Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2016-12-23T13:17:24Z No. of bitstreams: 1 DIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf: 1004622 bytes, checksum: f24e6bdb92018aba52853bc890c3dc2c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-23T13:17:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf: 1004622 bytes, checksum: f24e6bdb92018aba52853bc890c3dc2c (MD5) Previous issue date: 2015-03-18 / Anaplasma marginale is a vector-borne pathogen that causes a disease known as anaplasmosis. To date, there are no sequenced genomes of Brazilian strains available. The aim of this work was to compare whole genomes of Brazilian strains of A. marginale (Palmeira and Jaboticabal) with genomes of strains from other regions (North-American and Australian strains). Genome sequencing was performed by next-generation sequencing. Reads were mapped using the genome of the Florida strain of A. marginale as a reference sequence. Identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertions/deletions (INDELs) was performed. Data showed significant differences between the two Brazilian strains, and their comparison with North-American strains (Florida and St. Maries) revealed more nucleotide differences than with Australian strains (Gypsy Plains and Dawn). These results shed light into the evolutionary history of A. marginale and provide the first genome information of South American isolates. Assessing sequences of the genomes of strains from different regions is essential to increase knowledge of the pan-genome of this rickettsia. / Anaplasma marginale ? um pat?geno transmitido por vetores que causa uma doen?a conhecida como anaplasmose. At? o momento, n?o h? genomas sequenciados de cepas brasileiras dispon?veis. O objetivo deste trabalho foi comparar genomas completos de cepas brasileiras de A. marginale (Palmeira e Jaboticabal) com genomas de cepas de outras regi?es (cepas norte-americanas e australianas). O sequenciamento do genoma foi realizado por sequenciamento de alto rendimento. As reads foram mapeadas utilizando o genoma da cepa Florida de A. marginale como uma sequ?ncia de refer?ncia. A identifica??o de polimorfismos de nucleot?deo ?nico (SNPs) e inser??es/dele??es (INDELs) foi realizada. Os dados mostraram diferen?as significativas entre as duas cepas brasileiras, e sua compara??o com as cepas norte-americanas (Fl?rida e St. Maries) revelou mais diferen?as de nucleot?deos do que com as cepas australianas (Gypsy Plains e Dawn). Esses resultados lan?am luz sobre a hist?ria evolutiva de A. marginale e fornecem a primeira informa??o gen?mica de isolados da Am?rica do Sul. Avaliar sequ?ncias dos genomas de cepas de diferentes regi?es ? essencial para aumentar o conhecimento do pangenoma desta rickettsia.

O Brasil é responsável por 25% da produção mundial de cana-de-açúcar (Saccharum spp.), e a importância econômica desta cultura está relacionada ao seu crescente consumo como fonte de energia e açúcar. Os programas de melhoramento genético tradicionais esbarram na complexidade do seu genoma, conseqüência de sua origem multi-espécie e poliploidia. A disponibilidade de fósforo inorgânico (Pi) nos agroecossistemas é uma das maiores limitações para o crescimento e produção vegetal, pois a absorção de Pi pelas raízes ocorre em função das oscilações de fósforo lábil no solo e contra um gradiente elétrico e de concentração. Para a produção agrícola intensiva, usam-se largamente fontes inorgânicas e orgânicas de fósforo, mas parte desse Pi não é recuperado do solo, pois cerca de 80% torna-se adsorvido ou complexado na fração orgânica, junto com resíduos de metais pesados (ex: Zn, Cd, Ni ou Cu). Os genes transportadores de baixa afinidade são expressos constitutivamente e operam sob maiores concentrações de Pi disponível. As seqüências de genes transportadores de Pi (TP) de alta afinidade já descritos (PHO84 de S. cerevisiae; PHO-5 de N. crassa; GvPT de G. versiforme; AtPT1 e AtPT2 de A. thaliana; LePT1 e LePT2 de L. esculentum; StPT1 e StPT2 de S. tuberosum) codificam uma proteína transportadora de Pi com 12 domínios transmembrana conservados. A expressão em plantas ocorre preferencialmente no sistema radicular, sob deficiência de fósforo. Utilizando as seqüências desses genes de TP descritos, identificou-se no banco de dados do genoma de cana-de-açúcar seqüências ESTs destes transportadores, destacando-se o cluster SCEQRT1028B07.g, com o cDNA completo de transportadores de fosfato de