Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-19Bitstream added on 2014-11-10T11:58:27Z : No. of bitstreams: 1 000790238.pdf: 2127036 bytes, checksum: b9b9441469c5121308bed247ca78c0ac (MD5) / Na última década houve uma clara mudança na etiologia da sepse. Dados recentes do National Healthcare Safety Network (NHSN) mostram que os cocos Gram-positivos têm ultrapassado os bacilos Gram-negativos como os principais agentes etiológicos e os Estafilococos coagulase negativa (ECN) se tornaram os agentes mais frequentes. Entretanto a maioria dos laboratórios clínicos não identifica esses microrganismos a nível de espécies devido à necessidade de realização de uma série de provas bioquímicas. A aplicação de técnic as de biologia molecular, entre elas a reação em cadeia da polimerase (PCR) para a identificação de bactérias se mostrou uma técnica promissora devido a sua rapidez, acurácia e sensibilidade. Assim, este trabalho objetivou avaliar a eficiência, acurácia e sensibilidade da técnica de PCR multiplex para a detecção do gênero e de espécies de Staphylococcus spp. mais encontradas em hemoculturas, do operon ica de produção de biofilme e da presença do gene mecA de resistência à oxacilina diretamente dos frascos de hemocultivo. Foram analisadas 371 amostras de hemoculturas, positivas para o gênero Staphylococcus obtidas de pacientes atendidos no HC da Faculdade de Medicina de Botucatu (FMB). As amostras foram isoladas e identificadas por testes bioquímicos convencionais e simultaneamente o DNA bacteriano foi extraído diretamente das hemoculturas e destes realizou-se o PCR multiplex. Das 371 amostras estudadas 85 (23,0%) foram de S. aureus e 286 (77,0%) ECN. Dos ECN 152 (53,1%) foram identificados como S. epidermidis, 36 (12,6%) S. haemolyticus, 36 (12,6%) S. hominis, 23 (8,0%) S. capitis, 18 (6,3%) S. warneri, 7 S. caprae, 5 S. simulans, dois S. lugdunensis, dois S. cohnii, um S. saprophyticus, um S. schleiferi, um S. xylosus e concomitantemente um S. haemolyticus e S. hominis, e um S. haemolyticus e S. epidermidis. Das 85 amostras de S. aureus, 43 (50,6%) se mostraram resistentes à oxacilina pelo ... / A clear shift in the etiology of sepse has occurred in the last decade. Recent data from the National Healthcare Safety Network (NHSN) show that Gram-positive cocci have exceeded Gram-negative bacilli as the major etiological agents. In this respect, coagulase-negative staphylococci (CoNS) have become the most frequent. However, most clinical laboratories do not identify these microorganisms to species level due to the need for a series of biochemical tests. The application of molecular biology techniques, including the polymerase chain reaction (PCR), for bacterial identification proved to be promising due to their speed, accuracy and sensitivity. The aim of this study was to evaluate the efficiency, accuracy and sensitivity of multiplex PCR for the detection of Staphylococcus spp. frequently found in blood cultures, investigation of the ica operon involved in biofilm formation and the mecA gene encoding oxacillin resistance, and direct detection of major CoNS species in blood culture flasks. A total of 371 blood culture samples positive for Staphylococcus spp. obtained from patients seen at the Hospital of the Botucatu School of Medicine (FMB) were analyzed. The strains were isolated and identified by conventional biochemical tests. Simultaneously, bacterial DNA was extracted directly from the blood cultures for multiplex PCR. S. aureus was isolated from 85 (23%) of the 371 samples studied and CoNS from 286 (77%). Among the latter, 152 (53.1%) isolates were identified as S. epidermidis, 36 (12.6%) as S. haemolyticus, 36 (12.6%) as S. hominis, 23 (8%) as S. capitis, 18 (6.3%) as S. warneri, 7 as S. caprae, 5 as S. simulans, two as S. lugdunensis, two as S. cohnii, one as S. saprophyticus, one as S. schleiferi, and one as S. xylosus. S. haemolyticus and S. hominis were concomitantly identified in one sample and S. haemolyticus and S. epidermidis in another. Forty-three (50.6%) of the 85 S. aureus strains were resistant to oxacillin in ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-03-18Bitstream added on 2014-06-13T19:35:18Z : No. of bitstreams: 1 ferreira_v_me_sjrp.pdf: 538455 bytes, checksum: 8d5166c99baf599f17059bcb2837c59a (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As Cyanobacteria são dominantes em diversos tipos de ambientes, são especialmente bem distribuídas e abundantes em ambientes terrestres e possuem importante função ecológica no ecossistema. Em ambientes aerofíticos, atuam como colonizadores primários e na economia na produção de compostos de interesse industrial como