As micobactérias compreendem um grupo de organismos que são heterogêneos em termos de metabolismo, crescimento, nicho ambiental, epidemiologia, patogenicidade, distribuição geográfica e associação com doenças. O diagnóstico micobacteriológico é atualmente um desafio aos laboratórios. Com a descrição de novas espécies de micobactérias nos últimos anos, tem sido cada vez mais difícil identificar com precisão estas espécies. Uma questão básica na identificação em micobactérias é a diferenciação entre o Complexo Mycobacterium tuberculosis e as Micobactérias Não Causadoras de Tuberculose (MNT); no entanto tem sido cada vez mais importante a diferenciação das MNT. Em virtude das semelhanças fenotípicas e genotípicas, é necessário a aplicação e desenvolvimento de metodologias que melhor caracterizem as MNT para que seja possível determinar de forma mais precisa a prevalência das diferentes espécies. Além disso, diferentes espécies de MNT podem apresentar diferenças no perfil de sensibilidade às drogas terapêuticas, sendo que a identificação precisa é crucial para a adoção de terapia medicamentosa adequada. O objetivo deste trabalho foi caracterizar os isolados de MNT através da comparação entre duas técnicas moleculares, a técnica de PRA-hsp65 e um kit comercial GenoType® Mycobacterium CM, usando o método de sequenciamento do gene hsp65 como padrãoouro. Foram analisadas 96 isolados e a concordância entre os resultados do PRA-hsp65 e do GenoType® Mycobacterium CM foi de 92%. O método molecular PRA-hsp65 mostrou-se eficaz na identificação das espécies em 91% das amostras e o GenoType® Mycobacterium CM em 92%. Em relação aos custos referentes aos dois métodos, foi possível estabelecer que o PRA-hsp65 apresentou um valor final consideravelmente inferior ao do GenoType® Mycobacterium CM. No entanto, a técnica comercial necessita um prazo mais curto (2 dias) para ser realizada em comparação com a técnica PRA-hsp65 (requer 5 dias). Na nossa avaliação, a aplicabilidade do PRA-hsp65 aumenta a qualidade e rapidez do resultado final, já que se mostrou discriminatório, de baixo custo e relativamente de fácil execução na identificação de micobactérias. É possível concluir que ambas as técnicas moleculares avaliadas neste estudo apresentaram uma ótima capacidade de identificação de MNT, sendo que a implementação destas técnicas dependerá das características dos diferentes laboratórios bem como as necessidades clínicas das diferentes instituições. / Mycobacteria comprise a group of organisms that are heterogeneous in terms of metabolism, growth, environmental niche, epidemiology, pathogenicity, geographic distribution and disease association. The laboratory diagnosis of mycobacteria is currently a challenge to laboratories. Due to the increased description of new species of mycobacteria in recent years it is becoming difficult to accurately identify these species. A basic question in the identification of mycobacteria is the differentiation between Mycobacterium tuberculosis and the Non-Tuberculous Mycobacteria (NTM); however it has been increasingly important to differentiate the NTM species. Due to the fact that there are phenotypic and genotypic similarities, it is necessary to apply and develop methodologies to better characterize the NTM to be able to determine more accurately the prevalence of different species. Furthermore, different NTM species may differ in the profile of sensitivity to therapeutic drugs, and accurate identification is crucial for the adoption of appropriate drug therapy. The objective of this study was to characterize NTM isolates by comparing two molecular techniques, the technique of PRA-hsp65 (PCR-Restriction Enzyme Analysis) and a commercial kit GenoType® Mycobacterium CM, using the sequencing the hsp65 gene as gold standard. We analyzed 96 samples and the concordance between the results of the PRA-hsp65 and the GenoType® Mycobacterium CM was 92%. The PRA-hsp65 molecular method proved to be effective in 91% of species identification and the GenoType® Mycobacterium CM in 92%. Regarding costs for the two methods, we could establish that the PRA-hsp65 had a final value considerably lower than the GenoType® Mycobacterium CM. However, the commercial technique requires a shorter period (2 days) to be performed in comparison with the technique PRA-hsp65 (requires five days). In our evaluation, the applicability of the PRA-hsp65 increases the quality and speed of the final result (in relation to traditional phenotypic identification or outsourcing in referral centers), and proved to be discriminatory, inexpensive and relatively easy to perform the identification of mycobacteria. Finally, we conclude that both molecular techniques evaluated in this study showed a great capacity for identification of NTM and that the implementation of these techniques. However, depend on the characteristics of different laboratories as well as the clinical needs of different institutions.

