Orientador: Wanderley Dias da Silveira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-26T05:52:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_MariaSileudaMoreirade_M.pdf: 4472014 bytes, checksum: c608f97693c57bd85f52a46bfd836a3d (MD5) Previous issue date: 1999 / Mestrado / Microbiologia / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Sandra de Negraes Brisolla / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Geociencias / Made available in DSpace on 2018-07-27T01:20:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DalPoz_MariaEsterSoares_M.pdf: 7066563 bytes, checksum: 4fa2ae0545f461de380685f038969a48 (MD5) Previous issue date: 2000 / Resumo: Esta dissertação apresenta um estudo do caso do Projeto Genoma Xylella (pGX), uma investida pública na área de política C&T da área de genética molecular. Em 1996, a Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo percebe a lacuna que existia na área de genômica na base paulista de pesquisas. Era urgente que fosse instalado um programa de capacitação de pesquisadores, e, para tal, a bactéria Xyle/lafastidiosa teve seu genoma seqüenciado. O PGX tem o objetivo de inaugurar as pesquisas em genética molecular, contribuindo com a futura resolução da c/orose variegada do citros, importante fitopatologia das plantações de cítricos do Estado. Encontram-se aliados interesses da universidade, do governo e das empresas agro-industriais de cítricos. Daí o título ser "Da dupla à tripla hélice": analisa o caso do PGX, um programa de pesquisa sobre o DNA - a molécula em dupla hélice -frente às tríplices relações entre universidade, empresa e governo. São discutidos: 1) O contexto político-acadêmico daformulação e a implementação do PGX, no Capítulo 1, no qual são analisados os parâmetros científicos da tomada de decisão acerca do PGX e sua implementação, e o Capítulo 2, referente ao papel do setor de cítricos na definição do organismo a ser geneticamente seqüenciado. 2) Os nexos tecnológicos das pesquisas sobre a X fastidiosa, em termos da resolução do problema da CVC, vis-a-vis as redes de biotecnologia internacionais. O caso da rede norte-americana de pesquisa genômica é apresentado no Capítulo 3, e demonstra como os programas integrados de pesquisa e capacitação de recursos humanos em várias áreas do conhecimento, as políticas de captação de recursos financeiros e o estabelecimento de direitos de propriedade intelectual são equacionados em rede. Um círculo virtuoso de governança é estabelecido entre os setores acadêmico e empresarial, que se beneficiam da pesquisa cooperativa, elevando o aporte de recursos financeiros para programas públicos de pesquisa, originando spin o.ffs, e resultando em inovação. 3) O potencial e os obstáculos para aformação de redes de inovação em biotecnologia no Brasil, dadas as dinâmicas de produção de conhecimentos em genômica geradas pelo PGX Em termos científicos, o PGX alcançou todos seus objetivos, originando uma malha de pesquisas em genômica no Brasil e fora dele; alcançou visibilidade social e política e é hoje um modelo de gestão como programa de C&T, colocando o Brasil no contexto internacional do mercado de modernas biotecnologias derivadas de genômica. Diante do caráter semipúblico das informações genômicas no contexto internacional, os resultados de pesquisa básica originam biotecnologias, desde que três grupos de fatores condicionantes - integração das pesquisas com negócios de desenvolvimento de biotecnologias, criação de novas e alternativas formas de captação de recursos financeiros e organização de estrutura institucional sejam equacionados. O endereçamento destes fatores pode induzir a emergência de redes de bio-inovações, garantindo que os esforços de capacitação de pesquisadores e os resultados de pesquisa no Brasil não se restrinjam à fase de seqüenciamento genômico. Esta análise prospectiva constitui o Capítulo-Conclusão deste estudo / Abstract: This thesis examines the Genome Xylella Project (GXP) case, a govemmental effort of S&T policy in molecular genetics. In 1996, the Research Foundation ofthe State ofSão Paulo Research detected a research gap in genomics scientific area base. It was urgent to adress a hunian resources capacitation and research programo Then, Xylella fastidiosa, a bacterial organism, was chosen to have its genome sequenced. GXP was implemented, aiming at inaugurating molecular genetics research, that could contribute with citrus variegaded clorosis, a serious phyto-pathology of citrus crop, caused by X fastidiosa in the State of São Paulo. Interests of academia, principalloeus of knowledge production, govemment - represented by Fapesp - and agribusiness citrus production sector are aIlied. Thereftom is the title "From the double to triple helix". This is a GXP anaIysis, that is a DNA - the inherited double helix molecule - research program, in ftont of university-industry-govemment triple relationships. There are discussions regarding: 1) The PGXformulation and implemmentation processes, what is made in Chapter 1 and 2. 