Resumo: O Eucalyptus urophylla destaca-se pelo potencial de utilização de sua madeira, pela sua plasticidade de adaptação a diferentes condições ambientais brasileiras e por ser tolerante ao cancro do eucalipto (Cryphonectria cubensis). A utilização de sementes melhoradas se faz necessária, considerando o iminente déficit florestal que começou no Brasil, a partir de 2004, em função da demanda por madeira ser maior que a sua oferta. Entretanto, o melhoramento dessa espécie, no Brasil, depende da existência de variabilidade genética das populações introduzidas, a qual evita a ocorrência de depressão endogâmica. O presente trabalho visa o estudo genético de uma população base de E. urophylla, originária de Flores e Timor, e instalada em Selvíria-MS. Estudou - se a variabilidade genética dessa população através de análises quantitativas. Dessa forma, os objetivos específicos do estudo foram: a) estimar a variabilidade genética para os principais caracteres silviculturais; b) estimar possíveis ganhos na seleção, utilizando-se da seleção entre e dentro de progênies e do Índice Multi-efeitos, analisando o efeito do desbaste em uma população base de E. urophylla. O experimento foi instalado em 17 de março de 1992, na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da Faculdade de Engenharia, Campus de Ilha Solteira (FE/UNESP), localizada no município de Selvíria - MS. O teste de progênies foi instalado obedecendo a um delineamento experimental em Látice 8x8, quíntuplo, parcialmente balanceado, com 64 progênies provenientes da Estação Experimental do Instituto de Pesquisas e Estudos Florestais (IPEF/ESALQ/USP), localizada no município de Anhembi - S.P. As parcelas contêm oito árvores, no espaçamento de 3,0 x 3,0 metros. Os caracteres quantitativos avaliados e analisados foram: 1- diâmetro à altura do peito (DAP); 2- altura total da planta (H); 3- tipo de ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Eucalyptus urophylla is detached for its wood potential of utilization for its plasticity of plasticity of adaptation in different Brazilian's environmental conditions and for being tolerant towards the eucalyptus canker (Cryphonectria cubensis). The utilization of improved seeds is needed, considering the imminent woodland's deficit that started in Brazil, in 2004, since the heavy Wood demand was higher than it offers. However the improvements of this specie in Brazil, depends on the existence of genetic variability of the installed populations, which avoids the occurrence of endogamous depression. The present report aims at the genetic study of a base population of E. urophylla, originated from Flores e Timor, and installed in Selvíria-MS. Its genetic variability was studied through quantitative analysis. This way, the specific objectives of this report was: a) Guess the genetic variability for the main silvicultural characters; b) Guess possible earnings in the selection, utilizing this selection among and inside the progenies and inside the progenies and the index of multi-effects, analyzing the skive effect in a base population of E. urophylla. The experiment was installed on March 17th of 1992, on the engineering university's farm of teaching, researches, and extension, campus in Ilha Solteira (FE/UNESP), located in Selvíria - MS. The progenies test was installed obeying an experimental delineation in lattice of 8x8, quintuplet, partially balanced with 64 progenies which came from the experimental station in the woodland's institute of researches and studies, (IPEF/ESALQ/USP), located in of Anhembi - SP. The parcels have 8 trees, in a space of 3,0 x 3,0 meters. The evaluated and analyzed quantitative characters was: 1-Diameter at chest's height (DAP); 2-Total plant's height (H); 3-Kind of bark (CAS); 4- Shape of the shank (FOR); 5- Bifurcation; 6- Survival (SOBR) ... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Miguel Luiz Menezes Freitas / Coorientador: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Banca: Pedro Cesar dos Santos / Banca: Ananda Virgínia de Aguiar / Mestre

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:15:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ShamyraGAS_Dissert.pdf: 1345668 bytes, checksum: 408f47b3e8a408dc7702858d04d13fc8 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Silk Flower [Calotropis procera (Aiton) W.T. Aiton] is a plant that has been highlighted by the case of a species that has several features such as animal feed, traditional medicine, agriculture, environment, cosmetics and textile industry, and may also act to combat pests, fungi and viruses through mechanisms defense associated with your latex. This study aimed to evaluate latex fluid from Silk Flower in inhibiting the development of pathogenic fungi of Macrophomina phaseolina, Rhizoctonia solani, Colletotrichum musae and Monosporascus cannonballus and study the genetic diversity from Silk Flower genotypes using the RAPD and ISSR molecular markers. Twenty samples of species of leaves were collected in the Grossos/RN and Mossoró/RN cities (ten plants from each city). The plants latex were tested on four different types of phytopathogenic fungi, Macrophomina phaseolina, Rhizoctonia solani, Colletotrichum musae and Monosporascus cannonballus with two different methods (adding latex to the culture medium before and after polymerization middle), and with two different concentration level (neat and diluted 1:1). For molecular analysis, DNA of each plant was extracted with 11 RAPD primers and 10 ISSR primers. For latex analyzes, it was observed that there was no inhibitory effect for any of Macrophomina phaseolina, Rhizoctonia solani, Colletotrichum musae and Monosporascus cannonballus isolates in any of the concentrations tested under the conditions studied. Molecular results showed a good standard for both amplification of DNA markers, showing the formation of different groups, and the presence of genetic variability has been detected. For the analysis with molecular markers there was the formation of the four distinct groups, and in the ISSR marker was observed the formation of six groups. When it was analyzed the two markers in a corresponding manner it was possible to detect the formation of seven distinct groups showing the existence of variability. The difference in the results of both markers can be explained by the case of two markers that covered different regions of the genome / Flor de Seda [Calotropis procera (Aiton) W.T. Aiton] é uma planta que tem recebido destaque por se tratar de uma espécie