O vírus da cinomose canina (CDV) é classificado no gênero Morbillivirus da família Paramyxoviridae e é o agente etiológico de uma das mais importantes doenças virais de canídeos domésticos. A cinomose ocorre em todo o mundo e produz alta mortalidade em populações imunologicamente naïve. Apesar de encontrar-se bem controlada pela vacinação, casos de cinomose ocorrem esporadicamente tanto em cães vacinados quanto em não vacinados. Uma das causas suspeitas desta falha vacinal é a grande variabilidade genética entre cepas de CDV. O objetivo deste trabalho foi detectar e analisar a variabilidade genética do CDV circulante no País. Foram coletados 386 suabes retais de cães em diversas regiões do Brasil, dos quais se detectaram 155 positivos através de uma RT-nested-PCR de um fragmento do gene do nucleocapsídeo. Destes, 23 foram selecionados para amplificação parcial do gene da hemaglutinina, sequenciamento e análise filogenética. A grande maioria das sequências obtidas agrupou no genótipo América do Sul-I, que inclui isolados da Argentina e do Uruguai, com exceção de uma amostra similar à cepa vacinal Rockborn. A análise filogenética sugere a presença de pelo menos sete subgenótipos do genótipo América do Sul-I circulando neste continente. O grupo América do Sul-II é formado somente por isolados da Argentina. Além disso, propõe-se que este grupo e os clados Rockborn-like e Europa Selvagem sejam denominados subgenótipos dentro de um genótipo único. / Canine distemper virus (CDV) is classified in the genus Morbillivirus within the family Paramyxoviridae and is the etiologic agent of one of the most important viral diseases of domestic Canidea. It occurs worldwide and produces high mortality in immunologically naïve populations. Despite being well controlled by vaccination, cases of canine distemper occur sporadically in vaccinated and unvaccinated dogs. One of the suspected causes of this vaccine failure is the great genetic variability between strains of CDV. The objective of this study was to detect and analyze the genetic variability of CDV circulating in our country. Rectal swabs were collected from 386 dogs in various regions of Brazil, of which 155 were found positive by a nested RT-PCR of a fragment of the nucleocapsid gene. Of these, 23 were selected for partial amplification of the hemagglutinin gene, sequencing and phylogenetic analysis. The vast majority of sequences obtained grouped in genotype South America-I, which includes isolates from Argentina and Uruguay, with the exception of a sample similar to the vaccine strain Rockborn. Phylogenetic analysis suggests the presence of at least seven subgenotypes belonging to South America-I genotype, circulating in this continent. The group South America-II consists only of isolates from Argentina. Furthermore, it is proposed that this group and clades Rockborn-like and Europe Wildlife are denominated subgenotypes within a single genotype.

142f. / Submitted by Suelen Reis (suziy.ellen@gmail.com) on 2013-05-24T13:11:05Z No. of bitstreams: 1 Elisangela Adorno.pdf: 3379043 bytes, checksum: 972521d9aae8561da326946dd4da678a (MD5) / Approved for entry into archive by Flávia Ferreira(flaviaccf@yahoo.com.br) on 2013-05-30T00:18:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Elisangela Adorno.pdf: 3379043 bytes, checksum: 972521d9aae8561da326946dd4da678a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-30T00:18:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Elisangela Adorno.pdf: 3379043 bytes, checksum: 972521d9aae8561da326946dd4da678a (MD5) Previous issue date: 2005 / Introdução. A hemoglobina S (HbS) resulta da troca de nucleotídeo (GAG GTG) no sexto codon do gene da globina beta, levando à substituição do ácido glutâmico por valina na cadeia da globina beta. A anemia falciforme ou a homozigose para a HbS, freqüentemente apresenta manifestações clínicas heterogêneas, fortemente relacionadas aos níveis de hemoglobina fetal (HbF). Objetivo. O presente estudo investigou as características fenopíticas e os marcadores moleculares presentes em portadores da anemia falciforme de Salvador-BA, identificando seqüências gênicas potencialmente importantes para a expressão dos genes gama. Métodos. O perfil de hemoglobinas e o nível de HbF foram determinados por cromatografia líquida de alta performance (HPLC). Informações sobre o perfil clínico dos pacientes foram obtidas através da análise de prontuários. A talassemia α2 3.7Kb foi investigada pela reação em cadeia da polimerase (PCR) e os haplótipos ligados ao grupo de genes da globina berta S foram investigados por PCR e análise de sítios polimórficos utilizando endonucleases de restrição (RFLP). As regiões promotoras dos genes yG e γA e o HS2-LCR foram amplificados assimetricamente e seqüenciadas no ABI Prism 3100 prism DNA Sequencer. As análises estatísticas foram desenvolvidas no software EPI-INFO versão 6.04 e a significância foi estabelecida para p < 0.05. Resultados. Foram analisados 131 pacientes, dos quais 125 tiveram identificado o genótipo beta S, tendo sido encontrado 64 (51,2%) CAR/Ben; 36 (28,8%) Ben/Ben; 18 (14,4%) CAR/CAR; dois (1,6%) CAR/Aty;dois (1,6%) Ben/Cam; um (0,8%) CAR/Cam; um (0,8%) Car/Arabia-India e um (0,8%) Sen/Aty. A talassemia 2 3.7Kb foi estudada em 110 pacientes, onde 30 (27,3%) foram heterozigotos e dois (1,8%) homozigotos. O uso de transfusão sangüínea foi maior em pacientes com HbF menor que ou igual a 10,0% (p=0,009). Pacientes com genótipos α diferentes apresentaram diferenças para os valores de Hb (p=0,018); Ht (p=0,019); VCM (p=0,0004) e HCM (p=0,039). Os níveis de HbF foram maiores entre os pacientes Ben/Ben que entre os CAR/CAR (p=0,007) e CAR/Ben (p=0,013). A análise das seqüências do HS2-LCR de dez indivíduos demonstrou a substituição G A na posição ?10.677, presente apenas entre os portadores do haplótipo Ben com nível elevado de HbF, sugerindo uma possível associação entre este polimorfismo, a expressão dos genes γ e a síntese da HbF. A análise da região promotora do gene γG demonstrou a substituição T C na posição -157, que parece ser uma seqüência característica entre os pacientes estudados. Também foi encontrada a deleção de 4 pb na posição ?222 a ?225 no gene γG e relacionado ao haplótipo Cam. Conclusões. Os dados demonstraram um novo polimorfismo localizado no HS2-LCR e na região promotora do gene γG da globina, justificando a realização de estudos adicionais, associando os níveis de HbF, marcadores biológicos e mecanismos relacionados, visando esclarecer um possível papel no desenvolvimento do fenótipo da doença. / Salvador

Introdução: As variações da CYP2D6 estão associadas com o desfecho clínico das pacientes na terapia adjuvante do câncer de mama com tamoxifeno (TAM). Esta associação deve-se principalmente a hidroxilação do N-desmetiltamoxifeno (NDT) pela CYP2D6 a endoxifeno (EDF) que, por sua alta potência antiestrogênica, é o principal responsável pela eficácia terapêutica. O objetivo deste estudo foi avaliar a relação entre o genótipo e o fenótipo da CYP2D6 com os níveis de EDF e a razão metabólica [NDT]/[EDF] em uma população do Sul do Brasil. Métodos: Foram obtidas amostras de plasma em vale de 97 pacientes em terapia com o tamoxifeno. A genotipagem da CYP2D6 foi realizada com ensaio Luminex, com determinação de escores de atividade genotípica (EAG). As concentrações do TAM e seus metabólitos foram determinados por CLAE-DAD e classificadas em metabolizadores lentos (ML), intermediários (MI), rápidos com atividade diminuída (MR-D), rápidos com atividade rápida (MR-R) e ultra-rápidos (UR). A fenotipagem foi realizada através da determinação do dextrometorfano (DMT) e do dextrorfano (DTF) por CLAE-FL nas amostras de plasma coletadas três horas após administração oral de 33 mg de DMT. A atividade da CYP2D6 foi avaliada pela razão metabólica [DMT]/[DTF]. Resultados: A genotipagem da CYP2D6 mostrou prevalência de 4,1% de ML, 4,1% de MI, 49,5% de MR-D, 39,2% de MR-R e 3,1% de UR. O genótipo (EAG) foi significativamente correlacionado com o fenótipo ([DMT]/[DTF]), com uma associação moderada (rs= -0,463; p<0,001). As medianas das concentrações plasmáticas do TAM e seus metabólitos (ng mL-1) foram: TAM 57,17; HTF 1,01; EDF 6,21; NDT 125,50. Os níveis de EDF foram inferiores nos ML em comparação aos MR (p<0,05). O fenótipo apresentou maior associação, porém ainda moderada, com os níveis de EDF e [NDT]/[EDF] em comparação ao genótipo (r= -0,507 r=0,625, p<0,001 versus r= 0,356 r=0,516; p<0,01). Ao fenótipo da CYP2D6 foram atribuídas 26% da variabilidade dos níveis de EDF e 38 % das razões metabólicas [NDT]/[EDF], enquanto que ao genótipo foram atribuídas 12% e 27 %, respectivamente. Conclusão: A genotipagem e/ou fenotipagem da CYP2D6 não foram capazes de predizer completamente as concentrações de EDF. Desta forma, sugerimos que estudos futuros utilizem o monitoramento dos níveis de EDF durante a terapia com TAM, com o objetivo de avaliar a sua efetividade. / Background: An association between CYP2D6 variation and clinical outcomes among women with breast cancer treated with tamoxifen (TAM) has been demonstrated, such that the presence of 2 functional CYP2D6 alleles was associated with better clinical outcomes. This association is mainly due the CYP2D6 mediated hydroxylation of N-desmethyltamoxifen (NDT) to yield endoxifen (EDF), which because of its high antiestrogenic potency, is the main responsible for the therapeutic efficacy of TAM. The aim of this study was to evaluate the relation of CYP2D6 genotyping and phenotyping with EDF levels and [NDT]/[EDF] metabolic ratio in breast cancer patients from South of Brazil under TAM therapy. Methods: Trough blood samples were collected from 97 patients. CYP2D6 genotyping was performed with a Luminex assay and calculation of Genotypic activity scores (GAS). Tamoxifen and metabolites EDF, NDT and 4-hidroxy-tamoxifen (HTF) were measured in plasma by HPLC-PDA. CYP2D6 phenotyping was performed by determination of dextromethorphan (DMT) and dextrorphan (DTF) by HPLC-FL at plasma collected three hours after oral administration of 33 mg of DMF. Phenotypes were given according to [DMT]/[DTF] metabolic ratio. Results: CYP2D6 genotyping indicated a prevalence of 4.1% PM, 4.1% IM, 49.5% EM-S, 39.2% EM-F and 3.1% UM. Genotype (GAS), was significantly correlated with phenotype ([DMT]/[DTF]), with a moderate association (rs= -0.463; p<0.001). Median plasma concentrations (ng mL-1) (N=97) were: TAM 57.17; HTF 1.01; EDF 6.21; NDT 125.50. EDF levels were lower in PM than in EM (p<0.05). Phenotype showed stronger, but still moderate, association with EDF and [NDT]/[EDF] than genotype (r= -0.507 r=0.625, p<0.001 versus r= 0,356 r=0.516, p<0.01). Phenotype accounted for 26% of the variability in EDF levels and 38 % of [NDT]/[EDF], while genotype for 12% and 27 %, respectively. Conclusion: CYP2D6 genotyping and/or phenotyping could not fully predict EDF concentrations. Monitoring EDF itself could be considered in further studies during TAM therapy in order to evaluate its efficacy

