Resumo não disponível.

Made available in DSpace on 2015-11-04T13:29:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 thais_carneiro_ioc_mest_2014.pdf: 1876010 bytes, checksum: 1e2c6b5de2029c4c9787f8070f8c3d9e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A dengue é considerada a mais importante das doenças virais transmitida por artrópodes que acomete o homem. O vírus dengue (DENV) é mantido na natureza através de replicação cíclica em hospedeiros vertebrados e mosquitos Aedes, sendo o Aedes aegypti o principal vetor. O seqüenciamento completo de DENV-3 isolado de Ae. aegypti naturalmente infectado do Rio de Janeiro em 2001 e de um caso humano em 2002, demonstrou uma similaridade de 99% com DENV-3 isolado de um caso fatal humano ocorrido no mesmo período. A análise da região 3´NC do genoma viral demonstrou uma mutação nesta região, sugerindo uma deleção de 8 nucleotídeos (nts) na inserção de 11nts, característica de DENV-3 isolados no Brasil. Neste estudo, avaliamos se as diferentes variantes de DENV-3 na interação vírus-vetor através da determinação da competência vetorial em Ae. aegypti. As cepas de DENV-3 BR74886 #5 (cepa representativa do vírus com inserção de 11nts na região 3\2019NC) e BR73356 #5 (cepa representativa do vírus com a deleção de 8 nts), apresentando títulos de 8 x 107 PFU/mL e 7,3 x 107 PFU/mL, respectivamente, mantiveram suas características na região 3\2019NC do genoma viral após cinco passagens em cultura celular e foram selecionadas para a infecção experimental. A estratégia de infecção consistiu na utilização de 2.925 fêmeas de Ae. aegypti, sendo que 2.340 da geração F1 da população de Tubiacanga (RJ) e 585 da cepa controle Paea A população experimental se mostrou competente para transmitir as duas cepas virais de DENV-3, no entanto a disseminação viral no corpo do mosquito apresentou-se de forma heterogênea, sugerindo haver vantagens para a cepa com inserção de 11 nts, uma vez que disseminou-se mais rapidamente. Quando as fêmeas de Ae. aegypti foram alimentadas com ambas as cepas, a disseminação no vetor comportou-se de maneira semelhante à observada quando alimentadas com a cepa representativa da inserção de 11 nts. A análise das cepas de DENV-3 detectadas nas cabeças das fêmeas após replicação in-vivo por 14 dias, não identificou alterações nas características de cada cepa. No entanto, a análise desta região demonstrou uma prevalência do vírus com a inserção de 11 nts quando as fêmeas foram alimentadas com as duas cepas simultaneamente. Variações entre os títulos virais foram observados nas salivas de fêmeas infectadas com as diferentes cepas virais, sugerindo que embora ambas as cepas de DENV-3 possam ser transmitidas na natureza, a cepa com a inserção de 11 nts possui maior eficácia. Os resultados indicam que diferentes cepas virais, variantes genéticas ou mutações que ocorram em um mesmo genótipo podem impactar na competência vetorial dos mosquitos, podendo afetar diretamente o potencial epidêmico de uma cepa de vírus em particular / Dengue is considered the most important arthropod - borne viral disease that affects humans. Dengue virus (DENV) is maintained in nature by a cyclic replication in vertebrate hosts and Aedes mosquitoes, with the Aedes aegypti as the main vector. The complete sequencing of a DENV - 3 strain isolated from Ae. aegypti naturally infected in Rio de Janeiro in 2001 and from a h uman case occurred in 2002 demonstrated a similarity of 99% with a DENV - 3 isolated from a human fatal case occurred in the same period. However, the analysis of the 3 Untranslated Region (UTR) of the viral genome showed a mutation in this region, suggestin g a deletion of 8 nucleotides (nts) within the 11 nucleotides insertion, characteristic of DENV - 3 isolated in Brazil. In this study, we evaluated whether the distinct DENV - 3 variants presenting those characteristics showed differences on the virus - vector i nteraction by determining the vector competence of two populations of Ae. aegypti . The DENV - 3 strain BR74886#5 (with the 11nts insert in the region 3' UTR ) and the strain BR73356#5 (with an 8 nts deletion), presented titers of 8 x 10 7 PFU/mL and 7.3 x 10 7 PF U/mL, respectively, maintained its characteristics in the 3' UTR region of the viral genome after five passages in cell culture and were selected for experimental infection. The infection strategy consisted in the use of 2,925 female Ae. a egypti : 2,340 of a F1 generation from the Tubiacanga (RJ) population and 585 Paea control mosquitoes. The experimental population proved to be competent to transmit the two DENV - 3 strains. However, the