Global ETD Search

11	Constant-pH molecular dynamics simulations of an alkaline-gated ion channel / Konstant-pH simuleringar av en jonkanal aktiverad av en alkalisk miljö Ygland, Ida January 2024 (has links) Ligand-gated ion channels play an important role in electrochemical signal transduction across diverse organisms, yet their structural and functional intricacies are not fully understood. Particularly lacking is the knowledge of their response to variations in pH, an aspect necessary for understanding their physiological relevance and potential therapeutic targeting in neurological diseases. In this thesis project, I have investigated the mechanistic response of sTeLIC, a recently reported prokaryotic member of the pentameric ligand-gated ion channel family, to different environmental conditions. Using molecular dynamics simulations, a total of 16 different environmental conditions have been explored including variations in pH (neutral and alkaline), the presence and absence of calcium, and the inclusion of an electric field acting as an external driving force on charged atoms. The results reveal a comprehensive pH-sensing and gating mechanism involving key residues, notably E106 (on the β6 strand) and E160 (on loop F), and their local microenvironments. Additionally, an inhibitory mechanism for calcium is proposed, with E160 playing an important role. The simulations including an electric field has provided support for a non-conventional ion pathway through the pore. Collectively, these results offer insights into a mechanistic framework that may extend to other physiologically relevant systems, providing a foundation for further investigations and potential future therapeutic intervention. / pLGICs har en viktig roll i det elektrokemiska signalsystemet i många organismer, men detaljerna i deras struktur och framför allt funktion är fortfarande inte helt klargjorda. Särskilt är detaljerna kring deras reaktion på ändringar i pH-värde relativt okända, vilket är en viktig del i att förstå kanalernas fysiologiska roll och för att potentiellt hitta läkemedel mot neurologiska sjukdomar där dessa är inblandade. I det här arbetet har jag undersökt hur sTeLIC, som är ett nyligen publicerat bakteriellt protein i familjen pLGICs, reagerar på olika ändringar i miljön. Jag har använt molekyldynamiksimuleringar för att unders öka 16 olika miljöer med två olika pH-värden (neutralt och alkaliskt), med eller utan kalcium samt med eller utan en extern drivkraft över membranet i form av ett elektrisk fält. Arbetet har resulterat i en föreslagen mekanism förhur sTeLIC känner av pH och hur öppningen av kanalen går till. Denna mekanism involverar aminosyrorna E106, som finns på β6-strängen, och E160, som finns på F-loopen, samt deras omgivning. Dessutom har en modulatorisk mekanism föreslagits för en kalciuminhiberande effekt på sTeLIC som också involverar E160. Simuleringarna med en drivkraft över membranet har gett stöd för en ny väg för joner genom kanalen. Tillsammans ger dessa resultat insikt i en mekanism som eventuellt kan appliceras p ̊a andra system. Detta har lagt grunden för fortsatt undersökning som potentiellt kan leda till framtida läkemedelsutveckling inom området. Applied Physics Biophysics Molecular dynamics simulations GROMACS Constant-pH Pentameric ligand-gated ion channels Alkaline conditions Calcium inhibition Applied electric field Tillämpad Fysik Biofysik Molecular dynamics simuleringar GROMACS konstant pH pentamerisk ligand-styrd jonkanal Alkalisk miljö Kalcium inhibering Externt elektriskt fält Physical Sciences Fysik
12	Självskattning av exekutiva funktioner vid kognitiv träning : En utvärdering av The behavior rating inventory of executive functioning - self report / Self Rating of Executive Functioning After Cognitive Training : An Evaluation of The Behavior Rating Inventory of Executive Functioning - Self Report Jakobsson, Erik, Stocke, Elin January 2015 (has links) Traditionellt utvärderas effekter av kognitiv träning med objektiva prestationsmått. Syftet med uppsatsen var att undersöka självskattad exekutiv funktion som ett alternativt mått för att utvärdera effekter av kognitiv träning. Som utfallsmått valdes The behavior rating inventory of executive functioning - self report (BRIEF-SR). Vidare användes blandad design med för- och eftermätning samt tre oberoende grupper. Gymnasieelever (n = 63) delades in i; aktiv träningsgrupp, aktiv placebogrupp och passiv kontrollgrupp. Tränings- och placebogruppen genomförde datoriserad kognitiv träning med respektive utan adaptiv svårighetsgrad. ANCOVA med arbetsminneskapacitet som kovariat visade inga signifikanta träningseffekter på självskattade exekutiva funktioner, oavsett grupptillhörighet. Sammantaget kan BRIEF-SR vara ett lämpligt instrument vid utvärdering av kognitiv träning när ekologisk validitet prioriteras. Resultaten diskuteras avseende inverkan av tid mellan för- och eftermätning, population och förväntanseffekter. / Performance based measures have been the Golden standard when evaluating effects of cognitive training. By using The Behavior Rating Inventory of Executive Functioning-Self Report (BRIEF-SR), this thesis aimed to explore self- rating scales as an alternative when evaluating effects of cognitive training. A sample of high school students (n = 63) and a mixed- effect model with pre- and post-measurements were chosen. The students were divided into three groups: active training, training with placebo or passive control. The two groups in training practiced with a computerized cognitive training program. The two training groups practiced with an adaptive and non-adaptive computer program, respectively. With working memory as covariate ANCOVA reported no significant effects on self-rated executive functions independent of group condition. In sum, if ecological validity is of priority BRIEF-SR can be considered when measuring effects following cognitive training. In addition the results are discussed with regards to time between pre- and post-measurements, population and effects of expectancy. / Effekter av kognitiv träning på skolprestationer och självreglering av beteende (dnr 1,2009/0 018,5-0) Self rating self measure executive functioning cognitive training self report BRIEF-SR ANCOVA transfer effects of training ecological validity placebo effects of placebo expectations objective performance measures working memory shifting attention inhibition updating självskattning exekutiva funktioner kognitiv träning self report BRIEF-SR ANCOVA arbetsminnesträning generalisering transfer utvärdering träningseffekter ekologisk validitet placeboeffekter placeboträning förväntning objektiva prestationsmått arbetsminne skifta uppmärksamhet inhibering uppdatering

Search results

Constant-pH molecular dynamics simulations of an alkaline-gated ion channel / Konstant-pH simuleringar av en jonkanal aktiverad av en alkalisk miljö