Across vertebrates, skeletal shapes are diverse, and much of this variation appears to be adaptive. In contrast, the early developmental programs of these structures are highly conserved across vertebrates. The question then becomes where in the conserved genetic programs of skeletal development does variation lie to direct diversity? In threespine stickleback, rapid changes in head and body shape have been documented during repeated and independent invasions of oceanic fish into freshwater habitats in regions deglaciated approximately 13,000 years ago. However, recent research indicates that similar phenotypic and genetic divergence can occur in decades. A remaining challenge is to link stickleback population genomic variation to causal genes that underlie such rapid phenotypic evolution. Here I use genome wide association studies (GWAS) in natural populations of stickleback to uncover genomic regions that contribute to variation of two dermal bone derived traits, lateral plate number and opercle shape. The decrease of lateral plate body armor and change in opercle bone shape, important for feeding mechanics, are classically associated with freshwater divergence. GWAS has recently begun to be used in natural populations but is still under scrutiny for performance among different populations. Using a population of phenotypically variable stickleback in Oregon, GWAS proved an effective method to uncover genomic regions and genetic variants known to contribute to lateral plate number and opercle shape, as well as new genomic regions and candidate genes not previously implicated in phenotypic variation. Although successful, using similar methods on decades old stickleback populations in Alaska revealed the challenges that accompany controlling population structure created by strong natural selection. Together, I found that although lateral plate number and opercle shape rapidly evolve in a coordinated fashion during adaptation from marine to freshwater environments, phenotypic variation is largely driven by independent genetic architectures. However, in very rapidly evolving populations, despite this independence of genetic architecture, the genetic variants contributing to the traits co-localize to similar genomic regions. This finding could be either biological or methodological which highlights the promise and limitations of using GWAS to identify genetic variation that gives rise to phenotypic diversity. This dissertation includes unpublished co-authored material.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-08-30T20:49:47Z No. of bitstreams: 1 Tatiana Amorim Boa Sorte Estudo das bases moleculares da fenilcetonuria no nordeste do Brasil.pdf: 1805592 bytes, checksum: 2caa9f81224a65539eb11f580bd6b8a9 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-30T20:49:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tatiana Amorim Boa Sorte Estudo das bases moleculares da fenilcetonuria no nordeste do Brasil.pdf: 1805592 bytes, checksum: 2caa9f81224a65539eb11f580bd6b8a9 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / As hiperfenilalaninemias (HPA), em especial a fenilcetonúria (PKU) estão entre os erros inatos do metabolismo mais bem estudados, por fazerem parte de programas de triagem neonatal em todo o mundo. No Brasil, o Programa Nacional de Triagem Neonatal (PNTN) garante o rastreamento, confirmação diagnóstica e tratamento desta condição em todo o país, através dos Serviços de Referência em Triagem Neonatal (SRTN). O PNTN oferece o diagnóstico bioquímico de PKU. A investigação molecular, através da detecção de mutações no gene da fenilalanina hidroxilase (PAH) não está prevista, e inexistem dados a este respeito na região nordeste do Brasil. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar uma amostra de pacientes com HPA, quanto aos seus aspectos clínicos, demográficos, epidemiológicos e moleculares, além de avaliar a operacionalização do PNTN nesta região do país. MÉTODOS: Participaram do estudo pacientes da Bahia, Sergipe, Alagoas, Ceará, Maranhão e Piauí. Dados epidemiológicos e demográficos estiveram disponíveis apenas para pacientes da Bahia, e foram obtidos através de consulta a bancos de dados laboratoriais e prontuários médicos, nutricionais e sociais. Informações clínicas dos pacientes dos seis estados foram obtidas através de preenchimento de questionário. A Análise molecular incluiu investigação inicial para sete mutações no gene da PAH, previamente selecionadas (IVS10nt11ga, V388M, R261Q, R252W, I65T e R408W ) entre as mais frequentes em estudos brasileiros anteriores, através de RFLP, seguida de sequenciamento gênico dos éxons 3, 5, 6, 7, 11 e 12 do gene da PAH. Estudos de correlação genótipo-fenótipo foram realizados utilizando informações sobre atividade residual da PAH. RESULTADOS: Entre 1992 e 2009, foram diagnosticados 111 pacientes com HPA na Bahia. A cobertura populacional alcançou 90,81%, e a coleta do exame de triagem neonatal ocorreu após o 7º dia de vida em 76,8% dos casos, sendo a média da incidência de 1:16.362 NV. PKU clássica foi diagnosticada em 56,8% dos pacientes. A mediana de idade na primeira consulta foi de 34,5 dias para a PKU clássica nos últimos dois anos. A avaliação sócio econômica mostrou que 64,1% das genitoras não concluíram o ensino fundamental e 69,5% das famílias tinham renda abaixo de 2 salários mínimos. A partir de amostras de DNA de pacientes de seis estados do nordeste do Brasil, a triagem inicial de sete mutações permitiu a identificação de 64,3% dos genótipos. As mutações mais frequentes foram IVS10nt11ga (21,3%), V388M e I65T (15,8%) e R252W (14,6%). As menos frequentes foram R261Q (8,7%) e R408W (1,2%.). A mutação R261X não foi encontrada. Outras seis mutações foram identificadas através de sequenciamento gênico, com um total de 32 genótipos diferentes. Correlação entre genótipo e fenótipo apresentou-se adequada em 42,7% dos casos. A correlação foi mais evidente entre os pacientes com PKU leve ou moderada (68,2%) e genótipo homozigoto (45,4%). Mutações responsivas ao tratamento com tetrahidrobiopterina (V388M e I65T) foram encontradas com frequência relevante. CONCLUSÕES: Os dados epidemiológicos e clínicos serão de utilidade para a melhor organização das estratégias de saúde pública, enquanto que os dados moleculares poderão ser úteis em sugerir um painel de mutações mais adequado para investigação regional, ao tempo em que pode contribuir na otimização do tratamento e acompanhamento dos pacientes. / Hyperphenylalaninemia (HPA), especially phenylketonuria (PKU) are among the most studied inborn errors of metabolism, once they it is part of neonatal screening programs worldwide. In Brazil, National Neonatal Screening (PNTN) warrants screening, diagnostic confirmation and treatment of this condition across the country through the Reference Services for Neonatal Screening (SRTN). The PNTN offers biochemical diagnosis of PKU. Molecular investigation, by detecting mutations in the phenylalanine hydroxylase gene (PAH) is not provided, and there are no data so far in the northeast region of Brazil. This study aimed to characterize a sample of patients with HPA, in clinical, demographic, epidemiological and molecular aspects, and assess the implementation of PNTN at this region of the country. METHODS: Patients were from Bahia, Sergipe, Alagoas, Ceará, Maranhão and Piauí. Epidemiological and demographic data of patients were available only from Bahia, and were obtained by consulting the laboratory databases and medical, nutritional and social records. Clinical information of patients from all six states were obtained through a questionnaire. Molecular analysis included search for seven mutations in the PAH, previously selected (IVS10nt11g  a, V388M, R261Q, R252W, R408W and I65T) among the most frequent in previous Brazilian studies, using RFLP, followed by gene sequencing for éxons 3, 5, 6, 7, 11 and 12 of PAH gene. Studies of genotype-phenotype correlation were carried out using information on residual activity of PAH. RESULTS: Between 1992 and 2009, 111 patients were diagnosed with PAH in Bahia. The population coverage has reached 90.81% and the collection of samples for neonatal screening occurred after the 7th day of life in 76.8% of cases. The average incidence was 1:16.362 newborns. Classical PKU was diagnosed in 56.8% of patients. The median age at first visit was 34,5 days for classical PKU. Socioeconomic evaluation showed that 64.1% of mothers have not completed elementary education and 69.5% of households had income below two minimum wages. Using samples from six states of northeast of Brasil, screening for seven mutations allowed identification of, 64.3% of genotypes. By his screening, the most frequent mutations were IVS10nt11g  a (21.3%), I65T and V388M (15.8%) and R252W (14.6%). R261Q (8.7%) and R408W (1.2%) were less frequent. R261X was not found. Six other mutations have been identified through gene sequencing, with a total of 32 different genotypes. Correlation between genotype and phenotype presented adequate in 42,7% of cases. The correlation was most evident among patients with mild or moderate PKU (68,2%) and homozygous (45.4%). Mutations responsive to treatment with tetrahydrobiopterin (I65T and V388M) were found with significant frequency. CONCLUSIONS: The epidemiological and clinical data will be useful for better organization of public health strategies, whereas molecular data may be useful in suggesting a panel of mutations most appropriate for regional research at the time that may contribute to the optimization of treatment and monitoring of patients.

