No description available.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-12-14Bitstream added on 2014-06-13T18:44:27Z : No. of bitstreams: 1 pereira_rm_dr_jabo.pdf: 415712 bytes, checksum: 3a2847df5213880b53630ad700a376be (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Diversos estudos com bactérias fixadoras de nitrogênio buscam identificar genes responsáveis pela fixação de nitrogênio, nodulação e simbiose, assim como conhecer seu genoma e compreender melhor o metabolismo delas. No entanto ainda há poucos trabalhos sobre o genoma de Bradyrhizobium elkanii, bactéria importante no contexto da produção de alimentos e de utilização comercial. Esse é o primeiro estudo a comparar 2654 genes de Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587, com as bactérias Bradyrhizobium japonicum LGM 6138, Azorhizobium caulinodans LGM 6465, Mesorhizobium huakuii LGM 14107, Rhizobium leguminosarum bv. Trifolii LGM 8820 e Sinorhizobium meliloti LGM 6133 através da comparação de genomas por hibridização (CGH) usando Microarray. Portanto o objetivo deste trabalho foi realizar uma taxonomia molecular através da comparação de genomas por hibridização DNA-DNA, utilizando a tecnologia de microarranjos de DNA (CGH Microarray), para buscar novos genes que possam ser úteis na classificação filogenética de rizóbios. A técnica de CGH Microarray permitiu encontrar sessenta e cinco genes comuns entre todas as bactérias analisadas, após realizar comparação e classificação de todos genes encontrados em comum entre elas. Os resultados obtidos ao se comparar três árvores filogenéticas baseadas em diferentes genes, confirmaram que alterar a quantidade e as sequências nas análises, causa variação nas árvores filogenéticas como já observado em outros microrganismos... / Diverse studies with fixing nitrogen bacteria search to identify responsible genes for the nitrogen fix, nodulation and symbiosis, as well as knowing its genome and understanding the metabolism of them better. However still has few works about genome of Bradyrhizobium elkanii, important bacterium in the context of the production of foods and commercial use. This is the first study to compare 2654 genes of Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587, with the bacteria Bradyrhizobium japonicum LGM 6138, Azorhizobium caulinodans LGM 6465, Mesorhizobium huakuii LGM 14107, Rhizobium leguminosarum bv. Trifolii LGM 8820 and Sinorhizobium meliloti LGM 6133 through the CGH Microarray. Therefore aim of this work was to carry a molecular taxonomy through the comparison of genomes for hybridization DNA-DNA, being used the technology of microarrangements of DNA (CGH Microarray), to search new genes that can be useful in the phylogenetic classification of rhizobia. The technique of CGH Microarray allowed to find sixty and five orthologs genes between all the analyzed bacteria, after to carry through comparison and classification of all genes in common between them. The results gotten to if comparing three established phylogenetic trees in different genes, had confirmed that to modify the amount and the sequences in the analyses, cause variation in the phylogenetic trees as already observed in other microorganisms. The results suggest that how much bigger will be the number of used ortholog genes in the phylogeny, more trustworthy will be the gotten phylogenetic trees ...(Complete abstract, click electronic access below)

O câncer gástrico é ainda hoje um dos tumores sólidos mais comuns , sendo a segunda causa mais freqüente de morte por doença maligna no mundo. Apesar do aprimoramento da técnica cirúrgica e da utilização de tratamentos multimodais, o câncer gástrico, em geral, ainda permanece com um mau prognóstico. Na maioria dos países a doença é freqüentemente diagnosticada após ter invadido a camada muscular própria do órgão, estágio no qual a sobrevida média em cinco anos é inferior a 20%. Como a maioria dos tumores humanos, o câncer gástrico é uma doença multifatorial, que se desenvolve em indivíduos geneticamente suscetíveis expostos a agentes carcinogênicos externos. Ultimamente, diversos