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Intérêts et limites de l'approche moléculaire pour aborder la biogéographie et la spéciation : l'exemple de quelques Mammifères d'Afrique tropicale

Quérouil, Sophie 10 December 2001 (has links) (PDF)
Parmi les approches qui visent à déterminer la façon dont les organismes se diversifient dans le temps et dans l'espace, la biogéographie tente de reconstruire l'histoire des peuplements à partir des distributions des taxons, tandis que la phylogéographie analyse l'évolution d'une lignée à la fois. Dans cette étude, nous nous sommes proposés de tester les hypothèses biogéographiques formulées pour la faune tropicale (théorie des refuges, des barrières fluviales, des gradients environnementaux...), en appliquant l'approche moléculaire à quelques taxons de Mammifères africains (Insectivores, Rongeurs, Primates). Nous avons cherché à déterminer l'apport et les limites de la technique moléculaire la plus couramment employée en biologie évolutive : le séquençage d'ADN mitochondrial. <br />Nous avons d'abord tenté d'obtenir une phylogénie moléculaire de quelques taxons potentiellement intéressants pour la biogéographie, dans le but de vérifier leur monophylie et de calibrer une horloge moléculaire. Puis, nous avons recherché et comparé les schémas phylogéographiques de quatre espèces de petits mammifères forestiers et d'une super-espèce de primates. Enfin, nous nous sommes intéressés aux processus évolutifs impliqués dans la spéciation. Nous avons évalué le mode géographique de spéciation et l'évolution de quelques traits d'histoire de vie chez les primates de la tribu des Cercopithecini. <br />Nos résultats phylogénétiques confirment que l'histoire des gènes n'est pas forcément celle des taxons et qu'il est important de prendre en compte plusieurs sources d'information indépendantes, telles que des gènes non liés sur la même molécule, la morphologie, l'écologie, et le comportement. L'étude des modalités de la spéciation, qui est tributaire de la fiabilité des analyses phylogénétiques, indique une prédominance de l'allopatrie et des événements de vicariance du Miocène et du Pliocène chez les Cercopithecini. Enfin, les analyses phylogéographiques ont révélé quatre scénarios phylogéographiques différents pour les quatre modèles retenus, ce qui peut refléter soit des distributions initiales différentes, soit une réponse différentielle aux mêmes événements selon les taxons. Ces scénarios présentent une certaine concordance avec les régions fauniques définies pour les forêts d'Afrique centrale, mais suggèrent que les événements de divergence intra-spécifique remonteraient au Plio-Pleistocène et seraient donc beaucoup plus anciens que les derniers épisodes de fragmentation de la forêt liés aux cycles glaciaires.
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Aerial Insectivorous Birds Linked to Water Quality and Climate in Urbanizing Landscapes

Corra, Joseph William 19 June 2019 (has links)
No description available.
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Riparian insects and predation by insectivores: energy transfers across tropical land-water ecotones

Chan, Ka-wang, Eric., 陳家煌. January 2007 (has links)
published_or_final_version / Biological Sciences / Doctoral / Doctor of Philosophy
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Ecologia trófica de Conopophaga lineata (Wied, 1831) e Conopophaga melanos (Vieillot, 1818) (Aves: Conopophagidae): aspectos das relações de nicho e seleção de presa

Souza, Ludemila Martins de 27 April 2017 (has links)
Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-10-09T20:17:53Z No. of bitstreams: 1 ludemilamartinsdesouza.pdf: 1476036 bytes, checksum: 13c93142a0ac36c1cce3f43d89f846ca (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-10-10T12:20:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ludemilamartinsdesouza.pdf: 1476036 bytes, checksum: 13c93142a0ac36c1cce3f43d89f846ca (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-10T12:20:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ludemilamartinsdesouza.pdf: 1476036 bytes, checksum: 13c93142a0ac36c1cce3f43d89f846ca (MD5) Previous issue date: 2017-04-27 / Dados sobre a ecologia alimentar de duas aves de sub-bosque foram coletados na Reserva Biológica Municipal do Poço D’anta, Juiz de Fora – MG, sudeste do Brasil. Conopophaga lineata e Conopophaga melanops são encontradas ocorrendo em simpátria em algumas localidades da Região Sudeste. Estudos com espécies aparentadas e simpátricas podem ser úteis no sentido de avaliar a influência do nicho sobre co ocorrência e co-existência. Durante as amostragens utilizando redes ornitológicas obtivemos 29 capturas de 25 indivíduos de C. lineata, e 28 capturas de 21 indivíduos de C. melanops. Na triagem das amostras fecais de C. lineata e C. melanops foram encontrados, respectivamente, 310 e 276 itens. C. lineata consumiu predominantemente Formicidae (53,5%), Coleoptera (6,8%). Entretanto, o índice alimentar (IA) de Coleoptera (7,47) ficou abaixo de outros grupos como Formicidae (68,2) e Araneae (8,80). C. melanops consumiu altas proporções de Formicidae (23,2%), Coloptera (12,3%), Orthoptera (11,6%) e Isoptera (11,2%), embora em termos de IA o predomínio tenha sido de Formicidae (24,66) e Coleoptera (20,14). A sobreposição de nicho entre as espécies foi maior que o esperado (observado = 0.723). Apesar das diferenças nas proporções dos tipos de artrópodes consumidos não foram suficientes para revelar separação de seus nichos alimentares. Embora se encontrem na literatura que C. lineata seleciona tanto tipo de presas quanto artrópodes maiores que 5 mm em proporções acima do esperado pelo acaso, assim como foi observado para C. melanops predação preferencial sobre alguns táxons. Os resultados encontrados demonstram que, em alguns casos, os padrões ecológicos das respostas das aves aos recursos encontrados no ambiente podem ser diferentes daqueles encontrados em outras regiões. / Data on the food ecology of two understory birds were collected at the Municipal Reserva Biológica Municipal do Poço D’anta, Juiz de Fora – MG, Southeastern Brazil. Conopophaga lineata and Conopophaga melanops are found occurring in sympatry in some localities of the Southeast Region. Studies with related and sympatric species may be useful in assessing the influence of the niche on co-occurrence and co-existence. During the samplings using ontological networks were carried out 29 catches of 25 individuals of C. lineata, and 28 catches of 21 individuals of C. melanops. In the sorting of the fecal samples of C. lineata and C. melanops were found, respectively, 310 and 276 items. C. lineata consumed predominantly Formicidae (53.5%), Coleoptera (6.8%). However, Coleoptera dietary index (AI) (7.47) was below other groups such as Formicidae (68.2) and Araneae (8.80). C. melanops consumed high proportions of Formicidae (23.2%), Coloptera (12.3%), Orthoptera (11.6%) and Isoptera (11.2%), although in terms of AI the predominance was Formicidae (24.66) and Coleoptera (20.14). The niche overlap between species was higher than expected (observed = 0.723). Although differences in the proportions of the types of arthropods consumed were not sufficient to reveal separation of their food niches. Although it is found in the literature that C. lineata selects both prey and arthropod species larger than 5 mm in proportions above that expected by chance, just as it was observed for C. melanops preferential predation on some taxa. The results show that, in some cases, the ecological patterns of bird responses to the resources found in the environment may be different from those found in other regions.
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Influence des interactions biotiques complexes sur la régénération des essences forestières feuillues

Giffard, Brice 03 October 2011 (has links)
Les herbivores consomment les tissus végétaux et affectent la survie et la croissance des végétaux. Les ennemis naturels des herbivores peuvent réguler leurs populations et indirectement diminuer les dommages sur la végétation. Les relations entre plantes, herbivores et prédateurs sont liées aux caractéristiques intrinsèques des espèces végétales mais aussi influencées par la communauté végétale environnante. L'hypothèse de résistance par association stipule qu'une communauté végétale diversifiée entraîne une diminution des dégâts sur une plante cible par dilution, répulsion des herbivores et/ou favorisation des ennemis naturels. Inversement, les herbivores peuvent se concentrer sur la plante-cible dans une communauté végétale diversifiée (susceptibilité par association). L'objectif de cette thèse est d'évaluer 1) l'influence de la composition de la communauté végétale sur les herbivores et leurs dommages sur une plante-cible, 2) l'impact de la régulation des herbivores par les prédateurs et 3) les interactions entre herbivores, communauté végétale et prédateurs, et les conséquences pour les intensités d'herbivorie sur la plante-cible. Nous nous sommes focalisés sur les dommages causés par les insectes herbivores sur des plantules d'essences forestières feuillues (Betula pendula, Quercus robur et Q. ilex). La variété importante de communautés végétales, au niveau inter (essences dominantes) et intraparcellaire (présence, structure et composition), nous a permis de tester les effets du voisinage végétal sur les insectes herbivores et leurs dommages sur les plantules cibles. Les oiseaux insectivores sont les principaux prédateurs d'insectes et nous avons cherché à estimer les effets de leur exclusion sur les insectes et les conséquences pour les plantules, et ceci le long des gradients de composition du voisinage végétal. Enfin, le degré de spécialisation (spécialiste/généraliste) et le mode de vie (exo/endophyte) ont été caractérisés car ils conditionnent les réponses des insectes herbivores à la végétation voisine ainsi que la prédation avienne. Le voisinage végétal des plantules-cibles modifie la charge en herbivores et les dommages engendrés. Ces réponses sont liées à la spécialisation de l'insecte herbivore : la colonisation des plantules par les espèces spécialistes (mineuses de feuilles) est négativement affectée par la structure de la végétation locale (présence, recouvrement arbustif). Les dommages d'insectes généralistes augmentent avec la richesse spécifique des peuplements et dans les parcelles dominées par des espèces conspécifiques. Les abondances des insectes externes et leurs dommages sont régulés par les oiseaux insectivores mais cet effet indirect dépend de l'espèce de plantule-cible et de la composition de la communauté végétale. Les effets de cascade trophique sont les plus intenses dans les parcelles de pin maritime où les plantules constituent une ressource nouvelle pour les niveaux trophiques supérieurs. Plus localement, le voisinage végétal modifie la sensibilité des arthropodes à la prédation: les oiseaux insectivores bénéficient aux plantules lorsque les proies sont plus accessibles (végétation environnante supprimée).Pour conclure, une des principales richesses de ces résultats vient de la mise en évidence d'interactions très fortes existant entre les effets des oiseaux insectivores et la végétation environnante. Les effets indirects des prédateurs et directs de la végétation environnante sont très liés au degré de spécialisation des insectes phytophages et à leur mode de vie. / Herbivory is thought to depend on intrinsic plant resistance traits and negatively affect survival and growth of plants. Predators can depress herbivore populations and thereby indirectly limit the consumption of primary producers. The surrounding vegetation is also expected to modify the interactions between a focal plant, its herbivores and their natural enemies. The surrounding vegetation may disrupt the colonisation and the consumption of a focal plant by insect herbivores, providing associational resistance. Increasing diversity of neighbouring vegetation can decrease resource availability or enhance herbivores control by predators. By contrast, associational susceptibility may occur with higher levels of herbivory in a focal plant in more diverse plant communities. We tested 1) the effect of the neighbouring vegetation on the levels of herbivory on seedlings, 2) the indirect impact of predators on herbivores and subsequent herbivory, and 3) the interactions between surrounding vegetation, focal plants, herbivores and predators. We examined the damage caused by insect herbivores on three native broadleaved species. We then compared the importance of taxonomic similarity between seedlings and canopy tree species and the structure and composition of surrounding vegetation at both large- and small-scales. Birds are vertebrate predators likely to limit damage to plants and facilitate plant growth by consuming herbivorous insects. We estimated their effects by excluding them from focal plants, and compared their interactive effects with vegetation diversity or removal. The effects of surrounding vegetation and avian predation were also disentangled on concealed- vs. external-feeding guilds (predation sensitivity) and specialist- vs. generalist-insects.Surrounding vegetation of focal seedlings influences the abundance of insect herbivores and damage. Specialist insects (leaf miners) are affected by the understorey vegetation close to oak seedlings, decreasing with its presence or structural diversity. The damage caused by generalist insects depend on the large-scale composition of plant communities, and increase with tree species richness and cover or on conspecific forest habitats. Exclusion of insectivorous birds affects insect herbivory in a species-specific manner, and also greatly varies with forest habitats and presence of vegetation around focal plants. The indirect effect of bird predation on leaf damage is observed on seedlings beneath noncongeneric canopy trees. The removal of local surrounding vegetation affects the top-down effect of insectivorous birds on insect herbivores, according to their sensitivity to predation and the accessibility of preys. To conclude, our studies provide experimental evidences of interactive effects between bird predation and neighbouring vegetation on insect herbivores and levels of herbivory. These indirect effects are strongly related to the specialisation of herbivores and to their sensitivity to bird predation.
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Exploring shifts in migration phenology and breeding distribution of declining North American avian aerial insectivores

Honkomp, Nora 19 May 2021 (has links)
No description available.
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Du jeu des sélections chez une pyrale musicienne : étude de l'origine, de l'évolution et du maintien sélectif des comportements sexuels / On the selective interplays in an acoustic moth : a study of the origin, the evolution and the maintenance of sexual behaviours

Alem, Sylvain 29 November 2012 (has links)
Pour comprendre comment la sélection naturelle modèle les traits sexuels, l’emploi d’une approche intégrative des processus sélectifs en jeu semble aujourd’hui indispensable. Durant ma thèse je me suis ainsi intéressé aux influences simultanées des sélections de viabilité et sexuelle sur l’origine, l’évolution et le maintien des traits sexuels de la petite teigne de la ruche (Achroia grisella). Chez cette pyrale les mâles se regroupent en leks, produisent un chant d’appel ultrasonique intense et les femelles choisissent un partenaire sexuel en se basant sur des caractéristiques acoustiques spécifiques de ce chant. Cependant les signaux sexuels ultrasoniques des mâles peuvent également attirer des prédateurs : les chauves-souris insectivores. Ainsi, au sein des leks, les sélections sexuelle et de viabilité jouent et peuvent modeler (1) l’évolution du choix des femelles, (2) le maintien et l’évolution du lek, (3) l’origine de la communication acoustique sexuelle. Les travaux conduits durant cette thèse soulignent l’intérêt de l’étude du jeu des sélections sexuelle et de viabilité pour comprendre comment la sélection naturelle peut modeler l’origine, l’évolution et le maintien des traits sexuels. Les résultats indiquent en particulier le rôle crucial de la pression de prédation dans ces processus sélectifs. / In order to achieve a better understanding of how natural selection shapes sexual traits it is essential to consider the interplay of the various selective processes at work. For my thesis I investigated the simultaneous influences of viability and sexual selections on the origin, the evolution and the maintenance of sexual traits in the lesser waxmoth Achroia grisella. Females of this pyralid moth choose their mate based on acoustic characters of the ultrasonic calling song broadcasted by males while competing at lek. However male ultrasonic displays are very conspicuous and may attract specific predators: insectivorous bats. Therefore at leks sexual and viability selection pressures act simultaneously and can shape (1) the evolution of female mate choice, (2) the maintenance and evolution of lekking, (3) the origin of sexual acoustic communication. Taken as a whole this work emphasises the relevance of the study of selective interplays between viability and sexual selections in order to improve our understanding of how natural selection may shape the origin, evolution and maintenance of sexual traits. In particular results indicate the crucial role played by predation pressure within these evolutionary processes.
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Birds, bats and arthropods in tropical agroforestry landscapes: Functional diversity, multitrophic interactions and crop yield

Maas, Bea 20 November 2013 (has links)
No description available.

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