Orientador: Diogo Cavalcanti Cabral de Mello / Banca: Rita de Cássia de Moura / Banca: Patricia Pasquali Parise Maltempi / Banca: Ricardo Utsunomia / Banca: Maria Cristina de Almeida / Resumo: Os hemipteros da infraordem Cicadomorpha são representados por aproximadamente 30.000 espécies de insetos sugadores distribuídos mundialmente. Apesar de se destacarem por causarem muitos prejuízos na agricultura e pecuária pouco se sabe sobre a variabilidade genética e cromossômica desses animais que apresentam cromossomos holocentricos. Os DNAs repetitivos são uma ferramenta útil em estudos de diversificação cariotípica, organização e evolução dos genomas. Deste modo, este trabalho teve como objetivo contribuir com o conhecimento sobre a dinâmica dos cariótipos de representantes de Cicadomorpha e a organização de DNAs repetitivos, especificamente: I. analisar o cariótipo de espécies pertencentes a quatro famílias de Cicadomorpha, bem como caracterizar a heterocromatina constitutiva quanto a riqueza de pares de base; II. inferir a respeito da dinâmica evolutiva de famílias gênicas por meio do mapeamento cromossômico; III. analisar a organização cromossômica e testar a conservação interespecífica da sequência telomérica TTAGGn do pool de DNAs repetitivos obtidos (fração C0t) de espécies do gênero Mahanarva e das sequências teloméricas; IV. Analisar o satelitoma de Mahanarva quadripunctata e comparar os diferentes DNAs satélites de seu genoma com o de outras espécies do gênero visando entender a organização e evolução dos satDNAs neste grupo. Os dados obtidos revelam ampla variabilidade cromossômica entre as distintas famílias, causada principalmente por fusões cromossômicas, e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The hemipterans of the Cicadomorpha infraorder are represented by approximately 30.000 species of sucking insects distributed worldwide. Although they stand out by cause many damages in agriculture and livestock, they are poorly studied regarding the genetic and chromosomal variability of these animals that present holocentric chromosomes. Repetitive DNAs are a useful tools in studies of karyotypic diversification, organization and evolution of genomes. The aim of this work was to contribute with knowledge about the dynamics of the karyotypes of Cicadomorpha and the organization of repetitive DNAs, specifically: I. Analyze the karyotype of species belonging to four families of Cicadomorpha, as well as to characterize the constitutive heterochromatin regarding base pairs richess; II. Infer about the evolutionary dynamics of multigene families through the chromosomal mapping; III. Analyze the chromosomal organization and test the interspecific conservation of the telemetric repeat TTAGGn from the pool of repetitive DNA fraction (C0t fraction) of Mahanarva species and telomeric sequences; IV. Analyze the satellitome of Mahanarva quadripunctata and compare the different satellite DNAs of its genome with that from other species of the genus in order to understand the organization and evolution of satDNAs in this group. The data obtained reveal a wide chromosomal variability among the different families, caused mainly by chromosomal fusions, however within a same family the karyoty... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Marielle Cristina Schneider / Banca: Douglas de Araujo / Banca: Vanessa Bellini Bardella / Banca: Ana Paula de Moraes / Banca: Simone Lilian Gruber / Resumo: O subgênero Tityus (Archaeotityus) compreende escorpiões sedentários que vivem na serapilheira. Neste trabalho, seis espécies brasileiras de Archaeotityus (Tityus clathratus, Tityus maranhensis, Tityus mattogrossensis, Tityus paraguayensis, Tityus pusillus e Tityus silvestris) foram caracterizadas quanto ao número diploide e haploide, comportamento dos cromossomos durante a meiose, localização das regiões organizadoras nucleolares (NORs), sequências de DNA repetitivo, tais como de heterocromatina constitutiva, rDNA 28S e telomérica (TTAGG)n e marcadores epigenéticos (H3K9ac, H4K5ac, H3S10f, H3K4m2, H3K9m2, H3K9m3). Todas as espécies analisadas apresentaram cromossomos holocêntricos, meiose sináptica e aquiasmática e presença de cadeias cromossômicas na meiose I. Variação intraespecífica de número diploide e a presença de associações multivalentes formadas por um número variável de elementos foi visualizado dentro e entre as populações das cinco espécies. Metáfases espermatogoniais mostram: 2n=16, 2n=17 e 2n=18 em T. paraguayensis; 2n=16 e 2n=24 em T. silvestris; 2n=20 em T. maranhensis; 2n=19 e 2n=20 em T. clathratus, T. mattogrossensis e T. pusillus. Núcleos