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Caracterização sorológica, molecular e patogênica de isolados de Xanthomonas albilineans (Ashby) Dowson agente causal da escaldadura da cana-de-açúcar / Sorologica, molecular and pathogenic characterization of isolates of Xanthomonas albilineans (Ashby) Dowson causal agent of the escaldadura of the sugarcane.Silva, Mariana de Souza e 02 February 2006 (has links)
A escaldadura das folhas, causada por Xanthomonas albilineans, é uma importante doença da cana-de-açúcar, a qual interfere no rendimento e na longevidade de plantas infectadas. A intensidade de doença é variável, especialmente em relação a fatores climáticos e variedades cultivadas. A quantificação de danos é difícil de ser feita através de observações de plantas no campo. O uso de variedades resistentes tem sido eficiente para controle da doença, mas a diversidade do patógeno pode promover a quebra desta resistência. Em campos comerciais localizados no Estado de São Paulo, tem sido observado que a mesma variedade de cana é resistente à escaldadura em uma região, mas suscetível em outra. Este tipo de comportamento tem sugerido a ocorrência de variantes de X. albilineans que podem ser responsáveis pela quebra da resistência das variedades cultivadas. Seria relevante determinar a ocorrência de variabilidade para este patógeno dentro do estado de São Paulo, pois esta informação seria útil para indicação de variedades para as diferentes regiões e para orientar programas de melhoramento visando a obtenção de variedades resistentes. Com base nestas considerações, o objetivo do presente estudo foi investigar a diversidade genética de isolados coletados em áreas comerciais, usando técnicas moleculares como PCR, rep-PCR, RFLP e testes de patogenicidade. Os resultados mostraram que todos os isolados de plantas que exibiam sintomas de escaldadura eram pertencentes à espécie X. albilineans. Ainda, foi possível determinar a ocorrência de diversidade genética e variabilidade patogênica entre os isolados amostrados nas diferentes regiões. Os resultados obtidos no presente trabalho podem contribuir para novas investigações visando confirmar a associação da quebra da resistência de variedades com a variabilidade do patógeno. / Leaf scald, caused by Xanthomonas albilineans, is an important disease of sugarcane, That can interfere on the yield and longevity of infected plants. The disease intensity is variable, especially according to climate factors and cultivated varieties, and the damage quantification is very difficult through observation of plants in the field. Resistant varieties has been efficient to disease control, but the pathogen diversity can promote the breakdow of resistance. In commercial fields located in São Paulo State has been observed that the same sugarcane variety is resistant to leaf scald in a region, but susceptible in another one. This kind of behavior has suggested the occurrence of strains of X. albilineans that can be responsible for the breakdow of resistance of the cultivated varieties. It would be relevant to determinate pothogen variability in São Paulo State, because that information would be useful to indicate varieties for different regions and to guide breeding programs to obtain resistant varieties. Based upon the above points, the objective of the present study was to investigate the genetic diversity of bacterial isolates collected in commercial areas, using molecular techniques as PCR, rep-PCR, RFLP, and pathogenicity assays. The results showed that all isolates from plants exhibiting typical leaf scald symptoms belonged to species X. albilineans. It was also possible to determinate the occurrence of genetic diversity and pathogenic variability among the isolates sampled in the distinct regions. Thus, the results obtained in the present study can contribute to new investigations to confirm the association of the breakdow of resistance with the variability of the pathogen.
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Diversidade genética de etnovariedade de mandioca (Manihot esculenta Crantz) em áreas de Cerrado no Estado do Mato Grosso do Sul e de variedades comerciais por meio de marcadores microssatélites / Genetic diversity of cassava (Manihot esculenta Crantz) landraces in Cerrado areas in Mato Grosso do Sul State and commercial varieties with microsatellites markersSiqueira, Marcos Vinicius Bohrer Monteiro 28 February 2008 (has links)
O estudo de etnovariedades de mandioca (Manihot esculenta Crantz), originárias de diferentes regiões do Brasil, com marcadores microssatélites, permite obter informações sobre a diversidade genética e a distribuição desta diversidade em roças, comunidades e regiões geográficas. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genética de 83 etnovariedades de mandioca cultivadas em áreas de cerrado do Estado do Mato Grosso do Sul (MS) e de 20 variedades comerciais usadas na região Centro-sul do Brasil. A partir de nove locos de microssatélites, avaliou-se o nível e a distribuição da diversidade genética entre e dentro de 21 roças de agricultura tradicional na área de estudo, e de um grupo de 20 variedades comerciais (9 de mesa e 11 industriais). Elevada variabilidade genética para as etnovariedades de mandioca no cerrado sulmatogrossense foi detectada. Todos os locos mostraram-se polimórficos, com um número médio de 7,55 alelos/loco. O número médio de alelos por loco/roça foi 2,55/roça, sendo que 10 roças apresentaram 100% de polimorfismo. Observou-se menor valor para a heterozigosidade média observada ( o H = 0,31) em relação à diversidade gênica média ( e H = 0,51), sendo esses valores de heterozigosidade considerados elevados. À semelhança de outros estudos realizados com mandioca, a maior parte da variabilidade genética concentrou-se dentro de roças (HS = 0,551). No entanto, ao contrário de outros estudos, esta encontrou-se estruturada no espaço, tendo-se observado correlação relativamente alta (r = 0,45) e significativa (p<0,035) entre distâncias genéticas médias e distâncias geográficas entre municípios. Ambas as análises de agrupamento para etnovariedades e para roças, bem como o gráfico de dispersão a partir da análise de componentes principais, indicaram a separação dos municípios de Costa Rica e Cassilândia dos demais municípios. Conclui-se que a grande variabilidade e a estruturação espacial observada podem estar relacionadas, entre outros, ao processo de colonização da região, envolvendo diferentes rotas migratórias populacionais a que os municípios da região foram submetidos. Os resultados para as variedades comerciais revelaram grande polimorfismo (100%) e grande variabilidade genética dentro dos dois grupos (mesa e industrial). Observou-se grande amplitude para o índice de similaridade de Jaccard (variando de 0,29 a 0,82) o que também demonstra a grande variabilidade dos genótipos avaliados e a baixa vulnerabilidade genética dos materiais atualmente sob cultivo na região Centro-sul do Brasil. Genótipos contrastantes para uso como parentais em programas de