auxinas, antivirais, antifúngicos, antibacterianos, biofertilizantes, entre outros. Atualmente, para o estudo de cianobactérias tornou-se importante o cultivo laboratorial para que se consiga biomassa e controle de contaminantes. Porém, são escassos os trabalhos sobre o cultivo, em particular das Nostocales com ramificações verdadeiras, e vários dos poucos existentes relatam tentativas frustradas na obtenção de cultivos específicos demonstrando a forte resistência destes organismos ao crescimento em condições laboratoriais. Os resultados presentemente obtidos indicaram que in vitro as Nostocales com ramificações verdadeiras seguem as mesmas características de crescimento quando em hábitat natural: crescimento lento, baixa taxa de colonização e competição. Dentre as variações testadas, a diluição de 2:1 (tanto líquido quanto sólido) foi considerada a melhor concentração do meio de cultivo e a agitação em shaker resultou em melhorias para o crescimento. A realização ou não de repicagens não foi suficiente para o estabelecimento de coleções, pois estes organismos não resistem a muitos meses sob condições de cultura. O teste de antibióticos para o controle de contaminantes mostrou-se ineficiente e, portanto, não foi possível estabelecer quantidade segura para o seu emprego. As pesquisas em relação ao cultivo destes organismos são ainda muito escassas. Neste estudo pôdese indicar um conjunto de condições de crescimento mais favoráveis para estes organismos, mas para um melhor estabelecimento das condições ainda são necessários estudos mais abrangentes e aprofundados.

Memoria para optar al Título Profesional de Bioquímico / La colonización del Pacífico se gestó en dos grandes procesos de migración: el primero alrededor de 50.000 a 30.000 años antes del presente, y el segundo hace 5.000 a 1.000 años antes del presente. Este último gran movimiento fue complejo y se ha estudiado integrando evidencias arqueológicas, lingüísticas y genéticas con el propósito de dilucidar incógnitas como las diferentes rutas migratorias propuestas sobre el poblamiento de Oceanía. Entre los modelos de estudios genéticos se han analizado muestras humanas, pero éstas presentan diversas complejidades que limitan el alcance de los estudios con este modelo. Por este motivo, surgen los estudios de especies asociadas a los colonizadores polinésicos, de los cuales se han analizado especies animales y vegetales. Entre estos últimos se encuentra la morera de papel (Broussonetia papyrifera), una planta nativa de Asia e introducida a la región de Oceanía Remota. Debido a su uso como fuente de fibra vegetal para textiles y la importancia cultural que representa, resulta interesante abordar su estudio para aportar a la comprensión de las rutas migratorias en Oceanía Remota. La principal herramienta de los estudios genéticos son los marcadores moleculares, que corresponden a regiones de ADN que presentan cierto grado de variabilidad detectable. En B. papyrifera se han analizado regiones de ADN ribosomal y de ADN de cloroplastos, encontrando ausencia de diversidad en muestras de Oceanía Remota. Una alternativa para este tipo de análisis podría ser el uso de marcadores basados en retrotransposones, los cuales han sido descritos como ubicuos en plantas y como fuente de gran diversidad genética. Entre los marcadores basados en retrotransposones se encuentran los Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphisms (IRAP) y Retrotransposon-Microsatellite Amplified Polymorphisms (REMAP), los cuales amplifican regiones entre secuencias de Repeticiones Terminales Largas (LTR), o entre LTR y secuencias microsatélites, respectivamente. Estos marcadores han sido ampliamente empleados en estudios de diversidad genética debido a su facilidad de uso. En base a los antecedentes presentados, se plantea la siguiente hipótesis: “El estudio de B. papyrifera por medio de marcadores moleculares basados en retrotransposones IRAP y REMAP permite detectar diversidad genética presente en muestras obtenidas de Oceanía Remota que no han sido diferenciadas mediante otros marcadores moleculares”. Con el objetivo de caracterizar la diversidad genética de muestras de B. papyrifera provenientes de Oceanía Remota usando marcadores IRAP y REMAP, se seleccionaron partidores a partir de la literatura para el análisis de muestras de B. papyrifera del hábitat nativo y de la región introducida. En primer lugar, se corroboró que las secuencias amplificadas mediante estos marcadores corresponden a retroelementos, caracterizando cinco secuencias amplificadas con un marcador IRAP. Estas secuencias corresponden a dos posibles tipos de elementos TRIM (Terminal-repeat Retrotransposon In Miniature), los