pós-paquitênicos revelaram uma alta variabilidade no número de bivalentes e/ou elementos envolvidos em associações multivalentes, dando destaque para T. clathratus, o qual mostrou 11 configurações meióticas distintas, e T. pusillus que exibiu células poliploides. Metáfases II indicaram que todos os cromossomos possuem disjunção regular e segregação balanceada. Metáfases mitóticas submetidas à impregnação por íon prata exibiram regiões organizadoras nucleolares localizadas na região terminal/subterminal de um par de cromossomos em todas as espécies. A heterocromatina constitutiva foi ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The subgenus Tityus (Archaeotityus) comprises sedentary scorpions that live in the upper layers of the leaf litter. In this work, six Brazilian Archaeotityus species (Tityus clathratus, Tityus maranhensis, Tityus mattogrossensis, Tityus paraguayensis, Tityus pusillus and Tityus silvestris) were examined regarding to the diploid/haploid number, chromosome behavior during meiosis, repetitive DNA sequences (constitutive heterochromatin, 28S rDNA and telomeric (TTAGG)n), and epigenetic marks (H3K9ac, H4K5ac, H3S10f, H3K4m2, H3K9m2, H3K9m3). All analyzed species showed holocentric chromosomes, synaptic and achiasmatic meiosis, and chromosome chains in meiosis I. Intraespecific variation of diploid number and the presence of multivalent associations formed by a variable number of elements were visualized within and among populations of five species. Spermatogonial metaphase cells exhibited: 2n=16, 2n=17 and 2n=18 in T. paraguayensis; 2n=16 and 2n=24 in T. silvestris; 2n=20 in T. maranhensis, 2n=19 and 2n=20 in T. clathratus, T. mattogrossensis and T. pusillus. In postpachytene nuclei, a high variability in the number of bivalents and/or chromosomes involved in multivalent associations was verified. The most extreme variability occurred in T. clathratus, which showed 11 distinct chromosome configurations in meiosis, and T. pusillus, which exhibited polyploid cells. Metaphase II cells indicated that all chromosomes possess regular disjunction and balanced segregation. In all species, mitotic metaphase cells submitted to silver impregnation revealed two nucleolar organizer regions localized on terminal/subterminal chromosome sites. The constitutive heterochromatin was localized in the terminal region of the one chromosome pair. Meiotic cells submitted to FISH with 28S rDNA probe showed ribosomal cistrons in the terminal region of one bivalent-like element ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

El Equid Herpesvirus tipo 1 (EHV-1) es un miembro del género Varicellovirus, el cual pertenece a la subfamilia Alphaherpesvirinae, familia Herpesviridae. Se encuentra distribuido en todo el mundo y las enfermedades causadas por este virus ocasionan importantes bajas en establecimientos de cría equina. La infección por EHV-1, genera signología respiratoria y nerviosa, abortos y síndrome neonatal caracterizado por la muerte del potrillo por lo general en las primeras 48 horas del nacimiento. Como todos los herpesvirus produce infecciones latentes. Desde los pulmones el virus se distribuye mediante una viremia asociada a células, llega así al útero donde provoca abortos o muerte perinatal, tanto en infecciones primarias como en reactivaciones debidas a inmunosupresión. Si bien el establecimiento de la viremia asociada a células es un factor necesario para que ocurra el aborto, también está relacionado a la dosis viral infectante y a la virulencia de la cepa y al sistema inmune del hospedador actuante. La asociación entre la viremia asociada a células y la diseminación del virus hasta el sitio de replicación secundaria (útero preñado, sistema nervioso central, etc) es crítica para comprender la patogénesis de la enfermedad. Este trabajo de tesis consta de dos partes fundamentales: la primera de ellas pretende relacionar la estructura genómica de las cepas de EHV-1 con variaciones en su virulencia, utilizando el modelo experimental BALB/C. La segunda parte está dirigida a establecer hipótesis sobre las relaciones filogenéticas que reflejen la evolución de cepas argentinas de EHV-1 basando el estudio en la constitución genómica de la IR.

