A espécie Acrocomia aculeata (Jacq.) Lodd. ex Mart. é uma palmeira nativa, popularmente conhecida como macaúba, que possui ampla utilização desde a indústria alimentícia até na produção de biodiesel. Para estudos genéticos, foram coletados e extraído DNA de 50 indivíduos da espécie em três assentamentos no Pontal do Paranapanema-SP (FU, PJ e GB) e em Amparo-SP (AM) toatalizando 200 amostras. Os objetivos do trabalho foram caracterizar a diversidade genética, a estrutura genética espacial (EGE) e o sistema reprodutivo da espécie no Pontal do Paranapanema. A diversidade genética foi caracterizada pelos parâmetros: número de alelos por loco (Â ), heterozigosidades observada (Ĥo) e esperada (Ĥe) e índice de fixação (F^ ). As estatísticas F foram utilizadas como parâmetro de diferenciação genética entre ( F^ ST) e dentro das subpopulações ( F^IS). A EGE foi realizada pela estimativa do coeficiente de coancestria (θ^xy ) entre pares de árvores em relação a posição espacial destas. As populações de macaúba estudadas apresentaram níveis relativamente altos de polimorfismo, pois dos nove locos utilizados obteve-se um total de 103 alelos, sendo que 34 alelos são privados. O Ĥo médio variou de 0,410 a 0,531; O Ĥe médio variou de 0,547 a 0,615. O F apresentou valores positivos e significativos (0,119, 0,173 e 0,276) nas médias de PJ, GB e AM, respectivamente. As estatísticas F mostraram 16,8% de diferenciação entre as populações, ou seja, a maior parte da diversidade genética se encontra dentro das populações. Apenas para a população FU a EGE não foi significativa, na população PJ foi significativa na distância de 810 m (θ^xy =0,0211), porém foi considerado sem significado biológico. Nas outras o θ^xy foi significativo nas distâncias de 38 m (θ^xy = 0,0182 a θ^xy = 0,0418) e 71 (θ^xy =0,0213 a θ^xy =0,0934) para GB e AM, respectivamente, indicando que indivíduos dentro destas distâncias possuem algum grau de parentesco. Os parâmetros para estudar o sistema de reprodução foram calculados pelo MLTR e foram utilizadas 246 progênies (20 mães) da população FU, obtendo os parâmetros t^m =0,97, t^s =0,928, t^m - t^s=0,042, r^s =0,1 e r^p(m) =0,015. O número efetivo de doadores de pólen foi 66,66, a porcentagem de meio-irmãos, irmãos de autofecundação e cruzamento, irmãos completos e irmãos de autofecundação foram 92,7%, 5,8%, 1,4% e 0,09%, respectivamente. O tamanho efetivo foi 3,10, a coancestria foi θ^ =0,134 e o número de matrizes foi m^ =48,29. A macaúba é uma palmeira alógama, não houve correlação significativa de paternidade e o número de matrizes para coleta de sementes deve ser pelo menos 15 sementes de 49 árvores. / Acrocomia aculeata (Jacq.) Lodd. ex Mart. is a native palm, also known as Macaw, which has widespread utilization in the food industry as well as for biodiesel oil production. Samples were collected and DNA was extracted from 50 adult individuals in each of the three rural settlements at Pontal do Paranapanema (FU, PJ and GB) and at Amparo-SP (AM), totaling 200 samples. The study aimed to characterize the genetic diversity, spatial genetic structure (SGS) and the mating system in the Pontal do Parapanema. Genetic diversity was estimated by number of aleles per locus (Â), observed (Ĥo) and expected heterozygozity (Ĥe), fixation index (F^). The F^ statistics were used as genetic differentiation parameter among and within subpopulations. The SGS was studied by coancestry coeficiente (θ^xy ) between pair of trees. The studied populations showed relatively high levels of polymorphism using nine microsatellites loci with a total of 103 alleles, where 34 of these are private. The average of Ĥo and Ĥe ranged from 0.410 to 0.531 and 0.547 to 0.615, respectively. The fixation index (F^) presented positive and significant values in average for PJ (0.119), GB (0.173) and AM (0.276), respectively. The genetic differentiation ( F^ ST) was 16,8%, so most of the diversity is within populations. Only in the FU population the SGS was not significant, was significant up to 810 m (θ^xy=0.0211) for PJ with no ecological meaning. This parameter (θ^xy) was significant at up to 38 m (θ^xy = 0.0182 a θ^xy = 0.0418) and 71 m (θ^xy =0.0213 a θ^xy =0.0934) for GB and AM, respectively, indicating that individuals within these distances are related. The parameters to study the mating system were calculated using MLTR with 246 siblings of open pollination of 20 maternal families trees of the FU population, showing values of t^m=0,97, t^s =0,928, t^m - t^s=0,042, r^s =0,1 e r^p(m) =0,015. The number of effective pollen donors was 66,66, the percentage of the pairwise half sibs self-half-sibs, full sibs and sef sibs were 92,7%, 5,8%, 1,4% and 0,09%, respectively. The effective size was 3,10, the coancestry was θ^ =0,134 and the number of matrices m^ =48,29. The macaw palm is an outcrossing palm, there was no significant correlation of paternity and the collection of seeds should be in at least 15 seeds from more than 49 trees to keep a high genetic diversity.

Oscilações climáticas globais levaram a mudanças na paisagem durante o período Quaternário. A filogeografia é uma disciplina que busca compreender os processos evolvidos na estruturação espacial da diversidade genética, que é uma das consequências das expansões e retrações da vegetação. Estudos filogeográficos na região Neotropical são importantes para o entendimento da origem e manutenção da grande biodiversidade desta região. Para investigar a influência destes processos na evolução de espécies arbóreas, analisamos os padrões de distribuição da diversidade genética de três espécies do gênero Ficus amplamente distribuídas na região Neotropical. Ficus insipida e F. adhatodifolia são duas espécies próximas deste gênero, que ocorrem nas duas maiores formações florestais da região Neotropical, e apresentam similaridades ecológicas e morfológicas. Os padrões filogeográficos observados neste estudo revelaram uma diversificação recente, com hibridação ancestral na região central da América do Sul, região de contato entre a Amazônia e a Mata Atlântica. Por sua vez, os padrões filogeográficos observados em F. citrifolia revelaram que as flutuações climáticas do Pleistoceno não foram responsáveis por uma estruturação na distribuição espacial da diversidade genética desta espécie. A alta diferenciação genética entre as populações e a presença de haplótipos fixados estão relacionados com efeitos do fundador. A diversificação das linhagens iniciou no Pleistoceno, com a separação de dois clados principais. Devido à ausência de clados estruturados geograficamente, as relações filogenéticas das linhagens de F. citrifolia parecem ter sido influenciadas por eventos de dispersão a longas distâncias, seguidos de fortes gargalos de garrafa. / Global climate oscillations led to changes in the landscape during the Quaternary. Phylogeography is a discipline that seeks to understand the processes involved in spatial structure of genetic diversity, which is a consequence of expansions and retractions of vegetation. Phylogeographic studies in the Neotropics are important to the understanding the origin and maintenance of high biodiversity of this region. To investigate the influence of these processes in the evolution of tree species, we analyzed the distribution patterns of genetic diversity of three species of the genus Ficus widespread in the Neotropics. Ficus insipida and F. adhatodifolia are two closely related species of this genus, which occur in two major forest types of the Neotropical region, and present ecological and morphological similarities. The phylogeographic patterns observed in this study revealed a recent diversification, with ancestral hybridization in central South America, the contact area between the Amazon and the Atlantic Forest. In turn, the phylogeographic patterns observed in F. citrifolia revealed that the climatic fluctuations of the Pleistocene were not responsible for the spatial structuring of the genetic diversity distribution. The high genetic differentiation between populations and the presence of fixed haplotypes are related to founder effects. The diversification of lineages initiated in the Pleistocene, with the separation of two major clades. Due to the absence of geographically structured clades, the phylogenetic relationships of F. citrifolia lineages appear to have been influenced by long distances dispersal events, followed by strong bottlenecks.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-09-19T14:17:58Z No. of bitstreams: 1 Meriam Nefizaoui.pdf: 5601058 bytes, checksum: 44a53bf80f39049d126bf3572e2575b2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-19T14:17:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Meriam Nefizaoui.pdf: 5601058 bytes, checksum: 44a53bf80f39049d126bf3572e2575b2 (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Around 2.5 billion people – 30 percent of the world’s population – live in the dry areas, which cover more than 40 percent of the world’s land surface. Scarce natural resources, land degradation and frequent droughts severely challenge food production in these areas. Both North Africa (Morocco, Algeria, Tunisia) and the North East of Brazil fall under arid and semi-arid climate. Cacti have developed phenological, physiological and structural adaptations for growth and survival in arid environments where they have multiple functions (food, feed, soil conservation, etc.). Cacti are well positioned to cope with future global climate change; they can generate, under arid conditions, a carbon sequestration equivalent to 30 tons of CO2 ha-1year-1. Cactus pear, the most commonly cropped belongs to the genus Opuntia and compared to other species, Opuntia ficus-indica is the most spread over all continents. The continuous morphological variation within the genus, the lack of clear descriptors for each species, and the relative ease of cross hybridization has led to an erroneous species designation. To overcome these problems, molecular markers might be useful tools to help unravel uncertainties in classification that are not addressed by morphological characterization. The objective of this contribution is to assess the genetic diversity of two cactus collections using morphological and molecular traits. The in-situ collections are located at IPA in Northeast of Brazil with 300 accessions oriented toward forage production and at INRA Agadir station with 20 accessions representative of the Mediterranean Basin. Phenotypic characterization was achieved using FAO Cactusnet descriptor while the molecular characterization used the SSR (Simple Sequence Repeats) technique and 8 recently recommended primers (Opuntia 3, Opuntia 5, Opuntia 9, Opuntia 11, Opuntia 12, Opuntia 13, Ops 9 and Ops 24). Phenotypic data have been submitted to principal component analysis (PCA) and agglomerative hierarchical clustering (AHC) using XLSTAT 2015 package. The Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) dendrogram based on Nei’s genetic distance has been used for molecular, and the relationship between morphological and molecular traits was assessed by Mantel test. Results show that accessions may be discriminated by the morphological descriptors. Many of these morphological descriptors are significantly correlated as the number of cladodes and the number of fruits (r=0.73), the number of cladodes and the plant diameter (r=0.73), the length of the cladode and the plant height (r=0.7), the length of the spine and the number of areoles (r=0.67). Principal Component Analysis (PCA) and Agglomerative Hierarchical Clustering (AHC) are good tools to segregate accessions using a reduced number of morphological descriptors. The cladode shape and the number of spines and areoles are the recommended descriptors, and are capable de discriminate accessions with a suitable accuracy. SSR analysis revealed 72 alleles with an average allele number of 9 per locus. All microsatellites used were found to be discriminative with a mean value of Polymorphic Information Content (PIC) estimated at 0.458. Genetic dissimilarities estimated between the accessions varied widely, suggesting that an important genetic variability exist in the collection. All the markers used were either informative or highly informative and can be recommended to detect genetic diversity in Opuntia species; the most discriminant markers are Ops 24 and Opuntia 9 and the less discriminant is Opuntia 5. The relationship between phenotypic traits and the allele based genetic distances from the SSR analysis was highly significant (r=0.4, p=0.01) and obtained for the first time while using SSR for molecular characterization. Consequently, SSR technique is one of the best tools to assess the level of genetic diversity in Opuntia germplasm collections; it complements phenotypic characterization and it is recommended for planning breeding programs and to revise the current taxonomical classification. / Cerca de 2,5 milhões de pessoas - 30% da população mundial - vivem nas áreas secas que cobrem mais de 40% da superfície terrestre do mundo. Os recursos naturais escassos, a degradação da terra e secas frequentes desafiam severamente a produção de alimentos nessas áreas. Tanto o Norte da África (Marrocos, Argélia, Tunísia) quanto o Nordeste do Brasil se encontram nestas condições. Cactus desenvolveram adaptações fenológicas, fisiológicas e estruturais para o crescimento e a sobrevivência em ambientes áridos onde eles possuem múltiplas funções de uso (alimento, pasto, conservação do solo, etc). Cactus são bem posicionados para lidar com futuras alterações climáticas globais já que eles podem gerar, sob condições áridas, um sequestro de carbono equivalente a 30 toneladas de CO2 por hectare ao ano. A palma é o cactus mais comumente cultivado, pertence ao gênero Opuntia e em comparação com outras espécies, Opuntia ficus-indica é a mais encontrada por todos os continentes. A variação morfológica dentro do gênero, a falta de descritores claros para cada espécie, e a facilidade relativa de hibridação cruzada levou a uma designação de espécies errada. Para superar estes problemas, os marcadores moleculares podem ser ferramentas úteis para ajudar a desvendar incertezas na classificação que não são abordadas pela caracterização morfológica. O objetivo desta contribuição é avaliar a diversidade genética de duas coleções de palma utilizando características morfológicas e moleculares. As coleções in-situ estão localizadas no IPA no Nordeste do Brasil com 300 acessos orientados para a produção de forragem e no INRA - estação de Agadir com 20 acessos representante da Bacia do Mediterrâneo. A caracterização fenotípica foi realizada usando descritores da FAO CactusNet enquanto que a caracterização molecular foi efetuada através da técnica SSR (Simple Sequence Repeats) com 8 marcadores recomendados recentemente (Opuntia 3, Opuntia 5, Opuntia 9, Opuntia 11, Opuntia 12, Opuntia 13, Ops 9 and Ops 24). Os dados fenotípicos foram submetidos à análise de componentes principais (PCA) e ao Agrupamento Hierárquico Aglomerativo (AHC) usando o pacote XLSTAT 2015. O dendrograma obtido pelo UPGMA (método de média aritmética não ponderada), com base na distância genética de Nei, foi usado para as análises moleculares. Já a relação entre as características morfológicas e moleculares foi avaliada pelo teste de Mantel. Os resultados mostram que os acessos podem ser discriminados pelos descritores morfológicos. Muitos destes descritores são significativamente correlacionados como o número de cladódios e o número de frutos (r=0.73), o número de cladódios e o diâmetro da planta (r=0.73), o comprimento do cladódio e a altura da planta (r=0.7), o comprimento do espinho e o número de auréolas (r=0.67). A análise em componentes principais (ACP) e o agrupamento hierárquico aglomerativo (AHC) são boas ferramentas para distinguir acessos utilizando um número reduzido de descritores morfológicos. A forma do cladódio, o número de espinhos e auréolas são os descritores recomendados, sendo capazes de discriminar acessos com precisão adequada. A análise SSR revelou 72 alelos com um número médio de 9 alelos por locus. Todos os microssatélites utilizados se revelaram discriminativos com um valor médio de conteúdo de informação polimórfica (PIC) de 0,458. As similaridades genéticas estimadas entre os acessos variaram muito, o que sugere que existe uma importante variabilidade genética na coleção. Todos os marcadores utilizados foram informativos ou altamente informativos, podendo ser recomendados para detectar a diversidade genética em espécies de Opuntia, sendo que os mais são Ops 24 e Opuntia 9 e Opuntia 5 é o menos discriminante. A relação entre as características fenotípicas e as distâncias genéticas baseadas nos alelos da análise SSR foi altamente significativa (r=0.4, p=0.01) e obtida pela primeira vez na caracterização molecular pela técnica SSR. Consequentemente, esta última é uma das melhores ferramentas para avaliar o nível de diversidade genética nas coleções de germoplasma Opuntia; complementa caracterização fenotípica e recomenda-se para o planejamento de programas de melhoramento genético e induz a rever a classificação taxonômica atual.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-10-06T13:48:19Z No. of bitstreams: 1 Horace Jose Jimenez.pdf: 933105 bytes, checksum: 4bc877d0af3811afbb356c01ecc9b7ba (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-06T13:48:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Horace Jose Jimenez.pdf: 933105 bytes, checksum: 4bc877d0af3811afbb356c01ecc9b7ba (MD5) Previous issue date: 2014-01-31 / The Mangabeira ( Hancornia speciosa Gomes) is a native fruit tree from Brazil, occurring in greater abundance in coastal and coastal plains of the Northeast region . Its fruits are widely consumed in natura or processed as juices, ice creams and jellies. Currently the genetic diversity of the species is largely threatened due to reduction of its original area of occurrence, deforestation , land speculation and planting crops such as sugar cane, coconut and pastures. Thus, the species is one of the most endangered fruit plants in the brazilian northeast . The objective of this study was to evaluate the genetic diversity of 38 H. speciosa genotypes from three populations of Pernambuco State through ISSR molecular markers . Leaves were collected in regions of Tamandaré Itamaracá , Nazaré and Paiva. We performed population structure analysis, Principal Coordinate Analysis, and a UPGMA dendrogram with all genotypes. Number of polymorphic loci number of monomorphic loci, Nei's genetic diversity, total heterozygosity , mean heterozygosity within groups , mean coefficient of differentiation between groups and number of migrants per generation were also calculated . Six ISSR primers were selected and produced a total 93 loci, 10 monomorphic and 83 polymorphic . The average number of polymorphic bands per primer was 11.5 , where UBC primer # 851 was the most polymorphic , with 14 bands . By cross checking between the UPGMA clustering , PCoA and structure of population, Hancornia 56 , 57 and Hancornia Hancornia 58 subjects showed a close relationship between them . The results showed a high level of genetic diversity within species ( He = 0.30 ), and found that most of the genetic variability found within a population . The gene flow was 1.18 , confirming information that tropical tree species have shown values of Nm greater than 1. Hancornia speciosa populations studied showed high levels of genetic diversity , most of which lies within populations . / A mangabeira (Hancornia speciosa Gomes), é uma fruteira nativa do Brasil, ocorrendo em maior abundância nos tabuleiros costeiros e baixadas litorâneas do Nordeste. Seus frutos são amplamente consumidos in natura ou processados como sucos, sorvetes e geleias. A mangabeira, atualmente, vem apresentando seu germoplasma bastante ameaçado, devido a redução da sua área original de ocorrência, pelo desmatamento, especulação imobiliária e plantio de cultivos como cana-de-açúcar, coqueiros e pastagens. Assim sendo, a referida espécie é uma das fruteiras mais ameaçadas de extinção no Nordeste. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a diversidade genética de 38 indivíduos de mangabeiras de três populações do Estado de Pernambuco por meio da técnica de marcadores moleculares ISSR. Foram coletadas folhas nas regiões de Tamandaré, Carneiro, Ilha de Itamaracá, Nazaré e Reserva do Paiva Com os dados foram realizados análises de coordenadas principais, estrutura de populações e gerado um dendrograma relacionando todas as populações através do método UPGMA. Também foram calculados locos polimórficos, locos monomorficos, diversidade genética de Nei, parâmetros de heterozigosidade total, a heterozigosidade média dentro de grupos, coeficiente médio de diferenciação entre os grupos e número de migrantes por geração. Foram selecionados 6 primers ISSR e produzidos um total 93 locos, sendo 10 monomorficos e 83 polimórficos. A média de bandas polimórficas por primer foi de 11,5, onde o primer UBC#851 foi o mais polimórfico, apresentando 14 bandas. Ao cruzar as informações entre o agrupamento UPGMA, ACoP e a estrutura de população, os indivíduos Hancornia 56, Hancornia 57 e Hancornia 58 evidenciaram uma estreita relação entre eles. Os resultados mostraram um alto nível de diversidade genética dentro da espécie (He = 0,30), sendo verificado que a maior parte da variabilidade genética se encontra dentro das populações. O fluxo gênico estimado foi de 1,18, ratificando a informação de que as espécies arbóreas tropicais têm apresentado valores de Nm superiores a 1. As populações de Hancornia speciosa estudadas apresentaram altos níveis de diversidade genética, a maioria dos quais se encontra dentro das populações.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-04-12T13:15:03Z No. of bitstreams: 1 Eulalia Alves Barros.pdf: 779730 bytes, checksum: 49d9a5e87b3827c9b66d4a4bc1496324 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-12T13:15:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Eulalia Alves Barros.pdf: 779730 bytes, checksum: 49d9a5e87b3827c9b66d4a4bc1496324 (MD5) Previous issue date: 2012-12-27 / The goals of this thesis were to verify the conservation genetic status of the Segureño Spanish sheep breed and to evaluate the principal factors involved in the determination of growth traits in this breed. The data used n this study was provided by the Asociación Nacional de Criadores de Ovino Segureño – ANCOS, located in Granada province, Spain. The information about genetic variability and population structure were obtained using genealogical records from 37.459 animals registered between the years 1984 – 2007. To evaluate the inbreeding effects on growth traits, weight measurements taken between the years 1992 – 2007 were considered. The traits evaluated were: birth weight (BW), weight at 30 (W30), 45 (W45) and 75 (W75) days of age and also the average daily gains between 0-45 (ADG0-45), 0-75 (ADG0-75) and 45-75 (ADG45-75) days of age. The parameters used to evaluate the genetic diversity were: effective number of founders , effective number of ancestors , effective population size , inbreeding coefficient , average relatedness coefficient , generation interval , and the fixation indexes . To analyze the effect of the inbreeding on growth traits, were considered the individual inbreeding estimates and the environmental effects of sex, year-season-herd, birth type and age of the ewe. For the herds studied, a significant loss of genetic variability was not observed. The fixation indexes suggest that there is no population subdivision within the breed and the inbreeding level can be considered satisfactory for growth traits. Nucleus herds were not observed which may have contributed for the absence of within breed substructure. Among the environmental factors considered, the contemporary group (formed by individuals born in the same year-season-herd), the birth type and the sex of the lamb were the most important factors affecting the weights and average weight gains studied. / Objetivou-se, com esse trabalho, verificar o estado de conservação genética da raça espanhola de ovinos Segureño e avaliar os principais fatores envolvidos na determinação das características de crescimento em cordeiros da raça. Os dados usados neste estudo são provenientes da Asociación Nacional de Criadores de Ovino Segureño- ANCOS, sediada na província de Granada-Espanha. As informações sobre a variabilidade genética e a estrutura populacional foram obtidas utilizando as informações genealógicas de 37.459 animais registrados entre os anos de 1984 a 2007. Para avaliação dos efeitos da endogamia sobre o crescimento dos cordeiros, foram utilizadas as informações de pesagens de cordeiros, entre os anos de 1992 a 2007, e avaliados os pesos ao nascer (PN), aos 30 dias (P30), aos 45 dias (P45) e aos 75 dias (P75) de idade, além dos ganhos médios medidos entre 0-45, 0-75, e 45-75 dias de idade. Os parâmetros utilizados na avaliação da diversidade genética foram: número efetivo de fundadores , número efetivo de ancestrais , tamanho efetivo (Ne), coeficiente de consanguinidade (F), coeficiente de parentesco médio (AR), intervalo de gerações (IG) e índices de fixação ou estatística-F . Para análise dos efeitos dos níveis de endogamia sobre as características de crescimento, foram considerados os valores de endogamia individual e os fatores ambientais de sexo, ano-estação-rebanho, tipo de nascimento e idade da ovelha. Não foram observadas perdas de variabilidade genética significativas nos rebanhos estudados. Os índices de fixação indicam que não está ocorrendo subdivisão dentro da raça e os níveis de endogamia para as características de crescimento são considerados satisfatórios. Não foram identificados rebanhos núcleo, fato que pode ter contribuído para ausência de subestruturação dentro da raça. Entre os fatores ambientais considerados, o grupo de contemporâneos, formado por animais nascidos no mesmo ano-estação-rebanho, o tipo de nascimento e o sexo do cordeiro foram os que mais influenciaram os pesos e os ganhos médios de peso estudados.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-05-17T16:52:44Z No. of bitstreams: 1 Rejane Rodrigues de Oliveira.pdf: 1165758 bytes, checksum: c0b720fdb0abe126a99ef0251e11700e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-17T16:52:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rejane Rodrigues de Oliveira.pdf: 1165758 bytes, checksum: c0b720fdb0abe126a99ef0251e11700e (MD5) Previous issue date: 2012-12-27 / Aiming at studying the structure of population and demography of Murciano-Granadina goat breed, 24,444 data on pedigree, from Asociación Nacional de Criadores de Caprino de Raza Murciano-Granadina – CAPRIGRAN, were analyzed. In order to set population structure the following population data were analyzed: complete generations; complete generation equivalent; effective number of founders (fe); effective number of ancestors (fa); inbreed coefficient (F-statistics) and average relatedness coefficient (AR). The conclusion was that the levels of genetic variability in the studied population of Murciano-Granadina goat breed were in satisfactory level, allowing its utilization in programs of genetic improvement and conservation of genetic resources. As for demographic census, quantitative data were studied regarding: number of males and females; medium generation intervals (GI); effective number (Ne). The conclusion was that low depth of pedigrees limits getting more precise parameters. Smaller herds presented sex rate under recommended and the medium GI observed (2.77 years) demonstrates that population is under intense improvement work that can compromise genetic variability in the future. / Com o objetivo de estudar a estrutura de populações e a demografia da raça caprina Murciano-Granadina, foram avaliadas 24.444 informações de pedigree, pertencentes ao banco de dados da Asociación Nacional de Criadores de Caprino de Raza Murciano-Granadina - CAPRIGRAN. Para compor a estrutura da população, foram avaliados os seguintes parâmetros populacionais: número de gerações completas; número de gerações equivalentes; número efetivo de animais fundadores (fe); número efetivo de ancestrais (fa); coeficiente de consanguinidade (estatísticas F de Wright) e coeficiente médio de parentesco (AR), concluindo-se que a existência de variabilidade genética nas populações estudadas da raça caprina Murciano-Granadina da Espanha encontra-se em níveis satisfatórios, permitindo sua utilização em programas de melhoramento e de conservação de recursos genéticos. Para o censo demográfico, foram analisadas informações quantitativas sobre número de macho e fêmeas; intervalo médio de gerações (IG); tamanho efetivo da população (Ne), resultando na baixa profundidade dos pedigrees limitante na obtenção de parâmetros mais acurados e mais precisos. Os rebanhos menores apresentaram taxa sexual inferior ao recomendado, ao passo que o IG médio observado (2,77 anos) demonstra que a população está sob intenso trabalho de melhoramento genético, o que pode comprometer a variabilidade genética no futuro.

Orientador: Anete Pereira de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-18T10:32:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cidade_FernandaWitt_D.pdf: 4497924 bytes, checksum: 742a35a26e2eea5a11249f8fc87abb2b (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: No Brasil, a pecuária bovina é baseada principalmente na utilização de pastagens para alimentação animal, sendo a maioria destas cultivadas. O lançamento de novas cultivares de forrageira e os avanços no manejo das pastagens permitiram que o Brasil se tornasse, atualmente, um dos maiores produtores mundiais de bovinos e o maior exportador de carne bovina do mundo. Contudo, poucas opções de forrageiras estão disponíveis para o cultivo de pastagens no Brasil, principalmente para as regiões tropicais, sendo que a maioria dessas é constituída de poucas cultivares de gramíneas africanas do gênero Urochloa (Syn. Brachiaria). Há uma necessidade eminente de diversificação das pastagens e, o gênero Paspalum se destaca dentre as gramíneas nativas com potencial forrageiro a contribuir para a diversificação de espécies em pastagens tropicais. Paspalum inclui aproximadamente 400 espécies distribuídas, principalmente, em regiões tropicais e subtropicais das Américas. O Brasil é o maior centro de origem e diversidade deste gênero, com ocorrência de espécies de grande potencial forrageiro, havendo vários acessos disponíveis em bancos de germoplasma. Para que os programas de melhoramento possam utilizar de forma adequada os bancos de germoplasma existentes, é necessário um conhecimento da quantidade e da distribuição da diversidade genética dessas coleções. Nesse sentido, no presente trabalho, marcadores microssatélites foram isolados e caracterizados em duas espécies de Paspalum (P. atratum e P. notatum) para o estudo de diversidade genética de acessos de bancos de germoplasma de Paspalum. Um total de 21 microssatélites foi desenvolvido para P. atratum e 26 para P. notatum. A transferibilidade desses marcadores foi avaliada para 35 espécies de Paspalum, sendo que doze microssatélites foram utilizados na caracterização de 214 acessos de Paspalum de diferentes espécies. Os microssatélites foram úteis na identificação das espécies de Paspalum, auxiliando de forma efetiva na organização dos acessos mantidos nos bancos de germoplama, fornecendo também subsídios para programas de melhoramento genético do gênero. Adicionalmente, 57 acessos de P. notatum foram avaliados com o uso de 30 microssatélites, em conjunto com caracterísitcas fenotípicas e citogenéticas. A maioria desses locos apresentou grande potencialidade para uso na discriminação de cultivares e acessos. As avaliações conjuntas indicaram que os microssatélites foram eficientes e robustos na separação dos acessos de P. notatum em três variedades botânicas (var. notatum, var. saurae e var. latiflorum), os quais agruparam-se em sete grupos geneticamente distintos. Os microssatélites desenvolvidos, assim como os dados de diversidade genética gerados nesse trabalho, são um passo em direção a um melhor entendimento do gênero e uma ferramenta para que novos trabalhos possam ser realizados / Abstract: In Brazil, the production of cattle is based primarily on the use of pastures for animal feed, most of these cultivated. The release of new cultivars of forage and advances in pasture management has enabled Brazil to become currently one of the largest producers of cattle and the largest exporter of beef in the world. However, few options are available for fodder cultivation of pastures in Brazil, mainly in tropical regions, where most of these consists of a few varieties of African grasses of the genus Urochloa (Syn. Brachiaria). There is a clear need to diversify pastures and the genus Paspalum stands out among the native grasses with forage potential to contribute to the diversification of species in tropical pastures. Paspalum includes about 400 species distributed mainly in tropical and subtropical regions of the Americas. Brazil is the largest center of origin and diversity of this genus, with the occurrence of species of high forage yield potential, and several accessions available in germplasm banks. In order to make good use of the existing germplasm collections for breeding purposes it is necessary to know the quantity and distribution of genetic diversity of these collections. In that sense, in the present work, microsatellite markers were isolated and characterized in two species of Paspalum (P. notatum and P. atratum). These markers were used as a tool to study genetic diversity of germplasm banks of Paspalum. A total of 21 microsatellites was developed for P. atratum and 26 for P. notatum. The transferability of these markers was evaluated for 35 species of Paspalum, in which twelve microsatellites were used to characterize 214 accessions of different species of Paspalum. The microsatellites were useful in identifying the species of Paspalum, effectively assisting in the organization of accessions maintained in germplasm banks, as well as providing subsidies to breeding programs of the genus. Additionally, 57 accessions of P. notatum were evaluated using 30 microsatellites, together with phenotypic and cytogenetic characteristic. Most of these loci showed a great potential for cultivar and accessions discrimination. Joint evaluations indicated that the microsatellites were efficient and robust in the separation of the accessions evaluated in to seven genetically distinct groups, which corresponded to the three botanical varidades described for the species (var.notatum, var. sourae, and var. latiflorum). Microsatellites developed, as well as data of genetic diversity generated in this work are a step toward a better understanding of the genus and a tool for further work / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientadores: Lucia Regina Durrant, Lara Durães Sette / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-15T23:25:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_RafaellaCostaBonugli_D.pdf: 1864466 bytes, checksum: 5bb70197e101a9e0e85c0147626dbf2e (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Os ecossistemas marinhos representam uma fonte potencial de recursos genéticos para diversas aplicações biotecnológicas. Neste sentido, os fungos filamentosos derivados do ambiente marinho podem ser considerados estratégicos para a produção de compostos naturais bioativos e para aplicações em processos industriais que requerem tolerância às condições salinas. Neste contexto, o presente trabalho teve como objetivo geral avaliar a diversidade genética de fungos derivados de macro-organismos marinhos (cnidários e esponjas) e o potencial destes isolados para a biorremediação de poluentes ambientais. A caracterização da diversidade dos fungos isolados de cnidários marinhos demonstrou que a maioria dos isolados pertencem ao filo Ascomycota, sendo identificado apenas um único isolado do filo Zygomycota (gênero Mucor). Diversos fungos filamentosos isolados dos cnidários marinhos apresentaram potencial biotecnológico para produção das enzimas ligninolíticas. Entretanto, os fungos Aspergillus sclerotiorum CBMAI 849, Cladosporium cladosporioides CBMAI 857 (Ascomycota) e o Mucor racemosus CBMAI 847 (Zygomycota) foram selecionados devido à capacidade de produção de quantidades significativas de enzimas ligninolíticas na triagem inicial. Esses três isolados foram submetidos à avaliação de diferentes fatores (fonte de carbono, farelo de trigo e salinidade) envolvidos na atividade ligninolítica. A atividade da lacase e MnP foi ampliada quando a glicose foi utilizada como fonte de carbono, contudo LiP foi produzida apenas no meio contendo extrato de malte. A adição do farelo de trigo não influenciou a produção das enzimas, contudo, a salinidade foi o fator mais importante na atividade ligninolítica. Valores mais altos de MnP e lacase foram produzidos por M. racemosus CBMAI 847 em 12,5% e 23% de salinidade, sendo o primeiro relato da atividade ligninolítica para o gênero Mucor. Levando-se em consideração que os fungos basidiomicetos são os principais produtores de enzimas ligninolíticas, três basidiomicetos isolados de esponjas marinhas, identificados como Marasmiellus sp. CBMAI 1062, Tinctoporellus sp. CBMAI 1061 e Peniophora CBMAI 1063 foram investigados quanto à atividade de LiP, MnP e Lac, diversidade dos genes que codificam para a atividade extracelular da lacase e degradação do corante Remazol Brilhante Blue R (RBBR). A atividade enzimática foi altamente significativa para os três basidiomicetos derivados marinhos em meio contendo extrato de malte como fonte de carbono (condição não salina) e em meio formulado com água do mar artificial (condição salina). A atividade ligninolítica aumentou quando o farelo de trigo e CuSO4 foram adicionados ao meio de cultivo contendo glicose como fonte de carbono. Uma elevada diversidade de genes que codificam para a lacase foi encontrada nos três basidiomicetos estudados, sugerindo a detecção de novas lacases, que podem apresentar características diferentes das produzidas por micro-organimos terrestres. Em adição, os três basidiomicetos estudados apresentaram capacidade significativa de descoloração do corante RBBR. O fungo Tinctoporellus sp. CBMAI 1061 foi o mais eficiente na degradação do corante RBBR, com 100% de degradação após 3 dias de cultivo e a MnP foi a principal enzima produzida durante a descoloração do corante por este fungo. Os resultados obtidos no presente estudo demonstram o potencial biotecnológico dos fungos derivados de ambientes marinhos pertencentes a diferentes grupos taxonômicos (ascomicetos, zigomicetos e basidiomicetos), principalmente na degradação de poluentes por enzimas ligninolíticas em ambiente ou processos salinos, como na biorremediação de Hidrocarbonetos Policíclicos Aromáticos (HPAs) e vários compostos aromáticos derivados do derramamento de petróleo nos oceanos e mares ou no tratamento de efluentes têxteis, os quais contêm altas concentrações de sais / Abstract: Marine ecosystems represent potential genetic resources for various biotechnological applications. In this sense, the fungi derived from marine environments can be considered strategic for the production of natural bioactive compounds and for applications in industrial processes that require tolerance to saline conditions. In this context, this study aimed to evaluate the biotechnological potential of fungi derived from marine macroorganisms (cnidarians and sponges) on the degradation of environmental pollutants, as well as to characterize the diversity of isolates derived from such samples. Our results showed that most marine-derived fungal isolates belong to the phylum Ascomycota, and only one isolate was identified as representative of the genus Mucor, phylum Zigomycota. Several filamentous fungi isolated from marine cnidarians showed potential for industrial applications. However, Aspergillus sclerotiorum CBMA 849, Cladosporium cladosporioides CBMA 857 (Ascomycota) and Mucor racemosus CBMAI 847 (Zygomycota) were selected for their ability to produce significant amounts of ligninolytic enzymes in the initial screening. These three isolates were submitted to experiments related to the influence of different variable parameters (carbon source, wheat bran and salinity) on ligninolytic activity. Lac and MnP activities were enhanced when glucose was used as carbon source. However LiP was produced only in medium containing malt extract. According to the statistical analysis, the addition of wheat bran did not influence the enzyme productions, but the salinity was the most important parameter on the ligninolytic activities. The highest amounts of MnP and laccase were produced by M. racemosus CBMAI 847 in 12.5% and 23% salinity and this was the first report related to ligninolytic activity for the genus Mucor. Taking into account that basidiomycetes are the major producers of ligninolytic enzymes, three basidiomycetes isolates from marine sponges identified as Marasmiellus sp. CBMAI 1062, Tinctoporellus sp. CBMAI 1061 and Peniophora sp. CBMAI 1063 were investigated in relation to LiP, MnP and Lac activities, as well as the diversity of extracellular laccase genes and the decolorization of Remazol Brilliant Blue R (RBBR) dye. The enzyme activity was highly significant for the three marine-derived basidiomycetes in medium containing malt as carbon source (non-saline condition) and in medium formulated with artificial seawater (saline condition). Ligninolytic activity was enhanced when wheat bran and CuSO4 were added to the culture medium containing glucose as carbon source. A high diversity of Lac genes was found in the three basidiomycetes studied, suggesting the detection of new laccase, which may present different characteristics from those produced by terrestrial microorganisms. In addition, the three basidiomycetes studied showed significant capacity to decolorize the RBBR dye. Tinctoporellus sp. CBMAI 1061 was the most efficient fungus in the dye decolorization, presenting 100% degradation after 3 days of cultivation in liquid medium, and MnP was the main enzyme produced during RBBR decolorization by the three marine-derived fungi. Results from our study revealed the biotechnology potential of marine-derived fungi belonging to different taxonomic groups (ascomycetes, zygomycetes and basidiomycetes), in the degradation of pollutants by ligninolytic enzymes in saline environments and/or processes, such as the bioremediation of Polycyclic Aromatic Hydrocarbons (PAHs) derived from oil spills in the ocean or in the treatment of industrial (textile) colored effluents, which contain high concentrations of salts. Os ecossistemas marinhos representam uma fonte potencial de recursos genéticos para diversas aplicações biotecnológicas. Neste sentido, os fungos filamentosos derivados do ambiente marinho podem ser considerados estratégicos para a produção de compostos naturais bioativos e para aplicações em processos industriais que requerem tolerância às condições salinas. Neste contexto, o presente trabalho teve como objetivo geral avaliar a diversidade genética de fungos derivados de macro-organismos marinhos (cnidários e esponjas) e o potencial destes isolados para a biorremediação de poluentes ambientais. A caracterização da diversidade dos fungos isolados de cnidários marinhos demonstrou que a maioria dos isolados pertencem ao filo Ascomycota, sendo identificado apenas um único isolado do filo Zygomycota (gênero Mucor). Diversos fungos filamentosos isolados dos cnidários marinhos apresentaram potencial biotecnológico para produção das enzimas ligninolíticas. Entretanto, os fungos Aspergillus sclerotiorum CBMAI 849, Cladosporium cladosporioides CBMAI 857 (Ascomycota) e o Mucor racemosus CBMAI 847 (Zygomycota) foram selecionados devido à capacidade de produção de quantidades significativas de enzimas ligninolíticas na triagem inicial. Esses três isolados foram submetidos à avaliação de diferentes fatores (fonte de carbono, farelo de trigo e salinidade) envolvidos na atividade ligninolítica. A atividade da lacase e MnP foi ampliada quando a glicose foi utilizada como fonte de carbono, contudo LiP foi produzida apenas no meio contendo extrato de malte. A adição do farelo de trigo não influenciou a produção das enzimas, contudo, a salinidade foi o fator mais importante na atividade ligninolítica. Valores mais altos de MnP e lacase foram produzidos por M. racemosus CBMAI 847 em 12,5% e 23% de salinidade, sendo o primeiro relato da atividade ligninolítica para o gênero Mucor. Levando-se em consideração que os fungos basidiomicetos são os principais produtores de enzimas ligninolíticas, três basidiomicetos isolados de esponjas marinhas, identificados como Marasmiellus sp. CBMAI 1062, Tinctoporellus sp. CBMAI 1061 e Peniophora CBMAI 1063 foram investigados quanto à atividade de LiP, MnP e Lac, diversidade dos genes que codificam para a atividade extracelular da lacase e degradação do corante Remazol Brilhante Blue R (RBBR). A atividade enzimática foi altamente significativa para os três basidiomicetos derivados marinhos em meio contendo extrato de malte como fonte de carbono (condição não salina) e em meio formulado com água do mar artificial (condição salina). A atividade ligninolítica aumentou quando o farelo de trigo e CuSO4 foram adicionados ao meio de cultivo contendo glicose como fonte de carbono. Uma elevada diversidade de genes que codificam para a lacase foi encontrada nos três basidiomicetos estudados, sugerindo a detecção de novas lacases, que podem apresentar características diferentes das produzidas por micro-organimos terrestres. Em adição, os três basidiomicetos estudados apresentaram capacidade significativa de descoloração do corante RBBR. O fungo Tinctoporellus sp. CBMAI 1061 foi o mais eficiente na degradação do corante RBBR, com 100% de degradação após 3 dias de cultivo e a MnP foi a principal enzima produzida durante a descoloração do corante por este fungo. Os resultados obtidos no presente estudo demonstram o potencial biotecnológico dos fungos derivados de ambientes marinhos pertencentes a diferentes grupos taxonômicos (ascomicetos, zigomicetos e basidiomicetos), principalmente na degradação de poluentes por enzimas ligninolíticas em ambiente ou processos salinos, como na biorremediação de Hidrocarbonetos Policíclicos Aromáticos (HPAs) e vários compostos aromáticos derivados do derramamento de petróleo nos oceanos e mares ou no tratamento de efluentes têxteis, os quais contêm altas concentrações de sais / Doutorado / Doutor em Ciência de Alimentos

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-06-30T18:13:54Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-01T15:26:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-01T15:30:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-01T15:30:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) Previous issue date: 2009-04-30 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The palm (Elaeis guineensis Jacd) is a palm of great potential for sustainable agricultural development in the Amazon region, bringing social benefits, economic and environmental. The availability of varieties with high productivity and better adapted to the conditions of cultivation has a fundamental role in sustainable development of culture in this sense, one can resort to the use of biotechnology to increase the efficiency improvement programs. Microsatellite markers are tools preferred by breeders, because they are multi-allelic, has codominantes expression and show Mendelian inheritance, facilitating genetic analysis. Knowledge of the distribution of genetic variability within and between populations of palm, through the use of molecular markers, provide information for the implementation of plans for use and conservation of genetic resources of this species. From the results of that work can get grants for improving the palm at Embrapa Amazônia Ocidental, to provide the seed culture for the establishment of plantations with high productivity of oil. Samples were collected from 24 progenies of palm held at the Center for Experimental de palm the River Urubu (CERU) - Embrapa Amazônia Ocidental, and 22 progenies from self and two crosses between full siblings. There is low genetic variability in the progenies, with an average of five alleles per loci and total diversity (HT) equal to 0.0774. Of the four loci studied the site mEgCIR0254 had set in all the progenies and progenies LM11592, LM11547, LM11732, LM12366, LM13533, LM12826, LM11591 and PO393612, were fixed in all loci. These data were expected, they are progenies from self or full brother. The observed heterozygosities (Ho) the whole plant were lower than expected heterozygosity (He) in all loci, suggesting strong excess of homozygotes, indicating existence of a process endogamic. As the palm is allogamy plant and the progeny are genetically relatives, and autofecundadas, it is expected that the effects of inbreeding interfere directly in the indices of heterozygosity, contributing to the uniformity of the progenies. The AMOVA detected 62.99% of total variation among the progenies and 37.01% within progenies. Contrary to what has been observed in plants allogamy either in natural populations or collections of germplasm, where the greatest variability has been found within populations / provenances than between them, this paper notes that most of the variation was retained among the progeny, that is to be expected, because 91.67% of these are from self. / O dendê (Elaeis guineensis Jacd) é uma palmeira de grande potencial para o desenvolvimento agrícola sustentável da região Amazônica, trazendo benefícios sociais, econômicos e ambientais. A disponibilidade de variedades com alta produtividade e melhores adaptadas às condições de cultivo tem papel fundamental na sustentabilidade do desenvolvimento dessa cultura. Para este fim o conhecimento da distribuição da diversidade genética entre e dentro das progênies de dendezeiro, por meio do uso de marcadores moleculares microssatélites fornecerá informações para a implementação de planos de uso e conservação dos recursos genéticos dessa espécie . O objetivo desse trabalho foi estimar parâmetros de diversidade genéticos entre e dentro progênies de dendezeiro utilizadas na produção de sementes comerciais da Embrapa Amazônia Ocidental (Manaus-AM) . . Foram analisadas 24 progênies de dendezeiro que estão mantidas no Campo Experimental de Dendê do Rio Urubu (CERU) - Embrapa Amazônia Ocidental, sendo 22 progênies provenientes de autofecundação e duas de cruzamentos entre irmãos completos utilizando quatro loci SSR. Os dados obtidos foram analisados no Programa Genes e, através das análises verificou-se que existe baixa variabilidade genética nas progênies, com média de cinco alelos por loci e diversidade total (HT) igual a 0,0774. Dos quatro loci estudados o loco mEgCIR0254 apresentou fixado em todas as progênies e as progênies LM11592, LM11547, LM11732, LM12366, LM13533, LM12826, LM11591 e PO393612 apresentaram-se fixadas em todos os loci, devido principalmente serem progênies oriundas de autofecundação ou de irmão completos. As heterozigosidades observadas (Ho) no conjunto de plantas foram inferiores a heterozigosidade esperada (He) em todos os loci, sugerindo forte excesso de homozigotos, indicando existência de um processo endogâmico. Como o dendezeiro é planta alógama e as progênies serem geneticamente aparentadas, e ainda autofecundadas, é de se esperar que os efeitos da endogamia interfiram diretamente nos índices de heterozigose, contribuindo para a homogeneidade das progênies. A AMOVA detectou 62,99% do total da variação entre as progênies e 37,01% dentro das progênies. Ao contrário do que tem sido observado em plantas alógamas, seja em populações naturais ou coleções de germoplasmas, onde a maior variabilidade tem sido encontrada dentro das populações/procedências do que entre as mesmas, neste trabalho observa-se que a maior parte da variação ficou retida entre as progênies, isso é de se esperar, pois 91,67% destas são oriundas de autofecundação.

Submitted by Kamila Costa (kamilavasconceloscosta@gmail.com) on 2015-06-26T18:50:41Z No. of bitstreams: 1 Dissertação-Ana R Q Mélo.pdf: 762799 bytes, checksum: c0057deb15a04035e51d66223ad7c2fb (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-08T18:34:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação-Ana R Q Mélo.pdf: 762799 bytes, checksum: c0057deb15a04035e51d66223ad7c2fb (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-08T18:36:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação-Ana R Q Mélo.pdf: 762799 bytes, checksum: c0057deb15a04035e51d66223ad7c2fb (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-08T18:39:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação-Ana R Q Mélo.pdf: 762799 bytes, checksum: c0057deb15a04035e51d66223ad7c2fb (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-08T18:39:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação-Ana R Q Mélo.pdf: 762799 bytes, checksum: c0057deb15a04035e51d66223ad7c2fb (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Trema micrantha (L.) Blume is a native forest species of Brazil, a pioneer and rapid growth. The species has a wide range of benefits, from use as raw material to soil conservation and recovery of normal forest conditions. The wood is used for light buildings and as firewood. There has been fragmentation of populations of tree species in the Amazon due to deforestation for agriculture or by extraction. This study aimed to develop specific microsatellite primers for Trema micrantha species and characterize the genetic diversity of a natural population of this species. Thus, we developed microsatellite loci isolated from a genomic library enriched with these markers, which were used to characterize a population with T. micrantha of individuals, coming from Manaus, Amazonas. Were randomly identified in the study area, 30 trees to represent the population. The study provided information on the genetic diversity of the population based on estimates of allelic and genotypic frequencies, was estimating the magnitude and distribution of genetic variability within the sampling area. From the developed genomic library was obtained and sequenced a total of 120 colonies. From the colonies were identified 41 designed and selected microsatellite, which is 34.17% enrichment. Among these, 11 microsatellites showed amplification products to 60° C, 6 (54.5%) monomorphic for the group of subjects studied. The expected heterozygosity values (He) ranged from 0.171 to 0.717, with an average of 0.438. The observed heterozygosity (Ho) ranged from 0.133 to 0.308, with an average of 0.196. The Tmi04, Tmi28 and Tmi36 markers shown to be moderately informative. Microsatellite markers synthesized in this work can be used for polymorphism analysis of individuals of T. micrantha other genetic studies. The genotypes analyzed showed an excess of homozygosity in most loci, suggesting strong inbreeding in the population studied. / Trema micrantha (L.) Blume é uma espécie florestal nativa do Brasil, pioneira e de crescimento rápido. A espécie apresenta ampla gama de benefícios, desde uso como matéria prima até a conservação do solo e da recuperação de condições normais da floresta. A madeira é usada para edificações leves e como lenha. Tem-se verificado fragmentação de populações das espécies arbóreas na Amazônia devido ao desmatamento para agricultura ou pelo extrativismo. Este trabalho teve como objetivo desenvolver iniciadores microssatélites específicos para a espécie Trema micrantha e caracterizar a diversidade genética de uma população natural dessa espécie. Para tanto, foram desenvolvidos locos de microssatélites isolados a partir de uma biblioteca genômica enriquecida com esses marcadores, os quais foram usados para caracterizar uma população com indivíduos de T. micrantha, oriundos de Manaus, Amazonas. Foram identificados aleatoriamente na área de estudo, 30 árvores para representar a população. O estudo gerou informações sobre a diversidade genética da população com base nas estimativas das frequências alélicas e genotípicas, foi estimando a magnitude e a distribuição da variabilidade genética dentro da área de amostragem. A partir da biblioteca genômica desenvolvida foram obtidas e sequenciadas um total de 120 colônias. A partir das colônias foram identificados, desenhados e selecionados 41 microssatélites, o que representa 34,17% de enriquecimento. Dentre estes, 11 microssatélites apresentaram produtos de amplificação à 60 oC, sendo 6 (54,5%) monomórficos para o grupo de indivíduos estudados. Os valores de heterozigosidade esperada (He) variaram de 0,171 a 0,717, com média de 0,438. A heterozigosidade observada (Ho) variou de 0,133 a 0,308, com média de 0,196. Os marcadores Tmi04, Tmi28 e Tmi36 demonstraram ser moderadamente informativos. Os marcadores microssatélites sintetizados nesse trabalho poderão ser utilizados para a análise de polimorfismo de indivíduos de T. micrantha em outros estudos genéticos. Os genótipos analisados apresentaram um excesso de homozigose na maioria dos locos estudados, sugerindo forte endogamia na população analisada.