Les infrastructures de transport, liées à la géographie du territoire, ont une influence importante sur les interactions entre individus. La progression récente de la rapidité et de la fréquence des déplacements ont notamment aidé à la diffusion à l'échelle mondiale de plusieurs maladies: HIV, SARS, H1N1, MRSA. Dans ce contexte, il est d'une importance cruciale de développer des outils théoriques permettant de comprendre comment la mobilité humaine influence la propagation de maladies infectieuses. Au cours de cette thèse, nous avons tout d'abord réalisé une revue systématique de l'utilisation des mouvements de population dans la propagation épidémique.Nous nous sommes ensuite focalisés sur l'étude des mouvements de navette et avons développé plusieurs outils pour comprendre leur influence: l'exemple de la diffusion de la grippe en France a été utilisé pour cette étude. La première partie de cette thèse a été consacrée à une review systématique des travaux portant sur des modèles de propagation épidémique intégrant des données de mobilité. Si le rôle des transports aériens dans la diffusion des pathogènes est aujourd'hui bien documenté, à l'échelle nationale/régionale, les mouvements de navette en revanche sont souvent intégrés sans que cela soit justifié. Dans la suite de cette thèse, nous avons donc cherché à comprendre l'influence que ces mouvements pouvaient avoir, en se focalisant sur le cas spécifique de la propagation de la grippe en France. Tout d'abord, nous avons effectué un calcul de l'auto-corrélation spatiale des données de suivi de propagation grippale enregistrées par le réseau Sentinelles basée sur les mouvements de navette, afin de confirmer leur influence sur la propagation de la grippe. Grâce à des outils de comparaison d' épidémies basés sur un modèle métapopulation, nous avons ensuite montré qu'il était important d'intégrer les mouvements des enfants et des adultes, qui sont différents. Cette étude nous a également permis de montrer l'existence de chemins de diffusion typiques, emprunt és selon le point de départ de l'épidémie. Dans un second temps, nous avons effectué une étude analytique de l'influence des mouvements de navette en développant un modèle linéaire basé sur le précédent. Nous proposons dans cette thèse deux outils basés sur l'analyse spectrale de la matrice de ce modèle et du sous-espace vectoriel généré par ses vecteurs propres dominants: ces outils ont permis d' étudier le rôle de chaque canton dans la diffusion de la grippe d'une part et la dynamique globale du modèle d'autre part, ainsi que de confirmer les résultats précédents.

Le virus de la grippe appartient à la famille des Orthomyxoviridae. Son génome est segmenté en huit ribonucléoprotéines virales (vRNPS) composées chacune d'une molécule d'ARN négatif simple brin recouverte de nucléoprotéines (NP) et associée au complexe de la polymérase. Le virus entre dans<br />la cellule hôte par endocytose, libère dans le cytoplasme ses vRNPs qui gagnent ensuite le noyau cellulaire pour être transcrites et répliquées. Les vRNPs sont importées via l'hétérocomplexe des importines alpha/beta. La NP, composant majoritaire des vRNPs, pourrait être impliquée dans cette étape et serait aussi un candidat idéal dans la mise au point de drogues antivirales. Nous avons voulu déterminer les caractéristiques structurales de <br />NP en complexe avec l'importine alpha 5 humaine. Grâce à la technique de microscopie électronique à transmission, nous avons obtenu un premier <br />modèle à basse résolution du complexe NP/importine alpha.<br />Dans le noyau, les vRNPs sont étroitement liées à la chromatine. En phase tardive du cycle viral, la protéine matricielle M1 se lierait aussi à la chromatine, peut-être pour décrocher les vRNPs. Nous avons pu montrer, par la technique de sédimentation, que les vRNPs se lient aux queues des histones, alors que M1 se fixe sur le domaine globulaire des octamères d'histones.<br />En fin de cycle viral, les vRNPs amplifiées sortent du noyau. Nos tests enzymatiques, d'interaction sur billes et en sédimentation montrent que les protéines virales M1 et NEP servent d'adaptateurs entre les vRNPs et le système d'export nucléaire CRM1/RanGTP. Nous avons aussi obtenu la <br />structure cristallographique du domaine C-terminal de NEP se liant à M1.