viral dissemination in the body of the mosquito presented heterogeneousl y, suggesting that there are advantages for the strain with 11 nts insertion in the 3' UTR , once disseminated more rapidly . When Ae. aegypti were fed with the both strains, the viral dissemination in the vector was similar to that observed when fed with 11 nts insertion in the 3' UTR . The analysis of the 3' UTR from the DENV - 3 strains detected in the heads of females after in - vivo replication for 14 days, did not identify changes in the 3’ UTR of each strain. However, the analysis of the females infected with two strains simultaneously detected only the presence of the strain carrying the 11 nts insertion in the 3' UTR . Viral titer differences were observed in the saliva of the experimentally infected Ae. a egypti females suggesting that even tough both variants are transmissible, the variant presenting the 11nts is more efficiently transmitted. The results indicate that different viral strains, genetic variants or mutations that occur in the same genotype may impact on the vector competence of mosquitoes, which c an directly affect the epidemic potential of a particular virus strain

Made available in DSpace on 2016-03-28T12:41:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 diego_cambuy_ioc_mest_2014.pdf: 2689625 bytes, checksum: 9a0d86cf1fe73771c946b0bd687aec4b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A coqueluche, ou pertússis, é uma doença do trato respiratório causada principalmente pela bactéria Bordetella pertussis. Após 50 anos de vacinação, pertussis reemergiu, passando a ser a doença imunoprevinível mais frequente mesmo em países desenvolvidos. Várias são as hipóteses para a reemergência de pertússis, uma delas é a adaptação do patógeno frente à vacinação. Linhagens contemporâneas de B. pertussis diferem de linhagens do período pré-vacinal, especialmente em genes codificadores de proteínas usadas na produção de vacinas acelular. Esta re-emergência também tem sido observada no Brasil, assim, realizamos a caracterização genética por MLST baseado nesses genes, de 26 isolados B. pertussis de surtos de três regiões brasileiras (Norte, Sul e Nordeste). Foram identificados dois perfis alélicos, em 24 isolados: prn2-ptxS1A-fim3B-ptxP3, de surtos (2008-2013) de Alagoas, Pernambuco e Rio Grande do Sul - e o perfil prn2-ptxS1A-fim3A-ptxP3 , em dois isolados de Pará/2004. Análises filogenéticas agruparam esses perfis com isolados do período pós vacinal de outras partes do globo. Deste conjunto, três do perfil mais frequente e um do perfil menos frequente, tiveram seus genomas sequenciados na plataforma GS 454 Junior. A comparação desses genomas com outros genomas de B. pertussis disponíveis em dados públicos não identificou SNPs ou genes únicos que caracterizassem os isolados do Brasil Este estudo desenvolveu uma metodologia que permitiu definir a posição da IS481 nos genomas, e uma delas corresponde a um gene relacionado a regulação da transcrição da família MarR, Análise filogenômica, baseada em 826 SNPs, demonstrou que os isolados recentes do Brasil da linhagem pandêmica que presente em todos os continentes, exceto a África. Foi observado também que as relações filogenéticas inferidas pelo MLST são semelhantes àquelas inferidas quando se utiliza o genoma completo, isso denota a pressão seletiva sobre esses genes. Sendo assim, a cepa utilizada na produção da vacina no Brasil, que apresenta o perfil alélico prn1-ptxS1D - fim3A-ptxP2, pode não ser capaz de gerar uma resposta imune protetora frente às linhagens circulantes no país. Este estudo traz, pela primeira vez, informações genéticas e genômicas de isolados de B. pertussis do Brasil, país que apresenta cobertura vacinal bastante heterogênea, que utiliza, oficialmente, a vacina celular, mas que, também, aplica a vacina acelular. As informações reveladas neste estudo podem auxiliar a tomada de ações para o controle de pertússis no Brasil, além do conhecimento sobre epidemiologia e evolução de B. pertussis / Pertussis more commonly referred as whooping cough is respiratory tract disease mainly caused by the bacteria B. pertussis. After 50 years of vaccination pert ussis remerged, becoming the most frequent vaccine preventable disease in developed countries. Many hypotheses have been proposed for the re - emergence of pertussis, one being the pathogen adaptation in a vaccinated environment. Current pertussis strains ar e different than those from the prevaccination era, especially in genes that code for proteins used in acelluar pertussis vaccines. This re - emergence is also observed in Brazil, therefore we