oncogenes e genes supressores tumorais vêm sendo estudados na tentativa de esclarecer detalhadamente a carcinogênese gástrica. Her-2/Neu ou CerbB-2 e EGFR são oncogenes da família Her ou erb de receptores de fatores de crescimento. Ambos têm se mostrado com expressão aumentada em diversas neoplasias e possuem anticorpos monoclonais específicos como potencial forma de tratamento adjuvante. Em relação ao câncer gástrico, as prevalências destes oncogenes são bastante variáveis na literatura. O objetivo deste estudo foi determinar as prevalências de Her-2/Neu e EGFR na mucosa gástrica de pacientes com adenocarcinoma de estômago. Foram estudados 37 casos com avaliação de expressão imunohistoquímica de Her-2/neu e EGFR em amostras teciduais fixadas em formalina e armazenadas em parafina. Dois casos demonstraram expressão aumentada de Her-2/Neu, correspondendo a 5,4%. Nenhum caso demonstrou aumento da expressão de EGFR. Os autores concluem que a ausência da expressão do EGFR na amostra estaria mais relacionada a uma dificuldade encontrada de trabalhar com o anticorpo do que a real ausência de expressão do oncogene no câncer gástrico. Também sugerem que, apesar da baixa prevalência do Her-2/Neu na amostra, e devido à pouca resposta dos tumores gástricos às terapias hoje disponíveis, os anticorpos monoclonais específicos anti-Her deveriam ser futuramente testados nos indivíduos Her positivos, em ensaios clínicos randomizados.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-05-20T18:01:40Z No. of bitstreams: 1 Polyanna Carôzo de Oliveira. Ancrestalidade... 2014.pdf: 1254857 bytes, checksum: e5708eec3bc58766116c313a7e16ea18 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-05-20T18:01:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Polyanna Carôzo de Oliveira. Ancrestalidade... 2014.pdf: 1254857 bytes, checksum: e5708eec3bc58766116c313a7e16ea18 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / O Cancêr de Próstata (CaP) é um dos tipos de neoplasias mais frequentes nos homens em todo o mundo e também na população masculina brasileira. A incidência, mortalidade e agressividade do CaP são maiores em homens negros. De acordo com o IBGE a Bahia é o estado que apresenta a maior porcentagem de população afrodescendente e os indivíduos que moram em Salvador apresentam maior ancestralidade africana que os nascidos no interior do estado. O presente estudo verificou a associação entre maior ancestralidade genética africana e genes de suscetibilidade ao CaP em pacientes do estado da Bahia oriundos do setor particular e público de serviço à saúde. Participaram do estudo 189 homens com CaP, sendo 82 atendidos no serviço privado e 107 no serviço público e 112 homens saudáveis atendidos no serviço público. Foram utilizados 9 marcadores informativos de ancestralidade (AIM) para estimar a ancestralidade genética e quatro genes de suscetibilidade: CYP3A4, CYP17, GSTM1 e GSTT1.No grupo caso houve maior contribuição europeia (47%) e no grupo controle maior contribuição africana (43%). Entre os genes de suscetibilidade, observou-se que o genótipo GG, bem como a associação dos genótipos GG+AG na variante CYP3A4-392 A>G estiveram relacionados ao aumento do risco de CaP tanto de modo global, bem como em indivíduos com maior ancestralidade africana, além de estarem associado positivamente com o aumento da agressividade do tumor para esta população. A variante CYP17-34 T>C não apresentou relação com aumento do risco para o CaP entre casos e controles, mas ao estratificar a população observou-se maior risco associado ao genótipo heterozigoto (TC) em indivíduos com maior contribuição africana, mas não houve relação entre a variante e o aumento da agressividade do tumor. Por fim, o genótipo GSTM1-0 esteve associado ao aumento do risco para o CaP de modo geral, mas não esteve relacionado com o aumento da agressividade do tumor. Estes resultados podem auxiliar estudos de associação entre CaP e maior suscetibilidade de populações afrodescendentes e assim, ajudar na melhoria das estratégias em torno de programas de saúde que visem ampliar a triagem e o