Atividades humanas podem causar degradação e impedir que serviços ambientais cheguem á sociedade. Evitá-la demanda constante monitoramento, que pode ser realizado com indicadores ambientais. Buscamos selecionar indicadores da exploração de petróleo nas comunidades microbianas de riachos da Amazônia, Mata Atlântica, Cerrado e Caatinga. Avaliamos as diversidades taxonômica (Sequenciamento 16S) e funcional (GeoChip 5.0M) e comparamos os resultados de amostras de água, sedimento, biofilme e solo das margens de riachos influenciados por campos de petróleo com áreas de referência. Todas as estações apresentaram alta riqueza, baixa similaridade taxonômica e alta similaridade funcional. Impactos da atividade de exploração de petróleo foram relacionados ao uso do solo e não à contaminação por hidrocarbonetos, já que as estações não tinham histórico de vazamentos. Os indicadores identificados não foram atreldos a grupos taxonômicos ou atividades metabólicas específicas, sendo mais promissora a utilização de um conceito baseado em sequencias genéticas indicadoras. / Human activities can cause degradation and prevent environmental services from reaching society. Avoid it demand constant monitoring, which can be carried out with environmental indicators. We sought to select indicators of oil exploration in the microbial communities of streams in the Amazon, Atlantic Forest, Cerrado and Caatinga morphoclimatic domains. We evaluated taxonomic (16S Sequencing) and functional (GeoChip 5.0M) diversity and compared the results from water, sediment, biofilm and soil (from the margins of streams) samples influenced by oil fields with reference areas. All of them presented high richness, low taxonomic similarity and high functional similarity. Impacts of the oil exploration activity are related to the use of soil and not to hydrocarbon contamination, since the sampling stations we choose are historically not affected by oil spills. The indicators we identified are not related to taxonomic groups or specific metabolic activities, and the use of a concept based on indicator sequences is more promising.

Esta tese compreende a revisão taxonômica, filogenia e morfologia do gênero Alcantarea (E. Morren ex Mez) Harms, bromeliáceas rupícolas endêmicas dos afloramentos rochosos do leste do Brasil. Apresenta-se inicialmente uma caracterização geral de Bromeliaceae, os objetivos e justificativas da tese, que segue estruturada em capítulos. O capítulo 1 apresenta a caracterização morfológica e a revisão do gênero baseada nos trabalhos de campo, de herbários e bibliografia. São apresentadas as descrições para as espécies, chave para identificação, ilustrações, mapa de distribuição e estado de conservação dos táxons. Entre os resultados desse capítulo destaca-se que são reconhecidas 26 espécies, sendo cinco novas e descritas pelo autor no decorrer do projeto (A. martinellii Versieux & Wand., A. patriae Versieux & Wand., A. tortuosa Versieux & Wand., A. trepida Versieux & Wand., A. turgida Versieux & Wand.), quatro novos sinônimos são apresentados (A. brasiliana (L.B. Sm.) J.R. Grant, A. edmundoi (Leme) J.R. Grant, A. lurida Leme, A. mucilaginosa Leme) e um neótipo é designado. Em quase sua totalidade os táxons estão individualmente ilustrados em detalhe e são também apresentadas pranchas fotográficas. Amplo material foi coletado e incorporado aos herbários e uma coleção-viva foi montada no Instituto de Botânica. Apesar de geralmente formarem grandes populações em locais de difícil acesso, seis táxons são considerados ameaçados de extinção em razão de áreas de ocorrência restritas e por perda do habitat e para seis espécies não foi possível determinar o estado de conservação em razão de insuficiência de dados. No capítulo 2 é apresentada a filogenia de Alcantarea baseada em caracteres moleculares. Foram empregados dois marcadores do cloroplasto (trnK-rps16, trnC-petN), um gene nuclear de baixa cópia (Floricaula/Leafy) e também 20 loci de microssatélites nucleares. Os resultados obtidos nas análises Bayesianas e de Parcimônia apontam para o bem suportado monofiletismo de Alcantarea. Nesta análise Alcantarea surge como grupo-irmão das espécies de Vriesea do leste do Brasil. Entre os marcadores, o Floricaula/Leafy apresenta os melhores resultados e se mostra com uma região potencial para outros estudos com Bromeliaceae. Os microssatélites delimitam grupos de espécies, com forte correspondência biogeográfica e também sugerem que a hibridização interespecífica seja um fenômeno freqüente em Alcantarea, sendo observados indivíduos de uma mesma espécie aparecendo proximamente relacionados a grupos díspares. No capítulo 3 é delimitado o complexo Alcantarea extensa com ocorrência predominante no Espírito Santo e ao leste de Minas Gerais, sendo esse complexo corroborado pelos dados dos microssatélites (cap. 2). São pelo menos 10 táxons que apresentam pouca variação na morfologia floral, vegetativa e proximidade geográfica entre as populações. Ainda neste capítulo é apresentada a ocorrência de viviparidade nos frutos de Alcantarea e uma nova espécie é descrita. No capítulo 4 é apresentada a caracterização morfo-anatômica foliar. Várias das características anatômicas observadas contribuem para a sobrevivência em ambientes xéricos (campo rupestre/inselbergs). Entre elas destacam-se a epiderme com paredes espessadas, abundante cobertura de ceras epicuticulares, hipoderme mecânica, parênquima aqüífero, parênquima esponjoso preenchendo canais de ar estreitos e estômatos restritos à face abaxial. Os dados obtidos nos capítulos 1, 2 e 4 serviram de base para decisão de manter Alcantarea como gênero distinto, independente de Vriesea. Os caracteres moleculares indicam que se trata de um grupo monofilético bem suportado e irmão de Vriesea s.s. O histórico taxonômico; a morfologia das pétalas longas, liguladas, espiraladas e efêmeras; as sementes bicomosas; a posição do ovário semi-ínfero também sustentam tal segregação. Em adição, os caracteres diagnósticos disponíveis para o caso da união de Alcantarea e Vrisea são inconsistente e baseados exclusivamente em simplesiomorfias. Sugere-se o potencial dos caracteres anatômicos tais como a extensão do parênquima aqüífero, o formato dos canais de ar, a extensão das projeções das fibras do feixe vascular, que conferem nervuras mais salientes, e a presença de nectários septais mais desenvolvidos como características adicionais, facilmente observáveis e que separam tais gêneros. / This thesis comprises the taxonomic revision, phylogeny, and morphology of the genus Alcantarea (E. Morren ex Mez) Harms, composed of rupiculous bromeliads endemic to eastern Brazil rock outcrops. An overall characterization of Bromeliaceae is presented initially then followed by the objectives and justification of the thesis, which is structured in chapters. Chapter 1 presents the morphological characterization and revision of the genus based in field, herbaria and bibliography. Species descriptions, identification key, map and taxa conservation statuses are presented. The highlight results of this chapter are that 26 species are recognized, five of them being new and described by the author during the project (A. martinellii Versieux & Wand., A. patriae Versieux & Wand., A. tortuosa Versieux & Wand., A. trepida Versieux & Wand., A. turgida Versieux & Wand.), four new synonyms are presented (A. brasiliana (L.B. Sm.) J.R. Grant, A. edmundoi (Leme) J.R. Grant, A. lurida Leme, A. mucilaginosa Leme), and one neotype is designated. Almost all taxa are illustrated in detail, and photographic plates are also presented. A large number of specimens were collected and incorporated in herbaria and a living-collection was built at the Instituto de Botânica. In spite of usually forming large populations in difficult to access places six taxa are threatened of extinction due to restricted occurrence areas and habitat loss. In addition, it was not possible to determine conservation statuses for six species due to data deficiency. In Chapter 2 the molecular phylogeny of Alcantarea is presented. Two chloroplast markers (trnK-rps16, trnC-petN), one low copy nuclear gene (Floricaula/Leafy), and also 20 nuclear microsatellites loci were employed. Results point to a well supported monophyly of Alcantarea, in both bayesian and parsimony analyses. In these analyses Alcantarea emerges as the sister genus of eastern Brazilian Vriesea. Floricaula/Leafy provides better resolution and is recommended for future studies within Bromeliaceae. Microsatellites delimit species groups with strong biogeographic correspondence and also suggest that hybridization is frequent , once individuals of the same species appear closely related to different species groups. In chapter 3, a species complex predominantly from Espírito Santo and eastern Minas Gerais States is delimited and named Alcantarea extensa complex and its status as a complex is supported by microsatellite analysis (Ch. 2). At least 10 taxa that show low floral and vegetative morphological variation and posses geographic proximity among populations are included in this complex. A new species and viviparous seeds in Alcantarea fruit are also described in this chapter. Leaf anatomical characterization for nine species of Alcantarea is presented in chapter 4. Several of the observed features contribute to the survival of Alcantarea in xeric environments (campo rupestre/inselbergs) as the thick-walled epidermis, abundant covering of epicuticular waxes, mechanic hypodermis, aquiferous parenchyma, narrow air-lacunae filled up with the spongy parenchyma, and stomata restricted to the abaxial surface. Data obtained in chapters 1, 2, and 4 provided evidence to keep Alcantarea as a distinct genus, independent from Vriesea. Molecular data indicate that it is a monophyletic and well supported group sister of Vriesea s.s. The taxonomic history; the morphological distinctiveness of the long, ligulate, spiraled and ephemeron petals; seeds with basal and apical appendages and semi-inferior ovary also support this segregation. In addition, diagnostic characters available for the recognition of Alcantarea and Vrisea united are inconsistent and based on sympleisiomorphies exclusively. It is also suggested that the anatomical features such as the extension of the aquiferous parenchyma, the shape of the air channels and the extensions of the fibers bundles that forms more salient nerves and the presence of more developed septal nectaries are additional useful features to separate both taxa.

