A presença de DNA fetal livre de células no plasma materno possibilitou o surgimento de novas tecnologias para o diagnóstico pré natal não invasivo. Existem técnicas de genotipagem fetal já estabelecidas em investigações de sequências exclusivas fetais, mas a sua aplicação para a identificação humana em testes de paternidade ainda é pouco conhecida. A metodologia de genotipagem fetal não invasiva foi padronizada com o uso de três lócus InDels e iniciadores inserção-específicos. Entretanto, para que se alcance o poder satisfatório, é necessário investigar elevado número de lócus informativos. Para suprir a ausência de informações suficientes sobre lócus deste tipo, são descritas, no presente trabalho, as condições laboratoriais para PCR e as frequências alélicas de um conjunto de lócus InDels, ainda inéditos, em uma amostra representativa da população urbana brasileira, visando aumentar a robustez e a confiabilidade da genotipagem fetal não invasiva na investigação de paternidade. Foram selecionados 20 lócus, um em cada cromossomo. Em um dos lócus polimórficos foi encontrado um alelo novo, não registrado no banco de dados do NCBI. O poder de discriminação e o poder de exclusão dos 16 lócus polimórficos combinados (0,999 e 0,937, respectivamente) tiveram valores dentro do esperado para um conjunto com essa quantidade de lócus bialélicos. Alguns lócus apresentaram elevado número de indivíduos que não responderam à amplificação, indicando a necessidade de reajustes na padronização dos procedimentos laboratoriais e a possibilidade de variabilidade das sequências complementares aos iniciadores empregados, o que exigirá o sequenciamento completo das regiões. Para a maioria dos lócus, entretanto, os parâmetros forenses atingiram valores esperados e sugerem que podem ser úteis na composição de painel robusto e eficiente para ser usado na genotipagem fetal não invasiva. / The presence of cell-free fetal DNA in maternal plasma allows for new non-invasive prenatal diagnosis technologies to develop. Even though there are already well-established fetal genotyping techniques in fetal-exclusive sequence investigations, their application to human identification in paternity tests is not yet well-known. Non-invasive fetal genotyping methodology was previously standardized using three InDel loci and insertion-specific primers. However, in order to attain satisfactory power, it is necessary to investigate large number of informative loci. To compensate for the absence of sufficient information about this type of locus, this work describes the PCR conditions and determinates allelic frequencies for a set of unpublished InDel loci, in a representative group of Brazilian population, raising the robustness and reliability of non-invasive fetal genotyping in paternity investigation. We selected 20 loci, one in each chromosome. Not previously registered on NCBI database allele was found in one of the polymorphic loci. Discrimination and exclusion power of the 16 polymorphic loci combined (0.999 and 0.937, respectively) had expected values for an ensemble with such an amount of biallelic loci. Some loci showed many non-amplified individuals, vincing the need of corrections in the standardizing process and the possible variability of the complementary sequences to the primers used. However, for most loci, the forensic parameters reached the expected values and suggest that they may be useful in the more robust panel for utilization in non-invasive fetal genotyping.

As doenças cardiovasculares lideram as causas de morte em vários países, inclusive no Brasil, sendo a insuficiência cardíaca (IC) uma das enfermidades mais frequentes. Estudos epidemiológicos e de genética têm demonstrado associações entre a origem étnica dos indivíduos e o desenvolvimento de diversas doenças cardiovasculares. O presente estudo teve como objetivo avaliar a relação entre haplogrupos mitocondriais e ancestralidade genômica no desenvolvimento da IC. Foram avaliados 503 pacientes com IC e 188 controles saudáveis. Os haplogrupos mitocondriais foram obtidos pela análise da região controle do DNA mitocondrial (mtDNA) e o estudo de ancestralidade genômica foi realizado pela análise de 48 marcadores autossômicos informativos de ancestralidade (AIMs) tipo INDEL. As análises estatísticas foram realizadas com o uso de regressão logística, construção de curvas de Kaplan-Meier e utilizando o método estatístico de log-rank (Mantel-Cox). Os resultados dos AIMs evidenciaram contribuições semelhantes de ancestralidade genômica entre os grupos de pacientes e controles, evidenciando