characterized 26 isolates from 3 regions of Brazil (North,South,N ortheast) using an MLST approach based on these genes. We identified two allelic profiles, 24 isolates from the states of Rio Grande do Sul (2008 - 2009), Alagoas (2008 - 2009), Pernambuco (2013) and Pará (2004) presented the prn2 - ptxS1A - fim3B - ptxP3 allelic pr ofile, while 2 isolates from Pará (2004) presented the prn2 - ptxS1A - fim3A - ptxP3 allelic profile. Phylogenetic analysis branch these two allelic profiles along with other post vaccination isolates around the globe. Four isolates, three from the dominant prof ile and one from the less frequent profile, had their genomes completed sequenced on the GS 454 Junior Platform. We compared these genomes with others available in public databases and no SNP or unique genes were identified in the Brazilian genomes. This s tudy also developed a methodology that identifies the location of the repetitive region IS481, and what genes it interrupted. One of them was the MarR transcriptional regulator gene. Phylogenomic analysis based on 826 SNPs revealed that Brazilian B. pertus sis lineages are part of the current pandemic linage present in all continents, except Africa. We also observed that phylogenomic relationships are similar to MLST’s. Therefore, strain used for pertussis vaccine in Brazil, that presents the prn1 - ptxS1D - f im3A - ptxP2 allelic profile, might not be able to induce immune response to the current linage circulating in the country. This is the first study with genetic and genomic informations of B. pertussis isolates in Brazil, which is a country with heterogeneou s vaccine coverage and mixed and has both cellular and acellular vaccine administrated to the population. Information brought with this study can help the decision making on the control of pertussis in Brazil and gives new insights on the epidemiology and evolution of B. pertussis

Made available in DSpace on 2016-04-07T13:21:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 nelson_filho_ioc_dout_2015.pdf: 18433990 bytes, checksum: 8dd6a2876cb547b6a2d7fe8493822e55 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A inferência de homologia entre organismos é uma atividade da genômica comparativa que possibilita compreender melhor a relação entre os mesmos e, por conseguinte, sua distância evolutiva. Especificamente, a identificação de genes ortólogos, ou seja, aqueles que têm sua origem em um ancestral comum, permite oferecer melhorias na anotação funcional de genes, uma vez que genes ortólogos tendem a ter sua função conservada. Com a crescente disponibilidade de genomas através de técnicas de NGS, a construção e atualização de bases de dados de ortólogos representam um desafio constante, pois demandam o estudo e identificação das relações entre os genes de tais organismos, em um volume de dados cada vez mais extenso e a um custo computacional cada vez mais elevado. Nesta tese propomos a solução para nuvem computacional elastic-OrthoSearch, um workflow científico de genômica comparativa inspirado no OrthoSearch, responsável pela inferência de homologia entre organismos com o uso de abordagem baseada em melhores hits recíprocos e perfis de Markov. Também propomos uma metodologia para criação de bases de ortólogos construída através do reuso do OrthoSearch. Esta metodologia mostrou-se capaz de alavancar a oferta de grupos ortólogos e assim auxiliar, por exemplo, na identificação de alvos de protozoários / Homology inference among organisms is a comparative genomics tasks which allows for a better understanding on how such organisms are related to each other and on their evolutionary distance. Specifically, the identification of orthologous genes – those who share a common ancestor – allows for functional gene annotation improvements, as orthologous genes tend to preserve their functions. The increasing amount of genomic data provided by the NGS techniques makes the orthologous databases’ building and update processes a challenging task. It requires the identification and study of the organisms’ genes relationships, in an extensive data volume and at an increasing computational cost. In this thesis we propose elastic-OrthoSearch, a cloud-enabled comparative genomics scientific workflow, derived from OrthoSearch. It aims at providing homology inference among organisms, in a reciprocal best hits and Markov profiles approach. We also propose an improved orthologous database creation methodology built on top of OrthoSearch. Such methodology has shown means to offer a broader orthologous groups dataset, which could in turn aid on Protozoa target identification.

