Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-11-09T15:45:39Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1077793 bytes, checksum: 8d3920841482aad705663696300bbf65 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-09T15:45:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1077793 bytes, checksum: 8d3920841482aad705663696300bbf65 (MD5) Previous issue date: 2014-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cedrela (Meliaceae) é um gênero monofilético que inclui 17 espécies florestais no Neotropico. A sua diversificação se intensificou no Mioceno tardio e Plioceno cedo. Muitas espécies de Cedrela possuem distribuição restrita, entretanto Cedrela fissilis Vell. e amplamente distribuída. No Brasil C. fissilis Vell. acontece geralmente associada a florestas úmidas e estacionais. Esta espécie esta considerada “em perigo” pela lista vermelha da IUCN. É formada por duas linhagens filogenéticas que não são um clado monofilético, Cedrela fissilis Vell. e Cedrela odorata L., contendo além, sequências de C. balansae, chamando-se de complexo C. fissilis. O rio Paraná se espalha pelo Cerrado, um importante hotspot de biodiversidade; provavelmente manteve-se estável e formaram um único grande refúgio durante o final do Pleistoceno, onde ocorreram mudanças climáticas importantes. Ferramentas moleculares irão contribuir para a compreensão do processo histórico de dispersão de genes. Florestas estacionais são fortes ecossistemas ameaçados, a pesar de ser consideradas áreas de endemismo. O objetivo deste estudo foi caracterizar a diversidade genética dentro e entre populações de Cedrela ao longo do alto do Rio Paraná. Dez microssatélites foram utilizados para a genotipagem de 192 indivíduos; obtiveram-se valores de HO=0,65 e HE=0,78 e valores positivos da FIS (FIS=0,18). Para AMOVA, 84,93 % da variação estavam dentro das populações e 15,07% estavam entre as populações, com valores de divergência genética (FST=0,151). O grupo da Cedrela fissilis linhagem 1 mostrou-se mais diverso, com 22 dos 54 alelos privados encontrados. Ele apresentou valor FST (FST = 0,111) menor do que as populações do grupo Cedrela sp. (FST=0,188). Verificou-se forte estrutura das populações, com cinco linhagens de Cedrela e com espécimes com menos admixtured nunca antes amostradas, sendo maior do que o número de linhagens conhecidas com base em sequências de ADN e do que os resultados do estudo do complexo C. fissilis usando SSR. Três destes cinco grupos são novas linhagens. Isto sugere, de acordo com nossos resultados, a presença de refúgios na bacia do alto rio Paraná, além de uma nova unidade geneticamente distinta e mais dois para análise botânica. Além disso, algumas populações mostraram relevância na conservação do habitat devido à presença de material genético estranho e processo histórico. / Cedrela (Meliaceae) is a monophyletic genus and includes 17 tree species in the Neotropics. Its diversification intensified in the Late Miocene and Early Pliocene. Most Cedrela species have restricted distribution ranges, however Cedrela fissilis Vell. is widespread. In Brazil C. fissilis Vell. occurs associated with Seasonal and Moist Forest. This species is "endangered" on the red list of the IUCN. Cedrela fissilis is formed by Cedrela fissilis Vell. and Cedrela odorata L., two phylogenetic lineages that are not a monophyletic clade, comprising moreover sequences of C. balansae, called C. fissilis complex. The upper Paraná River spreads into the Cerrado, an important biodiversity hotspot; it is probably remained stable and formed a single large Cerrado refugium during the late Pleistocene, where occurred important climatic changes that could influence in the spread of species. Molecular tools will contribute for understanding the historical process of gene dispersal since the Pleistocene. Seasonal forests are strong threatened ecosystems. The knowledge about seasonal forest has been increased since they are considered as areas of endemism. The aim of this study was to characterize the genetic diversity within and among populations of Cedrela along upper Parana River. Ten microsatellites were used to genotype 192 individuals, then it was obtained high values of heterozygosis (HO=0.65, HE=0.78), with positive values of FIS (FIS=0.18). For AMOVA, 84.93% of the variation were within populations and 15.07% were among populations which also reflected into the values of genetic divergence (FST=0.151). The Cedrela fissilis lineage 1 group showed more diverse, with 22 of 54 private alleles found. It presented FST value (FST=0.111) lower than the populations of Cedrela sp. group (FST=0.188). It has been found strong population structure showing a number of groups equal to five and being greater than the number of known phylogenetic lineages based on DNA sequences and also greater than the results of study of the C. fissilis complex using SSR markers. Three of these five groups are new lineages that no was found in previously works. This suggests, according our evidence, the presence of refugia in the upper Paraná River basin, moreover of a new genetically distinct unit and two more for botanical review. Furthermore, some populations showed conservation relevance of habitat due to the presence of peculiar genetic material and historical process.