One of the most frequently encountered types of data is where the response variables are measured on an ordinal scale. Although there have been substantial developments in the statistical techniques for the analysis of ordinal data, methods appropriate for repeatedly assessed ordinal data collected from field experiments are limited. A series of biennial field screening trials for evaluating cultivar resistance of potato to the disease, late blight, caused by the fungus Phytophthora infestans (Mont.) de Bary has been conducted by the New Zealand Institute of Crop and Food Research since 1983. In each trial, the progression of late blight was visually assessed several times during the planting season using a nine-point ordinal scale based on the percentage of necrotic tissues. As for many other agricultural field experiments, spatial differences between the experimental units is one of the major concerns in the analysis of data from the potato late blight trial. The aim of this thesis is to construct a statistical model which can be used to analyse the data collected from the series of potato late blight trials. We review existing methodologies for analysing ordinal data with mixed effects particularly those methods in the Bayesian framework. Using data collected from the potato late blight trials we develop a Bayesian hierarchical model for the analyses of repeatedly assessed ordinal scores with spatial effects, in particular the time dependence of the scores assessed on the same experimental units was modelled by a sigmoid logistic curve. Data collected from the potato late blight trials demonstrated the importance of spatial effects in agricultural field trials. These effects cannot be neglected when analysing such data. Although statistical methods can be refined to account for the complexity of the data, appropriate trial design still plays a central role in field experiments. / Accompanying dataset is at http://hdl.handle.net/2292/5240

One of the most frequently encountered types of data is where the response variables are measured on an ordinal scale. Although there have been substantial developments in the statistical techniques for the analysis of ordinal data, methods appropriate for repeatedly assessed ordinal data collected from field experiments are limited. A series of biennial field screening trials for evaluating cultivar resistance of potato to the disease, late blight, caused by the fungus Phytophthora infestans (Mont.) de Bary has been conducted by the New Zealand Institute of Crop and Food Research since 1983. In each trial, the progression of late blight was visually assessed several times during the planting season using a nine-point ordinal scale based on the percentage of necrotic tissues. As for many other agricultural field experiments, spatial differences between the experimental units is one of the major concerns in the analysis of data from the potato late blight trial. The aim of this thesis is to construct a statistical model which can be used to analyse the data collected from the series of potato late blight trials. We review existing methodologies for analysing ordinal data with mixed effects particularly those methods in the Bayesian framework. Using data collected from the potato late blight trials we develop a Bayesian hierarchical model for the analyses of repeatedly assessed ordinal scores with spatial effects, in particular the time dependence of the scores assessed on the same experimental units was modelled by a sigmoid logistic curve. Data collected from the potato late blight trials demonstrated the importance of spatial effects in agricultural field trials. These effects cannot be neglected when analysing such data. Although statistical methods can be refined to account for the complexity of the data, appropriate trial design still plays a central role in field experiments. / Accompanying dataset is at http://hdl.handle.net/2292/5240

It was monitored tolerance for the 4 varieties contrary to late blight of potato.

Made available in DSpace on 2016-04-28T14:58:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006- Vlamir Fortes de Azevedo.pdf: 2176373 bytes, checksum: 3bbb1382e86e5d66a9e847d2c49e7275 (MD5) Previous issue date: 2006-02-17 / Tomato plants are highly susceptible to a great number of pests and diseases . This is a constraint to organic production, especially under field conditions. New technologies should be developed to improve organic tomato yields and reduce disease incidence. Row spacing and pruning regimes are two aspects which may be targeted to achieve these goals. Since cherry-type tomatoes are small, size variation resulting from pruning, will not significantly affect market value. The objective of this dissertation was to evaluate the effect of the number of stems per plant (through pruning) and plant densities on the yields and fruit quality of cherry-type tomatoes. Also, the labor required to prune the plants was estimated. Two experiments were performed at the experimental field of Departamento de Fitotecnia, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Serop?dica-RJ in the Spring-Summer 2004 and Fall/Winter 2005. The first experiment evaluated the effect of three pruning regimes (free growth, one stem per plant and two stems per plant) three plant densities (1.5 X 0,4m,1.5 X 0,6m and 1.5 X 0,8 m) and two cultivars (hybrid Super-Sweet and a local self pollinated - Perinha ). The second evaluated the effects of three pruning regimes (free growth, two stem per plant and three stems per plant and two cultivars (hybrid Super-Sweet and a self pollinated - A ). The spacing used was 1.0 X 0.6m. In the first experiment, fruit yields were equivalent on the free growth and the two stems treatments. The free growth treatment had lower labor cost, since no pruning was done. In the second experiment, the number of harvests was lower compared to the previous experiment, since a severe occurrence of blight occured. Higher yields were achieved on the three stem treatment, although a higher labor cost was associatesd to this treatment. / O tomateiro ? uma esp?cie altamente suscet?vel a um grande n?mero de pragas e doen?as, o que dificulta o seu cultivo em sistemas org?nicos de produ??o, principalmente quando conduzida em ambiente n?o-protegido. Assim, novas tecnologias que possam vir a viabilizar o seu cultivo em sistemas org?nicos devem ser testadas, visando n?o s? o aumento da produ??o, como tamb?m a redu??o dos problemas fitossanit?rios. Entre os fatores que podem ser trabalhados est?o o espa?amento e a elimina??o sistem?tica das hastes laterais, pr?tica esta conhecida como desbrota , deixando-se uma ou mais hastes por planta. Como o grupo do tomate cereja apresenta frutos pequenos, o tamanho do fruto n?o afeta significativamente a sua valoriza??o no mercado. O objetivo do presente trabalho foi avaliar o efeito do n?mero de hastes por planta, combinado com diferentes espa?amentos, sobre a produtividade e a qualidade de frutos de tomate tipo cereja e o gasto com m?o-de-obra para se efetuar a desbrota. Para tanto, foram realizados dois ensaios no Campo Experimental da Horticultura do Departamento de Fitotecnia da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, em Serop?dica-RJ, nos per?odos de primavera-ver?o de 2004 e outono-inverno de 2005. No primeiro ensaio, foram avaliados os efeitos da combina??o de tr?s formas de condu??o (sem tutoramento e sem limita??o do n?mero de hastes por planta; tutoramento e condu??o de uma haste por planta e, tutoramento e condu??o de duas hastes por planta), tr?s espa?amentos entre plantas (0,4, 0,6 e 0,8 m) e duas cultivares de tomate cereja, o h?brido Super-Sweet e a variedade Perinha . O espa?amento entre linhas utilizado foi 1,5 m. No segundo ensaio, foram avaliados os efeitos da combina??o entre tr?s formas de condu??o (sem tutoramento e sem limita??o do n?mero de hastes por planta; tutoramento e condu??o de duas hastes por planta e, tutoramento e condu??o de tr?s hastes por planta) e duas cultivares de tomate cereja, o h?brido Super-Sweet e variedade A . O espa?amento adotado foi de 0,6 m entre plantas e 1,0 m entre linhas. No cultivo realizado no per?odo de primavera-ver?o, observou-se que o sistema n?o tutorado apresentou produtividade de frutos comerciais igual estatisticamente ? do tratamento onde as plantas foram conduzidas sob tutoramento e mantendo-se duas hastes por planta. O tratamento onde n?o foi feita a condu??o das plantas apresentou, ainda, menor custo de produ??o, decorrente do fato de n?o se ter gasto m?o-de-obra para a pr?tica da desbrota. No cultivo realizado no per?odo de outono-inverno, no entanto, observou-se redu??o acentuada do n?mero de colheitas neste sis tema devido, principalmente, ao ataque severo de requeima. Neste mesmo per?odo, constatou-se que o sistema de condu??o com tr?s hastes foi o que proporcionou maior produtividade de frutos comerciais, por?m com maior custo de produ??o devido ao aumento do gasto com m?o-de-obra para realiza??o da referida opera??o.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 748698 bytes, checksum: 0def6367ee5f0d01b1c3dd33ae700eb6 (MD5) Previous issue date: 2009-02-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Potato (Solanum tuberosum L.) is cultivated in more than 100 countries and it is the fourth most cultivated crop in the world. But some diseases can be limitaing to potato growth. The late blight of potato, caused by oomycete Phytophthora infestans (Mont.) de Bary is one of the most important diseases worldwide. Potato resistance to late blight is the most important control measure, although little emphasis has been done for disease resistance. Due to this reason, the objective of this work was to study the level of resistance of potato cultivars to late blight. Trials were conducted in Maria da Fé, in the southern area of the state of Minas Gerais, from march 22 to July 8 of 2008. The experiment design followed a complete block design with 34 treatments (represented by each cultivar) with three replications. The plants were inoculated naturally. Yield (PROD) was evaluated weigthing all the potato tubers of all the plants in each replication. Late blight severity was evaluated in every two days starting when the first symptoms were visible using a descriptive scale. The following epidemiological variables were obtained: late blight severity when the epidemics reached 50 % of the cycle of the cultivar (Y50 CULT); relative area under disease progress curves for each cultivar (RAUDPC CULT); time in days of the first symptoms of the disease in each cultivar, until the severity reaches 100% of disease severity (T100 CULT); time in days of the fist symptoms of the disease in each cultivar until 50% of disease severity (T50 CULT); late blight severity when it reaches half the epidemic for the experiment (Y50 EXP); relative area under disease progress curves for the experiment (RAUDPC EXP); time in days for the first symptoms in the experiment until 100% of disease severity (T100 EXP); time in days for the first symptoms in the experiment until 50% of disease severity (T50 EXP); time in days for the first symptoms in the experiment until 0.5 % of disease severity (T0.5 EXP); rate of disease progress (r) and maximum disease severity (Ymax). The cultivars were grouped in four pre- determined levels of disease resistance to late blight, defined by the Euclidian distance as a measure of dissimilarity and complete linkage as hierarchical clustering. The clone IAC 6090 (Ibituaçu) was classified as Resistant (R). The cultivars Aracy, Aracy Ruiva, Colorado and IAPAR Cristina were classified as Moderately Resistant (MR); Baraka, Baronesa, BRS Ana, BRS Elisa, Caesar, Catucha, Emeraude, Florice, Itararé, Markies, Melody, Naturella, Soléia and Voyager were classified as Moderatly Susceptible (MS); Ágata, Almera, Asterix, Atlantic, Canelle, Chipie, Cupido, Éden, Elodie, Eole, Fontane, Gourmandine, Gredine, Monalisa and Opaline were classified as Susceptible (S) to late blight. The cultivars classified as resistant and moderately resistant are of long cycles whereas those classified as moderated susceptible and susceptible are in the majority of short cycle. In the great majority of the cases the more resistant cultivars to late blight have rough skin whereas those more susceptible have smooth skin. The level of late blight resistance and the duration of the cycle of the cultivar influenced the potato yield. The average yield of the R, MR, MS and S cultivars were 37.8, 17.6, 15.3 and 7.2 t/ha, respectively. The Y50 CULT average of the R, MR, MS and S cultivars were 11.0, 7.3, 9.8 and 16.3%, respectively. The RAUDPC CULT average of the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 25.0, 27.9, 29.4 and 33.3, respectively. The T100 CULT average of the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 72.3, 44.8, 34.0 and 29.3 days, respectively. The T50 CULT average of the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 57.6, 33.2, 24.5 and 19.9 days, respectively. The Y50 EXP average of the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 8.3, 42.1, 96.5 and 99.8%, respectively. The AACPDR EXP average of the cultivars R, MR, MS and S were 24.3, 47.1, 59.9 and 69.0, respectively. The T100 EXP average of the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 76.3, 53.1, 40.9 and 33.6 days, respectively. The T50 EXP average of the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 61.6, 41.5, 31.3 and 24.1 days respectively. The T0,5 EXP average of the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 22.3, 25.2, 17.8 and 14.2 days, respectively. The average r for the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 0.12, 0.26, 0.37 and 0.46, respectively. The average Ymax of the cultivars R, MR, MS and S were 100; 100; 100 e 100%, respectively. / A batateira (Solanum tuberosum L.) é cultivada em centenas de países e a batata é o quarto alimento mais consumido no mundo. A produção de batata é limitada por vários fatores, dentre estes, as doenças têm ocupado lugar de destaque. Dentre as doenças que infectam a batata, não só no Brasil, mas em todo o mundo, a requeima causada pelo oomiceto Phytophthora infestans (Mont.) de Bary é considerada uma das mais destrutivas e de maior importância. O uso de cultivares de batata resistentes à requeima é o modo mais econômico de controle da doença. Entretanto, o nível de resistência à requeima das principais cultivares plantadas no Brasil ainda não é conhecido. Este trabalho teve como objetivo determinar o nível de resistência destas cultivares. Foi conduzido um experimento no município de Maria da Fé - MG, localizado no Sul de Minas Gerais, no período de 22 de março a 8 de julho de 2008. O delineamento utilizado foi o de blocos casualizados com 34 tratamentos (cada tratamento foi representado por uma cultivar) com três repetições. A inoculação das plantas do experimento foi feita naturalmente. A produtividade (PROD) foi avaliada pesando-se os tubérculos de todas as plantas de cada parcela. Foi quantificada a severidade da requeima a cada dois dias a partir do surgimento dos primeiros sintomas da doença, utilizando uma escala descritiva. A partir dos dados de severidade foram obtidas as seguintes variáveis epidemiológicas: severidade na metade da epidemia para a cultivar (Y50 CULT); área abaixo da curva de progresso da doença relativa para a cultivar (AACPDR CULT); tempo em dias do primeiro sintoma na cultivar até 100% de severidade (T100 CULT); tempo em dias do primeiro sintoma na cultivar até 50% de severidade (T50 CULT); severidade na metade da epidemia para o experimento (Y50 EXP); área abaixo da curva de progresso da doença relativa para o experimento (AACPDR EXP); tempo em dias do primeiro sintoma no experimento até 100% de severidade (T100 EXP); tempo em dias do primeiro sintoma no experimento até 50% de severidade (T50 EXP), tempo em dias do primeiro sintoma no experimento até 0,5% de severidade (T0,5 EXP); taxa de progresso da doença (r) e severidade máxima (Ymax). Para o agrupamento das cultivares em quatro níveis de resistência à requeima pré- definidos, foi utilizada a distância Euclidiana padronizada como medida de dissimilaridade e a ligação completa como técnica hierárquica aglomerativa. O clone IAC 6090 (Ibituaçu) foi classificado como Resistente (R). As cultivares Aracy, Aracy Ruiva, Colorado e IAPAR Cristina foram classificadas como Moderadamente Resistentes (MR). As cultivares Baraka, Baronesa, BRS Ana, BRS Elisa, Caesar, Catucha, Emeraude, Florice, Itararé, Markies, Melody, Naturella, Soléia e Voyager foram classificadas como Moderadamente Suscetíveis (MS). As cultivares Ágata, Almera, Asterix, Atlantic, Canelle, Chipie, Cupido, Éden, Elodie, Eole, Fontane, Gourmandine, Gredine, Monalisa e Opaline foram classificadas como Suscetíveis (S) à requeima. As cultivares classificadas como resistente e moderadamente resistentes são de ciclo mais tardio, enquanto que a maioria das cultivares classificadas como moderadamente suscetíveis e suscetíveis são mais precoces. Na maioria dos casos, as cultivares mais resistentes à requeima possuem pele mais áspera, enquanto que as mais suscetíveis possuem pele lisa. O nível de resistência à requeima e a duração do ciclo da batata influenciaram a produtividade. A PROD média das cultivares R, MR, MS e S foi de 37,8; 17,6; 15,3 e 7,2 t.ha-1, respectivamente. A Y50 CULT média das cultivares R, MR, MS e S foi de 11,0; 7,3; 9,8 e 16,3%, respectivamente. A AACPDR CULT média das cultivares R, MR, MS e S foi de 25,0; 27,9; 29,4 e 33,3, respectivamente. O T100 CULT médio das cultivares R, MR, MS e S foi de 72,3; 44,8; 34,0 e 29,3 dias, respectivamente. O T50 CULT médio das cultivares R, MR, MS e S foi de 57,6; 33,2; 24,5 e 19,9 dias, respectivamente. A Y50 EXP média das cultivares R, MR, MS e S foi de 8,3; 42,1; 96,5 e 99,8%, respectivamente. A AACPDR EXP média das cultivares R, MR, MS e S foi de 24,3; 47,1; 59,9 e 69,0, respectivamente. O T100 EXP médio das cultivares R, MR, MS e S foi de 76,3; 53,1; 40,9 e 33,6 dias, respectivamente. O T50 EXP médio das cultivares R, MR, MS e S foi de 61,6; 41,5; 31,3 e 24,1 dias, respectivamente. O T0,5 EXP médio das cultivares R, MR, MS e S foi de 22,3; 25,2; 17,8 e 14,2 dias, respectivamente. A r média das cultivares R, MR, MS e S foi de 0,12; 0,26; 0,37 e 0,46, respectivamente. A Ymax média das cultivares R, MR, MS e S foi de 100; 100; 100 e 100%, respectivamente.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Potato is grown in Central Rio Grande do Sul State mainly by small farmers, which use weekly sprayings with fungicides, without taking into account if meteorological conditions favor or not Late Blight and other pathogens. Water deficit can affect potato development and growth, which may affect tuber yield and quality. Irrigation applied inadequality may favor diseases due to leaf wetning. Both leaf wetning high an relative humidity play an important role in epidemic events, favoring Late Blight (Phytophthota infestans), a pathogen with high potential of causing disease. The objective of this study was to determine the effect of different levels of irrigation on yield and occurrence of Late Blight in potato cv. Asterix in the area of influence of the Meteorological Station of Santa Maria. Two experiments were conducted at the experimental field, Crop science Department, Federal University of Santa Maria. One experiment was during spring, from 21/11/2005 (emergence) to 21/02/2006 (harvest). The second experiment was during fall, from 10/04 (emergence) to 13/07/2006. The experimental design was a complete randomized, with four replications. Each replication was a 5 m x 3,2 m plot with four rows. Plant spacing was 0,8 m x 0,3 m. Fungicides used to control Late Blight were mancozebe (Dithane NT 3,0 Kg ha-1), copper oxychloride (Cuprogarb 350 4 g l-1), pyraclostrobin + metiram (Cabrio Top 3,0 Kg ha-1). The Blitecast model was used to indicate the timing of spraying, by accumulating severity values (VS) of 0 (control), 18, 24, and 30. Sprinkling irrigation was used assuming 1,0 ETm, 0,75 ETm, 0,50 ETm and no irrigation. Results showed that in dry and high temperature periods, yield was affected by irrigation, mainly when crop water demand was plenty recharged with 100% ETm. During wet periods, yield was affected by the efficient of Late Blight control. The Blitecast model with a severity value of 18 (Bli18) was the most efficient for controlling Late Blight, compared to Bli24 and Bli30, as a tool for managing fungicides application. Irrigations applied at least every there days did not affect Late Blight incidure and development / O cultivo da batata na região central do Estado do Rio Grande do Sul é realizado em sua maioria por pequenos produtores, que se utilizam, em geral, de calendários com aplicação semanal de fungicidas, não levando em consideração se as condições meteorológicas são favoráveis ou desfavoráveis para o desenvolvimento da requeima e outros patógenos da batata. A deficiência hídrica também pode afetar o desenvolvimento e o crescimento dessa cultura, o que se reflete na produtividade e na qualidade dos tubérculos, sendo a irrigação uma prática freqüente. Porém a irrigação realizada inadequadamente pode também favorecer o aparecimento de doenças devido ao molhamento foliar. Tanto o molhamento foliar quanto a umidade relativa do ar elevada desempenham um importante papel na epidemiologia, favorecendo a ocorrência da requeima causada por Phytophthora infestans (Mont.) De Bary, um patógeno de alto potencial destrutivo. O trabalho teve como objetivo determinar o efeito de diferentes níveis de irrigação na produtividade e ocorrência de requeima na cultura da batata, cultivar Asterix , na região de abrangência da Estação Meteorológica de Santa Maria. Foram realizados dois experimentos na área experimental do Departamento de Fitotecnia da Universidade Federal de Santa Maria, sendo o primeiro na primavera, no período de 21/11/2005 (emergência) a 21/02/2006 (colheita) e o segundo no outono de 2006, no período de 10/04 (emergência) a 13/07/2006 (colheita). O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso com quatro repetições, sendo cada parcela composta de quatro fileiras de plantas com 5,0 m de comprimento e 3,2 m de largura. O plantio foi realizado conforme as técnicas recomendadas para a região, com espaçamento entre fileiras de plantas de 0,80 m e entre as plantas nas fileiras de 0,30 m. Para o controle da requeima da batata foram utilizados os fungicidas mancozebe (Dithane NT 3,0 kg ha-1 do produto comercial), oxicloreto de cobre (Cuprogarb 350 4 g l-1 do produto comercial), piraclostrobina + metiram (Cabrio Top 3,0 kg ha-1 do produto comercial). Foi utilizado o sistema Blitecast para determinar o momento da aplicação de fungicidas, através do acúmulo de valores de severidade (VS) igual a 0 (Test), 18, 24 e 30. Para fins de comparação, a irrigação foi realizada por aspersão, utilizando a dotação de 1,0 ETm, 0,75 ETm, 0,50 ETm e sem irrigação. Os resultados mostram que em períodos relativamente secos com temperatura alta, a produtividade foi influenciada pela irrigação, principalmente quando a necessidade hídrica da cultura foi plenamente atendida com a reposição de 100% da ETm. Em períodos úmidos, a produtividade foi influenciada pela eficiência no controle da requeima. O sistema Blitecast com acúmulo de 18 valores de severidade (Bli18) foi o mais eficiente em comparação com o Bli24 e o Bli30 para o controle da requeima da batata, como esquema de gerenciamento de aplicação de fungicidas. A irrigação realizada em intervalos de pelo menos três dias não teve influência significativa sobre a incidência e o desenvolvimento da requeima

Plants are fundamental to life on earth, crucially providing the basis of our food supply. As world population continues to grow, so too does the pressure on our agricultural systems, with one of the biggest challenges being the control of plant pathogens to ensure a healthy crop. The interaction between plant and pathogen is complex, with subtleties at the molecular level dictating the boundary between health and disease. This is exemplified by pathogen effectors; secreted proteins which enter the plant cell and interact with host targets to facilitate infection. AVR2 is one such effector, secreted by the oomycete pathogen Phytophthora infestans; the pathogen responsible for potato late blight. AVR2 interacts with a family of kelch-repeat containing phosphatases in potato, the BSLs, implicated in brassinosteroid pathway signalling – a major hormone signalling pathway in plants associated with growth and development. This work investigates the role of AVR2 and its host targets in pathogen virulence, with focus on the link between the brassinosteroid pathway and immunity in S. tuberosum. StBSL1 is shown to be a ‘susceptibility factor’ in P. infestans infection – a host protein with a positive effect on pathogen virulence. AVR2 stabilises BSL1 in planta, and both AVR2 and BSL1 are shown to suppress primary defence responses in the plant. Transcriptional analysis of brassinosteroid-treated S. tuberosum is used to identify a set of marker genes for active BR signalling. Strikingly, AVR2 is shown to upregulatethis pathway, and specifically upregulates the transcription factor StHBI1-like, identified as a suppressor of immunity. These findings reveal a novel mechanism in oomycete effector biology; the exploitation of crosstalk between the brassinosteroid pathway and immune signalling in plants.