Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 668759 bytes, checksum: 554c480543a7e27e41087d744a247db0 (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Begomoviruses (genus Begomovirus, family Geminiviridae) comprise a group of plant viruses of great economic importance causing serious economic losses in tropical and subtropical crops. It is believed that the emergence of begomoviruses in Brazil occurred through horizontal transfer of viruses previously restricted to non-cultivated plants by the B biotype of Bemisia tabaci. Little is known about the genetic variability of weedinfecting begomoviruses. The study of this variability is important to understand how viruses evolve in order to adopt strategies for the development of crop cultivars with durable resistance. In this study we investigated the genetic variability of two weedinfecting begomoviruses, Euphorbia yellow mosaic virus (EuYMV) and Macroptilium yellow vein virus (MaYVV), which infect Euphorbia heterophylla and Macroptilium lathyroides, respectively. Our results, based on 19 DNA-A sequences of EuYMV and 18 of MaYVV obtained from samples collected in 2011 and 2012, support the hypothesis that the genetic structure of begomoviruses can be modulated by their hosts by common processes of selection, mutation and recombination. We observed distinct degrees of genetic variability between the two viruses. EuYMV presented a higher variability, similar to other weed-infecting begomoviruses, while MaYVV presented a lower variability. The nucleotide diversity of EuYMV (0.00819) was four-fold higher than that of MaYVV (0.00197). The mutation frequency of EuYMV (2.5×10-3) was higher than that of MaYVV (4.2×10-4). This difference was supported by the higher nucleotide diversity of all genes of EuYMV compared to MaYVV: CP (~three-fold), Rep (~seven-fold), Trap (~32-fold), Ren (~four-fold), AC4 (~eight-fold). Therefore the higher variability of EuYMV can be explained mostly by the Trap gene. The lower diversity observed for MaYVV could be due to its recent emergence compared to EuYMV, reported since the 1950's in Brazil. / Os begomovírus (gênero Begomovirus, familia Geminiviridae) são um grupo vírus de plantas de grande importância econômica causando sérias perdas em diversas culturas tropicais e subtropicais. Acredita-se que a emergência dos begomovírus presentes no Brasil se deu por meio da transferência horizontal de vírus anteriormente restritos a plantas silvestres e invasoras para plantas cultivadas mediada pelo biótipo B de Bemisia tabaci. A maioria dos trabalhos realizados até o presente tiveram enfoque na caracterização molecular dos begomovírus e pouco se sabe sobre a variabilidade genética das populações destes no campo. O estudo desta variabilidade é importante para entender como os vírus evoluem no sentido de serem adotadas estratégias para o desenvolvimento de cultivares com resistência durável. Neste trabalho foi investigada a variabilidade genética de dois begomovírus encontrados em plantas invasoras, Euphorbia yellow mosaic virus (EuYMV) e Macroptilium yellow vein virus (MaYVV), que infectam Euphorbia heterophylla e Macroptilium lathyroides, respectivamente. Os resultados, baseados em 19 sequências de EuYMV e 18 de MaYVV obtidas de amostras coletadas em 2011 e 2012, reforçam a hipótese de que a estrutura genética de begomovírus pode ser modulada pelo hospedeiro por processos comuns de seleção, mutação e recombinação. Foram observados diferentes graus de variabilidade genética entre os dois vírus. O EuYMV apresentou maior variabilidade, semelhante a outros begomovírus que infectam plantas não cultivadas, enquanto o MaYVV apresentou baixa variabilidade. A diversidade nucleotídica do EuYMV (0,00819) foi aproximadamente quatro vezes mais elevada do que a do MaYVV (0,00197). A frequência de mutação do EuYMV (2,5×10-3) foi superior à do MaYVV (4,2×10-4). Esta diferença foi suportada pela maior diversidade nucleotídica de todos os genes do EuYMV em comparação ao MaYVV: CP (aprox. três vezes maior), Rep (sete vezes), Trap (32 vezes), Ren (quatro vezes), AC4 (oito vezes). Esses resultados indicam que a maior variabilidade genética de EuYMV pode ser explicada, principalmente, pelo gene Trap. A menor variabilidade observada para o MaYVV pode ser devido à sua provável emergência recente em comparação ao EuYMV, relatado desde a década de 1950 no Brasil.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:40:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 306256 bytes, checksum: 5e206a1bfc74dd2b223fdef1b7789111 (MD5) Previous issue date: 2007-03-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The genetic variability of nine accesses of tomato (Lycopersicon esculentum Mill.) of indeterminate type, of the Vegetable Germplasm Bank of the Viçosa Federal University was evaluated for photosynthetic capacity (A), dry matter, partitioning dry matter and yield, having been used as standard of the cultivating tomato the Santa Clara cultivar. The experiment was lead in protecting environment and favorable conditions of the irrigation, nutrition and temperature requirements, in randomized complete block design, with 10 