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-08T18:11:30Z No. of bitstreams: 1 OrzenilBonfimdaSilvaJuniorTeseParcial2017.pdf: 781918 bytes, checksum: 8eef627ca550957f6bfa1f46e54c687c (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-08T18:11:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 OrzenilBonfimdaSilvaJuniorTeseParcial2017.pdf: 781918 bytes, checksum: 8eef627ca550957f6bfa1f46e54c687c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-08T18:11:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 OrzenilBonfimdaSilvaJuniorTeseParcial2017.pdf: 781918 bytes, checksum: 8eef627ca550957f6bfa1f46e54c687c (MD5) Previous issue date: 2017-07-11 / In the last twenty-five years, we have witnessed the wide adoption of DNA markers for the study of genetic variation in many organisms. A DNA marker must have two or more identifiable allelic DNA sequences to be useful. It usually does not have a biological effect, but instead functions as a traceable landmark in the genome, found in a specific location, and transmitted by the standard laws of inheritance from one generation to the next. Its application goes beyond genetic mapping and includes the analysis of genetic diversity, marker-trait association studies, marker assisted selection and, more recently, with the advent of wholegenome sequencing, whole-genome association and genomic selection. Among the several types of DNA sequence polymorphisms that can be used as DNA marker, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) are the most powerful for large-scale variation analysis. There are vast numbers of SNPs in every genome and they can be typed by methods that have been proven easy to automate. Detection of alternative alleles is rapid and effortless because it is based on well-known polymerase chain reaction and DNA oligomer hybridization assays. Various strategies have been devised to discriminate alleles at a SNP, including fixed DNA arrays technologies, solution hybridization techniques and many sequencing-based genotyping. In our study, we have developed high-throughput DNA marker systems for non-model, highly heterozygous, diploid tree species. We took advantage of the combined power of Next Generation Sequencing (NGS) technologies, well-established highly automated methods of SNP typing and bioinformatics algorithms to perform genome-wide DNA variation analysis. We used whole genome resequencing of pooled individuals to develop a high-density 60K SNP chip for Eucalyptus species (EucHIP60k) providing a 96% genome-wide coverage with 1 SNP/12???20 kbp, and 47,069 SNPs at ??? 10 kb from 30,444 of the 33,917 genes in the Eucalyptus genome. We then used high-density SNP data and whole-genome pooled resequencing to examine the landscape of population recombination (??) and theta (??), assess the extent of linkage disequilibrium (r2) and build the highest density linkage maps for Eucalyptus to date. Chromosome-wide ancestral recombination graphs allowed us to date the split of Eucalytpus grandis (1.7???4.8 million yr. ago) and identify a scenario for the recent demographic history of the species. In a final set of studies, we built the first genome assembly for a Neotropical forest tree, the Pink Ip?? (Handroanthus impetiginosus), a highly-valued keystone timber species. Genome sequence was screened for the development of a targeted-capture sequencing system for SNP genotyping consisting of nearly 24,000 probe sequences. This genotyping system showed flexibility as it allowed the identification of SNPs across different populations of the species in moderate sample sizes. The good genome coverage, consistent Ts/Tv ratio estimated across samples and fair technical reproducibility between replicates, in terms of recall and precision of the SNP calling and accuracy on genotypes, indicate that this genotyping platform can be confidently used to estimate population genetics parameters and carry out population genomics investigations at the genome-wide scale / ***

Scrapie ou paraplexia enzoótica dos ovinos é uma doença neurodegenerativa fatal que acomete ovinos e raramente caprinos. A doença é influenciada por polimorfismos nos códons 136, 154 e 171 do gene prnp que codifica a proteína priônica. Os animais podem ser susceptíveis ou resistentes, de acordo com as sequências alélicas observadas nos referidos códons. No Brasil ocorreram apenas casos de animais que foram importados, sendo o país considerado livre da doença. Neste trabalho foi realizada a genotipagem dos diferentes polimorfismos associados ao desenvolvimento do scrapie e a categorização em animais susceptíveis e resistentes. Foram sequenciadas 118 amostras provenientes de ovinos da raça Santa Inês criados em propriedades localizadas no Estado de São Paulo. Destas amostras foram identificados 6 alelos e 11 genótipos (ARQ/ARQ, ARR/ARQ, ARQ/AHQ, ARQ/VRQ, AHQ/AHQ, ARR/ARR, ARR/AHQ, VRQ/VRQ, ARQ/TRQ, TRR/TRR, TRQ/TRQ), dentre os quais o genótipo ARQ/ARQ teve ocorrência de 56,7%. Em nosso estudo foi detectada a presença da tirosina no códon 136, observação rara na medida em quenão existem relatos nacionais e relatos envolvendo a raça Santa Inês descrevendo este polimorfismo. Com os resultados obtidos, foi possível determinar a existência de grande variabilidade genética relacionada à raça Santa Inês no Estado de São Paulo, apesar da variabilidade, apenas 1,69% dos genótipos observados são extremamente resistentes ao scrapie. Estes dados demonstram que a raça nativa Santa Inês pode ser considerada potencialmente susceptível ao scrapie. / Enzootic paraplexia or scrapie is a fatal neurodegenerative disease affecting mainly sheep and rarely goats. The disease is influenced by polymorphisms at codons 136, 154 and 171 of prnp gene that encodes the prion protein. The animals may be susceptible or resistant to the development of the disease according to the allelic sequences observed in these codons. In Brazil there were only cases of scrapie in imported animals, therefore the country is considered free of the disease. This study performed the genotyping of different polymorphisms associated to the development of scrapie. Then, based on these findings the animals were categorized in resistant and susceptible. A total of 118 samples were sequenced from the Santa Ines sheep raised on properties located in the State of Sao Paulo. From these samples, 6 alleles and 11 genotypes were identified (ARQ / ARQ, ARR / ARQ, ARQ / AHQ, ARQ / VRQ, AHQ / AHQ, ARR / ARR, ARR / AHQ, VRQ / VRQ, ARQ / TRQ, TRR / TRR, TRQ / TRQ), the genotype ARQ / ARQ presented a frequency of 56.7%. It was also detected the presence of tyrosine at codon 136, which may be considered a rare observation, since there is no report regarding Santa Ines breeding presenting this polymorphism. These results showed the great genetic variability in Santa Ines in Sao Paulo and only 1,69% of the genotypes observed are extremely resistant to scrapie. These data demonstrate that the Santa Ines sheep can be considered potentially susceptible to scrapie.