cuales son derivados cortos de retrotransposones que conservan algunas regiones características de retroelementos, pero carecen de marcos de lectura abiertos funcionales. En una etapa siguiente se estandarizaron los protocolos IRAP y REMAP para obtener patrones de amplificación óptimos. Además, se ajustaron las condiciones de electroforesis y de captura de imagen. Inicialmente, se probaron 45 combinaciones de partidores IRAP y 36 combinaciones de partidores REMAP con un grupo de cuatro muestras de prueba de Oceanía Remota. A partir de los resultados obtenidos, se seleccionaron cuatro combinaciones REMAP para analizar 55 muestras representativas del banco genómico de B. papyrifera de distintas localidades del Pacífico. Estos análisis mostraron una baja diversidad genética, apoyando la noción de una dispersión clonal de la morera de papel en las distintas islas del Pacífico. Esta información complementa los resultados obtenidos con otros marcadores utilizados en esta y otras especies, y favorecen modelos migratorios como el “tren rápido” o el de la “Triple I”. Esta memoria de título constituye el primer estudio de retrotransposones en B. papyrifera y abre la posibilidad a nuevos trabajos que profundicen el análisis de la dispersión y la diversificación clonal de la morera de papel en Oceanía Remota, considerando que los retroelementos han sido descritos como fuente importante de diversidad en otras especies vegetales / The human colonization of the Pacific occurred in two major stages: the first migration took place about 50,000 to 30.000 years before present, and the second stage occurred more recently, about 5.000 to 1.000 years before present. This latter large movement was complex and has been widely studied gathering archeological, linguistic and genetic evidence in order to elucidate questions such as the different routes proposed for the settlement of Oceania. Human samples have been analyzed using genetic tools, but these present several complexities that limit their scope. Therefore studies centered on human-associated species (known as commensal species) arise. Animal and plant species have been studied, and among the latter, paper mulberry (Broussonetia papyrifera), a plant native from Asia and introduced in the Remote Oceania Region has been used a commensal model species. Due to its use as a fiber source to make textiles and the cultural importance of paper mulberry, it is interesting to address the study of this species to contribute to the understanding of migratory routes in Remote Oceania. Molecular markers are the main tools to analyze DNA regions that present genetic diversity. In B. papyrifera, ribosomal and chloroplast DNA regions have been analyzed, finding no genetic diversity in samples from Remote Oceania. An alternative to approach this kind of analysis could be the use of retrotransposon-based markers, which have been reported as ubiquitous and a major source of genetic diversity in plants. Retrotransposon-based markers are Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphisms (IRAP) and Retrotransposon-Microsatellite Amplified Polymorphisms (REMAP), among others. IRAP and REMAP amplify regions between Long Terminal Repeats (LTR), or between LTR and microsatellites, respectively. These markers are easy to apply and have been widely used for genetic diversity studies in different plant species. Based on this background, the following hypothesis is proposed: “The study of B. papyrifera by retrotransposon-based markers IRAP and REMAP allow to detect genetic diversity in samples from Remote Oceania not previously differentiated with others molecular markers”. In order to characterize the genetic diversity of B. papyrifera samples from Remote Oceania by IRAP and REMAP, primers were selected from the literature to analyze samples of B. papyrifera from native and introduced areas. First, we checked that the amplified sequences with these primers were obtained from retroelements. Five sequences amplified with an IRAP marker were characterized and shown to correspond to two types of TRIM (Terminal-repeat Retrotransposon In Miniature) elements, which are short retrotransposon derivatives that have some conserved regions characteristic of retroelements, but lack functional open reading frames. Then, protocols for IRAP and REMAP amplification were standardized in order to obtain optimal amplification patterns. In addition, electrophoresis and image capture conditions were defined. From 45 IRAP and 36 REMAP primer combinations, 4 REMAP combinations showed distinct amplification patterns in a reduced group of B. papyrifera samples from Remote Oceania. The results obtained from the analysis of 55 