Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2007. / Submitted by Debora Freitas de Sousa (deborahera@gmail.com) on 2009-08-06T13:44:20Z No. of bitstreams: 1 Tese_WellingtonSantosSilva.pdf: 1216826 bytes, checksum: 415fcca55058632547f794078e964aa3 (MD5) / Approved for entry into archive by Tania Milca Carvalho Malheiros(tania@bce.unb.br) on 2009-08-07T13:11:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_WellingtonSantosSilva.pdf: 1216826 bytes, checksum: 415fcca55058632547f794078e964aa3 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-08-07T13:11:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_WellingtonSantosSilva.pdf: 1216826 bytes, checksum: 415fcca55058632547f794078e964aa3 (MD5) Previous issue date: 2007 / Um complexo de genes localizado no braço curto do cromossomo 11 (11p15.5) conhecido como complexo de genes da β-globina apresenta um elevado número de polimorfismos. A combinação de determinado número de polimorfismos é denominada haplótipo. Seis polimorfismos de restrição no complexo de genes da β-globina (HincII-5’ε, HindIII-Gγ, HindIII-Aγ, HincII-ψβ1, HincII-3’ψβ1 e HinfI 5’β) foram analisados em três populações do Recôncavo Baiano, sendo duas da zona urbana nos municípios de Cachoeira e Maragojipe e um quilombo na zona rural do município de Cachoeira totalizando 114 indivíduos. O estudo baseou-se principalmente na distribuição de haplótipos constituídos por cinco sítios de restrição situados a 5’do gene δ. O número de haplótipos diferentes encontrados nas populações variou de dez a treze, apresentando valores da diversidade haplotípica maiores do que o observado nas populações parentais. Os haplótipos 2 (+- - - -), 3 (- - - - +), 4 (- +- - +) e 6 (- + + - +) ligados aos cromossomos βA foram os mais comuns, e dois haplótipos privados foram encontrados na população de Maragojipe, os haplótipos 9 (- + + + +) e 14 (+ + - - +). Os Outros haplótipos identificados (1, 5, 9, 11, 12, 13, 14 e 16) apresentaram freqüências menores. Tanto a análise dos sítios de restrição quanto dos haplótipos deles derivados demonstrou homogeneidade entre as populações. Os níveis de endogamia para os haplótipos foram superiores aos dos sítios de restrição. Um grupo de trinta e dois pacientes com hemoglobinopatias foi também analisado (17 Hb.SS, 12 Hb.SC e 03 Hb.CC). Os resultados clínicos do grupo revelaram crises álgicas como a caraterística predominante, colelitíase, eosinofilia, asplenia funcional em adultos falcêmicos, trombose retiniana e úlcera cutânea de maléolo. Quarenta e cinco porcento dos pacientes Hb.SC apresentaram hepatomegalia e houve diferença siginficativa nos níveis de lactato sangüíneo entre os pacientes Hb.SC e Hb.SS, sendo maior no último grupo. A distribuição haplotípica entre as amostras e o grupo de pacientes revelou uma associação não aleatória entre os dois grupos. Os haplótipos βS predominantes foram o BEN e o CAR com freqüências de 52,9 e 32,5%, respectivamente, nos pacientes Hb.SS. Nos cromossomos βC foram observados os haplótipos tipos I e II com freqüências de 55,5 e 44,5%, respectivamente. A freqüência maior do haplótipo BEN está de acordo com os registros históricos para a população do estado da Bahia, mas difere da população de Salvador que apresentou freqüências semelhantes para os haplótipos CAR e BEN provavelmente devido a migrações internas de afro descendentes oriundos de outras regiões do País. ____________________________________________________________________________________ ABSTRACT / A cluster of globin genes is located on chromosome 11 near the β-globin gene. This region is referred to β-globin cluster region. DNA markers in the β-globin cluster region are highly variable. The combination of DNA markers observed on