Cette thèse s'intéresse aux interactions entre immunologie, épidémiologie et biologie évolutive. Nous utilisons une combinaison d'approches mathématiques et statistiques pour comprendre les processus gouvernant les dynamiques épidémiologiques et les phylogénies observées pour différents pathogènes de l'échelle individuelle aux populations. Nous prenons l'exemple de la grippe humaine. Trois hypothèses permettent de rendre compte de la phylodynamique particulière de la grippe: (i) il existe un mécanisme de densité-dépendance directe médié par une période temporaire d'immunité totale après infection ; (ii) le nombre de phénotypes possibles est limité, les virus les ré-explorant sans cesse ; (iii) l'évolution de l'antigène principal de la grippe est ponctuée, les échappements ponctuels à l'immunité induisant des balayages sélectifs. (iii) domine aujourd'hui et rend compte de la variabilité des épidémies de grippe, de larges échappements à l'immunité en induisant de plus grandes. Nous montrons que le formalisme ayant mené à (iii) induit de manière implicite un processus immunologique irréaliste pour la grippe. Nous révélons que les séries temporelles d'incidences grippales ne peuvent pas fournir une preuve du caractère ponctué de l'évolution antigénique, un modèle parcimonieux prenant en compte une évolution antigénique purement graduelle les reproduisant. La nature chaotique de ces dynamiques marque une limite fondamentale à la prédictibilité de la taille des épidémies de grippe et ce, indépendamment de la contingence évolutive. Nous développons un formalisme confrontable aux données pour tester les différentes hypothèses rendant compte de la phylodynamique de la grippe.

Le virus influenza de type A est un virus à ARN simple brin de polarité négative qui se réplique dans le noyau des cellules infectées. Son génome se compose de huit segments d'ARN viral (ARNv). Chaque segment est recouvert de multiples copies de nucléoprotéines virales (NP). Chacune des extrémités strictement conservées 3' et 5' des huit segments d'ARNv interagit avec une ARN-polymérase ARN-dépendante. Le complexe entre l'ARNv, NP et l'ARN-polymérase ARN-dépendante forme une particule appelée ribonucléoprotéine (RNP) constituant l'entité fonctionnelle pour la réplication du génome viral et sa transcription en ARN messagers. Dans le contexte de la RNP, ces deux processus sont assurés par l'ARN-polymérase ARN-dépendante formée de trois protéines (PA, PB1 et PB2). L'ARN-polymérase du virus influenza A fait l'objet de nombreuses études. Son étude structurale se heurte à la difficulté d'obtenir ce complexe hétérotrimérique sous forme soluble et en grande quantité, deux conditions qu'impose la biologie structurale. Ainsi, durant les huit dernières années, les données structurales à l'échelle atomique n'ont été obtenues que sur des domaines isolés de l'ARN-polymérase laissant l'essentiel de la structure de PB1 inconnue. Pour contourner ce problème, une nouvelle stratégie s'appuyant sur le système d'expression en cellules d'insecte infectées par baculovirus a été développée. Cette stratégie a permis la production d'une forme tronquée de l'ARN-polymérase du virus influenza de type A qui a été étudiée d'un point de vue structural et fonctionnel. Plusieurs reconstructions en trois dimensions ont été obtenues par microscopie électronique et une structure cristalline à faible résolution (7,7 Å) a pu être résolue. Les études fonctionnelles se sont axées sur les activités portées par l'hétérotrimère tronqué et un accent particulier a été mis sur l'étude des interactions avec l'ARN. Les informations sur les activités catalytiques obtenues in vitro ont mis en évidence un rôle clef de certains ions métalliques. Afin de connaitre l'environnement en ions métalliques et cibler leur rôle à l'échelle cellulaire, leur distribution dans la cellule infectée par le virus influenza A a été étudiée par microscopie rayons-X. Cet aspect de l'infection étant très peu documenté, cette étude s'inscrit dans une démarche originale et a offert l'opportunité d'intégrer les données biochimiques et biophysiques à l'échelle de la cellule entière. / Influenza A virus is a negative single stranded RNA virus that replicates in the nucleus of infected cells. Its genome contains eight single stranded negative-sense RNA segments (vRNA) covered by the viral nucleoprotein (NP). The highly conserved 3' and 5' ends of the vRNA are bound to the RNA-dependent RNA-polymerase (RdRp) which consists of three subunits, PA, PB1 