Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2012. / Submitted by Elna Araújo (elna@bce.unb.br) on 2012-09-19T01:50:49Z No. of bitstreams: 1 2012_MilenaMendoncadosSantos.pdf: 1569973 bytes, checksum: 167abd0f590966cd21423a1704f4fe50 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2012-09-19T11:00:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_MilenaMendoncadosSantos.pdf: 1569973 bytes, checksum: 167abd0f590966cd21423a1704f4fe50 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-09-19T11:00:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_MilenaMendoncadosSantos.pdf: 1569973 bytes, checksum: 167abd0f590966cd21423a1704f4fe50 (MD5) / A celulite aviária é considerada uma das principais causas de condenação de carcaças de frangos de corte no Brasil e em outros países. O objetivo deste trabalho foi identificar as lesões de celulite de acordo com o Serviço de Inspeção Federal responsável pelo abatedouro frigorífico localizado no Estado de Goiás, realizar o isolamento microbiológico das lesões de celulite aviária, verificar o perfil de resistência antimicrobiana através da realização de antibiograma e promover uma pesquisa de genes de resistência antimicrobiana através da reação em cadeia da polimerase. Foram analisadas 25 amostras de lesões de celulite aviária, das quais foram isoladas 30 cepas bacterianas, sendo 11 (37%) cepas de Escherichia coli, 9 (30%) cepas de Staphylococcus epidermidis, 7 (23%) cepas de Proteus mirabillis e 3 (10%) cepas de Manheimia haemolytica. O teste de susceptibilidade antimicrobiana demonstrou que todas as cepas bacterianas isoladas apresentaram resistência a pelo menos um antimicrobiano, das quais todas (100%) as cepas de E.coli e Proteus mirabillis foram resistentes à penicilina, eritromicina e espiramicina, 8 (88,89%) cepas de Staphyloccocus epidermidis foram resistentes à penicilina e ampicilina. Duas cepas de E. coli (18,19%) e duas de P. mirabillis (14,29%) e uma cepa de S. epidermidis (11,11%) foram resistentes ao cloranfenicol. Foram detectados os genes de resistência antimicrobiana tet(B) em cepas de E. coli, P. mirabilli e S. epidermidis, sendo este o mais encontrado, seguido pelo Sul1 detectado em todas as espécies bacterianas identificadas, tet(A) em cepas de E. coli e S. epidermidis, SHV em cepas de E. coli. P. mirabillis e S. epidermidis, tet(C) em uma cepa de Manheimia haemolytica e cat1 em uma cepa de P. mirabillis. O isolamento de cepas bacterianas com resistência antimicrobiana em lesões de celulite aviária, observados neste estudo tanto no teste de antibiograma como na detecção de genes de resistência, sugerem um possível problema para a saúde pública, devido à capacidade que esses microrganismos apresentam de transmitir genes de resistência antimicrobiana para outros microrganismos presentes na microbiota intestinal de humanos e animais, podendo inviabilizar o uso destas drogas para uso clínico. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The avian cellulitis is considered a major cause of condemnation of carcasses of broiler chickens in Brazil and other countries. The objective of this study was to identify lesions of cellulitis according to the Federal Inspection Service responsible for the slaughterhouse located in the State of Goiás, perform the microbiological isolation of avian cellulitis lesions, to verify the antimicrobial resistance profile by antibiogram test and promote research of antimicrobial resistance genes by polymerase chain reaction. A total of 25 samples of avian cellulitis lesions were analyzed, from which 30 bacterial strains were isolated. There were eleven (37%) strains of Escherichia coli, nine (30%) strains of Staphylococcus epidermidis, seven (23%) strains of Proteus mirabillis and three (10%) strains of Manheimia haemolytica. The antibiogram test showed that all strains were resistant to at least one antimicrobial. All strains of E.coli and P. mirabilis were resistant to penicillin, erythromycin and spiramycin, eight (88.89%) strains of Staphylococcus epidermidis were resistant to penicillin and ampicillin. Two strains of E. coli (18.19%), two strains of P. mirabilis (14.29%) and one strain of S. epidermidis (11.11%) were resistant to chloramphenicol. We detected genes of antimicrobial resistance as tet(B) in strains of E. coli, S. epidermidis and P. mirabillis, the latter being the most observed gene. Genes of antimicrobial resistance Sul1 were detected in all bacterial species, tet(A) in strains of E. coli and S. epidermidis , SHV in strains of E. coli, S. epidermidis and P. mirabillis, tet(C) in one strain of Manheimia haemolytica and cat1 in one strain of Proteus mirabillis. The results obtained in this work suggest a potential problem for public health, due the ability of this microorganisms to transmit genes of the antimicrobial resistance to other microorganisms presents in the intestinal tract of humans and animals, which may affect the usage of these drugs for clinical-medical treatment.

