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Reproduction and handling of Virtual Characters / ReproduÃÃo e ManipulaÃÃo de Personagens VirtuaisRoberto Cesar Cavalcante Vieira 19 June 2012 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Many virtual reality applications and games need a large number of virtual characters.
Some of these applications require, in addition to quantity, the simulation of kinship and
evolution, not only of human character models but also of dierent types of animals, toon
models or other creatures. Some applications also require interactions between isolated
populations with well-dened ethnic characteristics. The identication of similar traits
between individuals of the same family is crucial to providing increased realism to many of
these systems. The main diculty in these situations is to generate models automatically,
in real time, which are physically similar to a given population or family. Other realistic
desirable features are the automatic body variations due to epigenetic factors and the
application of facial expressions as the character interacts with the environment. In
those cases, the diculty lies in nding a simple mesh adaptation system for dierent
creatures with big dierences in shape. In this work, the reproduction of diploid beings
is mimicked to produce character models that inherit genetic characteristics from their
ancestors, with the possibility to map all genes identifying the origin of each gene. Unlike
morphing techniques and other existing approaches, in our method, it is possible for a
genetic characteristic from an ancestor to be manifested only after a few generations. After
character generation, it is possible to apply custom body variations and facial expressions
to the new models. With the same adaptation system used in all methods, it is possible
to generate caricatures of characters, inserting a comic atmosphere to the application.
With this solution it is possible to create interactive evolution and life-simulation games,
genetics educational applications, and many other possibilities. / Muitas aplicaÃÃes de realidade virtual e jogos necessitam de um grande nÃmero de personagens virtuais. Algumas dessas aplicaÃÃes requerem, alÃm da quantidade, a simulaÃÃo de parentesco e evoluÃÃo, nÃo sà de modelos de personagens humanos, mas tambÃm de diferentes tipos de animais, modelos caricaturados ou outras criaturas. Algumas aplicaÃÃes tambÃm requerem interaÃÃes entre populaÃÃes isoladas, com caracterÃsticas Ãtnicas bem definidas. A identificaÃÃo de caracterÃsticas semelhantes entre os indivÃduos de uma mesma famÃlia à fundamental para proporcionar maior realismo a muitos desses sistemas. A principal dificuldade nessas situaÃÃes à gerar modelos automaticamente, em tempo real, que sÃo fisicamente semelhantes a uma dada populaÃÃo ou famÃlia.
Outra caracterÃstica de realismo desejÃvel nessas aplicaÃÃes seria a possibilidade de variaÃÃes automÃticas do corpo por fatores epigenÃticos e aplicaÃÃo de expressÃes faciais à medida que o personagem interage com o ambiente. Nesses casos, a dificuldade reside em encontrar um sistema simples de adaptaÃÃo de malha para criaturas com grandes diferenÃas na forma. Nesse trabalho, a reproduÃÃo de seres diploides à simulada para produzir modelos de personagens que herdam caracterÃsticas dos seus ancestrais, com a possibilidade de mapear todos os genes, identificando a origem de cada um deles, e aplicar variaÃÃes corporais e expressÃes faciais aos novos modelos. Com o mesmo sistema de adaptaÃÃo utilizado em todos os mÃtodos à possÃvel gerar caricaturas de personagens, inserindo uma atmosfera de humor à aplicaÃÃo. Com esta soluÃÃo à possÃvel criar jogos interativos de evoluÃÃo e simulaÃÃo de vida, aplicaÃÃes educativas de genÃtica e muitas outras possibilidades. Ao contrÃrio de tÃcnicas de morphing e de outros enfoques existentes, no mÃtodo aqui proposto, à possÃvel que uma caracterÃstica genÃtica de um ancestral se manifeste somente depois de algumas geraÃÃes.
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AdaptaÃÃo de metodologias de manejo reprodutivo como subsÃdios para a implantaÃÃo de um programa de melhoramento genÃtico da tilÃpia do nilo (oreochromis niloticus) variedade chitralada no centro de pesquisa em aquicultura-cpa/dnocs / Adaptation of reproductive management methodologies such as subsidies for the establishment of a breeding program the nile tilapia (Oreochromis niloticus) in the center of variety chitralada research aquicultura-cpa/dnocsErivÃnia Gomes Teixeira 19 December 2007 (has links)
TilÃpias sÃo peixes da famÃlia Cichlidae de origem africana, com cerca
de 22 espÃcies, cultivadas no mundo todo, sendo a tilÃpia do Nilo (Oreochromis
niloticus) a de maior preferÃncia comercial. A primeira espÃcie de tilÃpia
introduzida no Brasil foi a Tilapia rendalli, que foi seguida pela tilÃpia do Nilo (O.
