Orientadores: Clarice Weis Arns, Fernando Rosado Spilki / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-16T11:29:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Orsi_MariaAngela_D.pdf: 5800043 bytes, checksum: 7c499fd86a0e94ef1057fc62e1ba024f (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: O vírus da doença de Newcastle (VDN) é o agente causador de uma das mais importantes doenças em aves e representa uma ameaça para a indústria avícola. O VDN é um membro da família Paramyxoviridae, subfamília Paramyxovirinae, gênero Avulavirus. São vírus envelopados, não segmentados dotados de genoma RNA de fita simples sentido negativo, associado à doença do trato respiratório, digestivo e nervoso das aves. O Controle da DN se baseia em biossegurança, uso de vacinas e detecção precoce de lotes infectados. No presente estudo, examinamos dez vacinas vivas comercializadas no Brasil quanto à sua estabilidade térmica (ET), virulência e imunogenicidade. Em outra etapa do trabalho, investigou-se a soroprevalência perante o VDN em regiões de produção avícola voltada à exportação ou não de produtos aviários, seguido da detecção do VDN em aves migratórias. Os estudos são complementados pela análise filogenética de VDN isolado de aves comerciais, dos resultados alcançados, cumpre ressaltar: i) os testes de ET revelam elevada estabilidade para as vacinas utilizadas no país, mesmo após dois anos de sua fabricação; ii) o grau de proteção conferido por vacinas vivas contra a DN não depende da virulência residual conforme testes de inoculação intracerebral; iii) a soroprevalência contra VDN em aves nas regiões produtoras e exportadoras, foi de 39,1% e foram isoladas 77 amostras virais, sempre com perfil não-patogênico; iv) sorologia realizada em uma segunda oportunidade detectou-se uma soroprevalência de 28,8% e isolamento de 15 amostras virais que também foram caracterizadas como não-patogênicas; v) observou-se numa soropositividade de 41,7 a 84,3% dependendo da região e isolamento de 12 VDN na região Nordeste, caracterizados como não-patogênicas, indicando que nas áreas não exportadoras circulam vírus de baixa patogenicidade; vi) o genoma dos vírus isolados e das vacinas vivas, atesta que os vírus circulantes em aves comerciais são de provável origem vacinal e pertencem à classe II sendo 71,8% do genótipo II ou La Sota-like e 28,2% do genótipo I ou Ulster-like; vii) por último, a caracterização biológica dos isolados de aves migratórias mostram que há circulação de vírus de baixa e alta patogenicidade em nosso território. Portanto, este conjunto de trabalhos evidencia o status do Brasil como país livre da Doença de Newcastle em aves comerciais / Abstract: Newcastle disease virus (NDV) is the agent that causes one of the most important diseases in birds and represents a threat to industrial aviculture. NDV is a member of the Paramyxoviridae family, Paramyxovirinae subfamily, Avulavirus genus. In the present study, live vaccines commercialized in Brazil were examined in regard to their thermostability (TS), virulence and immunogenicity. In another stage of this work, soroprevalence was investigated, with viral isolation and characterization carried out in poultry production regions focused on production for exportation or domestic commercialization, followed by the detection of the virus in migratory birds. The studies were complemented by phylogenic analysis carried out on the isolates from the commercial birds. From the results obtained, it is important to underscore that i) the tests of TS revealed a high stability of the vaccines used in Brazil, even two years after their manufacture; ii) the level of protection given by live vaccines against NDV does not depend on residual virulence, as confirmed by tests of intracerebral inoculation iii) soroprevalence against NDV in regions with production for exportation was 39.1% and it was possible to isolate 77 samples, always with a non-pathogenic profile; iv) on a second opportunity, a soroprevalence of 28.8% was detected, with isolation of 15 samples, also classified as non-pathogenic; v) in the Brazilian Northeast, a seropositivity of 41.7 to 84.3% was observed depend of region, with isolation of 12 NDVs, characterized as non-pathogenic, indicating that virus of low pathogenicity circulates in those areas that do not export; vi) the genome of the isolated virus and vaccine implies that the circulating virus in commercial birds probably originates from the vaccine and belongs to class II, being 71.8% from genotype II or La Sota-like and 28.2% from genotype I or Ulster-like; vii) finally, the biological characterization of isolates from migratory birds showed that there is circulation of virus of low and high pathogenicity in Brazil. However, this set of studies agrees with the status of Brazil as being a country free of Newcastle disease in commercial birds / Doutorado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Cacilda Borges do Valle / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T19:56:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cancado_LeticiaJungmann_D.pdf: 2473309 bytes, checksum: ab9e0a498f29fb6c76b2ae1bb9583bc5 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Brachiaria é um gênero de gramíneas composto por cerca de 100 espécies. Nas últimas décadas, algumas destas espécies vêm sendo amplamente usadas como forrageiras nas regiões tropicais. Uma importante coleção de germoplasma, que preserva 443 acessos e amostra 14 espécies diferentes, foi introduzida no Brasil na década de 1980 e está estabelecida na Embrapa Gado de Corte, Campo Grande/MS. Esta coleção vem sendo usada no Programa de Melhoramento Genético de Forrageiras Tropicais da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária. São cinco as espécies de maior valor para este programa de melhoramento: B. brizantha, B. decumbens, B. dictyoneura, B. humidicola e B. ruziziensis. Este trabalho visou ao desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites para B. brizantha e