Made available in DSpace on 2016-03-04T13:59:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 marcilio_fernandes_ioc_dout_2007.pdf: 1527698 bytes, checksum: b419ebdd6a1c3aa54a8b88399fac1970 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Após ter sido considerada sob controle, a tuberculose ressurgiu na década de 90, sendo atualmente um sério problema de saúde pública envolvendo aspectos sociais e econômicos. Para entender os fatores envolvidos na transmissão e adoecimento pela tuberculose faz-se necessário compreender o tripé de sustentação da doença: ambiente, bacilo e hospedeiro. Em nosso trabalho avaliamos estes três aspectos importantes para a compreensão da epidemiologia da tuberculose em dois municípios da Região Metropolitana do Recife-PE. No município do Cabo de Santo Agostinho, caracterizamos o padrão de desenvolvimento de cepas resistentes e fatores associados. A freqüência de resistência primária e adquirida a qualquer droga foi 14% e 50% respectivamente enquanto que a freqüência primária e adquirida para multidroga resistência foi 8,3% e 40%. Tratamento prévio para tuberculose e abandono de tratamento consistiu em fatores de risco para resistência primária a drogas. A taxa de resistência primária e adquirida principalmente por infecção com linhagens resistentes a Isoniazida e Rifampicina é bastante alta dificultando o controle da transmissão da tuberculose no Cabo. Mapeamos a transmissão da tuberculose utilizando como ferramenta a genotipagem das cepas pelo spoligotyping. Um total de 40 padrões distintos foi observado. Destes, um padrão com nove isolados, três padrões com cinco isolados cada, outros três padrões com quatro isolados, dois padrões com três isolados, cinco padrões com dois isolados cada e vinte e seis padrões com um isolado. A análise da distribuição geográfica dos casos agrupados atendidos no Cabo comparados aos resultados de estudo prévios feito no Posto de Saúde Lessa de Andrade em Recife, que atende pacientes de todo o Estado de Pernambuco, mostrou que cepas agrupadas são encontradas em municípios vizinhos. No Município do Recife avaliamos o papel de marcadores genéticos (HLA)(...) (...) do hospedeiro na predisposição para tuberculose em comunicantes de casos índices diagnosticados no Recife. Dos 257 indivíduos analisados, 54 eram agregados (sem parentesco com o caso Índice) e 203 tinham algum grau de parentesco com o caso índice. O risco relativo para desenvolver tuberculose foi de 1.22 (95%CI:0.75-1.99) para parentesco de primeiro grau, 1.13(95%CI:0.63-2.03) para parentesco de segundo grau e 1.11(95%CI:0.44-2.78) para parentesco de terceiro grau quando comparados com os contatos sem relação de parentesco. A análise da freqüência de alelos do HLA de classe II foi realizada em separado entre 77 indivíduos que haviam tido tuberculose e 119 indivíduos sem passado de tuberculose. Não encontramos qualquer alelo associado com suscetibilidade para adoecimento por tuberculose. Entretanto, o alelo DRB5*01 (OR= 0.45:; IC95%=0.20-0.98; p= 0.0441) aparece ligado à resistência para tuberculose e o alelo DRB3*02 (OR=0.59; IC95%=0.32-1.08; p=0.0905) mostra uma tendência de associação com resistência em desenvolver tuberculose. O conhecimento do perfil de resistência de cepas do M. tuberculosis e do seu poliformismo genético, bem como do hospedeiro em determinados grupos populacionais nos permite avaliar melhor os mecanismos de transmissão da doença contribuindo para o controle da tuberculose. / Tuberculosis resurged in the 90s after having been considered to be under control and is now a serious public health problem with social and eco nomic ramifications. To understand the factors involved in the transmission and the diseas e, it is necessary to understand the three fundamentals of the disease: the environment, bacillus and host. This work evaluates these three important aspects of the epidemiology of tube rculosis in two municipalities in the metropolitan region of Recife-PE. In the town of Ca bo de Santo Agostinho, we characterized the pattern of the development of resistant strains and their associated factors. The frequency of primary and acquired resistance to any drug was 14% and 50%, respectively, while the frequency of primary and acquired multidrug resista nce was 8.3% and 40%, respectively. Previous treatment for tuberculosis and abandonment of treatment were risk factors for primary resistance to drugs. Among persons with Iso niazid- and Rifampicin-resistant strains, the levels of primary and acquired resistance were quite, making tuberculosis control in Cabo quite difficult. The transmission pattern of tuberc ulosis was defined by using by spoligotyping to genotype strains. A total of 40 distinct pattern s were observed: one pattern with 9 isolates, three patterns with 5 isolates each, three other pa tterns with 4 isolates, two patterns with 3 isolates, five patterns with 2 isolates each, and 2 6 patterns with 1 isolate alone. Geographical analysis of cases residing in Cabo compared with th ose evaluated at the post of Health in Lessa de Andrade in Recife (a reference health serv ice for greater Pernambuco) revealed that both municipalities shared common isolates. In Reci fe, the role of genetic markers (HLA) of host predisposition to tuberculosis was evaluated a mong persons who live in the same house as index cases. Of the 257 subjects studied, 54 pe rsons (reference cases) were not related to the index case but shared their household. Among t he 203 subjects related to the index case, the relative risk for developing tuberculosis, depe nding on degree of relationship, was 1.22 (95%CI :0.75-1 .99) for first-degree, 1.13 (95%CI : 0.63-2 .03) for second degree, and 1.11 (95%CI :0.44-2 .78) for third degree when compared with the 54 afore-mentioned reference cases. Frequency analysis of HLA class II alleles w as conducted separately between the 77 individuals who had tuberculosis and the 119 indivi duals with no history of tuberculosis. We did not find any allele associated with susceptibil ity to illness for tuberculosis. However, the allele DRB5*01 (OR= 0.45; 95%CI= 0.20-0.98; p = 0.0441) appears linked to resistance to tuberculosis and the allele DRB3*02 (OR= 0.59; 95%C I= 0.32-1.08; p = 0.0905) shows a trend of association with resistance to develop tub erculosis. A more complete understanding of M. Tuberculosis resistant strains and their genetic polymorphisms, as well as the host susceptibility in certain population groups, allow us to better assess the mechanisms of disease transmission and ultimately contribute to t he control of tuberculosis.

Scrapie é uma doença neurodegenerativa infecciosa que afeta ovinos e caprinos, o qual está relacionada a uma alteração conformacional da proteína priônica, que leva a deposição e agregação da proteína no sistema nervoso central. A predisposição a infecção pelo agente príon está associado a polimorfismos de nucleotídeos únicos no gene da proteína priônica. Os principais polimorfismos relacionados à infecção estão presentes nos códons 136, 154 e 171, sendo o genótipo VRQ o mais suscetível e o ARR o genótipo mais resistente. O presente estudo teve como objetivo identificar os polimorfismos de nucleotídeos únicos em ovinos das raças Suffolk, Dorper e Santa Inês, provenientes de surtos de scrapie clássico e de rebanhos livre de scrapie, os quais os proprietários estavam dispostos a colaborar com o projeto. O primeiro trabalho analisou polimorfismos de nucleotídeos únicos em 15 códons do gene da proteína priônica em um rebanho Suffolk afetado com scrapie clássico no Brasil. Dos 15 códons analisados, 3 apresentaram polimorfismos (136, 143 e 171). O códon 171 apresentou o maior número de polimorfismos, os quais foram encontradas todas as formas alélicas. Quando avaliado os grupos de risco, cerca de 96% do rebanho pertenceu aos grupos 1 a 3 (risco muito baxi a moderado). O segundo trabalho relatou o desenvolvimento da técnica de PCR em tempo real, baseado em sondas TaqMan, para a identificação de polimorfismos nos códons 136, 154 e 171 e sua aplicabilidade em rebanhos brasileiros. Um total de 142 amostras foram analisadas por PCR em tempo real. Ao comparar os resultados do PCR em tempo real com o sequenciamento, 100% das amostras foram idênticas. Para o códon 136, a maioria dos ovinos apresentou o genótipo AA. Para o códon 154, o genótipo RR foi o mais frequente, e para o códon 171, os genótipos mais frequentes foram QQ e QR. O terceiro trabalho descreve a caracterização de três surtos de scrapie clássico em ovinos da raça Dorper, em diferentes regiões do sul do Brasil. Os surtos ocorreram nos anos de 2011 a 2013, sendo que no segundo e no terceiro foram identificados ovinos do primeiro caso. Além disso, foi analisada a associação de scrapie com a genotipagem do gene da proteína priônica em ovinos presentes nos três rebanhos. No total, 22 ovinos foram positivos no teste de imuno-histoquímica, sendo que 4 deles apresentaram sinais clínicos da doença. Em todos os estudos, presentes as três raças analisadas, foi possível evidenciar a presença de ovinos, na sua maioria, geneticamente suscetíveis a infecção, pois a maioria pertenceu ao grupo de risco 3, considerado moderado. / Scrapie is an infectious neurodegenerative disease affecting sheep and goats. This is related to an altered conformational of the prion protein (PrPSc) that leads to the deposition and aggregation of protein in the central nervous system. The predisposition to prion