diagnóstico precoce para esta populações mais vulneráveis. / Prostate cancer (PCa) is one of the most common types of cancer in men worldwide and also in Brazilian male population. The incidence, mortality and PCa aggressiveness are higher in black men. According to the IBGE, Bahia is the state with the highest percentage of people of African descent and people who live in Salvador has the largest African ancestry born in the state. The present study sought to determine the association between African ancestry and greater susceptibility genes in PCa patients of Bahia state from public and private sector health service. The study included 189 men with PCa, 82 served in the private and 107 public service and 112 healthy men served in the public service. We used ancestry informative markers 9 (AIM) to estimate genetic ancestry and 4 susceptibility genes, among them: CYP3A4, CYP17, GSTM1 e GSTT1. The case group was greater European contribution (47%) in the control group and largest African contribution (43%). Between susceptibility genes, it was found that the GG genotype, and the association of the genotypes GG + GA in CYP3A4-392A>G varinatwere associated with an increased risk of PCa so both overall as well as for individuals with higher African ancestry, and are positively associated with increased tumor agressivadade for this population. The variant CYP17-34T>C gene was not associated with increased risk for PCa between cases and controls, but to stratify the population was more strongly associated with the risk genotype (TC) in subjects with higher African contribution, but there was no relationship between the variant and increased tumor aggressiveness. Finally, GSTM1-0 genotype was associated with increased risk for CaP generally, but not correlate with increasing tumor aggressiveness. These results may help studies of association between PCa and greater susceptibility of African descent populations and thus help improve strategies around health programs aimed at increasing screening and early diagnosis for this most vulnerable populations.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-21Bitstream added on 2014-06-13T18:45:40Z : No. of bitstreams: 1 castoldi_r_dr_jabo.pdf: 868883 bytes, checksum: 9fab3c7b39cbd568365fed7ff0addfc8 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A alface é a hortaliça folhosa de maior consumo no Brasil, no entanto a dificuldade em produzi-la vem aumentando, principalmente pela infestação das áreas de produção por Bremia lactucae, sendo necessário o monitoramento anual para utilização ou desenvolvimento de cultivares resistentes. Diante do exposto, os objetivos do presente trabalho foram: identificação de raças de B. lactucae no Estado de São Paulo, durante os anos de 2008, 2009 e 2010 e obtenção de linhagens de alface crespa resistentes às raças SPBl:01, SPBl:02, SPBl:03, SPBl:04, SPBl:05, SPBl:06 e SPBl:07. Na primeira fase do estudo foram coletadas nos meses de agosto, setembro e outubro de 2008; agosto e setembro de 2009; e junho e julho de 2010 folhas de alface com esporângios de B. lactucae nos principais municípios produtores de alface do Estado de São Paulo. Após a multiplicação dos esporângios na cultivar suscetível Solaris, com posterior inoculação nas diferenciadoras, realizaram-se as avaliações, no mesmo dia do aparecimento da primeira esporulação na cultivar suscetível Cobham Green (DM 0). Na segunda fase do estudo realizou-se o cruzamento entre a cultivar Argeles e a linhagem JAB 4-13-7, bem como autofecundações, até a obtenção da geração F3, quando realizou-se o teste de resistência. Os dados permitiram concluir que: três novos códigos “Sextet” para Bremia lactucae ocorreram no Estado de São Paulo: 63/63/33/00, 63/63/02/00 e 63/31/03/00, denominados raças SPBl:05, SPBl:06 e SPBl:07, respectivamente; recomenda-se a utilização dos genes R-17, R-18 e R-38 como fontes de resistência ao míldio para o desenvolvimento de cultivares no Estado de São Paulo; e 19 progênies resistentes à B. lactucae, raças SPBl:01, SPBl:02, SPBl:03, SPBl:04, SPBl:05, SPBl:06 e SPBl:07, apresentaramse homozigotas, e