Made available in DSpace on 2014-06-12T18:06:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6320_1.pdf: 1509096 bytes, checksum: 5f37170239e23d0d461ff228297a8990 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / O bioetanol é hoje a principal fonte de energia renovável e não poluente, tendo sua produção recebido grande incentivo nos últimos anos. O Brasil é atualmente o maior produtor de álcool mundial, sendo responsável por uma produção anual de aproximadamente 10,4 bilhões de litros. A produção de álcool no Brasil ocorre através da fermentação do caldo de cana-de-açúcar e/ou melaço por células de levedura da espécie Saccharomyces cerevisiae. Estudos de caracterização da dinâmica populacional do processo fermentativo têm sido feitos com o objetivo de se identificar linhagens mais adaptadas aos diferentes processos industriais para servirem de inóculo inicial na safra. O objetivo deste trabalho é investigar os rearranjos cromossômicos de isolados industriais de Saccharomyces cerevisiae através do monitoramento em laboratório da estabilidade cromossômica. O polimorfismo cromossômico foi evidenciado tanto em aerobiose quanto em anaerobiose. Os isolados MF1(1) e IA1238 apresentaram rearranjantes capazes de substituir o parental ao longo do processo. O isolado JP1, apesar de apresentar o maior polimorfismo, manteve o perfil parental ao longo do processo com freqüências entre 25% e 30%. Portanto, a cariotipagem molecular pode ter sua aplicabilidade prejudicada em estudo de dinâmica populacional de processos industriais de fermentação alcoólica, pois a ocorrência de rearranjos cromossômicos poderia levar à imprecisão nos resultados e análise dos dados

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:07:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6414_1.pdf: 648485 bytes, checksum: 3b94a88f4096c6d3dc5022f4fbbf9ae2 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / O presente estudo descreve os resultados obtidos a partir da aplicação da metodologia de DAF (DNA Amplification Fingerprinting; Impressão Digital da Amplificação do DNA) na discriminação de alguns acessos de feijão macassar (Vigna unguiculata (L.) Walp.) depositados em bancos de germoplasma. O estudo avaliou um total de 30 genótipos, incluindo 28 acessos de feijão macassar, um acesso de V. angularis (Willd.) Ohwi et Ohashi e um acesso de V. umbellata (Thumb.) Ohwi et Ohashi. Nove primers aleatórios (todos decâmeros) foram usados na análise, gerando em média 7,8 bandas e 5,2 bandas polimorficas por primer. A matriz de dados resultante incluiu 69 bandas analisadas com um total de 1342 caracteres. O dendrograma gerado pela análise UPGMA agrupou os acessos de caupi e das duas espécies restantes, revelando também alguns grupamentos a nível intraespecífico. As implicações da presente análise e as futuras perspectivas para o melhoramento do caupi no Brasil são discutidas no presente estudo.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:07:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6431_1.pdf: 2698215 bytes, checksum: a981aeedf0d1c3872e4acc49f107e686 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / Paecilomyces variotii Bainier é um fungo sapróbio, isolado do solo de diversos substratos das regiões áridas e quentes, sendo um dos primeiros organismos a colonizar o solo e sua participação é observada em processos de compostagem. Atua na deterioração de vários substratos, na produção de ácidos e antibióticos, além de proteínas úteis na alimentação. Capaz de produzir doenças por ser oportunista, P. variotii vêm preocupando devido aos problemas que causa aos imunodeprimidos, apresentando resistência para alguns antibióticos. Pouco se conhece sobre a genética deste fungo. O emprego de marcadores moleculares constitui uma importante ferramenta no estudo da variabilidade genética de um fungo anamorfo, pois auxilia na caracterização e seleção de linhagens, permitindo a inclusão dessas em processos de melhoramento genético de espécies fúngicas. O objetivo deste trabalho foi submeter dez linhagens de P. variotii de regiões, décadas de preservação e substratos diferentes à técnica RAPD para análise de sua variabilidade genética