The PIK3R1 gene encodes three proteins - p85$\alpha$, p50$\alpha$ and p55$\alpha$ - that are regulatory subunits of Class IA phosphoinositide 3-kinases (PI3Ks). These regulatory subunits heterodimerise with one of three catalytic subunit isoforms, namely p110$\alpha$, p110$\beta$, or p110$\delta$. Class IA PI3Ks are critical enzymes involved in fundamental metabolic and mitogenic signalling pathways. This thesis describes the delineation of biochemical and molecular mechanisms whereby PIK3R1 mutations cause diverse disease phenotypes observed in SHORT syndrome (defined by Short stature, Hyperextensibility, Ocular depression, Rieger anomaly and Teething delay), the primary immunodeficiency Activated PI3K-$\delta$ Syndrome 2 (APDS2), and cancer. Initial studies of purified wildtype or mutant PI3K complexes, utilising a modified PI3K fluorescence polarisation lipid kinase assay, established that SHORT syndrome-associated p85$\alpha$ mutations impaired phosphotyrosine peptide-stimulated PI3K activity when heterodimerised with either of the Class IA catalytic subunit isoforms. Two cancer-associated mutations assessed using the same assay demonstrated differential effects on PI3K function, causing either basal activation or impaired phosphotyrosine peptide-stimulated PI3K activity. To examine the effect of SHORT syndrome-associated p85$\alpha$ mutations in insulin-responsive cell types, 3T3-L1 preadipocyte models with conditional overexpression of p85$\alpha$ Y657X or p85$\alpha$ R649W were generated. Doxycycline-induced overexpression of mutant p85$\alpha$ attenuated insulin-stimulated Akt phosphorylation due to reduced insulin-stimulated association of p85$\alpha$/p110$\alpha$ heterodimers with either IRS1 or IRS2. This in turn resulted in impaired downstream signalling as indicated by low adipogenic efficiency. Cells and tissues isolated from Pik3r1$^{WT/Y657X}$ knock-in mice also demonstrated decreased insulin-stimulated Akt phosphorylation. Observations from a system with endogenous expression of mutant p85$\alpha$ Y657X supported the results obtained in the 3T3-L1 p85$\alpha$ overexpression models. The final part of this thesis focussed on a PIK3R1 exon skipping mutant (p85$\alpha$ $\Delta$Ex11) that confers PI3K activation in lymphocytes and causes APDS2. APDS2 patients have an immune-restricted phenotype, even though the mutation occurs within the ubiquitously expressed PIK3R1. To investigate this phenomenon, the doxycycline-inducible system was used to model overexpression of p85$\alpha$ $\Delta$Ex11, as well as an activating p110$\alpha$ H1047R mutation associated with cancer, in 3T3-L1 preadipocytes. Surprisingly, given that APDS2 is not normally associated with metabolic or growth problems, high overexpression of p85$\alpha$ $\Delta$Ex11 severely attenuated insulin-stimulated Akt phosphorylation and adipocyte differentiation. There was also reduced insulin-stimulated recruitment of p110$\alpha$ to either IRS1 or IRS2, and impaired heterodimerisation of p85$\alpha$ $\Delta$Ex11 with p110$\alpha$. Collectively, the data presented in this thesis contributes to the developing knowledge of PIK3R1-related diseases. In particular, these studies provided novel insights into the biochemical and molecular mechanisms of SHORT syndrome-associated p85$\alpha$ mutations. Additionally, these data delivered further understanding of potential mechanisms underlying the immune-specific phenotype of APDS2 caused by PIK3R1 mutations.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-26Bitstream added on 2014-06-13T20:14:38Z : No. of bitstreams: 1 jardim_acg_me_sjrp.pdf: 3983929 bytes, checksum: 587fc4359397e3ed6de6922651160d80 (MD5) / O HCV é uma das maiores causas de doença do fígado, sendo estimado que mais de 2% da população mundial está infectada. Este vírus possui um genoma de RNA (+) fita simples, que devido à falta de atividade corretiva da polimerase viral apresenta variabilidade genética em vários níveis: genótipos, subtipos e quasispecies. O genótipo 1 é o mais prevalente no Brasil e no mundo, sendo preditivo de uma baixa resposta à terapia antiviral, que atualmente é baseada na administração de PEG-IFN e ribavirina. A variabilidade genética da região viral NS5A tem sido relacionada à sensibilidade ou resistência ao IFN. Este estudo teve como objetivo investigar se a possível relação entre a composição de quasispecies da NS5A e a resposta ao tratamento. Foram selecionados 12 pacientes, sendo 4 respondedores (R), 4 não respondedores (NR) e 4 respondedores ao final do tratamento (RFT). As amostras pré-tratamento destes pacientes foram amplificadas, clonadas e seqüenciadas, resultando em 165 seqüências da NS5A completa. Estas seqüências foram alinhadas, editadas e a construção da topologia da árvore filogenética foi realizada. A NS5A e suas regiões específicas CRS, PKR-binding, ISDR, NLS e V3 foram analisadas quanto às substituições e o grau de variabilidade genético. O grupo de pacientes RFT