Introdução: As infecções respiratórias causam elevadas morbidade e mortalidade, sendo os vírus os principais agentes destas doenças. O monitoramento e vigilância de vírus respiratórios, desde os mais conhecidos até os emergentes, são importantes para a gestão em saúde, orientando tempo de profilaxia e minimizando o impacto de epidemias nas comunidades. Objetivos: Estudar a epidemiologia molecular do vírus sincicial respiratório (VSR) e descrever a epidemiologia dos seguintes vírus: influenza (IF), influenza A (H1N1), adenovírus (AdV) e parainfluenza (PIV) no Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Para isso foram conduzidos três estudos: (1) caracterização das infecções respiratórias causadas por VSR, IF, AdV e PIV em crianças; (2) validação de uma técnica de reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) para detecção de VSR A/B e IF A/B e (3) caracterização de genótipos do VRS em crianças com infecções comunitárias e hospitalares. Métodos: No primeiro estudo foram levantadas as seguintes variáveis: casos de infecções respiratórias por VSR, AdV, PIV ou IF e H1N1; internações em enfermarias hospitalares e internações em unidades de terapia intensiva (UTI); infecções hospitalares e taxas de letalidade. As variáveis foram coletadas durante o atendimento de crianças (idade 0-12 anos) no HCPA entre 2007 e 2010. No segundo estudo, os alvos do ensaio de RT-PCR foram: o gene da proteína da matriz de IFA, o gene da hemaglutinina do IFB e o gene da nucleoproteína de RSVA/B. A especificidade do ensaio e seu limite de detecção foram determinados. Uma comparação entre RT-PCR e imunofluorescência indireta foi realizada. No terceiro estudo, 63 isolados de VSR (21 de origem nosocomial e 42 adquiridos na comunidade) foram sequenciados para estabelecer uma análise filogenética deste vírus. Resultados: Cada um dos vírus estudados apresentou um comportamento diferente. O VSR demonstrou ser o principal agente envolvido em infecções nosocomiais. Já os pacientes com AdV, bem como o VSR, apresentaram altas taxas de admissão em UTI em 2007 e 2010. O AdV e o H1N1 tiveram as maiores taxas de letalidade. O ensaio de RT-PCR mostrou-se específico e foi mais sensível do que a imunofluorescência, sendo capaz de detectar co-infecções. Os seguintes limites de detecção foram obtidos: 1 cópia/mL para a IFA, 10 cópias/mL para IFB, 5 cópias/mL para RSVA e 250 cópias/mL para RSVB. A investigação dos genótipos de VSR revelou que todos os isolados VSRA circulantes eram do mesmo grupo filogenético, o genótipo NA1 de origem japonesa. Por outro lado, os isolados VSRB foram distribuídos em grupos diferentes: BA4, POA1, POA2, POA3 e POA4. Este estudo foi o primeiro que descreveu a circulação do genótipo NA1 no Brasil, bem como quatro novos genótipos (POA1, POA2, POA3 e POA4). Conclusão: Os resultados obtidos no primeiro estudo demonstram o impacto das epidemias sazonais de vírus respiratórios. O segundo estudo corroborou relatos da literatura que técnicas moleculares, como RT-PCR, são adequadas para a detecção de vírus respiratórios. O terceiro estudo relatou genótipos emergentes de VSR. Estudos de vigilância como os descritos acima deveriam ser conduzidos periodicamente para acompanhar o padrão de comportamento dos vírus na população alvo. / Background: Respiratory tract infections of viral origin are a major cause of morbidity and mortality worldwide. Surveillance of well-known viruses and emerging threats is important for management, prophylaxis and to minimize impact on the community. Objective: To study the molecular epidemiology of respiratory syncytial virus (RSV) and describe the epidemiology of viruses: influenza (IF), influenza A (H1N1), adenovirus (AdV) and parainfluenza (PIV) at Hospital de Clinicas de Porto Alegre. Three studies were performed: (1) characterization of respiratory infections caused by RSV, IF, AdV and PIV in children, (2) validation of a technique of polymerase chain reaction in real-time (RT-PCR) to detect RSVA/B and IFA/B and (3) detection of genotypes of RSV in children with communityand hospital-acquired infection. Methods: In the first study, variables such as number of cases of viral (RSV, AdV, PIV or IF and H1N1) infection, hospitalizations in general wards and intensive care units (ICUs), nosocomial infections and lethality rates were collected. These variables obtained from each children (age 0-12 years) between 2007 and 2010. In the second study the assay RT-PCR was used to target the matrix gene of IFA, the hemagglutinin gene of IFB and the nucleoprotein gene of RSVA/B. The specificity of the assay and its limit of detection were determined. A comparison of RT-PCR and indirect immunofluorescence was performed. In the third study, 63 RSV isolates (21 nosocomial and 42 community-acquired) were submitted to sequencing to establish a phylogenetic analysis of this virus. Results: The different viruses presented a diversity of behaviors according to hospitalization, nosocomial outbreaks or lethality in children. RSV accounted for most nosocomial infections. Rates of ICU admission for AdV and RSV infection were highest in 2007 and 2010. During 2008–2009, H1N1 and AdV had the highest ICU admission rates. AdV and H1N1 had the highest lethality rates. The RT-PCR assay was more sensitive than immunofluorescence and it was able to detect viral co-infections. Futhermore, the limits of detection were 1 copy/μL for IFA, 10 copies/μL for IFB, 5 copies/μL for RSVA, and 250 copies/μL for RSVB. The genotyping study showed that hospital- and community-acquired RSVA isolates were from the same phylogenetic group (the same group of the NA1 Japanese isolates). Conversely, RSVB isolates were distributed across different groups: BA4, POA1, POA2, POA3 and POA4. This was the first study to describe circulation of the NA1 genotype in Brazil, as well as four RSVB genotypes: POA1, POA2, POA3 and POA4. Conclusion: The results obtained in the first study demonstrate the impact of seasonal epidemics of respiratory viruses. The second study confirmed that molecular techniques such as RT-PCR, are suitable for the detection of respiratory viruses. The third study reported emerging genotypes of RSV. Surveillance studies such as this should be performed periodically to monitor the behavior pattern of the virus in the target population.