2) The technological nexus ofXfastidiosa scientific research vis-a-vis the international biotechnology networks. The USA genomics and biotech network case is presented in Chapter 3. It demonstrates how are sorted, in network, the integrated programs for the capacitation of human resources, in many knowledge areas, research funding mechanisms and research results apropriability roles management. As a result, this system brings modem biotech innovation. A govemance virtuous cycle is established, that makes a proclivity academic and entrepreneurialship sectors profit condition ftom cooperative research. This makes the increasing the funding resources for public research programs, creates spin offs and results in process and product innovation. 3) The potential and the obstacles of a biotech innovation network development in Brazil, since the genomics knowledge production dynamics inbreeded by GXP. In scientific terms, GXP has reached alI its objectives, and has originated a genomics research spot inside and outside Brazil; it has reached social and political visibility, and today is a multidisciplinar and interinstitutional model of management, that puts Brazil in the intemational genomic driven biotech marked context, for which scale and scope human resources are needed. In the face of semi-public character of genomic information in the intemational context, it is possible to transfer basic research results into biotechnologies, ever since three groups of conditional factors - basic research and biotech business, new and alternativeforms offunding criation and institutional structure organization - are equated. The adress of these factors may induce innovation networks emergence, assuring that researchers capacitation efforts and research results do not become restricted to genomic seftqencing fase. This prospective analysis constitutes the Conclusion-chapter ofthis study / Mestrado / Politica Cientifica e Tecnologica / Mestre em Política Científica e Tecnológica

Orientadores : Vera Nisaka Solferini, João Semir / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-28T02:33:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jesus_FlaviaFuchsde_M.pdf: 2401675 bytes, checksum: ed542ab450a33a320e3068a87005a896 (MD5) Previous issue date: 2001 / Mestrado

Orientadores: Irena Gyongyver Heidemarie Lorand Metze, Andrew John George Simpson / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-07-31T15:08:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lopes_LuizFernando_D.pdf: 20884404 bytes, checksum: 5073c7c7a170b4c793430172ec387443 (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: No presente estudo foi investigado um tipo de instabilidade específica dos linfócitos que, segundo dados de literatura, pode estar relacionado com o desenvolvimento de neoplasias "de novo" ou associadas ao aparecimento de neoplasias secundárias. Esta instabilidade estudada é definida através da freqüência de rearranjos que ocorrem entre o segmento V no receptor de células T no locus gamma (7p14-15) e do segmento J do receptor de células T no locus beta (7q 35). Desta forma, os objetivos deste estudo foram: 1) utilizando o gene lnorido Vy/JJ3como marcador, estudar a instabilidade gênica induzida pela quimioterapia antineoplásica em pacientes pediátricos portadores de leucemia linfocítica aguda ou tumores sólidos; 2) estudar o grau de reversibilidade desta instabilidade após o final da exposição aos agentes quimioterápicos e 3) demonstrar a validade da abordagem de estudo da recombinação, avaliando os produtos da "nested PCR" de DNA genômico dos pacientes em gel de poliacrilamida, posteriormente revelado pela prata (abordagem ainda não descrita na literatura para o estudo do gene em questão). Foram analisadas 210 amostras de DNA de indivíduos agrupados desta maneira: sem neoplasia- 30 indivíduos, 90 pacientes com LLA ( 15 pré Qt, 15 com QT 3-6 meses e 15 com 9 a 12 meses, 15 pacientes após término entre 6 e 12 m, 15 após 2 a 4 anos e 15 após 5 anos ou mais) e 90 pacientes com Tumor Sólido, também subagrupados da mesma forma que