infection agent is associated with single nucleotide polymorphisms in the prion protein gene. The mostly polymorphisms related with infection are present in codons 136, 154 and 171, being more susceptible genotype VRQ and ARR more resistant genotype. This study aimed to identify single nucleotide polymorphisms in sheep breeds Suffolk, Dorper and Santa Ines, from outbreaks of classical scrapie flocks and free scrapie flocks, which the owners were willing to collaborate with the project. The first article analyzed single nucleotide polymorphisms in 15 codons of the prion protein gene in a Suffolk sheep affected with classical scrapie in Brazil. Of the 15 codons analyzed, 3 showed polymorphisms (136, 143 and 171). Codon 171 showed the greatest number of polymorphisms, which were found all allelic forms. When assessed risk groups, about 96% of the herd belonged to groups 1 to 3 (very baxi to moderate risk). The second article reported the development of PCR real time based on TaqMan probes for the identification of polymorphisms in codons 136, 154 and 171 and their applicability in Brazilian herds. A total of 142 samples were analyzed by real-time PCR. When comparing the results of real time PCR with the sequencing of the samples were 100% identical. For codon 136, the majority of the sheep had the AA genotype. For codon 154, the RR genotype was the most frequent, and the codon 171, the most common genotypes were QQ and QR. The third article describes the characterization of three outbreaks of classical scrapie in Dorper sheep, in different regions of southern Brazil. The outbreaks occurred in the years 2011-2013, and the second and third were identified sheep of the first case. Furthermore, it was analyzed its association with genotyping prion protein gene in sheep present the three herds. In total, 22 sheep were positive in immunohistochemical testing, and 4 of them showed clinical signs of disease. In all studies, presents three races analyzed, it was possible to demonstrate the presence of sheep, mostly genetically susceptible to infection because the majority belonged to the risk group 3, considered moderate.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:35:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_6777_Tese SAV 04-10-13.pdf: 4494409 bytes, checksum: 06e58e07b25332ca734da704af738a2c (MD5) Previous issue date: 2013-08-30 / Introdução: Baseado na hipótese de que a variabilidade genética de Mycobacterium tuberculosis (MTB) pode influenciar a virulência e a gravidade da doença os perfis genéticos de isolados clínicos de MTB foram avaliados para detectar associação entre diversidade genética e gravidade da doença. Objetivos: Analisar características genéticas de isolados de MTB e verificar sua possível associação com a gravidade da TB pulmonar. Métodos: Estudo retrospectivo, caso controle, conduzido em Vitória-ES, utilizando isolados de MTB (2003 a 2006, n=214) de pacientes com TB pulmonar, cavitária (127) e não cavitária (87). Realizou-se genotipagem por meio de RFLP-IS6110, Spoligotyping, MIRU-VNTR 24 loci, e a análise de deleções e inserções, como RDRio, RD174 utilizando PCR multiplex, bem como a detecção do Ag85C103. Realizou-se análise estatística, para verificação dos padrões de distribuição das variáveis, seguida de análises bivariadas para verificação de associações entre elas, empregando-se os teste exato de Fisher ou Chi-quadrado, ambos com 95% de intervalo de confiança e nível de significância (&#61554;) < 0,05. Resultados: Após a regressão logística, as variáveis que contribuíram no modelo explicativo da doença foram baciloscopia (ORajust = 5,96; IC= 2,58-13,73) e produção de escarro (ORajust = 4,55; IC= 1,28-16,12). Não houve associação estatisticamente significativa com o restante das variáveis.A família LAM foi a mais frequente entre os dois grupos analisados, representando 65 (62%) dos isolados no grupo cavitário e 40 isolados (38%) do grupo não cavitário. Não houve diferença estatisticamente significativa entre os grupos em relação à deleção RDRio (p=0,65) e com relação à deleção RD174 (p=0,65). Dentre os 205 isolados analisados, 25 (12%) isolados do grupo não cavitário e 43 (21%) do grupo cavitário, estavam em cluster. não houve diferença estatisticamente significativa entre a quantidade de clusters e os grupos analisados (p= 0,4). Conclusões: Foi determinado o perfil genotípico dos isolados de pacientes com doença pulmonar, cavitária e não cavitária. Não houve associação entre a presença de cavidade e os genótipos encontrados. Não houve associação do genótipo com nenhum dos marcadores moleculares avaliados. Palavras Chaves: Mycobacterium tuberculosis, genotipagem molecular, RFLP- IS6110, MIRU-VNTR 24 loci , Spoligotyping.

