Aspectos Metodológicos: Planteamiento del Problema: ¿Cuáles son Tasas de consumo en Dosis Diaria Definida, las indicaciones y la prescripción de antibióticos de Reserva en los servicios de Medicina Interna, Cirugía General y Cuidados Intensivos en adultos del Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins- EsSalud en el año 2006? Objetivos: Describir el consumo, las indicaciones y las prescripciones de antibióticos de Reserva en el Hospital Edgardo Rebagliati Martins utilizando la Metodología ATC/DDD de la Organización Mundial de la Salud.

Microorganisms are present in a variety of sources, including food, water, animals, environment as well as the human body. They can be harmless or harmful. The latter is also called pathogenic and their detection is extremely important due to health and safety reasons. It is well known that food contaminated with bacteria can produce a number of foodborne diseases. As a consequence, thousands of euros are invested each year in medical treatments trying to keep the population healthy. There are more than 250 known foodborne diseases. For example, outbreaks of salmonellosis have increased in many countries in the last decades being Salmonella Infantis one of the most important etiological agents associated with this enteric disease. Moreover, due to the wide distribution of the microorganisms, they can also contaminate foods in the field as well as during the storage stage. In that sense, filamentous fungi are one of the etiological agents responsible for most post-harvest food spoilage producing quality losses and economic devaluation. On the other hand, the invasive fungal infections due to yeast have risen considerably in recent years. Candidiasis is the so-called disease produced by Candida albicans. This is an opportunistic infection that affects immunocompromised patients requiring costly treatment with advanced medicine. Several methods have been proposed so far to detect pathogenic microorganisms. Conventional culture is highly selective and sensitive but they also require several days to yield the results. To simplify and automate the identification of both bacteria and fungi rapid biochemical kits have been developed. Although the results obtained with these kits are comparable to the traditional biochemical tests they also need 1 or 2 days to obtain results. Enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA) can be applied for the direct identification of pathogenic microorganisms in real samples. This immuno-based method has been widely used in both food and the medical sector with high sensitivity. Nevertheless, the main disadvantage of this method is that it can also be time-consuming because a pre-enrichment of the sample is often required in order to achieve low limits of detection. As a consequence, many researchers have addressed their efforts towards the development of alternative methods to allow the rapid detection of pathogens. Molecular biology-based methods, specifically polymerase chain reaction (PCR) and real-time PCR are nowadays the most common tools used for pathogen detection. They are highly sensitive and allow the quantification of the target. In addition, microarray platforms of DNA have been developed in order to analyse hundreds of targets simultaneously. However, this technique is costly and reagent-consuming. The introduction of biosensors has brought new alternatives in pathogenic detection. Biosensors are the most used tools in pathogenic detection after PCR, culture methods and ELISA. They provide rapid results after the sample has been taken. However, their real application lies in achieving selectivities and sensitivities comparable to the established methods and at low cost. Since carbon nanotubes (CNTs) were discovered by Iijima, many papers have reported their unique electronic and optical properties which, together with their size, make these nanostructures interesting materials in the development of biosensing platforms. Their very high capacity for charge transfer between heterogeneous phases makes them suitable as components in electrochemical sensors. The electrical conductivity of the CNTs is highly sensitive to changes in their chemical environment and, as a result, they have been successfully applied in the study of molecular recognition processes. An approach for the direct electrical detection of biomolecules integrates CNTs as transducer elements within a field-effect transistor (FET) configuration. The main advantages of this kind of configuration lies in that the conducting channel is usually located on the surface of the substrate and as a result, they are extremely sensitive to any change in the surrounding environment. Moreover, CNTFET devices can operate at room temperature and in ambient conditions. At the beginning of this research (2006) electrochemical CNTFETs based on single walled carbon