Objetivos: Evaluar si los polimorfismos de las quimioquinas y sus receptores celulares modulan la historia natural de la infección por el VIH en una población española caucásica.Pacientes y métodos: Estudio de casos y controles. Sujetos a estudio:102 controles sanos, 36 expuestos no infectados, 104 HIV+ progresores típicos y 77 HIV+ no progresores a largo plazo. Determinación de los polimorfismos V249I y T280M de CX3CR1, -2099 y -3042 de CX3CL1, V64I de CCR2 y -2518 de CCL2.Resultados: La variante alélica CX3CR1 V249I y el haplotipo 249I280T están sobrerrepesentados de manera significativa entre progresores lentos. Las variantes alélicas CX3CL1 -2999 y -3042 está sobrerrepresentado en el grupo de pacientes VIH+. El genotipo CCL2-2518GG está más representado en el grupo de VIH+, con diferencia significativa cuando se comparaba con el grupo de expuestos no infectados.Conclusiones: La variante alélicas CX3CR1 V249I representaría un factor protector en la progresión de la infección. El haplotipo 249I280T se asocia al estado de progresor lento. Se confirma el desequilibrio de ligamiento entre 249I y 280M. Las variantes alélicas CX3CL1 2999 y 3042 son significativamente más frecuentes en los pacientes infectados que en los controles sanos. Ser portador homocigoto del genotipo CCL2-2518G/G está asociado con un aumento del riesgo de infección por el VIH. / Objectives: To evaluate whether the polymorphisms of the chemokine and their cellular receptors modulate the natural history of HIV infection in a Spanish Caucasian population.Patients and methods: Cross-sectional case-control study. Subjects: 102 healthy subjects, 36 non-infected at risk, 104 HIV+ typical progressors and 77 HIV+ long-term non progressors. Analysis of the CX3CR1 V249I and T280M variants, CX3CL1 -2099 and -3042 variants, CCR2 V64I polymorphism and CCL2 -2518 variant.Results: The allelic variant CX3CR1 V249I and the haplotype 249I280T are significantly overrepresented among slow-progressors. The allelic variants CX3CL1 -2999 and -3042 are overrepresented in HIV+ patients, as well as the genotype CCL2 -2518GG compared to non-infected at risk.Conclusions: The allelic CX3CR1 V249I variant might represent a protective factor in disease progression. 249I280T haplotype is associated to the long-term non progressor status. The linkage disequilibrium between 249I and 280M is confirmed. Allelic variants CX3CL1 -2999 and -3042 are significantly more frequent in HIV+ patients than in healthy subjects. The status of CCL2 -2518G/G homozygous carrier is associated with an increase of the HIV infection risk.

A través de una revisión sistemática, en la que se incluyen tres metaanálisis que integran 101 estudio observacionales, esta tesis aborda la adherencia al tratamiento antirretroviral de gran actividad (TARGA) con los objetivos de estimar el porcentaje medio de personas que afirma adherirse ≥90% del TARGA prescrito, así como determinar las variables asociados a dicha adherencia Los resultados obtenidos son: 1/ La adherencia al TARGA se evalúa mayoritariamente con una única estrategia, el autoinforme es la estrategia más empleada. 2/ El porcentaje medio de personas que en el mundo afirma tomar ≥90% del TARGA prescrito es del 62%, en España ese porcentaje medio es del 55%. En mujeres este porcentaje medio es menor (62%) que en los hombres (67%), aunque no se obtienen diferencias significativas. 3/ Las variables que modulan la adherencia varían de unas regiones a otras y en función del sexo. / Through a systematic review, which includes three meta-analyses formed by 101 observational studies, this thesis addresses adherence to highly active antiretroviral therapy (HAART). Its aims are to estimate the overage percentage of people claiming to adhere to ≥ 90% prescribed HAART, and to identify the variables associated with such adherence. The results obtained are: 1 / Adherence to HAART is assessed mainly with a single method, being the self-report the most commonly method used. 2 / The average percentage of people in the world that claims to take ≥ 90% of prescribed HAART is 62%, in Spain that average percentage is 55%. In women this percentage is lower (62%) than in men (67%), although no significant differences are obtained. 3 / The variables that modulate adherence vary from region to region, and according to gender.