El objetivo de la tesis es analizar el rol de la plasticidad fenotípica en la metamorfosis de las larvas de Rhinella arenarum en función de condiciones ambientales variables; estudiar y analizar la aplicabilidad de los modelos que explican actualmente la plasticidad fenotípica en larvas de anuros; observar la existencia o no de diferencias en dichos modelos entre las larvas que se desarrollan en ambientes inestables y en aquellas que lo hacen en ambientes más estables.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2013. / Submitted by Luiza Silva Almeida (luizaalmeida@bce.unb.br) on 2013-07-22T19:59:45Z No. of bitstreams: 1 2013_LilianTonelliManica.pdf: 2478591 bytes, checksum: bee00a99b4d0af23a7394562571cf0d1 (MD5) / Approved for entry into archive by Leandro Silva Borges(leandroborges@bce.unb.br) on 2013-07-23T19:08:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_LilianTonelliManica.pdf: 2478591 bytes, checksum: bee00a99b4d0af23a7394562571cf0d1 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-07-23T19:08:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_LilianTonelliManica.pdf: 2478591 bytes, checksum: bee00a99b4d0af23a7394562571cf0d1 (MD5) / A poliandria sexual em espécies socialmente monogâmicas é mais comum do que se pensava e fêmeas podem aumentar sua aptidão ao buscarem por múltiplos parceiros sexuais. Em aves, a expressão de sinais sexuais nos machos (e.g. plumagem colorida e canto) é a principal informação utilizada pelas fêmeas para avaliar a qualidade genética ou não-genética de potenciais parceiros. Esse estudo teve como foco o tiziu (Volatinia jacarina), uma espécie socialmente monogâmica e sexualmente poligâmica que forma agregações territoriais durante o período reprodutivo. Os machos desta espécie executam exibições multimodais: repetição de uma vocalização curta enquanto empoleirados (exibição incompleta), e vocalização sincronizada com voos verticais (“saltos”) e rotações do eixo corporal no ápice do salto (exibição completa). Nossos objetivos foram testar: 1) demandas conflitantes entre componentes das exibições que potencialmente indicam a qualidade individual; 2) benefícios diretos (recursos) e indiretos (bons genes e compatibilidade genética) da escolha das fêmeas por parceiros sociais e sexuais, e 3) a hipótese do “lek escondido” (modelos de preferência das fêmeas e machos atraentes "hotshot"), cuja principal predição é de que agregações ocorram para maximizar a oportunidade de cópulas extra par. Em três estações reprodutivas, observamos e gravamos vocalizações e saltos de machos em exibições. Monitoramos a atividade reprodutiva e utilizamos marcadores microssatélites para determinar a paternidade genética dos filhotes. A duração do salto reduziu com a rotação do corpo de machos que saltam mais baixo, e a altura do salto reduziu com as taxas de exibições completas de machos em condição corporal inferior, indicando demandas conflitantes. Os níveis de paternidade extra par variaram de 8% a 34% dos filhotes e de 11% a 47% das ninhadas analisadas. Encontramos fraca evidência de benefício direto pelo maior acesso a alimento, porém encontramos suporte para benefício indireto (bons genes) considerando que as fêmeas selecionaram machos sociais com saltos mais altos, favorecendo a qualidade genética da prole. Fêmeas preferiram machos com cantos mais curtos e, portanto, a duração do canto também deve ser um sinal indicativo de qualidade. No entanto, a dissimilaridade genética entre fêmeas e machos extra par não foi maior do que entre fêmeas e machos sociais, assim como filhotes extra e intra par não diferiram em diversidade alélica e condição corporal. Machos que estabelecem territórios em uma agregação mais cedo na estação reprodutiva saltaram mais alto e produziram canto mais longo, porém não houve relação entre essas características e sua posição espacial dentro da agregação. Machos adiantados também obtiveram mais fertilizações extra par, mas não houve evidência de aumento no sucesso em pareamento e de cópulas extra par em agregações maiores. Em conclusão, nosso estudo mostrou que a) as exibições são provavelmente custosas e a produção simultânea de múltiplos componentes pode ser limitada; b) a escolha das fêmeas por parceiros sociais e sexuais não foi aleatória, sendo que machos que exibiram melhores características sexuais tiveram maior sucesso em pareamento e fertilizações, e c) agregações podem formar-se por um processo hierárquico de estabelecimento dos territórios, iniciado por machos mais atraentes e seguido por machos em condições inferiores, provavelmente devido à preferência das fêmeas por atributos dos machos. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Sexual polyandry in socially monogamous species is more common than previously thought and females may increase their fitness by having multiple sexual partners. In birds, male expression of multimodal sexual signals (e.g. plumage coloration and song) is a cue females use to assess the genetic or non-genetic qualities of potential partners. We studied the blue- black grassquit (Volatinia jacarina), a socially monogamous and sexually polygamous species that forms territorial clusters during the breeding season. Males of this species execute multimodal displays, which comprise either only vocalizations (incomplete displays) or vocalization with a synchronized “leap” flight and body axis rotation at the peak of the flight (complete display). We tested for: 1) trade-offs in display components that could indicate individual quality; 2) direct (resources) and indirect (good genes or compatible genes) benefits to females from social and sexual mating choice, and 3) the “hidden-lek” hypothesis (female preference and “hotshot” models) for which the main expectation is that aggregations is related to increased opportunities for extrapair copulations. In three breeding seasons, we observed and audio/video recorded males in displays. We monitored breeding activities and used microsatellites markers to access genetic paternity of nestlings. Leap duration reduced with body axis rotation for males leaping lower, and leap height reduced with rates of complete displays for males with lower body condition, indicating trade-offs. Extrapair paternity levels ranged from 8% to 34% of all nestlings and 11% to 47% of broods analyzed. Direct benefits of female choice through increased access to resources were unlikely, but we found support for indirect benefits, as females preferred social males with higher leaps and should guarantee genetic benefits to the offspring. Females preferred males with shorter songs, suggesting that song length also indicates male quality. However, genetic dissimilarity between females and extrapair males is not greater than females and social males, nor did extrapair and within-pair young differ in quality. Males establishing territories in a cluster earlier in a breeding season had higher leaps and longer songs; however, there was no relationship between these traits and male spatial position within the cluster. Earlier males obtained more extrapair fertilizations, but we found no support for increased pairing success and increased chance for extrapair copulations in larger clusters. Overall, our study showed that a) displays are probably costly and the combination of multiple cues may be under trade- offs, b) female choice for social and sexual partners is non-random, with males bearing better sexual traits showing increased success in paring and fertilizations and c) clustering may develop through a hierarchical settlement process, initialized by more attractive males and followed by low quality males, probably because of female preference for male traits.

Made available in DSpace on 2015-07-16T02:04:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000472306-Texto+Completo-0.pdf: 801698 bytes, checksum: 626a3d4510251f50c8f5b4a071c6c979 (MD5) Previous issue date: 2015 / Insular populations have always been the subject of interest for ecological and genetic studies. The insular Cavia intermedia is one of the rarest mammals in the world, with an average census size of about 40 individuals, corroborated by an extremely low genetic diversity and effective population size (Ne). Here, we used restricted site-associated DNA sequencing (RAD-seq) to obtain genome wide sequence data of C. intermedia and its continental sister species, C. magna to study their molecular diversity and demographic history. We have generated approximately 10 millions of useable reads of 300 bp for 20 individuals each of both species. However, both using the Cavia porcellus draft genome as a reference or de novo approaches and applying stringent filters for quality and missing data, only about a hundred loci could be used. This final dataset generated widely different molecular diversity and divergence time values between methods of analyses, some compatible with the previous studies (e. g., Ne ~60 for C. intermedia) but some with significantly larger values. We suggest that to obtain a high quality and very informative dataset it would be necessary to significantly increase the sequence data as well as apply other assembly approaches. / Populações insulares sempre tem sido objeto de interesse para estudos genéticos e ecológicos. A espécie insular Cavia intermedia é um dos mamíferos mais raros no mundo, com um tamanho de censo populacional de aproximadamente 40 indivíduos, corroborado por uma diversidade genética e tamanho populacional efetivo (Ne) extremamente baixos. Aqui, nós usamos sequenciamento de DNA associado a sítios de restrição (no inglês, RAD-seq) para obter dados de sequencias