Made available in DSpace on 2016-01-13T13:28:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-10-07. Added 1 bitstream(s) on 2016-01-13T13:33:39Z : No. of bitstreams: 1 000855321.pdf: 1398004 bytes, checksum: 326dbbb4b555143ff52169d63ce0621f (MD5) / Introdução: Linfomas Double-Hit (LDH) são neoplasias de alto grau raras, caracterizadas pela translocação do gene MYC concomitante a translocação envolvendo os genes BCL2 e/ou BCL6, cujo diagnóstico depende da realização de exame citogenético, técnica de baixa disponibilidade e elevado custo. Diante disso, tem-se valorizado a identificação de fatores morfológicos e/ou imunofenotípicos que tenham associação com a detecção de tais translocações diagnósticas. Objetivos: Identificar pacientes portadores de LDH em casuística de linfomas Não-Hodgkin de alto grau e avaliar as associações entre os resultados citogenéticos imunoistoquímicos (IHQ) relativos aos marcadores MYC, BCL2 e BCL6. Material e Métodos: Procedeu-se revisão clínico-morfológica de 120 pacientes com diagnóstico de linfoma difuso de grandes células B (LDGCB) e linfoma de Burkitt (LB), com confecção de plataforma de tissue microarray (TMA) para realização IHQ (CD20, CD79a, PAX5, CD10, BCL6, BCL2, MUM1, TDT e c-MYC) e hibridação por fluorescência in situ (FISH) para detecção de translocações dos genes c-MYC, BCL6 e BCL2. Resultados: Detectaram-se três pacientes portadores de LDH: dois com translocações de MYC e BCL2 e um com translocações de MYC e BCL6, todos evoluindo para óbito em menos de seis meses. Entre 90 amostras com citogenética avaliável, houve associação entre IHQ e FISH para MYC (p=0,036) e BCL2 (p=0,001), com concordância regular indicada por valores de Kappa de 0,23 [0,0;0,49] e de 0,35 [0,13;0,56], respectivamente. No grupo de LDGCB (n=72), as translocações envolvendo individualmente os genes MYC, BCL6 e BCL2 representaram 4,1%, 12,5% e 15,2%, respectivamente, sendo a morfologia de céu estrelado fortemente associada à detecção de translocações do gene MYC (p=0,01). Conclusão: A detecção de apenas três pacientes portadores de LDH na casuística estudada, todos com evolução para óbito, corrobora... / Background: Double-Hit Lymphomas (DHL) are rare high-grade neoplasms characterized by the translocation of gene MYC to other translocations involving genes BCL2 and/or BCL6, whose diagnosis depends on the cytogenetic examination, a technique with low availability and high cost. Therefore, it has been valued the identification of morphologic and/or immunophenotypic factors that have association with the detection of those translocations. Objectives: To identify DHL patients in group of high grade non-Hodgkin lymphoma (NHL-B) and evaluate the associations between the cytogenetic and immunohistochemical (IHC) results for the MYC, BCL2 and BCL6 markers. Design: Clinical and morphological review of 120 patients diagnosed with diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) and Burkitt lymphoma (BL) was proceeded, with production of a tissue microarray platform (TMA) to perform IHC (CD20, CD79a, PAX5, CD10, BCL6, BCL2, MUM1, TDT and c-MYC) and fluorescence in situ hybridization (FISH) for detection of c-MYC, BCL2 and BCL6 gene translocations. Results: Three patients with DHL were detected: two with translocations of MYC and BCL2 and one with translocations of MYC and BCL6, all leading to death in less than six months. Among 90 cytogenetically evaluable samples, associations were determined between IHC and FISH for MYC (p=0.036) and BCL2 (p=0.001), though with regular compliance testing, indicated by Kappa value of 0.23 [0.0;0.49] and 0.35 [0.13;0.56], respectively. In the DLBCL group (n=72), MYC, BCL6 and BCL2 translocations were present in 4.1%, 12.5% and 15.2%, respectively. Starry sky morphology was strongly associated with MYC positivity (p=0.01). Conclusion: The detection of only three DHL patients in this series, all evolving to death, confirms the rarity and aggressiveness of this neoplasm. The morphological pattern starry sky and the expression by IHC of MYC and BCL2 can represent possible selection factors for the ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-02-24Bitstream added on 2014-06-13T18:29:26Z : No. of bitstreams: 1 faria_kc_me_sjrp.pdf: 1587104 bytes, checksum: 5b515af867e10b2a892710a2b48a4662 (MD5) / Para verificar a ocorrência de homologias cromossômicas entre espécies de Molossidae e Phyllostomidae (Chiroptera), foram realizadas análises comparativas do bandamento G e, hibridização in situ fluorescente genômica e telomérica nas espécies