a particular chromosome form what is called a haplotype. Six restriction site polymorphisms in the β-globin gene cluster (HincII-5’ε, HindIII-Gγ, HindIII-Aγ, HincII-ψβ1, HincII-3’ψβ1 e HinfI 5’β) were analyzed in three populations from the Recôncavo region of Bahia, totalizing 114 individuals. Two populations were from urban zones in the cities of Cachoeira and Maragojipe and the third was an afro-descendent population from the rural zone of the city of Cachoeira. The investigation was primarily based on the analysis of haplotypes generated by five restriction sites located in the 5’region of the δ-globin gene. The number of different haplotypes found in the populations varied between ten and thirteen, which represented higher diversity values than that observed in the parental populations. The haplotypes 2 (+- - - -), 3 (- - - - +), 4 (- +- - +) and 6 (- + + - +) on the chromosomes βA were the most common and two exclusive haplotypes, 9 (- + + + +) e 14 (+ + - - +) were found in the Maragojipe’s population. The other haplotypes (1, 5, 9, 11, 12, 13, 14 e 16) presented lower frequencies. Restriction site analyses and the haplotypes derived thereafter demonstrated homogeneity between populations. The endogamy levels for haplotypes were higher than restriction sites. Additionally, a group of thirty two patients with hemoglobinopathies (17 sickle cell disease, 12 Hb.SC disease and 03 Hb.CC disease) was also analyzed. Clinical assessment of these patients demonstrated that pain crisis was the predominant trait, followed by colelitiasis, eosinophily, dysfunctional spleen in adults with sickle cell disease, retinal thrombosis and cutaneous ulcer of ankle. Forty-five percent of the patients with Hb.SC disease presented hepatomegaly and statistically significant lower levels of sanguine lactate when compared with patients with sickle cell disease. Haplotype frequencies were significantly different between the samples and the group of patients. In the sickle cell subgroup, the predominant haplotypes were BEN and CAR with frequencies of 52,9 and 32,5%, respectively. From the anthropological viewpoint it is interesting to note that the high frequency of the BEN haplotype is in accordance with the historical record for the population of the state of the Bahia. However, it differs from the population of Salvador (capital of that state), where similar frequencies for the CAR and BEN haplotypes are found, probably as a consequence of domestic slave trade and subsequent internal migrations of other regions of the Country.

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-09-01T17:47:29Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanderlei Alves Cardoso - 2016.pdf: 2005513 bytes, checksum: f02b1c68047a6e30b76b4cd7e996de8d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-05T13:05:25Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanderlei Alves Cardoso - 2016.pdf: 2005513 bytes, checksum: f02b1c68047a6e30b76b4cd7e996de8d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-05T13:05:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanderlei Alves Cardoso - 2016.pdf: 2005513 bytes, checksum: f02b1c68047a6e30b76b4cd7e996de8d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-07-15 / There are several factors that may affect the milk yield in cattle, among which the environmental characteristics and the genetic profile are the most important. The use of tools for genetic evaluation of animals, in particular the identification of SNPs, which are able to interfere with the production capacity, is being widely studied and used in animal production. In this sense, the objective of this study was to investigate the distribution of polymorphic variants of the promoter region and éxon8 in gene of growth hormone receptor (GHR) in Holstein cows in milk. They used data from lactations and milk composition in the first and second lactation of 106 cows in the municipality of Cristalina, Goiás. The blood samples were collected and the genomic material was purified (DNA). The genotypes were analyzed by PCR-FRLP technique using the AluI enzyme in the promoter region and Sspl to the exon8 of the GHR gene, respectively. For the data analysis of lactation and milk composition was performed analyses of varyance and Tukey test. Allelic frequencies of 47.64% were observed for AluI (-) and 52.36% for AluI (+) for the polymorphism of the promoter region, 49.53% for Ssp (-) and 50.47% for Ssp (+ ) for the polymorphism of exon8 of the gene. As to the genotypic frequencies, the promoter region had 12.26%, 70.76% and 16.98% for AluI genotypes (- / -), AluI (+/-) and AluI (+ / +) respectively. While the region of exon8 presented frequencies of 7.55%, 83.96% and 8.49% for genotypes Ssp (- / -), SspI (+/-), and SspI (+ / +) respectively. No statistically significant differences were found (P> 0.05) for the production and composition of milk on the effects of polymorphisms of the promoter region (AluI) and exon 8 (SspI) of the GHR gene. The composition EST and ESD were higher for SspI genotypes (- / -), but with significance level P = 0.06 and P = 0.05 respectively for EST and ESD. The interaction between the two polymorphisms and their effects on milk production and composition, no statistically significant differences were observed (P> 0.05). / Existem vários fatores que podem interferir na produção de leite em bovinos, entre os quais, as características ambientais e o perfil genético são os mais importantes. O uso de ferramentas para avaliação genética dos animais em especial a identificação de SNPs, os quais são capazes de interferir na capacidade produtiva, está sendo amplamente estudado e utilizado na produção animal. Neste sentido, o objetivo do presente trabalho foi verificar a distribuição das variantes polimórficas da região promotora e do éxon 8 no gene do Receptor do Hormônio do Crescimento (GHR) em vacas da raça Holandesa em lactação. Foram utilizados dados das lactações e composição do leite na primeira e segunda lactação de 106 vacas do município de Cristalina, Goiás. As amostras de sangue periférico foram coletadas e o material genômico foi purificado (DNA). Os genótipos foram analisados pela técnica de PCR-FRLP com o uso da enzima AluI na região promotora e SspI para o éxon 8 do gene do GHR, respectivamente. Para a análise dos dados das lactações e composição do leite foi realizada análise de variância e teste de tukey. Foram observadas frequências alélicas de 47,64% para AluI(-) e 52,36% para AluI(+), para o polimorfismo da região promotora, 49,53% para SspI(-) e 50,47% para SspI(+) para o polimorfismo do éxon 8 do gene. Quanto as frequências genotípicas, a região promotora apresentou 12,26%, 70,76% e 16,98% para os genótipos AluI(-/-), AluI(+/-) e AluI(+/+) respectivamente. Enquanto a região do éxon 8 apresentou frequências de 7,55%, 83,96% e 8,49% para os genótipos SspI(-/-),SspI(+/-) e SspI(+/+) respectivamente. Não foram encontradas diferenças estatisticamente significativas (P>0,05) para produção e composição do leite sobre o efeitos dos polimorfismos da região promotora (AluI) e éxon 8 (SspI) do gene do GHR. A composição em EST e ESD se mostraram maiores para os genótipos SspI(-/-) porem com níveis de significância P=0,06 e P=0,05 respectivamente para EST e ESD. Quanto a interação entre os dois polimorfismos e seus efeitos sobre a produção e composição do leite, não foram observadas diferenças estatisticamente significativa (P>0,05).

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:05:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6210_1.pdf: 2287524 bytes, checksum: dfca247db39ee408bfaa63d470e22ddd (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2007 / Neste trabalho foi feita a análise dos polimorfismos de 15 microssatélites do cromossomo Y (haplótipo mínimo mais locos DYS447, DYS458, DYS464) em uma amostra da população de Pernambuco, constituída por 247 indivíduos não aparentados e um banco de dados construídos apartir de haplótipos das diversas populações que historicamente participaram na composição étnica da população deste Estado. A abordagem estatística foi feita com base nas freqüências haplotípicas assumindo o modelo de mutação passo a passo (Stepwise Mutation Model - SMM). Foi possível estabelecer um modelo que se mostrou útil na determinação da contribuição genética das três principais etnias formadoras da população de Pernambuco, e também inferir o haplogrupo ao qual cada haplótipo pertence. Foi desenvolvido um método de trabalho para estabelecer relações entre as freqüências alélicas dos haplótipos e os haplogrupos com o propósito de verificar a provável origem étnica de cada indivíduo. Também possibilitou quantificar e inferir os haplogrupos a partir de haplótipos modais de referência, levando em conta as taxas de mutação por loco como fator de ponderação do prognóstico. Para isto, foi gerado um banco de dados que incorporou as informações e foram desenvolvidos algoritmos para os cálculos e interfaces de manipulação dos dados. Foram observados 247 indivíduos diferentes e identificados 183 haplótipos mínimos distintos (153 únicos). Foram estimados uma diversidade haplotípica igual a 0,9951 e um poderde diferenciação igual a 0,7409. O haplótipo mínimo mais comum ocorreu 15 vezes. Este haplótipo apresentou em Pernambuco uma freqüência superior àquelas encontradas na Europa, Portugal e das outras regiões do Brasil. O haplótipo da população africana apresentou em Pernambuco, uma freqüência maior do que o haplótipo ameríndio. O método de prognóstico se mostrou eficiente e compatível com os existentes na literatura. Como conseqüência, foi possível quantificar a contribuição de cada etnia masculina para a composição populacional de Pernambuco. A construção filogenética de árvores utilizando o algoritmo Median-Joining, ponderadas pelas taxas de mutação das pequenas repetições em tandem (STR), se mostrou bastante similar àquelas feitas utilizando as variâncias das frequencias alélicas dos locos e apresentou coerência na distribuição dos haplótipos, de acordo com os haplogrupos prognosticados

Submitted by Camila Urbano Braz null (camila_urbano@yahoo.com.br) on 2016-08-29T20:11:34Z No. of bitstreams: 1 Tese_Camila_Urbano_Braz.pdf: 2227912 bytes, checksum: 63cf8f89ad9895f8c74ed5d890e0b2f9 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-08-30T18:25:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 braz_cu_dr_jabo.pdf: 2227912 bytes, checksum: 63cf8f89ad9895f8c74ed5d890e0b2f9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-30T18:25:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 braz_cu_dr_jabo.pdf: 2227912 bytes, checksum: 63cf8f89ad9895f8c74ed5d890e0b2f9 (MD5) Previous issue date: 2016-07-29 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O mercado consumidor tem sido cada vez mais exigente quanto à qualidade da carne e, portanto, a pecuária precisa melhorar sua eficiência e fornecer produtos diferenciados, padronizados e com qualidade. Entre as características de qualidade de carne, a maciez é a que mais influencia na satisfação dos consumidores. Considerando a importância dada à maciez da carne, pesquisas têm sido desenvolvidas para melhor compreender os mecanismos relacionados à expressão fenotípica desta característica. Os estudos de genes candidatos têm possibilitado a identificação de polimorfismos que modificam as estruturas das proteínas ou ainda, que estejam em desequilíbrio de ligação com alterações funcionais no DNA. Com a automatização dos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) muitas regiões ao longo do genoma foram identificadas como responsáveis pela variação fenotípica da maciez da carne. No entanto, os marcadores SNPs podem ter baixa capacidade de identificar locos que atuam nas características quantitativas (QTL) por serem, na grande maioria, bi-alélicos e, mesmo que aconteçam mutações, as mudanças nas frequências alélicas dos SNPs podem permanecer quase inalteradas. Por outro lado, com a utilização de haplótipos, mutações tendem a causar mudanças nas frequências dos haplótipos, aumentando as chances de identificação dos QTL. Sendo assim, este estudo teve como objetivos detectar QTL e mutações causais em genes candidatos e identificar QTL por meio de uma análise de associação genômica ampla, para a característica maciez da carne em bovinos da raça Nelore, utilizando haplótipos como unidades fundamentais dos testes de associação. Foram utilizadas informações fenotípicas, genotípicas e de pedigree de animais provenientes de fazendas que integram os programas de melhoramento genético DeltaGen e PAINT. Cinquenta e dois genes candidatos foram escolhidos para serem analisados utilizando haplótipos construídos com base no desequilíbrio de ligação, utilizando 1.616 animais. Do total de haplótipos, dois foram significativos, sendo que os éxons próximos e dentro destes foram sequenciados visando buscar a mutação causal. O sequenciamento foi realizado com 298 animais e os SNPs identificados foram imputados para os 1.318 animais remanescentes. Foram realizadas análises de associação utilizando haplótipos construídos com base na metodologia de janelas sobrepostas, sendo que seus efeitos foram estimados pelo método Genomic Best Linear Unbiased Predictor (GBLUP). Os valores genéticos dos animais foram estimados para cada haplótipo e SNP e, após, as variâncias genéticas aditivas foram calculadas. Utilizando haplótipos construídos com base em janelas sobrepostas, verificou-se que o aumento do número de SNPs no haplótipo permitiu capturar maior proporção da variância genética aditiva da característica maciez da carne. Seis possíveis QTL foram identificados explicando as maiores proporções de variância genética aditiva para maciez da carne, dos quais um está no gene CAPN1 e cinco no gene ASAP1. Não houve evidências de que a mutação causal para a maciez da carne tenha sido identificada nos dois genes. Uma análise de associação genômica ampla foi realizada utilizando haplótipos construídos com base na metodologia de janelas sobrepostas de tamanhos variados. Foram utilizados nesta análise 1.405 animais genotipados com o painel Illumina Bovine HD e 1.756 animais genotipados com painel de menor densidade (70 K Neogen) e, posteriormente, imputados para o painel HD, em um total de 3.161 animais analisados. Os efeitos dos haplótipos e SNPs foram estimados pelo método GBLUP e as variâncias genética aditivas de cada haplótipo e SNP foram calculadas. Os genes NOS1AP, SUCLG1, PHLDB2 e LOC107132946 foram associados com a característica maciez da carne em bovinos da raça Nelore, por meio de análises de associação genômica ampla utilizando SNPs individuais e haplótipos. A análise utilizando SNPs identificou QTL diferentes das análises com haplótipos e, em alguns casos, SNPs apresentaram variâncias genéticas aditivas maiores do que as apresentadas pelos haplótipos. A análise que utilizou haplótipos construídos com cinco SNPs identificou mais QTL do que as análises de haplótipos construídos com sete e nove SNPs. Sugere-se que análises utilizando haplótipos, baseados em janelas sobrepostas, sejam realizadas para complementar análises de SNPs individuais em estudos de associação genômica ampla. / The consumer market has been increasingly demanding about the meat quality and therefore livestock needs to improve its efficiency and provide differentiated products, standardized and with quality. Considering the importance given to the meat tenderness, research has been undertaken to better understand the mechanisms related to the phenotypic expression of this trait. The candidate gene studies have allowed the identification of polymorphisms that change the structures of the proteins or that are in linkage disequilibrium with functional alterations in the DNA. With the advent of single nucleotide polymorphisms (SNPs) throughout many regions of the genome have been identified as responsible for phenotypic variation in meat tenderness. However, SNPs markers may have low ability to identify mutations, because SNPs are commonly bi-allelic and even when mutations have occurred, allelic frequencies can remain unaltered. On the other hand, using haplotype, mutations tend to cause major changes in haplotype frequencies, increasing the chances of identification of QTL. Thus, this study aimed to detect QTL and causal mutations by the approach of candidate genes and identify possible QTL through a genome-wide association analysis, for the trait meat tenderness in Nelore cattle using haplotypes as fundamental units of association tests. Information of the phenotypic, genotypic and pedigree were used from farms that belong to the breeding programs DeltaGen and PAINT. Fifty-two candidate genes were chosen for analysis using haplotypes constructed based on linkage disequilibrium using 1,616 animals. Two haplotypes were significant, and the exons near and within these haplotypes were sequenced to search for the causal mutation. The sequencing was performed using 298 animals and the identified SNPs were imputed for 1,318 remaining animals. Association analysis using haplotypes constructed based on the method of overlapping sliding windows were carried out and the SNPs and haplotypes effects were estimated using Genomic Best Linear Unbiased Predictor (GBLUP) method. The breeding values were estimated for each haplotype and SNPs and the additive genetic variances were calculated. Using haplotypes constructed based on overlapping sliding windows, we found that increasing the number of SNPs in the haplotype allowed to capture a greater proportion of additive genetic variance of meat tenderness. Six putative QTL were identified with the greatest additive genetic variances for meat tenderness, which one was in CAPN1 gene and five in ASAP1 gene. There was no evidence that the causal mutation for meat tenderness trait has been identified in these genes. A genome-wide association analysis was performed using haplotypes constructed based on the methodology of overlapping sliding windows of varying sizes. In this analysis, 1,405 animals genotyped with the Illumina Bovine HD panel and 1,756 genotyped animals with lower density panel (Neogen 70 K) were used and then, the genotypes of the 1,756 were imputed to the HD panel, in a total of 3,161 animals analyzed. The haplotypes and SNPs effects were estimated by the method GBLUP and the additive genetic variances were calculated for each haplotype and SNP. The NOS1AP, SUCLG1, PHLDB2 and LOC107132946 genes were associated with the meat tenderness trait in Nelore cattle through genome-wide association analysis using individual SNPs and haplotypes. The analysis using SNPs identified different QTL of the haplotype analyzes, and in some cases, the SNPs showed additive genetic variance greater than those presented by the haplotypes. The analysis used haplotypes constructed with five SNPs identified more QTL than analysis of haplotypes constructed with seven and nine SNPs. Analyzes using haplotypes based on overlapping sliding windows, should be conducted as additional analyzes for individual SNPs in genome-wide association studies. / FAPESP: 2013/00035-9

Mutações no gene HFE têm sido apontadas como um dos principais fatores para o desenvolvimento de sobrecarga de ferro, especialmente os SNPs (single nucleotide polymorphism) clássicos C282Y e H63D. A sobrecarga de ferro pode ser primária, atribuída diretamente a mutações do gene HFE (hemocromatose hereditária - HH) ou adquirida em decorrência de fatores genéticos e de comorbidades, particularmente, infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) e carcinoma hepatocelular (CHC). Desequilíbrio de ligação entre os SNPs principais do gene HFE com alelos dos genes HLA-A e HLA-B podem contribuir com alterações da função das células do sistema imunológico. Neste trabalho, sequenciamos a região codificadora do gene HFE (éxon 2, 3, 4 e 5) de pacientes que apresentam ou não sobrecarga de ferro primária ou adquirida. Assim, estudamos 130 pacientes com hepatite C, 60 pacientes com CHC, 14 pacientes com HH e 100 indivíduos saudáveis. Foram encontrados sete SNPs no gene HFE no sentido 5\' para 3\': i) H63D C>G no éxon 2 (rs1799945); ii) IVS2(+4)T>C no íntron 2 (rs2071303); iii) íntron 3 C>G (rs807209); iv) C282Y G>A no éxon 4 (rs1800562); v) íntron 4 G>A (rs2794717); vi) IVS4(-44) T>C (rs1800708); vii) no íntron 5 a deleção G>del, ainda não foi descrita na literatura. Foram realizadas as reconstruções de haplótipos da região codificadora e os haplótipos estendidos englobando o gene HFE e dez outros loci (HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1, TNFa, TNFb, TNFc, TNFd e HLA-G-14pb). Também, normatizamos a nomenclatura do gene de acordo com as regras do The International ImMunoGeneTics Information System - IMGT (http://www.imgt.org/). Diversas ferramentas foram utilizadas para avaliar a associação entre os sítios polimórficos do gene HFE com a sobrecarga de ferro, incluindo testes de associações avaliando alelos, genótipos, desequilíbrio de ligação, haplótipos e diplótipos, testes de diversidades e neutralidade. Finalmente, comparamos os SNPs do gene HFE encontrados na população saudável do presente trabalho com as diversas populações mundiais, disponíveis no sítio 1000genomes (http://www.1000genomes.org/). Os resultados demonstraram que a nossa a população estava mais próxima das populações europeias e americanas, sendo parcialmente próxima das populações africanas e distante das populações asiáticas. O alelo C282Y G, contido no haplótipo da região codificadora HFE*01:03, conferiu susceptibilidade a HH na população brasileira testada, concordando com os achados observados em outras populações mundiais. O diplótipo HFE*01:02:01:01/HFE*01:01:01:05 conferiu susceptibilidade para o desenvolvimento de sobrecarga de ferro em pacientes com CHC causado pelo HCV. Detectamos forte desequilíbrio entre os alelos H63D G e IVS2(+4) C no éxon 2 do gene HFE, e concomitantemente, desequilíbrio desses alelos com alelo HLA-B*44, aparentemente, sem associação com sobrecarga de ferro, mas com aparente origem histórica. Finalmente, o teste de diversidade encontrou diferenças apenas na amostra de HH e o teste de neutralidade não encontrou pressões seletivas na população controle do presente trabalho. Concluindo, este é o primeiro trabalho, avaliando grande segmento da região codificadora do gene HFE em diversas amostras de pacientes apresentando ou não sobrecarga de ferro e em indivíduos controle. / Mutations at the HFE gene have been identified as a major factor for the development of iron overload, especially the classical single nucleotide polymorphism (SNP) C282Y and H63D. Primary iron overload can be directly attributed to mutations in the HFE gene (hereditary hemochromatosis - HH), whereas secondary overload may be acquired due to genetic factors and comorbidities, particularly infection with hepatitis C virus (HCV) and hepatocellular carcinoma (HCC). Linkage disequilibrium between major SNPs at the HFE gene with HLA-A and HLA-B alleles may contribute to alterations in the function of immune cells. We sequenced the coding region of the HFE gene (exon 2, 3, 4 and 5) of patients exhibiting primary or secondary iron overload. Thus, we studied 130 patients with hepatitis C, 60 patients with HCC, 14 patients with HH and 100 healthy individuals. We observed seven SNPs in the HFE gene in 5 \'to 3\' sequence: i) H63D C>G at exon 2 (rs1799945); ii) IVS2(+4)T>C at intron 2 (rs2071303); iii) intron 3 C>G (rs807209); iv) C282Y G>A at exon 4 (rs1800562); v) intron 4 G>A (rs2794717); vi) IVS4(-44) T>C (rs1800708); vii) at intron 5 we detected a yet undescribed G>deletion. We performed haplotype reconstruction of the coding region and extended haplotypes comprising the HFE gene and ten other loci (HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1, TNFa, TNFb, TNFc, TNFd and HLA-G14bp). In addition, we normatized the nomenclature of the HFE gene, according to the rules of the International ImMunoGeneTics Information System - IMGT (http://www.imgt.org/). Several tools were used to evaluate the association between HFE polymorphic sites with iron overload, including tests assessing associations of alleles, genotypes, linkage disequilibrium, haplotype and diplotypes, diversity and neutrality tests. Finally, we compare the SNPs at the HFE gene observed in the healthy population with those observed in diverse worldwide populations available at the 1000genomes site (http://www.1000genomes.org/) the results showed that our population was closer to American and European populations, partially close the populations of African and distant of Asian populations. The C282Y allele G, contained in the coding region HFE * 01:03 haplotype, conferred susceptibility to HH in the Brazilian population tested, agreeing with the findings observed in other worldwide populations. The HFE*01:02:01:01/HFE* 01:01:01:05 dyplotype conferred susceptibility to the development of iron overload in patients with HCC caused by HCV. A strong linkage disequilibrium was detected between the H63D G and IVS2 (+4) C alleles in exon 2 of the HFE gene, and concomitantly, a linkage between these alleles with HLA-B*44, apparently not associated with iron overload, but with apparent historical origin. Finally, the test of diversity revealed differences only in the HH sample and the neutrality test detected no selective pressures on the control population of this study. In conclusion, this is the first study evaluating a large segment of the coding region of the HFE gene in several samples of patients exhibiting or not iron overload and in control subjects.