Dado o grande número de proteínas presentes em um organismo, as associações funcionais entre elas são estudadas através da teoria de redes, com intuito de verificar suas propriedades estatísticas. Diversos modelos de crescimento têm sido propostos para representar as redes de associação proteica. Estes buscam principalmente reproduzir uma distribuição de grau na forma de lei de potência. Entretando, a distribuição de grau das redes de associação proteica não é uma lei de potência pura e outras medidas da rede, como alta clusterização e assortatividade, também não são adequadamente reproduzidas por estes modelos. Neste trabalho procuramos reproduzir as propriedades topológicas das redes de associação proteica. Propomos um modelo baseado em premissas biológicas que considera como fundamental a topologia local da rede para determinar a regra de crescimento. Este modelo reproduz as principais medidas das redes de associação proteica, e a investigação da proposta topológica local pode contribuir para a compreensão biológica dos mecanismos de crescimento do genoma. / Given the large number of proteins in a living being, the functional associations between them are studied as networks, in order to verify its statistical properties. Many models of growing networks have been proposed to represent the protein association networks. These models try to reproduce a power law degree distribution. However, the degree distribution of the protein association networks are not a pure power law, and other measures, such as high clustering coefficient and assortativity, are not correctly reproduced by these models. In this work we try to reproduce the topological properties of protein association networks. We propose a biologicaly based model which considers the local network topology as a fundamental ingredient in determining the network growth rule. This model reproduces the essential measures of the protein association networks and the investigation of the local topology proposition may contribute to the biological understanding of the genome growth mechanisms.

Submitted by MAYARA GONCALVES FONSECA (mayaragoncalvesf@hotmail.com) on 2018-06-15T13:54:42Z No. of bitstreams: 1 Tese Definitivo Mayara G Fonseca.pdf: 2127533 bytes, checksum: 4b7682436269d27b1ccfada8cd08ceab (MD5) / Approved for entry into archive by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br) on 2018-06-15T17:43:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 fonseca_mg_dr_jabo_int.pdf: 2127533 bytes, checksum: 4b7682436269d27b1ccfada8cd08ceab (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-15T17:43:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 fonseca_mg_dr_jabo_int.pdf: 2127533 bytes, checksum: 4b7682436269d27b1ccfada8cd08ceab (MD5) Previous issue date: 2018-05-04 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Considerando a importância nacional da raça Mangalarga Marchador (MM) e sua crescente internacionalização, estudos que avaliam diferentes aspectos de seus andamentos singulares, marcha batida (MB) e marcha picada (MP), são necessários. Os objetivos desse estudo foram descrever e comparar as variáveis cinemáticas (VCine) da MB e da MP e verificar associações entre as medidas morfométricas e as VCine de equinos da raça MM; avaliar a influência do alelo mutante do DMRT3 em homozigose (AA) ou heterozigose (AC) no padrão de movimento da MP; identificar, por meio de estudo amplo de associação do genoma (GWAS), polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e regiões genômicas que contenham possíveis genes responsáveis pelo fenótipo da MB na raça MM. Para análise cinemática, dezoito câmeras optoeletrônicas (240 Hz) foram posicionadas para a aquisição dos dados tridimensionais de três marcadores retrorreflexivos fixados no casco. Determinou-se duração, comprimento, frequência e velocidade de cada passada; dissociação relativa diagonal de decolagem e de apoio; e distribuição do tempo da passada em cada tipo de apoio (quadrupedal, tríplice, bipedal, monopedal e suspensão). Quarenta e oito cavalos pertencentes aos dois grupos de andamentos distintos: MP com genótipo AA e AC do SNP 22999655C>A (n=20) e MB com genótipo CC (n=28) foram analisados por meio do Equine SNP70 BeadChip e em seguida realizado GWAS. Para caracterização cinemática dos andamentos, os dados foram submetidos à analise descritiva. Para comparação entre fêmeas e machos e para comparação entre MB e MP, os tempos de apoio foram comparados pelo teste U de Mann-Whitney e as demais variáveis analisadas pelo teste t de Student (P≤0,05). A relação entre variáveis morfométricas e cinemáticas foi avaliada por correlação de Pearson. As variáveis cinemáticas temporais dos cavalos de MP de genótipo AA (n=9) e AC (n=9) foram comparadas por ANAVA de dois fatores (genótipo e passada, sendo a última de amostras repetidas) e em seguida teste de Tukey (P≤0,05). MB em velocidade média de 13,22 km/h apresentou maior porcentagem de