Carollia perspicillata (Carolliinae), Glossophaga soricina (Glossophaginae), P. hastatus (Phyllostominae), Sturnira lilium, Platyrrhinus lineatus e Artibeus planirostris (Stenodermatinae) de Phyllostomidae e, Molossus ater e Molossus molossus (Molossinae) de Molossidae. As análises do bandamento G evidenciaram que, à exceção de C. perspicillata, todas as demais espécies de Phyllostomidae compartilham homologias cromossômicas com as espécies de Molossidae. As espécies A. planirostris, P. lineatus e S. lilium apresentam 29 dos 32 braços cromossômicos de Molossus. Estas espécies compartilham dois cromossomos inteiros e os braços de oito cromossomos meta ou submetacêntricos destas espécies de Stenodermatinae apresentam homologias com cromossomos acrocêntricos e subtelocêntricos de Molossus. G. soricina também apresenta 29 braços cromossômicos de Molossus, sendo que três cromossomos inteiros são compartilhados e os braços de sete cromossomos de G. soricina apresentam homologias com cromossomos acrocêntricos e subtelocêntricos de Molossus. Todos os braços cromossômicos de P. hastatus apresentaram homologias com os cromossomos de Molossus. P. hastatus e Molossus compartilham cinco cromossomos inteiros e os braços de oito cromossomos de P. hastatus apresentam homologias com os cromossomos acrocêntricos e subtelocêntricos de Molossus. Estes resultados parecem sugerir uma proximidade maior das espécies de Molossidae com P. hastatus (Phyllostominae). Além de rearranjos do tipo fusões e inversões pericêntricas, outros rearranjos cromossômicos não determinados justificam as diferenças entre os cariótipos das espécies de... / To verify the occurrence of chromosome homologies between species of Molossidae and Phyllostomidae (Chiroptera), comparative analysis of the G-banding and, genomic and telomeric fluorescence in situ hibridization were accomplished in the species Carollia perspicillata (Carolliinae), Glossophaga soricina (Glossophaginae), Phyllostomus hastatus (Phyllostominae), Sturnira lilium, Platyrrhinus lineatus and Artibeus planirostris (Stenodermatinae) of Phyllostomidae and, Molossus ater and Molossus molossus (Molossinae) of Molossidae. The analysis of the G-banding evidenced that except C. perspicillata all the other species of Phyllostomidae share chromosome homologies with the species of Molossidae. The species A. planirostris, P. lineatus and S. lilium present 29 of the 32 chromosome arms of Molossus. These species share two whole chromosomes and the arms of eight meta or submetacentric chromosomes of these species of Stenodermatinae present homologies with acrocentric and subtelocentric chromosomes of Molossus. G. soricina also presents 29 chromosome arms of Molossus, in a way that three whole chromosomes are shared and the arms of seven chromosomes of G. soricina present homologies with acrocentric and subtelocentric chromosomes of Molossus. All of the chromosome arms of P. hastatus presented homologies with the chromosomes of Molossus. P. hastatus and Molossus share five whole chromosomes and the arms of eight chromosomes of P. hastatus present homologies with the acrocentrics and subtelocentrics chromosomes of Molossus. These results seem to suggest a larger proximity of the species of Molossidae with P. hastatus (Phyllostominae). Besides rearrangements like fusions and pericentric inversions, other not determined chomosome rearrangements justify the differences between the karyotype of the compared species of Phyllostomidae and Molossidae. The comparative genomic hybridizations with Molossus...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-06-27Bitstream added on 2015-05-14T16:59:02Z : No. of bitstreams: 1 000822376.pdf: 932644 bytes, checksum: 53b39dc2f6dd4c37657a8fa6333a660a (MD5) / Os objetivos deste estudo foram: 1. Correlacionar características clínicas e radiográficas com a microbiota presente no canal radicular de dentes com infecção primária; 2. Monitorar o perfil microbiológico após o preparo biomecânico e uso de diferentes medicações intracanal; 3) Verificar a susceptibilidade de complexos microbianos a diferentes medicações intracanal. Trinta dentes unirradiculares com necrose pulpar e lesão periapical visível radiograficamente foram submetidos ao tratamento endodôntico utilizando hipoclorito de sódio 2,5% como solução irrigadora e divididos em 3 grupos de acordo com a medicação intracanal utilizada: hidróxido de cálcio P.A. + solução salina fisiológica; hidróxido de cálcio P.A. + Zingiber officinale (extrato glicólico de gengibre); hidróxido de cálcio P.A. + gel