B. humidicola e a caracterização da diversidade genética existente em acessos e cultivares destas cinco espécies. Foi desenvolvido um total de 28 microssatélites polimórficos para B. brizantha e 27 para B. humidicola. Vinte microssatélites desenvolvidos para B. brizantha foram usados na caracterização da diversidade genética intra-específica em 160 acessos e cinco cultivares desta espécie. Dentre estes 20 locos, sete foram usados para caracterizar a variabilidade interespecífica entre estes 165 genótipos de B. brizantha e 13 acessos de B. decumbens, sete de B. dictyoneura, 42 de B. humidicola e 16 de B. ruziziensis. Os 27 microssatélites desenvolvidos para B. humidicola foram usados na caracterização da diversidade genética existente nos 58 acessos desta espécie, conservados nesta coleção, além de duas cultivares. A diversidade interespecífica acessada através de similaridades genéticas mostrou que os marcadores utilizados foram capazes de distinguir as cinco espécies estudadas, sendo que B. brizantha, B. decumbens e B. ruziziensis revelaram-se mais similares entre si e mais dissimilares em relação a B. dictyoneura e B. humidicola. Apesar disso, uma análise Bayesiana revelou que B. brizantha e B. decumbens compartilham pools alélicos entre si, não compartilhados pelas outras espécies. Do mesmo modo, B. dictyoneura e B. ruziziensis compartilham um pool gênico entre si, enquanto que B. humidicola apresenta um pool gênico distinto. Estes resultados combinados estão discutidos. A análise de diversidade intraespecífica em B. brizantha mostrou que os genótipos avaliados foram posicionados em três grupos principais de diversidade, sendo que esta diversidade não está fortemente estruturada. A análise intraespecífica em B. humidicola mostrou uma clara distinção do único acesso sexual desta coleção em relação aos demais, todos apomíticos, e revelou que a diversidade genética nesta coleção está mais bem estruturada que a encontrada em B. brizantha. x / Abstract: Brachiaria is a genus that comprises about 100 species. In the last decades, some of its species have been widely used as forages in the Tropics. A germplasm collection with 14 species represented by 443 accessions was introduced to Brazil in the decade of 1980 and is maintained at Embrapa Beef Cattle, Campo Grande, central Brazil. This collection has been used in the Tropical Forages Breeding Program of the Brazilian Agricultural Research Corporation. The most valuable species, considering agronomical aspects, are: B. brizantha, B. decumbens, B. dictyoneura, B. humidicola and B. ruziziensis. The main goal of this work was the development of microsatellite markers for B. brizantha and B. humidicola and the characterization of the genetic diversity found within these species in both inter- and intraspecific approaches. A total of 28 polymorphic microsatellites is described for B. brizantha, while for B. humidicola we present 27 polymorphic loci. Twenty microsatellites of B. brizantha were used for assessing the genetic variability in 160 accessions and five cultivars of this species. Out of these twenty loci, seven were used to evaluate the 165 genotypes of B. brizantha and 13 accessions of B. decumbens, 7 of B. dictyoneura, 42 of B. humidicola and 16 of B ruziziensis. Twenty seven loci reported for B. humidicola were used in the intraspecific characterization of the genetic diversity of the whole collection of this species (58 accessions) and two cultivars. The interspecific genetic diversity revealed through similarities showed that the markers used were able to distinguish the five species studied. B. brizantha, B. decumbens and B. ruziziensis were the most similar, while B. humidicola and B. dictyoneura were closer to each other. Besides, a Bayesian analysis showed that B. brizantha and B. decumbens share exclusive allelic pools not present in the other species. Likewise, B. dictyoneura e B. ruziziensis share another allelic pool, while B. humidicola did not share genic pools with any other species. The intraspecific genetic diversity survey in B. brizantha revealed that genotypes were positioned within three major groups, but the genetic variability does not seem to be very structured. The intraspecific survey in B. humidicola showed a clear distinction between the one sexual accession of this species and all the other apomictic accessions, and unveiled that the genetic diversity within this species is more strongly structured than in B. brizantha. / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientadores: Luiz Francisco Lembo Duarte, Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-09T03:13:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DeCapitani_JoanaDutilh_M.pdf: 5636529 bytes, checksum: 9756e9e22fb0418a7a5cd700c6e0c60d (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A riqueza de espécies, abundância, proporção de jovens, crescimento corporal, seleção de microhabitat, diversidade genotípica, variabilidade e estrutura genética de anêmonas-do-mar da região entremarés foram estudados no período de agosto de 2005 a julho de 2006. Cinco espécies foram encontradas e tiveram as suas populações acompanhadas em duas praias do município de São Sebastião, SP: Bunodosoma caissarum, Bunodosoma cangicum, Anthopleura cascaia, Actinia bermudensis e Phyllactis flosculifera. Destas, as mais abundantes foram Bunodosoma caissarum, Bunodosoma cangicum e Anthopleura cascaia. Estas três espécies mostraram oscilações muito grandes em seus tamanhos populacionais, padrão não esperado considerando a longevidade de anêmonas-do-mar. As espécies B. caissarum e B. cangicum mostraram um padrão de recrutamento aparentemente contínuo e pequeno enquanto A. bermudensis e A. cascaia apresentaram um maior número de jovens principalmente na primavera. Não foi verificado um padrão claro de crescimento corporal das espécies estudadas, devido, possivelmente, à variação no número de indivíduos amostrados em cada mês, ou a uma taxa de crescimento muito pequena para ser detectada