os pacientes com LLA. Todos os 210 pacientes foram classificados com resultado positivo ou negativo para o rearranjo, de acordo com a presença ou ausência da banda esperada após a segunda PCR Para cada indivíduo foram estudadas 6 diferentes quantidades de DNA (525ng, 350,175,35,17.4, e 8.75) e, em cada uma delas, chamamos de positivo ou negativo para o rearranjo de acordo com 'a presença ou ausência da banda visualizada no gel revelado. Foi determinada a média da freqüência do rearranjo Vy/Jp para cada grupo. O grupo de pacientes durante a quimioterapia foi comparado com a média da freqüência dos rearranjos pré e pós-quimioterapia separadamente para o grupo de LLA e TS. As médias foram comparadas utilizando-se o teste de Kruskal-Wallis. As comparações múltiplas foram feitas através do método Tukey-HSD. A média da fteqüência de rearranjos foi de 10,2/105 células para os pacientes com LLA que estavam expostos aos quimioterápicos no período de 3 a 6 meses e para o grupo em tratamento entre 9 a 12 meses foi de 13,8/105. Para o grupo controle (30 indivíduos) e para o grupo com LLA pré-tratamento os valores foram 1,3/105e 3,11105. O estudo estatístico comparando grupos -controle, LLA pré-QT e LLA durante QT - mostrou tratar-se de valores altamente significativos (p < 0,001). No grupo de pacientes com Tumor Sólido, a média da freqüência de rearranjos durante o tratamento foi de 9,2 e 9,11105 células respectivamente para 3 a 6 meses de tratamento e 9 a 12 meses. O grupo controle, sem neoplasia, foi o mesmo descrito acima e a média de rearranjo foi de 1,3/105 e para os TS pré-quimioterapia foi de 0,6/105 células. Novamente o estudo estatístico comparando grupos -controle, TS pré QT e TS durante QTmostrou tratar-se de valores altamente significativos(p < 0,002). Desta forma pode-se concluir que: 1) o método utilizando gel de poliacrilamida corado pela prata pode ser substituído pelo gel de agarose corado com brometo de etídio e hibridizado pela técnica de Southem Blot, sem prejuízo dos resultados e com a vantagem de ser mais rápido, de menor custo e da não-necessidade de utilização de material radioativo e 2) os resultados do estudo indicam que os pacientes apresentaram instabilidade gênica onde a presença do gene ln'brido Vy/Jf3pôde ser observada em freqüência mais elevada durante a fase de tratamento com quimioterapia / Abstract: The ftequency of the hybrid Vy/J[3 trans-rearrangement in peripheral blood lymphocytes (PBL) was analysed in a transversal study of pediatric patients (n=210) with acute lymphoblastic leukemia (ALL) and solid tumours (ST). DifIerent amounts of DNA were used as template for a nested PCR in order to evaluate the ftequency ofhybrid Vy/J[3 genes, using silver-stained gels. The ftequency of the rearrangement was evaluated in groups before, during and afier therapy. A great1y increased ftequency of Vy/J[3transrearrangement was found in PBL of both groups of patients during exposure to chemotherapeutic agents as compared to patients before chemotherapy. In patients that had finished treatment, the ftequency of the rearrangement feUprompt1yto the baseline levels in ST but showed a slow decrease in ALL, where increased levels could be found until 4 years afier the end oftreatment. We hypothesize that the chemotherapeutic agents are able to induce the Vy/J[3trans-rearrangement, but this is transient in most cases. It remains to be determined the exact relation between the persistence of the rearrangement and the occurrence of secondary leukemia / Doutorado / Clinica Medica / Doutor em Clínica Médica

Orientador: Joyce Maria Annichino-Bizzacchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-02T08:19:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rodrigues_DalvaNery_M.pdf: 16457240 bytes, checksum: efaa7db9002ceb22a6effb7c5b8cd9a2 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: O fator VII humano é uma glicoproteína dependente da vitamina K que tem a função de iniciar a coagulação sanguínea, ao formar um complexo com o fator tissular. O gene do fator VII está localizado no cromossomo 13q34, é composto por 9 exons e 8 introns, e possui 12,8 kb. A deficiência do fator VII é transmitida por herança autossômica recessiva, e os aspectos clfnicos são muito variáveis, nem sempre havendo uma correlação entre a atividade do fator VII e a tendência hemorrágica. Apenas um estudo, em 705 doadores de sangue de origem inglesa, determinou que a prevalência da deficiência de fator VII foi de 2,1%. A origem étnica da população brasileira é muito diferente, sendo altamente