Scrapie ou paraplexia enzoótica dos ovinos é uma doença neurodegenerativa fatal que acomete ovinos e raramente caprinos. A doença é influenciada por polimorfismos nos códons 136, 154 e 171 do gene prnp que codifica a proteína priônica. Os animais podem ser susceptíveis ou resistentes, de acordo com as sequências alélicas observadas nos referidos códons. No Brasil ocorreram apenas casos de animais que foram importados, sendo o país considerado livre da doença. Neste trabalho foi realizada a genotipagem dos diferentes polimorfismos associados ao desenvolvimento do scrapie e a categorização em animais susceptíveis e resistentes. Foram sequenciadas 118 amostras provenientes de ovinos da raça Santa Inês criados em propriedades localizadas no Estado de São Paulo. Destas amostras foram identificados 6 alelos e 11 genótipos (ARQ/ARQ, ARR/ARQ, ARQ/AHQ, ARQ/VRQ, AHQ/AHQ, ARR/ARR, ARR/AHQ, VRQ/VRQ, ARQ/TRQ, TRR/TRR, TRQ/TRQ), dentre os quais o genótipo ARQ/ARQ teve ocorrência de 56,7%. Em nosso estudo foi detectada a presença da tirosina no códon 136, observação rara na medida em quenão existem relatos nacionais e relatos envolvendo a raça Santa Inês descrevendo este polimorfismo. Com os resultados obtidos, foi possível determinar a existência de grande variabilidade genética relacionada à raça Santa Inês no Estado de São Paulo, apesar da variabilidade, apenas 1,69% dos genótipos observados são extremamente resistentes ao scrapie. Estes dados demonstram que a raça nativa Santa Inês pode ser considerada potencialmente susceptível ao scrapie. / Enzootic paraplexia or scrapie is a fatal neurodegenerative disease affecting mainly sheep and rarely goats. The disease is influenced by polymorphisms at codons 136, 154 and 171 of prnp gene that encodes the prion protein. The animals may be susceptible or resistant to the development of the disease according to the allelic sequences observed in these codons. In Brazil there were only cases of scrapie in imported animals, therefore the country is considered free of the disease. This study performed the genotyping of different polymorphisms associated to the development of scrapie. Then, based on these findings the animals were categorized in resistant and susceptible. A total of 118 samples were sequenced from the Santa Ines sheep raised on properties located in the State of Sao Paulo. From these samples, 6 alleles and 11 genotypes were identified (ARQ / ARQ, ARR / ARQ, ARQ / AHQ, ARQ / VRQ, AHQ / AHQ, ARR / ARR, ARR / AHQ, VRQ / VRQ, ARQ / TRQ, TRR / TRR, TRQ / TRQ), the genotype ARQ / ARQ presented a frequency of 56.7%. It was also detected the presence of tyrosine at codon 136, which may be considered a rare observation, since there is no report regarding Santa Ines breeding presenting this polymorphism. These results showed the great genetic variability in Santa Ines in Sao Paulo and only 1,69% of the genotypes observed are extremely resistant to scrapie. These data demonstrate that the Santa Ines sheep can be considered potentially susceptible to scrapie.