apoios bipedal diagonal, seguida de monopedal pélvico, tríplice torácico, bipedal lateral e bipedal pélvico. Também foi identificada dissociação de apoio positiva que provavelmente está relacionada à manifestação de apoios monopedais e bipedais pélvicos. A MP na velocidade média de 12,68 km/h apresentou predomínio de apoios laterais seguidos por diagonais, tríplice torácico e monopedal pélvico. Na mesma velocidade, MP apresentou menor duração, comprimento e maior frequência de passadas; maior dissociação e ocorrência de apoios laterais e tríplices; e menor frequência de apoios diagonais, bipedais pélvicos e suspensão em relação à MB. Na amostra estudada, tanto na MB quanto na MP, os exemplares proporcionalmente maiores e com ângulos escapuloumeral, metacarpofalângico, coxofemoral, tibiotarsicometatársico menores apresentaram maior comprimento de passada e melhor distribuição dos tempos de apoio de acordo com Padrão da raça MM. Foi encontrada relação entre o padrão de andamento e os diferentes genótipos do DMRT3 (AA ou AC) na MP de equinos montados da raça MM. Indivíduos AC tiveram menor dissociação diagonal de decolagem e apresentaram maior proporção de apoio diagonal e, por isso, parecem apresentar distribuição de tempos de apoio mais próximo ao descrito como ideal no Padrão da raça quando comparados aos indivíduos AA. Os resultados do GWAS revelaram que, ao contrário do fenótipo de MP que é aparentemente determinado por gene único (DMRT3), a MB parece ser controlada por maior número de genes. Concluiu-se que morfometria e aspectos genéticos interferem no padrão de andamento de equinos de marcha batida ou picada da raça Mangalarga Marchador. / Considering the national significance of the Mangalarga Marchador (MM) breed and its increasing internationalization, studies that evaluate different aspects of their singular gaits, marcha batida (MB) and marcha picada (MP) are necessary. The objectives of this study were to describe and compare the kinematic variables (VCine) of MB and MP and to verify associations between the morphometric measurements and the VCine of MM horses; to evaluate the influence of the mutant allele of DMRT3 on homozygous (AA) or heterozygosis (AC) in the MP movement pattern; to identify, through genome-wide association study (GWAS), single nucleotide polymorphisms (SNPs) and genomic regions containing possible genes responsible for the phenotype of the MB in MM breed. For kinematic analysis, eighteen optoelectronic cameras (240 Hz) were positioned to acquire the three-dimensional data of three retroreflective markers fixed to the hooves. Duration, length, frequency and speed of each stride; diagonal advanced placement and lift-off and support phases (quadrupedal, tripedal, bipedal, Monopedal and suspension) were determined. Fortyeight horses belonging to the two gait groups, MP with AA and AC genotypes of the 22999655C>A SNP (n = 20) and MB with CC genotype (n = 28), were analyzed using the Equine SNP70 BeadChip and then performed GWAS. For kinematic characterization of the gaits, the data were submitted to descriptive analysis. For comparison between females and males, and for comparison between MB and MP, the support phases were compared by the Mann-Whitney U test and the other variables analyzed by Student's t-test (P ≤0.05). The relationship between morphometric and kinematic variables was evaluated by Pearson correlation. The temporal kinematic variables of MP horses of genotype AA (n = 9) and AC (n = 9) were compared by two-way ANOVA (genotype and stride, being the last of repeated samples) and then Tukey's test (P≤0.05). MB at the average speed of 13.22 km.h -1 presented higher percentage of diagonal bipedal support, followed by a single pelvic limb, triple thoracic limb, lateral bipedal and bipedal pelvic limbs. In MB, a positive diagonal advanced placement was also identified that is probably related to the manifestation of single-support and pelvic bipedal supports. MP at the average speed of 12.68 km.h -1 presented predominance of lateral supports followed by diagonals, triple of thoracic limb and single support of pelvic limb. At the same speed, MP horses presented shorter duration, shorter length and greater frequency of strides, greater dissociation and greater occurrence of lateral and triple supports, and lower frequency of diagonal supports, bipedal pelvic and suspension in relation to MB. In the studied sample, both MB and MP, the proportionally larger horses with smaller scapulohumeral, metacarpophalangeal, coxofemoral and tibiotarsometatarsal angles showed greater stride length and better distribution of support phases according to vii breed standard. Was found a relationship between the gait pattern and the different genotypes of DMRT3 (AA or AC) in the MP of ridden MM horses. AC individuals had lower diagonal advanced at lift-off and presented greater proportion of diagonal supports and therefore appeared to present distribution of support phases closer to that described as ideal in breed standard when compared to AA subjects. The GWAS results revealed that, unlike the MP phenotype that is apparently determined by single gene (DMRT3) in which the A allele of g.22999655C> A controls the characteristic, MB seems to be controlled by a greater number of genes. It was concluded that morphometry and genetic aspects interfere with the gait pattern of MB or MP Mangalarga Marchador horses. / FAPESP: 2015/17155-2