Fundamento. El diagnóstico de la infección del tracto urinario (ITU) en la mujer se realiza a partir de los criterios clínicos presentes y se acompaña muchas veces de una determinación de tira reactiva de orina. Sin embargo, la validez de estos métodos diagnósticos es controvertida, siendo el motivo principal por el que existe una sobreprescripción antibiótica. En algunos países, principalmente en Escandinavia, se efectúa también la lectura microscópica con la ayuda de un microscopio de contraste fases a partir de una gota de orina sin centrifugar. Objetivos. Evaluar la validez de la microscopía de contraste de fases para el diagnóstico de ITU en mujeres y compararlo con la tira reactiva de orina y sedimento. Diseño. Estudio de validez de pruebas diagnósticas llevado a cabo desde enero de 2008 hasta septiembre de 2012. Emplazamiento. Centro de Salud Jaume I de Tarragona. Sujetos. Se incluyeron consecutivamente mujeres >14 años con síndrome miccional, definida como la presencia de al menos disuria, urgencia o polaquiuria, excluyéndose ITU complicadas y aquellas pacientes que declinaron participar. Se pidió el consentimiento oral de las pacientes para su inclusión. Medidas e intervenciones. Para cada paciente se recogieron 3 tubos de orina del chorro medio, una para visualización microscópica, otra para determinación de tira reactiva en el momento de su recogida y otra se envió al laboratorio de microbiología del Hospital Joan XXIII para sedimento y urocultivo. La visualización microscópica la realizó siempre el mismo investigador, que fue ciego a todas las variables recogidas. Se recogieron las variables edad, determinación de proteínas, sangre, nitritos y leucocitos en la tira reactiva de orina, sedimento (positivo si >5 leucocitos/campo), observación microscópica (presencia o no de gérmenes, forma y movimiento), evidencia clara de infección por lectura microscópica, resultado del urocultivo, considerándose ITU el crecimiento de un uropatógeno a una concentración mayor de >103 unidades formadoras de colonias (ufc)/ml, definiéndose ITU significativa con la presencia de >105 ufc/ml e ITU de bajo recuento aquella entre 103 y 105 ufc/ml. Se realizó estadística descriptiva y se analizaron los parámetros de validez de los distintos métodos diagnósticos utilizados, evaluándose las razones de verosimilitudes positiva (RVP) y negativa (RVN).

En aquets tesis es vol enfocar en l'estudi dels géneres fúngics Acremonium, Arthrographis, Arthropsis, Ochroconis, Sarocladium, Scytalidium i Verruconis. Alguns d'ells són ocasionalment aïllats de mostres clíbiques, encara què, l'espectre real de les seves espècies en l'area clínica es poc coneguda, sumant-li la seva difícil identificació i complexa taxonomia. Es van estudiar un total de 248 aïllats, 131 obtingust de mostres clíniques o de sòls i 117 corresponents a soques tipus o de referència de col.leccions internacionals de cultius. La caracterizació fenotípica dels aïllats es va realitzar a traves de l'observació de les seves característiques macroscópiques i microscópiques. La identificació molecular, mitjacant la seqüenciació de les regions ribosomals ITS i LSU. Per obtenir una millor resolució filogenética entre algunes espècies, es van seqüenciar regions parcials d'altres gens (actina, tubulina, factor de elongació, RNA polimerasa i quitina sintasa). L'activitat in vitro d'alguns antifúngics va a ser evaluata front a espècies de Arthrographis, Arthropsis, Ochroconis i Scytalidium. Apart de les espècies comunment conegudes com a patògens oportunistes A. kalrae