que possui diversas funcionalidades como alimentação animal, medicina tradicional, agricultura, meio ambiente, indústria cosmética e têxtil, podendo também atuar no combate à pragas, fungos e vírus através de mecanismos de defesa associados ao seu látex. Objetivou-se nesse estudo avaliar fluidos laticíferos da Flor de Seda na inibição do desenvolvimento de fungos fitopatogênicos de Macrophomina phaseolina, Rhizoctonia solani, Colletotrichum musae e Monosporascus cannonballus e estudar a divergência genética de genótipos de Flor de Seda por meio de marcadores moleculares RAPD e ISSR. Vinte amostras de folhas da espécie foram coletadas na cidade de Grossos/RN e na cidade de Mossoró/RN no Campus Leste da UFERSA (dez plantas para cada local de coleta). O látex das plantas foram testados em quatro diferentes tipos de fungos fitopatogênicos, Macrophomina phaseolina, Rhizoctonia solani, Colletotrichum musae e Monosporascus cannonballus com duas diferentes metodologias (adicionando o látex ao meio de cultura antes e após a polimerização do meio) e com dois níveis diferentes de concentração (puro e diluído 1:1). Para as análises moleculares, o DNA de cada uma das plantas foi extraído com 11 primers RAPD e 10 primers ISSR. Para as análises do látex, foi observado que não houve efeito inibitório para nenhum dos isolados de Macrophomina phaseolina, Rhizoctonia solani, Colletotrichum musae e Monosporascus cannonballus em nenhuma das concentrações testadas nas condições estudadas. Os resultados moleculares obtidos revelaram um bom padrão de amplificação para ambos os marcadores de DNA, mostrando à formação de grupos distintos, tendo sido detectada a presença de variabilidade genética. Para as análises com os marcadores RAPD houve a formação de quatro grupos distintos, e para o marcador ISSR foi possível observar a formação de seis grupos. Quando se analisou os dois marcadores de forma correlacionada foi possível detectar a formação de sete grupos distintos demonstrando a existência de variabilidade. A diferença encontrada nos resultados de ambos marcadores pode ser explicada por se tratar de dois marcadores que cobriram diferentes regiões do genoma

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RychardsonRA_TESE.pdf: 2995837 bytes, checksum: 05e99c47bdfd7dd13516d35596c04e3e (MD5) Previous issue date: 2012-03-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The work had the aim to characterize physical and chemically fruits of genotypes of guajiru, maçaranduba and cambuí from native populations of Paripueira, Maceió, Marechal Deodoro and Piaçabuçu, Alagoas, Brazil. The samples were evaluated individually for the following characters: fresh weight of the fruits, fresh weight of the pulp, fresh weight of the peel, fresh weight of the seed, longitudinal and cross diameter of the fruit and yield of pulp. The characterization of the pulp were determined by the total acidity, ash, moisture, pH, reducing sugars and total soluble solids (° Brix), proteins, lipids, vitamin C and total energetic value. All genotypes showed the physical characteristics required by the processing industries featuring fruits with low acidity, lightly sweetened and pulp yield exceeding 60%. The fruits of cambui maçaranduba presented high content of Vitamin C, averaging 1101.4 mg.100 g-1 and 227.4 mg.100 g- 1, respectively. All the genotypes showed differences between the evaluated parameters allowing to select genotypes with a single character or more simultaneously / O trabalho teve como objetivo caracterizar física e quimicamente frutos de genótipos de cambuí, guajiru e maçaranduba nativos de ocorrência nos municípios de Paripueira, Maceió, Marechal Deodoro e Piaçabuçu, Alagoas. As amostras foram avaliadas individualmente quanto aos caracteres: massa fresca do fruto, massa fresca da polpa, massa fresca da casca, massa fresca da semente, diâmetro longitudinal e transversal do fruto e rendimento de polpa. Na caracterização da polpa foram determinadas acidez total, cinzas, umidade, pH, açúcares redutores e totais, sólidos solúveis (ºBrix), proteínas, lipídios, vitamina C e valor energético total. Todos os genótipos apresentaram características físicas exigidas pelas indústrias de processamento apresentando frutos com baixa acidez, levemente adocicados e rendimento de polpa superior a 60%. Os frutos de cambuizeiro e maçarandubeira destacam-se pelo elevado teor de Vitamina C, com médias de 1101,4 mg.100 g-1 e 227,4 mg.100 g-1, respectivamente. Os genótipos avaliados apresentaram variabilidade entre os parâmetros analisados possibilitando selecionar genótipos através de um único caráter superior ou simultaneamente

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ShamyraGAS_Dissert.pdf: 1345668 bytes, checksum: 408f47b3e8a408dc7702858d04d13fc8 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Silk Flower [Calotropis procera (Aiton) W.T. Aiton] is a plant that has been highlighted by the case of a species that has several features such as animal feed, traditional medicine, agriculture, environment, cosmetics and textile industry, and may also act to combat pests, fungi and viruses through mechanisms defense associated with your latex. This study aimed to evaluate latex fluid from Silk Flower in inhibiting the development of pathogenic fungi of Macrophomina phaseolina, Rhizoctonia solani, Colletotrichum musae and Monosporascus cannonballus and study the genetic diversity from Silk Flower genotypes using the RAPD and ISSR molecular markers. Twenty samples of species of leaves were collected in the Grossos/RN and Mossoró/RN cities (ten plants from each city). The plants latex were tested on four different types of phytopathogenic fungi, Macrophomina phaseolina, Rhizoctonia solani, Colletotrichum musae and Monosporascus cannonballus with two different methods (adding latex to the culture medium before and after polymerization middle), and with two different concentration level (neat and diluted 1:1). For molecular analysis, DNA of each plant was extracted with 11 RAPD primers and 10 ISSR primers. For latex analyzes, it was observed that there was no inhibitory effect for any of Macrophomina phaseolina, Rhizoctonia solani, Colletotrichum musae and Monosporascus cannonballus isolates in any of the concentrations tested under the conditions studied. Molecular results showed a good standard for both amplification of DNA markers, showing the formation of different groups, and the presence of genetic variability has been detected. For the analysis with molecular markers