samples of B. papyrifera using four selected REMAP markers showed little diversity, supporting the notion of a clonal dispersal of paper mulberry among Pacific islands. These results complement data obtained with others markers in paper mulberry and other species, and are consistent with the previously proposed models of human colonization of the Pacific as the “fast train” or the “Triple-I” models. The present work is the first retrotransposon study in B. papyrifera and opens the possibility to further work to analyze the clonal dispersal and diversification of paper mulberry in Remote Oceania, considering that retroelements have been described as an important source of molecular diversity in plant species / Fondecyt

Se evaluó la resistencia bacteriana para diversos antibióticos desde el año 1996 hasta el 2007 empleando los antibiogramas para infecciones del tracto urinario (ITU) del Servicio Académico Asistencial de Análisis Clínicos (SAAAC). Para ello se escogieron los tres gérmenes mas prevalentes; Escherichia coli, Enterobacter aerógenes y Hafnia alvei (ex Enterobacter hafniae), se seleccionaron aquellos antibióticos que tuvieron vigencia durante el periodo de estudio. Se agrupó de manera bianual haciendo un total de seis periodos. El estudio mostró que el germen con mayor prevalencia fue Escherichia coli; que fue sensible a Ceftriaxona, Amikacina, Nitrofurantoína y presentó alta resistencia a Acido nalidíxico, Norfloxacino, Amoxicilina, Sulfametoxazol/trimetoprim y Acido Pipemídico. En cuanto a las otras dos especies bacterianas se registró sensibilidad frente a Ceftriaxona y Amikacina y resistencia frente a Amoxicilina, Sulfametoxazol/Trimetoprim, Ácido nalidíxico, y Ácido pipemídico. Asimismo, los antibióticos que han tenido mayor efectividad y que estadísticamente se proyecta su vigencia en los próximos dos años son Ceftriaxona, Amikacina y Nitrofurantoína, mientras que la Amoxicilina, Sulfametoxazol/trimetoprim, Acido Pipemídico y Ácido nalidíxico son los antibióticos que no alcanzaron la efectividad mínima que les permita seguir siendo empleados en la terapia empírica de las ITUs adquiridas a nivel de la comunidad. / We have evaluated the bacterial resistance to several antibiotics from 1996 to 2007 using the antibiogramas of urinary tract infections (UTI) from the Academic Asistance Service of Clinical Analysis (SAAAC). The analysis has choosen the three most prevalent bacterium; Escherichia coli, Enterobacter aerogenes and Hafnia alvei (ex Enterobacter hafniae) while we have selectioned those antibiotics that had remained force during the period of study and it was clustered in six periods. The Study has showed the most prevalent germ was Escherichia coli that has presented sensitivity to cetriaxone , amikacin and nitrofurantoin besides has showed high resistance to nalidixic acid , norfloxacin, amoxicillin, sulfamethoxazole /trimethoprim and pipemidic acid. The another two bacterial species were sensitivity to ceftriaxon and amikacin while were resistance to amoxicillin, sulfamethoxazole /trimethoprim, acid nadilixic and acid pipemidic. Therefore it was concluded that ceftriaxon , amikacin and nitrofurantoin are antibiotics that have been most effective during the study period and statistically it projected its effect in the next two years .Moreover the amoxicillin , sulfamethoxazole / trimethoprim , nadilixic acid and pipemidic acid are antibiotics that no longer reaches the minimum efficiency that allow them to remain employed in the empirical therapy of UTIs acquired at the community level.

OBJETIVO: Determinar la resistencia antibiótica de las cepas de Shigella aisladas en el Hospital Daniel A. Carrión MATERIALES Y METODOS: Se resembraron las 159 cepas de Shigella aisladas del 01 de Enero 1999 al 31 de Diciembre del 2001, siendo viables 111 de ellas con las que se desarrollo el estudio. RESULTADOS: De las 111 cepas, 89 provenían de muestras de heces (80%), 73 eran flexneri (67%), la resistencia a Ampicilina fue 81%, a Cloramfenicol 72%, a Cotrimoxazol 72%, a Amikacina 13%, a Gentamicina 9%, a Ácido Nalidíxico 14%, a Norfloxacina 1%, a Ciprofloxacina 2%; la resistencia múltiple más frecuente fue a 6 antibióticos con 36 cepas (32.4%), y el patrón de resistencia más frecuente fue Ampicilina, Sultamicilina, Cloramfenicol, Doxiciclina, Cotrimoxazol, Tetraciclina con 22 cepas (19.8%). CONCLUSIONES: Shigella flexneri se constituye en la cepa más frecuentemente aislada, se evidencia una leve disminución de la resistencia a Ampicilina y Cloramfenicol, y una progresión de la resistencia a Ácido Nalidíxico y Cotrimoxazol, sin cambios significativos en la resistencia a los Aminoglucósidos y las Quinolonas.

