Protozoários do gênero Acanthamoeba estão entre os organismos de vida-livre mais abundantes sendo encontrados em uma ampla gama de ambientes naturais como água, solo, poeira, vegetais, hospitais, sistemas de ventilação e esgotos. Algumas espécies de Acanthamoeba são consideradas patógenos oportunistas e têm sido associadas a infecções cutâneas, queratite, encefalite granulomatosa amebiana (EGA) e a outras afecções em menor frequência. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a presença de Acanthamoeba em áreas comunitárias de unidades acadêmicas e hospitalares, assim como determinar o risco potencial dos isolados. Amostras foram coletadas em dois hospitais e duas universidades do Rio Grande do Sul, Brasil. As amebas foram isoladas e caracterizadas utilizando métodos morfológicos, fisiológicos e genéticos. Além disso, a variação e a especificidade de proteases extracelulares foram determinadas por análise de zimogramas. A detecção e isolamento de amebas em amostras clínicas e ambientais envolve a amostragem e cultura em meio ágar não nutriente. Apesar de eficiente, este sistema requer diversas passagens visando eliminar contaminantes e não é apropriado para o isolamento de amebas individuais de amostras biodiversas. Para solucionar este problema foi desenvolvido um método alternativo que envolve amostragem, enriquecimento, indução de encistamento e micromanipulação de cistos e cultura direta em placas de ágar não nutriente. Utilizando os métodos convencional e alternativo, 429 amostras de áreas comunitárias de hospitais e universidades foram avaliadas mostrando alta prevalência de Acanthamoeba tanto em ambientes secos (13,77%) como úmidos (19,29%). A maior parte dos isolados (77,4%) foram classificados dentro do grupo II, o qual inclui a maioria das espécies patogênicas. Os isolados apresentaram tolerância à temperatura e pH, assim como resistência a desinfetantes, características que devem contribuir para a sobrevivência e proliferação de Acanthamoeba em ambientes fechados, aumentado o risco de contaminação das pessoas. Como as proteases extracelulares são consideradas um dos mais importantes fatores de patogenicidade das amebas de vida-livre, dez isolados foram avaliados quanto à atividade, padrão e especificidade de proteases. Análise com azocaseina mostrou variação significativa na atividade proteolítica volumétrica e específica dos distintos isolados, independente do “status” patogênico e não patogênico das espécies. Zimogramas em géis copolimerizados com gelatina mostraram três padrões de bandas em isolados de A. castellanii, e perfis particulares para as outras espécies. Todas as proteases secretadas por A. castellanii, A. pearcei e A. healyi foram caracterizadas como serino proteases, enquanto apenas cisteino e metaloproteases foram identificadas em A. astronyxis. Algumas proteases extracelulares apresentaram importante atividade sobre gelatina, fibrinogênio e γ-globulina, e podem estar implicadas na patogenicidade de Acanthamoeba e na resposta do hospedeiro. / Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-06-17T12:28:43Z No. of bitstreams: 1 Tese Janice Zanella.pdf: 1619712 bytes, checksum: 484e08f82e76e04aeafee41542e1e2ac (MD5) / Made available in DSpace on 2014-06-17T12:28:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Janice Zanella.pdf: 1619712 bytes, checksum: 484e08f82e76e04aeafee41542e1e2ac (MD5) / Protozoa of the genera Acanthamoeba are one of the most abundant free-living organisms. This microrganisms are found in a wide variety of natural habitats including water, soil, dust, vegetables, hospital units, ventilation areas and sewage. Some species of Acanthamoeba are considered opportunistic pathogens, and have been associated with cutaneous infections, keratitis, granulomatous amoebic encephalitis (GAE), among other less frequent diseases. The aim of this study was to evaluate the presence of Acanthamoeba in community areas of academic and hospital units, and to determine their potential risk. Samples were collected from two hospitals and two universities of Rio Grande do Sul, Brazil. Amoebas were isolated and characterized using morphological, physiological and genetic methods. Additionally, extracellular proteases variation and specificity was determined by zymogram analysis. The conventional detection and isolation of amoeba from clinical and environmental samples involves sampling and culture on non-nutrient Agar medium. Although efficient, this system requires several transfers in order to eliminate contaminants, and is not appropriate for the isolation of individual amoeba from samples with a biodiverse community. To solve this problem we developed an alternative method that involves sampling, enrichment, encystment induction, and direct cysts micromanipulation and culture on Agar plates. Using the conventional and alternative method, 429 samples from community areas of hospitals and universities were evaluated showing high prevalence of Acanthamoeba in both dry (13.77%) and humid (19.29%) environments. Most of this isolates (77.4%) were classified within group II, which includes the great majority of pathogenic species. Isolates exhibited temperature and pH tolerance, as well as resistance to disinfectants. These characteristics may contribute for the maintenance and proliferation of Acanthamoeba in the indoor environments, increasing the risk of people contamination. As extracellular proteases are considered one of the most important pathogenic factors of free-living amoeba, ten isolates were evaluated to determined proteases activity, patterns and specificity. Azocasein assays showed significant variation on the overall and specific protease activity in Acanthamoeba-conditioned media, independently of the pathogenic or nonpathogenic status of the species. The zymographic assays on gelatin co-polymerized gels showed three banding patterns for A. castellanii isolates, and specific profiles for other species. All the proteases secreted by A. castellanii, A. pearcei, and A. healyi were characterized as serine proteases, but only cisteine and metalloproteases were identified in A. astronyxis. Some extracellular proteases exhibited important activity on gelatin, fibrinogen and γ-globulin, and may be implicated in Acanthamoeba pathogenicity and host response.