apresentou uma maior taxa de substituições sinônimas em relação aos demais grupos. Uma maior quantidade de mutações foi observada na região downstream à ISDR, principalmente na região V3. Nenhum sítio específico de mutação foi relacionado a um tipo particular de resposta, e não houve agrupamento filogenético das quasispecies de acordo com o tipo de resposta. Estes resultados sugerem que o número de mutações não é suficiente para predizer a sensibilidade ou resistência à terapia baseada em IFN, sendo necessário avaliar se estas mutações conservaram ou não as propriedades químicas dos aminoácidos. / Hepatitis C virus (HCV) is major causes of liver desease and about 2% of world s population are infected. This virus is a single strain RNA genome of approximately 9.6 kb. Genetics variability of HCV exists at several different levels: genotypes, subtypes and quasispecies. The high mutation rates are related to the low fidelity of viral RNA polymerase. Genotype 1 HCV is the most prevalent in Brazil, as well as worldwide. Genotypes 1a and 1b are predictive of lower sustained virological response in peginterferon (PEG-IFN) plus ribavirin combination therapy. Genetic variability of viral NS5A has been related to IFN sensibility or resistance. To evaluate whether HCV NS5A quasispecies composition are related to responsiveness to combined PEG-IFN and ribavirin therapy, this study analyzed before treatment sample of 12 treated patients (4 sustained responders - SR, 4 non responders - NR and 4 end of treatment responder - ETR). Samples were amplified, cloned and sequenced, resulting in 165 sequences of complete NS5A. Sequences were aligned, edited and phylogenetical tree was constructed. Mutations and mean of genetic distance were analyzed to NS5A and specific regions CRS, PKR-binding, ISDR, NLS and V3. The number of synonymous substitutions per synonymous sites was higher in ETR patients than in other patient groups. Mutations were more common downstream ISDR, mainly concentrated in V3 domain. No single amino acid position or motif was associated with different responses to therapy in any NS5A regions analyzed and phylogenetic analysis did not show clustering of nucleotide sequences of viral isolates from SR, NR or ETR. These results suggest that number of mutations is not sufficient to predict sensibility or resistance to IFN based therapy. Other studies are necessary to evaluate whether chemical characteristics of amino acids were altered for the mutations.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-07-18Bitstream added on 2014-06-13T20:33:52Z : No. of bitstreams: 1 ferreira_ag_me_jabo.pdf: 1060109 bytes, checksum: 053c94d8f7c28f0b88d050104ec93969 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Doze diferentes genótipos de Phaseolus vulgaris (L.), popularmente conhecido como feijão-vagem, obtidos na Universidade Estadual de Goiás (UEG), Ipameri, Goiás, Brasil, foram descritos morfologicamente, citogeneticamente e palinologicamente. Os estudos morfológicos evidenciaram que a maioria das amostras analisadas é semelhante quanto à forma de germinação, forma dos cotilédones, sistema radicular e filotaxia do primeiro par de folhas. As divergências são demonstradas na forma, espessura, comprimento, largura, cor do tegumento da semente e da pigmentação da porção superior do hipocótilo que são formas de se efetivar a classificação entre os vários genótipos. As plântulas são angiospermas, dicotiledôneas, tendo raiz primária glabra, cotilédones livres, peciolados, crassos, planoconvexos, maciços e de coloração verde clara. O epicótilo é cilíndrico e levemente esverdeado. As sementes são exalbuminosas, reniformes ou cubóides, apresentam tegumento em diferentes cores, com germinação do tipo epigéia e fanerocotiledonar. O número cromossômico diplóide é 2n = 22 cromossomos para os doze genótipos. Três amostras mostraram como proposta de cariótipo a formulação 3M + 7SB + 1ST, quatro possuem 6M + 5SB, cinco apresentam formulações cariotípicas divergentes, sendo 5M + 5SB + 1ST, 4M + 6SB + 1ST, 8M + 3SB, 10M + 1SB, 9M + 2SB. A morfologia polínica evidenciou grãos de forma triangular-obtusa com contorno convexo, tricolpados e com protuberâncias relativamente distantes. As diferenças entre esses grãos restringem-se à quantidade de protuberâncias no genótipo 26 e quanto ao tamanho, que varia de 38,33 μm a 31,10 μm de diâmetro. / Twelve different genotypes of Phaseolus vulgaris (L.) well-known as green been, obtained at UEG – University of Goiás State, Ipameri, GO Brazil were described morphologically, cytogenetically and palinologically. The morphologic evaluations evidenced a similar germination and cotyledon form, root system, and phyllotaxy in the first pair of leaves in the most of the analyzed samples. De differences appeared in the form, thickness, length, width, seed tegument color, and the hypocotyls superior portion pigmentation that are ways to effectuate the classification among several genotypes. The