alta afinidade, cuja seqüência deduzida produziu uma proteína de 541 aminoácidos, com 12 domínios trans-membrana, característicos destes transportadores de fosfato. / Brazil is rsponsible for 25% of the world production of sugarcane (Saccharum spp.), and the economic importance of this crop is related to its increasing use as energy source and sugar. Traditional genetic breeding programs are hamperd by the genomic complexity, derived from its multi-specific origing adn polyploidy. The availability of inorganic phosphorous (Pi) in agri-ecosystems is one of the largest limiation for plant growth and yield, because Pi uptake by the roots depends on the variation of the concentration of labile phosphorous in the soil and against an eletric and concentration gradient. For intensive agriculture, inorganic and organic sources of phosphorous are largely used, but part of this Pi is not recoverd from the soil, because around 80% becomes adsorbed or complexed to the organic fraction, together with heavy metals residues (ex: Zn, Cd, Ni or Cu). Genes of low affinity phosphate transporters are constitutively expressed and work under higher concentrations of available Pi. Sequences of high affinity phosphate transporters already described (PHO84 of Saccharomyces cerevisiae; PHO-5 of Neurospora crassa; GvPT of Glomus versiforme; AtPT1 and AtPT2 of Arabidopsis thaliana; LePT1 and LePT2 of Lycopersicum esculentum; StPT1 and StPT2 of Solanum tuberosum) encoded a Pi transporter protein with 12 conserve d transmembrane domains. Their expression in plants occur preferntially ion roots under phosphorous deficiency. Using the sequences of these high affinity phosphate transporter genes, ESTs sequences with high identity were identified in the sugarcane genome project, especially the cluster SCEQRT1028B07.g, with a complete cDNA, which deducted sequence coded for a protein with 541 amino acids, and 12 transmembrane domais, typical of these transporters.

A origem geográfica e rotas de dispersão dos dois mais importantes parasitas da malária humana, Plasmodium falciparum e P. vivax, continuam controversos. Para entender a história evolutiva destes parasitos propomos neste projeto inferir as vias e as datas de introdução de P. vivax e P. falciparum nas Américas, com base na análise do genoma mitocondrial completo de parasitos coletados em todas as regiões endêmicas, além de analisar a existência da relação genética entre os isolados de P. vivax e P. simium e inferir a possível transmissão lateral. O alinhamento de 941 sequências de P. vivax e 1795 de P. falciparum permitiram agrupar os isolados em quatro regiões distintas. As rotas migratórias de P. vivax sugere que o continente americano foi colonizado em diferentes momentos e por parasitos de diferentes regiões África, Sul da Ásia e Melanésia, explicando a alta diversidade genética existente neste continente, enquanto que P. falciparum foi introduzido nas Américas por duas regiões distintas, África e Sudeste Ásiático. Já os 10 isolados de P. simium sequenciado neste estudo apresentaram uma menor diversidade genética quando comparado com os isolados de P. vivax, sugerindo que a direção da transmissão lateral foi de humanos para macacos. / The geographical origin and dispersal routes of the two most important human malaria parasites, Plasmodium falciparumand P. vivax, remain controversial. In order to understand the evolutionary history of these parasites this project aims to infer the routes and dates of introduction of P. vivax and P. falciparum in the Americas. Analysis were based on complete mitochondrial genomes of parasites collected in all endemic regions, and we explored the existence of a genetic relationship between P. vivax and P. simium isolates to infer a possible lateral transmission route. The alignment of 941 sequences of P. vivax and 1795 of P. falciparum made it possible to group the isolates into four distinct regions. The migratory routes of P. vivax suggest that the American continent was colonized at different times by parasites from different regions - Africa, South Asia and Melanesia, explaining the high genetic diversity present in this continent, while P. falciparum was introduced in the Americas from two distinct regions, Africa and Southeast Asia. The 10 P. simium isolates sequenced in this study had a lower genetic diversity when compared to P. vivax isolates, suggesting that the direction of lateral transmission was from humans to monkeys.