de clorexidina 2%. Foram realizadas coletas do canal radicular com cones de papel absorvente após a abertura coronária, após a instrumentação e após 14 dias de ação da medicação intracanal. Para análise do conteúdo microbiológico dos canais radiculares, as amostras foram analisadas a partir de sondas de DNA pelo método de hibridização DNA-DNA checkerboard. Além disso, foi realizado teste de avaliação da atividade antimicrobiana do tratamento clínico por cultura microbiológica. Os resultados foram submetidos à análise estatística pelo teste de tendência linear, teste exato de Fisher, teste pareado de Wilcoxon e teste de Mann-Whitney, valor de p < 0,05. Houve associação entre dor à palpação e complexos roxo, verde e laranja. Fístula foi associada ao complexo vermelho. Maiores áreas de reabsorção foram associadas à presença de Capnocytophaga ochracea. Foi observada redução de bactérias após o tratamento endodôntico. Ao utilizar o método de hibridização DNA-DNA checkerboard, as bactérias mais prevalentes foram Strepctococcus anginosus.... / The objectives of this study was: 1. Correlate clinical and radiographic features and microbiota present in root canal of teeth with primary infection; 2 Monitoring the microbiological profile after biomechanical preparation and use of different intracanal medications; 3) Verify the microbial susceptibility of bacterial complexes of different intracanal medications. Thirty single-rooted teeth with pulp necrosis and periapical lesion are undergoing treatment using 2.5% sodium hypochlorite as irrigating solution and divided into 3 groups according to the intracanal medication used: calcium hydroxide + saline solution, calcium hydroxide + 20% ginger glycolic extract, calcium hydroxide + 2 % chlorhexidine gel. Samples of the root canal were taken with absorbent paper cones after the coronal opening, after instrumentation and 14 days after medication. For analysis of the microbial content of the root canal the samples were analyzed from DNA probes using the method of DNA-DNA hybridization checkerboard. In addition, tests of antimicrobial activity of clinical treatment were performed by microbiological culture. The results were statistically analyzed with linear trend test, Fisher’s exact test, Wilcoxon matched pairs test and Mann-Whitney post hoc Dunn test. For all performed tests, a P-value < 0.05 was set as statically significant. There was an association between pain on palpation and purple, green and orange complex. Sinus tract was associated with the red complex. Bone resorptions were associated with the presence of Capnocytophaga. ochracea. The reduction of bacteria was observed after endodontic treatment. By using the method of checkerboard DNA-DNA hybridization, the more prevalent bacteria were Strepctococcus anginosus, Veillonella parvula, Parvimonas micra, Enterococcus faecium and Capnocytophaga ochracia, both initially and after biomechanical preparation. All treatments reduced ....

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Orientador: Eliana Morielle Versute / Banca: Shirley Maria Recco Pimentel / Banca: Guaracy Tadeu Rocha / Resumo: Para verificar a ocorrência de homologias cromossômicas entre espécies de Molossidae e Phyllostomidae (Chiroptera), foram realizadas análises comparativas do bandamento G e, hibridização in situ fluorescente genômica e telomérica nas espécies Carollia perspicillata (Carolliinae), Glossophaga soricina (Glossophaginae), P. hastatus (Phyllostominae), Sturnira lilium, Platyrrhinus lineatus e Artibeus planirostris (Stenodermatinae) de Phyllostomidae e, Molossus ater e Molossus molossus (Molossinae) de Molossidae. As análises do bandamento G evidenciaram que, à exceção de C. perspicillata, todas as demais espécies de Phyllostomidae compartilham homologias cromossômicas com as espécies de Molossidae. As espécies A. planirostris, P. lineatus e S. lilium apresentam 29 dos 32 braços cromossômicos de Molossus. Estas espécies compartilham dois cromossomos inteiros e os braços de oito cromossomos meta ou submetacêntricos destas espécies de Stenodermatinae apresentam homologias com cromossomos acrocêntricos e subtelocêntricos de Molossus. G. soricina também apresenta 29 braços cromossômicos de Molossus, sendo que três cromossomos inteiros são compartilhados e os braços de sete cromossomos de G. soricina apresentam homologias com cromossomos acrocêntricos e subtelocêntricos de Molossus. Todos os braços cromossômicos de P. hastatus apresentaram homologias com os cromossomos de Molossus. P. hastatus e Molossus compartilham cinco cromossomos inteiros e os braços de oito cromossomos de P. hastatus apresentam homologias com os cromossomos acrocêntricos e subtelocêntricos de Molossus. Estes resultados parecem sugerir uma proximidade maior das espécies de Molossidae com P. hastatus (Phyllostominae). Além de rearranjos do tipo fusões e inversões pericêntricas, outros rearranjos cromossômicos não determinados justificam as diferenças entre os cariótipos das espécies de...