Scrapie é uma doença neurodegenerativa infecciosa que afeta ovinos e caprinos, o qual está relacionada a uma alteração conformacional da proteína priônica, que leva a deposição e agregação da proteína no sistema nervoso central. A predisposição a infecção pelo agente príon está associado a polimorfismos de nucleotídeos únicos no gene da proteína priônica. Os principais polimorfismos relacionados à infecção estão presentes nos códons 136, 154 e 171, sendo o genótipo VRQ o mais suscetível e o ARR o genótipo mais resistente. O presente estudo teve como objetivo identificar os polimorfismos de nucleotídeos únicos em ovinos das raças Suffolk, Dorper e Santa Inês, provenientes de surtos de scrapie clássico e de rebanhos livre de scrapie, os quais os proprietários estavam dispostos a colaborar com o projeto. O primeiro trabalho analisou polimorfismos de nucleotídeos únicos em 15 códons do gene da proteína priônica em um rebanho Suffolk afetado com scrapie clássico no Brasil. Dos 15 códons analisados, 3 apresentaram polimorfismos (136, 143 e 171). O códon 171 apresentou o maior número de polimorfismos, os quais foram encontradas todas as formas alélicas. Quando avaliado os grupos de risco, cerca de 96% do rebanho pertenceu aos grupos 1 a 3 (risco muito baxi a moderado). O segundo trabalho relatou o desenvolvimento da técnica de PCR em tempo real, baseado em sondas TaqMan, para a identificação de polimorfismos nos códons 136, 154 e 171 e sua aplicabilidade em rebanhos brasileiros. Um total de 142 amostras foram analisadas por PCR em tempo real. Ao comparar os resultados do PCR em tempo real com o sequenciamento, 100% das amostras foram idênticas. Para o códon 136, a maioria dos ovinos apresentou o genótipo AA. Para o códon 154, o genótipo RR foi o mais frequente, e para o códon 171, os genótipos mais frequentes foram QQ e QR. O terceiro trabalho descreve a caracterização de três surtos de scrapie clássico em ovinos da raça Dorper, em diferentes regiões do sul do Brasil. Os surtos ocorreram nos anos de 2011 a 2013, sendo que no segundo e no terceiro foram identificados ovinos do primeiro caso. Além disso, foi analisada a associação de scrapie com a genotipagem do gene da proteína priônica em ovinos presentes nos três rebanhos. No total, 22 ovinos foram positivos no teste de imuno-histoquímica, sendo que 4 deles apresentaram sinais clínicos da doença. Em todos os estudos, presentes as três raças analisadas, foi possível evidenciar a presença de ovinos, na sua maioria, geneticamente suscetíveis a infecção, pois a maioria pertenceu ao grupo de risco 3, considerado moderado. / Scrapie is an infectious neurodegenerative disease affecting sheep and goats. This is related to an altered conformational of the prion protein (PrPSc) that leads to the deposition and aggregation of protein in the central nervous system. The predisposition to prion infection agent is associated with single nucleotide polymorphisms in the prion protein gene. The mostly polymorphisms related with infection are present in codons 136, 154 and 171, being more susceptible genotype VRQ and ARR more resistant genotype. This study aimed to identify single nucleotide polymorphisms in sheep breeds Suffolk, Dorper and Santa Ines, from outbreaks of classical scrapie flocks and free scrapie flocks, which the owners were willing to collaborate with the project. The first article analyzed single nucleotide polymorphisms in 15 codons of the prion protein gene in a Suffolk sheep affected with classical scrapie in Brazil. Of the 15 codons analyzed, 3 showed polymorphisms (136, 143 and 171). Codon 171 showed the greatest number of polymorphisms, which were found all allelic forms. When assessed risk groups, about 96% of the herd belonged to groups 1 to 3 (very baxi to moderate risk). The second article reported the development of PCR real time based on TaqMan probes for the identification of polymorphisms in codons 136, 154 and 171 and their applicability in Brazilian herds. A total of 142 samples were analyzed by real-time PCR. When comparing the results of real time PCR with the sequencing of the samples were 100% identical. For codon 136, the majority of the sheep had the AA genotype. For codon 154, the RR genotype was the most frequent, and the codon 171, the most common genotypes were QQ and QR. The third article describes the characterization of three outbreaks of classical scrapie in Dorper sheep, in different regions of southern Brazil. The outbreaks occurred in the years 2011-2013, and the second and third were identified sheep of the first case. Furthermore, it was analyzed its association with genotyping prion protein gene in sheep present the three herds. In total, 22 sheep were positive in immunohistochemical testing, and 4 of them showed clinical signs of disease. In all studies, presents three races analyzed, it was possible to demonstrate the presence of sheep, mostly genetically susceptible to infection because the majority belonged to the risk group 3, considered moderate.