El objetivo de esta investigación es analizar las cuestiones ético-normativas relacionadas con las justificaciones de las patentes de invención. Con tal fin abordamos, por un lado, las justificaciones de tipo utilitarista, es decir, aquellas que invocan la necesidad de esta clase de derechos para el progreso social; para fomentar la creatividad y la actividad inventiva; para incentivar las inversiones en el área de Investigación y Desarrollo y para el beneficio de la humanidad, entre otras expresiones similares. Por el otro lado, examinamos las propuestas justificatorias de corte deontológico que apelan al merecimiento y al derecho natural del autor de la invención de apoderarse de los frutos de su trabajo (intelectual). Dado que las dos clases de enfoque se combinan en una única presentación -porque sus proponentes abrevan en la obra de John Locke- los analizamos en conjunto y en relación con el tema de la apropiación originaria. Esbozamos una serie de críticas a ambos enfoques -utilitaristas y deontológicos- intentando mostrar que las pretendidas justificaciones de las patentes de invención sobre el genoma humano no son consistentes y, por lo tanto, no alcanzan a cumplir su cometido. Volvemos luego sobre los textos lockeanos para proponer interpretar al genoma humano como bien común [commons]. Nuestra tesis es que haber demostrado la imposibilidad de una justificación lockeana de las patentes de invención sobre el genoma humano no implica afirmar que no sea posible obtener -a partir de las principales tesis de Locke- alguna justificación para el uso privado del genoma humano. Uno de los recursos que nos permiten justificar esta idea son los documentos jurídicos sobre el genoma humano en materia de derecho internacional, que han propuesto reforzar la noción de humanidad como sujeto de derecho y, en tanto que tal, merecedora de los beneficios obtenidos a partir de la biomedicina en general, y de los desarrollos e investigaciones sobre el genoma humano, en particular.

Orientador: Cesar Martins / Resumo: B chromosomes (Bs) are additional to the standard regular chromosome set (As), and present in all groups of eukaryotes. A reference genome is key to understand genomics aspects of an organism. Here, we present the de novo genome assembly of the cichlid fish A. latifasciata: a well known model to study Bs. The assembly of A. latifasciata genome has not been performed so far. The main focus of this study is to analyze and assemble the A. latifasciata genome with no B (B-) and with B (B+) chromosomes. The assembled draft B- and B+ genomes comprised of 774 Mb and 781 Mb with 1.8 Mb and 2.5Mb of N50 value of scaffolds respectively, and spanning 23,391 number of genes. High coverage data with Illumina sequencing was obtained for males and females with 0B, 1B and 2B chromosomes to provide information regarding the population polymorphism of these genomes. We observed a high scale genomic diversity in all analyzed genomes showing a high rate/frequency of population polymorphism with no evident effect of B chromosome presence. However, the B specific single nucleotide polymorphisms were found in the sequences that were located on B chromosome. While, the whole-genome rearrangements (inter chromosomal translocations) were detected in B+ genome, and structural variations including insertions, deletions, inversions and duplications were predicted in a representative genomic region of B chromosome. These results bring an evidence that existence of Bs in a genome should favour the accumu... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:05:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) exibe uma enorme variabilidade genética. Tal característica é criticamente importante para que o vírus possa se adaptar às mudanças ambientais e escapar ao sistema imune do hospedeiro, desenvolver resistência à drogas e impedir o sucesso de eventuais vacinas. Portanto, entender esta diversidade é fundamental para se desenvolver vacinas e drogas eficientes, extremamente necessárias para se conter a epidemia de HIV/AIDS. Neste estudo, nós investigamos a magnitude da diversidade das principais variantes de HIV-1 circulante no Brasil, através de seqüênciamento e análise de genoma completo. O DNA foi extraído de 22 amostras previamente classificadas em nosso laboratório como sendo 6 subtipos B, 8 subtipos C e 8 subtipos F, com base no seqüênciamento de pequenos amplicons. A reamplificação do DNA destas amostras foi realizada por PCR de fragmentos sobrepostos, seguido por seqüênciamento direto. Duas de seis amostras identificadas parcialmente como subtipo B e seis de oito amostras identificadas parcialmente como subtipo F foram então caracterizadas como BF recombinantes pela análise de seus genomas completos. Todas as 8 amostras previamente classificadas como subtipo C apresentaram-se como cepas não recombinantes através da análise de genoma completo. Dois recombinantes BF possuem estrutura de recombinação genômica idêntica, porém diferente da cepa Argentina CRF 12_BF, e provavelmente representam uma nova forma recombinante circulante no Brasil. As análises das seqüências dos subtipos C e F revelaram uma linhagem distinta altamente suportada pela filogenia, cada qual correspondendo a sua cepa de referência brasileira. Nossos dados indicam fortemente que a atual epidemia Brasileira de HIV-1 com as cepas dos subtipos C e F foi introduzida no país por um único evento, e não por fontes múltiplas. Além disso, a evidencia da recombinação BF obtida pela análise do genoma completo do HIV, indica uma disseminação dos recombinantes BF em nossa população de infectados pelo HIV-1 que pode representar força significativa na evolução do vírus. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Dissertação (mestrado) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Curitiba, 2008 / Inclui bibliografias / Durante o processo de anotação gênica, os especialistas precisam verificar um grande volume de informações para que, junto com seus conhecimentos sobre o organismo, atribuam uma função a um gene. Como essas informações são utilizadas no processo de anotaç / During the process of gene annotation, specialists must verify a large amount of information so that, together with their knowledge about the organism, assign a function to a gene. As these information are used in the process of annotation on other genome

Dissertação (mestrado) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Curitiba, 2012 / Bibliografia: p. 141-153 / O estudo aborda, sob a perspectiva dos direitos humanos, as possíveis consequências e limites do desenvolvimento do Projeto Genoma Humano, em especial na aplicação das inúmeras técnicas de engenharia genética. A Declaração Universal do Genoma Humano e dos / The study addresses, from the human rights perspective, the possible consequences and limits of the development of the Human Genome Project, particularly the application of several genetic engineering techniques. The 1997 Universal Declaration on the Huma

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-06T11:58:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 410924 bytes, checksum: de4370c4260d84bdd59fd21fbdd7f5a6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-06T11:58:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 410924 bytes, checksum: de4370c4260d84bdd59fd21fbdd7f5a6 (MD5) Previous issue date: 2017-03-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Brasil é o maior produtor e exportador de café do mundo. O país, como o resto das regiões produtoras de café, sofre com a doença da ferrugem do cafeeiro. A ferrugem é causada pelo fungo biotrófico Hemileia vastatrix. Esta doença pode levar a quedas drásticas na produtividade quando não controlada. Esse patógeno apresenta altos níveis de variabilidade genética, o que resulta em aparecimento de novas raças fisiológicas e, consequentemente, a suplantação da resistência de variedades de café obtidas pelos programas de melhoramento genético. O mecanismo que causa essa variabilidade ainda não é conhecido, uma vez que o fungo tem reprodução assexuada e o estádio sexual não foi observado na natureza. Tem sido relatado que os genomas das ferrugens apresentam alta porcentagem de elementos repetitivos, incluido os elementos transponíveis (ET). Como a atividade de ET tem sido sugerida como uma fonte importante de geração de variabilidade, existe a possibilidade de que os ETs sejam um dos responsáveis pela grande variabilidade genética encontrada em H. vastatrix. Portanto, este estudo teve como objetivo identificar a presença, a frequência e a localização de LTR retrotransposons no genoma de H. vastatrix, bem como verificar a relação entre LTR retrotransposons e a variabilidade encontrada nesse patógeno. Foram identificados no genoma analisado 6.516 genes codificadores de proteínas e 1.109 retrotransposons do tipo LTR completos. Dos genes codificadores de proteínas, 65 estavam próximos de retrotransposons do tipo LTR. Observou-se que os retrotransposons LTR geralmente se inserem a 5.000 pb de um gene codificador de proteínas no genoma desse patógeno. Os resultados encontrados demonstraram que retrotransposons LTR inserem-se em regiões conservadas ricas em AT. Assim, os dados sugerem que a inserção dos retrotransposons LTR em H. vastatrix podem se direcionar com base na composição nucleotídica de uma região. Além disso, foram identificados retrotransposons próximos de regiões codificadoras, o que poderia contribuir para modulação da expressão gênica e, consequentente, afetar a variabilidade do patógeno. / Brazil is the biggest producer