Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-05-08T15:19:29Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ariane Rolins de Santana - 2014.pdf: 1616629 bytes, checksum: 564437916d584de9d3769067e398b29b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-05-08T15:37:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ariane Rolins de Santana - 2014.pdf: 1616629 bytes, checksum: 564437916d584de9d3769067e398b29b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-08T15:37:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ariane Rolins de Santana - 2014.pdf: 1616629 bytes, checksum: 564437916d584de9d3769067e398b29b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-04-10 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Microsatellite markers are widely used to assess the genetic variability in natural populations. These markers can be developed from derived Expressed sequence tag (ESTs) or genomic libraries. A feasible and economical alternative for obtaining of these markers for species that do not already have them is the transferability from primers designed for species evolutionarily close. The species Pterodon emarginatus Vogel (sucupira) belongs to the Fabaceae family and shows great potential for use timber and medicinal, which makes them a target of exploitation. Thus, studies that contribute to their use and conservation are needed, including the genetic population. Therefore, the aim of this study was to evaluate the potential for cross-amplification primers developed for the species Phaseolus vulgaris to P. emarginatus and to analyze the polymorphism of the loci transferred from multiplex genotyping in three populations of this species. For this, were evaluated 539 primers developed for Phaseolus vulgaris, with 345 derived from ESTs libraries and 194 genomics. Amplification tests were performed using three individuals, while the assessment initial of the polymorphism with eight. Finally, genetic diversity parameters were estimated using 88 plants from three natural populations of P. emarginatus. Primers that showed amplification products visualized on agarose gel were then evaluated in 6% acrylamide gel stained with silver nitrate. Polymorphic loci were synthesized with fluorescence for evaluation and genotyping by capillary electrophoresis in ABI3500 automatic DNA analyzer. The loci were transferred to P. emarginatus 23 (4 %) being 7 polymorphic. Polymorphic, 6 electropherograms profiles. These 6 loci were evaluated in populations along with three polymorphic genomic loci previously standardized sucupira, totaling nine loci suitable for genotyping. It was possible to develop two multiplex systems, a compound of 5primers and another for 4. The number of alleles per locus ranged from two to 13, with an average of five alleles per loci. The mean values of He and Ho for both populations were 0,563 and 0,463 respectively. The value of f was not significant for the total population and equal to 0,144. The values FIT and FST were significant and equal to 0,06 and 0,195 respectively. Microsatellite markers transferred and polymorphic for P. emarginatus showed polymorphism and can be used in studies genetic population more depth to the species. / Os marcadores microssatélites são amplamente utilizados para acessar a variabilidade genética em populações naturais. Estes marcadores podem ser desenvolvidos a partir de bibliotecas derivadas de Sequências Expressas Transcritas (ESTs) ou genômicas. Uma alternativa possível e econômica para a obtenção destes marcadores para espécies que ainda não os possuem, é a transferibilidade a partir de primers desenhados para espécies evolutivamente próximas. A espécie Pterodon emarginatus Vogel (sucupira) pertence à família Fabaceae e apresenta grande potencial de uso medicinal e madeireiro, o que faz dela alvo da exploração extrativista. Assim, estudos que contribuam com o seu melhor uso e conservação são necessários, dentre eles os genético-populacionais. Diante disso, o objetivo deste estudo foi avaliar o potencial de amplificação cruzada de primers desenvolvidos para a espécie Phaseolus vulgaris para P. emarginatus e analisar o polimorfismo dos locos transferidos a partir de sistema multiplex de genotipagem em três populações desta espécie. Para tanto, foram avaliados 539 primers desenvolvidos para Phaseolus vulgaris, sendo 345 derivados de bibliotecas de ESTs e 194 genômicos. Os testes de amplificação foram realizados utilizando três indivíduos, enquanto a avaliação inicial do polimorfismo com oito. Por fim, os parâmetros genéticos de diversidade foram estimados utilizando 88 plantas, provenientes de três populações naturais de P. emarginatus. Os primers que apresentaram produtos de amplificação visualizados em gel de agarose foram, posteriormente, avaliados em gel de acrilamida 6% corado com nitrato de prata. Os locos polimórficos foram sintetizados com fluorescência para a avaliação e genotipagem via eletroforese capilar, no analisador automático de DNA ABI3500. Os locos transferidos para P. emarginatus foram 23 (4%) sendo 7 polimórficos. Dos polimórficos, 6 apresentaram bons perfis de eletroferogramas. Estes 6 locos foram avaliados nas populações juntamente com três locos genômicos polimórficos previamente padronizados para sucupira, totalizando nove locos adequados para genotipagem. Foi possível o desenvolvimento de dois sistemas multiplex, um composto de 5 primers e outro por 4. O número de alelos por loco variou de dois a 13, com uma média de cinco alelos por loco. Os valores médios de He e Ho para o conjunto das populações foram de 0,563 e 0,463 respectivamente. O valor de f não foi significativo para o total das populações e igual a 0,144. Os valores de FST e FIT foram significativos e iguais a 0,06 e 0,195 respectivamente. Os marcadores microssatélites transferidos e polimórficos para P. emarginatus apresentaram bom polimorfismo e podem ser utilizados em estudos genético-populacionais mais aprofundados com a espécie.