ao longo do genoma de C. intermedia e sua espécie-irmã continental, C. magna, para estudar sua diversidade molecular e história demográfica. Nós geramos um total de 10 milhões de reads de 300 bp para 20 indivíduos de cada espécie. Entretanto, mesmo usando o genoma de Cavia porcellus como referência ou abordagem de novo e aplicando filtros rigoroso para qualidade e dados faltantes, apenas uma centena de loci puderam ser usados. Este conjunto final de dados gerou valores de diversidade molecular e tempo de divergência amplamente diferentes entre os métodos de análise, alguns compatíveis com estudos anteriores (e. g., Ne ~60 para C. intermedia) mas alguns com valores significativamente maiores. Nós sugerimos que para obter um conjunto de dados de alta qualidade e muito informativo seria necessário aumentar significativamente os dados de sequência bem como aplicar outras abordagens de montagem.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000440888-Texto+Completo-0.pdf: 1750102 bytes, checksum: 2d4b0ddd911b604f135c53931233d8f2 (MD5) Previous issue date: 2011 / The first chapter of this thesis is the first study about the olive ridley turtle’s (Lepidochelys olivacea) genetic diversity and population structure in Brazil. The olive ridley is the most abundant species of marine turtle and is listed as vulnerable by the IUCN. Olive ridleys had a strong history of harvest in the Atlantic Ocean, with some populations being severely depleted; in Brazil the egg exploitation was intense until before 1982. However, a single study with a very low sample size so far investigated the species´ mtDNA diversity in the region. Herein we characterize the genetic diversity and population structure of the olive ridley nesting populations in the Brazilian coast based on 92 samples sequenced for the mtDNA control region and 67 samples genotyped for fifteen microsatellite loci. Although three mtDNA haplotypes were found, two previously unknown but very rare, the Brazilian nesting population presented one of the lowest mtDNA diversity known for the species. Contrary, our newly described microsatellite data showed moderate to high genetic diversity for olive ridleys from Brazilian nesting sites, similar to the few other nesting populations studied so far, suggesting that the high level of egg harvest in Brazil did not result in a recent genetic bottleneck. mtDNA data indicated a population expansion following a population decline in the past while microsatellite data suggested a scenario of demographic stability, supporting the scenario of colonization of Atlantic Ocean via a founder effect. Since results from both markers present no evidence of significant genetic differences between the studied olive ridleys nesting areas in the Brazilian coast, conservation strategies should consider the Brazilian olive ridleys as a single interbreeding population. The second chapter is a global phylogeographic study of the olive ridley. It was proposed that the ridley turtles diverged after the closure of the Isthmus of Panama during the Pliocene, and then L. olivacea has spread from the Pacific Ocean into the Indo-Pacific, Indian and only recently to the Atlantic Ocean. Genetic analyses have been consistent with this scenario although some authors have proposed the Indo-Pacific region as the center of origin for the ridley turtles instead. To address this and other questions on the population structure patterns and demographic changes through time, we used mtDNA sequence and the STRs for 300 samples of ridley turtles across their range. The olive ridley nesting sites are well structured for the mtDNA, while for STRs the population divergences are lower for regional rookeries but highly significant among oceans, suggesting male-mediated gene flow within oceans. Beyond a kemp’s clade, we corroborated the existence of four geographic mtDNA clades for the olive ridleys: the K clade only found in Indian Ocean, and the East Pacific, Indo- Pacific and Atlantic clades. The K clade originated around 1. 6 Mya, the East Pacific clade about 0. 61 Mya, and the split between the Indo-Pacific and Atlantic lineages around 0. 