there was the formation of the four distinct groups, and in the ISSR marker was observed the formation of six groups. When it was analyzed the two markers in a corresponding manner it was possible to detect the formation of seven distinct groups showing the existence of variability. The difference in the results of both markers can be explained by the case of two markers that covered different regions of the genome / Flor de Seda [Calotropis procera (Aiton) W.T. Aiton] é uma planta que tem recebido destaque por se tratar de uma espécie que possui diversas funcionalidades como alimentação animal, medicina tradicional, agricultura, meio ambiente, indústria cosmética e têxtil, podendo também atuar no combate à pragas, fungos e vírus através de mecanismos de defesa associados ao seu látex. Objetivou-se nesse estudo avaliar fluidos laticíferos da Flor de Seda na inibição do desenvolvimento de fungos fitopatogênicos de Macrophomina phaseolina, Rhizoctonia solani, Colletotrichum musae e Monosporascus cannonballus e estudar a divergência genética de genótipos de Flor de Seda por meio de marcadores moleculares RAPD e ISSR. Vinte amostras de folhas da espécie foram coletadas na cidade de Grossos/RN e na cidade de Mossoró/RN no Campus Leste da UFERSA (dez plantas para cada local de coleta). O látex das plantas foram testados em quatro diferentes tipos de fungos fitopatogênicos, Macrophomina phaseolina, Rhizoctonia solani, Colletotrichum musae e Monosporascus cannonballus com duas diferentes metodologias (adicionando o látex ao meio de cultura antes e após a polimerização do meio) e com dois níveis diferentes de concentração (puro e diluído 1:1). Para as análises moleculares, o DNA de cada uma das plantas foi extraído com 11 primers RAPD e 10 primers ISSR. Para as análises do látex, foi observado que não houve efeito inibitório para nenhum dos isolados de Macrophomina phaseolina, Rhizoctonia solani, Colletotrichum musae e Monosporascus cannonballus em nenhuma das concentrações testadas nas condições estudadas. Os resultados moleculares obtidos revelaram um bom padrão de amplificação para ambos os marcadores de DNA, mostrando à formação de grupos distintos, tendo sido detectada a presença de variabilidade genética. Para as análises com os marcadores RAPD houve a formação de quatro grupos distintos, e para o marcador ISSR foi possível observar a formação de seis grupos. Quando se analisou os dois marcadores de forma correlacionada foi possível detectar a formação de sete grupos distintos demonstrando a existência de variabilidade. A diferença encontrada nos resultados de ambos marcadores pode ser explicada por se tratar de dois marcadores que cobriram diferentes regiões do genoma

The high world energy demand requires a search for renewable sources which are less harmful to environment. Castor bean (Ricinus communis L.) cultivation is an excellent alternative to compound the national energy matrix due to its traditional small and intermediate producers, standing out as a culture with high economical and social appeal, especially in Northeast region. There is a lack of information, especially at molecular level, related to the amount of high genetic variability available in this oil crop. The objective of this work was to characterize the genetic diversity within ten genotypes of Ricinus communis L. by using RAPD molecular markers. A total of seven lines and three cultivars were evaluated, which included five lines from Germplasm Bank of Embrapa Algodão, two lines from Costa Rica and three Northeastern cultivars. Genomic DNA extraction was performed according both to Graham et al. (1994) and an alternative protocol proposed in this study. Seven arbitrary oligonucleotides employed in the RAPD-PCR amplification permitted to evaluate the efficiency of the genomic DNA extraction protocols, DNA banding profiles and calculation of similarity indexes. Similarity and cluster analysis were conducted using both Jaccard and Dice coefficient and the unweighted pair group method. The similarity data matrix was converted into a dendrogram. The amplified fragments yielded a total of 58 polymorphic bands ranging from 2394 to 3386 bp. On the basis of the performed analysis, similarity indexes and data clustering revealed the occurrence of high genetic variability among the genotypes. RAPD molecular markers were efficient on the detection of DNA polymorphism within genotypes evaluated, suggesting that this marker could be suitable for further characterization studies related to the main agroindustrial features of castor bean germplasm. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / A elevada demanda energética mundial faz necessária a busca por fontes renováveis e menos agressivas ao meio ambiente. O cultivo da mamona (Ricinus communis L.) constitui uma excelente alternativa na composição da matriz energética nacional por ser tradicionalmente praticado por pequenos e médios produtores, destacando-se como uma cultura de elevado apelo econômico e social, em especial na região Nordeste. Existe uma escassez de informações, especialmente no âmbito molecular, acerca da grande variabilidade genética apresentada por essa oleaginosa. O objetivo do presente trabalho foi caracterizar a diversidade genética entre dez genótipos de Ricinus communis L. por meio de marcadores moleculares RAPD. Foram avaliadas cinco linhagens do BAG da Embrapa Algodão, duas linhagens provenientes da Costa Rica e três variedades comerciais da região Nordeste. A extração do DNA genômico total dos genótipos foi realizada segundo metodologia descrita por Graham et al. (1994) e através de um protocolo alternativo proposto nesse estudo. O emprego de sete iniciadores arbitrários na amplificação RAPD-PCR permitiu avaliar a eficiência dos protocolos na extração do DNA genômico total, o padrão de bandas de DNA gerado e o cálculo de índices de similaridade. A matriz de dados de similaridade entre os genótipos foi convertida num dendrograma. Na análise dos fragmentos amplificados foram reveladas 58 bandas polimórficas com fragmentos de 2394 a 3386 pb. Ainda na avaliação dos resultados, a distância genética e o agrupamento gerado pelo dendrograma evidenciaram a grande variabilidade genética existente entre os indivíduos. Os marcadores moleculares RAPD mostraram-se eficientes na detecção de polimorfismos de DNA dos demais genótipos avaliados, tornando possível seu emprego em posteriores estudos de caracterização correlacionados com os principais caracteres agroindustriais de germoplasma de mamona.