nanotubes had not been applied to detect bacteria or fungi. Only the interaction between CNTs and bacteria had been explored, but without sensing purposes. Therefore, this thesis reports the first CNTFET devices applied to the detection of pathogenic microorganisms. First, the background and the introduction containing the state of the art are presented covering relevant investigations made in the last years. Next, the main analytical methods are described. These descriptions involve detailed information of all procedures, analytical tools and materials used throughout this research work. In the following chapters, the application of the CNTFETs for the determination of bacteria, yeast and moulds is presented throughout the scientific articles published along the development of the thesis. Briefly, the first device developed was applied to the detection of Salmonella Infantis in a simple matrix (0.85 % saline solution) and it was proven for first time, that this kind of sensor was able to detect, at least, 100 cfu/mL of the bacteria in just one hour with high selectivity. Subsequently, we enlarged the application field to other types of microorganisms: Candida albicans. In this study we improved not only the detection limit of the devices to 50 cfu/mL but also we proved the selectivity of the CNTFETs against possible interference that can be present in real samples like serum proteins. Finally, the devices were applied to the detection of the mould Aspegillus flavus in real samples. In this assay the response time was 30 minutes and a high sensitivity (10 µg of A. flavus / 25 g of rice) was obtained. As the final chapters, general conclusions extracted from the overall work and annexes are reported. It can be stated that nanomaterials displaying extraordinary properties like carbon nanotubes can be combined with biological entities to obtain highly sensitive and selective biosensors able to detect bacteria, yeasts and moulds in a very short time. In future work, other performance parameters such as, long term stability, robustness and reusability must be studied further and contrasted with standard methods before thinking of the commercialization of the devices. / Los microorganismos están presentes en una gran variedad de orígenes, incluyendo alimentos, agua, animales, medio ambiente también como en el propio cuerpo humano. Estos pueden ser beneficiosos o perjudiciales. Los microorganismos perjudiciales reciben el nombre de patógenos y su detección es de gran importancia por razones de salud y seguridad. Es bien conocido que los alimentos contaminados con bacterias pueden producir cierto número de enfermedades. Como consecuencia de esto, miles de euros se invierten cada año en tratamientos médicos para mantener la salud de la población. Existen más de 250 enfermedades transmitidas por alimentos. En las últimas décadas se ha incrementado por ejemplo, la incidencia de brotes de salmonelosis en muchos países, siendo Salmonella Infantis uno de los agentes etiológicos más importantes asociados con la producción de esta enfermedad entérica. Debido a la amplia distribución de los microorganismos, estos pueden llegar también a contaminar alimentos durante su cultivo como durante la fase de almacenamiento. En este sentido, los hongos filamentosos son en gran parte los agentes etiológicos responsables del deterioro de alimentos después de la cosecha produciendo pérdidas en la calidad y devaluación económica. Por otra parte, las infecciones fúngicas invasivas producidas por levaduras han aumentado considerablemente en los últimos años. Candidiasis, es la enfermedad producida por Candida albicans. Esta es una de las infecciones más comunes que afectan pacientes inmunocomprometidos requiriendo tratamientos de elevado coste. Se han propuesto varios métodos hasta la fecha para la detección de microorganismos patógenos. El cultivo es el método de referencia utilizado para la detección y cuantificación de bacterias. Tiene la ventaja de ser altamente selectivo y sensible pero tiene el inconveniente de requerir varios días para obtener un resultado. Para simplificar y automatizar la identificación de bacterias y hongos se han desarrollado kits bioquímicos rápidos. Aunque los resultados obtenidos usando esta clase de kits son comparables a las pruebas bioquímicas tradicionales, también 1 o 2 días son requeridos para la obtención de resultados. El enzimoinmunoensayo ("Enzyme Linked Immunosorbent Assay", ELISA) es un método immunológico de gran sensibilidad que se utiliza ampliamente para detectar y cuantificar microorganismos patógenos, tanto en el sector médico como en el alimentario. Sin embargo, su principal desventaja es que a veces el tiempo de análisis puede aumentar considerablemente, específicamente cuando se realizan etapas de pre-enriquecimiento de la muestra para disminuir el límite de detección. Como consecuencia, muchos