heterogênea e composta de imigrantes da Europa, África, Ásia e indígenas. Neste estudo a prevalência da deficiência de fator VII em 267 pacientes brasileiros acompanhados no Ambulatório de Hemostasia do Hemocentro-Unicamp, por alteração laboratorial do tempo de protrombina, ou quadro clínico hemorrágico foi de 3,7%. A análise das mutações no gene do F7 em seis pacientes não relacionados, permitiram a identificação de um defeito genético em todos os pacientes, incluindo uma nova mutação de ponto. O rastreamento das alterações moleculares foi realizado pelos métodos de SSCP e CSGE, que se mostraram complementares. O método de SSCP evidenciou um padrão anormal em dois pacientes não relacionados, referente a mutação G10828A no exon 8, levando a substituição R304Q. O CSGE revelou quatro padrões anormais referentes a três mutações no exon 8 (G10846T que corresponde a C310F; G10828A que corresponde a R304Q; e G10909A que corresponde a G331D) e uma mutação no exon 6 (G8926T que corresponde a 11405), esta a única ainda não descrita anteriormente. A atividade plasmática do fator VII varia significativamente inter e intraindividualmente. Essas variações podem ser decorrentes de fatores adquiridos e genéticos. Assim determinamos cinco polimorfismos no gene do fator VII (5'F7, IV57, R353Q, -401GIT e --402G/A), mas apesar do pequeno número de pacientes analisados, não se detectou nenhuma relação entre os genõtipos e a atividade do fator VII / Abstract: Factor VII is a vitamin K-dependent glycoprotein with a pivotal role in the initiation of the blood coagulation, following interaction with tissue factor. The Factor VII gene is located on chromosome 13q34 and is consist of nine exons and eight introns spanning 12,8Kb. Factor VII deficiency is transmitted as an autossomal recessive trait, the incidence of the disorder in the general population being 1 in 500.000. The clinical manifestations of Factor VII deficiency are variable, and there is no correlation between coagulation activity and tendency to bleed. A prevalency of 2,1% was reported for Factor VII deficiency in a series of 705 English blood donors. In the present study, the prevalence of. Factor VII deficiency based on na altered prothrombin time or hemorrhagic state 267 brazilian patients attended at the Hemostasis Ambulatory of Hemocentre at UNICAMP was 3,7%. Analysis of the Factor VII gene in six unrelated patients revealed a genetic defect in ali cases, including a new point mutation. The screening for molecular alterations was done using SSCP and CSGE, which gave complementary result.s. SSCP gave an abnormal pattern in two unrelated patients in which the mutation G10828A in the exon 8,resulted in the substituation R304Q. CSGE identified four abnormal patterns resulting from three mutations in exon 8 (G10846T corresponding to C310F; G10828A corresponding to R304Q; and G10909A corresponding to G331D) one mutation in exon 6 (G8926T corresponding to 1140S), the only one of these mutations not already described. Plasma Factor VII activity showed considerable inter-and intra-individual variation which may have resulted from acquired or genetic factors. Five polymophisms in the Factor VII gene, which can contribute to Factor VII levei variation were described (5'F7, IVS7, R353Q, -401GIT and -402G/A). However, the study of these patients with FVII deficiency demonstrated no relationship between the genotypes and Factor VII activity / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Orientador: Fernando Ferreira Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-02T22:00:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andrade_TiagoGomesde_M.pdf: 3487571 bytes, checksum: 6337a798573d04fafd889ca82ea3d4c6 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: Persistência Hereditária de Hemoglobina Fetal (PHHF) consiste num grupo heterogêneo de desordens hereditárias, clinicamente benignas, onde ocorrem falhas na mudança perinatal normal de hemoglobina fetal para hemoglobina adulta, resultando em altos níveis de Hb F durante a vida adulta. Suas alterações moleculares correspondem a desordens no grupo de genes p, sendo divididas em duas categorias: as formas delecionais e as substituições de um nuc1eotídeo. Um total de seis delecões relacionadas a PHHF já foram descritas na literatura, sendo associadas a aumentos de ambos os tipos de cadeias y (y A e y_. (õP)O - Talassemias também se originam a partir de deficiências gênicas, em muitos casos bastante similares às que originam as formas delecionais de PHHF, entretanto com menor incremento