A infecção por Mycoplasma (M.) hyopneumoniae é responsável por perdas econômicas significativas na suinocultura, causando uma pneumonia crônica que normalmente afeta clinicamente suínos de crescimento e terminação. Considerando-se a importância das matrizes de menor ordem de parto na transmissão de M. hyopneumoniae e que uma grande quantidade de leitoas é introduzida nos planteis anualmente, este projeto teve como objetivo compreender aspectos pouco conhecidos da dinâmica de infecção de M. hyopneumoniae em leitoas de reposição. O primeiro estudo avaliou a dinâmica e persistência da infecção por M. hyopneumoniae em leitoas em condições naturais de campo. Quarenta e quatro leitoas foram selecionadas aos 20 dias de idade (ddi) e a detecção de M. hyopneumoniae por PCR foi avaliada mensalmente por suabe de laringe, resultando em um total de 12 coletas. Além disso, 220 leitões filhos dessas matrizes foram amostrados um dia antes do desmame para avaliação da transmissão vertical. Os resultados deste estudo demonstraram que o início da detecção ocorreu aos 110 ddi e um aumento significativo foi observado aos 140 ddi (p<0,05). Ao desmame, apenas 2,3% das fêmeas foi positiva e não foram detectados leitões desmamados positivos. Adicionalmente, 77,2% das leitoas foi detectada positiva por um a três meses, 4,6% por quatro a cinco meses e 18,2% nunca foi detectada positiva, indicando a presença de subpopulações de animais negativos em granjas positivas. Em um segundo estudo, avaliou-se a detecção de M. hyopneumoniae por PCR em leitoas de reposição interna e a variabilidade genética entre granjas foi avaliada por MLVA (Multiple Locus Variable-number tandem repeats Analysis). Um total de 298 leitoas provenientes de três multiplicadoras positivas foram selecionadas e coletadas uma vez para realização de ELISA e duas a três vezes para PCR em um estudo longitudinal. Ainda, a transmissão vertical foi avaliada em 425 leitões pré-desmame. Aos 150 ddi, 47 a 67,4% das leitoas foi detectada positiva por PCR, decréscimos foram observados até a última amostragem nas três granjas avaliadas (p<0,05), e nenhum leitão foi positivo pré-desmame. Ainda, 30,7% das leitoas não foi detectada positiva em nenhuma nas amostragens e os resultados de MLVA indicaram um ampla variabilidade genética de M. hyopneumoniae em leitoas aos 150 ddi. No terceiro estudo, 210 leitoas de reposição negativas para M. hyopneumoniae introduzidas em três granjas positivas foram selecionadas e avaliadas longitudinalmente por PCR e ELISA com o objetivo de comparar dois tipos de fluxo de aclimatação (all-in all-out ou fluxo contínuo). Ainda, a variabilidade genética foi analisada por MLVA. Observou-se um aumento significativo (p<0,05) nas prevalências de leitoas positivas para M. hyopneumoniae por PCR na segunda coleta e um decréscimo ao longo do tempo independentemente do tipo de fluxo de aclimatação utilizado. Os resultados de ELISA revelaram que as três granjas avaliadas tiveram um aumento significativo na prevalência de leitoas positivas da primeira para a segunda coleta (p<0,05), que se manteve alta até o fim do experimento. Ainda, baixa variabilidade genética de M. hyopneumoniae foi observada por MLVA. Um quarto estudo também foi conduzido com o objetivo de avaliar a absorção e detecção de M. hyopneumoniae utilizando-se suabes de nylon flocados e de ponta de rayon. Os resultados deste experimento indicaram uma maior absorção e uma maior detecção de M. hyopneumoniae por PCR (p<0,05) utilizando-se suabes de nylon flocados. / Mycoplasma (M.) hyopneumoniae infection is responsible for important economic losses to pig production, causing a chronic pneumonia that usually affects growing and finishing pigs. Regarding the importance of low parity dams on M. hyopneumoniae transmission and that a high proportion of gilts is introduced in the farms every year, this project aimed to better understand unknown aspects about the infection dynamics of M. hyopneumoniae in replacement gilts. The first study assessed the dynamics and persistence of M. hyopneumoniae infection in gilts in natural conditions. Forty-four gilts were selected at 20 days of age (doa) and M. hyopneumoniae detection was evaluated using laryngeal swabs for PCR testing every month, resulting in 12 samplings. Additionally, 220 piglets born from the selected dams were sampled one day prior to weaning to evaluate vertical transmission. The results of this study showed that the first detection occurred at 110 doa and a significant increase was observed at 140 doa (p<0.05). A small proportion (2.3%) of positive gilts was detected one day prior to weaning and no piglets were detected positive at the same sampling moment. Moreover, 77.2% of the gilts was detected positive for one to three months, 4.6% for four to five months, and a lack of detection was observed in 18.2% of the gilts, indicating the presence of negative subpopulations in positive farms. A second study assessed the M. hyopneumoniae detection in self-replacement gilts longitudinally. A total of 298 gilts from three positive multiplier farms were selected and sampled once for ELISA testing and two or three times for PCR. Moreover, vertical transmission was evaluated in 425 piglets one day prior to weaning, and the genetic variability within farms was assessed in gilts by MLVA (Multiple Locus Variablenumber tandem repeats Analysis). The prevalence of positive gilts at 150 doa ranged from 47 to 67.4% within farms by PCR, decreases were observed up to the last sampling in all farms (p<0.05), and no positive piglets were detected prior to weaning. A lack of detection was observed in 30.7% of the gilts during the study, and high genetic variability was detected within farms. In the third study, 210 M. hyopneumoniae negative purchased gilts were introduced in three farms with two types of acclimation flow (all-in all-out or continuous flow). The gilts were selected for ELISA and PCR testing in a longitudinal study, which aimed to compare the infection dynamics regarding the type of flow. Also, genetic variability was assessed by MLVA. The results showed a significant increase (p<0.05) in the prevalence of M. hyopneumoniae positive gilts by PCR in the second sampling, and a decrease over time regardless the type of flow. The ELISA results revealed a significant increase in the prevalence of positive gilts in the three farms (p<0.05) from the first to the second sampling, which remained high up to the completion of the study. Moreover, limited genetic variability of M. hyopneumoniae was observed by MLVA testing. A fourth study was also performed, which aimed to assess the absorption and detection of M. hyopneumoniae using two types of swabs (nylon-flocked and rayon-bud). The results indicated a higher absorption and M. hyopneumoniae detection by PCR using nylon-flocked swabs (p<0.05).