melhoramento foram detectados. Comparando-se os dois grupos, as variedades de mesa mostraram-se mais divergentes entre si. Houve ainda uma tendência à separação das variedades industriais das de mesa. / Studies with cassava (Manihot esculenta Crantz) landraces, originated from different regions in Brazil, using microsatellite markers, allows the estimation of genetic diversity and the distribution of this diversity within and among households, geographic communities and regions. The objective of this study was to characterize the genetic diversity of 83 cassava landraces from the State of Mato Grosso do Sul (MS), cultivated in areas of Cerrado ecosystem, and of 20 commercial varieties used in the Center-south region of Brazil. The genetic diversity of the landraces and its distribution among and within 21 households in the study area, as well as of 20 commercial varieties (11 industrial and nine home consumption varieties) were evaluated using nine microsatellite loci. Results showed a high genetic variability for the cerrado cassava ethnovarieties of MS. All loci were polymorphic, with an average number of 7.55 alleles/locus. The average number of alleles per locus/household was 2.55, whereas 10 households presented 100% polymorphism. A lower value was found for the average observed heterozygosity ( o H = 0.31) in relation to the average gene diversity ( e H = 0.51), although these are considered high heterozygosity values. In agreement to other studies with cassava, most of the genetic diversity was concentrated within households (HS = 0.551). However, on the contrary to other studies, this genetic diversity was found to be structured in space, showing a relatively high (r = 0.45) and significant (p<0.035) correlation between mean genetic distances and geographic distances between municipalities. Both the cluster analyses conducted for the 83 ethnovarieties and for the 21 households, and the scatter graph obtained from the principal component analysis, pointed to the separation of the municipalities of Costa Rica and Cassilândia from the other municipalities. It was concluded that the high variability and space structuring observed can be related, among other factors, to the settling process in the region, involving different migratory population routes to which these municipalities were submitted. Results showed a high polymorphism for the commercial varieties (100%) and high genetic variability between the two groups (home consumption and industrial varieties). A wide range for the Jaccard´s similarity index (varying from 0.29 to 0.82) was observed demonstrating the high variability of the genotypes analyzed and the low genetic vulnerability of the planting materials currently under cultivation in the Centersouth region of Brazil. Contrasting genotypes used as parents in plant breeding programs were detected. In comparison, home consumption varieties were more divergent among themselves. A tendency was also noticed towards the separation of industrial and home consumption varieties.
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Morfološka i genetička raznovrsnost vrsta Carassius auratus sa teritorije Vojvodine i peripanonske oblasti / Morphological and genetic diversity of species Carassius auratuscomplex from the territory of Vojvodina and peri-Pannonian regionBolić Trivunović Violeta 29 August 2016 (has links)
<p>Prema novijim istraživanjima, kompleks Carassius auratusčini najmanje pet vrsta roda Carassius: Carassius carassius, Carassius auratus, Carassius langsdorfii, Carassius cuvieri i Carassius gibelio. Vrste ovog roda su morfološki veoma slične i nemoguće ih je razlikovati na osnovu uobičajenih morfoloških karaktera, te su ranije sve determinisane kao Carassius auratus gibelio ili Carassius gibelio. Jedina vrsta koja se značajnije razlikuje je Carassius carassius. Smara se da su vrste ovog kompleksa unesene u Evropu iz Azije u 17. veku.</p><p>Najveći broj predstavnika kompleksa C. auratus je na teritoriji Evrope proteklih pedesetak godina determinisan je kao vrsta Carassius gibelio(C. auratus gibelio) (Bloch, 1783) (srebrni karaš ili babuška). S obzirom da su pripadnici ovog kompleksa registrovani u većini vodotokova Evrope, smatraju se najuspešnijom invazivnom grupom slatkovodnih riba. Zbog svojih bioloških odlika (brz rast, različiti vidovi razmnožavanja, izuzetna otpornost na nepovoljne uslove) ove vrste veoma brzo postaju kompetitivne autohtonoj ihtiofauni za hranu i stanište i neretko imaju izuzetno negativan uticaj na celokupan ekosistem koji nasele.</p><p>U ovoj disertaciji prvi put je izvršena identifikacija vrsta kompleksa Carassius auratus na teritoriji Vojvodine i peripanonske oblasti primenom specifičnih genetičkih markera (dela sekvence cytb gena). Primenom linearne i geometrijske morfometrije ispitivana je morfološka varijabilnost različitih morfoloških celina (celo telo, kosti glavenog skeleta, cleithrum-a i krljušti) jedinki unutar kompleksa Carassius auratusizmeđu različitih lokaliteta sa različitim ekološkim uslovima (prisustvo predatora i protok), dok je primenom savremenih statističkih i matematičkih metoda (multi-modelne analize) analizirana dinamika rasta recentnih, kao i ranoinvazivnih populacija.</p><p>Metaanalizom dostupnih podataka utvrđena je veoma široka zastupljenost populacija vrsta kompleksa C. auratus na teritoriji Srbije. Beležene populacije su uglavnom pokazivale srednju do visoku zastupljenost (20-40%) u ukupnoj ihtiofauni uz uočljivo povećanje brojnosti u funkciji vremena. Na nekim lokalitetima se u nekoliko uzastopnih studija registruju veoma brojne popu-lacije vrsta ovog kompleksa (40-100% u ukupnom ulovu).</p><p>Za potrebe molekularno- taksonomskih analiza i analiza morfološke varijabilnosti recentnih populacija uzorkovano je 280 jedinki u periodu 2012 – 2014.godine sa 14 različitih lokaliteta u Vojvodini i peripanonskoj oblasti. Sve jedinke u uzorku su prvo fotografisane za potrebe analiza linearne i geometrijske morfometrije, uzet je uzorak repnog peraja za dalje genetičke analize, a nakon toga su izvršena sva neophodna merenja morfometrijskih i merističkih karaktera radi ana-lize varijabilnosti među populacijama. Populaciono-genetičkim analizama sekvenci dela cytb gena utvrđeno je da su sve ispitivane jedinke pripadale vrsti Carassius gibelio I. Zbog biološkog stanja uzoraka, determinacija je bila moguća za samo 52 jedinki sa 11 lokaliteta te se ne bi smela isključiti mogućnost postojanja još nekih vrsta kompleksa C. auratus, kao što su C. auratus i C. langsdorfi koje su prema navodima drugih autora beležene na teritorijama susednih zemalja.</p><p>Primenom linearne i geometrijske morfometrijske analize ustanovljena je izražena fenoti-pska varijabilnost u obliku tela i odabranih elemenata skeletnog sistema između riba sa različitih lokaliteta. Utvrđeno je odsustvo polnog dimorfizma. Najveću varijabilnost od svih morfoloških parametara pokazala je vrednost za visinu tela, i veličinu glave, dok su kod kostiju najviše varirale vrednosti za os pharyngii na kojoj su ždrelni zubi - dentes pharyngii.