Submitted by Rosivalda Pereira (mrs.pereira@ufma.br) on 2017-09-12T19:35:08Z No. of bitstreams: 1 WalnaRamos.pdf: 1885249 bytes, checksum: a716015a5d512aaba735cf4af13d0e13 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-12T19:35:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 WalnaRamos.pdf: 1885249 bytes, checksum: a716015a5d512aaba735cf4af13d0e13 (MD5) Previous issue date: 2017-04-28 / Human papillomavirus (HPV) is the etiologic agent of one of the most common sexually transmitted infections (STIs). According to the oncogenic potential, it is classified in low risk and high risk; high risk subtypes cause lesions that may progress to invasive carcinomas and has been recognized as a possible etiologic agent in penile carcinoma. Brazil has one of the highest incidences of penile cancer in the world. The general objective of this work is associate HPV infection with the histopathological profile of squamous cell carcinomas in patients from the State of Maranhão. This is a prospective analytical study of 29 samples of patients who underwent penectomy surgery at the Aldenora Bello Institute of Oncology of Maranhão. Sociodemographic data were collected through a questionnaire applied to the patients, clinical and histopathological data were collected from the medical records. Tumor samples were collected during penectomy surgeries, and the following steps were performed at the laboratory: DNA extraction and quantification, Nested PCR with PGMY and GP + primers for HPV detection, visualization of amplified products, purification of the PCR product and automated sequencing. The sequencing products were decoded through the BLAST program. Data were analyzed through the SPSS statistical program, with a 5% level of significance. It was observed that the majority of the men were over 60 years of age (69%), had stable marital union (75.9%), family income of up to one minimum wage (75.9%), were illiterate (55. 2%), lived in countryside towns (79.3%), reported using tobacco at some moment in their lives (62%). Regarding sexual habits, 62.1% reported not having performed circumcision, 41.4% had a previous STD, 72.4% had never used a condom, 48.3% had the first intercourse before age 18. The presence of HPV was detected in 69% of the cases, among the viral types, HPV 16 was the most prevalent (55.5%). Regarding to lesion, 51.7% of the cases presented more than one affected region, and the glans was affected in 93.1% of the cases. The most prevalent type of lesion was ulceration (51.7%). Among the histopathological classifications, 41.4% of the samples were classified in degree I of the Broders scale, 27.7% in stage T1 of the TNM staging and according to the Jackson classification, both stages I and II presented the same prevalence, 27.6% of samples. There was no statistically significant difference between the variables evaluated and the presence of HPV. Low education, low income and no circumcision were highly observed in the study, being possible to correlate such variables with the increase of the risk of penile cancer development. The presence of HPV in 69% of the samples and the prevalence of high risk subtypes suggest the need for more actions to prevent the spread of HPV over the population / O papilomavírus humano (HPV) é o agente etiológico de umas das infecções sexualmente transmissíveis (ISTs) mais comuns. É classificado de acordo com o potencial oncogênico em baixo risco e alto risco, os subtipos de alto risco causam lesões que podem progredir para carcinomas invasivos e vem sendo reconhecido como possível agente etiológico no carcinoma peniano. O Brasil tem uma das maiores incidências de câncer de pênis do mundo. O objetivo geral deste trabalho é associar a infecção do HPV com o perfil histopatológico de carcinomas epidermóides penianos em pacientes do Estado do Maranhão. Trata-se de um estudo analítico prospectivo de 29 amostras de pacientes que foram submetidos a cirurgia de penectomia no Instituto Maranhense de Oncologia Aldenora Bello. Dados sociodemográficos foram coletados através de um questionário aplicado aos paciente, os dados clínicos e histopatológicos foram coletados dos prontuários. As amostras tumorais foram coletadas durante as cirurgias de penectomia, e em laboratório foram realizadas as etapas de: extração e quantificação do DNA, PCR Nested com os primers PGMY e GP+ para detecção do HPV, visualização dos produtos amplificados, purificação do produto da PCR e sequenciamento automatizado. Os produtos do sequenciamento foram decodificados através do programa BLAST. Os dados foram analisados através do programa estatístico SPSS, o nível de significância foi de 5%. Foi observado que a maioria dos homens estava na faixa etária acima de 60 anos (69%), apresentavam união conjugal estável (75,9%), renda familiar de até um salário mínimo (75,9%), eram analfabetos (55,2%), residiam em municípios do interior do Estado (79,3%), relataram o uso de tabaco em algum momento da vida (62%). Em relação aos hábitos sexuais, 62,1% relataram não ter realizado circuncisão, 41,4 % a ocorrência de DST prévia, 72,4% nunca fizeram uso de preservativo, 48,3% tiveram o 1º coito antes dos 18 anos. A presença de HPV foi detectada em 69% dos casos, dentre os tipos virais, o HPV 16 foi o mais prevalente (55,5%). Em relação a lesão, 51,7% dos casos apresentou mais de uma região afetada, estando a glande afetada em 93,1% dos casos. O tipo de lesão mais prevalente foi a do tipo ulceração (51,7%). Dentre as classificações histopatológicas, 41,4% das amostras foram classificadas no grau I da escala de Broders, 27,7% no estágio T1 do estadiamento TNM e na classificação de Jackson, os estágios I e II apresentam a mesma prevalência, 27,6% das amostras. Não houve diferença estatisticamente significante entre as variáveis avaliadas e a presença de HPV. A baixa escolaridade, a baixa renda e a não circuncisão foram observados no estudo com um percentual elevado, sendo possível correlacionar tais variáveis com o aumento no risco de desenvolvimento do câncer de pênis. A presença de HPV em 69% das amostras e a prevalências dos subtipos de alto risco sugerem a necessidade de mais ações de prevenção da disseminação desse vírus na população.