and PB2. The complex between vRNA, NP and the RdRp forms a particle called ribonucleoprotein (RNP). The RNP acts as an independent molecular machine for transcription and replication in the nucleus. Within the context of the RNP, these two processes are mediated by the RdRp. The influenza A RdRp complex has been remarkably intractable to structural analysis and in the last eight years, crystal structures of independent domains covering roughly half of the heterotrimeric RdRp have been determined. In addition, electron microscopy reconstructions have described the RdRp. Nonetheless, a complete model characterizing the RdRp as a whole is still lacking. To overcome this issue, a new strategy has been developed to obtain the RdRp heterotrimeric complex using the baculovirus infected cells expression system. This method has produced a truncated form of the flu A RdRp which has been studied from a structural and functional point of view. Several three-dimensional reconstructions by electron microscopy have been obtained and a crystal structure at low resolution (7,7 Å) has been solved. Functional studies focused on the activities carried by the truncated RdRp and a particular emphasis was placed on the study of the interactions with RNA. In vitro functional data showed highly metal ion-dependent activities. To know more about the subcellular metal context, metallic ions distribution in influenza A infected cells has been studied by X-ray microscopy giving the opportunity to integrate biochemical and biophysical data in the context of the whole cell.

L'objectif de cette thèse est d'explorer l'inflammation et l'infection au niveau du transcriptome, à l'aide de la technologie des puces à ADN. Pour cela, nous avons dans un premier temps travaillé sur des données publiques. Nous avons construit une base de données de signatures transcriptionnelles annotées, et développé un logiciel modulaire d'analyse. Ce logiciel permet d'explorer aisément les données publiques en effectuant des recherches par nom de gène ou par mots-clés. Nous avons ensuite exploré la modulation temporelle de l'expression des gènes du parenchyme pulmonaire dans un modèle murin d'inflammation aiguë par injection d'acide oléique. Dans un second modèle murin d'infection par Coxiella burnetii, nous avons analysé le rôle du sexe dans la modulation de la réponse transcriptionnelle hépatique, et identifié des voies métaboliques impliquées dans le contrôle de l'infection. Dans un troisième modèle in-vitro d'infection par différentes souches du virus de la grippe, nous avons identifié une signature transcriptionnelle commune de réponse à l'infection. Par une approche bio-informatique originale, cette signature a conduit à l'identification de nouveaux anti-viraux à large spectre, dont l'efficacité a été démontrée in-vitro sur les souches utilisées pour l'analyse, et sur la souche H1N1, responsable de la dernière pandémie grippale. Enfin, nous avons analysé les modulations du transcriptome lors de pneumonies associées à la ventilation mécanique compliquant l'évolution de sujets traumatisés graves admis en réanimation. / The goal of this PhD is to explore inflammation and infection at the transcriptome level, using DNA microarrays. In order to do so, we first analyzed public data. We built a database with annotated transcriptional signatures and developed a modular analysis software to query this database. This software allows to easily explore public data with requests based on gene names or annotation keywords. We then explored the temporal modulation of lung gene expression following oleic acid injection in a murine model. In a second murine model of infection with Coxiella burnetii, we analyzed the influence of sex-related modulation in the hepatic transcriptional response after infection and identified several pathways implicated in the control of infection. In a third model of in-vitro infection with various Influenza virus strains, we identified a shared transcriptional signature in response to cell infection. Using an original in-silico methodology, this signature allowed us to identify new broad-spectrum antivirals. Efficacy of these molecules was demonstrated in-vitro against the strains used to define the signature, and also against the new pandemic H1N1 SOIV strain. Finally, we analyzed the transcriptional modulation occurring in whole blood samples from trauma patients hospitalized in intensive care unit, and whose evolution was complicated with ventilator-associated pneumonia.

