Os elementos de transposição (TEs) são elementos repetitivos ubíquos dos genomas. São capazes de transpor-se e multiplicar-se, podendo atingir um número de milhares de cópias. A quantidade de TEs nos genomas varia imensamente mas podem atingir até mais de 50% de todo o DNA das espécies. Os TEs comportam-se como parasitas genômicos e eventualmente são domesticados adquirindo alguma função no hospedeiro. Os TEs têm um ciclo de vida nos genomas que começa no momento de sua entrada (invasão), seguido pela amplificação e decaimento (degeneração). O único meio de sobrevivência dos TEs é uma “fuga” para outra espécie. Esse processo é denominado transferência horizontal (HTT, do inglês Horizontal Transposon Transfer). Inúmeros casos de HTT já foram descritos, inclusive entre espécies de níveis taxonômicos muito distantes como ordens, classes e até mesmo filos. Neste trabalho utilizamos diferentes abordagens na compreensão dos TEs e do processo da HTT. Na primeira parte parte desse trabalho tratamos acerca da história evolutiva de elementos P de Drosophila. O grupo foi reclassificado e inúmeros potenciais eventos de HTT foram detectados. Os resultados também confirmam a monofilia dos elementos P em Drosophila e mostram a existência de 11 subfamílias. Em seguida, testamos possíveis vetores para HTT entre Drosophila e vespas parasitóides. Não encontramos evidência de que estes parasitóides sejam vetores de HTT, mas foram detectados eventos de HTT entre diferentes espécies de Drosophila. E por fim, analisamos 82 genomas de mamíferos para caracterização do padrão de HTT recentes nestas espécies. Detectamos um grande viés na distribuição das HTT em mamíferos e grupos de morcegos apresentaram uma alta incidência de invasões de TEs nos últimos 50 milhões de anos. / The transposable elements (TEs) are repetitive elements ubiquitous of the genome. They are capable to transpose and multiply in the genomes and may reach a number thousands of copies. The amount of TEs in the genomes varies tremendously but can reach up to more than 50% of all DNA from species. The TEs behave as genomic parasites and eventually they are domesticated and acquired some function in the host. The TEs have a life cycle that begins in the genomes invasion, followed by amplification and decay (degeneration). The only way to the TEs survive is to escape to other species. This process is called horizontal transposon transfer (HTT). A lot of cases of HTT have been described, including among very distant species as from different orders, classes and even phyla. In this work we use different approaches in understanding the TEs and the process of HTT. Initially we work on evolutionary history of P elements in the Drosophila species. The group was reclassified and a lot of potential events HTT were detected. The results also confirm the monophyly of P elements in the Drosophila species and the existence of 11 subfamilies. Then we tested for potential vectors to HTT between Drosophila and parasitoid wasps. We not found evidence that these parasites are vectors of HTT but some HTT events between different Drosophila species were detected. Finally, we analyzed 82 mammalian genomes for characterization of the recent HTT pattern in this group. We detected a large bias in the distribution of HTT in mammals and some bats showed a high incidence of TE invasions in the last 50 million years.

O elemento transponível hobo pode estar presente sob três formas no genoma de Drosophila simulans: como cópias autônomas completas (ou canônicas), como cópias defectivas internamente deletadas e como seqüências relacionadas a hobo (ou “relics”). Algumas evidências indicam que cópias completas e internamente deletadas são aquisições recentes desse genoma, enquanto os “relics” são componentes antigos, normalmente degenerados, defectivos e até recentemente considerados imóveis. O estudo desse tipo de seqüências pode ajudar a desvendar algumas questões sobre sua origem, dinâmica e seu papel na história evolutiva da família hobo. No presente trabalho, buscamos contribuir ao entendimento de algumas dessas questões estudando a dinâmica de uma família particular de seqüências relacionadas a hobo de D. simulans. Primeiramente, isolamos uma seqüência “relic” hobo envolvida no surgimento de uma mutação white de novo em uma linhagem hipermutável de D. simulans. Esta seqüência, denominada hobov-a, apresenta divergência típica de elemento “relic” em relação ao elemento canônico, é defectiva como outras já descritas, porém, mobilizável, pois apresentando estruturas essenciais para mobilização bem conservadas. Além disso, apresenta alta similaridade estrutural e de seqüência com um elemento “relic” de Drosophila sechellia, mas parece estar ausente do genoma de Drosophila melanogaster. A análise populacional de hobov-a revela que estes elementos são bem conservados entre diferentes populações de D. simulans. Apresentam, ainda, polimorfismo de sítios de inserção e variabilidade no número de cópias, o que nos dá fortes indícios de atividade atual ou recente desses elementos no genoma dessas populações. Pela similaridade compartilhada com elementos MITEs em muitas de suas características estruturais e funcionais, sugerimos, apontando algumas evidências, que elementos hobov-a podem ser ou uma nova família de MITEs de Drosophila ou, mais provavelmente, estariam se encaminhando para esse destino, utilizando o elemento canônico como fonte para sua mobilização.

