Au Nord-Est de l’Algérie, les sources thermales se situent dans une région de 53 500 km² de surface, qui s’étend sur une largeur de 473 km d’Ouest en Est, de Bejaia à El-Kala (frontière tunisienne), et sur une distance de 190 km du Nord au Sud. Elle comprend sept principales unités géologiques (nappes Telliennes, Chaine Calcaire, Néritiques, Sud Constantinois, Allochtone Sud-Sétifien, Parautochtone Autochtone, flysch). Cette thèse répond à un besoin de l’office national du tourisme Algérien qui souhaite en premier lieu la création de base de données regroupant plusieurs informations sur les sources, afin de faciliter le choix d’implantation d’infrastructures dédiées au tourisme thermal.Le contexte géologique est marqué par une structure géologique mise en place par des épisodes tectoniques (orogénèse Alpine) d’âge Priabonien à Turtonien. A ces événements, succèdent de grandes failles et des structures compressives. La méthodologie choisie pour déterminer l’origine de la minéralisation de ces eaux thermales s'appuie sur la synthèse des différentes études géophysiques et les recherches antérieures réalisées sur cette zone. Elles qui ont permis de préciser les structures et les caractéristiques géologiques générales des domaines du Nord Est Algérien dont la sismicité actuelle. L'analyse hydro-géo-chimique des eaux thermales constitue l'axe principal afin de déterminer les zones de recharge et les apports de mélange entre les différents types d’eaux chaudes et froides. Elle débouche sur l'utilisation des différents géothermomètres pour déterminer la température du réservoir profond.L’approche hydrochimique engagée repose sur deux campagnes de prélèvements qui ont été réalisées dans le cadre de ce travail ; la première a été effectuée dans la période des basses eaux au mois de septembre à octobre 2014, et l’autre a été réalisée dans la période des hautes eaux au mois de mai 2015. L'étude repose sur les mesures de terrain des paramètres chimiques et physiques non conservatifs (température, pH, conductivité électrique) et sur l'analyse des éléments majeurs, des traces, et de plusieurs isotopes (¹⁸O, ²H, ³H, ¹³C, ¹⁴C).Les diagrammes binaires et les traitements ACP menés sur les sources, dont un pourcentage élevé jalonne les grand accidents (failles), ont permis de distinguer 4 groupes d’eau géochimiquesUn groupe d’eaux (HCO₃⁻-Ca²⁺) très peu minéralisées se caractérise par des eaux ayant circulé dans des réservoirs carbonatés. Un second (HCO₃⁻-Na⁺) montre des phénomènes d’échange de base entre l’eau et les niveaux argileux. Un troisième (Cl⁻-Na⁺) ou (SO₄²⁻-Na⁺) montre un enrichissement en Na et Cl, qui traduit des circulations profondes avec échange chimique avec la matrice rocheuse sédimentaire évaporitique. Le dernier groupe (SO₄²⁻-Ca²⁺) ou (Cl⁻-Ca²⁺) a acquis sa minéralisation dans des formations Triasiques. / Pas de résumé

L'objectif de cette étude est d'évaluer la réactivité abiotique de l'hydrogène dans un site de stockage géologique de déchets radioactifs en formation argileuse. Nous montrons que l'hydrogène est un agent réducteur pouvant être impliqué dans des réactions d'oxydoréductions sous contrôle cinétique avec certaines espèces oxydées de la formation hôte du stockage. Le système soufre apparait tout particulièrement réactif vis-à-vis de la perturbation redox induite par la présence d'hydrogène, sa déstabilisation se traduit notamment par une importante production de sulfure. Notre étude expérimentale sur la réduction des sulfates par l'hydrogène montre que cette réaction ne peut pas être à l'origine de cette production de sulfure. En effet les temps de demi-vie pour les sulfates sont de l'ordre de 200.000 ans à 90°C et l'énergie d'activation de la réaction est très élevée (131 kJ/mol). Par contre, la pyrite est un oxydant potentiel pour l'hydrogène. Nous montrons que cette dernière réaction est possible sur de courtes périodes de temps dés 90°C. A des pH légèrement alcalins tels que ceux de l'eau porale d'une formation argileuse formation et des températures comprises entre 90 et 180°C, cette réaction conduit à la précipitation de pyrrhotite et à la production d'H2S. Nous proposons une loi de vitesse pour cette réaction pouvant être intégrée dans des simulations numériques évaluant la sûreté du stockage à long terme.

La magnésite (MgCO3) est la forme anhydre la plus stable d'une série de carbonates de magnésium qui présentent différents degrés d'hydratation. Malgré sa rareté dans les environnements naturels, elle constitue une phase minérale fondamentale pour le piégeage minéral permanent du CO2. La détermination expérimentale des vitesses de précipitation et de dissolution de la magnésite dans des conditions représentatives de la séquestration géologique est donc fondamentale pour l'estimation du potentiel de séquestration de CO2 par cette phase dans les basaltes et dans les roches ultrabasiques et pour l'optimisation des procédés de stockage du CO2. Nous avons mesuré les vitesses de précipitation de la magnésite en utilisant des réacteurs à circulation et des réacteurs fermés, en fonction de la température (100 ≤ T ≤ 200 °C), de la composition de la solution aqueuse et de la pression partielle de CO2 (de 0 à 30 bar). Les vitesses mésurées sont indépendantes de la force ionique de la solution pour 0.1 M < I < 1.1 M, mais elles diminuent significativement avec l'augmentation de l'activité des ions CO32- pour des pH supérieures à 8. Les vitesses mesurées dans les réacteurs à circulation sont cohérentes avec le modèle de coordination chimique surfacique de Pokrovsky et al. (1999) selon lequel les vitesses de précipitation de la magnésite sont proportionnelles à la concentration des sites surfaciques >MgOH2+. L'étude des vitesses de cristallisation conduite par microscopie à force atomique hydrothermale (HAFM) a montré un bon accord entre les vitesses déduites de mesures microscopiques et les vitesses macroscopiques et a aussi démontré que la précipitation de la magnésite s'effectue selon un mécanisme de croissance spirale. Suivant les observations effectuées par AFM, ce mécanisme contrôle la vitesse de croissance de la magnésite dans un grand intervalle de température et d'indice de saturation (15≤ Ω ≤ 200 pour 80 ≤ T < 120 °C). En raison de l'inhibition de la précipitation de la magnésite par les ions carbonates, il est recommandé d'opérer sous des pressions partielles de CO2 assez élevées, ce qui présente en outre l'avantage d'accélérer la cinétique de dissolution des silicates magnésiens, grâce à l'acidification de la solution par le CO2. La détermination des vitesses de dissolution de la magnésite dans des réacteurs à circulation à 150 et 200 °C et en milieu neutre à alcalin nous a permis d'améliorer le modèle de complexation de surface et d'étendre son application aux températures considérées. La diminution des vitesses de dissolution observée de 150 à 200 °C peut être expliquée par l'augmentation, en fonction de la température, de la carbonatation et de l'hydrolyse des sites >MgOH2+ qui contrôlent la vitesse de dissolution de la magnésite. Des températures supérieures à 100 °C qui entrainent une diminution de la vitesse de dissolution de la magnésite et des autres carbonates sont donc favorables au stockage de CO2 sous forme dissoute dans les aquifères profonds riches en minéraux carbonatés. L'utilisation d'une cellule à électrodes d'hydrogène (HECC) nous a permis de préciser les données cinétiques à proximité de l'équilibre grâce à la détermination précise du produit de solubilité de la magnésite en fonction de la température (50-200 °C). De plus, ces mesures nous ont permis de générer les propriétés thermodynamiques de la magnésite et de les comparer à celles obtenues par mesures calorimétriques et par équilibres de phases. Les résultats de cette étude représentent une importante contribution à la compréhension des cinétiques de réaction des minéraux carbonatés dans les systèmes hydrothermaux et permettent de proposer une base de données essentielle pour la quantification des réactions de dissolution/précipitation des carbonates dans les systèmes complexes. En outre, ce travail fournit des contraintes cinétiques pour la modélisation géochimique des processus de séquestration du CO2 et sera utile à l'évaluation de l'impact et des risques liés au stockage de CO2 à long terme.

Ce mémoire décrit les corps dolomitiques des zones de Ranero et El Moro (vallée de la Karantza, zone Cantabrique, NO de l’Espagne) et précise les variations temporelles et latérales de leurs attributs pétrographiques et géochimiques. Les corps dolomitiques sont portés par les calcaires Albiens, déposés sur la marge du bassin Basque-Cantabrique en période d’intense subsidence. Les dolomies sont formées par replacement et par cémentation, et précédées et suivies par divers types de ciment calcitique. L’étude pétrographique, minéralogique et géochimique (XRD, ICP, XRF, isotopes stables et Sr) est conduite le long de sections transverses sur les corps dolomitiques et permet de comparer les caractéristiques de plusieurs stades de circulations hydrothermales. Deux épisodes contrastés de dolomitisation sont identifiés. Les dolomies précoces sont ferreuses, très localement associées à une minéralisation de type MVT, appauvries en δ18O (de -14 à -10‰ V-PDB) et remplacent largement les calcaires massifs en générant des zebras. Les dolomies tardives sont non-ferreuses, plus sévèrement appauvries en δ18O (-19 to -15‰ V-PDB), et ne semblent pas remplacer le calcaire mais, au contraire, les dolomies précoces. Toutes ces dolomies sont pratiquement stœchiométriques (49.76 à 51.59 mole% CaCO3). Leurs inclusions fluides ont piégé des saumures de haute température (Th de 120 à 200°C). Leur contenu en Sr, radiogénique, suggère que les fluides responsables de la dolomitisation ont préalablement circulé à travers des roches silicoclastiques. La texture comme les propriétés pétrophysiques des dolomies sont largement affectées par les déformations cataclastiques et un épisode tardif de dédolomitisation (météorique).Le premier épisode de dolomitisation résulte probablement de l’expulsion des fluides issus de la compaction du bassin adjacent et de leur migration le long des fractures affectant la marge de la plateforme carbonatée Albienne. Ces fluides précoces étaient riches en Mg, Fe et peut-être légèrement acides pour pouvoir remplacer les calcaires. Les fluides responsables du deuxième épisode de dolomitisation sont pauvres en Fe, paraissent plus chauds et en relation avec une anomalie thermique. / This study documents the temporal and lateral variation in petrographic and geochemical signatures of fault-related dolomite bodies in the Ranero and El-Moro areas (Karrantza valley, Cantabrian mountains; NW Spain). These dolomite bodies are hosted in Albian carbonates, which were deposited at the margin of the Basque-Cantabrian Basin during an intense rift-related subsidence. Fluid circulations generated replacive and cementing dolomites, paragenetically predated and followed by various calcite cements. Petrography, mineralogical and geochemical systematics (XRD, ICP, XRF, stable and Sr isotopes) along sections cutting the dolostone bodies document successive hydrothermal stages. Two contrasting dolomite formation events are evidenced. Early dolomites are ferroan, locally associated with MVT mineralisation, δ18O depleted (-14 to -10‰ V-PDB) and mostly replace limestone producing abundant zebra lithotypes. Later dolomites are non-ferroan, severely δ18O depleted (-19 to -15‰ V-PDB), and do not replace limestones but rather previous dolomites. Dolomites are generally stoichiometric (49.76 to 51.59 M% CaCO3). Fluid inclusions record high temperature brines (Th 120 to 200°C). Sr isotope data suggest that the dolomitising fluids interacted upstream with siliciclastic lithologies. The dolomite fabric and its petrophysical properties are variably altered through cataclastic deformation and late (meteoric) dedolomitisation.The first episode of pervasive ferroan dolomitisation probably resulted from compactional dewatering of basinal fluids from the nearby Basque trough and hydrodynamic fluid flow along the fractures in the Albian carbonate platform. These early fluids must have been Mg, Fe-rich and slightly acidic (limestone-replacive). The second episode of very hot and localized dolomitisation may be related to a thermal anomaly and/or convective flow of Fe-poor fluids.

Nos connaissances sur la diversité virale associée aux micro-organismes présents dans les sources hydrothermales océaniques profondes restent encore limitées. Seules quelques études concernant l’abondance virale et l’impact de ceux-ci sur la mortalité microbienne dans ces écosystèmes sont disponibles. En effet, seuls 6 bactériovirus et 2 archéovirus provenant de ces écosystèmes ont été caractérisés à l’heure actuelle. Les deux archéovirus infectent des archées anaérobies hyperthermophiles appartenant à l’ordre des Thermococcales et ont été décrits au laboratoire.Afin d’étendre nos connaissances sur la diversité virale associée aux micro-organismes colonisant ces environnements, il a été décidé d’élargir les recherches à l’ordre bactérien des Thermotogales. Cet ordre bactérien est composé de bactéries chimio-organotrophes anaérobies en majorité thermophiles ou hyperthermophiles. De nombreux transferts latéraux de gènes ont contribué à l’histoire évolutive des Thermotogales supposant une forte implication des virus dans celle-ci. Ces travaux de thèse ont permis la caractérisation fonctionnelle et génomique de deux nouveaux siphovirus, MCV1 et MCV2, infectant deux souches de Marinitoga camini. Ces souches ont été isolées de deux sites hydrothermaux profonds (Menez Gwen et Lucky Strike) au niveau de la dorsale médio-atlantique. Ces virus mettent en oeuvre un cycle lysogénique avec une production basale sans induction relativement haute (>107 virions/ml). Une comparaison de ces deux génomes viraux à celui de MPV1, virus précédemment isolé de Marinitoga piezophila, a été réalisée, révélant la présence de nombreuses similarités. Un core genome de 35 ORFs partagé par ces trois génomes a été identifié, incluant des protéines impliquées dans le métabolisme de l’ADN, l’assemblage des virions et le cycle lysogénique. Des protéines hypothétiques ont aussi été identifiées parmi ces gènes communs, elles portent donc probablement des fonctions importantes pour ces bactériovirus. Par ailleurs, 60% des gènes de ces virus ayant une correspondance dans les bases de données, après exclusion des Thermotogales, partagent des similarités avec lesFirmicutes et les bactériovirus qui leurs sont associés. Le génome d’une autre Thermotogales, Thermosipho sp. AT1244-VC14 a été étudié ainsi que son système CRISPR-cas. Ces résultats indiquent que cette souche, qui porte un système CRISPR-cas qui semble complet et fonctionnel, a probablement déjà été infectée par MCV1, MCV2 ou un virus similaire. Ces travaux permettent d’étendre nos connaissances sur les virus portés par les bactéries du phylum Thermotogae, encore peu décrits à ce jour. Les éléments génétiques mobiles associés à ce phylum sont particulièrement intéressants car ils ont probablement eu un impact important dans l’évolution de ces communautés microbiennes ainsi que dans leur adaptation aux conditions physico-chimiques extrêmes et fluctuantes présentes dans les écosystèmes qu’elles colonisent. / Our knowledge of the viral diversity associated to microorganisms inhabiting the deep-sea hydrothermal vents is still limited. Only a few studies have focused on viral abundance and impact on microbial mortality within these ecosystems. A limited number of viruses (6 bacterioviruses and 2 archaeoviruses) were isolated from these environments and characterized. Two viruses associated to hyperthermophilic anaerobic Archaea, from the Thermococcales order, have been described in our laboratory. In order to deepen our knowledge on the viral diversity of these extreme environments, we have extended our investigation to the bacterial order of Thermotogales. This order is composed of anaerobic chemoorganotrophic bacteria that are, for the most part, hyper/thermophilic. Numerous lateral gene transfers have contributed to the evolutionary history of the Thermotogales, implying the potential involvement of viruses. Here, we will report the characterization of two new siphoviruses MCV1 and MCV2 that infect two strains of Marinitoga camini. Those bacterial strains were isolated from two deep-sea hydrothermal vents sites (Menez Gwen and Lucky strike) in the Mid Atlantic Ridge. These viruses are temperate with a high basal production of virions (>107 virions/mL). Comparative genomics with MPV1, a virus isolated from M. piezophila, was performed and show that those bacterioviruses share numerous similarities. A set of “core genes” shared by all these three viruses was identified and includes proteins involved in DNA metabolism, head and tail assembly and lysogenic cycle. Shared hypothetical proteins were also identified, suggesting that these unknown proteins probably provide important functions for these viruses. Interestingly, for genes with blastp matches in Genbank, over 60% have their top matches, outside the Thermotoga, to genes from Firmicutes and bacterioviruses associated to Firmicutes. We also analyzed the genome of Thermosipho sp. 1244 and studied his CRISPR-cas system. Our results indicated that thisThermosipho strain, with a complete and functional CRISPR-cas system, had already been infected by MCV1, MCV2 or a similar virus. The analyses presented here extend our knowledges about these newly discovered viruses in the deeply branching bacterial phylum Thermotogae. This bacterial order and associated mobile genetic elements are significant for addressing long-term evolutionary adaptation to fluctuant and extreme physicochemical conditions.

De nombreuses bactéries entrent en symbiose avec les métazoaires colonisant les habitats à base chimiosynthétique dans l'océan profond. Les hôtes auxquels elles apportent le carbone organique deviennent ainsi dépendants des bactéries sulfo-oxydantes et/ou méthanotrophes. Pour assurer la continuité de ces associations et la colonisation de nouveaux sites, des stratégies diverses de dispersion ont été développées par les animaux. Deux types de transmission des bactéries symbiotiques existent : la transmission verticale où elles sont transmises via les gamètes, et la transmission horizontale où elles sont acquises à partir de l¿environnement, depuis des populations de bactéries libres ou relarguées par d'autres hôtes. Cette thèse vise à répondre à des questions concernant les cycles de vie des symbiontes. La diversité et la distribution des formes libres de symbiontes et des bactéries apparentées dans plusieurs habitats réduits ont été étudiées par l¿analyse des séquences de l'ARNr 16S des bactéries colonisant des substrats organiques déployés dans l'Atlantique et la Méditerranée. La transmission maternelle des symbiontes chez le bivalve vésicomyidé Isorropodon bigoti du golfe de Guinée a été confirmée par l'observation et l'identification des symbiontes dans les ovocytes et dans les stades post-larvaires. Enfin, l'effet des stress chimique, thermique et de la remontée sur la dynamique des populations de symbiontes sulfo-oxydants et méthanotrophes chez la moule Bathymodiolus azoricus a été analysé par les techniques de FISH 3D et de pyroséquençage. Cette thèse a permis de mieux comprendre des cycles de vie des bactéries symbiotiques dans et en dehors de leur hôtes animaux. / Metazoans colonizing deep-sea reducing habitats often employ chemosymbiotic bacterial associations. Hosts become dependent upon their sulfur-oxidizing and/or methanotrophic symbionts, which provide organic carbon compounds. Various larval dispersal strategies have evolved in the hosts, ensuring the colonization of new sites. The continuity of the symbiotic association is maintained by symbiont transmission. Symbionts may pass directly to the host’s progeny via gametes (vertical transmission) or may be acquired from the environment as free-living forms or as those released from other hosts (horizontal transmission). This work answers several questions about the lifecycles of symbionts regarding the diversity of symbiont-related bacteria in environmental bacterial communities; the localization and dynamics of symbionts in host tissues depending on their transmission mode; or after abiotic stresses applied to the holobiont.The diversity and the distribution of free-living symbionts and their close relatives from several chemosynthesis-based habitats has been analysed by 454 pyrosequencing of the 16S rRNA of bacteria colonizing plant-derived substrates in the Northern Atlantic and Mediterranean. The trans-ovarial transmission has been detailed in the clam Isorropodon bigoti by the identification of symbionts within oocytes and in the forming gills of their post-larvae. Finally, the influence of several abiotic stresses in Bathymodiolus azoricus mussels on the dynamics of their symbionts has been investigated by FISH and pyrosequencing. This PhD presents new data regarding various aspects of the life cycle of chemosynthetic symbionts inside and outside their metazoan hosts.

Les crevettes Alvinocarididae sont emblématiques des sources hydrothermales de la Dorsale Médio-Atlantique, mais les mécanismes qui leur permettent de détecter leur habitat sont énigmatiques. Il est supposé que les signatures chimique et thermique du fluide hydrothermal leur servent de repères pour s’orienter. Les facultés chimio- et thermosensorielles de l’espèce hydrothermale Mirocaris fortunata et de l’espèce côtière Palaemon elegans ont été étudiées avec plusieurs approches. Des traits structuraux du système sensoriel périphérique et central ont été comparés pour inférer sur les facultés olfactives de chaque espèce. L’expression du récepteur ionotropique IR25a dans les organes chimiosensoriels a été mesurée. Une technique d’électroantennographie a été mise au point afin de tester la détection de composés chimiques de fluide hydrothermal par les crevettes. Plusieurs expériences à pression atmosphérique et in situ ont été réalisées afin d’étudier le comportement des espèces hydrothermale et côtière exposées à une odeur de nourriture, du sulfure ou des températures relativement chaudes. L’ensemble des résultats montre que M. fortunata présente un système chimio- et thermosensoriel fonctionnel et apporte des bases substantielles pour approfondir les connaissances sur les adaptations sensorielles en milieu hydrothermal profond. / Alvinocaridid shrimp are an emblematic taxon at hydrothermal vents on the Mid-Atlantic Ridge, but how they locate active vents and detect their habitat is still enigmatic. They might use the chemical and thermal signatures of the hydrothermal fluid as orientation cues. The chemo- and thermosensory abilities of the hydrothermal species Mirocaris fortunata and the coastal species Palaemon elegans were investigated using various approaches. Structural features of the peripheral and central nervous system were used as rough estimates of their olfactory abilities. The co-ionotropic receptor IR25a, involved in chemodetection, was identified and located in the antennal appendages. A new electroantennography method was developed to test the detection of hydrothermal fluid chemicals. Several attraction tests were conducted at atmospheric and in situ pressure to investigate the behavior of the vent and shallow-water species when exposed to a food odor, sulfide and warm temperatures. Altogether, these results provide advances in the knowledge of the chemosensory biology of vent shrimp, and a substantial background for future researches on sensory adaptations to the hydrothermal environment.

Dans tous les types de matériaux (roches cristallines, sédimentaires, bétons, céramiques, ...), la présence de fractures (à toutes échelles) implique une perméabilité généralement élevée et des écoulements fluides orientés. Ces circulations de fluides dans les fractures impliquent des interactions fluide - roche (dissolution cristallisation) plus ou moins intenses en fonction de la nature, des conditions physico-chimiques, et des taux de renouvellement des fluides donc des perméabilités. Ces phénomènes d'altération, qui se traduisent principalement par le colmatage des fractures (altération filonienne) et fissures (plans d'inclusions fluides et veinules, altération pervasive) sont des indices très précieux quant à la description des modalités et intensités des migrations fluides dans les systèmes fossiles.<br />Une étude géométrique des réseaux de fractures aux échelles micro et macroscopique, basée sur la répartition spatiale des minéraux de remplissage des fractures, a été réalisée et appliquée à deux granites différents: le granite de Soultz-sous-Forêts (Bas-Rhin, France) et le granite du Brézouard (Vosges, France). A l'échelle macroscopique, une nouvelle méthodologie d'étude des données de forage (graphes binaires cumulés) est présentée dans le cas du granite de Soultz. Elle permet d'identifier la présence de trois associations minérales (quartz-illite, calcite-chlorite et hématite) dans des réseaux de fractures ayant une géométrie 3D et des caractéristiques hydrauliques spécifiques. Ces altérations impliquent des systèmes de fractures différents, des modes d'altération distincts et non synchrones. A l'échelle microscopique, la reconstitution des séquences d'ouverture - percolation - colmatage des fissures est délicate. Cependant, l'étude de leurs caractéristiques géométriques (orientations, rayons, densités volumiques) et de ce fait de leurs porosités, surfaces d'échanges et perméabilités, permet de visualiser leurs rôles distincts dans la propagation des fluides. Ces microstructures sont très nombreuses dans les granites et peuvent impliquer des perméabilités élevées mais variables dans le temps. Ceci a été confirmé par le biais d'une modélisation de l'évolution spatio-temporelle d'une perméabilité de fissures suite à des interactions fluide-roche.<br />Les modèles de perméabilité utilisés (géométriques ou statistiques) dans les deux précédentes approches restent très dépendants de la définition de l'ouverture caractéristique des drains. Une fracture réelle dans une masse rocheuse est caractérisée par des épontes qui ne sont ni parallèles ni forcément imbriquées. L'étude de ces fractures naturelles, à échelle macro et microscopique, complétée par une modélisation plus théorique de leur comportement hydro-mécanique, a permis de mettre en évidence l'influence des rugosités de surface sur la propagation des écoulements fluides et donc des altérations.<br />Ces fractures sont formées et percolées sous l'influence de régimes tectoniques qui contrôlent leur orientation. A Soultz-sous-Forêts, un important système de veines de quartz témoigne d'une phase d'extension majeure à l'Oligocène. Ces fractures ont été successivement percolées et colmatées par des fluides. La pression fluide caractéristique de ces séquences d'ouverture-colmatage des fractures peut être contrainte par une étude microthermométrique des inclusions fluides présentes dans les quartz secondaires qui colmatent les veines. La prise en compte de i) la répartition géométrique des pôles des filons, ii) de considérations empiriques des critères de rupture, et iii) des pressions fluides, a permis finalement de mettre au point une méthodologie de quantification des tenseurs de paléocontraintes à l'origine du développement des systèmes filoniens à Soultz.

Les ondes hydrothermales constituent un système modèle d'ondes non-linéaires dont nous étudions expérimentalement la transition vers le chaos spatio-temporel. A une dimension d'espace, par comparaison entre une cellule annulaire périodique et une cellule rectangulaire de taille finie, nous montrons que l'instabilité primaire en ondes ne survient dans ce dernier cas que lorsque la transition convectif/absolu est franchie. Nous isolons de même pour l'instabilité secondaire d'Eckhaus les régimes d'instabilité convective et absolue. A deux dimensions d'espace dans une cellule cylindrique, nous étudions la structuration de l'écoulement de base en rouleaux corotatifs, puis les différents modes d'instabilités en fonction de la différence de température appliquée et de la hauteur de fluide~: spirales d'Archimède, cibles, fleurs et rayons apparaissent chacuns par bifurcation de Hopf supercritique. Deux modes d'ondes hydrothermales sont alors distingués. Nous tentons d'expliquer l'existence de ces deux modes différents par une étude théorique et numérique: nous quantifions les effets de la courbure sur les instabilités à deux dimensions.

Les champignons sont des organismes hétérotrophes ubiquistes jouant des rôles pivots dans de nombreux écosystèmes (e.g. décomposeurs, symbiontes) et formant une lignée eucaryote majeure. Les Chytridiomycota constituent les branches basales du règne des Champignons, soit une position critique pour la compréhension de la radiation évolutive fongique. Or, ce groupe a été peu étudié, ce qui ne permet qu'une résolution partielle de ces relations évolutives. Ici, nous décrivons la diversité fongique, en ciblant principalement les Chytridiomycota via des analyses de génomique environnementale. Des échantillons de diverses natures ont été collectés au niveau de sources hydrothermales marines profondes qui sont connues pour être des hotspots de diversité, avec un fort taux d'endémisme. Pour l'analyse des séquences moléculaires obtenues, une base de données (PHYMYCO-DB) portant sur des marqueurs moléculaires fiables et dédiés à la phylogénie fongique, a été créée puis mise en ligne. Des outils moléculaires développés au cours de cette thèse ont permis de récupérer six phylotypes Chytridiomycota dont quatre produisent des branches non-décrites à ce jour. De plus, la diversité obtenue n'est pas limitée au clade des Opisthokonta (i.e. principalement les règnes des Animaux et des Champignons) puisqu'il a également été observé un phylotype Apusozoa et deux phylotypes ayant une position indéfinie à la base des Unikonta. Ces résultats offrent des perspectives pour la description de nouveaux organismes via le séquençage de génomes ou l'imagerie. Ces organismes sont également prometteurs pour la résolution des relations évolutives chez les Opisthokonta, les Unikonta, voire les Bikonta.