Submitted by Luanna Matias (lua_matias@yahoo.com.br) on 2015-05-15T20:30:37Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Sabrina Delgado Soares - 2014.pdf: 10379614 bytes, checksum: ee7ac2835c171b18d788cfc5e96ddd46 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Matias (lua_matias@yahoo.com.br) on 2015-05-19T14:20:40Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Sabrina Delgado Soares - 2014.pdf: 10379614 bytes, checksum: ee7ac2835c171b18d788cfc5e96ddd46 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-19T14:20:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Sabrina Delgado Soares - 2014.pdf: 10379614 bytes, checksum: ee7ac2835c171b18d788cfc5e96ddd46 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-08-04 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The strong demand for hardwood drives selective logging and degradation of forests ecossystems in Brazil. Due to its wood value and predatory logging, Brazilian mahogany (Swietenia macrophylla) is at risk of extinction. Currently, its trees are protected and banned from logging by the Brazilian Institute of Environment (IBAMA). Monoculture of the Brazilian mahogany is proven unsuccessful due to the attack of the Hypsipyla grandella larvae. An alternative to Brazilian mahogany plantation is the African mahogany (Khaya ivorensis), a species with similar high valued wood properties. The Universidade Federal de Goiás in partnership with Mudas Nobres Company started a breeding program with Khaya ivorensis. The objective of this study was to evaluate the genetic diversity and divergence among 53 superior trees selected and cloned as part of the breeding strategies. Clones were selected from three different populations, planted in two farms in Pará state and originating from Ivory Coast and Tanzania populations. Twelve seedlings of Khaya senegalensis were also used as a control group in the analyses of genetic divergence. The individuals were genotyped with eight microsatellite loci developed for K. senegalensis, by capillary electrophoresis on the ABI-3100 (Applied Biosystems) platform. The software GeneMapper (Applied Biosystems) was used to genotype the alleles. The average number of alleles per locus was 5.875. The average expected heterozygosity was lower (HE = 0.563) than the average observed heterozygosity (HO = 0.738). Therefore, the average intrapopulation fixation index was negative (f = - 0.314) indicating that high inbreeding depression is decreasing the frequency of homozygous when compared to what would be expected under Hardy-Weinberg Equilibrium. The average fixation index between populations was estimated at θ = 0.008, indicating that only 0.8% of the genetic variability is due to differences between populations. The dendrogram generated from the matrix of Rogers’ genetic distance showed two distinct groups, separating the control group with K. senegalensis from the K. ivorensis selected trees. The group composed of K. ivorensis had nodes with weak bootstrap consistency indicating weak genetic structure among selected trees. The lack of genetic structure was confirmed by a Bayesian approach on the Structure (version 2.3.4) program. The genetic diversity observed within the selected breeding population is comparable to that of natural populations of African and Brazilian mahoganies. The genetic distance estimated with this work will guide the selection of divergent progenitors to be crossed. / A forte demanda por madeira nobre impulsiona o corte seletivo de árvores e a degradação das florestas brasileiras. Devido ao extrativismo predatório, o mogno brasileiro (Swietenia macrophylla) encontra-se em risco de extinção e proibido de corte pelo IBAMA. Uma alternativa ao extrativismo e às tentativas fracassadas de plantios do mogno brasileiro é o mogno africano (Khaya ivorensis). A Universidade Federal Goiás em parceria com a empresa Mudas Nobres iniciaram pesquisas para melhoramento genético do K. ivorensis. O objetivo do presente trabalho foi estimar a diversidade e a divergência genética em 53 árvores superiores selecionada no âmbito desse programa de melhoramento. Os clones foram selecionados em três populações diferentes, plantadas em fazendas no estado do Pará a partir de populações da Costa do Marfim e Tanzânia na Africa. Foram utilizadas 12 árvores de Khaya senegalensis como um grupo controle nas análises de divergência genética. Os genótipos dos indivíduos foram obtidos com oito locos microssatélites, desenvolvidos para K. senegalensis, através de eletroforese capilar na plataforma ABI- 3100 (Applied Biosystems). O programa GeneMapper (Applied Biosystems) foi utilizado para determinar os alelos. Todos os locos foram 100% polimórficos, com número médio de alelos por loco de 5,875. A heterozigosidade esperada média foi menor (HE = 0,563) que a heterozigosidade observada média (HO = 0,738). Com isso, o índice de fixação médio intrapopulacional foi estimado em f = -0,314, indicando que a depressão por endogamia pode estar diminuindo a frequência de homozigotos quando comparado com o que seria esperado sob Equilíbrio de Hardy-Weinberg. Já o índice de fixação médio entre as populações foi estimado em θ = 0,008, indicando que somente 0,8% da variabilidade genética está estruturada entre as populações. O dendograma gerado a partir da matriz de distância genética de Rogers demonstrou dois grupos bem distintos, separando o grupo controle com K. senegalensis do restante das árvores de K. ivorensis. O grupo composto pelos K. ivorensis apresentou fraca consistência entre os nós, nos bootstraps, evidenciando a pequena diferenciação genética entre as árvores selecionadas. A falta de estruturação foi confirmada por uma abordagem Bayesiana com o programa Structure. A população de melhoramento possui diversidade genética comparável com a de populações naturais de mogno africano e mogno brasileiro. Os resultados de distância genética entre os clones, estimados neste trabalho, serão utilizados para escolha de genitores divergentes em futuros cruzamentos.

FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / O presente trabalho teve como objetivo avaliar a estrutura de uma populaÃÃo de ovinos da raÃa Morada Nova variedade branca no Estado do CearÃ. Os dados foram provenientes do fichÃrio de controle zootÃcnico do Projeto de Melhoramento de Ovinos da RaÃa Morada Nova variedade branca, do Departamento de Zootecnia, no perÃodo de 1970 a 1987, referentes a registros de 2403 animais, sendo 922 machos e 1481 fÃmeas. Foram estimados o tamanho efetivo (Ne), coeficiente de consanguinidade (F) e parentesco mÃdio (AR) dos indivÃduos, tamanho efetivo de fundadores e de ancestrais (fa e fe), intervalo de geraÃÃes (IEG), integridade dos pedigrees e estatÃsticas F de Wright. Os resultados obtidos evidenciaram que houve ocorrÃncia de perdas do material genÃtico de origem e o uso intensivo de animais aparentados dentro do rebanho no perÃodo estudado. Para os machos, a mÃdia estimada do intervalo de geraÃÃo foi satisfatÃria e, para as fÃmeas, apresentou mÃdia inferior. JÃ, os valores mÃdios estimados de AR sofreram pequenas variaÃÃes na populaÃÃo, com exceÃÃo dos primeiros cinco anos de registro. TambÃm, observou-se subdivisÃo na populaÃÃo, devido ao uso mais intenso de alguns reprodutores, proporcionando, assim, isolamento genÃtico no rebanho. Portanto, concluiu-se que este rebanho de ovinos da raÃa Morada Nova variedade branca encontrava-se em estado crÃtico no perÃodo estudado, necessitando de gestÃo que possibilitasse a sua preservaÃÃo e conservaÃÃo / The present work has the purpose of evaluating the structure of a population of Morada Nova sheep breed from State of CearÃ. Data were collected from the file to control the breeding of Sheep Improvement Project for the Morada Nova Breed white variety, of the Department of Animal Science in the period from 1970 to 1987 for records of 2,403 animals, (922 males and 1,481 females). The effective size (Ne), coefficient of consanguinity (F) and average relatedness coefficient (AR) individuals, effective size of founders and ancestors (fa and fe), generation interval (IEG), integrity of pedigrees and Wrightâs F statistics have been estimated. We could observe the occurrence of loss of original genetic material and the intensive use of related animals among the sheep. The obtained generation interval average for males was satisfactory, although for females the averages had lower magnitudes. The estimated AR medium rates had few variations in population, except for the first five years of record. We could observe subdivision in population due to the more intense use of some breeding animals causing genetic isolation among flock. Therefore, we came to the conclusion that this flock was in a critical situation during the period of this study, and it needs a focused administration in preservation and conservation

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-15T20:56:37Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Ana Mara Oliveira da Silva.pdf: 1079315 bytes, checksum: 9670391d445166cd6d29c8f86059974b (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T15:55:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Ana Mara Oliveira da Silva.pdf: 1079315 bytes, checksum: 9670391d445166cd6d29c8f86059974b (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T15:53:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Ana Mara Oliveira da Silva.pdf: 1079315 bytes, checksum: 9670391d445166cd6d29c8f86059974b (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T15:58:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Ana Mara Oliveira da Silva.pdf: 1079315 bytes, checksum: 9670391d445166cd6d29c8f86059974b (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-16T15:58:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Ana Mara Oliveira da Silva.pdf: 1079315 bytes, checksum: 9670391d445166cd6d29c8f86059974b (MD5) Previous issue date: 2013-07-09 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Manioc (Manihot esculenta Crantz) performs an important social role as a food source in the tropical world. The germplasm maintained manioc forms the basis for technological exploitation of the species in the development of new cultivars. To be efficiently used require different methods of genetic characterization. Markers based on transposable elements are suitable for genetic analyzes because of their qualities of reproducibility and abundant polymorphism. We used 430 manioc accessions that compose the Embrapa germplasm collected in the Amazon basin. The retrotransposons sequences were located in the Phytozome database, IRAP primers designed with Primer3 program, structuring within the germplasm has been detected by STRUCTURE software v. 2.2 and the genetic diversity was assessed using the Popgen software v1.32. IRAP data to the software STRUCTURE suggested the existence of two gene clusters (k = 2) with 93 and other with 127 varieties of total 430 plants, considering only the fidelity above 80%. The AMOVA for K = 2 showed greater variation within the group (89%) than among groups (11%). The six IRAP primer pairs were informative for assessing genetic diversity, with averages of 96% polymorphism, 0.4 heterozygosity and Shannon index 0.57, however, did not detect structuring within cassava germplasm compared to other assisted structuring markers. / A mandioca (Manihot esculenta Crantz) desempenha importante papel social como fonte de alimentação nas regiões tropicais mundiais. O germoplasma conservado constitui a base para aproveitamento tecnológico da espécie no desenvolvimento de novas cultivares. Para que seja eficientemente utilizado necessita de diferentes métodos de caracterização genética. Os marcadores com base em elementos transponíveis são indicados para análises genéticas devido as suas qualidades de reprodutibilidade e polimorfismo abundante. Foram utilizados 430 acessos de mandioca que compõem o germoplasma da Embrapa, coletados na bacia amazônica. As sequências de retrotransposons foram localizadas no banco de dados do Phytozome, os primers IRAP desenhados com o programa Primer3, a estruturação dentro do germoplasma foi detectada através do software STRUCTURE v 2.2 e a diversidade genética foi avaliada utilizando o software Popgen v1.32. Para os dados de IRAP o software STRUCTURE sugeriu a existência de dois agrupamentos genéticos (K=2) um com 93 e outro com 127 variedades do total de 430 plantas, considerando apenas a fidelidade acima de 80%. A AMOVA para K = 2 revelou mais variação dentro do grupo (89%) que entre os grupos (11%). Os seis pares de primers IRAP foram informativos para avaliar a diversidade genética, com médias de 96% de polimorfismo, 0.4 de heterozigosidade e com índice de Shannon de 0.57, porém, não detectaram estruturação dentro do germoplasma de mandioca comparada com a estruturação assistida por outros marcadores.