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: To verify the occurrence of chromosome homologies between species of Molossidae and Phyllostomidae (Chiroptera), comparative analysis of the G-banding and, genomic and telomeric fluorescence in situ hibridization were accomplished in the species Carollia perspicillata (Carolliinae), Glossophaga soricina (Glossophaginae), Phyllostomus hastatus (Phyllostominae), Sturnira lilium, Platyrrhinus lineatus and Artibeus planirostris (Stenodermatinae) of Phyllostomidae and, Molossus ater and Molossus molossus (Molossinae) of Molossidae. The analysis of the G-banding evidenced that except C. perspicillata all the other species of Phyllostomidae share chromosome homologies with the species of Molossidae. The species A. planirostris, P. lineatus and S. lilium present 29 of the 32 chromosome arms of Molossus. These species share two whole chromosomes and the arms of eight meta or submetacentric chromosomes of these species of Stenodermatinae present homologies with acrocentric and subtelocentric chromosomes of Molossus. G. soricina also presents 29 chromosome arms of Molossus, in a way that three whole chromosomes are shared and the arms of seven chromosomes of G. soricina present homologies with acrocentric and subtelocentric chromosomes of Molossus. All of the chromosome arms of P. hastatus presented homologies with the chromosomes of Molossus. P. hastatus and Molossus share five whole chromosomes and the arms of eight chromosomes of P. hastatus present homologies with the acrocentrics and subtelocentrics chromosomes of Molossus. These results seem to suggest a larger proximity of the species of Molossidae with P. hastatus (Phyllostominae). Besides rearrangements like fusions and pericentric inversions, other not determined chomosome rearrangements justify the differences between the karyotype of the compared species of Phyllostomidae and Molossidae. The comparative genomic hybridizations with Molossus...(Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Eduardo Bagagli / Coorientador: Raquel Cordeiro Theodoro / Banca: Patricia Albuquerque de Andrade Nicola / Banca: Adriana Pardini Vicentini / Banca: Silvio de Alencar Marques / Banca: Renata Castiglioni Pascon / Resumo: O solo é o provável habitat do fungo patogênico Paracoccidioides spp., devido à detecção molecular deste patógeno neste tipo de amostra, associada à frequente infecção de trabalhadores rurais e isolamento em animais silvestres (Dasypus novemcinctus e Cabassous centralis). O presente estudo visou detectar e diferenciar as espécies Paracoccidioides brasiliensis (complexo) e Paracoccidioides lutzii no ambiente, pelas técnicas de Nested PCR, FISH, respectivamente, em amostras ambientais aerossóis e solo de tocas de tatus provenientes de áreas endêmicas para a Paracoccidioidomicose nas regiões Sudeste, Centro-Oeste e Norte brasileiras. Além da detecção ambiental de Paracoccidioides sp. por métodos moleculares, foi estudada a ocorrência de tatus infectados com P. lutzii no centro-oeste brasileiro, região de maior prevalência desta espécie, onde nenhum animal havia sido avaliado até o presente momento. Obtivemos a detecção positiva para ambas as espécies de Paracoccidioides por ambas as técnicas de detecção (Nested PCR e hibridização in situ), além da diferenciação por ITS (Internal Transcribed Spacer) pudemos visualizar os espécimes fúngicos em algumas amostras aerossóis. Acreditamos que os dados refletem a real ocorrência dos fungos em seu nicho, no entanto, o isolamento animal em tatus demonstrou-se negativo para 7 animais avaliados no trabalho, o que pode indicar que a relação da espécie P. lutzii com os tatus pode não ser a mesma com os casos de tatus infectados com P. brasiliensis em outras regiões brasileiras / Abstract: Soil is probably the habitat of pathogenic fungi Paracoccidioides spp., due to the molecular detection of this pathogen in these samples, associated with the frequent of infection in rural workers and the isolation in wild animals (Dasypus novemcinctus and Cabassous centralis). This project aimed to detect and