Orientador: Joyce M. Anicchino-Bizzacchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-07-25T03:17:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Arnaldi_LilianeAparecidaTeixeira_M.pdf: 5794645 bytes, checksum: a1f2493e233b55b2a7602d9ada2f53c9 (MD5) Previous issue date: 1999 / Resumo: A At é o mais importante inibidor da trombina, além de inativar todos os outros fatores ativos da coagulação, com uma menor atividade sobre o fator VII ativado. O grau de inibição da trombina, do fator X ativado e do fator IX ativado é muito lenta. Esta inibição é dramaticamente aumentada na presença de heparina, tornando-se virtualmente instantânea, tanto in vivo quanto in vitro. A deficiência de AT está associada a fenômenos tromboembólicos em humanos. De fato, a deficiência de A T foi a primeira causa descrita de trombofilia hereditária. A importância da manutenção de níveis normais de A T na circulação pode ser avaliada pelo fato de que, indivíduos heterozigotos para deficiência de A T podem apresentar quadro de tromboembolismo de repetição. A freqüência de deficiência congênita de A T não é incomum, estando por volta de 1/5000 e 1/2000 na população geral. Contudo, dependendo do tipo de deficiência, esta freqüência pode ser de 1/500. A incidência de deficiência de AT em pacientes com trombofilia é de aproximadamente 3%. O modo de herança é autossômico dominante, e os heterozigotos apresentam concentração plasmática de A T ao redor de 40 - 70% do normal. A deficiência de A T foi classificada em 2 tipos: Til?o 1 é caracterizada pela redução da atividade e dos níveis de antígeno; Tipo II é caracterizada pela alteração da atividade associada a níveis normais de antígeno. O tipo II se subdivide em 3: Subtipo RS - anormalidade do sítio ativo, Subtipo HBS - anormalidade do sítio de ligação com a heparina, Subtipo PE anormalidade do sítio ativo e do sítio de ligação com a heparina. O gene da ATestá localizado no cromossomo 1, na região 1q23~1q25 e inclui 7 exons, numa extensão de 13.480 pb. De acordo com o "database" de mutações no gene da AT, publicado em 1997 por LANE et aI., foram descritas 127 mutações, sendo que 60 das substituições nucleotídicas encontradas nos propósitos eram mutações "missense", 8 eram mutações" nonsense" , e 7 eram mutações em sítio de clivagem. Dentre estas mutações 16 ocorreram em dinucleotídeos CpG. Foram descritas 12 inserções e 40 deleções. Também foram descritos um total de 13 polimorfismos. Neste trabalho foram estudados cinco pacientes com deficiência de A T que apresentaram trombose espontânea (3 pacientes) ou associada ao uso de anticoncepcional oral (2 pacientes). O estudo familiar também foi realizado, contribuindo para uma melhor identificação da deficiência hereditária de A T. O rastreamento de alterações moleculares foi realizado pelo SSCP e CSGE, que se mostraram complementares. Com o uso do método de SSCP detectou 4 padrões anormais: um padrão anormal referente a dois polimorfismos no exon 4 (7596G~A e 7626G~A) em 2 pacientes; outro padrão referente à mutação +1 IVS5 G~A em 1 paciente; outro referente à mutação 13328 G~A no exon 6, com a troca do aminoácido alanina por treonina na posição 404, em um paciente, e outro no exon 3A, provavelmente decorrente da inserção ou deleção na posição 5379. O CSGE revelou 4 padrões anormais: um padrão referente a um polimorfismo no IVS5 - 9893 G~C , em 2 pacientes; outro padrão correspondente à mesma mutação também determinada pelo SSCP, +1 IVS5 G~A em 1 paciente; outro padrão referente à mutação +5 IVS1 G~A em 1 paciente, e outro padrão anormal, também rastreado pelo SSCP, localizado no exon 3A, provavelmente decorrente da inserção ou deleção na posição 5379. Todos os polimorfismos identificados já foram descritos anteriormente, e não parecem ter relação com a deficiência de antitrombina. A mutação 13328 G~A no exon 6 já havia sido descrita em 3 outras famUias com deficiência de antitrombina, e parece interferir com o sítio de ligação com a heparina e com o sítio reativo. Em nosso paciente esta foi uma mutação de novo, confirmada por estudo de paternidade. As outras 2 mutações ainda não foram descritas e ocorreram em sítios de clivagem do RNA, com troca de um G por um A nas posições +1 e +5, nos introns 5 e 1, respectivamente. Estas regiões são altamente conservadas no gene, conhecidas com regiões consenso. Mutações que ocorrem nesse região, em outros genes são responsáveis por outras doenças, como a hemofilia A, hemofilia B, deficiência de proteína C e S, e ~-talassemia. Além disso, o estudo familiar mostrou que houve segregação da mutação com a deficiência. Apesar" da deficiência de antitrombina em heterozigose apresentar um risco relativo de trombose de 5 vezes, este estudo mostrou que muitos familiares são portadores assintomáticos, o que favorece a hipótese de que outros fatores ainda não identificados devem contribuir para a clínica de trombose. Outros fatores