Os elementos de transposição (TEs) são elementos repetitivos ubíquos dos genomas. São capazes de transpor-se e multiplicar-se, podendo atingir um número de milhares de cópias. A quantidade de TEs nos genomas varia imensamente mas podem atingir até mais de 50% de todo o DNA das espécies. Os TEs comportam-se como parasitas genômicos e eventualmente são domesticados adquirindo alguma função no hospedeiro. Os TEs têm um ciclo de vida nos genomas que começa no momento de sua entrada (invasão), seguido pela amplificação e decaimento (degeneração). O único meio de sobrevivência dos TEs é uma “fuga” para outra espécie. Esse processo é denominado transferência horizontal (HTT, do inglês Horizontal Transposon Transfer). Inúmeros casos de HTT já foram descritos, inclusive entre espécies de níveis taxonômicos muito distantes como ordens, classes e até mesmo filos. Neste trabalho utilizamos diferentes abordagens na compreensão dos TEs e do processo da HTT. Na primeira parte parte desse trabalho tratamos acerca da história evolutiva de elementos P de Drosophila. O grupo foi reclassificado e inúmeros potenciais eventos de HTT foram detectados. Os resultados também confirmam a monofilia dos elementos P em Drosophila e mostram a existência de 11 subfamílias. Em seguida, testamos possíveis vetores para HTT entre Drosophila e vespas parasitóides. Não encontramos evidência de que estes parasitóides sejam vetores de HTT, mas foram detectados eventos de HTT entre diferentes espécies de Drosophila. E por fim, analisamos 82 genomas de mamíferos para caracterização do padrão de HTT recentes nestas espécies. Detectamos um grande viés na distribuição das HTT em mamíferos e grupos de morcegos apresentaram uma alta incidência de invasões de TEs nos últimos 50 milhões de anos. / The transposable elements (TEs) are repetitive elements ubiquitous of the genome. They are capable to transpose and multiply in the genomes and may reach a number thousands of copies. The amount of TEs in the genomes varies tremendously but can reach up to more than 50% of all DNA from species. The TEs behave as genomic parasites and eventually they are domesticated and acquired some function in the host. The TEs have a life cycle that begins in the genomes invasion, followed by amplification and decay (degeneration). The only way to the TEs survive is to escape to other species. This process is called horizontal transposon transfer (HTT). A lot of cases of HTT have been described, including among very distant species as from different orders, classes and even phyla. In this work we use different approaches in understanding the TEs and the process of HTT. Initially we work on evolutionary history of P elements in the Drosophila species. The group was reclassified and a lot of potential events HTT were detected. The results also confirm the monophyly of P elements in the Drosophila species and the existence of 11 subfamilies. Then we tested for potential vectors to HTT between Drosophila and parasitoid wasps. We not found evidence that these parasites are vectors of HTT but some HTT events between different Drosophila species were detected. Finally, we analyzed 82 mammalian genomes for characterization of the recent HTT pattern in this group. We detected a large bias in the distribution of HTT in mammals and some bats showed a high incidence of TE invasions in the last 50 million years.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:53:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5243_1.pdf: 854827 bytes, checksum: fb13a669eb1c6cefe0fff9ed7f1d9ffe (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / O câncer de cólon uterino é apontado mundialmente como o mais incidente em mulheres, e o HPV tem sido descrito como o principal causador dessa patogenia. Durante o processo patogênico, o HPV interfere nos mecanismos gênicos da célula, daí a grande importância dos estudos desenvolvidos com a técnica de microarranjos que têm apresentado à comunidade científica diversos genes relacionados à infecção. Como os polimorfismos de base única (SNPs) vêm sendo associados a susceptibilidade ou não a doença, o presente trabalho descreve o programa SNP8, o qual foi desenvolvido para a análise de SNPs que possam ocorrer em regiões codificadoras (CDS) do genoma humano. O programa SNP8 é de livre acesso pela internet e requer apenas informações a respeito do gene que se pretende estudar, como nome, ID e símbolos oficiais. Em seguida o programa inicia a busca e alinha as seqüências RefSeq Exons, encontradas no banco público do NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) e das ESTs, encontradas no banco público do UCSC Genome Browser (genome.ucsc.edu). Os SNPs encontrados entre essas seqüências são armazenados para posteriores análises. Em um processo passo, o programa busca as seqüências de SNPs já anotadas