no período de um ano. Os microhabitats ocupados pelas espécies foram significativamente relacionados às suas preferências, mostrando que a localização espacial não acontece aleatoriamente. Bunodosoma caissarum, B. cangicum e Phyllactis flosculifera foram as espécies escolhidas para as análises genéticas. Cada uma delas teve duas populações amostradas, e as populações de B. caissarum foram também organizadas localmente em subgrupos. As três espécies apresentaram altos valores de diversidade genética e todas as populações apresentaram déficits de heterozigotos. Os valores de diferenciação genética encontrados para B. caissarum (? = 0.039) são significativos, considerando que a espécie apresenta larva planctônica e as populações amostradas estavam separadas por apenas 13 km. Além disso, foi encontrada evidência de estruturação microgeográfica para esta espécie. Bunodosoma cangicum apresentou valores baixos de estruturação genética (? = 0.021) e P. flosculifera valores moderados (? = 0.080). Phyllactis flosculifera e B. cangicum apresentam populações distantes (1000 km e 1300 km, respectivamente) geneticamente conectadas, o que sugere que ambas as espécies tenham larvas com capacidade de dispersão em grandes distâncias. Todos os indivíduos das populações estudadas das três espécies apresentaram genótipos únicos, o que sugere que nenhuma delas tenha reprodução assexuada / Abstract: We studied the richness of species, abundance, proportion of juveniles, growth, microhabitat selection, genotypic diversity, genetic variability and structure of intertidal sea anemones between August 2005 and July 2006. Five species were found and their populations were studied in São Sebastião, SP: Bunodosoma caissarum, B. cangicum, Anthopleura cascaia, Actinia bermudensis and Phyllactis flosculifera. The most abundant ones were Bunodosoma caissarum, B. cangicum and Anthopleura cascaia. These three species showed important oscillations in their populations sizes, a pattern that was not expected considering the long life of sea anemones. Bunodosoma caissarum and B. cangicum showed small and continuous recruitment, while A. bermudensis and A. Cascaia presented a bigger number of juveniles mainly in the spring. A clear pattern of growth was not observed for any of the species studied, probably due to the variation in populations¿ size during the study or it could have been caused by a growth rate too small to be detected in one year time. The microhabitats occupied by all five species were related to their preferences, indicating that the spatial distribution found was not at random. Bunodosoma caissarum, B. cangicum and P. flosculifera were also genetically analyzed. Each one of them had two populations sampled, and the ones of B. caissarum were sampled in subgroups following spatial distribution in situ. All the species showed high levels of genetic diversity and all the populations presented a deficit of heterozygotes. The values of genetic differentiation found for B. caissarum (? = 0.039) are significant given the long-lived planktonic larva of the species and the small distance between the samples (13 km) and we also found evidence of microgeographic structuring in this species. Bunodosoma cangicum showed low levels of genetic structuring (? = 0.021) while P. flosculifera presented a moderate value of structuring (? = 0.080). Phyllactis flosculifera and B. cangicum present distant populations (1000 km and 1300 km apart, respectively) genetically connected suggesting that both species have larvae capable of good dispersal distances. All of the individuals of the three species showed unique genotypes, suggesting that none of them have asexual reproduction / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia

Orientadores: Vera Nisaka Solferini, Ronaldo Bastos Francini / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-15T11:47:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ramos_RenatoRogner_D.pdf: 2883716 bytes, checksum: eac9d7277bf9ba106da8bdf2bc840994 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Espécies com distribuições continentais podem ocupar várias zonas climáticas e diferentes vegetações, e forças seletivas locais podem gerar diferenças entre populações. A borboleta Heliconius erato phyllis possui esse tipo de distribuição e o teste G revelou diferenças significativas nos padrões de coloração das asas anteriores entre machos de diferentes regiões, mas não entre fêmeas. Melanismo, seleção sexual, atividade hormonal e predação podem estar envolvidos. O número de raios vermelhos nas asas posteriores apresentou correlação positiva com o comprimento das asas anteriores (CAA), mas exceções sugerem que tamanho e temperatura atuem como ativadores de hormônios que elevam a concentração de pigmentos para a formação dos raios. ANOVA demonstrou médias do CAA diferentes entre as populações, e o teste de Tukey apontou os maiores indivíduos em 3 sítios costeiros. Uma análise de componentes principais apontou altas temperaturas, pluviosidade e estabilidade climática como fatores ligados ao grande CAA. Esses fatores possivelmente contribuem com o crescimento de hospedeiras e com o desempenho larval. Técnicas moleculares usando marcador microssatélite foram aplicadas nas populações, em três escalas geográficas e uma temporal. Os resultados mostram grande variabilidade genética e populações sem isolamento por distância em escala continental. A reprodução é panmítica e os indivíduos possuem alta capacidade de dispersão mesmo entre fragmentos urbanos. Na escala temporal ocorreram diferenças estruturais moderadas, provavelmente devido a gargalos. Estudos em populações fragmentadas e de ampla distribuição ajudam a entender os efeitos do isolamento sobre a estrutura genética dessas populações e propor planos de manejo e conservação. / Abstract: Species with continental distribution can take several climatic zones and different vegetations, and local selective forces can generate differences among populations. The Heliconius erato