investigadores han dirigido sus esfuerzos hacia el desarrollo de métodos más rápidos. Los métodos basados en el uso de la biología molecular, específicamente la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y la PCR en tiempo real, son hoy en día las herramientas más comúnmente usadas para la detección de patógenos. Estas técnicas son altamente sensibles y permiten la cuantificación del patógeno. Adicionalmente, se han desarrollado chips con plataformas de DNA para analizar cientos de patógenos simultáneamente. Sin embargo, esta técnica es costosa y requiere el uso de muchos reactivos. La introducción de los biosensores ha contribuído a generar nuevas alternativas para la detección de patógenos. Los biosensores son las herramientas más usadas en la detección de patógenos después de la PCR, los métodos convencionales y el ELISA. Tienen la ventaja de proporcionar respuestas rápidas entre la toma de muestra y la obtención de los resultados. No obstante, el reto para su aplicación en muestras reales radica en alcanzar selectividades y sensibilidades comparables a los métodos convencionales ya establecidos y a un costo económico reducido. Desde que Iijima descubrió los nanotubos de carbono (CNTs) se han publicado numerosos trabajos sobre sus excelentes propiedades electrónicas y ópticas, las cuales, en conjunción con su tamaño, hacen de estas nanoestructuras materiales interesantes en el desarrollo de plataformas de biodetección. Los CNTs presentan una gran capacidad de transferencia de carga entre estructuras heterogéneas. Ello les confiere una gran utilidad en la elaboración de sensores de tipo electroquímico. Su conductividad eléctrica varía de forma muy acusada con cambios en su ambiente químico y, como resultado, se han aplicado con éxito en el estudio de procesos de reconocimiento molecular. Una metodología para la detección directa de biomoléculas integra los CNTs como elementos transductores dentro de una configuración de transistor de efecto campo (FET). Las principales ventajas de esta clase de configuraciones radican en que el canal conductor se localiza sobre la superficie del substrato y, como resultado, es altamente sensible a cualquier cambio en el medio ambiente. Además, los CNTFETs pueden operar a temperatura y, humedad ambientales. Al inicio de esta tesis (2006), todavía no se habían aplicado los CNTFETs basados en nanotubos de carbono monocapa a la detección de bacterias y hongos. Sólo se había estudiado la interacción entre los CNTs y bacterias, pero sin el objetivo de detección. Por tanto, esta tesis aporta los primeros CNTFETs aplicados a la detección de microorganismos patógenos. En primer lugar, se presentan los antecedentes y la introducción, donde se realiza una revisión crítica y actualizada de los métodos e investigaciones más relevantes para detectar microorganismos patógenos. Posteriormente, se incluye un capítulo con la información detallada de todos los procedimientos experimentales, herramientas analíticas y materiales utilizados a lo largo del trabajo de investigación. En los siguientes capítulos, se presenta la aplicación de CNTFETs en la determinación de bacterias, mohos y levaduras mediante artículos científicos publicados a lo largo del desarrollo de la tesis. Brevemente, el primer dispositivo desarrollado se aplicó a la detección de Salmonella Infantis en una matriz simple (solución salina 0.85 %) y se comprobó por primera vez que esta clase de sensores eran capaces de detectar al menos 100 ufc/mL de la bacteria en tan solo una hora con alta selectividad. Seguidamente, se amplió el campo de aplicación a otro tipo de microorganismo, Candida albicans. En este estudio, se mejoró no sólo el límite de detección de los dispositivos a 50 ufc/mL sino que también se mejoró la selectividad de los CNTFETs frente a posibles interferentes que pueden estar presentes en muestras reales, tales como proteínas séricas. Finalmente, se aplicaron los dispositivos a la detección del moho Aspergillus flavus en muestras reales. En este ensayo, el tiempo de respuesta fue de 30 minutos y se obtuvo una buena sensiblidad (10 µg de A. flavus / 25 g de arroz). Como parte final de la tesis, se presentan las conclusiones generales extraídas a lo largo del trabajo completo junto con los anexos. Puede concluirse que, gracias a las propiedades únicas de los nanotubos de carbono, dichos nanomateriales pueden combinarse con entidades biológicas (como los anticuerpos) para obtener biosensores altamente sensibles y selectivos capaces de detectar bacterias, levaduras y mohos en un tiempo de análisis muy reducido. Como trabajo futuro, se deberán estudiar otros parámetros de calidad de los dispositivos tales como la estabilidad a lo largo del tiempo, la robustez o su reutilización con el fin de contrastarlos con los métodos estándar antes de poder iniciar la comercialización de este tipo de sensores.