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5383.pdf: 8938173 bytes, checksum: 7745ba92d6e324eb3bfdfdadb149d797 (MD5) Previous issue date: 2013-06-14 / Financiadora de Estudos e Projetos / Macrobrachium amazonicum is an endemic species in South America, which has been exploited by artisanal fisheries in northern and northeastern Brazil. The overexploitation of this species has led to the decline of its natural stocks. This scenario affects the riverine communities and the genetic status of populations of this crustacean. In this context, the aquaculture emerges as a sustainable alternative to soften this impact over the natural stocks. A molecular view of adaptations and modifications in response to environmental variables is important for understanding the biology, distribution and capacity of this crustacean to adapt to different conditions and geographic regions, either in its natural habitat or in captivity. Considering these aspects, SNPs markers within fitness-related candidate gene emerge as promising tools for selection and detection of genetic structure in natural populations and to verify their correlation with complex traits of interest in farming. In this study, the aim was to investigate SNPs in the HSC70 (70-kilodalton Heat Shock Cognate) gene under two approaches: (1) the prospection and association of SNPs to growth traits in a captive population of M. amazonicum (CAUNESP); and (2) the SNPs prospection, characterization of the variability and genetic structure of two wild stocks of M. amazonicum (Tocantins and Paracauari rivers, both in Para state). To the firsty study, were carried out an experimental performance of these prawns, undergone to two stocking densities (normal and intensification conditions). Growth traits (total and abdominal length, and total abdominal and hepathopancreas weight) and sex were determined during the harvesting. The SNPs effects on these phenotypic variables were tested in a mixed model conducted by the Proc Mixed of the SAS program. Twelve SNPs were identified. Among them, only two SNPs (C256T and T907C) and two haplotypes (H7 and H10) presented effects of interest. These effects comprised several traits, including density and population class interactions. The most important effects were found in the normal density of the farming and on females. SNPs effects were not detected in high stocking density treatment. xix So, this fact excludes the possibility of using this information to the farming intensification of M. amazonicum. However, these results consist of relevant information for the development of high performing culture lines of M. amazonicum by Marker Assisted Selection. The SNPs effects on females may indicate the involvement of the HSC70 gene in the reproductive development of the species. In the second study, 13 SNPs were characterized in the Tocantins river population and six SNPs in the Paracauari river population. No significant deviation from Hardy Weinberg equilibrium was found. However, linkage disequilibrium was detected among some pairs of SNP loci. Both stocks showed high haplotype diversity. The haplotype diversity was 0.712 and 0.596 for the Tocantins and Paracauari river populations, respectively. These values were significantly different between the populations (P &#8804; &#61472;0.05). AMOVA indicated that almost all variability occurs within the populations and these stocks are not genetically differentiated (FST = -0,00048). Apparently, if based on the diversity and the absence of genetic structure information, the anthropic action has not caused drastic effects on the genetic status of these two populations of M. amazonicum. These results prove that SNP markers within HSC70 gene are useful in establishing strategies for managing breeding programs as well as programs for the conservation of the species focus of this study. / O Macrobrachium amazonicum e uma especie endemica da America da Sul que tem sido muito explorada pela pesca artesanal principalmente nas regioes norte e nordeste brasileira. A superexploracao da especie tem levado a diminuicao dos estoques naturais, afetando as relacoes socioeconomicas de populacoes ribeirinhas e o status genetico deste crustaceo. Nesse contexto, a aquicultura surge como uma alternativa sustentavel para amenizar este impacto nos estoques naturais. Uma visao molecular das adaptacoes e modificacoes em resposta as variaveis ambientais e importante para se entender a biologia, distribuicao e capacidade que este crustaceo possui para se adaptar a diferentes condicoes e regioes geograficas, quer seja em seu habitat natural ou em cativeiro. Um modo de resposta a essas situacoes e a adaptacao atraves de mudancas na composicao genetica de populacoes como resultado da selecao. Considerando estes aspectos, marcadores SNPs (Polimorfismos de Base Unica) localizados em genes candidatos relacionados ao fitness surgem como ferramentas promissoras para deteccao de selecao e estruturacao genetica em populacoes naturais, bem como para verificar a sua correlacao com caracteristicas complexas de interesse na aquicultura. No presente trabalho objetivou-se estudar SNPs no gene da HSC70 (forma constitutiva do gene da Proteina do Choque Termico de 70 kDa) em duas abordagens: (1) a prospeccao e associacao destes SNPs as caracteristicas de crescimento em uma populacao cativa de M. amazonicum (CAUNESP); e (2) a prospeccao de SNPs, caracterizacao da variabilidade e estruturacao genetica de duas populacoes naturais de M. amazonicum (rios Tocantins e Paracauari, ambos no Para). Para o primeiro estudo, desenvolveu-se um experimento de desempenho zootecnico destes camaroes, submetidos a duas densidades de estocagem (condicao normal e de intensificacao). No momento da despesca, mensuraram-se variaveis de crescimento (comprimentos total e abdominal e pesos total, abdominal e do hepatopancreas) e determinou-se o sexo dos individuos. Os efeitos dos SNPs sobre estas variaveis fenotipicas foram testados em modelo xvii linear misto, conduzidos pelo Proc Mixed do programa SAS. Dentre 12 SNPs identificados nesta populacao, houve efeito de interesse para dois SNPs (C256T e T907C) e dois haplotipos (H7 e H10), efeitos estes que compreendem varias caracteristicas de crescimento, incluindo interacoes de densidade e classe populacional. Os efeitos mais importantes foram encontrados na densidade normal de cultivo e nas femeas. O fato de nao terem sido detectados efeitos significativos de SNPs na alta densidade de estocagem neste primeiro estudo exclui a possibilidade de uso desta informacao para a intensificacao do cultivo do M. amazonicum. De qualquer maneira, estes resultados consistem de informacao relevante para aplicacao no desenvolvimento de linhagens com alto potencial de crescimento, atraves da Selecao Assistida por Marcadores. O efeito detectado nas femeas pode ser indicio do envolvimento do gene da HSC70 com o desenvolvimento reprodutivo da especie. Na segunda abordagem feita, detectouse 13 SNPs na populacao do rio Tocantins e seis na populacao do rio Paracauari. Todos os SNPs apresentaram-se sem desvios do equilibrio de Hardy-Weinberg, porem em alguns pares de locos SNPs foi detectado desequilibrio de ligacao. As duas populacoes apresentaram alta diversidade haplotipica. A diversidade de haplotipos para a populacao do rio Tocantins foi 0,712 e para a populacao do rio Paracauari foi 0,596, diferindo significativamente entre as populacoes (P &#8804; &#61472;0,05). A AMOVA indicou que toda a variabilidade esta presente dentro das populacoes, fazendo com que estas duas populacoes nao estejam diferenciadas geneticamente (FST = - 0,00048). Aparentemente, baseando-se somente nas informacoes de diversidade e na ausencia de estrutura genetica, a acao antropica nao tem causado efeitos drasticos no status genetico destas duas populacoes de M. amazonicum. Estes resultados provam que marcadores SNPs localizados no gene da HSC70 sao uteis no estabelecimento de estrategias de manejo em programas de selecao genetica, bem como em programas de conservacao da especie foco deste estudo.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:26:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 OLIVEIRA_JUNIOR_Paulo_2012.pdf: 2558678 bytes, checksum: a031764ca6a58411f3a5fd0752aac91f (MD5) Previous issue date: 2012-06-28 / Financiadora de Estudos e Projetos / Several critically endangered species and subspecies have been saved from extinction in recent years by Ex Situ conservation strategies. However, captive populations are generally small and exposed to the effects of genetic drift, inbreeding and founder effects. Thus, a major challenge for long-term reproduction of these animals is to reduce the loss of heterozygosity and of allelic diversity. The genetic management can guide the matings to maintain the genetic variation as high as possible in the population. It can be achieved by calculating the genetic distance between the specimens, which is performed using molecular biology techniques. The Black-fronted Piping-Guan, Aburria jacutinga (Aves, Cracidae), is an endemic bird of the Atlantic Forest that is threatened of extinction due to the drastic destruction of this biome and the heavy hunting pressure. Among the suggested conservation actions for this species are the development of an Ex Situ conservation program with the goal of making reintroductions in areas where it has become extinct, as well as the maintenance of these captivity stocks controlled by a studbook. Here we have genotyped and analyzed 146 individuals from the five main breeding facilities. The results demonstrated five genetically differentiated populations of Black-fronted Piping-Guan, but their levels of genetic variability were very similar. However when these levels are compared with other species, the data suggest that the genetic variation is lower than desirable to reach the objectives proposed by the Ex Situ conservation programs. Pairing tables and genetic rankings were constructed and indicated kinship and levels of genetic variability of each bird. It was possible to identify the best pairs to be mated and individuals that were adequate for reintroductions. / Diversas espécies e subespécies criticamente ameaçadas foram salvas da extinção nos últimos anos por meio de estratégias de conservação Ex Situ. Porém, as populações de cativeiro são geralmente pequenas, e quanto menor uma população, mais exposta ela se torna aos efeitos da deriva genética, endocruzamento e efeitos fundadores. Assim, um dos grandes desafios para a reprodução em longo prazo desses animais é amenizar a perda de diversidade alélica e heterozigose. O manejo genético pode orientar os acasalamentos de maneira a manter na população a maior variação genética possível através do cálculo da distância genética entre os espécimes, que é realizado por técnicas de biologia molecular. A jacutinga, Aburria jacutinga (Aves, Cracidae), é uma ave endêmica da Mata Atlântica que está ameaçada de extinção devido à drástica destruição deste bioma e à forte pressão de caça. Dentre as ações de conservação sugeridas para esta espécie estão o desenvolvimento de um programa de conservação Ex Situ visando a reintrodução em áreas nas quais ela se tornou extinta e a manutenção desses estoques em cativeiro controlados por um studbook. Foram genotipados e analisados 146 indivíduos oriundos de cativeiro. Os resultados demonstram 5 populações diferenciadas geneticamente de jacutinga, mas seus níveis de variabilidade genética são bastante semelhantes. Entretanto quando esses níveis são comparados com outras espécies, os dados sugerem que a variação genética está abaixo do desejável para se alcançar os objetivos propostos pelos programas de conservação Ex Situ. Tabelas de pareamento e rankings genéticos foram construídos e indicam as relações de parentesco e níveis de variabilidade genética de cada ave. Com eles foi possível apontar os melhores pares a serem acasalados e os indivíduos que estão aptos a serem reintroduzidos.

