Resumo: Com o objetivo de ampliar o conhecimento sobre uma coleção de pimentas da Embrapa Roraima, foram realizadas caracterizações morfológica com descritores do IPGRI e molecular com marcadores fAFLP, de 58 acessos de Capsicum chinense. Os resultados da avaliação morfológica detectaram que, 39% dos acessos não se agruparam e entre os mesmos observou-se uma dissimilaridade de até 70%, com 50% de média. A caracterização molecular revelou uma dissimilaridade média de 22,3% entre os acessos levando à conclusão de que há uma pequena variabilidade genética entre os acessos, considerando o genoma como um todo. Os resultados demonstraram que as diferenças morfológicas estariam baseadas apenas em uma parte do genoma das pimentas, focada em características visíveis e mensuráveis pelo ser humano. Por outro lado, a variação observada a partir do DNA genômico por meio do marcador molecular utilizado não foi suficiente para ratificar as diferenças morfológicas observadas. Ambas as formas de caracterizar os acessos foram úteis e necessárias para o conhecimento dos mesmos, revelando informações valiosas para estratégias de conservação e uso das pimentas da Amazônia. / Abstract: In order to raise the knowledge about a pepper collection from Embrapa Roraima, IPGRI morphological descriptors and fAFLP molecular marker were used to characterize 58 acessions of Capsicum chinense, contributing with information about the diversity of those plants. The results of morphological evaluation showed that 39% of the accessions did not group together and it also detected a great dissimilarity among the accessions, reaching values above 70%, with a 50% medium. The molecular characterization showed an average dissimilarity of 22,3%, indicating little genetic variability on the collection evaluated, considering the total genome of the plants. These results demonstrate that variation detected by morphological descriptors would be related to only a small part of pepper genome, focusing on human visible and measurable traits. The variation observed directly on the genome by the molecular marker used was not sufficient to confirm the morphological differences observed among the accessions. Both ways of characterizing the accessions were useful and necessary to their knowledge, revealing valuable information for conservation strategies and the use of amazon peppers. / Orientador: Leila Trevizan Braz / Coorientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Banca: Maria Helena de Souza Goldman / Banca: Arlete Marchi Tavares de Melo / Banca: João Carlos de Oliveira / Banca: Lúcia Maria Carareto Alves / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-28Bitstream added on 2014-06-13T20:37:27Z : No. of bitstreams: 1 souza_a_me_jabo.pdf: 1098095 bytes, checksum: 90c36824f4f63db09ab3ab57ecb91613 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A mangueira (Mangifera indica L.) conta com diversos problemas de ordem fitossanitária, destacando-se como um dos mais importantes, a antracnose, causada na maioria das vezes pelo fungo C. gloeosporioides. Dada a importância comercial dessa doença, esse trabalho teve por objetivo realizar a caracterização genética e patogênica de uma população de isolados de Colletotrichum spp. oriundos de tecidos com sintomas de antracnose de diferentes variedades e órgãos das plantas de manga, dos principais municípios produtores do Estado de São Paulo, além de compará-los geneticamente com isolados obtidos de citros. O sequenciamento da região ITS1-5.8S-ITS2 possibilitou a identificação de 183 isolados de uma população obtida de mangueiras como C. gloeosporioides, com exceção de apenas um deles, o qual foi identificado como C. acutatum. Já os isolados de citros, sendo três obtidos de folhas assintomáticas e dois de flores com sintomas de podridão, foram classificados em C. gloeosporioides e C. acutatum, respectivamente. Os resultados obtidos mediante o emprego de marcadores fAFLP indicaram uma alta variabilidade genética entre isolados de uma mesma população e a ocorrência de fluxo gênico. Além disso, tais resultados corroboraram aqueles obtidos pelo sequenciamento da região ITS1-5.8S-ITS2, por agruparem os isolados do estudo segundo a sua espécie. Os isolados representativos da população, inclusive aqueles obtidos de citros, de ambas as espécies de Colletotrichum, causaram sintomas típicos de antracnose quando inoculados em folhas de mangueiras „Palmer‟ e „Tommy Atkins‟, indicando que, provavelmente, não há especificidade de hospedeiros para essas espécies / The mango crop (Mangifera indica L.) is attacked by several diseases and in this context, the anthracnose is one of the most important. This disease is caused by the fungus C. gloeosporioides in most situations. Due to economic importance of the anthracnose on mango, the aim of this study was to analyze the genetic and pathogenic variability of Colletotrichum spp. isolates obtained from different organs and varieties of mango plants with anthracnose symptoms, and from different municipalities of São Paulo State that are among the major producers of mango. The isolates from mango were also compared with isolates obtained from citrus. Sequencing of ITS1-5.8S-ITS2 region from 183 isolates obtained from