El sistema Copahue-Caviahue, que comprende el Volcán Copahue, el Río Agrio, varias manifestaciones geotermales de distintas temperaturas además de lagunas, lagos y otros cursos de agua, es un ambiente natural de características principalmente termales y ácidas, derivadas de su origen volcánico. Estos hábitats están colonizados por microorganismos especialmente adaptados para sobrevivir en condiciones extremas, por lo que son denominados extremófilos. Los extremófilos participan activamente en la geoquímica del lugar, formando parte de los ciclos naturales de varios elementos químicos. Muchas de las arqueas y bacterias que habitan en ambientes extremos son especies nuevas, no conocidas para el hombre, aunque algunas de ellas están ahí desde los orígenes de la vida en la Tierra. La biodiversidad de estos ambientes constituye un patrimonio que debe conocerse y valorarse. Ese conocimiento puede ser aplicado para estudiar los procesos evolutivos que se tuvieron lugar en la Tierra, conocer los mecanismos moleculares que hacen resistentes a los extremófilos y entender cómo participan en los ciclos biogeoquímicos del ambiente. Los microorganismos que pudieran ser aislados de estos ambientes podrían ser usados posteriormente para desarrollar nuevos procesos biotecnológicos u optimizar los ya existentes. El estudio de la biodiversidad extremófila no es tarea sencilla. Los microorganismos de ambientes extremos crecen en condiciones difíciles de reproducir en el laboratorio y pueden tener requerimientos nutricionales que desconocemos. Es por eso que las técnicas de biología molecular cultivo-independientes se vuelven herramientas indispensables. A partir de estas premisas e inquietudes se formularon las hipótesis del presente Trabajo de Tesis Doctoral que se canalizaron a través de los objetivos que se describen a continuación. Objetivo general Realizar la prospección de la diversidad microbiana de la región volcánica de Caviahue-Copahue, un ambiente extremo con altas temperaturas y bajos valores de pH, utilizando herramientas de biología molecular cultivo independientes. Objetivos específicos: ♦ Realizar la prospección de la biodiversidad procariota del Río Agrio, un sistema donde las condiciones fisicoquímicas cambian a lo largo de su recorrido. ♦ Realizar la prospección de la biodiversidad en algunos pozos geotermales representativos de acuerdo a sus condiciones fisicoquímicas y su nivel de intervención antropogénica. ♦ Relacionar la diversidad y las especies procariotas presentes en cada sitio con sus condiciones fisicoquímicas, la geoquímica del lugar y los ciclos de elementos importantes en la zona como los del azufre y del hierro. ♦ Detectar posibles nuevas especies extremófilas. ♦ Predecir condiciones para el aislamiento de nuevas especies. ♦ Predecir posibles características fisiológicas y aplicaciones biotecnológicas de nuevas especies.

Objetivo general Determinar los mecanismos por los cuales los microorganismos intestinales interaccionan con las células del hospedador en especial en lo que respecta a aquellos eventos relacionados con su transporte dentro de células del sistema inmune y al antagonismo de los efectos de patógenos intestinales por microorganismos probióticos. Objetivos específicos 1. Determinar qué tipo de interacciones se establecen entre B. cereus y células fagocíticas. Determinación del destino intracelular y la supervivencia de este microorganismo. 2. Establecer la capacidad de otros microorganismos de interferir en la interacción de B. cereus con células epiteliales y células dendríticas. Estudio de la respuesta generada sobre estas células. 3. Desarrollo de un modelo murino de infección con B. cereus.

Orientador: Luis Henrique Zanini Branco / Banca: Marli de Fátima Fiore / Banca: Célia Leite Sant'Anna / Resumo: As Cyanobacteria são dominantes em diversos tipos de ambientes, são especialmente bem distribuídas e abundantes em ambientes terrestres e possuem importante função ecológica no ecossistema. Em ambientes aerofíticos, atuam como colonizadores primários e na economia na produção de compostos de interesse industrial como auxinas, antivirais, antifúngicos, antibacterianos, biofertilizantes, entre outros. Atualmente, para o estudo de cianobactérias tornou-se importante o cultivo laboratorial para que se consiga biomassa e controle de contaminantes. Porém, são escassos os trabalhos sobre o cultivo, em particular das Nostocales com ramificações verdadeiras, e vários dos poucos existentes relatam tentativas frustradas na obtenção de cultivos específicos demonstrando a forte resistência destes organismos ao crescimento em condições laboratoriais. Os resultados presentemente obtidos indicaram que in vitro as Nostocales com ramificações verdadeiras seguem as mesmas características de crescimento quando em hábitat natural: crescimento lento, baixa taxa de colonização e competição. Dentre as variações testadas, a diluição de 2:1 (tanto líquido quanto sólido) foi considerada a melhor concentração do meio de cultivo e a agitação em shaker resultou em melhorias para o crescimento. A realização ou não de repicagens não foi suficiente para o estabelecimento de coleções, pois estes organismos não resistem a muitos meses sob condições de cultura. O teste de antibióticos para o controle de contaminantes mostrou-se ineficiente e, portanto, não foi possível estabelecer quantidade segura para o seu emprego. As pesquisas em relação ao cultivo destes organismos são ainda muito escassas. Neste estudo pôdese indicar um conjunto de condições de crescimento mais favoráveis para estes organismos, mas para um melhor estabelecimento das condições ainda são necessários estudos mais abrangentes e aprofundados. / Mestre