</p><p>Prisustvo predatora i protok vode na ispitivanim lokalitetima su ispoljili uticaj na morfološku varijabilnost riba. Prisustvo predatora je uslovilo pojavu karakterističnog fenotipa riba sa visokim telom koje omogućava lakše izbegavanje predatora.</p><p>Za analizu mofološke varijabilnosti ranih invazivnih populacija vrsta kompleksa C. auratus korišćeni su podaci za 524 jedinke (prilikom izlova determinisane kao C. auratus gibelio) sa tri lokaliteta u Vojvodini iz perioda 1983 – 1985. godine. Lokaliteti su izabrani prema različitom načinu invazije vrsta kompleksa C. auratus. Analizama linearne morfometije i modela rasta ut-vrđeno je da su se lokaliteti na kojima su bile zastupljene namerne antropogene introdukcije nepoznatog porekla odlikovali mnogo većom morfološkom varijabilnošću od lokaliteta u koje su jedinke dospele prirodnim putevima invazije izvećih vodotokova.</p><p>Analizama životne istorije i dinamike rasta na 395 jedinki vrsta kompleksa C. auratus (pri-likom uzorkovanja determinisanih kao C. gibelio) kao invazivne grupe riba i 429 jedinki bodorke kao predstavnika autohtone ihtiofaune u periodu između 1991. i 1999. godine na akumulacijama Međuvršje i Gruža utvrđene su razlike između različitih tipova staništa. Nezavisno od vrste, utvrđeno je da jedinke koje žive u sporim i plitkim staništima su krupnije i dostižu veće asimptotske dužine od individua koje nastanjuju brže i uže vodotokove.</p><p>Ovaj rad je među prvim koji primenjuje multi-modelnu analizu u modelovanju rasta slat-kovodnih riba. Rezultati su pokazali da se ova metoda može implementirati i na invazivne vrste riba kako bi se bolje procenio njihov uticaj na autohtonu faunu i eventualno razvile uspešnije strategije upravljanja i kontrole njihovih populacija.</p> / <p>According to recent researches,<em> Carassius auratus</em> complex includes at least five <em>Carassius</em> species: <em>Carassius carassius, Carassius auratus, Carassius</em> langsdorfii, <em>Carassius cuvieri</em> and<em> Carassius gibelio</em>. These species are morphologically very similar and it is impossible to differentiate them on the basis of common morphological characters, so they all used to be classified as<em> Carassius auratus gibelio</em> or <em>Carassi</em>us <em>gibelio</em>. The only species that is significantly different is Carassius carassius. It is believed that the species of this complex were brought to Europe from Asia in the 17th century.</p><p>Over the last fifty years most of the members of C. auratus complex in Europe were classified as Carassius gibelio (<em>C. auratus gibelio</em>) (Bloch, 1783) (Silver carp or Gibel carp). Since the members of this complex have been registered in most European watercourses, they are considered to be the most successful invasive group of freshwater fish. Thanks to their biological characteristics (fast growth, different types of reproduction, remarkable resistance to unfavourable conditions) these species quickly become competitive to indigenous ichthyofauna in respect of food and habitat and they often have very negative impact on the entire ecosystem they inhabit.</p><p>This dissertation identifies the species that belong to the<em> </em>Carassius auratus complex in /Vojvodina and peri-Pannonian region using specific genetic markers (ctyb gene sequence). Using linear and geometric morphometrics, we examined morphological variability of different morphological parts (whole body, skull bones, cleithrum and scales) of the members of<em> Carassius auratus</em> complex, in different localities with different ecological conditions (presence of predators and water flow). Modern statistics and mathematical methods (multi-model analysis) were used in the analysis of growth dynamics of both recent and early invasive populations.</p><p>Meta-analyses of the available data have shown that there is a wide population of C. auratuscomplex species in Serbia. The examined populations showed medium to high occurrence (20- 40%) in the entire ichthyofauna, with evident growth over time. A few consecutive studies have registered very large populations of the species of this complex in several localities (40-100% of total catch).</p><p>For the purpose of molecular-taxonomic analyses and the analysis of morphological variability of recent populations, we used a sample of 280 units taken in 14 different localities in Vojvodina and peri-Pannonian region in the period from 2012 to 2014. All the units in the sample were first photographed for the purpose of linear and geometric morphometrics, samples of tail fins were taken for further genetic analysis, and then all the necessary evaluations of morphometric and meristic characters were made, as well as the analysis of variability among populations.<br />Population genetic analysis with the application of a genetic marker (cytb gene) has shownthat all the examined units belong to<em> Carassius gibelio</em> species. Due to the biological state of the samples, the determination was possible for only 52 units from 11 localities, so it not impossible that some other species of C. auratus complex such as C. auratus and C. langsdorficould also be found in this region as they have been registered on the territories of the neighbouring countries, as reported by some authors.</p><p><br />Linear and geometric morphometric analysis has shown significant phenotype variability in body shape and selected elements of the skeletal system. It has also proved the absence of sexual dimorphism and showed that locality had a major impact on the variability.</p><p>The largest variability was recorded in terms of body height and head size, while the most variable values with the bones were those referring to os pharyngii with pharyngeal teeth.</p><p>Morphological variability of fish also depended on the presence of predators and the water flow in the examined localities. The presence of predators causes a characteristic phenotype of fish with tall body which enables them to avoid predators more easily.</p><p>In the analysis of morphological variability of early invasive populations of the species of C. auratus complex we used data for 524 units (classified as C. auratusgibelio during the catch) from three localities in Vojvodina in the period from 1983 to 1985. The localities were chosen according to different ways of invasion of the species of C. auratus complex. Linear morphometrics and growth model analyses have shown that the localities with deliberate anthropogenic introduction of unknown origin were characterized with greater variability than the localities populated by natural invasion from larger watercourses.</p><p>The analyses of life history and growth dynamics in 395 members of the species of C. auratuscomplex (classified as C. gibelio during the sampling) as an invasive group of fish, and 429 units of the roach as the representative of the indigenous ichthyofauna in the artificial lakes of Međuvršje and Gruža in the period from 1991 to 1999, have established differences among different types of habitats. Regardless of species, the fish that live in slow and shallow habitats are larger and they reach greater asymptotic length than those living in faster and narrower watercourses.</p><p>This study is among the first ones to apply multi-model analyses in modeling freshwater fish growth. The results have shown that this method can be implemented in studying invasive fish species in order to make a better estimation of their influence on indigenous fauna and possibly develop more successful strategies of managing and controlling their populations.</p>