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2006. / Submitted by Fernanda Weschenfelder (nandaweschenfelder@gmail.com) on 2009-11-03T17:10:10Z No. of bitstreams: 1 Lorena Fernandes Arruda.pdf: 1134413 bytes, checksum: abbe8c0452e53242288291ac54266099 (MD5) / Approved for entry into archive by Gomes Neide(nagomes2005@gmail.com) on 2010-06-23T03:28:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Lorena Fernandes Arruda.pdf: 1134413 bytes, checksum: abbe8c0452e53242288291ac54266099 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-06-23T03:28:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lorena Fernandes Arruda.pdf: 1134413 bytes, checksum: abbe8c0452e53242288291ac54266099 (MD5) Previous issue date: 2006-05 / O Corynebacterium pseudotuberculosis é amplamente distribuído entre as populações de ovinos em todo o mundo causando a linfadenite caseosa. Raramente infecta humanos, mesmo que aqueles tenham contato direto com os animais infectados e é responsável por sérias perdas econômicas na produção indústria de ovinos. A alta variabilidade nas características de cultura e bioquímica do Corynebacterium pseudotuberculosis tem sido investigada pela análise por endonucleases de restrição. O objetivo do estudo foi caracterizar os isolados de Corynebacterium pseudotuberculosis no Distrito Federal, com base na sua cultura, características bioquímicas e a genotipagem para estabelecer se há a diversidade genética e através desta traçar uma correlação com a origem dos rebanhos utilizados, para a elaboração de um programa de rastreamento da doença. Através da amplificação do gene 16S por PCR observou-se dois padrões distintos. A partir de 31 amostras analisadas 22 foram amplificadas e submetidas à análise de RFLP obtendo-se dois padrões entre as digestões dos produtos amplificados por EcoRV e de digestão com Hind III. Foram encontrados assim, três diferentes perfis entre as cepas de C. pseudotuberculosis das amostras analisadas. A autora conclui que através da biologia molecular é possível evidenciar amostras epidemiologicamente relacionadas, e que deve ser usado para controlar a disseminação do Corynebacterium pseudotuberculosis e reduzir os prejuízos causados pela linfadenite caseosa. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Corynebacterium pseudotuberculosis is widely distributed among animal populations, causing caseous lymphadenitis in sheep and goats. Commonly causes suppurative lymphadenitis domestic animals but only rarely infects humans, even those having close contact with infected animals and is responsible for serious economic losses to the sheep industry. Caseous lymphadenitis is prevalent worldwide but incidence is higher in areas where intensive husbandry is practiced. Sheep industries worldwide suffer significant economic loss due to the culling of infected animals, carcass condemnation, and decreased wool production. Extensive variability in the cultural and biochemical characteristics of Corynebacterium pseudotuberculosis has been investigated by restriction endonuclease analysis. The aims of the study were to characterize isolates of Corynebacterium pseudotuberculosis on the basis of their culture, biochemical and genotyping to establish whether there was genetic diversity and through this drawn up a correlation with the origin of the flock to elaborate a program of tracking disease. Through the gene 16S amplification by PCR observed two different patterns. From 31 samples analyzed 22 amplified e were submitted by a RFLP analysis obtain two patterns among the digestion of the amplicons by EcoRV and Hind III digestion. Therefore obtain 3 different profiles among Corynebacterium C. pseudotuberculosis strains analyzed samples. The author concluded that through molecular biology its possible evidence samples related epidemiologically and must use to control the dissemination of Corynebacterium pseudotuberculosis and to reduce losses caused by caseous lymphadenitis.

Scrapie é uma doença neurodegenerativa infecciosa que afeta ovinos e caprinos, o qual está relacionada a uma alteração conformacional da proteína priônica, que leva a deposição e agregação da proteína no sistema nervoso central. A predisposição a infecção pelo agente príon está associado a polimorfismos de nucleotídeos únicos no gene da proteína priônica. Os principais polimorfismos relacionados à infecção estão presentes nos códons 136, 154 e 171, sendo o genótipo VRQ o mais suscetível e o ARR o genótipo mais resistente. O presente estudo teve como objetivo identificar os polimorfismos de nucleotídeos únicos em ovinos das raças Suffolk, Dorper e Santa Inês, provenientes de surtos de scrapie clássico e de rebanhos livre de scrapie, os quais os proprietários estavam dispostos a colaborar com o projeto. O primeiro trabalho analisou polimorfismos de nucleotídeos únicos em 15 códons do gene da proteína priônica em um rebanho Suffolk afetado com scrapie clássico no Brasil. Dos 15 códons analisados, 3 apresentaram polimorfismos (136, 143 e 171). O códon 171 apresentou o maior número de polimorfismos, os quais foram encontradas todas as formas alélicas. Quando avaliado os grupos de risco, cerca de 96% do rebanho pertenceu aos grupos 1 a 3 (risco muito baxi a moderado). O segundo trabalho relatou o desenvolvimento da técnica de PCR em tempo real, baseado em sondas TaqMan, para a identificação de polimorfismos nos códons 136, 154 e 171 e sua aplicabilidade em rebanhos brasileiros. Um total de 142 amostras foram analisadas por PCR em tempo real. Ao comparar os resultados do PCR em tempo real com o sequenciamento, 100% das amostras foram idênticas. Para o códon 136, a maioria dos ovinos apresentou o genótipo AA. Para o códon 154, o genótipo RR foi o mais frequente, e para o códon 171, os genótipos mais frequentes foram QQ e QR. O terceiro trabalho descreve a caracterização de três surtos de scrapie clássico em ovinos da raça Dorper, em