niloticus), que por apresentar boas qualidades para o cultivo foi disseminada
por todo o paÃs. Com o passar do tempo, pela falta de atenÃÃo cientÃfica e falta
de programa de monitoramento genÃtico, observou-se a gradativa perda de
algumas caracterÃsticas ideais de produtividade necessÃrias ao cultivo, o que
levou à necessidade iminente da realizaÃÃo de um trabalho de melhoramento
genÃtico dos plantÃis. Neste sentido, diversos programas de melhoramento
genÃtico da tilÃpia foram executados em vÃrios paÃses. Os objetivos do
presente trabalho foram: testar e adaptar um conjunto de protocolos e mÃtodos
com aplicabilidade no manejo reprodutivo da tilÃpia do Nilo (O. niloticus)
variedade chitralada, e tambÃm propor metodologias para implantaÃÃo de um
programa de melhoramento genÃtico da tilÃpia no Centro de Pesquisa em
AqÃicultura-CPA/DNOCS baseado no sistema de reproduÃÃo em hapas. Foram
testados e adaptados protocolos de anestesia, utilizando Eugenol; marcaÃÃo
atravÃs de inserÃÃo de etiqueta e amputaÃÃo de um espinho da nadadeira
dorsal; sexagem, testando duas classes de peso. TambÃm foram testados e
adaptados mÃtodos de coleta de caracteres morfomÃtricos (peso, comprimento
e altura mÃxima do corpo) e caracteres merÃsticos (nÃmero de Ãvulos
produzidos, motilidade espermÃtica expressa em porcentagem e extraÃÃo de
DNA a partir de amostras de sangue). Foi realizado um experimento de
reproduÃÃo em hapas utilizando a proporÃÃo de 1 macho para 2 fÃmeas. Os
protocolos e mÃtodos testados e adaptados forneceram subsÃdios importantes
para a futura implantaÃÃo de um programa de melhoramento genÃtico no
Centro de Pesquisa em AqÃicultura â CPA/DNOCS. / The Nile tilapia Oreochromis niloticus is the most cultured species from
the Cichlidae family. Despite its natural occurrence in Africa, it has been
introduced in many countries including Brasil. The lack of management
strategies for keeping the genetic variability of broodstocks produced a gradual
loss of traits of aquacultural interest, and has created an urgent demand for
genetic improvement of the cultured stocks. The purpose of the present work
was to test and adapt a set of methods for the reproductive management of Nile
tilapia variety chitralada, as a means for the future implantation of a program for
genetic improvement of this species in the Center of Aquaculture Research
(CPA/DNOCS) in Pentecostes, CearÃ, Brazil. Protocols tested included
anesthesia using Eugenol, individual tagging, sex differentiation, and collection
of both morphometric (body weight, length and height) and meristic (number of
eggs; characterization, motility, and criopreservation of the sperm) data. In
addition, a protocol for DNA extraction using CTAB reagent was tested with
good results. One experiment of reproduction efficiency was carried out in
cages enclosed in hapas, and the proportion of broodstocks used was one male
to each two female. The overall results provided some meaningful pieces of
information that will assist the implantation of a program of genetic improvement
for tilapia at the CPA/DNOCS.
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Estimativas de funÃÃes de covariÃncia para caracterÃsticas de crescimento da raÃa tabapuà utilizando modelo de regressÃo aleatÃria / Estimates of service for covariÃncia characteristics of growth of race tabapuà using model regressÃo randomSeverino Cavalcante de Sousa Junior 12 February 2007 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Utilizou-se 28.873 registros de pesos do quinto aos 660 dias de idade de 6.471 animais da raÃa TabapuÃ, pertencentes ao arquivo do Controle do Desenvolvimento Ponderal da AssociaÃÃo Brasileira dos Criadores de Zebu (ABCZ) para estimar as funÃÃes de covariÃncia utilizando modelo de regressÃo aleatÃria. Foram empregados como aleatÃrios os efeitos genÃtico, aditivo direto e materno de ambiente permanente de animal e materno e como efeitos fixos foram considerados os grupos contemporÃneos, a idade mÃdia das vacas ao parto como covariÃvel. O resÃduo foi modelado por funÃÃes de variÃncias de ordem quÃntinca. As anÃlises com polinÃmios ortogonais foram realizadas para o efeito genÃtico aditivo direto, ambiente permanente de animal e segundo efeito de animal (ambiente permanente materno e efeito materno) de ordens 4,5,2 e 3 respectivamnte. Os modelos foram comparados pelos critÃrios de informaÃÃo Bayesiano de Schwarz (BIC) e de Akaike (AIC). As estimativas de herdabilidade para os efeitos diretos apresentam decrÃscimo do nascimento atà a desmama e apresenta um leve aumento apÃs a desmama para novamente tender a decrescer, com valores de 0,48 ao nascimento; 0,27 aos 240 dias e 0,14 aos 660 dias de idade. As correlaÃÃes genÃticas variaram de moderadas a altas, diminuindo conforme o aumento da distÃncia entre as idades. / The study used 28,873 weight records taken along the life of 6.471 animals of the race TabapuÃ, finery birth to 660 days of age, belonging to the animal archives of the Brazilian Association of Zebu Breeders (ABCZ) to estimate the covariÃnce functions using the models of random regression. The genetic, addictive direct an permanent environmental effects were used as random effects the contemporary groups as fixed effects. The average age of the cows at delivery as covariavel (linear and quadratic). The residue was modeled by functions of variances of quadratic order. The analyses with orthogonal polynomials were performed for the direct genetic effect, genetic of animal permanent environment atmosphere of linear and quadratic. Models were compared by the Bayesian of information criteria of Schwarz (BIC) and of Akaike (AIC). The heritability estimates for the direct effects were greater in the beginning and by the end of the studied period, with values of 0,48 at birth, 0,27 to the 240 days and 0,14 to the 660 days of age. The genetic correlations varied from moderate to high, reducing as intensity in proportion to the increase of the increase of distance between ages the distance accordingly among the ages.