de risco para trombofilia como deficiência de proteína C, proteína S, e mutações no gene da protrombina, não estavam presentes em nenhum dos pacientes. As mutações no gene do fator V (fator V Leiden) e da MTHFR estavam presentes apenas no paciente com a mutação de novo / Abstract: AT is the most important thrombin inhibitor, also inactivate all the other coagulation active factors, witha little activity on activated factor VII. The inhibition is dramatically increased in the presence of heparin, becoming virtually instantaneous, even in vivo as in vitro. AT deficiency is associated to thromboembolic phenomenons in humans. In fact, A T deficiency was the first described cause of hereditary thrombophilia. The importance of maintenance of normal At levels in the circulation can be evaluated by the fact that, heterozygous A T deficient individuais can present recurrent thromboembolism. The frequency of congenital AT deficiency is not uncommon, being about 1/2000 to 1/5000 in the general population. H oweve r, depending on the deficiency type, this frequency can be of 1/500. The incidence of AT deficiency in patients with thrombophilia is approximately 3%. The inheritance way is autosomic dominant, and the plasmatic A T concentration in heterozygous is about 40 to 70% of the normal. A T deficiency was classified in 2 types: Type 1 is characterized by the reduction of the activity and of the levels of antigen; Type li is characterized by the alteration of the activity associated to normal levels of antigen. The type 11 is subdivided in 3: Subtype RS - abnormality of the active site, Subtype HBS abnormality of the heparin binding site, Subtype PE - abnormality of the active sits,and of the heparin binding site. A T gene is located on chromosome 1, in 1 q23~ 1 q25 and includes 7 exons, in an extension of 13.480 pb. In agreement with the database of mutations in the A T gene, published in 1997 by LANE et aI., 127 mutations were described, and 60 of the nucleotides substitutions were missense mutations, 8 were nonsense mutations, and 7 were splice site mutations. Sixteen mutations occured at dinucleotides CpG. Twelve insertions and 40 deletions were also described. A total of 13 polymorphisms were identified. We studied five patients with A T deficiency who presented spontaneous thrombosis (3 patients) or thrombosis associated to oral contraceptive use (2 patients). The family study was also accomplished, contributing to a better identification of the hereditary A T deficiency. The molecular alterations were initially identified by SSCP and CSGE, and the results showed that they were complementary methods. Using SSCP method, it was possible to detect 4 abnormal patterns: anabnormal pattern regarding two polymorphisms in the exon 4 (7596G-?>A and 7626G-+A) in 2 patients; another related to the mutation +1 IVS5 G-?>A in 1 patient; and another regarding mutation 13328 G-?>A in the exon 6, with the change of the amino acid alanine for threonine in the position 404, in one patient. The last abnormal pattern is located in the exon 3A, and probably is related to a insertion or deletion in position 5379. The CSGE revealed 4 abnormal patterns: a pattern regarding a polymorphism in the IVS5 - 9893 G-?>C, in 2 patients; another corresponding to the same mutation also determined by SSCP, +1 IVS5 G-?>A in 1 patient; and another pattern regarding the mutation +5 IVS1 G-?>A in 1 patient. The last one, also identified by SSCP, located in the exon 3A, and probably is related to a insertion or deletion in position 5379. Ali the identified polymorphism was already described previously, and no relationship was found with AT deficiency. The mutation 13328 G-?>A in the exon 6 had already been described in 3 other families with antithrombin deficiency, and it seems to interfere with the heparin binding site and the reactive site. In our patient it was a de novo mutation confirmed by paternity study. The other two mutations were not described yet, and were located at splice ~rtes, with the change of a G to A, in the +1 and +5 positions, in the introns 5 and 1, respectively. These consensus areas are highly conserved in the gene. Mutations localized in other genes at the same areas are responsible for other diseases, like hemophilia A, hemophilia B, protein C or protein S deficiency and ~-talassemia. Besides, the family study showed that there was segregation of the mutation with the deficiency. Heterozygous AT deficiency have a five-fold increased risk for venous thrombosis. In this study a number of relatives are asymptomatic carriers, that favors the hypothesis that thrombosis is a multifactorial disease. The other alterations associated with a risk for thrombosis, like protein C and protein S deficiency, and prothrombin (20210 G-?