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Mise en place d'approches bioinformatiques innovantes pour l'intégration de données multi-omiques longitudinales

Bodein, Antoine 10 February 2024 (has links)
Les nouvelles technologies «omiques» à haut débit, incluant la génomique, l'épigénomique, la transcriptomique, la protéomique, la métabolomique ou encore la métagénomique, ont connues ces dernières années un développement considérable. Indépendamment, chaque technologie omique est une source d'information incontournable pour l'étude du génome humain, de l'épigénome, du transcriptome, du protéome, du métabolome, et également de son microbiote permettant ainsi d'identifier des biomarqueurs responsables de maladies, de déterminer des cibles thérapeutiques, d'établir des diagnostics préventifs et d'accroître les connaissances du vivant. La réduction des coûts et la facilité d'acquisition des données multi-omiques à permis de proposer de nouveaux plans expérimentaux de type série temporelle où le même échantillon biologique est séquencé, mesuré et quantifié à plusieurs temps de mesures. Grâce à l'étude combinée des technologies omiques et des séries temporelles, il est possible de capturer les changements d'expressions qui s'opèrent dans un système dynamique pour chaque molécule et avoir une vision globale des interactions multi-omiques, inaccessibles par une approche simple standard. Cependant le traitement de cette somme de connaissances multi-omiques fait face à de nouveaux défis : l'évolution constante des technologies, le volume des données produites, leur hétérogénéité, la variété des données omiques et l'interprétabilité des résultats d'intégration nécessitent de nouvelles méthodes d'analyses et des outils innovants, capables d'identifier les éléments utiles à travers cette multitude d'informations. Dans cette perspective, nous proposons plusieurs outils et méthodes pour faire face aux challenges liés à l'intégration et l'interprétation de ces données multi-omiques particulières. Enfin, l'intégration de données multi-omiques longitudinales offre des perspectives dans des domaines tels que la médecine de précision ou pour des applications environnementales et industrielles. La démocratisation des analyses multi-omiques et la mise en place de méthodes d'intégration et d'interprétation innovantes permettront assurément d'obtenir une meilleure compréhension des écosystèmes biologiques. / New high-throughput «omics» technologies, including genomics, epigenomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics and metagenomics, have expanded considerably in recent years. Independently, each omics technology is an essential source of knowledge for the study of the human genome, epigenome, transcriptome, proteome, metabolome, and also its microbiota, thus making it possible to identify biomarkers leading to diseases, to identify therapeutic targets, to establish preventive diagnoses and to increase knowledge of living organisms. Cost reduction and ease of multi-omics data acquisition resulted in new experimental designs based on time series in which the same biological sample is sequenced, measured and quantified at several measurement times. Thanks to the combined study of omics technologies and time series, it is possible to capture the changes in expression that take place in a dynamic system for each molecule and get a comprehensive view of the multi-omics interactions, which was inaccessible with a simple standard omics approach. However, dealing with this amount of multi-omics data faces new challenges: continuous technological evolution, large volumes of produced data, heterogeneity, variety of omics data and interpretation of integration results require new analysis methods and innovative tools, capable of identifying useful elements through this multitude of information. In this perspective, we propose several tools and methods to face the challenges related to the integration and interpretation of these particular multi-omics data. Finally, integration of longidinal multi-omics data offers prospects in fields such as precision medicine or for environmental and industrial applications. Democratisation of multi-omics analyses and the implementation of innovative integration and interpretation methods will definitely lead to a deeper understanding of eco-systems biology.
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Modélisation pour la simulation de l'intégration verticale et virtuelle pour la prise de décisions

Vergara, Victor 18 May 2009 (has links) (PDF)
Les problématiques industrielles actuelles de prise de décision stratégique des entreprises dans un contexte complexe (mondialisation, incertitude des marchés et des besoins clients, évolution des produits, etc.) sont actuellement gérées via un recentrage sur le coe ur de métier. Cela conduit les entreprises à externaliser une partie de leurs activités traditionnelles, et à travailler en chaînes logistiques de plus en plus complexes. Cette démarche n'est pas toujours étayée par des évaluations quantitatives des avantages et des inconvénients d'une telle externalisation. <br />Nous partons du constat inverse : une solution pour diminuer les coûts des produits ou des services peut être d'intégrer des activités amont ou aval. <br />Nous proposons de caractériser et quantifier deux stratégies : intégration " verticale " par rachat et intégration " virtuelle " par développement d'un partenariat fort. <br /><br />Nous identifions des modèles mathématiques représentatifs de l'intégration, verticale, virtuelle et de Black-Scholes. Ils sont ensuite utilisés comme support de l'analyse de la performance économique. Ces modèles sont résolus de manière analytique et numérique (grâce à un simulateur Matlab). Ils constituent ainsi un outil d'aide à la décision.
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Espace communautaire européen : unité ou morcellement ?

Virol, Stéphane 02 December 2005 (has links) (PDF)
La politique régionale européenne est un instrument au service du renforcement de la cohésion économique et sociale. Cependant, les fonds structurels affectés à cette politique modifient la structure des économies régionales et, par là, celle de leur territoire. Par ailleurs, des réflexions engagées, notamment à travers le SDEC, visent à promouvoir une politique volontariste d'aménagement polycentrique de l'espace européen. Il convient donc de s'interroger sur les dynamiques de structuration et d'intégration régionale de cet espace. L'analyse spatiale est mobilisée pour rendre compte de l'impact du processus d'intégration économique ainsi que de la politique régionale sur sa structuration. Une utilisation originale des outils récents de l'économétrie spatiale permet d'apprécier et de quantifier les processus en jeu. Une attention particulière est portée à l'amélioration de la modélisation des interactions entre régions, obtenue par la construction de matrices de poids gravitaires intégrant des éléments jugés à la source des interactions économiques par la théorie spatiale.
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Le travail, lieu privilégié d'intégration : le cas de l'insertion socioprofessionnelle d'immigrants marocains à Montréal

Kadiri Hassani, Nadia January 2008 (has links) (PDF)
L'intégration des immigrants tient une place de plus en plus importante dans les discours politiques des gouvernements successifs du Canada et du Québec. Leur préoccupation s'est notamment traduite par la mise en place de programmes visant à faciliter l'intégration linguistique, sociale et économique de ces nouveaux arrivants au sein de la société d'accueil. Néanmoins, le passage d'une société à l'autre ne se fait pas sans obstacles et les immigrants doivent encore relever plusieurs défis, notamment ceux reliés à l'accès à l'emploi. Intuitivement, nous pensions qu'une fois qu'un immigrant est intégré professionnellement, il se rapproche de ses concitoyens et que cela facilite son intégration générale (culturelle entre autres). Nous avons alors émis l'hypothèse de départ suivante: le travail est un lieu privilégié d'intégration pour les immigrants. Nous avons essayé d'établir la plausibilité de cette hypothèse par le biais des récits de pratiques de cinq immigrants marocains arrivés au Québec depuis au moins cinq ans. Par notre démarche, nous n'avons pas cherché à généraliser ou à dégager de grandes tendances, mais plutôt à présenter des visions possibles de la réalité: les perceptions, le vécu de certains immigrants marocains quant à leur intégration socioprofessionnelle à la société montréalaise. D'après les résultats de notre recherche, l'intégration par le travail serait l'aboutissement d'un processus que l'immigrant accomplit à travers un ensemble de pratiques sociales, dont la principale reste le fait de chercher / trouver un emploi qui le satisfait, qui répond à ses attentes et à ses compétences. De plus, cette intégration professionnelle serait éventuellement une ouverture pour une intégration plus générale puisque l'emploi permet d'élargir son cercle de connaissances et de se faire des amis, d'en apprendre davantage sur la société d'accueil, etc. Nous pensons que c'est par l'emploi aussi que l'immigrant peut contribuer à la lutte contre les préjugés et les discriminations, qu'il a l'occasion d'affirmer son identité culturelle et qu'au fil du temps, il développe son hybridité culturelle! Nous voyons ce mémoire comme un témoignage d'immigrants sur leur intégration socioprofessionnelle à la société d'accueil, mais aussi comme une occasion d'étoffer la base documentaire particulière à ce sujet. Mentionnons qu'il aurait été tout aussi intéressant de voir comment les immigrants marocains de Montréal tentent de s'intégrer culturellement à la société québécoise; question qui pourrait faire l'objet d'une recherche complémentaire ... ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Immigration, Immigrants marocains, Intégration socioprofessionnelle, Intégration par le travail, Récits de pratiques.
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Les points de vue d'immigrants indépendants Burundais sur leur insertion socioprofessionnelle au Québec

Nzobonimpa, Brigitte January 2008 (has links) (PDF)
Ce mémoire porte sur l'insertion socioprofessionnelle des immigrants indépendants de la région des Grands Lacs en l'occurrence les Burundais. De nombreuses recherches portent sur les questions relatives à l'immigration mais peu d'études se sont intéressées à l'insertion socioprofessionnelle de ces immigrants. Ce constat nous a amenés a vouloir explorer des stratégies d'insertion socioprofessionnelle des immigrants indépendants burundais en terre d'accueil et de rechercher leur point de vue face aux problèmes d'accès à l'emploi. Dans une optique de trajectoire de migration, une attention particulière a été portée sur les stratégies d'insertion socioprofessionnelle. Pour mieux cerner leurs satisfactions face au processus d'insertion socioprofessionnelle dans la société d'accueil. Nous avons également accordé une place importante au quotidien post-migratoire de ces répondants. Sur ce, quelques questions secondaires ont permis d'approfondir le sujet afin de bien saisir le point de vue de ces répondants. Dans la même perspective, nous avons décidé d'effectuer une étude de type exploratoire-qualitative avec la participation de huit répondants: quatre femmes et quatre hommes nouvellement arrivés au Québec depuis au moins cinq ans. Cette recherche utilise l'entretien semi-structuré comme outil de collecte de données. Les résultats révèlent une variation des conditions d'accès à l'emploi selon le domaine à partir duquel une personne veut s'insérer. Tout d'abord, il est apparu clairement que la multiplication des stratégies choisies par les répondants peut porter fruit. Si la formation antérieure et la connaissance de la langue française font partie intégrante du processus migratoire, elles ne garantissent pas pour autant l'insertion au marché du travail. Suite à leur migration, tous nos répondants rapportent qu'à leur arrivée au Québec, ils ont eu du mal à prendre effectivement le contrôle du processus de leur insertion socioprofessionnelle. Ainsi, ils ont d'abord traversé une situation précaire. Mais ils comptent tous sur le long terme, avec l'espoir d'atteindre une situation socioprofessionnelle semblable à celle d'avant leur émigration. C'est pourquoi, les répondants ont accordé un intérêt particulier aux réseaux qui permettent d'accélérer la dynamique de leur insertion socioprofessionnelle. Le contexte exploratoire de l'étude nous a permis d'élargir l'analyse des processus d'insertion socioprofessionnelle des ressortissants de la région des Grands Lacs à des thématiques qui en dépassent le cadre initial du marché de travail. Ce mémoire s'achève sur une discussion montrant la nécessité, pour les intervenants sociaux, de s'engager davantage dans un processus de réévaluation des politiques d'intervention et d'analyse du processus d'insertion socioprofessionnelle des immigrants nouvellement arrivés. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Immigration, Burundais, Insertion socioprofessionnelle, Discrimination, Stratégies d'insertion Socioprofessionnelle et intégration.
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Influence du contexte sur la qualité de l'intégration sociale d'élèves présentant un trouble envahissant du développement

Roux, Catherine January 2006 (has links) (PDF)
L'intégration sociale d'élèves présentant un trouble envahissant du développement (TED) est un sujet d'intérêt à la fois pour les parents, les praticiens et les chercheurs. Depuis quelques années, de plus en plus d'élèves avec un diagnostic de TED entrent à l'école. Dû à la caractéristique centrale du syndrome, soit la difficulté à interagir avec leur environnement social, l'intégration de ces élèves pose un problème particulier. Ce mémoire vise à évaluer l'intégration sociale des élèves présentant un TED intégrés en classe ordinaire. Trois aspects de l'intégration de quatre élèves sont évalués: leurs activités à la récréation, leurs interactions en dyades et leurs affiliations en cliques. Les élèves ont été filmés lors de 15 récréations et de deux situations d'interaction dyadique, avec et sans incitation directe à interagir de la part de l'adulte. Enfin, les affiliations en cliques ont aussi été identifiées à l'aide d'entrevues individuelles auprès des élèves ordinaires de première année. Les résultats indiquent que les élèves présentant un TED sont souvent impliqués dans des activités peu constructives lors de la récréation, ce qui appuie les résultats d'études antérieures. Dans un même ordre d'idées, les élèves présentant un TED ne font pas partie des cliques de leurs pairs ordinaires. Ils sont néanmoins actifs socialement en situation d'interactions dyadiques. Dans l'ensemble, les résultats soulèvent des doutes en ce qui concerne la qualité de l'intégration des élèves présentant un TED en classe ordinaire. Des suggestions sont formulées pour faciliter leur intégration et mieux comprendre la nature de leurs difficultés. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Affiliation en clique, Autisme, Intégration, Interaction dyadique, Interaction sociale.
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Perceptions d'élèves en difficulté d'apprentissage quant à leurs conditions d'intégration scolaire au primaire

Authier, Josée January 2010 (has links) (PDF)
Depuis quelques années, de plus en plus d'élèves présentant des difficultés d'apprentissage sont intégrés en classe ordinaire. Les conditions d'intégration de ces élèves sont un sujet de préoccupations pour plusieurs parents, enseignants et spécialistes. Cependant, peu d'études se sont penchées sur le point de vue de ces élèves qui bénéficient de diverses conditions d'intégration. La présente étude a donc pour objectif de connaître les perceptions de 13 élèves en difficulté d'apprentissage au primaire au sujet de leurs différentes conditions d'intégration scolaire. Les données ont toutes été recueillies par entrevue dans la même école de Saint-Hyacinthe et permettent de relever les perceptions des élèves quant à leur apprentissage et leur intégration sociale. Les résultats des observations et des entrevues effectuées indiquent que la majorité des élèves (77 %) reçoivent plus d'aide de la part de leur enseignant que des intervenants. Les élèves justifient leurs perceptions en mentionnant que leur enseignant est celui qui leur enseigne pratiquement toutes les matières et qui est le plus souvent avec eux. Les élèves mentionnent tout de même effectuer de meilleurs apprentissages avec les intervenants (54 %). Quant à l'endroit le plus propice aux apprentissages, la majorité des élèves préfèrent à l'extérieur de la classe. Les raisons de leur préférence sont principalement pour la tranquillité, la meilleure concentration et le soutien beaucoup plus présent de la part des intervenants. Pour ce qui est de l'intégration sociale, les résultats de notre étude indiquent que les élèves ne se sentent pas stigmatisés à l'égard de leurs pairs, quant aux services dont ils bénéficient. Ils sont bien acceptés en classe et indiquent que le fait de recevoir de l'aide de la part d'un intervenant ne change en rien leur socialisation. Les élèves mentionnent également qu'ils n'ont pas peur de la réaction de leurs pairs (92 %) lorsqu'ils bénéficient de diverses formes d'aide. De plus, nos résultats montrent que les élèves scolarisés en classe ordinaire n'entretiennent généralement pas de relations amicales avec les élèves de classe spéciale et inversement. Les élèves scolarisés en classe ordinaire associent les élèves de classe spéciale à des élèves qui ont des problèmes et qui ne sont pas normaux. Par contre, ils disent d'eux qu'ils reçoivent plus d'aide et de soutien en classe spéciale étant donné le nombre restreint d'élèves en classe ainsi que l'attention plus soutenue de la part de l'enseignant qui peut ainsi intervenir efficacement auprès de plusieurs élèves. De leur côté, les élèves scolarisés en classe spéciale indiquent que la scolarisation en classe ordinaire semble plus difficile et qu'il serait plus ardu d'y faire des apprentissages et d'avoir une bonne concentration étant donné le nombre élevé d'élèves qui y sont regroupés. Ils mentionnent tout de même qu'il leur serait possible d'entretenir beaucoup plus de relations amicales dans ces classes. Il est intéressant de noter que le bruit, la concentration et le ratio enseignant/élève ont souvent été évoqués comme étant des préoccupations de la part des élèves lors de notre recherche. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Intégration scolaire, Intégration sociale, Difficultés d'apprentissage, Conditions d'intégration.
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L'influence des actions de l'enseignant du primaire sur l'intégration sociale des élèves qui ont des troubles de comportement dans un contexte d'intégration scolaire

Reid, Chantal 12 1900 (has links) (PDF)
Au cours des 15 dernières années, le nombre d'élèves avec des troubles de comportement a triplé. Une des principales préoccupations du monde scolaire se situe au niveau des élèves qui manifestent ce type de problème. Malgré ce fait, peu d'études proposent des informations concernant la nature des actions que l'enseignant entreprend pour favoriser l'intégration sociale des élèves TC en classe ordinaire. Afin de pallier à ce manque, l'objectif des deux études qui constituent ce mémoire est de mieux comprendre certains facteurs susceptibles d'influencer la qualité de l'intégration sociale de l'élève ayant des troubles de comportement en classe ordinaire, à savoir, l'ensemble des actions entreprises par l'enseignant afin de faciliter l'intégration sociale ainsi que le nombre d'élèves TC intégrés en classe ordinaire. La première étude identifie un répertoire d'actions posées par les enseignants. Dans ce contexte, 15 enseignants de la troisième à la 6e année du primaire ont participé à une entrevue afin d'identifier les différentes actions parmi lesquelles trois enseignants juges hors de notre échantillon ont validé et retenu 51 actions favorables à l'intégration sociale des élèves TC en classe ordinaire. La deuxième étude examine l'impact des actions sur l'intégration sociale des élèves TC. Elle vise également à estimer la relation entre le nombre d'élèves TC dans une classe ordinaire et l'intégration sociale de ceux-ci. Afin de réaliser cette étude, l'utilisation d'un test sociométrique a été faite auprès de 15 groupes d'élèves de classe ordinaire incluant 28 élèves TC intégrés relevant des 15 enseignants participants. Ce travail en deux études regroupées dans un devis à méthodes mixtes se démarque par sa spécificité d'avoir intégré une approche quantitative et une approche qualitative. Le principal résultat de l'étude 1 consiste en une liste de nouvelles actions favorisant l'intégration sociale des élèves TC qui viennent s'ajouter à celles proposées dans la littérature et celui de l'étude 2 révèle la relation entre le nombre d'élèves TC intégrés dans une classe ordinaire et leur degré d'acceptation sociale. L'impact des actions de l'enseignant sur la qualité de l'intégration sociale d'élèves TC n'a pu être démontré statistiquement. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Intégration, Scolaire, Sociale, Comportement, Actions
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L'expérience de socialisation scolaire : quel "rapport à l'école"? : points de vue d'élèves du secondaire issus d'un milieu pluriethnique et inscrits dans différents profils de formation

Bouchard, Janie 20 April 2018 (has links)
Le présent mémoire vise à saisir les significations que des élèves du secondaire issus d'un milieu pluriethnique attribuent à leur expérience de socialisation scolaire, celle-ci étant envisagée dans le sens d'une démarche singulière menée par un sujet en vue de sa construction identitaire, à partir des interactions qu'il engage avec les autres au sein d'un environnement donné. En tant qu'institution mandatée pour ce faire, l'École joue un rôle de soutien à la socialisation. Considérant les jeunes comme aptes à rendre compte de l'expérience effective qu'ils vivent, nous avons recueilli les points de vue de trente-cinq d'entre eux de la lre à la 5e secondaire, inscrits dans différents profils de formation. L'éventail diversifié des positions qu'ils endossent à l'égard de leur projet scolaire, des relations qu'ils entretiennent avec les adultes et les élèves de l'école, des attentes et exigences des intervenants scolaires, de leur participation à la vie de l'école et de leur vision de la société, nous permet de caractériser le type de « rapport à l'École » qu'ils établissent, lequel est fondé sur leur rapport à l'environnement, leur rapport à l'apprendre et leur rapport aux autres.
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Relations de genre et migration en Côte d'Ivoire : de la décision de migrer à l'insertion dans le marché du travail

Comoé, Élise Fiédin January 2006 (has links)
Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

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