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DivergÃncia genÃtica entre progÃnies de meios-irmÃos de cajueiro anÃo precoce / Genetic divergence among half-sib progenies precocious dwarf cashewJosà Itamar Frota JÃnior 28 February 2012 (has links)
nÃo hà / O presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de caracterizar e avaliar a diversidade
genÃtica de progÃnies de meios-irmÃos de cajueiro anÃo precoce da Embrapa AgroindÃstria
Tropical por meio de marcadores moleculares e morfolÃgicos, assim como, a indicaÃÃo dos
materiais divergentes para o programa de melhoramento genÃtico. Foram utilizadas 50
progÃnies instaladas no Campo Experimental de Pacajus, CE. Na anÃlise molecular, cada
progÃnie foi amostrada coletando-se folhas de duas plantas/parcela e analisadas no laboratÃrio
de Biologia Molecular da Embrapa AgroindÃstria Tropical. Foram realizadas extraÃÃes de
DNA baseadas no mÃtodo CTAB (brometo de cetiltrimetilamÃnio) ajustado por Cavalcanti
(2004) e utilizados marcadores do tipo ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). Utilizou-se o
coeficiente de Jaccard e anÃlise de agrupamento UPGMA (MÃtodo de MÃdia AritmÃtica NÃo
Ponderada) para anÃlise dos grupos. Doze iniciadores ISSR geraram 71 bandas das quais 27
foram polimÃrficas. A anÃlise de agrupamento permitiu a divisÃo em quatorze grupos de
similaridade genÃtica, onde as progÃnies mais divergentes foram CNPAT 92-56, CNPAT 92-
62 e CNPAT 92-385 e as mais similares foram CNPAT 92-331 e CNPAT 92-335. Na anÃlise
quantitativa foram utilizadas as seguintes variÃveis: altura da planta, diÃmetro da copa,
nÃmero de castanhas e produÃÃo. Foi utilizada a DistÃncia Euclidiana para anÃlise da distÃncia
genÃtica e UPGMA para a anÃlise de agrupamento. A produÃÃo foi a variÃvel que obteve
maior contribuiÃÃo relativa para a divergÃncia genÃtica com 97,80%. A anÃlise de
agrupamento UPGMA possibilitou a distribuiÃÃo de 11 grupos. O material mais divergente foi
o CNPAT 92-331 oriundo da Fazenda Capisa (PiauÃ). Os mais similares formaram o subgrupo
I do grupo I, CNPAT 92-54 e CNPAT 92-58 com 95% de similaridade. HÃ variabilidade
genÃtica, no entanto nÃo foram encontradas relaÃÃes diretas entre a anÃlise molecular e a
quantitativa / The present work was developed in order to characterize and evaluate the genetic diversity of
dwarf cashew progenies from Embrapa AgroindÃstria Tropical using molecular and
morphological markers as well as the indication of divergent materials to the breeding
program. It was used 50 dwarf cashew progenies from Embrapa AgroindÃstria Tropical
collection located in the Experimental Center of Pacajus, CearÃ. In the molecular analysis,
each progeny was sampled by collecting leaves from two plants per plot and then analyzed at
EmbrapaÂs molecular biology lab. It was performed DNAÂs extractions based on CTAB
(Cetyltrimethylammonium bromide) method, adapted by Cavalcanti (2004). ISSRÂs markers
(Inter Simple Sequence Repeat) were used. JaccardÂs coefficient and UPGMA (Unweighted
Pair Group Method with Arithmetic Mean) cluster analysis were applied in the group
analysis. Cluster analysis allowed the division into fourteen groups of genetic similarity being
the most divergent progenies CNPAT 92-56, 92-62 and 92-385, and the most similar ones
CNPAT 92-331 and 92-335. Variables such as plant height, diameter, number of nuts and
production, were used in the quantitative analysis. Euclidian distance was used in the genetic
distance analysis. UPGMA method were used in cluster analysis. The variable with highest
relative contribution to genetic divergence was production, with 97,80%. The UPGMA cluster
analysis allowed the division into eleven groups. The most divergent material was
CNPAT 92-331 coming from Capisa farm in Piauà state. The most similar materials
formed the subgroup I of group I, CNPAT 92-54 and 92-58 with 95% similarity. There is
genetic variability, however no direct relationship between molecular and quantitative analysis was
found
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DivergÃncia e controle genÃtico de caracteres de produÃÃo e qualidade de fibra do algodÃo colorido / Divergence and control genetic character of production and quality of colored cotton fiberJonas Cunha Neto 05 February 2014 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / O algodoeiro à a mais importante fibra tÃxtil do mundo. Entre os cultivares de algodÃo obtidos, aqueles com fibra naturalmente coloridas tem tido grande importÃncia como matÃria prima para a indÃstria tÃxtil, principalmente para atender demandas de tecidos ecolÃgicos e orgÃnicos. Nesse sentido, o presente trabalho foi conduzido com a finalidade de identificar genÃtipos de algodÃo de fibra colorida com boa produtividade e qualidade de fibra. Para tanto os objetivos especÃficos foram identificar genÃtipos contrastantes que possam ser utilizados no melhoramento do algodÃo colorido e tambÃm identificar que aÃÃes gÃnicas estÃo envolvidas no desempenho dos hÃbridos formados pelo cruzamento entre quatro cultivares de fibra colorida com seis cultivares tradicionais de fibra branca. Na primeira etapa do trabalho conduziu-se estudos de divergÃncia genÃtica nos genitores utilizados, por meio de tÃcnicas multivariadas, e na segunda etapa, foram estimados efeitos da capacidade geral de combinaÃÃo (CGC) e capacidade especÃfica de combinaÃÃo (CEC), identificando-se os tipos de aÃÃes gÃnicas envolvidas no controle das caracterÃsticas observadas por meio da metodologia REML/BLUP. Os dados foram coletados a partir da conduÃÃo de um experimento sob o delineamento de blocos casualizados com 24 tratamentos (14 hÃbridos e 10 genitores), no espaÃamento de 1,25 m entre linhas e 0,25 entre plantas e cinco plantas por parcela. Durante a colheita foram coletadas amostras de 20 capulhos de cada tratamento que foram utilizados para avaliaÃÃo de 12 caracterÃsticas tecnolÃgicas da fibra em HVI. As cultivares mais divergentes, envolvendo grupos distintos, foi entre a BRS Verde e BRS Buriti, seguidas da BRS Verde e BRS 293. As menores distÃncias foram obtidas entre as cultivares de fibra branca. Destaque para as cultivares BRS 286 e BRS 293. As caracterÃsticas CSP, %FIB, PAC e PAP foram mais importantes para a divergÃncia genÃtica entre os genitores. Os efeitos genÃticos aditivos