Made available in DSpace on 2015-04-13T12:17:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Laura Graciliana Bernardes.pdf: 549671 bytes, checksum: 97936e1e8bcb6434ee7cc7ea05225ed3 (MD5) Previous issue date: 2008-02-28 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The tucumanzeiro (Astrocaryum aculeatum) is a species of palm not domesticated an with great potential, very common and appreciated by the population of the Amazon region. The spontaneous populations present great variability for characteristics as height of plant, production and quality of the fruits (so great, pulp income, fiber flavor, content and oil). These populations consist in the genetic resources for current or potential use and are great source of genes of meaning for the genetic improvement of the species. The objective of this work was to characterize the genetic variability of populations of tucumanzeiro in the Amazônia, being used marking microssatélites. Thirty leaf samples had been collected of tucumanzeiro of twelve populations (Buiuçuzinho, Urucu, Manacapuru, UFAM, Tarumã, Porto Velho, Humaitá, Manicoré, Borba, Rio Preto da Eva, Itacoatiara and Maués) and analyzed using four loci microssatélites (Bg11, mBg41, mBg62 and mBg91) of the eleven developed for peach palm (Bactris gasipaes) and transferred for tucumã successfully. 48 alelos with average of 12 alelos for locus had been detected, being lesser in mBg41 (8 alelos) and greater in mBg62 (15 alelos), confirming the high content of genetic information of this type of marker for genetic studies in palms. The alelos had been classified in accordance with its frequencies and distribution between the populations. A total of thirty alelos was classified as rare (frequency < 0,05), twelve alelos as intermediate (frequency between 0,05 and 0,2), and six common (frequency > 0,2). 13 private alelos (present only in a population), 16 sporadical alelos (gifts of two the five populations) and 19 spread out had been detected (present in more than five populations). The estimate of total genic diversity (Ht) was 0,68 and estimative of genic diversity inside of the populations (Hs) he was 0,58 representing 85% of the total diversity. The observed heterozygosity (Ho) had been lower the heterozygosity waited (He) in 50% of loci. The observed heterozygosity was bigger in Buiuçuzinho (Ho=0,67) and minor in the Tarumã (Ho=0,54). Low genetic divergence was observed between the populations (Fst=0,161 and Gst=0,150). The analysis of the molecular variance (AMOVA) disclosed that the populations studied of tucumã present greater inside genetic variability of the populations (84%), and a lesser variability between the populations (16%). However, high genetic diversity was found intra-population that could be used in improvement programs. / O tucumanzeiro (Astrocaryum aculeatum) é uma espécie de palmeira não domesticada com grande potencial, sendo muito apreciada pela população da região Amazônica. As populações espontâneas apresentam grande variabilidade para características como altura de planta, produção e qualidade dos frutos (tamanho, rendimento de polpa, sabor, conteúdo de fibra e óleo). Essas populações constituem-se nos recursos genéticos para uso atual ou potencial e são fonte de genes para o melhoramento genético da espécie. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a variabilidade genética de populações de tucumanzeiro na Amazônia, utilizando marcadores microssatélites. Foram coletadas trinta amostras de folhas de tucumanzeiro de doze populações (Buiuçuzinho, Urucu, Manacapuru, UFAM, Tarumã, Porto Velho, Humaitá, Manicoré, Borba, Rio Preto da Eva, Itacoatiara e Maués) e analisadas utilizando quatro loci microssatélites (Bg11, mBg41, mBg62 e mBg91) dos onze desenvolvidos para pupunha (Bactris gasipaes) e transferidos com sucesso pra tucumã. Foram detectados 48 alelos com média de 12 alelos por locus, sendo menor em mBg41 (8 alelos) e maior em mBg62 (15 alelos), confirmando o alto conteúdo de informação genética deste tipo de marcador para estudos genéticos em palmeiras. Os alelos foram classificados de acordo com suas freqüências e distribuição entre as populações. Um total de trinta alelos foi classificado como raros (freqüência < 0,05), doze alelos como intermediários (freqüência entre 0,05 e 0,2), e seis comum (> 0,2). Foram detectados 13 alelos privados (presente apenas em uma população), 16 alelos esporádicos (presentes de duas a cinco populações) e 19 difundidos (presente em mais de cinco populações). A estimativa de diversidade gênica total (Ht) foi 0,68 e estimativa de diversidade gênica dentro das populações (Hs) foi 0,58 representando 85% da diversidade total. As heterozigosidades observadas (Ho) foram inferiores a heterozigosidade esperada (He) em 50% dos loci. A heterozigosidade observada foi maior em Buiuçuzinho (Ho=0,67) e menor no Tarumã (Ho=0,54). Baixa divergência genética foi observada entre as populações (Fst=0,161 e Gst=0,150). A análise da variância molecular (AMOVA) revelou que as populações estudadas de tucumã apresentam maior variabilidade genética dentro das populações (84%), e uma variabilidade menor entre as populações (16%). No entanto, foi encontrada alta diversidade genética intra-populacional que poderá ser utilizada em programas de melhoramento.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-05-19T21:05:23Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Elen Amoreli Gonçalves Cintra Miranda - 2014.pdf: 2511663 bytes, checksum: 82dcd84be188d0a4232f300033b12581 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-20T14:05:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Elen Amoreli Gonçalves Cintra Miranda - 2014.pdf: 2511663 bytes, checksum: 82dcd84be188d0a4232f300033b12581 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-20T14:05:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Elen Amoreli Gonçalves Cintra Miranda - 2014.pdf: 2511663 bytes, checksum: 82dcd84be188d0a4232f300033b12581 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-06-02 / The Savanna is highly diverse and has the richest flora and endemic in the world, comprising about 12,000 species of native plants. The family Myrtaceae is among the 10 families representative of this biome, comprising 14 genera. Among these, gender Campomanesia has several fruit species, known popularly as gabiroba. The species Campomanesia adamantium and Campomanesia pubescens have widespread occurrence in the Savanna. Its fruits can be consumed " in nature ", in the form of candy, ice cream , soft drinks and as flavoring in alcoholic distillates, besides having antidiarrheal properties, its bark