podem ser avançadas e avaliadas no processo de seleção / Lettuce is the most consumed leafy vegetable in Brazil. Its production, nonetheless, is meeting with increasing difficulties mainly due to the infestation of producing areas with Bremia lactucae. Thus, the annual monitoring of B. lactucae races becomes of essential importance to use or development of resistant cultivars. The objectives of this work were identification of new races of B. lactucae occurring during the years of 2008, 2009 and 2010 in the state of São Paulo, Brazil, and development of resistant lettuce cultivars to races SPBl:01, SPBl:02, SPBl:03, SPBl:04, SPBl:05, SPBl:06 and SPBl:07. In the first phase of experiment in August, September, and October of 2008; August and September of 2009; and June and July of 2010 lettuce leaf samples containing B. lactucae sporangia were collected in some of the lettuce producing areas of the state of São Paulo. After a multiplication procedure in which the susceptible lettuce cultivar ‘Solaris’ was used, the B. lactucae sporangia were inoculated in differentiating lettuce cultivars. Evaluations of the plants response were performed on the same day when plants of the susceptible Cobham Green (DM 0) cultivar showed signs of the first sporulation. In the second phase of experiment made the crossing between Argeles cultivar and JAB 4-13-7 line, and self pollination, to obtain the F3 generation, when made the resistant test. The data have identified: three new codes “Sextet” in the state of São Paulo: 63/63/33/00, 63/63/02/00 e 63/31/03/00. SPBl:05, SPBl:06 and SPBl:07 were the denomination proposed to races, respectively. The genes R-17, R-18, and R-38 are suggested to be used as source of resistance in the lettuce cultivars to state of São Paulo; and 19 resistant progenies to B. lactuae, races SPBl:01, SPBl:02, SPBl:03, SPBl:04, SPBl:05, SPBl:06 and SPBl:07, shown homozygous, and they can be advanced and evaluated in the selection process

O câncer gástrico é ainda hoje um dos tumores sólidos mais comuns , sendo a segunda causa mais freqüente de morte por doença maligna no mundo. Apesar do aprimoramento da técnica cirúrgica e da utilização de tratamentos multimodais, o câncer gástrico, em geral, ainda permanece com um mau prognóstico. Na maioria dos países a doença é freqüentemente diagnosticada após ter invadido a camada muscular própria do órgão, estágio no qual a sobrevida média em cinco anos é inferior a 20%. Como a maioria dos tumores humanos, o câncer gástrico é uma doença multifatorial, que se desenvolve em indivíduos geneticamente suscetíveis expostos a agentes carcinogênicos externos. Ultimamente, diversos oncogenes e genes supressores tumorais vêm sendo estudados na tentativa de esclarecer detalhadamente a carcinogênese gástrica. Her-2/Neu ou CerbB-2 e EGFR são oncogenes da família Her ou erb de receptores de fatores de crescimento. Ambos têm se mostrado com expressão aumentada em diversas neoplasias e possuem anticorpos monoclonais específicos como potencial forma de tratamento adjuvante. Em relação ao câncer gástrico, as prevalências destes oncogenes são bastante variáveis na literatura. O objetivo deste estudo foi determinar as prevalências de Her-2/Neu e EGFR na mucosa gástrica de pacientes com adenocarcinoma de estômago. Foram estudados 37 casos com avaliação de expressão imunohistoquímica de Her-2/neu e EGFR em amostras teciduais fixadas em formalina e armazenadas em parafina. Dois casos demonstraram expressão aumentada de Her-2/Neu, correspondendo a 5,4%. Nenhum caso demonstrou aumento da expressão de EGFR. Os autores concluem que a ausência da expressão do EGFR na amostra estaria mais relacionada a uma dificuldade encontrada de trabalhar com o anticorpo do que a real ausência de expressão do oncogene no câncer gástrico. Também sugerem que, apesar da baixa prevalência do Her-2/Neu na amostra, e devido à pouca resposta dos tumores gástricos às terapias hoje disponíveis, os anticorpos monoclonais específicos anti-Her deveriam ser futuramente testados nos indivíduos Her positivos, em ensaios clínicos randomizados.