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AVALIAÇÃO DA TOLERÂNCIA AO ALUMÍNIO ATRAVÉS DA SOLUÇÃO MÍNIMA EM DIFERENTES GERMOPLASMAS DE MILHO.Coelho, Caroline de Jesus 31 August 2011 (has links)
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Previous issue date: 2011-08-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The aluminum toxicity has limited the potential yield in most crops, especially damage caused by the root system as inhibiting the growth, elongation and absorption of nutrients. The objectives were to standardize the concentration of aluminum and exposure of the roots of seedlings in minimal solution (Ca2+ + Al3+) and subsequently characterize the genetic variability of tolerance to the element in different germplasm (hybrids and landraces). The experiments of the approach of minimal solution in DBC were implanted with three replications. The treatments were arranged in a split plot where the plot studied the effect of doses of Al3+ (0, 2, 4 and 6 mg L-1) and the subplot effect of hybrids, which were exposed for a period of 96 h (1 and 2 experiments) and 48 h (experiment 3). The variables analyzed were the DIF1 (root net growth), DIF2 (root final growth) and their relative differences (DIFR1 and DIFR2). The variables analyzed were effective for assessing the tolerance / sensitivity to aluminum in minimal solution. The results revealed dramatic decline in root growth of all the hybrids with increasing doses of Al3+, based on the square root regression model. The starting dose of 4 mg L-1 the damage is so pronounced that virtually paralyzed the root growth when exposed for 96 h. On the other hand, when the hybrids were exposed for 48 h and the differences in tolerance or sensitivity were seen. In this sense, we standardized for the other experiments (characterization of germplasm), the minimal solution containing 4 mg L-1 + Al3+ + 40 mg L-1 Ca2+ implanted in the DBC with three replications. Germplasm in hybrid maize were carried out two experiments (48 and 96 h of exposure) with a total of 52 hybrids and germplasm experiment with landraces, with 54 treatments: 50 landraces + 4 hybrid control (48 h exposure). The genotypes were evaluated for the same variables as well as classified for the tolerance on the aluminum (ITRAl). Germplasm in hybrid, the analysis showed genetic variability for tolerance or sensitivity to, and Al+3. In general, the exposure period of 96 h significantly reduced the growth / root regrowth. The majority of the hybrids (35) showed a reduction in the value of ITRAl due to the increase of the exposure period, while 15 hybrids responded with an increase in this index. The evaluation of landraces showed very high values of growth / root regrowth as well as a predominance of genotypes (50%) classified as ITRAl ≥ 4, are considered excellent sources of aluminum tolerance. Featured very positive for the landrace Dente de Ouro 2 that showed a value of more than control ITRAl tolerant H 44. Estimates of genetic parameters in two maize germplasm showed high levels of genetic variance and heritability coefficients. These indices indicate very favorable conditions for development and selection of populations improved with increase in frequency of alleles of aluminum tolerance. / A toxidez pelo alumínio tem limitado o potencial de rendimento de grãos na maioria das culturas, principalmente pelos danos ocasionados no sistema radicular como: inibição do crescimento, da elongação e da absorção dos nutrientes. Os objetivos foram padronizar a concentração de alumínio e o tempo de exposição das raízes de plântulas em solução mínima (Al3+ + Ca2+) e posteriormente caracterizar a variabilidade genética para tolerância ao elemento em diferentes germoplasmas (híbridos e variedades crioulas). Os experimentos de adequação da metodologia de solução mínima foram implantados no DBC com três repetições. Os tratamentos foram arranjados em esquema de parcela subdividida, onde na parcela estudou-se o efeito de doses de Al3+ (0, 2, 4 e 6 mg L-1) e na subparcela o efeito de híbridos, que foram expostos por período de 96 h (1° e 2° experimentos) e de 48 h (3° experimento). As variáveis analisadas foram o DIF1 (crescimento radicular líquido), DIF2 (crescimento radicular final) e as respectivas diferenças relativas (DIFR1 e DIFR2). As variáveis analisadas foram eficientes para a avaliação da tolerância/sensibilidade ao alumínio em solução mínima. Os resultados revelaram queda drástica no crescimento radicular de todos os híbridos avaliados com o aumento das doses de Al3+, baseados no modelo de regressão raiz quadrada. A partir da dose 4 mg L-1 os danos são tão acentuados que praticamente paralisaram o crescimento radicular quando expostos por 96 h. Por outro lado, quando os híbridos foram expostos por 48 h as diferenças de tolerância e ou sensibilidade foram visualizadas. Neste sentido, padronizou-se para os demais experimentos (caracterização de germoplasma), a solução mínima contendo 4 mg L-1 de Al3+ + 40 mg L-1 de Ca2+ implantados no DBC com três repetições. No germoplasma de milho híbrido foram realizados dois experimentos (48 e 96 h de exposição) com total de 52 híbridos e um experimento com germoplasma crioulo, com 54 tratamentos: 50 variedades crioulas + 4 híbridos testemunhas (48 h exposição). Os diferentes genótipos foram avaliados para as mesmas variáveis bem como classificados para o índice de tolerância relativa ao alumínio (ITRAl). Na avaliação dos híbridos, a análise revelou variabilidade genética para tolerância e ou sensibilidade ao Al+3. De maneira geral, a exposição por período de 96 h reduziu sensivelmente o crescimento/recrescimento radicular. A grande maioria dos híbridos (35) apresentou redução no valor do ITRAl em função do aumento do período de exposição, embora 15 híbridos responderam com incremento neste índice. A avaliação das variedades crioulas demonstrou valores bastante elevados de crescimento/recrescimento radicular bem como um predomínio de genótipos (50%) classificados com ITRAl ≥ 4, sendo consideradas excelentes fontes de tolerância ao alumínio. Destaque muito positivo para a variedade Dente de Ouro 2 que apresentou valor de ITRAl superior a testemunha tolerante H 44. As estimativas dos parâmetros genéticos nos dois germoplasmas de milho demonstraram elevados valores de variância genética e dos coeficientes de herdabilidade. Estes índices indicam condição muito favorável para o desenvolvimento e seleção de populações melhoradas com incremento na frequência de alelos de tolerância ao alumínio.