and leaves are used in the form of teas. His exploration is by extractivism and can also be grown in small family orchards, being a source of extra income for some families. Thus, the study of genetic diversity and genetic structure of populations’ allies with other areas of knowledge can provide important information for planning and execution of native species conservation programs information. Currently, molecular markers have wide application for studies on the genetics of populations, among the types of markers used; microsatellites have been widely used in recent years by high power to detect genetic variability. Population - genetic studies of the genus Campomanesia sp. are scarce and so not found microsatellite markers available in the literature for any species of the Savanna o. In this context, the aim of this study was to test the potential for transferability of microsatellite markers derived gene regions (EST) developed for Eucalyptus sp., Campomanesia in two species (C. adamantium and C. pubescens), providing a panel of polymorphic markers for the species. To do so, we sampled two populations of each species and DNA was extracted from leaf tissue. The potential for transferability of 120 primers pairs were evaluated. The PCR products derived from the microsatellite markers were assessed in automatic transferred DNA analyzer. The array of genotypes was used to estimate the parameters of genetic variability for the panel of marker. Of the 120 primers tested, 87 were discarded for not having amplification products, many nonspecific fragments amplified 22 and 12 were considered successfully transferred the two species. The 12 markers transferred showed good discrimination power of the individual , with high probability of paternity exclusion (0,99939 to C. adamantium and 0,99982 for C. pubescens) and low probability of identity (5,718 x 10-10 for C. adamantium and 1,182 x 10-11 to C. pubescens). The average number of alleles at polymorphic loci was equal to 6,8 to C. adamantium, ranging from 2 (EMBRA1335 and EMBRA 1811) 16 (EMBRA 1364) and C. pubescens was 7,8 ranging from 2 (EMBRA1811 and EMBRA 1076) to 16 (EMBRA 2011) alleles per locus. Mean genetic diversity of Nei (1973) in populations was equal to 0,517 (C. adamantium) and 0,579 (C. pubescens). Mean observed heterozygosity (Ho) for the populations was equal to 0,505 (C. adamantium) and 0,503 (C. pubescens). For some markers for deviations expected for the Hardy-Weinberg equilibrium was observed due proportion’s estimates of intrapopulation inbreeding (f) were not significant for any population. Inbreeding full level (F) was significantly different from zero, suggesting some genetic variability structure populations. The structure of genetic variability in component among populations (θp) was equal to 0,105 (C. adamantium) and 0,249 (C. pubescens). / O Cerrado apresenta uma grande diversidade e possui a mais rica e endêmica flora do mundo, abrigando cerca de 12.000 espécies de plantas nativas. A família Myrtaceae está entre as 10 famílias representativas deste bioma, composta por 14 gêneros. Dentre estes, o gênero Campomanesia apresenta várias espécies frutíferas, conhecidas popularmente como gabiroba. As espécies Campomanesia adamantium e Campomanesia pubescens apresentam ampla ocorrência no Bioma Cerrado. Os seus frutos podem ser consumidos “in natura”, na forma de doces, sorvetes, refrescos e como flavorizantes em destilados alcoólicos, além de possuírem propriedades antidiarréicas, suas cascas e suas folhas são usadas sob a forma de chás. Sua exploração ocorre por extrativismo e, também, pode ser cultivada em pequenos pomares familiares, sendo uma fonte de renda extra para algumas famílias. Desta forma o estudo da diversidade genética e estrutura genética de populações aliados com outras áreas do conhecimento, pode fornecer informações importantes para o planejamento e execução de programas de conservação de espécies nativas. Atualmente, os marcadores moleculares têm ampla aplicação para estudos referentes à genética de populações. Dentre os tipos de marcadores utilizados, os microssatélites têm sido amplamente utilizados nos últimos anos, pelo alto poder de detecção da variabilidade genética. Estudos genéticos-populacionais com espécies do gênero Campomanesia sp. são escassos e não foram encontrados marcadores microssatélites disponíveis na literatura para nenhuma espécie do Cerrado. Nesse contexto, a proposta deste trabalho foi testar o potencial de tranferibilidade de marcadores microssatélites provinientes de regiões gênicas (EST) desenvolvidos para Eucalyptus sp., em duas espécies de Campomanesia (C. adamantium e C. pubescens), disponibilizando um painel de marcadores polimórficos para as espécies. Para tanto, foram amostradas duas populações de cada espécie e o DNA foi extraído a partir de tecido foliar. Foi avaliado o potencial de transferibilidade de 120 pares primers. Os produtos de PCR derivados dos marcadores microssatélites transferidos foram avaliados em analisador automático de DNA. A matriz de genótipos foi utilizada para estimar os parâmetros de variabilidade genética para o painel de marcadores. Dos 120 primers testados, 87 foram descartados por não apresentarem produtos de amplificação, 22 amplificaram muitos fragmentos inespecíficos e 12 foram considerados transferidos com sucesso para as duas espécies. Os 12 marcadores transferidos apresentaram bom poder de discriminação individual, com alta probabilidade de exclusão de paternidade (0,99939 para C. adamantium e 0,99982 para C. pubescens) e baixa probabilidade de identidade (5,718 x 10-10 para C. adamantium e 1,182 x 10-11 para C. pubescens). O número médio de alelos nos locos polimórficos foi igual a 6,8 para C. adamantium, variando entre 2 (EMBRA 1335 e EMBRA 1811) a 16 (EMBRA 1364) e em C. pubescens foi de 7,8 variando entre 2 (EMBRA 1811 e EMBRA 1076) a 16 (EMBRA 2011) alelos por loco. A média da diversidade genética de Nei (1973) nas populações foi igual a 0,517 (C. adamantium) e 0,579 (C. pubescens). A heterozigosidade média observada (Ho) para as populações foi igual a 0,505 (C. adamantium) e 0,503 (C. pubescens). Para alguns marcadores foi observado desvios para as proporções esperados para o equilíbrio Hardy-Weinberg. As estimativas de endogamia intrapopulacional (f) não foram significativas para nenhuma das populações. A endogamia total (F) foi significativamente diferentes de zero, sugerindo certa estruturação da variabilidade genética das populações. A estruturação da variabilidade genética no componente entre populações (θp) foi igual a 0,105 (C. adamantium) e 0,249 (C. pubescens).