treatments and 5 repetitions. It was measured photosynthesis with analyzer of gas for infra-red ray, LI-6400, between 51 and 56 days before of the transplanting (DBT). To the 83 DAT and in the end of the productive cycle (EPC), IAF was determined. In EPC the dry mass of the fruits, leaves, roots and shoots was gotten for drying in dryer equipment to 75ºC until constant weight. The partitioning index of leaves, shoot, root and fruit had been calculated that the reason between dry matter of each part and the dry matter total and expresses in relative values. The data had been submitted analyze of variance (F; p<0,01), test of Tukey (p<0,05) and Pearson correlation (r) using statistical software SAEG 9. The results had shown to genetics significant variability (test F, p<0,01) for all the evaluated characteristics. Was determined too, that not exist correlation between A, dry matter total and yield, but IAF correlated negatively with A. The assimilate partitioning to vegetative part competes strong with the one of the fruits. This showed that are possible to have productive plants with small IAF to the ones of the current tomato cultivate, if to combine high A and harvest index, being allowed to visualize one another ideotype of plants that demand little resources for similar unit of plant with current productivity cultivar. Promising accesses for favorable characteristics of the evaluated had been identified. / Foi avaliada a variabilidade genética de nove acessos de tomateiro de tipo indeterminado do Banco de Germoplasma de Hortaliças da Universidade Federal de Viçosa, com base na capacidade fotossintética (A), matéria seca total, partição de fotoassimilados e produção. Tendo sido utilizado como padrão de referencia o cultivar Santa Clara. O experimento foi conduzido em ambiente protegido e condições favoráveis de irrigação, nutrição e temperatura, em delineamento de blocos completos casualizados, com 10 tratamentos e 5 repetições. Mediu-se a fotossíntese, com analisador de gás por infravermelho LI-6400, entre 51 e 56 dias após do transplante (DAT). Aos 83 DAT e no final do ciclo produtivo foi determinado IAF. No final do ciclo produtivo foi obtida a massa seca dos frutos, folhas, caule e raiz por secagem em estufa a 75 ºC até peso constante. Os índices de partição de assimilados às folhas, caule, raiz e fruto foram calculados com base na fração da massa total seca e expressos em valores relativos. Os dados foram submetidos a analise de variância (F; p<0,01), teste de Tukey (p<0,05) e correlação de Pearson (r), utilizando o programa estatístico SAEG 9. Os resultados mostraram significativa variabilidade genética para todas as características avaliadas (Teste F; p< 0,01). Entre os acessos estudados não houve correlação alguma entre A, matéria seca total e produção. A correlacionou negativamente com IAF. Matéria seca e partição de assimilados não tiveram associação alguma. A partição de fotoassilados à parte vegetativa, compete fortemente com a dos frutos. Este conjunto de relações mostra que é possível ter plantas produtivas com menores IAF aos das atuais cultivares, se combinar, elevadas A e índices de partição aos frutos, permitindo visualizar um outro ideotipo de plantas que demandam menos recursos por unidade de planta com produtividade similares às atuais cultivares. Foram identificados acessos promissores para combinações favoráveis das características avaliadas.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:52:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1252953 bytes, checksum: 5c4901cfbd21633e7c02d3de0ad4790a (MD5) Previous issue date: 2014-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Endophytic fungi are those living at least a part of their life cycle within plant tissue, apparently without causing any damage to their hosts. These microorganisms have been studied for their capacity to produce secondary metabolites of biotechnological interest, and also for their ability for biological control of phytopathogens. Endophytic fungi have been isolated from a wide variety of plant species, including crops such as common bean (Phaseolus vulgaris L.). Fungi from the genus Diaporthe were abundant in the endophytic community of this legume. The objectives of this study were to evaluate the antimicrobial activity and the potential use of endophytic fungi of P. vulgaris in the control of phytopathogens of bean, and to analyze phylogenetic relationships and genetic variability of endophytic fungi of the genus Diaporthe isolated from P. vulgaris. Dual culture assays were performed between ninety endophytic fungi and four phytopathogenic fungi (Colletotrichum lindemuthianum, Fusarium oxysporum, Rhizoctonia solani and Sclerotinia sclerotiorum) to assess for the ability of endophytic fungi inhibit the growth of phytopathogens. The isolates that were able to inhibit the four phytopathogens tested were selected for cultivation and obtention of metabolites crude extracts. These extracts were evaluated for antibacterial and antifungal activity. The sequences of the ITS region of rDNA of the isolates of the genus Diaporthe from common bean, along with the partial sequences of the