Submitted by Maike Costa (maiksebas@gmail.com) on 2017-09-05T13:08:15Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 3640831 bytes, checksum: de7f07d28fcf5e57bfc84663e853ef46 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-05T13:08:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 3640831 bytes, checksum: de7f07d28fcf5e57bfc84663e853ef46 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / The objective of this research was to evaluate the fruit quality of seven native genotypes macaw Atlantic Forest and environment, through physical, chemical, antioxidant capacity, fatty acid profile (GC-FID), Phenolic (HPLC-UV) and volatile (SPME-GC-MS) in order to obtain data on potential use and variability of this species. The pulp and almond can be considered as an important source of carbohydrates, lipids, minerals and K, Fe, Ca and P. Almonds are rich in globulin and do not have trypsin inhibitors and/or haemagglutinating activity. The pulp showed high levels of UFA (89.81%) being more abundant oleic acid (8.09 g.100g-1), linoleic (1.56 g.100g-1) and palmitic acid as well as excellent nutritional quality index. Almond also rich in oleic acid (7.61 g.100g-1) contains significant levels of AGS (14.35 g.100g-1), especially lauric, myristic and palmitic acid. The oils have good thermal stability up to 230 °C with DTA curves of exothermic character. The pulp has very high levels of carotenoids (8.64 mg.100g-1) and can be considered rich in vitamin C (47,60 mg.100g-1). The highest concentrations of total phenolics were observed in the peel (274.55 mg.100g-1) and almond (147.23 mg.100g-1). The strongest positive and significant correlation occurred between ABTS● + and PET. Phenolic acids and flavonols were the main components in the studied fractions. The phenolic catechin was only found in all samples. However, the phenolic myricetin was identified with the highest concentration. Genotype 6 stood out to contain the highest concentrations of carotenoids, yellow flavonoids and PET in the peel, ascorbic acid and yellow flavonoids in the pulp and antioxidant activity in the peel. Genotype 7 has the highest content of carotenoids and PET in the pulp. Through the HS-SPME-GC-MS system was first identified (62) Volatile compounds in the pulp. Terpenes, aldehydes and alcohols were the main. The alcohol content ranged from 1.5 to 44.99%; the dioxalanes were present in all genotypes; the hexanal was the main representative of the aldehydes. The pulp macaw has a strong and exotic aroma and high levels of β-Cis-Ocimene, β-Trans-Ocimene and Allo-aromadendrene. The PCA was efficient to indicate the most significant features in the differentiation between the genotypes that showed genetic variability. This fruit can therefore contribute substantially to the supply of nutrients, dietary enrichment of bioactive source and adding value to natural resources in the Brazilian Atlantic Forest for its fresh or processed consumption. / objetivo desta pesquisa foi avaliar a qualidade de frutos de sete genótipos de macaibeira nativos da Mata Atlântica e entorno, por meio da caracterização física, química, capacidade antioxidante, perfil de ácidos graxos (GC-FID), fenólicos (HPLC-UV) e voláteis (SPME-GC-MS) com vistas a obter dados sobre potencial de utilização e variabilidade desta espécie. A polpa e amêndoa podem ser consideradas como importante fonte de carboidratos, lipídios, minerais e K, Fe, P e Ca. As amêndoas são ricas em globulinas e não possuem inibidores de tripsina e/ou atividade hemaglutinante. A polpa apresentou elevados teores de AGI (89,81%) sendo mais abundantes os ácidos oleico (8,09 g.100g-1), linoleico (1,56 g.100g-1) e palmítico além de excelentes índices de qualidade nutricional. A amêndoa, também rica em ácido oleico (7,61 g.100g-1) contem teores significativos de AGS (14,35 g.100g-1), sobretudo láurico, mirístico e palmítico. Os óleos possuem boa estabilidade térmica até 230 ºC com curvas de DTA de caráter exotérmico. A polpa possui teores muito elevados de carotenoides totais (8,64 mg.100g-1) e pode ser considerada rica em vitamina C (47,60 mg.100g-1). As maiores concentrações de fenólicos totais foram observados na casca (274,55 mg.100g-1) e na amêndoa (147,23 mg.100g-1). A correlação significativa e positiva mais forte ocorreu entre ABTS●+ e PET. Os ácidos fenólicos e flavonóis foram os compostos majoritários nas frações pesquisadas. A catequina foi o único fenólico encontrado em todas as amostras. No entanto, a miricetina foi o fenólico identificado com a maior concentração. O genótipo 6 destacou-se por conter as maiores concentrações de carotenoides totais, flavonoides amarelos e PET na casca, ácido ascórbico e flavonoides amarelos na polpa e maior atividade antioxidante na casca. O genótipo 7 tem o maior teor de carotenoides totais e PET na polpa. Através do sistema HS-SPME-GC-MS foram identificados pela primeira vez (62) compostos voláteis na polpa. Terpenos, aldeídos e álcoois foram os principais. O teor de álcoois oscilou de 1,5 a 44,99%; os dioxalanes estiveram presentes em todos os genótipos; o hexanal foi o principal representante dos aldeídos. A polpa de macaíba apresenta aroma forte e exótico e elevados teores de β-Cis-Ocimene, β-Trans-Ocimene e Allo-aromadendrene. A ACP se mostrou eficiente para indicar as características mais significativas na diferenciação entre os genótipos que apresentaram variabilidade genética. Este fruto, portanto, pode contribuir substancialmente para o fornecimento de nutrientes, enriquecimento da dieta, fonte de bioativos e agregação de valor aos recursos naturais da Mata Atlântica brasileira pelo seu consumo fresco ou processado.