i V. gallopava, altres espècies no conegudas previament a partir de mostres clíniques vàren ser identificades (Arthropsis hispanica, Sarocladium terricola, Scytalidium cuboideum i Ochroconis cordanae). Incluint les noves espècies descrites aquí: Acremonium dimorphosporum, A. moniliforme, Arthrographis chlamydospora, A. / pseudostrictum i S. subulatum. Adicionalment, quatre géneres nous, Acremoniopsis, Brunneomyces, Cervusimilis i Collarina i 16 nous taxons, Acremoniopsis suttonii, Acremonium asperulatum, A. citrinum, A: parvum, A: pilosum, A. variecolor, Brunneomyces brunnescens, B. hominis, B. europaeus, Cervusimilis alba, Collarina aurantiaca, Ochroconis icarus, Sarocladium gamsii, S. implicatum, S. summerbellii i S. terricola, vàren ser descrits de mostres de diferents origens. En general, les proves de sensibilitat antifúngica mostrar que la terbinafina va ser la droga més activa davant les espècies avaluades, excepte per S. cuboideum, on el posaconazol va a mostrar la millor activitat En esta tesis nos enfocamos en el estudio de los géneros fúngicos Acremonium, Arthrographis, Arthropsis, Ochroconis, Sarocladium, Scytalidium y Verruconis. Algunos de ellos son ocasionalmente aislados de muestras clínicas, sin embargo, el espectro real de sus especies en el área clínica es poco conocido, sumado a su difícil identificación y compleja taxonomía. Se estudiaron un total de 248 aislados, 131 obtenidos de muestras clínicas o de suelos y 117 correspondientes a cepas tipo o de referencia de colecciones internacionales de cultivos. La caracterización fenotípica de los aislados se realizó a través de la observación de sus características macroscópicas y microscópicas, y la identificación molecular, mediante la secuencación de las regiones ribosomales ITS y LSU. Para obtener una mejor resolución filogenética entre algunas especies, se secuenciaron regiones parciales de otros genes (actina, tubulina, factor de elongación, RNA polimerasa II y quitina sintasa). La actividad in vitro de varios antifúngicos fue evaluada frente a especies de Arthrographis, Arthropsis, Ochroconis y Scytalidium. Aparte de las especies comunmente reportadas como patógenos oportunistas, Arthrographis kalrae y Verruconis gallopava, otras especies no reportadas previamente a partir de muestras clínicas fueron identificadas (Arthropsis hispanica, Sarocladium terricola, Scytalidium cuboideum y Ochroconis cordanae), incluyendo las nuevas especies descritas aquí: / Ochroconis olivacea, O. ramosa, Sarocladium bifurcatum, S. hominis, S. pseudostrictum y S. subulatum. Adicionalmente, cuatro géneros nuevos, Acremoniopsis, Brunneomyces, Cervusimilis y Collarina, y 16 nuevos taxones, Acremoniopsis suttonii, Acremonium asperulatum, A. citrinum, A. parvum, A. pilosum, A: variecolor, Brunneomyces brunnescens, B. hominis, B. europaeus, Cervusimilis alba, Collarina aurantiaca, Ochroconis icarus, Sarocladium gamsii, S. implicatum, S. sumerbellii y S. terricola, fueron descritos de muestras de diversos orígenes. En general, las pruebas de sensibilidad antifúngica revelaron que la terbinafina fué la droga más activa frente a las especies evaluadas, excepto para S. cuboideum, donde el posaconazol mostró la mejor actividad. In this thesis, we have studied the fungal genera Acremonium, Arthrographis, Arthropsis, Ochroconis, Sarocladium, Scytalidium and Verruconis. Some of them are occasionally recovered from clinical specimens, but the real spectrum of their species in the clinical setting is poorly known. Furthermore, the scarce morphological differentiation of their species make difficult their identification and taxonomy. A total of 248 isolates were studied. 