Aspectos Metodológicos: Planteamiento del Problema: ¿Cuáles son Tasas de consumo en Dosis Diaria Definida, las indicaciones y la prescripción de antibióticos de Reserva en los servicios de Medicina Interna, Cirugía General y Cuidados Intensivos en adultos del Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins- EsSalud en el año 2006? Objetivos: Describir el consumo, las indicaciones y las prescripciones de antibióticos de Reserva en el Hospital Edgardo Rebagliati Martins utilizando la Metodología ATC/DDD de la Organización Mundial de la Salud.

Describe el proceso de implementación de un programa de uso racional de antimicrobianos (URA) en el Hospital Nacional Arzobispo Loayza (HNAL). La Investigación es de tipo cualitativa de tipo investigación acción. Describe la identificación del problema de URA. El acercamiento a los trabajadores se realizó por medio de talleres y entrevistas a informantes clave, se determinó que en el hospital no se trabajaba sobre URA. Estudio de la prescripción, uso de ATM en pacientes hospitalizados, el cual mostro que el uso ATM en monoterapia o terapia combinada es inadecuada en 28,8 %. En la revisión documental se encontraron pocos estudios sobre el tema. Descripción del análisis del problema de URA. Se trabajó con contactos claves para desarrollo de la intervención, por medio de entrevistas y talleres, utilizando la herramienta de marco lógico, identificando problemas, causas y soluciones. Descripción de la elaboración, presentación y aprobación del plan de URA. Se desarrolló el plan de URA, por medio de talleres con personas claves, el plan fue aprobado con resolución directoral. Descripción del desarrollo de plan de URA. Se Implementó el Programa de control de ATM de reserva (PCAR), que consistió en la elaboración y ejecución del plan del PCAR, el plan fue aprobado con resolución directoral. Se capacito al 80% de personal médico sobre URA por medio de charlas educativas. Se planeó elaborar guías de práctica clínica de infecciones intrahospitalarias frecuentes, las cuales no se lograron realizar por falta de consenso por parte de los servicios involucrados. La evaluación del consumo de ATM fue por un estudio de dosis diaria definida (DDD). Respecto a costos de ATM de reserva luego de un año de intervención se observó una reducción de costos. Se realizó la vigilancia de las infecciones intrahospitalaria y resistencia ATM por servicios, se elaboró el mapa microbiológico e informe de resistencia bacteriana demostrando tasas de resistencia bacteriana elevadas. Descripción de la evaluación de plan de URA. Evaluación cualitativa, por medio de encuestas semiestructuradas al personal de salud, mostraron que aun el personal no estaba comprometido con URA, no tenían clara la definición de ATM de reserva y la aceptación del PCAR fue buena. Evaluación cuantitativa del primer año, en promedio se recibieron 52 interconsultas por mes, la autorizaron de ATM fue del 77% de los casos. Concluye que el programa de URA se implementó paso a paso siguiendo las normativas vigentes y se adaptó a la realidad del hospital, la estrategia proactiva que combina, capacitación y restricción de ATM fue efectiva. / Tesis

Manguezais são ecossistemas costeiros que ocorrem na transição entre os ambientes terrestres e marinhos, ao longo das regiões tropicais e subtropicais, sofrendo influência direta do regime das marés. A comunidade microbiana diversificada é fundamental para a ocorrência da ciclagem de nutrientes e, portanto, manutenção da biodiversidade faunística e florística nestes ambientes. As actinobactérias correspondem um grupo heterogêneo de bactérias filamentosas, que naturalmente habitam o solo, adaptam-se às diversas condições do ambiente, produzem antibióticos e são capazes de colonizar a rizosfera e tecidos internos das plantas. Neste trabalho foi possível observar a diversidade de actinobactérias rizosféricas isoladas nos manguezais de Cananéia e Bertioga SP; avaliar a produção de metabólitos secundários antifúngicos desses microrganismos; analisar o perfil químico dos extratos orgânicos das actinobactérias por espectrômetro de massas, seguidos de avaliação dos constituintes químicos desses extratos por cromatografia em camada delgada e coluna preparativa para separação dos mesmos, onde após os bioensaios com as frações ativas, foi determinado a concentração inibitória mínima dessas frações. / Mangroves are coastal ecosystems which occur in the areas of transition between marine and terrestrial environments throughout the tropical and subtropical regions, suffering direct tide influence. The