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The clones were genotyped with nine microsatellite loci organized into four "multiplex" systems for PCR. The amplified fragments were separated on the ABI–3100 platform (Applied Biosystems). The genotyping was performed using the GeneMapper software (Applied Biosystems). Genetic diversity parameters were estimated using the GDA and Fstat programs. The parameters number of alleles (A), expected heterozygosity (He), observed heterozygosity (Ho), intrapopulation fixation index (f) and allelic richness were estimated for each microsatellite locus. The results showed that all loci used in this study were highly polymorphic, with an average of 16.78 alleles per locus. The EMBRA28 and EMBRA3 loci showed the highest number of alleles (24 and 22). In general, for most markers, the observed heterozygosity had similar estimates when compared to the expected heterozigosity under Hardy-Weinberg Equilibrium. As a result, the fixation index (f) did not differ significantly from zero. Analyses of genetic structure of the clones was performed using the software Structure (version 2.3.4), with K values ranging from 1 to 10, with 10 interactions each. Results indicated presence of three distinct genetic groups (K = 3). However, there was no clear relationship between the populations obtained and the different species of Eucalyptus used in the study. This result can be explained by the clone sample is originated from breeding programs where crosses may have admixed populations, disrupting some genetic structures. Most importantly, the molecular analyses indicate extraordinary genetic diversity within the clonal trials installed in Goiás. This genetic diversity can be exploited for breeding new genetic material adapted to the Cerrado conditions. / O sucesso do setor florestal brasileiro deve-se em grande parte à excelente adaptabilidade do gênero Eucalyptus ao nosso clima e condições do solo. A recente expansão do eucalipto para as regiões norte e central do Brasil requer pesquisas para que os clones se adaptem à seca, elevadas temperaturas e escassez de nutrientes nos solos do Cerrado. O objetivo deste estudo foi estimar a diversidade e divergência genética entre 90 dos clones utilizados em uma rede de testes clonais no estado de Goiás. Os clones foram genotipados com nove locos microssatélites organizados em quatro sistemas “multiplex” para PCR. Os fragmentos amplificados foram separados na plataforma ABI-3100 (Applied Biosystems). A genotipagem foi realizada utilizando o programa GeneMapper (Applied Biosystems). Os parâmetros de diversidade genética foram estimados usando os programas GDA e Fstat. Os parâmetros número de alelos (A), heterozigosidade esperada (He), heterozigosidade observada (Ho), índice de fixação intrapopulacional (f) e riqueza alélica foram estimados para cada loco microssatélite. Os resultados mostraram que todos os locos utilizados neste estudo foram altamente polimórficos, com média de 16,78 alelos por loco. A genotipagem dos locos EMBRA28 e EMBRA3 mostrou o maior número de alelos (24 e 22). De maneira geral, para a maioria dos locos estudados, a heterozigosidade observada apresentou estimativas semelhantes à heterozigosidade esperada dentro das condições do Equilíbrio de Hardy-Weimberg. Como resultado, o índice de fixação (f) não diferiu significativamente de zero. A análise da estrutura genética dos clones foi realizada utilizando o programa Structure (versão 2.3.4), com valores de K variando de 1 a 10, com 10 iterações cada. Os resultados indicaram a presença de três grupos genéticos distintos (K = 3). Entretanto, não foi observada uma clara relação entre as populações obtidas e as diferentes espécies de Eucalyptus utilizadas no estudo. Esse resultado pode ser explicado pelo fato da amostra de clone ser originada de programas de melhoramento, onde os cruzamentos recombinam o material genético das populações, desfazendo algumas estruturas genéticas. De forma mais importante, as análises moleculares indicaram grande diversidade genética dentre os clones que estão sendo avaliados em Goiás. Esta diversidade genética pode ser explorada em um programa de melhoramento para obtenção de novos materiais genéticos adaptados às condições do Cerrado.

A caracterização e o entendimento da diversidade e estrutura genética de acessos armazenados em bancos de germoplasma é importante para a sua efetiva utilização em programas de melhoramento. Neste trabalho, 192 acessos japoneses de arroz pertencentes ao Banco de Germoplasma do Departamento de Genética da ESALQ/USP foram caracterizados por 23 descritores agromorfológicos (13 variáveis contínuas e dez variáveis categóricas) e 24 marcadores microssatélites (12 SSRs genômicos e 12 EST-SSRs). As variáveis contínuas que apresentaram maior contribuição para a variabilidade entre os acessos foram avaliadas novamente em um segundo experimento para considerar os efeitos de interação genótipo por ano na diversidade. Os acessos apresentaram variabilidade para ambos os tipos de variáveis, e o tipo de variável utilizada na avaliação e a interação genótipo por ano implicaram em diferentes padrões de agrupamento entre os acessos, sendo que o agrupamento mais consistente foi o realizado considerando todas as variáveis e os dois anos agrícolas. Os 24 marcadores microssatélites detectaram um total de 181 alelos, 38 dos quais foram exclusivos. A média do número de alelos por loco foi de 7,54 e a diversidade gênica foi de 0,59 para os SSRs genômicos e de 0,46 para os EST-SSRs. As análises caracterizaram os acessos japoneses como 98,4% pertencentes à subespécie Japônica. A resposta dos acessos para estresse por frio na germinação foi avaliada em três experimentos; I: os 192 acessos e três testemunhas tolerantes foram avaliados sob duas condições: 13ºC por 28 dias (estresse por frio) e 28ºC por sete dias (condições ótimas); II: dezessete acessos selecionados entre os que apresentaram melhores desempenhos na temperatura de 13ºC foram avaliados juntamente com as três testemunhas em gradiente de temperatura de 11ºC, 13ºC, 15ºC, 17ºC e 28ºC para estudar a interação genótipo por temperatura; III: os genótipos do experimento II foram avaliados para germinação e estabelecimento inicial de plântulas a 15ºC em areia. A diminuição da temperatura teve efeito significativo no desempenho dos acessos, e a interação genótipo por temperatura foi significativa para comprimento do coleóptilo e índice de velocidade de germinação. Entre os acessos estudados foi observada variação genética para as características relacionadas com a germinação em baixa temperatura e encontraram-se acessos com