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CONTROLE GENÉTICO DA RESISTÊNCIA DE MILHO À ANTRACNOSE DO COLMOMáximo, Débora da Silva 20 March 2013 (has links)
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Previous issue date: 2013-03-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The objectives of this study were to determine the genetic control of resistance to anthracnose stalk rot of corn and estimate the gene action involved in the generations descended from crosses between inbred lines of tropical maize. The estimation of genetic parameters was used to determine the mode of inheritance of resistance in nine families derived from crosses between resistant and susceptible inbred lines to Colletotrichum graminicola. Each family consisted of six generations (P1, P2, F1, RC1 and RC2), which were evaluated for resistance in two experiments implanted in a randomized block design in a split plot design, with three replications. Inoculations were performed using a suspension of 5 x 105 conidia mL-1 applied into the stalk. The quantification of the disease was performed using the external and internal length of lesion (cm), and number of internodes discolored. The three forms of assessment were effective in discriminating individuals resistant and susceptible to the pathogen. Through the analysis of mean generations, it was observed that there is great genetic variability among inbred lines used, where the LR 04-2 was the most effective in all families/ generations in which participated, always conditioning the lower values of lesion. The results indicated a similar mode of inheritance among families, with a predominance of additive genetic effects explaining 81.92% on average. The heritability coefficients (broad and narrow sense) were of high magnitude, indicating facility in the process of artificial selection by breeding programs. Estimates of heterosis were high and negative in all families studied, revealing the ability of resistant inbred lines to transfer the character resistance for the next generations, reducing the length of the lesions. The results showed that the genetic control of corn to anthracnose stalk rot is governed by a few genes of large effect on phenotypic expression. The addictive nature of inheritance, associated with higher estimates of heritability and oligogenic genetic control, infer that the genetic gains with selection will be successful in breeding programs that develop maize populations resistant to anthracnose stalk rot. / Os objetivos do presente trabalho foram determinar o controle genético da resistência de milho à antracnose do colmo e estimar a ação gênica envolvida nas gerações descendentes de cruzamentos entre linhagens endogâmicas de milho tropical. A estimativa dos parâmetros genéticos foi utilizada para determinar o modo de herança da resistência, em nove famílias derivadas dos cruzamentos entre linhagens resistentes e suscetíveis à Colletotrichum graminicola. Cada família foi constituída de seis gerações (P1, P2, F1, F2, RC1 e RC2), as quais foram avaliadas para resistência em dois experimentos implantados no delineamento de blocos casualizados, em esquema de parcelas subdivididas, onde nas parcelas foi estudado o efeito de famílias e nas subparcelas o efeito das gerações, com três repetições. As inoculações dos colmos foram realizadas no estádio de florescimento pleno com suspensão de 5,0 x 105 conídios mL-1. A quantificação da doença foi realizada no estádio de florescimento pleno da cultura, através do comprimento externo e interno de lesão (cm), e pelo número de internódios descoloridos. As três formas de avaliação foram eficientes em discriminar indivíduos resistentes e suscetíveis ao patógeno. Na análise das médias das gerações, observou-se a existência de grande variabilidade genética entre as linhagens endogâmicas utilizadas. A linhagem LR 04-2 destacou-se em todas as famílias/gerações em que participou, sempre condicionando os menores valores de lesão. Os resultados indicaram modo de herança semelhante entre as famílias, com predomínio de efeitos genéticos aditivos explicando em média 81,92%. Os coeficientes de herdabilidade (sentido amplo e restrito) foram de elevada magnitude, indicando a facilidade no processo de seleção artificial pelos programas de melhoramento. As estimativas de heterose foram altas e negativas em todas as famílias estudadas, revelando a capacidade das linhagens resistentes em transmitir o caráter resistência para as gerações filiais, diminuindo o comprimento das lesões. Os resultados demonstraram que o controle genético da resistência de milho à antracnose do colmo é governado por poucos genes de grande efeito na expressão fenotípica. A herança de natureza aditiva, associada às altas estimativas de herdabilidade e controle genético oligogênico, permitem inferir que os ganhos genéticos com a seleção lograrão êxito em programas de melhoramento, que buscam desenvolver populações de milho resistentes à antracnose do colmo.
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Variedade genética de vírus respiratório sincial humano em amostras do grupo B com inserção de 60 nucleotideos, colhidas em crianças atendidas no hospital universitário na cidade de São Paulo. / Genetic variability human respiratory syncytial virus in group B 60-nucleotide-duplication samples from children admitted in university hospital in São Paulo city.Carvalho, Ariane do Carmo Lins 07 April 2008 (has links)
O vírus respiratório sincicial humano (HRSV) é o principal agente viral causador de doença respiratória em bebês e crianças em idade pré-escolar. A fim de estudar a variabilidade genética de HRSV, grupo B, com inserção de 60 nucleotídeos no gene G, selecionamos amostras de aspirado de nasofaringe de crianças menores de 5 anos de idade, com doença respiratória aguda, admitidas no hospital universitário da Universidade de São Paulo. Testamos 521 amostras, das quais 35,3% foram positivas para HRSV. A região G2 da glicoproteína G foi utilizada para genotipar essas amostras. Todas as amostras do grupo B apresentaram a inserção de 60 nucleotídeos no gene da proteína G, como descrito anteriormente em Buenos Aires, em 1999. As modificações de aminoácidos e nucleotídeos dessas amostras foram comparadas com outras amostras com inserção de 2001-2005. A seqüência de nucleotídeos duplicados foi a cópia exata dos 60 nucleotídeos precedentes em vírus mais antigos, mas as cópias do segmento duplicado acumularam substituições de nucleotídeos em vírus mais recentes. / Human respiratory syncytial virus (HRSV) is the leading viral cause of respiratory illness in infants and young children. In order to study the genetic variability of HRSV group B, with 60-nucleotide duplication in the gene G, we selected nasopharyngeal aspirates samples of children less than five years of age, with acute respiratory illness admitted in the university hospital of São Paulo (USP). We tested 521 samples and the HRSV-detection test positivity rate was 35.3%. The G2 region of glycoprotein G was used as genotyping default. All type B HRSV had a 60-nucleotide duplication in the attachment protein gene like previously described in Buenos Aires, in 1999. Changes in aminoacids and nucleotides in these samples were compaired with other samples with duplication from 2001-2005. The duplicated nucleotide sequence was an exact copy of the preceding 60 nucleotides in early viruses, but copies of the duplicated segment accumulated nucleotide substituions in more recent viruses.
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Marcadores moleculares no estudo de diversidade de acerola (Malpighia emarginata D.C.) e do gênero CitrusMORAES FILHO, Rômulo Maciel de 22 February 2010 (has links)
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Previous issue date: 2010-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Brazil produces around 41 million tons of fruit annually, moving around U.S. $ 11 billion. Currently Brazil is the largest producer of orange with a crop forecast for 2010 exceeding 19 million tons. Regarding the acerola, Brazil is also the biggest producer and the Northeast region has great importance on the national scene, accounting for 60% of the national production. Despite these promising numbers there is a low diversification of cultivars for both crops, and the situation is more alarming for the citrus culture in Northeast region where 95% of production comes from the Pêra variety. The objective of this work was to acess the genetic variability by the use of ISSR Markers between Citrus varieties that were introduced and recommended to the Northeast region by the Embrapa Mandioca e Fruticultura and also to identify and characterize the genetic variability between accessions from Acerola´s Active Germplasm Bank (AGB) located at the Estação Experimental de Cana-de-açúcar de Carpina (EEAC)/UFRPE through RAPD Markers. The ISSR-PCR method allowed the visualization of a total of 167 loci with the use of 15 primers. 162 (97%) loci exhibited polymorphism and five (3%) were monomorphic. According to the analysis of the dendrogram and the genetic similarity matrix, was possible to group the 15 varieties of sweet orange in a single group with 27% diversity between them and 40% over the five other genotypes, consisting of three lemons, a tangerine and a grapefruit. The high degree of polymorphism observed between the group of oranges and the other five accessions suggests a large genetic variability within the genus, which may be particularly useful in breeding programs aiming to develop new rootstocks adapted to many different environmental conditions as well as the identification of promising varieties in terms of production. The fifteen RAPD primers used showed good amplification, identifying 182 markers. Among these markers, 166 showed polymorphism (91.2%) and 16 were monomorphic. The acerola presents great genetic variability, clearly seen in commercial orchards, as a result of extensive seed propagation, which causes non uniform and unproductive orchards. These markers were analyzed using the UPGMA clustering method. The genetic similarity coefficients ranged from 0.56 (005APE and 040CMF access) to 0.90 (028-CMF and 030-CMF and 026-CMF and 027-CMF). The genotypes were classified into two groups, two subgroups and five smaller groups, gathering hits that share chemical, morphological and production characteristics, noting that individuals with higher production of fruits had the lowest levels of vitamin C. It was observed an inverse relationship between the production of vitamin C and productivity, because in general, higher yielding genotypes had lower levels of ascorbic acid, while those that produce fruits rich in vitamin C, have low production of fruit. The analysis of the results revealed, by genetic diversity of the access, that BAG has considerable genetic variability, which may be a source of very important genes in the study of genetic improvement of acerola, enabling proper planning of crosses to be performed, optimizing the genetic combinations higher in the statement of genotypes well adapted to regional environmental conditions. / O Brasil produz em torno 41 milhões de toneladas de frutas anualmente, movimentando cerca de US$ 11 bilhões. Atualmente o Brasil é o maior produtor de laranja com uma previsão de safra para 2010 ultrapassando os 19 milhões de toneladas. No que concerne a aceroleira o Brasil também é o maior produtor mundial tendo a região Nordeste grande destaque no cenário nacional respondendo por 60% da produção do país. Apesar destes dados promissores observa-se baixa diversificação de cultivares para as duas culturas, sendo mais alarmante a situação da citricultura nordestina onde 95% da produção advém do cultivo de variedades do tipo Pêra. Os objetivos deste trabalho foram atestar a variabilidade genética, por meio de marcadores moleculares ISSR, das variedades do gênero Citrus a serem introduzidas e recomendadas para a região Nordeste pela Embrapa Mandioca e Fruticultura, e também caracterizar e identificar a variabilidade genética existente entre os acessos do Banco Ativo de Germoplasma (BAG) de acerola localizado na Estação Experimental de Cana-de-açúcar de Carpina (EEAC)/UFRPE por meio de marcadores RAPD. A metodologia ISSR-PCR permitiu a visualização de um total de 167 loci com a utilização de 15 primers. Destes 162 (97%) exibiram polimorfismo e 5 (3%) foram monomórficos. De acordo com a análise do dendrograma e da matriz de similaridade genética foi possível agrupar as 15 variedades de laranja doce em um único grupo com 27% de diversidade entre si e 40% em relação aos outros cinco genótipos, formados por três limões, uma tangerina e um pomelo. O alto grau de polimorfismo observado entre o grupo das laranjas e os outros cinco acessos sugere grande variabilidade genética dentro do gênero, o que pode ser particularmente útil em programas de melhoramento vegetal visando desenvolver novas variedades-copa adaptadas às diversas condições ambientais, bem como a identificação de variedades promissoras em termos de produção. Os quinze primers RAPD utilizados apresentaram boa amplificação, identificando 182 marcadores. Destes, 166 demonstraram polimorfismo (91,2%) e 16 foram monomórficos. As aceroleiras apresentam grande variabilidade genética, nitidamente observada nos pomares comerciais, como conseqüência da extensa propagação por sementes, o que gera pomares desuniformes e pouco produtivos. Os marcadores obtidos foram analisados, usando o método de agrupamento UPGMA. Os coeficientes de similaridade genética variaram de 0,56 (acessos 005APE e 040CMF) a 0,90 (028-CMF e 030-CMF e 026-CMF e 027-CMF). Os genótipos estudados foram classificados em dois grandes grupos, dois subgrupos e cinco agrupamentos menores, reunindo os acessos que compartilham características químicas, morfológicas e de produção, constatando que os indivíduos com maior produção de frutos apresentam os menores teores de vitamina C. Observou-se também uma relação inversa entre a produção de vitamina C e a produtividade, pois de um modo geral, genótipos mais produtivos apresentam menores índices de ácido ascórbico, enquanto os que produzem frutos mais ricos em vitamina C, têm baixa produção de fruto. A análise dos resultados revelou, por meio da diversidade genética dos acessos, que este BAG apresenta considerável variabilidade genética, podendo ser fonte de genes muito importantes no estudo de melhoramento genético da cultura, viabilizando um planejamento adequado dos cruzamentos a serem realizados, otimizando as combinações genéticas superiores na indicação de genótipos bem adaptados as condições ambientais regionais.
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Caracterização morfológica e molecular de acessos de feijão-fava (Phaseolus lunatus L.,Fabaceae) da Coleção de Germoplasma do Departamento de Agronomia da UFRPEGUIMARÃES, Walma Nogueira Ramos 22 February 2005 (has links)
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Previous issue date: 2005-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Twenty-two lima-beans accessions, which compound the Germoplasm Collection of the Agronomy Department of Federal Rural University of Pernambuco (UFRPE), coming from the States of Ceará, Paraíba and Pernambuco, Brazil, were characterized by their morphological and molecular characteristics (RAPD – Random Amplified Polimorphiysm of DNA). In morphological analysis twenty-four characteristics and in the molecular one were used, seventy-six locis RAPD (polymorphic and morphologic). At the first phase was carried out molecular analyses of twenty-two accessions to assess the genetic variability among them, and then, fourteen of these were morphologically and moleculary characterized. The analysis of sample showed the formation of two main groups and four subgroups. We noticed high genetic variability among the twenty-two accessions. The genetically closer genotypes were FA-01 and FA-02, coming from Ceará, with 85.4% similarity, and the less similar were FA-07 and FA-20, coming from Ceará and Pernambuco, respectively, with 35.9% similarity. Related to the morphological characterization of the fourteen accessions, noticed the genotype FA-13 stood out from the others by presenting higher values of seed weight, number of seeds per pod, length and width of pod, while the FA-16 presented lower values of weight ofone hundred seeds, seeds very small, lower number of pod per plant, lower length of pod and lower production. / Os acessos de feijão-fava que compõe a Coleção de Germoplasma do Departamento de Agronomia da Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE) oriundos dos Estados do Ceará, Paraíba e Pernambuco, foram caracterizados quanto às características morfológicas e moleculares (RAPDRandom Amplified Polimorphiysm of DNA). Na análise foram utilizados vinte e oito características morfológicas e setenta e seis locos RAPD (polimórficos e monomórficos). Na primeira etapa foi realizada a análise molecular de vinte e dois acessos para avaliar a variabilidade genética entre eles. Quatorze destes acessos foram caracterizados morfológica e molecularmente. A análise de agrupamento mostrou a formação de dois grupos principais e quatro subgrupos, constatou-se elevada variabilidade genética entre os vinte e dois acessos. Os genótipos mais próximos geneticamente foram FA-01 e FA-02, provenientes do Ceará, com grau de similaridade de 85,4% e os mais distantes foram FA-07 e FA-20, provenientes do Ceará e Pernambuco, respectivamente, com grau de similaridade de 35,9%.Quanto à caracterização morfológica dos quatorze acessos, observou-se que o genótipo FA-13 se destacou dos demais por apresentar maiores valores no peso das sementes, no número de sementes por vagem, no comprimento e largura da vagem, enquanto o genótipo FA-16 apresentou menores valores de peso de cem sementes, sementes muito pequenas, menor número de vagem por planta, menor comprimento de vagem e menor produção de semente por planta.
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Caracterização morfoagronômica de acessos de arroz (Oryza sativa L.) de terras altasNASCIMENTO, Wellington Ferreira do 12 May 2008 (has links)
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Previous issue date: 2008-05-12 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Rice is the primary food source in many developing countries in the world, primarily for those located in Asian. The Oryza genus has 24 species, but only two are cultivated: O. glaberrima Steud. in the West of Africa and O. sativa L. in all part of the world. Those species are naturally hydrophytes, however the evolutionary process they become adapted for many different ecosystems as lowland and upland. The breeding method used in the last decades increased the narrowing genetic base and the vulnerability of rice cultivation for plagues and diseases. However, it is necessary to use divergent genitors for development of new cultivars. In this context, the characterization of germplasm accesses from bank and collection could bring facilities in order to use them in breeding programs. The aim of this work was characterizer 146 accesses of upland rice Japanese by morphoagronomical traits in order to bring information that could bring facilities for chose genitors in rice breeding programs. In this case, the morphologic mark could give important information about genetic resource by simple, efficient and cheap way. There were studied 14 qualitative traits and 16 quantitative in a randomized blocks design experiment withthee replicates. For the 14 quantitative traits only two were not polymorphic and there was significative difference (P<0.05) for all 16 quantitative traits. The genetic variance was highest than environmental one and the heritability was higher than 80% for the evaluated characters. The genetic variation coefficient varied from 1.81 to 39.58 for different characteristics and b index was highest than 1 for all characters. The results showed that the rice access of UFRPE germplasm collection have great genetic variability and high potential for use in rice breeding programs. / O arroz é fonte primária de alimento em muitos países em desenvolvimento, principalmente naqueles situados no continente asiático. O gênero Oryza tem 24 espécies, mas apenas duas são cultivadas: a O. glaberrima Steud., cultivada no Oeste da África e da Ásia e O. sativa L., cultivada em todo mundo. Estas espécies são naturalmente hidrófilas,entretanto, o processo evolutivo tem levado sua adaptação às mais variadas condições ambientais, abrangendo desde ecossistemas de várzeas até ecossistemas de terras altas. Os métodos de melhoramento empregados nas últimas décadas têm ocasionado o estreitamento da base genética e conseqüente vulnerabilidade da cultura do arroz a pragas e doenças. Portanto, é necessário priorizar a utilização de parentais divergentes para o desenvolvimento de novas cultivares. Neste contexto, a caracterização de acessos disponíveis nos bancos e coleções de germoplasma pode viabilizar a melhor utilização dos mesmos em programas de melhoramento genético. Para tanto, a utilização de marcadores morfológicos disponibiliza informações à cerca dos recursos genéticos de maneira simples, eficiente e de baixo custo. Este trabalho teve por objetivo caracterizar 146 acessos japoneses de arroz de terras altas mantidos na Coleção de Germoplasma da Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE), com base em caracteres morfoagronômicos, visando disponibilizar informações necessárias que poderão facilitar à escolha de genitores nos programas de melhoramento genético do arroz. Foram estudados 14 caracteres qualitativos e 16 quantitativos em um experimento delineado em blocos casualizados com três repetições. Em relação aos 14 caracteres qualitativos avaliados, apenas dois não foram polimórficos e houve diferença significativa (P<0,05) entre os acessos para todos os 16 caracteres quantitativos. A variância genética foi superior a ambiental e os coeficientes de herdabilidade média foram altos, superior a 80% para as variáveis analisadas. O coeficiente de variação genética variou de 1,81 a 39,58 dependendo da característica e o índice b foi superior a um para todos os caracteres. Os resultados mostraram que os acessos de arroz mantidos na Coleção de Germoplasma da UFRPE apresentam alta variabilidade genética e grande potencialidade para serem utilizados como fonte de genes em programas de melhoramento genético.