O vírus respiratório sincicial (RSV) é responsável por importante morbidade em receptores de transplante de células tronco-hematopoéticas (TCTH), especialmente no período que antecede a enxertia. A imunidade induzida pela infecção pelo RSV é transitória e as reinfecções são freqüentes. O comportamento e papel dos anticorpos anti-RSV em receptores de TCTH é desconhecido. Em amostras de soro estocadas, ensaio imunoenzimático (ELISA) foi aplicado para detecção de anticorpos anti-RSV para avaliar a dinâmica desses anticorpos antes e após o TCTH, em pacientes com e sem infecção pelo RSV, bem como a resposta de anticorpos específicos nos pacientes com infecção pelo RSV diagnosticada por imunofluorescência direta. A mediana do tempo de coleta das amostras pré-TCTH foi de -35 e -44 dias nos casos e controles, respectivamente, com média de títulos de anticorpos anti-RSV de 2490 UA/mL e 2872 UA/mL, respectivamente. Após o transplante, as medianas de tempo das 3 amostras analisadas dos pacientes com infecção pelo RSV foram d+14, d+52 e d+89 e os respectivos títulos de anticorpos foram 2457 UA/mL, 2715 UA/mL e 2950 UA/mL. Nos pacientes sem infecção pelo RSV (controles), as medianas de tempo das 3 amostras analisadas foram d+9, d+69 e d+93 e os respectivos títulos de anticorpos foram 2738 UA/mL, 2794 UA/mL e 2642 UA/mL. Não houve diferença estatística entre os dois grupos. Nenhum dos pacientes com infecção pelo RSV apresentou elevação de quatro vezes nos títulos de anticorpos / Respiratory syncytial virus (RSV) infection can cause significant morbidity and mortality in haematopoietic stem cell transplant (HSCT) recipients, especially when upper respiratory tract infection (RTI) progresses to lower RTI, which is expected to occur in more than 50% of the patients. The humoral immunity induced by RSV infection is transient and reinfections are frequent. The dynamics and role of anti-RSV antibodies in HSCT recipients are unknown. In stored serum samples, an enzyme-linked immunosorbent assay (EIA) was applied to evaluate the dynamics of anti-RSV antibodies in HSCT recipients with and without RSV infection, as well as the specific humoral response in HSCT recipients with RSV infection diagnosed by direct immunofluorescent assay in nasal wash samples. Pre-transplant samples were selected at a median time of 35 and 44 days and the mean concentration of RSV antibodies were 2490 AU/mL and 2872 AU/mL, in cases and controls, respectively. After HSCT, serum samples from patients with RSV infection (cases) were evaluated at median time of 14, 52 and 89 days, and the respective mean concentrations of anti- RSV antibodies were 2457 AU/mL, 2715 AU/mL and 2950 AU/mL. In patients without RSV (controls), serum samples were evaluated at median time of 9, 69 and 93 days, and the respective mean concentrations of anti-RSV antibodies were 2738 AU/mL, 2794 AU/mL e 2642 AU/mL. Difference was not statistically significant. No patient developed a four-fold rise in RSV antibody titers

Introdução: As infecções respiratórias causam elevadas morbidade e mortalidade, sendo os vírus os principais agentes destas doenças. O monitoramento e vigilância de vírus respiratórios, desde os mais conhecidos até os emergentes, são importantes para a gestão em saúde, orientando tempo de profilaxia e minimizando o impacto de epidemias nas comunidades. Objetivos: Estudar a epidemiologia molecular do vírus sincicial respiratório (VSR) e descrever a epidemiologia dos seguintes vírus: influenza (IF), influenza A (H1N1), adenovírus (AdV) e parainfluenza (PIV) no Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Para isso foram conduzidos três estudos: (1) caracterização das infecções respiratórias causadas por VSR, IF, AdV e PIV em crianças; (2) validação de uma técnica de reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) para detecção de VSR A/B e IF A/B e (3) caracterização de genótipos do VRS em crianças com infecções comunitárias e hospitalares. Métodos: No primeiro estudo foram levantadas as seguintes variáveis: casos de infecções respiratórias por VSR, AdV, PIV ou IF e H1N1; internações em enfermarias hospitalares e internações em unidades de terapia intensiva (UTI); infecções hospitalares e taxas de letalidade. As variáveis foram coletadas durante o atendimento de crianças (idade 0-12 anos) no HCPA entre 2007 e 2010. No segundo estudo, os alvos do ensaio de RT-PCR foram: o gene da proteína da matriz de IFA, o gene da hemaglutinina do IFB e o gene da nucleoproteína de RSVA/B. A especificidade do ensaio e seu limite de detecção foram determinados. Uma comparação entre RT-PCR e imunofluorescência indireta foi realizada. No terceiro estudo, 63 isolados de VSR (21 de origem nosocomial e 42 adquiridos na comunidade) foram sequenciados para estabelecer uma análise filogenética deste vírus. Resultados: Cada um dos vírus estudados apresentou um comportamento diferente. O VSR demonstrou ser o principal agente envolvido em infecções nosocomiais. Já os pacientes com AdV, bem como o VSR, apresentaram altas taxas de admissão em UTI em 2007 e 2010. O AdV e o H1N1 tiveram as maiores taxas de letalidade. O ensaio de RT-PCR mostrou-se específico e foi mais sensível do que a imunofluorescência, sendo capaz de detectar co-infecções. Os seguintes limites de detecção foram obtidos: 1 cópia/mL para a IFA, 10 cópias/mL para IFB, 5 cópias/mL para RSVA e 250 cópias/mL para RSVB. A investigação dos genótipos de VSR revelou que todos os isolados VSRA circulantes eram do mesmo grupo filogenético, o genótipo NA1 de origem japonesa. Por outro lado, os isolados VSRB foram distribuídos em grupos diferentes: BA4, POA1, POA2, POA3 e POA4. Este estudo foi o primeiro que descreveu a circulação do genótipo NA1 no Brasil, bem como quatro novos genótipos (POA1, POA2, POA3 e POA4). Conclusão: Os resultados obtidos no primeiro estudo demonstram o impacto das epidemias sazonais de vírus respiratórios. O segundo estudo corroborou relatos da literatura que técnicas moleculares, como RT-PCR, são adequadas para a detecção de vírus respiratórios. O terceiro estudo relatou genótipos emergentes de VSR. Estudos de vigilância como os descritos acima deveriam ser conduzidos periodicamente para acompanhar o padrão de comportamento dos vírus na população alvo. / Background: Respiratory tract infections of viral origin are a major cause of morbidity and mortality worldwide. Surveillance of well-known viruses and emerging threats is important for management, prophylaxis and to minimize impact on the community. Objective: To study the molecular epidemiology of respiratory syncytial virus (RSV) and describe the epidemiology of viruses: influenza (IF), influenza A (H1N1), adenovirus (AdV) and parainfluenza (PIV) at Hospital de Clinicas de Porto Alegre. Three studies were performed: (1) characterization of respiratory infections caused by RSV, IF, AdV and PIV in children, (2) validation of a technique of polymerase chain reaction in real-time (RT-PCR) to detect RSVA/B and IFA/B and (3) detection of genotypes of RSV in children with communityand hospital-acquired infection. Methods: In the first study, variables such as number of cases of viral (RSV, AdV, PIV or IF and H1N1) infection, hospitalizations in general wards and intensive care units (ICUs), nosocomial infections and lethality rates were collected. These variables obtained from each children (age 0-12 years) between 2007 and 2010. In the second study the assay RT-PCR was used to target the matrix gene of IFA, the hemagglutinin gene of IFB and the nucleoprotein gene of RSVA/B. The specificity of the assay and its limit of detection were determined. A comparison of RT-PCR and indirect immunofluorescence was performed. In the third study, 63 RSV isolates (21 nosocomial and 42 community-acquired) were submitted to sequencing to establish a phylogenetic analysis of this virus. Results: The different viruses presented a diversity of behaviors according to hospitalization, nosocomial outbreaks or lethality in children. RSV accounted for most nosocomial infections. Rates of ICU admission for AdV and RSV infection were highest in 2007 and 2010. During 2008–2009, H1N1 and AdV had the highest ICU admission rates. AdV and H1N1 had the highest lethality rates. The RT-PCR assay was more sensitive than immunofluorescence and it was able to detect viral co-infections. Futhermore, the limits of detection were 1 copy/μL for IFA, 10 copies/μL for IFB, 5 copies/μL for RSVA, and 250 copies/μL for RSVB. The genotyping study showed that hospital- and community-acquired RSVA isolates were from the same phylogenetic group (the same group of the NA1 Japanese isolates). Conversely, RSVB isolates were distributed across different groups: BA4, POA1, POA2, POA3 and POA4. This was the first study to describe circulation of the NA1 genotype in Brazil, as well as four RSVB genotypes: POA1, POA2, POA3 and POA4. Conclusion: The results obtained in the first study demonstrate the impact of seasonal epidemics of respiratory viruses. The second study confirmed that molecular techniques such as RT-PCR, are suitable for the detection of respiratory viruses. The third study reported emerging genotypes of RSV. Surveillance studies such as this should be performed periodically to monitor the behavior pattern of the virus in the target population.

O Vírus Respiratório Sincicial Humano (HRSV) é considerado o principal causador de doenças agudas do trato respiratório inferior durante a infância, sendo o principal responsável por um elevado índice de hospitalização de crianças com até cinco anos de idade. Possui distribuição mundial, podendo acometer todas as faixas etárias, entretanto as crianças de 6 semanas a 9 meses são as que desenvolvem problemas mais sérios, como pneumonia e bronquiolite. A epidemia de HRSV apresenta uma sazonalidade bem clara, ocorrendo anualmente no período de outono tardio, inverno ou início da primavera, mas não durante o verão. No presente estudo foi realizada a análise da região G2 da glicoproteína G do HRSV. Um total de 44 amostras positivas para o HRSV do Hospital Universitário (HU) da Universidade de São Paulo (USP), nos anos de 2007-2008, foram seqüenciadas e posteriormente analisadas, sendo então comparadas com seqüências obtidas do NCBI/GeneBank. A análise filogenética mostrou que os genótipos GA2 e GA5, do grupo A, foram os predominantes nos anos de 2007 e 2008, alternando o padrão verificado nos anos anteriores, onde os genótipos do grupo B foram altamente predominantes. A comparação das mutações sinônimas e não sinônimas mostrou uma grande evidência de seleção positiva nos genótipos GA2 e GA5 do grupo A. / Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is considered the most common cause of lower respiratory tract disease in infants and young children and are the main guilty for the elevated children hospitalizations rate under 5 years of age. The HRSV has a world-wide distribution, being able to attack all the ages however the 6 weeks to 9 months children of are the ones that develop more serious problems as pneumonia and bronquiolite. The HRSV outbreak presents a well defined season, occurring annually in the delayed falls period, winter or springs beginning, but not during the summer. In the present study, we performed a phylogenetic analysis from G2 region of HRSV G glycoprotein. Forty four samples positive for HRSV from University Hospital (UH) of University of Sao Paulo (USP) in 2007-2008, were submitted to sequencing by PCR and compared with GenBank sequences. Phylogenetic analysis revealed that HRSV group A genotypes GA2 and GA5 was the predominant in 2007-2008, alternating the standard verified in the previous years, where the group B genotypes had been highly predominant. Comparison of the synonymous/nonsynonymous mutation ratios showed greater evidence for positive selection pressure for group A genotypes GA2 and GA5.

Para avaliar os benefícios da comunicação rápida ao clínico do diagnóstico de vírus respiratórios, foi analisado a viabilidade econômica de 2 testes, com o tempo de entrega de resultado em 2 horas para teste rápido e 48 horas para Biologia Molecular. As amostras coletadas foram processadas utilizando técnicas convencionais e os testes disponíveis no mercado local. Foram escolhidos dois testes rápidos pelo método de imunocromatografia para quatro parâmetros analíticos: Influenza A, Influenza H1N1, Influenza B e Vírus Sincicial Respiratório (RSV) e em Biologia Molecular um teste de RT-PCR multiplex com 25 patógenos entre vírus e bactérias. O tipo de amostra utilizada foi swab e lavado de nasofaringe. A população escolhida para o estudo foi paciente adulto, em tratamento de câncer, que necessita de uma resposta rápida já que a maioria se encontra com comprometimento do sistema imune por doença ou por tratamento. O estudo foi transversal, realizado entre os anos de 2012 e 2013, para avaliar a viabilidade econômica da introdução de testes de diagnóstico da infecção respiratória aguda de etiologia viral a partir de amostras de nasofaringe em pacientes com câncer atendidos no Centro de Atendimento de Oncologia Intercorrência (CAIO ), do Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP), hospital público que atende exclusivamente Sistema Único de Saúde (SUS) e Hospital A.C. Camargo, que atende tanto a pacientes do SUS como da rede privada. O estudo incluiu 152 pacientes em tratamento para qualquer tipo de câncer, predominantemente do sexo feminino (81 mulheres e 70 homens) com idades entre 18-86 anos. Para participar do estudo o paciente era consultado e o critério para escolha do paciente foi ser portador de câncer, com história de febre (ainda que referida) acompanhada de tosse ou dor de garganta, tosse e sintomas respiratórios agudos, atendidos por protocolo padronizado que inclui avaliação na admissão, seguimento e manejo antimicrobiano. Para a avaliação econômica os pacientes foram classificados de acordo com o estado geral de saúde, se apresentavam bom estado de estado de saúde poderiam receber alta e faziam uso da medicação em casa evitando 5 dias de internação se recebessem algum resultado para Influenza ou RSV, no entanto os pacientes que apresentavam outro vírus, resultado negativo ou o estado geral era ruim permaneciam internados por 7 dias em observação e cuidados com medicação adequada. Foram realizadas análises econômicas em dois âmbitos: o sistema de saúde publico e o privado considerando o fator diminuição de dias de internação. A analise de Custo-benefício foi eficiente no Sistema privado mas inadequada para o SUS assim como, qualquer outra medida monetária já que os valores de reembolso do SUS estão defasados do custo de qualquer internação. A análise de Custo-efetividade que olha para outros fatores além do monetário foi efetiva nos dois sistemas que enfrentam falta de leitos além da condição de saúde do paciente de evitar a ingestão desnecessária de antibióticos, evitar os gastos do acompanhante, perda de dias de trabalho e estudo. Não houve correspondência de resultados dos testes rápidos com o multiplex de Biologia Molecular / To evaluate the benefits of the rapid communication of the respiratory viruses\' diagnosis to the doctor, the economic feasibility of two tests was analyzed, with the result delivery time within 2-hours for the rapid test and 48 hours for Molecular Biology. The samples were processed using conventional techniques and the available tests in the local market. Two rapid tests were selected by the immunochromatography method for four analytical parameters: Influenza A, Influenza A H1N1, Influenza B, and Respiratory Syncytial Virus (RSV) and in Molecular Biology a multiplex RT-PCR assay with 25 pathogens between viruses and bacteria. The type of sample used was swab and nasopharyngeal wash. The population chosen for the study was of adult patients undergoing cancer treatment, which requires a rapid response since most have a compromised immune system due to the disease or treatment. The study, conducted between 2012 and 2013, was cross-sectional to evaluate the economic feasibility of introducing diagnostic tests for acute respiratory infection of viral etiology from nasopharyngeal samples of patients with cancer attended at the Oncology Intercurrence Care Center (CAIO), at the Cancer Institute of the São Paulo State (ICESP), at public hospital that attends exclusively the Unified Health System (SUS) and at AC Camargo hospital, which attends SUS patients as well as the private health system. The study included 152 patients undergoing treatment for any type of cancer, predominantly female (81 women and 70 men) between 18 and 86 years. To participate in the study, the patients were consulted and the criteria for choosing a patient was to be a cancer patient with a history of fever (even if referred) accompanied by cough or sore throat, coughing and acute respiratory symptoms, attended by standardized protocol that includes an evaluation at the admission, tracking and antimicrobial management. For the economic evaluation, patients were classified according to the general health condition. If they were in a good health condition, they could receive medical discharge and make use of the medication at home avoiding five days of hospitalization when receiving a result for influenza or RSV. However, the patients with other viruses, negative results or with bad general condition remained hospitalized for seven days under observation and care with proper medication. Economic analyzes were carried out in two areas: the public health system and private health system considering the factor decreased length of hospital stay. The cost-benefit analysis was efficient in the private system but inadequate for the NHS as well as any other monetary measure since the SUS reimbursement values are too low when compared to the cost of any other hospital. The cost-effectiveness analysis that looks at other factors besides money was effective in both systems that were facing lack of beds in addition to the health condition of the patient to avoid unnecessary intake of antibiotics, avoid the costs of the accompanying person, loss of working and study days. There were no results correspondences of the rapid tests with the Molecular Biology multiplex

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-03-31 / Acute respiratory infections, especially upper respiratory tract infections (URTI), are the most frequent causes of infantile morbidity in the world. Day-care facilities are closed, with great circulation of people and infectious agents as well, being therefore prone to the spreading of viral respiratory infections. Mathematical epidemic models are quantitative analysis methods that might be used for understanding and predicting the transmission dynamics of infectious diseases. Objective: Verify the monthly incidence of URTI, of 8 respiratory viruses, and to simulate a mathematical model, evaluating its qualitative and quantitative behavior regarding true data from URTI in school of infantile education in integral period children. Casuistic and Methods: From July 2003 to July 2004, all children (173) in the school of infantile education in integral period were followed from 1.6 to 12 months. Them presenting signs of respiratory infections were examined and their nasopharyngeal aspirate specimen was collected, in a total of 255 analyses. Soon after, specific multiplex trial of reverse transcription, followed by the polymerase chain reaction (multiplex RT-PCR), was accomplished for identification of the 8 viruses related to respiratory infections. Results and Conclusions: The average incidence of URTI was 2.33 episodes per child-year. URTI was observed throughout the year of study, especially in the fall and winter, lowering during spring and presenting few cases in summer. Rhinovirus presented the greatest incidence, being observed throughout the period of study. Influenza B, respiratory syncytial virus (RSV), and metapneumovirus presented lower incidence, especially during fall and winter. URTI caused by other analyzed viruses - influenza A, parainfluenza 1, 2, and 3 were rare. The evaluation of the mathematical model through simulations has provided promising results, as it was possible to get true data reproduction. The model is promising. Having its suppositions adequate, it might be useful for understanding the dynamics and spreading of diseases, planning and evaluating prevention and immunization strategies in epidemics. / As infecções respiratórias agudas, em especial as infecções das vias aeríferas superiores (IVAS), são as causas mais freqüentes de morbidade infantil no mundo. As creches são ambientes fechados, onde há grande circulação de pessoas e também de agentes infecciosos, sendo então favoráveis à disseminação de infecções respiratórias virais. Os modelos epidemiológicos matemáticos são métodos de análise quantitativos e podem ser usados para compreensão e predição da dinâmica de transmissão de uma doença infecciosa. Objetivo: Verificar a incidência mensal de IVAS, de 8 vírus respiratórios, e simular um modelo matemático, avaliando seu comportamento qualitativo e quantitativo em relação aos dados reais de IVAS nas crianças da Escola de Educação Infantil em período integral. Casuística e Método: Todas as crianças (173) que freqüentaram a escola no período de julho de 2003 a julho de 2004 foram acompanhadas por 1,6 a 12 meses. Elas apresentaram sinais de IVAS foram examinadas e tiveram coletado espécime de aspirado de nasofaringe, perfazendo um total de 255 análises. Em seguida, foi realizado ensaio específico multiplex de transcrição reversa seguida da reação em cadeia de polimerase (multiplex RT-PCR) para identificação dos 8 vírus relacionados às IVAS. Resultados e Conclusões: A incidência média de IVAS foi de 2,33 episódios por criança-ano. As IVAS incidiram durante todo o período do estudo, principalmente no outono e inverno, decaindo na primavera e com poucos casos no verão. O rinovírus teve maior incidência tendo sido observado em todos os períodos em que ocorreram episódios de IVAS. Influenza B, vírus sincicial respiratório (VSR) e metapneumovírus ocorreram com menor incidência, principalmente no outono e inverno. IVAS causadas pelos outros vírus analisados influenza A, parainfluenza 1, 2 e 3 foram raras. A avaliação do modelo matemático, por meio de simulações, forneceu resultados animadores, visto que se conseguiu a reprodução dos dados reais. O modelo é promissor. Com a adequação das suas suposições, pode ser útil para a compreensão das dinâmicas de disseminação de doenças, planejamento e avaliação de estratégias de prevenção e de imunização em epidemias.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 joaobatistasalomaojunior_tese.pdf: 726701 bytes, checksum: be09a3fcaa3d491c8ac2601eb72d7961 (MD5) Previous issue date: 2008-02-08 / Acute lower respiratory tract disease (ALRTD) accounts for high infantile mortality and morbidity rate worldwidely. Respiratory syncytial virus (RSV) is frequently found among pathogens. Objectives: The objectives were: 1) to evaluate the RSV frequency in children from 0 to 6 years hospitalized due to acute lower respiratory disease in São José do Rio Preto, SP; 2) to characterize the virus seasoning in this city and 3) to verify possible association among epidemiologic, clinical and diagnostic data with this viral agent. Casuistic and Method: From May 2004 to September 2005, 278 children aged from 0 to 6 years with ALRTD were studied. They have contracted the disease in the community, hospitalized in the children s ward, emergency room and Pediatric Intensive Care Unit of Hospital de Base, São José do Rio Preto. They were asymptomatic in a 7-day period before the beginning of the disease. Questionnaires were used for the children's characterization and their clinical presentation. Samples of nasopharyngeal secretion were collected to identify RSV, using reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Results: The results showed that in the 290 hospitalizations of ALRTD, RSV was positive in 29.3%. ALRTD was more frequent in infants (average = 13.5 months) and male (57.6%). RSV was more frequent in bronchiolitis cases (64%). RSV+ infections were more frequent in the first year of life (35%). In RSV + infections, pneumonia frequency varied from 19.5 to 26.2% in the studied age groups; acute wheezing was observed in 31.8% of children aged over 2 years; bronchiolitis was registered in 62.5% of the children younger than 1 year; pneumonia with pleural effusion was noticed in 18.7% of the children aged over 2 years. Conclusions: The frequency of RSV in children from 0 to 6 years hospitalized due to ALRTD was 29.3% in São José do Rio Preto, SP. The ALRTD were more frequent between June and November 2004. In 2005, the hospitalizations occurred mainly starting from March decreasing in September. There was RSV prevalence in children younger than 2 years, male and with bronchiolitis. The RSV frequency in the hospitalizations was higher in 2004 than in 2005. In the RSV+ infections, the cases of pneumonia had similar occurrence in the studied age groups. There was reduction of the RSV frequency as age increases in the cases of pneumonia with pleural effusion and increase in the cases of acute wheezing; in bronchiolitis most of the RSV+ cases occurred in children younger than1 year. The clinical and radiological data obtained did not allow the proper identification of the infection by RSV. Laboratory examination by means of RT-PCR was necessary to identify it. / As doenças agudas do aparelho respiratório inferior (DARI) são responsáveis por altos índices de mortalidade e morbidade infantil em todo mundo. Dentre os patógenos predominantes encontra-se o vírus sincicial respiratório (VSR). Objetivos: Os objetivos foram: 1) avaliar a freqüência do VSR em crianças de 0 a 6 anos hospitalizadas por DARI em São José do Rio Preto, SP; 2) caracterizar a sazonalidade do vírus nessa cidade e 3) evidenciar possível associação de dados epidemiológicos, clínicos e diagnósticos e este agente viral. Casuística e Método: No período de maio de 2004 a setembro de 2005 foram estudadas 278 crianças de 0 a 6 anos com DARI adquirida na comunidade, internadas na enfermaria, emergência e Unidade de Terapia Intensiva Pediátrica do Hospital de Base de São José do Rio Preto, que estavam assintomáticas por um período de 7 dias antes do início da doença. Foram utilizados questionários para caracterização das crianças e do quadro clínico. Para identificação do VSR foram coletadas amostras de secreção de nasofaringe, utilizando-se a técnica de Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Resultados: Os resultados mostraram que nas 290 internações por DARI, o VSR foi positivo em 29,3%. DARI foi mais freqüente em lactentes (mediana = 13,5 meses) e do gênero masculino (57,6%). O VSR foi mais freqüente nos casos de bronquiolite (64%). As infecções VSR+ foram mais freqüentes no primeiro ano de vida (35%). Nas infecções VSR+, a freqüência de pneumonia variou de 19,5 a 26,2% nas faixas etárias estudadas; em 31,8% das crianças maiores de 2 anos observou-se sibilância aguda; bronquiolite foi registrada em 62,5% das crianças menores de 1 ano; pneumonia com derrame pleural foi notada em 18,7% das crianças maiores de 2 anos. Conclusões: A freqüência do VSR em crianças de 0 a 6 anos hospitalizadas por DARI em São José do Rio Preto, SP, foi 29,3%. As DARI foram mais freqüentes entre junho e novembro de 2004. Em 2005, as internações ocorreram principalmente a partir de março, com queda em setembro. Houve predomínio do VSR em crianças de 0 a 2 anos, do gênero masculino e com bronquiolite. A freqüência do VSR nas internações foi maior em 2004 que em 2005. Nas infecções VSR+ os casos de pneumonia tiveram ocorrência semelhante nas faixas etárias estudadas. Houve redução da freqüência do VSR com aumento da idade nos casos de pneumonia com derrame pleural e aumento nos casos de sibilância aguda; na bronquiolite a maioria dos casos VSR+ ocorreu em crianças menores de 1 ano. Os dados clínicos e radiológicos encontrados não permitiram a identificação correta da infecção pelo VSR, havendo necessidade do exame laboratorial pela técnica RT-PCR para sua identificação.

Para avaliar os benefícios da comunicação rápida ao clínico do diagnóstico de vírus respiratórios, foi analisado a viabilidade econômica de 2 testes, com o tempo de entrega de resultado em 2 horas para teste rápido e 48 horas para Biologia Molecular. As amostras coletadas foram processadas utilizando técnicas convencionais e os testes disponíveis no mercado local. Foram escolhidos dois testes rápidos pelo método de imunocromatografia para quatro parâmetros analíticos: Influenza A, Influenza H1N1, Influenza B e Vírus Sincicial Respiratório (RSV) e em Biologia Molecular um teste de RT-PCR multiplex com 25 patógenos entre vírus e bactérias. O tipo de amostra utilizada foi swab e lavado de nasofaringe. A população escolhida para o estudo foi paciente adulto, em tratamento de câncer, que necessita de uma resposta rápida já que a maioria se encontra com comprometimento do sistema imune por doença ou por tratamento. O estudo foi transversal, realizado entre os anos de 2012 e 2013, para avaliar a viabilidade econômica da introdução de testes de diagnóstico da infecção respiratória aguda de etiologia viral a partir de amostras de nasofaringe em pacientes com câncer atendidos no Centro de Atendimento de Oncologia Intercorrência (CAIO ), do Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP), hospital público que atende exclusivamente Sistema Único de Saúde (SUS) e Hospital A.C. Camargo, que atende tanto a pacientes do SUS como da rede privada. O estudo incluiu 152 pacientes em tratamento para qualquer tipo de câncer, predominantemente do sexo feminino (81 mulheres e 70 homens) com idades entre 18-86 anos. Para participar do estudo o paciente era consultado e o critério para escolha do paciente foi ser portador de câncer, com história de febre (ainda que referida) acompanhada de tosse ou dor de garganta, tosse e sintomas respiratórios agudos, atendidos por protocolo padronizado que inclui avaliação na admissão, seguimento e manejo antimicrobiano. Para a avaliação econômica os pacientes foram classificados de acordo com o estado geral de saúde, se apresentavam bom estado de estado de saúde poderiam receber alta e faziam uso da medicação em casa evitando 5 dias de internação se recebessem algum resultado para Influenza ou RSV, no entanto os pacientes que apresentavam outro vírus, resultado negativo ou o estado geral era ruim permaneciam internados por 7 dias em observação e cuidados com medicação adequada. Foram realizadas análises econômicas em dois âmbitos: o sistema de saúde publico e o privado considerando o fator diminuição de dias de internação. A analise de Custo-benefício foi eficiente no Sistema privado mas inadequada para o SUS assim como, qualquer outra medida monetária já que os valores de reembolso do SUS estão defasados do custo de qualquer internação. A análise de Custo-efetividade que olha para outros fatores além do monetário foi efetiva nos dois sistemas que enfrentam falta de leitos além da condição de saúde do paciente de evitar a ingestão desnecessária de antibióticos, evitar os gastos do acompanhante, perda de dias de trabalho e estudo. Não houve correspondência de resultados dos testes rápidos com o multiplex de Biologia Molecular / To evaluate the benefits of the rapid communication of the respiratory viruses\' diagnosis to the doctor, the economic feasibility of two tests was analyzed, with the result delivery time within 2-hours for the rapid test and 48 hours for Molecular Biology. The samples were processed using conventional techniques and the available tests in the local market. Two rapid tests were selected by the immunochromatography method for four analytical parameters: Influenza A, Influenza A H1N1, Influenza B, and Respiratory Syncytial Virus (RSV) and in Molecular Biology a multiplex RT-PCR assay with 25 pathogens between viruses and bacteria. The type of sample used was swab and nasopharyngeal wash. The population chosen for the study was of adult patients undergoing cancer treatment, which requires a rapid response since most have a compromised immune system due to the disease or treatment. The study, conducted between 2012 and 2013, was cross-sectional to evaluate the economic feasibility of introducing diagnostic tests for acute respiratory infection of viral etiology from nasopharyngeal samples of patients with cancer attended at the Oncology Intercurrence Care Center (CAIO), at the Cancer Institute of the São Paulo State (ICESP), at public hospital that attends exclusively the Unified Health System (SUS) and at AC Camargo hospital, which attends SUS patients as well as the private health system. The study included 152 patients undergoing treatment for any type of cancer, predominantly female (81 women and 70 men) between 18 and 86 years. To participate in the study, the patients were consulted and the criteria for choosing a patient was to be a cancer patient with a history of fever (even if referred) accompanied by cough or sore throat, coughing and acute respiratory symptoms, attended by standardized protocol that includes an evaluation at the admission, tracking and antimicrobial management. For the economic evaluation, patients were classified according to the general health condition. If they were in a good health condition, they could receive medical discharge and make use of the medication at home avoiding five days of hospitalization when receiving a result for influenza or RSV. However, the patients with other viruses, negative results or with bad general condition remained hospitalized for seven days under observation and care with proper medication. Economic analyzes were carried out in two areas: the public health system and private health system considering the factor decreased length of hospital stay. The cost-benefit analysis was efficient in the private system but inadequate for the NHS as well as any other monetary measure since the SUS reimbursement values are too low when compared to the cost of any other hospital. The cost-effectiveness analysis that looks at other factors besides money was effective in both systems that were facing lack of beds in addition to the health condition of the patient to avoid unnecessary intake of antibiotics, avoid the costs of the accompanying person, loss of working and study days. There were no results correspondences of the rapid tests with the Molecular Biology multiplex