Submitted by Ana Caroline Costa (ana_caroline212@hotmail.com) on 2018-11-30T18:44:39Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thaylla Horbylon Nascimento - 2017.pdf: 2748481 bytes, checksum: 12679d6d81f935cee0a82be36ee7480a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-12-03T13:14:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thaylla Horbylon Nascimento - 2017.pdf: 2748481 bytes, checksum: 12679d6d81f935cee0a82be36ee7480a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-12-03T13:14:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thaylla Horbylon Nascimento - 2017.pdf: 2748481 bytes, checksum: 12679d6d81f935cee0a82be36ee7480a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-12-12 / Outro / Paracoccidioides comprises the genus of fungi causing paracoccidioidomycosis. The research of new treatments, especially those based on inhibition of metabolic pathways important for microorganisms has gained prominence and the aspartate pathway, necessary for the biosynthesis of threonine, isoleucine and methionine in microorganisms, is not found in humans. Catalyzing the second step of this pathway, we found aspartate semialdehyde dehydrogenase (ASADH), which has not yet been characterized in Paracoccidioides spp. and has no substituents in its catalytic function in the aspartate pathway. Thus, it is of interest the determination of its biological properties experimentally that their biological properties be determined experimentally. ASADH from Pb18 was cloned into vector pGEX-4T3, expressed in E. coli Stellar cells and purified on a glutathione-sepharose column. Then, antibodies were produced and used in Western blot assay to confirm protein expression. The pull-down-GST assay was performed and allowed the identification of complexes of interactions between ASADH and soluble proteins present in total protein extract of the yeast form of Pb18. Interactions with proteins of several functional categories, among them those related to the metabolism of threonine, isoleucine and methionine, were found, reinforcing the performance of ASADH in the amino acid biosynthesis of Pb18, as well as proteins related to substrate supply to the aspartate pathway and proteins that use metabolites of this pathway. Interactions with proteins involved in other metabolic pathways were also observed, as well as unprecedented interactions, suggesting the importance of ASADH in the functional processes of microorganisms. / Paracoccidioides compreende o gênero de fungos causadores da paracoccidioidomicose. A pesquisa de novos tratamentos, sobretudo aqueles baseados em inibição de vias metabólicas importantes para micro-organismos, tem ganhado destaque e a via do aspartato não é encontrada em humanos. A via do aspartato é necessária para a síntese de treonina, isoleucina e metionina. Catalisando o segundo passo dessa via, encontramos a aspartato semialdeído desidrogenase (ASADH), que ainda não foi caracterizada em Paracoccidioides spp. e não possui substituintes em sua função catalítica na via do aspartato. Assim, é de interesse que suas propriedades biológicas sejam determinadas experimentalmente. A ASADH proveniente de Pb18 foi clonada em vetor pGEX-4T3, expressa em células E. coli Stellar e purificada em coluna de glutationa-sefarose. Em seguida, anticorpos foram produzidos e utilizados em ensaio de Western-blot para confirmar a expressão proteica. O ensaio de pull-down-GST foi realizado e permitiu a identificação de complexos de interações entre a ASADH e proteínas solúveis presentes em extrato proteico total da forma de levedura de Pb18. Foram encontradas interações com proteínas de diversas categorias funcionais, dentre elas relacionadas ao metabolismo de treonina, isoleucina e metionina, reforçando a atuação da ASADH na biossíntese de aminoácidos de Pb18, bem como proteínas relacionadas ao fornecimento de substrato para a via do aspartato e proteínas que utilizam os metabólitos dessa via. Também foram observadas interações com proteínas envolvidas em outras vias metabólicas, assim como interações inéditas, sugerindo a importância de ASADH nos processos funcionais de micro-organismos.

Manguezais são ecossistemas costeiros que ocorrem na transição entre os ambientes terrestres e marinhos, ao longo das regiões tropicais e subtropicais, sofrendo influência direta do regime das marés. A comunidade microbiana diversificada é fundamental para a ocorrência da ciclagem de nutrientes e, portanto, manutenção da biodiversidade faunística e florística nestes ambientes. As actinobactérias correspondem um grupo heterogêneo de bactérias filamentosas, que naturalmente habitam o solo, adaptam-se às diversas condições do ambiente, produzem antibióticos e são capazes de colonizar a rizosfera e tecidos internos das plantas. Neste trabalho foi possível observar a diversidade de actinobactérias rizosféricas isoladas nos manguezais de Cananéia e Bertioga SP; avaliar a produção de metabólitos secundários antifúngicos desses microrganismos; analisar o perfil químico dos extratos orgânicos das actinobactérias por espectrômetro de massas, seguidos de avaliação dos constituintes químicos desses extratos por cromatografia em camada delgada e coluna preparativa para separação dos mesmos, onde após os bioensaios com as frações ativas, foi determinado a concentração inibitória mínima dessas frações. / Mangroves are coastal ecosystems which occur in the areas of transition between marine and terrestrial environments throughout the tropical and subtropical regions, suffering direct tide influence. The diverse microbial communities are important to the nutrient cycling occurrence and consequently to the maintenance of these environments fauna and flora biodiversity. The Actinobacteria are a heterogeneous group of filamentous bacteria that naturally inhabit the soil. They can easily adapt to different environmental conditions, producing antibiotics and colonizing the rhizosphere and plants internal tissues. This study aims were: to allow the assessment of the diversity of the diversity of rhizosphere Actinobacteria isolated from mangroves located in Cananeia and Bertioga, cities under the jurisdiction of Sao Paulo State; to evaluate the production of antifungal secondary metabolites of these microorganisms; to analyze the chemical profile of organic extracts of Actionobacteria by mass spectrometry, followed by the evaluation of the chemical components of theses extracts through thin-layer chromatography and preparative column for their separation. After this process minimum inhibitory concentration of the active fractions of the bioassays were determined.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de NÃvel Superior / BactÃrias do gÃnero Burkholderia apresentam como uma das suas aplicaÃÃes biotecnolÃgicas a capacidade de biodegradar compostos xenobiÃticos recalcitrantes. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo avaliar a capacidade da Burkholderia sp. SMF 07 tolerar e utilizar o fenol como Ãnica fonte de carbono e realizar a anÃlise proteÃmica desta bactÃria, em resposta ao fenol, com a finalidade de identificar proteÃnas diferencialmente expressas que estÃo relacionadas à biodegradaÃÃo do fenol, à resposta ao estresse ou ainda, que participem das vias metabÃlicas de produÃÃo de energia para as cÃlulas. A avaliaÃÃo da capacidade da Burkholderia sp. SMF 07 utilizar o fenol como Ãnica fonte de carbono foi realizada a partir na construÃÃo da curva de crescimento em meio mineral (BH). A fim de realizar a extraÃÃo das proteÃnas totais foi realizado o crescimento bacteriano em meio de cultivo TY (Triptone-Yeast Medium), suplementado ou nÃo com 1000 mg/L de fenol, incubado a 28ÂC. A extraÃÃo das proteÃnas totais foi feita apÃs as culturas atingirem o final da fase log do crescimento bacteriano (O.D entre 0,8 e 1,0 e 0,6 e 0,8, para as condiÃÃes controle e fenol, respectivamente). As proteÃnas foram quantificadas pelo mÃtodo de Bradford (1976) e a avaliaÃÃo da pureza das amostras proteicas foi realizada por SDS-PAGE. O mapa protÃico para cada condiÃÃo testada foi determinado a partir da eletroforese bidimensional (2-D). O ajuste das imagens dos gÃis bidimensionais, a detecÃÃo de spots protÃicos e a avaliaÃÃo dos dados para determinaÃÃo de variaÃÃes quantitativas e qualitativas dos spots foi feito pelo programa ImageMasterÂ. A identificaÃÃo das proteÃnas foi feita atravÃs do ExPASy Proteomics Server, utilizando os valores de pI e MW do spot. AtravÃs dos dados obtidos foi possÃvel observar proteÃnas diferencialmente expressas entre os grupos testados. Entre as proteÃnas que apresentaram expressÃo quantitativa aumentada na presenÃa do fenol destaca-se a 4-hidroxi-2-oxovalerato aldolase, uma enzima envolvida na via meta de degradaÃÃo do fenol. Entre aquelas que apresentaram expressÃo reduzida na presenÃa do fenol se destacam aquelas envolvidas na biossÃntese de nucleotÃdeos e de Ãcidos graxos, molÃculas importantes para o desenvolvimento e manutenÃÃo da estrutura microbiana. As proteÃnas que tiveram sua expressÃo inibida na presenÃa do fenol estavam envolvidas principalmente na biossÃntese de aminoÃcidos, proteÃnas, lipÃdeos, ubiquinona, purinas e pirimidinas; alÃm de participarem do processamento do RNAt, sÃntese do peptideoglicano e na resposta ao estresse. Em conclusÃo, o estudo mostrou que a Burkholderia sp. SMF 07 nÃo foi capaz de utilizar o fenol como Ãnica fonte de carbono, mas apresentou capacidade de tolerar o fenol quando cultivada em meio nutritivo nas concentraÃÃes testadas. AtravÃs da anÃlise proteÃmica concluiu-se que o poluente alterou a expressÃo de proteÃnas importantes para o metabolismo e manutenÃÃo da estrutura celular. / Bacteria of the genus Burkholderia have as one of its biotechnological applications the ability to biodegrade recalcitrant xenobiotic compounds. Thus, this study aimed to evaluate the ability of Burkholderia sp. SMF 07 tolerate and using phenol as the sole carbon source and performing proteomic analysis of this bacterium, in response to phenol, in order to identify differentially expressed proteins that are related to biodegradation of phenol, the stress response or metabolic pathways involving the production of energy for cells. The evaluation of the capacity of Burkholderia sp. SMF 07 using phenol as the sole carbon source was based on the construction of the curve of growth in mineral medium (BH). For