O emprego de enzimas lignocelulolíticas secretadas por microrganismos para a produção de etanol de segunda geração tem motivado pesquisas na área da engenharia de processos fermentativos, genômica e secretômica. Entre os microrganismos com potencial para a produção de celulases destacam-se variantes genéticos do fungo filamentoso Penicillium echinulatum caracterizados por produzirem altos títulos enzimáticos. Neste trabalho, estudouse a secretômica da linhagem selvagem 2HH e do mutante S1M29 de P. echinulatum, em cultivo submerso, empregando diferentes fontes de carbono: glicose, glicerol, celulose e bagaço de cana-de-açúcar pré-tratado por explosão a vapor. Análises enzimáticas possibilitaram identificar que P. echinulatum produz celulases, hemicelulases, esterases e, em menor proporção, pectinases e amilases. Outrossim, os maiores títulos enzimáticos para a maioria das enzimas foram verificados na linhagem mutante. Nos meios formulados com bagaço de cana-de-açúcar ou celulose verificou-se a indução das maiores produções enzimáticas para ambas as linhagens. A análise do secretoma por 1D-PAGE seguido de LCMS/ MS das amostras de 96 horas de cultivo permitiu identificar que em ambas as linhagens há predominância de enzimas CAZy, sendo celulases, hemicelulases e enzimas degradadoras de parede celular fúngica as mais predominantes. Celobiohidrolases, endoglicanases, β-glicosidases, xilanases, β-xilosidases e mananases foram identificadas e, em quantidades menores, ligninases, pectinases, amilases, esterases e solenina, entre outras proteínas (adesão, chaperonas, oxidoredutases, proteases, peptidases, lipases, glutaminases e hipotéticas). Os meios elaborados com glicose ou glicerol foram utilizados pelo fungo para a produção de amilases, ligninases e enzimas degradadoras da parede celular fúngica. Destaca-se a secreção 2 a 3 vezes maior de celulases pela linhagem mutante, sendo que o meio de cultivo elaborado com bagaço de cana-de-açúcar proporcionou a secreção de maiores quantidades de celulases para o mutante. Nesta condição, o complexo celulolítico da linhagem S1M29 constitui-se de 55% de celobiohidrolases, 38% de endoglicanases e 1% de β-glicosidases. Estes dados sugerem que durante o melhoramento genético do fungo ocorreram mudanças, embora não direcionais, possivelmente em nível da regulação da expressão gênica, modificações póstraducionais e alterações na capacidade para secretar proteínas extracelulares que tornaram a linhagem mutante S1M29 com potencial para ser empregada na hidrólise de lignocelulósicos. / Submitted by Ana Guimarães Pereira (agpereir@ucs.br) on 2015-02-12T12:51:30Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Willian Daniel Hahn Schneider.pdf: 2455680 bytes, checksum: 6b4ce5e7e2a0bd9fc7714d8979b4ee29 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-12T12:51:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Willian Daniel Hahn Schneider.pdf: 2455680 bytes, checksum: 6b4ce5e7e2a0bd9fc7714d8979b4ee29 (MD5) / The use of lignocellulolytic enzymes secreting by microorganisms for the production of second-generation ethanol has motivated research in the field of fermentation processes engineering, genomics and secretomics. Among the microorganisms with the potential for cellulases production are genetic variants of the filamentous fungus Penicillium echinulatum characterized by produce high enzymatic titers. In this work, it was studied the secretome of the wild type 2HH and mutant S1M29 of P. echinulatum in submerged cultivation on different carbon sources: glucose, glycerol, cellulose and sugar cane bagasse pretreated by steam explosion). Enzymatic analysis allowed verifying that P. echinulatum produces cellulases, hemicellulases, esterases, and minor proportion, pectinases and amylases. Furthermore, the major enzymes titers for most enzymes dosed were verified in the mutant strain. It was verified in the media formulated with sugar cane bagasse or cellulose the induction of the highest enzyme production for both strains. The analysis of secretome by 1DPAGE followed by LC-MS/MS, of samples collected at 96 hours of cultivation, showed that in both strains there is a predominance of CAZy enzymes, being cellulases, hemicellulases and fungal cell wall degrading enzymes the most prevalent. Cellobiohydrolases, endoglucanases, β-glucosidase, xylanase, endoxylanase, β-mannanases and xylosidases were identified and, in smaller amounts, ligninases, pectinases, amylases, esterases and swollenin, among other proteins (adhesion, chaperones, oxidoreductases, proteases, peptidases, lipases, glutaminases and hypothetical). The media elaborated with glucose or glycerol were used for producing of amylases, ligninases and fungal cell wall degrading enzymes. Highlights the secretion of 2-3 times more cellulases by the mutant, being the medium prepared with sugar cane bagasse afforded the secretion of large cellulases quantities for the mutant. In this condition, the cellulolytic complex of S1M29 strain consists of 55% cellobiohydrolases, 38% endoglucanases and 1% β-glucosidase. These data suggest that during the genetic improvement of the fungus changes occurred, although not directional, possibly at the level of regulation of gene expression, post-translational modifications and changes in the ability to secrete extracellular proteins, that have made the mutant S1M29 a potential strain to be employed in hydrolysis of lignocellulose.

Submitted by Ana Guimarães Pereira (agpereir@ucs.br) on 2017-09-19T11:20:09Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Janaina Iltchenco.pdf: 186842 bytes, checksum: 26e74b58e6b268b80b4eb7a29d0cf182 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-19T11:20:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Janaina Iltchenco.pdf: 186842 bytes, checksum: 26e74b58e6b268b80b4eb7a29d0cf182 (MD5) Previous issue date: 2017-09-19 / PETROBRAS, BIOGÁS, Brasil

Submitted by CAROLINA DE CASTRO BUENO null (carolcastrob@gmail.com) on 2017-10-25T14:00:16Z No. of bitstreams: 1 tese_final_vfc.pdf: 8972280 bytes, checksum: 5055ff52aeeb9ac9c279f4369aea6e72 (MD5) / Rejected by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br), reason: Solicitado pela Supervisora Técnica de Seção para que a aluna informe número de processo Fapesp nos agradecimentos. on 2017-10-30T15:11:21Z (GMT) / Submitted by CAROLINA DE CASTRO BUENO null (carolcastrob@gmail.com) on 2017-10-30T18:54:46Z No. of bitstreams: 1 tese_final_vfo.pdf: 8950227 bytes, checksum: ea7b69860b9836534db3e29482ba1418 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-11-06T18:24:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 bueno_cc_dr_soro.pdf: 8950227 bytes, checksum: ea7b69860b9836534db3e29482ba1418 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-06T18:24:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 bueno_cc_dr_soro.pdf: 8950227 bytes, checksum: ea7b69860b9836534db3e29482ba1418 (MD5) Previous issue date: 2017-09-04 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Todo produto agrícola interfere na situação termodinâmica de solos, afetando as interações entre solo-microorganismos-plantas. Biochar é definido como um material carbonáceo multifuncional que atua como condicionante/ fertilizante e eleva a qualidade de solos. Pode estar presente naturalmente em solos férteis ou produzido a partir da pirólise de resíduos agrícolas gerando produtos de maior valor agregado. A literatura destaca casos de sucesso de sua aplicação no solo e como material adsorvente de contaminantes orgânicos e inorgânicos. No entanto, poucas informações estão disponíveis sobre possíveis efeitos antagônicos do biochar aos microorganismos do solo e alterações diretas no desenvolvimento de plântulas. Visando entender interações do biochar no sistema solo-microorganismos-plantas, este trabalho objetivou identificar os efeitos de diferentes doses de biochar produzidos a partir de bagaço de cana-de-açúcar e palha de sabugo de milho na interação com nutrientes, desenvolvimento de fungos ligninolíticos, bactérias promotoras do crescimento de plantas e de plântulas de milho. Para tanto, as amostras de biochar foram produzidas por meio de pirólise em nove regimes de temperatura para compreender quais mudanças morfológicas e físico-químicas ocorrem na formação do biochar. Com o objetivo de preservar as interações multitróficas do solo, foram explorados os efeitos de diferentes doses de biochar no crescimento radial de micélios três diferentes espécies de fungos ligninolíticos: Bjerkandera adusta, Pleurotos ostreaus e Trametes versicolor. Foi encontrado um efeito dependente da espécie, onde as mesmas amostras de biochar podem causar toxicidade aguda e efeito aditivo no crescimento desses fungos. A espécie T. versicolor mostrou ser a espécie mais adaptada. Da mesma forma, as bactérias das espécies Bacillus aryabhattai (CMAA-1363) e Leocobacter sp (CMAA-1422) foram incubadas em meios de cultivo contendo biochar em diferentes doses. Foram verificadas que ambas as espécies não sobreviveram à incubação direta, liberando no processo exsudados (biopolímero) higroscópicos no meio. Experimentos de germinação de sementes de milho mostraram que apenas as baixas doses de biochar produzidos a partir de bagaço de cana-de-açúcar nas temperaturas de 400 e 600 ºC apresentaram efeitos aditivos ao desenvolvimento das plântulas. Quando os exsudatos bacterianos