131 obtained from clinical or soil samples and 117 corresponding to type or reference strains from international culture collections. Phenotypical characterization was performed by the observation of their macroscopic and microscopic features in artificial media. Molecular identification was assessed by sequencing of two ribosomal regions (ITS and partial LSU). To obtain deeper phylogenetic resolution of some species, fragments of different loci were also used (actin, tubulin, translation elongation factor, RNA polymerase II and chitin syntase). The in vitro activity of several antifungal drugs was evaluated against Arthrographis, Arthropsis, Ochroconis and Scytalidium species. Apart from the commonly reported opportunistic species Arthrographis kalrae and Verruconis gallopava, other species never associated before to clinical specimens were identified (Arthropsis hispanica, Sarocladium terricola, Scytalidium cuboideum, Ochroconis

Construimos mediante ingeniería genética los diferentes vectores de expresión micobacteriano, a partir de los vectores parentales pMV261 y pMV361. Se desarrollaron 3 cepas BCG recombinantes expresando la proteína completa gp120 de la envuelta del VIH, cepa (HXBC2). Se evaluaron diferentes promotores de BCG para inducir la expresión de la proteína heteróloga del VIH. Inicialmente usamos el promotor hsp60 de BCG, un promotor fuerte que ha demostrado ser uno de los más eficaces y posteriormente, se probó con un promotor débil denominado alfa - antígeno. Una vez obtenidas las diferentes cepas BCG recombinantes se evaluó la expresión in vitro de la proteína mediante la técnica de Western blot. Posteriormente evaluamos in vivo la respuesta inmune celular específica, en un modelo animal murino. Se inmunizaron retones con las cepas BCGr: 222VIHA, BCGr: 223VIHA y virus vaccinia modificado cepa Ankara (VAM), expresando el inmunogeno del VIHA correspondiente a la proteína entera gag y envuelta del subtipo A predominante en África del este, más diferentes epítopos CTL de nef, pol. La respuesta específica de células T CD8+, se detectó por la tinción de los tetrámeros y por la tinción intracelular de IFN-alfa. Finalmente para superar las limitantes en la diferenciación de la inducción de citocinas entre BCG (cepa salvaje) y BCGr por la técnica de ELISPOT, evaluamos la expresión génica de IFN-alfa a partir de linfocitos de ratón, detectando el ARNm de esta citocina por la técnica de RT-PCR.Aportaciones de la tesis:- Diseño y desarrollo, por ingeniería genética y biología molecular de 3 cepas vacunales de BCG recombinante (BCGr:261VIH-1gp120, BCGr:222VIH-1gp120 y BCGr:223VIH-1gp120)- Estudio y descripción del reajuste genético que produce BCG cepa salvaje, cuando esta es transformada por el vector de expresión micobacteriano pMV261 que incluye clonado el fragmento de ADN que codífica la proteína del VIH-1 gp120 y que culmino con la deleción del mismo. (Este estudio se presento en un póster, en la Conferencia Mundial Sobre Vacunas VIH en Lausanne Suiza sept. 2004) - Los resultados de los ensayos preclínicos, para la evaluación de la inmunogenicidad de nuestras cepas vacunales, para inducir respuesta celular T CD8 específica frente al VIH-1 en ratones, evaluada por diferentes técnicas, proporcionan experiencias de utilidad en futuros ensayos referentes a las dosis, vías de administración y régimen empleado, así como en la selección de la técnica para detectar dicha respuesta inmune.