extraction of total proteins was performed bacterial growth in culture medium TY (Triptone-Yeast Medium), supplemented or not with 1000 mg/L phenol, incubated at 28ÂC. The extraction of total proteins was done after the cultures reached the end of the log phase of bacterial growth (O.D between 0.8 and 1.0 and 0.6 and 0.8 for the control conditions and phenol, respectively). The proteins were quantified by the Bradford method (1976) and assessment of protein purity of the samples was performed by SDS-PAGE. The protein map for each tested condition was determined from two-dimensional electrophoresis (2-D). The adjustment of two-dimensional images of the gels, the detection of protein spots, and data evaluation to determine quantitative and qualitative changes of spots was made by the ImageMaster  software. The identification of proteins was performed using the ExPASy Proteomics Server, using the values of pI and MW of spot. Through the data obtained was observed differentially expressed proteins between the groups tested. Among the proteins that showed increased expression quantitative in the presence of phenol is highlight 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase, an enzyme involved in the degradation meta pathway phenol. Among those that showed decreased expression in the presence of phenol are highlights those involved in the biosynthesis of nucleotides and fatty acids, molecules important to the development and maintenance of microbial structure. Proteins which have inhibited its expression in the presence of phenol were mainly involved in the biosynthesis of amino acids, proteins, lipids, ubiquinone, purines and pyrimidines; beyond participate processing of tRNA, peptidoglycan synthesis, and in the stress response. In conclusion, the study showed that Burkholderia sp. SMF 07 not been able to utilize phenol as the sole carbon source but showed the ability to tolerate phenol when grown in nutrient medium at the concentrations tested. Through proteomic analysis was concluded that the pollutant alter the expression of proteins important for metabolism and maintenance of cellular structure.

Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / O tÃxon genÃrico Burkholderia apresenta grande diversidade metabÃlica, possibilitando que estas proteobactÃrias vivam numa variedade de habitats, dentre os quais destacamos o solo, Ãgua (incluindo Ãgua do mar), plantas, fungos, animais e atà mesmo seres humanos. Uma das aplicaÃÃes biotecnolÃgicas mais marcantes à a capacidade de promover a biodegradaÃÃo de poluentes. Assim, este estudo visou a identificaÃÃo do isolado de Burkholderia SMF 090, bem como a avaliaÃÃo do potencial na utilizaÃÃo da gasolina como fonte de carbono e a identificaÃÃo de vias metabÃlicas possivelmente envolvidas na degradaÃÃo dos componentes da gasolina atravÃs da realizaÃÃo de anÃlises proteÃmicas. A identificaÃÃo do isolado SMF 090 e anÃlise da filogenia molecular foi realizada pelo sequenciamento do gene 16S rRNA. Posteriormente, foram realizadas anÃlises de filogenia molecular e reconstruÃÃo de Ãrvores filogenÃticas com outras bactÃrias do gÃnero. Para a caracterizaÃÃo do perfil de crescimento do isolado SMF 090 foram realizadas curvas de crescimento em meio nutritivo (TY), meio sem fonte de carbono (BH), BH suplementado com gasolina comercial e BH suplementado com D-glicose. O estudo das proteÃnas diferencialmente expressas ocorreu atravÃs de eletroforese bidimensional, de espectrometria de massa e anÃlises de bioinfomÃtica. AtravÃs da anÃlise do 16S rDNA, sugeriu-se que SMF 090 està relacionada à Burkholderia sabiae Br3407 e ambos descendem de um ancestral comum recente. A bactÃria estudada foi capaz de crescer em meio mineral contendo gasolina como Ãnica fonte de carbono. Foi possÃvel observar proteÃnas diferencialmente expressas entre os grupos testados, as quais podem estar associadas ao metabolismo de degradaÃÃo de hidrocarbonetos. As anÃlises dos gÃis de 2DE e os dados de espectrometria de massas permitiram a identificaÃÃo de vÃrias proteÃnas das vias de catabolismo dos hidrocarbonetos aromÃticos monocÃclios e policÃclicos. Portanto, o estudo apresentou informaÃÃes relevantes sobre o metabolismo de Burkholdeiras como potenciais biodegradadoras de gasolina. / The generic taxon Burkholderia presents a high metabolic diversity that allows these protobacteria live in a wide range of habitats, among these are the soil, water (including sea water), plants, fungi, animals and even humans. A remarkable biotechnological application is the capacity to promote the pollutants biodegradation. Thus, this study aimed the identification of Burkhoderia SMF 090 isolate, as well the evaluation of its potential on the utilization of gasoline as a carbon source and the identification of metabolic pathways possibly involved in the degradation of gasoline on its components through realization of proteomic analysis. The identification of the SMF 090 isolate and the analysis of molecular phylogeny were carried out by 16S rRNA gene sequencing. In addition, the molecular phylogeny was analyzed and phylogenetic trees were reconstructed using other bacteria from the same genus. In order to characterize the growth pattern of SMF 090, bacterial growth curves were assessed using the media TY (a nutritive media), BH (a medium without carbon), BH plus commercial gasoline and BH plus D-glucose. The study of differentially expressed proteins was performed using bidimensional electrophoresis, mass spectrometry and bioinformatics analysis. After the 16S rRNA analysis was suggested that SMF 090 is related to Burkholderia sabiae Br3407 and both descended from a recent common ancestral. The strain grown in mineral media containing gasoline as the unique carbon source. Differentially expressed proteins were observed between the tested groups and these proteins may be associated to the metabolic degradation of hydrocarbons. The analysis of data provided by 2DE electrophoresis and mass spectrometry allowed the identification of various proteins related to the monocyclic and polycyclic aromatic hydrocarbons catabolism pathway. Therefore, this study showed relevant results about the growth of Burkholderia as a potential gasoline biodegradant.

Orientadores: Renata de Oliveira Mattos-Graner, Edgard Graner / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-10T08:12:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Negrini_ThaisdeCassia_M.pdf: 1172330 bytes, checksum: 91a509113d532e152ab6ac6d4232f85f (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Streptococcus mutans é o principal patógeno da cárie dentária. Antígenos (Ags) secretados ou associados à superfície celular de S. mutans participam deste processo e incluem a proteína ligante de glucano B (GbpB), a qual pode influenciar na susceptibilidade à infecção por S. mutans. Estudos recentes indicam que a expressão de antígenos de superfície reconhecida por fagócitos é controlada por sistemas de dois componentes (SDC) em espécies relacionadas a S. mutans. O objetivo deste projeto foi investigar o efeito de variações na produção de GbpB e a influência de dois SDC, Cov (de control of virulence) e Vic (de virulence control), no padrão de internalização de S.mutans por macrófagos de camundongos. Foram avaliadas 10 cepas clínicas distintas previamente caracterizadas quanto ao padrão de síntese de GbpB e quatro mutantes knock-out de dois SDC: dois mutantes covR- e dois mutantes vicH-. Para isto, macrófagos murinos da linhagem Balb/c foram cultivados em meio RPMI e expostos a diferentes cepas de S. mutans. Os níveis de internalização bacteriana por macrófagos foram determinados através da contagem de macrófagos com bactérias internalizadas, com auxílio de microscópio óptico. Os mecanismos de internalização foram caracterizados em ensaios semelhantes com macrófagos previamente tratados com inibidores específicos dos processos de fagocitose, macropinocitose e endocitose mediada por clatrina e em análises de microscopia eletrônica de transmissão. Não houve diferença estatisticamente significante nos níveis de internalização das cepas que variavam quanto à produção de GbpB. Os mutantes vicH- foram significativamente menos internalizados quando comparados às cepas selvagens e aos mutantes covR. As análises de MET e ensaios com inibidores de processos específicos de internalização indicam que, na ausência de opsoninas, S. mutans pode ser internalizado por diferentes mecanismos incluindo-se fagocitose, macropinocitose e endocitose mediada por clatrina. Esses dados poderão auxiliar na compreensão dos mecanismos de captação e processamento de S. mutans por células apresentadoras de antígenos e dos fatores que influenciam no padrão de resposta imune adaptativa a estes microrganismos / Abstract: Streptococcus mutans are the main pathogens of dental caries. Antigens (Ags) secreted or associated with the bacterial cell surface may influence in the susceptibility to infection by S. mutans. These include the virulence protein Glucan-binding protein B (GbpB). Recent studies indicate that the expression of surface antigens recognized by phagocytes is controlled by systems of two components (TCS, Two Component System) in several streptococci species. The objective of this project was to investigate the effect of variations in the production of GbpB and the influence of the two-component systems (TCS), Cov and Vic, in the pattern of internalization of S. mutans by macrophages from mice under the absence of opsonins. Thus, levels of bacterial internalization by macrophages were evaluated in 10 different clinical strains of S. mutans previously characterized regarding the patterns of GbpB production, and in four knockout mutants of the TCS, two covR- mutants and two vicH- mutants. To this purpose, murine macrophages of the lineage Balb/c were cultured in RPMI medium and exposed to different strains of S. mutans. The levels of macrophages with internalized bacteria were determined with the help of an optical microscope. Patterns of bacteria internalization were analyzed in similar assays using macrophages previously treated with inhibitors of specific mechanisms of internalization (phagocytosis, macropinocytosis and endocytosis mediated by clathrin) and by electron transmission microscopy (ETM) analyses. There was no statistically significant difference in the efficiency of internalization between the strains that differed regarding production of GbpB. The mutants vicH- was significantly less internalized when compared with the respective wild type strains and mutants covR-. Analyses with specific inhibitors and ETM indicated that S. mutans can be internalized by phagocytosis, macropinocytosis and endocytosis mediated by clathrin. These data may help to understand the mechanisms by which S. mutans is internalized and processed by antigen-presenting cells and the factors affecting patterns of adaptative immune response to these bacteria / Mestrado / Microbiologia e Imunologia / Mestre em Biologia Buco-Dental

Neste trabalho estudamos a competição cíclica entre três cepas da bactéria Escherichia coli. O modelo para esta competição consiste em um autômato celular estocástico com dois tipos distintos de vizinhança, utilizadas para reproduzir os resultados de um experimento biológico com e sem mistura dos indivíduos. Mostramos existir em tal modelo um novo fator determinante no resultado final da competição: o tamanho da rede utilizada nas simulações. Observamos duas fases no modelo, que dependem do tamanho da rede utilizado nas simulações, sendo cada fase caracterizada pela sobrevivência de uma cepa. Mostramos que tal dependência ´e um efeito robusto perante o uso de diferentes formas de interações de longo alcance, e que o tamanho de rede onde ocorre a passagem de uma fase para outra é alterado pelos parâmetros do modelo. Ao estudar sistematicamente as fases em função dos parâmetros associamos a dependência no tamanho da rede utilizada `a ocorrência de um período de quase-extinção da cepa vencedora na aproximação de campo médio. Tal período de quase-extinção é gerado precisamente pelo caráter cíclico da competição, o que sugere que ele pode ser uma característica geral de modelos de competição cíclica. Propomos neste trabalho uma nova abordagem para modelar tal competição utilizando equações diferencias parciais. No modelo proposto foi possível observar a coexistência das três cepas ao utilizar um coeficiente de difusão pequeno, que simula as interações locais do experimento biológico. Introduzimos mistura entre os indivíduos, que a partir de uma certa frequência gera a extinção de duas cepas conforme esperado. O modelo proposto pode ser aplicado a outras situações de interesse. / We study a competition model between three strains of the bacteria Escherichia coli. The model for this competition is a stochastic cellular automata with two different neighbourhoods, which reproduces very well the effect that the use of mixture has over the final outcome of the competition. Here we show a new factor responsible for determining the final outcome of competition: the lattice size. We observed two different phases in the model, which depends on the lattice size used in simulations, each phase represents the surviving of one strain. We showed that such dependence related to the lattice size is a robust effect when we used different long-range interactions, and that the lattice size where its change from one phase to another one is strongly affected by the competition parameters. When we studied the phase dependence in function of competition parameters, we associated its occurrence to a quasi-extinction period of the winner strain in the mean field approximation. Such quasi-extinction period is generated by the cyclic nature that this competition presents, which suggest that it can be a general feature of cyclic competition models. We also propose a new model based on partial differential equations to describe cyclic competition. Under local interactions, our model predicts coexistence of the three strains when it has a small diffusion coefficient, that simulates the local interactions in the biological experiment. We also implemented a mixture process between the individuals, that above one frequency generates the extinction of two strain as it was expected. The new model proposed can be applied to describe other interest situations.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2016-06-30T12:09:30Z No. of bitstreams: 1 Clayton Albuquerque de Souza .pdf: 989506 bytes, checksum: 69714a0fd3c1b84ee85d4ef8c32cf324 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-30T12:09:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Clayton Albuquerque de Souza .pdf: 989506 bytes, checksum: 69714a0fd3c1b84ee85d4ef8c32cf324 (MD5) Previous issue date: 2010-02-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Soil microorganisms directly affect fertility and plant yield. Among these, inorganic phosphate solubilizers enhance phosphorus availability, and may increase phosphorus fertilizers efficiency. This work aimed to select inorganic phosphorus solubilizing bacteria as potential plant growth promoters. On the first stage, previously obtained isolates, from leaves and roots of sugarcane cultivated in Pernambuco, were tested in solid culture media with different phosphorus sources. On the second stage, three of the most solubilizing isolates, three of the least solubilizing, one considered as non-solubilizer, and a reference strain of Pseudomonas fluorescens (R-243) were tested in two liquid culture media to evaluate pH change and P solubilization over time. These isolates, and absence of inoculation, were tested in Leonard jars high and low solubility phosphorus sources, using cowpea as an indicator plant. At harvest, 44 days after planting, shoot dry mass, soluble phosphorus content on the substrate and phosphorus content on the shoot, and total shoot phosphorus were evaluated. Media composition, both for solid and liquid media, affected phosphorus solubilization ability of the endophytic bacteria. As isolates considered as low solubilizers in solid media, based on a semi-quantitative evaluation, presented high solubilization potential in liquid media, based on aquantitative determination, this evaluation system may be considered as more reliable for isolate selection. This solubilization was not directly related only to pH lowering, since different strains which lowered the media pH to the same point, had different soluble phosphorus yields. Isolates UAGC 17, 19 and 65 were the strongest solubilizers in culture media, but did not show the same efficiency when inoculated in cowpea. / Os microrganismos do solo influenciam diretamente a fertilidade e a produtividade vegetal. Dentre estes, os solubilizadores de fosfato inorgânico aumentam a disponibilidade do fósforo e podem aumentar a eficiência de fertilizantes fosfatados. Este trabalho visou selecionar bactérias solubilizadoras de fosfato inorgânico como potencial promotoras de crescimento vegetal. Na primeira etapa, isolados previamente obtidos, a partir de folhas e raízes de cana de açúcar cultivada no Estado de Pernambuco, foram testados em meios de cultura sólidos com diferentes fontes de fósforo. Na segunda etapa, três dos isolados mais solubilizadores, três considerados pouco solubilizadores, um isolado não solubilizador, e uma estirpe padrão Pseudomonas fluorescens (R-243) foram testados em dois meios de cultura líquidos para avaliar modificação do pH e solubilização de P ao longo do tempo. Os mesmos isolados, além da ausência de inoculação, foram testados em vasos de Leonard com fontes de fósforo de alta e baixa solubilidade, utilizando feijão caupi como planta indicadora. Na colheita, aos 44 dias após o plantio, foi avaliada a massa seca da parte aérea, o teor de fósforo solúvel no substrato e na parte aérea e o conteúdo de fósforo na parte aérea. A composição do meio, tanto sólido quanto líquido, influenciou na capacidade de solubilização de fosfato pelas bactérias endofíticas. Como isolados considerados pouco solubilizadores em meio sólido,baseado em avaliação semi-quantitativa, apresentaram alto potencial de solubilização no meio líquido, com base em determinação, podemos considerar que o meio líquido apresenta resultados mais confiáveis para a seleção de isolados. Esta solubilização não está diretamente relacionada apenas com a redução do pH, já que diferentes isolados, que baixaram o pH para o mesmo ponto, apresentaram diferentes solubilizações de P. Os isolados UAGC 17, 19 e 65 foram os solubilizadores mais fortes em meio de cultura, porém não demonstraram a mesma eficiência quando inoculados em feijão caupi.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_otavio_martins_cruz.pdf: 364672 bytes, checksum: 4c494367518aef716a4090f1f8e5da0e (MD5) Previous issue date: 2012-10-25 / The spontaneous abortion (SA) is characterized as a loss of fetal product before 20 weeks of gestation and its etiology has not completely understood. Numerous studies have shown that polymorphisms in the gene of the enzyme metilenotetrahydrofolate reductase (MTHFR) are involved in susceptibility to AE. Then, the present study was conducted to evaluate the polymorphisms 677C>T and 1298A>C MTHFR gene and their associations in susceptibility to spontaneous abortion in a sample of women in the South of Brazil in a casecontrol approach. Ninety-eight women with SA (cases) and two hundred and twenty-seven healthy women with no history of miscarriage (controls) were studied. Genotyping of MTHFR677C>T and MTHFR1298A>C polymorphisms were analyzed by allele discrimination with TaqMan® pre-designed probes in Real Time PCR. The results showed that there was not difference in the distribution of allelic and genotypes frequencies of MTHFR677C>T and MTHFR1298A>C SNPs between cases and control group. It was observed an increase in the risk of SA in relation to genotype THFR1298CC when compared to genotype MTHFR1298AA (RR: 1,13 95%CI: 1,04; 1,23; p=0.02). Moreover, the classification of the type of abortion is different between genotypes of MTHFR1298A>C polymorphism (p = 0.03). In the control group, non-electron carriers of 677T allele have a higher number of pregnancies than women 677T (p = 0.04). The results presented in our work suggests that the CC genotype of polymorphism MTHF1298A > C is associated with increased risk of SA. However, the polymorphism MTHFR677C>T is not involved in the occurrence of miscarriage in studied population. / O aborto espontâneo (AE) é caracterizado como a perda do produto fetal antes de 20 semanas de gestação e sua etiologia não é completamnete esclarecida. Inúmeros estudos têm demonstrado que polimorfismos no gene da enzima metilenotetraidrofolato redutase (MTHFR) estão envolvidos na susceptibilidade ao AE. Dessa forma, o presente trabalho foi realizado com o objetivo de avaliar os polimorfismos 677C>T e 1298A>C do gene da MTHFR e suas associações na susceptibilidade ao aborto espontâneo em uma amostra de mulheres do Sul do Brasil em uma abordagem de caso-controle. Noventa e oito mulheres com AE (casos) e duzentas e vinte sete mulheres saudáveis e sem histórico de aborto espontâneo (controles) foram estudadas. A genotipagem dos polimorfismos MTHFR677C>T e MTHFR1298A>C foi analisada através da técnica de discriminação alélica com uso de sondas pré-desenhadas TaqMan® por PCR em tempo real. Os resultados mostraram que não houve diferença na distribuição das frequências dos alelos e dos genótipos dos SNPs MTHFR677C>T e MTHFR1298A>C entre os casos e o grupo controle. Foi observado um aumento do risco de AE em relação ao genótipo MTHFR1298CC quando comparado ao genótipo MTHFR1298AA (RR: 1,13 95%IC: 1,04; 1,23; p=0.02). Além disso, a classificação do tipo de aborto é diferente entre os genótipos do polimorfismo MTHFR1298A>C (p = 0,03). No grupo controle, mulheres não-carreadoras do alelo 677T apresentam um maior número de gestações do que mulheres 677T (p = 0,04). Os resultados apresentados neste trabalho sugerem que o genótipo CC do polimorfismo MTHF1298A>C é associado ao aumento do risco do AE, entretanto, em nossa população, o polimorfismo MTHFR677C>T não está envolvido na ocorrência do aborto espontâneo.

O emprego de enzimas lignocelulolíticas secretadas por microrganismos para a produção de etanol de segunda geração tem motivado pesquisas na área da engenharia de processos fermentativos, genômica e secretômica. Entre os microrganismos com potencial para a produção de celulases destacam-se variantes genéticos do fungo filamentoso Penicillium echinulatum caracterizados por produzirem altos títulos enzimáticos. Neste trabalho, estudouse a secretômica da linhagem selvagem 2HH e do mutante S1M29 de P. echinulatum, em cultivo submerso, empregando diferentes fontes de carbono: glicose, glicerol, celulose e bagaço de cana-de-açúcar pré-tratado por explosão a vapor. Análises enzimáticas possibilitaram identificar que P. echinulatum produz celulases, hemicelulases, esterases e, em menor proporção, pectinases e amilases. Outrossim, os maiores títulos enzimáticos para a maioria das enzimas foram verificados na linhagem mutante. Nos meios formulados com bagaço de cana-de-açúcar ou celulose verificou-se a indução das maiores produções enzimáticas para ambas as linhagens. A análise do secretoma por 1D-PAGE seguido de LCMS/ MS das amostras de 96 horas de cultivo permitiu identificar que em ambas as linhagens há predominância de enzimas CAZy, sendo celulases, hemicelulases e enzimas degradadoras de parede celular fúngica as mais predominantes. Celobiohidrolases, endoglicanases, β-glicosidases, xilanases, β-xilosidases e mananases foram identificadas e, em quantidades menores, ligninases, pectinases, amilases, esterases e solenina, entre outras proteínas (adesão, chaperonas, oxidoredutases, proteases, peptidases, lipases, glutaminases e hipotéticas). Os meios elaborados com glicose ou glicerol foram utilizados pelo fungo para a produção de amilases, ligninases e enzimas degradadoras da parede celular fúngica. Destaca-se a secreção 2 a 3 vezes maior de celulases pela linhagem mutante, sendo que o meio de cultivo elaborado com bagaço de cana-de-açúcar proporcionou a secreção de maiores quantidades de celulases para o mutante. Nesta condição, o complexo celulolítico da linhagem S1M29 constitui-se de 55% de celobiohidrolases, 38% de endoglicanases e 1% de β-glicosidases. Estes dados sugerem que durante o melhoramento genético do fungo ocorreram mudanças, embora não direcionais, possivelmente em nível da regulação da expressão gênica, modificações póstraducionais e alterações na capacidade para secretar proteínas extracelulares que tornaram a linhagem mutante S1M29 com potencial para ser empregada na hidrólise de lignocelulósicos. / The use of lignocellulolytic enzymes secreting by microorganisms for the production of second-generation ethanol has motivated research in the field of fermentation processes engineering, genomics and secretomics. Among the microorganisms with the potential for cellulases production are genetic variants of the filamentous fungus Penicillium echinulatum characterized by produce high enzymatic titers. In this work, it was studied the secretome of the wild type 2HH and mutant S1M29 of P. echinulatum in submerged cultivation on different carbon sources: glucose, glycerol, cellulose and sugar cane bagasse pretreated by steam explosion). Enzymatic analysis allowed verifying that P. echinulatum produces cellulases, hemicellulases, esterases, and minor proportion, pectinases and amylases. Furthermore, the major enzymes titers for most enzymes dosed were verified in the mutant strain. It was verified in the media formulated with sugar cane bagasse or cellulose the induction of the highest enzyme production for both strains. The analysis of secretome by 1DPAGE followed by LC-MS/MS, of samples collected at 96 hours of cultivation, showed that in both strains there is a predominance of CAZy enzymes, being cellulases, hemicellulases and fungal cell wall degrading enzymes the most prevalent. Cellobiohydrolases, endoglucanases, β-glucosidase, xylanase, endoxylanase, β-mannanases and xylosidases were identified and, in smaller amounts, ligninases, pectinases, amylases, esterases and swollenin, among other proteins (adhesion, chaperones, oxidoreductases, proteases, peptidases, lipases, glutaminases and hypothetical). The media elaborated with glucose or glycerol were used for producing of amylases, ligninases and fungal cell wall degrading enzymes. Highlights the secretion of 2-3 times more cellulases by the mutant, being the medium prepared with sugar cane bagasse afforded the secretion of large cellulases quantities for the mutant. In this condition, the cellulolytic complex of S1M29 strain consists of 55% cellobiohydrolases, 38% endoglucanases and 1% β-glucosidase. These data suggest that during the genetic improvement of the fungus changes occurred, although not directional, possibly at the level of regulation of gene expression, post-translational modifications and changes in the ability to secrete extracellular proteins, that have made the mutant S1M29 a potential strain to be employed in hydrolysis of lignocellulose.