Thèse ou mémoire avec insertion d'articles. / Le virus de l'hépatite E (HEV) provoque des cas sporadiques d'hépatite aiguë dans les pays industrialisés par le biais d'une transmission zoonotique via l'alimentation. Les porcs et plusieurs espèces animales de la faune sauvages ont été identifiés comme hôtes du HEV. La principale source de transmission du HEV à l'humain est la consommation de viande de porc crue ou insuffisamment cuite. Une autre voie potentielle d'exposition pourrait être la consommation de baies, cultivées en plein champs, dans des zones à proximité d'animaux sauvages infectés par le HEV. En effet, les fèces animales infectés contamineraient l'environnement et les fruits par contact direct. Toutefois, les données quantitatives sur la présence du HEV dans les aliments produits au Canada sont limitées. Le but du projet a donc été d'évaluer le niveau de contamination par le HEV dans des bleuets et des produits à base de foie de porc vendus dans deux provinces du Canada. Pour ce faire, 150 échantillons de bleuets ont été récoltés au Québec et au Nouveau-Brunswick. Pour les produits carnés, 83 échantillons de pâtés de foie de porc et 79 échantillons de foies de porc crus ont été collectés uniquement au Québec. La présence ou l'absence de HEV a été déterminée par détection moléculaire. Parmi les 150 échantillons de bleuets testés, aucun n'a été détecté positif au HEV. En revanche, concernant les pâtés de foie de porc et foies de porc crus, de l'ARN de HEV a été trouvé dans respectivement 29 % (24/83) et 4 % (3/79) des échantillons testés. Ces résultats suggèrent que (1) le risque de contamination des bleuets canadiens par le HEV semble être faible et ainsi, que le risque de transmission du HEV aux humains par l'ingestion de bleuets contaminés est probablement minime, (2) l'ARN du HEV peut être retrouvé dans des produits à base de foie de porc vendus dans les épiceries québécoises et potentiellement conduire à une infection par le HEV chez les consommateurs., voire à des formes graves chez les sujets à risque. Les résultats mis en avant dans ce projet incite à mener des études de prévalence plus larges et à surveiller le HEV dans certains produits alimentaires. / The hepatitis E virus (HEV) causes sporadic acute hepatic cases in industrialized countries through a zoonotic transmission and foodborne origin. Pigs and wild animals have been characterized as HEV-hosts. The main source of transmission of HEV to humans is the consumption of raw or undercooked pork products. Another possible route of transmission could be the presence of wild animals carrying the virus in berry fields. They would contaminate the environment and fruit by direct contact with their infected feces. However, quantitative data on the presence of HEV in Canadian food is limited. The aim of this project was to assess the level of HEV contamination in blueberries and pork liver products sold in two provinces of Canada. To do so, 150 blueberry samples were collected in Quebec and New Brunswick. For meat products, 83 samples of pork liver pâtés and 79 samples of raw pork livers were collected in Quebec only. The presence or absence of HEV was determined by molecular detection. Out of the 150 tested blueberry samples, none showed HEV detection. In contrast, 29 % (24/83) pork liver pâtés and 4 % (3/79) raw pork livers were found positive for HEV RNA. These results suggest that (1) the risk of HEV contamination of Canadian blueberries appears to be low and thus the risk of transmission of HEV to humans through ingestion of contaminated blueberries is likely to be minimal, (2) HEV RNA can be found in pork liver products sold in Quebec grocery stores and potentially lead to HEV infection in consumers and even severe forms in at-risk individuals. The results highlighted in this project encourage larger prevalence studies and monitoring of HEV in certain food products.