phyllis butterfly has this kind of distribution, and the ?G? test showed meaningful differences on forewing color-patterns among males from different regions, but not among females. Melanism, sexual selection, hormonal activity and predation may be involved. The number of red raylets on hindwing show positive correlation with forewing's length (CAA), but exceptions suggest that size and temperature as triggers hormones that raise the concentration of pigments in the formation of raylets. The ANOVA showed different average on CAA among populations and the Tukey's test showed greatest individuals on 3 coastline sites. A principal component analysis indicated high temperatures, rainfall and climatic stability as major factors responsible for the large CAA. These factors possibly contribute with the growth of host-plant and the larval performance. Molecular techniques using microsatellite marker were applied on populations under three geographic scales and one temporal scale. The results show has a great genetic variability and populations without isolation by distance on continental scale. The reproduction is panmitic and the individuals have high dispersal ability even among urban fragments. On the temporal scale occurred moderate structural differences; probably due to bottlenecks. Studies on widespread and fragmented populations, help to understand the effects of isolation over the genetic structure of populations, and propose management and conservation plans. / Doutorado / Ecologia / Doutor em Ecologia

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-10-13T19:51:52Z No. of bitstreams: 1 ceciliafonsecapoggian.pdf: 268787 bytes, checksum: 5898d68297ebccdcc7f27145276525da (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-10-22T13:01:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ceciliafonsecapoggian.pdf: 268787 bytes, checksum: 5898d68297ebccdcc7f27145276525da (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-22T13:01:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ceciliafonsecapoggian.pdf: 268787 bytes, checksum: 5898d68297ebccdcc7f27145276525da (MD5) Previous issue date: 2008-02-26 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Os animais da raça Guzerá, bem adaptados às condições tropicais do Brasil, têm sido utilizados para produção de leite e carne. Em função da redução do tamanho efetivo da população, a probabilidade de endogamia e deriva genética na raça tem aumentado. Em 1994, iniciou-se o Programa Nacional de Melhoramento da Raça para leite por meio do teste de progênie e do núcleo MOET de seleção. O sucesso deste programa pode ser comprometido pelo aumento do coeficiente de endogamia (F) e perda de diversidade genética na raça, pois os animais de maior valor genético são mais utilizados para reprodução. O objetivo deste trabalho foi examinar a diversidade genética da população Guzerá selecionada para leite no Brasil, calcular a endogamia na raça e avaliar seus efeitos sobre características produtivas e reprodutivas, visando monitorar a variabilidade genética e orientar acasalamentos. Dados genealógicos de 10.051 animais nascidos até 2007 foram usados para estimação dos parâmetros populacionais. O coeficiente médio de endogamia dos animais endogâmicos foi 0,025, e o aumento esperado da endogamia, devido à contribuição não balanceada dos fundadores, foi 0,16%. O coeficiente de relação médio entre os indivíduos da população foi estimado em 1,06%, e o intervalo de gerações, em 7,48 anos. A média do tamanho efetivo populacional por geração foi 77, o número efetivo de fundadores, 318, o número efetivo de ancestrais, 101, e o efeito gargalo, 3,15. Dos 2.106 ancestrais, 47 foram responsáveis por 50% da diversidade genética da população referência. As características produção total de leite, produção de leite aos 305 dias de lactação, produção total de gordura, produção total de proteína e idade ao primeiro parto foram afetadas negativamente (p<0,05) pelo aumento do coeficiente de endogamia. Os valores médios de F, até o momento, são baixos, porém, o reduzido tamanho efetivo da população indica riscos de endogamia e perda de variabilidade genética na raça Guzerá selecionada para leite no Brasil. / Animals of the Guzerat breed have strongly fitted to tropical conditions of Brazil, and have been used for milk and beef production. The probability of inbreeding and genetic drift increases due to reduction in the effective population size. In 1994, a selection program for milk production traits was initiated in some purebred herds, using progeny test and MOET nucleus. Its success, otherwise, can be endangered by increase in inbreeding coefficient (F) and loss of genetic diversity, since animals with high genetic value have more chance to reproduce. This study was undertaken to evaluate the evolution and the current genetic status of the Guzerat cattle under milk selection, aiming to monitor the genetic variability and guide matings. Genealogical data of 10,051 animals born until 2007 were used to estimate population parameters. The average F for all inbred animals included in this data set was 0.025 and the increase of inbreeding by unbalancing of founders contribution was 0.16%. The average relationship coefficient was 1.06% and the generation interval was 7.48 years. The mean effective population size by generation was 77, the effective number of founders and effective number of ancestors for the reference population were, respectively, 318 and 101. The bottleneck effect was 3.15. Of 2,106 ancestors, 47 contributed to 50% of the reference population. Total milk production, milk production at 305 days of lactation, total fat production, total protein production and age at first calving was negatively affected (p<0.05) by the increase in F. Average F values and regression coefficients are still low, but the reduced effective population parameters indicates risk of inbreeding, genetic drift and, consequently, loss of variability in the Guzerat breed under milk selection in Brazil.