36 Mya. These results are mostly consistent with the recent colonization of East Pacific and the Atlantic and suggest a model of recurrent extinction/colonization for most ridley nesting sites that may be explained by the climatic changes, especially during the Pleistocene. Diversification times within all five clades are very similar, ranging between 221 Kya and 342 Kya, suggesting the most recent demographic events for most oceanic regions may have been concurrent. Significant statistics for the STR data and similarly shaped star trees in each of the four major olive ridley clades suggested a population expansion, a scenario partially corroborated by the Bayesian Skyline Plot analysis which is indicating a population expansion for L. olivacea after the last glacial maximum. / O capítulo inicial desta tese é o primeiro estudo sobre a diversidade genética e estrutura populacional de Lepidochelys olivacea (tartaruga oliva) no Brasil. O litoral de Sergipe e do norte da Bahia correspondem as principais áreas de desova da tartaruga oliva no Brasil. Desde 1992, o número de desovas de tartaruga oliva vem crescendo nestas áreas, indicando um aumento populacional; porém, a espécie continua ameaçada, principalmente devido às atividades de pesca e ao desenvolvimento costeiro desordenado. Neste estudo foram utilizadas sequências do DNA mitocondrial (mtDNA), além de 15 loci de microssatélites (STRs) para avaliar a diversidade genética e a estrutura populacional da tartaruga oliva em sítios de desova no Brasil. Além disso, utilizaram-se sequências previamente publicadas do mtDNA do Suriname para comparações populacionais. Identificou-se baixa diversidade genética no mtDNA da tartaruga oliva, com registro de apenas três haplótipos (F, F1 e F2), sendo o mais comum deles (F) encontrado em quase 95% dos indivíduos amostrados. Por outro lado, os loci de STRs mostraram maior diversidade genética. Os resultados também evidenciaram a falta de diferenciação genética entre as praias de desova na costa do Brasil, tanto para o mtDNA quanto para os STRs, sugerindo assim, a existência de uma única população de desova da tartaruga oliva no Brasil. As análises de diferenciação populacional entre Brasil e Suriname indicaram baixa distinção genética entre estas duas áreas, porém características biológicas sugerem que as duas populações atualmente estejam isoladas.O segundo capítulo estuda a filogeografia global de L. olivacea, utilizando um segmento do mtDNA e 15 loci de STRs em 330 e 291 indivíduos amostrados, respectivamente. Foram encontradas quatro clados mitocondriais correspondentes aos oceanos Índico, Indo-Pacífico, Pacífico leste e Atlântico. As idades de separação foram 1,6, 0,6 e 0, 32 milhão de anos atrás para o clado exclusivo do oceano Índico, do Pacífico leste e do Indo-Pacífico e Atlântico, respectivamente, ou ainda, mais recente que isto. Nossos resultados corroboram um modelo de extinção/colonização recorrentes para a maioria dos sítios de desova da espécie. A estruturação genética entre os oceanos foi altamente significativa, bem como entre a maior parte dos diferentes sítios de desova intra-oceânicos. Da mesma forma, a análise dos STRs demonstrou que a diferenciação entre os oceanos é alta, no entanto, dentro dos oceanos esta diferenciação é consideravelmente menor e não significativa entre a maior parte das áreas de desova, indicando os machos como importantes veículos para o fluxo gênico. Nossos resultados indicam que as linhagens atuais se diversificaram há aproximadamente 200 mil anos atrás com uma expansão populacional para a espécie há aproximadamente 15 mil anos, sendo que, este cenário é parcialmente corroborado quando analisamos as linhagens separadamente. Os resultados com STRs indicaram crescimento populacional quando as análises foram realizadas agrupando as populações dentro dos oceanos. Os resultados obtidos neste estudo indicam que as populações de desova de L. olivacea dos oceanos Índico, Indo-Pacífico, Pacífico leste e Atlântico são distintas e devem ser manejadas separadamente.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000400369-Texto+Completo-0.pdf: 971329 bytes, checksum: 1483a37f92af0668689b279951d26ae3 (MD5) Previous issue date: 2008 / The main breeding ground of the humpback whales in the Southwestern Atlantic Ocean is the Abrolhos Bank, off the Brazilian coast. The genetic diversity and demographic history of the Brazilian humpback whale population, from two geographic locations (Abrolhos Bank, n = 235; Praia do forte, n = 39) was assayed with ten microsatellite loci. Microsatellites were also used to evaluate the existence of genetic differentiation between this population and two whales off South Georgia Islands. This population showed a high level of allelic diversity (A = 12. 1) and a high mean observed heterozygosity (HO = 0. 