Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-06-27Bitstream added on 2014-11-10T11:57:42Z : No. of bitstreams: 1 000792129.pdf: 1387453 bytes, checksum: a23091891fb1b1c568aaa3170eeee7cf (MD5) / O entomopatógeno Bacillus thuringiensis têm se destacado no controle biológico de insetos-praga como alternativa viável em substituição aos inseticidas químicos. A bactéria é caracterizada pela produção de cristais protéicos em concomitância com o processo de esporulação. Esses cristais são formados por polipeptídeos que apresentam propriedade entomopatogênica frente a diversas ordens de insetos, porém são inócuos ao meio ambiente. Dessa forma, o conhecimento da diversidade de genes de B. thuringiensis presente no solo é de extrema importância para compreender sua distribuição ecológica e seus efeitos em habitats diferentes. Em paralelo, o uso de técnicas de análise envolvendo metagenômica são propostas para estudar comunidades microbianas presentes no meio ambiente, permitindo inclusive o acesso a microrganismos incultiváveis. A partir desta proposta o presente trabalho analisou a diversidade de genes codificadores das proteínas entomopatogênicas de B.thuringiensis em seqüências metagenômicas de DNA extraído de solo com cultivo de cana-de-açúcar e solo de floresta nativa em estações climáticas distintas. Foi possível identificar linhagens que possivelmente deram origem ao material genético via plataforma MG-RAST e os genes codificadores das proteínas entomopatogênicas foram identificados utilizando o software BLAST. Os resultados evidenciam uma provável influência das estações climáticas sobre a diversidade dos genes obtidos por este tipo de análise / The entomopathogen Bacillus thuringiensis is the most used alternative to control pests as opposed to the use of chemical products. This bacterium is able to produce crystals protein with entomopathogenic properties coded by the cry genes during its sporulation phase. The knowledge of the diversity of cry genes found in B. thuringiensis that is considered a soil bacterium is of extreme importance to allow us to understand the ecological distribution and its potential effects on the environment. Aside from this, the use of metagenomics techniques are being proposed to study microbial communities, as a way to overcame uncultivable microorganism. Based on such proposition this work aimed to evaluate the presence of B. thuringiensis entomopathogenic protein coding genes from metagenomic DNA extracted from soil samples on which sugar-cane has been cultivated as well as native forest soil samples obtained during different seasons of the year. It was possible to identify some strains of B. thuringiensis using the platform MG-RAST and their respective cry genes using the software BLAST. The obtained results allowed us to consider the influence of the climate on the diversity of cry genes that could be recognized by this type of analysis

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-07Bitstream added on 2015-01-26T13:30:27Z : No. of bitstreams: 1 000803482.pdf: 1005144 bytes, checksum: fa316234e481cd694df69fae35be1f41 (MD5) / Objetivou-se nesse estudo avaliar os efeitos da associação da glicerina ao milho e polpa cítrica na dieta de bovinos da raça Nelore confinados sobre o consumo, digestibilidade, parâmetros ruminais (pH, nitrogênio amoniacal, ácidos graxos de cadeia curta, produção de gases e massa microbiana), desempenho em confinamento, características da carcaça e da carne, parâmetros sanguíneos e comportamento ingestivo. Cinco dietas foram fornecidas e denominadas de: CON - sem adição de glicerina; M10 – milho e 10% de glicerina; M15 – milho e 15% de glicerina; P10 – polpa cítrica e 10% de glicerina; P15 – polpa cítrica e 15% de glicerina. No primeiro experimento foram utilizados cinco bovinos providos de cânulas permanentes no rúmen, distribuídos em delineamento experimental quadrado latino (5 x 5). Nos tratamentos com polpa cítrica (P10 e P15) foram verificados menores consumos e digestibilidades da matéria seca, matéria orgânica, fibra em detergente neutro e fibra em detergente ácido do que nos tratamentos com milho (M10 e M15). Para o tratamento controle houve menor produção do ácido butírico mas, maior produção de ácido acético e totais em relação aos tratamentos com glicerina. A relação acetato:propionato também foi maior no tratamento controle seguida dos tratamentos com polpa cítrica. Também foram observadas reduções nas produções das bactérias ruminais nos tratamentos com polpa cítrica, contudo sem afetar o pH e nitrogênio amoniacal ruminais nem a produção dos gases carbônico e metano. No segundo experimento, trinta bovinos foram confinados e distribuídos em delineamento experimental inteiramente casualizado no qual houve alterações no consumo de amido e fibra solúvel, contudo, sem afetar o desempenho, características da carcaça, nem o comportamento animal. A inclusão de glicerina provocou redução na intensidade de amarelo na carne e aumento no porcentual dos ácidos graxos ... / The objective of this study was to evaluate the association of glycerin to corn grain and citrus pulp in diets for Nelore cattle on intake, digestibility, ruminal parameters (pH, ammonia, short chain fatty acids, gas production and microbial mass), performance, characteristics of carcass and meat, blood parameters and feeding behavior. Five diets were provided and named: CON - without addition of glycerin; M10 - corn grain and 10% glycerin; M15 - corn grain and 15% glycerin; P10 - citrus pulp and 10% glycerin; P15 - citrus pulp and 15% glycerol. In the first experiment were used five cattle fitted with permanent rumen cannulas, distributed in Latin Square