tÃm maior importÃncia para o controle genÃtico das caracterÃsticas de produÃÃo e qualidade das fibras do algodÃo. / Cotton is the most important textile fiber in the world. Among all cotton cultivars released, those with naturally colored fiber has been of great importance as a raw material for the textile industry, mainly to meet demands for ecological and organic fabrics. In this sense, the aim of this study was identify genotypes of colored cotton fiber with good yield and fiber quality. The specific objectives were identify contrasting genotypes that can be used in breeding of colored cotton and also identify gene actions that are involved in the performance of the hybrids formed by crossing between four cultivars of colored fiber with six traditional cultivars of white fiber. In the first stage of the research it was conducted studies over genetic diversity in the parents used by univariate and multivariate techniques, and in the second step, we estimated effects of general combining ability ( GCA) and specific combining ability (SCA ), identifying the types of gene actions involved in the control of the observed features, using the methodology REML/BLUP. The statistical design used in the experimental data was randomized block with 24 treatments (14 hybrids and 10 parents), spaced 1,25 m between rows and 0,25 between plants and five plants per plot. They were collected samples from 20 bolls from each treatment used to evaluate 12 technological characteristics of the fiber in HVI. The most divergent cultivars, involving different groups, was between the BRS Verde and BRS Buriti, followed by BRS 293 and BRS. Smaller distances were obtained between cultivars of white fiber. Highlight for BRS 286 and BRS 293 cultivar. The features CSP,% FIB, PAC and PAP were more important for the genetic divergence between the parents. Additive genetic effects are more important for the genetic control of the characteristics of production and quality of cotton fibers.
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CaracterizaÃÃo fenotÃpica e resposta imune de caprinos naturalmente infectados por nematoides gastrintestinais / Phenotypic characterization and immune response of goat crossbreds naturally infected by gastrointestinal nematodeMaria Rosalba Moreira das Neves 31 October 2014 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / O objetivo deste estudo foi avaliar ferramentas fenotÃpicas, histolÃgicas, imunolÃgicas e moleculares para caracterizar caprinos mestiÃos quanto à resistÃncia e susceptibilidade aos nematoides gastrintestinais. Para isso, foram utilizados 231 animais F2, de ambos os sexos, com idade variando de cinco a dez meses, provenientes de quatro lotes experimentais. Semanalmente, foram coletadas amostras de fezes e sangue para realizaÃÃo dos exames: contagem de ovos por grama de fezes (OPG), coprocultura, volume globular (VG), proteÃna plasmÃtica total (PPT), eosinÃfilos sanguÃneos (EOS) e determinaÃÃo dos nÃveis de imunoglobulinas. Nos mesmos dias das coletas, tambÃm foi realizado o mÃtodo Famacha. Os animais foram ordenados de acordo com os valores de OPG, os 12 animais que apresentaram as menores mÃdias foram caracterizados como resistentes e os 12 animais que apresentaram as maiores mÃdias foram caracterizados como susceptÃveis. Os animais do lote experimental 4, como apresentaram a melhor caracterizaÃÃo fenotÃpica, foram necropsiados para a recuperaÃÃo dos nematoides gastrintestinais e amostras de tecidos para anÃlises histolÃgicas e de expressÃo gÃnica. O OPG foi eficaz, nos quatro lotes, para a caracterizaÃÃo de caprinos resistentes e susceptÃveis as parasitoses gastrintestinais nos dois desafios de infecÃÃo (P<0,05). No quarto lote, as variÃveis: OPG, VG e PPT foram eficazes na identificaÃÃo dos animais quanto a diferentes nÃveis de resistÃncia. Nos demais lotes, o VG, a PPT, a contagem de eosinÃfilos e o Famacha nÃo foram tÃo eficazes como o OPG, para diferenciar caprinos resistentes e susceptÃveis Ãs parasitoses gastrintestinais. Os nÃveis de IgA e IgG, em especial para Haemonchus contortus, nos dois desafios de infecÃÃo, e a contagem de eosinÃfilos no abomaso foram parÃmetros eficazes na resposta imune, indicando que essas cÃlulas de defesa apresentam um papel efetor no controle das infecÃÃes gastrintestinais. Na expressÃo gÃnica, a IL-5 e IL-10 apresentaram nÃveis superiores significativos no grupo susceptÃvel, mostrando que a expressÃo destas citocinas na quinta semana de infecÃÃo pode ter papel em mecanismos de susceptibilidade a nematoides gastrintestinais. / The aim of this study was to evaluate phenotypic, histologic, immunologic and molecular tools to characterize goat crossbred in resistant and susceptibily to gastrointestinal nematodes. For this purpose, we used 231 F2 animals of both genders, of ages between five and ten months, from four different kidding seasons. Stool and blood samples were collected weekly for eggs per gram of feces (EPG) determinations, fecal culture, packed cell volume (PCV), total plasma protein (TPP), blood eosinophils (EOS) and immunological tests. Famacha scores were obtained on the same sample collection days. The animals were ranked according to EPG values and the 12 animals with lowest means were considered resistant while the 12 animals with the highest means were considered susceptible. The animals in the experimental lot 4, presented the best phenotypic characterization and were chosen for, recovery of gastrointestinal nematodes and tissue samples for histological and gene expression determinations. EPG, PCV and TPP were effective in the identification of resistant and susceptible. In the other lots, the PCV, TPP, eosinophil count and Famacha were not as effective as EPG. IgG and IgA levels, particularly for Haemonchus contortus infection in both challenges, showed significant differences in some of the studied timepoints. Resistant animals presented higher eosinophil counts in the abomasum, indicating that these cells participate in the control of gastrointestinal infections. IL-5 and IL-10 gene expression levels were significantly higher in the susceptible group, showing that the expression of these cytokines in the fifth week of infection may have a role in mechanisms of susceptibility to gastrointestinal nematodes.