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-06-30T19:17:25Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Pablo Roberto da Silva Ozório.pdf: 773168 bytes, checksum: 226550639f3d6045ccb166d38e42a2c4 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-06T17:36:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Pablo Roberto da Silva Ozório.pdf: 773168 bytes, checksum: 226550639f3d6045ccb166d38e42a2c4 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-06T17:42:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Pablo Roberto da Silva Ozório.pdf: 773168 bytes, checksum: 226550639f3d6045ccb166d38e42a2c4 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-06T17:42:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Pablo Roberto da Silva Ozório.pdf: 773168 bytes, checksum: 226550639f3d6045ccb166d38e42a2c4 (MD5) Previous issue date: 2013-06-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The genetic diversity among 18 guarana cultivars was characterized using 20 morphological descriptors including production aiming to support the selection of genetically divergent parents for controlled crosses. The similarity between cultivars was calculated using Gower general similarity coefficient. The dendrogram was constructed based on similarity matrix using the UPGMA clustering criterion. The scatter diagram of the cultivars was constructed based on the method of Principal Coordinates Analysis (PCO). Data were analyzed using the computational resources of the GENES program and MVSP v.3.22. Pairs of similar genotypes were BRS CG505 and BRS CG612 (0,823); BRS Amazonas and BRS CG608 (0,820); BRS Mundurucânia and BRS CG189 (0,807); BRS Cereçaporanga and BRS Andirá (0,805); BRS Marabitana and BRS Maués (0,796); BRS CG189 and BRS CG611 (0,784); BRS Andirá and BRS CG850 (0,771); BRS CG610 and BRS CG505 (0,770); BRS Saterê and BRS CG372 (0,717); BRS CG648 and BRS Andirá (0,703). Genotype pairs were less similar: BRS and BRS Marabitana CG850 (0.699); BRS BRS CG611 and CG882 (0.688); CG505 BRS and BRS Saterê (0.663); BRS BRS CG850 and CG612 (0.646); CG189 BRS and BRS Luzéia (0.640); Saterê BRS and BRS Andirá (0.628); BRS BRS CG189 and CG850 (0.585); BRS 372 and BRS CG850 CG (0.573). The dendrogram formed by the UPGMA method, obtained from the genetic distance Gower using a cutoff value of 0.64 allowed the formation of four groups, and indicated that there is high genetic diversity among cultivars currently recommended for planting in the State Amazon Embrapa Western Amazon. The graphic dispersion analysis method PCO showed good agreement with the cluster analysis by UPGMA method and showed great genetic variability among cultivars evaluated guarana in this work. / A divergência genética entre 18 cultivares de guaraná foi caracterizada utilizando 20 descritores morfoagronômicos inclusive produção visando subsidiar a seleção de genitores geneticamente mais divergentes para cruzamentos controlados. A similaridade entre as cultivares foi calculada utilizando o coeficiente de similaridade geral de Gower. O dendrograma foi calculado com base na matriz de semelhança, utilizando o método UPGMA como critério de agrupamento. O diagrama de dispersão das cultivares foi construído com base no método de Análise das Coordenadas Principais (PCO). Os dados foram analisados utilizando-se os recursos computacionais do programa GENES e do programa MVSP v.3.22. Os pares de genótipos mais similares foram: BRS CG505 e BRS CG612 (0,823); BRS Amazonas e BRS CG608 (0,820); BRS Mundurucânia e BRS CG189 (0,807); BRS Cereçaporanga e BRS Andirá (0,805); BRS Marabitana e BRS Maués (0,796); BRS CG189 e BRS CG611 (0,784); BRS Andirá e BRS CG850 (0,771); BRS CG610 e BRS CG505 (0,770); BRS Saterê e BRS CG372 (0,717); BRS CG648 e BRS Andirá (0,703). Os pares de genótipos menos similares foram: BRS Marabitana e BRS CG850 (0,699); BRS CG611 e BRS CG882 (0,688); BRS CG505 e BRS Saterê (0,663); BRS CG850 e BRS CG612 (0,646); BRS CG189 e BRS Luzéia (0,640); BRS Saterê e BRS Andirá (0,628); BRS CG189 e BRS CG850 (0,585); BRS CG 372 e BRS CG850 (0,573). O dendrograma formado pelo método hierárquico UPGMA, obtido a partir da distância genética de Gower utilizando como ponto de corte o valor de 0,64 permitiu a formação de quatro grupos, e indicou que existe alta divergência genética entre as cultivares atualmente recomendadas para plantio no Estado do Amazonas pela Embrapa Amazônia Ocidental. A análise de dispersão gráfica pelo método PCO apresentou boa concordância com a análise de agrupamento pelo método hierárquico UPGMA e evidenciou grande variabilidade genética entre as cultivares de guaraná avaliadas no trabalho.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-05-25T13:53:41Z No. of bitstreams: 2 Tese - Jacqueline Barbosa Nascimento - 2015.pdf: 2440624 bytes, checksum: e9711ea5d1821679a63f94a9b2dda27a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-05-25T13:56:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Jacqueline Barbosa Nascimento - 2015.pdf: 2440624 bytes, checksum: e9711ea5d1821679a63f94a9b2dda27a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-25T13:56:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Jacqueline Barbosa Nascimento - 2015.pdf: 2440624 bytes, checksum: e9711ea5d1821679a63f94a9b2dda27a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-03-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The change in composition of the host-plants in the agricultural landscape can generate enough divergent natural selection to allow ecological adaptation that leads to specialization and subsequently to speciation