a não estratificação populacional da amostra. A comparação dos haplogrupos mitocondriais entre os dois grupos revelou uma associação dos haplogrupos africanos com risco aumentado (p=0,015; OR 1,56) para o desenvolvimento da IC, enquanto que os haplogrupos ameríndios foi associado a um menor risco (p=0,043; OR 0,71). As análises realizadas apenas dentro do grupo de pacientes revelaram que 74,6% dos indivíduos se autodeclararam como brancos. As etiologias encontradas com maior frequência na nossa amostra foram a hipertensiva (28,6%) e a isquêmica (28,4%). A análise de mtDNA evidenciou que pacientes pertencentes aos haplogrupos africano apresentaram risco aumentado para o desenvolvimento da IC nas etiologias chagásica (p=0,012; OR 2,32) e hipertensiva (p=0,003; OR 2,05). Evidenciou também que pacientes dos haplogrupos africanos, principalmente da etiologia isquêmica, desenvolveram IC mais cedo que os demais, e que os pacientes com esses haplogrupos da etiologia valvar apresentaram maior sobrevida no período avaliado. A análise dos AIMs demonstrou que, na etiologia hipertensiva, a maior contribuição da ancestralidade genômica africana conferiu risco aumentado (p=0,002; OR 6,07), enquanto que a maior contribuição de ancestralidade genômica europeia conferiu risco diminuído (p=0,001; OR 0,16) para o desenvolvimento da IC; os pacientes com maior contribuição de ancestralidade genômica ameríndia apresentaram maior sobrevida no período de 4 anos. O uso de marcadores autossômicos e do DNA mitocondrial fornece estimativas mais precisas da ancestralidade de um indivíduo e/ou população, enquanto que a autodeclaração de cor de pele fornece indiretamente informações importantes sobre aspectos socioeconômicos e culturais. Assim, seria interessante a utilização, especialmente em populações miscigenadas, de uma construção tridimensional de análise, que poderia fornecer dados mais informativos e complementares em estudos de associação entre etnia e fenótipos e/ou doenças complexas / Cardiovascular diseases are the leading cause of death in many countries, including Brazil, being the heart failure (HF) one of the most common diseases. Epidemiological and genetic studies have shown associations between the ethnic origin of individuals and the development of various cardiovascular diseases. The aim of this study was to evaluate the relationship between mitochondrial haplogroups and genomic ancestry in the development of HF. We evaluated 503 patients with HF and 188 healthy controls. The mitochondrial haplogroups were obtained by analysing the control region of mitochondrial DNA (mtDNA) and the study of genomic ancestry was conducted by the analysis of 48 autosomal ancestry informative markers (AIMs) INDEL type. Statistical analyzes were performed using logistic regression, construction of the Kaplan-Meier and using the log-rank test (Mantel-Cox). The results of AIMs showed similar contributions of genomic ancestry among the patients and controls groups, indicating no population stratification of the sample. Comparing mitochondrial haplogroups between the groups, we observed that african haplogroups show increased risk (p=0.015, OR 1.56) of development of the HF, while ameridian haplogroup was associated with a reduced risk (p=0.043, OR 0.71). The analysis carried out only within the group of patients showed that 74.6% of individuals self-declared as white. The etiologies found with greater frequency in our sample were hypertension (28.6%) and ischemic (28.4%). Analysis of mtDNA showed that patients belonging to african haplogroup have increased risk of the development of HF in chagasic (p=0.012, OR 2.32) and hypertensive etiologies (p=0.003, OR 2.05). It also showed that patients of african haplogroups, specially of ischemic etiology, developed HF earlier than others, and the patients with this haplogroup of valvular etiology had better survival in the study period. AIMs analysis showed that in hypertensive etiology, the major contribution of african genomic ancestry conferred increased risk (p=0.002, OR 6.07), while the major contribution of european genomic ancestry conferred decreased risk (p=0.001, OR 0 16) to the development of HF; patients with higher contribution of amerindian genomic ancestry had better survival within 4 years. The use of autosomal markers and mtDNA provides more accurate estimates of ancestry of an individual and/or population, while the self-declared ethnicity, indirectly provides important information about socioeconomic and cultural aspects. Thus, it would be interesting to use, especially in admixed populations, the construction of a three-dimensional analysis, which could provide more informative and complementary data in studies of association between ethnicity and phenotypes and/or complex diseases