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TransformaÃÃo genÃtica de plantas de fumo (Nicotiana tabacum var. Xanthi) com a seqÃÃncia CV1887 de Chromobacterium violaceum / Genetic transformation of tobacco plants (Nicotiana tabacum var. Xanthi) with the sequence CV1887 from Chromobacterium violaceumSandra Mara Serafim Ribeiro 26 September 2009 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / FundaÃÃo de Amparo à Pesquisa do Estado do Cearà / A transformaÃÃo genÃtica de plantas atualmente representa uma importante ferramenta para investigaÃÃo da funÃÃo de genes de diversas origens como plantas, fungos, vÃrus, nematÃides e bactÃrias, sendo os de origem bacteriana os mais representativos. Dentro desse contexto, seqÃÃncias codificando para domÃnios contendo repetiÃÃes YD (tirosina- Ãcido aspÃrtico), que possuem similaridades com proteÃnas nematicidas, foram previamente detectadas no genoma de Chromobacterium violaceum estirpe ATCC 12472. Dentre essas seqÃÃncias, a ORF CV1887 (4.155 pb) foi selecionada para clonagem e expressÃo no sistema heterÃlogo, objetivando validar a atividade determinada in silico na anotaÃÃo do genoma de C. violaceum. A estratÃgia experimental consistiu em clonar as seqÃÃncias completa (4.155 pb) e parcial (2.642 pb) da ORF CV1887 no vetor binÃrio pBI121. Os vetores recombinantes foram introduzidos em cÃlulas de Agrobacterium tumefaciens estirpe LBA4404, por eletroporaÃÃo. Empregando-se o sistema de agroinfecÃÃo, segmentos foliares de Nicotiana tabacum var. Xanthi foram transformados e usados como propÃgulos para regeneraÃÃo dos transformantes primÃrios. A confirmaÃÃo da transformaÃÃo genÃtica foi feita por reaÃÃo da polimerase em cadeia (PCR), sendo usado como molde, o DNA genÃmico extraÃdo de clones selecionados em meio de cultura contendo canamicina. Pela visualizaÃÃo das bandas no gel de agarose, dos 19 clones selecionados de CV1887 parcial, 84% apresentaram bandas no tamanho aproximado de 2.642 pb e dos 13 clones selecionados de CV1887 completo, 78% apresentaram bandas no tamanho aproximado de 4.155 pb. Para a anÃlise da expressÃo, foram selecionados trÃs clones transformados com a seqÃÃncia CV1887 parcial, dois clones transformados com a seqÃÃncia CV1887 completa, trÃs clones transformados com o gene repÃrter gus, que codifica para a enzima β-glucoronidase, e dois clones de plantas controle nÃo transformadas. O RNA extraÃdo dos clones selecionados foi utilizado em uma reaÃÃo de RT-PCR para a sÃntese do cDNA e amplificaÃÃo das seqÃÃncias correspondentes. Os produtos da amplificaÃÃo foram analisados por meio de eletroforese em gel de agarose, constatando-se a presenÃa de bandas no tamanho aproximado de 2.642 pb para os trÃs clones transformados com a seqÃÃncia CV1887 parcial e no tamanho de 1.812 pb para os trÃs clones transformados com gus, confirmando-se a presenÃa dessas seqÃÃncias nas cÃlulas transformadas. NÃo foi confirmada a presenÃa, nos clones transformados, da seqÃÃncia CV1887 completa. / The genetic transformation of plants represents today an important tool to
investigate the function of genes of diverse origins like plants, fungi, virus, nematodes and
bacteria. Those that come from bacteria are the most representative ones. Within this context,
sequences coding to domains containing YD (tyrosine
-
asparatate) repetitions, that have
similarities with nematicide proteins, were detected in the Chromobacterium violaceum
strain ATCC 12472 genome. Among these sequences, the ORF CV1887 (4.155 bp) was selected for
cloning and expression in the heterologous system, in the attempt to
validate its activity determined
in silico
in the
C. violaceum
genome's annotation. The experimental strategy
consisted in cloning the complete (4.155 bp) and the partial sequence (2.642 bp) of the ORF
in the binary vector pBI121. The recombinant vectors w
ere introduced in
Agrobacterium
tumefaciens
strain LBA4404 cells by electroporation. By utilizing agroinfection system,
leaves segments of
Nicotiana tabacum
var.
