Na gestação, a expressão das moléculas HLA-E ocorre principalmente nos trofoblastos extravilosos da placenta e estão associados com a inibição do sistema imune resultando na imunotolerância ao feto. Esta inibição da resposta imunológica pode ser benéfica em condições fisiológicas como a gestação, mas prejudicial na vigência de tumores e infecções. Nessa condição, tem sido descrito que o HIV infecta células trofoblásticas e utiliza a molécula HLA-E como mecanismo de escape, aumentando sua expressão para inibir a atuação de células citotóxicas. Entretanto, apesar da continua exposição viral, o fato de a maioria dos recém-nascidos não serem verticalmente infectados sugere a existência de barreiras naturalmente protetoras que previnem a transmissão materno-infantil (TMI) do HIV. Frente à escassez de estudos avaliando as moléculas HLA-E na interação imunológica materno-fetal, mais especificamente na infecção do HIV-1, e à importância que este tema tem perante a prevenção da TMI, este projeto teve o objetivo de avaliar a expressão de HLA-E em tecidos placentários de mulheres infectadas ou não pelo HIV-1. Trata-se de um estudo transversal, ao qual foram submetidos ao processamento imunohistoquímico tecido placentário parafinado de 106 mulheres infectadas pelo HIV-1 e de 100 mulheres não infectadas. A expressão da molécula HLA-E foi analisada por um patologista e classificada qualitativamente como leve, moderada ou intensa e quantitativamente como negativa (<5% de marcação), 1+ (6-25%), 2+ (26-50%), 3+ (51-75%) e 4+ (>75%). Os resultados sociodemográficos apontam que as gestantes infectadas pelo HIV-1 eram mulheres não vivendo em união conjugal (p<0,0001) e com baixa escolaridade (p=0,0004). Na análise imunohistoquímica, ficou evidente que a expressão do HLA-E ocorreu principalmente na região do trofoblasto extraviloso e em células endoteliais, mas não nas vilosidades da placenta. Os testes de estatísticos utilizados foram Qui-quadrado e exato de Fisher. Os resultados mostraram que em mulheres portadoras da infecção pelo HIV-1, a expressão das moléculas HLA-E estava significantemente menor entre as que apresentavam carga viral indetectável (p=0,03), e não houve associação entre a expressão das moléculas HLA-E com outras condições como presença ou não da infecção pelo HIV, ocorrência de aborto em gestações anteriores, número de células CD4+ e terapia antirretroviral utilizada. Estes resultados sugerem que o HIV-1 induz a expressão de HLA-E em células placentárias, podendo ser utilizado como mecanismo de escape do sistema imunológico. Entretanto outros trabalhos com polimorfismos genéticos e microRNAs são necessários para ampliar o conhecimento sobre a molécula, sua atuação na infecção pelo HIV- 1 e seu papel na TMI / During pregnancy, the expression of HLA -E molecules occurs mainly in extravillous trophoblasts of the placenta and are associated with the inhibition of the immune system resulting in immune tolerance to the fetus. This inhibition of the immune response may be beneficial in physiological conditions such as pregnancy, but harmful in the presence of tumors and infections. In this condition, it has been reported that HIV infects trophoblast cells and uses the HLA -E as an escape mechanism, increasing its expression to inhibit the activity of cytotoxic cells. However, despite the continued viral exposure, the fact that most newborns are not vertically infected suggests the existence of naturally protective barriers that prevent mother to child transmission (MTCT) of HIV. Due to the lack of studies evaluating HLA-E in the maternal-fetal immunological interaction, specifically in HIV-1 infection, and the importance that this topic has towards the prevention of MTCT, this project aimed to evaluate the expression of HLA-E in placental tissues of infected women or not by HIV-1. It is a cross sectional study, which were submitted to immunohistochemical processing the paraffin- embedded placental tissue of 106 women infected with HIV-1 and 100 uninfected women. The expression of HLA-E was analyzed by a pathologist and classified qualitatively as mild, moderate or severe and quantitatively as negative (<5% markup), 1+ (6-25 %), 2+ (26-50%), 3+ (51-75%) and 4+ (>75%). The sociodemographic results indicate that pregnant women infected with HIV-1 were not women living in marital union (p<0,0001) and have lower education (p=0,0004). In immunohistochemical analysis, it became evident that the expression of HLA-E occurred mainly in the extravillous trophoblast and endothelial cells, but not in the villi of the placenta. The statistical tests used were chi-square and Fisher exact tests. The results showed that in women with the HIV-1 infection, the expression of HLA-E was significantly lower among those who had undetectable viral load (p=0,03), and there was no association between the expression of HLA- E with other conditions such as the presence or absence of HIV infection, miscarriage in previous pregnancies, number of CD4+ cells and antiretroviral therapy used. These results suggest that HIV-1 induces the expression of HLA-E placental cells, using it as a mechanism to escape the immune system. However other studies with genetic polymorphisms and microRNAs are needed to increase knowledge about the molecule, its role in HIV-1 infeccion and its role in MTCT

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:05:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) exibe uma enorme variabilidade genética. Tal característica é criticamente importante para que o vírus possa se adaptar às mudanças ambientais e escapar ao sistema imune do hospedeiro, desenvolver resistência à drogas e impedir o sucesso de eventuais vacinas. Portanto, entender esta diversidade é fundamental para se desenvolver vacinas e drogas eficientes, extremamente necessárias para se conter a epidemia de HIV/AIDS. Neste estudo, nós investigamos a magnitude da diversidade das principais variantes de HIV-1 circulante no Brasil, através de seqüênciamento e análise de genoma completo. O DNA foi extraído de 22 amostras previamente classificadas em nosso laboratório como sendo 6 subtipos B, 8 subtipos C e 8 subtipos F, com base no seqüênciamento de pequenos amplicons. A reamplificação do DNA destas amostras foi realizada por PCR de fragmentos sobrepostos, seguido por seqüênciamento direto. Duas de seis amostras identificadas parcialmente como subtipo B e seis de oito amostras identificadas parcialmente como subtipo F foram então caracterizadas como BF recombinantes pela análise de seus genomas completos. Todas as 8 amostras previamente classificadas como subtipo C apresentaram-se como cepas não recombinantes através da análise de genoma completo. Dois recombinantes BF possuem estrutura de recombinação genômica idêntica, porém diferente da cepa Argentina CRF 12_BF, e provavelmente representam uma nova forma recombinante circulante no Brasil. As análises das seqüências dos subtipos C e F revelaram uma linhagem distinta altamente suportada pela filogenia, cada qual correspondendo a sua cepa de referência brasileira. Nossos dados indicam fortemente que a atual epidemia Brasileira de HIV-1 com as cepas dos subtipos C e F foi introduzida no país por um único evento, e não por fontes múltiplas. Além disso, a evidencia da recombinação BF obtida pela análise do genoma completo do HIV, indica uma disseminação dos recombinantes BF em nossa população de infectados pelo HIV-1 que pode representar força significativa na evolução do vírus. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-20T19:38:45Z No. of bitstreams: 1 Joana Paixao Monteiro. Análise da variabilidade genética do vírus da....pdf: 5164575 bytes, checksum: de810e999facd7c4e9d33d14ad2ed0e3 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-20T19:38:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joana Paixao Monteiro. Análise da variabilidade genética do vírus da....pdf: 5164575 bytes, checksum: de810e999facd7c4e9d33d14ad2ed0e3 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / O grupo M do HIV -1 envolve a maioria das infecções mundiais e é composto por nove subtipos, denominados de A-K. Esta intensa variabilidade genética reflete-se no surgimento partículas virais com diferentes comportamentos biológicos. Estes representam os principais obstáculos para a eficiência da resposta imune humana e para o desenvolvimento de vacinas e terapias universais. O estudo molecular e biológico do HIV pode contribuir para o melhor entendimento de suas propriedades, para a escolha adequada de estratégias terapêuticas e para a vigilância da epidemia de HIV / AIDS. O objetivo deste trabalho foi investigar o perfil epidemiológico e molecular do HIV - 1 no estado da Bahia. Para tanto, foram estudadas amostras de DNA provenientes de 261 indivíduos infectados pelo HIV, acompanhados em um hospital de Salvador, a capital do estado. Destas, 228 e 208 amostras foram analisadas através de HMA nos genes gag e env, respectivamente, e 175 foram caracterizadas em ambos os genes. Adicionalmente, 32 amostras de subtipos F e recombinantes BF foram seqüenciadas e analisadas através de métodos filogenéticos. Uma proporção significativa de resultados divergentes entre o HMA e as análises filogenéticas foi observada (84.4%). Os resultados combinados mostraram sete diferentes genótipos de HIV - 1: 147 (84%) B/B, 4 (2.3%) F/F, 3 (1.7%) B/F, 1 (0.6%) F/B, 1 (0.6%) FIO, 1 (0.6%) BF/F e 18 (10.3%) BF/B. As seqüências recombinantes BF não foram relacionadas à Forma Recombinante Circulante (CRF) CRF12, enquanto apenas duas foram relacionadas à CRF28 e à CRF29. 19 variantes BF compartilharam o mesmo ponto de recombinação em gago Em adição, 7 recombinantes BF circulantes na região de Feira de Santana apresentando padrão similar de recombinação, mostraram-se filogeneticamente relacionados aos recombinantes encontrados em Salvador. Em conclusão, o subtipo B é o genótipo predominante, entretanto, a prevalência (13.1%) de variantes BF divergentes entre si e uma possível nova CRF sugerem que recombinação genética está ocorrendo :&eqüentemente nesta região do país. O uso da técnica de HMA não é apropriado em regiões onde diferentes subtipos estão co-circulando e onde a presença de vírus recombinantes é esperada. A epidemia de HIV / AIDS local caracteriza-se por um crescente número de casos entre mulheres e associada a transmissão por via heterossexual. Em particular, a epidemia de subtipo F na Bahia está relacionada aos indivíduos do sexo feminino e à via de transmissão heterossexual. A presença de um vírus recombinante FIO foi reportado pela primeira vez no Brasil. / The Human Immunodeficiency Virus 1 (HIV -I) is characterized by high levels of genetic variability. The majority of the HIV-I infections worldwide is caused by group M strains, which have been c1assified into 9 different genetic subtypes (A-K). As a result ofthis great genetic variability, the virus is also characterized by a diversity of phenotypes, which represents a major obstac1e to the immune system function and to the long-term efficiency of antiretroviral therapy. Therefore, studies involving molecular and biological aspects of HIV-I can contribute to the understanding of its properties, the development of therapeutic and control strategies, and the monitoring of the HIV / AIDS epidemic. The aim of this study is to investigate the epidemiological and genetic variability of HIV -I in the Brazilian state of Bahia. DNA samples from 229 and 213 HIV-I-infected individuaIs followed at a hospital in Salvador, the capital of Bahia, were analyzed using the Heteroduplex Mobility Assay (HMA) in gag and env genes, respectively. Out of these, 175 samples were characterized in both genes. Thirty-two subtype F and BF recombinant viruses were sequenced and analyzed by phylogenetic methods. The combined data showed that seven different HIV -I genotypes comprised this sample: 147 (84%) B/B, 4 (2.3%) F/F, 3 (1.7%) B/F, 1 (0.6%) F/B, 1 (0.6%) F/D, I (0.6%) BF/F, and 18 (10.3%) BF/B. A significant divergence was observed between the HMA and the sequencing results (84.4%). This could be explained by the low accuracy of the HMA for detecting recombinant viruses. These variants were unrelated to CRFI2, while two sequences were related to CRF28 and CRF29. Nineteen BF mosaics shared the same gag breakpoint. In addition, 7 BF recombinants from the city Feira de Santana presenting the same recombination pattern were related to the variants found in Salvador in the phylogenetic analysis. In conc1usion, subtype B is the most common genotype, however, an increasing prevalence (13.1%) of different BF variants and a potentially new CRF suggest that recombination is occurring frequent1y in Bahia. The use of HMA may be inappropriate in regions where different subtypes are co-circulating. The local HIV / AIDS epidemic follows the national epidemiological trends being mainly associated with heterosexual transmission and with an increasing number of cases among women. The subtype F epidemic was associated with women infected heterosexually. Finally, this study identified the presence of an F /D recombinant HIV -I in Brazil.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-25T20:46:06Z No. of bitstreams: 1 Giselle Calasans Investigação de mutacçoes nos genes....pdf: 17299730 bytes, checksum: b9919577a31cf080e622e852dc432578 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-25T20:46:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Giselle Calasans Investigação de mutacçoes nos genes....pdf: 17299730 bytes, checksum: b9919577a31cf080e622e852dc432578 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / O HIV-1 é o agente etiológico da AIDS. Sabe-se que fatores virais e do hospedeiro podem influenciar na susceptibilidade à infecção pelo vírus e na progressão para a AIDS. Em relação aos fatores intrínsecos ao hospedeiro, tem sido demonstrado que algumas alterações na CCR5 podem afetar sua ligação com a gp120 do HIV-1, influenciando na infecção pelo vírus. Além disso, a proteína Langerina, encontrada na superfície das Células de Langerhans (LCs), apresenta um papel importante em relação à infecção pelo HIV-1, por ter a capacidade de se ligar à gp120 viral através de seu Domínio de Reconhecimento de Carboidrato (CRD). Esta interação permite que as LCs internalizem o vírus em Grânulos de Birbeck, os quais degradam a partícula viral, inibindo a apresentação do HIV-1 para os linfócitos T. Desta forma, diferenças na função da langerina, devido a mutações no promotor do gene Langerina e na região codificante do CRD, por exemplo, podem influenciar a susceptibilidade à infecção pelo HIV-1. Sendo assim, o objetivo principal deste trabalho foi verificar a existência de mutações nas regiões do gene CCR5 que codificam para os domínios N e Cterminal da proteína, no promotor do gene da Langerina e na região codificante do CRD, bem como verificar a existência de possíveis associações entre as mutações encontradas e a infecção pelo HIV-1. Para tal, através de sequenciamento, foi analisado um total de 128 amostras de DNA de indivíduos infectados pelo HIV-1 de Feira de Santana, Bahia e 197 amostras de DNA de indivíduos não-infectados de Salvador, Bahia. Os possíveis sítios de ligação para fatores de transcrição da região promotora do gene da Langerina foram analisados pela ferramenta MatInspector implementada no software Genomatix. Análises físico-químicas, de domínios protéicos potenciais, de predição da estrutura proteica secundária e de modelagem tridimensional proteica foram também realizadas, utilizando diferentes ferramentas de bioinformática. Os estudos na região N-terminal da CCR5 revelaram a existência de uma mutação de sentido trocado no aminoácido 55 (p.L55Q) apenas em indivíduos não-infectados, com uma frequência do alelo mutante de 1,8%. Análises físico-químicas demonstraram que esta mutação aumentou a flexibilidade e a acessibilidade da CCR5 e a modelagem protéica demonstrou que a mutação levou a um pequeno desvio para a direita, bem como alterou levemente a carga eletrostática dessa região da proteína. Foi observada diferença estatisticamente significante entre as frequências alélicas (p=0,039) e genotípicas (p=0,038) da mutação p.L55Q quando os indivíduos infectados e não-infectados foram comparados. Os estudos na região C-terminal da CCR5 demonstraram a existência de três mutações silenciosas em indivíduos infectados pelo HIV- 1: c.3,765C>T, c.3,777A>T e c.3,831A>G. Em relação à análise da região promotora do gene da Langerina, foram observadas três mutações (-577T>C, -517T>C e -160T>C) que, segundo o MatInspector, criaram novos sítios de ligação para fatores de transcrição, tais como: NFAT5, HOXB9.01 e STAT6.01. Entretanto, comparando as frequências alélicas e genotípicas dessas mutações entre os indivíduos infectados e não-infectados, não foi observada diferença estatisticamente significante. Já as análises realizadas na região gênica que codifica o CRD da Langerina demonstraram a existência de três mutações: p.K313I (c.937T>A), c.941C>T (g.4728C>T) e c.983C>T (g.4770C>T) As análises físico-químicas revelaram que a mutação p.K313I aumentou a hidrofobicidade e as hélices transmembranares e diminuiu a hidrofilicidade, a acessibilidade e a antigenicidade da proteína. Entretanto, a presença do alelo mutante não alterou a predição da estrutura secundária da Langerina e não foi observada diferença estatisticamente significante nas frequências alélicas e genotípicas quando os dois grupos estudados foram comparados. Estes resultados sugerem que a mutação p.L55Q, encontrada no domínio N-terminal da CCR5, pode afetar a entrada do HIV-1 na célula. Foi possível, também, observar que as mutações encontradas no gene da Langerina não apresentam associação com a infecção pelo HIV-1. No entanto, é importante que novos estudos sejam realizados com o intuito de compreender melhor o verdadeiro papel da mutação p.L55Q na infecção pelo HIV-1, assim como, novas análises voltadas para a busca de variações no gene da Langerina também devam ser conduzidas, uma vez que este é o primeiro estudo que investiga mutações na Langerina em indivíduos infectados pelo HIV-1. / HIV-1 is the etiologic agent of AIDS. It has been demonstrated that the mechanisms underlying HIV-1 infection and pathogenesis require a combination of viral and host factors. Concerned to the host intrinsic factors, some mutations at CCR5 human gene can affect the interaction between CCR5 protein and HIV-1 gp120, influencing the virus infection. Besides, the Langerin protein, located exclusively on Langerhans cells surface, has an important role in HIV-1 infection due to its ability of binding to gp120 through its Carbohydrate Recognition Domain (CRD). This interaction ables HIV-1 internalization into Birbeck granules, which degrade the virus and prevent LC infection and viral dissemination. So, differences in Langerin function due to mutations at promoter and CRD encoding regions of the human Langerin gene, for example, might influence the susceptibility to HIV-1 infection. Thus, the main purpose of this study is to investigate the existence of mutations at the regions of CCR5 gene that encodes the N- and C-terminal protein domains and at promoter and CRD encoding regions of the human Langerin gene, and finally to stablish possible associations among the observed mutations and HIV-1 infection. Using DNA sequencing, it was studied a total of 128 DNA samples of HIV-1 infected individuals from Feira de Santana, Bahia and 197 DNA samples of HIV-1 non-infected individuals from Salvador, Bahia. The transcription factors binding sites were analyzed using the MatInspector tool implemented in the Genomatix software. Physico-chemical, potential protein domain, prediction of protein secondary structure and protein modeling analyses were also performed, using Bioinformatic tools. The studies into the N-terminal protein domain revealed a new missense mutation at aminoacid 55 (p.L55Q), only in HIV-1 non-infected individuals, with allelic frequency of 1.8%. Physico-chemical analysis revealed that this mutation magnified the flexibility and accessibility profiles and the modeling of CCR5 structures showed that this mutation resulted in a small deviation to the right, as well as, a hydrophobic to hydrophilic property alteration. When HIV-1 infected and non-infected groups were compared, the allelic and genotypic frequencies of the p.L55Q mutation were statistically significant (p=0.039 and 0.038, respectively). Three novel silent mutations were found at encoding region of C-terminal protein domain in the HIV-1 infected individuals: c.3,765C>T, c.3,777A>T and c.3,831A>G. Concerned to the analyses at promoter Langerin region, the studies revealed three mutations: -577T>C, -517T>C and -160T>C. The search for possible transcription factors binding sites using MatInspector demonstrated that these promoter mutations created new binding sites to some transcription factors, such as NFAT5, HOXB9.01 and STAT6.01. However, when HIV- 1 infected and non-infected groups were compared, the allelic and genotypic frequencies of the analyzed promoter sites were not statistically significant. It was observed three mutations at Langerin gene region that encodes to the protein CRD: p.K313I (c.937T>A), c.941C>T (g.4728C>T) and c.983C>T (g.4770C>T). The physico-chemical analysis revealed that the p.K313I polymorphism magnified the hydropathy and transmembrane profiles and reduced the hydrophilicity, accessibility and anitigenicity profiles. However, this mutation did not modify the protein secondary structure prediction and when HIV-1 infected and non-infected individuals were compared, it was not observed a statistically significant difference in the allelic and genotypic frequencies from the p.K313I polymorphism. These results suggest that the p.L55Q mutation can affect HIV-1 infection through CCR5 entry. It was also observed that the mutations detected at the promoter and CRD encoding regions of the human Langerin gene are not associated with HIV-1 infection susceptibility. However, it is important to accomplish future studies in order to better understand the role of the p.L55Q mutation at HIV-1 infection, as well as, conduct new search for variations at Langerin gene that could influence HIV-1 infection, since this is the first study that analyzes mutations at promoter and encoding regions of Langerin gene in a HIV-1 infected population.

A descoberta do tropismo do Vírus da Imunodeficiência Humana tipo 1 (HIV-1) pelos correceptores CCR5 e CXCR4 propiciou o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas com alvo nestes correceptores. Os antagonistas de CCR5 são fármacos que bloqueiam o correceptor CCR5, impedindo a entrada do (HIV) na célula, levando a uma diminuição significativa da viremia. Porém, a administração deste medicamento depende da determinação do tropismo dos vírus do indivíduo infectado antes e ao longo do uso desta estratégia terapêutica. A alça V3 da gp120 do envelope do HIV-1 é considerada o principal determinante do tropismo, mas outros fatores como diferenças intrínsecas entre as variantes do HIV-1, o número de sítios de N-glicosilação, variações no comprimento de determinadas regiões e a carga elétrica global da gp120 também podem afetar o tropismo viral. Este estudo apresenta a caracterização molecular da gp120 e a relação dos fatores moleculares com o tropismo pelos correceptores CCR5 e CXCR4. Foram incluídos no estudo 283 indivíduos infectados pelo HIV-1, dos quais foi possível obter 265 sequências da alça V3, resultados de tropismo fenotípico para 78 amostras e 20 sequências da gp120 completa. O tropismo fenotípico demonstrou a prevalência de vírus R5 (70,5%) e a presença de apenas uma amostra contendo exclusivamente vírus X4. O tropismo genotípico classificou 71,7% das sequências como vírus R5 e 28,2% como capazes de utilizar o correceptor CXCR4. A concordância entre os resultados de tropismo fenotípico e genotípico foi de 74,5%. Houve a prevalência do subtipo B (82%), sendo que a variante B\'(GWGR) esteve presente em 34,5% dos casos. Em média, as sequências da gp120 apresentaram 22 sítios de N-glicosilação, concentrados nas regiões C2 e C4. A carga elétrica líquida apresentou médias semelhantes entre vírus R5 e X4 tanto para a alça V3 quanto para a gp120. As características moleculares descritas neste estudo apresentaram distribuição semelhante entre vírus R5 e X4, não sendo possível estabelecer relações entre estes fatores a determinação do tropismo. / The tropism of Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV - 1) for CCR5 and CXCR4 coreceptors has provided the development of new therapeutic strategies targeting these coreceptors. CCR5 antagonists are able to prevent the HIV cell entry by blocking the CCR5 coreceptor, improving the viremia decreasing. However, this drug administration depends on viral tropism determination before and during the use of this therapeutic strategy. The V3 loop of the HIV-1 gp120 envelope is the major tropism determinant, but other factors such HIV-1 genetic variability, number of potential N-linked glycosylation sites, length variations in some protein domains and the gp120 global net charge may also affect the viral tropism. This study presents the molecular characterization of gp120 and the relationship between molecular factors and the tropism for CCR5 and CXCR4 coreceptors. A total of 283 HIV-1 infected subjects were included in this study. It was possible to obtain 265 V3 loop sequences, 78 results of phenotypic tropism and 20 sequences of the whole gp120. Phenotypic tropism showed the prevalence of R5 viruses (70.5%) while exclusively X4 viruses were found in only one sample. Genotypic tropism classified 71.7% of the sequences as R5 and 28.2% as virus able to use the CXCR4 correceptor. The agreement between phenotypic and genotypic tropism results was 74.5%. There was a prevalence of subtype B (82%), and the B\' (GWGR) variant was present in 34.5% of the cases. gp120 showed a mean of 22 N-linked glycosylation sites, which were more frequent in the C2 and C4 regions. The net charge showed similar means between R5 and X4 viruses for both V3 loop and gp120. The molecular characteristics described in this study showed similar distribution between R5 and X4 viruses and it was not possible to establish relationships between these factors the tropism determination.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:31:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo8103_1.pdf: 576734 bytes, checksum: add06e925071142bf95395156c86620d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Estimar a prevalência de resistência primária aos anti-retrovirais em pacientes cronicamente infectados pelo HIV-1, sem uso prévio de anti-retrovirais, em um Centro de Referência para o tratamento do HIV/AIDS do Nordeste do Brasil. Foram colhidas amostras de sangue para extração do RNA viral de pacientes com HIV/AIDS, cronicamente infectados, atendidos no Hospital das Clínicas da Universidade Federal de Pernambuco, antes do início do tratamento antiviral, no período de fevereiro de 2002 a janeiro de 2003. As regiões da transcriptase reversa (TR) e da protease (PR) foram seqüenciadas para a determinação das mutações relacionadas à resistência aos antivirais.Foram ampliadas e genotipadas um total de 84 amostras. Os pacientes apresentavam CD4 médio de 178,7 células/mm3 e Carga viral média de 269.305 cópias RNA/mL. A genotipagem revelou 2 (2,4%) pacientes com mutação principal relacionada aos ITRN e nenhuma mutação principal aos ITRNN ou IP. Foram encontrados 17 (20,2%) pacientes com mutações secundárias aos ITRN e 67 (79,8%) com mutações secundárias relacionadas aos IP. Mutações acessórias no gene da protease ocorreram nas seguintes posições: L63P [40/84 (47,6%)], M36I [29/84 (34,5%)], V77I [13/84 (15,5%)], L10V [9/84 (10,7%)], K20R [9/84 (10,7%)], A71T [6/84 (7,1%), L10I [5/84 (6%)], A71V [2/84 (2,4%)] e I54P [1/84 (1,2%)]. As mutações associadas a susceptibilidade reduzida aos ITRN foram: M41L [2/84 (2,4%)], G333E [6/84 (7,1%)], V118I [5/84 (5,9%)], S68G[4/84 (4,8%)], E44D [1/84 (1,2%)] e K219E [1/84 (1,2%)]. Observou-se baixa prevalência de mutações primárias relacionadas à resistência aos ITRN em pacientes cronicamente infectados pelo HIV e ausência de resistência aos ITRNN e IP

Orientadores: Pablo Agustin Vargas, Luiz Paulo Kowalski / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-22T08:56:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gondak_RogeriodeOliveira_D.pdf: 3115921 bytes, checksum: 6a0ba84f4ad5ecaa9e8dbd843e421cf0 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Na infecção pelo HIV, as células dendríticas (CDs) podem desempenhar vários papéis, incluindo a provável captação inicial do HIV, transporte para os linfonodos, e posterior transferência para células T, desempenhando um importante papel no sistema imune. As manifestações orais observadas em pacientes infectados pelo HIV, incluindo aquelas associadas ao HSV-1 podem estar diretamente relacionadas à injúria das CDs. A proposta deste estudo foi identificar e quantificar as CDs intersticiais na língua de pacientes autopsiados com AIDS e portadores de infecção herpética lingual (n=10), pacientes com AIDS e sem lesões linguais (n=10) e pacientes sem AIDS e sem lesões linguais (n=10) por meio de reações imunoistoquímicas. Além disso, investigamos a população de CDs nos linfonodos e tonsilas palatinas de pacientes com AIDS (n=32) e sem AIDS (n=21). Nos tecidos linguais, foram utilizados os anticorpos contra CD1a e CD83 para identificação das CDs e o anticorpo contra HSV-1 para detecção do vírus da herpes simples tipo 1. Nos linfonodos e tonsilas palatinas foi utilizados além dos anticorpos contra CD1a e CD83, o anticorpo contra fator XIIIa. Para a quantificação das CDs nos tecidos linguais foi utilizado análise histomorfométrica convencional e nos tecidos linfóides foi aplicado o método analítico Positive Pixel Count (software Image Scope). Os resultados mostraram uma intensa depleção na população de CDs em tecidos linguais e linfóides de pacientes com AIDS e a infecção lingual pelo HSV-1 não potencializou a redução de CDs / Abstract: During HIV infection, dendritic cells (DCs) may play several roles, including the probable initial uptake of HIV, transport to the lymph nodes, and subsequent transfer to T cells. Oral opportunistic infections observed in HIV-infected patients, including those associated with HSV-1 may be directly related to injury of DCs. The purpose of this study was to identify and quantify the interstitial DCs in the tongue of autopsied patients with AIDS and lingual herpes (n = 10), AIDS patients with normal tongues (n = 10) and non-AIDS patients with normal tongues (n = 10) by immunohistochemistry. Furthermore, we investigated the DCs population in lymph nodes and palatine tonsils of AIDS patients (n = 32) and non-AIDS patients (n = 21). CD1a and CD83 antibodies were carried out to identify DCs in lingual tissues and HSV-1 antibody for detection of herpes simplex virus type 1. In lymphoid tissues, CD1a, CD83 and factor XIIIa antibodies were carried out to identify DCs. Interstitial DCs were measured by conventional histomorphometry whereas the lymphoid DCs were measured by Positive Pixel Count Algorithm method using ImageScope software. The results showed a decreased population of DCs in lingual and lymphoid tissues of AIDS patients independently of the presence of concomitant infection by HSV-1 / Doutorado / Patologia / Doutor em Estomatopatologia

The overall aim of this project was to investigate HIV-1 genetic diversity in South Afri ca and to characterise the immune response in mice to a South African subtype C gp120. To investigate the relationship between subtype and mode of transmission, samples were collected from individuals infected by heterosexual and male homosexual transmission from patients attending local HIV/AIDS clinics in Cape Town (n=49) and Bloemfontein (n=4). Isolates were subtyped using heteroduplex mobility assay (HMA) based on the V3-V5 region of the env geneusing reference plasmids (2 B, 2 C and 1 D) representative of local subtypes. HMA identified four env subtypes: A, B, C and D. Subtype B viruses were found in 92.9% (26/28) of the male homosexual/bisexual group and subtype C viruses in 77.2% (17 /22) of the heterosexual group. Subtype B viruses were also identified in two heterosexual patients, one patient infected by blood transfusion and in two patients with. unknown mode of transmission. Subtype D viruses were found in one male homosexual patient and one heterosexual patient and a husband and wife couple were infected with subtype A viruses. A significant association between subtype and mode of transmission (p=&lt;0.0001) was identified, confirming two independent epidemics. To determine the subtype distribution of HIV within urban heterosexual populations throughout South Africa, samples were collected from women attending antenatal clinics in Johannesburg (n=34), Pretoria (n=S) and Durban (n=20). Samples from Bloemfontein (n=24) were taken from individuals attending an HIV/AIDS clinic. All eighty-three samples were subtyped by HMA in the env region as before. The predominant subtype circulating within the urban heterosexual population throughout South Africa was identified as subtype C (92.8%) although subtype B was also detected (7.2%). It may thus be beneficial if a HIV vaccine for South Africa is based on a subtype C model. In addition, a rapid method for identification of HIV-1 gag subtypes was developed based on restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of 400bp (p17) or 650bp (p17 and 5' p24) long PCR fragments. This strategy was appl i ed to eighty-six samples (Cape Town n=47, Johannesburg n=20, Bloemfontein n=17 and Durban n=2) previously subtyped by either sequence analysis of the gag p17 region (n=31), heteroduplex mobility assay (HMA) based on the env gene (n=76), or both (n=21). RFLP analysis identified two subtype A, twenty-five subtype B, fifty-eight subtype C and one subtype D isolates. There were no discrepancies between RFLP and sequence gag subtypes, demonstrating the reliability of this method and no discordance between gag RFLP subtypes and env HMA subtypes, indicating no recombinant viruses in the genomic regions analysed.

Human Immunodeficiency Virus 1 (HIV-1) is a lentivirus that forms persistent latently infected reservoirs that are the remaining major hurdle for current HIV-1 treatments. APOBEC3 (A3) proteins are intrinsic retroviral restriction factors that introduce GA mutations during reverse transcription, while Reverse Transcriptase (RT) introduces on average 2-3 mutations every reverse transcription cycle due to a lack of proofreading ability. The goal of this research is to characterize the infectivity and activation of mutated HIV-1 viruses that display reduced transcription upon infection, viruses that we term latency prone viruses (LPVs). We hypothesize that GA transition mutations in the HIV-1 Long Terminal Repeat (LTR) region of the LPVs introduced through Reverse Transcriptase and low levels of A3 protein activity can create HIV-1 sequences that display a reversible, latency-like phenotype. Variable levels of transcription and promoter activation were seen among the LPVs when tested against four classes of Latency Reversing Agents (LRAs). Subsequently, three tested LPVs demonstrated an initial latency-like phenotype before rebounding in infectivity. This project demonstrates for the first time that HIV-1 latency is not simply a byproduct of the infection timing and cellular conditions, but that replication-competent HIV-1 latent viruses can also be created through sublethal mutagenesis of their viral promoter sequence introduced through A3 and RT exposure. The characterization of the complete mechanism of HIV-1 latency induction, maintenance, and reversal is critical in the development of sterilizing and functional cures for HIV-1 infection.

A variety of host factors influence the ability of Human Immunodeficiency Virus (HIV)- type-1 to access and subsequently replicate within the cellular immune system. Understanding these factors is a crucial step in the development of novel therapeutic strategies including both chemotherapeutic treatments and vaccines. Although it has recently been reported that the CC chemokines RANTES, MIP-la and MIP-10 are the major HIV-1 suppressive factors derived from CD8+ T lymphocytes, this work demonstrates that these factors are not active at the level of transcriptional control and do not share identity with HIV-1 suppressive factors as measured in a transcriptional control assay. These other remaining factors are produced not only by CD8+ T lymphocytes, but by CD4+ T lymphocytes and cell lines derived from the other major leukocyte subsets. These factors are fractionable by standard chromatographic methodologies, and are active in models of both replication and transcription oflaboratory and primary HIV-1 isolates. This work should form the basis for several areas ofresearch related to modulation of HIV-1 replication and transcription. / Thesis / Master of Science (MSc)