mango allowed the identification of them as C. gloeosporioides, however, one of them, was identified as C. acutatum. The isolates from citrus, obtained from syptomless leaves and flowers with rot symptoms, were identified as C. gloeosporioides and C. acutatum, respectively. The results obtained by applying fAFLP markers indicated high level of genetic variability among isolates within population and the occurrence of gene flow. Moreover, these results corroborated those achieved by sequencing of the ITS1-5.8S-ITS2 region, because the isolates were grouped according to its species. Representative isolates of the population, including those obtained from citrus, belonging to both species of Colletotrichum, caused typical symptoms of anthracnose disease on mango leaves of Palmer and Tommy Atkins varieties, indicating the lack of host specificity for these species

The adoption of conservation practices can affect the physical, chemical and biological properties of the soil, resulting changes in the composition and activity of the microbial community. The aims of this research was to obtain information about the soil quality, diversity and biological activity, submitted to two types of soil management (scarified (PDE) and no-scarified tillage (PDNE)) and three types of cover management (Succession: soybean-wheat, Rotation I: Soybean-turnip+wheat/soybean-oats+vetch and Rotation II: soybean-oats+vetch+turnip/corn-crotalaria junceawheat/ soybeans).Analyzes of carbon and nitrogen from microbial biomass, soil enzymatic activity (urease, acid phosphatase and FDA), basal respiration rate and genetic diversity analysis were performed using the RAPD technique. Carbon and nitrogen from soil microbial biomass were higher in all treatments under no-scarified no-tillage in both collection periods. The same pattern can be observed for urease enzyme activity, which presented higher values in no-scarified no-tillage soil. All enzymes showed an increase in their activity in the summer period, which shows that they are influenced by temperature and soil moisture. For the basal respiration rate, in the winter period higher values were obtained when compared to the summer period. In addition, in the winter, the highest rate of accumulated CO2 release was observed in noscarified no-tillage, and the opposite was observed for the summer period, where the highest rate was obtained in scarified tillage. The RAPD technique was efficient in detecting the genetic variability among the treatments, grouping them into four groups and generated a profile of genetic markers that can be used in later works to evaluate the genetic diversity in agricultural soils. Based on these results, we concluded that noscarified no-tillage associated with good soil conservation practices, such as permanent coverage through plant residues, contribute to an increase in the values of microbial biomass, respiration rate and enzymatic activity of the soil. RAPD technique associated with other bioindicators become important tools for the monitoring and evaluation of soil quality, activity and biological diversity. / A adoção de práticas conservacionistas pode afetar as propriedades físicas, químicas e biológicas do solo, resultando em alteração na composição e a atividade da comunidade microbiana.O objetivo deste trabalho foi obter informações sobre a qualidade, diversidade e atividade biológica do solo, quando submetido aos sistemas de plantio direto escarificado e plantio direto não escarificado, com sucessão e rotação de culturas. O experimento é conduzido na Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Centro de Pesquisa de Sementes, em Júlio de Castilhos, RS, em um Nitossolo Vermelho. Os tratamentos foram constituídos de dois tipos de manejo do solo: (1) plantio direto com compactação natural e (2) plantio direto escarificado, e de uma sucessão de culturas (soja/trigo) e duas rotações, rotação I (soja-nabo + trigo/soja-aveia + ervilhaca/soja) e rotação II (soja-aveia + ervilhaca + nabo/milho-crotaláriajuncea-trigo/soja). Foram realizadas análises referentes ao carbono e nitrogênio da biomassa microbiana, atividade enzimática do solo (urease, fosfatase ácida e Hidrólise do Diacetato de Fluoresceína), taxa de respiração basal e na análise da diversidade genética por meio da técnica de RAPD. O carbono e o nitrogênio da biomassa microbiana do solo foram superiores em todos os tratamentos sob plantio direto com compactação natural em ambos os períodos de coleta. O mesmo padrão pode ser observado para a atividade da enzima urease, que apresentou valores superiores em solo com compactação natural. Todas as enzimas apresentaram um incremento na sua atividade no período do verão, o que demonstra que são influenciadas pela temperatura e umidade do solo. Para a taxa de respiração basal, no período do inverno foram obtidos valores superiores quando comparado ao período do verão. Além disso, no inverno a maior taxa de liberação de CO2 acumulada, foi observada no plantio direto com compactação natural, sendo que o contrário foi observado para o período do verão, onde a maior taxa foi obtida em solo escarificado. A técnica de RAPD mostrou-se eficiente na detecção da variabilidade genética entre os tratamentos, agrupando-os em quatro grupos e ainda, gerou um perfil de marcadores genéticos que podem ser utilizados em posteriores trabalhos para avaliar a diversidade genética em solos agrícolas. Com base nesses resultados pode-se concluir que o plantio direto não escarificadoassociado às boas práticas de conservação do solo, como a permanente cobertura por meio de resíduos vegetais, contribui para um aumento nos valores de biomassa microbiana, taxa de respiração e atividade enzimática do solo. Além dissoa técnica de RAPD associada a outros bioindicadores tornam-se importantes ferramentas para o monitoramento e avaliação da qualidade, atividade e diversidade biológica do solo.