and exporter of coffee in the world. The country, as the rest of coffee growing regions, suffers with coffee rust disease. Rust, one of the earliest coffee diseases studied scientifically, is caused by the obligate biotrophic fungus Hemileia vastatrix. This disease is the most harmful that affects coffee trees, which may cause drastic drops in productivity if not controlled. The fungus infects coffee leaves penetrating through stomata and develops powdery orange pustules on the abaxial surface. The pathogen displays high levels of genetic variability leading to appearance of new physiological races and supplanting the resistance of coffee varieties obtained in breeding programs. The mechanism that causes such variability is yet not known, since it is accepted that the fungus relies on asexual reproduction and the sexual stage has not been observed in nature. The genome of H. vastatrix has been reported as one of the largest known rust genome. A very large fraction of the published rust genomes has shown a high percentage of repetitive elements, such as transposable elements (TEs). In this sense, TEs activity is suggested as an important source for generation of variability. Thus, there is a chance that the transposable DNA elements are responsible for increasing genetic variability of H. vastatrix. Therefore, this study aimed to identify presence, frequency and location of transposable elements, as well as verify the relationship between transposable elements and the high variability found on genome of H. vastatrix. We found 6,516 gene- coding proteins and 1,109 complete LTR retrotransposons in the genome. From these gene-coding proteins, 65 were close to LTR retrotransposons. The results suggested that LTR retrotransposon generally insert itself 5,000bp from a gene-coding protein. Also, LTR retrotransposons identified insert itself on AT-rich conserved regions. Thus, the found data suggest that insertion of LTR retrotransposons in H. vastatrix genome could be targeting its integration site based on nucleotide composition. Moreover, we identified LTR retrotransposons located close to coding regions, which could be contributing with gene expression modulation and hence affecting pathogen variability. / O autor não apresentou título em português.

Nos Estados Unidos, aproximadamente 10% da população é exposta diariamente a níveis perigosos de ruído no ambiente de trabalho. Estudos com gêmeos estimam que a herdabilidade para a perda auditiva induzida por ruído (PAIR) é de aproximadamente 36%, e tem sido demonstrada variação da sensibilidade ao ruído em linhagens específicas de camundongos. Devido à dificuldade inerente do estudo da PAIR em humanos, optou-se por estudar esse traço complexo em camundongos. Camundongos do Hybrid Mouse Diversity Panel (HMDP) com 5 semanas de idade foram expostos a um ruído de banda na oitava de 10 kHz por 2 horas a 108 dB. A mudança permanente no limiar foi avaliada após 2 semanas da exposição ao ruído, através de estímulos com frequência-específica. Esses dados foram então aplicados em um estudo de associação do genoma inteiro através do Efficient Mixed Model Analysis (EMMA) a fim de controlar para estrutura populacional. Neste manuscrito será descrito o estudo de associação do genoma inteiro com ênfase num pico de associação significativo para susceptibilidade à PAIR. Esse pico está no cromossomo 17 e em um bloco de haplótipo contendo a NADPH oxidase-3 (Nox3). Esse pico foi detectado em um fenótipo com estímulo de 8 kHz (tone-burst). Os mutantes homozigotos e os heterozigotos Nox3 foram então testados para validar o achado identificado no estudo de associação do genoma inteiro. Os mutantes e heterozigotos demonstraram uma maior susceptibilidade à PAIR, especialmente em 8 kHz, tanto através das medidas de emissões otoacústicas por produto de distorção (EOAPD) quanto por potenciais evocados auditivos de tronco cerebral (PEATE). Foi demonstrado por imuno-histoquímica que essa sensibilidade reside nas bandas sinápticas cocleares dos animais mutantes, especialmente em 8 kHz. Os mutantes homozigotos e os heterozigotos Nox3 foram então testados para validar o achado identificado no estudo de associação do genoma inteiro. Os mutantes e heterozigotos demonstraram uma maior susceptibilidade à PAIR, especialmente em 8 kHz, tanto através das medidas de emissões otoacústicas por produto de distorção (EOAPD) quanto por potenciais evocados auditivos de tronco cerebral (PEATE). Foi demonstrado por imuno-histoquímica que essa sensibilidade reside nas bandas sinápticas cocleares dos animais mutantes, especialmente em 8 kHz. Este é o primeiro estudo de associação do genoma inteiro para PAIR em camundongos e demonstra o poder dessa estratégia em identificar, de forma tonotópica, a susceptibilidade genética à PAIR.