The use of microsatellite markers has matured and become commonplace for plant genome analyses and is now poised for widespread practical application in sugarcane. Sequence Tagged Microsatellite Site (STMS) amplification is the most prevalent microsatellite-based approach and involves the amplification of a microsatellite by designing primers that flank and hence define the microsatellite site, revealing variation in the length of repeat motifs between individuals. Twenty-six microsatellite primer pairs received from the International Sugarcane Microsatellite Consortium (ISMC) were evaluated and the STMS protocol was optimised to ensure robust and reproducible results. The objectives of this study were to use STMS for sugarcane parentage analysis and fingerprinting. Previously, Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) marker data had suggested that the parentage of a genetic mapping population, sugarcane cross AA40 (N18 x CP57/614), was incorrect. Based on the assertion that the incorrect parentage was as a result of either mislabelling at planting or at seed collection, microsatellite parentage analysis was carried out on eight potential parent pairs (13 cultivars). A total of 75 markers were scored with non-parental bands (12 on average) being observed for all of the potential parent pairs and none could be identified as the true AA40 parents. It has been suggested in other plant species that PCR artefacts could give rise to non-parental bands and to investigate this the marker data of single parent DNA reactions and pooled parent pair DNA reactions or 'synthetic offspring' were compared. The results suggested that either a certain percentage of non-parental bands, perhaps 10% (maximum value observed), should be tolerated in microsatellite parentage analysis or a marker should only be considered to be discriminating for parentage if it is absent in both the parents and the pooled parent pair amplifications. Fingerprinting of 20 cultivars using 14 microsatellite primer pairs was conducted to evaluate the potential of the STMS approach for sugarcane varietal identification. It was found that only two microsatellite primer pairs were required to discriminate between all 20 cultivars with a theoretical number of non-differentiated pairs of cultivars (XK) of only 0.03. This estimator was used to determine the approximate number of microsatellites necessary for large-scale sugarcane fingerprinting. / Thesis (M.Sc.)-University of Natal, Durban, 2002.

Genetic as well as environmental factors are believed to be of importance in the etiology of rheumatoid arthritis (RA). There are a number of previous studies of genetic markers in RA, but so far no genetic linkage and only a few associations have been found. Of the associations only one (with the HLA antigen DR4) appears to be well documented. In most previous association studies the patients have not been divided according to sex and family history of RA. In this investigation the HLA antigens A, B and DR and five serum protein systems (Bf, C3, Pi, Hp and Tf) were studied in patients with erosive rheumatoid arthritis (RA), from northern Sweden. Special attention was paid to variations in the strength of associations accord­ing to sex and family history of polyarthritis. The following results were found:  The frequency of the HLA antigen B27 was significantly increased in the North-Swedish population (16.6%) and among patients with a family history of polyarthritis (42.6%). In agree­ment with previous investigations a significantly increased frequency of the DR4 antigen was found in the RA patients.  In the properdin factor B (Bf) system the S phenotype was found to be significantly in­creased in male patients and in patients with a family history of polyarthritis, more severe form of RA and high titres of rheumatoid factor.  No significant differences with respect to phenotype or gene frequencies were found in the C3 complement system. Thus, the association between RA and C3 found in previous investiga­tions was not confirmed.  A significant increase of rare alpha-1-antitrypsin (Pi) types (MS, MZ, MF and SZ) was found among RA patients. However, the increase concerned mainly Z heterozygotes and was more strongly pronounced among male patients.  In the haptoglobin system a significant increase of the Hp^ gene and the Hp2-2 type was found among patients with a family history of polyarthritis, more pronounced among males.  A significant increase of the transferrin gene and of the 2 type was found among male RA patients, more pronounced among patients with a family history of polyarthritis. In 6 out of 8 gene loci studied significant associations were found, which is in agreement with a multifactorial etiology of RA. The results were largely in agreement with the hypothesis that associations would be expected to be stronger in males and in patients with a family history of polyarthritis. A notable finding was the high frequency of first degree relatives (around 40%) with symmetric peripheral polyarthritis of which more than 70% had a diagnosis of RA verified by hospital records. / <p>Diss. (sammanfattning) Umeå : Umeå universitet, 1985, härtill 6 uppsatser.</p> / digitalisering@umu