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Cruzamento dialélico de genótipos da mini-coleção nuclear de arroz da Embrapa / Diallel analysis of genotypes of irrigated cropping systems of the Mini - Core Collection of Embrapa RiceMendonça, João Antônio 26 August 2011 (has links)
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Previous issue date: 2011-08-26 / The Embrapa Rice Core Collection (ERICC) was established aiming to represent the genetic variability of the rice Genebank of Embrapa Rice and Beans. The agronomic and molecular characterization of 550 accessions from ERICC enabled to know the extension of the genetic variability of this collection. The molecular data from ERICC genotyping using 86 SSR markers were used to set up a sub-sample, known as Mini-ERICC, which was assembled with the 24 accessions with higher average genetic distance, 12 from upland and 12 from lowland accessions. Since the Mini-ERICC represents a large part of the rice genetic variability from Brazil, the crossings among its accessions could create several new allelic combinations. This dissertation aimed to determine, by means of diallel crosses from Mini-ERICC lowland accessions, plus four additional genotypes from ERICC, the estimates of genitor effect, genitor heterosis, Specific Combining Ability (SCA), General Combining Ability (GCA) and the correlation between heterosis and molecular genetics distance. The 16 genitors and 120 F1 hybrids were evaluated by 10 traits in a field experiment using a 12 x 12 Lattice experimental design. It was possible to identify crosses with high SCA for all traits. These information will be useful in planning new broad genetic basis crosses, aiming new hybrid combinations and the development of populations to extract genetically divergent inbred lines in relation to those currently selected in Brazilian rice breeding programs.The 33 hybrid combinations that did not differ the productivity in relation to high-yielding genitors and controls (P<0,05) indicated that crosses involving at least one less adapted genitor are able to generate favorable allele combinations to breeding programs. The RW genetic distance between genitors from hybrid combinations was positively correlated to traits plant height, panicle length, spikelet number, and negatively correlated to percentage of filled grains and yield. The crossings with rice must prioritize, initially, the maximization of rice genetic variability, and at the end, the development of lines and cultivars with new favorable allele and allele combinations, resulting in a reduction of the rice vulnerability to biotic and abiotic stresses, increasing the yield and the food security of the Brazilian population. / A Coleção Nuclear de Arroz da Embrapa (CNAE) foi estabelecida inicialmente com a finalidade de representar a variabilidade genética presente no seu Banco Ativo de Germoplasma de arroz. A caracterização agronômica e molecular dos 550 acessos componentes da CNAE permitiu conhecer a extensão da variabilidade genética dessa coleção. Os dados moleculares obtidos por 86 marcadores SSR fluorescentes foram utilizados para a montagem de uma sub-amostra, a Mini-CNAE, composta pelos 24 acessos com maior distância genética média, sendo 12 do sistema de cultivo de sequeiro e 12 do sistema de cultivo irrigado. Como a Mini-CNAE reúne grande parte da variabilidade genética disponível para a cultura do arroz no Brasil, o cruzamento entre seus acessos componentes poderia viabilizar o surgimento de novas e diversas combinações alélicas. A presente dissertação objetivou determinar, via cruzamentos em dialelo dos acessos irrigados da Mini-CNAE, além de quatro outros acessos da CNAE, as estimativas do efeito de genitor, da heterose de genitor, da capacidade específica de combinação (CEC), da capacidade geral de combinação (CGC) e da correlação entre a heterose e distância genética molecular. Os 16 genitores e os 120 híbridos F1 foram avaliados para 10 caracteres em experimento em láttice triplo 12 x 12. Foi possível identificar cruzamentos com alta CEC para todos os caracteres. Essas informações serão úteis para orientar novos cruzamentos de base genética ampla objetivando novas combinações híbridas e desenvolvimento de populações para extração de linhagens geneticamente divergentes das selecionadas atualmente por programas nacionais de melhoramento genético do arroz. As 33 combinações híbridas cuja produtividade não diferiu das testemunhas e genitores mais produtivos (P<0,05), indicaram que cruzamentos envolvendo ao menos um genitor menos adaptado são capazes de gerar combinações alélicas favoráveis para o programa de melhoramento genético. A distância genética Rogers-W entre genitores das combinações híbridas foi correlacionada positivamente com as variáveis altura de plantas, comprimento de panículas e número de espiguetas, e negativamente com porcentagem de grãos cheios e produtividade. Os cruzamentos de arroz devem privilegiar , em um primeiro momento, a maximização da variabilidade genética do arroz, e ao final, a obtenção de linhagens e cultivares com alelos e combinações alélicas favoráveis inéditas, resultando na diminuição da vulnerabilidade da cultura frente a estresses bióticos e abióticos, aumentando a produtividade e a segurança alimentar da população brasileira.
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