foram testados como fertilizante líquido, apenas o biochar produzido de palha de milho a 300 ºC graus e em baixa dose apresentou efeitos aditivos no crescimento das plântulas. Assim, este trabalho aponta a necessidade de estudos específicos e multitróficos de materiais destinados ao sistema pedológico. / Any agricultural product that reaches the pedological system interferes in the thermodynamic situation of soil non-equilibrium, affecting the soil-microorganisms-plants set. In recent years, biochar has been identified as a conditioning / fertilizing material that helps raise the soil qualities. Biochar is a multifunctional carbonaceous material already existing naturally in fertile soils. However, the non-natural production of biochar has been considered as an alternative destination to agricultural waste that generates value-added products. The literature highlights successful cases of its application in the soil and as adsorbent material of organic and inorganic contaminants. However, little information is available on possible antagonistic effects of biochar on soil microorganisms and direct changes in seedling development. In order to understand possible points of bifurcations that biochar can generate in the soil-microorganisms-plants system, this work aimed to identify the effects of different doses of biochar produced from sugarcane bagasse and corn cob in the growth and development of ligninolytic fungi, plant growth promoting bacteria and maize seedlings. For this, the biochar samples were produced by means of pyrolysis in nine temperature regimes to understand which morphological and physicochemical changes occur in the formation of biochar. With the objective of preserving the soil multitrophic interactions, it was explored the effects of different doses of biochar on the radial growth of mycelium three different species of ligninolytic fungi: Bjerkandera adusta, Pleurotos ostreaus and Trametes versicolor. A species-dependent effect was found where the same biochar samples can cause acute toxicity and additive effect on the growth of these fungi. The species T. versicolor showed to be the most adapted species. Similarly, bacteria of the species Bacillus aryabhattai (CMAA-1363) and Leocobacter sp (CMAA-1422) were incubated in culture media containing biochar at different doses. It was verified that both species did not survive the direct incubation, releasing hygroscopic exudates (biopolymer) in the medium. Germination experiments of corn seeds showed that only the low doses of biochar produced from sugarcane bagasse at temperatures of 400 and 600ºC had additive effects to the development of the seedlings. When the bacterial exudates were tested as liquid fertilizer, only the biochar produced from corn straw at 300 degrees and at low dose had additive effects on the growth of the seedlings. Thus, this work points out the need for specific and multitrophic studies of materials destined to the pedological system. / FAPESP: 2013/08373-0

Orientador: Elizeu Antonio Rossi / Banca: Alice Yoshiko Tanaka / Banca: Iracilda Zeppone Carlos / Resumo: Tendo em vista verificar algumas características essenciais aos microrganismos para serem considerados como probióticos, o objetivo deste trabalho foi avaliar *in vitro* de características probióticas do *Enterococcus faecium *CRL183 e do* Lactobacillus helveticus *ssp* jugurti* 416. Primeiramente foi testada a capacidade destes microrganismos em resistir aos pH 1.5, 2.0, 3,0 e 4,0 em meio de cultivo específico para cada espécie. Em seguida foi realizado o teste de sobrevivência ao trânsito gastrintestinal, onde, foram simuladas as condições do estômago e do intestino delgado, determinando-se a viabilidade dessas bactérias frente à pepsina em pH 2.0 e a pancreatina em pH 8.0. A resistência aos sais biliares foi avaliada inoculando o *Enterococcus faecium *CRL183 e do* Lactobacillus helveticus * ssp* jugurti* 416 em meio de cultivo suplementado com 0,1; 0,2; 0,3 e 0,5% de Oxgall. Já para teste de produção da hidrolase de sais biliares, foi vericada a ocorrência da mudança de cor das colônias ou precipitação dos sais biliares taurodeoxicolico e glicodeoxicolico (TDCA e GDCA). No estudo de auto-agregação e coagregação essas cepas foram colocadas separadamente (auto-agregação) e associados (coagregação) e verificada a densidade óptica (*DO*560). Foi testada a produção de substâncias antagônicas pelos dois microrganismos estudado frente a *Escherichia coli* 0157: H7, *Listeria monocytogenes* V2 e *Salmonella Enteritidis *por meio do teste *spot-on-the lawn*.* *Os resultados demonstraram que os microrganismos resistiram a todos os pH. Essas bactérias mostraram também ser tolerantes ao teste de sobrevivência ao trânsito gastrintestinal e também no teste de sobrevivência a sais biliares, porém neste teste, o *Enterococcus faecium *CRL 183 obteve um tempo de retardo menor em relação ao *Lactobacillus helveticus ssp. jugurti* 416. Já os resultados obtidos...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The purpose of this work was to assess in vitro the probiotic characteristics of Enterococcus faecium CRL183 and Lactobacillus helveticus ssp jugurti 416, having as an aim to verify some characteristics which are essential to the microorganisms, in order to be considered as probiotic. Firstly, the capacity of these microorganisms to resist to pH 1.5, 2.0, 3.0and 4.0 was tested in a specific culture medium for each species. Then the survival test to the gastrointestinal passage was done, and the conditions of the stomach and small intestine were simulated, so determining the viability of these bacteria comparing with pepsin at pH 2.0 and pancreatin at pH 8.0. The resistance to bile salts was assessed by inoculating Enterococcus faecium CRL183 and Lactobacillus helveticus ssp jugurti 416 in a culture medium supplemented with 0,1; 0,2; 0,3 and 0,5 % of Oxgall. However, for the production test of the hydrolase of bile salts, it was verified the occurrence of change in color of the colonies, or the precipitation of the bile salts taurodeoxycholic and glycodeoxycholic (TDCA and GDCA). In the auto-aggregation and co-aggregation studies, these strains were placed separately (auto-aggregation) and associated (co-aggregation), and then the optical density was verified (DO560), for completion and adhesion intestinal epithelium was tested Enterococcus faecium CRL183 and Lactobacillus helveticus ssp jugurti 416 with the Escherishia coli 0157: H7. The production of antagonist substances by both studied microorganisms was tested in comparison with Escherishia coli 0157: H7, Listeria monocytogenes V2 and Salmonella enteriotidis, by using the spot-on-the-lawn test. The results demonstrated that the microorganisms resisted to all pH. These bacteria also showed to be tolerant to the survival test to the gastrointestinal passage and also to the survival test to bile salts, though in this test,...(Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Wanderley José de Melo / Coorientador: Ivanildo Evódio Marriel / Banca: Jorge de Lucas Junior / Banca: João Antônio Galbiatti / Banca: Francisco Adriano de Souza / Banca: Dora Inês Kozusny Andreani / Resumo: As estações de tratamento de esgoto geram milhões de toneladas de resíduos em diferentes municípios brasileiros. Dentre as possíveis formas de utilização do lodo de esgoto destaca-se a sua utilização agrícola. Este estudo objetivou avaliar o efeito da aplicação de lodo de esgoto (LE) na comunidade microbiana de solos tratados com este resíduo por 13 anos em condições brasileiras. Os experimentos de campo foram conduzidos em LATOSSOLO VERMELHO eutroférrico típico (LVef) e em LATOSSOLO VERMELHO distrófico típico (LVd). Os tratamentos (doses de lodo de esgoto acumuladas ao longo dos 13 anos) foram: T1= 0,0 t ha-1 (adubação mineral); T2= 65 t ha-1; T3= 160 t ha-1 e T4= 207,5 t ha-1. As amostras de solo foram coletadas aos 65 dias após semeadura do milho. Foram quantificadas nas amostras de solo a população microbiana e sua diversidade metabólica. Métodos moleculares independentes de cultivo PCR-DGGE, clonagem e sequenciamento também foram utilizados. A aplicação de lodo de esgoto resultou em baixo efeito sobre as populações microbianas do solo (fungos, bactérias, actinomicetos) em LVef e LVd. As maiores densidades bacterianas foram observadas em LVef solo não rizosferico (SN), já as maiores densidades fúngicas foram em solo rizosferico (SR). Em LVd SN o tratamento com 20 t ha -1 apresentou a maior densidade fúngica, enquanto as maiores densidades bacterianas foram observadas nos tratamentos com 0, 5 e 20 t ha -1. O número de substratos utilizados em LVef foi maior em SR. Em LVd ocorreram diferenças em SR (10 e 20 t ha -1) e SN (0, 5 e 10 t ha -1). A soma da atividade de utilização dos substratos variou conforme o tempo de incubação, dose de LE aplicada e tipo de solo. Quanto aos valores de diversidade metabólica (índice de Shannon, H), número de substratos utilizados, equitabilidade (E), e atividade total da população microbiana foram detectadas diferenças apenas para alguns tratamentos. Alguns ... / Abstract: Sewage treatment plants generate millions of tons of sewage sludge in different municipalities. Among the possible ways of using sewage sludge highlights the agriculture. This study aimed to evaluate the effect of sewage sludge (SS) on the microbial community of a soil treated with this residue for 13 years under Brazilian conditions. Field experiments were conducted in two soils type, Eutrustox (LVef) and Typic Hapludox (LVd). Treatments (doses of sewage sludge accumulated over 13 years) were: T1 = 0.0 t ha-1 (chemical fertilizer), T2 = 65 t ha-1, T3 = 160 t ha-1 and T4 = 207.5 t ha-1 (dry basis). Soil samples were collected at 65 days after maize sowing. Soils samples were quantified for microbial populations and their metabolic diversity. Culture independent molecular methods PCR-DGGE, cloning and sequencing were also used. Sewage sludge caused little effect on soil microbial populations (fungi, bacteria, actinomycetes) in the two soils. The highest bacterial densities were observed in LVef non-rhizosphere soil (NRS) and the greatest fungal densities was observed in rhizosphere soil (RS)). In LVd the treatment that received 207.5 t ha-1 sewage sludge showed the highest fungal density in NRS, while the highest bacterial densities was observed in the treatments that receive 0, 5 and 20 t ha -1. The number of substrates used by microorganisms in LVef was higher in RS. In LVd differences occurred in SR (10 e 20 t ha -1) and SN (0, 5 e 10 t ha -1). The sum of substrate usage activity varied according to the incubation time, dose of SS and soil typel. Only some treatments differed in relation to metabolic diversity (Shannon index, H), number of used substrates, evenness (E), and total activity of the microbial population. Some amplicons were present in most treatments. The visualization of amplicons in different positions in DGGE profiles is indicative of new OTUs (operational taxonomic units) and groups were formed with ... / Doutor

Resumo: As cianobactérias são dotadas de grande variabilidade morfológica e plasticidade ecológica e estão adaptadas aos mais diversos ambientes e regiões geográficas. O conhecimento taxonômico do grupo no Brasil ainda é restrito e concentrado principalmente no estado de São Paulo. Lagoas e banhados costeiros constituem hábitats de interesse científico, pois podem abrigar espécies não encontradas em outras condições ambientais e fornecer informações importantes do ponto de vista taxonômico, ecológico e evolutivo. A planície costeira do Rio Grande do Sul apresenta uma forte dominância de ecossistemas de áreas úmidas, destacandose entre eles, lagoas e lagunas de água doce e banhados. O objetivo deste estudo consiste no levantamento e estudo taxonômico das cianobactérias ocorrentes em ambientes aquáticos na área da lagoa do Casamento e ecossistemas associados, assim como na área dos butiazais (formação vegetal dominada pela palmeira butiá, Butia capitata (Martius) Beccari) nos arredores da cidade de Tapes. Os resultados obtidos baseiam-se na análise de 90 amostras de plâncton e espremidos de macrófitas que foram coletadas em maio, junho, outubro, novembro e dezembro de 2003, em 28 pontos das áreas (incluindo diferentes habitats como lagoas, banhados e sangradouro). Foram identificados 92 táxons específicos de cianobactérias, pertencentes a 39 gêneros. Synechococcophycidae foi representada por 34 espécies (37%), Oscillatoriophycidae por 33 espécies (36%) e Nostocophycidae por 25 espécies (27%). Entre as espécies identificadas, 24 (26%) são novas ocorrências para o Rio Grande do Sul. Três táxons foram identificados em nível genérico e provavelmente constituirão novos táxons para a ciência. Phormidium foi o gênero que apresentou o maior número de espécies identificadas (8), seguido de Aphanocapsa, Chroococcus e Oscillatoria (7 cada um)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Cyanobacteria have wide morphological diversity and ecological plasticity and are adapted to different environments and geographic regions. The taxonomic knowledge of the group in Brazil is still limited and it is mainly concentrated in the São Paulo State. Additionally, coastal lagoons and wetlands are habitats of scientific interest because they may harbor species not found in other environmental conditions and provide important information in terms of taxonomic, ecological and evolutionary. The coastal plain of the Rio Grande do Sul State has a strong dominance of wetland ecosystems, especially lakes and freshwater lagoons and marshes. The aim of this paper is the taxonomic study of the cyanobacteria in aquatic environments in the areas of Casamento lagoon and of the butiazais (vegetation mainly composed by the palm tree Butia capitata (Martius) Beccari) around Tapes City, as well as associated ecosystems. Results are based on the analysis of 90 samples obtained during the project "Assessment of the biodiversity of the Casamento lagoon and butiazais areas, coastal plain of Rio Grande do Sul State". Samples of plankton and squeezing submerged parts of aquatic macrophytes were collected in May, June, October, November and December 2003, in 28 sites (including different habitats such as ponds, wetlands and spillway). Ninety two specific taxa, belonging to 39 genera, were identified. Synechococcophycidae was represented by 34 species (37%), Oscillatoriophycidae by 33 species (36%) and Nostocophycidae, by 25 species (25%). Among the identified species, 24 (26%) are firstly recorded for Rio Grande do Sul State. Three taxa were identified only at generic level and are probably new to science. Phormidium was the genus which presented the highest number of identified species (8), followed by Aphanocapsa, Chroococcus and Oscillatoria (with 7 species each). Geitlerinema... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Luis Henrique Zanini Branco / Coorientador: Vera Regina Werner / Banca: Maria Teresa de Paiva Azevedo / Banca: Carlos Eduardo de Mattos Bicudo / Mestre

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Estudo caso-controle realizado nos 23 CSRJ, cujo objetivo geral foi desenvolver um modelo de predição para a resistência aos quimioterápicos que possa ser utilizado no diagnóstico, tratamento e prognóstico. Os doentes de estudo foram selecionados a partir de uma base populacional, no período de maio-iulho, 1994. A amostra foi calculada segundo SCHLESSELMAN, 1982, utilizando como parâmetros de cálculo o estudo de resistência mundial realizado pela OMS no período de 94 a 97. A base populacional (1074) foram todos os doentes que procuraram os CSMPJ, no período do estudo, a populacão alvo foram 813 doentes que apresentavaram sintomas respiratórios. Forarn incluídos 552 doentes com cultura positiva para M.tuberciilosis, e Teste de Sensibilidade, método das proporções, realizados no CRPHF. Foram excluídos 353 doentes - 99 tuberculose extrapulmonar, 157 culturas negativas, 77 culturas contaminadas, 8 culturas extraviadas e 8 falências.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-05-23Bitstream added on 2014-06-13T19:18:12Z : No. of bitstreams: 1 aquino_ss_me_ilha.pdf: 134982 bytes, checksum: 27bea7e7de19482f4eacf8ae2ec11348 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O milho é uma das culturas mais cultivadas no mundo, e constitui a base alimentar para milhões de pessoas, sendo uma das espécies mais estudadas e melhoradas atualmente. Devido ao seu rápido crescimento, esta cultura apresenta elevada demanda de nutrientes, especialmente nitrogênio e fósforo, podendo assim beneficiar-se da associação com microrganismos do solo, entre estes, os fungos micorrízicos arbusculares. O benefício destes é reconhecido cientificamente, e abrange um vasto número de culturas economicamente importantes, podendo destacar-se de um modo geral as gramíneas, como beneficiadas neste processo de associação simbiótica. O estudo foi conduzido em condições de campo, na Fazenda Experimental da Faculdade de Engenharia, Campus de Ilha Solteira - UNESP, localizada em Selvíria-MS, no ano agrícola de 2001/2002. O objetivo do trabalho foi verificar variações na associação micorrízica arbuscular com diferentes genótipos de milho, utilizando fungos micorrízicos arbusculares autóctones, em condições de campo com baixo nível tecnológico. Os caracteres estudados foram: número de esporos/100 g de solo, porcentagem de colonização micorrízica, altura de inserção de espiga, altura de planta, produção de matéria seca e rendimento de grãos, em linhagens endogâmicas e seus híbridos. O delineamento experimental foi em blocos casualizados, com 2 repetições e 30 tratamentos. Para a porcentagem de colonização micorrízica foram detectadas diferenças significativas entre linhagens, híbridos e para o contraste linhagens versus híbridos. Para o rendimento de grãos, ocorreram diferenças significativas entre híbridos e para o contraste. A análise qualitativa de fungos micorrízicos arbusculares autóctones constatou a presença de 12 espécies, sendo Scutellospora calospora... . / Corn is one of the most cultivated crops in the world, and constitutes the alimentary basis for millions of people. Due to its faster growth, the corn crop presents high demand for nutrients, mainly nitrogen and phosphorus. Thus, the association with soil microorganisms, among these the arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) could be very beneficial to the crop. This beneficial symbiotic association is recognized scientifically, and it embraces a vast number of cultures economically important. The present study was conducted in field conditions, in the Experimental Farm of UNESP - Campus de Ilha Solteira, located in Selvíria-SP, in the agricultural year of 2001/2002. The objective was to verify the of autochthonous association arbuscular mycorrhizal fungi with different corn genotypes in field conditions. The following characters were studied: number of spores/100 g of soil, percentage of mycorrhizal colonization, height of corn ear insert, plant height, dry matter production and grain yield in inbred lines and their hybrids. The experimental design was complete randomized blocks, with 2 repetitions and 30 treatments. For the percentage of mycorrhizal colonization significant differences were detected among inbred lines, hybrids and for the contrast inbred lines versus hybrids. For the grain yield, there was significant differences between hybrids and for the contrast. The qualitative analysis of autochthonous arbuscular mycorrhizal fungi indicated the presence of 12 species. Scutellospora calospora, Entrophospora colombiana and Scutellospora pellucida were the most abundant ones. There were qualitative and quantitative changes in the composition of AMF and preferential associations among AMFs and genotypes. In general, the characters were positively correlated with production of dry matter and productivity of grains. For percentage... (Complete abstract, click electronic address below).

Neste trabalho estudamos a competição cíclica entre três cepas da bactéria Escherichia coli. O modelo para esta competição consiste em um autômato celular estocástico com dois tipos distintos de vizinhança, utilizadas para reproduzir os resultados de um experimento biológico com e sem mistura dos indivíduos. Mostramos existir em tal modelo um novo fator determinante no resultado final da competição: o tamanho da rede utilizada nas simulações. Observamos duas fases no modelo, que dependem do tamanho da rede utilizado nas simulações, sendo cada fase caracterizada pela sobrevivência de uma cepa. Mostramos que tal dependência ´e um efeito robusto perante o uso de diferentes formas de interações de longo alcance, e que o tamanho de rede onde ocorre a passagem de uma fase para outra é alterado pelos parâmetros do modelo. Ao estudar sistematicamente as fases em função dos parâmetros associamos a dependência no tamanho da rede utilizada `a ocorrência de um período de quase-extinção da cepa vencedora na aproximação de campo médio. Tal período de quase-extinção é gerado precisamente pelo caráter cíclico da competição, o que sugere que ele pode ser uma característica geral de modelos de competição cíclica. Propomos neste trabalho uma nova abordagem para modelar tal competição utilizando equações diferencias parciais. No modelo proposto foi possível observar a coexistência das três cepas ao utilizar um coeficiente de difusão pequeno, que simula as interações locais do experimento biológico. Introduzimos mistura entre os indivíduos, que a partir de uma certa frequência gera a extinção de duas cepas conforme esperado. O modelo proposto pode ser aplicado a outras situações de interesse. / We study a competition model between three strains of the bacteria Escherichia coli. The model for this competition is a stochastic cellular automata with two different neighbourhoods, which reproduces very well the effect that the use of mixture has over the final outcome of the competition. Here we show a new factor responsible for determining the final outcome of competition: the lattice size. We observed two different phases in the model, which depends on the lattice size used in simulations, each phase represents the surviving of one strain. We showed that such dependence related to the lattice size is a robust effect when we used different long-range interactions, and that the lattice size where its change from one phase to another one is strongly affected by the competition parameters. When we studied the phase dependence in function of competition parameters, we associated its occurrence to a quasi-extinction period of the winner strain in the mean field approximation. Such quasi-extinction period is generated by the cyclic nature that this competition presents, which suggest that it can be a general feature of cyclic competition models. We also propose a new model based on partial differential equations to describe cyclic competition. Under local interactions, our model predicts coexistence of the three strains when it has a small diffusion coefficient, that simulates the local interactions in the biological experiment. We also implemented a mixture process between the individuals, that above one frequency generates the extinction of two strain as it was expected. The new model proposed can be applied to describe other interest situations.