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-12-09. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:09Z : No. of bitstreams: 1 000870495.pdf: 1494495 bytes, checksum: 3b9f9ca073de023b7bdc8087537f82c7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Leishmaniasis, a disease caused by the protozoan Leishmania spp. is expanding in the world and affects millions of people annually, reaching 98 countries in tropical and subtropical regions, representing an important public health problem. Subspecies Leishmania and Viannia, represented by at least 22 species, are responsible for the three most common clinical manifestations of the disease in humans. Routinely, in endemic areas, serological diagnosis are employed. However, other parasitological and/or molecular techniques have high sensitivity to identify the genus Leishmania. The publication of Leishmania genomes have provided a better understanding of their composition and molecular markers to identify protozoan species and intra-specific variations, however some species are still underdiagnosed. However, the differentiation of Leishmania species in clinical samples still has limitations. Thus, in order to find the solution for this issue, we sought to design specific sequences for different species of Leishmania deposited in trypanosomatid genomic database, carrying out an in silico assay for verification of the selected sequences. The information generated in this study will constitute an interesting diagnostic platform, after proper validation with clinical samples

As sequências genômicas carregam uma ampla gama de informações sobre os organismos que a compõem. Obviamente, devido à grande semelhança destas informações e funções, espera-se que uma determinada sequência possa pertencer a muitos organismos, com probabilidades semelhantes. Entretanto, cada genoma carrega dentro de si certas peculiaridades que podem ser extraídas utilizando as ferramentas adequadas. Neste contexto, este trabalho propõe um processo de análise de sequências genômicas de bactérias, utilizando algumas medidas que são particularmente importantes: a entropia de triples (Sn), a quantificação da periodicidade 3 (P3) em uma sequência, o coeficiente de clusterização (D) e o percentual de GC. O processo aqui proposto nos permite inferir a qual organismo uma determinada sequência genômica pode pertencer, mostrando-se viável a sua utilização em metagenômica. Os resultados neste trabalho demonstram a eficácia deste método. Foram identificados 100% dos organismos presentes nas amostras estudadas (VP). Por outro lado, foi encontrado um grande número de organismos não pertencentes às amostras (FP), o que indica a grande similaridade de determinadas sequências, corroborando com alguns estudos que indicam que o genoma carrega consigo sequências órtologas, comuns a inúmeros organismos. / Submitted by Ana Guimarães Pereira (agpereir@ucs.br) on 2015-11-17T13:29:43Z No. of bitstreams: 1 Tese Ricardo Augusto Manfredini.pdf: 3422485 bytes, checksum: f6111d39384f0d874a1c4820a7faf475 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-17T13:29:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Ricardo Augusto Manfredini.pdf: 3422485 bytes, checksum: f6111d39384f0d874a1c4820a7faf475 (MD5) / Genomic sequences carry a wide range of information on organism that compose it. Obviously, by reason that great similarity of this information and functions, it is expected that each sequence can belong to many organisms with a similar probability. However, each genome carries within itself certain peculiarities that can be extracted using appropriate tools. In this context , this paper proposes a methodology for the analysis of genomic sequences of bacteria , using some measures that are particularly important : The entropy of triples ( Sn ) , the quantification of frequency 3 (P3) in a sequence , the clustering coefficient ( D ) and the percentage of GC . The method proposed here allows us to infer which a particular organism genome sequence may belong, being feasible for use in Metagenomics. The results of this study demonstrate the effectiveness of this method, 100 % of the organisms were identified in the samples studied (VP). On the other hand, a large number of bodies which did not belong samples were found (FP), which indicates the high similarity of certain sequences, corroborating some studies indicate that the genome carries ortholog sequences, common to countless organisms.