Made available in DSpace on 2016-06-23T12:17:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 natalia_dias_ioc_mest_2016.pdf: 4003252 bytes, checksum: 334e10f558e216ed341689fe1059bbba (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016 / Made available in DSpace on 2016-07-05T23:56:04Z (GMT). No. of bitstreams: 3 natalia_dias_ioc_mest_2016.pdf.txt: 222890 bytes, checksum: 81d3dedcc21ce83748aed497edbbfd52 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) natalia_dias_ioc_mest_2016.pdf: 4003252 bytes, checksum: 334e10f558e216ed341689fe1059bbba (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A infecção pelo vírus da hepatite B (HBV) representa um grave problema de saúde pública mundial. Dez genótipos (A a J) foram identificados e alguns deles foram ainda classificados em subgenótipos. O genótipo D (HBV/D) tem uma distribuição mundial e possui nove subgenótipos (D1 a D9) descritos. A história evolutiva do HBV/D nas Américas não é bem compreendida e poucas sequências de genoma completo HBV/D estão disponíveis. O objetivo deste estudo é analisar a proporção e a distribuição geográfica dos subgenótipos de D nas Américas, determinar as sequências genômicas completas do HBV/D isolados de diferentes regiões geográficas do Brasil e investigar a origem e a propagação dos subgenótipos de D nas Américas. Para identificar os subgenótipos circulantes nas Américas, foram obtidos do GenBank genomas completos e sequências dos genes pré-S/S e S (n = 609). Foram detectados no continente os subgenótipos HBV/D1-D4 e HBV/D7. O HBV/D1 foi encontrado na Argentina (83%), Brasil (2%), Cuba (3%) e no Canadá (18%), enquanto que HBV/D2 foi detectado na Argentina (4%), Brasil (17%), Canadá (18%), Chile (75%), Cuba (5%) e EUA (90%). O subgenótipo HBV/D3 foi o mais frequente no Brasil (56%) e foi encontrado em todos os países americanos, exceto na Venezuela e Groelândia. O HBV/D4 foi o subgenótipo mais frequente no Canadá (35%), Cuba (76%), Haiti (84%), Martinica (80%) e Venezuela (100%). O subgenótipo HBV/D7 foi observado apenas em Cuba (8%) Ademais, amostras de soro HBsAg positivas, coletadas de todas as cinco regiões geográficas brasileiras e caracterizadas como HBV/D foram selecionadas para o sequenciamento do genoma completo. Quarenta e cinco sequências de genoma completo foram determinadas (D1, n = 1; D2, n = 11; D3, n = 32; D4, n = 1). Para investigar a origem e a propagação do HBV/D nas Américas, foram criados diferentes arquivos contendo genomas completos dos subgenótipos D1 a D4, incluindo as sequências brasileiras sequenciadas neste trabalho, bem como sequências do GenBank de diferentes origens geográficas e data de coleta conhecida. As análises foram realizadas usando o pacote BEAST v.1.8.2. A análise filogeográfica sugeriu que o HBV/D1 foi introduzido no Brasil por isolados da Síria e, na Argentina por isolados da Turquia. As sequências HBV/D2 brasileiras e argentinas ficaram relacionadas a sequências da Europa Oriental e Rússia, de onde parece ter se originado os isolados circulantes nestes países. O HBV/D2 dos EUA parece ter se originado da Índia. Já o HBV/D3 não apresentou uma origem clara nas Américas, mas provavelmente foi introduzido pelos europeus. A análise do HBV/D4 sugeriu que este subgenótipo foi provavelmente introduzido pelos escravos africanos trazidos para trabalhar nas Américas. Nossos resultados sugerem que os subgenótipos de D tiveram diferentes introduções no continente americano e demonstram a utilidade de ferramentas computacionais desenvolvidas recentemente para investigar a história evolutiva do HBV / Hepatitis B virus (HBV) infection is a major global health problem. Ten genotypes (A to J) have been identified and some of them have been further divided into subgenotypes. Genotype D (HBV/D) has a worldwide distribution and nine subgenotypes (D1 to D9) have so far been described. The evolutionary history of HBV/D in the Americas is not well understood and few HBV/D complete genome sequences are available. The aim of this study is to examine the proportion and geographical distribution of D subgenotypes in the Americas, determine the full-length genomic sequences of HBV/D isolates from different Brazilian regions and investigate the origin and spread of D subgenotypes in the Americas. To identify the circulating subgenotypes, we downloaded American HBV/D complete and partial (pré-S/S or S gene) available in GenBank (n=609). It was detected in the Americas the subgenotypes HBV/D1-D4 and HBV/D7. HBV/D1 was found in Argentina (83%), Brazil (2%), Cuba (3%) and Canada (18%), while HBV/D2 was detected in Argentina (4%), Brazil (17%), Canada (18%), Chile (75%), Cuba (5%) and USA (90%).The subgenotype HBV/D3 was the most prevalent subgenotype in Brazil (56%) and was found in all American countries except Venezuela and Greenland. HBV/D4 was the most prevalent subgenotype in Canada (35%), Cuba (76%), Haiti (84%), Martinique (80%) and Venezuela (100%). HBV/D7 was observed only in Cuba (8%). In addition, HBsAg positive serum samples, collected from all five regions of Brazil and characterized as having HBV/D strains were selected for full genome sequencing. 