Orientador: Ana Maria Rodrigues Cassiolato / Banca: Katia Luciene Maltoni / Banca: Marcelo Andreotti / Banca: Edson Luiz Souchie / Banca: Márcia Helena Scabora / Resumo: Processos como a construção da Usina Hidrelétrica de Ilha Solteira resultaram em um conjunto de problemas ambientais, como a extinção de espécies da fauna e flora, além de contribuir para mudanças climáticas, erosão intensa do subsolo/solo e com consequente assoreamento de cursos d'água. Condições como esta exigem alternativas para uma melhor ocupação e possível recuperação para minimização dos impactos negativos gerados. Para reverter um processo como este, são necessárias intervenções por meio de estratégias como a revegetação e uso de fontes alternativas de matéria orgânica e micro-organismos simbiontes. Assim o objetivo deste trabalho foi avaliar a avaliar a implantação do pinhão-manso em solo degradado inoculado e acrescido de macrófitas, cinza derivada da queima do bagaço da cana-de-açucar e hidrogel. O experimento foi conduzido na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão (FEPE) da UNESP - Universidade Estadual Paulista, Campus de Ilha Solteira, no município de Selvíria-MS, em uma área com solo degradado, oriunda da construção da Usina Hidroelétrica de Ilha Solteira. O delineamento experimental foi em blocos casualizados, ocupando cada um deles uma área de 960 m2 (30 x 32m), composto por 16 linhas com 10 plantas por linha e como área útil foram utilizadas as 14 linhas internas e 8 plantas por linha. O esquema utilizado foi de um fatorial 2 x 2 x 4, ou seja, 2 tratamentos de inoculação (com e sem solo de Cerrado preservado contendo micro-organismos do solo, incluindo fungos micorrízicos arbusculares (FMA), 2 tratamentos de hidrogel (com e sem) e 4 tratamentos de cova (macrófitas, cinza, macrófitas + cinza e controle sem resíduo), com 4 repetições (blocos), sendo avaliadas 5 plantas por tratamento, por bloco. Solo de Cerrado preservado foi utilizando como fonte de micro-organismos, incluindo FMA. O plantio do pinhão-manso foi realizado em dezembro de 2010 e, ao longo de 12 meses, o ... / Abstract: Processes such as the construction of the Ilha Solteira Hydroelectric Plant resulted in several environmental problems, such as the fauna and flora species extinction, as well as contributed to climate change, subsoil / soil severe erosion and consequent water siltation. Conditions such as this requires a better alternative to occupation and, possible, to recovery, and then, to minimize negative impacts. To reverse such a process, interventions are needed through strategies such as revegetation and use of alternative sources of organic matter and symbiotic micro-organisms. Thus the aim of this study was to evaluate the deployment of jatropha on degraded soil and inoculated, that received macrophytes, ash (derived from burning bagasse from sugar cane) and hydrogel. The experiment was conducted at the Farm for Teaching, Research and Extension (FEPE), UNESP - Universidade Estadual Paulista, Ilha Solteira Campus, in Selvíria - MS, in an area with degraded soil, arising from construction of the Ilha Solteira Hydroelectric Plant. The experimental design was randomized blocks, each one occupying an area of 960 m2 (30 x 32m), comprising 16 rows with 10 plants per row, which on with 14 internal rows 8 plants per row. The design was a 2 x 2 x 4 factorial, ie 2 inoculation treatments (with and without preserved Cerrado soil containing soil microorganisms, including mycorrhizal fungi (AMF), 2 hydrogel treatments (with and without) and 4 residues treatments (macrophytes, ash, macrophytes+ash and control without residue), with 4 replications (blocks), and 5 evaluated plants per treatment, per replicates. Preserved Cerrado soil was used as source of micro- organisms, including FMA. The planting of Jatropha was held in December 2010 and, over 12 months. The subsoil were collected at a depth of 0-0.10 m. Evaluations were performed at 30, 120, 240 and 360 days after planting (DAP) for soil chemical properties, spore numbers, percentage of root ... / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-06Bitstream added on 2014-06-13T19:37:29Z : No. of bitstreams: 1 garcia_lc_me_botfca.pdf: 627408 bytes, checksum: 