differentiate the species P. brasiliensis (complex) and P. lutzii in the environment, by the techniques of Nested PCR and FISH, respectively, in environmental aerosol samples and soil from armadillo's burrows, from endemic and non-endemic areas to Paracoccidioidomycosis in the Southeast, Midwest and North regions of Brazil. Besides the environmental detection of Paracoccidioides spp. by molecular methods, the occurrence of armadillos infected with P. lutzii the Brazilian center-west region with the highest prevalence of this kind, where no animals were evaluated at the present time will be studied. We achieved positive detection of both species of Paracoccidioides by both detection techniques (PCR and in situ hybridization), and further the differentiation by the ITS (Internal Transcribed Spacer) we could visualize fungal species in some aerosol samples also differentiating the two species. We believe of the data reflect the actual occurrence of fungi in their niche, however the animal isolation in armadillo's showed up negative for 7 animals evaluated at work, which indicated that the ratio of the species P. lutzii with armadillo may not be the same with cases of armadillo's infected with P. brasiliensis in other regions of Brazil / Doutor

Resumo: O tumor venéreo transmissível canino (TVTC) é uma neoplasia transmitida entre cães saudáveis pelo contato direto de pele e/ou mucosas lesionadas. Face aos escassos estudos relacionados aos eventos celulares envolvidos nas fases de crescimento do TVTC, o presente estudo teve por objetivo identificar a presença do gene TP53 e o RNAm referente a proteína codificada, além de detectar a expressão das proteínas p53, Bcl-2 e p63 em cortes histológicos de 13 amostras de TVTC. Com relação à evolução da neoplasia, 46% das amostras foram consideradas em fase de progressão e 54% no estágio de regressão. Foram utilizadas as técnicas de hibridização in situ (ISH) e RT-PCR in situ, que demonstrou a presença do DNA homólogo ao TP53 e seu respectivo RNAm em 92,30% das amostras. A expressão das proteínas p53, p63 e Bcl-2 foram detectadas em 50%, 70% e 100% das amostras, respectivamente. A p63 foi expressa de forma evidente nas amostras em regressão, porém a p53 e a Bcl-2 não apresentaram relação com o estágio evolutivo do tumor e provavelmente não podem ser analisados como fatores de prognóstico do TVTC. Observou-se, nesse estudo que, através das técnicas de ISH e RT-PCR in situ foi possível detectar o DNA do TP53 e seus transcritos, porém esse fato não significou a transcrição da p53, devido aos baixos níveis de expressão nas análises quantitativa e qualitativa nas amostras de TVTC / Abstract: The canine transmissible venereal tumor (CTVT) is transmitted by direct contact of skin or mucosal presenting lesions. In fact, few reports have been found describing the cellular immune response related to the evolution of the tumor. The objective of this study was to identify the TP53 gen and its transcription in CTVT in different stages of evolution, collected from dogs (N=13) examined at veterinary school, UNESP, Aracatuba, SP, Brasil. In addition, it was also evaluated the expression of p53, p63 and Bcl-2 in histological sections by the use of immunohistochemystry assay. The p53, p63 and Bcl-2 were evident in 50, 70 and 100% of analyzed samples. Regarding to tumor evolution, 6 out of 13 were considered in a progressive stage (46%), was list 7 out of 13 were classified in a regressive stage (54%). The use of in situ hybridization and reverse transcriptase polymerase chain reaction in situ (RT-PCR), revealed that TP53 was present in all samples and P63 was more expressed than p53. Take all results together, the real role of those marker are extremely important to understand the biological behavior and to improve therapeutic procedures for CTVT / Orientador: Maria Cecília Rui Luvizotto / Coorientador: Tereza Cristina Cardoso / Banca: Alexandre Lima de Andrade / Banca: Paula Rahal / Mestre