>A) gene mutation werê not present in any patient. Mutation in the gene of factor V (factor V Leiden) and MTHFR were present only in the patient with AT de novo mutation / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Orientador: Christine Hackel / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-25T03:14:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ferraz_LucioFabioCaldas_M.pdf: 8458264 bytes, checksum: 1216d86d4eeffa6fa581b32e0511d502 (MD5) Previous issue date: 1999 / Mestrado

Orientador :Crodowaldo Pavan / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-13T22:48:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_IaraFino_M.pdf: 3242615 bytes, checksum: 07306ddb2fe21fcba28dc7f4ba9d3219 (MD5) Previous issue date: 1991 / Mestrado / Genetica / Mestre em Ciências Biológicas

Los Thraustochytriales o mejor conocidos como thraustochitridos son protistas pertenecientes al Grupo Chromista según los análisis del gen 18S rRNA. Considerados como una potencial fuente alternativa al aceite de pescado, estos microorganismos oleaginosos han sido aislados de diversos ambientes a nivel mundial encontrándose principalmente asociados a material vegetal en descomposición. Así, en este estudio se logró aislar cepas de thraustochitridos provenientes de todos los puntos muestreados en los manglares de Tumbes donde la caracterización bioquímica con acriflavina y rojo de nilo confirmaron su ocurrencia y los resultados de caracterización molecular permitieron determinar aislados pertenecientes a los géneros Aurantiochytrium (basónimo: Shizochytrium), Parietichytrium, Botryochytrium e Ulkenia sensu stricto. Asimismo se propone el posible descubrimiento de dos nuevas especies con potenciales biotecnológicos en base a información proporcionada de las características observadas en cultivo, de los análisis filogenéticos y de trabajos previos relacionadas a las cepas Aurantiochytrium sp. 15A-14a (Genbank Accesion N° AB811008) y Schizochytrium sp. S8 (Genbank Accesion N° DQ836630), los cuales dieron el mayor hit con los aislados 75, 507, 510, 512, 523, 526, 527 y C1, respectivamente. Finalmente, el presente estudio brindó los primeros reportes de la presencia de estos thraustochitridos en nuestro país. / The Thraustochytriales or commonly known as traustochytrids are protists belonging to the Chromista group determined by the 18S rRNA gene analysis. Considered a potential alternative source of fish oil, these oleaginous microorganisms are widely distributed in various environments around the world. Mainly, they are associated with decaying plant material. Thus, strains of thraustochytrids were isolated in this study. These strains were taken from all sampled points in the mangroves of Tumbes where biochemical characterization acriflavine and red nile confirmed their occurrence and the results of molecular characterization allowed determining isolates belonging to the genera Aurantiochytrium (basionym: Shizochytrium) Parietichytrium, Botryochytrium and Ulkenia sensu stricto. It is also proposed the possible discovery of two new species with potential biotechnological based on information provided by the characteristics observed in culture, phylogenetic analyzes and previous work related to strains Aurantiochytrium sp. 15A-14a (Genbank Accesion N° AB811008) y Schizochytrium sp. S8 (Genbank Accesion N° DQ836630), which showed the best hit along with the isolates 75, 507, 510, 512, 523, 526, 527 y C1, respectively. Finally, this study provided the first reports of the presence of these thraustochitridos in our country. Key words: Thraustochitrids, Tumbes’s mangroves, senescent leaves and baiting method, 18S rRNA gene, molecular phylogeny, polyunsaturated fatty acids (PUFAs). / Tesis

