie genômica. A cepa isolada pertence à espécie L. borgpertersenii,, que juntamente com L. interrogans são as principais causadoras de doença em humanos. Anticorpos anti isolado de gambá foram avaliados em amostras sorológicas de 60 cães, 60 bovinos, 60 humanos e dos 33 gambás capturados através da MAT. Os soros humanos apresentaram reação de 3,3% (2/60), 28,33% (17/60) em soros caninos, 1,67% (1/60) em soros bovinos e 36,36% (12/33) em soros dos gambás capturados no estudo. Esses dados sugerem o envolvimento do gambá-de-orelha-branca na manutenção de leptospiras no ambiente, uma vez que estando infectados por sorovares patogênicos podem eliminar o agente pela urina e infectar direta ou indiretamente animais domésticos e conseqüentemente o homem.