45 full-length sequences were determined (D1, n=1; D2, n=11; D3, n=32; D4, n=1). To investigate the origin and spread of HBV/D in the Americas, we compiled different data sets of complete genomes for subgenotypes D1 to D4, using the Brazilian sequences as well as GenBank sequences from different geographic origins and known collection date The analyses were carried out by using BEAST v.1.8.2 software package. The phylogeoghaphic analysis suggested that HBV/D1 was introduced in Brazil by Syrian strains and in Argentina by Turkish strains. The Brazilian and Argentinian D2 sequences were closely related to Eastern Europe and Russian isolates, where are the most probable locations to be the source of this subgenotype in these countries. The HBV/D2 from from USA seems to have originated from India. HBV/D3 had no clear introduction in the Americas, but probably was brought by the Europeans. The analysis of HBV/D4 suggested that this subgenotype was probable introduced by African slaves brought to work in the Americas. Our results suggest that D subgenotypes had different introductions in the American continent and demonstrate the usefulness of recently developed computational tools for investigating the evolutionary history of HBV

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2017. / Made available in DSpace on 2017-07-25T04:09:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 347036.pdf: 3740412 bytes, checksum: 5b49a0b6ba26117eca45178ed0e7b0c1 (MD5) Previous issue date: 2017 / A família Myrtaceae pertence à ordem Myrtales e possui cerca de 130 gêneros e aproximadamente 6000 espécies. Essa família de frutíferas é considerada importante em várias formações vegetais, distribuindo-se em todos os continentes, exceto na região Antártica. No Brasil a distribuição ocorre em todos os estados. Acca sellowiana (goiabeira-serrana), Campomanesia xanthocarpa (guabiroba), Eugenia uniflora (pitanga) e Plinia spp. (jabuticabas) são espécies de Myrtaceae que têm mostrado boas perspectivas de aumento do uso comercial, tanto que estão no projeto plantas para o futuro da Região Sul e já são cultivadas em pequena escala, comparativamente a outras frutíferas exóticas. Estas espécies destacam-se pelo potencial organoléptico dos frutos, propriedades farmacológicas e valor ornamental, entre outros. Além disso, frutos destas espécies já são atualmente produzidos no Brasil, o que torna um excelente mercado a ser explorado no país. Desta forma, este trabalho tem por objetivo identificar e comparar os genomas plastidiais (cpDNA) de cinco espécies frutíferas de Myrtaceae: Acca sellowiana, Campomanesia xanthocarpa, Eugenia uniflora, Plinia cauliflora, Plinia aureana e uma espécie híbrida (Plinia sp.) visando avançar na compreensão de processos evolutivos e futuramente desenvolver marcadores microssatélites de cloroplasto (cpSSR) específicos visando estudos de diversidade genética dessas espécies em seus habitats. Para tanto, o genoma plastidial (cpDNA) das espécies foi extraído e purificado e seus plastomas foram sequenciados por meio de sequenciamento de nova geração (NGS), em plataforma Illumina MiSeq. Após o sequenciamento foi adotada a estratégia de montagem de novo, ou seja, sem utilização de outra espécie como referência. O plastoma completo de A. sellowiana possui 159.370 pb de comprimento, região longa de cópia única (LSC) de 88.028 pb, região curta de cópia única (SSC) de 18.598 pb e regiões repetidas invertidas (IRs) com 26.372 pb; E. uniflora possui um tamanho de plastoma completo de 158.680 pb, LSC de 87.495 pb, SSC de 18.537 pb e IRs com 26.324 pb; C. xanthocarpa possui um plastoma de 158.131 pb de comprimento, LSC de 87.596 pb, SSC de 18.595 pb e IRs com 25.970 pb; Plinia aureana 158.918 pb de comprimento, LSC de 88.204 pb, SSC de 18.462 pb e IRs com 26.126 pb; Plinia cauliflora 159.095 pb de comprimento, LSC de 88.162 pb, SSC de 18.615 pb e IRs com 26.159 pb; Plinia sp. 158.912 pb de comprimento, LSC de 88.132 pb, SSC de 18.462 pb e IRs com 26.159 pb. Dados de sequenciamento de plastomas completos de espécies da mesma família possibilitarão a realização de estudos comparativos para a identificação de polimorfismos espécie-específicos, os quais poderão gerar marcadores moleculares para estudos de evolução, ecologia, filogenia, filogeografia e diversidade genética.