de Hb F e concomitância de hipocromia e microcitose nas hemácias. Três hipóteses principais foram propostas para explicar a relação destas deleções com a não supressão normal dos genes y na fase adulta: a remoção de regiões competidoras pelo LCR, a justaposição de elementos acentuadores e a remoção de silenciadores do c1uster. Neste trabalho, investigamos a presença de deleções, associadas a PHHF e (õP)O - talassemias, no c1uster da beta-globina em doadores de sangue do Hemocentro e pacientes do Hospital das Clínicas, Unicamp. Para isto, desenvolvemos uma modificação de uma técnica descrita previamente para Distrofia Muscular Duchennel Becker, baseada na possibilidade de se identificar diferenças quantitativas na amplificação de amostras por PCR, em presença de deleções ou duplicações, onde o produto final de amplificação é diretamente proporcional à quantidade inicial de cópias da seqüência alvo. O método, que quantifica por intensidade de fluorescência, identificou em cinco indivíduos, a deleção responsável por PHHF-2, de origem africana. Identificamos também, com primers específicos que flanqueiam os pontos de quebra de deleções, a presença da (õP)O - talassemias do tipo Siciliana em dois indivíduos estudados, que são heterozigotos compostos, tendo associação desta alteração com p - talassemia e Hb S. Este trabalho contn"buiu para o desenvolvimento e aplicação de um método, particularmente mais rápido e de fácil execução, na investigação de deficiências gênicas (ou aumento do número de cópias), e que pode vir a ser utilizado no estudo de alterações, não só no c1uster da p-globina, mas também em outros genes de interesse. Além disto, os dados apresentados neste trabalho sobre a interação entre (õP)O-talassemia Siciliana com p - Talassemia e Hb S representam os primeiros casos descritos no Brasil, com caracterização clínica e molecular. Também destaca-se a presença marcante de uma alteração benigna (PHHF-2) que sabidamente pode influenciar a evolução clínica de determinadas condições, tais como p-talassemia e anemia falciforme / Abstract: Hereditary Persistence of Fetal Hemoglobin are arare, heterogeneous and benign group of hereditary disorders with an abnormal switch from feta! to adult hemoglobin, resulting in high levels of Hb F in the adult stage. At a molecular leveI, they are divided in deletion and non-deletion fonns. A total of six deletions related to HPFH have been described, associated with increased levels of both y chains. Most (0(3) - Thalassemias also arise from deletions in the _ globin gene cluster, in some cases these deletions are very similar to those that origina te HPFH. However, these forms demonstra te smaller increases in Hb F and are accompanied by microcytic and hypochromic red blood cells, in the heterozygote state. Three main hypothesis were proposed to explain the relationship between these deletions and the non-suppression of y genes: the removal of competitive regions that interact with the LCR; the juxtaposition of enhancer elements; and the removal of silencers. Here we investigate the presence of gene deletions, associated with HPFH and (o_) - Thalassemia in blood donors at the Hemocenter and patients from the Clinical Hospital, Unicamp. For this, we developed a modification of a technique, described first in Duchenne/ Becker dystrophy, based on the possibility of identifying quantitative differences in the amplifications of samples by PCR, in the presence of deletion or duplication carriers, in which the final product of amplification is direct1y proportional to the initial amount of copies of the sequence targets. The method, employing fluorescence intensity for quantification, identified a deletion responsible for HPFH-2, in five individuais of African origino We also identified, using specific primers that bridge the breakpoints, the presence of Sicilian (0(3) - Thalassemia in two individuais that are compound heterozygous for (_) - Tha1assemia and Hb S, respectively. The sequence analysis revealed the same characteristics described for these alterations. This study contributes to the development and application of an extremely rapid and practical method for the identification of deletions (or increase in gene copy number), which could be used in the study of alterations, not only in the (3 globin gene cluster, but also in other genes of interest. Moreover, the data presented here regarding the alterations in Sicilian (0(3) - Thalassemia in association with ((3) - Thalassemia and HbS represents the first cases described in Brazil, with clinical and molecular characterisation. In addition, there is a strong presence of a benign alteration (HPFH-2), that can ameliorate some conditions, such as ((3) - Thalassemia and Sickle Cell Disease / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