Resumo: Os marcadores de microssatélites tem sido utilizados com grande freqüência como ferramenta efetiva para estudos de estrutura genética de populações, fluxo gênico, parentesco e para quantificar os efeitos da fragmentação de habitats e guiar estratégias de conservação e melhoramento genético. Este trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade genética e o sistema reprodutivo em progênies de duas populações de Myracrodruon urundeuva, procedentes de Aramina-SP e Selvíria-MS, assim como verificar os efeitos da ação antrópica sobre estas populações. Foram avaliadas 25 progênies de cada população, cada uma com 17 a 20 indivíduos, sendo analisados oito locos polimórficos de regiões microssatélites. Observouse 118 alelos nas duas populações e o número efetivo por loco ( e A ∧ = 4,05) foi inferior ao número médio de alelos por loco ( ∧A= 14,75), indicando elevado número de alelos em baixa freqüência. O índice de fixação (F = 0,210 e 0,107, respectivamente para Aramina e Selvíria) foi positivo, relativamente alto e significativamente diferente de zero. A taxa de cruzamento multilocos ( ∧ m t = 1,000 e ∧ m t = 1,000) e unilocos ( ∧ s t = 0,989 e ∧ s t = 0,999) para as populações de Aramina e Selvíria, respectivamente, foram altos, confirmando que a espécie é obrigatoriamente de cruzamento. A diferença entre a taxa de cruzamento multilocos e unilocos indicam cruzamentos entre indivíduos aparentados na população de Aramina. 9 Entretanto, as duas populações apresentaram alta diversidade genética, o que as qualifica para utilização em programas de conservação e melhoramento genético da espécie. / Abstract: The microsatellite markers has been often employed as effective tool for studies of genetic structure of populations, gene flow, relationship and also for to quantify environmental fragmentation effects and to outline strategies for conservation and breeding. This study aimed to evaluate the genetic diversity and mating system in progenies of two Myracrodruon urundeuva populations from Aramina-SP and Selvíria-MS, as well as verify the effects of antropic action on these populations. From each population were evaluated 25 progenies, with 15-20 individuals each, using genetic data from 8 microsatellite loci. There was 118 alleles in both populations and the actual number per locus ( e A ∧ = 4.05) was lower than the average number of alleles per locus ( ∧A = 14.75), indicating high number of alleles in low frequency. The fixation index (F = 0,210 e 0,107, respectively for Aramina and Selvíria) was positive, relatively high and significantly different from zero. The multilocus outcrossing rate ( ∧ m t = 1,000 e ∧ m t = 1,000) single-locus ( ∧ s t = 0,989 e ∧ s t = 0,999) for the populations for Aramina and Selvíria, respectively, they were high, confirming that the species is obligatorily for outcrossing. The difference between the multilocus outcrossing rates and single-locus outcrossing rate indicates mating among relatives in the Aramina population. Meanwhile, the 11 two populations had high genetic diversity, which qualifies them for use in programs for conservation and breeding of this species. / Orientador: Mário Luiz Teixeira de Moraes / Coorientador: Cristina Lacerda Soares Petrarolha Silva / Banca: Alexandre Magno Sebbenn. / Banca: Karina Martins. / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-06Bitstream added on 2014-06-13T19:18:12Z : No. of bitstreams: 1 perezviegas_m_me_ilha.pdf: 402677 bytes, checksum: bbfc07fa77debb297881fa5d75487697 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os marcadores de microssatélites tem sido utilizados com grande freqüência como ferramenta efetiva para estudos de estrutura genética de populações, fluxo gênico, parentesco e para quantificar os efeitos da fragmentação de habitats e guiar estratégias de conservação e melhoramento genético. Este trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade genética e o sistema reprodutivo em progênies de duas populações de Myracrodruon urundeuva, procedentes de Aramina-SP e Selvíria-MS, assim como verificar os efeitos da ação antrópica sobre estas populações. Foram avaliadas 25 progênies de cada população, cada uma com 17 a 20 indivíduos, sendo analisados oito locos polimórficos de regiões microssatélites. Observouse 118 alelos nas duas populações e o número efetivo por loco ( e A ∧ = 4,05) foi inferior ao número médio de alelos por loco ( ∧A= 14,75), indicando elevado número de alelos em baixa freqüência. O índice de fixação (F = 0,210 e 0,107, respectivamente para Aramina e Selvíria) foi positivo, relativamente alto e significativamente diferente de zero. A taxa de cruzamento multilocos ( ∧ m t = 1,000 e ∧ m t = 1,000) e unilocos ( ∧ s t = 0,989 e ∧ s t = 0,999) para as populações de Aramina e Selvíria, respectivamente, foram altos, confirmando que a espécie é obrigatoriamente de cruzamento. A diferença entre a taxa de cruzamento multilocos e unilocos indicam cruzamentos entre indivíduos aparentados na população de Aramina. 9 Entretanto, as duas populações apresentaram alta diversidade genética, o que as qualifica para utilização em programas de conservação e melhoramento genético da espécie. / The microsatellite markers has been often employed as effective tool for studies of genetic structure of populations, gene flow, relationship and also for to quantify environmental fragmentation effects and to outline strategies for conservation and breeding. This study aimed to evaluate the genetic diversity and mating system in progenies of two Myracrodruon urundeuva populations from Aramina-SP and Selvíria-MS, as well as verify the effects of antropic action on these populations. From each population were evaluated 25 progenies, with 15-20 individuals each, using genetic data from 8 microsatellite loci. There was 118 alleles in both populations and the actual number per locus ( e A ∧ = 4.05) was lower than the average number of alleles per locus ( ∧A = 14.75), indicating high number of alleles in low frequency. The fixation index (F = 0,210 e 0,107, respectively for Aramina and Selvíria) was positive, relatively high and significantly different from zero. The multilocus outcrossing rate ( ∧ m t = 1,000 e ∧ m t = 1,000) single-locus ( ∧ s t = 0,989 e ∧ s t = 0,999) for the populations for Aramina and Selvíria, respectively, they were high, confirming that the species is obligatorily for outcrossing. The difference between the multilocus outcrossing rates and single-locus outcrossing rate indicates mating among relatives in the Aramina population. Meanwhile, the 11 two populations had high genetic diversity, which qualifies them for use in programs for conservation and breeding of this species.