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-16T10:48:22Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1156090 bytes, checksum: 53b8d4147afade4207b5e35ad921e94f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-16T10:48:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1156090 bytes, checksum: 53b8d4147afade4207b5e35ad921e94f (MD5) Previous issue date: 2016-02-24 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O gene SbMATE, que confere tolerância a alumínio em sorgo, é altamente expresso no ápice da radícula e codifica um transportador de membrana pertencente à família MATE (multi drug and toxic compound extrusion family) que é responsável pelo efluxo de citrato ativado por alumínio. A identificação de elementos cis-regulatórios no promotor do gene SbMATE que confere tolerância ao alumínio e de fatores transcricionais que controlam a expressão do referido gene constituem etapas fundamentais para o entendimento do mecanismo de resistência a Al mediado por SbMATE. O objetivo do presente trabalho foi a identificação e caracterização de fatores transcricionais que interagem de uma maneira específica com o promotor para controlar a expressão do gene SbMATE. Entre 22 possíveis fatores transcricionais mapeados em um eQTL que influencia a expressão de SbMATE, quatro deles, NF-YB-Like (Sorbic.009g166200), WRKY-like (Sorbic.009g174300), ZincFinger-like (Sorbic.009g151400) e SORBIDRAFT_09g022540, foram selecionados para análise de atividade de regulação de transcrição específica de promotores. Ensaios de mono-híbrido em leveduras demonstraram que a proteína WRKY41-like, mas não NFY-like, interage com o promotor SbMATE isolado tanto de linhagens tolerantes quanto de susceptíveis. A interação ocorre na região proximal (posição -2102 ao ATG) comum a todos os promotores SbMATE testados. Estes resultados foram confirmados em ensaios de transativação de promotores fusionados a GUS em protoplastos de Arabidopsis. Para isso, Arabidopis thaliana ecotipo Col-0 foi inicialmente transformada com construções de DNA, contendo a região proximal ou de fragmentos truncados do promotor SbMATE fusionados à GUS. As folhas das linhagens transgênicas foram utilizadas para o preparo de protoplastos para expressão transiente dos quatro transfatores selecionados. Tanto WRKY-like quanto ZincFinger-like transativaram especificamente o promotor de SbMATE, enquanto que NF-YB-like e SORBIDRAFT_09g022540 não foram capazes de ativar a expressão do gene repórter. Por meio de ensaios de deleção do promotor, os sítios de interação de WRKY-like e ZincFinger- like foram mapeados em um domínio cis-regulatório de 127 pb, delimitado pelas posições -2102 a -1975 no promotor SbMATE. Coletivamente, estes resultados indicam que os transfatores WRKY-like e ZincFinger-like estão envolvidos no controle da expressão do gene SbMATE. / The SbMATE gene, which confers tolerance aluminum in sorghum, is highly expressed at radicle apex and encodes a membrane transporter belonging to the family MATE (multi drug and toxic compound extrusion family) that is responsible for the efflux of citrate activated by aluminum. The identification of cis-regulatory elements in SbMATE gene promoter that confer tolerance to aluminum and transcription factors that control the expression of such gene are key steps for understanding the SbMATE- mediated resistance mechanism.. The objective of this study was the identification and characterization of transcription factors that interact specifically with the promoter to control the expression of the gene SbMATE. Among 22 transcriptional factors mapped in a eQTL that influences the expression of SbMATE, four of them, NF-YB-Like (Sorbic.009g166200), WRKY-like (Sorbic.009g174300), ZincFinger-like (Sorbic.009g151400) and SORBIDRAFT_09g022540 were selected for analysis of transcriptional regularion activity of specific promoters. Mono-hybrid assays in yeast demonstrated that the WRKY41-like protein, but not NFY-like, interacts with the promoter SbMATE isolated from both tolerant and susceptible varieties. The interaction occured in the proximal region (position -2102 to the ATG) common to all SbMATE promoters tested. These results were confirmed in transactivation assays of GUS-fused promoters in Arabidopsis protoplasts. For this, Arabidopsis thaliana ecotype Col-0 was initially transformed with DNA constructs, containing the proximal region or truncated fragments of the SbMATE promoter fused to GUS. The leaves of transgenic lines were used for the preparation of protoplasts for transient expression of the four selected transfactors. Both WRKY-like and ZincFinger-like transactivated specifically the SbMATE promoter, while NF-YB-like and SORBIDRAFT_09g022540 were unable to activate the expression of the reporter gene. Through promoter deletion assays, WRKY-like interaction and ZincFinger-like sites were mapped in a cis-regulatory domain of 127 bp, delimited by positions -2102 to -1975 in the SbMATE promoter. Collectively, these results indicate that the WRKY-like and ZincFinger- like transfactors are involved in the control of the SbMATE gene expresssion.