Submitted by GRAZYELLA MASSAKO YOSHIDA null (grazyoshida@hotmail.com) on 2018-03-22T20:50:40Z No. of bitstreams: 1 thesis_GMY.pdf: 1722466 bytes, checksum: 3b9d699968bdca5ed4d5856648c5403d (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-03-23T10:39:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 yoshida_gm_dr_jabo.pdf: 1722466 bytes, checksum: 3b9d699968bdca5ed4d5856648c5403d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-23T10:39:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 yoshida_gm_dr_jabo.pdf: 1722466 bytes, checksum: 3b9d699968bdca5ed4d5856648c5403d (MD5) Previous issue date: 2018-02-26 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os objetivos deste trabalho foram: (i) testar a eficiência do algoritmo de seleção de acasalamento (MS) em controlar o nível de endogamia e coascendência, além de aumentar os ganhos genéticos; (ii) incluir a variabilidade genética da futura progênie como componente de otimização na função objetiva de seleção de acasalamento usando dados de dois programas de melhoramento aquícolas; e (iii) comparar a MS com a seleção truncada (TS) e contribuição genética ótima (OCS), combinados com diferentes estratégias de acasalamentos para controlar a endogamia e manter os mesmo níveis de ganhos genéticos. Para os objetivos (i) e (ii), o total de 8.782 tilápias do Nilo (NT) de cinco gerações e 79.144 salmões coho (CS) de oito gerações foram utilizados para otimizar as funções objetivos e vinte gerações discretas foram simuladas para o objetivo (iii), considerando 50 famílias e 2.000 filhos por geração, e uma característica com herdabilidade igual a 0.30. As OFs foram otimizadas considerando a coascendência média dos pais, o mérito genético esperado, a endogamia da futura progênie para os objetivos (i) e (iii) e a variabilidade genética da futura progênie foi adicionada na OF para o objetivo (ii). Para o objetivo (i), a MS permitiu reduzir a endogamia em até 73% para tilápia do Nilo, em comparação com a seleção truncada e até 20% para o salmão coho, em comparação com o cenário real de acasalamento. No objetivo dois, a MS permitiu produzir progênie com maior (DP = 0.77 e 0.30 para NT e CS, respectivamente) ou menor (DP = 0.25 e 0.14 para NT e CS, respectivamente) dispersão dos valores genéticos, dependendo da função objetivo otimizada. A seleção de acasalamentos superou a seleção truncada e o cenário real de acasalamento e também foi possível alterar a variabilidade genética da futura progênie, quando esse componente foi considerado na OF utilizado os dados reais. Para os dados simulados, a MS teve melhor performance comparada com a TS e a OCS combinada com acasalamentos aleatórios. A curto-prazo, a MS foi mais eficiente do que a OCS combinada com os acasalamentos que minimizam a endogamia em controlar a endogamia sob o mesmo nível de ganho genético. Porém, a longo prazo os resultados entre as duas estratégias foram muito semelhantes. De forma geral, o algoritmo de seleção de acasalamentos foi eficiente e flexível em otimizar a função objetiva usando diferentes componentes, em diferentes aplicações práticas na aquicultura. / The aims of this work were: (i) test the efficiency of mate selection (MS) algorithm in controlling the inbreeding and coancestry level, as well, increase the genetic gain; (ii) include the genetic variability of the future progeny as component for the optimization of the MS objective function in two aquaculture real dataset; and (iii) compare MS among truncation selection (TS) and optimum contribution selection (OCS) scenarios combined to different mating strategies to assess the best method in controlling inbreeding and maintain the genetic gain, for aquaculture breeding using simulated dataset. For objective (i) and (ii), a total of 8,782 Nile tilapias (NT) from five generations and 79,144 coho salmon (CS) from eight generations were used to optimize the objective functions (OF) and twenty discrete generations were simulated for the objective (iii), considering 50 families and 2,000 offspring per generation, and a trait with heritability of 0.30. The OFs were optimized accounting to coancestry of parents, expected genetic merit and inbreeding of the future progeny for the objective (i) and (iii) and in addition the genetic variability of the future progeny was considered for the objective (ii). For the objective (i), the mate selection allowed reducing inbreeding up to 73% for NT, compared with truncation selection, and up to 20% for CS, compared with realized scenario. In the objective (ii), MS allowed producing animals with higher (SD = 0.77 and 0.30 for NT and CS, respectively) or lower (SD = 0.25 and 0.14 for NT and CS, respectively) dispersion of estimated breeding value, depending on the objective function optimized. For real data set the MS outperformed the real mates and truncation selection and in addition the genetic variability of the future progeny could be changed when this component was considered in the OF. For the simulated dataset, the MS outperformed the TS and OCS followed by random mating. In the short-term, MS was more efficient than OCS + inbreeding minimizing in controlling inbreeding under the same genetic gain. However, in the long-term, OCS and MS resulted in similar genetic progress and average inbreeding, under the same weight on coancestry. In general, the mate selection algorithm was efficient and flexible to optimize objective functions accounting for different components, under practical applications in aquaculture breeding. / 14/20626-4 e 15/25232-7