Foram analisadas informações provenientes de um experimento de avaliação de sistemas cruzamento entre raças bovinas de corte, executado na Embrapa Pecuária Sudeste, com o objetivo de avaliar o efeito dos polimorfismos genéticos da kappa-caseína-HinfI (CSN3): AA e AB, do hormônio do crescimento-AluI (GH): LL e LV e da b-lactoglobulina-HaeIII (LGB): AA, AB e BB sobre a curva de crescimento de bovinos de três grupos genéticos, ½Nelore+½Canchim (NC), ½Nelore+½Aberdeen-Angus (NA) e ½Nelore+½Simental (NS), nascidos nos anos de 1998 e 1999. Os pesos foram medidos ao nascimento, ao desmame e mensalmente dos 8 aos 19 meses de idade. As análises foram realizadas por meio de duas abordagens. Na primeira, as estimativas dos parâmetros A (valor assintótico), k (taxa de maturação) e m (ponto de inflexão) obtidas do modelo Logístico, ajustado para descrever o crescimento de cada animal, foram analisados usando um modelo linear, que incluiu além do efeito do genótipo, o qual foi formado pela concatenação dos polimorfismos genéticos de CSN3, GH e LGB (G1=AALLAA, G2=AALLAB, G3=AALLBB, G4=AALVAB, G5=AALVBB, G6=ABLLAA, G7=ABLLAB, G8=ABLLBB, G9=ABLVAA, G10=ABLVAB e G11=ABLVBB), o ano de nascimento, o sexo e o manejo alimentar. Para os animais do grupo genético NC, os genótipos influenciaram significativamente as estimativas dos parâmetros A e k da curva de crescimento. O genótipo G3 apresentou valor inferior de A e superior de k em relação aos genótipos G7 e G8. Na segunda abordagem, os dados foram analisados por modelos não lineares, incluindo no modelo, os efeitos fixos de grupo contemporâneo e de genótipo dos genes CSN3 GH e LGB, com o objetivo de verificar a influência destes genes sobre a curva de crescimento destes animais e estimar os parâmetros da função Logística, simultaneamente. Os resultados deste estudo sugerem que a função Logística utilizada para descrever o crescimento dos grupos genéticos NC, NA e NS, foi influenciada pelos genótipos dos genes CSN3, GH e LGB. As maiores diferenças entre os genótipos dos genes CSN3, GH e LGB foram encontradas a partir dos 12-13 meses de idade. O genótipo AA para CSN3 apresentou maior taxa de maturação (k) que o genótipo AB nos grupos genéticos NC, NA e NS. Quanto ao valor assintótico (A), diferença entre AA e AB, foi pequena nos grupos genéticos NC e NS. Para o polimorfismo do GH no grupo genético NA, a curva que descreve o crescimento dos animais do genótipo LL mostrou-se mais desejável, do ponto de vista de produção de bovinos de corte. Entretanto, ocorreu uma inversão desta tendência no grupo genético NS. O mesmo ocorreu para o LGB, em que os genótipos AA e AB apresentaram estimativas do parâmetro k superiores em relação ao genótipo BB no grupo genético NA, enquanto o genótipo AB apresentou estimativa de k inferior em relação ao genótipo BB, no grupo genético NS. Evidências de que os polimorfismos dos genes CSN3, GH e LGB estejam ligado a QTL influenciando a curva de crescimento de bovinos, indicam que no futuro os genótipos destes genes podem ser usados em programas de seleção assistida por marcadores. / Data from a crossbreeding experiment, carried out at Embrapa Southeast Cattle Research Center, State of São Paulo, Brazil, were analyzed in order to evaluate the effects of kappa-casein-HinfI (CSN3): AA and AB, growth hormone-AluI (GH): LL and LV, and b-lactoglobulin-HaeIII (LGB): AA, AB and BB, polymorphism on the growth curve of three beef cattle crosses, ½Nellore + ½Canchim (NC), ½Nellore + ½Aberdeen Angus (NA) and ½Nellore + ½Simmental (NS). Animals were born in the years 1998 and 1999. Weight measurements were collected at birth, weaning (7 months of age) and monthly from 8 to 19 months of age. The effect these genetic polymorphisms were analyzed by two approaches. In the first one, the parameters A (asymptotic value), k (maturing rate) and m (inflection point) estimated by Logistic model for each animal, were analyzed by least squares, fitting a linear model which included the fixed effects of the genotype, which was identified by combination of polymorphic RFLP’s of the genes CSN3, GH e LGB (G1=AALLAA, G2=AALLAB, G3=AALLBB, G4=AALVAB, G5=AALVBB, G6=ABLLAA, G7=ABLLAB, G8=ABLLBB, G9=ABLVAA, G10=ABLVAB e G11=ABLVBB), year of birth, sex and feed management. For the NC genetic groups, was detected significant effect of genotypes groups for A and k parameters estimates. The genotypes G3 presented inferior value of A and superior of k in relation to G7 and G8. In the second approach, it was fitted a Logistic non linear model which included the fixed effects of the contemporary group and genotype of the genes CSN3, GH and LGB, to examine the effect of these markers on growth curve parameters and to obtain the parameters estimates of the Logistic function, simultaneously. The growth curve used to explain the growth of the NC, NA and NS genetic groups, was influenced by genotypes of the CSN3, GH e LGB markers The major differences started at 12-13 months of age. The value of the maturing rate (k) of the AA genotype for CSN3 was superior in relation to AB genotype in the NC, NA and NS genetic groups. However, there was observed small difference in estimate of the asymptotic value (A) for the AA and AB genotypes in NC and NS genetic groups. For the GH polymorphism in NA genetic group the growth curve of the LL genotype showed more desirable to production of the beef cattle. The same was observed for the LGB, there were superior values of the parameter k of the AA and AB genotypes in relation to the BB for the NA genetic group, however there was inferior value of the parameter k of the AB genotype in relation to the BB, for the NS genetic group. Evidences that CSN3, GH and LGB polymorphism are linked to QTL influencing growth curve in beef cattle, indicates these genotypes may be a useful marker in future maker-assisted selection programs.