735), in agreement with other breeding areas studied in the Southern Hemisphere. Although the Brazilian population of humpback whales was reduced during the commercial whaling no genetic bottleneck was detected with the different procedures that we used. Our findings showed no evidence to the temporal differentiation along the years and no genetic differentiation was found between whales from the two geographic locations of the Brazilian breeding ground and between these humpback whales and those two from South Georgia Islands. In addition, a female sampled off South Georgia Islands showed a putative parent-offspring relationship with a female off Abrolhos Bank. These results support the hypothesis that South Georgia/ South Sandwich Islands area as the main feeding area for the Brazilian breeding stock and that it constitute a single population. The data obtained through this study provided no evidence of association within social groups based in kinship. / A principal área de reprodução das baleias jubarte no Oceano Atlântico Sul Ocidental está no Banco dos Abrolhos, na costa brasileira. A diversidade genética e a história demográfica da população de jubartes brasileiras de duas localidades geográficas (Banco dos Abrolhos, n = 235; Praia do forte, n = 39) foi investigada usando dez locos de microssatélites. Microssatélites foram também usados para avaliar a existência de diferenciação genética entre essa população e duas baleias da ilha Geórgia do Sul. A população brasileira apresentou um alto nível de diversidade alélica (A = 12. 1) e uma elevada heterozigosidade média observada (HO = 0. 735), de acordo com outras áreas de reprodução estudadas no Hemisfério Sul. Apesar da população brasileira de baleias jubarte ter sido reduzida durante a caça comercial bottleneck genético não foi detectado com os diferentes procedimentos usados. Nossos dados não evidenciaram uma diferenciação temporal ao longo dos anos e diferenciação genética entre as baleias das duas localidades da área de reprodução brasileira e entre essas jubartes e aquelas duas da ilha Geórgia do Sul não foi encontrada. Em adição, uma fêmea amostrada nas proximidades da ilha Geórgia do Sul apresentou uma possível relação mãe-filha com uma fêmea do banco dos Abrolhos. Os dados obtidos através desse estudo não forneceram evidência para associação baseada em parentesco dentro dos grupos sociais. Nossos resultados suportam a homogeneidade genética da população brasileira de baleias jubarte e corrobora os dados de DNA mitocondrial, que sugerem a região das ilhas Geórgia do Sul/Sanduíche do Sul como principal área de alimentação para essa população.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:11:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000438169-Texto+Completo-0.pdf: 1180129 bytes, checksum: c9e8b906135a8be6e942f0b79033b2bc (MD5) Previous issue date: 2012 / Even though the Neotropical region has a vast biodiversity, it is also one of the least studied regions in the world, and harbors many species that still remain poorly known. An example is the wild cat jaguarundi (Puma yagouaroundi), which is up to now one the least known Neotropical felids. Of the few studies including this species, most address ecological aspects, and therefore little is known regarding its genetic diversity, evolutionary history and population structure. We have investigated these evolutionary aspects and inferred phylogeographic patterns of the jaguarundi by analyzing 1191 bp of the mitochondrial DNA and eight microsatellite loci. The results from both markers supported the recognition of at least two major phylogeographic groups (Northern and Southern), which do not corroborate the eight subspecies classically recognized for the jaguarundi. Physical barriers such as the Amazon river appear to have influenced the genetic differentiation between these two groups by restricting the gene flow between these broad geographic areas, in a pattern reminiscent of that observed in other felids. The results presented here contribute to increase the knowledge about the evolutionary history of this felid, and may be useful in the development of management strategies fostering its conservation in the wild. / Apesar da alta biodiversidade existente na região Neotropical, esta é também uma das regiões menos estudadas no mundo e onde muitas espécies ainda continuam sendo pouco conhecidas. Um exemplo é o gato selvagem jaguarundi (Puma yagouaroundi), que é um dos felinos Neotropicais menos conhecidos. Dos poucos estudos realizados com esta espécie, a maioria aborda aspectos ecológicos e desse modo, pouco ou quase nada se conhece em termos de sua diversidade genética, história evolutiva e estrutura populacional. Nós investigamos estes aspectos evolutivos e inferimos padrões filogeográficos do jaguarundi através da análise de 1191 pb do DNA mitocondrial e oito locos de microssatélites. Os resultados de ambos os marcadores suportaram o reconhecimento de pelo menos dois grandes grupos filogeográficos (Norte e Sul), e não corroboraram a validade das oito subespécies classicamente reconhecidas. Barreiras físicas como o rio Amazonas parecem ter influenciado a diferenciação genética destes dois grandes grupos, restringindo o fluxo gênico histórico entre essas duas regiões geográficas, em um padrão semelhante ao observado em outras espécies de felinos. Os resultados apresentados aqui contribuem para aumentar o conhecimento da história desta espécie e podem ser úteis no desenvolvimento de propostas de manejo visando a sua conservação em longo prazo.