Orientador: Marcia Carneiro Valera / Co-orientador: Frederico Canato Martinho / Banca: Cláudio Antônio Talge Carvalho / Banca: Ezilmara Leonor Rolim de Sousa / Banca: Caio Cezar Randi Ferraz / Banca: Ana Paula Martins Gomes / Resumo: Os objetivos deste estudo foram: 1. Correlacionar características clínicas e radiográficas com a microbiota presente no canal radicular de dentes com infecção primária; 2. Monitorar o perfil microbiológico após o preparo biomecânico e uso de diferentes medicações intracanal; 3) Verificar a susceptibilidade de complexos microbianos a diferentes medicações intracanal. Trinta dentes unirradiculares com necrose pulpar e lesão periapical visível radiograficamente foram submetidos ao tratamento endodôntico utilizando hipoclorito de sódio 2,5% como solução irrigadora e divididos em 3 grupos de acordo com a medicação intracanal utilizada: hidróxido de cálcio P.A. + solução salina fisiológica; hidróxido de cálcio P.A. + Zingiber officinale (extrato glicólico de gengibre); hidróxido de cálcio P.A. + gel de clorexidina 2%. Foram realizadas coletas do canal radicular com cones de papel absorvente após a abertura coronária, após a instrumentação e após 14 dias de ação da medicação intracanal. Para análise do conteúdo microbiológico dos canais radiculares, as amostras foram analisadas a partir de sondas de DNA pelo método de hibridização DNA-DNA checkerboard. Além disso, foi realizado teste de avaliação da atividade antimicrobiana do tratamento clínico por cultura microbiológica. Os resultados foram submetidos à análise estatística pelo teste de tendência linear, teste exato de Fisher, teste pareado de Wilcoxon e teste de Mann-Whitney, valor de p < 0,05. Houve associação entre dor à palpação e complexos roxo, verde e laranja. Fístula foi associada ao complexo vermelho. Maiores áreas de reabsorção foram associadas à presença de Capnocytophaga ochracea. Foi observada redução de bactérias após o tratamento endodôntico. Ao utilizar o método de hibridização DNA-DNA checkerboard, as bactérias mais prevalentes foram Strepctococcus anginosus.... / Abstract: The objectives of this study was: 1. Correlate clinical and radiographic features and microbiota present in root canal of teeth with primary infection; 2 Monitoring the microbiological profile after biomechanical preparation and use of different intracanal medications; 3) Verify the microbial susceptibility of bacterial complexes of different intracanal medications. Thirty single-rooted teeth with pulp necrosis and periapical lesion are undergoing treatment using 2.5% sodium hypochlorite as irrigating solution and divided into 3 groups according to the intracanal medication used: calcium hydroxide + saline solution, calcium hydroxide + 20% ginger glycolic extract, calcium hydroxide + 2 % chlorhexidine gel. Samples of the root canal were taken with absorbent paper cones after the coronal opening, after instrumentation and 14 days after medication. For analysis of the microbial content of the root canal the samples were analyzed from DNA probes using the method of DNA-DNA hybridization checkerboard. In addition, tests of antimicrobial activity of clinical treatment were performed by microbiological culture. The results were statistically analyzed with linear trend test, Fisher's exact test, Wilcoxon matched pairs test and Mann-Whitney post hoc Dunn test. For all performed tests, a P-value < 0.05 was set as statically significant. There was an association between pain on palpation and purple, green and orange complex. Sinus tract was associated with the red complex. Bone resorptions were associated with the presence of Capnocytophaga. ochracea. The reduction of bacteria was observed after endodontic treatment. By using the method of checkerboard DNA-DNA hybridization, the more prevalent bacteria were Strepctococcus anginosus, Veillonella parvula, Parvimonas micra, Enterococcus faecium and Capnocytophaga ochracia, both initially and after biomechanical preparation. All treatments reduced .... / Doutor

Orientadores: Shirlei Maria Recco-Pimentel, Luciana Bolsoni Lourenço Morandini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-16T17:27:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vittorazzi_StenioEder_M.pdf: 1698813 bytes, checksum: 820a78de37442254ed35e58e413de026 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: O gênero Physalaemus é atualmente constituído de 42 espécies, distribuídas em sete grupos. No grupo de Physalaemus cuvieri, além dessa, estão alocadas outras oito espécies. Estudos citogenéticos disponíveis até momento para algumas espécies do gênero nos mostram um número diplóide de 2n = 22, sendo a morfologia cromossômica similar entre elas. O objetivo desse trabalho foi desenvolver novos marcadores citogenéticos para o estudo do grupo de Physalaemus cuvieri. Foram estudadas três populações de P. cuvieri e duas outras espécies do grupo, P. albonotatus e P. centralis. Foram isoladas três sequências de DNA repetitivo, as quais foram denominadas PcP190EcoRI, PcP883EcoRI e PcP174PstI. A primeira sequência apresentou similaridade com os DNAr 5S disponíveis no GenBank e assim, adicionalmente, foi