Resumo:eishmaniose, doença causada pelo protozoário Leishmania spp., encontra-se em franca expansão no mundo e acomete milhões de pessoas anualmente, atingindo 98 países de regiões tropicais e subtropicais, representando um importante problema de Saúde Pública. As subespécies Leishmania e Viannia apresentam, no mínimo, 22 espécies, que são responsáveis pelas três manifestações clínicas mais comuns da doença para humanos. Rotineiramente, em áreas endêmicas, o diagnóstico laboratorial sorológico é empregado, porém, outras técnicas parasitológicas e/ou moleculares tem alta sensibilidade para identificação do gênero Leishmania. A publicação de genomas de Leishmania proporcionou um maior conhecimento de regiões e marcadores para identificação de espécies do protozoário e variações intra-específicas, todavia algumas espécies ainda tem sido subdiagnosticadas. Entretanto, a diferenciação das espécies de Leishmania em amostras clínicas ainda apresenta limitações. Assim, com o intuito de auxiliar na solução desta questão, buscamos sequências específicas para diferentes espécies de Leishmania depositadas em banco de dados genômicos de tripanossomatídeos e realizamos um ensaio in silico para verificação das nossas sequências. As informações geradas neste trabalho serão úteis numa plataforma diagnóstica para que sejam validadas com amostras clínicas. / Abstract:Leishmaniasis, a disease caused by the protozoan Leishmania spp. is expanding in the world and affects millions of people annually, reaching 98 countries in tropical and subtropical regions, representing an important public health problem. Subspecies Leishmania and Viannia, represented by at least 22 species, are responsible for the three most common clinical manifestations of the disease in humans. Routinely, in endemic areas, serological diagnosis are employed. However, other parasitological and/or molecular techniques have high sensitivity to identify the genus Leishmania. The publication of Leishmania genomes have provided a better understanding of their composition and molecular markers to identify protozoan species and intra-specific variations, however some species are still underdiagnosed. However, the differentiation of Leishmania species in clinical samples still has limitations. Thus, in order to find the solution for this issue, we sought to design specific sequences for different species of Leishmania deposited in trypanosomatid genomic database, carrying out an in silico assay for verification of the selected sequences. The information generated in this study will constitute an interesting diagnostic platform, after proper validation with clinical samples / Orientador:Caris Maroni Nunes / Banca:Flávia Lombardi Lopes / Banca:Vania Lúcia Ribeiro da Matta / Banca:Rodrigo Martins Soares / Banca: Valéria Marçal Felix de Lima / Doutor

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2012-11-19T12:07:48Z No. of bitstreams: 1 2012_CarlosFernandoRochaPimentel.pdf: 4136753 bytes, checksum: 3e1660d2869e3ec5c9235fa6a84074b5 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2012-11-21T14:25:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_CarlosFernandoRochaPimentel.pdf: 4136753 bytes, checksum: 3e1660d2869e3ec5c9235fa6a84074b5 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-21T14:25:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_CarlosFernandoRochaPimentel.pdf: 4136753 bytes, checksum: 3e1660d2869e3ec5c9235fa6a84074b5 (MD5) / Este estudo é parte de linha de pesquisa do Laboratório Multidisciplinar de Pesquisa em Doença de Chagas, na Faculdade de Medicina da Universidade de Brasília, que visa ao mapeamento das integrações de sequências de minicírculos de DNA mitocondrial (kDNA) de Trypanosoma cruzi em famílias de residentes em diferentes ecossistemas brasileiros. Nesta dissertação foram analisados sêmens de 53 adultos de dois municípios do Estado do Pará. O trabalho foi conduzido para identificar e caracterizar os sítios de integração das mutações de kDNA em células do sêmem e determinar a de presença do DNA nuclear (nDNA) do T. cruzi em adultos na idade reprodutiva. Foram analisadas amostras de DNA do sêmen de 53 homens. Os testes PCR mostraram que em 44 amostras (83%) havia nDNA. Em mais quatro amostras (48/53) os testes PCR revelaram amplicons de kDNA parasita. Estes quatro últimos sugerem que as sequências de minicírculos poderiam estar integradas ao genoma de pessoas sem a infecção ativa pelo T. cruzi. Então, a técnica tpTAIL-PCR foi usada para caracterizar as mutações de kDNA nos cromossomos das células analisadas. Foram encontradas 142 mutações no genoma de 38 indivíduos (72%) do estudo. Essas mutações foram localizadas (56,6%) em LINE-1 dispersos nos genomas. Ademais, verificou-se que 32,5% dessas mutações achavam-se no locus AL7313741.4 de LINE-1, no cromossomo X. Apenas nove eventos de integração de kDNA ocorreram em regiões codificadoras do genoma. Entre essas, encontram-se mutações em genes de quinases, receptor olfatório e em outros sítios não determinados. Em 24 casos (16,8%) o kDNA ligado ao LINE-1 estava acompanhado de fragmento de sequência de DNA retroviral, sugerindo recombinação e “hitchhiking’’. De grande interesse, os resultados sugerem a possibilidade de transmissão da infecção por 83% dos homens que tem o nDNA do T. cruzi no sêmen e, assim, a reprodução sexuada pode contribuir para transferência e herança das mutações de kDNA nas progênies das famílias do estudo. / This study stems for a research line that has been carried on the Chagas Disease Multidisciplinary Research Laboratory at the Faculty of Medicine, University of Brasilia, which aims at the mapping of the integrations of the mithocondrial minicircle sequences (kDNA) from Trypanosoma cruzi in members of familes living in different Brazilian ecosystems. Herein, we analysed samples of semen from 53 men from two counties at the State of Pará, Brazil. The research was conducted aiming at the identification and characterization of kDNA mutation hotspots in semen cells, so as to determine the rate of presence of the parasite nuclear DNA (nDNA) in adults at reproductive age. A total of 53 semen samples DNA were analysed. The PCR exams showed nDNA in 44 samples (83%), and further four samples (48/53) yielded kDNA amplicons. These results suggest that sequences of kDNA minicircles can integrate into the human genome in the absence of an active T. cruzi infection. Then, we used the tpTAIL-PCR technique to characterize the kDNA mutations on chromosomes of analyzed cells. A minimum of 142 mutations were disclosed in the genome of 38 family members (72%). These mutations were localized in LINE-1 (56.6%) disperse all through the genome. However, it was observed that 32.5% of such mutations were present in the locus AL7313741.4 of LINE-1, a chromosome X. Nine mutation events were found in coding regions of the genome. Among these, there were mutations in protein-kinase, and in the olfactory genes, and, also in undetermined sites. Further 24 mutations (16.8%) showed the kDNA covalently linked to LINE-1, and these chimeras were attached to fragments of retroviral DNA sequences, thus suggesting recombination and hitchhiking. Of great interest, the results suggest the possibility of transmission of the infections from 83% of men showing the DNA from T. cruzi in the semen, and, therefore, sexual reproduction may contribute to lateral transfer and inheritance of kDNA mutations in the progeny of the study families.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2009. / Submitted by Elna Araújo (elna@bce.unb.br) on 2011-05-30T22:18:31Z No. of bitstreams: 1 2009_SandraElisadeSousaCarvalho.pdf: 2803738 bytes, checksum: 3efd571bb5405a3e71ba15228b2dcc0f (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2011-06-05T18:39:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_SandraElisadeSousaCarvalho.pdf: 2803738 bytes, checksum: 3efd571bb5405a3e71ba15228b2dcc0f (MD5) / Made available in DSpace on 2011-06-05T18:39:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_SandraElisadeSousaCarvalho.pdf: 2803738 bytes, checksum: 3efd571bb5405a3e71ba15228b2dcc0f (MD5) / Dengue é uma importante arbovirose causada pelo vírus do dengue (DENV; Família Flaviviridae, Gênero Flavivirus). Notável aumento no número de casos de dengue e dengue hemorrágica foi registrado nas Américas. Neste estudo foi descrito a diversidade de sequências de diferentes genomas completos de DENV-1 e a inferência filogenética de vírus isolados na América. Dois isolados brasilienses (Distrito Federal, Brasil) de DENV-1 foram identificados em testes utilizando anticorpo policlonal e monoclonal. Os vírus foram amplificados in vitro em células C6/36 de Aedes albopictus. O RNA genômico desses isolados (DF01 e DF02) foram amplificados usando pares de oligonucleotídeos específicos para DENV-1 por RT-PCR. O genoma foi dividido em três fragmentos de cDNA que se sobrepõem e os cDNA amplificados foram clonados em pCR4-TOPO. O DNA plasmidial foi purificado e a sequência de nucleotídeos determinada. DF01 e DF02 foram completamente sequenciados e suas sequências comparadas a um grupo de dados representativo da diversidade genotípica americana de DENV-1 e a um isolado de Singapura, geneticamente distinto dos genótipos de circulação americana. Embora sejam observadas consideráveis diferenças em sequências de aminoácidos presentes em regiões importantes, vários elementos chaves (sítios de glicosilação, pontes disulfeto e sequências características a domínios funcionais de proteínas) foram completamente conservados. Análises filogenéticas indicaram a existência de um grupo monofilético dividido em dois sub-grupos na população de DENV-1 circulante na América Latina, relacionando a sua distribuição geográfica. Foram descritos três potenciais eventos de recombinação entre os isolados analisados, um destes ocorreu no novo vírus identificado DF01. Nossas análises de sequências genômicas completas de populações geograficamente estruturadas e com baixa diversidade na América Latina produziram forte evidência de recombinações relativamente difundidas. Os clones obtidos com fragmentos genômicos de DENV-1 utilizados no estudo, foram transferidos para um vetor modificado para o possível desenvolvimento de cDNA infeccioso. ________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Dengue is an important arboviral disease caused by dengue viruses (DENV; Family Flaviviridae, Genus Flavivirus). A dramatic increase in the number of dengue fever and hemorrhagic dengue cases had been reported in the American continent. In this work we describe the diversity found in full-length DENV-1 sequences and phylogenetic inference of dengue virus isolated in Americas. Two DENV-1 isolates form Brasília (Federal District, Brazil), were identified using polyclonal and monoclonal antibody-assay. The viruses were amplified in vitro in an Aedes albopictus C6/36 cell line. Genomic RNA of those isolates (DF01 e DF02) were amplified using specific primer pairs for DENV-1 by RT-PCR. The genome was divided into three overlapping cDNA fragments, and amplified cDNA was linked into pCR4-TOPO. Plasmid DNA was purified and nucleotide sequences were determined. DF01 and DF02 were completely sequenced and compared to a data set of full genomic sequence of DENV-1, that represent the genotypic diversity of this serotype, and one sequence from Singapura, used as outgroup. Although our genetic analyses revealed considerable differences at protein levels, several key elements (i.e. disulfide bridges, glycosylation sites and protein functional domains) were fully conserved. Phylogenetic analysis indicated the existence of one monophyletic Latin American cluster (LA) which could in turn be divided into two major sub-clusters, characterized by a geographical subdivision. We found three recombination events among all DENV examined sequences, one of the new full length genome described here was apparently recombinant. Our analysis of full genome sequences samples of DENV-1 population geographically structured and with low-diversity in Latin American has yielded strong evidence of relatively pervasive recombination. The clones obtained with DENV-1 subgenomic fragments used in this study, were transferred into lowcopy plasmid modified for the possible construction of an infectious cDNA clone.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2010. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2011-04-19T13:46:22Z No. of bitstreams: 1 2010_NataliaLucinda.pdf: 1450579 bytes, checksum: c6ffe1b291f24b75bbf847a37c4df803 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2011-05-25T00:23:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_NataliaLucinda.pdf: 1450579 bytes, checksum: c6ffe1b291f24b75bbf847a37c4df803 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-05-25T00:23:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_NataliaLucinda.pdf: 1450579 bytes, checksum: c6ffe1b291f24b75bbf847a37c4df803 (MD5) / O vírus Brugmansia suaveolens mottle virus (BsMoV) foi isolado da solanácea Brugmansia suaveolens (conhecida como trombeteira, saia-branca) da coleção de plantas medicinais do Instituto Agronômico, Campinas-SP, Brasil, sendo o isolado nomeado Bs-Campinas. Um trabalho anterior mostrou que o isolado Bs-Campinas foi transmitido por afídeos, induziu sintomas visíveis em algumas solanáceas e em duas espécies de Chenopodium sob condições experimentais, apresentando partículas e inclusões típicas de potyvírus em folhas sintomáticas, quando observadas por microscopia eletrônica de transmissão. Apenas parte do genoma do vírus era conhecida, uma região compreendendo a extremidade 3‟, o que o distinguiu suficientemente dos outros vírus para ser classificado como uma espécie nova de potyvírus. O vírus apresenta características distintas de outros potyvírus conhecidos, induzindo uma alta severidade de sintomas em diversas plantas susceptíveis, além da capacidade de infectar o tomateiro, uma cultura de alta importância econômica e social no Brasil. Essas características o tornam um excelente alvo para estudo dos genes relacionados à patogenicidade e para o desenvolvimento futuro de vetores virais. Neste sentido, o objetivo deste trabalho foi realizar a caracterização molecular do isolado Bs-Campinas através da determinação de sua sequência genômica completa e determinar o seu relacionamento filogenético com os diferentes potyvírus já relatados no mundo. Para tanto, procedeu-se o emprego de várias técnicas para o completo resgate do genoma viral e posterior determinação de sua sequência. O RNA total foi extraído e o cDNA sintetizado foi obtido pela técnica de 3‟ RACE usando primers universais para potyvírus, resultando na amplificação de um fragmento de 8,3kb. A tentativa de clonagem deste fragmento, contudo, resultou em clones que apresentavam uma deleção interna neste fragmento. Dessa forma, o segundo fragmento obtido resultou da amplificação por RT-PCR utilizando-se primers específicos desenhados com base nas sequências das extremidades do fragmento de 8,3kb com o intuito de resgatar a região interna do genoma gerando um fragmento de aproximadamente 4,7kb. Primers específicos foram também desenhados baseados na sequência da extremidade 5‟ do clone de 8kb obtido e a estratégia 5‟ RACE foi usada para amplificar e clonar a extremidade 5‟ do genoma do vírus, um fragmento de 1,8kb. As amplificações por PCR resultaram no resgate de três fragmentos de cDNA, os quais totalizam a sequência completa do genoma do BsMoV. O RNA genômico consistiu de 9870 nt sem a cauda de poli-A, codificando uma poliproteína típica dos potyvírus de 3090 aa. As análises da sequência de aminoácidos possibilitaram a dedução dos sítios de clivagem, bem como, a identificação das sequências e motivos conservados dentro da sequência de cada proteína, tendo o isolado Bs-Campinas exibido perfil típico de potyvírus. As análises filogenéticas, assim como, comparações com outras espécies de Potyvirus do banco de dados online revelaram que esta sequência tem uma identidade nucleotídica de 63,7% com Pepper mottle virus (PepMoV), a qual foi a sequência de potyvírus de maior identidade e, portanto, o mais estreitamente relacionado. Uma vez que este valor de identidade é inferior ao limiar (76% de identidade nucleotídica) atualmente usado para discriminar espécies de Potyvirus, foi confirmado que Brugmansia suaveolens mottle virus representa uma nova espécie dentro do gênero Potyvirus. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Brugmansia suaveolens mottle virus (BsMoV) was isolated from a Brugmansia suaveolens plant (known as "angel trumpet") in the collection of medicinal plants of the Instituto Agronômico, Campinas-SP, Brazil, being the isolate named Bs-Campinas. A previous study showed that the isolate Bs- Campinas was transmitted by aphids and induced visible symptom on some Solanaceous plants and two Chenopodium species under the experimental conditions, showing typical potyvirus particles and inclusions in symptomatic leaves, when observed by transmission electron microscopy. Only part of the virus genome was known, a region comprising the 3' terminal region of the genome, which distinguished it sufficiently from other viruses to be classified as a new potvvirus species. The virus showed characteristics that were distinct from other known potyviruses, such as the high symptom severity in many plants and the ability to infect tomato plants, a crop of high economic and social importance in Brazil. These findings showed that it can be an excellent target for the study of genes related to pathogenicity and for the future development of viral vectors. Therefore, the objective of this study was the molecular characterization of the isolate Bs-Campinas through the determination of its complete genomic sequence and its phylogenetic analysis, when compared with different potyviruses previously reported in the world. For this purpose, some techniques were attempted to enable the rescue of the viral genome and subsequent determination of its sequence. Total RNA was extracted and cDNA synthesis was done by 3 'RACE using universal primers for potyviruses, resulting in the amplification of a fragment of ca. 8,3 kb. However, the cloning of this fragment resulted in clones that presented an internal deletion in this fragment. Therefore, a second fragment using specific primers designed based on the sequence ends of the deleted clones, was amplified by PCR and cloned in order to rescue inner region of the genome by generating a fragment of approximately 4.7 kb. Specific primers were also designed based on the 5‟ end region of the 8,3 kb clone to enable cloning of the 5‟ terminal region of the genome by 5' RACE, a fragment of 1.8 kb. PCR amplifications resulted in three cDNA fragments, comprising the complete genome of BsMoV. The RNA genome consisted of 9870 nt without a poly-A tail, encoding a putative typical potyviral polyprotein of 3090 aa. Analysis of the amino acid sequence allowed the deduction of the cleavage sites, as well as the identification of conserved sequences and motifs within the sequence of each protein, in which the Bs-Campinas isolate displayed typical potyvirus genome strategy. Phylogenetic analysis, as well as comparisons with other species of the Potyvirus genus obtained on online databases revealed that this BsMoV sequence shared 63.7% nucleotide sequence with Pepper mottle virus (PepMoV), which was the best matched potyvirus sequence and, thus the most closely related species. Since this identity value is below the threshold of 76% nt identity presently used to discriminate Potyvirus species, it was confirmed that Brugmansia suaveolens mottle virus represents a new Potyvirus species.