design (5 x 5). In treatments with citrus pulp (P10 and P15) were observed lower intake and digestibility of dry matter, organic matter, neutral detergent fiber and acid detergent fiber than in treatments with corn grain (M10 and M15). For the control treatment there was decreased production of butyric acid but greater production of acetic acid and totals compared to treatments with glycerin. The acetate:propionate ratio was also higher in the control treatment followed by treatment with citrus pulp. Were also observed decrease in the production of bacterial microorganisms, but without affecting the pH and ruminal ammonia neither the production of methane or dioxide carbon. In the second experiment, thirty cattle were confined and distributed in a completely randomized design. There were changes in the starch and soluble fiber intake, but, without affecting the performance, carcass characteristics, or animal behavior. The addition of glycerin caused reduction in the intensity of yellow in the meat, and increase in the percentage of fatty acids C15:0 and C17:1. About blood parameters only the triglycerides were influenced by the treatments. The concentrations of glucose and gamma-glutamyl transferase (GGT) were higher than suggested by the literature, the high values are probably ...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-12-20Bitstream added on 2015-01-26T13:30:22Z : No. of bitstreams: 1 000801393.pdf: 689811 bytes, checksum: 0318c7a2968d09fe8e82cd0368a90e7b (MD5) / Processos como a construção da Usina Hidrelétrica de Ilha Solteira resultaram em um conjunto de problemas ambientais, como a extinção de espécies da fauna e flora, além de contribuir para mudanças climáticas, erosão intensa do subsolo/solo e com consequente assoreamento de cursos d’água. Condições como esta exigem alternativas para uma melhor ocupação e possível recuperação para minimização dos impactos negativos gerados. Para reverter um processo como este, são necessárias intervenções por meio de estratégias como a revegetação e uso de fontes alternativas de matéria orgânica e micro-organismos simbiontes. Assim o objetivo deste trabalho foi avaliar a avaliar a implantação do pinhão-manso em solo degradado inoculado e acrescido de macrófitas, cinza derivada da queima do bagaço da cana-de-açucar e hidrogel. O experimento foi conduzido na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão (FEPE) da UNESP – Universidade Estadual Paulista, Campus de Ilha Solteira, no município de Selvíria-MS, em uma área com solo degradado, oriunda da construção da Usina Hidroelétrica de Ilha Solteira. O delineamento experimental foi em blocos casualizados, ocupando cada um deles uma área de 960 m2 (30 x 32m), composto por 16 linhas com 10 plantas por linha e como área útil foram utilizadas as 14 linhas internas e 8 plantas por linha. O esquema utilizado foi de um fatorial 2 x 2 x 4, ou seja, 2 tratamentos de inoculação (com e sem solo de Cerrado preservado contendo micro-organismos do solo, incluindo fungos micorrízicos arbusculares (FMA), 2 tratamentos de hidrogel (com e sem) e 4 tratamentos de cova (macrófitas, cinza, macrófitas + cinza e controle sem resíduo), com 4 repetições (blocos), sendo avaliadas 5 plantas por tratamento, por bloco. Solo de Cerrado preservado foi utilizando como fonte de micro-organismos, incluindo FMA. O plantio do pinhão-manso foi realizado em dezembro de 2010 e, ao longo de 12 meses, o ... / Processes such as the construction of the Ilha Solteira Hydroelectric Plant resulted in several environmental problems, such as the fauna and flora species extinction, as well as contributed to climate change, subsoil / soil severe erosion and consequent water siltation. Conditions such as this requires a better alternative to occupation and, possible, to recovery, and then, to minimize negative impacts. To reverse such a process, interventions are needed through strategies such as revegetation and use of alternative sources of organic matter and symbiotic micro-organisms. Thus the aim of this study was to evaluate the deployment of jatropha on degraded soil and inoculated, that received macrophytes, ash (derived from burning bagasse from sugar cane) and hydrogel. The experiment was conducted at the Farm for Teaching, Research and Extension (FEPE), UNESP - Universidade Estadual Paulista, Ilha Solteira Campus, in Selvíria - MS, in an area with degraded soil, arising from construction of the Ilha Solteira Hydroelectric Plant. The experimental design was randomized blocks, each one occupying an area of 960 m2 (30 x 32m), comprising 16 rows with 10 plants per row, which on with 14 internal rows 8 plants per row. The design was a 2 x 2 x 4 factorial, ie 2 inoculation treatments (with and without preserved Cerrado soil containing soil microorganisms, including mycorrhizal fungi (AMF), 2 hydrogel treatments (with and without) and 4 residues treatments (macrophytes, ash, macrophytes+ash and control without residue), with 4 replications (blocks), and 5 evaluated plants per treatment, per replicates. Preserved Cerrado soil was used as source of micro- organisms, including FMA. The planting of Jatropha was held in December 2010 and, over 12 months. The subsoil were collected at a depth of 0-0.10 m. Evaluations were performed at 30, 120, 240 and 360 days after planting (DAP) for soil chemical properties, spore numbers, percentage of root ...

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Programa De Pós-Graduação Em Ciências Médicas, Université Des Antilles Et de La Guyane, École Doctorale Santé, Environnement Et Sociétés Dans Les Amériques, 2014. / Orientador em co-tutela: Dr. Didier Stien. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2015-06-24T17:07:12Z No. of bitstreams: 1 2014_ThiagoMeirellesCasella.pdf: 5683604 bytes, checksum: 8180115a6e697860a1f952637c723f3c (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-06-26T13:00:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_ThiagoMeirellesCasella.pdf: 5683604 bytes, checksum: 8180115a6e697860a1f952637c723f3c (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-26T13:00:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_ThiagoMeirellesCasella.pdf: 5683604 bytes, checksum: 8180115a6e697860a1f952637c723f3c (MD5) / Devido à natureza simbiótica dos micro-organismos endofíticos, este estudo teve como objetivo investigar a atividade antibacteriana, antifúngica e citotóxica em metabólitos secundários de extratos de fungos endofíticos foliares de plantas do bioma Amazônia e Cerrado. Neste trabalho de tese foram isolados 147 micro-organismos cultiváveis (130 fungos, 3 bactérias e 14 fungos não-identificados ou desconhecidos) a partir de 28 plantas (4 espécies coletadas no Brasil e 24 na Guiana Francesa). Todos os micro-organismos foram identificados por análise molecular de regiões específicas de DNAr, com uso de técnicas de sequenciamento genômico. Fungos endofíticos da ordem Xylariales foram os de maior frequência de isolamento neste estudo, representados por 25 isolados. Extratos brutos em AcOEt foram produzidos a partir de culturas de cada micro-organismo isolado. Uma proporção relativa significante (23,1%) dos extratos demonstrou atividade em Candida albicans ATCC 10213, enquanto 4% foram ativos em Staphylococcus aureus ATCC 29213. O potencial citotóxico dos extratos foi avaliado para as linhagens celulares humanas KB (carcinoma cervical uterino), MDA-MB-435 (melanoma), e MRC-5 (fibroblastos de pulmão normal), resultando em proporção significante com atividade de inibição da proliferação celular (24,4%, 23,1% e 16,3%, respectivamente). Dezoito metabólitos secundários foram isolados a partir do fracionamento de oito extratos brutos endofíticos. Dezessete destas substâncias já tinham sido descritas anteriormente na literatura: ácido pilifórmico (24) e griseofulvina (25) isoladas de Xylaria cubensis SNB-GCI02; phomopirona A (26), pyrenocina A (27), alterperilenol (28) e novae-zelandina A (29) isoladas de Lewia infectoria SNB-GTC2402; 5-metilmelleina (31) e Dihidrosporothriolida (32) isoladas de Xylaria sp. SNB-GTC2501; mycoleptodiscina A (34) e mycoleptodiscina B (35) isoladas de Mycoleptodiscus sp. SNB-GTC2304; mycoepoxidieno (36) e altiloxina A (37) isoladas de Diaporthe pseudomangiferae SNB-GSS10; acremonisol A (40), semicochliodinol A (41) e cochliodinol (42) isoladas de Chaetomium globosum SNB-GTC2114; colletofragarona A2 (43) isolada de Colletotrichum sp. SNB-GTC0201; flavoglaucina (44) isolada de Eurotium rubrum BBS01. Dentre estas substâncias, a flavoglaucina (44) isolada de E. rubrum BBS01, demonstrou atividade comparável ao controle fluconazol em C. albicans (CIM de 4 μg.mL-1). Esta substância (44) apresentou IC50 >10 μM em células normais MRC-5, tornando-se candidata para estudos posteriores. Neste trabalho foi identificado pela primeira vez a atividade citotóxica da colletofragarona A2 (43), isolada de Colletotrichum sp. SNB-GTC0201. A substância inédita nomeada pyrrocidina C (30) foi isolada a partir de L. infectoria SNB-GTC2402 e identificada através de análises espectroscópicas (Casella et al., 2013). A pyrrocidina C (30) foi ativa em S. aureus ATCC 10213 (CIM de 2 μg.mL-1), e não foi considerada citotóxica para as células normais MRC-5 (IC50 >10 μM), demonstrando seletividade na ação antimicrobiana. Estes resultados demonstram a grande diversidade fúngica endofítica em plantas do bioma Amazônia e Cerrado, e a quimiodiversidade associada aos metabólitos secundários destes micro-organismos. Fungos endofíticos tropicais, como os vistos neste trabalho, podem emergir como uma nova fonte de substâncias antimicrobianas e citotóxicas. ____________________________________________________________________________________ RÉSUMÉ / En raison de la nature symbiotique des micro-organismes endophytes, cette étude visait à étudier l'activité antibactérienne, antifongique et cytotoxique chez les métabolites secondaires des extraits endophytes foliaires de plantes de l'Amazonie brésilienne et du Cerrado. Dans ce travail de thèse 147 micro-organismes cultivables ont été isolés (130 champignons, 3 bactéries e 14 champignons non-identifiés ou inconnus) à partir de 28 plantes (4 espèces collectées au Brésil et 24 en Guyane Française). Tous les micro-organismes furent identifiés par analyse moléculaire des régions spécifiques de l'ADNr en utilisant des techniques de séquençage génomique. Des champignons endophytes de l’ordre des Xylariales furent ceux de plus importante fréquence d’isolation dans cette étude, représentés par 25 isolats. Des extraits bruts à l’AcOEt furent produits à partir de cultures de chaque micro-organisme isolé. Une proportion relative signifiante (23,1%) des extraits démontra une activité sur Candida albicans ATCC 10213, pendant que 4% furent actifs sur Staphylococcus aureus ATCC 29213. Le potentiel cytotoxique des extraits fut évalué pour des lignées cellulaires humaines KB (carcinome cervical utérin), MDA-MB-435 (mélanome), et MRC-5 (fibroblastes de poumon normal), résultant en proportion signifiante avec activité d’inhibition de la prolifération cellulaire (24,4%, 23,1% e 16,3%, respectivement). Dix-huit métabolites secondaires furent isolés et identifiés à partir du fractionnement des extraits bruts de huit endophytes. Dix-sept de ces substances furent déjà décrites précédemment dans la littérature: l’acide piliformique (24) et la griséofulvine (25) isolés à partir de Xylaria cubensis SNB-GCI02; La phomopirone (26), la pyrenocine (27), l’alterpérilenol (28) et la novae-zelandine (29), isolés de Lewia infectoria SNB-GTC2402; 5-métilmelleina (31) et la dihidrosporothrioride (32) isolées à partir de Xylaria sp. SNB-GTC2501; La mycoleptodiscine (34) et la mycoleptodiscine B (35) isolées à partir de Mycoleptodiscus sp. SNB-GTC2304; le mycoepoxidiène (36) et la altiloxina A (37) isolés à partir de Diaporthe pseudomangiferae SNB-GSS10; L’acremonisol (40), le semicochliodinol (41) et le cochliodinol (42) isolés à partir de Chaetomium globosum SNB-GTC2114; la colletofragarone A2 (43) isolée à partir de Colletotrichum sp. SNB-GTC0201; la flavoglaucine (44) isolée à partir de Eurotium rubrum BBS01. Parmi ces substances, la flavoglaucine (44) isolée à partir de E. rubrum BBS01 démontra une activité comparable au contrôle fluconazol en C. albicans (CIM de 4 μg.mL-1). La substance (44) présenta IC50 >10 μM sur cellules normales MRC-5, ce qui en fait un candidat pour des études ultérieures. Dans ce travail, fut identifié pour la première fois l’activité de la colletofragarone A2 (43) isolée à partir de Colletotrichum sp. SNB-GTC0201. La substance inédite nommée pyrrocidine C (30) fut isolée à partir de L. infectoria SNB-GTC2402 et identifiée par des analyses spectroscopiques (Casella et al., 2013). La pyrrocidine C (30) fut active en S. aureus ATCC 10213 (CIM de 2 μg.mL-1) et ne fut pas considérées cytotoxique pour les cellules normales MRC-5 (IC50 >10 μM), démontrant une sélectivité dans l’action antimicrobienne. Ces résultats démontrent la grande diversité des endophytes fongiques chez les plantes de l'Amazonie brésilienne et du Cerrado et la grande chimiodiversité associée aux métabolites secondaires de ces micro-organismes. Des champignons endophytes tropicaux, comme ceux présentés dans cette étude, peuvent apparaître comme une nouvelle source de substances antimicrobiennes et cytotoxiques. ____________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Because of the symbiotic nature of endophytes, this survey aims to investigate the probality of discovering antibacterial, antifungal and cytotoxic activities in secondary metabolites of leaf endophytes isolated from plants of Amazon and Cerrado biomes. In this study, 147 cultivable microorganisms were isolated (130 fungi, 3 bacteria and 14 unidentified or unknown microbes) from 28 plant species (4 species collected in Brazil and 24 in French Guyana). All endophytes were identified by molecular analyses of specific rDNA regions, with genomic sequencing techniques. Fungal endophytes belonging to Xylariales order were the most frequently isolated in this study, represented by 25 isolates. Crude AcOEt extracts were produced from cultures of each isolated endophyte. A significant relative proportion (23,1%) of extracts showed activity in Candida albicans ATCC 10213, while 4% were active in Staphylococcus aureus ATCC 29213. The cytotoxic potencial of the extracts was evaluated for human cell lines KB (uterin cervical carcinome), MDA-MB-435 (melanoma) and MRC-5 (normal lung fibroblasts), and a significant proportion of them showed cellular proliferation inhibition (24,4%, 23,1% e 16,3%, respectively). Eighteen secondary metabolites were isolated by the fractionation of eight endophytic extracts. Seventeen of these substances had already been previously described in the literature: piliformic acid (24) and griseofulvin (25) isolated from Xylaria cubensis SNB-GCI02; phomopiron A (26), pyrenocin A (27), alterperilenol (28) and novae-zelandin A (29) isolated from Lewia infectoria SNB-GTC2402; 5-metilmellein (31) and dihidrosporothriorid (32) isolated from Xylaria sp. SNB-GTC2501; mycoleptodiscin A (34) and mycoleptodiscin B (35) isolated from Mycoleptodiscus sp. SNB-GTC2304; mycoepoxidien (36) and altiloxin A (37) isolated from Diaporthe pseudomangiferae SNB-GSS10; acremonisol A (40), semicochliodinol A (41) and cochliodinol (42) isolated from Chaetomium globosum SNB-GTC2114; colletofragaron A2 (43) isolated from Colletotrichum sp. SNB-GTC0201; flavoglaucin (44) isolated from Eurotium rubrum BBS01. Among these substances, flavoglaucin (44), isolated from E. rubrum BBS01, showed comparable antifungal activity with the positive control fluconazol in C. albicans (MIC of 4 μg.mL-1). Flavoglaucin (44) also showed IC50 >10 μM in normal MRC-5 cells, becoming a good candidate for further studies. In this work, the cytotoxic activity of colletofragaron A2 (43), isolated from Colletotrichum sp. SNB-GTC0201 was described for the first time. The unpublished substance named pyrrocidin C (30) isolated from L. infectoria SNB-GTC2402 was identified by spectroscopic analyses (Casella et al., 2013). The pyrrocidin C (30) was active in S. aureus ATCC 10213 (MIC of 2 μg.mL-1), and was not considered cytotoxic for normal MRC-5 cells (IC50 >10 μM), showing selectivity in antimicrobial activity. These results demonstrate the great endophytic fungal diversity in plants of Amazon and Cerrado biomes, along with the chemodiversity associated to the secondary metabolites of these endophytes. Tropical fungal endophytes, like those seen in this work, may emerge as a new source of antimicrobial and cytotoxic substances.

Orientador: Nilton Luiz de Souza / Resumo: Macrophomina phaseolina (Tassi) Goidanich é agente causal de tombamento, podridões de raízes, vagens, sementes e de caules, sendo amplamente disperso e parasita de mais de 500 espécies de plantas. O objetivo desse trabalho foi verificar a sobrevivência do fungo no solo incorporado com brócolos, seguido de solarização. Os tratamentos foram: solo incorporado previamente com brócolos (B) seguido de solarização utilizando filmes de polietileno (S) de 50 (B+S50), 100 (B+S100) e 150 (B+S150) μm de espessura; sem brócolos + solarizados (S50, S100 e S150); brócolos + não solarizado (B+NS) e sem brócolos e não solarizado (NS). O material orgânico utilizado foi brócolos (Brassica oleracea var. botrytis L.) triturado fresco, que foi incorporado no solo antes da solarização, na proporção de 4 Kg/m2. A área experimental foi localizada a 22º51'S de latitude e a 48º26'W de longitude, no estado de São Paulo, Brasil. Bolsas de náilon (duas repetições) contendo o fungo foram enterrados a 10 cm de profundidade no solo, sendo cada bolsa colocada no centro de cada parcela. A sobrevivência do fungo foi avaliada semanalmente em meio RB modificado durante 35 dias de solarização. A temperatura do solo foi monitorada por Datalogger DL2E e a porcentagem de CO2 e O2 pelo equipamento analisador de gases (Testo 325-1). O experimento foi repetido uma vez, em período diferente. Em ambos experimentos, nas parcelas incorporadas com resíduos de brócolos e solarizado, o fungo foi controlado com menos de 21 dias de solarização. Condições de aerobiose (% de CO2 e de O2) durante os primeiros 21 dias de tratamento foram 13,4 ; 2,8 e 13,7 ; 2,3 %, respectivamente para a primeira e segunda época. Os outros tratamentos foram ineficientes para morte do fungo. / Abstract: Macrophomina phaseolina (Tassi) Goidanich, is causal agent of damping-off, rottenness of roots, beans, seeds and stems and is widely spread and parasitic of over than 500 species of plants. The proposal of this work was to verify the fungus survival in soil amended with organic residues after soil solarization. The treatments were: soil amendment with broccoli (B) followed of soil solarization using polyethylene film (S) of 50 (B+S50), 100 (B+S100) and 150 μm-thick (B+S150); without broccoli plus solarization (S50, S100 and S150); broccoli plus non-mulched (B+NS) and check, without broccoli and nonmulched (NS). The organic matter utilized was grinded fresh broccoli (Brassica oleracea var. botrytis L.), incorporated into the soil before solarization at 4Kg/m2. The experimental field was located at 22º51'S of latitude and at 48º26'W of longitude, in São Paulo state, Brazil. Nylon bags (two reps) containing the fungus were buried 10-cm-deep into the soil at the centre of each plot. The fungus survival was evaluated weakly on RB modified medium until 35 days of solarization. The soil temperature was monitored by a (Dattalogger DL2E) and the percentages of CO2 and O2 by a gas analyser equipment (Testo 325-1). The experiment was repeated once in a different season. In both experiments, the mulched plots amended with broccoli residues have controlled the fungus less than 21 days after mulched treatment. Aerobic conditions (ratio of CO2 and O2 ) during these 21 days of treatments were 13.4 ; 2.8 and 13.7 ; 2.3%, respectively for the first and second season. The other treatments were inefficient to kill the fungus. / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-04Bitstream added on 2014-06-13T18:31:23Z : No. of bitstreams: 1 martins_md_me_sjrp.pdf: 49124372 bytes, checksum: 4c70a3b1bd3cabdb95fdc2ce05440ee4 (MD5) / As cianobactérias são dotadas de grande variabilidade morfológica e plasticidade ecológica e estão adaptadas aos mais diversos ambientes e regiões geográficas. O conhecimento taxonômico do grupo no Brasil ainda é restrito e concentrado principalmente no estado de São Paulo. Lagoas e banhados costeiros constituem hábitats de interesse científico, pois podem abrigar espécies não encontradas em outras condições ambientais e fornecer informações importantes do ponto de vista taxonômico, ecológico e evolutivo. A planície costeira do Rio Grande do Sul apresenta uma forte dominância de ecossistemas de áreas úmidas, destacandose entre eles, lagoas e lagunas de água doce e banhados. O objetivo deste estudo consiste no levantamento e estudo taxonômico das cianobactérias ocorrentes em ambientes aquáticos na área da lagoa do Casamento e ecossistemas associados, assim como na área dos butiazais (formação vegetal dominada pela palmeira butiá, Butia capitata (Martius) Beccari) nos arredores da cidade de Tapes. Os resultados obtidos baseiam-se na análise de 90 amostras de plâncton e espremidos de macrófitas que foram coletadas em maio, junho, outubro, novembro e dezembro de 2003, em 28 pontos das áreas (incluindo diferentes habitats como lagoas, banhados e sangradouro). Foram identificados 92 táxons específicos de cianobactérias, pertencentes a 39 gêneros. Synechococcophycidae foi representada por 34 espécies (37%), Oscillatoriophycidae por 33 espécies (36%) e Nostocophycidae por 25 espécies (27%). Entre as espécies identificadas, 24 (26%) são novas ocorrências para o Rio Grande do Sul. Três táxons foram identificados em nível genérico e provavelmente constituirão novos táxons para a ciência. Phormidium foi o gênero que apresentou o maior número de espécies identificadas (8), seguido de Aphanocapsa, Chroococcus e Oscillatoria (7 cada um)... / Cyanobacteria have wide morphological diversity and ecological plasticity and are adapted to different environments and geographic regions. The taxonomic knowledge of the group in Brazil is still limited and it is mainly concentrated in the São Paulo State. Additionally, coastal lagoons and wetlands are habitats of scientific interest because they may harbor species not found in other environmental conditions and provide important information in terms of taxonomic, ecological and evolutionary. The coastal plain of the Rio Grande do Sul State has a strong dominance of wetland ecosystems, especially lakes and freshwater lagoons and marshes. The aim of this paper is the taxonomic study of the cyanobacteria in aquatic environments in the areas of Casamento lagoon and of the butiazais (vegetation mainly composed by the palm tree Butia capitata (Martius) Beccari) around Tapes City, as well as associated ecosystems. Results are based on the analysis of 90 samples obtained during the project “Assessment of the biodiversity of the Casamento lagoon and butiazais areas, coastal plain of Rio Grande do Sul State”. Samples of plankton and squeezing submerged parts of aquatic macrophytes were collected in May, June, October, November and December 2003, in 28 sites (including different habitats such as ponds, wetlands and spillway). Ninety two specific taxa, belonging to 39 genera, were identified. Synechococcophycidae was represented by 34 species (37%), Oscillatoriophycidae by 33 species (36%) and Nostocophycidae, by 25 species (25%). Among the identified species, 24 (26%) are firstly recorded for Rio Grande do Sul State. Three taxa were identified only at generic level and are probably new to science. Phormidium was the genus which presented the highest number of identified species (8), followed by Aphanocapsa, Chroococcus and Oscillatoria (with 7 species each). Geitlerinema... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-06-10Bitstream added on 2014-06-13T20:56:22Z : No. of bitstreams: 1 vittori_j_me_jabo.pdf: 179453 bytes, checksum: ba26e6c54868af1d8a37acaf9f491fe1 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Visando suplementar ruminantes no período seco, a cana-de-açúcar nos últimos anos tem sido bastante pesquisada e empregada como volumoso alternativo, principalmente na forma de silagem. Na ensilagem desta forrageira, principalmente quando utilizada após queima do canavial, ocorre uma alta atividade de leveduras epífitas que convertem os carboidratos solúveis da forragem em etanol, gás carbônico e água, levando a elevadas perdas de matéria seca, aumento no teor de fibra em detergente neutro e diminuição de consumo. Buscando amenizar esses problemas temse pesquisado inoculantes bacterianos compostos por bactérias ácido-produtoras, tais como o Lactobacillus buchneri. Sendo assim, objetivando avaliar os efeitos antimicrobianos e químicos na silagem de cana-de-açúcar queimada e inoculada com Lactobacillus buchneri, quatro silos de superfície foram analisados por meio dos seguintes tratamentos: cana-de-açúcar crua sem aditivo; cana-de-açúcar crua inoculada com L. buchneri; cana-de-açúcar queimada sem aditivo e cana-de-açúcar queimada e inoculada com L. buchneri. As amostragens foram efetuadas após 0, 21, 49, 77 e 105 dias de utilização dos silos, sendo retiradas do centro e superfície do painel. Houve redução na população de leveduras e fungos filamentosos nas silagens inoculadas e aumento nas queimadas. Constatou-se maior população de microrganismos na camada superficial, além de maiores valores de pH e nitrogênio amoniacal. Ocorreram menores perdas de matéria seca na silagem de cana-de-açúcar queimada e inoculada em relação ao seu controle. As silagens apresentaram os fungos filamentosos Aspergillus, Penicillium, Trichoderma, Rhizopus e Neurospora após abertura, verificando-se redução na frequência dos mesmos ao longo do período. O inoculante exerceu um efeito redutor na população de leveduras e na perda de MS sendo esse efeito potencializado pela... / In order to supplement ruminants’s diets in dry period, sugarcane in the last years has been researched and processed as silage to used as an alternative food. In this ensilage process, mainly after sugar cane plantation have been set on fire, occurs a high activity of yeasts that convert the soluble carbohydrates of the forage in ethanol, carbon dioxide and water, leading to dry matter losses, increase in fiber content and decrease in the intake. In a way to solve those problems bacterial inoculants produced with acid-producers bacteria’s, such as Lactobacillus buchneri, have been researched. Considering this the aim of the present study was to evaluate the microbiological and chemical effects on burned sugarcane silage when inoculated with Lactobacillus buchneri. Four silos type surface were analyzed using the following treatments: sugarcane without additives; sugarcane inoculated with L. buchneri; burned sugarcane without additives; and burned sugarcane inoculated with L. buchneri. The samples were taken after 0, 21, 49, 77 and 105 days after opening the silos and they were taken from the center and the surface of the panel. There was a reduction in the population of yeasts and filamentous fungi in inoculated silages and an increase of them in burned silages. There was a greater population of microorganisms in the superficial layer, in addition to higher pH values and ammoniacal nitrogen. The burned silage inoculated with L. buchneri showed the least amount of losses of dry matter in comparison to the control sample. The fungi Aspergillus, Penicillium, Trichoderma, Rhizopus and Neospora were found in the silages after opening the silos and the frequency of these microorganisms decreased with the passing of time. The inoculating had an reduccing effect in the yeast's population and in the loss of DM, and this effect was enhanced by the burn of the sugarcane... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-08-25Bitstream added on 2014-06-13T20:56:25Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_dm_me_rcla.pdf: 453316 bytes, checksum: bb92218b6015fc38766c9207299c3f70 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Isolou-se uma cepa de levedura do tratamento biológico do efluente da Refinaria de Paulínia – SP. Esta levedura foi submetida a alguns ensaios preliminares e mostrou-se capaz de biodegradar lipídios vegetais, gorduras animais e hidrocarbonetos. Diante destas características metabólicas providenciou-se a sua taxonomia resultando após análise molecular do genoma na espécie Candida viswanathii. Pelas suas propriedades hidrolíticas, procurou-se verificar nesta pesquisa a sua capacidade da em degradar biodiesel de origem animal, mediante o emprego do método respirométrico de Bartha e Pramer. Como suporte para esta avaliação utilizou-se solo arenoso, pH 4,0, 8,0g/dm3 de matéria orgânica, coletado na Estação Ecológica de Itirapina, coordenadas geográficas (S 21°13’V e 0 47º 49’W). Procurou-se avaliar a capacidade de biodegradar biodiesel desta levedura com a quantidade de água sugerida no próprio método de respirometria isto é, de 70% da capacidade de campo (CC) e com quantidade adicional para 90% da CC. Constatou-se nos experimentos realizados que capacidade de campo diminui a eficiência da respirometria no tratamento em que havia biodiesel e o solo apresentava 90% da CC. Nos tratamentos com levedura e biodiesel tanto em 70 como 90% da CC houve maior evolução de CO2. Comparando-se os ensaios com biodiesel e adição da levedura, verificou-se que na ausência da C. viswanathii a produção de CO2 foi 4% menor. Nos tratamentos em que apenas o biodiesel foi acrescentado verificou-se que a microbiota autóctone do solo também promove a biodegradação e conseqüente biorremediação indicando que, mesmo os microrganismos existentes no solo possuem a capacidade de degradar biodiesel e promover a biorremediação. / A stream of yeast was isolated from biological treatment of effluent from the refinery in Paulinia - SP. This yeast has been subjected to some preliminary tests and was capable of biodegradability vegetable oil, animal fat and hydrocarbon. Facing these metabolic characteristics, has provided its taxonomy and after molecular analysis of the genome resulted in Candida viswanathii species. For its hydrolytic properties, this research tried to verify its ability to degrade biodiesel from animal fat, by the use of the of Bartha and Pramer’s respirometry method. As support for this research, was utilized a sandy soil, pH 4,0; 8,0 g/dm3 of organic material, collected from Itirapina’s Ecologic Station, geographic co-ordinates (S 21° 13’V and 0 47º 49’W). C. viswanathii was isolated from oil refinery effluent after biological treatment. The research evaluated the yeast’s capacity of biodiesel degradation with the same quantity of water suggested by respirometric method, which means, at 70% of field capacity (FC) and with additional quantity to 90% of FC. It was found on the control experiments realized that the respirometric’s efficiency was lower in the treatment with biodiesel and the soil was 90% of FC (with more quantity of water). On treatments those containing the yeast and biodiesel, either at 70 or 90% FC there were more production of CO2. Comparing the treatments with biodiesel and yeast’s addition, it was found that the production of CO2 decreases 4% in the yeast absence. On treatments where only biodiesel was added it was observed that the soil’s autochthon microbiota also promoted the biodegradation and consequent bioremediation. This result indicates that even microorganisms from soil have the capacity to degrade biodiesel and promote the bioremediation of contaminated areas.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-04-29Bitstream added on 2014-06-13T20:35:52Z : No. of bitstreams: 1 sousa_ps_me_rcla.pdf: 1485165 bytes, checksum: e9ca52a65116171ad1d3dcc0860839f6 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Polybia ignobilis é uma vespa social que apresenta uma alimentação variável e inespecífica, consumindo outros insetos, pedaços de animais mortos, néctar, polpa de madeira e água. Dentro do ninho ocorre a trofalaxia, onde o alimento é distribuído entre os indivíduos da colônia através de secreção labial, podendo ocorrer entre adulto e larva ou apenas entre adultos, propiciando a dispersão de micro-organismos. A associação entre leveduras e insetos pode ser considerada transitória, onde os insetos podem atuar como vetores na dispersão desses micro-organismos sem benefício nutricional; por outro lado, também pode ser considerada como uma associação benéfica, onde o inseto utiliza as leveduras como complemento alimentar. O presente estudo teve como objetivos: caracterizar a comunidade de leveduras associadas à P. ignobilis; verificar se há relação entre a distribuição das leveduras nas diferentes castas da vespa e contribuir com a formação de um banco temático de leveduras isoladas de insetos sociais. Indivíduos do ninho de P. ignobilis e amostras de mel foram coletados no campus da UNESP - Rio Claro. O isolamento e identificação das estirpes foi feita de acordo com a metodologia clássica descrita em YARROW (1998). Foram isoladas 167 estirpes, sendo 59 do primeiro ninho e 108 do segundo. Após uma seleção baseada em análises morfológicas, bioquímicas e perfil de bandas de microsatélites (MSP-PCR) estirpes representativas de cada grupo, bem como as estirpes únicas foram identificadas pelo sequênciamento da região D1/D2 do rDNA 26S. Os resultados revelaram a prevalência no primeiro ninho dos gêneros Candida, Cryptococcus, Hanseniaspora e Rhodotorula, compreendendo 45% do total das estirpes, sendo as espécies mais freqüentes Candida azyma, Candida chrysomelidarum, Cryptococcus liquefaciens e Rhodotorula mucilaginosa. No segundo ninho, as espécies... / Polybia ignobilis is a social wasp that features a variable and unspecific alimentation, eats other insects, bits of dead animals, nectar, wood pulp and water. Inside the nest occurs trofalaxis, where food is distributed among individuals of the colony through labial secretion, it can occur between adult and larva or adults only, being vectors in the dispersion of microorganisms. The association between yeasts and insects can be considered temporary, where the insects serve as vectors in the dispersal of these micro-organisms without nutritional benefit; on the other hand, can also be regarded as a beneficial association, where the insect uses the yeasts as a food supplement. This present study aimed to characterize the yeast community associated with P. ignobilis; verify whether exists a relation between the distribution of yeasts in different varieties of wasp and contribute to the formation of a thematic database of yeasts isolated from social insects. Individuals from the nest of P. ignobilis and honey samples were collected on the campus of UNESP - Rio Claro. The isolation and identification of strains was made according to classical methodology described in YARROW (1998). We isolated 167 strains, 59 and 108 of the first and second nest. After a selection based on morphological, biochemical and microsatellite band profiles (MSP-PCR) representative strains of each group as well as unique strains were identified by sequencing the D1/D2 region of 26S rDNA. The results revealed the prevalence in the first nest of Candida, Cryptococcus, Hanseniaspora and Rhodotorula, comprising 45% of all strains, being the most frequent species Candida azyma, Candida chrysomelidarum, Cryptococcus liquefaciens and Rhodotorula mucilaginosa. In the second nest of the species that prevailed were Aureobasidium pullulans, Meyerozyma guillermondii. Some strains may constitute new... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-05-06Bitstream added on 2014-06-13T19:56:03Z : No. of bitstreams: 1 soaresjunior_j_me_rcla.pdf: 752217 bytes, checksum: cb7bfc540971b4b49bd12620984c3d88 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O cancro cítrico é uma doença de importância mundial para o cultivo de laranjas e seu agente causador é a bactéria Xanthomonas axonopodis pv. citri. Embora todos os genes presentes nessa bactéria já tenham sido sequenciados, grande parte destas sequências não apresenta qualquer informação experimental sobre a contribuição para o sucesso da instalação do patógeno na planta hospedeira. Por outro lado, torna-se cada vez mais evidente que várias bactérias fitopatogênicas utilizam mecanismos de adaptação de origem genética que podem induzir efeitos fisiológicos na planta e adequar o ambiente de tal forma que permita a ocorrência da doença. Dentre estes mecanismos, está a possibilidade da bactéria produzir substâncias que se assemelhem a hormônios vegetais, como a auxina (AIA). O objetivo deste trabalho foi desenvolver metodologia genômica de busca para investigar se há genes que codificam para a produção de compostos iguais ou semelhantes a este hormônio em X. axonopodis pv. citri e se a sua participação no processo de patogênese é fundamental para o sucesso da infecção. Para tal, foi produzida coleção de mutantes genéticos funcionais aleatoriamente em X. axonopodis pv. citri, com posterior submissão desta mesma coleção a teste de produção de auxina utilizando o reagente Salkowski. Após produção e análise de grupo de mutantes dirigidos e coleção de aproximadamente 14200 mutantes aleatórios não foi detectada linhagem defectiva para a produção de AIA ou composto semelhante. Os resultados obtidos neste estudo, no entanto, mostram que a biossíntese do composto em X. axonopodis pv. citri é dependente do triptofano e que existe uma concentração ótima deste aminoácido a ser adicionado no meio de cultura para que a bactéria realize a biossíntese. Este é o primeiro estudo... / The citrus canker is a disease of global significance for the cultivation of oranges and its causative agent is the bacterium Xanthomonas axonopodis pv. citri. Although all the genes present in this bacterium have been sequenced, most of these sequences have no experimental information regarding the contribution to the successful installation of the pathogen on the host plant. On the other hand, it has been clearly demonstrated that several pathogenic bacteria use adaptative mechanisms that can induce physiological effects in plants and adjust the environment in a way that allows the occurrence of the disease. Among these mechanisms there is the possibility the bacteria produce substances that are similar to plant hormones such as auxin (IAA). The objective of this study was to develop a screening methodology to investigate the presence of genes that code for a compound identical or similar to auxins in X. axonopodis pv. citri as well as if it plays a role during the pathogenesis process. The main goal of this study was to produce a collection of random and directed genetic mutant strains of X. axonopodis pv. citri for the screening of auxin production by using the Salkowski reagent. After production and analysis of the group of mutants, including a collection of approximately 14,200 random mutant strains, defective production of IAA or similar compound was not detected. On the other hand, the results of this study show that such compound mimics effects of hormonal properties in X. axonopodis pv. citri and is dependent of tryptophan. In addition, it is shown that there is an optimum concentration of this amino acid to be added in the culture medium for the bacteria to carry out biosynthesis. To our knowledge, this is the first study to investigate systematically the production of auxin-like compounds in Xanthomonas axonopodis pv. citri.