reduções nos comprimentos de coleóptilo e radícula devido ao frio comparáveis com a das testemunhas, embora com velocidade de crescimento menor, inclusive em temperatura ótima. Uma coleção nuclear constituída por 52 acessos e representativa da diversidade fenotípica e molecular observada nos 192 acessos foi obtida. / Germplasm characterization and the knowledge of its diversity and population structure are important to effective utilization of genetic resources in breeding programs. In this work, 192 Japanese rice accessions maintained at Germplasm Bank of Genetics Department at ESALQ/USP were characterized using 23 agromorphological descriptors (13 continuous and ten categorical variables) and 24 SSR markers (12 genomic SSRs and 12 EST-SSRs). The continuous variables presenting more contribution in the divergence among accessions were evaluated again in a second harvest year to account interaction between genotype and year in the diversity. Japanese accessions presented variability for continuous and categorical variables and the type of variable and the genotype by year interaction resulted in a different pattern of clustering of accessions. The most consistent cluster was that considering both continuous and categorical variables and the two harvest years. A total of 181 alleles were detected by the microsatellite markers, 38 of them were private. Allele per locus mean was 7.54 and gene diversity was 0.59 for genomic SSRs and 0.46 for EST-SSRs. Accessions were classified as 98.4% belonging to japonica subspecies. Accessions response to cold stress at the germination was evaluated in three experiments; I: 192 accessions and three coldtolerant controls were evaluated under two conditions: 13ºC during 28 days (cold stress) and 28ºC during seven days (optimal temperature); II: seventeen accessions selected among those presenting better performance in the first experiment were evaluated along with three cold-tolerant controls under five temperatures: 11ºC, 13ºC, 15ºC, 17ºC e 28ºC to study genotype by temperature interaction; III: germination and plantule initial development in sand at 15ºC of genotypes used in the second experiment were evaluated. It was detected variability among the accessions to germination under cold stress. Temperature decrease had significant effect for germination velocity index and coleoptile and radicle length, and the interaction between genotype and temperature was significant for germination velocity index and coleoptile length. The accessions presented genetic variability for cold tolerance germination and accessions presenting coleoptile and radicle reductions due to cold comparable with cold-tolerant controls were detected. A core collection containing 52 accesions representing the phenotypic and molecular diversity of the 192 accessions was obtained.

A análise da estruturação populacional de espécies codistribuídas permite a comparação de padrões de estruturação, fornecendo informações acerca dos fatores que influenciam a diferenciação em espécies pertencentes ao mesmo ecossistema. Este projeto teve como objetivo principal analisar a variabilidade intraespecífica em caranguejos habitantes de manguezais, codistribuídos ao longo do Oceano Atlântico Ocidental, por meio de ferramentas moleculares e morfológicas, visando testar a hipótese de elevada estruturação populacional em manguezais. Para este fim, cinco espécies foram utilizadas como modelo (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri e Ucides cordatus) e avaliadas por meio de marcadores mitocondriais COI e 16S e nuclear H3 e análises morfológicas comparativas e de morfometria. Os dados moleculares revelaram dois padrões, indicando elevada estruturação populacional para as espécies A. pisonii e U. thayeri e ausência de estruturação para G. cruentata, S. rectum e U. cordatus. Os dados morfológicos, no entanto, não acompanham esses padrões, já que não foram encontradas diferenças morfológicas ou morfométricas associadas aos grupos evidenciados pelas análises moleculares. A ausência de fluxo gênico entre regiões para algumas espécies deve-se, muito provavelmente, à existência de fatores que não se limitam ao isolamento por distância, mas também devido a diferenças na duração do estágio larval e a diferenças bruscas em alguns fatores abióticos, como a salinidade, por exemplo, que, associados às diferentes características do desenvolvimento larval de cada espécie, culminam na existência de estruturas populacionais diferentes. Além disso, os padrões de diferenciação genética observados concordam com os cenários biogeográficos propostos para o Atlântico Ocidental, no qual mudanças e flutuações geológicas, climáticas e oceanográficas, resultantes do fechamento do Istmo do Panamá e de ciclos glaciais na América do Norte, promoveram divergência genética. / The analysis of population structure of codistributed species allows the comparison of patterns of population structuring, providing information on the factors that influence the differentiation in species belonging to the same ecosystem. This project aimed to analyze the intraspecific variability of crabs inhabiting mangroves, codistributed along the western Atlantic Ocean, by means of molecular and morphological tools, in order to test the hypothesis of high populational structure in mangroves. The genetic variability of five species used as models (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri and Ucides cordatus) was assessed using the mitochondrial genes COI and 16S and the nuclear H3 and comparative morphological analysis and morphometry were performed. The molecular data revealed two patterns, indicating high population structure for the species A. pisonii and U. thayeri and absence of structure for G. cruentata, S. rectum and U. cordatus. The morphological data, however, do not follow these patterns, because there were no morphological or morphometric differences associated with the groups evidenced by the molecular analyzes. Possibly the absence of gene flow between regions for some species is due to factors not limited to isolation by distance, but also because of differences in the larval stage duration and in withstanding some abiotic factors, such as salinity. These factors associated with different characteristics of larval development can culminate in differences on population structure. In addition, the genetic differentiation patterns observed agree with biogeographical scenarios proposed for the western Atlantic, where geological, climate and oceanographic fluctuations, resulting from the Isthmus of Panama closure and cyclical glaciation in North America, promoted genetic divergence.

Populações naturais de Tabebuia cassinoides Lam (DC) vem sedo intensivamente exploradas a mais de 70 anos, sendo que atualmente restam poucas populações em condições de exploração comercial. Contudo, a pressão para a contínua exploração das populações remanescentes permanece, embora estudos recentes venham indicando que a intensidade de exploração adotada está causando forte perda de diversidade genética. Assim, o objetivo deste trabalho foi estudar os impactos do manejo nos níveis de diversidade genética de populações naturais de T. cassinoides, usando dados de isoenzimas de amostras de árvores adultas de sete populações, sendo quatro naturais e três manejadas, procedentes do Vale do Ribeira-SP. Foram amostradas aproximadamente 60 árvores por populações, com exceção de uma população, onde foram amostradas 100 árvores e medido o diâmetro a altura do peito (DAP) de cada árvore. Os efeitos do manejo foram avaliados simulando-se diferentes intensidades de desbaste em função de classes de DAP e retenção de diferentes tamanhos populacionais por hectare (20, 30, 50, 75 e 100 genótipos). Os diferentes cenários foram avaliados comparando-se os índices porcentagem de locos polimórficos (), número médio de alelos por locos (), heterozigosidade observada () e esperada em equilíbrio de Hardy-Weinberg () e índice de fixação (). A estrutura genética espacial intrapopulacional de cinco das sete populações foi estuda amostrando-se 12 a 20 grupos aleatórios, formados pelas cinco árvores mais próximas. Em cinco populações as coordenadas geográficas das árvores amostradas foram registradas (usando GPS) para o estudo da distribuição espacial dos genótipos. T. cassinoides apresenta altos níveis de diversidade genética (=3,1; =0,455; =0,445) quando comparada a outras espécies arbóreas tropicais. Comparando as médias das populações naturais e manejadas, foram detectados maiores níveis de diversidade genética nas populações naturais (=2,64; =0,491; =0,504), relativamente as manejadas (=2,29; =0,406; =0,353). A maior parte da diversidade genética encontra-se dentro das populações (mínimo 27,6%). Nas populações naturais, 12,8% da diversidade genética encontra-se entre populações e nas manejadas e 28,4%. Dentro das populações naturais, 12,3% da diversidade genética encontra-se entre grupos e nas manejadas 9,7% encontrava-se entre grupos, sugerindo que a coancestria média dentro das populações aproxima-se da esperada em meios-irmãos (0,125) e, portanto, que existe estrutura genética espacial nas populações de T. cassinoides. Igualmente, a análise da distribuição espacial dos genótipos por autocorrelação espacial detectou indícios significativos de estruturação genética espacial até a distância aproximada de 50 m de raio. Na estimativa dos índices de diversidade genética para cinco classes diamétricas não foram detectadas correlações significativas entre as classes diamétricas e os índices e . Contudo, associações significativas foram detectadas entre as classes diamétricas e os índices (AˆoHˆeHˆfˆAˆeHˆoHˆAˆeHˆoHˆAˆeHˆoHˆAˆeHˆoHˆrˆ=0,813) e (fˆ910,0ˆ&#8722;=r), sugerindo que árvores de maiores classes diamétricas apresentam maiores heterozigosidades e existe provável seleção para heterozigotos. Simulando a retenção de diferentes tamanhos amostrais por hectares, observou-se que todos os parâmetros genéticos foram afetados e que é necessário reter aproximadamente 75 árvores por hectare para que os efeitos negativos em relação à população base sejam baixos. / Natural populations of Tabebuia cassinoides Lam (DC) have been intensively harvested in the last 70 years. The pressure for continuum exploitation of remaining populations remains, although few populations remain in conditions that allow commercial exploitation and recent studies indicated that intensive harvest causes strong loss of genetic diversity. Thus, the objective of this work was to study the impacts of harvesting on genetic diversity levels of T. cassinoides natural populations from Vale do Ribeira-SP, Brazil, using isozymes markers. We collected leaf tissues of adult trees from seven populations, four natural and three harvested. Sixty trees were sampled per population, with the exception of one population, where we sampled 100 trees and also measured their diameter at breast height (DBH). The effects of harvest were evaluated by simulating different logging intensity in this one population, considering several DBH classes and retaining different populational sizes per hectare (20, 30, 50, 75 and 100 remaining trees). The different resulting pictures were evaluated comparing the indexes of the percentage of polymorphic loci (), the mean numbers of alleles per locus (), observed () and expected in Hardy-Weinberg heterozigosity () and the fixation index (). The intrapopulational spatial genetic structure was studied in five of the seven populations, sampling 12 to 20 random groups, formed by the five nearest trees. In order to study the spatial genetic structure, we registered, with the use of GPS, the geographic coordinates of the sampled trees in five populations. The results showed that T. cassinoides has high levels of genetic diversity (=3.1; =0.455; =0.445) when compared with other tropical tree species. By comparing the mean values found for the natural and for the harvested populations, we detected higher levels of genetic diversity in natural populations (=2.64; =0.491; =0.504), relatively to the harvested ones (=2.29; =0.406; =0.353). The largest part of the genetic diversity was found within population (minimum 27.6%). In natural populations, 12.8% of genetic diversity was found among populations and 28.4% on the harvested ones. Within natural populations, 12.3% of genetic diversity was found among groups and 9.7% in the harvested ones, suggesting that the mean coancestry within population is close to the expected in half-sibs (0.125) and, thus, that there is spatial genetic structure in T. cassinoides populations. The analysis of genotypes spatial genetic structure by spatial autocorrelation detected a significant indication for spatial genetic structure at approximately 50 meters distance radius. The genetic diversity index estimation for five diametric classes did not detect significant correlations among diametric classes and and indexes. However, significant associations were detected among the diametric classes and (fˆAˆeHˆoHˆAˆeHˆoHˆAˆeHˆoHˆAˆeHˆoHˆrˆ=0.813) and (fˆrˆ=-0.910) indexes, suggesting that trees of the higher diametrical classes have higher heterozigosity and, thus, preferential selection for heterozygous. When simulating the retention of different sample sizes per hectare, we observed that all genetic parameters were affected and that, in order to maintain low negative effects, it is necessary to retain approximately 75 trees per hectare.