Les infeccions fúngiques són una de les causes de morbiditat i mortalitat més importants a nivell mundial. En els últims anys s’han descrit un gran nombre de gèneres i espècies com a agents d'infeccions oportunistes de difícil tractament i mal pronòstic. En el present estudi es van caracteritzar, morfològica i molecularment, 300 aïllats clínics dels gèneres de fongs oportunistes Acrophialophora, Cladosporium, Microascus, Scopulariopsis i Trichoderma. Es va determinar la diversitat d'espècies entre aquests aïllats i es van establir els perfils de sensibilitat antifúngica de les espècies més rellevants. A més de les espècies habitualment descrites en clínica, es van identificar per primera vegada des de mostres clíniques les espècies Acrophialophora levis, Cladosporium allicinum, C. asperulatum, C. funiculosum, C. flabelliforme, C. pseudocladosporioides, C. ramotenellum, C. subuliforme, C. tenuissimum, Microascus gracilis, Toxicocladosporium irritans, Trichoderma asperelloides, T. asperellum, T. erinaceus, T. gamsii, T. koningiopsis y T. sinuosum. A partir dels aïllats clínics es van descriure les següents noves espècies: Microascus alveolaris, M. brunneosporus, M. campaniformis, M. expansus, M. intricatus, M. restrictus, M. verrucosus, Scopulariopsis cordiae i Trichoderma bissettii. Es va revisar la taxonomia del gènere Acrophialophora i es va establir la seva posició taxonòmica a la família Chaetomiaceae (Sordariales, Sordariomycetes). Un cop confirmada la polifília de Microascus i Scopulariopsis, es van caracteritzar degudament com a gèneres separats, es va reintroduïr Pithoascus i es va descriure el nou gènere Pseudoscopulariopsis. Els estudis de sensibilitat van demostrar una activitat molt variable per a tots els antifúngics assajats, amb absència de patrons espècie/específics. Les equinocandines i els azols, principalment micafungina i voriconazol, van demostrar la millor activitat in vitro. / Las infecciones fúngicas son una de las causas de morbilidad y mortalidad más importantes a nivel mundial. En los últimos años, un gran número de géneros y especies han sido descritos como agentes de infecciones oportunistas de difícil tratamiento y mal pronóstico. En el presente estudio se caracterizaron, morfológica y molecularmente, 300 aislados clínicos pertenecientes a los géneros de hongos oportunistas Acrophialophora, Cladosporium, Microascus, Scopulariopsis y Trichoderma. Se determinó la diversidad de especies entre dichos aislados y se establecieron los perfiles de sensibilidad antifúngica de las especies más relevantes. Además de las especies comúnmente descritas en clínica, se identificaron por primera desde muestras clínicas las especies Acrophialophora levis, Cladosporium allicinum, C. asperulatum, C. funiculosum, C. flabelliforme, C. pseudocladosporioides, C. ramotenellum, C. subuliforme, C. tenuissimum, Microascus gracilis, Toxicocladosporium irritans, Trichoderma asperelloides, T. asperellum, T. erinaceus, T. gamsii, T. koningiopsis y T. sinuosum. A partir de los aislados clínicos se describieron las siguientes nuevas especies: Microascus alveolaris, M. brunneosporus, M. campaniformis, M. expansus, M. intricatus, M. restrictus, M. verrucosus, Scopulariopsis cordiae y Trichoderma bissettii. Se revisó la taxonomía del género Acrophialophora y se estableció su posición taxonómica en la familia Chaetomiaceae (Sordariales, Sordariomycetes). Una vez confirmada la polifilia de Microascus y Scopulariopsis, se caracterizaron debidamente como géneros separados, se reintrodujo Pithoascus y se describió el nuevo género Pseudoscopulariopsis. Los estudios de sensibilidad demostraron una actividad muy variable para todos los antifúngicos ensayados, con ausencia de patrones especie/específicos. Las equinocandinas y los azoles, principalmente micafungina y voriconazol, demostraron la mejor actividad in vitro. / Fungal infections are a cause of significant morbidity and mortality worldwide. In recent years, a large number of genera and species have been described as agents of opportunistic infections difficult to treat and with poor prognosis. In the present study we characterized morphologically and molecularly 300 clinical isolates belonging to the opportunistic fungal genera Acrophialophora, Cladosporium, Microascus, Scopulariopsis