A proteína p53é freqüentemente relacionada às neoplasias humanas e animais, estando indiretamente relacionada com o bloqueio do ciclo celular, angiogênese e indução à apoptose. O objetivo deste trabalho foi analisar a presença de alterações no gene TP53, assim como a expressão dos genes relacionados ao câncer em neoplasias caninas.Tumores caninos (n=50) foram avaliados através de análise histopatológica, perfis de SSCP dos exons 5, 6 e 7 e seqüenciamento da região intron5-exon7. Parte destes tumores (45 amostras) foram analisados quanto à expressão dos genes TP53, p21, MDM2, Bax, Bcl2, IGF-BP3, VEGF e bFGF através de qRT-PCR. Os resultados mostraram que as neoplasias mamárias, particularmente túbulo-papilares complexas, são as mais comuns em cães. A ocorrência de neoplasias em cães está relacionada com a idade e a raça. Alta prevalência de alterações nos perfis de SSCP foi constatada em tumores caninos. Entretanto, esta técnica, preconizada como eficiente por diversos autores apresenta análise e interpretação complexa e subjetiva, não apresentando relação com os dados de seqüenciamento no presente trabalho. Parte dos tumores (42%) apresentaram alterações nos exons 6 e/ou 7 do gene TP53, e apesar de se encontrarem em heterozigose, podem comprometer funcionalmente a proteína p53. A única alteração em homozigose foi detectada num osteossarcoma de mama e correspondeu a uma transição GA no códon 270 (arghis) conhecido como hotspot situado no domínio de ligação da proteína p53 ao DNA. As alterações observadas nas sequências nos introns 5 e 6 do gene TP53 não se encontram em sítios envolvidos no processamento do RNA. Ampla variação na expressão relativa dos genes TP53, Bax, p21, MDM2, Bcl2, IGF-BP3 e bFGF foi constatada em tumores mamários e de pele. Entretanto, não foi possível estabelecer relações entre expressão e alterações no gene TP53, ou entre a expressão dos genes em estudo entre si. O gene IGFBP3foi hiper ou hipo expresso em 60% dos tumores de pele, mas não apresentou alteração em tumores de mama. Por outro lado, 82,9% dos tumores mamários apresentaram hiper expressão do gene Bax, enquanto não foi observada alteração na expressão deste gene em tumores de pele. Apesar de serem considerados indicadores de prognóstico, de um modo geral não foi constatada correlação entre o nível de expressão dos genes TP53, Bax, p21, MDM2, Bcl2, IGF-BP3e bFGF e o grau histopatológico. / Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-07-17T16:49:03Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Guilherme Thomazi.pdf: 2020976 bytes, checksum: 98e8bd3f32246c587da8b05e0df7a2fa (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-17T16:49:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Guilherme Thomazi.pdf: 2020976 bytes, checksum: 98e8bd3f32246c587da8b05e0df7a2fa (MD5) / The p53 protein is frequently associated with human and animal cancer. This protein is involved in the regulation of cell cycle, angiogenesis and apoptosis. The aim of this work was to analyze modification on TP53 gene sequence, as well as the relative expression of several cancer related genes in dog´s tumors. A total of 50 neoplasias were evaluated by classical histopathological analysis, SSCP profiles of exons 5, 6 and 7, and sequencing of intron5-exon7 region of TP53. Most of these tumors (n=45) were evaluated for the expression of TP53, p21, MDM2, Bax, Bcl2, IGF-BP3, VEGF and bFGF genes by qRTPCR. The results showed that breast cancer, particularly the complex tubular-papilary, are the most common in dogs. The prevalence of cancer in dogs is related with the age and breed. High frequency of SSCP altered patterns were detected in canine tumors. However, this technique, pointed out as efficient by several authors, has complex and subjective interpretation, and it did not show relation with our sequence data. Heterozygotic alterations in exons 6 and/or 