Orientador: Denise Pontes Cavalcanti / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-03T22:50:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Zanchetta_LucieneMaria_M.pdf: 6427174 bytes, checksum: 7469913e878f8a18368af3f97d213e92 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: As aneuploidias constituem a principal alteração genética encontrada na espécie humana e podem envolver tanto cromossomos autossômicos quanto sexuais. As neuploidias em mosaicos são menos freqüentes do que as trissomias livres, podendo apresentar-se, do ponto de vista clínico, de forma bastante heterogênea. O mosaicismo acontece devido ao surgimento de uma segunda linhagem celular (trissômica ou dissômica) durante o período pós-zigótico. A técnica de FISH em núcleo interfásico tem sido descrita como mais sensível na detecção de mosaicismos, por prescindir do cultivo celular e por possibilitar a análise de um grande número de células de cada vez. Neste trabalho utilizou-se a citogenética convencional e a do FISH interfásico, em 3 grupos de indivíduos: 1) 10 pacientes com mosaicismo cromossômico conhecido (3 mosaicos tetraplóides-diplóides, 1 mosaico do cromossomo 15, 1 mosaico do cromossomo 14, 1 mosaico de cromossomo marcador e 4 casos de mosaicos do cromossomo 21); 2) 9 pacientes polimalformados com cariótipo normal e 3) 10 controles compostos por recémnascidos clinicamente normais. Foram utilizadas sondas centroméricas dos respectivos cromossomos envolvidos em cada mosaico específico, nos pacientes do grupo 1 e sondas centroméricas do cromossomo 16, para a pesquisa de criptomosaicismo nos pacientes do segundo grupo, bem como, para estabelecer a sensibilidadedas sondas no grupo controle. O diagnóstico de mosaicismo cromossômico foi confirmado pelo FISH interfásico, em todos os pacientes do grupo 1. As proporções de células aneuplóides apresentaram-se ora coincidentes, ora diferentes, inclusive com detecção de criptomosaicismo em fibroblastos do paciente portador de mosaicismo do cromossomo 15. Criptomosaicismodo cromossomo 16 não foi detectado em nenhum dos 10 pacientes do grupo 2. O presente estudo reforça a necessidade de estudo em mais de um tecido em casos de mosaicismo. Sugere-se também que, sempre que possível, os mosaicismos cromossômicos sejam investigados por FISH interfásico / Abstract: Chromosome aneuploidy is the most common human genetic change. Aneuploidy may involve both autosomic and sexual chromosomes. The mosaic aneuploidies occur less frequently than free trissomies. Moreover, mosaic patients may show a wide diversity of phenotipical effects of trissomy. Phenotipical changes may involve since just a few sintoms to similar clinical change observed on &ee trissomy carriers. Mosaicism arrises from the development of a viable second cellular lineage on the post-zigotic stage. The usual mosaicism classification is based on the amount of DNA that has changed which may range from a base pair to a loss of a whole chromosome. On this study we have focused on 3 working groups: 1) 10 patients with known mosaicism (3 mosaics tetraploid-diploid, 1 mosaic of the chromosome 15, 1 mosaic of chromosome 14, 1 mosaic of marker chromosome and 4 cases of mosaicim of chromosome 21); 2) 9 malformed patients with normal karyotype and 3) 10 controls composed by normal newborns. We have utilized centromeric probes of each chromosome involved in specific mosaicism of the patients from group 1 and chromosome 16 centromeric probes for the research of hidden mosaicism in the patients of the second group, as well as, to establish the probes sensibility in the control group. Mosaicism was confirmed by FISH in all patients from group 1. The proportions of aneuploid cells were similar in some cases and different in others. Chromosome 16 hidden mosaicism was not detected in group 2. The present study reinforce the need of studing different tissues in cases of mosaicism. It also suggests, whenever possible, the interfasic FISH investigation of mosaic patients / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Orientador: Carmen Silvia Bertuzzo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T15:38:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AguilarRodriguez_DavidEnrique_D.pdf: 4668835 bytes, checksum: 3c1abf6e2f254877f29ff8772ac563fc (MD5) Previous issue date: 2003 / Doutorado