feito experimento para isolar o DNAr 5S de P. cuvieri. Foram obtidos dois fragmentos com cerca 201 e 690pb, localizados por double- FISH em cromossomos distintos. A sequência PcP190EcoRI mostrou similaridade de aproximadamente 70% com a região de transcrição de ambos os tipos de DNAr 5S, sugerindo a origem dessa sequência a partir do DNAr 5S. A hibridação in situ com sondas das três sequências de DNA repetitivo isoladas, nas três populações de P. cuvieri, em P. albonotatus e em P. centralis, mostrou que todas as regiões cromossômicas marcadas são coincidentes com regiões de banda C detectadas em estudo prévio. No entanto, as populações de P. cuvieri e as espécies estudadas diferem entre si pelo número e localização de marcações com sondas das três sequências. Essas sequências representam bons marcadores cromossômicos, já que permitiram demonstrar tanto variações interpopulacionais em P. cuvieri como também diferenças interespecíficas, corroborando a sugestão prévia de que as diferentes populações de P. cuvieri podem se tratar de um complexo de espécies crípticas. / Abstract: The genus Physalaemus is currently composed of 42 species, divided into seven groups. Within the Physalaemus cuvieri group are eight other species. Cytogenetic studies for some of the species within the genus show a diploid number of 2n = 22 and similar chromosome morphology. The aim of this research was to develop new cytogenetic markers to study the group of Physalaemus cuvieri. We studied three populations of P. cuvieri in addtion to two other species: P. albonotatus and P. centralis. We isolated three repetitive DNA sequences, which were named PcP190EcoRI, PcP883EcoRI and PcP174PstI. The former sequence showed similarities with the 5S rDNA available in GenBank and, therefore, an experiment was done to isolate the 5S rDNA of P. cuvieri. We obtained two fragments of about 201 bp and 690 bp, which were localized by double-FISH to distinct chromosomes. The PcP190EcoRI sequence showed approximately 70% similarity with the transcription regions of both types of 5S rDNA, suggesting the PcP190EcoRI sequence originated from the 5S rDNA. The three repetitive DNA sequences were detected by in situ hybridization to chromosomes from P. albonotatus, P. centralis and the three populations of P. cuvieri. These chromosome regions are coincident with C-bands detected in a previous study. Populations of P. cuvieri and others two species, however, differ by the number and location of the three sequences. These sequences seem to be good chromosomes markers since they were used to show interpopulational variation in P. cuvieri, as well interspecific differences. This supports the previous suggestion that different populations of P. cuvieri may be a complex of cryptic species. / Mestrado / Biologia Celular / Mestre em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Eliana Regina Forni-Martins / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-08T11:15:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Correa_AndreaMacedo_D.pdf: 19211818 bytes, checksum: 07d31bbebbd33e949ec374c90c095f2a (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: As Rubiaceae (A. L. de Jussieu), ordem Gentianales, subclado Euasteride I do clado Asteride, é composta por plantas de hábito variado, e compreende uma das maiores famílias de Angiospermas. A família está subdividida em quatro subfamílias, 637 gêneros e aproximadamente 10.700 espécies. São plantas cosmopolitas, com espécies de considerável expressão econômica como o café (C. arabica L. e C. canephora Pierre ex A. Froehner), além de espécies de interesse farmacológico (Cinchona L.) e florístico (Ixora L., Gardenia J. Ellis e Pentas Benth.). Apresenta ampla distribuição, com considerável representação no Cerrado brasileiro, região considerada para esse estudo. Foram realizadas análises cromossômicas em espécies da subfamília Rubioideae, encontradas no estado de São Paulo, nas áreas das Estações Experimentais de Itirapina e Assis, na Reserva Biológica de Mogi-Guaçu e em Corumbá e Três Lagoas, Mato Grosso do Sul. Algumas contagens cromossômicas apresentadas concordaram com as já relatadas na literatura, como 2n = 20 (Coccocypselum lanceolatum (Ruiz & Pav.) Pers.) e 2n = 22 (Coussarea hydrangeifolia (Benth.) Müll. Arg. e Psychotria hoffmannseggiana (Willd. Ex Roem. & Schult.) Müll. Arg.). Foram obtidas contagens inéditas para o gênero Rudgea Salisb. (2n = 44 R. viburnoides (Cham.) Benth.), e para uma espécie da tribo Hedyotideae, Manettia cordifolia Mart. (2n = 66). Para a tribo