Xanthi
were transformed and used as propagles
for regeneration of the firsts transformants. Th
e confirmation of the genetic transformation
was achieved by PCR with the genomic DNA extracted from of the selected clones, followed
of a PCR reaction. The visualization of bands in the agarose gel electrophoresis showed that
from the 19 clones with the p
artial sequence cv1887 that were selected, 84% showed bands
with approximate size of 2.642 bp, and from the 13 clones with the complete sequence
CV1887 that were selected, 78% showed bands with approximate size of 4.155 bp. For the
expression analysis, the
following were selected: three transformed clones with partial
sequence CV1887, two transformed clones with complete sequence CV1887, three clones
transformed with the reporter gene
gus,
which encodes for the enzyme
b
-
glucoronidase,
and
two control clone
s of non
-
transformed plants. The RNA from the selected clones was used in
a RT
-
PCR reaction for cDNA synthesis and amplification of the corresponding sequences.
The products of the amplification were analyzed in an agarose gel electrophoresis, showing
the presence of bands with 2.642 bp for the three clones transformed with partial sequence
CV1887 and 1.812 bp for the three clones transformed with gus and it is confirmed the
presence of these sequences in the transformed cells. It was not confirmed the pres
ence in transformed clones, the complete sequence CV1887.
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Estrutura populacional de um rebanho morada nova variedade branca no estado do Cearà / Population structure of a flock new dwelling white variety in the state of the CearÃDaliane da Silva Rodrigues 19 February 2009 (has links)
FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / O presente trabalho teve como objetivo avaliar a estrutura de uma populaÃÃo de ovinos da raÃa Morada Nova variedade branca no Estado do CearÃ. Os dados foram provenientes do
fichÃrio de controle zootÃcnico do Projeto de Melhoramento de Ovinos da RaÃa Morada Nova variedade branca, do Departamento de Zootecnia, no perÃodo de 1970 a 1987, referentes a registros de 2403 animais, sendo 922 machos e 1481 fÃmeas. Foram estimados o tamanho efetivo (Ne), coeficiente de consanguinidade (F) e parentesco mÃdio (AR) dos indivÃduos, tamanho efetivo de fundadores e de ancestrais (fa e fe), intervalo de geraÃÃes (IEG), integridade dos pedigrees e estatÃsticas F de Wright. Os resultados obtidos evidenciaram que houve ocorrÃncia de perdas do material genÃtico de origem e o uso intensivo de animais aparentados dentro do rebanho no perÃodo estudado. Para os machos, a mÃdia estimada do intervalo de geraÃÃo foi satisfatÃria e, para as fÃmeas, apresentou mÃdia inferior. JÃ, os valores mÃdios estimados de AR sofreram pequenas variaÃÃes na populaÃÃo, com exceÃÃo dos primeiros cinco anos de registro. TambÃm, observou-se subdivisÃo na populaÃÃo, devido ao uso mais intenso de alguns reprodutores, proporcionando, assim, isolamento genÃtico no rebanho. Portanto, concluiu-se que este rebanho de ovinos da raÃa Morada Nova variedade branca encontrava-se em estado crÃtico no perÃodo estudado, necessitando de gestÃo que possibilitasse a sua preservaÃÃo e conservaÃÃo / The present work has the purpose of evaluating the structure of a population of Morada Nova sheep breed from State of CearÃ. Data were collected from the file to control the breeding of Sheep Improvement Project for the Morada Nova Breed white variety, of the Department of
Animal Science in the period from 1970 to 1987 for records of 2,403 animals, (922 males and 1,481 females). The effective size (Ne), coefficient of consanguinity (F) and average relatedness coefficient (AR) individuals, effective size of founders and ancestors (fa and fe), generation interval (IEG), integrity of pedigrees and Wrightâs F statistics have been estimated. We could observe the occurrence of loss of original genetic material and the intensive use of related animals among the sheep. The obtained generation interval average for males was satisfactory, although for females the averages had lower magnitudes. The estimated AR medium rates had few variations in population, except for the first five years of record. We could observe subdivision in population due to the more intense use of some breeding animals causing genetic isolation among flock. Therefore, we came to the conclusion that this flock was in a critical situation during the period of this study, and it needs a focused administration in preservation and conservation
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Estudo genÃtico-quantitativo com os grupos genÃticos formadores da raÃa Girolanda / Genetic-quantitative study with the genetic groups formadores of the Girolanda raceOlivardo Facà 22 December 2005 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / A partir de dados de genealogia, produÃÃo de leite e registro de partos de animais de vÃrios grupos genÃticos HolandÃs x Gir, obtidos junto à AssociaÃÃo Brasileira dos Criadores de Girolando, foram realizados trÃs estudos. No primeiro estudo foram investigados os efeitos do tratamento das informaÃÃes de duraÃÃo da lactaÃÃo sobre variabilidade genÃtica para a produÃÃo de leite em animais de vÃrios grupos genÃticos HolandÃs x Gir. Estimativas dos componentes de (co)variÃncia foram obtidas por meio do mÃtodo da mÃxima verossimilhanÃa