no banco público do NCBI e as compara com os SNPs previamente armazenados pelo programa. As comparações que coincidem são descartadas e as que não coincidem são propostas como potenciais novos SNPs, os quais são alinhados com a seqüência CDS do gene em estudo para a determinação da posição desses potenciais novos SNPs no CDS. Durante a validação do programa foram encontrados muitos potenciais novos SNPs em regiões CDS, dos quais 53,12% foram não sinônimos e 46,88% foram sinônimos. Esses SNPs foram confirmados por 30 70% do total de ESTs analisadas para cada gene. Com a descoberta desses potenciais novos SNPs para genes importantes relacionados a patogenia do HPV, nós sugerimos uma análise de confirmação desses potenciais SNPs encontrados pelo programa SNP8, o que acarretaria numa ampliação do banco dbSNP, de onde os dados foram retirados. Devido ao programa SNP8 trabalhar com dados atualizados dos bancos de dados do NCBI e do UCSC Genome Browser, a comunidade científica está melhor informada dos diferentes SNPs que podem ser encontrados exclusivamente em regiões CDS do genoma humano

Submitted by Rafael Santana (rafael.silvasantana@ufpe.br) on 2018-01-23T19:32:16Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Dissertacao_Crhisllane_Genetica.pdf: 1853232 bytes, checksum: 496b497eae0c5059051f87124fbccc04 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-23T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Dissertacao_Crhisllane_Genetica.pdf: 1853232 bytes, checksum: 496b497eae0c5059051f87124fbccc04 (MD5) Previous issue date: 2016-03-11 / De acordo com a Organização Mundial de Saúde, 1-2 milhões de novos casos de leishmaniose ocorrem a cada ano. As drogas disponíveis para tratamento têm sérias desvantagens e nenhuma vacina eficaz foi desenvolvida. Assim, são necessárias aplicações utilizando abordagens sistêmicas para descoberta de novos alvos para drogas/vacinas. Uma destas abordagens é o estudo de redes de interação proteica. Portanto, o objetivo principal deste trabalho é modelar redes de interação de proteínas para Leishmania braziliensis e Leishmania infantum a partir de seus proteomas preditos com base em informações estruturais. Para isso, as sequências das proteínas dos organismos alvos foram obtidas do TritrypDB e suas estruturas preditas através dos pacotes de programas MODELLER e Modpipe e dos servidores MHOLline e Phyre2. Posteriormente, essas estruturas passaram por processos de refinamento e foram então avaliadas. Um total de 480 e 463 proteínas de Leishmania braziliensis e Leishmania infantum, respectivamente, tiveram suas estruturas preditas dentro dos parâmetros estereoquímicos e energéticos aceitáveis. Estas foram divididas em subgrupos de acordo com sua localização subcelular, e a predição de interação foi realizada através do consenso entre o método de acoplamento de corpo rígido e acoplamento baseado em modelo. As redes resultantes se apresentaram biologicamente consistentes com diferença significativa quando comparado às redes aleatórias, e a partir destas, foi possível obter informações sobre estrutura, localização subcelular, interações entre proteínas e selecionar proteínas importantes para a estabilidade da rede de interação proteica. / According to the World Health Organization, 1-2 million new cases of leishmaniasis occur each year. Available drugs for treatment have serious disadvantages, and no effective vaccine has been developed. Thus, applications using systemic approaches to discover new targets for drugs/vaccines are needed. One such approach is the study of protein interaction networks. Therefore, the main objective of this work is to model protein interaction networks for Leishmania braziliensis and Leishmania infantum from their predicted proteomes, based on structural information. In order to accomplish this, the protein sequences from the target organisms were obtained from TritrypDB, and their structures predicted through the MODELLER and Modpipe program packages and MHOLline and Phyre2 servers. Subsequently, these structures had undergone refining processes, and were evaluated. A total of 480 and 463 proteins of Leishmania braziliensis and Leishmania infantum, respectively, had their structures predicted within the acceptable stereoisomers and energy parameters. These were divided into subgroups according to their subcellular localization, and the prediction of interaction was carried out through consensus between the rigid body docking and docking based on model. The resulting networks were found to be biologically consistent with significant differences when compared against random networks, and from them, it was possible to obtain information on structure, subcellular localization, interactions between proteins in each proteome and select proteins important for the stability of the protein-protein network.