7 of TP53, which may compromise p53 protein function, were detected in 40% of the tumors. A homozygotic transition GA at the codon 270 (arghis), known as a hotspot on the DNA-binding domain of p53, was detected in an osteossarcoma. Alteration detected in the intronic regions 5 and 6 of TP53 are probably not involved in RNA processing. High variation of the relative expression of TP53, p21, MDM2, Bax, Bcl2, IGF-BP3, VEGF and bFGF genes were detected in both mammary and skin tumors. However, it was not possible to establish clear relation among genes expression, or between expression and TP53 alterations. IGF-BP3gene was over or under express in 60% of skin tumors, but no alterations were found in mammary tumors. Conversely, 82.9% of mammary tumors exhibited Bax over-expression, while skin tumors showed a control-like behavior. Although considered as prognostic markers, it was not detected relation between TP53, p21, MDM2, Bax, Bcl2, IGF-BP3, VEGF and bFGF genes and histopathological grade.

Orientador: Angelo Berchieri Junior / Coorientador: Oliveiro Caetano de Freitas / Banca: Ana Maria Iba Kanashiro / Banca: Rafael Antonio Casarin Penha Filho / Resumo: Salmonella Enteritidis (SE) causa o paratifo aviário em aves e frequentemente está relacionada aos surtos de infecção alimentar em seres humanos. A contribuição do flagelo versus motilidade na interação patógenohospedeiro requer estudos mais aprofundados. Para melhor entendimento da contribuição individual desses fatores de virulência em aves, pintinhos de um dia de vida foram desafiados oralmente com estirpe selvagem de SE, uma mutante não-móvel mas flagelada (SE ΔmotB) e outra mutante aflagelada (SE ΔfliC). Excreção fecal e colonização de fígado, baço e conteúdo cecal pelas estirpes de SE foram avaliadas. Além disso, também foi realizada a avaliação das alterações macroscópicas e microscópicas. Nos estágios iniciais da infecção, ambos mutantes mostraram menor capacidade de colonizar o ceco, além de menor recuperação no baço por SE ΔfliC comparando a estirpe selvagem SE. Após 7 dpi não havia diferenças na contagem das três estirpes em conteúdo cecal, fígado e baço. Análises histopatológicas demonstraram que estirpes flageladas (SE ΔmotB e SE) induziram reatividade linfóide em inglúvio, ceco, íleo e fígado. No entanto, nos estágios iniciais da infecção a estirpe SE ΔfliC não estimulou a reatividade linfóide em lâmina própria de ceco e íleo mas induziu discretos focos necróticos em fígado. Portanto, neste estudo a presença de estrutura flagelar e motilidade parece exercer um papel nos estágios iniciais da colonização intestinal e infecção sistêmica por SE nas aves. / Abstract: Salmonella Enteritidis (SE) causes fowl paratyphoid in poultry often related to outbreaks of food-borne diseases in humans. The contribution of flagella and motility in host pathogen interaction require further investigation. To better understand the individual contribution of these virulence factors in poultry, one day old chickens were challenged orally with wildtype strain of SE, a nonmotile but fully flagellated (SE ΔmotB) and aflagellated mutant (SE ΔfliC). Faecal excretion and colonization of liver, spleen and cecal contents by the SE strains were assessed. Additionally, the assessment of gross and microscopic alterations was also performed. At the early stages of infection both mutants showed lower capacity to colonize the ceca, besides the lower recovering in spleen of SE ΔfliC comparing to the wild type of SE. After 7 dpi there were no differences among the counts of the three strains in ceca, liver and spleen. Histopathological analyses demonstrated that flagellated strains (wild type SE and SE ΔmotB) induced lymphoid reactivity in crop, ceca, ileum and liver. On the other hand, in the early stages of infection, SE ΔfliC strain did not stimulate lymphoid reactivity in lamina propria of ceca and ileum but induced discrete necrotic foci in liver. Thus in the present study the flagellar structure and motility seemed to play a role at the early stages of the intestinal colonization and systemic infection by SE in the chicken. / Mestre