restrita (REML) sob modelo animal. As estimativas de herdabilidade para produÃÃo de leite foram de 0,24, 0,31 e 0,27 quando a produÃÃo de leite foi ajustada para a duraÃÃo da lactaÃÃo, quando as lactaÃÃes inferiores a 120 dias de duraÃÃo foram eliminadas e quando todas as lactaÃÃes foram consideradas sem ajuste para a duraÃÃo da lactaÃÃo, respectivamente. Conclui-se que o ajuste da produÃÃo de leite para a duraÃÃo da lactaÃÃo pode levar a prÃticas equivocadas na comparaÃÃo de grupos genÃticos HolandÃs x Gir para a produÃÃo de leite e na classificaÃÃo dos animais por mÃrito genÃtico. PorÃm, a eliminaÃÃo das lactaÃÃes curtas nÃo reduziu a variabilidade genÃtica e diminuiu a variÃncia residual, contribuindo para a melhoria da qualidade das avaliaÃÃes genÃticas. No segundo estudo foram estimados os efeitos de diferenÃa genÃtica aditiva entres as raÃas Holandesa e Gir, de dominÃncia e de recombinaÃÃo, para as caracterÃsticas produÃÃo de leite por lactaÃÃo (PL), produÃÃo de leite atà os 305 dias de lactaÃÃo (PL305), duraÃÃo da lactaÃÃo (DL), intervalo de partos (IDP), idade ao primeiro parto (IPP) e produÃÃo de leite por dia de intervalo de partos (PL/IDP). As estimativas para a diferenÃa genÃtica aditiva entre as duas raÃas foram significativas para todas as caracterÃsticas, exceto para o IDP, sendo estimadas em 3.115  273 kg, 2.574  226 kg, 98  13 dias, -236  67 dias e 7,5  0,9 kg/dia para PL, PL305, DL, IPP e PL/IDP, respectivamente. Os efeitos de dominÃncia (heterose) tambÃm foram significativos para todas as caracterÃsticas, exceto para a DL. Foi verificada significativa perda por recombinaÃÃo para PL e PL305. No terceiro estudo foi investigada a presenÃa da heterogeneidade de variÃncias para a produÃÃo de leite em vacas mestiÃas HolandÃs x Gir e suas conseqÃÃncias sobre a avaliaÃÃo genÃtica dos animais. Estimativas dos componentes de (co)variÃncia foram obtidas atravÃs do mÃtodo da mÃxima verossimilhanÃa restrita (REML) sob modelo animal, utilizando modelo unicarÃter e tricarÃter, sendo neste Ãltimo as produÃÃes de leite dos animais dos grupos genÃticos 1/2, 5/8 e 3/4 consideradas como caracterÃsticas diferentes. A estimativa de herdabilidade para produÃÃo de leite obtida pelo modelo unicarÃter foi de 0,31, enquanto pelo modelo tricarÃter estas estimativas foram de 0,19, 0,26 e 0,37 para as produÃÃes de leite nos grupos genÃticos 1/2, 5/8 e 3/4, respectivamente. As classificaÃÃes dos animais em funÃÃo dos valores genÃticos preditos foram diferentes quando foram utilizados os modelos uni ou tricarÃter. Os resultados evidenciaram a existÃncia de variÃncias heterogÃneas para a produÃÃo de leite entre os grupo genÃticos formadores da RaÃa Girolando / From records of genealogy and control of dairy and reproductive traits, supplied by Brazilian Association of Girolando Breeders, three studies were carried out. In the first study were investigated the effects of the treatment of lactation length information on genetic variability
for milk yield in animals of several Holstein x Gir groups genetic. Estimates of (co)variance components were obtained through the method of the restricted maximum likelihood verisimilitude (REML) under animal model. The heritability estimates for milk yield were of 0.24, 0.31 and 0.27, when milk yield was adjusted by lactation length, when lactations inferior to 120 days of length were excluded and when all lactations were considered not adjusting by lactation length, respectively. It was concluded that the adjustment of milk yield by lactation length could take to mistaken practices in the comparison of Holstein x Gir genetic groups for milk yield and in the ranking of the animals by genetic merit. However, the exclusion of short lactations did not reduce the genetic variability and reduced the residual variance, contributing to the improvement of the quality of the genetic evaluations. In the second study were estimated the effects of additive difference between Holstein and Gir breeds, dominance and epistatics, for traits milk yield (PL), 305 days milk yield (PL305), lactation length (DL), calving interval (IDP), age at first calving (IPP) and milk yield by day of calving interval (PL/IDP). The estimates for the addictive genetic difference between the two breeds were significant for all the traits, except for IDP, being 3,115 Â 273 kg, 2,574 Â 226 kg, 98 Â 13 days, -236 Â 67 days and 7.5 Â 0.9 kg/day for PL, PL305, DL, IPP and PL/IDP, respectively. The dominance effects (heterotic) were also significant for all the traits, except for DL. Significant recombination loss was verified for PL and PL305. In the third study, the presence of heterogeneous variances for milk yield in Holstein x Gir crossbred cows and their consequences on animals genetic evaluations were investigated. Estimates of the components of (co)variance were obtained through the method of restricted maximum likelihood (REML) under animal model, using one-trait and three-traits models, where in the last one the milk yield from animals of the genetic groups 1/2, 5/8 and 3/4 were considered as different traits. The heritability estimate for milk yield obtained by the one-trait model was of 0.31, while for the three-traits model they were 0.19, 0.26 and 0.37 for the milk yield in the genetic groups 1/2, 5/8 and 3/4, respectively. The ranking of the animals in function of the predicted breeding values were different when were used the one-trait or three-traits models. The results shown the existence of heterogeneous variances for the lactation milk yield among the base genetic groups of Girolando Breed