Los programas de mejoramiento genético requieren de herramientas versátiles y de bajo costo que permitan lograr en menor tiempo nuevas variedades. En el caso del cacao, se disponen de una serie de técnicas moleculares que facilitan el trabajo al fitomejorador. Sin embargo, la utilidad y conveniencia de tales, serán elegibles dependiendo de las condiciones y objetivos del trabajo. Por este motivo, se trazaron los objetivos de ensayar los marcadores ISSR, determinar su poder discriminante y determinar parámetros de diversidad genética en una colección de cacao de Tingo María. Ésta consistió en 50 individuos o accesiones, de diversas procedencias genéticas y geográficas. El ISSR es una técnica basada en PCR que amplifica el fragmento entre dos secuencias de microsatélites, utilizando un iniciador complementario a éstos. Las muestras fueron colectadas en la provincia de Leoncio Prado (región de Huánuco) donde los árboles de cacao se mantienen en dos ubicaciones: el Banco de Germoplasma de la Universidad Nacional Agraria de la Selva y de la Estación Experimental Agrícola Tulumayo. Según el origen geográfico, se separaron 44 accesiones en dos poblaciones y once subpoblaciones. Las restantes seis accesiones no fueron incluidos en el análisis poblacional dado su origen híbrido. Se colectaron hojas sanas de uno o dos árboles clonales y se almacenaron en silicagel. Se determinaron preliminarmente los protocolos adecuados de extracción de ADN, PCR, y electroforesis con 4 accesiones: ICS1, CAT4, U70 y EET223; se experimentaron con estos genotipos con 59 iniciadores ISSR disponibles en las mismas condiciones PCR. Resultaron 13 primers ISSR con un perfil de amplificación aceptable, de los cuales se eligieron los 5 mejores para amplificar las 50 muestras. El análisis de datos se hizo con dos grupos de datos: un grupo abarcó los 50 OTUs totales y el otro grupo consistió en 6 híbridos Bioversity/UNAS con sus 11 parentales (total: 17). El análisis multivariado y genético se realizó utilizando tres paquetes estadísticos: NTSYSpc v2.1p, Arlequín v3.1 y POPGENE v1.32. Con el primer programa, se realizaron los análisis de agrupamiento (UPGMA-Jaccard) y ordenación (PCoA y nmMDS), así como los de validación (prueba de Mantel), logrando una diferenciación de cacao Nacionales vs. Internacionales, así como una distribución espacial entre parentales y su respectiva progenie. / In order to obtain new crop varieties in shorter time, plant breeding programs require versatile and inexpensive tools. For cacao crop, there are available a number of molecular techniques that support the breeder’s job. Nonetheless, work objectives and laboratory conditions determine the utility and convenience of those techniques. In this research, the aim was to test the discriminatory power of ISSR molecular markers in a cacao collection in Tingo Maria, and to determine its genetic diversity. Fifty cacao accessions from different geographical and genetic origin constituted the sampled collection. The ISSR markers consist in DNA fragments amplified by PCR located between two adjacent microsatellite (SSR) loci with the same but inverted sequence. A single primer complementary to these microsatellite sequences is used. The leaf samples were collected from two locations at the Leoncio Prado province (Huanuco region): from the cacao germplasm bank of the Universidad Nacional Agraria de la Selva, and from the Agricultural Experimental Station “Tulumayo”. A hierarchical grouping into 2 populations and 11 subpopulations of 44 accesions was performed taking into consideration the accession geographical origin. The remaining six accessions were excluded due to their hybrid origin. Leaves in good condition were sampled from one or two clonal trees. Then, they were kept and dried in silicagel. As a preliminary assay, DNA extraction and PCR amplification were carried out with four accessions: ICS1, CAT4, U70 and EET223. A group of 59 available ISSR primers were tested with these genotypes and 13 of them gave adequate amplification profiles. Then, five primers were selected and used to amplify the 50 accessions. Multivariate analyses were carried out separating 2 groups of data: the total 50 accessions constituted one group and the second group constituted by six Bioversity/UNAS hybrids and eleven parentals (total: 17 individuals). Three software packages were utilized: NTSYSpc v2.1p, Arlequin v3.1 and POPGENE v1.32. Grouping and ordination analysis, and internal validations were done with the first software.