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-06-21T18:44:08Z No. of bitstreams: 1 FernandadeAraujoCarneiroDissertacao2014.pdf: 3295341 bytes, checksum: ae61848c5cda4564d3f875fdf8b3d387 (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-06-21T18:44:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FernandadeAraujoCarneiroDissertacao2014.pdf: 3295341 bytes, checksum: ae61848c5cda4564d3f875fdf8b3d387 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-21T18:44:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FernandadeAraujoCarneiroDissertacao2014.pdf: 3295341 bytes, checksum: ae61848c5cda4564d3f875fdf8b3d387 (MD5) Previous issue date: 2014-09-05 / Of all the different activities related to agricultural industry worldwide, coffee agribusiness is among the most important ones, both economically and socially, being the main livelihood for more than 125 million people in more than 60 countries. Commercial coffee production is mostly based on two species, Coffea arabica and C. canephora. The high genetic variability of C. canephora, due to its level of allogamy, is of great importance for breeding programs of coffee as a source of novel alleles and co-evolved genetic combinations. The molecular analysis of genetic diversity has become increasingly efficient, necessary and refined, as molecular techniques have evolved and morphological traits do not supply sufficient information to fully describe an individual. An important tool in the study of genetic diversity is the use of SNP (Single Nucleotide Polymorphism) based molecular markers. In the case of C. canephora diversity studies may benefit breeding programs in selecting individuals to optimize mating schemes or assess the diversity and relatedness of clonal varieties. This study aimed to (i) evaluate and characterize the diversity and the genetic structure of C. canephora Conilon individuals belonging to a population located at Embrapa Cerrados, by nextRAD genotyping (reductively-amplified Nextera tagmented-DNA); (ii) identify potential parents of these individuals and (iii) validate genotyping technique in genomic scale. A total of 11,230 SNPs were obtained for C. canephora Conilon individuals by technique nextRAD, of these, 573 markers were selected for the diversity analysis, kinship and genetic structure using the Cervus, adegenet and Structure. The genetic diversity (0.405) and the mean observed heterozygosity (0:41) were high considering the bi-allelic markers and more than 64% of the SNPs showed PIC values higher than 0.3. In terms of population, the two methodologies used (Bayesian method and DAPC) identified different numbers of groups formed for the same set of data. In kinship analysis some parents are more frequent in the population. The data generated for the population will be useful in upcoming association studies the development of genomic prediction models. / Dentre as diferentes atividades ligadas ao neg??cio agr??cola em n??vel mundial, o agroneg??cio cafeeiro est?? entre as de maior import??ncia econ??mica e social, sendo o principal meio de subsist??ncia para mais de 125 milh??es de pessoas e produzido em mais de 60 pa??ses. A produ????o cafeeira comercial baseia-se principalmente em duas esp??cies: Coffea arabica e Coffea canephora. A grande variabilidade gen??tica do C. canephora devido sua alogamia, ?? um fator de grande import??ncia para os programas de melhoramento do cafeeiro, pois fornece uma fonte de novos genes. O estudo molecular da diversidade gen??tica vem se demonstrando cada vez mais eficiente, necess??rio e refinado, uma vez que as t??cnicas moleculares est??o evoluindo e os descritores morfol??gicos est??o se tornando insuficientes para a descri????o de um indiv??duo. Uma ferramenta muito importante no estudo da diversidade gen??tica ?? o uso dos marcadores moleculares SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), estes consistem na varia????o de sequ??ncia de DNA, podendo ser identificados em praticamente todos os genes. No caso de C. canephora, estudos de diversidade podem facilitar a orienta????o dos programas de melhoramento na escolha de genitores para cruzamentos ou de gen??tipos para composi????o de variedades clonais. Este trabalho objetivou (i) avaliar e caracterizar, por meio da t??cnica de genotipagem nextRAD (Nextera-tagmented reductively-amplified DNA), a diversidade e a estrutura gen??tica de indiv??duos de C. canephora Conilon, pertencentes a uma popula????o localizada na Embrapa Cerrados; (ii) identificar os poss??veis genitores desses mesmos indiv??duos e (iii) validar a t??cnica de genotipagem em escala gen??mica utilizada nesse estudo. Um total de 11.230 SNPs foram identificados em indiv??duos de C. canephora Conilon por meio da t??cnica de genotipagem nextRAD, destes, 573 marcadores foram selecionados para as an??lises de diversidade, parentesco e estrutura gen??tica utilizando os software Cervus, adegenet e Structure. A diversidade gen??tica (0.405) e a m??dia da heterozigosidade observada (0.41) foram altas considerando marcadores bial??licos e mais de 64% dos SNPs apresentaram valores de PIC superiores a 0.3. Em termos de popula????o foi poss??vel verificar que as duas metodologias utilizadas (m??todo Bayesiano e DAPC) identificaram n??meros diferentes de grupos formados para o mesmo conjunto de dados. Na an??lise de parentesco foi poss??vel identificar alguns genitores bastante frequentes na popula????o. Os dados gerados para a popula????o ser??o ??teis em estudos futuros de associa????o e no desenvolvimento de modelos de predi????o gen??mica.

Orientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Resumo: A deficiência da enzima Glicose-6-Fosfato Desidrogenase (G6PD) é uma anormalidade genética de alta prevalência populacional que resulta em uma menor reatividade do sistema de óxido-redução eritrocitário, geralmente sem repercussões clínicas; estima-se que mais de 300 milhões de pessoas são portadoras dessa alteração. A enzima é expressa em todos os tecidos e catalisa a primeira etapa da Via das Pentoses. Nas hemácias, essa via é de fundamental importância na manutenção do equilíbrio de seu estado redox e a deficiência dessa enzima pode favorecer eventos hemolíticos agudos e crônicos; e em recém nascidos, pode contribuir para o agravamento da icterícia neonatal. O diagnóstico da deficiência baseia-se na atividade enzimática, identificada através de testes quantitativos e qualitativos. Os testes qualitativos limitam-se a agrupar indivíduos em “deficientes” e “não deficientes”, já os métodos quantitativos são mais precisos na inferência dessa atividade. Estas técnicas podem necessitar de repetições dos testes para confirmação de resultados incongruentes. Por outro lado, a variante genética responsável pela deficiência pode ser precisamente reconhecida através de testes de diagnóstico molecular. O presente projeto tem como objetivo desenvolver uma metodologia de identificação molecular da variante G202A, frequentemente encontrada na população brasileira, e realizar uma comparação do custo-benefício com a metodologia de sequenciamento de Sanger. Ao todo, foram analisadas 107 amost... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency is a metabolic enzymatic defect affecting 300 million people worldwide. The enzyme is present in all tissues and catalyses the first reaction in the Pentose Phosphate pathway responsible for maintaining the redox equilibrium in red blood cell. Deficient enzyme may lead to acute and chronic haemolytic anaemia and neonatal jaundice. Diagnosis for G6PD deficiency is based on biochemical quantitative or qualitative tests. Qualitative tests only classifies subjects as “deficient” or “non-deficient”, while quantitative tests are more precise, however both biochemical approches need a confirmative assay to confirm ambiguous results. On the other hand molecular identification for the molecular variants are more accurate and precise. We developed a new molecular assay to identify the G202A molecular variant present at high frequency on Brazilian population and comparer it to Sanger sequencing. One hundred and seven peripheral blood sample were collected on filter paper. DNA extraction were performed followed by G6PD exon 4 amplification and sequencing. On-line tool “Primer1” generated allele-specific primers for TETRA-ARMS genotyping. Twenty two subjects were deficient homozygote, eighty four wild homozygote and one heterozygote. All subjects genotype were confirmed by Sanger sequencing. TETRA-ARMS costs per reaction is three times lower than Sanger sequencing. We conclude that TETRA-ARMS is a suitable protocol to detect G202A mutation on h... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Pós graduação Farmácia (ppgfar@ufba.br) on 2017-05-15T18:25:08Z No. of bitstreams: 1 dissertacao_-_corine_apos_defesa.pdf: 2446120 bytes, checksum: 2d4f0642ec9fb128a09a0d46117bb6bf (MD5) / Approved for entry into archive by Patricia Barroso (pbarroso@ufba.br) on 2017-05-23T21:16:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dissertacao_-_corine_apos_defesa.pdf: 2446120 bytes, checksum: 2d4f0642ec9fb128a09a0d46117bb6bf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-23T21:16:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_-_corine_apos_defesa.pdf: 2446120 bytes, checksum: 2d4f0642ec9fb128a09a0d46117bb6bf (MD5) / Cryptococcus spp. é uma levedura encapsulada oportunista ubíqua que causa infecções graves, que vão desde a colonização pulmonar assintomática até a meningite. Esse gênero possui duas espécies mais comumente associadas à infecção em humanos, Cryptococcus neoformans e Cryptococcus gattii, que diferem quanto à epidemiologia, virulência, manifestações clínicas e quanto à susceptibilidade a antifúngicos, este último considerado um patógeno emergente. A avaliação da sensibilidade antifúngica através da técnica de microdiluição em caldo é considerada padrão ouro, porém, apresenta alto custo, o que inviabiliza sua utilização na rotina laboratorial. A técnica de disco difusão pode se tornar uma alternativa a microdiluição em caldo visto sua simplicidade e baixo custo, tendo seu desempenho considerado adequado por diversos autores. Foram caracterizados fenotípica e genotípicamente 62 isolados de Cryptococcus spp. oriundos de casos de meningite na Bahia no período de 2006 a 2010, quanto a quimiotipagem, determinação de fatores de virulência, genotipagem e determinação de sensibilidade a antifúngicos. Também, o desempenho da técnica de disco difusão para determinação de susceptibilidade de Cryptococcus spp. foi avaliado. No total, 79% das leveduras pertenciam a espécie C. neoformans e 21% a espécie C. gattii. A avaliação genotípica mostrou 100% dos isolados de C. gattii pertencentes ao genótipo VGII e 98% dos C. neoformans ao VNI. A determinação do perfil de susceptibilidade mostrou isolados resistentes a fluconazol (4,8%), 5-flucitosina (1,6%) e anfotericina B (3,2%); a estratificação dos resultados de sensibilidade por espécie apontou diferenças significativas frente à azóis. Todos os isolados apresentaram pigmento melaniníco e cresceram a 37°C, porém, um isolado da espécie C. gattii foi urease negativo. Em 63% dos isolados foi encontrada alta atividade fosfolipásica, no entanto, em nenhum foi detectada a atividade proteolítica. A técnica de disco difusão mostrou um desempenho satisfatório com base nos resultados encontrados pelas análises de correlação e concordância entre critérios de interpretação, exceto para 5-flucitosina. Este é o primeiro trabalho a descrever os perfis de susceptibilidade antifúngica e molecular de isolados clínicos de Cryptococcus spp. na Bahia, Brasil. O elevado percentual de isolados de C. gattii pertencente ao genótipo VGII, bem como sua menor susceptibilidade aos antifúngicos torna importante o conhecimento da espécie envolvida na infecção criptocócica no nosso estado. A avaliação preliminar aqui apresentada tanto na avaliação do desempenho da disco difusão, como na distribuição e perfil de susceptibilidade das espécies de Cryptococcus spp. ressalva a importância de uma constante vigilância acerca das tendências da doença no nosso estado, bem como na utilização de testes alternativos confiáveis na determinação da sensibilidade dessas leveduras.

