Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-10-06T16:52:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AvaliacaoInvitroAtividade.pdf: 1920798 bytes, checksum: 88c8f860d81e6ace39ccf869e95faa94 (MD5) / Rejected by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br), reason: on 2017-10-10T17:06:29Z (GMT) / Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-10-17T18:46:53Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AvaliacaoInvitroAtividade.pdf: 1920798 bytes, checksum: 88c8f860d81e6ace39ccf869e95faa94 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-11-24T17:01:47Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AvaliacaoInvitroAtividade.pdf: 1920798 bytes, checksum: 88c8f860d81e6ace39ccf869e95faa94 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-24T17:01:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AvaliacaoInvitroAtividade.pdf: 1920798 bytes, checksum: 88c8f860d81e6ace39ccf869e95faa94 (MD5) Previous issue date: 2017-08-29 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A cromoblastomicose (CBM) é uma micose por implantação, crônica, de distribuição cosmopolita, causada por fungos melanizados. Após implantação transcutânea, os propágulos dos agentes da CBM apresentam uma plasticidade celular e morfológica única, ocorrendo a diferenciação celular, resultando nas células muriformes. O tratamento dessa micose é um desafio pela ausência de um antifúngico padrão. Vários métodos de terapia são utilizados (físicos e farmacológicos), isoladamente ou associados, no entanto, com pouco sucesso de cura clínica. A região amazônica tem uma vasta biodiversidade de vegetais que precisam ser melhor caracterizados quanto à sua composição química e aplicabilidade no tratamento de diferentes doenças. Nessa variedade de plantas, o fruto da Malpighia glabra Linn. (acerola) apresenta um alto teor de vitamina C, apresentando também vitaminas do complexo B, A, antocianinas e flavonoides, que destacam-se por apresentarem diferentes ações biológicas e terapêuticas já demonstradas tanto em in vitro quanto in vivo. Um grande interesse está atualmente centrado nas atividades biológicas de um destes flavonoides, a quercetina, pois exerce múltiplas atividades farmacológicas, apresentando propriedades biológicas únicas que podem melhorar o desempenho mental e/ou físico, e reduzir o risco de diferentes infecções. Este estudo teve como objetivo avaliar a atividade antifúngica in vitro do extrato da M. glabra em conídios e nas células muriformes de cepas de Fonsecaea spp. O extrato da M. glabra apresentou atividade antifúngica tanto em conídios quanto em células muriformes das cepas avaliadas. Além do extrato bruto, os conídios de diferentes cepas também foram sensíveis a diferentes diluições do extrato. Foram avaliadas a concentração inibitória mínima (CIM) e a concentração fungicida mínima (CFM). A média geométrica da CIM da quercetina para os conídios foi de 4,75 μg/mL e a média geométrica da CFM foi de 11,31 μg/mL, isso sugere que a quercetina apresenta ação fungistática. São necessários mais estudos para que futuramente a M. glabra ou a quercetina, isolada ou associada com outro componente isolado do extrato, possa ser usada para o tratamento da CBM. / Chromoblastomycosis (CBM) is a mycosis by implantation, chronic, with a cosmopolitan distribution, caused by melanized fungi. After transcutaneous implantation, the propagules of the CBM agents present a unique cellular and morphological plasticity. The cellular differentiation results in the appearance of muriform cells. The treatment of this mycosis is a challenge due to the absence of a standard antifungal, resulting in several therapy methods (physical and pharmacological), used isolated or associated, with little clinical cure success. Amazon region has a vast biodiversity of vegetables that need to be better characterized as to their chemical composition and applicability in the treatment of different diseases. In this variety of plants, the fruit of Malpighia glabra Linn. (acerola) has a high content of vitamin C, also presenting vitamins of the complex B, A, anthocyanins and flavonoids, which stand out for having different biological and therapeutic actions already demonstrated both in vitro and in vivo. A major interest is currently focused on the biological activities of quercetin, belonging to the class of flavonoids, as it exerts multiple pharmacological activities, presenting unique biological properties that can improve mental and/or physical performance and reduce the risk of different infections. This study aims to evaluate the in vitro antifungal activity of M. glabra extract in conidia and muriform cells of Fonsecaea spp. The extract of M. glabra presented antifungal activity in both, conidia and muriform cells, of the evaluated strains. Much interest is now centered on biological activities of the flavonoid quercetin. In addition to the crude extract, the conidia of different strains were also sensitive to different dilutions of the extract. The minimum inhibitory concentration (MIC) and the minimum fungicidal concentration (MFC) were evaluated. The geometric mean of the quercetin MIC for the conidia was 4.75 μg/mL and the geometric mean of the CFM was 11.31 μg/mL. Further study is needed so that M. glabra or quercetin, isolated or associated with another isolated component of the extract, may be used for the treatment of CBM in the future.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Miguel Soto.pdf: 3392628 bytes, checksum: 62e83dd8713fab1173dd8f45d005072c (MD5) Previous issue date: 2017-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Within the great biodiversity of freshwater fish of South America, the Characidae family has been one of the most controversial groups taxonomically. In the trans-Andean country of Chile, the family is represented only by the Cheirodontinae of the genus Cheirodon and its five species, of which C. pisciculus, C. galusdae, C. kiliani and C. australe are endemic, and C. interruptus is native to the Atlantic basins of Argentina, Uruguay and Brazil. In order to contribute to the description of the evolutionary relationships and taxonomic delimitation of the species of genus Cheirodon present in Chile, the karyotypes of these five species are described for the first time and compared by their diploid number, chromosomic morphology, C bands, Nucleolar Organizer Regions (Ag-NOR) and the rDNA 5S and 18S marking by fluorescence in situ hybridization (FISH). For all the analyzed species the diploid number was 50 chromosomes, varying in the karyotype formula among the metacentric, submetacentric, subtelocentric and acrocentric types. The number of chromosome arms was 68 in C. australe and C. kiliani and 66 in C. galusdae, C. pisciculus and C. interruptus. The presence and distribution of constitutive heterochromatin was similar in the five species, being observed mainly in the centromeres and telomeres. Variation in the number and distribution of the 5S and 18S rDNA regions was observed, being those two clusters on different chromosomes or in syntenia. It was also observed a variation in the activity of RONs, being found in C. kiliani and C. galusdae, the highest level of relative activity. There is a greater karyotype similarity between the two species that living more to the south in relation to those with the most central and north distribution, evidencing a reflection of hydrograph formation and species isolation. / Dentro da grande biodiversidade de peixes de água doce de América do Sul,a família Characidae tem sido um dos grupos mais controversos taxonomicamente. No país transandino Chile, a família é representada apenas pelos Cheirodontinae do gênero Cheirodon e suas cinco espécies, das quais C. pisciculus, C. galusdae, C. kiliani e C. australe são endêmicas. No entanto C. interruptus é originaria das bacias atlânticas da Argentina, Uruguai e Brasil. Para contribuir na descrição das relações evolutivas e delimitação taxonômica das espécies do gênero Cheirodon presentes no Chile, são descritos pela primeira vez os cariótipos destas cinco espécies e comparados segundo seu número diplóide, morfologia cromossômica, bandas C, Regiões Organizadoras do Nucléolo (Ag-RON) e a marcação de DNAr 5S e 18S por hibridação in situ fluorescente (FISH). Para todas as espécies analisadas o número diplóide foi de 50 cromossomos, variando na fórmula cariotípica entre os tipos metacêntricos, submetacêntricos, subtelocêntricos e acrocêntricos. O número de braços cromossômicos foi de 68 em C. australe e C. kiliani e de 66 em C. galusdae, C. pisciculus e C. interruptus. A presença e distribuição da heterocromatina constitutiva foi similar nas cinco espécies, sendo observada principalmente nos centrômeros e telômeros. Foi observada variação no número e distribuição das regiões de DNAr 5S e 18S, podendo esses dois clusters estar em cromossomos diferentes ou em sintenia. Também foi observada variação na atividade das RONs, sendo encontrado em C. kiliani e em C. galusdae, o maior nível de atividade relativa. Existe maior similaridade cariotípica entre as duas espécies ocorrentes mais ao sul do que destas em relação àquelas mais centrais e ao norte, mostrando um reflexo da formação da hidrografia e isolamento das espécies.

A tecnologia anaeróbia tem sido utilizada com sucesso no tratamento de água residuária contendo compostos fenólicos. Recentes pesquisas incluem tais compostos entre aqueles que podem ser degradados através desse processo. O objetivo desse trabalho foi avaliar a degradação do fenol em diferentes condições nutricionais, com ênfase na redução do sulfato. Os experimentos foram realizados com meio de cultura específico para esses microrganismos anaeróbios. Foram realizados ensaios de degradação em reatores em batelada alimentados nas seguintes condições: (1) fenol e sulfato, a diferentes concentrações, com inóculo previamente enriquecido; (2) fenol, sulfato e co-substratos e; (3) fenol, sulfato e extrato de levedura. Todos os ensaios foram realizados em temperatura de 30 graus Celsius, sob agitação de 150 rpm. Foi avaliado o consumo de fenol e sulfato e, produção de metano, em função do tempo, para diferentes concentrações iniciais de fenol e sulfato. Nos ensaios com reatores alimentados com fenol (329,3 mg/l); fenol (307,3 mg/l) e sulfato (160 mg/l); fenol (322.3 mg/l), sulfato (160 mg/l) e lactato (478,16 mg/l); fenol (332,1 mg/l), sulfato (150 mg/l) e etanol (129,76 mg/l), a remoção foi de, respectivamente, 99,8%, 98,2%, 98,8% e 98,8%. Os reatores alimentados com fenol (239,7 mg/l) obtiveram 100% de eficiência na degradação em apenas 11 dias e, os reatores alimentados com fenol (234,3 mg/l) e sulfato (162,5 mg/l) e fenol (256,0 mg/l) e sulfato (500 mg/l) tiveram eficiências de degradação de, respectivamente, 98,8% e 99,3% com 17 dias de operação. Tais eficiências foram obtidas pelo acréscimo de extrato de levedura nos reatores, no início dos ensaios. A caracterização morfológica foi realizada através de microscopia óptica. A diversidade microbiana referente aos Domínios Bacteria e Archaea, além do grupo de bactérias redutoras de sulfato foi avaliada através da técnica de PCR DGGE, onde foram observadas alterações nas populações microbianas, em função das condições nutricionais. Para o Domínio Archaea não foram observadas diferenças nos ensaios realizados. Para o Domínio Bacteria e Grupo das BRS essas diferenças foram, mais facilmente, percebidas com relação ao inóculo e entre os diversos reatores. A alteração na diversidade microbiana pode ter sido decorrente da composição do meio que, nesse caso, foi específico para BRS e a composição do inóculo que continha parte previamente adaptada às BRS. Essas condições adequadas puderam propiciar surgimento e desenvolvimento de populações microbianas capazes de degradar fenol, utilizando sulfato. / The anaerobic technology has been successfully used to treat wastewater containing phenolic compounds. Recent research includes such compounds among those that can be degraded through this process. The goal of this project was to assess phenol degradation in different nutritional conditions, focusing on sulfate reduction. The essays were carried out in a specific culture mean for these kinds of anaerobic microorganisms. Degradation essays were carried out in a batch reactor fed in the following ways: (1) phenol and sulfate, in different concentrations, with previously enriched inoculum; (2) phenol, sulfate and co-substrates and; (3) phenol, sulfate and yeast extract. All the essays were carried out at 30 Celsius degrees, under 150 rpm agitation. The consumption of phenol and sulfate and, methane production, in function of time, for different initial concentrations of phenol and sulfate was assessed. In the essays the reactors were fed with phenol (329.3 mg/l); phenol (307.3 mg/l) and sulfate (160 mg/l); phenol (322.3 mg/l), sulfate (160 mg/l) and lactate (478.16 mg/l); phenol (332.1 mg/l), sulfate (150 mg/l) and ethanol (129.76 mg/l), the removal was of, respectively, 99.8%, 98.2%, 98.8% and 98.8%. The reactors fed with phenol (239.7 mg/l) obtained 100% degradation efficiency in only 11 days. The reactors fed with phenol (234.3 mg/l) and sulfate (162.5 mg/l) and phenol (256.0 mg/l) and sulfate (500 mg/l) obtained degradation efficiency of 98.8% and 99.3%, respectively, in only 17 days of operation. Such efficiencies were obtained by the increase of yeast extract in the reactors, in the beginning of the essays. The morphological characterization was carried out by optical microscopy. The microbial diversity regarding the Bacteria and Archaea Domain, besides the sulfate reducing bacteria group was assessed through the PCR DGGE technique, where alterations were seen in the microbial population, due to nutritional conditions. For the Archaea Domain, no differences were seen in all the essays. For the Bacteria Domain and the SRB Group these differences were easily seen, noticed by the inoculum and the diverse reactors. The alteration in the microbial diversity might have occurred due to culture mean composition that, in this case, was specific for SRB and also due to inoculum composition that contained a part previously adapted to SRB. These adequate conditions could promote appearance and development of microbial population capable of degrading phenol, using sulfate.

Orientador: Lucia Maria Aparecida Carareto Alves / Banca: Manoel Victor Franco Lemos / Banca: Janaina Conrado Lyra da Fonseca / Resumo: O processo de compostagem de resíduos animais com mortalidade cotidiana ou de surtos tem sido identificado como o método ideal para a disposição final de carcaças, entretanto o risco potencial de transmissão de microrganismos patogênicos limita severamente seu uso. Neste estudo foi avaliada a qualidade química e segurança microbiológica de um composto produzido com carcaças animais e resíduos vegetais, em uma unidade experimental de compostagem na Universidade Estadual Paulista (UNESP), Brasil. Em uma amostra do composto maduro, foi determinada a presença das bactérias patogênicas E. coli (STEC), E. coli enteropatogenica (EPEC) E. coli enterohemorrágica (EHEC) mediante uso de técnicas moleculares; número de coliformes, Salmonella spp. e a existência dos fungos fitopatogênicos, segundo instrução normativa SDA/MAPA # 27 de 2006. A avaliação microbiológica e determinação de numero de células foi feita usando meios de cultura seletivos e diferenciais. A presença de STEC, EPEC,EHEC, Salmonella spp. e fungos fitopatogênicos foram negativos. Os níveis de coliformes foram de 1160 UFC/g. O índice de germinação (IG) que surge da germinação relativa e da elongação de radículas esteve acima 100%, indicando que o composto contem uma baixa concentração ou não contem sustâncias fitotóxicas. As determinações químicas obtidas apresentaram valores inferiores aos limites definidos pelas diretrizes brasileiras MAPA-SDA 25/09, CONAMA 375/06, e CETESB 195/05. Os resultados mostram que o método de compostagem de carcaças é eficaz para reduzir os microrganismos patogênicos. Entretanto para que o produto possa ser aplicado sobre as culturas usadas para consumo humano e animal, devem ser realizados testes que avaliem a presença de agentes patogênicos virais, tais como vírus da gripe aviária e Newcastle, e de bactérias formadoras de endósporos como Bacillus anthracis. E ... / Abstract: Daily and outbreaks mortality composting have been identified as the best method for final disposal of carcasses, but the potential risk of pathogens transmission seriously limits its use. In this study we assessed the microbiological quality and biosafety of a compost produced in experimental unit composting daily mortality at the university in the state of Sao Paulo, Brazil. Mature compost sample was evaluated to determine the presence of pathogenic bacteria E. coli (STEC) E. coli (EPEC) and E. coli (EHEC) using molecular techniques, the presence and counting of coliforms and Salmonella sp. and several soilborne phytopathogenic fungi was also estimated, the evaluation was conducted using selective and differential microbiological culture media. The presence of STEC, EPEC, Salmonella and phytopathogenic fungi were negative. Coliform levels were 1160 UFC/kg. The results show that daily mortality composting method is effective to reduce pathogenic microorganisms, but so the product can be applied on crops or plants such as vegetables that are for direct human consumption, additional tests must be performed to assess the presence of viral pathogens such as viruses avian influenza and Newcastle, endospores forming bacteria like Bacillus anthracis, should not be included dead animals by neurological diseases confirmed or probable / Mestre

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-06T15:00:51Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoGeneticaCorrelacao.pdf: 1121868 bytes, checksum: 415ebcd4b13b4d4226cb0c72c7ce83f3 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-11T12:01:34Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoGeneticaCorrelacao.pdf: 1121868 bytes, checksum: 415ebcd4b13b4d4226cb0c72c7ce83f3 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-11T12:01:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoGeneticaCorrelacao.pdf: 1121868 bytes, checksum: 415ebcd4b13b4d4226cb0c72c7ce83f3 (MD5) Previous issue date: 2005 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Até o presente momento, estudos moleculares para os vírus do grupo C (Bunyaviridae, Orthobunyavirus) não foram publicados. O presente trabalho determinou as seqüências nucleotídicas completas para os segmento ARN pequenos (P-ARN) e a seqüencias parciais para os segmentos de ARN médio (M-ARN) dos vírus do grupo C. A seqüencia completa do segmento P-ARNvariou de 915 a 926 nucleotídeos, e revelou organização genômica semelhante em comparação aos demais ortobunyavírus. Baseado nos 705 nt do gene N, os membros do grupo C foram distribuídos em três grupos filogenéticos principais, com exceção do vírus Madrid que foi posicionado fora destes três grupos. A análise da cepa BeH 5546 do vírus Caraparu revelou que o mesmo apresenta seu segmento P-ARN semelhante ao do vírus Oriboca , sendo um vírus rearranjado em natureza. Em adição, a análise dos 345 nt do gene Gn para sete vírus do grupo C e para a cepa BeH 5546, revelou uma diferente topologia filogenética, sugerindo um padrão de rearranjo genético entre estes vírus. Estes achados representam as primeiras evidências de rearranjo genético em natureza entre os vírus do grupo C, dos quais vários são patógenos humanos. Finalmente, nossos dados genéticos corroboraram dados de relacionamento antigênico entre esses vírus determinados utilizando métodos sorológicos (testes de fixação de complemento, inibição da hemaglutinação e neutralização), sugerindo que a associação de dados informativos aos níveis molecular, sorológico e eco-epidemiológico podem contribuir para o melhor entendimento da epidemiologia molecular dos ortobunyavírus. / To date, no molecular studies on group C viruses (Bunyaviridae: Orthobunyavirus) have been published. The current work determined the complete small RNA segment and partial medium RNA