Memoria (licenciado en ciencias jurídicas y sociales) / No autorizada por el autor para ser publicada a texto completo / El tema de la patentabilidad de los descubrimientos genéticos plantea discusiones en aspectos de variada índole, algunos de los cuales están tratados en este trabajo, pero sin que se vislumbre hasta ahora cuál será la solución definitiva, debido a los intereses divergentes que inspiran a cada uno de los participantes de este debate. El desafío de conciliar las distintas posiciones queda a cargo del derecho, el que a través de una legislación clara, que ofrezca una solución justa, deberá cumplir con su función primaria de ordenar la convivencia del hombre en sociedad.

Submitted by Tatiana Oliveira (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2012-05-20T23:46:19Z No. of bitstreams: 1 alexandre_s_freire_ioc_ebs_0019_2009.pdf: 1308505 bytes, checksum: c7f7d30c3e4948ed48a24eab9058e569 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-05-20T23:46:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 alexandre_s_freire_ioc_ebs_0019_2009.pdf: 1308505 bytes, checksum: c7f7d30c3e4948ed48a24eab9058e569 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz . Rio de Janeiro,RJ, Brasil / A produção do conhecimento dá-se de forma mais veloz do que as mudanças educacionais podem acompanhar. Em Biologia, muitas novas teorias são rapidamente traduzidas em produtos que são, por sua vez, absorvidos pela sociedade. É necessário discutir os novos conceitos juntamente com as idéias clássicas no Ensino Médio. Esse trabalho tem como objetivo discutir a Genética Clássica e moderna a partir da avaliação: i) do espaço dedicado [aos esses] assuntos nos livros didáticos; ii) da análise dos posicionamentos dos estudantes acerca dos novos conceitos da “Nova Biologia”; iii) do desenvolvimento e da discussão do uso do “Jogo do Genoma” entre estudantes de Ensino Médio. Para responder a esses questionamentos, os resultados estão divididos em três capítulos, além do Anexo I (Xavier et al., 2006). O artigo no Anexo I avaliou o conteúdo dos livros didáticos. Um total de 12 livros foi analisado quanti e qualitativamente. Os resultados deste artigo sugerem que apenas alguns livros apresentam termos associados à “Nova Biologia”, além de haver de muito espaço dedicado a termos clássicos da Genética.O capítulo 5.1 demonstrou as visões dos estudantes em relação aos conceitos da “Nova Biologia”. Questionários e entrevistas semi-estruturadas foram aplicados em colégios privados e públicos de duas cidades do estado do Rio de Janeiro. Os resultados sugerem que os estudantes sabem sobre os conceitos relacionados à “Nova Biologia”, especialmente aqueles que estão sendo discutidos já mais tempo e mais amplamente pela mídia. O capítulo 5.2 fala sobre a elaboração do “Jogo do Genoma”. O capítulo 5.3 discute o uso do jogo em turmas do terceiro ano de escolas de Ensino Médio do município de Petrópolis, no estado do Rio. Os estudantes jogaram o jogo e responderam perguntas para que as impressões sobre o jogo pudessem ser obtidas. Os resultados sugerem que o Jogo do Genoma pode ser utilizado em aulas de Genética para motivar os alunos a participar mais ativamente no seu próprio aprendizado. Neste trabalho, foi observado que os livros didáticos não abrangem o conteúdo mínimo relativo aos avanços biotecnológicos, e os estudantes não são fluentes na maioria dos temas da “Nova Biologia”. Por outro lado, o “Jogo do Genoma” parece motivar os alunos de forma que atuem como uma ferramenta auxiliar e eficiente para o ensino de Genética e que também poderá ser usado no ensino de Biologia. / The production of knowledge takes place more quickly than changes in education can follow. In biology, many new theories are quickly translated into products that are in turn absorbed by society. It is necessary to discuss the new concepts together with the classical ideas in high school. This paper aims to discuss the classical and modern genetics from the evaluation: i) the space dedicated to [these] issues in textbooks, ii) the analysis of placements of students about new concepts of "New Biology", iii) development and discussion of the use of "Game of the Genome" among high school students. To answer these questions, the results are divided into three chapters, in addition to Annex I (Xavier et al., 2006). Article in Annex I assessed the content of textbooks. A total of 12 books was analyzed quantitative and qualitatively. The results of this paper suggest that only a few books have terms associated with "New Biology", besides having a lot of space devoted to the classical terms Genética.O Section 5.1 demonstrated the views of students about the concepts of "New Biology". Questionnaires and semi-structured interviews were applied to public and private schools in two cities in the state of Rio de Janeiro. The results suggest that students know about the concepts related to the "New Biology", especially those that are being discussed now longer and more widely by the media. Chapter 5.2 discusses the development of the "Game of the Genome." Chapter 5.3 discusses the use of the game in the third year classes of high schools in the city of Petrópolis, State of Rio Students played the game and answered questions for the impressions of the game could be obtained. The results suggest that the Genome Game can be used in genetics classes to motivate students to participate more actively in their own learning. In this study, we observed that textbooks do not cover the minimum content on the advances in biotechnology, and students are not proficient in most of the themes of "New Biology". On the other hand, the "Game of the Genome" seems to motivate students so that they act as an auxiliary tool and efficient for teaching genetics and can also be used in teaching biology.

Memoria para optar al Título de Periodista / La ciencia y la tecnología han seguido avanzando vertiginosamente entre fines del siglo XX e inicios del siglo XXI. Frente al cúmulo de información, muchas veces compleja que se avecina, es fundamental reparar en la labor social de la prensa que debe mantener a la sociedad informada adecuadamente sobre las implicancias de las investigaciones que se llevan a cabo, tanto en Chile como en el extranjero, y que tendrán efectos directos para las personas en un futuro no muy lejano. La escasa cultura científica de la mayoría viene conformada por la insuficiente, parcial y sesgada información que suministran los medios, en particular la televisión. En la prensa casi nunca intervienen dos científicos con puntos de vista contrapuestos, y suele manejarse una única fuente. No se propician debates de calidad y mínimamente informados, y a menudo se explota el sensacionalismo y el alarmismo como recurso para captar audiencia. Una percepción distorsionada de los problemas que plantea el desarrollo científico-tecnológico puede llevar a actitudes irracionales ante la investigación en diversas áreas de conocimiento y a posicionamientos políticos muy influidos por esta percepción social negativa de riesgos. Estas razones motivaron el desarrollo de este reportaje de investigación que tiene como tema central el Proyecto Genoma Humano y sus implicancias médicas, sociales y éticas. Se trata de una investigación que además de informar pretende, de alguna manera, reivindicar al periodismo científico en medio de un entorno “farandulizado” en extremo. Para lograr un entendimiento global de los temas científicos es necesario partir por una definición clara y sencilla del problema. En este caso el primer capítulo abordará la interrogante respecto a qué es el Proyecto Genoma Humano (PGH) y todos los elementos que lo rodean, utilizando un lenguaje cercano y de fácil comprensión que ponga al lector en una posición cómoda y no confusa. Los datos teóricos entregan una base para seguir adelante con el segundo capítulo que trata las aplicaciones que tendrán los conocimientos derivados de la investigación desarrollada en torno al Proyecto Genoma Humano. El interés de quien lee aumentará si logra sentir la cercanía de los descubrimientos: saber que las enfermedades que ahora no tienen cura, quizás podrán tenerla o que será posible fabricar medicamentos específicos para cada persona. Las alternativas que se abren son muchas, pero si no existe un manejo adecuado de la información, se puede prestar para abusos y prácticas discriminativas. Es por eso que el tercer capítulo se hace cargo de una reflexión sobre los aspectos éticos que implica el Proyecto Genoma Humano. La posibilidad de alterar, manipular o modificar la carga genética de los individuos precisa de una reflexión profunda sobre el significado de estas posibilidades. Según Muin J. Khoury , abunda el entusiasmo por el progreso logrado en el Proyecto Genoma Humano tanto en la comunidad científica y de investigación como en la médica. Sin embargo, también abunda la confusión, mientras unos se preocupan por los aspectos sociales y éticos que rodean la genética, otros consideran que está ocurriendo una revolución en el campo de la medicina, una revolución que dará paso a una nueva era en la prevención y el tratamiento de enfermedades.

El dengue es una enfermedad febril aguda viral causada por la infección con uno de los cuatro serotipos del virus del dengue (DENV-1, 2, 3 y 4) que se trasmite al hombre a través del mosquito del género Aedes aegypti. En el presente estudio se identificaron los genotipos y linajes de los cuatro serotipos del virus dengue a partir de los aislamientos obtenidos en muestras procedentes de diferentes regiones geográficas de Perú durante los años 1998 - 2012. El diseño del estudio fue descriptivo - retrospectivo de las características genéticas, 109 cepas que pertenecen a uno de los cuatro serotipos del virus dengue fueron procesadas por la RT-Nested PCR para amplificar la región del gen E/NS1 y se secuenció el genoma completo de una cepa de DENV-2. Las secuencias fueron alineadas con el programa CLUSTAL X y analizadas con el programa MEGA 5.0 con el algoritmo de distancia Neighbor Joining para E/NS1 y el método de Maximum Likelihood para el genoma completo. Se identificó el serotipo DENV-1, genotipo V, con tres linajes; respecto al serotipo DENV-2, se estableció dos genotipos: el genotipo América con dos linajes y genotipo América/Asia con cinco linajes. El serotipo DENV-3, presentó el genotipo III con cinco linajes y finalmente se halló el serotipo DENV-4 con dos linajes. Se concluye que los cuatro serotipos de los virus dengue aislados en diferentes áreas geográficas de Perú durante los años 1998 - 2012 presentaron variabilidad genética a nivel de genotipos y linajes, siendo el DENV-3 más divergente con cinco linajes y el DENV-4 menos divergente con dos linajes, respecto a los otros serotipos estudiados. Palabras clave: virus dengue, serotipo s virus dengue, genotipo viral, linaje viral, genoma viral / Dengue is an acute febrile viral disease caused by infection with one of the four dengue virus serotypes (DENV-1, 2, 3 and 4) that is transmitted to humans by the mosquito Aedes aegypti. In the present study identified genotypes and line ages of the four dengue virus serotypes from isolates from different geographic regions of Peru from 1998 - 2012. Design of the study was descriptive – retrospective of the genetic features, 109 strains belonging to one of the four dengue virus serotypes were processed by RT-Nested PCR to amplify the gene region E/NS1 and sequenced the full genome of a strain of DENV-2. Sequences were aligned with the program CLUSTAL X and analyzed with the software MEGA 5.0 with the Neighbor-Joining distance algorithm for E/NS1 and Maximum Likelihood method for full genome. Was identified serotype DENV-1, genotype V, with three lineages; respect to serotype DENV-2, were described two genotypes: genotype America with two lineages and genotype Americas/Asia with five lineages. DENV-3 genotype III presented the five lineages and ultimately was found DENV-4 with two lineages. We conclude that the four serotypes of dengue viruses isolated in different geographical areas of Peru during 1998 - 2012 showed genetic variation at the level of genotypes and lineages, DENV-3 remains the most divergent with five lineages and least divergent DENV-4 with two lineages, compared to the other serotypes examined. Keywords: dengue virus, dengue virus serotype, viral genotype, viral lineage, viral genome.

Orientador: Cesar Martins / Abstract: One of the biggest challenges in chromosome biology is to understand the occurrence and complex genetics of extra, non-essential karyotype elements, commonly known as supernumerary B chromosomes (Bs). Bs are present in diverse species of eukaryotes and their molecular characterization remains elusive for years. A distinguished feature that makes them different from the normal chromosomes (called A chromosomes) is their way of inheritance in irregular fashion. Over the last decades, their genetic composition, function and evolution have remained an unresolved query, although a few successful attempts have been made to address these phenomena. The non-Mendelian inheritance and unpairing/non-recombining abilities make the B chromosomes immensely interesting for genomics studies, thus arising different questions about their genetic composition, survival, maintenance and role inside the cell. This study aims to uncover these phenomena in different species. Here, we sequenced the genomes of three model organisms including fish species Astyanax mexicanus and Astyanax correntinus, and grasshopper Abracris flavolineata with (B+) and without Bs (B-) to identify the B-localized sequences, called B chromosome blocks (“B-blocks”). We established approaches for this analysis that comprised of steps such as comparative genomics analysis and annotation of B chromosomal genes and DNA repeat types. The next generation sequencing (NGS) analyses identified thousands of genes fragments as well as... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor