Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Estudo caso-controle realizado nos 23 CSRJ, cujo objetivo geral foi desenvolver um modelo de predição para a resistência aos quimioterápicos que possa ser utilizado no diagnóstico, tratamento e prognóstico. Os doentes de estudo foram selecionados a partir de uma base populacional, no período de maio-iulho, 1994. A amostra foi calculada segundo SCHLESSELMAN, 1982, utilizando como parâmetros de cálculo o estudo de resistência mundial realizado pela OMS no período de 94 a 97. A base populacional (1074) foram todos os doentes que procuraram os CSMPJ, no período do estudo, a populacão alvo foram 813 doentes que apresentavaram sintomas respiratórios. Forarn incluídos 552 doentes com cultura positiva para M.tuberciilosis, e Teste de Sensibilidade, método das proporções, realizados no CRPHF. Foram excluídos 353 doentes - 99 tuberculose extrapulmonar, 157 culturas negativas, 77 culturas contaminadas, 8 culturas extraviadas e 8 falências.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnologico / Made available in DSpace on 2016-01-08T20:49:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 105515.pdf: 11165147 bytes, checksum: 177e019ac8f049361b40c973a7ebdde0 (MD5) Previous issue date: 1996 / O objetivo deste trabalho foi a otimização de um meio de cultura para produção de Candida utilis IZ-1840, em cultivo descontínuo, contendo glicerol como principal fonte de carbono. A composição do meio de cultura base foi a seguinte: K2HPO4 0,49 g/L, KH2PO4 1,74 g/L, NH4Cl 4,00 g/L, ácido cítrico mono hidratado 0,21 g/L, MgCl2 . 6 H20 2,54 g/L, Na2SO4 1,63 g/L, ZnSO4. 7 H2O 7,00 mg/L, biotina 4,0 µg/L e glicerol 10,00 g/L. As condições experimentais, exceto a composição do meio de fermentação, foram as mesmas em todos os ensaios (pH (4,5), temperatura (30°C), agitação (300 rpm), aeração (3,0 L/min), volume de inóculo (0,4 L), volume de meio (3,6 L). Para a otimização do meio de cultura, visando a maximização da produtividade em células, foi utilizado um planejamento fatorial saturado e uma metodologia de planejamento seqüencial. Com seis variáveis e dois níveis, oito condições experimentais iniciais foram realizadas. Com o resultado deste conjunto inicial de dados, foram estimados os parâmetros de um modelo linear empírico, feita a validação do mesmo e feita a busca das concentrações de sais que maximizaram a produtividade em células. A produtividade em células do meio otimizado, cuja composição é: K2HPO4 0,49 g/L, KH2PO4 1,74 g/L, NH4Cl 3,20 g/L, ácido cítrico mono hidratado 0,17 g/L, MgCl2 . 6 H20 2,03 g/L, Na2SO4 1,63 g/L, ZnSO4. 7 H2O 7,00 mg/L, glicerol 10,00 g/L e biotina 4,00 µg/L, foi 0,87 g/L.h, o fator de conversão de substrato em células foi 0,88 g/g, o consumo específico de glicerol foi 1,12 g/g e a velocidade específica máxima de crescimento foi 0,34 h-1.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Ambiental, Florianópolis, 2015 / Made available in DSpace on 2016-04-15T13:16:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 337907.pdf: 4159554 bytes, checksum: 3d454fd7df28630e37a941148dbd74bd (MD5) Previous issue date: 2015 / Nesta pesquisa avaliou-se o desempenho de um sistema de tratamento biológico para lixiviado de um aterro sanitário em escala real com foco em duas lagoas anaeróbias operadas em série, seguidas por um sistema de lodos ativados e uma lagoa facultativa. O objetivo do estudo foi avaliar a eficiência deste sistema biológico através do monitoramento de variáveis físico-químicas, ensaios de toxicidade e ensaios moleculares das frações líquidas afluentes e efluentes durante dois anos. As coletas foram realizadas ao longo de quinze dias, seguidas de análises laboratoriais para caracterização dos diferentes pontos de coleta ao longo de duas lagoas anaeróbias. A eficiência de remoção de matéria orgânica observada para as lagoas anaeróbias foi de 50% para DBO5,47% para DQOTotal, 49% para COT, com valores residuais médios de 1446 ± 458, 2415 ± 750 e 897 ± 1020 mg.L-1, respectivamente ao final do tratamento anaeróbio. O melhor desempenho do sistema anaeróbio ocorreu no verão quando apresentou eficiência máxima de 38 e 60%para remoção de nitrogênio amoniacal e fósforo, com conteúdos residuais de 537 ± 252 e 9 ± 6 mg.L-1, respectivamente. Observou-seque em média o sistema anaeróbio apresentou concentrações de zinco(0,08 ± 0,06 mg.L-1), níquel (0,19± 0,25 mg.L-1) e Chumbo (0,07 ± 0,05mg.L-1) sempre abaixo dos padrões estabelecidos pela legislação brasileira. Verificou-se uma diminuição de apenas 41% da toxicidade na saída do tratamento anaeróbio, com valores médios de CE50,48 horas de 7%para final da lagoa anaeróbia 1(muito tóxico) e de 11% para o final do tratamento anaeróbio (lixiviado tóxico). Os ensaios nictemerais revelaram variações horárias distintas para as duas lagoas anaeróbias e o aumento da temperatura e do pH influenciou diretamente nos maiores valores do componente NTK dos diferentes estratos. Nos ensaios moleculares revelou-se que os principais agrupamentos de amplicons ocorreram nos meses de temperaturas elevadas, sendo observadas ainda diferenças na estrutura da comunidade microbiana entre os pontos de cada lagoa anaeróbia. A diversidade de espécies encontradas foi maior para as amostras obtidas no verão e no inverno e menor naquelas obtidas no outono. Os filos predominantes no presente estudo foram: Procariota, Bacteroidetes e Firmicutes. A Lagoa Anaeróbia 2 apresentou maior diversidade de espécies identificadas e os grupos encontrados estão associados à mineralização e depuração de componentes do lixiviado em processos anaeróbios. No presente estudo concluiu-se que as lagoas de estabilização anaeróbias do tratamento não foram suficientes para a depuração do lixiviados do aterro sanitário, o que justifica a adição de unidades de tratamento complementares.<br> / Abstract : This study evaluated the performance of areal-scale biological treatment system of leachate at a sanitary landfill with a focus on two anaerobic ponds operated in series, followed by a system of activated sludge and a facultative pond. The objective of the study was to evaluate the efficiency of this biological system by monitoring physical-chemical variables and conduct toxicity and molecular testing. Collections were made every two weeks, followed by laboratory analyses to characterize the different leachates. The organic material removal efficiency for the anaerobic ponds was 50% for BOD5, 47% for CODTotal and 49% for TOC, with average residual values of 1446 ± 458, 2415 ± 750 e 897 ±1020 mg.L-1 , respective to the final anaerobic treatmento. On average, in the summer, the anaerobic system had a maximum efficiency of 38% and 60% for removal of ammoniacal nitrogen and phosphorus, with residual contents of 537 ± 252 e 9 ± 6 mg.L-1, respectively. It was noted that on average the anaerobic system had concentrations of zinc (0,08 ±0,06 mg.L-1), nickel (0,19± 0,25 mg.L-1) and lead (0,07 ± 0,05 mg.L-1), always below the standards permitted by the Brazilian law. A decrease of only 41% of the output of the anaerobic treatment, was found, with average values of EC50,48hours of 7% for SLA1 (highly toxic) and of 11%for (toxic leachate). The nycthemeral tests revealed distinct hourly variations for the two anaerobic ponds and the influence of temperature and pH in the seasonality and increase of the NTK component of the different extracts. The results of the molecular DGGE tests revealed that the groupings of amplicons had greater similarity and intensity in the sample of the hotter months, with differences in the structure of the microbial community between the collection points of the anaerobic ponds influenced by the changes in season and environmental variables. The results of DNATotal sequencing also demonstrated that the change in the structure of the microbial communities and the diversity of the species found was higher in the summer and winter and lower in the autumn. The predominant phylogenetic types were: Prokaryote, Bacteroidetes and Firmicutes. Anaerobic pond 2 had a greater diversity of species identified and the groups found are associated to mineralization and depuration of leachate components present in the anaerobic processes. In this study it was concluded that the anaerobic stabilization ponds treatment were not sufficient for the clearance of leachate from the landfill, which justifies the addition of complementary treatment units .

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Bioctecnologia / Made available in DSpace on 2013-07-15T23:32:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / A agricultura brasileira é altamente dependente de fertilizantes. Eles são utilizados em grande quantidade, sendo que a maior parte é importada e representa uma parcela significativa dos custos de produção. O uso de pó de rochas, contendo os nutrientes necessários às plantas, tem sido sugerido como uma alternativa aos fertilizantes solúveis. No entanto, a baixa disponibilidade dos nutrientes contidos em rochas tem limitado o seu uso. Vários microrganismos do solo apresentam a capacidade de disponibilizarem nutrientes e podem se constituir no mecanismo de solubilização dos nutrientes das rochas. Este trabalho foi conduzido com o objetivo de selecionar rochas e microrganismos disponibilizadores de nutrientes para serem utilizados como inoculantes visando a substituição total ou parcial dos fertilizantes solúveis. Foram utilizadas dez amostras de rochas, sendo sete provenientes do Estado de Santa Catarina (flogopita olivina melilitito, granitos - SB1b, Sb, PC201A e PC201B, calcário Irati e fonolito) e três provenientes do Estado de Goiás (arenito, brecha alcalina e carbonatito). Determinou-se o número e obteve-se isolados de microrganismos solubilizadores de fosfatos presentes no pó das rochas. A capacidade e o potencial dos isolados em solubilizar fosfatos foram avaliados em meio de cultura GEL sólido, suplementado com CaHPO4. Esses isolados, juntamente com os da Coleção do Laboratório de Microbiologia do Solo da Universidade Federal de Santa Catarina, foram avaliados quanto ao seu potencial de solubilização em meio de cultura líquido, suplementado ou não com pó de rochas. As rochas e os isolados foram testados no cultivo de alface em casa de vegetação. A população de microrganismos solubilizadores variou entre 200 e 770 unidades formadoras de colônias por grama de pó de rocha. Os teores de P e K, solubilizados no meio de cultura GEL líquido suplementado com pó de rochas e inoculado com diferentes microrganismos, foram afetados pelo tipo de rocha, pelo isolado e pela interação rocha/microrganismo. As rochas diferiram quanto ao potencial de biodisponibilização. Carbonatito apresentou alto potencial para a biodisponibilização de P e K. Destacaram-se, ainda, a flogopita para a biodisponibilização de P e o granito da Saibrita na biodisponibilização de K. Os isolados MSF-344, MSF-352, e MSF-353 apresentaram um alto potencial de solubilização de P e K, destacando-se também os isolados MSF-305 e MSF-313 na solubilização de P e MSF-62, MSF-293, MFS-322, MFS-331 na de K. As rochas diferiram quanto ao potencial de suprimento de nutrientes para as plantas. A flogopita possui potencial para ser utilizada como fonte de P e K. Como fonte de K, pode ser utilizada também o carbonatito, a brecha alcalina, o fonolito, o arenito, o calcário Irati e o granito da Saibrita. Microrganismos e pó de rocha podem ser utilizados na substituição total ou parcial das adubações solúveis. Em relação ao P, os isolados MSF-305, MSF-313 e MSF-344. E, em relação ao K, os isolados MSF-322 e MFS-331. Sendo assim, estes isolados apresentaram potencial para serem utilizados em programas de inoculação controlada visando a biodisponibilização de nutrientes de rochas na substituição total ou parcial das adubações solúveis. Brazilian agriculture is highly dependent on fertilizers which are used in the country intensively. The majority of fertilizers are imported and represent a significant fraction of the production costs. The use of rock powder containing the nutrients required by the plants has been suggested as an alternative source to the soluble fertilizers. However, the small availability of nutrients included in these rocks has limited their use. Several microorganisms have the potential to improve availability of some of these nutrients and may be represent a mechanism for the use of these rock nutrients. The study was conducted with the purpose of selecting rocks and microorganisms to be used as inoculants aiming at the total or partial substitution of soluble nutrients. Ten rock samples were used, seven from the state of Santa Catarina (phlogopyte, granites - SB1b, Sb, PC201A and PC201B, calcareous rock Irati and phonolyte) and three from the state of Goiás (sand stone, alcaline breccia and carbonatite). Enumeration and pure culture establishment of phosphate availability microorganisms isolated from the rock powder was performed. The ability and the potential of the isolated samples of available phosphates were evaluated through a solid GEL culture supplemented with CaHPO4. The isolated samples, together with other isolates preserved in the Soil Microbiology Laboratory of Universidade Federal de Santa Catarina, were evaluated for their potential of phosphate utilization in liquid culture, supplemented or not with rock powder. The rocks and isolated samples were tested in a greenhouse and in the fertilization of lettuce plants. The population of microorganisms able to improve phosphate availability varied from 200 to 770 colony forming units per gram of rock powder. The contents of P and K, available in a GEL culture supplemented with rock powder and inoculated with different microorganisms resulted differently according to the type of rock, the microorganism involved and also the interaction rock/microrganism. The rocks differed in their potential of phosphate bioavailability. Carbonatite presented a higher potential for the P and K bioavailability. The phlogopyte improved the P bioavailability and the granite of Saibrita in the K bioavailability. The isolated samples coded MSF-344, MSF-352, and MSF-353 presented a higher potential of improving P and K availability, standing out also the isolated samples of MSF-305 and MSF-313 in relation to P and MSF-62, MSF-293, MFS-322, MFS-331 in relation to K. The rocks differed in their potential of supplying nutrients to the plants. phlogopyte showed a potential to be used as a source of P and K and as sources of K, it was identified the carbonatite, the alcaline breccia, phonolyte, sand stone, calcareous rock Irati and granite of Saibrita.. Microorganisms and rock powder may be used in the total or partial substitution of soluble fertilizers. In relation to P, the isolated samples MSF-305, MSF-313 and MSF-344, and in relation to K, MSF-322 and MFS-331. Therefore, these isolated showed a great potential to be used in programs of controlled inoculation, aiming at improving the bioavailability of rock nutrients in the place of fertilizers, either when used alone or as fertilizer supplements.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-graduação em Ciências dos Alimentos, Florianópolis, 2012 / Made available in DSpace on 2013-12-05T22:17:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 315029.pdf: 1107907 bytes, checksum: cae7d82149e76ffd7f4700ac43ed0847 (MD5) Previous issue date: 2012 / O controle microbiológico na indústria láctea tem uma importância muito grande, uma vez que o leite é um excelente meio de cultura para a multiplicação de microrganismos em virtude das suas características intrínsecas. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade microbiológica do leite cru, pasteurizado e UHT proveniente de laticínios do estado de Santa Catarina em diferentes épocas do ano e avaliar o desempenho de métodos alternativos de contagem e de detecção de microrganismos em leite pasteurizado. As amostras foram monitoradas de dezembro de 2009 a novembro de 2011. Nas amostras de leite cru foram pesquisadas a contagem de microrganismos mesófilos aeróbios, psicotróficos e Staphylococcus aureus. Nas amostras de leite pasteurizado foram avaliadas a contagem de microrganismos mesófilos aeróbios, psicotróficos, Enterobacteriaceae, Coliformes a 35ºC, Coliformes a 45ºC, Escherichia coli, Salmonella e Staphylococcus aureus. Nas amostras de leite UHT, a avaliações foram feitas por meio da contagem de microrganismos mesófilos aeróbios e psicrotróficos. Para o desempenho dos métodos alternativos, avaliou-se o sistema VIDAS® em comparação à metodologia convencional para detecção de Escherichia coli O157:H7 e Salmonella spp em leite pasteurizado. Também avaliou-se o sistema Petrifilm TM e sistema TEMPO® com a metodologia convencional para ensaios em leite pasteurizado por meio da contagem de microrganismos mesófilos aeróbios, Enterobacteriaceae, Coliformes a 35ºC, Coliformes a 45ºC (com exceção para o sistema Tempo®, que não disponibiliza tal metodologia) e Escherichia coli. A avaliação de métodos também foi realizada em amostras de leite pasteurizado artificialmente contaminado por meio da contagem de Enterobacteriaceae. Também foi avaliado o sistema Petrifilm# HS (alta sensibilidade) na contagem de Coliformes. Os resultados indicaram altas contagens de mesófilos aeróbios e psicotróficos no leite cru. No leite pasteurizado as amostras não apresentaram conformindade com o padrão estabelecido pela legislação para mesófilos aeróbios, Enterobacteriaceae, Coliformes a 35ºC e Escherichia coli no leite. As amostras do leite UHT apresentaram resultados de acordo com a legislação. Nenhum resultado positivo para Escherichia coli O157 H7 e Salmonella foi encontrado nas amostras de leite pasteurizado tanto pelo método convencional como pelo sistema VIDAS®. Uma alta correlação foi encontrada entre as metodologias alternativas e a metodologia convencional para o ensaio de Enterobacteriaceae e Coliformes a 35ºC. Todavia, nos ensaios de mesófilos aeróbios, Coliformes a 45ºC e Escherichia coli os coeficientes de correlação foram baixos. Não foi observada diferença estatística entre os três métodos analisados com leite pasteurizado artificialmente contaminado com Enterobacteriaceae nos três níveis de inóculo. O sistema Petrifilm# HS para contagem de Coliformes a 35ºC mostrou resultados satisfatórios em leite pasteurizado e uma baixa performance para a contagem de Coliformes a 45ºC. Pode-se concluir que há necessidade de investimentos em programas de boas práticas agrícolas e de fabricação para assegurar a qualidade do leite cru e pasteurizado. E os métodos alternativos mostraram resultados satisfatórios para o ensaio de Enterobacteriaceae e Coliformes a 35ºC em leite pasteurizado e uma baixa performace para mesófilos aeróbios, Coliformes a 45ºC e Escherichia coli. / Microbiological control plays an important role on the dairy industry once, due to its intrinsic characteristics, milk is considered an excellent culture medium for multiplication microorganisms. The aim of the present work was to analyze the microbiological quality of raw, pasteurized and UHT milk from the State of Santa Catarina in different seasons as well as evaluate the performance of alternative methods for counting and detecting microorganisms in pasteurized milk. Samples were monitored from December 2009 to November 2011. Mesophilic aerobic bacteria, psychrotrophic bacteria and Staphylococcus aureus countings were performed in raw milk samples. Mesophilic aerobic bacteria, psychrotrophic bacteria, Enterobateriaceae, Coliforms at 35ºC, Coliforms at 45ºC, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Salmonella and Escherichia coli O157:H7 countings were performed in pasteurized milk. Mesophilic aerobic bacteria and psychrotrophic bacteria countings were performed in UHT milk samples. In order to evaluate the performance of alternative methods compared to the conventional methods, VIDAS® system was tested for detecting Escherichia coli O157:H7 and Salmonella spp in pasteurized milk. PetrifilmTM and TEMPO® systems were also evaluated for pasteurized milk by counting of mesphilic aerobic bacteria, Enterobacteriaceae, Coliforms at 35ºC, Coliforms at 45ºC (except for Tempo® system, which for the methodology is not available) and Escherichia coli microorganism. Evaluation of methods was also performed on samples of pasteurized milk artificially contaminated with Enterobacteriaceae. PetrifilmTM HS (high sensibility) was tested for Coliforms countings. Results showed high counts of mesophilic aerobic bacteria and psychrotrophic bacteriain raw milk. Results were not in accordance with the legislation for mesophilic aerobic bacteria, Enterobacteriaceae, Coliforms at 35ºC and Escherichia coli in pasteurized milk samples. Results for UHT samples were in agreement with the regulations. Positive results were not found for Escherichia coli O157 H7 and Salmonella in pasteurized milk samples through both methods, conventional and VIDAS®. High correlation was found between the alternative and the conventional methods for Enterobacteriaceae and Coliforms at 35ºC, but low correlation for mesophilic aerobic bacteria, Coliforms at 45ºC and Escherichia coli. No significant statistical difference was found among the three methods analyzed with pasteurized milk artificially contaminated with Enterobacteriaceae in three levels of inoculum. Petrifilm# HS analyses presented satisfactory results for Coliforms at 35ºC but low performance for Coliforms at 45ºC in pasteurized milk. There is an urgent need of investiments in programs supporting agricultural and manufacturing good practices in order to ensure the quality of raw and pasteurized milk. Alternative methods presented satisfactory results for Enterobacteriaceae and Coliforms at 35ºC in pasteurized milk, low performance for mesophilic aerobic bacteria, Coliforms at 45ºC and Escherichia coli.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-01-23Bitstream added on 2014-06-13T20:55:07Z : No. of bitstreams: 1 toledo_tr_me_arafcf.pdf: 923871 bytes, checksum: 97d8f737a2f75d809cdd537978b2d1c7 (MD5) / Os organismos marinhos da costa brasileira são pouco explorados como fonte de metabólitos secundários para aplicação farmacológica. São conhecidas aproximadamente 10.000 substâncias do metabolismo secundário de invertebrados e microrganismos marinhos. Dentre os organismos marinhos estudados do ponto de vista químico e farmacológico, destacam-se as esponjas, as ascídias, os briozoários e os octocorais. No entanto, pouco se sabe quanto ao potencial imunomodulador de compostos isolados de microrganismos marinhos, em especial da costa brasileira. Neste estudo, nós identificamos o composto DR(A)6 com potencial anti-inflamatório e após fracionamento foi isolado a substância pura majoritária denominada Pyrenocine A (1), oriunda do fungo marinho Penicillium paxill.O conjunto de resultados demonstra que Pyrenocine A é capaz de inibir tanto de maneira profilática como terapêutica a ativação de macrófagos induzida por LPS através da inibição da síntese de nitrito, produção de citocinas inflamatórias e PGE2, porém de maneira independente da modulação de COX- 2. Os efeito supressores desta substância também pode ser comprovado quanto a expressão de moléculas diretamente relacionadas com a migração celular (CD11b) assim como moléculas imprescindíveis para o processo de ativação de linfócitos (B7.1 e B7.2), porém não foi observado a inibição da expressão do receptor TLR4. A inibição da síntese de nitrito pela Pyrenocine A em macrófagos estimulados com CpG, mas não com Poly I:C, sugere que a via de sinalização intracelular pela qual a Pyrenocine A atua é via MyD88. Além disso, nós demonstramos que... / Marine organisms from Brazilian coast are unexploited as a source of secondary metabolites in applying biotechnology. There are approximately 10,000 known substances from the secondary metabolites from microorganisms and marine invertebrates. Among the marine organisms studied from chemical and pharmacological aproauchs sponges, sea squirts, bryozoans and octocorals are the relevant source of drugs. However, little is known about the immunomodulatory potential of compounds isolated from marine microorganisms, in particular from Brazilian coast. In this study, we identified the compound DR (A) 6 with potential anti-inflammatory and after fractionation, we identificated the majority pure substance, called Pyrenocine A (1), derived from the marine fungus Penicillium paxilli. Our results demonstrates that the Pyrenocine A is able to inhibit by both prophylactically and therapeutic approach the macrophages activation induced by LPS through inhibition of nitrite, synthesis of inflammatory cytokines and PGE2 but independently of modulation of COX-2. The anti-inflammatory effect of Pyrenocine A can also be observed by the expression of molecules directly related to cell migration (CD11b) as well as molecules evolved in the process of lymphocyte activation (B7.1 and B7.2), but there was no inhibition of the TLR4 expression. The inhibition of nitrite by Pyrenocine A in macrophages stimulated with CpG, but not in the presence of Poly I: C, suggesting that Pyrenocine A act by MyD88 intracellular signaling pathway. Furthermore, we demonstrate that the addition of Pyrenocine A exert a suppressive effect on cells from innate immune response is also able to inhibit of B cells proliferation. However, the mechanisms by which this compound exerts its anti-inflammatory functions as well as their pharmacological application in various experimental... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-28Bitstream added on 2014-06-13T20:01:59Z : No. of bitstreams: 1 rodrigues_mvp_dr_botfm.pdf: 2095427 bytes, checksum: da1c8df4916765105802c2a6f424aa29 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Os Staphylococcus aureus são os principais microrganismos causadores de infecções nosocomiais, com uma grande variedade de manifestações clínicas, a variação deste espectro de manifestações geralmente depende dos numerosos fatores de virulência que cada cepa produz, entretanto, a importância desses patógenos está inserida na combinação da virulência mediada por suas toxinas, seu caráter invasivo e seu perfil de resistência a antibióticos. O presente estudo teve por objetivos documentar a disseminação de clones endêmicos e identificar os fatores individuais relacionados à sua aquisição, e relacioná-los a prevalência de fatores de resistência e virulência em cepas de MRSA isoladas de culturas clínicas e/ou de vigilância de pacientes de um hospital de ensino. No presente trabalho 1078 amostras de Staphylococcus aureus provenientes de pacientes internados no Hospital Estadual Bauru foram identificadas e testadas fenotipicamente frente a oxacilina (1 g), cefoxitina (30 g), vancomicina (30 g), eritromicina (15 g) e gentamicina (10 g) sendo que dessas, 810 (75.1%) apresentaram perfil fenotípico para Staphylococcus aureus Resistentes a Meticilina – MRSA. A avaliação genotípica do perfil de resistência foi realizada através da amplificação do gene mecA pela técnica de PCR onde foi observado que das 443 amostras testadas foi detectado o gene mecA em 336 amostras (75.8%), e que dessas, 305 amostras (90.8%) apresentaram perfil SCCmec Tipo III ou Tipo IIIA, 6 amostras (1.8%) Tipo II e 25 amostras (7.4%) Tipo IV. A avaliação do perfil genotípico de virulência mostrou a seguinte distribuição, 15.6% (n=69) genes da Leucocidina de Panton Valentine (lukPV), 14% (n=62) gene da Síndrome do Choque Tóxico (tst), 31.8% (n=141) gene da Enterotoxina A (sea), 19.8% (n=88) gene da Enterotoxina B (seb), 38.1% (n=169) gene da... / Staphylococcus aureus are the most common microorganisms causing nosocomial infections, with a wide variety of clinical manifestations, the variation of the spectrum of manifestations generally depends upon the numerous virulence factors that each strain produces, however, the importance of these pathogens is included in the combination of virulence mediated by their toxins, its invasive nature and profile of antibiotic resistance. This study aimed to document the spread of endemic clones and identify the individual factors related to its acquisition, and relate them to the prevalence of resistance and virulence factors in strains of MRSA isolated from clinical cultures and / or surveillance patients a teaching hospital. In this study 1078 samples of Staphylococcus aureus from hospitalized patients in Bauru State Hospital were identified phenotypically and tested against oxacillin (1  g), cefoxitin (30  g), vancomycin (30  g), erythromycin (15  g) and gentamicin (10  g) and that these, 810 (75.8%) showed phenotypic profile for Methicillin Resistant Staphylococcus aureus - MRSA. The evaluation of genotypic resistance profiles was performed by amplification of the mecA gene by PCR where it was observed that of 443 samples tested was detected mecA gene in 336 samples (75.8%), and that these, 305 samples (90.8%) profile were SCCmec type III or type IIIA, six samples (1.8%) type II and 25 samples (7.4%) type IV. The evaluation of virulence genotype was distributed as follows, 15.6% (n = 69) genes of Panton Valentine Leukocidin (lukPV), 14% (n = 62) gene for toxic shock syndrome (tst), 31.8% (n = 141) gene of enterotoxin A (sea), 19.8% (n = 88) gene of enterotoxin B (seb), 38.1% (n = 169) gene of enterotoxin C (sec-1), 100% (n = 443) Delta Hemolysin gene (hld), 99.5% (n = 441) Alpha Hemolysin gene (hla), 0.9% (n = 4) Exfoliative toxin A (eta), 3.6% (n = 16) Exfoliative... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-08Bitstream added on 2014-06-13T18:44:05Z : No. of bitstreams: 1 mattos_kmc_dr_botfca.pdf: 507768 bytes, checksum: 05c5dea09c9606b83d1a67e98409fa30 (MD5) / Este trabalho teve como finalidade avaliar a viabilidade do uso da água do Ribeirão Lavapés, que recebe os esgotos doméstico e industrial não tratados da cidade de Botucatu, São Paulo, para irrigação de hortaliças. Os sistemas analisados foram os de irrigação localizada por gotejamento disposto superficialmente e subsuperficialmente. Análises de microrganismos como, os coliformes fecais, Salmonella spp e formas evolutivas de parasitas humanos (cistos de protozoários e ovos de helmintos), presentes no solo, na água e na cultura foram efetuadas com a finalidade de associar a possível presença destes, com a incidência de doenças, uma vez que este ribeirão é de grande importância para a cidade. Nas amostras analisadas, observa-se que as concentrações médias de coliformes fecais da água de irrigação e do ribeirão variaram entre 1,1 x 106 e 1,1 x 109 NMP/100ml, valores estes bem acima do limite < 103 UFC/100ml recomendado pela WHO (1989) para irrigação irrestrita, como é o caso das alfaces, que são consumidas cruas, mostrando que realmente existe o risco de proliferação de doenças. Concluiu-se que os indicadores de poluição comprovaram que o Ribeirão Lavapés está contaminado e que a utilização de suas águas para irrigação no cinturão verde de Botucatu-SP, principalmente no caso de irrigação de hortaliças, é um grande risco à saúde da população e que a utilização dos sistemas de irrigação por aspersão ou pelo uso de mangueiras deve ser descartado, devido ao fato destes sistemas depositarem água na parte aérea das plantas causando a contaminação. Já a irrigação por gotejamento quer seja, superficial ou subsuperficial pode evitar a contaminação das plantas, recomendando-se a utilização do sistema subsuperficial que apresenta um menor risco quando utilizado com um manejo adequado, pois este sistema deposita a água diretamente nas... . / This work has as objective to evaluate the viability of the use of Ribeirão Lavapés's water, that receives the sewers domestic and industrial, without treatment, of the city of Botucatu, São Paulo, for irrigation of vegetables. The systems of located irrigations by leak, depositing water in the soil superficially and under the surface were analyzed. Analyze of microorganisms as, the fecal coliformes, Salmonella spp and evolutionary forms of human parasites (cysts of protozoa and helmintos eggs), presents in the soil, in the water and in the culture they were made with the purpose of associating the possible presence of these with the incidence of diseases, once this course of water is of great importance for the city, because it drains the whole periphery where is used as spring of water for irrigation. In the analyzed samples, it is observed that the medium concentrations of fecal coliformes of the irrigation water and of the stream they varied between 1,1 x 106 and 1,1 x 109 NMP/100ml, values these well above the limit <103 UFC/100ml recommended by WHO (1989) for unrestricted irrigation, as it is the case of the lettuces, that is consumed raw, showing, that the risk of proliferation of diseases really exists. It was concluded, that the pollution indicators proved that Ribeirão Lavapés is polluted and that the use of your waters for irrigation in the green belt of Botucatu-SP, mainly in the case of irrigation of vegetables, it is a great risk to the health of the population and that the use of the overhead irrigations for aspersion or for the use of hoses it should be discarded, due to the fact of these systems deposit water in the aerial part of the plants causing the contamination. Already the irrigation for leak, wants it is, superficial or under thr surface it can avoid the contamination of the plants, being recommended the use of the system under the surface, that... (Complete abstract, click electronic address below).

Orientador : Prof. Dr. Leonardo Magalhães Cruz / Coorientador : Prof. Dr. Luciano Fernandes Huergo / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa: Curitiba, 10/03/2017 / Inclui referências : f. 50-52 / Resumo: A utilização da espectrometria de massa MALDI-TOF permite a identificação de microrganismos através da geração de espectros de massa, representando um perfil característico de sinais obtidos a partir de peptídeos ionizados de células inteiras ou extratos celulares. A comparação de espectros de massa obtidos de microrganismos desconhecidos contra um banco de dados de espectros de massa para microrganismos conhecidos, permite sua identificação. Essa utilização permite o usufruto de algumas vantagens frente a algumas limitações da técnica padrão, tal como agilidade na análise e redução de custos. Entretanto, faltam alternativas gratuitas aos softwares proprietários capazes de suprir características chaves na análise dos dados extraídos por tal técnica. Para auxiliar nessa análise nós criamos o JMSA, que é uma ferramenta de análise dos picos de um espectro de massa. O JMSA é capaz de facilitar a visualização comparativa, incluir dados descritivos de amostras. O JMSA também pode executar uma comparação de similaridade entre espectros selecionados. Desta forma o programa foi capaz de identificar um espectro, dado como desconhecido, em nível de espécie. O programa é capaz de ser executado consumindo poucos recursos nos principais sistemas operacionais que suportem Java, tal como MacOSX, Linux e Windows. Palavras-chave: Espectrometria de massa, Identificação de microrganismos, Análise de espectros de massa, MALDI-TOF, Desenvolvimento de software, Java. / Abstract: The use of MALDI-TOF mass spectrometry allows microorganism identification by generating mass spectra representing a characteristic profile of signals from ionized whole cell peptides or cell extracts. Comparing of mass spectra obtained from unknown microorganisms with a database of mass spectra for known microorganisms allows their identification. This usage allows the exploitation of some advantages over some limitations of the standard technique, such as agility in the analysis and reduction of costs. However, there is a lack of free alternatives to proprietary software capable of supplying key characteristics in its extracted data analysis. To assist in this analysis we have created the JMSA, which is a tool for analyzing the peaks of a mass spectrum. The JMSA is able to facilitate comparative visualization as well as include descriptive sample data. JMSA can also perform a similarity comparison of selected spectra. In this way the program was able to identify a spectrum, given as unknown, at species level. The program is able to run by consuming few resources on major operating systems that support Java, such as MacOSX, Linux and Windows. Key-words: Mass spectrometry, Identification of microorganisms, Mass spectrum analysis software, MALDI-TOF, Software development, Java.

Orientador : Prof. Dr. Renato Marques / Coorientadores : profª. Drª. Fátima Maria de Souza Moreira, Prof. Dr. Emanuel Maltempi de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Florestal. Defesa: Curitiba, 15/07/2016 / Inclui referências / Área de concentração : Conservação da Natureza / Resumo; A diversidade, a abundância e a dinâmica da microbiota do solo em florestas dependem, em grande parte, do processo de transformação da matéria orgânica do solo, cujas características dependem da vegetação florestal. Acredita-se que a presença de diferentes espécies florestais sobre o solo pode influenciar a BMS e a atividade microbiana; e entre outros, o processo de mineralização do N no solo. Os objetivos deste trabalho foram investigar as relações entre espécies arbóreas leguminosas (Andira anthelmia, Inga edulis, Inga striata, Pterocarpus rorhii) nativas da Floresta Atlântica do Sul do Brasil e parâmetros edáficos de natureza microbiológica. Avaliou-se C da biomassa microbiana (CBM) e N microbiano (Nmic), respiração basal do solo (RBS), quociente metabólico (qCO2) e a mineralização do nitrogênio; e caracterizou-se genotipicamente as comunidades microbianas do solo em áreas de regeneração natural em diferentes estágios sucessionais. A extração do CBM e Nmic foi realizada pelo método de irradiação-extração, a RBS por incubação das amostras com retenção de CO2 por NaOH e o qCO2 pela razão entre RBS e CBM; taxa de N mineralizado foi avaliada pelo método de incubação anaeróbica; e a diversidade de bactérias diazotróficas foi realizada pelo método de diluição seriada e cultivo em placa com os meios LGI, NFb e JNFb, purificação das colônias, amplificação e sequenciamento do 16S. Os resultados CBM e Nmic foram mais elevados no solo sob Inga edulis e Andira anthelmia; a RBS foi mais elevada no outono; qCO2 foi menor na primavera. Os valores de CBM e Nmic foram mais elevados no solo sob Inga edulis e Andira anthelmia; a RBS foi mais elevada no outono; qCO2 foi menor na primavera. Os valores de N mineralizado foram mais elevados nos solos sob I. edulis, assim como na camada superficial do solo e variaram conforme as estações do ano; indicando, assim, influência da espécies florestal, da profundidade de amostragem e das condições meteorológicas sobre a atividade microbiana. A caracterização genotípica mostrou que as bactérias encontradas pertencem aos filos Proteobacteria (90,4%), Firmicutes (4,8%) e Actinobacteria (4,8%). A maior diversidade de gêneros ocorreu nos solos sob A. anthelmia (14 gêneros); Burkholderia, Cupriavidus, Pseudomonas e Rhizobium foram mais frequentes, somando 37,5% da frequência total de gêneros; observou-se distinção das espécies florestais, com características como valores de pH, P, K, Ca e Mg agrupadas ao I. edulis; e, por fim, a distinção da floresta primária quanto as características químicas do solo. Assim, o estudo conclui que os fatores clima, espécies florestais e formação florestal podem influenciar o desenvolvimento e atividade microbiana do solo. Palavras-chave: Biomassa Microbiana do Solo, mineralização de N, bactérias diazotróficas, atividade microbiana e Fixação Biológica de Nitrogênio. / Abstract: The diversity, abundance and dynamics of soil microbiota in forests depends to a large extent on the process of transformation of soil organic matter, the characteristics of which depend on forest vegetation. It is believed that the presence of different forest species on the soil can influence BMS and microbial activity; and among others, the process of N mineralization in the soil. The objectives of this work were to investigate the relationships between tree species (Andira anthelmia, Inga edulis, Inga striata, Pterocarpus rorhii) native to the Atlantic Forest of southern Brazil and edaphic parameters of a microbiological nature. It was evaluated the carbon of the microbial biomass (CMB) and microbial nitrogen (Nmic), basal respiration of the soil (BRS), metabolic quotient (qCO2) and the mineralization of the nitrogen; and the microbial communities of the soil were characterized genotypically in areas of natural regeneration in different successional stages. The extraction of the CMB and Nmic was carried out by the irradiation-extraction method, the BRS by incubation of the samples with retention of CO2 by NaOH and the qCO2 by the ratio between BRS and CMB; mineralized N rate was evaluated by anaerobic incubation method; and the diversity of diazotrophic bacteria was performed by the serial dilution method and plaque culture with the LGI, NFb and JNFb media, colonization purification, 16S amplification and sequencing. The CMB and Nmic results were higher in the soil under Inga edulis and Andira anthelmia; BRS was highest in the fall; qCO2 was lower in spring. The values of mineralized N were higher in the soils under I. edulis, as well as in the superficial layer of the soil and they varied according to the seasons of the year; indicating, therefore, the influence of the forest species, the depth of sampling and the meteorological conditions on the microbial activity. The genotypic characterization showed that the bacteria found belong to the phyla Proteobacteria (90,4%), Firmicutes (4,8%) and Actinobacteria (4,8%). The greatest diversity of genera occurred in soils under A. anthelmia; Burkholderia, Cupriavidus, Pseudomonas and Rhizobium were more frequent, accounting for 37.5% of the total frequency; was observed the distinction between forest species, with characteristics such as pH, P, K, Ca and Mg values grouped with I. edulis; and, finally, the distinction of the primary forest as the chemical characteristics of the soil. Thus, the study concludes that the factors climate, forest species and forest formation may influence the development and microbial activity of the soil. Key-words: Soil Microbial Biomass, mineralization of N, diazrotrofic bacterial, microbial activity and Biological Nitrogen Fixation.