diferentes regiões do sul do Brasil. Os surtos ocorreram nos anos de 2011 a 2013, sendo que no segundo e no terceiro foram identificados ovinos do primeiro caso. Além disso, foi analisada a associação de scrapie com a genotipagem do gene da proteína priônica em ovinos presentes nos três rebanhos. No total, 22 ovinos foram positivos no teste de imuno-histoquímica, sendo que 4 deles apresentaram sinais clínicos da doença. Em todos os estudos, presentes as três raças analisadas, foi possível evidenciar a presença de ovinos, na sua maioria, geneticamente suscetíveis a infecção, pois a maioria pertenceu ao grupo de risco 3, considerado moderado. / Scrapie is an infectious neurodegenerative disease affecting sheep and goats. This is related to an altered conformational of the prion protein (PrPSc) that leads to the deposition and aggregation of protein in the central nervous system. The predisposition to prion infection agent is associated with single nucleotide polymorphisms in the prion protein gene. The mostly polymorphisms related with infection are present in codons 136, 154 and 171, being more susceptible genotype VRQ and ARR more resistant genotype. This study aimed to identify single nucleotide polymorphisms in sheep breeds Suffolk, Dorper and Santa Ines, from outbreaks of classical scrapie flocks and free scrapie flocks, which the owners were willing to collaborate with the project. The first article analyzed single nucleotide polymorphisms in 15 codons of the prion protein gene in a Suffolk sheep affected with classical scrapie in Brazil. Of the 15 codons analyzed, 3 showed polymorphisms (136, 143 and 171). Codon 171 showed the greatest number of polymorphisms, which were found all allelic forms. When assessed risk groups, about 96% of the herd belonged to groups 1 to 3 (very baxi to moderate risk). The second article reported the development of PCR real time based on TaqMan probes for the identification of polymorphisms in codons 136, 154 and 171 and their applicability in Brazilian herds. A total of 142 samples were analyzed by real-time PCR. When comparing the results of real time PCR with the sequencing of the samples were 100% identical. For codon 136, the majority of the sheep had the AA genotype. For codon 154, the RR genotype was the most frequent, and the codon 171, the most common genotypes were QQ and QR. The third article describes the characterization of three outbreaks of classical scrapie in Dorper sheep, in different regions of southern Brazil. The outbreaks occurred in the years 2011-2013, and the second and third were identified sheep of the first case. Furthermore, it was analyzed its association with genotyping prion protein gene in sheep present the three herds. In total, 22 sheep were positive in immunohistochemical testing, and 4 of them showed clinical signs of disease. In all studies, presents three races analyzed, it was possible to demonstrate the presence of sheep, mostly genetically susceptible to infection because the majority belonged to the risk group 3, considered moderate.

Submitted by Chaylane Marques (chaylane.marques@ufpe.br) on 2015-03-12T18:59:12Z No. of bitstreams: 2 Dissertacao_Mestrado_Breno_Moacir_Farias_de_Albuquerque.pdf: 1983241 bytes, checksum: 2527dfa8747683b92433fbcc2a3e2bfc (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-12T18:59:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_Mestrado_Breno_Moacir_Farias_de_Albuquerque.pdf: 1983241 bytes, checksum: 2527dfa8747683b92433fbcc2a3e2bfc (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012 / O Papilomavírus bovino (BPV) é o agente etiológico da papilomatose bovina. Esta apresenta lesões que normalmente são benignas e tendem a regredir, porém podem progredir a uma neoplasia. Muitas metodologias utilizadas para detecção de BPV se mostram inespecíficas e apresentam reações cruzadas com outros organismos relacionados. No entanto, a reação quantitativa em tempo real em cadeia da polimerase (qPCR) é uma ferramenta de destaque na detecção, tipificação e quantificação de nucleotídeos e vem sendo utilizada na clínica para avaliar carga viral. O objetivo do trabalho foi desenvolver um novo protocolo de detecção, tipificação e quantificação de BPV através da qPCR. Foram desenhados cinco pares de primers, que possuem como alvo uma região conservada do genoma viral (gene L1) de diferentes BPVs. A seletividade dos primers foi testada in vitro e DNA extraído de células MDBK não infectadas foram utilizados como controle negativo. A técnica de qPCR permitiu detectar, tipificar e quantificar material viral dos BPVs 1, 2, 4, 5 e 6. O limiar relativo da detecção foi de 4fg de DNA, em torno de 30-40 cópias de DNA/μL. Dos cinco pares de primers produzidos, quatro apresentaram mesmo perfil térmico durante a qPCR (qPCRBPV2, 4, 5 e 6), permitindo em um único procedimento detectar e tipificar os quatro tipos virais. A distinção das amostras foi realizada através da análise de melting que permitiu tipificá-las. Através da metodologia desenvolvida foi observado que em lesões cutâneas de bovinos infectados com BPV a carga viral não se mostrou inferior a 1000 cópias/μL, enquanto que a técnica permite quantificar até um limiar de 40 copias de DNA/μl. Este trabalho possui relevância para validação de qPCR como diagnóstico da papilomatose bovina e particular importância quando aplicado em estudos da infecção pelo BPV e no monitoramento por veterinários da eficácia das futuras vacinas.

Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-04-15T13:36:50Z No. of bitstreams: 2 Tese Mariana de Azevedo Andrade.pdf: 4476961 bytes, checksum: 815547ccecfa60c6a30e58e3d9e5ae74 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-15T13:36:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Mariana de Azevedo Andrade.pdf: 4476961 bytes, checksum: 815547ccecfa60c6a30e58e3d9e5ae74 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-05-29 / CPqAM/Fiocruz; Universidade de Pittsburgh- PA/EUA; FACEPE; CAPES; CNPq; Fogarty International Center Global Infectious Diseases Research Training Program Grant, National Institutes of Health (NIH)/EUA / Staphylococcus aureus meticilina-resistente (MRSA) e meticilina-sensível (MSSA) são importantes patógenos nas infecções adquiridas na comunidade e nos hospitais no Brasil e em todo o mundo, podendo causar diversas doenças pela produção de exotoxinas. No presente estudo, foi realizada uma caracterização molecular em 89 isolados clínicos de S. aureus oriundos de hospitais públicos da cidade do Recife/PE, para melhor compreender os fatores de patogenicidade, a dispersão e a diversidade desses isolados, assim como a sua relação com as infecções nosocomiais. Foi realizada a pesquisa de quatorze genes de enterotoxinas (SE’s), genes das toxinas ETA-B (Síndrome da Pele Escaldada) e TSST-1 (Síndrome do Choque Tóxico) em 31 isolados MRSA e 58 MSSA, assim como análise do Cassete Cromossômico Estafilocócico mec (SCCmec). A tipagem molecular foi realizada utilizando as seguintes técnicas: polimorfismo do gene coa, spa, ribotipagem-PCR, MLST e PFGE. Nas reações de PCR, o gene mais frequentemente observado foi seg, presente em 88/89 (99%) isolados, seguido por sem 81/89 (91%), seo 80/89 (90%), sen 78/89 (88%) e sei 74/89 (83%), todos integrantes do cluster gênico de enterotoxinas (egc). Foram observados 25 genótipos distintos quando comparamos a presença do cluster egc completo em 63 (71%) isolados com todas as exotoxinas analisadas. O gene tst foi encontrado em seis isolados (cinco MSSA e um MRSA) e e o gene eta em apenas um isolado MSSA. Foram observados isolados relacionados a clones epidêmicos internacionais MRSA como o Clone Epidêmico Brasileiro (BEC) (61% dos isolados MRSA), Pediátrico (36%), Nova Iorque/Japão (3%), USA400 (10% dos isolados MSSA), clone Berlim (2%), Pediátrico (14%), Nova Iorque/Japão (2%) e Oceania Sudoeste do Pacífico (17%). A análise do MLST e do gene spa revelou novos tipos de sequências multilocus e novos tipos de gene spa. Entre os 58 isolados MSSA, 30 foram considerados oxacilina-susceptíveis, mecA positivos (OS-MRSA). No estudo, foi possível documentar uma dispersão dos isolados MRSA e MSSA (incluindo os OS-MRSA) nos ambientes hospitalares, revelando um sério problema de Saúde Pública para a região.

A mamoneira é uma oleaginosa de relevante importância econômica e social, de cujas sementes se extrai um óleo de excelentes propriedades e de largo uso como insumo industrial. Outra importância no uso do óleo de mamona é na produção de biocombustível. Este trabalho teve como objetivos o desenvolvimento de marcadores microssatélites (SSR), a genotipagem de população F2 e cultivares introduzidas e a otimização do método de gravimetria para a quantificação do teor de óleo na semente. Para o desenvolvimento de marcadores SSR foram desenhados e otimizados 30 pares de iniciadores. Desses, 29 (96,7%) foram validados. A genotipagem da população F2 foi realizada utilizando 27 pares de iniciadores SSR. Para o desempenho quanto ao teor de óleo na semente utilizou-se a técnica de Ressonância Magnética Nuclear (RMN). Um total de 11 locos foi polimórfico (49,7%) e o teor de óleo nas sementes variou entre 44,59% a 54,04%. A genotipagem de cultivares introduzidas de mamoneira foi realizada utilizando 58 iniciadores RAPD. Um total de 311 marcadores polimórficos (56,3%) foi identificado, com formação de cinco grupos. Para a otimização do método gravimétrico realizaram-se testes quanto ao número necessário de extrações com o solvente hexano e foi realizada a comparação entre os métodos soxthelet e gravimétrico. No método gravimétrico quatro extrações com o solvente hexano foram necessárias. Os resultados mostraram que não houve diferença entre os métodos comparados. Estes estudos servirão de base para a tomada de decisões dentro do programa de melhoramento da mamoneira da UFRB, que visa o desenvolvimento de cultivares com maior teor de óleo, mais produtivas, resistentes e bem adaptadas. / Tese submetida ao Colegiado de Curso de Pós-Graduação em Ciências Agrárias da Universidade Federal do Recôncavo da Bahia como requisito para obtenção do Grau de Doutora em Ciências Agrárias

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:07:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo783_1.pdf: 1364838 bytes, checksum: 59a58ac1451f2711e8c4c363c013d7c7 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / Fatores genéticos podem desempenhar um importante papel na susceptibilidade à tuberculose (TB), uma das doenças com maior índice de mortalidade entre as enfermidades causadas por um único agente etiológico. Esta doença infecto-contagiosa, causada pelo bacilo Mycobacterium tuberculosis, tem sido responsável pela morte de milhões de pessoas anualmente. Polimorfismos de base única (SNPs) em genes responsáveis pela imunidade inata têm sido alvo de diversos estudos e mostraram-se de grande importância na susceptibilidade a infecções. O presente trabalho teve como objetivo analisar a associação entre SNPs funcionais nos genes MBL2 e DEFB1 e a susceptibilidade à infecção promovida pelo M. tuberculosis. Foram selecionados 115 pacientes com TB e 180 adultos saudáveis provenientes da cidade do Recife, Brasil. Os SNPs localizados no gene MBL2 foram genotipados através da PCR em tempo real (qPCR), enquanto que os SNPs presentes no gene DEFB1 foram genotipados através do sequenciamento de DNA. Para o gene MBL2, foram genotipadas as regiões promotoras (H/L e X/Y), através de uma PCR alelo-específica, e o éxon 1 (A/O), através da curva de dissociação. Para o gene DEFB1, foram genotipadas as posições -52, -44 e -20 da região 5 UTR. Os SNPs foram agrupados segundo o alelo, as freqüências alélicas e genotípicas encontradas foram calculadas e comparadas entre os grupos estudados. As freqüências das variantes do MBL2 nos pacientes foram diferentes das freqüências encontradas no grupo controle. Todas as populações encontraram-se em equilíbrio de Hardy- Weinberg. Tanto o alelo L quanto o alelo O apresentaram efeito de risco para o grupo de pacientes com TB em relação aos pacientes controles. Da mesma forma, as freqüências genotípicas foram significativamente diferentes em pacientes com TB quando comparadas aos pacientes controles, com os genótipos OO e LL presentes principalmente nos doentes em relação aos indivíduos saudáveis. Para o promotor X/Y, foi observado um efeito protetor do polimorfismo, com freqüência tanto do alelo X quanto do genótipo XX para a população controle quando comparadas com o grupo de pacientes. A análise dos haplótipos revelou que os genótipos combinados responsáveis pela alta produção de MBL apresentaram-se significativamente mais freqüentes nos controles do que nos pacientes com TB. Os haplótipos para produção deficiente apresentou-se com maior freqüência nos pacientes do que nos controles. Em relação aos polimorfismos no gene DEFB1 não foram observadas diferenças significativas entre os dois grupos estudados. Apesar disso, foi observada uma tendência para que polimorfismos na posição -20 localizados na região 5 UTR estejam relacionadas com a susceptibilidade à tuberculose, principalmente na forma extrapulmonar da doença. Em conclusão, nossos resultados indicam que a presença de SNPs no gene MBL2, responsáveis pela diminuição dos níveis da proteína MBL, encontram-se associados a uma maior susceptibilidade ao bacilo da TB, representando uma molécula fundamental durante os primeiros estágios de infecção pelo M. tuberculosis. Nossos resultados mostraram que a presença de SNPs tanto na região promotora quanto no éxon 1 do MBL2 aparece como um fator de risco para a infecção, podendo ser utilizados no desenvolvimento de novos tratamentos individualizados. No entanto, o mesmo não pôde ser afirmado para HBD-1, apesar de ser uma proteína fundamental à imunidade inata, não foram encontradas associações entre polimorfismos do gene DEFB1 e a tuberculose. Vale ressaltar que este é o primeiro relato descrito na literatura que envolve um estudo de associação entre polimorfismos funcionais do DEFB1 e o seu papel na infecção e desenvolvimento da tuberculose. O papel das proteínas solúveis da imunidade inata na infecção pelo M. tuberculosis está longe de ser compreendido e o conhecimento encontra-se restrito, necessitando-se de mais informações a cerca da interação existente entre o Homem e as micobactérias como um caminho a ser percorrido visando no futuro o controle da doença