segment nucleotide sequences for group C members. The full-length SRNA sequences ranged from 915 to 926 nucleotides in length, and revealed similar organization in comparison with other orthobunyaviruses. Based on the 705 nt of the N gene, group C members were distributed into 3 major phylogenetic groups, with the exception of Madrid virus that was placed outside of these 3 groups. Analysis of the Caraparu virus strain BeH 5546 revealed that it has an SRNA sequence nearly identical to that of Oriboca virus and is a natural reassortant virus. In addition, analysis of 345 nucleotides of the Gn gene for seven group C viruses and for strain BeH 5546 revealed a different phylogenetic topology, suggesting a reassortment pattern among them. These findings represent the first evidence for natural reassortment among the group C viruses, which include several human pathogens. Furthermore, our genetic data corroborate previous antigenic relationships determined using serologic assays (complement fixation, hemagglutination inhibition and neutralization tests), and suggest that a combination of informative molecular, serological and ecological data is a helpful tool to understand the molecular epidemiology of orthobunyavirus.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-06T15:23:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularRelacao.pdf: 11801506 bytes, checksum: dc0762bdd154df39d7db36795157bb81 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-12T13:10:00Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularRelacao.pdf: 11801506 bytes, checksum: dc0762bdd154df39d7db36795157bb81 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-12T13:10:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularRelacao.pdf: 11801506 bytes, checksum: dc0762bdd154df39d7db36795157bb81 (MD5) Previous issue date: 2009 / Os flavivírus são conhecidos por seu complexo ciclo biológico e importância na saúde pública e na economia mundial. Os aspectos ecológicos e quadros clínicos estão estreitamente relacionados à filogenia e evolução dos flavivírus. Este trabalho objetiva a caracterização molecular dos genomas dos flavivírus Bussuquara (VBSQ), Iguape (VIGU), Ilhéus (VILH) e Rocio (VROC), determinando relações filogenéticas com os demais integrantes do gênero Flavivirus. Foi realizado o seqüenciamento completo da região codificadora (ORF) e regiões não codificantes (RNC) 5’ e 3’; análise da estrutura secundária do RNA viral e das sequências conservadas da 3’RNC; determinação dos sítios de clivagem, glicosilação, resíduos Cis e motivos conservados na poliproteína; e as análises de similaridade e filogenética. Os genomas dos VBSQ, VIGU, VILH e VROC apresentaram a mesma organização que os demais flavivírus, medindo 10.815 nt, 10.922 nt, 10.775 nt, 10.794 nt, respectivamente. O padrão das sequências conservadas da 3’RNC do VBSQ foi RCS2-CS2-CS1, enquanto que para os VIGU, VILH e VROC foram CS3-RCS2-CS2-CS1. As características das estruturas secundárias do RNAs dos flavivírus em estudo foram similares aos demais flavivírus. O número dos sítios de glicosilação das proteínas PrM, E e NS1 foi distinto entre os flavivírus brasileiros, porém o padrão 6,12,12 dos resíduos de Cis e do sítios de clivagem permaneceram conservados. Na proteína E, alterações aminoacídicas pontuais foram observadas no peptídeo de fusão dos VBSQ, VIGU e VROC, e a sequência do tripepídeo RGD foi distinta para os quatro vírus em estudo. Os motivos determinantes das atividades de MTase-SAM da NS5, bem como da helicase e protease da NS3, permanecem conservados. Dentre os oito motivos da polimerase viral (NS5), somente os motivos V, VI e VII possuem alguma substituição nucleotídica para o VILH e VROC. As análises de similaridade mostram que VBSQ apresenta maior relação com VIGU enquanto que o VILH e VROC são mais relacionados entre si, porém sendo consideradas espécies virais distintas. Com base nas análises filogenéticas, características moleculares do genoma e biológicas, propõem-se a formação de três grupos genéticos: o grupo Rocio, que agrupa VROC e VILH; o grupo Bussuquara formado pelos VBSQ e Vírus naranjal e o grupo Aroa que inclui o Vírus Aroa e VIGU. / Flaviviruses have been known due their complex biological cycle and their relevance in public health and global economy. The ecologic aspected and clinic pictures are related with phylogeny and evolution of flaviviruses. This work aims the molecular characterization of Bussuquara (BSQV), Iguape (IGUV), Ilheus (VILH) e Rocio (VROC) flaviviruses genomes, determining their phylogenetic relationships with others members of genus Flavivirus. The study included: the full-length sequencing of the four Brazilian flaviviruses; analyzes of the predictive secondary structure of RNA and conserved sequences in the 3’NCR; determination of cleavage and glicosilation sites, cisteine residues and conserved motifs in the polyprotein; and similarity and phylogenetic analyzes. The BSQV, IGUV, VILH and VROC genomes present 10815 nt, 10922 nt, 10775 nt, and 10794 nt, respectively. The conserved standard sequences in 3’NCR of BSQV was RCS2-CS2-CS1, while to IGUV, ILHV and ROCV were CS3-RCS2-CS2-CS1. The secondary structure of RNA obtained for the Brazilian flaviviruses were similar to the other flaviviruses. The numbers of the glicosilation sites to PrM, E and NS1 proteins were distinct among the studied Brazilian flaviviruses, therefore the pattern 6,12,12 Cis residues and the cleavage sites were conserved. In the E protein, some singles mutations were observed in fusion peptide of BSQV, IGUV and ROCV, and the RGD motif were distinct for the flaviviruses under study. The motif that determines the MTase-SAM activity in NS5, as well as the helicase and protease activity in NS3 were conserved. Among the eight polimerase motifs in NS5, only the V, VI and VII motifs were observed single mutations in ILHV and ROCV. The similarity analyzes showed that BSQV presents high relationship with VIGU, while ILHV and ROV were more related among themselves, however those viruses were considerated distincts species. Based in the phylogenetic analyzes, molecular and biological characteristics, it was proposed the establishment of three distinct genetic groups: the Rocio group, grouping ILHV and ROCV, Bussuquara group formed by BSQV and Naranjal virus; and Aroa group, that include Aroa virus and IGUV.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-07T15:51:54Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoImunohistoquimicaAtividade.PDF: 1932325 bytes, checksum: 69c3e8a8eb0bb294e0d6240088b6bbb0 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2014-03-10T16:23:16Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_AvaliacaoImunohistoquimicaAtividade.PDF: 1932325 bytes, checksum: 69c3e8a8eb0bb294e0d6240088b6bbb0 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-03-10T16:23:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_AvaliacaoImunohistoquimicaAtividade.PDF: 1932325 bytes, checksum: 69c3e8a8eb0bb294e0d6240088b6bbb0 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2008 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O presente estudo teve por objetivo avaliar a correlação entre a atividade de macrófagos e a apoptose nas formas polares da hanseníase. Para tal foram analisadas amostras constituídas de 29 biopsias de pele de pacientes com as formas polares da hanseníase. Para a medida da atividade macrofágica e da apoptose, utilizou-se o método imunohistoquímico, visando os marcadores lisozima, CD68, iNOS (para atividade de macrófago) e caspase 3 (para apoptose). No tratamento estatístico, foi utilizado o teste não paramétrico de Mann-Whitney e a Correlação linear de Spearman. Os resultados obtidos sugerem que a taxa de apoptose sofre influência direta da atividade macrofágica nas lesões de pacientes TT, contudo nas lesões LL, notou-se que outros fatores devem estar induzindo a morte celular programada, possivelmente o TGF-β. / The present study had for objective to evaluate the correlation between the activity of macrophage and the apoptosis in the polar forms of the leprosy. For such constituted samples of 29 biopsies of patients' skin were analyzed with the polar forms of the leprosy. For the measure of the activity of macrophage and of the apoptosis, the method immunohistochemistry was used, seeking the markers lysozyme, CD68, iNOS (for activity of macrophage) and caspase 3 (for apoptosis). In the statistical treatment, it was used the test non parametric of Mann-Whitney and the lineal Correlation of Spearman. Do the obtained results suggest that the apoptosis rate suffers direct influence of the activity of macrophages in the lesions of patient TT, however in the lesions what was LL, noticed other factors they must it is inducing the programmed cellular death, possibly TGF-β.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T12:10:12Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepasVirus.pdf: 1867488 bytes, checksum: d9b8346d11c562383d6eacefda707681 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-07T16:31:46Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepasVirus.pdf: 1867488 bytes, checksum: d9b8346d11c562383d6eacefda707681 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-07T16:31:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepasVirus.pdf: 1867488 bytes, checksum: d9b8346d11c562383d6eacefda707681 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2009 / A febre do dengue é uma das mais importantes arboviroses distribuída por todas as áreas tropicais do mundo. O vírus dengue (VDEN) é transmitido principalmente pela picada do mosquito Aedes aegypti infectado. A dispersão do vetor e o aumento do fluxo migratório entre países possibilitaram a ocorrência de grandes epidemias e manifestações clínicas severas, como febre hemorrágica do dengue (FHD) e Síndrome do choque do dengue (SCD). O objetivo deste trabalho foi realizar a caracterização molecular de isolados do VDEN sorotipo 1 (VDEN-1) no Brasil ao nível dos genes estruturais C/prM/M/E de 29 cepas isoladas durante epidemias ocorridas no Brasil no período de 1994 a 2008. A identidade nucleotídica entre as cepas de VDEN-1 do estudo em relação às outras isoladas no Brasil variou de 96,1% a 100%, enquanto o percentual de identidade de aminoácidos foi determinado entre 98,4% a 100%. As diferenças de aminoácidos entre as cepas do estudo, quando comparadas com a cepa FGA/89 (Guiana Francesa), mostraram a presença de importantes substituições não-sinônimas com mudança de caráter bioquímico, tais como os resíduos E297 (Met Tre) e E338 (Ser Leu), sendo necessário estudos para verificar se essas alterações podem ou não estar relacionadas à virulência. A análise filogenética para a proteína E, realizada por meio do método de máxima verossimilhança para as cepas do estudo e outras cepas selecionadas do banco de dados do Genbank, mostraram que as cepas de VDEN-1 isoladas no Brasil desde 1982 pertencem ao genótipo V, corroborando com os resultados publicados anteriormente. O tempo de divergência do VDEN-1, estimado através da hipótese de relógio molecular, mostrou que este vírus teve sua origem a partir de uma linhagem ancestral, há aproximadamente, 113 anos e observou-se ainda que as cepas de VDEN-1 circulantes no Brasil e as provenientes da África possuem um ancestral comum, sendo necessário estudos de filogeografia que mostrem as possíveis rotas de entrada do VDEN-1 no Brasil. / Dengue fever is one of the most important arboviral disease distributed to all tropical areas of the world. Dengue virus (DENV) is transmitted mainly by the bite of infected Aedes aegypti mosquitoes. The dispersion of the vector and the increase of migration between countries caused the occurrence of major epidemics and severe clinical manifestations, such as the dengue hemorrhagic fever (DHF) and the dengue shock syndrome (DSS). The objective of this study was the molecular characterization of isolates of DENV-1 in Brazil at the level of structural genes C / prM / M / E of 29 strains isolated during outbreaks occurred in Brazil between 1994 and 2008. The nucleotide identity among strains of this DENV-1 study compared with other strains isolated in Brazil ranged from 96.1% to 100%, while the percentage of amino acid identity was determined between 98.4% to 100%. The amino acid differences between strains of the study, compared with the strain FGA/89 (French Guiana) showed the presence of important non-synonymous substitutions change of the amino acid biochemical character, such as the E297 residue (Met Thr) and E338 (Ser Leu), more detailed studies are needed to investigate if any of them may be related to DENV-1 virulence. The phylogenetic analysis of the E gene, performed using the maximum likelihood method for the studied strains and other strains selected from the database of GenBank showed that the DENV-1 isolates from Brazil since 1982 belonged to genotype V, confirming previously published data. The time of divergence of DENV-1, estimated by molecular clock method, showed that this virus was originated from an ancestral lineage, there are approximately 113 years and it was also observed that DENV-1 strains circulating in Brazil and those from Africa have a common ancestor, and finally it is necessary phylogeographic studies to show the possible routes of entry of DENV-1 in Brazil.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T14:45:51Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularVirus.pdf: 2145926 bytes, checksum: a9fa4b1749574d6c532ca36612200d11 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-22T13:52:31Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoMolecularVirus.pdf: 2145926 bytes, checksum: a9fa4b1749574d6c532ca36612200d11 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-22T13:52:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoMolecularVirus.pdf: 2145926 bytes, checksum: a9fa4b1749574d6c532ca36612200d11 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2007 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As cepas do Virus Melao (VMEL), BE AR 8033 e BE AR 633512 foram isoladas de mosquitos Ochlerotatus (Ochlerotatus) scapularis, em Belém- PA (1955) e Alta Floresta do Oeste- RO (2000), respectivamente. Este trabalho teve como objetivo caracterizar molecularmente as cepas BE AR 633512 e BE AR 8033 e realizar estudos histopatológicos, bioquímicos e imunológicos comparativos em hamsters dourados (Mesocricetus auratus). Hamsters mostraram suscetibilidade às cepas do VMEL. A viremia em hamsters para BE AR 633512 ocorreu do 3º ao 6º dias pós-infecção (dpi.), e para a cepa BE AR 8033 ocorreu no 2º dpi. Anticorpos neutralizantes para ambas as cepas foram detectados a partir de 5 dpi., e se mantiveram até 30 dpi. As cepas testadas alteraram os marcadores bioquímicos AST, ALT e uréia, enquanto que a creatinina só apresentou alteração estatisticamente significante nos animais infectados com a cepa viral BE AR 633512, em comparação aos animais controles não infectados. Alterações histopatológicas foram observadas no SNC, fígado, rim e baço dos hamsters infectados pelas cepas do VMEL, sendo a infecção nesses órgãos confirmada por imunohistoquímica. A cepa BE AR 633512 foi mais virulenta e patogênica para hamsters que a cepa BE AR 8033. A análise genética dos genes N, Gn e Gc revelou que para os genes N e Gn, a cepa BE AR 8033 e do protótipo VMEL (TRVL 9375) são mais geneticamente relacionados. Para o gene Gc, a cepa BE AR 8033 é mais relacionada com a cepa BE AR 633512, sendo que esta última cepa apresentou maior variabilidade genética, principalmente no gene Gn com várias substituições de aminoácidos, mas as mutações no gene Gc provavelmente foram responsáveis pelo aumento da virulência e patogenicidade em hamsters. / The Melao Virus (MELV) strains, BE AR 8033 e BE AR 633512 were isolated from lots of Ochlerotatus (Ochlerotatus) scapularis mosquitoes, in Belém- PA (1955) and Alta Floresta do Oeste- RO (2000), Brazil, respectively. The aim of this study was to carry out molecular characterization of the MELV strains BE AR 633512 and BE AR 8033 and to describe the histopathologic, biochemistry and immunological changes in golden hamsters (Mesocricetus auratus). Hamsters showed susceptibility to these MELV strains. The viremia produced in hamsters by BE AR 633512 strain occurred between 3 and 6 days post-infection (dpi.), and for the BE AR 8033 occurred only in the 2nd dpi. Neutralizing antibodies for both strains were initially detected on the 5th dpi. and remained up to the 30 dpi. The biochemistry markers AST, ALT and blood urea nitrogen showed values statistically significants among inoculated animals with both VMEL strains, while creatinine value it was only altered by BE AR 633512 strain. Histopathologic changes were observed in the central nervous system, liver, kidney, and spleen of the hamsters, and infection was confirmed by immunohistochemical assay in all them. Strain BE AR 633512 caused more intense tissue damage showing increases virulence and pathogenicity than BE AR 8033 strain. The genetic analysis of the N, Gn and Gc genes revealed that for N and Gn genes, the BE AR 8033 and prototype strain (TRVL 9375) are genetically more closed related, and for the Gc gene, the BE AR 8033 and BE AR 633512 strains are more related. BE AR 633512 strain showed increased genetic variability, mainly in the Gn gene, were several aminoacid changes were observed, but the Gc mutations should be responsible for the increased virulence for hamsters.

Orientador: Robert Boyd Harrison / Coorientador: Iraê Amaral Guerrini / Banca: Maria Inês Zanoli Sato / Banca: Ferando Carvalho de Oliveira / Resumo: Dentro do contexto agrícola, o setor florestal se destaca como candidato potencial para a utilização de resíduos orgânicos urbanos devido a diversas particularidades que têm a incorporação de matéria orgânica como uma fonte de benefícios. O lodo de esgoto sanitário pode conter diversos agentes patogênicos, como ovos de helmintos, bactérias, vírus, protozoários e fungos, o que passou a restringir sua aplicação no solo em alguns países. No Brasil, a Resolução CONAMA nº 375 de 30 de agosto de 2006 surgiu após vários anos de discussão envolvendo os riscos aceitáveis quanto ao uso do lodo de esgoto na agricultura e estabelece limites máximos para concentração de patógenos em lodos a serem aplicados no solo. Os principais estudos envolvendo o tempo de sobrevivência de agentes patogênicos em solos fertilizados com lodo de esgoto foram realizados na América do Norte e Europa, o que deixa as regiões tropicais em posição desfavorável devido à escassez de informações específicas. No presente estudo, foi avaliado o tempo de persistência de ovos viáveis de Ascaris spp, coliformes termotolerantes, Salmonella spp e enterovírus em solo cultivado com Eucalyptus e fertilizado com lodo de esgoto sanitário em área localizada no município de Avaré - SP, seguindo-se o método de análise desenvolvido pela Agência Ambiental Americana (USEPA) e adotado pela Resolução CONAMA nº375/2006. Foram aplicados na superfície do solo dois tipos de lodo de esgoto, sendo o primeiro proveniente da Estação de Tratamento de Esgotos de Jundiaí, com baixo índice patogênico, e o segundo proveniente da Estação de Tratamento de Esgotos de Taubaté, com alto índice patogênico. Os tempos médios estimados para a sobrevivência de coliformes termotolerantes foram, 54 e 93 semanas para o lodo de Jundiaí e o de Taubaté, respectivamente. Devido aos picos de aumento e diminuição observados ... / Abstract: The application of sewage sludge on agricultural land has been considered the most suitable practice for final disposal of this organic waste daily generated in large quantities in urban areas. Within the agriculture context, the forestry sector stands out as potential candidate for the use of organic waste due to several peculiarities that have the incorporation of organic matter as a source of benefits. The sewage sludge contains many pathogens such as helminth ova, bacteria, viruses, protozoa and fungi, which restrict your application on soil in some countries. In Brazil, the CONAMA Resolution nº. 375/2006, came out after several years of discussion involving acceptable risks for the use of sewage sludge in agriculture and established maximum limits for pathogens concentration in sludge to be applied on soil. The main studies involving the survival time of pathogens in soils fertilized with sewage sludge were conducted in North America and Europe, making the tropical regions at a disadvantage due to the lack of specific information. The present study evaluated the persistence of viable Ascaris spp ova, fecal coliforms, Salmonella spp and enteroviruses in soil cultivated with Eucalyptus and fertilized with sewage sludge in an area located in the city of Avare, State of Sao Paulo, Brazil, following the method developed by the United States Environmental Protection Agency (USEPA) and adopted by CONAMA Resolution nº 375/2006. Two different sewage sludge were applied on soil surface, one from Sewage Treatment Plant of Jundiai and other from Sewage Treatment Plant of Taubate. The average time estimated for fecal coliform's survival were 54 and 93 weeks for Jundiai and Taubate sludge, respectively. Because of ... / Mestre