A presença de DNA fetal livre de células no plasma materno possibilitou o surgimento de novas tecnologias para o diagnóstico pré natal não invasivo. Existem técnicas de genotipagem fetal já estabelecidas em investigações de sequências exclusivas fetais, mas a sua aplicação para a identificação humana em testes de paternidade ainda é pouco conhecida. A metodologia de genotipagem fetal não invasiva foi padronizada com o uso de três lócus InDels e iniciadores inserção-específicos. Entretanto, para que se alcance o poder satisfatório, é necessário investigar elevado número de lócus informativos. Para suprir a ausência de informações suficientes sobre lócus deste tipo, são descritas, no presente trabalho, as condições laboratoriais para PCR e as frequências alélicas de um conjunto de lócus InDels, ainda inéditos, em uma amostra representativa da população urbana brasileira, visando aumentar a robustez e a confiabilidade da genotipagem fetal não invasiva na investigação de paternidade. Foram selecionados 20 lócus, um em cada cromossomo. Em um dos lócus polimórficos foi encontrado um alelo novo, não registrado no banco de dados do NCBI. O poder de discriminação e o poder de exclusão dos 16 lócus polimórficos combinados (0,999 e 0,937, respectivamente) tiveram valores dentro do esperado para um conjunto com essa quantidade de lócus bialélicos. Alguns lócus apresentaram elevado número de indivíduos que não responderam à amplificação, indicando a necessidade de reajustes na padronização dos procedimentos laboratoriais e a possibilidade de variabilidade das sequências complementares aos iniciadores empregados, o que exigirá o sequenciamento completo das regiões. Para a maioria dos lócus, entretanto, os parâmetros forenses atingiram valores esperados e sugerem que podem ser úteis na composição de painel robusto e eficiente para ser usado na genotipagem fetal não invasiva. / The presence of cell-free fetal DNA in maternal plasma allows for new non-invasive prenatal diagnosis technologies to develop. Even though there are already well-established fetal genotyping techniques in fetal-exclusive sequence investigations, their application to human identification in paternity tests is not yet well-known. Non-invasive fetal genotyping methodology was previously standardized using three InDel loci and insertion-specific primers. However, in order to attain satisfactory power, it is necessary to investigate large number of informative loci. To compensate for the absence of sufficient information about this type of locus, this work describes the PCR conditions and determinates allelic frequencies for a set of unpublished InDel loci, in a representative group of Brazilian population, raising the robustness and reliability of non-invasive fetal genotyping in paternity investigation. We selected 20 loci, one in each chromosome. Not previously registered on NCBI database allele was found in one of the polymorphic loci. Discrimination and exclusion power of the 16 polymorphic loci combined (0.999 and 0.937, respectively) had expected values for an ensemble with such an amount of biallelic loci. Some loci showed many non-amplified individuals, vincing the need of corrections in the standardizing process and the possible variability of the complementary sequences to the primers used. However, for most loci, the forensic parameters reached the expected values and suggest that they may be useful in the more robust panel for utilization in non-invasive fetal genotyping.

Hemorragia subaracnoidea aneurismática (HSAa) é considerada causa importante de morte e de sequelas neurológicas. A taxa de mortalidade desta doença pode alcançar 50% nos primeiros dois meses após sangramento de aneurisma encefálico. Apesar dos avanços científicos da modernidade, o resultado do tratamento da HSAa não mudou nos últimos anos. O presente estudo avaliou o papel de 14 biomarcadores genéticos, incluindo o polimorfismo (SNP) do gene eNOS, em pacientes da Amazônia com HSAa, para verificar as alterações alélicas associadas ao risco de vasoespasmo encefálico e déficit neurológico tardio. Avaliou-se a ancestralidade desta amostra de pacientes em que se utilizou 48 marcadores para identificar possível etnia associada à predisposição ao VE. Investigou-se 14 biomarcadores genéticos no tocante à resposta inflamatória encefálica na HSAa. Foram avaliados 265 doentes que foram divididos em dois grupos: grupo I (pacientes com vasoespasmo encefálico) e grupo 2 (pacientes sem vasoespasmo). A média das idades foi 51 anos, havia 224 mulheres (84%) e 124 pacientes (46,79%) apresentaram vasoespasmo encefálico (VE). A maior incidência de VE ocorreu na idade entre 50 e 59 anos. Tabagismo e hipertensão arterial sistêmica foram os fatores de risco mais associados à VE. Aneurismas encefálicos de tamanho pequeno e médio predominaram nesta casuística. As escalas amarela e vermelha do VASOGRADE associaram-se ao risco de VE (p < 0,001). Não houve variação na distribuição ancestral entre os grupos estudados e o que ocorre na população brasileira saudável na região Amazônica. O gene da eNOS com seus respectivos polimorfismos T-786C e 27VNTR4 correlacionaram-se com VE. Outros marcadores observados foram TP53, CASP8, ACE2, IL4 e XRCC1. O gene TP53 (modelo recessivo alelo 1) mostrou-se ser um fator protetor de VE, enquanto que genes com mutações INDEL CASP8 (modelo recessivo alelo 2) e o XRCC1 (modelo recessivo alelo 1) mostraram tendência ao desenvolvimento de VE com risco 2 vezes maior e 1,4 vezes maior que o grupo II (p < 0,001). Conclui-se que SNPs da eNOS se correlacionam com desenvolvimento de VE sintomático pós-HSAa. Este estudo também mostrou o papel dos marcadores inflamatórios na HSAa, o que auxiliaria na condução da terapia clínica. / Aneurysmal subarachnoid hemorrhage (aSAH) is a leading cause of premature death and neurological disability. It is considered as a devastating condition that accounts to 50% of mortality during the first two months after a hemorrhagic event. Despite foremost advances in the clinical management of post-aSAH patients, the rates of mortality and morbidity have not changed in recent years. This study appraised the role of 14 genetic biomarkers, including the eNOS polymorphism (SNP) between Amazon\'s patients with aSAH, as means to document how variant alleles are related to a higher disposition to cerebral vasospasm (CV) and delayed cerebral ischemia (DCI). 265 patients were evaluated and then divided into two clusters: Group I (with symptomatic CV) and group II (presenting no symptomatic CV). The median ages of patients were 51.61 years of age, 224 (84.52%) were women and 124 patients (46.97%) had symptoms of cerebral vasospasm (CV). Tobacco smoking and systemic arterial hypertension are the risk factors most associated to CV. In the course of this research, most aneurysms found were small and medium-sized. The score VASOGRADE yellow and VASOGRADE red presented a high risk of CV (p < 0.001). We established a panel of 48 ancestry informative markers for estimating which ethnicity could present a predisposition to CV. There was no variation in the ancestral distribution between study groups and healthy brazilian folk over the Amazon region. The eNOS gene with its polymorphisms T-786C and 27 VNTR4 were correlated to CV. Other markers were accomplished: TP53, CASP8, ACE2, IL4, and XRCC1. The TP53 gene (recessive genetic model allele 1) supporting evidence of the protective role to CV. Whilst other genes with INDEL mutation like as CASP8 (recessive model allele 2) and the XRCC1 (recessive model allele 1) indicated a propensity to spread out CV with odds 2-fold higher, and 1.414 times greater than group II (p < 0.001). It follows that eNOS SNPs correlate to a positive association with a syntomatic CV post-aSAH. Also, this study showed up the role of inflammatory markers at aSAH to a further educated therapeutic choice for a better clinical response

Produzidos pela inserção ou deleção de um ou mais nucleotídeos em um ou ambos os cromossomos homólogos, os marcadores InDel são os polimorfismos mais abundantes depois dos SNPs. Apresentam baixa taxa de mutação quando comparados a outros polimorfismos, ampla distribuição no genoma, simples e rápida genotipagem e frequências alélicas diferentes entre populações distintas. Além disso, uma aplicação relevante dos InDel é a possibilidade de se direcionar a amplificação de sequências alvo específicas, através do desenho de primers que se ligam com regiões de interesse e amplifiquem alelos específicos em um lócus, capacidade esta que melhora a detecção e quantificação do DNA, inclusive do DNA fetal na circulação materna. Apesar de marcadores autossômicos serem os mais utilizados para estudos de mistura em populações, o cromossomo X tem ganhado significativa importância em estudos populacionais e de genética forense, graças ao seu padrão especial de transmissão, a uma deriva genética menor e à sua