Juntamente com o estágio larval, o estágio ninfal de carrapatos do gênero Amblyomma é o mais agressivo para seres humanos que adentram áreas habitadas por animais silvestres e alguns domésticos. No entanto, devido à inexistência de descrição morfológica do estágio ninfal de muitas das espécies de Amblyomma que ocorrem no Brasil, juntamente com a falta de uma chave taxonômica para esses carrapatos, muito pouco se sabe sobre a biologia e ecologia das ninfas de Amblyomma spp que parasitam humanos e animais no país. A grande maioria dos estudos tem se concentrado no estágio adulto de Amblyomma spp, por se tratar do único em que há descrições morfológicas e chave taxonômica para todas as espécies conhecidas. No presente estudo, a descrição morfológica do estágio ninfal, com características importantes ilustradas através da microscopia eletrônica de varredura, foi realizada para ninfas das seguintes 15 espécies de carrapatos do gênero Amblyomma que ocorrem no Brasil, para as quais o estágio ninfal permanecia sem descrição: Amblyomma aureolatum (Pallas, 1772), Amblyomma auricularium (Conil, 1878), Amblyomma calcaratum Neumann, 1899, Amblyomma coelebs Neumann, 1899, Amblyomma fuscum Neumann, 1907, Amblyomma humerale Koch, 1844, Amblyomma incisum Neumann, 1906, Amblyomma latepunctatum Tonelli-Rondelli, 1939, Amblyomma naponense (Packard, 1869), Amblyomma nodosum Neumann, 1899, Amblyomma ovale Koch, 1844, Amblyomma pacae Aragão, 1911, Amblyomma pseudoconcolor Aragão, 1908, Amblyomma scalpturatum Neumann, 1906, Amblyomma varium Koch, 1844. Em adição, o estágio ninfal das seguintes 12 espécies de Amblyomma, que haviam sido previamente descritas, foram redescritas: Amblyomma brasiliense Aragão, 1908, Amblyomma cajennense (Fabricius, 1787), Amblyomma dissimile Koch, 1844, Amblyomma dubitatum Neumann, 1899, Amblyomma longirostre (Koch, 1844), Amblyomma oblongoguttatum Koch, 1844, Amblyomma parkeri Fonseca e Aragão, 1952, Amblyomma parvum Aragão, 1908, Amblyomma romitii Tonelli-Rondelli, 1939, Amblyomma rotundatum Koch, 1844, Amlyomma tigrinum Koch, 1844, Amblyomma triste Koch, 1844. As descrições e redescrições totalizaram 27 espécies, não contemplando apenas duas (Amblyomma geayi Neumann, 1899 e Amblyomma goeldii Neumann, 1899) das 29 espécies de Amblyomma que ocorrem de forma estabelecida no Brasil. As ninfas utilizadas para a descrição ou redescrição morfológica foram provenientes de colônias de laboratório, iniciadas com fêmeas adultas previamente identificadas e colhidas na natureza. A única exceção foi A. parkeri, que foi redescrita a partir de um único exemplar disponível em coleção. Para cada espécie, são apresentadas ilustrações obtidas através de microscopia eletrônica de varredura de pelo menos quatro regiões anatômicas dos carrapatos: capítulo dorsal, capítulo ventral, escudo dorsal e coxas I, II, III, IV. Por fim, foi construída uma chave dicotômica para auxílio na identificação taxonômica do estágio ninfal de 27 espécies de Amblyomma estabelecidas no Brasil. / Together with the larval stage, the nymphal stage of ticks of the genus Amblyomma are the most aggressive ticks for humans entering in areas inhabited by wild life and some domestic animals. However, due to the inexistence of morphological description of the nymphal stage of many Amblyomma species that occur in Brazil, together with the lack of a taxonomic key for these ticks, little or nothing is known about the biology and ecology of Amblyomma spp nymphs that parasitize humans and animals in the country. The great majority of the studies have concentrated in the tick adult stage, for which morphological descriptions and taxonomic keys are available for all known species. In the present study, the morphological description of the nymphal stage, illustrating important characters through scanning electron microscopy, was performed for nymphs of following 15 Amblyomma species that occur in Brazil, for which the nymphal stage had never been described: Amblyomma aureolatum (Pallas, 1772), Amblyomma auricularium (Conil, 1878), Amblyomma calcaratum Neumann, 1899, Amblyomma coelebs Neumann, 1899, Amblyomma fuscum Neumann, 1907, Amblyomma humerale Koch, 1844, Amblyomma incisum Neumann, 1906, Amblyomma latepunctatum Tonelli-Rondelli, 1939, Amblyomma naponense (Packard, 1869), Amblyomma nodosum Neumann, 1899, Amblyomma ovale Koch, 1844, Amblyomma pacae Aragão, 1911, Amblyomma pseudoconcolor Aragão, 1908, Amblyomma scalpturatum Neumann, 1906, Amblyomma varium Koch, 1844. In addition, the nymphal stage of the following 12 Amblyomma species, which had been previously described, were redescribed: Amblyomma brasiliense Aragão, 1908, Amblyomma cajennense (Fabricius, 1787), Amblyomma dissimile Koch, 1844, Amblyomma dubitatum Neumann, 1899, Amblyomma longirostre (Koch, 1844), Amblyomma oblongoguttatum Koch, 1844, Amblyomma parkeri Fonseca e Aragão, 1952, Amblyomma parvum Aragão, 1908, Amblyomma romitii Tonelli-Rondelli, 1939, Amblyomma rotundatum Koch, 1844, Amblyomma tigrinum Koch, 1844, Amblyomma triste Koch, 1844. The descriptions and redescriptions totalized 27 species. Only two species (Amblyomma geayi Neumann, 1899 and Amblyomma goeldii Neumann, 1899) out of the 29 Amblyomma species established in Brazil were not included in the present study. Nymphal specimens used for morphological descriptions or redescriptions were derived from laboratory colonies that were started with field-collected adult ticks, previously identified to species. The only exception was A. parkeri, which was redescribed from a single nymphal specimen that was available in a tick collection. For each tick species, scanning electron microscopy-photographs are presented for at least four anatomic regions: dorsal capitulum, ventral capitulum, dorsal scutum, and coxae I, II, III, IV. Finally, a dichotomic key was constructed to support taxonomic identification of the nymphal stage of 27 Amblyomma species established in Brazil.

This thesis aims to answer the following questions: What type of vocabulary is used in the humanities? What does this implicate when it comes to indexing in the humanities? How do humanities scholars seek information and what type of information do they need? What consequences does this have when it comes to the development of humanities databases? How is the MLA International Bibliography organized? How does its indexing system – CIFT – work? How does the MLA International Bibliography correspond with the needs of the humanities scholar? The study shows that the type of vocabulary used in the humanities differs significantly from that used in the sciences. Therefore, information retrieval is often said to be problematic in the humanities when compared to the sciences. This is, however, not completely true. If consideration is taken to the different type of vocabulary used in the humanities, subject access proves to be more straightforward than has been generally recognized. The study also shows that humanities scholars have slightly other information needs than scientists. For example, they use different types of publications in their research. On a whole, the MLA International Bibliography corresponds well with the different needs of humanities scholars. The vocabulary used in its thesaurus is based on the type of vocabulary actually used by them. The database also includes references to various publication types. Even so, the MLA International Bibliography could do with a few improvements in order to enhance its value to the research community. The inclusion of abstracts, more references to internationally published material and improved currency when it comes to time lapse between primary source and online version are areas that needs to be improved. / Uppsatsnivå: D

A superfamília Majoidea é dividida em seis famílias: Epialtidae, Hymenosamatidae, Inachidae, lnachoididae, Majidae e Oregoniidae. A família Epialtidae engloba 76 gêneros, dentre eles Acanthonyx e Epialtus com 17 e 11 espécies, respectivamente. No litoral brasileiro, ocorrem três espécies do gênero Acanthonyx, A. dissimulatus, A. scutiformis e A. petiverii; e duas de Epialtus, E. bituberculatus e E. brasiliensis. As dúvidas quanto à sistemática destes gêneros, a diversidade de formas de seus indivíduos e a escassez de revisões abordando-os, destaca a necessidade de uma revisão taxonômica das espécies brasileiras combinando diferentes ferramentas metodológicas como morfologia e análise molecular. Uma lista de caracteres foi analisada e apresentada nas descrições de A. dissimulatus, A. petiverii, A. scutiformis, E. bituberculatus e E. brasiliensis. Adicionalmente, exemplares das cinco espécies reportadas para o Brasil, oriundas de diferentes localidades, tiveram DNA amplificado usando marcadores para os genes mitocondriais 16S e COI. As sequências resultantes foram comparadas no sistema BLAST para confirmação de suas identidades, editadas e alinhadas em CIustal W no programa BioEdit. As distâncias genéticas foram calculadas no programa MEGA5 e representadas por meio de matrizes. Os filogramas foram construídos pelo método de Máxima Verossimilhança na plataforma online CIPRES. As redes de haplótipos foram obtidas pelo Median-Joining no programa Network. As três espécies de Acanthonyx são muito semelhantes e difíceis de identificar. Os filogramas e as redes de haplótipos mostraram que E. brasiliensis inseriu-se no grupo de E. bituberculatus, e que A. dissimulatus e A. scutiformis se inserem em A. petiverii, permitindo questionar a validade taxonômica destas espécies. Os dados moleculares corroboraram a morfologia de Acanthonyx; a divisão dos espécimes de A. petiverii em dois grupos distintos e bem suportados indicou que há diferenças genéticas entre estas populações, mas que ainda ocorre fluxo gênico. Entre as espécies de Epialtus, não houve alta divergência genética e o compartilhamento de haplótipos indicou fluxo gênico entre E. brasiliensis e E. bituberculatus, indicando a presença de uma única espécie no Brasil. Dessa forma, pode ser que a presença ou ausência do espinho proximal ventral nos últimos pares de pernas locomotoras seja um caráter plástico em relação ao meio em que vivem. Nos filogramas e nas redes de haplótipos, os espécimes de Epialtus separaram-se em Caribe e Brasil, mas não foram distinguidos morfologicamente. Por fim, sugere-se a sinonimização de A. dissimulatus e A. scutiformis com A. petiverii, e a ocorrência de E. bituberculatus no Caribe e E. brasiliensis no Brasil. / The Superfamily Majoidea consists of six families: Epialtidae, Hymenosamatidae, Inachidae, Inachoididae, Majidae and Oregoniidae. The family Epialtidae includes 76 genera, among them Acanthonyx and Epialtus with 17 and 11 valid species, respectively. In the Brazilian coast there are three Acanthonyx species, A. dissimulatus, A. scutiformis and A. petiverii; and two Epialtus, E. bituberculatus and E. brasiliensis. Doubts about the systematic of these genus, the high diversity of forms and the lack of revisions addressing them, highlight the necessity for a taxonomic revision of the Brazilian species using different methodological tools such as morphology and molecular analysis together. A list of characters was analyzed and descriptions were made for A. dissimulatus, A. petiverii, A. scutiformis, E. bituberculatus and E. brasiliensis. For molecular data, DNA of specimens from different localities was amplified using markers for the mitochondrial genes 16S and COI. AII sequences were confirmed in BLAST system; they were edited and aligned using Clustal W with interface to BioEdit. Genetic distances were calculated in the program Mega5 and represented through matrices. The construction of the trees was performed using Maximum Likelihood in the online platform CIPRES. Haplotype networks were based on Median-Joining analysis and performed in the program Network. The three species of Acanthonyx were similar morphologically and could not be separated. Trees and the haplotype network showed that E. brasiliensis was into the group of E. bituberculatus; and A. dissimulatus and A. scutiformis were within A. petiverii branch, which means that taxonomic status of these species may be questioned. There is a correspondence between morphologic and molecular data among the three species of Acanthonyx; the division in two distinct groups observed in specimens of A. petiverii was weII supported and indicated that there are genetic differences between these populations, but gene flow still occurs. Between both species of Epialtus, the results from molecular markers were in conflict with the morphological classification, and sharing of haplotypes indicated gene flow between E. brasiliensis and E. bituberculatus, which means that there is only one species in Brazil. Hence, the presence or absence of the spine on the propodus\'s ventral surface in the Iast ambulatory pereopods can be related to ecological plasticity developed in response to the environment where these crabs Iive. Phylograms and the haplotype network showed that specimens of Epialtus were separated in two groups, Caribbean and Brazil, but they were not distinguished morphologically. In this way, we propose that A. dissimulatus and A. scutiformis as junior synonyms of A. petiverii; and the occurrence of E. bituberculatus in the Caribbean and E. brasiliensis in Brazil.

Estudaram-se a estruturas taxionômica e trófica e determinaram-se os índices de maturidade de comunidades de nematóides ocorrentes em áreas contíguas de mata natural preservada e de culturas perenes (bananeira, citros, pessegueiro) e anuais (milho x leguminosas) em rotação em Piracicaba (SP). Três amostras compostas de solo (volume aproximado de um litro) foram coletadas de cada área em duas épocas (\"seca\", agosto/2004 e \"chuvosa\", março/2005) e profundidades (0-15 e 15-30 cm). Para cada amostra, extraíram-se os nematóides de volume de 500 ml pela técnica de peneiramento combinado com flotação em centrífuga com solução de sacarose, sendo depois fixados em formalina, contados e infiltrados com glicerina. Para o cálculo das abundâncias, indicadores de diversidade e os índices de maturidade, 150 exemplares foram coletados ao acaso por amostra e identificados ao nível de gênero. Assinalaramse 61 gêneros, filiados a 32 famílias. As abundâncias totais foram maiores à menor profundidade, nas duas épocas de coleta. Os maiores valores de número e riqueza de gêneros, à menor profundidade, ocorreram na mata; à maior profundidade, tal se deu na área de anuais e de citros, nas primeira e segunda épocas de coleta, respectivamente. Os índices de diversidade de Shannon- Weaver e de Simpson e respectivos índices de eqüitatividade foram menos eficientes que o número e a riqueza de gêneros na discriminação dos sistemas estudados. Os parasitos de plantas constituíram o grupo trófico prevalente em todos os sistemas avaliados, nas duas épocas e profundidades de coleta, seguidos no geral pelos bacteriófagos. Todavia, não foi possível separar cultivos anuais de perenes com base nas abundâncias de parasitos de plantas. Os valores de T (diversidade trófica) não se prestaram à clara distinção entre os cinco sistemas, mas os de MI, mMI e PPI indicaram menor ocorrência de distúrbios na mata e no pomar cítrico em relação às demais áreas cultivadas. A herbivoria foi o canal prevalente de decomposição nos diferentes sistemas, exceto no pomar de citros. Dentre os microbiófagos (FF/BF), a predominância foi da via bacteriana. / The taxonomic structure, trophic structure and maturity index of nematode communities occurring in neighbouring areas of native forest and four different agroecosystems were studied in Piracicaba, São Paulo State, Brazil. Agroecosystems were three perennial (banana, citrus and peach orchards) and one annual (corn, rotating with leguminous plants or followed by fallow) crops. Three soil samples (one liter approximately) were collected per area at two different times (August/2004 and March/2005) and depths (0-15 and 15-30 cm). Nematodes were extracted from 500 cc of soil by a sieving and sugar flotation technique, fixed with formalin, counted and infiltrated with glycerin. Subsequently, 150 specimens randomly picked were identified to the genus level. A total number of 61 genera affiliated to 32 families was recorded. Total abundance was higher at lower depth irrespective of the sampling time. At depth 0-15 cm, higher values of genus number and genus richness were calculated for the forest in both sampling times; at 15-30 cm, the highest values were assigned to annual crop and citrus areas, respectively. Shannon- Weaver and Simpson indexes were less efficient than genus number and genus richness in discriminating the studied ecosystems. Plant-parasitic nematodes prevailed as a trophic group in all systems at both sampling times and depths, the bacterivorous usually ranking second position. However, the data of relative abundance of phytonematodes did not allow annual and perennial crop areas to be statistically differentiated. The studied systems also were not clearly distinguished with basis on the T values, but according to the MI, mMI and PPI data the forest and the citrus orchard were the less disturbed areas. Herbivory was the predominant decomposition channel in all systems, with exception of the citrus orchard. In terms of microbial decomposition (FF/BF), the process was usually dominated by bacteria.

Taxonomic composition and spatio-temporal variability of macroinvertebrates inhabiting snags were examined from an 8-km segment of the Elm Fork of the Trinity River. Seventy-seven macroinvertebrate taxa were collected from submerged wood during the study. Assemblages were highly variable spatially and temporally, especially among seasons. An ordination of species and environment did not find snag taxa to have striking correlations with many of the selected environmental variables, although there were some trends in flow-mediated species distributions. There were significant seasonal differences in the abundances of some taxa, particularly among the Chironomidae (Diptera). The Tribe Orthocladiini was numerically abundant during the winter, while the Tribes Chironomini and Tanytarsini dominated the summer and autumn. Additionally, this study included a secondary production and microdistribution analysis of a population of the caddisfly Cyrnellus fraternus. Distributions of C. fraternus were restricted to snags, the most stable substratum for retreat building and for resisting periodic high waters. Larvae were not found in the soft sand and mud benthic habitats near submerged wood. The insects were multivoltine with a minimum of three generations per year. Pupae were collected July through September and adults emerged from May through October. The population overwintered as larvae. Estimated annual production was 1,015.4 mg/m2/yr. Mean standing stock biomass was 61.24 mg/m2, the cohort production/biomass ratio was 4.59, and the annual production/biomass rate was 16.58/yr for this population. Standing stock biomass ranged from 1.6 to 349.1 mg/m2 during the year and was significantly higher in autumn and summer than winter. Larvae were more abundant in the lower portions of the study area where flow was reduced for much of the year, than in the upper reaches, characterized by higher current velocities. C. fraternus larvae were found in their highest numbers on snags with dense deposits of silt and sand.

Dans le contexte actuel de crise de biodiversité, il est primordial de comprendre où et comment se distribuent les êtres vivants. En utilisant les données de biodiversité gérées par le GBIF (> 640 millions d'occurrences) et couvrant 24 classes taxonomiques, j'ai étudié un patron de biodiversité remarquable, le gradient latitudinal de diversité (LDG). Cet objectif m'a d'abord amené à produire des outils informatiques afin de manipuler ces données de biodiversité (Big Data), puis à évaluer la qualité des données. J’ai alors mis en évidence deux phénomènes importants. Premièrement, un fort biais taxonomique existe dans les données d'occurrences de biodiversité. Certains taxons sont plus étudiés que d'autres, créant un déficit de connaissance pour certains groupes et se révélant problématique pour notre compréhension globale de la biodiversité. Ce biais semble s'expliquer en partie par l'impact des préférences sociétales. Deuxièmement, un changement radical dans la production de ces données: de plus en plus de données primaires de biodiversité sont de simples observations et non plus des spécimens récoltés et mis en collection. Les dangers et avantages liés à ce changement de pratique sont discutés, le rôle de spécimens vouchers est rappelé et la nécessité d'acquérir des données supplémentaires est soulignée. Enfin, fort de cette analyse critique des données primaires de biodiversité, six hypothèses pouvant expliquer le LDG sont testées sur un jeu de données nettoyées couvrant huit classes taxonomiques. Ce test permet de réfuter une hypothèse de contrainte géométrique récente mais jamais testée pour finalement révéler que l'hypothèse de productivité est la mieux soutenue. / In the current context of biodiversity crisis, it is essential to understand where and how life is distributed. Using biodiversity data managed by the GBIF (>640 million occurrences) covering 24 taxonomic classes, I investigated one of the best-known biodiversity patterns: the latitudinal diversity gradient (LDG), which is characterized by an increase in specific richness as we approach the equator. This objective first led me to produce informatics tools for handling large amount of data (Big data paradigm), before evaluating the quality of primary biodiversity data. Two important outcomes resulted from this evaluation. First, I highlight that a strong taxonomic bias exists in biodiversity occurrences. This bias implies that some taxa are more studied than others, creating a knowledge gap detrimental to our understanding of biodiversity as a whole. This bias is strongly impacted by societal preferences rather than research activity. Second, a radical change in biodiversity data gathering practices is happening: primary biodiversity data are now mostly observation-based and not specimen-based. Assets and liabilities of this shift are discussed, while the role of voucher specimens is reiterated and, for observations, the need for ancillary data is underlined. Finally, six hypotheses proposed to explain the LDG are tested on a cleaned dataset encompassing eight taxonomic classes. A recent, but never tested, version of the geometric constraint hypothesis is refuted, while the productivity hypothesis is strongly supported.

Atualmente representada por aproximadamente 19 gêneros e cerca de 1300 espécies, Polygalaceae é uma família cosmopolita concentrada em regiões tropicais e temperadas, estando ausente na Nova Zelândia e nas zonas Antártica e Ártica. No território brasileiro, a família está representada pelos gêneros Barnhartia Gleason, Bredemeyera Willd., Diclidanthera Mart., Monnina Ruiz & Pav., Moutabea Aublet, Polygala L. e Securidaca L., somando cerca de 240 espécies. O presente estudo trata da revisão taxonômica da família Polygalaceae na Região Sul do Brasil que inclui os Estados do Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul. Embora inúmeros trabalhos de revisão taxonômica e trabalhos regionais envolvendo a família Polygalaceae tenham sido realizados em grande parte do território brasileiro durante os últimos 30 anos, a carência de coletas na Região Sul bem como a necessidade de um estudo mais detalhado da família nestes Estados são os principais objetivos que levaram ao desenvolvimento deste estudo. A tese consiste de três capítulos: 1) Revisão taxonômica da família Polygalaceae na Região Sul do Brasil. Foram confirmados quatro gêneros para os Estados sulinos: Bredemeyera, Monnina, Polygala e Securidaca. Houve um predomínio absoluto do gênero Polygala na Região Sul do Brasil, com 40 espécies, sendo seguido por Monnina (nove), Securidaca (três) e finalmente, Bredemeyera com apenas uma espécie. Neste capítulo são apresentados três artigos que tratam dos gêneros de Polygalaceae confirmados para a Região Sul, incluíndo descrições dos táxons, ilustrações, chaves analíticas bem como dados sobre floração e frutificação, hábitat e distribuição geográfica. 2) Novas espécies de Polygala L. para a Região Sul do Brasil. Neste capítulo são apresentados dois artigos de espécies novas de Polygala descritas durante a elaboração da presente tese. 3) Estudo molecular com espécies de Polygala L. da Região Sul do Brasil. O uso de marcadores ISSR auxiliou na delimitação de algumas espécies bem como deu suporte para a descrição de uma nova espécie de Polygala para o Rio Grande do Sul e Santa Catarina. Neste capítulo é apresentado o artigo intitulado: Use of ISSR to characterize species of Polygala L. (Polygalaceae) from Southern Brazil. / Nowadays represented by approximately 19 genera and 1300 species, Polygalaceae is a cosmopolitan family concentrated specially in the tropical and temperate regions, being absent in New Zealand and in the Artic and Antartic zones. In the Brazilian territory, the family is represented by the genera Barnhartia Gleason, Bredemeyera Willd., Diclidanthera Mart., Monnina Ruiz & Pav., Moutabea Aublet, Polygala L. e Securidaca L., totalizing approximately 240 species. The present work treats about the taxonomic survey of the Polygalaceae family in Southern Brazil which includes Paraná, Santa Catarina and Rio Grande do Sul states. Despite several taxonomic revisions and regional floras with Polygalaceae were realized in the Brazilian territory in the last 30 years, the necessity of more collections and the need of a detail study with the family in the Southern Brazil were the objectives who lead to the development of this thesis. The present thesis consists of three chapters: 1) Taxonomic revision of the Polygalaceae in Southern Brazil. Were confirmed four genera for the Southern Brazil: Bredemeyera, Monnina, Polygala e Securidaca. Has being notice a predominance of the genus Polygala in the Southern Brazil, with 40 species, being followed by Monnina (nine species), Securidaca (three species) and finally, Bredemeyera with only one species. In this chapter are presented three articles who treats the genus of Polygalaceae confirmed for the Southern Brazil, including morphological descriptions, illustrations, analytical keys and also data about flowering and fruiting time, habitat and geographical distribution. 2) New species of Polygala L. from Southern Brazil. Two articles about new species of Polygala described during this thesis are being presented in this chapter. 3) Molecular studies with Polygala species from Southern Brazil. The use of ISSR markers was helpful in the delimitation of some species, thus, supported to the description of a new species of Polygala to the Rio Grande do Sul and Santa Catarina states. In this chapter are presented the article entitled: Use of ISSR to characterize species of Polygala L. (Polygalaceae) from Southern Brazil.

O gênero Baccharis L. inclui plantas herbáceas perenes, subarbustos, arbustos, arbustos escandentes e pequenas árvores e apresenta ca. de 360 espécies com ocorrência restrita ao continente Americano. Com uma classificação infragenérica não totalmente definida, o gênero está dividido em aproximadamente 25 seções, sendo que Baccharis sect. Caulopterae inclui 34 táxons. Este estudo trata da revisão taxonômica de Baccharis sect. Caulopterae para o Brasil e está estruturado em três capítulos: 1. Revisão taxonômica de Baccharis L. sect. Caulopterae DC. (Asteraceae: Astereae) no Brasil. São apresentadas 25 espécies ocorrentes no Brasil, sendo quatro novas para a ciência. Inclui chave para identificação, descrições, ilustrações, sinonímia atualizada, dados de distribuição geográfica e comentários sobre as espécies. 2. Micromorfologia das cipselas de Baccharis L. sect. Caulopterae DC. (Asteraceae: Astereae) no Brasil. Neste capítulo é apresentada e discutida a micromorfologia das cipselas das espécies, com a utilização da microscopia eletrônica de varredura. 3. Estudo molecular com espécies do complexo Baccharis trimera (Less.) DC. Neste capítulo são apresentados resultados da análise molecular utilizando marcadores ISSR para o complexo Baccharis trimera, colaborando na delimitação das espécies. / The genus Baccharis L. includes perennials herbaceous, subshrubs, shrubs, vines and small trees. Presents above 360 species with ocurrence restrict to American continent. The infrageneric classification is not fully defined and is divided into approximately 25 sections, where Baccharis sect. Caulopterae includes 34 taxa. This study treats about the taxonomic review of Baccharis sect. Caulopterae to Brazil and is structured in three chapters: 1. Taxonomic review of Baccharis sect. Caulopterae (Asteraceae: Astereae) to Brazil. The 25 Brazilian species are presented, are being four new species for the science. Includes identification key, descriptions, illustrations, up-to-date synonymy, geographic distribution data and comments about the species. 2. Micromorphology of cipsela of Baccharis sect. Caulopterae (Asteraceae: Astereae) to Brazil. In this chapter are presented and discussed the micromorphology of the cypselae, using the Scanning Electron Microscopy. 3. Molecular study with Baccharis trimera (Less.) species complex. In this chapter are presented the results of molecular analyses using the ISSR markers collaborating in the delimitation of the species.