Dado o grande número de proteínas presentes em um organismo, as associações funcionais entre elas são estudadas através da teoria de redes, com intuito de verificar suas propriedades estatísticas. Diversos modelos de crescimento têm sido propostos para representar as redes de associação proteica. Estes buscam principalmente reproduzir uma distribuição de grau na forma de lei de potência. Entretando, a distribuição de grau das redes de associação proteica não é uma lei de potência pura e outras medidas da rede, como alta clusterização e assortatividade, também não são adequadamente reproduzidas por estes modelos. Neste trabalho procuramos reproduzir as propriedades topológicas das redes de associação proteica. Propomos um modelo baseado em premissas biológicas que considera como fundamental a topologia local da rede para determinar a regra de crescimento. Este modelo reproduz as principais medidas das redes de associação proteica, e a investigação da proposta topológica local pode contribuir para a compreensão biológica dos mecanismos de crescimento do genoma. / Given the large number of proteins in a living being, the functional associations between them are studied as networks, in order to verify its statistical properties. Many models of growing networks have been proposed to represent the protein association networks. These models try to reproduce a power law degree distribution. However, the degree distribution of the protein association networks are not a pure power law, and other measures, such as high clustering coefficient and assortativity, are not correctly reproduced by these models. In this work we try to reproduce the topological properties of protein association networks. We propose a biologicaly based model which considers the local network topology as a fundamental ingredient in determining the network growth rule. This model reproduces the essential measures of the protein association networks and the investigation of the local topology proposition may contribute to the biological understanding of the genome growth mechanisms.

Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-10T16:27:42Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertação-MarcoAntonioSantos.pdf: 3331059 bytes, checksum: 5771c8bf3db4a1328356c57da9a193b0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-10T16:27:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertação-MarcoAntonioSantos.pdf: 3331059 bytes, checksum: 5771c8bf3db4a1328356c57da9a193b0 (MD5) Previous issue date: 2012-08-06 / Os Arthropoda formam o grupo animal mais abundante e diverso na terra, com mais de um milhão de espécies descritas, apresentando extrema importância econômica, ambiental e médica. Devido a grande diversidade e antiguidade do grupo, inúmeras hipóteses para explicar a história evolutiva dos Arthropoda foram sugeridas ao longo dos anos. No entanto, as relações entre e dentro dos quatro principais grupos do filo (Crustacea, Hexapoda, Myriapoda e Chelicerata) permanecem como uma das grandes questões em aberto na sistemática. Neste contexto, o genoma mitocondrial representa uma importante fonte de informação para a reconstrução filogenética de um grupo taxonômico tão diverso. Assim, esse trabalho teve como objetivo elucidar as relações filogeneticas do filo Arthropoda a partir dos genomas mitocondriais, completamente sequenciados e disponíveis em bancos de dados públicos, utilizando diferentes abordagens computacionais. As análises dos genomas mitocondriais sugerem, com altos valores de suporte, o monofilétismo dos grupos Pancrustacea (Hexapoda + Crustacea) eMandibulata (Pancrustacea + Myriapoda)indicando que o grupoirmãodos demais Arthropodaé Chelicerata. Além disso, a utilização da entropia de Shannon se mostrou altamente eficiente na seleção de regiões filogeneticamente informativas, sendo mais efetivaque outros métodos utilizados tradicionalmente na análise de genomas mitocondriais. A entropia também se mostrou como ótima fonte de informações para seleção de regiões conservadas destinadas à determinação de iniciadores degenerados para a amplificação de regiões homólogas. Esse trabalho representa um importante passo para a elucidação da história filogenética do filo Arthropoda. / Arthropodaare the most abundantand diverseanimal group on earth, with overa milliondescribed species.They havevery importanteconomicand medical, environmental. Giventhe great diversityand seniorityof the group,severalhypotheses to explainthe evolutionary history ofArthropodahave been suggestedover the years. The relationships between and within these four major lineagesof the phylum(Crustacea, Hexapoda,MyriapodaandChelicerata) lineages remain one of the most contentious issues in systematics.The mitochondrial genomerepresentsanimportant sourceof information forphylogeneticreconstructionsof ataxonomic groupas diverse. Thus, thisstudy aimed toelucidate thephylogeneticsrelationshipsof the phylumArthropodaby usethecompletelysequenced andavailable mitochondrial genomesinpublic databases, using differentcomputational approaches. Analyses ofmitochondrial genomessuggestwith high values supportthemonophyly ofgroupsPancrustacea(Hexapoda+Crustacea)and Mandibulata(Pancrustacea +Myriapoda)indicating that Chelicerata is sistergroupof otherArthropoda. Furthermore, the use of Shannon's entropyprovedhighly effectivein the selection ofphylogeneticallyinformativeregions. Shannon's entropy was more effective than other methods traditionally usedin the analysis ofmitochondrial genomes. The entropy alsos howed likegreat sourceof information forselection ofconserved regionsto determination ofdegenerate primers. Thiswork represents an important step to elucidate thephylogenetics historyof the phylum Arthropoda.