<br> / Abstract : Myrtaceae belongs to the order Myrtales in which about 130 genera and 6000 species are assigned. This family is considered important in various vegetation types, occurring in every continent, except Antarctica region. In Brazil, the family's species are distributed in all states. Acca sellowiana (pineaple-guava or feijoa), Plinia peruviana (jaboticaba), Campomanesia xanthocarpa (guabiroba) and Plinia spp. (jabuticabas). are Myrtaceae species that have shown potential for commercial use and are included in the project ?Plants to the Future?. In addition, these four species stand out for their organoleptic fruit flavours, pharmacological properties and ornamental value, among others. Moreover, currently, fruits of these species are produced on a small scale in Brazil, comparatively to the exotic fruit species, making them an excellent market opportunity to be further exploited in the country. Thus, this study aimed at to identify and to compare the plastid genomes (cpDNA) of four fruit species of Myrtaceae: Acca sellowiana, Campomanesia xanthocarpa, Eugenia uniflora, Plinia cauliflora, Plinia aureana and a hybrid species (Plinia sp.), in order to deepen on their evolutionary process and to develop specific chloroplast microsatellite markers (cpSSR) to carry out further studies on the genetic diversity of these species in their habitats. Therefore, the chloroplast DNA (cpDNA) of the species was extracted and purified, and the plastomas were sequenced by Illumina MiSeq plataform next-generation. After the sequencing, the de novo strategy was used, that this, without using another species as a reference. The complete plastid genome of A. sellowiana has 159,370 pb Kb in length, large single copy region (LSC) of 88,028 bp, small sigle copy region (SSC) of 18,598 bp and inverted reapt regions (IRs) with 26,372bp. E. uniflora has a complete plastid genome of 158,680 Kb, LSC of 87,495 bp, SSC of 18,537 bp and IRs with 26,324 bp. C. xanthocarpa has a complete plastid genome of 158,131 Kb in length, LSC of 87,596 pb bp, SSC of 18,595 bp and IRs with 25,970 bp; P. aureana has a complete plastid genome of 158,918 Kb in length, LSC of 88,204 pb bp, SSC of 18,462 bp and IRs with 26,126 bp; P. cauliflora has a complete plastid genome of 159,095 Kb in length, LSC of 88,162 pb bp, SSC of 18,615 bp and IRs with 26,159 bp and Plinia sp. has a complete plastid genome of 158,912 Kb in length, LSC of 88,132 pb bp, SSC of 18,462 bp and IRs with 26,159 bp. Complete plastomas of species of the same family will allow to perform comparative studies for the identification of species-specific polymorphisms, which can generate molecular markers for the study on evolution, ecology, phylogeny, philogeography and genetic diversity.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:35:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8926_Tese - Juliana Brambilla Carnielli Trindade.pdf: 24757261 bytes, checksum: 0f32961de8457764e57a980e25aa13ad (MD5) Previous issue date: 2015-06-16 / Leishmaniose visceral (LV) é uma doença sistêmica, fatal se não tratada, causada por parasitas protozoários do gênero Leishmania complexo donovani, o qual abriga a espécie L. (L.) chagasi. O tratamento da LV conta com poucas opções terapêuticas, incluindo os antimoniais pentavalentes, anfotericina B e a miltefosina. A miltefosina é a primeira droga de administração oral registrada para o tratamento da leishmaniose e tem sido utilizada com sucesso para o tratamento de LV na Índia. Contudo, diferenças na sensibilidade à miltefosina tem sido relatada em espécies de Leishmania clinicamente relevantes. Os mecanismos de resistência à miltefosina estão sendo elucidados em linhagens experimentais de Leishmania spp. resistentes a esta droga. Entretanto, os mecanismos de resistência natural à miltefosina em isolados clínicos de Leishmania são pouco conhecidos e explorados. Nesse contexto, o presente estudo utilizou as abordagens proteômica e genômica com o objetivo de identificar diferenças a nível molecular entre isolados de L. (L.) chagasi obtidos de pacientes que apresentaram diferentes respostas ao tratamento com miltefosina, visando contribuir para o entendimento do mecanismo molecular envolvido na resistência natural a essa droga. A análise comparativa dos perfis proteicos obtidos por 2D-DIGE, detectou 46 spots proteicos diferencialmente expressos entre os isolados obtidos de um paciente que apresentou cura e de um paciente que apresentou falha ao tratamento com miltefosina. A análise por espectrometria de massas (MALDI/ToF-ToF) permitiu a identificação de 32 spots com identificação de uma única proteína, os quais correspondem a 22 proteínas não redundantes. A maioria das proteínas com expressão aumentada no proteoma do isolado resistente à miltefosina estão associadas com a homeostase do sistema redox, resposta ao stress, proteção à apoptose e translocação de drogas. A análise genômica, realizada com isolados de L. (L.) chagasi obtidos de pacientes que apresentaram cura clínica (n=14, grupo cura) ou falha ao tratamento (n=12, grupo recidiva) com miltefosina, identificou um elevado número de SNPs e InDels entre os isolados analisados. Entretanto, assim como a análise do número de cópias de cromossomos, esses não foram capazes de discriminar completamente os isolados obtidos de pacientes que apresentaram diferentes desfechos clínicos ao tratamento com miltefosina. A análise de variação estrutural do número de cópias de genes (dose), entre os grupos cura e recidiva, identificou diferenças significativas (p < 0,01) em 93 grupos ortólogos (OG5). Dentre esses, foi avaliado o