Le virus de l‘hépatite E (VHE) est endémique mondialement. Dans les pays en voie de développement, le VHE est une cause majeure d'hépatite aiguë et l'hépatite E est une maladie du péril fécal, transmise par la consommation d'eau contaminée. Le taux de mortalité de l'hépatite E aiguë en situation d'épidémie est estimé entre 0,2 et 4%. Dans les pays développés, l'hépatite E d'origine autochtone a émergé au début du XXIème siècle et un réservoir porcin à l'origine de transmissions zoonotiques du VHE a été établi. En 2008, pour la première fois, des formes chroniques de l'hépatite E ont été décrites révélant que le VHE était également une cause d'hépatite chronique et de cirrhose. Ces nouvelles formes d'hépatite E ont été rapportées chez des patients immunodéprimés pour transplantation d'organes solides, par le virus de l'immunodéficience humaine ou par des hémopathies malignes ou les traitements de ces hémopathies. Les travaux de cette Thèse ont eu pour objectifs de décrire les aspects cliniques puis épidémiologiques de l'hépatite E, d'étudier certains aspects immunologiques de l'hôte et certains aspects virologiques des VHE dans le but de comprendre les mécanismes conduisant au développement d'une hépatite E chronique dans la population des patients transplantés d'un rein suivis au CHU de Marseille. Nous avons décrit dans une étude rétrospective les caractéristiques et l'histoire naturelle de 16 infections autochtones diagnostiquées devant une hépatite inexpliquée. Nous avons décrit une évolution majoritairement chronique de l'hépatite E et son potentiel cirrhogène. / Hepatitis E virus (HEV) is endemic worldwide. In developing countries, HEV is a major cause of acute hepatitis and hepatitis E is a disease transmitted by the faecal-oral route through contaminated water. The estimated mortality rate of acute hepatitis E in the setting of outbreaks ranges from 0.2 to 4%. In developed countries, hepatitis E of autochthonous origin emerged at the beginning of twenty-first century and a porcine reservoir for HEV has been established that is a source for zoonotic transmission. In 2008, for the first time, chronic forms of hepatitis E have been reported showing that HEV was also a cause of chronic hepatitis and cirrhosis. These new forms of hepatitis E have been reported in immunocompromised patients due to solid organ transplantation, infection by human immunodeficiency virus, hematological malignancies or treatment of these malignancies. The objectives of this Thesis have been to describe the clinical and epidemiological features of hepatitis E, to examine some immunological aspects of the host and some virological aspects of HEV in order to understand the mechanisms leading to the development of chronic hepatitis E in the population of kidney transplant recipients followed at the University Hospital of Marseille. In a retrospective study, we described the characteristics and natural history of 16 HEV infections diagnosed in patients presenting with unexplained hepatitis. We described that hepatitis E progressed the most frequently towards chronicity and possibly towards liver cirrhosis. We showed that after dose reduction of immunosuppressants, more than half of the chronic infections resolved.

Les hépatites B (VHB) et C (VHC) constituent un problème de santé publique, particulièrement dans les pays à faible ou moyen revenu. Au Mali, Afrique de l'Ouest, peu de données existent sur la prévalence de la co-infection par ces hépatites et le Virus de l'Immunodéficience Humaine (VIH) chez les groupes vulnérables comme les travailleuses du sexe (TS). Cette étude transversale conduite à Bamako (ville principale du Mali), chez 400 TS (200 VIH+ et 200 VIH-) avait pour but de déterminer la prévalence et les facteurs associés à l'antigène HBs d'une part et aux anticorps anti-VHC d'autre part. Un questionnaire a été administré, des prélèvements sanguins et un auto-prélèvement vaginal ont été effectués. Les prévalences ont été présentées selon le statut par rapport au VIH avec un intervalle de confiance (IC) à 95% et la régression logistique multivariée a été utilisée pour les mesures d'association. La prévalence de l'antigène HBs et des anticorps anti-VHC étaient, respectivement, de 6,5% et 4,5 % chez les VIH+ et 8,5 % et 6,0 % chez les VIH-. En analyses multivariées, l'âge au premier rapport sexuel payant (moins de 18 ans) et la présence d'anti-VHC étaient fortement associés au VHB (Rapport de Cote ajusté [RCa]; Intervalle de Confiance à 95% [IC95%] : 3,3; 1,24, 8,63) et 3,7; 1,21, 11,54, respectivement). Seul, l'antigène HBs était associé aux anticorps anti-VHC (RCa; IC95% : 4,1; 1,29, 12,56). La fréquence relativement élevée des hépatites virales B et C chez les TS vivant ou non avec le VIH au Mali nécessiterait un programme de prévention mieux adapté à leur condition de vie et de travail. / Hepatitis B (HBV) and C (HCV) are a public health problem, particularly in low- and middle-income countries. In Mali, West Africa, few data exist on the prevalence of co-infection with these hepatitis and Human Immunodeficiency Virus (HIV) among vulnerable groups such as female sex workers (FSWs). This cross-sectional study conducted in Bamako (main city of Mali), among 400 FSWs (200 HIV+ and 200 HIV-) aimed to determine the prevalence and factors associated with HBs antigen on one hand and HCV antibodies on the other. A questionnaire was administered, blood samples were taken and a vaginal self-sample was collected. Prevalences are presented according to HIV status with 95% Confidence Intervals (CI) and multivariate logistic regression was used for measures of association. The prevalence of HBsAg and HCV antibodies were 6.5% and 4.5% in HIV+ and 8.5% and 6.0% in HIV- women, respectively. In multivariate analyses, age at first sexual intercourse (less than 18 years) and presence of anti-HCV were strongly associated with HBV (adjusted Odds Ratio [aOR]; 95%[CI]: 3.3; 1.24, 8.63 and 3.7; 1.21, 11.54, respectively). Only HBsAg was associated with HCV antibodies (aOR; 95%CI: 4.1; 1.29, 12.56). The relatively high frequency of viral hepatitis B and C among FSWs living with or without HIV in Mali would require a targeted prevention programme.

La lutte pour les ressources est un phénomène qui a débuté dès l'apparition d'organismes reproductifs et dont la description a été initiée par Malthus puis remarquablement synthétisée et étendue à la biologie sous le terme d'évolution par Darwin en 1859 dans « De l'origine des espèces ». Si le concept est ancien à l'échelle des sciences biologiques, il continue à caractériser des domaines à l'époque insoupçonnés par son auteur tels que la virologie. En effet, les virus hautement variables tels que le virus de l'immunodéficience humaine (VIH), de l'hépatite B (VHB) et de l'hépatite C (VHC) sont présents sous forme de quasi espèce au sein de leur environnement réplicatif, c'est à dire qu'une multitude de virus génétiquement proche mais distincts coexistent au sein de cet espace qu'ils doivent partager selon les mêmes règles générales que les êtres vivants. Ainsi, lorsque des pressions de sélection s'exercent (immunitaires, antivirales…), une redistribution des variants majoritaires est observé au bénéfice de variants minoritaires mieux adaptés à cet environnement changeant. La modélisation mathématique et informatique de la capacité mutationnelle et la dynamique d'adaptation des variants minoritaires au travers de 6 études de cohortes de patients infectés, par la technique ultra-sensible de pyroséquençage haut débit associée à des logiciels originaux ont permis de mettre en évidence, caractériser et évaluer l'impact de marqueurs diagnostics permettant de prédire la résistance aux antiviraux mais aussi de caractériser de nouvelles cibles antivirales. / Struggle for resources is a worldwide rule which has been first described by Malthus and extended to whole world of living organisms by Darwin in 1859 in “Origin of species”. Today, this concept has been enlarged to virological field, and is particularly adapted to describe highly variable viruses like Human Immunodeficiency Virus (HIV), Hepatitis B Virus (HBV) and Hepatitis C Virus (HCV) which have a quasispecies distribution in infected patients characterized by the co-existence of a number of distinct but related viral populations. Selection pressure on viral replicative environment (immune, antiviral drug treatment…), generally lead to a redistribution of the viral quasispecies with an increasing of the best adapted minor viral variants at the expense of major viral populations. Mathematical and bioinformatic modelization of this phenomenon through 6 infected patients cohorts by means of ultra-deep sequencing and an original bioinformatic package allowed discovery, characterization and evaluation of new diagnostic markers that could be used to prevent resistance emergence to antiviral drugs and to characterized new therapeutics antiviral targets.

La lutte pour les ressources est un phénomène qui a débuté dès l'apparition d'organismes reproductifs et dont la description a été initiée par Malthus puis remarquablement synthétisée et étendue à la biologie sous le terme d'évolution par Darwin en 1859 dans " De l'origine des espèces ". Si le concept est ancien à l'échelle des sciences biologiques, il continue à caractériser des domaines à l'époque insoupçonnés par son auteur tels que la virologie. En effet, les virus hautement variables tels que le virus de l'immunodéficience humaine (VIH), de l'hépatite B (VHB) et de l'hépatite C (VHC) sont présents sous forme de quasi espèce au sein de leur environnement réplicatif, c'est à dire qu'une multitude de virus génétiquement proche mais distincts coexistent au sein de cet espace qu'ils doivent partager selon les mêmes règles générales que les êtres vivants. Ainsi, lorsque des pressions de sélection s'exercent (immunitaires, antivirales...), une redistribution des variants majoritaires est observé au bénéfice de variants minoritaires mieux adaptés à cet environnement changeant. La modélisation mathématique et informatique de la capacité mutationnelle et la dynamique d'adaptation des variants minoritaires au travers de 6 études de cohortes de patients infectés, par la technique ultra-sensible de pyroséquençage haut débit associée à des logiciels originaux ont permis de mettre en évidence, caractériser et évaluer l'impact de marqueurs diagnostics permettant de prédire la résistance aux antiviraux mais aussi de caractériser de nouvelles cibles antivirales.

La découverte d’adjuvants de vaccination est en pleine expansion dans un contexte règlementaire de plus en plus strict. L’objectif de ce travail de thèse a été de proposer un adjuvant hautement caractérisé de la famille de la lysophosphatidylcholine (LPC) pour un développement clinique. Il avait été précédemment montré que la LPC d’oeuf de poule présentait des propriétés adjuvantes in vitro et in Vivo. Cependant, il s’agit d’un mélange hétérogène d’espèces moléculaires de LPC peu exploitable en clinique. Nous avons donc cherché à 1/ cribler in vitro 5 différentes espèces moléculaires de LPC ayant des activités adjuvantes, et 2/ évaluer chez la souris l’aptitude des molécules sélectionnées à induire des réponses humorales et cellulaires.Deux candidats, les LPC C16 :0 et C18 :0, induisent in vitro la maturation de cellules dendritiques humaines caractérisée par l’augmentation de l’expression des marqueurs de surface, la production de chimiokines pro-Th1 et l’engagement vers un profil Th1 de lymphocytes T CD4+. Chez la souris, l’injection i. v. des candidats induit une réponse inflammatoire transitoire et modérée au profil Th2 (IL-5, IL-6). De plus, ces espèces induisen une réponse humorale spécifique contre 3 antigènes viraux après injection s. c. ou i. m. (NS3du VHC, HBsAg du VHB et gp120 du VIH), proche de celle obtenue avec l’alun et à des doses faibles supposées non toxiques. Dans ces modèles, en revanche, les LPC individuelles ne semblent pas induire de réponses cellulaires spécifiques.L’ensemble de ces résultats ouvre d’intéressantes perspectives pour l’utilisation des LPC C16 :0 et C18 :0 en tant qu’adjuvants de vaccination de réponses immunitaires humorales. / The evaluation of new vaccine adjuvants is growing fast in a stringent regulatory environment. The aim of this thesis project was to propose a highly defined adjuvant derived from the lysophosphatidylcholine (LPC) for clinical development. It has been previously shown that an egg-derived LPC has in vitro and in Vivo adjuvant features. However, it is composed of a heterogeneous mixture of molecular species of LPC, thus precluding itsclinical evaluation. Therefore, we decided to 1/ screen in vitro 5 single species of LPC fortheir adjuvant properties, and 2/ evaluate in the mouse model the ability of selected compounds to induce humoral and cellular responses.Two candidates, the C16:0- and C18:0-LPC, induce in vitro maturation of human dendritic cells as defined by an up regulation of the expression of surface markers, production of pro-Th1 chemokines, and engagement of CD4+ T lymphocytes towards a Th1 profile. Inmice, i. v. injection of both candidates triggers a transient and moderate inflammatory response with a Th2 profile (IL-5, IL-6). In addition, these species initiate specific humoral responses against 3 viral antigens following s. c. or i. m. injection (NS3 from HCV, HBsAgfrom HBV and gp120 from HIV), close to what is achieved with alum and at low doses expected to be safe in humans. In these models, however, single LPC do not mediatespecific cellular responses. Over all, these results open interesting perspectives for the single

Malgré de nombreux progrès thérapeutiques, la seule réelle option thérapeutique des malades atteints d’une cirrhose terminale ou d’hépatite aiguë fulminante est la transplantation hépatique, cependant limitée par la pénurie d’organes. De même, la prise en charge des pathologies pancréatiques aigues et chroniques consiste essentiellement en traitements supportifs et des complications.<p>La réaction inflammatoire au cours des maladies hépatiques et pancréatiques joue un rôle majeur dans l’évolution de ces maladies car elle influence la sévérité de l’affection aiguë et se complique fréquemment de fibrose et de cirrhose. <p>Les chimiokines constituent une famille de peptides possédant des propriétés chimiotactiques et activatrices sur les leucocytes, et de ce fait jouent un rôle primordial dans la réaction inflammatoire en recrutant des cellules inflammatoires vers un site lésé. Les chimiokines exercent leurs activités en se liant à une famille de récepteurs à 7 hélices transmembranaires situés sur les leucocytes. <p>Le CCR5 est un récepteur pour les chimiokines CCL3 (MIP-1α), CCL4 (MIP-1β), CCL5 (RANTES) et CCL8 (MCP-2). Le CCR5 joue un rôle important de corécepteur dans l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine. Chez l’humain, il existe une mutation relativement fréquente du CCR5, appelée CCR5Δ32, qui confère chez les patients homozygotes pour la mutation une protection presque complète contre l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine. Plus récemment, la mutation CCR5Δ32 a été rapportée comme étant associée à certaines maladies hépatiques et des traitements expérimentaux chez l’homme par inhibiteurs du CCR5 ont entraînés des cas d’hépatotoxicité sévère. De même, il a été rapporté que l’expression pancréatique de CCR5 était augmentée chez les patients atteints de pancréatite chronique. Cependant, le rôle du récepteur CCR5 et de ses ligands dans la pathogénie des maladies hépatiques et pancréatiques n’est pas connu.<p>Dans un premier temps, nous avons démontré dans un modèle expérimental d’hépatite médiée par les lymphocytes T qu’il existe une production hépatique de CCL3, CCL4 et CCL5 au cours de la maladie et que le foie des souris malades est caractérisé par une infiltration accrue de cellules CCR5+. En utilisant des souris CCR5-déficientes, nous avons ensuite montré que l’absence de CCR5 est associée à une maladie plus sévère, à une production accrue de cytokines pro-inflammatoires et des chimiokines liant le CCR5 (CCL3, CCL4 et CCL5), ainsi que par un recrutement plus important de cellules inflammatoires, particulièrement des cellules CCR1+. Nous avons ensuite montré que la production accrue des ligands du CCR5 joue un rôle important dans l’exacerbation de la maladie observée chez les souris CCR5-déficientes, puisque leur neutralisation réduit fortement la sévérité de la maladie ainsi que le recrutement hépatique de cellules inflammatoires.<p>Dans un second temps, nous avons étudié l’expression et le rôle du CCR5 et de ses ligands dans un modèle murin de pancréatite aiguë sécrétagogue, induite par des injections répétées d’un analogue de la cholécystokinine. Précocément après l’induction de la maladie, nous avons observé une augmentation de l’expression de CCL2 (MCP-1), CCL3 et CCL4 alors que l’augmentation d’expression de CCL5 est observée plus tardivement au cours de la maladie. Nous avons ensuite montré que les souris CCR5-déficientes développent une pancréatite plus sévère, ainsi qu’une production accrue de CCL2, CCL3 et CCL4, et un infiltrat inflammatoire plus marqué que les souris ‘’wild-type’’. Nous avons également montré que la production accrue de ces chimiokines joue un rôle dans l’exacerbation de la pancréatite aiguë chez les souris CCR5-déficientes. En effet, la neutralisation simultanée de ces chimiokines par des anticorps monoclonaux réduit significativement la sévérité de la maladie pancréatique chez ces souris. De même, la neutralisation simultanée des ligands du CCR5 chez des souris wild-type réduit également la sévérité de la pancréatite aiguë, suggérant un rôle de ces molécules dans la pathogénie de la pancréatite aiguë.<p>En conclusion, nous avons montré que l’absence du récepteur CCR5 augmente la susceptibilité aux maladies inflammatoires hépatiques et pancréatiques expérimentales. Le développement d’inhibiteurs du CCR5 dans l’arsenal thérapeutique contre le virus de l’immunodéficience humaine devra tenir compte de ces données, d’autant plus que des cas d’hépatotoxicité sévère ont été récemment rapportés avec certains inhibiteurs en développement et que l’association du virus de l’immunodéficience humaine avec la présence de maladies hépatiques est fréquente. Enfin, ces travaux ouvrent de nouveaux champs d’investigation au niveau de l’étude d’association du CCR5Δ32 avec les maladies inflammatoires pancréatiques et hépatiques, et des perspectives thérapeutiques ciblant CCL3, CCL4 et CCL5. <p><p><p> / Doctorat en sciences médicales / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

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