6e8090157ad35eb0a16ecfae89cd91f4 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A tecnologia de aplicação desenvolvida para produtos químicos têm sido utilizada para organismos entomopatogênicos sem o estudo prévio das necessidades de adaptações que visem a manutenção da viabilidade desses agentes de controle biológico. O experimento teve por objetivo avaliar a influência da pressurização e despressurização da calda de pulverização na viabilidade dos seguintes microrganismos entomopatogênicos: Metarhizium anisopliae, Bacillus thuringiensis, AgMNPV e Steinernema glaseri. Foi utilizado o sistema hidráulico de um pulverizador, sem filtros, equipado com ponta de pulverização de jato cônico JA-2, com 15 minutos de agitação da calda antes da coleta. O delineamento experimental utilizado foi o inteiramente casualizado, com sete tratamentos: pressurização da calda em zero; 175,8; 351,6; 527,4; 703,2; 1.054,9; 1.406,5 kPa (zero, 25, 50, 75, 100, 150 e 200 lbf.pol-2). A avaliação da viabilidade de M. anisopliae se deu através da porcentagem de conídios germinados. Para B. thuringiensis foi considerado o número de colônias formadas. A eficácia do AgMNPV foi estimada indiretamente, pela mortalidade causada às lagartas de Anticarsia gemmatalis no início do terceiro ínstar, alimentadas com dieta artificial impregnada com a suspensão viral. No experimento com o S. glaseri foi calculada a porcentagem de indivíduos vivos, determinada através de microscopia óptica, em lâmina de peters. Conclui-se que se pode pulverizar os entomopatógenos M. anisopliae, B. thuringiensis, AgMNPV e S. glaseri, até a pressão de 1.406,5 kPa, sem que haja perda na viabilidade desses organismos utilizados como agentes de controle biológico. / Application technology developed to chemical products has been employed for entomopathogenic organisms without the previous studies on the necessities of adaptations aiming at viability maintenance of these biological control agents. The objective of the research was to evaluate the influence of pressurization and decompression of spraying suspension in the viability of the following entomopathogenic microorganisms: Metarhizium anisopliae, Bacillus thuringiensis, AgMNPV and Steinernema glaseri. The sprayer hydraulical system was used without filters and equipped with JA-2 hollow-cone nozzle type with 15 minutes of spray agitation before it collects. The experimental design was completely randomized, with seven treatments: pressurization of spraying suspension at 0.0; 175.8; 351.6; 527.4; 703.2; 1,054.9 and 1,406.5 kPa. Evaluation of the viability of M. anisopliae was estimated by the percentage of conidia germinated. For B. thuringiensis, the number of colonies formed. Efficiency on AgMNPV was estimated indirectly, by means of mortality caused to velvet bean caterpillar (Anticarsia gemmatalis) in early third ínstar; the specimens were fed with artificial diet impregnated with viral suspension. For the experiment with the S. glaseri it was calculated the percentage of live specimens; observation were performed through optic microscopy, on Peters slide-blade. It was concluded that the entomopathogens M. anisopliae, B. thuringiensis, AgMNPV and S. glaseri can be sprayed up to the pressure of 1,406.5 kPa without loss in the viability of those organisms as agents of biological control.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-01Bitstream added on 2014-06-13T20:37:47Z : No. of bitstreams: 1 ambrosio_mmq_me_botfca.pdf: 698267 bytes, checksum: 8d441e6072fcee08f12a006540a4bb52 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Macrophomina phaseolina (Tassi) Goidanich é agente causal de tombamento, podridões de raízes, vagens, sementes e de caules, sendo amplamente disperso e parasita de mais de 500 espécies de plantas. O objetivo desse trabalho foi verificar a sobrevivência do fungo no solo incorporado com brócolos, seguido de solarização. Os tratamentos foram: solo incorporado previamente com brócolos (B) seguido de solarização utilizando filmes de polietileno (S) de 50 (B+S50), 100 (B+S100) e 150 (B+S150) μm de espessura; sem brócolos + solarizados (S50, S100 e S150); brócolos + não solarizado (B+NS) e sem brócolos e não solarizado (NS). O material orgânico utilizado foi brócolos (Brassica oleracea var. botrytis L.) triturado fresco, que foi incorporado no solo antes da solarização, na proporção de 4 Kg/m2. A área experimental foi localizada a 22º51’S de latitude e a 48º26’W de longitude, no estado de São Paulo, Brasil. Bolsas de náilon (duas repetições) contendo o fungo foram enterrados a 10 cm de profundidade no solo, sendo cada bolsa colocada no centro de cada parcela. A sobrevivência do fungo foi avaliada semanalmente em meio RB modificado durante 35 dias de solarização. A temperatura do solo foi monitorada por Datalogger DL2E e a porcentagem de CO2 e O2 pelo equipamento analisador de gases (Testo 325-1). O experimento foi repetido uma vez, em período diferente. Em ambos experimentos, nas parcelas incorporadas com resíduos de brócolos e solarizado, o fungo foi controlado com menos de 21 dias de solarização. Condições de aerobiose (% de CO2 e de O2) durante os primeiros 21 dias de tratamento foram 13,4 ; 2,8 e 13,7 ; 2,3 %, respectivamente para a primeira e segunda época. Os outros tratamentos foram ineficientes para morte do fungo. / Macrophomina phaseolina (Tassi) Goidanich, is causal agent of damping-off, rottenness of roots, beans, seeds and stems and is widely spread and parasitic of over than 500 species of plants. The proposal of this work was to verify the fungus survival in soil amended with organic residues after soil solarization. The treatments were: soil amendment with broccoli (B) followed of soil solarization using polyethylene film (S) of 50 (B+S50), 100 (B+S100) and 150 μm-thick (B+S150); without broccoli plus solarization (S50, S100 and S150); broccoli plus non-mulched (B+NS) and check, without broccoli and nonmulched (NS). The organic matter utilized was grinded fresh broccoli (Brassica oleracea var. botrytis L.), incorporated into the soil before solarization at 4Kg/m2. The experimental field was located at 22º51’S of latitude and at 48º26’W of longitude, in São Paulo state, Brazil. Nylon bags (two reps) containing the fungus were buried 10-cm-deep into the soil at the centre of each plot. The fungus survival was evaluated weakly on RB modified medium until 35 days of solarization. The soil temperature was monitored by a (Dattalogger DL2E) and the percentages of CO2 and O2 by a gas analyser equipment (Testo 325-1). The experiment was repeated once in a different season. In both experiments, the mulched plots amended with broccoli residues have controlled the fungus less than 21 days after mulched treatment. Aerobic conditions (ratio of CO2 and O2 ) during these 21 days of treatments were 13.4 ; 2.8 and 13.7 ; 2.3%, respectively for the first and second season. The other treatments were inefficient to kill the fungus.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-07-02Bitstream added on 2014-06-13T19:43:44Z : No. of bitstreams: 1 martin_m_dr_rcla.pdf: 1037055 bytes, checksum: 944c98ccfd999b71ae555ffe401d2e45 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Organismos termofílicos produzem enzimas que, em geral, são mais termoestáveis que aquelas produzidas por mesofílicos. Além disso, essas enzimas geralmente apresentam várias características importantes sob o ponto de vista de aplicação industrial, como estabilidade em ampla faixa de pH e maior tolerância a solventes e outros desnaturantes proteicos. O tipo de processo fermentativo usado também pode influênciar a produção e as propriedades das enzimas obtidas. Foram isoladas várias cepas fúngicas termofílicas e pectinolíticas e entre elas, o fungo termofílico Thermomucor indicae-seudaticae N31 foi o que apresentou maior potencial de produção de poligalacturonase (PG) usando meios a base de resíduos agro-industriais. Em fermentação em estado sólido (FES) usando como meio de cultura uma mistura de farelo de trigo e bagaço de laranja (1:1) a 70% de umidade, o fungo produziu 14 U/mL em 48 horas e em fermentação submersa (FSm) com 1% farelo de trigo e 1% bagaço de laranja como substrato foram obtidas 13 U/mL em 96 horas de fermentação. A PG presente na solução enzimática bruta obtida de FSm foi mais termoestável do que aquela de FSS e mais estável em ampla faixa de pH. As exo-PGs produzidas em FSm e FSS foram purificadas até homegeneidade, com um fator de purificação de 8 e 2,5 vezes e um rendimento de 27,7% e 15,5% para FSm e FSS, respectivamente. A PG da FSm apresentou um massa molar de 38,9 kDa e a de FSS 37,1, kDa. O pH e temperatura ótimos foram de 5,5 e 4,5-5,0 e 55° e 60°C, para enzimas de FSm e FES, repectivamente. Ambas as PGs mostraram perfil de exo-PG, liberando ácido galacturônico por hidrólise de pectina com baixo grau de esterificação (DE). O km foi 590,9 e 661,6 e o Vmax de 4 e 4,9 umol min-1mg-1, para PG de FSm e FES, respectivamente. A termoestabilidade foi comprovada pela análise dos... / Thermophilic organisms produce enzymes that, in general, are more thermostable than the ones produced by mesophilic. Moreover, these enzymes generally exhibit many important characteristics under the perspective of industrial application, such as stability in a wide range of pH and more tolerance to solvents and other protein denaturating substances. The type of fermentative process can also influence the production and properties of the enzymes obtained. Numerous strains of thermophilic and pectinolytic fungi were isolated and among them, the Thermomucor indicae-seudaticae N31 was the one that presented the highest potential for polygalacturonase (PG) production using media containing agro industrial residues. In solid state fermentation (SSF) using a mixture of wheat bran and orange bagasse (1:1) as substrate, at 70% moisture, the fungus produced 14 U/mL in 48 hours and in submerged fermentation (SmF) with 1% wheat bran and 1% orange bagasse as substrate, 13 U/mL were obtained in 96 hours of fermentation. PG in the crude enzymatic extract obtained from SmF was more thermostable than the one produced in SSF and stable in a wider range of pH. The exo-PGs produced in SmF and SSF were purified to homogeneity, with a final purification of 8 and 2.5- fold and overall recovery of 27.7% and 15.5%, respectively. PG from SmF exhibited a molecular mass of 38.9 kDa and PG from SSF 37.1 kDa. Optimum pH and temperature were 5.5 and 4.5-5.0 and 55°C and 60°C for the enzymes from SmF and SSF, respectively. Both PGs exhibited exo-PG profile, releasing galacturonic acid through the hydrolysis of low esterification level pectin. Km was 590.9 and 661.6 and Vmax was 4 and 4.9 umol min-1mg-1, for PG from SmF and SSF, respectively. The thermostability was confirmed by analyzing the enzymes thermodynamic parameters with PG produced in SmF being the most thermostable exhibiting higher values... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-06-25Bitstream added on 2014-06-13T18:44:33Z : No. of bitstreams: 1 soncinijunior_g_me_rcla.pdf: 1717046 bytes, checksum: 5d7542bfd8a08d08354e8d04579eb2f5 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Neste trabalho o crescimento micelial, os aspectos morfológicos e o potencial para catálise enzimática foram avaliados em relação ao fungo termofílico Thermomyces lanuginosus, quando inoculado em meios de cultura YpSs (extrato de amido + água + Agar), com fonte de carbono substituída por matérias-primas encontradas na indústria química, como intermediários clássicos, na síntese de diversos ésteres. O monitoramento do crescimento do microrganismo envolvendo parâmetros tais como aspecto das hifas, quantidade de conídios e conidióforos, produção de pigmentos, pH, além das condições de imobilização do fungo, serviram para a averiguação da capacidade do microrganismo em expressar uma eventual condição de transformação de reagentes (di-álcoois e ácidos graxos) em produtos de síntese (ésteres). Os pellets contendo micélio de Thermomyces lanuginosus em erlenmeyers com as matérias-primas acima citadas, permaneceram em estufa microbiológica durante 15 dias, sendo, então, averiguadas as transformações decorrentes dos diferentes meios, evidenciando o consumo dos reagentes. Para a caracterização do material, foram realizadas medidas de absorção no infravermelho com transformada de Fourier (FTIR) efetuadas com o próprio micélio e meios de cultura, microscopia ótica (MO) de micro cultivo do fungo nos diversos meios de cultura propostos, e avaliações com cromatografia gasosa (GC). Os resultados obtidos, acrescidos ao crescimento de Thermomyces lanuginosus em todos os meios propostos, bem como a manutenção da sua capacidade de reprodução, mostram ser esse fungo termofílico altamente promissor em futuros trabalhos de biocatálise com microrganismos vivos. A capacidade demonstrada de catalisar reações de esterificação e a adaptação deste fungo as diversas fontes de carbono a que foi exposto, sugerem... / In this work, the mycelial growth, the morphologic aspects and the potential for enzymatic catalysis were evaluated considering the thermophilic fungus Thermomyces lanuginosus, when inoculated in YpSs media (starch extract + water + Agar), with its carbon source substituted by different raw materials normally found in the chemical industry, as classics intermediates used in diverse ester synthesis. The continuous observation of the microorganism growth involving parameters as hyphae aspect, amount of conidia and conidiophores, pigment production, pH and the fungus immobilization conditions, avoid the ascertainment of the fungus capacity to show an eventual condition of transform reagents (dialcohol and fatty acids) in synthesis products (esters). Erlenmeyers with the mentioned raw-materials and pellets containing Thermomyces lanuginosus mycelium, were allocated in microbiological oven for 15 days and transformations due to the different media were studied and interpreted showing the reagents consumption. Measures of absorption in the transformed infra-red ray with transformed of Fourier (FTIR) of the fungus mycelium and the media, optical microscopy (MO) of the fungus micro-cultive in several media, and evaluations with gas chromatography (GC) were evaluated for the material characterization. The obtained results, added to the growth of Thermomyces lanuginosus in all the considered media, as well as the maintenance of its capacity of reproduction, aimed to understand and evaluate that Thermomyces lanuginosus is promising microorganism alternative for immobilized biocatalysts. The demonstrated capacity to catalyze esterifications reactions and the adaptation of this fungus to different carbon sources, suggest several future works aiming the optimization of ester production, or even though, the use of its capacity in promoting such reactions when sterical hindrances already are significant.