envolvimento da deleção dos genes in tandem LinJ.31.2370, LinJ.31.2380, LinJ.31.2390 e LinJ.31.2400 no fenótipo de resistência de L. (L.) chagasi à miltefosina. Foi demonstrado que o processo de deleção do locus contendo esses genes in tandem ocorre por recombinação homóloga e, aparentemente não é induzido por pressão da droga miltefosina. A reexpressão individual desses genes em um isolado do grupo recidiva que não os continham, revelou que nenhum desses genes interfere no fenótipo de susceptibilidade in vitro da forma promastigota à miltefosina. Além disso, a análise de clones separados de isolados de L. (L.) chagasi (heterogêneo em relação à presença desses genes), mostrou que as formas promastigotas de clones que possuem esses genes são menos susceptíveis à miltefosina do que clones que não os possuem. Esses dados, assim como os da análise proteômica, sugerem que o mecanismo de resistência natural à miltefosina nos parasitas Leishmania spp. é complexo e multifatorial.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-26Bitstream added on 2014-06-13T19:21:47Z : No. of bitstreams: 1 laia_ml_dr_jabo_prot.pdf: 9478549 bytes, checksum: f92e822aa9f06920bc2065ca991c0323 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) constitui um dos principais patógenos da citricultura mundial. Essa litobactéria causa cancro em folhas. ramos e frutos de citros em geral. ocasionando grandes perda econômicas anuais. A fim de estudar a interação dessa bactéria com seu hospedeiro empregou-se a análise de mutantes e da expressão gênica global por meio de microarranjos de DNA (transcrissoma). Na primeira parte do estudo foi obtida uma biblioteca de cerca de 10.000 Illutantes do isolado 306 de Xac. Desses. 3.300 foram inoculados em folhas de limoeiro cravo e sua capacidade em causar cancro cítrico foi avaliada aos três dias da inoculação. Após quatro inoculaçàes. 56 mutantes foram selecionados por apresentarem virulência alterada e suas ORFs interrompidas foram identificadas por meio de seqüenciamento. Uma análise dessas ORFs mostrou que havia tanto ORFs quc codificavam para genes relacionados com a patogenicidade em fitobactérias como possihilitou identificar novos genes associados à infecção. além de ORFs hipotéticas. para as quais ainda não foi atrihuída nenhuma função. Dentre os genes previamente implicados na patogênese. pode-se citar o gene rpB4. o qual participa do sistema de secreção do tipo três. Já o gene hrlA. que contribui na virulência de algumas bactérias patogênicas de animais. até o presente ainda não tinha sido relatado como tendo importância no processo de patogênese em fitobactérias. A ORF XACO~40 é um exemplo de uma proteína hipotética que interfere significativamente no processo infeccioso. uma vez que o mutante para esse locos não induziu sintomas da doença. assim como os demais mutantes citados acima. Na segunda parte deste trabalho. produziu-se um microarranjo de DNA contendo 6.9 I 2 sondas imobilizadas (2.673 ORFs. 87 ORFs repetidas. 312 controles negativos e X4 controles positivos... / Xanthomonas axonopodis pv. citri constitutes one of the main and most damaging pathogcn of lhe world-wide citriculture. This phytobacteria causes canker in leaves, branches and fruits of citrus. causing scvcre cconomic losses. In order to study the interaction of this bacterium with its citrus host. two approaches had been used to proceed a post-genomic functional analysis: wholc genol11c mutagcncsis and global expression analysis by cDNA microarrays technique. In the first part of this study a Xac 306 mutants library with ' 10,000 mutants was obtained. From thesc. 3.300 wcrc inoculatcd in mexicam lemon tree leaves and its capacity to cause citrus canker was cvalualcd. Aftcr four inoculation cicIes, 56 mutants had been selected as having modified palhogcnicily. The inlcrruplcd ORFs were identified by DNA sequencing and analysis of these ORFs identificd ORFs coding for genes previously known as related to pathogenicity proccss in phytobactcrilll11 as wcll gcnes not yet described as involved in pathogenicity, incIuding hypothetical gcncs. Al110ng the gencs previously known as implied in pathogens attack, the hrpB4 gene is one that was found, whic participates of the type three secretion system. To the hrtA gene, whose participation in the virulcnce process has been described to some animal pathogenic bacteria but never yet as having a role in to pathogenicity process in phytobacteria, was found to be involved in the pathogenicity of Xac. The ORF XAC0340 is an example of hypothetical protein which presents grcat intcrfcrcncc in thc infcctious process: the mutant for this gene does not induce any diseasc sYl11ploms in citric Icaves...(Complete abstract, click electronic access below)