genes encoding translation elongation factor 1-&#945;, &#946;-tubulin and calmodulin were used for the study of the phylogenetic relationships of these isolates. Molecular markers based on sequences of retrotransposons, IRAP (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism) and REMAP (Retrotransposon-Microsatellite Amplified Polymorphism), were used for the analysis of genetic variability. It was found that endophytic fungi of common bean are able to inhibit the in vitro growth of phytopathogenic fungi and that metabolites crude extracts of endophytic exhibit significant antimicrobial activity especially regarding the inhibitory activity against Gram-positive bacteria (Listeria monocytogenes, Bacillus cereus, B. subtilis and Staphylococcus aureus). Diaporthe sp., D. infecunda, D. melonis and D. phaseolorum are members of the endophytic fungal community in the common bean as verified by multilocus phylogenetic analysis. Cluster analysis, conducted with pooled data from IRAP and REMAP markers, was consistent regarding what was observed in multilocus phylogeny and revealed the existence of high genetic variability, particularly among isolates of D. infecunda. It was concluded that the metabolites crude extracts of endophytic fungi of common bean exhibit promising antimicrobial activity; that endophytic fungi used in this study have the potential to control phytopathogens that affect the bean crop; the multilocus phylogenetic approach was more effective than individual analysis of ITS sequences in the study of phylogenetic relationships of endophytic fungi of the genus Diaporthe from common bean and that IRAP and REMAP markers can be employed in the study of genetic variability of this genus of fungi. / Fungos endofíticos são aqueles que vivem, em pelo menos uma parte de seu ciclo de vida, no interior de tecidos vegetais, sem causar aparentemente qualquer dano a seus hospedeiros. Esses micro-organismos têm sido estudados em relação à capacidade de produzirem metabólitos secundários de interesse biotecnológico e quanto ao potencial de controle biológico de fitopatógenos. Fungos endofíticos já foram isolados de uma ampla variedade de espécies vegetais, incluindo culturas agrícolas como o feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). O gênero Diaporthe foi um dos mais abundantes na comunidade endofítica dessa leguminosa. Os objetivos do presente estudo foram avaliar a atividade antimicrobiana e o potencial de uso de fungos endofíticos de P. vulgaris no controle de fitopatógenos da cultura do feijoeiro e analisar as relações filogenéticas e a variabilidade genética de fungos endofíticos do gênero Diaporthe isolados de P. vulgaris. Ensaios de cultura dupla entre 90 isolados endofíticos e quatro fungos fitopatogênicos (Colletotrichum lindemuthianum, Fusarium oxysporum, Rhizoctonia solani e Sclerotinia sclerotiorum) foram realizados para verificar a capacidade dos isolados endofíticos inibirem o crescimento dos fitopatógenos. Os isolados que foram capazes de inibir os quatro fitopatógenos testados foram selecionados para cultivo e obtenção de extratos brutos de metabólitos. Esses extratos foram avaliados quanto à atividade antibacteriana e antifúngica. As sequências da região ITS do rDNA dos isolados do gênero Diaporthe do feijoeiro, juntamente com as sequências parciais dos genes codificam o fator de elongação da tradução 1-&#945;, &#946;-tubulina e calmodulina, foram utilizadas para o estudo das relações filogenéticas desses isolados. Marcadores moleculares baseados em sequências de retrotransposons, IRAP (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism) e REMAP (Retrotransposon-Microsatellite Amplified Polymorphism), foram utilizados para a análise de variabilidade genética. Foi constatado que os fungos endofíticos do feijoeiro comum são capazes de inibir o crescimento in vitro de fungos fitopatogênicos e, que extratos brutos de metabólitos de isolados endofíticos exibem atividade antimicrobiana significativa, principalmente em relação à atividade inibitória sobre bactérias Gram-positivas (Listeria monocytogenes, Bacillus cereus, B. subtilis e Staphylococcus aureus). Por meio de análise filogenética multilocus, verificou-se que Diaporthe sp., D. infecunda, D. melonis e D. phaseolorum são integrantes da comunidade fúngica endofítica do feijoeiro comum. A análise de agrupamento, realizada com os dados dos marcadores IRAP e REMAP em conjunto, foi coerente em relação ao que foi verificado na filogenia multilocus e, revelou a existência de grande variabilidade genética, sobretudo entre os isolados de D. infecunda. Concluiu-se que extratos brutos de metabólitos de fungos endofíticos do feijoeiro exibem atividade antimicrobiana promissora; que fungos endofíticos utilizados neste estudo apresentam potencial para controle de fitopatógenos que acometem a cultura do feijoeiro; que a abordagem filogenética multilocus foi mais efetiva que análise individual de sequências de ITS no estudo das relações filogenéticas de fungos endofíticos do gênero Diaporthe do feijoeiro e que marcadores IRAP e REMAP podem ser empregados no estudo de variabilidade genética de fungos desse gênero.