Submitted by Luis Guilherme Macena (guilhermelg2004@gmail.com) on 2013-07-05T18:48:07Z No. of bitstreams: 1 Dissertação de Mestrado Shirley Castilho.pdf: 430683 bytes, checksum: 25f84349c8825f4f83837e375e956baf (MD5) / Made available in DSpace on 2013-07-05T18:48:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação de Mestrado Shirley Castilho.pdf: 430683 bytes, checksum: 25f84349c8825f4f83837e375e956baf (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Fernandes Figueira. Departamento de Ensino. Programa de Pós-Graduação em Saúde da Criança e da Mulher. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O desconhecimento do grupo sanguíneo RhD fetal durante o período gestacional faz com que gestantes RhD-negativo tenham o mesmo acompanhamento pré-natal independente do feto ser RhD-positvo ou RhD-negativo. Assim, gestantes sem risco para o desenvolvimento de Doença Hemolítica Perinatal (DHPN) são mantidas no pré-natal de alto risco aumentando a taxa de ocupação destes serviços e dificultando a oferta para aquelas que realmente necessitariam de assistência especializada. Um método atual, não invasivo, a genotipagem RhDa partir do DNA fetal livre no plasma materno permite o conhecimento do grupo sanguíneo fetal antes do nascimento possibilitando excluir do pré-natal de alto risco gestantes com fetos sem risco para a DHPN (fetos RhD-negativos). Este estudo objetiva mapear o Fluxo da assistência pré-natal, em especial de gestantes RhD-negativo, no Município do Rio de Janeiro visando analisar a viabilidade da incorporação da genotipagem RhDa partir do DNA fetal livre no plasma materno na rotina pré-natal de gestantes RhD-negativo acompanhadas no SUS. Esta análise foi realizada aplicando o método de Planejamento Estratégico Situacional (PES) proposto por Carlos Matus. O método PES prevê quatro momentos para o processamento dos problemas. O Momento explicativo prevê o diagnóstico situacional, O momento normativo formula os objetivos e o prazo para executá-los, o Momento estratégico analisa a viabilidade dos planos e os atores envolvidos no processo e o momento operacional estabelece a execução dos planos e a avaliação das mudanças. Concluímos que a implantação da genotipagem RhDfetal utilizando o DNA livre no plasma materno e a PCR em tempo real, no SUS, é factível. O cenário atual é extremamente favorável. A preocupação das três esferas do governo com a assistência integral à saúde materna e infantil promove um leque de investimentos amplos neste segmento. A possível ação conjunta entre o governo e as instituições públicas, com expertise em desenvolvimento de métodos diagnóstico como Biomanguinhos, possibilitaria a implantação desta tecnologia para diferentes segmentos da saúde pública no Brasil. / The lack of knowledge about the Rhblood group during the pregnancy period make the D-negative pregnant women have the same prenatal follow-up whether the fetal blood type isD positive or D-negative. In this way, pregnant women without risk to develop Hemolytic Disease of newborn (HDN) are kept in High Risk Prenatal Care increasing the occupancy rate of the assistance servicesdecreasing the viability for who those really need it. Nowadays a non-invasive method, the RHD genotyping using free-fetal DNA from maternal plasma allows the fetal blood group knowledge before the birth. This makes possible to exclude from High Risk Prenatal Care, pregnant women with fetus without HDN risk. This study aims the understanding of prenatal care flow of D-negative pregnant women in Rio de Janeiro city trying to check the viability of the introduction of RHD genotyping test using free-fetal DNA from maternal plasma in the D-negative pregnant women in prenatal care public service. This analysiswas made using strategic-situational approach of CarlosMatus. There are four (4) moments of strategic planning, according to Carlos Matus.The analytical moment describes the stage of formulation of initial situation (diagnosis), the Normative Moment designs the aims and defines the strategy of action. The Strategic Moment analyzes the actors enrolled in the process and the viability of plans. The Operational Moment establishes the execution of plans and evaluates the changes. In conclusion, the introduction of RHD genotyping test in free-fetal DNA from maternal plasma using real-time PCR, in public services, is factual. Brazil’s Health Ministry is working on improving the public health system. The government issues about full assistance to women and children promote wide investments in this heath area. Actions joining both government and public institutions with expertise as Biomanguinhos would make possible the development of different diagnoses methods in health care in Brazil.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-06-26T16:43:27Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 427064 bytes, checksum: 9dd5ec429e5b13632082329766835ef6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-26T16:43:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 427064 bytes, checksum: 9dd5ec429e5b13632082329766835ef6 (MD5) Previous issue date: 2005-03-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A identificação e utilização da diversidade presente em um germoplasma são de grande interesse no melhoramento de plantas. O conhecimento da diversidade genética de uma cultura é necessário para a seleção de progenitores que maximizem a melhoria genética. A maioria dos programas de melhoramento não tem explorado amplamente os recursos genéticos contidos em seu germoplasma, ou seja, não dão tanta ênfase à caracterização mais precisa dos acessos presentes no germoplasma, que poderiam auxiliá-los na fase de