O volume de dados gerados pelos vários projetos de sequenciamento genômico tem aumentado drasticamente nos últimos anos. Para processar, adequadamente, toda essa massa de dados são necessárias ferramentas eficientes a fim de se extrair informações genéticas úteis. Algumas das informações mais importantes neste processo são conhecidas como genes. A identificação computacional de genes de organismos eucariotos ainda é um problema em aberto, e é uma das principais tarefas em bioinformática atualmente. O presente trabalho investiga as principais técnicas utilizadas na tarefa de identificação de genes e propõe a aplicação de algumas delas, em uma arquitetura híbrida, baseada em software embarcado e hardware reconfigurável utilizando FPGA. O principal objetivo é desenvolver uma ferramenta que possa reduzir o tempo de execução do processo da identificação de genes em sequências de DNA explorando o paralelismo inerente dos modelos adotados e descrevendo-os em uma linguagem de descrição de hardware. Dentre as principais contribuições do presente trabalho estão a implementação de sensores de sinais em hardware reconfigurável e a proposta de um modelo para gerenciamento dos sensores. Os resultados obtidos comprovam a adequação do modelo proposto ao problema em questão e abre novas possibilidades ao uso da computação reconfigurável e dos sistemas embarcados na solução dos problemas de bioinformática. / The amount of data produced by the several genomic sequencing projects has increased dramatically in recent years. To process all this data, effective tools to extract useful genetic information are needed. One of the most important information in this process are known as genes. The computational identification of genes of eukaryotic organisms is still an open problem, and it is a major task in bioinformatics today. This study investigates the main techniques used in the task of identifying genes, and proposes the use of some of them, in a hybrid architecture, based on embedded software and reconfigurable hardware using FPGA. The main goal is to develop a tool that can reduce the runtime of the process of identifying genes in DNA sequences, exploring the parallelism inherent in the models adopted, and describing them in a hardware description language. Among the main contributions of this work are the implementation of sensor signals in reconfigurable hardware and the proposal of a model for managing the sensors. The results confirm the suitability of the proposed model to the problem and open new possibilities to the use of reconfigurable computing and embedded systems for solving bioinformatics problems.

Salmonella do grupo paratifóide é responsável por toxi-infecção alimentar no homem, veiculada por alimentos contaminados. Este estudo determinou o perfil genotípico de nove amostras de S. Typhimurium, a sua patogenicidade, assim como sua capacidade de colonização e invasão em aves SPF. Verificou-se pela análise dos genes: agfA, avrA, cdtB, fimA, fliC, invA, iroN, lpfC, mgtC, pefA, sefC, sifA, sipB, sipC, sitC, slyA, sopB, sopE1, sptP ou spvC em amostras de Salmonella Typhimurium que todas foram negativas para os genes sopE1 ou spvC. O gene cdtB estava presente em apenas uma amostra (11,11%) e o gene pefA em duas amostras (22,22%). O gene sefC foi encontrado em três amostras (33,33%). Em oito amostras (88,88%) os genes agfA, fimA, lpfC ou sptP estiveram presentes. Os genes avrA, fliC, invA, iroN, mgtC, sifA, sipB, sipC, sitC ou slyA ou sopB estiveram presentes em 100% das amostras analisadas. Determinou-se quatro perfis genotípicos. No ensaio de patogenicidade observou-se que as amostras inoculadas por via oral, não causaram mortalidade de pintinhos SPF de um dia de idade, com a exceção da amostra SA 633 e SA 006 que apresentaram 30 e 10%, respectivamente. No entanto, observou-se que a infecção por via subcutânea provocou uma maior mortalidade de pintinhos, sendo que as amostras SA 003, SA 004, SA 005 e a amostra vacinal mostraram somente 10% de mortalidade, a amostra SA 002 30%, as amostras SA 632 e SA 634 70% e a amostra SA 633 100%. A amostra SA 006 não provocou nenhuma mortalidade. A amostra mais patogênica pela via subcutânea foi a SA 633. O ensaio de colonização foi realizado em pintinhos SPF, com as amostras SA 002, SA 003, SA 004, SA 005, SA 006, SA 632, SA 633, SA 634 e amostra vacinal. Verificou-se ausência de invasão no fígado e baço 24 horas pós- infecção, exceto para as amostras SA 632 (30%) e amostra vacinal (20%). Após sete dias da infecção houve invasão em dois pintinhos com a amostra SA 002 e um pintinho com as amostras SA 004 e SA 005. Apenas na amostra SA 632 constatou-se colonização em ceco após 24 horas em 10% das amostras e após 7 dias em 70% pós-infecção. Concluiu-se que entre as amostras de Salmonella Typhimurium analisadas existiam diferentes perfis genotípicos baseando-se na presença ou ausência de genes de virulência, e que a amostra vacinal assemelha-se a amostras de S. Typhimurium estudadas quanto a presença dos genes. Os resultados do teste de patogenicidade das amostras de ST indicaram que a via de inoculação modifica a patogenicidade de uma mesma amostra e que a mortalidade após a inoculação pela via subcutânea é sempre superior que pela via oral. / Parathyphoid Salmonella are major food-borne pathogens spread by contaminated food products. This study determined the genotypic profile of nine samples of S. Typhimurium, pathogenicity, colonization and invasion in SPF chicks. It was found by analysis of genes: agfA, avrA, cdtB, fimA, fliC, invA, iroN, lpfC, mgtC, pefA, sefC, sifA, sipB, sipC, sitC, slyA, sopB, sopE1, sptP or spvC samples of S. Typhimurium all were negative to sopE1 or spvC. The cdtB gene was identified in one sample and pefA gene in two samples (22,22%). Sef C gene was detected in three samples (33,33%). In eight samples (88,88%) agfA, fimA, lpf or sptP were detected. AvrA, fliC, invA, iroN, mgtC, sifA, sipB, sipC, sitC, slyA and sopB were detected in all samples evaluated. Four genotypic profiles were established. Pathogenicity tests showed that samplesinoculated by oral gavage did not present mortality in one day old SPF chicks, except samples SA 633 and SA006 with 30 and 10%, respectively. However, it was observed that subcutaneous inoculation showed high mortality in SPF chicks than oral inoculation, and samples SA 003, SA004, SA005 and vaccinal strain showed 10% of mortality, 30% for sample SA002, 70% in the samples SA632 and SA 634 and 100% when the sample SA 633 was inoculated. No mortality was observed in sample SA006. Colonization test was performed in SPF chicks using the samples: SA002, SA 003, SA 004, SA005, SA006, SA 632, SA 633, SA 634 and vaccinal strain. The more pathogenic strain subcutaneously was the SA 633. There was not invasion in liver and spleen 24 hours p.i., except for sample SA 632 (30%) and vaccinal strain (20%). Seven days p.i. invasion was detected in two chicks inoculated with samples identified as SA 004 and SA 005. Sample SA 632 showed 10% of cecal colonization 24 hours p.i. and 70% after one week p.i. It was concluded that Salmonella Typhimurium strains including the vaccinal strain, showed different genotypical profiles, based on the presence or absence of genes of virulence genes. The results of the pathogenicity test indicated that inoculation route modify the pathogenicity of the same strain, and the mortality post-inoculation was always higher in chicks inoculated by subcutaneous route when compared to the oral route.