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000431415-Texto+Completo-0.pdf: 691621 bytes, checksum: 3caf932319c0f5de98667c470961c43e (MD5) Previous issue date: 2011 / Here we examined the mitochondrial (control region and cytb gene) and microsatellites genetic diversity of the New World primate, endemic of Atlantic Forest, Alouatta guariba, in order to uncover its genetic structure and evolutionary history as well as it bearing on its taxonomic status. The mtDNA phylogeny shown a deep divergence between clade A (southern of the Santa Catarina state) and the northern part of the distribution, and the latter diverged in a more central clade B (Rio de Janeiro state) and a northernmost clade C (Espírito Santo state), although a population from São Paulo state present haplotypes from the three clades with 16 of 102 individuals in the clade A, 11 of 16 in the clade B and 14 of 32 in the clade C. The divergence time estimated between A and B/C clades was approximately 750 thousand years ago (kya) and between B and C clades was ~600 kya. Microsatellite data showed a clear isolation between the southern and the central+northern areas, in agreement with the mtDNA results. Therefore, our data consistently refute the hypothesis of a northern subspecies or species separated from a largely distributed central+southern one (A. g. clamitans). However, although the two isolated groups identified here certainly deserve appropriate conservation strategies, the absence of: complete concordance between the mtDNA and microsatellite data, reciprocal monophyly in the mtDNA, and clear cut non-genetic diagnostic characters advice against presently erecting then at subspecies or species status. The Bayesian Skyride plot showed that A. guariba underwent a sudden population expansion started ~50 kya followed by a recent reduction ~7 kya. This expansion was only observed in clade A. This fluctuation in population size may have occurred due to climate changes or to competition with A. caraya due to the high niche overlap of these species. / Nós examinamos a diversidade genética do DNA mitocondrial (região controle e gene citocromo b) e locos de microssatélites do primata do Novo Mundo, endêmico da Mata Atlântica, Alouatta guariba, para descobrir a sua estruturação genética e história evolutiva bem como seu status taxonômico. A filogenia mitocondrial mostra uma profunda divergência entre o clado A (sul de Santa Catarina) e a parte norte da distribuição e um segundo grupo divergente entre o clado B (Rio de Janeiro), mais central, e o clado C(Espírito Santo) mais ao norte, embora a população de São Paulo apresente haplótipos nos três clados com 16 de 102 indivíduos presentes no clado A, 11 de 16 no clado B e 14 de 32 no clado C. O tempo de divergência estimado entre os clados A e B/C foi de aproximadamente 750 mil anos atrás e entre os clados B e C foi de aproximadamente 600 mil anos atrás. Em concordância com os resultados do DNA mitocondrial, os dados de microssatélites mostram um claro isolamento das áreas sul e central+norte. Portanto, nossos dados consistentemente refutam a hipótese de uma subespécie ou espécie ao norte separada da central+sul (A. g. clamitans). Entretanto embora os dois grupos isolados identificados aqui certamente mereçam apropriadas estratégias de conservação, a ausência de: completa concordância entre dos dados de DNA mitocondrial e microssatélites, recíproca monofilia no DNA mitocondrial e claro caracteres não genéticos aconselham contra elevar ao status de espécie ou subespécie. A análise de "Bayesian Skyride plot" mostrou que A. guariba sofreu uma expansão populacional há aproximadamente 50. 000 anos atrás seguida por uma recente redução do tamanho populacional a 7. 500 anos. Esta expansão foi somente observada no clado A. Esta flutuação no tamanho populacional pode ter ocorrido devido a mudanças climáticas ou competição com A. caraya devido a alta sobreposição de nicho destas espécies.