Submitted by ALINE CRISTINA MIRANDA null (alinemiranda7@bol.com.br) on 2016-11-17T14:08:46Z No. of bitstreams: 1 Tese_alinemiranda.pdf: 1667580 bytes, checksum: 7967a917b23de82f09723bb1a5bab71d (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-11-23T16:19:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 miranda_ac_dr_bot.pdf: 1667580 bytes, checksum: 7967a917b23de82f09723bb1a5bab71d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-23T16:19:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 miranda_ac_dr_bot.pdf: 1667580 bytes, checksum: 7967a917b23de82f09723bb1a5bab71d (MD5) Previous issue date: 2016-09-27 / O objetivo desse estudo foi explorar a variabilidade genética existente entre e dentro de procedências e progênies da população estudada, conhecendo a estrutura genética da população de melhoramento, estimando parâmetros genéticos de caracteres quantitativos de crescimento e determinando a origem das populações de melhoramento de Eucalyptus grandis. O teste de progênies e procedências de Eucalyptus grandis com 153 progênies de polinização aberta, oriundas de dez procedências foi implantado em Anhembi como parte da rede experimental Projeto Cooperativo Populações Núcleo, sendo o delineamento experimental utilizado de blocos casualizados com quatro repetições e seis plantas lineares. A mensuração dos caracteres quantitativos como diâmetro à altura do peito, altura total das árvores, volume e sobrevivência ocorreram aos 12, 24, 36, 48 e 60 meses e as análises foram realizadas via RELM/BLUP. Para a avaliação do sistema de reprodução e identificação da diversidade genética existente nas procedências brasileiras, foram selecionadas 981 plantas para análise de nove locos microssatélites e para determinação das origens da espécie estudada foi realizado a genotipagem de 254 plantas de 18 populações da Austrália. Nas análises individuais em todos os períodos de avaliação, os caracteres de produção apresentaram-se significativos a um grau de liberdade pelo teste LRT, indicando a existência de variabilidade genética a ser explorada pelo melhoramento genético, tanto entre como dentro de progênies. Houve uma redução dos valores de herdabilidade individual para todas as características avaliadas aos 12 meses para 60 meses de mensuração. O valor de repetibilidade individual ( ) obtido apresentou magnitude alta (0,78). Das 20 progênies selecionadas pela média harmônica da performance relativa dos valores genéticos (MHPRVG), 14 dessas estão presentes em todas as análises mostrando que a seleção com base apenas na análise de interação genótipos x anos, pode ser errônea e/ou não capitalizar genótipos importantes. Das dez procedências avaliadas, a seleção realizada pela MHPRVG proporcionou a seleção de progênies de seis procedências. Estimativa da taxa de cruzamento multiloco foi alta (0,994), esse resultado está dentro do padrão observado para a taxa de cruzamento em outras populações, mas significativamente diferente de 1,0, sugerindo um sistema misto de reprodução, combinando autofecundações e cruzamentos, com predominância de cruzamento. As estimativas de diferenciação genética entre as populações foram significativamente diferentes de zero. A combinação da origem de diferentes procedências brasileiras associadas à seleção, indica potencial de reprodução, sendo que, os indivíduos de diferentes procedências podem ser utilizados para compor uma nova geração. / To explore the genetic variability between and within provenances and progenies of the population studied, the aim of this study was to understand the genetic structure of the population of breeding, to estimate genetic parameters of quantitative traits of growth and determine the origin of breeding populations Eucalyptus grandis. The provenances test and progenies of Eucalyptus grandis with 153 open-pollinated progenies, ten provenances, was established at Anhembi, as part of the experimental network (PCPN), the experimental design was a design randomized block with linear plots. The measurement of quantitative traits diameter at breast height, total tree height, cylindrical volume and survival were evaluates at 12, 24, 36, 48 and 60 months, the analyzes were performed by RELM / BLUP and evaluation of mating system and identification the genetic diversity of Brazilian provenances, 981 plants were selected for analysis of nine microsatellite loci and to determine the origins of studied species was conducted genotyping of 254 samples from 18 populations of Australia. In the individual analysis in all evaluation, yield traits showed a significant degree of freedom for the LRT test, indicating the existence of genetic variability to be exploited by breeding, both between and within progenies. There was a reduction of individual heritability values for all characteristics evaluated at 12 months to 60 months of measurement. The individual value of repeatability ( r ˆ ) obtained showed high magnitude (0.78). We selected the best 20 progenies classified in terms of individual genetic value by MHPRVG, 14 progenies were found are present in all analyzes showing that the selection based only on the analysis of genotype x years can be erroneous and / or to capitalize important genotypes. Of the ten evaluated provenances, the selection made by MHPRVG provided the selection of six provenances progenies. Estimated multilocus outcrossing rate was high (0.994), this result is within the pattern observed for the outcrossing rate in other populations, but significantly different from 1.0, suggesting a mixed system of reproduction, combining selfing and crosses, especially cross. Estimates of genetic differentiation among populations were significantly different from zero. The combination of different origin Brazilian origins associated with the selection, indicates reproductive potential, is that individuals of different origins may be used to compose a new generation.

Orientador: Edson Seizo Mori / Banca: Mauricio Dutra Zanotto / Banca: Léo Zimback / Resumo: A espécie Eucalyptus grandis Hill ex Maiden é atualmente a mais comumente cultivada em projetos comerciais no Brasil devido as excelentes características de qualidade da madeira e o alto incremento volumétrico de madeira, a espécie é plantada como cultivar e também na forma de plantios clonais de seus híbridos interespecíficos. O presente trabalho é um estudo da variabilidade genética de uma população selecionada de Eucalyptus grandis que formam um pomar de sementes clonal originário de Coff's Harbour - Austrália, Rio Claro e Zimbabwe. Este pomar, de propriedade da empresa Suzano Papel e Celulose S.A., encontra-se estabelecido na Fazenda Santa Eliza, no Município de São Miguel Arcanjo no Estado de São Paulo. Tem também como objetivo analisar um teste de paternidade de uma progênie de polinização aberta de Eucalyptus grandis, cuja a mãe é um dos clones componentes do pomar de sementes citado anteriormente. Os objetivos principais do trabalho foram estudar (i) a variabilidade genética dentro de uma população selecionada de Eucalyptus grandis, por meio de marcadores moleculares microssatélites; (ii) o sistema reprodutivo de uma área de recombinação de genótipos superiores (Pomar de Sementes Clonal) e de entrada de fluxo gênico; (iii) a paternidade de uma progênie superior de Eucalyptus grandis de programa de melhoramento. Os resultados mostraram que a população selecionada apresentou um grande polimorfismo de alelos (na = 12) e grandes distâncias genéticas entre os indivíduos selecionados mostrando alta variabilidade genética; que existe uma pequena taxa de endogamia na população selecionada (6,24%) devida a quantidade de heterozigose observada (Ho = 0,7927) ter sido menor que a esperada (He = 0,8455), e que a população selecionada de Eucalyptus grandis apresentou um sistema reprodutivo intermediário com forte tendência a alogamia (88,2%). / Abstract : The species Eucalyptus grandis Hill ex Maiden is the most commonly cultivated in commercial plantings in Brazil due to its excellent wood quality characteristics and the high wood volume increment. The species is planted as a cultivar and also by clonal plantings of its interspecific hybrids. The research is a study of the genetic diversity of a Eucalyptus grandis selected population originated from Coff's Harbour - Australia, Rio Claro - Brazil, and Zimbabwe, set up as a clonal seed orchard. The orchard is of Suzano Papel e Celulose private company, located on Santa Elisa Experimental Station, in São Miguel Arcanjo County, S.P., Brazil. It has also as objective to analyze a paternity test of an open pollinated progeny of Eucalyptus grandis, which mother clone is part of the orchard. The objectives of this research were to study (i) the genetic variability within the one selected population of Eucalyptus grandis, by microsatellite molecular markers; (ii) the mating system of recombination area of superior genotypes (Clonal Seed Orchard) and gene flow; and (iii) the paternity of a superior progeny of Eucalyptus grandis breeding program. The results have shown that the selected population presented a high polymorphism of alleles (na = 12) and large genetic distances between selected individuals showing high genetic variability. There is a small inbreeding rate into the selected population (6.24%) because of the observed heterozigosity (Ho = 0.7927) to be lower than the expected (He = 0.8455). The selected Eucalyptus grandis population presented to have an intermediate mating system with high tendency of alogamy. / Mestre

Resumo: O objetivo deste estudo foi estimar parâmetros genéticos para caracteres de crescimento e forma em um teste de progênies de Eucalyptus cloeziana, com 24 anos de idade, estabelecido em Luiz Antônio, SP. O teste foi instalado com sementes de polinização aberta provenientes de 35 árvores matrizes oriundas de Helenvale e Cardwell St. Forest, Austrália. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso, com parcela composta por apenas uma planta, com 100 repetições. O ensaio foi mensurado aos 24 anos de idade para diâmetro a altura do peito (DAP), altura total, volume e forma. Foram detectadas diferenças significativas entre progênies para todos os caracteres avaliados. Foram detectados altos coeficientes de variação genética e herdabilidade para todos os caracteres estudados, o que demonstra um forte controle genético na herança destes e a possibilidade de se obter altos ganhos com a seleção massal e individual entre e dentro de progênies. Os ganhos esperados para plantios com 24 anos de idade, realizados em locais com as mesmas características ambientais de Luiz Antônio e com sementes coletadas após a seleção no teste de progênies, foram estimados em 42,91% para DAP e 16,82% para altura / Abstract: The aim of this study was to estimate genetic parameter for growth and stem shape traits in a progeny test of Eucalyptus cloeziana, at 24 years old, established in Luiz Antônio, SP. The trial was established with open-pollinated seeds from 35 mother trees from provenances Helenvale and Cardwell St. Forest, Australia. The trial was established in a random block design, with single tree plots and 100 replications. The trial was measured at 24 years old of age for diameter at breast height (DBH), total height, volume and stem shape. All studied traits presented significant differences among progenies. All studied traits presented also high coefficient of variation and heritability, showing a strong genetic control in this traits and the possibility to obtain genetic gains by massal and among and within progenies selection. The expected genetic gains for stands with 24 years old, growing in sites with the same environmental characteristics of Luiz Antônio and with seeds collected after selection in the progeny test were estimated in 42.91% for DAP and 16.82% for height / Orientador: Miguel Luiz Menezes Freitas / Coorientador: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Banca: Walter Veriano Valério Filho / Banca: Rinaldo César de Paula / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-26Bitstream added on 2014-06-13T21:00:02Z : No. of bitstreams: 1 berti_clf_me_ilha.pdf: 1147349 bytes, checksum: 79588686dea2715fc03a56db3c25b881 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O objetivo deste estudo foi estimar parâmetros genéticos para caracteres de crescimento e forma em um teste de progênies de Eucalyptus cloeziana, com 24 anos de idade, estabelecido em Luiz Antônio, SP. O teste foi instalado com sementes de polinização aberta provenientes de 35 árvores matrizes oriundas de Helenvale e Cardwell St. Forest, Austrália. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso, com parcela composta por apenas uma planta, com 100 repetições. O ensaio foi mensurado aos 24 anos de idade para diâmetro a altura do peito (DAP), altura total, volume e forma. Foram detectadas diferenças significativas entre progênies para todos os caracteres avaliados. Foram detectados altos coeficientes de variação genética e herdabilidade para todos os caracteres estudados, o que demonstra um forte controle genético na herança destes e a possibilidade de se obter altos ganhos com a seleção massal e individual entre e dentro de progênies. Os ganhos esperados para plantios com 24 anos de idade, realizados em locais com as mesmas características ambientais de Luiz Antônio e com sementes coletadas após a seleção no teste de progênies, foram estimados em 42,91% para DAP e 16,82% para altura / The aim of this study was to estimate genetic parameter for growth and stem shape traits in a progeny test of Eucalyptus cloeziana, at 24 years old, established in Luiz Antônio, SP. The trial was established with open-pollinated seeds from 35 mother trees from provenances Helenvale and Cardwell St. Forest, Australia. The trial was established in a random block design, with single tree plots and 100 replications. The trial was measured at 24 years old of age for diameter at breast height (DBH), total height, volume and stem shape. All studied traits presented significant differences among progenies. All studied traits presented also high coefficient of variation and heritability, showing a strong genetic control in this traits and the possibility to obtain genetic gains by massal and among and within progenies selection. The expected genetic gains for stands with 24 years old, growing in sites with the same environmental characteristics of Luiz Antônio and with seeds collected after selection in the progeny test were estimated in 42.91% for DAP and 16.82% for height

A infecção por Mycoplasma (M.) hyopneumoniae é responsável por perdas econômicas significativas na suinocultura, causando uma pneumonia crônica que normalmente afeta clinicamente suínos de crescimento e terminação. Considerando-se a importância das matrizes de menor ordem de parto na transmissão de M. hyopneumoniae e que uma grande quantidade de leitoas é introduzida nos planteis anualmente, este projeto teve como objetivo compreender aspectos pouco conhecidos da dinâmica de infecção de M. hyopneumoniae em leitoas de reposição. O primeiro estudo avaliou a dinâmica e persistência da infecção por M. hyopneumoniae em leitoas em condições naturais de campo. Quarenta e quatro leitoas foram selecionadas aos 20 dias de idade (ddi) e a detecção de M. hyopneumoniae por PCR foi avaliada mensalmente por suabe de laringe, resultando em um total de 12 coletas. Além disso, 220 leitões filhos dessas matrizes foram amostrados um dia antes do desmame para avaliação da transmissão vertical. Os resultados deste estudo demonstraram que o início da detecção ocorreu aos 110 ddi e um aumento significativo foi observado aos 140 ddi (p<0,05). Ao desmame, apenas 2,3% das fêmeas foi positiva e não foram detectados leitões desmamados positivos. Adicionalmente, 77,2% das leitoas foi detectada positiva por um a três meses, 4,6% por quatro a cinco meses e 18,2% nunca foi detectada positiva, indicando a presença de subpopulações de animais negativos em granjas positivas. Em um segundo estudo, avaliou-se a detecção de M. hyopneumoniae por PCR em leitoas de reposição interna e a variabilidade genética entre granjas foi avaliada por MLVA (Multiple Locus Variable-number tandem repeats Analysis). Um total de 298 leitoas provenientes de três multiplicadoras positivas foram selecionadas e coletadas uma vez para realização de ELISA e duas a três vezes para PCR em um estudo longitudinal. Ainda, a transmissão vertical foi avaliada em 425 leitões pré-desmame. Aos 150 ddi, 47 a 67,4% das leitoas foi detectada positiva por PCR, decréscimos foram observados até a última amostragem nas três granjas avaliadas (p<0,05), e nenhum leitão foi positivo pré-desmame. Ainda, 30,7% das leitoas não foi detectada positiva em nenhuma nas amostragens e os resultados de MLVA indicaram um ampla variabilidade genética de M. hyopneumoniae em leitoas aos 150 ddi. No terceiro estudo, 210 leitoas de reposição negativas para M. hyopneumoniae introduzidas em três granjas positivas foram selecionadas e avaliadas longitudinalmente por PCR e ELISA com o objetivo de comparar dois tipos de fluxo de aclimatação (all-in all-out ou fluxo contínuo). Ainda, a variabilidade genética foi analisada por MLVA. Observou-se um aumento significativo (p<0,05) nas prevalências de leitoas positivas para M. hyopneumoniae por PCR na segunda coleta e um decréscimo ao longo do tempo independentemente do tipo de fluxo de aclimatação utilizado. Os resultados de ELISA revelaram que as três granjas avaliadas tiveram um aumento significativo na prevalência de leitoas positivas da primeira para a segunda coleta (p<0,05), que se manteve alta até o fim do experimento. Ainda, baixa variabilidade genética de M. hyopneumoniae foi observada por MLVA. Um quarto estudo também foi conduzido com o objetivo de avaliar a absorção e detecção de M. hyopneumoniae utilizando-se suabes de nylon flocados e de ponta de rayon. Os resultados deste experimento indicaram uma maior absorção e uma maior detecção de M. hyopneumoniae por PCR (p<0,05) utilizando-se suabes de nylon flocados. / Mycoplasma (M.) hyopneumoniae infection is responsible for important economic losses to pig production, causing a chronic pneumonia that usually affects growing and finishing pigs. Regarding the importance of low parity dams on M. hyopneumoniae transmission and that a high proportion of gilts is introduced in the farms every year, this project aimed to better understand unknown aspects about the infection dynamics of M. hyopneumoniae in replacement gilts. The first study assessed the dynamics and persistence of M. hyopneumoniae infection in gilts in natural conditions. Forty-four gilts were selected at 20 days of age (doa) and M. hyopneumoniae detection was evaluated using laryngeal swabs for PCR testing every month, resulting in 12 samplings. Additionally, 220 piglets born from the selected dams were sampled one day prior to weaning to evaluate vertical transmission. The results of this study showed that the first detection occurred at 110 doa and a significant increase was observed at 140 doa (p<0.05). A small proportion (2.3%) of positive gilts was detected one day prior to weaning and no piglets were detected positive at the same sampling moment. Moreover, 77.2% of the gilts was detected positive for one to three months, 4.6% for four to five months, and a lack of detection was observed in 18.2% of the gilts, indicating the presence of negative subpopulations in positive farms. A second study assessed the M. hyopneumoniae detection in self-replacement gilts longitudinally. A total of 298 gilts from three positive multiplier farms were selected and sampled once for ELISA testing and two or three times for PCR. Moreover, vertical transmission was evaluated in 425 piglets one day prior to weaning, and the genetic variability within farms was assessed in gilts by MLVA (Multiple Locus Variablenumber tandem repeats Analysis). The prevalence of positive gilts at 150 doa ranged from 47 to 67.4% within farms by PCR, decreases were observed up to the last sampling in all farms (p<0.05), and no positive piglets were detected prior to weaning. A lack of detection was observed in 30.7% of the gilts during the study, and high genetic variability was detected within farms. In the third study, 210 M. hyopneumoniae negative purchased gilts were introduced in three farms with two types of acclimation flow (all-in all-out or continuous flow). The gilts were selected for ELISA and PCR testing in a longitudinal study, which aimed to compare the infection dynamics regarding the type of flow. Also, genetic variability was assessed by MLVA. The results showed a significant increase (p<0.05) in the prevalence of M. hyopneumoniae positive gilts by PCR in the second sampling, and a decrease over time regardless the type of flow. The ELISA results revealed a significant increase in the prevalence of positive gilts in the three farms (p<0.05) from the first to the second sampling, which remained high up to the completion of the study. Moreover, limited genetic variability of M. hyopneumoniae was observed by MLVA testing. A fourth study was also performed, which aimed to assess the absorption and detection of M. hyopneumoniae using two types of swabs (nylon-flocked and rayon-bud). The results indicated a higher absorption and M. hyopneumoniae detection by PCR using nylon-flocked swabs (p<0.05).

The aim of this thesis was to detect whether achlophyllous orchid Corallorhiza trifida associates different fungal taxa in different habitats. Our analyses were conducted using molecular and fylogenetic methods based on DNA sequencing.

O conhecimento da variabilidade e da relaÃÃo genÃtica entre diferentes acessos de aceroleira à importante para maximizar o uso dos recursos genÃticos nos programas de melhoramento. Neste trabalho tÃm-se como objetivos avaliar a diversidade genÃtica de 56 genÃtipos de aceroleira pertencentes ao Jardim de Sementes e ao Jardim Clonal da Embrapa AgroindÃstria Tropical por meio de marcadores moleculares ISSR, e avaliar a reaÃÃo de genÃtipos de aceroleira à Lasiodiplodia theobromae. Para a avaliaÃÃo da relaÃÃo genÃtica entre os genÃtipos de aceroleira foi calculada a distÃncia genÃtica entre estes tomando-se como base os dados obtidos por meio dos marcadores moleculares ISSR. Uma matriz de distÃncia foi obtida com base no complemento aritmÃtico do Ãndice de Jaccard, a qual foi usada para a formaÃÃo de um dendrograma onde os diferentes genÃtipos foram agrupados. Esse agrupamento foi realizado utilizando-se o mÃtodo hierÃrquico, UPGMA e o mÃtodo de otimizaÃÃo de Tocher. Na identificaÃÃo de genÃtipos resistentes/suscetÃveis à Lasiodiplodia theobromae, foi utilizado o mÃtodo de inoculaÃÃo (Furadeira). A avaliaÃÃo foi realizada em casa de vegetaÃÃo, contemplando a avaliaÃÃo de seis genÃtipos diferentes. Aos 15 dias apÃs a inoculaÃÃo (DAI) foi procedida a avaliaÃÃo externa dos sintomas e a mediÃÃo do comprimento da lesÃo. Na avaliaÃÃo da divergÃncia genÃtica atravÃs de marcadores moleculares observou-se que os genÃtipos 36 (12/7/15), 47 (Barbados) e 46 (Okinawa) foram os mais divergentes entre os 56 genÃtipos avaliados. Os cruzamentos entre os genÃtipos 36 (12/7/15) e 32 (68/1/15), 36 (12/7/15) e 31 (68/1/14), 47 (Barbados) e 2 (8/4/8), 47 (Barbados) e 23 (79/10/9), 46 (Okinawa) e 32 (68/1/15) e entre 46 (Okinawa) e 36 (12/7/15) podem resultar em combinaÃÃes gÃnicas favorÃveis permitindo a seleÃÃo de genÃtipos transgressivos. Buscando identificar clones resistentes os clones 13 (47/5/2), 32 (68/1/15) e 36 (12/7/15) mostraram mais resistentes ao fungo em avaliaÃÃo. Portanto, foi possÃvel identificar variabilidade genÃtica entre os 56 genÃtipos de aceroleira, assim como genÃtipos resistentes à Lasiodiplodia theobromae. Essas informaÃÃes poderÃo ser utilizadas em futuros trabalhos de melhoramento genÃtico da cultura da aceroleira. / The knowledge about genetic variability and relationship among Indian cherry accessions is an important issue to maximize the use of genetic resources in a breeding program. The objectives of this study were to estimate the genetic diversity of 56 Indian cherry genotypes from the seed garden and clone collection of Embrapa AgroindÃstria Tropical using ISSR as molecular markers and to evaluate their reaction to infection by Lasiodiplodia theobromae. In order to evaluate genetic relationship among Indian cherry genotypes the genetic distance was calculated based on ISSR data. A distance matrix was obtained based on the Jaccard index of arithmetic complement which was used to construct a phylogram tree with all 56 acessions. The tree was constructed using the hierarchical method, the unweight pair-grouped (UPGMA) generated tree and the optimizing Tocher method. To identify resistant/susceptible genotypes to L. theobromae, it was developed a drill method of inoculation the fungus into the woody tissue of the plant stem. The work was carried out under greenhouse conditions with six genotypes. Disease occurrence was observed 15 days after inoculation by observing lesion presence and measuring lesion length. Data on the genetic diversity showed that three genotypes, numbered 36, 46 (Okinawa) and 47 (Barbados) were the most divergent among all 56 studied. Crossings between 36 (12/7/15) x 32 (68/1/15), 36 (12/7/15) x 31 (68/1/14), 47 (Barbados) x 2 (8/4/8), 47 (Barbados) x 23 (79/10/9), 46 (Okinawa) x 32 (68/1/15) and 46 (Okinawa) x 36 (12/7/15) may yield favorable genetic combinations allowing a transgressive genotype selection. In the search to identify potentially resistant genotypes, the accessions 13 (47/5/2), 32 (68/1/15) and 36 (12/7/15) attained high level resistance. As a conclusion, it was possible to estimate genetic variability and resistant genotypes to L. theobromae in the Indian cherry population. These results may provide valuable information for the breeding program in the near future.