in species of insect. The objective of this study was to determine the diversity of genetic and population structures of Diatraea saccharalis (Fabricius, 1794) (Lepidoptera: Crambidae), which was collected in two hostplants using microsatellite markers. Samples of larvae of this stem borer were collected on rice and sugarcane in different fields during the harvest of 2012/2013 in the states of Tocantins, Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, and Rio Grande do Sul. A total of 127 alleles were found distributed among the eight loci in seventeen populations, with a total of 426 individuals. The loci were highly polymorphic, with average of 15,87 alleles. The expected heterozygosity (HE) and observed (HO) were 0,579 and 0,350, respectively. A lower total number of alleles (35) was found in population of Morrinhos, as opposed to Formoso do Araguaia which has the largest (62). The same way, the smallest and the largest average number of alleles per locus (Am) were observed in these populations (4,38 and 7,75). The population from the Formoso do Araguaia showed the highest value for the allelic richness (6,82). In all populations, the observed heterozygosity (HO) was lower than expected (HE). The average polymorphic information content (PIC) in populations of D. saccharalis was 0,530. The intrapopulational fixation indexes (f) estimated for each population showed positive values and significantly different from zero with a average value of 0,403. The coefficient of inbreeding species was 0,399. The estimates FIT and FST (θ) values were 0,437 and 0,062 respectively. These global estimates indicated that there is genetic structure among these populations. Despite global estimates had indicated genetic structure, the structuring (θ) among of populations of the sugarcane was not significant; in contrast with the populations of the rice which showed θ values significant. There was a significant correlation between genetic and geographic distances estimated using the Mantel’s test (r=0,76; p= 0,0033), in which there is an increase in pattern of genetic distance with the increase of geographic distance in cluster analysis and population structures observed with the formation of the two groups of populations. The first was formed by populations from the state of Goiás and the second was composed of populations of Mato Grosso, Mato Grosso do Sul and Rio Grande do Sul. The population of Formoso do Araguaia sampled in rice showed in an intermediate position to the two groups formed. These results indicate that the genetic diversity of D. saccharalis is structured in space and the plant-host, in this study, did not have a key role in the process of genetic divergence populations. / A mudança na composição das plantas-hospedeiras na paisagem agrícola pode gerar seleção divergente suficiente para permitir a adaptação ecológica que leva a especialização e subsequentemente à especiação de espécie de insetos. O objetivo deste estudo foi determinar a diversidade e estruturação genética de populações de Diatraea saccharalis (Fabricius, 1794) (Lepidoptera: Crambidae), coletadas em duas culturas hospedeiras, utilizando marcadores microssatélites. As amostras de lagartas foram coletadas em plantas de arroz e cana-de-açúcar em diferentes áreas de cultivo durante a safra 2012/2013, nos Estados de Tocantins, Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul e Rio Grande do Sul. No total, foram encontrados 127 alelos distribuídos entre oito locos em dezessete populações com um total de 426 indivíduos. Os locos foram polimórficos, com média de 15,87 alelos. Os valores de heterozigosidade média esperada (HE) e observada (HO) para os locos foram de 0,579 e 0,350, respectivamente. Um menor número de alelos (35) foi encontrado na população Morrinhos, em contraposição à população de Formoso do Araguaia que apresentou o maior (62). Da mesma forma, o maior e o menor número médio de alelos por locos (Am) foram observados nestas populações (7,75 e 4.38). A população oriunda de Formoso do Araguaia apresentou o maior valor médio para a riqueza alélica (6,82). A média do conteúdo de informação polimórfica (PIC) nas populações de D. saccharalis foi de 0,530. Os índices de fixação intrapopulacional (f) apresentaram valores positivos e significativamente diferentes de zero com valor médio de 0,403. O coeficiente de endogamia da espécie foi de 0,399. Os valores de FIT e FST (θ) estimados foram respectivamente 0,437 e 0,062. Estas estimativas globais indicaram que há estruturação genética entre estas populações. Apesar das estimativas globais terem indicado estruturação genética, a estruturação entre as populações (θ) em cana-de-açúcar não foi significativa, ao contrário das populações em arroz as quais os valores de θ foram significativos. Houve correlação significativa entre as distâncias genéticas e geográficas estimadas por meio do teste de Mantel (r=0,76; p= 0,0033) indicando um padrão de aumento da distância genética com o aumento da distância geográfica. Na análise de agrupamento e estruturação populacional, formaram-se dois grupos. O primeiro formado por populações oriundas do Estado de Goiás e o segundo composto pelas populações de Mato Grosso, Mato Grosso do Sul e Rio Grande do Sul. A população de Formoso do Araguaia, amostrada na cultura do arroz apresentou-se em uma posição intermediária aos dois grupos formados. Estes resultados indicam que a diversidade genética de D. saccharalis está estruturada no espaço e que a planta-hospedeira, neste estudo, não teve um papel fundamental no processo de divergência genética de populações.