El objetivo de este trabajo ha sido caracterizar, bioquímica y funcionalmente, una GTPasa bacteriana, la proteína MnmE de E. coli, implicada en la modificación postranscricional de algunos tRNAs.MnmE es una proteína multidominio de 50 kDa que consta de un dominio N-terminal de ~220 residuos, un dominio medio de unión a GTP (dominio G) de ~160 residuos y un dominio C-terminal de ~75 aminoácidos que contiene la única cisteína presente en la molécula. MnmE es una GTPasa cuyas propiedades bioquímicas difieren ampliamente de las mostradas por las GTPasas reguladoras pertenecientes a la familia de las pequeñas GTPasas, típicamente representadas por Ras. MnmE tiene muy baja afinidad por nucleótido y una actividad GTPasa intrínseca alta; además, es capaz de multimerizar. El ciclo GTPasa funciona in vitro sin necesidad de factores adicionales tipo GAPs o GEFs. El dominio G de MnmE aislado conserva una afinidad similar por nucleótidos y la misma capacidad de hidrólisis del GTP que la proteína entera y, sin embargo, no presenta ningún subdominio activador GAP insertado, demostrando que MnmE es un nuevo ejemplo de proteína GTPasa que presenta un mecanismo de activación diferente al dedo de arginina.En este trabajo se ha demostrado que la hidrólisis del GTP realizada por la proteína MnmE es esencial para la función modificadora de los tRNAs. En nuestro modelo proponemos que la hidrólisis del GTP provoca los reordenamientos estructurales en la molécula que le permiten ejecutar su función modificadora. Si es así, MnmE sería el primer ejemplo de una enzima modificadora de tRNAs con actividad GTPasa.Además, en este trabajo hemos establecido la relación entre la presencia de la modificación introducida por MnmE en los tRNAs y la viabilidad celular, demostrando la importancia de la modificación química post-transcripcional para el proceso de descodificación celular, pues este proceso se ve gravemente perjudicado cuando mutaciones que inactivan funcionalmente MnmE se combinan con mutaciones en otros genes implicados en este proceso y que por sí solas no producen fenotipo aparente. / The Escherichia coli MnmE protein is a high evolutionarily conserved protein with GTPase activity. MnmE has a molecular mass of 50 kDa and is organized as a multidomain protein consisting of an ~220 amino acid N-terminal domain, a middle GTPase domain of about 160 residues, and a ~75 amino acid C-terminal domain, wich contains the only cysteine residue present in the protein. MnmE exhibits a very high intrinsic GTPase activity rate and low affinity for GTP and GDP and it can form self-assemblies, these unusual biochemical properties differs extensively MnmE from regulatory GTPase proteins such Ras.In vitro, the GTPase cycle works without any additional factor such GAPs or GEFs. The isolated GTPase domain roughly conserves the guanine binding and GTPase activities of intact MnmE molecule and strinkingly doesn't present any inserted activation subdomain. MnmE is a new example of a GTPase protein that follows an alternative activation mechanism without an arginine finger.MnmE is involved in the modification of the uridine at the wobble position of certain tRNAs. In this work we examine the biochemical and functional consequences of altering amino acid residues within the GTPase and C-terminal domain of MnmE. Our results indicate that the MnmE tRNA modifying function requieres effective hydrolysis of GTP and not only GTP binding as in most of the GTPases. We propose that MnmE uses the conformational change associated with GTP hydrolysis to promote the tRNAs modification reaction, in witch the C-terminal Cys may function as a catalytic residue. We also demonstrate thet point mutations abolishing the tRNA modifying function of MnmE confer synthetic lethality wich stresses the importance of the tRNA modification function in the mRNA decoding process.

Orientador: Fausto Foresti / Banca: Paulino Martinez Portella / Banca: Roberto Ferreira Artoni / Banca: Luciana Bolsoni Lourenço / Banca: Lígia Souza Lima Silveira da Mota / Resumo: Uma grande fração do genoma dos eucariotos é constituída de sequências repetitivas, que estão divididas em duas classes. Na primeira classe estão as sequências repetidas em cadeia, (satélites, minissatélites e microssatélites) e na segunda estão as sequências repetidas dispersas, que podem ser divididas em transposons e retrotransposons. Poucos estudos têm sido realizados acerca dessas sequências para elucidar sua função no genoma, que até pouco tempo eram conhecidas como DNA egoísta ou lixo. Porém, estudos recentes tem revelado que essas sequências estão envolvidas na diferenciação cromossômicas sexuais e na organização funcional e estrutural do genoma, além dessas sequências repetitivas constituírem bons marcadores cromossômicos. A subfamília Hypoptopomatina é caracterizada citogeneticamente por apresentar-se conservada quando ao número diplóide, que é de 2n=54 cromossomos para a maioria das espécies analisadas e uma distribuição da hetecocromatina bastante heterogênea, o que torna as espécies dessa subfamília bastante interessantes para os estudos das sequências repetidas, uma vez que essas sequências se localizam preferencialmente em regiões heterocromáticas. No presente trabalho foi estudada a localização de sequências repetidas dispersas Rex1, Rex3 via PCR em quatorze espécies da subfamília Hypoptopomatinae e do elemento disperso HLBa isolado do genoma de Hisonotus leucofrenatus por digestão enzimática. Os elementos Rex1 e Rex3 apresentaram-se conservados no genoma da subfamília Hypoptopomatinae, bem como em espécies distantes filogeneticamente. Tanto Rex1 e Rex3 quanto HLBam se encontram dispersos no genoma, porém este forma blocos em regiões heterocromáticas. Além disso, foi isolado o satélite PTHind do genoma de Pseudotocinclus tientensis, que encontra-se exclusivamente no genoma da espécie isolada, constituindo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: A great fraction of eukaryotic genomic is based on repeated sequences, which are divided in two classes. The first are in tandem (satellites , minisatellites and micro satellites and in the second class are diverse repeated sequences, that can be divided in transposons and retrotransposons. Only few studies had been conducted with these sequences to bring into the light its genomic function, known by the moment as "selfish DNA" or "junk DNA". However, the few researches conducted may indicate that these sequences are related to sexual chromosome deferential and functional and structural genomic organization. In addition, repeated sequences can be used as effective chromosome markers. The subfamily Hypoptopomatinae's cytogenetic characteristics are the conservation of diploid number, which are 2n=54 chromosomes and heterogenic heterochromatic distribution. Based on that, the species of this subfamily became very interesting for analyze and study repeated sequences and also by the fact of these sequences are mostly located in heterochromatic regions. In the present study, Rex1 and Rex3 dispersed repeated sequences were isolated by PCR in fourteen species of Hypoptomatinae subfamily and the dispersed HLBam element was isolated in Hisonotus leucofrenatus genomic by enzymatic digestion. The Rex1 and Rex3 elements are conserved in Hypoptopomatinae subfamily genomic, likewise in phylogenetic distant species. Either Rex1, Rex3 or HLBam are dispersed in genomic, however, in block form inside heterochromatic regions. Moreover, the PTHind satellite was isolated from Pseudotocinclus tientensis genomic, which is exclusively encountered in the genomic of this isolate specie and may be a good marker for the specie. Additionally, sex-specific sequences were isolated by the AFLP technique from the genomic of Hisonotus leucofrenatus females. In Hypoptopomatinae subfamily the major part of current... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor