Les fermentations alcoolique (FA) et malolactique (FML) sont deux étapes importantes de la vinification en rouge dans l’établissement de l’arôme fruité des vins. Afin d’étudier l’importance relative des microorganismes fermentaires, nous étudions l’influence de six couples levures/bactéries lactiques (BL) - trois souches de levures, deux de BL - sur la modulation des notes fruitées de différents vins rouges de Bordeaux. Une première approche analytique montre l’influence prédominante de la souche de levures sur la concentration de plus de 70 marqueurs potentiels de la note fruitée. L’étude particulière des esters montre que l’effet levures observé dès la fin de la FA persiste au cours du temps malgré la FML et les modifications engendrées par le vieillissement du vin. L’étude sensorielle conforte l’influence majeure des levures sur la modulation de l’arôme fruité des vins rouges à différents temps d’élevage. Néanmoins, les résultats obtenus suggèrent l’implication d’autres composés aromatiques dans la modulation de la note fruitée des vins, non quantifiés dans la première partie de cette étude. Un travail de fractionnement d’extraits de vin par HPLC permet par la suite l’identification d’une fraction d’intérêt impliquée dans des variations aromatiques liées à la souche de levures. L’analyse de cette fraction par chromatographie en phase gazeuse n’a pas permis d’identifier le ou les composés impliqués. Nous avons néanmoins mis en évidence une thiophénone qui pourrait agir en tant que masque de l’arôme fruité, ainsi qu’un ester hydroxylé qui pourrait s’avérer être un marqueur intéressant de l’activité bactérienne et dont l’effet exhausteur de notes fruitées est également envisagé comme perspectives. / Alcoholic (AF) and malolactic (MLF) fermentations are important steps in red winemaking for the revelation of wine fruity aroma. To investigate the relative importance of fermentative microorganisms, we studied the influence of six yeasts/lactic acid bacteria (LAB) combination - three yeast strains, two LAB - on Bordeaux red wines fruity notes modulation. A first analytical approach showed the predominant influence of yeast strain on the concentration of more than 70 potential fruity note markers. Special study of esters showed a yeast strain effect since the end of FA that persists over time, despite MLF and changes caused by wine aging. Sensory studies also highlighted the major influence of yeasts on red wines fruity aroma modulations at different aging steps. Nevertheless, results suggested the role of other aromatic compounds in fruity note modulation, not quantified in the first part of this study. The study of fractions made by HPLC with wine organic extracts enables the identification of an interested fraction involved in aromatic variations related to the yeast strain. Analysis of this fraction by gas chromatography has not allowed identifying compounds involved in these organoleptic variations. However, we highlighted a thiophenone that could act as a mask of fruity aroma and a hydroxylated ester that could be an interesting marker of bacterial activity. Its role as enhancer of fruity esters aroma is also considered.

L’orme, un arbre très apprécié pour le paysagisme urbain, est menacé par des champignons ophiostomatoïdes causant la maladie hollandaise de l'orme (MHO). Dans le xylème de l’orme, ces champignons se répandent passivement grâce à leurs cellules levuriformes bourgeonnantes et se servent de la forme mycélienne pour progresser dans les vaisseaux non infectés. Ce dimorphisme pourrait faciliter la colonisation de l’hôte, ce qui indique une possible liaison avec la virulence. Plusieurs stimuli affectent le dimorphisme, y compris des inhibiteurs de lipoxygénases. Les lipoxygénases (Lox), ainsi que les cyclooxygénases (Cox) sont des dioxygénases qui catalysent la formation d’oxylipines à partir d’acide gras. Ces molécules modulent le développement fongique et agissent possiblement dans le dimorphisme et la virulence des Ophiostoma. L’objectif de cette thèse est d’analyser le dimorphisme des agents de la MHO et vérifier si cette transition et la pathogénie sont modulées par des gènes qui encodent des enzymes du groupe des dioxygénases. Nous avons examiné l’effet de différents stimuli sur le dimorphisme des souches d’ophiostomatoïdes qui causent la MHO. Nous avons aussi vérifié si l’acide linoléique induit la transition de levure-mycélium et la formation de structures de reproduction chez ces agents. Également, nous avons identifié et caractérisé des gènes qui encodent des dioxygénases chez les génomes d’O. novo-ulmi H327 et d’O. ulmi W9. De plus, nous avons produit une souche Δppo1 d’O. novo-ulmi pour explorer la fonction de ce gène. Cette transition est probablement modulée par différents mécanismes et voies car la réponse à la manipulation de stimuli variait selon la souche analysée. L’acide salicylique, inhibiteur de cyclooxygénases, réduit la production de mycélium chez les souches testées. Néanmoins, l'acide linoléique a stimulé la formation de mycélium ainsi que la production des structures de reproduction. Aucun gène lox mais deux gènes cox sont présents dans les génomes d’O. novo-ulmi H327 et d’O. ulmi W9. Selon nos résultats, un de ces gènes cox (gène ppo1 ou g7173) ne semble pas lié à la virulence ni aux fonctions essentielles du cycle de vie d’O. novo-ulmi. Toutefois, les mutants Δppo1 produisent moins de mycélium que les souches sauvages en milieu liquide contenant de l’arginine. D’après nos résultats, les cyclooxygénases pourraient être liées au dimorphisme des agents de la MHO. / Elm trees, which are valued for urban landscaping, are threatened by ophiostomatoid fungi causing Dutch elm disease (DED). These fungi are transported passively in the elm xylem as yeast-budding cells and switch to the mycelial form to progress in uninfected vessels. This dimorphism may facilitate colonization of the host, which indicates its possible association with fungal virulence. Several stimuli affect dimorphism, among them lipoxygenase inhibitors. Lipoxygenase (Lox) and cyclooxygenase (Cox) are dioxygenases which catalyze oxylipins from fatty acids. These molecules modulate fungal growth and are possibly involved in dimorphism and virulence in Ophiostoma. The objective of this thesis was to analyze dimorphism of DED agents and verify whether this transition and pathogenesis are modulated by genes that encode dioxygenase enzymes. The effect of different stimuli on dimorphism was examined in ophiostomatoid strains that cause DED. I also verified if linoleic acid induced transition from yeast to mycelium and production of reproductive structures in these agents. In addition, I identified and characterized genes that encode dioxygenases in genomes of O. novo-ulmi H327 and O. ulmi W9. Finally, I produced a Δppo1 strain of O. novo-ulmi to determine the function of this gene. This transition is probably modulated by different mechanisms and pathways since the response to the manipulation of stimuli varied according to the strain analyzed. Salicylic acid, a cyclooxygenase inhibitor, reduced mycelial production in the strains tested. However, linoleic acid stimulated the production of mycelia and reproductive structures. No lox gene but two cox genes are present in the genomes of O. novo-ulmi H327 and O. ulmi W9. According to our results, one of these cox genes (gene ppo1 or g7173) does not seem related to the virulence or essential functions of the O. novo-ulmi life cycle. Nonetheless, the Δppo1 mutants produced less mycelia in liquid medium with arginine compared to the wild-type. As observed with these data, cyclooxygenases could be related to dimorphism of DED agents.

L'objectif était de déterminer si et comment les populations microbiennes des laits crus pouvaient faire barrière à Listeria monocytogenes dans un fromage à pâte pressée non cuite. La comparaison des profils SSCP de fromages avec et sans développement de L. monocytogenes a permis d'identifier les pics de Lactococcus lactis, Lactococcus garvieae, Enterococcus saccharominimus, Enterococcus faecium, Chryseobacterium sp. et Corynebacterium flavescens dominants dans les profils des fromages inhibiteurs. Lc. lactis s'est révélée le plus inhibiteur en fromages par production d'acide lactique en début d'affinage. L'inventaire des populations du lait cru le plus inhibiteur a permis de reconstituer une communauté de 32 espèces. Par omission successive de groupes microbiens constituant cette communauté, il a été montré que les bactéries lactiques agissaient en synergie avec les bactéries à Gram positifs non lactiques dans l'inhibition. Le rôle des levures serait moindre et les bactéries à Gram négatif n'interviendraient pas. En cours d'affinage, l'inhibition serait plutôt attribuée à la production d'acides organiques, d'alcools et de certains esters

Tout au long de la chaîne alimentaire, des moisissures peuvent se développer et produire des mycotoxines. Ce sont des composés toxiques naturels issus du métabolisme secondaire des moisissures, susceptibles de contaminer l'alimentation animale et humaine, provoquant de nombreuses pathologies (hépatotoxicité, néphrotoxicité, neurotoxicité, mutagénicité, tératogénicité, cancérogénicité,…). La première étape de ce travail était d'évaluer la présence simultanée de l'ochratoxine A (OTA), de la citrinine (CIT), des aflatoxines (AFs), de la zéaralénone (ZEA), de la fumonisine (FB) et des trichothécènes dans des aliments destinés aux humaines (céréales, lait, café, jambon) et aux animaux (croquettes de chat et chien, foins). En général plusieurs mycotoxines coexistaient. Certains échantillons pour les humains dépassaient les limites autorisées en mycotoxines dans l'Union Européenne. Suite à l'étude de simulation d'apport en mycotoxines dans une ration quotidienne, nous avons constaté que les doses journalières admissibles (DJA) peuvent être dépassées. La deuxième phase consistait à étudier l'impact des mycotoxines seules ou en combinaison sur la viabilité cellulaire et la génotoxicité sur des modèles cellulaires (cellules rénales d'opossum (OK), cellules rénales humaines (HK2), cellules humaines de glandes mammaires (MCF7)) et chez des animaux (porc, rat). Nous avons montré que la CIT, la FB1 et la ZEA agissent en synergie sur la génotoxicité de l'OTA. Chez les animaux, nous avons montré qu'à des doses (5 ng d'OTA/kg poids corporel/ jour et de 200ng FB1/kg pc/j) correspondantes aux DJA, il y avait des effets génotoxiques (formation d'adduits à l'ADN). Nous avons mis en évidence l'implication des mycotoxines dans l'alimentation animale sur la baisse de fertilité et la tératogénicité chez les chats, ainsi que sur la mort des chevaux. Au cours de la troisième partie de cette étude, nous avons testé sur des cultures cellulaires (HK2 et MCF7) et in vivo (poulet) l'effet protecteur du glutathion (GSH) et de la sélénométhionine (SeMet) contre l'OTA responsable de cancers de voie urinaire et la ZEA responsable de baisse de fertilité. Le GSH est un puisant antioxydant et le sélénium est un oligoélément indispensable qui intervient comme co-facteur de nombreuses enzymes ayant des propriétés antioxydantes, comme les glutathion peroxydases. D'une manière générale, au niveau des cellules rénales, le GSH seul et la levure correspondante ont un effet bénéfique vis-à-vis de la génotoxicité de l'OTA ; par contre la sélénométhionine et la levure séléniée augmentent la génotoxicité de l'OTA et de la ZEA. Dans les cellules des glandes mammaires, il y a une nette amélioration vis-à-vis de la génotoxicité des deux mycotoxines lorsque les cellules sont exposées à une seule mycotoxine simultanément au GSH, à la sélénométhionine et aux levures enrichies. Chez les poulets, la diminution de la génotoxicité n'est pas exclusivement corrélée à la capacité des parois de levure ou des levures à adsorber l'OTA. Ces dérivés de levure ont gardé la propriété de partiellement métaboliser l'OTA dans l'intestin. Les parois de levures et les levures enrichies en GSH ont un meilleur pouvoir protecteur que celles enrichies en SeMet / Throughout the food chain, mold can grow and produce mycotoxins. These are toxic compounds "natural" from the secondary metabolism of molds that may contaminate the feed and food, causing many diseases (hepatotoxicity, nephrotoxicity, neurotoxicity, mutagenicity, teratogenicity, carcinogenicity, ...). The first stage of this work was to assess the level of multi-contamination by mycotoxins (OTA, CIT, Afs, ZEA, FB, DON) in food (cereals, milk, coffee, ham) and feed (pet food). Some samples analyzed exceeded the limits of mycotoxins in the European Union. Through the simulation study of mycotoxin intake in a daily diet, we found that the acceptable daily intake (ADI) may be exceeded. The second phase was to study the impact of mycotoxins alone or in combination on cell proliferation, genotoxicity in cellular models (OK, HK2, and MCF7) and animal (pig, rat). We have demonstrated genotoxic effects (formation of DNA adducts) at doses (5 ng OTA / kg bw / day and 200 ng FB1/kg bw / day) considered safe (ADI). We have shown that the CIT, FB1 and ZEA act synergistically on the genotoxicity of OTA. We pointed to the involvement of mycotoxins in animal feed on declining fertility and teratogenicity in cats, as well as the death of horses. In the third part of this study, we tested in cell cultures (HK2 and MCF7) and in vivo (chicken) the protective effect of glutathione (GSH) and selenomethionine (SeMet) against OTA responsible for urinary tract cancers and ZEA reducing fertility. GSH is considered as a potent antioxidant and selenium is a trace essential element that acts as a cofactor of enzymes such glutathione peroxidase. In summary, in kidney cells, GSH and GSH enriched yeast decrease OTA genotoxicity whereas SeMet and SeMet enriched yeast increase genotoxicity of OTA and ZEA. In mammary cells, whatever the compounds gentoxicty of OTA and ZEA significantly decrease. Decrease of OTA genotoxicity in chicken kidney cannot be exclusively explained by adsorption of OTA on yeast by products. The yeast products retain their ability to metabolize the OTA. GSH enriched yeast and yeast cell wells are more efficient than SeMet enriched yeast

Candida glabrata est une levure pathogène opportuniste, apparaissant aujourd’hui comme la deuxième cause de candidémie en Europe et en Amérique du Nord. Cette levure présente de nombreuses particularités génomiques telles que la présence de nouveaux domaines structuraux au sein d’ARN non-codants ubiquitaires. Le premier aspect de cette thèse a consisté en l’étude de la sous-unité ARN atypique de la Ribonucléase P nucléaire de C. glabrata. Cet ARN contient trois grand domaines additionnels octroyant au transcrit une taille trois fois plus élevée que la moyenne des sous-unités ARN des RNase P eucaryotiques. Les expériences réalisées ont permis une meilleure compréhension du rôle de ces domaines additionnels et ont démontré la présence inédite de la protéine Rcl1 au sein du complexe de la RNase P. Dans un second temps ce travail de thèse a aussi contribué à l’amélioration des outils d’édition du génome de C. glabrata existants. De nouvelles cassettes intégratives de faible taille et positivement sélectionnables ont été mises au point. Ces éléments présentent toutes les caractéristiques permettant leur utilisation dans la modification du génome de souches sauvages et d’isolats cliniques de C. glabrata. / Candida glabrata is an opportunistic pathogenic yeast, and is today the second causative agent of candidemia in Europe and North America. This yeast has many genomic peculiarities such as the presence of new structural domains within ubiquitous non-coding RNAs. The first aspect of this thesis was the study of the atypical RNA subunit of the nuclear Ribonuclease P of C. glabrata. This RNA contains three large additional domains giving the transcript an overall size more than three times larger than the average eukaryotic RNase P RNA subunits. The experiments performed led to a better understanding of the role of these additional domains and demonstrated for the first time the presence of the Rcl1 protein within the RNase P complex. Secondly, this thesis work also contributed to the improvement of existing genome editing tools in C. glabrata. New small and positively selectable integrative cassettes have been developed. These elements exhibited all the required characteristics for their use in wild-type strains and clinical isolates of C. glabrata.

Ce travail de thèse traite de l'étude de levures non-Saccharomyces (Kluyveromyces marxianus et Pichia kluyveri) du point de vue physiologique lors de la fermentation de moût à base de jus d’agave pour l’obtention de tequila. Il consiste à déterminer comment différents facteurs tels que la source de carbone, d'azote, les concentrations de minéraux (calcium et magnésium) présent dans le milieu, l'aération et la température affectent le métabolisme de la levure et provoque des changements dans la production de composés volatiles durant la fermentation qui peuvent contribuer positivement à la boisson alcoolisée. Les levures utilisées au cours de cette étude ont été obtenues à partir de la collection de microorganismes du CIATEJ, qui ont été isolées à partir de différents procédés de fermentation artisanale de mezcal des états de Oaxaca, Guerrero et San Luis Potosi au Mexique. Sur la base de connaissances préalables disponibles dans la littérature qui démontrent que ces levures non-Saccharomyces sont de bonnes productrices de composés volatiles ainsi que des résultats obtenus, une utilisation de ces levures dans le procédé de fermentation alcoolique pour la production de tequila est considérée. Les résultats montrent que les levures non- Saccharomyces étudiés sont affectées par tous les facteurs étudiés, ils doivent donc être considérés et contrôlés durant le procédé de fermentation pour obtenir la production des composés volatiles recherchés. Les souches étudiées présentent un certain potentiel qui leur permet de se positionner comme possible candidat pour réaliser une fermentation de manière indépendante sans avoir besoin de la présence de Saccharomyces cerevisiae, ou en co-culture avec S. cerevisiae pour obtenir dans les deux cas une tequila plus aromatique par rapport aux produits qui sont actuellement disponibles sur le marché. La connaissance détaillée des besoins physiologiques de la levure, nous donne la possibilité de modifier les composés volatiles présents dans la boisson alcoolisée, en contrôlant les paramètres au cours du procédé de fermentation. / The present work aimed to study how factors such as carbon and nitrogen source, calcium and magnesium concentration (in the medium), aeration or temperature disturb the metabolism of non-Saccharomyces yeasts (Kluyveromyces marxianus and Pichia kluyveri), specifically their impact on the production of volatile compounds during alcoholic fermentation of agave must employed in Tequila elaboration process. The used yeasts were obtained from the collection of CIATEJ strains, which were isolated from artisanal mezcal fermentation processes from the states of Oaxaca, Guerrero and San Luis Potosi in Mexico. It is intended to use the information generated and then using these yeasts in alcoholic fermentation processes for the production of tequila. Based on prior knowledge that non-Saccharomyces yeasts are good producers of volatile compounds desired in alcoholic beverages requested by consumers and the results of this study, the use of these strains is considered for tequila production. The results obtained in the present study revealed that all tested factors disturbed volatile compound production in these non- Saccharomyces yeasts and therefore need to be considered to drive fermentation processes aiming the production of a more aromatic beverage. Some yeast strains showed good potential to perform fermentation without or in co-culture with S. cerevisiae obtaining in both cases a product with more desired flavors compared to products currently on the market. The knowledge about the physiological needs of these yeasts gives the opportunity to modify the composition of the alcoholic beverage, only by controlling the parameters during the fermentation process.

Doctorat en sciences appliquées / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les répertoires de gènes sont des objets extrêmement dynamiques : Des gènes sont dupliqués et perdus, transférés d’un génome à l’autre et des nouveaux gènes sont créés. L’étude de ces processus et de leur impact sur l’évolution des répertoires de gènes est fondamentale pour notre compréhension de l’énorme diversité de la vie sur terre. J’ai reconstruit les familles des gènes homologues chez les levures du clade Lachancea et je les ai classées en trois catégories selon leur présence chez les espèces en dehors du clade en: transmises verticalement (98.2 %), transmises horizontalement (0.15 %) et spécifiques aux Lachancea (1.63 %). Ensuite, j’ai reconstruit l’évolution de chaque famille de gènes le long de l’arbre phylogénétique des Lachancea en terme de gains et de pertes depuis l’origine du clade. Mes résultats suggèrent que les réarrangements chromosomiques balancés (translocations, inversions) peuvent interrompre, au niveau de leurs points de cassure, la séquence codante des gènes, et entraîner jusqu’à 14 % des pertes de gènes observées (rupture de gène). En outre, j’ai observé des corrélations entre le taux de divergence des séquences codant pour des protéines et les taux de duplication de gènes, de translocations et d’inversions, et de rupture de gène, suggérant l’existence d’une horloge génomique qui coordonnerait ces processus. Par la suite, je me suis focalisé sur l’émergence de nouveaux gènes de novo à partir de séquences non-codantes, dont l’impact global sur les génomes n’est pas encore connu. J’ai pour cela analysé les gènes taxonomiquement restreints aux levures des clades Lachancea et Saccharomyces sensu stricto et j’ai pu identifier un ensemble de 596 gènes ayant fort probablement émergé de novo. Le taux d’émergence de novo est constant chez les levures au sein du même clade mais varie d’un ordre de grandeur entre les 2 clades (2.8 gènes/ma chez les Saccharomyces et 0.27 gènes/ma chez les Lachancea). Ces nouveaux gènes sont distribués uniformément sur les chromosomes. Ils sont le plus souvent orientés de façon divergente par rapport à leur voisin en 5’, ce qui suggère que leur transcription pourrait être initiée au niveau de promoteurs divergents, favorisant ainsi la transition d’une séquence intergénique non transcrite à une séquence codante transcrite (puis traduite). Enfin, j’ai montré que dans certains cas, seul un petit nombre de mutations permettent la création d’un gène bien adapté à son environnement génomique, en comparaison avec des gènes plus «anciens». Cela signifie que sous certaines conditions la transition d’une séquence non-codante vers une séquence codante peut être relativement rapide. Globalement, mes résultats suggèrent que l’émergence de novo est un processus évolutif non négligeable, représentant une source importante de création de nouvelles protéines. / Gene repertoires are highly dynamic : Genes are duplicated, lost, transferred from one genome toanother and new genes are formed. Studying these processes and how they shape gene repertoireevolution is fundamental to our understanding of how the enormous diversity of life on earth came to be. I reconstructed the homologous gene families of the yeasts of the Lachancea genus and categorized them based on their conservation in species outside the genus into vertically inherited (98.2%), horizontally transferred (0.15%) and taxonomically restricted (1.63%). Then, I inferred the evolution of each family along the genus’ phylogeny and identified the gene gain and loss events that occurred since the genus’ origin. I found that balanced chromosomal rearrangements may be responsible for up to 14% of gene losses by disrupting the coding sequence at their breakpoints and detected 3 cases with clear traces of the disruption at the sequence level. Additionally, I found that correlations exist between the rate of protein-coding sequence divergence and the rates of gene duplication, chromosomal inversions and translocations, and gene disruptions by balanced rearrangements, suggesting the existence of a genomic clock coordinating these processes. Next, I focused on the emergence of new genes de novo from non-coding sequences, a process whose overall impact remains a matter of debate. I thus analyzed taxonomically restricted genes in the two model yeast genera Lachancea and Saccharomyces sensu stricto and identified a robust set of 596 genes that have likely emerged de novo. I found that de novo emergence rates are constant among yeasts of the same genus but differ by an order of magnitude between the two genera with 2.8 genes/my in the Saccharomyces and 0.27 genes/my in the Lachancea. De novo genes are uniformly distributed on yeast genomes and are found divergently oriented relative to their 5’ neighbors suggesting that divergent transcription might play a role in their transition from non-transcribed intergenic sequences to transcribed (and translated) coding sequences. Moreover, through specific examples I was able to show that a few enabling mutations are sufficient for a young de novo gene to emerge already well-adapted relative to older genes, indicating that the transition from non-coding to coding can happen rapidly. Overall, my results support de novo emergence as a ubiquitous evolutionary process and a potent source of novel proteins.

L’avènement de la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF a révolutionné la microbiologie en permettant l’identification précise des bactéries et des levures en seulement quelques minutes. En 2010, la MALDI-TOF SM n’était pas applicable à l’identification des champignons filamenteux. Un protocole d’identification générant des spectres interprétables de champignons filamenteux fut d’abord mis au point, suivi par le développement d’une architecture de banque originale. Enfin une banque de références solides, intégrant des références pour la majorité des espèces de moisissures impliquées en pathologie humaine, fut créée en collaboration avec le BCCM/IHEM. Les qualités d’identification de cette banque ont été démontrées non seulement à l’échelle localemais également à l’échelle nationale . Dans un second temps, nous sommes intéressés à l’identification des levures. Nous avons déterminé qu’une extraction complète est le meilleur protocole d’identification des levures en utilisant la banque de référence Bruker ™. Afin d’améliorer le diagnostic clinique,nous avons testé un protocole d’identification sur un séries de 6192 levures isolées de prélèvements cliniques reçus au laboratoire pendant un an. Enfin nous avons pu démontrer en utilisant nos « systèmes » d’identification par MALDI-TOF MS la sous-estimation de la diversité des espèces de moisissures et de levures isolées des prélèvements cliniques, lorsqu’on ne disposait que de techniques conventionnelles d’identification. La mise à disposition d’un tel outil ouvre de grandes perspectives dans le domaine de la mycologie, tant d’un point de vue épidémiologique que clinique. / During the last decade, MALDI-TOF MS has revolutionized microbiology by enabling the accurate identification of bacteria and yeast in only few minutes1. At the beginning of this work in 2010, MALDI-TOF MS was not yet optimized for mold identification. To meet this need, we established an identification protocol to generate interpretable mold spectra. The structure of the reference database was developed taking intoaccount the heterogeneity of molds in culture. Finally, a comprehensive reference database,including references for the majority of molds encountered in human pathology, was created in collaboration with the BCCM/IHEM. Identification performance of this database was tested and validated at both a local scale and an international scale . We also determined the best-adapted pre-treatment protocol to identify yeasts in a routine setting. The protocol was tested on a panel of 6192 yeast isolates recovered from clinical samples submitted to our laboratory over the course of one year. Using our fungal identification system, we were able to identify morphologically similar species and highlight the underestimation of fungal pathogen diversity. The development of our MALDI-TOF MS-based fungal identification system presents numerous opportunities in the field of mycological, from both an epidemiological and clinical point of view. In subsequent studies, defining the clinical meaning of emerging species identified via MALDI-TOF MS will profoundly modify our perspective of fungal diseases.

La saveur sucrée est à l’origine de l’équilibre gustatif des vins secs. On observe uneaugmentation de son intensité au cours de la macération post-fermentaire et de l’élevage enbarrique. Nous montrons que ces phénomènes sont respectivement liés à la libération depeptides de la levure et de composés non-volatils du bois de chêne dans les vins.Le rôle de la protéine Hsp12 de S. cerevisae sur le gain de sucrosité est établi enutilisant des techniques de biologie moléculaire et d’analyse sensorielle.Le développement d’un couplage chromatographie de partage centrifuge –gustatométrie permet de fractionner un extrait de bois de chêne et de purifier plusieurscomposés sapides. L’utilisation de la LC-FT/MS et de la RMN nous a permis d’identifierquatre nouvelles molécules, appelées quercotriterpénosides (QTT), deux d’entre elles (QTTI et III) possédant une saveur douce. Les seuils de perception du QTT I et d’un lignane amer,le lyonirésinol, sont respectivement 590 μg/L et 1.52 mg/L.La mise au point d’une méthode de quantification de ces composés en LC-FT/MS nous apermis de démontrer l’impact organoleptique du lyonirésinol dans les vins.Il est probable que les QTT I et III contribuent, directement ou indirectement, au gain desucrosité conféré par le bois de chêne. / Sweetness contributes to the balance in taste of dry wines. An increase in sweet taste isobservable during post-fermentation maceration and oak-barrel aging. We have revealed thatthese phenomena are respectively due to the release in wines of yeast peptides and nonvolatileoak wood compounds.The role of Hsp12 protein from S.cerevisae on the increase in sweetness is establishedwith both molecular biology and sensorial analysis techniques.The development of a method coupling centrifugal partition chromatography andgustatometry has enabled us to fractionate an oak-wood extract and to purify several sapidcompounds. Thanks to both the LC-FTMS and the NMR spectroscopy methods, we havehighlighted four new molecules, called quercotriterpenosides (QTT), out of which QTT Iand III are responsible for a sweet taste. The perception thresholds of QTT I and a bitterlignan, lyoniresinol, are respectively 590 μg/L and 1.52 mg/L.LC-FT/MS method has been used to develop a quantification method for these compoundsand we have demonstrated the organoleptic impact of lyoniresinol in wines.QTT I and III are likely to contribute, directly or indirectly, to the increase in sweetnessconsecutive to barrel aging in dry wines.