Resumo não disponível.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-04-17T16:24:41Z No. of bitstreams: 1 2016_AndréRodolfodeOliveiraRibeiro.pdf: 6580504 bytes, checksum: 0c7709089799b4ed79474e6fb445f5ee (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-04-17T20:15:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AndréRodolfodeOliveiraRibeiro.pdf: 6580504 bytes, checksum: 0c7709089799b4ed79474e6fb445f5ee (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-17T20:15:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AndréRodolfodeOliveiraRibeiro.pdf: 6580504 bytes, checksum: 0c7709089799b4ed79474e6fb445f5ee (MD5) / Em Poaceae, a subfamília Panicoideae possui cerca de 3500 espécies e é a mais diversa nas regiões tropicais. Os números cromossômicos básicos x = 5, x = 9 e x = 10 e genomas pequenos (2C/2n = 0,1 pg) predominam entre as espécies de Panicoideae. Os diploides têm meiose estável e alta viabilidade polínica, enquanto os poliploides apresentam viabilididade polínica variável e diretamente relacionada ao índice meiótico. Mesosetum Steud. possui 25 espécies e é o único gênero neotropical de Panicoideae com registro do número cromossômico 2n = 8 (x = 4), cuja origem a partir de x = 10, também encontrado no gênero, ainda não foi elucidada. O objetivo da presente tese de doutorado foi obter dados sobre número e morfologia cromossômica, tamanho do genoma e fertilidade do pólen e relacioná-los à árvore filogenética molecular de Mesosetum. Os dados sobre número cromossômico e tamanho do genoma foram obtidos em 20 acessos e 13 espécies de Paspaleae, sendo uma espécie de Arthropogon Nees, 10 espécies de Mesosetum, uma espécie de Spheneria Kuhlm. e uma espécie de Tatianyx Zuloaga & Soderstr. O número cromossômico 2n = 26 (x = 13) observado em M. exaratum (Trin.) Chase é aqui registrado pela primeira vez na subfamília Panicoideae. Em Mesosetum, é possível reconhecer pelo menos três linhagens relacionadas a distintos números cromossômicos. O clado com número cromossômico básico x = 10 é provavelmente o mais basal em Mesosetum e, a partir do qual, se derivaram o clado com x = 4 e a linhagem monoespecífica com x = 13. O clado com x = 4 provavelmente se derivou por fusão ou rearranjos cromossômicos. Os cromossomos das espécies com 2n = 8, 2n = 16 e 2n = 24 mostraram sinais de DNAr 5S e 45S que confirmaram a ocorrência de poliploidia no clado x = 4. Os dados de citometria de fluxo sugerem que o clado com x = 10 manteve genoma pequeno (2C/2n = 0,04 a 0,1 pg) com cromossomos menores (1,8-4,0 μm). No clado com x = 4 e na linhagem monoespecífica com x = 13 provavelmente ocorreu uma expansão do tamanho do genoma após os eventos de disploidia descendente. Foi verificada uma redução do genoma dos poliploides naturais, sugerindo que já houve algum grau de diploidização após o evento de poliploidização. Esta diploidização também suporta a estabilidade meiótica e alta fertilidade do pólen observadas na maioria dos poliploides de Mesosetum. / In Poaceae, the subfamily Panicoideae contains approximately 3500 species and is the most diverse grass subfamily of tropical regions. The basic chromosome numbers of x = 5, x = 9, x = 10, and small genomes (2C/2n = 0.1 pg) are predominant among Panicoideae species. Diploids have stable meiosis and high pollen viability, while polyploids have variable pollen viability, which is directly related to the meiotic index. Mesosetum Steud. is composed of 25 species and is the only neotropical genus of Panicoideae with a registered chromosome number of 2n = 8 (x = 4). The origin of x = 4 basic chromosome number from x = 10, which also found within the genus, is still unknown. The aim of the present doctoral thesis was to obtain data about chromosome number and morphology, genome size, pollen fertility, and to relate to the molecular phylogenetic tree of Mesosetum. The data concerning chromosome number and genome size were obtained from 20 accessions and 13 species, including one species of Arthropogon Nees, 10 species of Mesosetum, one species of Spheneria Kuhlm., and one species of Tatianyx Zuloaga & Soderstr. The chromosome number of 2n = 26 (x = 13), found in M. exaratum (Trin.) Chase, is registered here for the first time for the subfamily Panicoideae. In Mesosetum, at least three lineages can be possible related through distinct basic chromosome numbers. The clade with the basic chromosome number of x = 10 is probably the most basal in Mesosetum, from which x = 4 clade and x = 13 monospecific lineage were derived. The x = 4 clade was probably derived via fusion or chromosomal rearrangements. The chromosomes of the species with 2n = 8, 16, and 24 showed signals of 5S and 45S rDNA that confirmed the occurrence of polyploidy in the x = 4 clade. The flow cytometry data suggest that a small genome size (2C/2n = 0.04 a 0.1 pg) and the smallest chromosomes of the genus (1.8-4.0 μm) were conserved in the x = 10 clade. In the x = 4 clade and x = 13 lineage, a genome size expansion probably occurred after events of descending disploidy. A decrease in the genome size was verified in natural polyploids, suggesting that some level of diploidization occurred after the polyploidization event. This diploidization also supports the meiotic stability and high pollen fertility observed in the majority of Mesosetum polyploids.