Psychotria, foram apresentados dados inéditos para espécies pertencentes a três gêneros: Decleuxia H.B.K., com Decleuxia fruticosa (R. & S.) Kuntze (2n = 20); Palicourea Aubl. com 2n = 22 em Palicourea croceoides Ham., P. marcgravii St. Hil. e P. rigida H.B.K., sendo que em P. marcgravii, a contagem divergiu da encontrada na literatura; e Psychotria L. com 2n = 22 para Psychotria lupulina Benth., P. marginata Sw., P. tenerior (Cham.) M. Arg. e P. trichophora Müll. Arg.; 2n = 40 para Psychotria mapourioides DC. e 2n = 44 para Psychotria carthagenensis Jacq., P. gracilenta M. Arg., P. sessilis (Vell) M. Arg., P. suterella M. Arg. e P. vellosiana Benth. São apresentados também dados de hibridação in situ com DNAr 45S para a tribo Psychotrieae com seis espécies de Psychotria, sendo uma do subgênero Psychotria (P. carthagenensis), cinco de Heteropsychotria (Psychotria deflexa, P. hoffmannseggiana, P. trichophora, P. tenerior e P. vellosiana), além de uma espécie do gênero Palicourea (Palicourea marcgravii) e uma Rudgea (Rudgea. viburnoides). O número de pares de sítios de DNAr 45S foi variável, assim como o número cromossômico das espécies. Não se observou relação entre o número de sítios e o nível de ploidia das espécies. A hibridação in situ DNAr 45S também foi aplicada em duas espécies da tribo Spermacoceae, gênero Borreria G. Mey. (Borreria latifolia (Aubl.) K. Schum. e B. verticillata (L.) G. Mey.), nesse caso, as duas espécies apresentaram mesmo número cromossômico e ideogramas muito semelhantes, no entanto, a diferenciação no número de sítios de DNAr 45S possibilitou a discriminação das duas espécies de Borreria / Abstract: The Rubiaceae (A. L. de Jussieu) family, order Gentianales, sub-clade Euasteride I, steride clade, is composed by plants of varied habit, comprising one of the largest Angiosperm amilies, with four subfamilies, 637 genera and approximately 10.700 species. The family is cosmopolitan, including species of considerable economic expression like coffee (C. arabica L. and C. canephora Pierre ex A. Froehner), as well as with pharmacological (Cinchona L.) and floristic interest (Gardenia J. Ellis, Ixora L. and Pentas Benth.). It is a great family showing a broad range of distribution, with considerable representation in the Brazilian Cerrado the ecosystem considered in this study. Chromosome analyses were carried out in some species of Rubiaceae belonged to subfamily Rubioideae that occur in areas of Cerrado on the states of São Paulo (Experimental station of Itirapina and Assis and Biological Reserve of Mogi-Guaçu) and Mato Grosso do Sul (Corumbá and Três Lagoas counties). Some chromosome counts were in agreement to literature, as 2n = 20 (Coccocypselum lanceolatum (Ruiz & Pav.) Pers.) and 2n = 22 (Coussarea hydrangeifolia (Benth.) Müll. Arg. and Psychotria hoffmannseggiana (Willd. Ex Roem. & Schult.) Müll. Arg.). On the other hand, new counts werw obtained for genus Rudgea Salisb. (2n = 44 Rudgea viburnoides (Cham.) Benth.), and for Manettia cordifolia Mart. (2n = 66), wich belongs to the Hedyotideae tribe. For Psychotria tribe, we present new data for species from three genera: Decleuxia fruticosa (R. & S.) Kuntze (2n = 20); Palicourea croceoides Ham., P. marcgravii St. Hil. and P. rigida H.B.K., 2n = 22 and Psychotria with 2n = 22 for Psychotria lupulina Benth., P .marginata Sw., P. tenerior (Cham ) M. Arg. and P. trichophora Müll. Arg.; 2n = 40 for Psychotria mapourioides DC. and 2n = 44 for Psychotria carthagenensis Jacq., P. gracilenta M. Arg., P. sessilis (Vell) M. Arg., P. suterella M. Arg. and P. vellosiana Benth. Inedit data of in situ hybridization with the 45S rDNA were obtained for eight species beloning to Psychotrieae tribe, being six for genus Psychotria (Psychotria carthagenensis subgenus Psychotria; Psychotria deflexa, P hoffmannseggiana, P.sciaphila, P. tenerior and P vellosiana, subgenus Heteropsychotria) one for genus Palicourea (Palicourea marcgravii) and one for genus Rudgea (Rudgea viburnoides). The number of rDNA 45S sites varied among species. No relation was observed between the number of rDNA sites and the ploidy level of the species. The in situ hybridization with 45S rDNA was also applied in two species of the Spermacoceae tribe, Borreria latifolia (Aubl.) K. Schum. and B. verticillata (L.) G. Mey. Both species present the same chromosome number and very similar ideograms, but different number of 45S rDNA sites made possible the Karyotype discrimination between the two species of Borreria / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal