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Previsão das Instabilidades de Disruptura através de Redes Neurais Artificiais / Forecasting disruptions Instabilities by artificial neural networks

Kenya Andrésia de Oliveira 25 February 2000 (has links)
Redes neurais artificias, tipo \"feedforward\", de duas camadas, foram utilizadas neste trabalho para fazer previsões das instabilidades de disruptura que surgem nas descargas de plasma do tokamak TEXT (E.U.A.), obtendo-se resultados bastante encorajadores. Verificou-se que uma arquitetura de rede, do tipo m:2m:m:1, onde m é dimensão de imersão do atrator do sistema dinâmico em estudo, costuma ser um bom chute inicial para a escolha da arquitetura ideal de trabalho, que costuma ser livre e, não raro, trabalhosa. Utilizando-se, em sinais de raios-X, uma rede neural artificial com arquitetura 15:30:15:1, por exemplo, conseguiu-se fazer previsões com uma antecipação de até 4 ms das instabilidades de disruptura, tempo quatro vezes maior do que o obtido utilizaudo-se sinais magnéticos das bobinas de Mirnov. Tal antecipação é bastante significativa e abre a possibilidade de, no futuro, utilizarem­se mecanismos de defesa da máquina, tais como injeção de partículas neutras (ou\"pellets\"), aplicação de campos magnéticos externos, etc, no sentido de se tentar evitar a ocorrência destas instabilidades, ou, pelo menos, minimizar os seus efeitos nocivos. Isto certamente contribuirá significativamente para a viabilização dos futuros reatores de fusão à plasma. Finalmente, o sistema de diagnóstico de raios-X de baixas energias do tokamak TCABR, que foi projetado e já se encontra em fase de instalação para fornecer sinais que servirão para alimentar a rede neural, também possibilitará a reconstrução tomográfica das regiões de mesma emissividade da coluna de plasma. A análise tomográfica, utilizando-se os sinais de dois conjuntos de detectores de raios-X moles, também será muito útil na investigação dos mecanismos físicos que dão surgimento às instabilidades de disruptura, além de permitir, ainda, a medida da temperatura eletrônica do plasma, através do método dos absorvedores. / Two-layer feedforward neural network has been used in this work to forecast the disruptive instabilities that occur in the TEXT tokamak plasma discharges. For this task, soft X-ray experimental signals were used with very promising results. It was verified that a neural net with an architecture of the type m:2m:m:1, where m is the embedding dimension of the atractor of dynamical system in focus, is usually a good initial guess in the searching process of finding the ideal architecture. A neural network with architecture 15:30:15:1 was capable, for example, to forecast the disruptive instabilities up to 4 ms in advance. This period of time is four time larger than the one obtained when magnetic signals from Mirnov coils were used. This forecasting time is quite significative and opens up the possibility of using defensive mechanisms, such as the injection of neutral particles (or pellets), the application of external magnetic fields, etc, with the objective of avoiding the occurrence of the disruptions or, at least, to minimize their harmful effects. This achievement certainly would be an important contribution to the development of the next generation fusion devices. Finally, the soft X-ray diagnostic system for the TCABR was projected and it is already being installed. This system will provide experimental signals that will be analyzed by neural networks and will be also used to identify, through tomografic image reconstructions, the regions of the plasma that have the same soft X-ray emissivity. The tomography analysis of the plasma, that will be carried out by using the signals of two soft X-ray detectors arrays, will be also very usefull for investigating the triggering mechanism of disruptions and will also allow the determination of the plasma electron temperature through the two foil absorbing method.
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Análise cinemática e baropodométrica de tornozelo e pé durante diferentes tarefas funcionais para avaliação do valgo dinâmico de joelho / Kinematic analysis of the ankle and foot during different functional tasks to evaluate the dynamic value of knee

Diego José Argenton Telarolli 26 May 2017 (has links)
O valgo dinâmico de joelho é amplamente relacionado à disfunção e ao mau alinhamento postural e membros inferiores. No entanto, não está estabelecido como o valgo dinâmico de joelho está associado às adaptações cinemáticas de tornozelo e pé e ao comportamento das cargas plantares durante atividades funcionais. Objetivo: Comparar a amplitude articular de dorsiflexão do tornozelo, adução e abdução de retropé, pronação e supinação de subtalar, bem como avaliar a área e a pressão plantar total e do mediopé em diferentes tarefas funcionais utilizadas na avaliação do valgo dinâmico de joelho em indivíduos clinicamente saudáveis de ambos os sexos a partir da avaliação cinemática e baropodométrica. O objetivo foi correlacionar o valor do pico de valgo dinâmico de joelho com as amplitudes de tornozelo, com a área e pressão plantar do pé nestas tarefas. Materiais e métodos: Foram incluídos 30 voluntários sem histórico de lesão ou trauma nos membros inferiores, sendo 15 homens e 15 mulheres. Os voluntários tiveram o membro inferior dominante avaliado na realização de cinco diferentes tarefas funcionais: descida de degrau, single leg step down, agachamento unipodálico, aterrissagem unipodálica e drop vertical jump. Para a avaliação cinemática foi utilizado o sistema Vicon (Centennial, CO, EUA) com um total de 34 marcadores refletivos bilateralmente, para observação das variáveis cinemáticas tridimensionais de joelho, tornozelo e pé. A área e a pressão plantar foram obtidas do Baropodômetro Matscan System (Tekscan®. South Boston, MA, EUA). Para as análises dos dados cinemáticos e baropodométricos foram considerados o momento do pico de valgo de joelho nas diferentes tarefas funcionais realizadas. Resultados: As amplitudes de dorsiflexão de tornozelo (P = 0,489), adução e abdução do retropé (P = 0,0791), pronação e supinação de retropé (P = 0,163) e pronação e supinação da articulação subtalar (P = 0,305) não foram diferentes entre nenhuma das tarefas realizadas. Quanto as variáveis de área e pressão plantar total do pé, as tarefas de agachamento unipodálico e a descida de degrau apresentaram os maiores valores em comparação as tarefas de aterrissagem unipodálica (p = 0,005 e 0,027; ES = 0,66), drop vertical jump (p = 0,001 e p = 0,001; ES = 0,38) e single leg step down (p = 0,01 e p = 0,007; ES = 0,43). Os menores valores foram observados na tarefa de drop vertical jump com diferenças observadas para todas as tarefas (p<0,05). Já para as variáveis de pressão plantar do mediopé, a maior pressão foi observada na tarefa de descida de degrau que foi diferente de todas as tarefas (p<0,005), exceto a tarefa de agachamento unipodálico (p=0,13 es= 0,306) e as menores pressões foram encontradas na tarefa do drop vertical jump que apresentou diferenças para a tarefa de agachamento unipodálico (p=0,028 es= 0,485), aterrissagem unipodálica (p=0,006 es= 0,687) e descida de degrau (p=0,001 es= 0,257), porém não apresentou diferenças quando comparada a tarefa de single leg step down (p=0,374 es= 0,170). As variáveis de pico de valgo dinâmico de joelho apresentaram baixa correlação com as variáveis de pronação da articulação subtalar, área e pressão total e do mediopé. Conclusão: As tarefas funcionais avaliadas não apresentam diferença na cinemática de tornozelo e pé. A tarefa de descida de degrau levou a uma maior área de contato e maior pressão plantar do pé e a tarefa de drop vertical jump apresentou menor área de contato e menor pressão plantar do pé. Não houve correlação do pico de valgo dinâmico de joelho, com as amplitudes de tornozelo e pé, bem como a área e a pressão plantar do pé. / Dynamic knee valgus is largely related to the dysfunction and poor postural alignment of this articulation. However, isn\'t established how dynamic knee valgus can be associated with ankle and foot kinematic adaptations and the behavior of the plantar loads during functional activities. Objective: To compare the joint amplitude of ankle dorsiflexion, adduction and abduction of rearfoot, pronation and supination of midfoot, as well as to evaluate the total and midfoot area and pressure in different functional tasks used in the evaluation of dynamic knee valgus in clinically healthy individuals of both sexes from the kinematic and baropodometric evaluation. Besides that, the goal was to correlate the value of the dynamic knee valgus peak with the ankle amplitudes, with the foot area and foot pressure in these tasks. Materials and methods: It included 30 volunteers with no history of injury or trauma in the lower limbs, 15 men and 15 women. The volunteers had the dominant lower limb evaluated in performing five different functional tasks: step descent, single leg step down, single leg squat, unipodal landing and drop vertical jump. For the kinematic evaluation, the Vicon system (Centennial, CO, USA) with a total of 34 markers were used bilaterally to observe the three-dimensional knee, ankle and foot kinematics variables. The area and plantar pressure were obtained from the Matscan System Baropodometer (Tekscan®, South Boston, MA, USA). For the analysis of the kinematic and baropodometric data, the moment of the knee valgus peak was considered in the different functional tasks performed. Results: Results: The amplitudes of ankle dorsiflexion (P = 0.489), adduction and abduction of the rearfoot (P = 0.0791), pronation and supination of the rearfoot (P = 0.163) and pronation and supination of the subtalar joint (P = 0.305) did not Were different between any of the tasks performed. Regarding the variables of area and total foot pressure of the foot, the tasks of unipodal squatting and stair descent presented the highest values in comparison to the tasks of unipodal landing (p = 0.005 and 0.027; ES = 0.66), drop vertical jump (P = 0.001 and p = 0.001, ES = 0.38) and single leg step down (p = 0.01 and p = 0.007, ES = 0.43). The lowest values were observed in the drop vertical jump task with differences observed for all tasks (p <0.05). For the midfoot plantar pressure variables, the greatest pressure was observed in the task of stair descent that was different from all tasks (p <0.005), except for the one-legged squat task (p = 0.13 and 0.306) (P = 0.028 es = 0,485), unipodal landing (p = 0,006 es = 0,687), and lowering of the step (p = 0.001 es = 0.257), but did not present differences when compared to single leg step down task (p = 0.344 es = 0.170). The variables of dynamic knee dynamic valgus presented a low correlation with the variables of pronation of the subtalar joint, area and total pressure and midfoot.Conclusion: The functional tasks evaluated don\'t present differences in ankle and foot kinematics. The task of step descent led to a greater area of contact and greater plantar pressure and the task of drop vertical jump had a lower area of contact and lower foot pressure of the foot. There was not a correlation of the dynamic knee valgus peak with the ankle and foot amplitudes, as well as foot area and pressure.
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Análise cinemática e eletromiográfica de testes funcionais de instabilidade dinâmica de joelho / Kinematic and electromyographic analysis in functional testing of dynamic knee instability

Fábio Pamplona Mariano 08 April 2016 (has links)
O objetivo da presente dissertação foi avaliar e comparar o comportamento da movimentação do joelho, nos testes Drop Vertical Jump (Drop), Single Hop (Hop), Triple Hop (Triplo), Cross-over Hop (Cross), Six-Meter Timed Hop (6M) e Sidestep Cutting (Sid), através de análises cinemáticas das rotações e velocidades angulares do joelho, e pela co-ativação muscular do membro inferior, em jogadoras de handebol. O desenho experimental da pesquisa foi um estudo transversal, na qual foram avaliadas 12 participantes (idade média de 21,2±2,4 anos, massa corporal média de 68,9±10,3kg e estatura média de 1,70±0,04m). Antes das avaliações, todas foram demarcadas com 25 marcadores retrorefletivos em proeminências ósseas de interesse. Além disso, foram acoplados 10 sensores de eletromiografia (EMG) (EMG TrignoTM Wireless System), nas musculaturas do reto femoral, bíceps femoral e glúteo médio. Após foram aplicados os seis testes funcionais, em três tentativas válidas com o membro dominante. Os dados da cinemática foram obtidos pelo sistema de captura de movimento VICON (Centennial, CO, EUA) e analisados por rotinas desenvolvidas no software MatLab (Mathworks Inc., Natick, MA, USA). Os ângulos de rotação do joelho, especificamente o valgo do joelho, foram obtidos pelos Ângulos de Euler. Já as velocidades angulares escalares foram geradas pelo quatérnion unitário. E por último, as razões de co-ativação entre o reto femoral/bíceps femoral (RB) e reto femoral/glúteo médio (RG) foram através do sinal da integral normalizada da EMG. A partir disso, foram traçados os momentos das variáveis em cada teste avaliado. Para os ângulos de valgo foram extraídos os valores no contato inicial (CI), 40 e 100 ms após o CI, na flexão máxima (Flexmax) e no valgo máximo do joelho (Valgomax). Para as velocidades angulares foram os mesmos instantes, mais o momento de velocidade positiva (Velpos) e velocidade negativa (Velneg). Para as co-ativações foram os mesmos instantes dos ângulos, mais o momento da força pico de reação do solo (FPRS), por duas plataformas de força (Columbus, EUA). Nos ângulos de valgo houve interação [F(2,220)=11,456; p<0,001] na comparação (momento x testes) revelando diferenças significativas nas comparações pareadas. No CI, no 100ms e na Flexmax o Sid apresentou diferença para quase todos os outros testes, assim como o Drop na Flexmax. Nas velocidades angulares houve interação [F(30,330)=14,476; p<0,001] com diferenças significativas nas comparações pareadas. Nos instantes de 40ms, 100ms, Velpos e Velneg o Drop apresentou diferença para quase todos os testes, assim como o 6M apontou diferença para todos os outros testes no 100ms e Velneg. Houve ainda relação moderada: do Cross no momento de Valgomax nas variáveis ângulo de valgo e a velocidade angular (p=0,032); do Sid no momento 40ms nas variáveis do ângulo de valgo e a coativação RB (p=0,015); e no Hop no momento 100ms nas variáveis de ângulo de valgo e a coativação RG (p=0,029). Contudo, pode-se concluir que os testes funcionais de instabilidade dinâmica do joelho para as variáveis cinemáticas apresentam comportamentos específicos. Além disso, ficou demonstrado que o aumento do valgo do joelho no Cross é influenciado pela rapidez da velocidade angular. Podemos concluir ainda, que a adaptação neuromuscular RB, no Sid - 40ms, sofre a influência direta do ângulo de valgo, e que o sinergismo de RG, no Hop - 100ms, é fundamental para o controle do ângulo de valgo do joelho / The objective of this thesis was evaluate and compare the knee movement behavior, in the tests Drop Vertical Jump (Drop), Single Hop Test (Hop), Triple Hop Test (Triple), Cross-over Hop Test (Cross), Six-Meter Timed Hop Test (6M) e Sidestep Cutting (Sid), through rotation and knee angular speed kinematic analysis, and by the low member muscles co-activation, in female handball players. The experimental research design was a cross-sectional in which were evaluate 12 participants in the average age of 21.2±2.4, average body mass of 68.9±10.3kg and average height of 1.70±0.04m. Before the evaluation all made a 5 minutes warm-up and marked with 25 reflective markers in bony prominences of interest for further kinematic analysis. Besides that, where attached 10 electromyography sensors (EMG TrignoTM Wireless System), recto-femoral muscles, femoral biceps and gluteus medium. After the volunteer preparation where evaluated the six functional tests Drop, Hop, Triple, Cross, 6M and Sidestep Cutting in three valid attempts with the dominant limb. The kinematic data where obtained by the movement capture system VICON (Centennial, CO, EUA) and analyzed by the developed routines using the software MatLab (Mathworks Inc., Natick, MA, USA). The knee rotation angle, specifically the knee valgus, where generated by the sequences of Euler rotation angle. The scalar angular speeds where drawn by unitary quaternion. Finally, the co-activation ratios between the recto-femoral/femoral biceps (RB) and recto-femoral/gluteus medium (RG) where normalized integral sign by EMG. From this where set the variables moments in each evaluated test. To the valgus angle where extracted the initial contact values (CI) through a force platform (Columbus, EUA), 40ms and 100ms after the CI, in maximum flexion (Flexmax) and maximum knee valgus (Valgomax). To angular speeds where the same moments plus the positive speed momentum (Velpos) and negative speed momentum (Velneg). To the co-activation where used the same angle moments plus the moment of force peak ground reaction (FPRS). In the valgus angle there was interaction [F(2,220)=11,456; p<0,001] comparing (moment x tests) revealing significant differences in pairwise comparison. In CI, on 100ms and Flexmax the Sid presented difference to all most all the other tests likewise the Drop on Flexmax. In the angular speed there was the interaction [F(30,330)=14,476; p<0,001] with significant differences in pairwise comparison. In the moment 40ms, 100ms, Velpos and Velneg the Drop presented differences to all most all the other tests likewise the 6M pointed differences to all the other 100ms and Velneg tests. There was also a moderated relation from: Cross in the Valgomax moment in valgus angle variables and angle speed (p=0,032); Sid in 40ms moment the valgus angle variables and the co-activation (p=0,015); Hop in 100ms moment the valgus angles variables and co-activation RG (p=0,029). We can conclude that the knee dynamics instability functional tests in the dynamic valgus critical moments analysis, show that the valgus angle variables and angular velocity specific behaviors in the tests applied. Besides that was established that the knee valgus increase in Cross is influenced by the speed of angular velocity. Also can be concluded that the neuromuscular adaptation RB in SID - 40ms, has a direct influence of valgus angle and the synergism of Hop - 100ms, is fundamental to the knee valgus angle control
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Um estudo da relação entre jatos de baixos níveis e linhas de instabilidade da Amazônia / A STUDY OF THE RELATIONSHIP BETWEEN LOW-LEVEL JET AND AMAZON SQUALL LINES

Clênia Rodrigues Alcântara 14 December 2010 (has links)
O enfoque deste trabalho é contribuir para a compreensão dos processos que definem a propagação de linhas de instabilidade tropicais da Amazônia. Foi feita a análise de 9 anos de imagens de satélite definindo casos de linha de instabilidade e relacionando sua ocorrência com as do seu ambiente. Foi ressaltado o papel dos jatos de baixos níveis na propagação das linhas de instabilidade e verificadas possíveis diferenças entre os sistemas que se propagam e os que não se propagam. A partir da análise observacional foram feitas simulações numéricas com o modelo BRAMS para explorar a sensibilidade da propagação das linhas de instabilidade às características cinemáticas do ambiente. Como resultado principal, obteve-se que a maioria dos casos observados foi de linhas que não se propagaram, permanecendo quase estacionárias nas proximidades da costa norte do Brasil. Do total de casos de LI identificadas nas imagens de satélite, apenas 20% foram de linhas se propagaram mais de 400 km. O perfil do vento para seu ambiente de formação e desenvolvimento possui características que reúnem um jato em baixos níveis, um jato em altos níveis e pouco cisalhamento na intensidade e na direção. O jato em baixos níveis foi predominante de leste com intensidade média de 9 ms-1 e ocorreu em torno de 800 hPa. Ele foi mais intenso e mais profundo para as linhas que se propagaram mais de 400 km e menos intenso e menos profundo para as linhas costeiras. Os anos de 2005 e 2006 tiveram um aumento considerável de casos, em especial para as linhas que se propagaram. 2005 foi um ano atípico, pois foi verificado um aumento na temperatura da superfície do mar do Atlântico tropical, o que permitiu especular que aumentos como o que foi verificado, em certas áreas do Oceano Atlântico, pode levar ao aprofundamento do JBN através da intensificação das ondas de leste e assim favorecer a formação de mais LI na costa norte do Brasil. O JBN tem papel importante no processo de desenvolvimento das torres de cúmulos que compõe as linhas de instabilidade. Não só são responsáveis pela organização do sistema em linha, mas influenciam diretamente nos processos internos das nuvens, como ventilação e entranhamento, a formação de correntes descendentes e a formação de frentes de rajada em superfície que, em última instância, definem as características de propagação. / The aim of this work is to contribute to the understanding the processes that define the propagation of Amazon Tropical Squall Lines (ASL). 9 years of satellite images were analyzed defining ASL cases and their relationship with environment characteristics. The low level jet (LLJ) in ASL propagation has emerged as an important feature and possible differences between the systems that propagated and systems that did not propagate were analyzed. The observational analyzes suggested a series of numerical simulations with BRAMS model to explore the sensitivity of propagating ASL with respect to the kinematic characteristics of environment. Main results show that the larger number of ASL cases was of non propagating coastal lines. From the total, only 20% of ASL propagated more than 400 km (SL2). The wind profile of ASL formation and development environment had a LLJ, an upper level jet and to small values of speed and directional shear. The LLJ was from east with intensity of about 9 ms-1 and it was occurred around 800 hPa. It was more intense and deeper for SL2 than CSL. The 2005 and 2006 years had an considerable increase of ASL cases, specially for propagated lines. The 2005 year was atypical, because had an increase of sea surface temperature of Tropical Atlantic Ocean, allowing to speculate that this kind of increase, in certain areas of the Ocean, can lead to the deepening of LLJ through of easterly wave intensification, and thus favoring the formation of more ASL in the North coast of Brazil. The LLJ has a important role in the development processes of cumulus towers that compose the ASL and not only it were responsible for organization of the system, but it directly influence the internal processes of clouds, like inflow into the cloud.
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Polimorfismos nos Genes CYP17, CYP1B1, CYP1A1 e COMT e as Lesões Genômicas Espontâneas em Pacientes com Câncer de Mama / CYP17, CYP1B1, CYP1A1 and COMT Polymorphisms and the Spontaneous Genomic Lesions in Breast Cancer Women

Raquel Alves dos Santos 22 February 2008 (has links)
O Câncer de Mama (CM) é o segundo tipo mais freqüente de câncer no mundo e a doença maligna mais comum entre as mulheres. Apesar do câncer ser considerado uma típica doença do envelhecimento, o CM apresenta algumas características distintas no que diz respeito às taxas de incidência. Os fatores de risco para o CM incluem idade da menarca precoce e menopausa tardia, terapias hormonais, exposição aos poluentes ambientais, tabagismo e etilismo, no entanto, a exposição prolongada aos estrógenos representa o fator de risco mais importante. A biossíntese e a metabolização dos estrógenos requerem um grande número de vias que são reguladas por uma série de genes cujos polimorfismos têm sido descritos em associação com o CM. Também se sabe que os estrógenos podem danificar a molécula de DNA por aumentar a formação de aductos ou ainda por induzir a 8-hidroxilação de purinas e as quebras de fita simples e duplas do DNA. Dessa forma, o objetivo do presente do presente trabalho foi investigar os níveis de danos no DNA de pacientes com CM antes da quimioterapia ou da radioterapia, a possível associação entre os polimorfismos dos genes metabolizadores de estrógeno CYP17, CYP1B1, CYP1A1 and COMT e o risco ao CM e também a possível influência desses polimorfismos nos níveis espontâneos de danos no DNA. Os linfócitos do sangue periférico de 45 mulheres com diagnóstico para Carcinoma Ductal \"in situ\" ou invasorl e 85 mulheres sadias (controles) foram utilizados para avaliação de danos espontâneos no DNA pelo teste do micronúcleo e Ensaio Cometa. Os resultados mostraram que as freqüências de micronúcleos (MNs) e os danos no DNA detectados pelo Ensaio Cometa foram significativamente maiores no grupo de pacientes do CM do que no grupo controle. Os níveis de danos no DNA foram similares entre fumantes e não-fumantes e a idade não influenciou as freqüências de MNs observadas em pacientes com CM e controles. Para a abordagem molecular a casuística foi de 131 mulheres controles saudáveis e 104 mulheres também com diagnóstico para Carcinoma ductal \"in situ\" ou invasor. A comparação da ocorrência dos polimorfismos estudados nos genes CYP17, CYP1A1 e COMT não mostrou diferenças estatisticamente significativas entre pacientes e controles. Contudo, o genótipo Leu/Leu para o gene CYP1B1 aumentou em três vezes o risco para o CM entre não-fumantes (P = 0,04, OR = 3; 95% intervalo de confiança: 1,1-8,2). Os polimorfismos estudados nos genes citados acima não tiveram associação com a idade da menarca ou da menopausa em pacientes com CM e controles. A possível associação dos polimorfismos nos genes CYP17, CYP1B1, CYP1A1 e COMT sobre os níveis de danos no DNA também foi avaliada e, enquanto o CYP17 e CYP1A1 não afetaram as freqüências de MNs ou os danos no DNA observados pelo Ensaio Cometa nem em pacientes com CM nem no grupo controle, o alelo Leu do CYP1B1 esteve significativamente associado com altos níveis de danos no DNA do grupo controle, mas não interferiu nos danos do DNA detectados no grupo com CM. Em contrapartida, no grupo controle, o indivíduos portadores do alelo Met do gene COMT exibiram níveis mais baixos de danos no DNA quando comparados com o homozigoto selvagem, mas no grupo com CM os indivíduos polimórficos homozigotos (Met/Met) apresentaram níveis de danos no DNA mais elevados do que os seu correspondentes homozigotos selvagens e heterozigotos. Concluindo, este trabalho demonstrou que mulheres com CM apresentam uma instabilidade genômica importante e sugere que os polimorfismos nos genes metabolizadores de estrógenos podem modificar os níveis de danos no DNA tanto em mulheres sadias quanto em mulheres com CM. / Breast cancer (BC) is the second most frequent kind of cancer in worldwide and the most common malignant disease among women. Although cancer is considered a typical aging disease, BC is presenting some distinctive features concerning age-specific incidence rates. Risk factors for breast cancer include early age of menarche and late menopause, hormonal therapies, exposure to environmental pollutants, smoking and alcohol habits, however, increased or prolonged estrogen exposure is the most important risk factor. Estrogen biosynthesis and metabolism requires a great number of enzymatic pathways regulated by different genes with polymorphisms that has been described in association with BC and is well known that estrogens can damage the DNA by increasing the formation of DNA adducts and by inducing 8-hidroxilation of purine bases and breaks in DNA strand. Thus, the aim of the present work was to investigate the levels of DNA damage in BC patients prior chemotherapy or radiotherapy, the possible association of the estrogen metabolizing genes CYP17, CYP1B1, CYP1A1 and COMT polymorphisms on breast cancer risk and also the possible influence of these polymorphisms on the spontaneous levels of DNA damage. Micronucleus test and Comet assay was performed to detect spontaneous DNA damage, using peripheral blood lymphocytes from 45 women diagnosed for Ductal \"in situ\" or invasive breast carcinoma and 85 healthy control women. The results showed that the micronucleus (MNs) frequencies and DNA damage detected by Comet assay were significantly higher in BC group than in controls. The levels of DNA damage were similar in smokers and non-smokers and aging did not influence the frequencies of MNs observed BC patients and in controls. For molecular approach the casuistic comprised of 131 healthy control women and 104 women also diagnosed for Ductal \"in situ\" or invasive breast carcinoma. Comparison of the occurrence of the polymorphisms in CYP17, CYP1A1 and COMT was not statistically different between patients and controls. However, the risk for BC is three-fold increased in non-smokers Leu/Leu group for CYP1B1 (P = 0,04, OR = 3; 95% confidence intervals: 1,1-8,2). The polymorphisms studied in the above mentioned genes did not influence the age of menarche or menopause differently in BC and controls. The influence of CYP17, CYP1B1, CYP1A1 and COMT polymorphisms on the levels of DNA damage was also analyzed and while CYP17 and CYP1A1 did not affect the MNs frequencies or the DNA damage observed by Comet assay in neither in BC nor in control group, the Leu allele of CYP1B1 was significantly associated with the higher levels of DNA damage in control group, but did not interfere on DNA damage detected in BC group. On the other hand in the control group, individuals carrying the Met allele of COMT exhibited lower levels of DNA damage when compared to wild type homozygous, but in BC group the polymorphic homozygous individuals (Met/Met) presented higher levels of DNA than their wild type homozygous or heterozygous counterparts. In conclusion, the present work demonstrated that BC women present an important genomic instability and suggests that estrogens metabolizing polymorphisms may modify the levels of DNA damage in healthy and in BC women.
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Instabilidade do Genoma Mitocondrial em Adenoma e Adenocarcinoma Colorretal. / Mitochondrial Genomic Instability in Colorectal Adenomas and Adenocarcinoma.

Luiza Ferreira de Araujo 30 April 2013 (has links)
A mitocôndria é a organela citoplasmática responsável pelo maior sistema produtor de energia, a fosforilação oxidativa (OXPHOS). Foi proposto que em células tumorais a hiper-regulação da glicólise em condições normais de oxigênio (Efeito Warburg), está associada a defeitos na OXPHOS e pode regular o fenótipo tumoral, por exemplo, o potencial metastático da célula por meio da indução de vias pseudohipóxicas durante a normóxia. Estudos recentes mostraram que vários tipos de tumores possuem mutações somáticas em seu genoma mitocondrial, o que pode alterar as funções da OXPHOS levando a troca de metabolismo energético nas células tumorais e induzindo a tumorigênese. Diante disto, o presente trabalho avaliou a instabilidade do genoma mitocondrial em etapas bem definidas da progressão do câncer colorretal. O DNA genômico foi extraído de amostras de adenoma, adenocarcinoma, tecido adjacente e sangue periférico de nove pacientes diagnosticados com Câncer colorretal. O genoma mitocondrial foi amplificado e sequenciado para que fossem feitas as buscas por mutações nas amostras de sangue periférico, adenomas e adenocarcinoma. Foi também medido o número de cópias relativas do mtDNA. Foram encontradas um total de 233 mutações, das quais 162 foram em comum entre os três tecidos avaliados. As amostras de adenocarcinoma foram as que apresentaram uma maior média de mutações por amostra (44,6), seguidas dos adenoma (40,2) e do sangue periférico (34). As amostras de adenocarcinoma apresentaram uma maior instabilidade do mtDNA refletidas a partir de um maior número de mutações somáticas (tanto do tipo InDel como mutações de uma única base), mutações não sinônimas com maior patogenicidade, maior número de mutações em heteroplasmia e com taxa de heteroplasmia elevada. Já as amostras de adenoma apresentaram instabilidade dos seus mtDNA intermediários entre o tecido não tumoral e tumoral, refletindo bem a etapa de modificação celular no qual esses tecidos se encontram. Na análise do número de cópias relativas, as amostras de adenocarcinoma tiveram diminuição no número de cópias relativas quando comparadas com tecido adjacente (p= 0,01) e com adenomas (p= 0,04). Em síntese, o presente trabalho sugere que a instabilidade do genoma mitocondrial parece ter um papel importante no desenvolvimento de tumores colorretais. / The mitochondrion is a cytoplasmic organelle responsible for the major energy producing system, which is the oxidative phosphorylation enzyme pathway (OXPHOS). It was proposed that glycolysis up-regulation during normal oxygen conditions (Warburg effect) may induce defects in the mitochondrial respiration and regulate tumoral phenotypes, for example, metastatic potential through the induction of pseudohipoxic pathways during normoxia. Recent studies have shown that many kinds of tumors have mtDNA somatic mutations, which could alter the OXPHOS functions, leading to changes in glucose metabolismo and improvind tumorigenesis. This study analyzed the mitochondrial genome instability of well defined stages of colorectal cancer. Genomic DNA was extracted from adenoma, adenocarcinoma, adjacente tissue and peripheral blood of patients diagnosed with Colorectal cancer. The mitochondrial genome was amplified and sequenced for mutations screening in adenoma, adenocarcinoma e blood samples. It was also analyzed the relative mtDNA copy number. It was find a total of 233 mutations, which 162 were in common among the three analyzed tissues. The adenocarcinoma samples presented a greater mutation mean per sample (44.6) followed by adenomas samples (40.2) and blood samples (34). The adenocarcinoma samples also shown a greater mitochondrial genome instability refleted by increased of somatic mutations (InDels and single nucleotide variation), non sinonimous mutations with higher patogenicity, increased number of heteroplasmatic mutations and higher heteroplasmatic levels. The adenoma samples showed intermadiate instability of its mtDNA, which well reflects the intermediate stage of cellular modifications of this tissue. The mtDN copy number analysis shown that the adenocarcinoma samples presented decreased number of mtDNA content when compared with adjacente tissue (p= 0.01) and adenoma samples (p= 0.04). In summary the presente study suggests that the mitochondrial genomic instability seems to play an importante role in colorectal tumorigenesis.
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Caracterização genético-molecular de linhagens com duplicação cromossômica em Aspergillus nidulans. / Characterization genetic-molecular of strains with chromosomes duplication in Aspergillus nidulans.

Ágata Cristiane Huppert Giancoli 13 August 2004 (has links)
A pesquisa de linhagens com duplicação cromossômica, como a linhagem A de Aspergillus nidulans, teve oseu início no final da década de 1970. Durante este período foram isolados da linhagem A, diversos variantes deteriorados, que foram caracterizados genética e citologicamente. Neste trabalho de pesquisa, as analises genéticas demonstraram que os determinantes de deterioração ou segmentos de inserção de V5, V101, V102, V103 e V104 estão localizados nos grupos de ligação VIII, III, IV, VII e I respectivamente. As análises citogenéticas revelaram diversas alterações no ciclo celular e migração nucleares nas fases iniciais de desenvolvimento. A duplicação cromossômica da linhagem A e os variantes deteriorados foram investigados a nível molecular, por técnica de PCR. Os resultados mostraram que o segmento de inserção consiste de um provável Elemento de Transposição, denominado de MATE, o qual é característico do fungo Aspergillus nidulans. Os segmentos de inserção analisados apresentam características típicas de MATE, como o motivo “Spe” que é encontrado por toda seqüência dos Elementos MATE. / The research with chromosome duplication strains, as strain A of Aspergillus nidulans, began during the 70's, with isolation of several deteriorates variants of strain A and characterization by genetic and cytological analysis. In this work the genetic analysis has demonstrated that the deterioration determinant or insertion sequence in V5, V101, V102, V103 and V104 deteriorates variants are located in the linkages groups VIII, III, IV, VII and I, respectively. The cytological analyses have demonstrated changes in cellular cycle and nuclear migration in initial phases of development. The chromosome duplication of strain A and the deteriorated variants were investigated by PCR with designed primers to mobile elements, what have resulted in the identification of the transposable element MATE, mainly by great similarity with "Spe" motif sequence that is described as essential in activity of these elements.
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Efeitos da radiofreqüência nas características mecânicas da cápsula anterior do ombro de coelhos / Radiofrequency effects on mechanical characteristics of anterior shoulder capsule of rabbits

José Luiz Pozo Raymundo 17 July 2007 (has links)
INTRODUÇÃO - A literatura mostra a utilização da radiofreqüência como alternativa em casos de redundância ou frouxidão de tecido, podendo ser empregada como solução em alguns casos de instabilidade de ombro. O presente estudo avalia os efeitos mecânicos da radiofreqüência em cápsulas anteriores de ombros de coelhos vivos. MÉTODOS O estudo é comparativo e randomizado, tendo sido realizado em trinta e sete ombros de coelhos, machos, da raça Nova Zelândia, na faixa etária de 4 meses 6 meses, com peso médio de 3kg 250mg, criados para o projeto e mantidos no Biotério Central da Universidade Federal de Pelotas UFPEL - RS. O trabalho consta de dezoito ombros do grupo controle sendo estes abertos para gerar instabilidade e não submetidos ao procedimento de radiofreqüência; e dezenove ombros do grupo experimento (radiofreqüência), abertos para gerar instabilidade e submetidos a radiofreqüência com tempo fixado em 7segundos numa temperatura fixa de 650C, com tecido embebido em solução salina. Após cinqüenta dias de pós operatório, os animais foram levados à eutanásia. O material foi mantido em -21,40C por quinze dias e, após transportado para o Laboratório de Investigação Medica 21 da Universidade de São Paulo USP - SP, para avaliação de nove variáveis: altura, comprimento inicial sem carga, área da cápsula, força máxima, deformação máxima, tensão máxima, deformação relativa, rigidez e módulo de elasticidade. RESULTADOS Foram encontradas diferenças estatisticamente significantes entre os grupos controle e o grupo radiofreqüência, para as variáveis força máxima e rigidez (p<0,05), sendo maiores em média, no grupo controle. CONCLUSÃO Desse modo a força máxima e a rigidez da cápsula anterior de ombros de coelhos vivos, submetidas à radiofreqüência em um único ponto, diminui após cinqüenta dias / INTRODUTION literature presents radiofrequency as an alternative tool to be used in redundancy or tissue looseness cases, and to be employed as a potencial solution for shoulder instability. The present study evaluated the mechanical effects of radiofrequency usage in anterior shoulder capsules of living rabbits. METHODS - the study is comparative and randomized, it was carried out with thirty seven shoulders of male rabbits (New Zealand breed), with ages between 4 to 6 months, weighing on average 3kg250g that were raised for the project and kept at Central Biotery from Federal University of Pelotas RS. The study groups encompassed eighteen shoulders as a control group that were operated to generate instability but were not submitted to radiofrequency procedure; and nineteen shoulders as intervention group (radiofrequency), that underwent the same operation procedure but were submitted to radiofrequency by the period of seven seconds at a steady temperature of 650C, the tissue was Embedded in salt solution. Fifty days after surgery the rabbits were taken to euthanasia. The material was kept at - 21,40C for fifteen days and later was taken to the São Paulo University-USP Medical Investigation Laboratory(#21), for the assessment of nine variables: height, unloaded inicial length, capsule area, maximum strength, maximum deformation, maximum tension, relative deformation, stiffness and elasticity module. RESULTS Statistical differences were observed between groups concerning maximum strength and stiffness(p<0.05), that were higher on average in the contrl group. CONCLUSION Maximum strength and stiffness of the anterior shoulder capsule in living rabbits, submitted to radiofrequency in a single spot, decreases after fifty days
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Importância dos diferentes estabilizadores estáticos póstero-laterais do joelho: estudo biomecânico / The role of the different static stabilizers of the posterolateral corner of the knee: a biomechanical study

Rodrigo Campos Pace Lasmar 09 May 2006 (has links)
O objetivo deste trabalho foi avaliar a importância relativa dos diferentes estabilizadores estáticos do canto póstero-lateral do joelho. Para isso foram utilizados 10 joelhos de cadáveres que foram submetidos a testes biomecânicos com a aplicação de forças para a deformação em varo e em rotação externa. Os joelhos foram testados em quatro situações diferentes e sempre na mesma seqüência: com a articulação íntegra, após a secção do ligamento colateral lateral, após a secção do ligamento colateral lateral e do complexo poplíteo-fibular (tendão do poplíteo + ligamento poplíteo-fibular) e após a secção do ligamento colateral lateral, do complexo poplíteo-fibular e da cápsula póstero-lateral. Os testes foram feitos com os joelhos em extensão, em 30 e em 60 graus de flexão. Os parâmetros estudados foram a deformação angular e a rigidez durante a aplicação do momento de flexão (varo) de 15 N.m e do momento de torção (rotação externa) de 6 N.m. A análise estatística foi realizada com o teste de comparações múltiplas de Tukey. Através da análise dos resultados obtidos com os testes biomecânicos e comparando os valores obtidos nas quatro situações estudadas entre si, foi possível interpretar a função específica de cada estrutura do canto póstero-lateral do joelho, em cada ângulo de flexão testado. Neste estudo, o ligamento colateral lateral foi importante na estabilização do joelho para o varo em extensão, em 30 e em 60 graus de flexão. O complexo poplíteo-fibular foi a estrutura mais importante na estabilização do joelho para a rotação externa, dentre as estruturas avaliadas, atuando em todos os ângulos de flexão testados. Além disto, complexo poplíteo-fibular foi importante na estabilização para o varo quando o joelho se encontrava em 30 e em 60 graus de flexão. Já a cápsula póstero-lateral foi importante na estabilização para o varo e para a rotação externa quando o joelho se encontrava em extensão, perdendo sua função à medida que o joelho foi flexionado. Em 30 graus de flexão, a cápsula póstero-lateral foi importante apenas para a estabilização em varo do joelho. / The purpose of this study was to evaluate, in cadaver knees, the relative importance of the different static stabilizers of the posterolateral corner of the knee. Tests were performed with the application of a varus and external rotation force to the knee in extension, 30 and 60 degrees of flexion, using 10 cadaver knees. The forces were applied initially to an intact knee and then repeated after a selective sectioning of the ligaments: section of the lateral collateral ligament; section of the lateral collateral ligament and the popliteofibular complex; and section of the lateral collateral ligament, the popliteofibular complex and the posterolateral capsule. The parameters studied were the angular deformity and rigidity while the knees were being submitted to a 15 newton-meter varus torque and a 6 newton-meter external tibial torque. Statistical analysis was performed using the ANOVA and Tukey tests. Our findings showed that the lateral collateral ligament was important in varus stability at 0, 30 and 60 degrees; the popliteus-fibular complex was the most important structure in external rotation stability at all angles of flexion and was also important for varus stability at 30 and 60 degrees; the posterolateral capsule was important for varus stability at 0 and 30 degrees, and for external rotation stability in extension.
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Estudo do metabolismo energético com base na instabilidade do genoma mitocondrial no melanoma / Energetic metabolism analysis based on the instability of the mitochondrial genome in melanoma

Luiza Ferreira de Araujo 06 October 2017 (has links)
Estudos recentes relataram oncogenes induzindo a reprogramação metabólica no câncer. Essa reprogramação é fundamental para que as células cancerosas tenham nutrientes e biomoléculas suficiente para manter sua alta taxa proliferativa. A mitocôndria tem um papel central no metabolismo energético da célula e alterações no seu genoma, tanto em relação a mutações como em número de cópias, já foram bastante observados em vários tipos tumorais. Além disso, deficiência no fator de transcrição mitocondrial A (TFAM), fundamental para a transcrição e estabilidade do mtDNA, já foi associada com o crescimento tumoral. Diante disso, nosso estudo teve como objetivo avaliar o papel da instabilidade do genoma mitocondrial no metabolismo energético e crescimento do melanoma. Para isso, nós medimos a instabilidade do mtDNA utilizando como parâmetros: o acúmulo de mutações no mtDNA, alterações no mtDNAcn e a expressão do TFAM. O impacto da instabilidade do mtDNA foi avaliado em três modelos diferentes de melanoma: um modelo in vitro de linhagens celulares, dados de expressão gênica de tumores de melanoma metastático proveniente do TCGA e um modelo murino induzível de melanoma (BrafV600E/Ptennull), adicionado a um background alternativo de deficiência para o TFAM/mtDNAcn. Esse modelo murino também nos permitiu avaliar a deficiência do TFAM limitada a células tumorais (Tfamflox) e tanto em células tumorais, como no seu microambiente (Tfam+/-). Nas análises in vitro, nós observamos correlações positivas entre o mtDNAcn e a expressão do TFAM com a taxa de consumo de glicose e produção de ATP, indicando um impacto desses parâmetros na bioenergética celular. Análises de expressão gênica, utilizando tanto as linhagens de melanoma como tumores de melanoma metastático, nos sugeriram que o TFAM regula genes indutores de angiogênese, a resposta imunológica humoral e vias metabólicas de aminoácidos. Nas análises in vivo, nós observamos um aumento dos tumores em camundongos Tfam+/-, indicando que a deficiência de TFAM/mtDNAcn em células tumorais e no seu microambiente induz a tumorigênese, o que confirma os dados de expressão gênica encontrados com linhagens e tecido de melanoma. Além disso, análises de metabolômica e transcriptômica combinadas nos sugeriram que as células de melanoma com deficiência no TFAM/mtDNAcn são mais dependentes do metabolismo de glutamina. Diante disso, nós concluímos que a deficiência do TFAM/mtDNAcn tem um papel importante no crescimento do melanoma, induzindo a expressão de genes pro-tumorigênicos e aumentando o consumo da glutamina para suprir as necessidades proliferativas das células cancerosas. Esses dados são relevantes e podem nos ajudar a entender melhor o papel da mitocondrial na progressão do melanoma. / Recent studies have shown many oncogenes triggering metabolic reprogramming in cancer. The metabolic switch in cancer cells is necessary to supply the high demand for nutrients and biomolecules for proliferative cells. In this context, mitochondria play a central role in the energetic metabolism of the cell and changes in its genome, such as an increased load of mutations and alterations in mtDNA content, have been reported in several cancers. In addition, deficiency in the Mitochondrial Transcription Factor A (TFAM), responsible for transcription and maintenance of mtDNA stability, was previously associated with tumor growth. Based on that, our goal was to evaluate the impact of the mitochondrial genome instability in the energetic metabolism and melanoma growth. mtDNA instability was inferred measuring mtDNA mutations load and content, as well as TFAM expression. Its impact was evaluated in three different melanoma models: an in vitro model using melanoma cell lines, gene expression data from metastatic melanoma tumors, publicly available at TCGA, and an inducible murine model of melanoma (BRAFV600E/PTENnull), crossed onto different TFAMdeficient backgrounds. The murine model also provides us a tractable model to examine the consequences of mtDNA instability limited to cancer cells (Tfamflox) and in both cancer cells and tumor microenvironment (Tfam+/-). In vitro analysis showed us a positive correlation between mtDNA copy number (mtDNAcn) and TFAM expression with glucose consumption and ATP production, pointing an impact of these parameters in cellular bioenergetics. Further gene expression analysis, using both cell lines and metastatic melanoma data, suggested that TFAM could regulate the expression of angiogenesis genes, humoral immunity and amino acid metabolism. In vivo analysis confirmed the gene expression data, and revealed a higher melanoma growth in Tfam+/-. Also, combined metabolomics and transcriptomics data suggested that TFAM/mtDNAcn deficient melanoma cells rely mostly on glutamine metabolism to supply their energetic requirements. In conclusion, these data indicate that TFAM/mtDNAcn influences melanoma growth by triggering pro-tumorigenic signals and inducing metabolic reprogramming towards glutamine metabolism. These results are relevant and might help us understand how mitochondria affect melanoma progression.

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