La grippe est une maladie respiratoire aigüe, due à une infection par des virus influenza et qui représente un problème important de santé publique. Une meilleure compréhension des interactions entre le virus influenza et son hôte nous permettra de mieux comprendre la physiopathologie de l'infection grippale, et donc, à terme, de mieux se protéger contre la maladie. La morbidité et la mortalité, causées par les infections grippales sévères, sont associées à une dérégulation de la réponse immunitaire, au niveau pulmonaire. Cette inflammation délétère serait à l'origine de dommages collatéraux du poumon, entrainant une diminution de la capacité respiratoire du patient. Bien que les mécanismes impliqués ne soient pas totalement élucidés, de récents travaux mettent en évidence un rôle central des cellules endothéliales dans la dérégulation de la réponse de l'hôte face à l'infection grippale. Lors d'une agression de l'endothélium, le processus physiologique de l'hémostase (activation plaquettaire, coagulation et fibrinolyse) s'active afin de permettre la cicatrisation de la plaie et de maintenir l'intégrité des vaisseaux sanguins. Dans de nombreuses maladies inflammatoires, la seule dérégulation de l'hémostase est directement liée à une réponse inflammatoire délétère. Lors de ma thèse, nous avons émis l'hypothèse que l'hémostase pouvait être à l'origine de la dérégulation inflammatoire durant les infections grippales. Nos données montrent le rôle de deux facteurs fortement impliqués dans l'hémostase : le récepteur activé par la thrombine, PAR-1 (Protease Activated Receptor J) ainsi que le plasminogène, dans l'inflammation délétère des poumons et dans la pathogénicité des virus influenza. Outre le rôle de l'hémostase, nous avons également pu mettre en évidence que le virus influenza incorpore des protéines cellulaires dans l'enveloppe virale, lui permettant d'échapper au système immunitaire, ce qui pourrait aussi contribuer à la dérégulation de la réponse de l'hôte. L'ensemble des résultats obtenus ont permis de mieux comprendre les mécanismes à l'origine d'une réponse immunitaire dérégulée dans les infections grippales et de proposer de nouvelles cibles thérapeutiques pour lutter contre la maladie / Influenza is an acute respiratory disease caused by infection with influenza virus and is a major public health problem. A better understanding of the interaction between influenza virus and host allow us to better understand the pathophysiology of influenza infection, and thus, ultimately, to better protect themselves against the disease. Morbidity and mortality caused by severe influenza infections are associated with dysregulation of the immune response in the lung. This deleterious inflammation is the cause of lung collateral damage, causing a decrease in the patient's breathing capacity. Although the mechanisms involved are not fully understood, recent studies point to a central role of endothelial cells in the deregulation of the host response to influenza infection. During endothelium aggression, the physiological process of hemostasis (platelet activation, coagulation and fibrinolysis) is activated in order to allow wound healing and to maintain the integrity of blood vessels. In many inflammatory diseases, the only dysregulation of hemostasis is directly linked to a deleterious inflammatory response. During my thesis, we hypothesized that hemostasis could be the cause of the inflammatory dysregulation during influenza infections. Our data show the role of two factors strongly involved in hemostasis: the thrombin activated receptor, PAR-1 (protease activated receptor 1) and plasminogen, in the deleterious lung inflammation and in the pathogenicity of influenza virus. Besides the role of hemostasis, we have also been able to show that the influenza virus incorporates cellular proteins in the viral envelope, allowing it to evade the immune system, which could also contribute to the deregulation of the host response. All the results obtained allowed to better understand the mechanisms involved in immune response dysregulation during influenza infection and suggest new therapeutic targets to fight against the disease