Los programas de mejoramiento genético requieren de herramientas versátiles y de bajo costo que permitan lograr en menor tiempo nuevas variedades. En el caso del cacao, se disponen de una serie de técnicas moleculares que facilitan el trabajo al fitomejorador. Sin embargo, la utilidad y conveniencia de tales, serán elegibles dependiendo de las condiciones y objetivos del trabajo. Por este motivo, se trazaron los objetivos de ensayar los marcadores ISSR, determinar su poder discriminante y determinar parámetros de diversidad genética en una colección de cacao de Tingo María. Ésta consistió en 50 individuos o accesiones, de diversas procedencias genéticas y geográficas. El ISSR es una técnica basada en PCR que amplifica el fragmento entre dos secuencias de microsatélites, utilizando un iniciador complementario a éstos. Las muestras fueron colectadas en la provincia de Leoncio Prado (región de Huánuco) donde los árboles de cacao se mantienen en dos ubicaciones: el Banco de Germoplasma de la Universidad Nacional Agraria de la Selva y de la Estación Experimental Agrícola Tulumayo. Según el origen geográfico, se separaron 44 accesiones en dos poblaciones y once subpoblaciones. Las restantes seis accesiones no fueron incluidos en el análisis poblacional dado su origen híbrido. Se colectaron hojas sanas de uno o dos árboles clonales y se almacenaron en silicagel. Se determinaron preliminarmente los protocolos adecuados de extracción de ADN, PCR, y electroforesis con 4 accesiones: ICS1, CAT4, U70 y EET223; se experimentaron con estos genotipos con 59 iniciadores ISSR disponibles en las mismas condiciones PCR. Resultaron 13 primers ISSR con un perfil de amplificación aceptable, de los cuales se eligieron los 5 mejores para amplificar las 50 muestras. El análisis de datos se hizo con dos grupos de datos: un grupo abarcó los 50 OTUs totales y el otro grupo consistió en 6 híbridos Bioversity/UNAS con sus 11 parentales (total: 17). El análisis multivariado y genético se realizó utilizando tres paquetes estadísticos: NTSYSpc v2.1p, Arlequín v3.1 y POPGENE v1.32. Con el primer programa, se realizaron los análisis de agrupamiento (UPGMA-Jaccard) y ordenación (PCoA y nmMDS), así como los de validación (prueba de Mantel), logrando una diferenciación de cacao Nacionales vs. Internacionales, así como una distribución espacial entre parentales y su respectiva progenie. / --- In order to obtain new crop varieties in shorter time, plant breeding programs require versatile and inexpensive tools. For cacao crop, there are available a number of molecular techniques that support the breeder’s job. Nonetheless, work objectives and laboratory conditions determine the utility and convenience of those techniques. In this research, the aim was to test the discriminatory power of ISSR molecular markers in a cacao collection in Tingo Maria, and to determine its genetic diversity. Fifty cacao accessions from different geographical and genetic origin constituted the sampled collection. The ISSR markers consist in DNA fragments amplified by PCR located between two adjacent microsatellite (SSR) loci with the same but inverted sequence. A single primer complementary to these microsatellite sequences is used. The leaf samples were collected from two locations at the Leoncio Prado province (Huanuco region): from the cacao germplasm bank of the Universidad Nacional Agraria de la Selva, and from the Agricultural Experimental Station “Tulumayo”. A hierarchical grouping into 2 populations and 11 subpopulations of 44 accesions was performed taking into consideration the accession geographical origin. The remaining six accessions were excluded due to their hybrid origin. Leaves in good condition were sampled from one or two clonal trees. Then, they were kept and dried in silicagel. As a preliminary assay, DNA extraction and PCR amplification were carried out with four accessions: ICS1, CAT4, U70 and EET223. A group of 59 available ISSR primers were tested with these genotypes and 13 of them gave adequate amplification profiles. Then, five primers were selected and used to amplify the 50 accessions. Multivariate analyses were carried out separating 2 groups of data: the total 50 accessions constituted one group and the second group constituted by six Bioversity/UNAS hybrids and eleven parentals (total: 17 individuals). Three software packages were utilized: NTSYSpc v2.1p, Arlequin v3.1 and POPGENE v1.32. Grouping and ordination analysis, and internal validations were done with the first software. / Tesis