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1630071 bytes, checksum: 2dd941b54f823e96f03e492f7614c6d1 (MD5) Previous issue date: 2012-02-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The breeding of pepper has been done by means of mass selection in landraces and breeds in recent times, some breeders have emphasized the use of hybridization in breeding programs. The knowledge the type of inheritance of the characteristics that will undergo continuous selections and diversity generated from the crossing is critical to the success of a breeding program. Thus the objectives of this work were study the type of allelic interaction and heritability involved in 19 quantitative traits of ornamental peppers, as well as the diversity generated from a cross between these divergent plants,using quantitative and qualitative data separately and integrated into a single analysis. We chose two access belonging to the germplasm bank of vegetable plants UFPB, contrasting to the greatest number of characters (77.3 and 76). These were crossed to form F1 generation. The F2 seeds were obtained from the selfing of the F1 generation. The crossing of the latter with their parents led generations back crossed BC1 and BC2. All these generations were used for studies of allelic interaction analysis and generation for all traits, except the qualitative traits. We used 10 plants of each parent and F1, and 180, 90 and 90 for each F2, RC1 and RC2, respectively. For the analysis of genetic diversity were used all generations. Three methods were compared to generate of matrices and two types data integration. The values found for the broad-sense heritability were higher than 0.6 in all studied traits except for petiole length, leaf width and dry weight of fruit. Estimates of narrow sense heritability were greater than 0.5 in all characteristics except for corolla diameter, petal width, smaller fruit diameter and dry matter. The characteristics of the plant the additive-dominant model was adequate to explain the variation found in the characteristics crown width, plant height, stem length, leaf width and diameter of the corolla, thus, the epistatic effects significantly influence the expression of other characteristics. As for the content of anthocyanin in flowers, stem, leaf and fruit, were observed values in the broad sense heritability and narrow above 0.85 and 0.63, respectively, and the additive-dominant model was adequate to explain the variation found in these four characteristics. From the cross between the acess 77.3 and 76.Possible was to generate genetic variability as much as we used quantitative data separately for the use of both a single integrated data analysis of genetic diversity. / O melhoramento de pimenteiras tem sido feito por meio de seleção massal em raças crioulas e, nos últimos tempos, alguns melhoristas têm dado ênfase ao uso de hibridação em programas de melhoramento. O conhecimento do tipo de herança envolvida nas características que irão passar por contínuas seleções e a diversidade gerada a partir dos cruzamentos é de suma importância para o sucesso de um programa de melhoramento. Assim os objetivos desse trabalho foram estudar o tipo de interação alélica e a herdabilidade envolvida em 19 caracteres quantitativos em pimenteiras ornamentais, bem como, a diversidade gerada a partir de um cruzamento divergente entre essas plantas, utilizando dados quantitativos e qualitativos separadamente e integrados em uma mesma análise. Foram escolhidos dois acesso pertencentes ao banco de germoplasma de Hortaliças da UFPB, contrastantes para o maior número de caracteres (77.3 e 76). Estes foram cruzados para a constituição da geração F1. As sementes F2 foram obtidas a partir da autofecundação da geração F1. O cruzamento desta última com os seus genitores geraram as gerações retrocruzadas RC1 e RC2. Todas estas gerações foram utilizadas para os estudos de interação alélica e análise de geração para todos os caracteres avaliados, exceto os qualitativos. Foram utilizadas 10 plantas de cada genitor e F1, e 180, 90 e 90 para cada geração F2, RC1 e RC2, respectivamente. Para a análise de diversidade genética foram utilizadas todas as gerações. Foram comparados 3 métodos de geração de matrizes e dois tipos de integração de dados. Foram encontrados valores para a herdabilidade no sentido amplo superiores a 0,6 em todas as características estudadas exceto para o comprimento do pecíolo, largura da folha e matéria seca do fruto. As estimativas da herdabilidade no sentido restrito foram superiores a 0,5 em todas as características exceto para diâmetro da corola, largura da pétala, menor diâmetro do fruto e matéria seca. Nas características de porte da planta o modelo aditivo-dominante foi adequado para explicar a variação encontrada nas características largura da copa, altura da planta, comprimento do caule, largura da folha e diâmetro da corola, assim os efeitos epistáticos tem influencia significativamente na expressão das demais características. Quanto ao conteúdo de antocianina nas flores, pedúnculo, folha e fruto, foram observa das herdabilidades no sentido amplo e restrito superiores a 0,85 e 0,63, respectivamente, e o modelo aditivo-dominante foi adequado para explicar a variação encontrada nessas quatro características. A partir do cruzamento entre os acessos 77.3 e 76, foi possível gerar variabilidade genética tanto quando foram utilizados dados quantitativos separadamente quanto a utilização de ambos os dados integrados numa mesma análise de diversidade genética.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:46:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 984593 bytes, checksum: e93d968884fde8f1904c5210804ac0a3 (MD5) Previous issue date: 2011-04-29 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The toxins produced by Actinobacillus pleuropneumoniae (App) are recognized as major virulence factors found in this pathogen. Apx toxin I has strong hemolytic and cytotoxic activity, and this toxin has a high cytotoxic activity against pulmonary macrophages and neutrophils in swine. This exotoxin is produced by different serotypes, including the serotypes 1, 5, 9, 10, 11 and 14, which are involved with the most severe reported clinical cases. In general, these toxins are encoded by operons consisting of four genes: C, A, B and D, where the gene A encoding the structural proteins. The molecular basis of evolution and genetic diversity among the serotypes of App are not well understood. One of the possible explanations for this can be unavailability of DNA sequences of this bacteria in public databases. Thus, this study aimed to sequence the gene apxIA and assess the genetic diversity of this gene in isolates of the App with reference sequences available in GenBank (NCBI). In this study, we analyzed 42 isolates of serotype App 5A and 5B. The sequences of these isolates were compared with other sequences available in GenBank databases using the program MUSCLE 3.8.31 and polymorphisms of the nucleotide and amino acid sequences were analyzed. The nucleotide substitution model used was F81 + I + G, estimated from the set of sequences aligned using the program jModeltest 0.1.1. The results showed the presence of differences in the ApxI sequences that allowed group the 41 Brazilian isolates in 14 haplotypes (groups of sequences with 100% identity). Brazilian isolates were grouped into two groups (1 and 2), being distinguished by mutations in the amino acid residues 2 and 3 of protein ApxI. These results indicate the existence of a genetic diversity among isolates of App and can assist in the development of more efficient vaccine candidates. / As toxinas produzidas por Actinobacillus pleuropneumoniae (App) são, reconhecidas como os principais fatores de virulência encontrados neste patógeno. A toxina Apx I apresenta forte atividade hemolítica e citotóxica sendo considerada a exotoxina que apresenta maior atividade citotóxica contra macrófagos pulmonares e neutrófilos em suínos. Essa exotoxina é produzida por diferentes sorotipos de App, 1, 5, 9, 10, 11 e 14, sendo estes envolvidos com a maioria dos casos clínicos graves reportados. Em geral, essas toxinas são codificadas por operons constituídos por quatro genes: C, A, B e D, onde o gene A codifica a proteína estrutural. As bases moleculares da evolução e a diversidade genética existente entre os sorotipos de App ainda não estão bem compreendidas. Uma das possiveis explicações para esse fato pode ser pela reduzida disponibilidade de seqüências gênicas dessa bactéria em bancos de dados públicos. Neste sentido, este trabalho teve como objetivo sequenciar o gene apxIA e avaliar a diversidade genética desse gene de isolados brasileiros de App com as sequências de referência disponiveis no banco de dados Genbank (NCBI). Neste trabalho, foram analisados 42 isolados brasileiros de App sorotipo 5A e 5B. As sequências destes isolados foram comparadas a outras seqüências disponíveis nos bancos de dados GenBank utilizando o programa MUSCLE 3.8.31 e os polimorfismos das sequências de nucleotídeos e aminoácidos foram analisados. O modelo de substituição de nucleotídeos empregado foi o F81+I+G, estimado a partir do conjunto de sequências alinhadas utilizando o programa jModeltest 0.1.1 . Os resultados evidenciaram a presença de polimorfismos nas seqüências brasileiras que permitiram agrupar os 41 isolados, em 14 haplótipos (grupos de sequências com 100% de identidade) diferentes. Os isolados brasileiros foram agrupados em dois grupos (1 e 2), sendo distinguidos por mutações nos resíduos de aminoácidos 2 e 3 da proteína ApxI. Esses resultados indicam a existência de uma diversidade gênica entre os isolados brasileiros de App e auxiliarão no desenvolvimento de candidatos vacinais mais eficientes.

Submitted by KELLY CRISTINA DA LUZ null (kellynha_luz@hotmail.com) on 2016-11-02T21:42:31Z No. of bitstreams: 1 Kelly Cristina da Luz Final.pdf: 1753561 bytes, checksum: ff74f3975a428e6703ecf23e56e0c45d (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-11-10T12:33:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 luz_kc_me_ilha.pdf: 1753561 bytes, checksum: ff74f3975a428e6703ecf23e56e0c45d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-10T12:33:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 luz_kc_me_ilha.pdf: 1753561 bytes, checksum: ff74f3975a428e6703ecf23e56e0c45d (MD5) Previous issue date: 2016-09-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Dipteryx alata é considerada uma espécie endêmica do Cerrado brasileiro. Atualmente a espécie necessita de atenção pelo aumento da fragmentação da área de ocorrência. Destaca-se por apresentar madeira resistente e pela a alta produção de frutos. O objetivo do estudo foi estimar os parâmetros genéticos a partir dos caracteres morfométricos dos frutos, sementes e plântulas, de modo a fornecer informações da variabilidade genética existente dentro e entre as procedências da espécie para futuros programas de melhoramento genético e para a conservação. Os frutos foram coletados em três populações naturais, Campo Grande - MS, Ituiutaba - MG e Paulo de Faria – SP, em outubro de 2014. As mudas foram preparadas no viveiro da Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão (FEPE/UNESP). Para as análises morfométricas dos frutos e sementes, foram mensurados a largura (mm), espessura (mm), comprimento (mm) e massa (g). Nas plântulas foram avaliadas a altura total (cm) e o diâmetro do coleto (mm). Foi utilizado o delineamento blocos completos (DBC) com uma planta por parcela. Observou-se diferenças significativas entre procedências e progênies para os caracteres dos frutos, sementes e plântulas, indicando a presença de variação genética. Os resultados da herdabilidade média, coeficiente de variação individual e acurácia, indicaram que para os frutos, sementes e plântulas há presença de variabilidade genética. Na análise em conjunto das plântulas pode-se verificar que houve diferenças significativas para o efeito de procedência e não significativa para o efeito de progênie. Resultados indicam que esses materiais podem ser utilizados para a conservação genética da espécie e para o melhoramento genético. / Dipteryx alata is considered endemic species of the Brazilian Cerrado. Currently the species needs attention by the increased fragmentation of the occurrence area. It stands out for presenting resistant wood and the high production of fruits. The aim of the study was to estimate genetic parameters from the morphometric fruits, seeds and seedlings, to provide information of genetic variability within and between species provenances for future breeding programs and conservation. The fruits were collected in three natural populations, as Campo Grande - MS, Ituiutaba - MG and Paulo de Faria - SP, in October 2014. The seedlings were prepared in the nursery Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão (FEPE/UNESP). For morphometric analysis of fruits and seeds were measured (mm) thickness (mm) Length (mm) Mass (g). In the seedlings were evaluated the total height (cm) Stem diameter (mm). We used the design complete block design (RBD) with one plant per plot. There were statistically significant differences among provenances and progenies for the characters of fruits, seeds and seedlings, indicating the presence of genetic variation. The results of the average heritability coefficient of individual variation and accuracy, indicated that for the fruits, seeds and seedlings there is presence of genetic variability. In the analysis of all the seedlings can be seen that there were significant differences in the effect of origin and not significant for the effect of progeny. Results indicate that these materials may be used for genetic conservation of species and genetic improvement.

Orientador: Claudia Regina Bonini Domingos / Coorientador: Debora Aparecida Pires de Campos Zuccari / Banca: Alexandre Rodrigues Caetano / Banca: Camilo Dias Seabra Pereira / Banca: Richard Carl Vogt / Banca: Lilian Madi Ravazzi / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar o papel da influência da atividade humana, como a contaminação ambiental e modificações do hábitat, como direcionadores de mudanças fisiológicas, bioquímicas e de diversidade genética entre populações de cágado-de-barbelas em uma das bacias hidrográficas mais impactadas do sudeste brasileiro. A fim de analisar o impacto da contaminação química e orgânica na espécie de estudo, foram realizadas análises ecotoxicológicas visando avaliar a ação de alguns dos principais componentes envolvidos com a proteção ao estresse oxidativo e metabolismo de detoxificação de fase I e II, e capacidade antioxidante. Os resultados indicam a influência de efluentes domésticos e industriais no metabolismo de detoxificação e estresse oxidativo. No entanto, apesar do aumento da atividade EROD e o efeito da atividade da GST, os valores médios de GST na área urbana estão dentro daqueles esperados em condição de hipóxia descritos na literatura. Esta observação sugere que o aumento da GST em resposta à produção de ERO pela presença de poluentes, aumenta a rede de defesa antioxidante, controlando os danos oxidativos causados pela hipóxia e pela reperfusão. Com o intuito de estimar a condição, que reflete a aptidão (fitness) individual do animal, foi avaliada a relação matemática entre peso e comprimento, que indicam alterações na forma do corpo e no incremento em peso, que permitem inferências sobre a saúde e o bem-estar animal. Os dados gerados informam diferenças em condição que estão associadas à área de avaliação, mas também ao sexo e período reprodutivo, e gradiente de contaminação indicando forte influência de estressores ambientais na fisiologia dos espécimes analisados. A partir da avaliação da estrutura genética entre populações do rio Preto e do córrego... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to evaluate the role of human activity influence, such as environmental contamination and habitat changes as drivers for changing physiological, biochemical, and genetic diversity among Geoffroy's side-necked turtle populations in one of the most impacted watersheds in southeastern Brazil. In order to analyze the impact of chemical and organic contamination, ecotoxicological analyses were performed to assess the action of some of the major components involved in oxidative stress protection and phase I and II of metabolism detoxification, and antioxidant capacity. The results indicate the influence of domestic and industrial effluents in detoxification metabolism and oxidative stress. However, in spite of increased activity and effect of EROD activity of GST, GST-average values in the urban area conform with those expected in hypoxia condition in the literature. This observation suggests that increased GST in response to the ROS production by the presence of pollutants increases the antioxidant defense network, controlling the oxidative damage caused by hypoxia and reperfusion. In order to estimate the condition, which reflects the individual ability (fitness), we evaluated the mathematical relationship between weight and length, indicating that changes in body shape and weight increase, allowing inferences about the health and well animal welfare. The data generated indicate differences in conditions that are associated with the area, but also with sex and reproductive period, and contamination gradient indicating strong influence of environmental stressors on the physiology of the specimens. From the evaluation of genetic structure among populations of the Preto River and Felicidade Stream, based on microsatellites, we found that there is no genetic differentiation, due to... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Resumo: O crescimento da produção e o aumento da capacidade competitiva da soja brasileira estão associados aos avanços científicos e à disponibilização de tecnologias ao setor produtivo. A fim de maximizar os benefícios da FBN, o estudo da diversidade genética de Bradyrhizobium japonicum e Bradyrhizobium elkanii relacionada com diferentes sistemas de manejo da cultura da soja é imprescindível para entender as interações entre a população de rizóbios presentes no solo com as estirpes de inoculantes em ambientes diferentes. O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de rizóbios em solos cultivados com soja sob diferentes sistemas de manejo caracterizados com rotação e sucessão de culturas recomendadas para o estado de Mato Grosso do Sul. A partir de amostras de DNA extraídos destas bactérias foi utilizado o marcador molecular fAFLP para estimar a diversidade genética dos 119 isolados de nódulos de soja, e em seguida realizado o sequenciamento parcial do gene 16S rDNA para definir a posição das bactérias em nível de gênero e, em alguns casos, em nível de espécie. Os resultados obtidos, com base no fAFLP, permitiu a divisão dos isolados em dois grupos. No primeiro grupo posicionaram se a maioria dos isolados do sistema plantio direto e dois representantes do sistema convencional que pertencem à safra 2006-2007. Em relação ao segundo grupo, foi observada uma heterogeneidade elevada entre os isolados de diferentes safras e sistemas de manejo (convencional, plantio direto e sistema integrado lavoura pecuária. Com a análise de diversidade genética com base no sequenciamento do gene 16S rDNA, as sequências das 42 estirpes (incluindo as estirpes padrões recomendadas para a fabricação de inoculantes para soja) foi constatado a formação de 2 filos: Proteobactérias... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The growth of crop production and increased competitiveness of Brazilian soybean are associated with scientific advances and the availability of technology to the productive sector. In order to maximize the benefits of BNF, the study of genetic diversity of Bradyrhizobium japonicum and Bradyrhizobium elkanii related to different management systems of the soybean crop is essential to understand the interactions between the population of rhizobia in the soil with the inoculant strains in different environments. The objective of this study was to assess the genetic diversity of rhizobia in soils cultivated with soybean under different management systems characterized by crop rotation and succession recommended for the state of Mato Grosso do Sul. Fluorescent AFLP molecular marker was used to estimate the genetic diversity of 119 isolates from soybean nodules. Samples of DNA extracted from these bacteria were used and partial sequencing of the 16S rDNA was performed to define the position of bacteria at genus level and, in some cases, species level. The results, based on fAFLP, allowed the division of the isolates into two groups. Most isolates of the no-tillage system and two isolates from the conventional system that belong to the 2006-2007 season represented the first group. The second group was represented by a high heterogeneity among the isolates from different crops and management systems (conventional, no-tillage and integrated crop-livestock). The analysis of genetic diversity based on the sequencing of the 16S rDNA of forty-two strains (including standard strains recommended for the production of inoculants for soybeans) allowed the formation of two phyla: Proteobacteria (with the alpha, beta and gamma classes) and Firmicutes. Also a sister group of Firmicutes was... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Coorientador: Fábio Martins Mercante / Banca: Lúcia Maria Carareto Alves / Banca: Maria José Valarini / Mestre

Submitted by Liliane Ferreira (ljuvencia30@gmail.com) on 2018-11-28T12:01:20Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Vinícius Pereira Pinto - 2017.pdf: 1766318 bytes, checksum: 434666d4b4d8dea79ee04fb075107a9b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-11-28T13:49:22Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Vinícius Pereira Pinto - 2017.pdf: 1766318 bytes, checksum: 434666d4b4d8dea79ee04fb075107a9b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-28T13:49:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Vinícius Pereira Pinto - 2017.pdf: 1766318 bytes, checksum: 434666d4b4d8dea79ee04fb075107a9b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-09-22 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Genetic diversity is a fundamental component for the survival of any species over evolutionary time, because it is the repertoire of possible responses to environmental pressures, which are dynamic and constant. Knowledge of the magnitude and structuring patterns of this diversity allows to understand how environmental and microevolutionary factors have interacted over time and shaped the populations. Microsatellite markers have been the most used molecular tool in recent decades for mapping studies of diversity and genetic structure due to its high degree of polymorphism, genomic abundance and codominant nature. For native species these markers rarely are available, however, the regions flanking the microsatellites are usually conserved among evolutionarily close species, which allows the transfer of these markers. Pterodon emarginatus Vogel, popularly known as Sucupira branca, is a tree plant belonging to the legume family. This species is widely used for medicinal purposes because of the broad properties of its secondary compounds. In addition, it provides rigid wood of interest for construction and is also used as an ornamental species. Despite the substantial number of studies directed to the medicinal potential, little is known about the genetic diversity present in this species. Therefore, the objectives of the work were to transfer to P. emarginatus microsatellite markers developed for Dipteryx alata and to access the diversity and genetic structure in natural populations of P. emarginatus. For this, the cross-amplification of 25 primers were tested and 12 natural populations were genotyped for 6 loci. Of the 25 primers tested, 2 (8%) showed good amplification and polymorphism pattern. The set of markers used revealed a total of 45 alleles for the 12 populations evaluated, with a mean of 7.667 per locus. This value ranged from 4 (DaE12) to 22 (PVESTBR067). Populations showed intermediate levels of genetic diversity (He = 0.555) and greater variability within populations than among populations. Small but significant levels of inbreeding were detected due to both the mating system and the population subdivision (f = 0.07; Fst = 0.073). These results support that the species presents a mixed mating system, being preferentially allogama. The pattern of divergence among populations was moderately structured in space (Mantel = 0.440, p <0.002) indicating a profile of large continuous populations with significant levels of gene flow over distances up to approximately 400 km. / A diversidade genética é componente fundamental para a sobrevivência de qualquer espécie ao longo do tempo evolutivo, isto porque configura-se como o repertório de possíveis respostas ás pressões ambientais, que são dinâmicas e constantes. O conhecimento da magnitude e dos padrões de estruturação dessa diversidade permite entender como fatores ambientais e microevolutivos tem interagido ao longo do tempo e moldado as populações, possibilitando melhor uso e conservação. Marcadores microssatélites tem sido a ferramenta molecular mais utilizada nas últimas décadas para estudos de mapeamento de diversidade e estrutura genética, devido ao seu alto grau de polimorfismo, abundância genômica e natureza codominante. Para espécies nativas raramente esses marcadores estão disponíveis, no entanto, as regiões que flanqueiam os microssatélites costumam ser conservadas entre espécies evolutivamente próximas, o que possibilita a transferência desses marcadores. Pterodon emarginatus Vogel, popularmente conhecida como Sucupira Branca, é uma planta arbórea pertencente à família das leguminosas. Esta espécie é amplamente utilizada com propósitos medicinais devido ao vasto potencial terapêutico de seus compostos secundários. Além disso, fornece madeira rígida de interesse para construção civil e também é utilizada como espécie ornamental. Apesar da grande quantidade de estudos direcionados para o potencial medicinal, pouco se sabe sobre a diversidade genética presente nessa espécie. Diante disso, os objetivos do trabalho foram transferir para P. emarginatus marcadores microssatélites desenvolvidos para Dipteryx alata e acessar a diversidade e estrutura genética em populações naturais de P. emarginatus. Para isso, foi testada à amplificação cruzada de 25 iniciadores e 12 populações naturais foram genotipadas para 6 locos microssatelites. Dos 25 iniciadores testados, 2 (8%) apresentaram bom padrão de amplificação e polimorfismo. O conjunto de marcadores utilizados revelou um total de quarenta e cinco alelos, com uma média de 7,667 por loco. Esse valor variou de 4 (DaE12) a 22 (PVESTBR067). As populações apresentaram nível intermediário de diversidade genética (He=0,555) e maior variabilidade dentro de populações do que entre populações. Foram detectados pequenos, porém significativos, níveis de endogamia devido tanto ao sistema de acasalamento quanto a subdivisão populacional (f= 0,07; Fst= 0,073). Esses resultados suportam que a espécie apresenta sistema misto de acasalamento. O padrão de divergência entre as populacionais demonstrou-se moderadamente estruturado no espaço (Mantel= 0,440; p<0,002) indicando um perfil de grandes populações continuas, com níveis significativos de fluxo gênico em distancias até aproximadamente 400 km.

O controle biológico de cigarrinha com Metarhizium (Hypocreales: Clavicipitaceae) na cana-de-açúcar é um exemplo de sucesso da aplicação do manejo sustentável de pragas no Brasil. No entanto, pouco se sabe sobre a riqueza, distribuição e ecologia das espécies de Metarhizium nos agroecossistemas e ambientes naturais no Brasil. Neste trabalho, avaliou-se a diversidade genotípica e realizou-se a identificação específica de 96 isolados depositados na Coleção de Entomopatógenos \"Prof. Sérgio Batista Alves\" da ESALQ-USP pelo sequenciamento da região 5\' do fator de alongamento da tradução 1 alfa (5\'-TEF) e das regiões espaçadoras intergênicas do DNA nuclear MzIGS3 e MzFG543igs. Observou-se a existência de 10, 11 e 17 haplótipos pelas sequências destes genes, respectivamente. Foram ainda obtidos 41 isolados de dois talhões de canavial em Araras-SP que consistiram em 9 haplótipos pela região MzIGS3. Foi observada a existência de cinco espécies de Metarhizium, duas atualmente reconhecidas, M. anisopliae s.l. e M. robertsii s.l., sendo estes os dois clados mais abundantes e três novas linhagens não caracterizadas taxonomicamente, referidas aqui como Metarhizium sp. indet. 1, Metarhizium sp. indet. 2 e Metarhizium sp. indet. 3. Com exceção de um único isolado todos os outros provenientes de insetos, incluindo os isolados de cigarrinha, pertencem a um único clado de M. anisopliae s.l. M. robertsii foi obtido exclusivamente a partir de amostras de solo ou rizosfera. Apesar de proporcionar um maior grau de resolução genética entre os isolados a região MzIGS3 se mostrou incapaz de reconstruir a filogenia consenso para o clado PARB, dificultando a sua utilização como sequência diagnóstica na identificação ou análise filogenética de espécies de Metarhizium. Além disso, foi desenvolvida uma técnica de bioensaio em laboratório para avaliação de patogenicidade de Metarhizium spp. sobre M. fimbriolata com mortalidade da testemunha inferior a 12%, após 28 dias de avaliação. A caracterização da expressão dos genes pr1A, mad1 e mpl relacionados à virulência de três isolados de M. anisopliae (ESALQ 1037, ESALQ 1641 e ESALQ 1204) cultivados em meio mínimo e meio mínimo com cutícula de M. fimbriolata, D. saccharalis e T. molitor não revelou uma associação entre a expressão relativa desses genes ea virulência dos fungos in vivo. As informações contidas neste trabalho poderão contribuir em estudos de identificação e caracterização de Metarhizium em habitats naturais e agrícolas de no Brasil e países vizinhos na América do Sul, assim como auxiliar no contínuo desenvolvimento e acompanhamento do programa de controle biológico de M. fimbriolata com Metarhizium na cultura da cana-de-açúcar. / Biological control of spittlebug with Metarhizium (Hypocreales: Clavicipitaceae) in sugarcane is an example of the successful application of sustainable pest management in Brazil. However little is known about the richness, distribution and ecology of Metarhizium species in agroecosystems and natural environments of Brazil. In this study, the genotypic diversity was accessed and species designation was assigned for 96 Metarhizium strains deposited in the Collection of Entomopathogens \"Prof. Sérgio Batista Alves\" from ESALQ-USP using the sequence variation at 5\'-TEF and the nuclear intergenic loci MzFG543igs and MzIGS3. Sequence diversity at these loci included 10, 11 and 17 sequence haplotypes, according to these loci, respectively. 41 strains were recovered from two sugarcane fields and consisted of 9 haplotypes according to MzIGS3. Five species of Metarhizium were observed, being the two most abundant taxa, Metarhizium anisopliae, Metarhizium robertsii and an additional three taxonomically unassigned lineages are referred to here as Metarhizium sp. indet. 1, Metarhizium sp. indet. 2 and Metarhizium sp. indet. 3. With a single exception, all strains isolated from insects belong to single clade of M. anisopliae, including the isolates infecting spittlebugs in sugarcane agroecosystems. M. robertsii was only recovered from soil or rhizosphere samples. Despite providing a greater degree of genetic resolution among strains, MzIGS3 revealed the inability to recapitulate the consensus phylogeny for the PARB clade and complicates its use as a stand-alone tool for species identification or phylogenetic analysis of Metarhizium. In addition, a laboratory bioassay technique was developed for pathogenicity screening of Metarhizium spp. on M. fimbriolata with low mortality on control group (8-12%) after 28 days of evaluation. The expression of genes pr1A, Mad1 and mpl of three M. anisopliae strains (ESALQ 1037, ESALQ1204 and ESALQ 1641) grown in minimal medium and minimal medium with M. fimbriolata, D. saccharalis or T. molitor cuticle apparently was not related to virulence of the fungi in vivo. Together these data will serve as resources for identification, discovery and communicating about Metarhizium biodiversity for insect biological control applications in Brazil and adjacent countries in South America, as well as assist in the ongoing development and monitoring of the biological control program of M. fimbriolata with Metarhizium in sugarcane fields.