L'augmentation de la taille des jeux de données est une problématique croissante en épidémiologie. La cohorte CoPanFlu-France (1450 sujets), proposant une étude du risque d'infection par la grippe H1N1pdm comme une combinaison de facteurs très divers en est un exemple. Les méthodes statistiques usuelles (e.g. les régressions) pour explorer des associations sont limitées dans ce contexte. Nous comparons l'apport de méthodes exploratoires data-driven à celui de méthodes hypothesis-driven.Une première approche data-driven a été utilisée, évaluant la capacité à détecter des facteurs de l'infection de deux méthodes de data mining, les forêts aléatoires et les arbres de régression boostés, de la méthodologie " régressions univariées/régression multivariée" et de la régression logistique LASSO, effectuant une sélection des variables importantes. Une approche par simulation a permis d'évaluer les taux de vrais et de faux positifs de ces méthodes. Nous avons ensuite réalisé une étude causale hypothesis-driven du risque d'infection, avec un modèle d'équations structurelles (SEM) à variables latentes, pour étudier des facteurs très divers, leur impact relatif sur l'infection ainsi que leurs relations éventuelles. Cette thèse montre la nécessité de considérer de nouvelles approches statistiques pour l'analyse des grands jeux de données en épidémiologie. Le data mining et le LASSO sont des alternatives crédibles aux outils conventionnels pour la recherche d'associations. Les SEM permettent l'intégration de variables décrivant différentes dimensions et la modélisation explicite de leurs relations, et sont dès lors d'un intérêt majeur dans une étude multidisciplinaire comme CoPanFlu. / The increasing size of datasets is a growing issue in epidemiology. The CoPanFlu-France cohort(1450 subjects), intended to study H1N1 pandemic influenza infection risk as a combination of biolo-gical, environmental, socio-demographic and behavioral factors, and in which hundreds of covariatesare collected for each patient, is a good example. The statistical methods usually employed to exploreassociations have many limits in this context. We compare the contribution of data-driven exploratorymethods, assuming the absence of a priori hypotheses, to hypothesis-driven methods, requiring thedevelopment of preliminary hypotheses.Firstly a data-driven study is presented, assessing the ability to detect influenza infection determi-nants of two data mining methods, the random forests (RF) and the boosted regression trees (BRT), ofthe conventional logistic regression framework (Univariate Followed by Multivariate Logistic Regres-sion - UFMLR) and of the Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO), with penaltyin multivariate logistic regression to achieve a sparse selection of covariates. A simulation approachwas used to estimate the True (TPR) and False (FPR) Positive Rates associated with these methods.Between three and twenty-four determinants of infection were identified, the pre-epidemic antibodytiter being the unique covariate selected with all methods. The mean TPR were the highest for RF(85%) and BRT (80%), followed by the LASSO (up to 78%), while the UFMLR methodology wasinefficient (below 50%). A slight increase of alpha risk (mean FPR up to 9%) was observed for logisticregression-based models, LASSO included, while the mean FPR was 4% for the data-mining methods.Secondly, we propose a hypothesis-driven causal analysis of the infection risk, with a structural-equation model (SEM). We exploited the SEM specificity of modeling latent variables to study verydiverse factors, their relative impact on the infection, as well as their eventual relationships. Only thelatent variables describing host susceptibility (modeled by the pre-epidemic antibody titer) and com-pliance with preventive behaviors were directly associated with infection. The behavioral factors des-cribing risk perception and preventive measures perception positively influenced compliance with pre-ventive behaviors. The intensity (number and duration) of social contacts was not associated with theinfection.This thesis shows the necessity of considering novel statistical approaches for the analysis of largedatasets in epidemiology. Data mining and LASSO are credible alternatives to the tools generally usedto explore associations with a high number of variables. SEM allows the integration of variables des-cribing diverse dimensions and the explicit modeling of their relationships ; these models are thereforeof major interest in a multidisciplinary study as CoPanFlu.

Le titre sérique d'anticorps anti-hémagglutinine (HA) est reconnu comme corrélat de la protection à l'infection grippale. Cette thèse examine le rôle du titre d'anticorps HA comme corrélat de protection dans le contexte d'une seule infection, puis considère l'effet des expositions répétées sur la réponse immunitaire.Premièrement, l'association entre l'infection grippale par le virus A(H1N1)pdm09 et 167 variables a été explorée. Cette étude montre l'interaction complexe de facteurs qui influent sur le risque d'infection: les titres d'anticorps pré-épidémiques sont protecteurs, mais des facteurs tels que les comportements collectifs peuvent avoir un rôle important. Deux travaux réalisés dans le cadre de ce projet de thèse se basent sur les sérologies d'une cohorte française. Nous avons trouvé un association entre le titre d'anticorps dirigés contre le virus circulant 2007 A(H1N1) et le risque d'infection, la protection associée à ce titre variant avec l'âge. Une étude sur l'évolution du titre d'anticorps montre que celui-ci peut rester élevé jusqu'à deux ans après l'infection. Afin d'étudier les conséquences des expositions aux virus grippaux, nous avons modélisé les titres d'anticorps en fonction de l'âge des sujets lors de la circulation initiale de virus: la réponse immunitaire la plus importante concernant les souches A(H1N1) auxquelles les sujets ont été exposés pendant l'enfance. Ces études soutiennent l'utilisation du titre d’anticorps comme corrélat immunitaire de protection et suggèrent que d'autres facteurs peuvent influencer l'immunité anti-grippale. L'interprétation de la sérologie et les sérologiques d'homologation du vaccin devraient être indépendants de l'âge. / Hemagglutination inhibition (HI) antibody titer is widely recognized as the main immune correlate of protection against influenza infection. This thesis examines the role of HI titer as a correlate of protection in the context of a single infection, and then considers the effect of repeated exposures on the immune response.HI titer was first studied among 167 covariates in an exploratory analysis to identify determinants of A(H1N1)pdm09 infection using data from a cohort of 601 households representative of the general population. This study shows the complex interaction of factors influencing risk of infection; results suggest that pre-epidemic HI titers are protective and factors such as collective behaviors may also have an important role.Two studies were based on data from a cohort investigating determinants of recurrent influenza infection. The relationship between HI titer and protection against natural seasonal 2007 A(H1N1) infection was explored; the age-adjusted model suggests differences in the HI protection curve according to age group. Longitudinal analysis suggests that recent seasonal infection may have protected against A(H1N1)pdm09 infection. We also investigated the effects of repeated influenza exposures on HI titer: our results show evidence of a strong immune response to A(H1N1) strains circulating in early childhood. These studies support the use of HI titer as the main immune correlate of protection against influenza infection and suggest that other factors may have influence on immunity to infection. Age should be considered in interpretation of serology and serological criteria for influenza vaccine licensure.

Cette étude vise à estimer le risque d'hospitalisation lié à l'influenza chez les femmes enceintes du Québec durant trois périodes d'influenza saisonnière (2006-2007, 2007-2008 et 2008-2009) et pendant la période d'influenza pandémique de 2009. Il existe un lien significatif entre l'intensité de l'activité du virus de l'influenza pendant les périodes d'influenza saisonnière et de pics pandémiques et les hospitalisations pour infections respiratoires liées à l'influenza des femmes enceintes au troisième trimestre de grossesse. Ces résultats n'appuient pas la recommandation de vacciner les femmes enceintes contre l'influenza au premier ou au deuxième trimestre de la grossesse. Les conclusions de cette étude se basent sur de critères de substitution de la grippe plutôt que la grippe confirmée en laboratoire. Un suivi prospectif avec confirmation de laboratoire pourrait réaffirmer le fardeau de la maladie estimé dans la présente étude.

Problématique : La grippe est une maladie infectieuse virale survenant chaque année. Elle impose une énorme charge financière aux systèmes de santé et à la société dans son ensemble. L'estimation du coût associé au séjour à l'urgence est un processus complexe donnant des résultats incertains et imprécis. Objectif : Le but de cette étude est d'évaluer le coût moyen d'un séjour à l'urgence de patients ambulatoires (c.-à-d. ne requérant pas d'observation sur une civière d'urgence) présentant un syndrome d'allure grippale (SAG). Méthodologie : L'analyse de coûts que j'ai entrepris dans ce projet est basée sur une cohorte rétrospective de patients. Cette étude a été réalisée à partir des données du coût par parcours de soins et de services (CPSS) qui m'ont été fournies par la Direction de la performance clinique et organisationnelle du CHU de Québec - Université Laval. J'ai utilisé deux méthodes pour estimer les coûts des urgences : la méthode du CPSS et la méthode du coût des activités de soins en fonction de leur durée (CASD). L'analyse de coûts a suivi les recommandations de l'Agence canadienne des médicaments et des technologies de la santé. J'ai appliqué le test des rangs signés de Wilcoxon pour étudier la différence de la médiane des coûts du CASD et du CPSS. J'ai aussi tracé le graphique de Bland-Altman pour représenter et décrire visuellement la concordance entre les deux méthodes. Résultats : Le coût moyen d'une visite à l'urgence est de 103,03 $ selon la méthode CPSS alors que le coût moyen selon le CASD est de 31,54 $. La différence de coût entre le CPSS et le CASD varie entre 64,55 $ et 245,32 $, avec une différence moyenne de 71,49 $ et une différence médiane de 64,93 $ (valeur p du test des rangs signés de Wilcoxon < 0,0001). Le graphique de Bland-Altman montre que le coût moyen du CPSS est systématiquement supérieur au coût moyen du CASD. Conclusion : Nos résultats démontrent que le coût moyen de la visite aux urgences varie considérablement en fonction de la méthode de calcul des coûts utilisée. / Background: Influenza is an infectious viral disease that occurs every year. It imposes an enormous financial burden on health care systems and society as a whole. Estimating the cost associated with an emergency department (ED) visit is a complex process with uncertain and imprecise results. Objective: The purpose of this study is to estimate the average cost of an ED visit for ambulatory patients (i.e., not requiring observation on an emergency stretcher) with influenza-like illness. Methodology: The cost analysis that we undertook in this project is based on a retrospective cohort of patients. This study was conducted using cost per care and service pathway (CCSP) data provided to us by the Clinical and Organizational Performance Department of the CHU de Québec - Université Laval. We used two methods to estimate emergency department costs: the CCSP method and the Time-Driven Activity-Based Costing (TDABC) method. All costs were aggregated per patient and per resource as recommended by the Canadian Agency for Drugs and Technologies in Health. We applied the Wilcoxon signed-rank test to examine the difference in median TDABC and CCSP costs. The Bland-Altman plot was also used to visually represent and describe the concordance between the two methods. Results: The average cost of an ED visit was $103.03 using the CCSP method, and $31.54 using the TDABC. The cost difference between CCSP and TDABC varies between $64.55 and $245.32 with an average difference of $71.49 and a median difference of $64.93 (p-value for Wilcoxon signed-rank test <0.0001). The Bland-Altman plot shows that the average cost of the CCSP was systematically higher than the average cost of the TDABC. Conclusion: The average cost of an ED visit varied considerably depending on the costing method used.