pré-melhoramento. Objetivando caracterizar e avaliar a diversidade genética de 100 acessos de soja provenientes do banco ativo de germoplasma da COODETEC, utilizou-se a análise de DNA com marcadores microssatélites, a avaliação morfológica e a informação de genealogia disponível para alguns acessos. O uso dos pares de primers Satt177, Satt182, Satt275, Satt335 e Satt373 permitiu detectar 34 alelos, pelo sistema de eletroforese utilizado, com uma média de 6,8 alelos por loco. A informatividade dos locos SSRs foi bem elevada, variando de 0,35 a 0,88, com média de 0,74. Em cada avaliação utilizada na caracterização dos acessos foi realizado o agrupamento pelo método UPGMA (unweighted pair-group using an aritmetic average) e o agrupamento pelo método de otimização de Tocher. Considerando as análises pelo agrupamento UPGMA, os marcadores SSRs nos possibilitou agrupar os acessos em 25 grupos distintos, as características morfológicas em 19 grupos distintos e a caracterização estimada pelo coeficiente de parentesco em 56 grupos distintos. Considerando o agrupamento realizado pelo método de Tocher, os dados de microssatélites, morfológicos e de genealogia formaram 15, 8 e 23 grupos distintos, respectivamente. Comparando os grupos formados pelo coeficiente de parentesco, observou-se que o método das médias das distâncias (UPGMA) possue maior consistência com a genealogia dos acessos do que aqueles obtidos pelo método de Tocher. O coeficiente de parentesco possue maior formação de grupos, entretanto essa estimativa possui um viés elevado quando comparado com os outros métodos de avaliação, pois os genótipos de apenas uma geração parental eram conhecidos. Pelas seis características morfológicas avaliadas conseguiu-se formar diversos grupos e classificar alguns acessos em grupos distintos. Através da estimativa da diversidade genética com base em marcadores microssatélites obtivemos melhores informações, em relação aos outros métodos de avaliação, sobre as relações genéticas dos indivíduos. Os resultados obtidos permitem a comparação da distância genética entre os acessos de soja, o que pode auxiliar na escolha de progenitores no programa de melhoramento da COODETEC. Cruzamentos entre indivíduos geneticamente mais divergentes produzem populações segregantes com maiores variabilidades, permitindo novas combinações genéticas, e seleção de indivíduos superiores em programas baseados no método genealógico. Cruzamento entre indivíduos geneticamente mais próximos permite a recuperação mais rápida do genoma recorrente em programas baseados em retrocruzamentos. / The identification and utilization of the diversity in a germplasm are highly interesting in the improvement of plants. The knowledge about the genetic diversity of a cropping is necessary, when selecting the progenitors that would maximize the genetic improvement. Most improvement programs have not thoroughly explored the genetic resources contained in the germplasm, that is, generally they do not necessarily emphasize the most accurate characterization of the accesses present in the germplasm, that could help them at the pre- improvement phase. The DNA analysis with microsatellite markers, as well as the morphologic evaluation and the genealogy information available for some accesses were used in order to characterize and evaluate the genetic diversity in 100 soybean accesses proceeding from the COODETEC germplasm active bank. Using the primers pairs Satt177, Satt182, Satt275, Satt335 and Satt373, a total of 34 alleles were detected by using the electrophoresis method, which averaged 6.8 alleles per locus. The informativity of the SSRs loci showed to be very high, as varying from 0.35 to 0.88 and averaging 0.74. In each evaluation used in characterization of the accesses, the clustering by UPGMA method (unweighted pair-group using an arithmetic average) and the clustering by the Tocher optimization method were accomplished. Taking into account the analyses by the UPGMA clustering, the SSRs markers made possible to cluster the accesses into 25 different groups, the morphologic characteristics into 19 distinct groups, and the characterization estimated by the relationship coefficient in 56 different groups. Considering the clustering by the Tocher method, the data of microsatellites, genealogy, and the morphologic ones formed 15, 23 and 8 different groups, respectively. Comparing those groups formed by the relationship coefficient, it was observed that the UPGMA method is more consistent with the genealogy of the accesses than those obtained by the Tocher method. Although the relationship coefficient provides a higher formation of groups, it shows an high bias compared to the other evaluation methods, since the genotypes of only a parental generation were known. Based on the six morphologic characteristics, several groups were formed and some accesses were classified into distinct groups. By estimating the genetic diversity based on microsatellites markers, it was possible to obtain better information about the individuals’ genetic relationships, in relation to the other evaluation methods. The results allow for the comparison of the genetic distance among the soybean accesses, which could be helpful to the choice of progenitors in the COODETEC improvement program. The crossings among the individuals genetically more divergent will produce either segregant populations with wider variabilities, that allow for new genetic combinations, and the selection of superior individuals in those programs based on the genealogical method. The crossing among individuals genetically closer would allow for a fastest recovery of the recurrent genome in the backcrossing-based programs.