Stuttgart, Univ., Diss., 2002.

Zugl.: Stuttgart, Univ., Diss., 2004.

Ubiquitination is an important post-translational modification that maintains cellular homeostasis by regulating various biological processes. Deubiquitinases (DUBs) are enzymes that reverse the ubiquitination process by catalyzing the removal of ubiquitin from a substrate. Abnormal expression or function of DUBs is often associated with the onset and progression of various diseases, including cancer. Ubiquitin specific proteases (USPs), which constitute the largest family of DUBs in humans, have become the center of interest as potential targets in cancer therapy as many of them display increased activity or are overexpressed in a range of malignant tumors or the tumor microenvironment. Two related members of the USP family, USP28 and USP25, share high sequence identities but play diverse biological roles. USP28 regulates cell proliferation, oncogenesis, DNA damage repair and apoptosis, whereas USP25 is involved in the anti-viral response, innate immunity and ER-associated degradation in addition to carcinogenesis. USP28 and USP25 also exhibit different oligomeric states – while USP28 is a constitutively active dimer, USP25 assumes an auto-inhibited tetrameric structure. The catalytic domains of both USP28 and USP25 comprise the canonical, globular USP-domain but contain an additional, extended insertion site called USP25/28 catalytic domain inserted domain (UCID) that mediates oligomerization of the proteins. Disruption of the USP25 tetramer leads to the formation of an activated dimeric protein. However, it is still not clear what triggers its activation. Due to their role in maintaining and stabilizing numerous oncoproteins, USP28 and USP25 have emerged as interesting candidates for anti-cancer therapy. Recent advances in small-molecular inhibitor development have led to the discovery of relatively potent inhibitors of USP28 and USP25. This thesis focuses on the structural elucidation of USP28 and the biochemical characterization of USP28/USP25, both in complex with representatives of three out of the eight compound classes reported as USP28/USP25-specific inhibitors. The crystal structures of USP28 in complex with the AZ compounds, Vismodegib and FT206 reveal that all three inhibitor classes bind into the same allosteric pocket distant from the catalytic center, located between the palm and the thumb subdomains (the S1-site). Intriguingly, this binding pocket is identical to the UCID-tip binding interface in the USP25 tetramer, rendering the protein in a locked, inactive conformation. Formation of the binding pocket in USP28 requires a shift in the helix α5, which induces conformational changes and local distortion of the binding channel that typically accommodates the C-terminal tail of Ubiquitin, thus preventing catalysis and abrogating USP28 activity. The key residues of the USP28-inhibitor binding pocket are highly conserved in USP25. Mutagenesis studies of these residues accompanied by biochemical and biophysical assays confirm the proposed mechanism of inhibition and similar binding to USP25. This work provides valuable insights into the inhibition mechanism of the small molecule compounds specifically for the DUBs USP28 and USP25. The USP28-inhibitor complex structures offer a framework to develop more specific and potent inhibitors. / Ubiquitinierung ist eine wichtige posttranslationale Modifikation, die die zelluläre Homöostase aufrechterhält, indem sie verschiedene biologische Prozesse reguliert. Deubiquitinasen (DUBs) sind Enzyme, die den Ubiquitinierungsprozess umkehren, indem sie die Entfernung von Ubiquitin von einem Substrat katalysieren. Eine abnorme Expression oder Funktion von DUBs wird häufig mit dem Auftreten und Fortschreiten verschiedener Krankheiten, einschließlich Krebs, in Verbindung gebracht. Ubiquitin-spezifische Proteasen (USPs), die im Menschen die größte Familie der DUBs bilden, sind als potenzielle Ziele in der Krebstherapie von besonderem Interesse, da viele von ihnen in bösartigen Tumoren oder deren Mikroumgebung abnormal aktiv oder überexprimiert sind. Die zwei eng verwandten Mitglieder der USP-Familie, USP28 und USP25, weisen eine hohe Sequenzidentität auf, sind aber an unterschiedlichen biologischen Prozessen beteiligt. USP28 reguliert die Zellproliferation, die Onkogenese, die Reparatur von DNA-Schäden und die Apoptose, während USP25 eine Rolle bei der antiviralen Reaktion, der angeborenen Immunität, dem ER-assoziierten Abbau und der Carcinogenese spielt. USP28 und USP25 weisen auch unterschiedliche oligomere Zustände auf. Während USP28 ein konstitutiv aktives Dimer bildet, tritt USP25 als auto-inhibiertes Tetramer auf. Strukturell bestehen die katalytischen Domänen sowohl von USP28 als auch von USP25 aus der kanonischen globulären USP-Domäne enthalten jedoch eine zusätzliche Insertion, die als „USP25/28 catalytic domain inserted domain (UCID)“ bezeichnet wird und die Oligomerisierung der Proteine vermittelt. Die Dissoziation des USP25 Tetramers in Dimere führt zu einem aktivierten USP25-Protein. Es ist jedoch immer noch nicht klar, was seine Aktivierung auslöst. Aufgrund ihrer Rolle bei der Aufrechterhaltung und Stabilisierung zahlreicher Onkoproteine haben sich USP28 und USP25 als interessante Kandidaten für die Entwicklung von Medikamenten in der Krebstherapie erwiesen. Jüngste Fortschritte in der Entwicklung von niedermolekularen Inhibitoren haben zur Entdeckung von relativ potenten Inhibitoren von USP28 und USP25 geführt. Diese Arbeit konzentriert sich auf die Strukturaufklärung von USP28 und die biochemische Charakterisierung von USP28/USP25, beide im Komplex mit Vertretern von drei der acht Verbindungsklassen, die als USP28/USP25-spezifische Inhibitoren bekannt sind. Die Kristallstrukturen von USP28 im Komplex mit den AZ-Verbindungen, Vismodegib und FT206 zeigen, dass alle Inhibitoren in einer ähnlichen Region an USP28 binden - einer allosterischen Tasche, die in der Nähe des katalytischen Zentrums liegt und sich zwischen der Handflächen- und der Daumen-Subdomäne befindet. Diese Bindungstasche ist identisch mit der Position, an der der „UCID-tip“ im USP25-Tetramer bindet und das Protein in eine verschränkte, inaktive Konformation versetzt. Die Bildung der Bindungstasche in USP28 erfordert eine Verschiebung der α5-Helix, die zu Konformationsänderungen und einer lokalen Verzerrung des Bindungskanalsführt, der normalerweise den C-terminus des Ubiquitin-Moleküls bindet und so die Katalyse verhindert und die Aktivität von USP28 hemmt. Die Schlüsselreste der USP28-Inhibitor-Bindungstasche sind in USP25 hoch konserviert. Mutagenese-Studien dieser Aminosäuren, begleitet von biochemischen und biophysikalischen Analysen, bestätigen den vorgeschlagenen Mechanismus der Hemmung und eine ähnliche Bindung der Inhibitoren an USP25. Diese Arbeit liefert wertvolle Einblicke in den Hemmungsmechanismus der Kleinmolekülverbindungen, die spezifisch für die DUBs USP28 und USP25 entwickelt worden sind. Die Strukturen der USP28-Inhibitor-Komplexe bieten eine Grundlage für die zukünftige Entwicklung spezifischerer und wirksamerer Inhibitoren.

Seltenerdsilizide RSi2 und deren verwandte R2TSi3-Verbindungen kristallisieren in hexagonalen AlB2- sowie tetragonalen ThSi2-ähnlichen Kristallstrukturen, unter denen es eine große strukturelle Vielfalt gibt, insbesondere im Hinblick auf die Ordnung von T- und Si-Atomen. Basierend auf einer ausführlichen Literaturrecherche mit einem Umfang von mehr als 300 Artikeln und 500 Strukturberichten wurde die kristallographische Familie eingehend charakterisiert und deren Symmetriebeziehungen herausgearbeitet. Das so entstandene Bärnighaus-Diagramm umfasst im Vergleich zu bisherigen Veröffentlichungen sechs zusätzliche Strukturtypen, deren Raumgruppen in dieser Arbeit teilweise erstmalig bestimmt wurden. Weiterhin konnten Zusammenhänge zwischen den beinhalteten Elementen der Verbindungen und deren Eigenschaften erarbeitet werden. Beispielsweise bilden sich signifikant häufiger geordneten Strukturen nach einer thermischen Behandlung. Darüber hinaus konnte hier eine Korrelation zwischen der elektronischen Struktur eines Hückel-Aromaten und der Si/T-Ordnung herausgearbeitet werden. Ergänzt wird die Arbeit durch Dichtefunktionaltheorieberechnungen, die zum einen Aufschluss über Formierungsenergien und somit über die potentielle Stabilität von bisher nicht berichteten Verbindungen geben. Zum anderen wurden die Bader-Ladungen der Atome berechnet, wodurch beispielsweise mögliche Überstrukturmodelle im tetragonalen Gitter auf nur ein plausibles Modell reduziert werden konnten. Abgerundet wird die Arbeit durch eigene Ergebnisse aus resonanten Synchrotronexperimenten, beispielhaft an dem Vertreter mit der größten Überstruktur: Ho2PdSi3. Für diese Verbindung gab es noch weitere mögliche Strukturmodelle, die jedoch dank der präsentierten Ergebnisse ausgeschlossen werden können.:Kurzfassung/Abstract 1. Einleitung 2. Grundlagen 2.1. Die Elemente 2.1.1. Aufbau 2.1.2. Bindungen 2.1.3. Atomradien 2.2. Kristallographie 2.2.1. Gliederung von Kristallstrukturen 2.2.2. Symmetrieabstieg 2.2.3. Raumgitter und reziprokes Gitter 2.2.4. Elektronen im Kristall 2.3. Resonante Röntgenbeugung 2.3.1. Röntgenabsorptionsspektroskopie 2.3.2. Röntgendiffraktion 2.3.3. Analyse der Diffraction Anomalous Fine Structure 3. Strukturelle Variationen der RSi2- und R2TSi3-Verbindungen: Charakterisierung und Ursachen 3.1. Kristallographische Übersicht der RSi2- und R2TSi3-Verbindungen 3.1.1. Vom AlB2-Typ abgeleitete Strukturen 3.1.2. Vom ThSi2-Typ abgeleitete Strukturen 3.1.3. Strukturbeschreibung 3.2. Systematisierung von Materialeigenschaften anhand von R–T-Diagrammen 3.2.1. Verteilung der Strukturtypen gemäß der Elementkombinationen 3.2.2. Gitterparameter und Si–T-Abstände 3.2.3. Thermische Behandlung 3.2.4. Elementradien und Radienverhältnis 3.2.5. Dichte und Packungsdichte 3.2.6. Elektronische Struktur 3.3. Abhängigkeiten zwischen den Materialeigenschaften 3.3.1. Korrelationen des kürzesten Si–T-Abstands d 3.3.2. Korrelationen des Quotienten c/a 3.3.3. Korrelationen des Quotienten qrad (und der Elementradien) 3.3.4. Korrelationen der thermischen Behandlung 3.3.5. Korrelationen der elektronischen Struktur 3.4. Stabilitätsanalysen basierend auf DFT-Rechnungen 3.4.1. Die Reihe der Co-Verbindungen 3.4.2. Die Reihe der Rh-Verbindungen 3.4.3. Die Reihe der Pt-Verbindungen 3.4.4. Die Gitterparameter von La2PdSi3 3.4.5. Tetragonales oder hexagonales BaSi2? 3.4.6. Orthorombisches Sr2AgSi3 3.4.7. Potentielle, tetragonale Struktur mit geordneten Si/T-Atomen 4. Überstrukturanalyse an Ho2PdSi3mit Diffraction Anomalous Fine Structure Analyse 4.1. Die Probe 4.2. Die Modelle 4.3. Durchführung 4.3.1. Details zu den Simulationen 4.3.2. Details zu den Experimenten 4.4. Auswertung 4.4.1. Die Holmium-L-Kanten 4.4.2. Die Palladium-K-Kante 5. Zusammenfassung Anhang A. Strukturparameter der RSi2- und R2TSi3-Verbindungen B. Die Strukturtypen und Wyckoff-Lagen der RSi2- und R2TSi3-Verbindungen C. Geometrische Betrachtungen der Gitter D. Hilfswerte für die DFT-Rechnungen E. Parameter der FDMNES-Simulatio F. Herleitung des Extinktionskorrekturterms G. Mittlere Fehlerquadrate der Fits an die XAFS- und DAFS-Experimente Tabellenverzeichnis Abbildungsverzeichnis Literaturverzeichnis Danksagung Eidesstattliche Erklärung

The molecular structure of the title compound, [Fe(C 5 H 5 )(C 15 H 12 N)], consists of a ferrocene moiety with an N-phenylpyrrole heterocycle bound to one cyclopentadienyl ring. The 1,3-disubstitution of the pyrrole results in an L- shaped arrangement of the molecule with plane intersections of 2.78 (17)° between the pyrrole and the N-bonded phenyl ring and of 8.17 (18)° between the pyrrole and the cyclopentadienyl ring. In the crystal, no remarkable intermolecular interactions are observed.

CrSi2 ist eines der wenigen halbleitenden Silicide. Wegen seiner hohen thermischen und chemischen Stabilität ist es einerseits für thermoelektrische Anwendungen geeignet, andererseits kommt es auch für photovoltaische und mikro-elektronische Applikationen in Frage. Vorraussetzung ist oftmals eine definierte Silizium(001)-Silicid Grenzfläche. Aus diesem Grunde wurden dünne CrSi2-Schichten in einer MBE-Anlage unter UHV-Bedingungen auf n-Si(001) Substrat gewachsen. Die sich ergebene Schichtmorphologie wurde in Abhängigkeit von unterschiedlichen Herstellungsparametern mittels TEM und REM untersucht. Des weiteren wurden die Schichten mit Hilfe von Elektronen- und Röntgenbeugung hinsichtlich bevorzugt auftretender Epitaxiebeziehungen charakterisiert.

Zugl.: Hamburg, Techn. Univ., Diss., 2006

Zugl.: Ulm, Univ., Diss., 2009

Stuttgart, Univ., Diplomarb., 2004.

Techn. Universiẗat, Diss., 2000--Dresden.