diverse microbial communities are important to the nutrient cycling occurrence and consequently to the maintenance of these environments fauna and flora biodiversity. The Actinobacteria are a heterogeneous group of filamentous bacteria that naturally inhabit the soil. They can easily adapt to different environmental conditions, producing antibiotics and colonizing the rhizosphere and plants internal tissues. This study aims were: to allow the assessment of the diversity of the diversity of rhizosphere Actinobacteria isolated from mangroves located in Cananeia and Bertioga, cities under the jurisdiction of Sao Paulo State; to evaluate the production of antifungal secondary metabolites of these microorganisms; to analyze the chemical profile of organic extracts of Actionobacteria by mass spectrometry, followed by the evaluation of the chemical components of theses extracts through thin-layer chromatography and preparative column for their separation. After this process minimum inhibitory concentration of the active fractions of the bioassays were determined.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-01-28Bitstream added on 2014-06-13T20:40:52Z : No. of bitstreams: 1 corabiadell_c_dr_rcla.pdf: 6736961 bytes, checksum: 2fe0d3faffabe9123c2196abfd1b12ec (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A diversidade do gênero Trichoderma no estado de São Paulo (BRASIL) foi analisada sob diferentes aspectos. Foi estabelecida uma coleção de 539 linhagens obtidas a partir de 52 pontos de coleta, distribuídos pelo estado, e uma coleção de referência com 30 linhagens. Durante o período de trabalho avaliou-se a viabilidade das culturas de acordo com os métodos de preservação utilizados Castellani e câmara fria. As avaliações do potencial de biocontrole pelas técnicas de pareamento e difusão de metabólitos inibidores não apresentaram uma correspondência clara com os testes em casa de vegetação. Para as observações microscópicas de culturas de lâminas foi desenvolvida uma técnica que permitiu visualizar mais facilmente o sistema de ramificação dos conidióforos. A avaliação celulolítica dos isolados permitiu identificar linhagens com atividade superior a da linhagem de referência, indicando alto potencial biotecnológico. A análise molecular dos isolados a partir do seqüenciamento da região ITS1-5,8S-ITS2 mostrou a ocorrência de 17 espécies distribuídas no estado, sobretudo nas áreas de mata e capoeira. As espécies mais freqüentes, T. harzianum, T. spirale e T. koningii ocorreram em quase todos os ecossistemas avaliados, enquanto a ocorrência da seção Longibrachiatum foi pouco expressiva. A técnica de RAPD se mostrou eficiente na identificação de linhagens redundantes indicando seu potencial de uso durante procedimentos de triagem. A aplicação de métodos de taxonomia numérica permitiu gerar fenogramas e gráficos multidimensionais coerentes com os dados morfológicos e moleculares em diversos casos. É sugerida a aplicação de métodos topológicos para a melhor descrição do sistema de ramificação e diferenciação de hifas e da teoria de sistemas não-lineares para a compreensão do seu comportamento morfológico in e ex vitro... / The diversity of the genus Trichoderma in São Paulo State (BRAZIL) was analised under different views. A collection of 539 strains was isolated from 52 different areas and a reference collection of 30 strains was established from different brazilian culture collections. The preservation techniques of Castellani and cold storage were evaluated during the course of the study. The biocontrol potential was evaluated through pairing cultures methodology and inhibitory metabolites production. There was no clear evidence of correspondence between the data obtained in vitro and under greenhouse conditions. For microscopic observation a new technique of slide culture was developed in order to visualise the branching system easily. Cellulolytic activitiy assay identified several high-producing cellulase strains comparing to the reference QM9414 indicating a biotechnological potential. The molecular analysis from the sequencing of ITS1-5,8S-ITS2 region indicated the ocurrency of 17 different species all over the state with predominance in forest and 'capoeira' ecossystems. The most frequently species were T.harzianum, T.spirale and T.koningii, ocurring in almost all environmental conditions sampled, while the presence of section Longibrachiatum was inexpressive. The RAPD technique in separate redundants strains was demonstrated indicating its potential for using in screening procedures. Numerical taxonomy methods produced phenograms and multidimensional graphics consistent with molecular and morphological data in some cases. The use of topological methods in describing the branching system and the non-linear system theory in the comprehension of its morphological behaviour in and ex vitro (anamorphic, teleomorphic and synanomorphic states) is suggested. For the first time the total evidence analysis was applied to the genus, showing consistent results with those reported in literature.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-14Bitstream added on 2014-06-13T19:40:43Z : No. of bitstreams: 1 000725602.pdf: 2794487 bytes, checksum: ba1db3cfbd1006466e62f80a2a22df84 (MD5) / As estações de tratamento de esgoto geram milhões de toneladas de resíduos em diferentes municípios brasileiros. Dentre as possíveis formas de utilização do lodo de esgoto destaca-se a sua utilização agrícola. Este estudo objetivou avaliar o efeito da aplicação de lodo de esgoto (LE) na comunidade microbiana de solos tratados com este resíduo por 13 anos em condições brasileiras. Os experimentos de campo foram conduzidos em LATOSSOLO VERMELHO eutroférrico típico (LVef) e em LATOSSOLO VERMELHO distrófico típico (LVd). Os tratamentos (doses de lodo de esgoto acumuladas ao longo dos 13 anos) foram: T1= 0,0 t ha-1 (adubação mineral); T2= 65 t ha-1; T3= 160 t ha-1 e T4= 207,5 t ha-1. As amostras de solo foram coletadas aos 65 dias após semeadura do milho. Foram quantificadas nas amostras de solo a população microbiana e sua diversidade metabólica. Métodos moleculares independentes de cultivo PCR-DGGE, clonagem e sequenciamento também foram utilizados. A aplicação de lodo de esgoto resultou em baixo efeito sobre as populações microbianas do solo (fungos, bactérias, actinomicetos) em LVef e LVd. As maiores densidades bacterianas foram observadas em LVef solo não rizosferico (SN), já as maiores densidades fúngicas foram em solo rizosferico (SR). Em LVd SN o tratamento com 20 t ha -1 apresentou a maior densidade fúngica, enquanto as maiores densidades bacterianas foram observadas nos tratamentos com 0, 5 e 20 t ha -1. O número de substratos utilizados em LVef foi maior em SR. Em LVd ocorreram diferenças em SR (10 e 20 t ha -1) e SN (0, 5 e 10 t ha -1). A soma da atividade de utilização dos substratos variou conforme o tempo de incubação, dose de LE aplicada e tipo de solo. Quanto aos valores de diversidade metabólica (índice de Shannon, H), número de substratos utilizados, equitabilidade (E), e atividade total da população microbiana foram detectadas diferenças apenas para alguns tratamentos. Alguns... / Sewage treatment plants generate millions of tons of sewage sludge in different municipalities. Among the possible ways of using sewage sludge highlights the agriculture. This study aimed to evaluate the effect of sewage sludge (SS) on the microbial community of a soil treated with this residue for 13 years under Brazilian conditions. Field experiments were conducted in two soils type, Eutrustox (LVef) and Typic Hapludox (LVd). Treatments (doses of sewage sludge accumulated over 13 years) were: T1 = 0.0 t ha-1 (chemical fertilizer), T2 = 65 t ha-1, T3 = 160 t ha-1 and T4 = 207.5 t ha-1 (dry basis). Soil samples were collected at 65 days after maize sowing. Soils samples were quantified for microbial populations and their metabolic diversity. Culture independent molecular methods PCR-DGGE, cloning and sequencing were also used. Sewage sludge caused little effect on soil microbial populations (fungi, bacteria, actinomycetes) in the two soils. The highest bacterial densities were observed in LVef non-rhizosphere soil (NRS) and the greatest fungal densities was observed in rhizosphere soil (RS)). In LVd the treatment that received 207.5 t ha-1 sewage sludge showed the highest fungal density in NRS, while the highest bacterial densities was observed in the treatments that receive 0, 5 and 20 t ha -1. The number of substrates used by microorganisms in LVef was higher in RS. In LVd differences occurred in SR (10 e 20 t ha -1) and SN (0, 5 e 10 t ha -1). The sum of substrate usage activity varied according to the incubation time, dose of SS and soil typel. Only some treatments differed in relation to metabolic diversity (Shannon index, H), number of used substrates, evenness (E), and total activity of the microbial population. Some amplicons were present in most treatments. The visualization of amplicons in different positions in DGGE profiles is indicative of new OTUs (operational taxonomic units) and groups were formed with ...