Made available in DSpace on 2015-04-11T13:55:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Wanderleia Goncalves Ribeiro.pdf: 2671517 bytes, checksum: 05eb8fe34a413f7c6e4ed8a366450e51 (MD5) Previous issue date: 2012-07-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Studies on genetic diversity are an important tool for the use and conservation of plant genetic resources. One of the main reasons for the limited use of new germplasm is the lack of adequate documentation, characterization and evaluation of the material. Using this argument the objective of this study was to characterize morphological subsamples of snake gourd (Trichosanthes cucumerina L.), as well as develop a list of descriptors for the species and determine the genetic divergence among subsamples. The subsamples were collected in seven cities of Amazonas state Parintins (PIN I), Urucará (URU), Apuí (APU), Urucurituba (UTB), Itacoatiara (ITA), Manaus (MAO) and Iranduba (Ilha da Marchantaria - IMI), and one city of Pará state Terra Santa (TSA). Parintins was the only subsample that provided two subsamples (PIN II). The establishment of morphological characteristics that define the descriptors and the proposed methodology was made using lists for others cucurbits and adapted for the characteristics of snake gourd. Genetic variability was verified by multivariate analysis techniques expressing the multiples information in measures of similarity, thus the subsamples were grouped by the hierarchical method of average distances called UPGMA and graphic dispersion made by the method of principal coordinates analysis (PCO). The characterization of subsamples allowed establishing a list of 39 descriptors for Trichosanthes cucumerina referring to the flower, fruit and seed. The list was divided into characteristics (descriptors), classes, ranges and codes. The descriptors that exhibited the greatest variation were immature fruit color and shape of the ripe fruit, and the descriptors that not varied were number of flowers per raceme and shape of the seed. Analyze of genetic variability selected 14 descriptors that showed greater variation. The subsamples were more divergent APU and URU, and more similar were UTB and PIN I. The information from UPGMA and PCO showed the same results indicating no relationship between geographic distance and phenotypic similarity of snake gourd subsamples. The characterization and analysis of genetic variability indicated the existence of variability among the accessions evaluated of Trichosanthes cucumerina. / Os estudos sobre diversidade genética são uma importante ferramenta para o uso e conservação dos recursos genéticos vegetais. Uma das principais razões para a pouca utilização de novos germoplasmas é a falta de adequada documentação, caracterização e avaliação do material. Apoiado neste argumento, o objetivo deste estudo foi caracterizar morfologicamente subamostras de quiabo-de-metro (Trichosantes cucumerina L.), assim como elaborar uma lista de descritores morfológicos para a espécie e verificar a divergência genética entre as subamostras. As subamostras foram adquiridas nos municípios amazonenses de Parintins (PIN I), Urucará (URU), Apuí (APU), Urucurituba (UTB), Itacoatiara (ITA), Manaus (MAO) e Iranduba (Ilha da Marchantaria - IMI), e no município paraense de Terra Santa (TSA), sendo que apenas Parintins forneceu duas subamostras (PIN II). O estabelecimento das características morfológicas que definiram os descritores e da metodologia proposta foi feito a partir da consulta em listas para espécies pertencentes às cucurbitáceas e adaptadas de acordo com as características da planta de quiabo-de-metro. A variabilidade genética foi verificada através de técnicas de análises multivariadas, onde as informações múltiplas foram expressas em medidas de similaridade, a partir das quais as subamostras foram agrupados pelo método hierárquico das médias das distâncias, conhecido como UPGMA, e a dispersão gráfica feita pelo método da análise de coordenadas principais (PCO). Após a caracterização das subamostras, foi aperfeiçoada e estabelecida uma lista com 39 descritores para a espécie Trichosanthes cucumerina referentes à flor, fruto e semente. A lista foi dividida em características (descritores), classes, intervalos e códigos. Dos 39 descritores avaliados, os que apresentaram maior variação foram cor do fruto imaturo e formato do fruto maduro. Entre os descritores que não variaram ficaram número de flores por racimo e formato da semente. Para análise da variabilidade genética foram selecionados os 14 descritores que mais variaram. As subamostras mais divergentes foram APU e URU, e as mais similares foram UTB e PIN I. As informações geradas pelo UPGMA e PCO apresentaram os mesmos resultados, indicando que não há relação entre distância geográfica e similaridade fenotípica dos subamostras de quiabo-de-metro. A caracterização e a análise da variabilidade genética indicaram a existência de variabilidade entre as subamostras avaliadas de Trichosanthes cucumerina.

nÃo hà / A variabilidade genÃtica do HIV-1 à reconhecida como um problema em potencial para o diagnÃstico e tratamento do HIV/AIDS, assim como para a transmissÃo, progressÃo da doenÃa e desenvolvimento de vacinas globalmente efetivas, o que torna importante o monitoramento da distribuiÃÃo global dos diferentes subtipos de HIV-1 e formas recombinantes circulantes (CRFs) no Brasil. O presente trabalho teve como objetivo descrever a prevalÃncia dos subtipos do HIV-1 circulantes no Estado do Piauà e o perfil de resistÃncia das cepas identificadas aos ARV, assim como verificar possÃveis associaÃÃes entre os subtipos virais e as informaÃÃes epidemiolÃgicas e laboratoriais da populaÃÃo estudada. As amostras de sangue de 60 pacientes portadores do HIV-1/AIDS foram coletadas no LaboratÃrio Central de SaÃde PÃblica da cidade de Teresina/PI, no perÃodo de maio a abril de 2009. ApÃs a extraÃÃo do DNA proviral, foi realizada a tÃcnica de Nested PCR, para amplificaÃÃo de duas regiÃes genÃmicas (pro e tr), sendo 37 amostras seqÃenciadas posteriormente. Em relaÃÃo à anÃlise do segmento do gene pro, 32 (86,5%) foram do subtipo B e 2 (5,4%) do subtipo D, jà em relaÃÃo ao segmento do gene da tr, todas amostras pertenceram ao subtipo B (20). Na anÃlise estatÃstica foram encontradas associaÃÃes significantes (p < 0,05) entre os subtipos virais com usuÃrios de drogas endovenosas, transfusÃo sanguÃnea e DST. AlÃm disso, verificou-se uma baixa prevalÃncia de cepas com mutaÃÃes resistentes aos inibidores de protease (IP) (2,9%; 1/34), inibidores de transcriptase reversa nucleosÃdicos (ITRN) (15%; 3/20) e nÃo nucleosÃdicos (ITRNN) (10%; 2/20), sugerindo que hà baixa circulaÃÃo de cepas do HIV-1 resistentes aos ARV no estado do PiauÃ. / HIV-1 genetic variability is a wellkown problem that makes diagnosis and treatment difficult to manage. Also, this variability is a problem for trasmission, disease progression and for the development of vaccines, being important to know the subtypes presented in each population worldwilde and in Brazil to provide more effective treatment. The present study have the aim to describe the subtype prevalent in Piauà state, the resistance profile of thouse to antiviral treatment, laboratory exams and the epidemiologic point of view of HIV-1 in PiauÃ. Samples of blood from 60 patients (HIV-1 positive) were colect at Central Public Laboratory in Teresina/PI, from maio to april 2009. Proviral DNA were isolated and Nested PCR were performed for two genomic regions (pro e tr), being sequenced 37 samples. Analysis to the segment for gene pro, 32 (86,5%) were subtype B and 2 (5,4%) subtype D. For tr segment all samples were subtype B (20). Statistics analysis found a significant association between vÃrus subtype and drug users, blood transfusion and STD (p < 0,05). Furthermore, the study reveal that even with two subtypes of HIV-1 detected (B e D), a low prevalence of drug resistance was observed to the protease inhibitors (PI) (2,9%; 1/34), nucleosidic reverse transcriptase inhibitor (NRTI) (15%; 3/20) and non nucleosidic (NNRTI) (10%; 2/20).

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T14:03:13Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Gabriella Queiroz de Almeida - 2015.pdf: 4102376 bytes, checksum: bb3f5b9209a4e57ae49a1ae2383e6652 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T14:03:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Gabriella Queiroz de Almeida - 2015.pdf: 4102376 bytes, checksum: bb3f5b9209a4e57ae49a1ae2383e6652 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T14:03:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Gabriella Queiroz de Almeida - 2015.pdf: 4102376 bytes, checksum: bb3f5b9209a4e57ae49a1ae2383e6652 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-08-28 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / This study aimed to characterize the Mangaba (Hancornia speciosa Gomes) Germplasm Collection owned by the Universidade Federal de Goiás, by measuring 40 morpho-agronomic characters. The collection was designed in randomized blocks with 57 treatments (progenies) and four replications, totaling 192 individual accesses, which represent 29 natural populations and four botanical varieties. The variance components estimation was done using random model, and REML procedure, considering the effects of botanical varieties, populations within varieties, progenies within populations and individuals within progenies. Considering 40 morpho-agronomic characters, it was observed that there is significant genetic variability in seven characters among the progenies, 24 characters among the populations and 18 characters among botanical varieties. In addition, individual heritability was higher than 50% in 21 of them. The highest percentual individual selection gain was estimated for the character number of fruits produced by each plant. Significant correlation in some biometric characters between young and adult plants was noticed, including their productivity, which suggests the possibility of early selection. Among the 55 genetic correlations among the agronomic characters, 25 were significative. The fruit production peak occurred between June and October, H. speciosa var. cuyabensis being the most productive one. Multivariate analyses results showed that H. speciosa var. speciosa is the most genetically different in comparison with the others. The characters suggested as minimum quantitative descriptors for the Mangaba tree were: leaf length and width, petiole length and diameter, length between the knot, corolla diameter, flower peduncle diameter, fruit length and diameter, number of fruits, plant height and first branching height / Objetivou-se neste estudo caracterizar a Coleção de Germoplasma de Mangabeira (Hancornia speciosa Gomes) da Universidade Federal de Goiás, mediante medições de 40 caracteres morfoagronômicos. A coleção está implantada em delineamento em blocos casualizados com 57 tratamentos (progênies), com quatro repetições, totalizando 192 acessos individuais, que representam 29 populações naturais e quatro variedades botânicas. A estimativa dos componentes de variância foi realizada utilizando modelo aleatório pelo método REML, considerando os efeitos de variedades botânicas, populações dentro de variedades, progênies dentro de populações e indivíduos dentro de progênies. Dos 40 caracteres morfoagronômicos avaliados constatou-se que existe variabilidade genética significativa entre progênies para sete destes caracteres, para 24 caracteres entre populações e 18 caracteres entre variedades botânicas. Foi detectada herdabilidade individual acima de 50% para 21 dos caracteres avaliados. O maior ganho de seleção percentual em nível de indivíduos foi estimado para o número de frutos por planta. Foi constatada correlação significativa para alguns caracteres biométricos de plantas jovens com as plantas adultas, como a produção, sugerindo a possibilidade de seleção precoce. Das 55 correlações genéticas entre os caracteres agronômicos, 25 foram significativas. A maior produção de frutos ocorreu de junho a outubro, com destaque para a H. speciosa var. cuyabensis. Os resultados de análises multivariadas demonstraram que H. speciosa var. speciosa é a que mais se distancia das demais. Os caracteres sugeridos como descritores quantitativos mínimos foram: comprimento e largura foliar, comprimento e diâmetro do pecíolo, comprimento do entre nó, diâmetro da corola, diâmetro do pedúnculo floral, comprimento e diâmetro do fruto, número de frutos, altura da planta e altura da primeira ramificação.