Muito pouco se conhece sobre os ácaros Eriophyoidea associados às palmeiras no Brasil e em outras partes do mundo. O ácaro do coqueiro, Aceria guerreronis Keifer (Prostigmata: Eriophyidae), representa uma das principais pragas desta cultura em diversas regiões produtoras. Informações sobre o espectro de hospedeiros, região de origem e fontes de recentes introduções deste ácaro são importantes para orientar a prospecção de agentes de controle biológico e a adoção de medidas quarentenárias. Levantamentos de ácaros Eriophyoidea em palmeiras podem fornecer novas informações sobre o espectro de hospedeiros de A. guerreronis. O conhecimento da acarofauna associada às palmeiras também pode fornecer subsídios ao reconhecimento futuro destes ácaros em cultivos comerciais de palmeiras. No presente estudo, realizou-se um levantamento de Eriophyoidea em 191 espécies de palmeiras (nativas e introduzidas) de algumas localidades da América. Foram coletadas 38 espécies de Eriophyoidea, mas A. guerreronis não foi encontrada em nenhuma das amostras analisadas, exceto no coqueiro, Cocos nucifera L.. Relatos de novos hospedeiros e novas localidades de ocorrência são apresentados. Dentre os 26 táxons identificados como novos, foram descritos três novos gêneros e 17 novas espécies. Com o objetivo de facilitar estudos futuros, foram reunidas informações, publicadas e novas (adquiridas durante o desenvolvimento deste projeto), sobre as espécies de Eriophyoidea associadas às palmeiras no mundo, e uma chave dicotômica para auxiliar na separação das mesmas foi elaborada. Visando a obtenção de informações sobre aspectos biogeográficos de A. guerreronis, foram realizadas análises filogeográficas, baseadas em seqüências de DNA ribossomal (ITS) e mitocondrial (16S e CO-I), e morfométricas, utilizando técnicas de morfometria multivariada tradicional [Análise dos Componentes Principais (ACP) e Análise de Variáveis Canônicas (AVC)] e morfometria geométrica [Análise de Deformações Relativas (ADR), utilizando a função Thin-plate splines], de 29 populações ao longo de sua área de ocorrência na América, África e Ásia. As análises filogenéticas foram realizadas utilizando-se probabilidade máxima, parcimônia máxima e inferência Bayesiana. ACPs e ADCs foram conduzidas para seis combinações de populações (Brasil; América; América & África; América & Ásia; África & Ásia e América, África & Ásia). ADR foram aplicadas às regiões do escudo dorsal, coxi-genital e ventral de A. guerreronis. As matrizes de peso das ADR aplicadas aos indivíduos de todas as populações foram analisadas através de AVC. Os resultados das análises filogeográficas e morfométricas foram concordantes e são consistentes com o possível histórico de disseminação e invasões de A. guerreronis e com a hipótese de que o coqueiro não seja seu hospedeiro original. Estes resultados sugerem que A. guerreronis apresenta origem americana, que a introdução na África ocorreu a partir de um número reduzido de indivíduos, e que possivelmente a introdução na Ásia se deu a partir de populações africanas ou tenha a mesma população fonte que estas. Visando a aquisição de espécimes de A. guerreronis para o estudo da variabilidade genética e morfológica de populações, foram inspecionadas amostras de frutos de coco de diversas localidades da América. Vários outros ácaros além de A. guerreronis foram também coletados e identificados. Os sintomas observados nos frutos infestados pelas diferentes espécies fitófagas foram descritos. / Little is known about the Eriophyoidea mites associated with palm trees in Brazil and other parts of the world. The coconut mite, Aceria guerreronis Keifer (Prostigmata: Eriophyidae), represents a major pest of this crop in several production areas. Information on host range, region of origin and sources of recent introductions of this mite are important aspects to guide prospections of biological control agents and adoption of quarantine measures. Surveys of Eriophyoidea mites on palm trees can provide new information on the host range of A. guerreronis. Knowledge on the mite fauna associated with palms can be useful in their future recognition in commercial palm crops. A survey of the Eriophyoidea on 191 palm species (native and introduced) was conducted in some localities of America in this study. Thirty-eight Eriophyoidea species were collected, but A. guerreronis was not found. Reports of new hosts and new localities of occurrence were presented. Of 26 taxa identified as new, three new genus and 17 new species were described. With the objective to facilitate future studies, published and new (acquired during development of this project) information on Eriophyoidea mites associated with palms was summarized and a dichotomous key to help in the separation of those mites was prepared. To obtain information on biogeographical aspects of A. guerreronis, phylogeographical analyses, based on ribosomal (ITS) and mitochondrial (16S e