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Diversidade genÃtica da abelha sem ferrÃo melipona quinquefasciata baseada no sequÃnciamento das regiÃes its1 e 18s do dna ribossÃmico nuclear / Genetic diversity of the bee without sting melipona quinquefasciata based on the sequÃnciamento of regions its1 and 18s of nuclear dna ribossÃmicoJÃlio OtÃvio Portela Pereira 20 March 2006 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / A pesquisa foi desenvolvida no perÃodo de janeiro de 2003 a marÃo de 2006, nos Departamentos de Zootecnia, e Biologia da Universidade Federal do CearÃ, localizada no municÃpio de Fortaleza, estado do CearÃ. As amostras de abelhas foram coletadas nos estados do CearÃ, Piauà e GoiÃs. O objetivo desta tese foi estudar a diversidade genÃtica de populaÃÃes da abelha sem ferrÃo Melipona quinquefasciata, ocorrendo naturalmente na Chapada do Araripe (Sul do CearÃ), na Chapada da Ibiapaba (Oeste do CearÃ), na cidade de Canto do BuritÃ-PI, e na cidade de LuziÃnia-GO (Centro-Oeste do Brasil), visando contribuir para a correta classificaÃÃo taxonÃmica da populaÃÃo nordestina e dar subsÃdios iniciais para trabalhos de criaÃÃo racional desta espÃcie, em colmÃias para produÃÃo de mel, motivando entÃo que a atual aÃÃo extrativista e predatÃria, reverta-se numa
atividade zootÃcnica produtiva e ecologicamente sustentÃvel. As regiÃes do DNA ribossÃmico nuclear 18S e ITS-1 parcial foram extraÃdas e seqÃenciadas, podendo-se verificar os seguintes aspectos: ComposiÃÃo nucleotÃdica, matrizes
de distÃncia genÃtica, mÃltiplos alinhamentos e cladogramas. Os resultados mostraram alto grau de similaridade entre as amostras, 0,008 para regiÃo 18S e 0,015 para o ITS-1 parcial. O tamanho das seqÃÃncias correspondente à regiÃo 18S, foram de 1823 a 1869, do ITS-1 491 a 572. O cladograma gerado para o 18S, apresentou um Ãnico clado, porÃm, o ITS-1 quando acrescido de amostras externas (M. quadrifasciata, M subnitida, M scutellaris, M. mandaÃaia), derivou-se em trÃs grupos, refletindo os subgÃneros descritos pela taxonomia morfolÃgica. A distÃncia entre as Ãreas nÃo se correlacionou significativamente com a dissimilaridade das abelhas para o 18S, porÃm houve correlaÃÃo com o ITS-1 parcial, que agregou a amostra oriunda do estado do PiauÃ. Conclui-se (i) que as abelhas amostradas nos estados do Cearà e Piauà sÃo indistinguÃveis em termos moleculares das abelhas do estado de GoiÃs, sugerindo tratar-se da mesma espÃcie, embora apresentando algum nÃvel de variabilidade entre as populaÃÃes; (ii) os resultados encontrados refletem a taxonomia por dados morfolÃgicos, para a espÃcie Melipona quinquefasciata; (iii) o distanciamento geogrÃfico sugeriu algum grau de alteraÃÃo no genoma das abelhas que nidificam nos trÃs estados estudados; (iv) a regiÃo ITS-1 parcial do DNA ribossÃmico nuclear, mesmo em pequenas amostragens de abelhas, pode ajudar a resolver dÃvidas taxonÃmicas ao nÃvel de subgÃneros, em Melipona / The research was carried out from January 2003 to March 2006, at the Department of Animal Science and Department of Biology in the Federal University of CearÃ, in Fortaleza, CearÃ. Bee samples were collected in the states of CearÃ, Piauà and GoiÃs, Brazil. The objective of this work was to study the genetic variability of populations of the stingless bee Melipona quinquefasciata, which occurs naturally in the plateau of Araripe (South of CearÃ), in the plateau of Ibiapaba (West of CearÃ), in Canto do BuritÃ, Piauà and LuziÃnia-GoiÃs (Center-Western, Brazil). Our aims were to contribute to the correct taxonomic classification of the Northeastern population and to give initial support to future work on the rational breeding of this species. Meliponiculture in rational hives for honey production will stimulate the change of the present predatory actions into a productive bee rearing activity which is ecologically sustainable. The regions of nuclear ribosomal DNA 18S and partial ITS-1 were extracted and sequenced and the following aspects were determined: nucleotid composition, matrixes of genetic distances, multiple alignments and cladograms. Results showed a high degree of similarity among the samples: 0,008 to region 18S, and 0,015 to partial ITS-1. The sequencesâ size found to region 18S varied: from 1823 to 1869, and to ITS-1 from 491 to 572. The cladogram made to 18S presented a single clade. However, when external samples (M. quadrifasciata, M. subnitida, M. scutellaris, M. mandaÃaia), were added to ITS-1, three groups were formed reflecting the described subgenus by the morphological taxonomy. Distance among the localities where samples were colleted was not significantly correlated to the dissimilarity of the bees to 17 18S. Nevertheless, there was a correlation with partial ITS-1, which contained the Piauà sample. Our conclusions are: (i) the bee samples from Cearà and Piauà cannot be distinguished, in molecular terms, from the bee samples of GoiÃs, suggesting they are the same species, although presenting some level of variability among the populations; (ii) the results reflect the taxonomy based in morphological aspects for Melipona quinquefasciata; (iii) the geographical distance suggested some level of alteration in the genoma of bees which inhabit in the
three studied regions; (iv) the region partial ITS-1 of the nuclear ribosomal DNA, even in small bee samples, can help to solve taxonomic doubts at the subgenus level, in Melipona
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