menor taxa de recombinação. Dessa forma, marcadores genéticos do cromossomo X têm potencial de apresentar parâmetros forenses mais eficientes do que autossômicos em casos de investigação complexa de parentesco, complementar informações fornecidas pelos autossomos e permitir identificar haplótipos com mais facilidade. Neste trabalho, propomos a seleção e descrição formal de um número adequado de lócus do tipo InDel bialélicos ligados ao cromossomo X que possam ser aplicados em estudos de análises populacionais, a fim de complementar os trabalhos de padronização de conjuntos de InDel autossômicos anteriormente desenvolvidos neste laboratório. Foram selecionados sete lócus do cromossomo X que formam dois blocos de haplótipos. Primers flanqueadores e inserção-específicos desenhados para estes lócus tiveram suas condições de PCR convencional padronizadas e foram aplicados na análise fenotípica de uma amostra da população urbana brasileira, composta por 80 trios (Mãe-Filha(o)-Pai), para estimar parâmetros populacionais e de interesse forense. A estimativa das frequências alélicas dos lócus revelou que o alelo inserção é mais frequente para todos os lócus estudados, com exceção do lócus MIDX550. Foram encontrados 60 haplótipos, com o mais frequente correspondendo a 7,5%. Os parâmetros forenses gerados com base nestes lócus estudados mostraram-se eficazes, todos com heterozigose acima de 0,2. Não é possível fornecer afirmações definitivas sobre a paternidade com estes lócus, uma vez que não foi encontrado nenhuma Probabilidade Média de Paternidade W > 99,99%. Entretanto, se combinados com outras informações que aumentem seu poder de discriminação, integrados em painéis e combinados com marcadores autossômicos, os lócus analisados neste trabalho são capazes de fornecer alta informatividade na identificação humana, ancestralidade e quantificação e dosagem de misturas desbalanceadas de DNA. / Originated by the insertion or deletion of one or more nucleotides in one or both homologous chromosomes, InDel markers are the polymorphisms more abundant after SNPs. They have a low mutation rate when compared to other polymorphisms, wide spreading in the genome, simple and rapid genotyping and distinct allelic frequencies between different populations. In addition, a relevant application of the InDel is the possibility to target a specific sequence in PCR, by designing primers that anneal to the regions of interest and amplify specifics alleles in that locus, which improves the DNA detection and quantification in DNA mixtures situations, including fetal DNA in the maternal circulation. Despite being the autosomic markers the most used for DNA mixtures in populations studies, the X chromosome has significant importance in population and forensic genetics studies, thanks to its special transmission pattern, to a lesser genetic drift and to the lower recombination rate. Thus, the genetic markers of the X chromosome have the potential to generate more efficient parameters than the autosomal ones in cases of complex kinship invetigation, adding information in that provided by the autosomes and allow haplotypes with more easily identification. In this work, we propose the selection and formal description of a set of biallelic X-InDel loci that can be applied in population analysis, to complement the standardization work of autosomes InDel sets previously developed in this laboratory. Seven loci of the X chromosome forming two haplotypes blocks were selected. We standardized flanking and insertion-specific primers designed for these loci in conventional PCR conditions. Then, these primers were applied in the phenotypic analysis of a brazilian urban population sample, composed of 80 trios (MotherChild-Father), to estimate the population and forensic interest parameters. The estimation of allele frequencies of loci showed that the insertion allele is more frequent for all the loci studied, with the exception of the MIDX550 locus. Sixty haplotypes were found, most frequently corresponding to 7.5%. The forensic parameters generated for these loci were effective, all with heterozygosis above 0.2. It was not possible to provide statements about paternity with these loci, since no Average Paternity Probability W> 99.99% was found. However, combined with other information that increase its power of discrimination, integrated in panels and combined with the autosomal markers, the analyzed loci in this work are able to provide high informativity for human identification, ancestrality and quantification and dosage of unbalanced DNA mixtures.

As doenças cardiovasculares lideram as causas de morte em vários países, inclusive no Brasil, sendo a insuficiência cardíaca (IC) uma das enfermidades mais frequentes. Estudos epidemiológicos e de genética têm demonstrado associações entre a origem étnica dos indivíduos e o desenvolvimento de diversas doenças cardiovasculares. O presente estudo teve como objetivo avaliar a relação entre haplogrupos mitocondriais e ancestralidade genômica no desenvolvimento da IC. Foram avaliados 503 pacientes com IC e 188 controles saudáveis. Os haplogrupos mitocondriais foram obtidos pela análise da região controle do DNA mitocondrial (mtDNA) e o estudo de ancestralidade genômica foi realizado pela análise de 48 marcadores autossômicos informativos de ancestralidade (AIMs) tipo INDEL. As análises estatísticas foram realizadas com o uso de regressão logística, construção de curvas de Kaplan-Meier e utilizando o método estatístico de log-rank (Mantel-Cox). Os resultados dos AIMs evidenciaram contribuições semelhantes de ancestralidade genômica entre os grupos de pacientes e controles, evidenciando a não estratificação populacional da amostra. A comparação dos haplogrupos mitocondriais entre os dois grupos revelou uma associação dos haplogrupos africanos com risco aumentado (p=0,015; OR 1,56) para o desenvolvimento da IC, enquanto que os haplogrupos ameríndios foi associado a um menor risco (p=0,043; OR 0,71). As análises realizadas apenas dentro do grupo de pacientes revelaram que 74,6% dos indivíduos se autodeclararam como brancos. As etiologias encontradas com maior frequência na nossa amostra foram a hipertensiva (28,6%) e a isquêmica (28,4%). A análise de mtDNA evidenciou que pacientes pertencentes aos haplogrupos africano apresentaram risco aumentado para o desenvolvimento da IC nas etiologias chagásica (p=0,012; OR 2,32) e hipertensiva (p=0,003; OR 2,05). Evidenciou também que pacientes dos haplogrupos africanos, principalmente da etiologia isquêmica, desenvolveram IC mais cedo que os demais, e que os pacientes com esses haplogrupos da etiologia valvar apresentaram maior sobrevida no período avaliado. A análise dos AIMs demonstrou que, na etiologia hipertensiva, a maior contribuição da ancestralidade genômica africana conferiu risco aumentado (p=0,002; OR 6,07), enquanto que a maior contribuição de ancestralidade genômica europeia conferiu risco diminuído (p=0,001; OR 0,16) para o desenvolvimento da IC; os pacientes com maior contribuição de ancestralidade genômica ameríndia apresentaram maior sobrevida no período de 4 anos. O uso de marcadores autossômicos e do DNA mitocondrial fornece estimativas mais precisas da ancestralidade de um indivíduo e/ou população, enquanto que a autodeclaração de cor de pele fornece indiretamente informações importantes sobre aspectos socioeconômicos e culturais. Assim, seria interessante a utilização, especialmente em populações miscigenadas, de uma construção tridimensional de análise, que poderia fornecer dados mais informativos e complementares em estudos de associação entre etnia e fenótipos e/ou doenças complexas / Cardiovascular diseases are the leading cause of death in many countries, including Brazil, being the heart failure (HF) one of the most common diseases. Epidemiological and genetic studies have shown associations between the ethnic origin of individuals and the development of various cardiovascular diseases. The aim of this study was to evaluate the relationship between mitochondrial haplogroups and genomic ancestry in the development of HF. We evaluated 503 patients with HF and 188 healthy controls. The mitochondrial haplogroups were obtained by analysing the control region of mitochondrial DNA (mtDNA) and the study of genomic ancestry was conducted by the analysis of 48 autosomal ancestry informative markers (AIMs) INDEL type. Statistical analyzes were performed using logistic regression, construction of the Kaplan-Meier and using the log-rank test (Mantel-Cox). The results of AIMs showed similar contributions of genomic ancestry among the patients and controls groups, indicating no population stratification of the sample. Comparing mitochondrial haplogroups between the groups, we observed that african haplogroups show increased risk (p=0.015, OR 1.56) of development of the HF, while ameridian haplogroup was associated with a reduced risk (p=0.043, OR 0.71). The analysis carried out only within the group of patients showed that 74.6% of individuals self-declared as white. The etiologies found with greater frequency in our sample were hypertension (28.6%) and ischemic (28.4%). Analysis of mtDNA showed that patients belonging to african haplogroup have increased risk of the development of HF in chagasic (p=0.012, OR 2.32) and hypertensive etiologies (p=0.003, OR 2.05). It also showed that patients of african haplogroups, specially of ischemic etiology, developed HF earlier than others, and the patients with this haplogroup of valvular etiology had better survival in the study period. AIMs analysis showed that in hypertensive etiology, the major contribution of african genomic ancestry conferred increased risk (p=0.002, OR 6.07), while the major contribution of european genomic ancestry conferred decreased risk (p=0.001, OR 0 16) to the development of HF; patients with higher contribution of amerindian genomic ancestry had better survival within 4 years. The use of autosomal markers and mtDNA provides more accurate estimates of ancestry of an individual and/or population, while the self-declared ethnicity, indirectly provides important information about socioeconomic and cultural aspects. Thus, it would be interesting to use, especially in admixed populations, the construction of a three-dimensional analysis, which could provide more informative and complementary data in studies of association between ethnicity and phenotypes and/or complex diseases

Hemorragia subaracnoidea aneurismática (HSAa) é considerada causa importante de morte e de sequelas neurológicas. A taxa de mortalidade desta doença pode alcançar 50% nos primeiros dois meses após sangramento de aneurisma encefálico. Apesar dos avanços científicos da modernidade, o resultado do tratamento da HSAa não mudou nos últimos anos. O presente estudo avaliou o papel de 14 biomarcadores genéticos, incluindo o polimorfismo (SNP) do gene eNOS, em pacientes da Amazônia com HSAa, para verificar as alterações alélicas associadas ao risco de vasoespasmo encefálico e déficit neurológico tardio. Avaliou-se a ancestralidade desta amostra de pacientes em que se utilizou 48 marcadores para identificar possível etnia associada à predisposição ao VE. Investigou-se 14 biomarcadores genéticos no tocante à resposta inflamatória encefálica na HSAa. Foram avaliados 265 doentes que foram divididos em dois grupos: grupo I (pacientes com vasoespasmo encefálico) e grupo 2 (pacientes sem vasoespasmo). A média das idades foi 51 anos, havia 224 mulheres (84%) e 124 pacientes (46,79%) apresentaram vasoespasmo encefálico (VE). A maior incidência de VE ocorreu na idade entre 50 e 59 anos. Tabagismo e hipertensão arterial sistêmica foram os fatores de risco mais associados à VE. Aneurismas encefálicos de tamanho pequeno e médio predominaram nesta casuística. As escalas amarela e vermelha do VASOGRADE associaram-se ao risco de VE (p < 0,001). Não houve variação na distribuição ancestral entre os grupos estudados e o que ocorre na população brasileira saudável na região Amazônica. O gene da eNOS com seus respectivos polimorfismos T-786C e 27VNTR4 correlacionaram-se com VE. Outros marcadores observados foram TP53, CASP8, ACE2, IL4 e XRCC1. O gene TP53 (modelo recessivo alelo 1) mostrou-se ser um fator protetor de VE, enquanto que genes com mutações INDEL CASP8 (modelo recessivo alelo 2) e o XRCC1 (modelo recessivo alelo 1) mostraram tendência ao desenvolvimento de VE com risco 2 vezes maior e 1,4 vezes maior que o grupo II (p < 0,001). Conclui-se que SNPs da eNOS se correlacionam com desenvolvimento de VE sintomático pós-HSAa. Este estudo também mostrou o papel dos marcadores inflamatórios na HSAa, o que auxiliaria na condução da terapia clínica. / Aneurysmal subarachnoid hemorrhage (aSAH) is a leading cause of premature death and neurological disability. It is considered as a devastating condition that accounts to 50% of mortality during the first two months after a hemorrhagic event. Despite foremost advances in the clinical management of post-aSAH patients, the rates of mortality and morbidity have not changed in recent years. This study appraised the role of 14 genetic biomarkers, including the eNOS polymorphism (SNP) between Amazon\'s patients with aSAH, as means to document how variant alleles are related to a higher disposition to cerebral vasospasm (CV) and delayed cerebral ischemia (DCI). 265 patients were evaluated and then divided into two clusters: Group I (with symptomatic CV) and group II (presenting no symptomatic CV). The median ages of patients were 51.61 years of age, 224 (84.52%) were women and 124 patients (46.97%) had symptoms of cerebral vasospasm (CV). Tobacco smoking and systemic arterial hypertension are the risk factors most associated to CV. In the course of this research, most aneurysms found were small and medium-sized. The score VASOGRADE yellow and VASOGRADE red presented a high risk of CV (p < 0.001). We established a panel of 48 ancestry informative markers for estimating which ethnicity could present a predisposition to CV. There was no variation in the ancestral distribution between study groups and healthy brazilian folk over the Amazon region. The eNOS gene with its polymorphisms T-786C and 27 VNTR4 were correlated to CV. Other markers were accomplished: TP53, CASP8, ACE2, IL4, and XRCC1. The TP53 gene (recessive genetic model allele 1) supporting evidence of the protective role to CV. Whilst other genes with INDEL mutation like as CASP8 (recessive model allele 2) and the XRCC1 (recessive model allele 1) indicated a propensity to spread out CV with odds 2-fold higher, and 1.414 times greater than group II (p < 0.001). It follows that eNOS SNPs correlate to a positive association with a syntomatic CV post-aSAH. Also, this study showed up the role of inflammatory markers at aSAH to a further educated therapeutic choice for a better clinical response

Triple A syndrome, formerly known as Allgrove syndrome, is an autosomal recessive disorder characterized clinically by adrenal insufficiency, alacrima, achalasia, and neurological abnormalities. We report a 17-year-old boy presented to the endocrine clinic with delayed puberty and a 4-year’s history of fatigue and muscle weakness. He had achalasia, alacrima, and skin and mucosal hyperpigmentation. Hormonal assessment revealed isolated glucocorticoid deficiency. Clinical diagnosis of triple A syndrome was confirmed by sequencing the entire coding region including exon-intron boundaries of the AAAS gene. Analysis revealed a homozygous novel indel mutation encompassing intron 7 to intron 10 of the gene (g.16166_17813delinsTGAGGCCTGCTG; NG_016775). This is the first report of triple A syndrome in Jordan with a novel indel mutation and presenting with delayed puberty.

<p>The majority of the vertebrate genome sequence is not coding for proteins. In recent years, the evolution of this noncoding fraction of the genome has gained interest. These studies have been greatly facilitated by the availability of full genome sequences. The aim of this thesis is to study evolution of the noncoding vertebrate genome through bioinformatic analysis of large-scale genomic datasets.</p><p>In a first analysis we addressed the use of conservation of sequence between highly diverged genomes to infer function. We provided evidence for a turnover of the patterns of negative selection. Hence, measures of constraint based on comparisons of diverged genomes might underestimate the functional proportion of the genome.</p><p>In the following analyses we focused on length variation as found in small-scale insertion and deletion (indel) polymorphisms and microsatellites. For indels in chicken, replication slippage is a likely mutation mechanism, as a large proportion of the indels are parts of tandem-duplicates. Using a set of microsatellite polymorphisms in chicken, where we avoid ascertainment bias, we showed that polymorphism is positively correlated with microsatellite length and AT-content. Furthermore, interruptions in the microsatellite sequence decrease the levels of polymorphism.</p><p>We also analysed the association between microsatellite polymorphism and recombination in the human genome. Here we found increased levels of microsatellite polymorphism in human recombination hotspots and also similar increases in the frequencies of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and indels. This points towards natural selection shaping the levels of variation. Alternatively, recombination is mutagenic for all three kinds of polymorphisms. </p><p>Finally, I present the program ILAPlot. It is a tool for visualisation, exploration and data extraction based on BLAST.</p><p>Our combined results highlight the intricate connections between evolutionary phenomena. It also emphasises the importance of length variability in genome evolution, as well as the gradual difference between indels and microsatellites.</p>

The majority of the vertebrate genome sequence is not coding for proteins. In recent years, the evolution of this noncoding fraction of the genome has gained interest. These studies have been greatly facilitated by the availability of full genome sequences. The aim of this thesis is to study evolution of the noncoding vertebrate genome through bioinformatic analysis of large-scale genomic datasets. In a first analysis we addressed the use of conservation of sequence between highly diverged genomes to infer function. We provided evidence for a turnover of the patterns of negative selection. Hence, measures of constraint based on comparisons of diverged genomes might underestimate the functional proportion of the genome. In the following analyses we focused on length variation as found in small-scale insertion and deletion (indel) polymorphisms and microsatellites. For indels in chicken, replication slippage is a likely mutation mechanism, as a large proportion of the indels are parts of tandem-duplicates. Using a set of microsatellite polymorphisms in chicken, where we avoid ascertainment bias, we showed that polymorphism is positively correlated with microsatellite length and AT-content. Furthermore, interruptions in the microsatellite sequence decrease the levels of polymorphism. We also analysed the association between microsatellite polymorphism and recombination in the human genome. Here we found increased levels of microsatellite polymorphism in human recombination hotspots and also similar increases in the frequencies of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and indels. This points towards natural selection shaping the levels of variation. Alternatively, recombination is mutagenic for all three kinds of polymorphisms. Finally, I present the program ILAPlot. It is a tool for visualisation, exploration and data extraction based on BLAST. Our combined results highlight the intricate connections between evolutionary phenomena. It also emphasises the importance of length variability in genome evolution, as well as the gradual difference between indels and microsatellites.