CO-I) DNA, and morphometrical analyses, using traditional multivariate morphometry [Principal Component Analysis (PCA) and Canonical Variables Analysis (CVA)] and geometric morphometry techniques [Relative Warp Analysis (RWA) through Thin-plate splines function] of 29 populations, along its occurrence area in America, Africa and Asia, were conducted. Phylogenetic analyses were conducted using maximum likelihood, maximum parsimony and Bayesian inferences. PCAs and CVAs were conducted with six combinations of populations (Brazil; America; America & Africa; America & Asia; Africa & Asia and America, Africa & Asia) were conducted. RWAs were applied to prodorsal shield, coxi-genital and ventral regions of A. guerreronis. Weight matrixes of RWA applied to specimens of all populations were analyzed through CVA. Results of phylogeographical and morphometric analyses were compatible and are consistent with the possible historic of dissemination and invasion of A guerreronis history and with the hypothesis that the coconut is not the original host of this mite. These results suggest that A. guerreronis has an American origin; that few individuals were introduced to Africa; that populations introduced to Asia probably originated in Africa or had the same source as the African populations. Aiming to acquire A. guerreronis specimens for the genetic and morphological variability studies, coconut fruits from several localities in America were inspected. Several other mites were also collected and identified. Symptoms observed on the fruits infested by different phytophagous species were described.

O mapeamento de QTL's difere dos demais tipos de pesquisas conduzida em genética. Por se tratar basicamente de um procedimento de testes múltiplos, surge, neste contexto, um problema que se refere ao nível de significância conjunto da análise, e consequentemente, seu poder. Deste modo, avaliou-se, via simulação computacional de dados, o poder de detecção de QTL's da análise de marcas simples, realizada por meio de regressão linear múltipla, utilizando o procedimento stepwise" para seleção das marcas e procedimentos baseados em testes individuais, utilizando os critérios FDR e de Bonferroni para determinação nível de significância conjunto. Os resultados mostraram que o procedimento baseado em regressão múltipla, utilizando o procedimento stepwise" foi mais poderoso em identificar as marcas associadas a QTL's e, mesmo nos casos em que este procedimento apresentou poder ligeiramente inferior aos demais, verificou-se que o mesmo tem como grande vantagem selecionar apenas as marcas mais fortemente ligadas aos QTL's. Dentre os critérios FDR e de Bonferroni, o primeiro mostrou-se, em geral, mais poderoso, devendo ser adotado nos procedimentos de mapeamento por intervalo. Outro problema encontrado na análise de QTL's refere-se µa abordagem da interação QTL's x ambientes. Neste contexto, apresentou-se uma partição da variância da interação genótipos x ambientes em efeitos explicados pelos marcadores e desvios, a partir da qual obtiveram-se os estimadores da proporção da variância genética (pm), e da variância da interação genótipos x ambientes (pms), explicadas pelos marcadores moleculares. Estes estimadores independem de desvios das frequências alélicas dos marcadores em relação µ as esperadas (1:2:1 em uma geração F2, 1:1 em um retrocruzamento, etc.), porém, apresentam uma alta probabilidade de obtenção de estimativas fora do intervalo paramétrico, principalmente para valores elevados destas proporções. Contudo, estas probabilidades podem ser reduzidas com o aumento do número de repetições e/ou de ambientes nos quais as progênies são avaliadas. A partir de um conjunto de dados de produtividade de grãos, referentes µ a avaliação de 68 progênies de milho, genotipadas para 77 marcadores moleculares codominantes e avaliadas em quatro ambientes, verificou-se que as metodologias apresentadas permitiram estimar as proporções pm e pms, bem como classificar as marcas associadas a QTL's, conforme seu nível de interação. O procedimento permitiu ainda a identificação de regiões cromossômicas envolvidas no controle genético do caractere sob estudo conforme sua maior ou menor estabilidade ao longo dos ambientes. / In general terms, QTL mapping di®ers from other research ac-tivities in genetics. Being basically a multiple test procedure, problems arise which are related to the joint level of signi¯cance of the analysis, and consequently, to its power. Using computational simulation of data, the power of simple marker analysis, carried out through multiple linear regression, using stepwise procedures to select the markers was obtained. Procedures based on single tests, using both the FDR and the Bonferroni criteria to determinate the joint level of signi¯cance were also used. Results showed that the procedure based on multiple regression, using the stepwise technique, was the most powerful in identifying markers associated to QTL's. However, in cases where its power was smaller, its advantage was the ability to detect only markers strongly associates with QTL's. In comparision with the Bonferroni method, the FDR criterion was in general more powerful, and should be adopted in the interval mapping procedures. Additional problems found in the QTL analysis refer to the QTL x environment interaction. We consider this aspect by par-titioning the genotype x environment interaction variance in components explained by the molecular markers and deviations. This alowed estimating the proportion of the genetic variance (pm), and genotype x environment variance (pms), explained by the markers. These estimators are not a®ected by deviations of allelic frequencies of the markers in relation to the expected values (1:2:1 in a F2 generation, 1:1 in a backcross , etc). However, there is a high probability of obtaining estimates out of the parametric range, specially for high values of this proportion. Nevertheless, these probabilities can be reduced by increasing the number of replications and/or environments where the progenies are evaluated. Based on a set of grain yield data, obtained from the evaluation of 68 maize progenies genotyped for 77 codominant molecular markers, and evaluated as top crosses in four environments, the presented methodologies allowed estimating proportions pm and pms as well the classification of markers associated to QTL's, with respect to its level of genotype x environment interaction. The procedure also allowed the identification of chromosomic regions, involved in the genetical control of the considered trait, according to its stability, in relation to the observed environmental variation.

Em todo o mundo, a cultura da banana tem enfrentado uma série de problemas relacionados a ocorrência de doenças e pragas, para as quais, a obtenção de cultivares resistentes é a forma mais viável de controle. Híbridos tetraplóides promissores, obtidos a partir do cruzamento de cultivares triplóides com diplóides cultivados, selvagens ou melhorados, têm sido produzidos pelos diferentes programas de melhoramento. No entanto, o sucesso num programa de melhoramento depende inicialmente do completo conhecimento da diversidade genética do germoplasma disponível. Os marcadores microssatélites constituem-se em ferramentas valiosas para este fim. Este trabalho objetivou caracterizar, por marcadores microssatélites, 84 genótipos de Musa, a partir do estabelecimento de uma metodologia de detecção do polimorfismo em géis de seqüenciamento, por meio da coloração com prata. Os genótipos foram analisados em dois experimentos distintos. No primeiro experimento, as relações genéticas existentes entre 35 genótipos, compreendendo cultivares triplóides, raças locais (landraces) e híbridos tetraplóides foram investigadas empregando-se 11 primers SSRs. A análise fenética obtida mostrou concordância com a caracterização baseada em descritores morfológicos. Os genótipos agruparam-se com base na composição genômica, grupo genômico e subgrupo. Alguns híbridos tetraplóides apresentaram distorções na proporção de alelos doados pelo genitor feminino triplóide, o que suporta constatações recentes sobre a ocorrência de recombinação durante a formação dos gametas femininos. No segundo experimento, nove primers SSRs foram empregados na caracterização de 49 genótipos diplóides, divididos em três 'subgrupos' (cultivados, selvagens e melhorados) e na determinação das relações genéticas existentes entre estes materiais e nove cultivares comerciais triplóides. A análise fenética conduzida sobre todos os genótipos, não evidenciou uma perfeita separação dos genótipos diplóides em seus respectivos subgrupos, possivelmente devido a existência de muitos alelos comuns a eles. A estatística Rst confirmou este resultado. Alguns genótipos diplóides exibiram uma forte relação com as cultivares triplóides AAA tipo exportação. Os marcadores microssatélites mostraram-se altamente eficientes na caracterização e discriminação do germoplasma de Musa, gerando fingerprinting únicos para um grande número de genótipos. Um grande número de alelos pôde ser detectado, o que comprovou a natureza multialélica deste tipo de marcador. Os genótipos diplóides foram os que apresentaram a maior diversidade, refletida pelo maior número de alelos detectados e pela baixa similaridade entre os clones. Nos dois experimentos, observou-se uma alta proporção de alelos "multiplex", bem como locos duplicados, o que resultou na perda do caráter codominante dos marcadores SSRs. As implicações decorrentes destas observações foram consideradas. A metodologia de coloração com prata apresentada mostrou ser um procedimento eficiente, rápido, simples e de baixo custo na detecção do polimorfismo SSRs. / The banana (Musa) industry has faced various disease and pest problems all over the world, and the development of resistant cultivars is the most attractive way of control. Promising tetraploid hybrids, derived from crosses between triploid cultivars and wild, cultivated or selected diploids, have been developed from different breeding programs. However, the success in a breeding program depends on the knowledge about the genetic diversity of the available germplasm. Microsattelite is an important tool for estimating the genetic diversity. This work aimed to characterize 84 Musa genotypes using microsattelite markers, based on a method for polymorphism detection with electrophoresis on sequencing gel stained with silver nitrate. The genotypes were analyzed in two experiments. In the first one, the genetic relationships between 35 genotypes, including triploid cultivars, landraces and tetraploid hybrids, were investigated using 11 microsattelite primers. The phenetic analysis disclosed a grouping in agreement with the characterization based on morphological descriptors. The genotypes clustered according to genomic composition, genomic group and subgroup. Some tetraploid hybrids presented distortion of the proportion of alleles donated by the female triploid genitor, in support to recent description about the occurrence of recombination during female gamete formation. In the second experiment, 9 microsattelite primers were used to characterize 49 diploid genotypes, divided into three subgroups (cultivated, wild and selected) and to determine the genetic relationships between these genotypes and 9 commercial triploid cultivars. The phenetic analysis of all the genotypes did not demonstrate a separation of the diploid genotypes into the respective subgroups, possibly because of the occurrence of various alleles in common The statistic Rst confirmed this result. Some diploid genotypes showed a strong relationship with export-type triploid AAA cultivars. Microsattelite markers were shown to be highly efficient for Musa germplasm characterization and discrimination, generating unique fingerprinting for a large number of genotypes. A large number of alleles was detected, demonstrating the multi-allelic nature of this marker. The diploid genotypes presented the largest diversity, reflected by the largest number of detected alleles and by the low similarity between clones. In both experiments, a large proportion of multiplex alleles was, as well as duplicated loci, resulting in the loss of the codominant character of the marker. The resulting implications were considered. The methods of silver staining showed to be a quick, simple, efficient, and low-cost procedure to detect SSR polymorphism.

Linhagens endogâmicas (F@1,0) são usualmente utilizadas para a produção de híbridos de milho. Devido a elevada depressão por endogamia no milho, as linhagens endogâmicas apresentam baixa produtividade, encarecendo o custo das sementes de híbridos simples e tornando-os inacessíveis para grande parte dos agricultores dos países em desenvolvimento. Uma alternativa para contornar o problema seria utilizar linhagens parcialmente endogâmicas (0,0 < F < 1,0), selecionadas para capacidade de combinação e uniformidade. Relatos de literatura mostram que (a) híbridos simples de linhagens S3 (F=0,875) devem apresentar performances superiores as de híbridos triplos e duplos de linhagens endogâmicas; (b) a correlação genética entre híbridos simples de linhagens S3 e de linhagens endogâmicas (F@1,0) é elevada (r=0,94); e (c) a produtividade de linhagens S3 é em média 20% superior a de linhagens endogâmicas. Entretanto, a maior dificuldade em se produzir híbridos simples de linhagens parcialmente endogâmicas refere-se à manutenção destas, por apresentarem variabilidade genética. Devido a isto, o objetivo deste estudo foi avaliar a viabilidade de se produzir e utilizar híbridos simples de linhagens parcialmente endogâmicas S3. Para isso, oito linhagens S3 da população BR-105 e dez linhagens da população BR-106, as quais estão alocadas em grupos heteróticos distintos, selecionadas para capacidade de combinação e uniformidade, originais e mantidas por intercruzamentos e seleção moderada por cinco gerações, foram utilizadas. Durante as gerações de manutenção, pelo menos 50 plantas foram usadas. Estas linhagens e cruzamentos destas com dois testadores de grupos heteróticos diferentes, foram avaliados em quatro ambientes no ano agrícola de 1999/2000. Além disso, as linhagens originais e mantidas foram genotipadas utilizando o marcador molecular AFLP para estimar a similaridade genética entre elas. Os resultados obtidos mostraram que, excetuando-se uma linhagem da população BR-105 em que provavelmente ocorreu contaminação, apenas dois caracteres nas linhagens per se e apenas um caráter nos cruzamentos apresentaram alterações positivas e significativas, de treze caracteres avaliados. Entretanto estas alterações são muito pequenas para serem detectadas visualmente. Os resultados das similaridades genéticas entre as linhagens originais e mantidas, mostraram valores elevados, sendo que o limite superior do intervalo de confiança para a maioria das linhagens atingiu o valor 1,0, indicando que a manutenção das linhagens da forma como foi conduzida as suas integridades genéticas foram mantidas. Estes resultados permitiram concluir que seria viável a utilização de linhagens parcialmente endogâmicas S3 para a produção comercial de híbridos simples de milho. / Inbred lines (F@1.0) are usually used for the production of maize single-crosses. Because of the high inbreeding depression in maize, the inbred lines are lower yielding, which causes the seed prices to be costly and then inaccessible for most of the farmers in the developing countries. One way to circumvent the problem would be the use of partly inbred lines (0.0< F<1.0) selected for combining ability and for uniformity within the lines. Reported results have shown that: (a) theoretically, single-crosses from S3 lines (F=0.875) are expected to have superior performance than that of three-way and double-crosses; (b) the genetic correlation of single-crosses from S3 lines and from their inbred lines (F@1.0) counterparts is fairly high (r=0.94); and (c) S3 lines are on the average 20% higher yielding than highly inbred lines. However, the main difficulty in the production of single-cross from partly inbred lines is the maintenance of their genetic integrity because of the variability within them. Therefore, the ob-jective of this research was to study the feasibility of the development and the production of single-crosses from S3 lines. The genetic material included eight original S3 lines from the BR-105 population, and ten original S3 lines from the BR-106 population, selected for combining ability and for uniformity within them, and their counterparts maintained by sib-mating and mild selection for five generations. During the generations of maintenance at least 50 plants per line were used. The populations BR-105 and BR-106 have been assigned to distinct heterotic groups. The original, the maintained lines and their crosses with testers from different heterotic groups were evaluated in four environments in the growing season of 1999/2000. Also, the S3 lines were genotyped with the AFLP molecular marker in order to estimate the genetic similar-ity between the original and their maintained counterparts. The results showed that out of the 13 traits evaluated only two traits in the lines per se, and only one trait in the crosses changed significantly from the original lines to the maintained counterparts. However those changes are too low to be visually detected. The estimates of the genetic similarities between the original and their maintained counterparts S3 lines were high, and the upper bound of the confidence interval for most of the lines reach the limit value, i.e., 1.0. These results showed that the ap-proach uses for the maintenance of the S3 lines was effective and thus the genetic integrity of the lines were maintained. The results of this research could allow one to expect that would be feasible the use of partly inbred S3 lines for the commercial production of maize single-crosses.

Dentre os diversos aspectos geralmente observados na caracterização genética de populações naturais, a avaliação do grau de estruturação da variabilidade genética entre e dentro dos indivíduos e a obtenção de estimativas de parâmetros genéticos indicadores do sistema reprodutivo da espécie assumem grande importância. Os parâmetros de maior interesse neste caso são o índice de fixação intrapopulacional (f) e a taxa de fecundação cruzada (t). Pelo uso de simulações computacionais, este trabalho demonstra o caráter dinâmico do índice de fixação intrapopulacional em diferentes locos ao longo das gerações em decorrência do caráter finito da população e de variação nas taxas médias de fecundação cruzada entre gerações. Sugere-se que este caráter dinâmico representa uma explicação para a elevada variação, comumente reportada na literatura, das estimativas de f obtidas com locos diferentes avaliados em uma mesma população. Utilizando a abordagem Bayesiana, um modelo hierárquico de análise é proposto para a estimação de f, incorporando as informações obtidas de múltiplos locos não ligados, levando-se em conta a condicionalidade do processo de estimação ao polimorfismo dos locos utilizados. O modelo proposto incorpora o caráter dinâmico de f para diferentes locos e permite a estimação do número efetivo de indivíduos reprodutivamente ativos em uma população. Propõe-se ainda um modelo Bayesiano para a estimação da taxa de fecundação cruzada com base na informação de múltiplos locos, admitindo-se a possibilidade de ocorrência de apomixia. Os modelos propostos são avaliados por simulação e exemplos de aplicação a dados reais de marcadores moleculares codominantes são discutidos. Os resultados obtidos demonstram a aplicabilidade das metodologias propostas e o elevado potencial de aplicação da estatística Bayesiana em estudos de genética de populações. / Among the various aspects generally considered in the genetic characterization of natural populations of plant species, the evaluation of the degree of genetic structure within and among individuals and the estimation of parameters related to the species mating system are of great importance. In general, considerable effort is focused on the estimation of the intrapopulation fixation index (f) and the outcrossing rate (t). Using computer simulated data, the dynamic nature of f for different loci along generations is illustrated. The dynamic nature of f is shown to result from the finite condition of populations and from the variation in the mean values of the outcrossing rates among generations. It is suggested that this dynamic behavior explains the inconsistency, commonly reported in the literature, of f estimates obtained for different loci in a given population. Using a Bayesian approach, we propose a hierarchical model for the estimation of f, incorporating information obtained from different unlinked loci and considering the conditionality of the estimation process to genetic polymorphism. The proposed model incorporates the dynamic nature of f values for different loci and allows the estimation of the effective number of reproductively active individuals in a given population. Using a similar approach, a Bayesian model is also proposed for estimating the outcrossing rate using multiple loci information and incorporating the possibility of apomixis. The models proposed are evaluated by computer simulations and examples using real data from codominant molecular markers are presented. Results obtained illustrate the applicability of the proposed methods and reveal the great potential of use of Bayesian statistics in population genetic studies.