plantlets are angiosperms, dicotyledonous, have an initial root as glabra, free cotyledon, peciolate, crass, plan-convex, solid, and green-light color. The epicotyls is cylinder and slightly green. The seeds are unalbuminoses, reniforms or cuboids, present tegument in different colors, germination-like epigeous and fanerocotyledonous. The number of diploid chromosome is 2n=22 to all of twelve genotypes. Three samples showed as a cariotype proposal a 3M + 7SB + 1ST formula, while four presented the 6M + 5SB formula, five presented divergent cariotypic formula, being 5M + 5SB + 1ST, 4M + 6SB + 1ST, 8M + 3SB, 10M + 1SB, and 9M + 2SB. The polinic morphology evidenced triangular-obtuse grains shape having convex border, being trycolps and having ridges relatively distant. The differences between these grains are restricted to the ridges amount in the genotype 26 and by the size, varying from 38.33μm to 31.10μm diameter.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-08-15Bitstream added on 2014-06-13T18:30:16Z : No. of bitstreams: 1 hotta_lfk_me_botfca.pdf: 441268 bytes, checksum: e9f6664417651d4009869d162e87fd48 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Outra / O objetivo do presente trabalho foi estudar a existência de interação genótipo x ambiente em alface do grupo americano, visando à seleção de progênies superiores, com adaptação geral ou específica a diferentes épocas de cultivo, em comparação com as cultivares comerciais. Os experimentos foram conduzidos na Estação Experimental de Bragança Paulista – E.E.B.P, pertencente à Sakata Seed Sudamerica Ltda, localizada no município de Bragança Paulista - SP. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso, com 3 repetições e 20 plantas por parcela. Os tratamentos foram constituídos de 44 progênies de alface do grupo americano e oito cultivares comerciais (Laurel, Lucy Brown, Manara, Rafaela, Raider, Raider Plus, Rubette e Tainá), totalizando 52 tratamentos, semeados em três épocas, julho, novembro e abril, representando os cultivos de inverno, verão e outono, respectivamente. Todas as progênies utilizadas foram originárias do programa de melhoramento de alface que vem sendo realizado na área de Melhoramento Vegetal do Departamento de Produção Vegetal, da Faculdade de Ciências Agronômicas, Campus de Botucatu – UNESP. As progênies foram obtidas por seleção em gerações segregantes de diferentes cruzamentos entre cultivares americanas no período de 2000 a 2005, encontrando-se nas gerações F6 e F7. As avaliações e as colheitas dos experimentos foram realizadas quando as cultivares atingiram o máximo crescimento vegetativo, com cabeças compactas e grandes. As características avaliadas foram: Uniformidade, porcentagem de saia, porcentagem de cabeças comerciais, massa fresca, diâmetro transversal, compacidade, cobertura das cabeças, ‘ribness’, ombro e comprimento do coração. Para as características uniformidade, compacidade, cobertura das cabeças, ‘ribness’ e ombro, foram utilizados escalas subjetivas de notas variando de 1 a 5... / The objective of the present study was to assess the existence of the genotype x environment interaction in lettuce of the American group in order to select the superior lineages, with general or specific adaptation to different crop times, in comparison with the commercial cultivars. The experiments were led in the Experimental Station of Bragança Paulista - E.E.B.P, of the Sakata Seed Sudámerica Ltda in Bragança Paulista, SP - Brazil. The used experimental outline was of randomized blocks, with 3 replications and 20 plants per lot. The treatments constituted of 44 lineages of lettuce of the American group and eight commercial cultivars (Laurel, Lucy Brown, Manara, Rafaela, Raider, Raider Plus, Rubette and Tainá), totalizing 52 treatments, sown at three times (July, November and April) representing the winter, summer and autumn crops, respectively. All the used lineages were from the program of lettuce improvement that is carried out in the area of Vegetal Improvement of the Department of Production Vegetal, Agronomy School, Botucatu Campus, UNESP, Brazil. The lineages were obtained from selection of segregating generations of different crossings between American cultivars in the period of 2000 to 2005, F6 and F7 generations. The evaluations and the harvests of the experiments were carried out when the cultivars reached maximum vegetative growth, with big and compact heads. The evaluated characteristics were: uniformity, percentage of the skirt, percentage of commercial heads, fresh mass, transversal diameter, compacticity, crowning of the heads, ribness, shoulder and length of the heart. For the characteristics uniformity, compactcity, cowning of the heads, ribness and shoulder, a subjective range of marks varying 1 to 5 was used.The data was submitted to group analysis in order to detect possible genotypes interactions with the environment...(Complete abstract click electronic access below)