and Trichoderma. Species diversity among these isolates was determined and antifungal susceptibility profiles of the most important species were established. Besides the species commonly encountered, several species were recovered for the first time from clinical specimens, i.e, Acrophialophora levis, Cladosporium allicinum, C. asperulatum, C. funiculosum, C. flabelliforme, C. pseudocladosporioides, C. ramotenellum, C. subuliforme, C. tenuissimum, Microascus gracilis, Toxicocladosporium irritans, Trichoderma asperelloides, T. asperellum, T. erinaceus, T. gamsii, T. koningiopsis and T. sinuosum. From the clinical isolates the following new species were described: Microascus alveolaris, M. brunneosporus, M. campaniformis, M. expansus, M. intricatus, M. restrictus, M. verrucosus, Scopulariopsis cordiae y Trichoderma bissettii. The taxonomy of the genus Acrophialophora was revised and its final taxonomical position was found in Chaetomiaceae (Sordariales, Sordariomycetes). Once confirmed the polyphyly of Microascus and Scopulariopsis they were properly characterized as separate genera, Pithoascus was reintroduced and the new genera Pseudoscopulariopsis was described. Suceptibility assays showed a highly variable activity for all tested antifungals, no specific patterns were found. Azoles and echinocandins, mainly voriconazole and micafungin showed the best in vitro activity.

Antecedents: la malaltia tuberculosa està relacionada tant amb factors biològics com amb altres determinants de la salut. A Espanya durant els darrers anys es produeixen canvis a l’entorn econòmic, social i sanitari que poden afectar a l’evolució de la malaltia tuberculosa. Objectiu de la tesi: establir com els determinants poden explicar els canvis en el comportament epidemiològic de la tuberculosi i quina ha estat la importància relativa de cadascun. Plantegem una visió holística de la malaltia, en la qual la seva evolució es relaciona amb múltiples factors, molts d’ells no sanitaris. Metodologia: (1) revisió de la literatura i recollida de dades; (2) anàlisi de cointegració de les sèries temporals per a descriure la consistència de cadascun dels determinants i confirmar les seves relacions a llarg termini amb la malaltia; i (3) construcció de models estructurals per analitzar dades transversals que poden mesurar fenòmens multidimensionals i latents, no directament mesurables, com és la propensió a la tuberculosi. Els resultats confirmen les hipòtesis: A) Anàlisi de sèries temporals: (1) la població desprotegida és més susceptible enfront de la malaltia, mentre que no ho és una societat més benestant; (3) els trastorns orgànics i multiorgànics faciliten la progressió de la tuberculosi; (4) la capacitat econòmica, un millor finançament del sistema sanitari i una planificació eficient d’estratègies en salut contribueixen a una menor incidència de la tuberculosi i a una utilització més eficient dels recursos; (5) els estils de vida perjudicials i una climatologia adversa produeixen més utilització dels serveis sanitaris i una major incidència. B) Models estructurals: tant el model MIMIC com el model PATH confirmen que els pesos relatius de cada determinant són diferents. La importància de variables representatives del medi ambient i estils de vida pot ser quatre vegades més gran que la de variables relacionades amb el determinant biològic. / Antecedentes: la tuberculosis está relacionada tanto con factores biológicos como con otros determinantes de la salud. Objetivo de la tesis: establecer como los determinantes de la salud pueden explicar los cambios en el comportamiento epidemiológico de la tuberculosis y cuál ha sido la importancia relativa de cada uno en España. Planteamos una visión holística de la enfermedad, en la cual su evolución se relaciona con múltiples factores, muchos de ellos no sanitarios. Metodología: (1) revisión de la literatura y recogida de datos; (2) análisis de cointegración de las series temporales para describir la consistencia de cada uno de los determinantes y confirmar sus relaciones a largo plazo con la enfermedad; y (3) construcción de modelos estructurales para analizar datos transversales que pueden medir fenómenos multidimensionals y latentes, no directamente medibles, como es la propensión a la tuberculosis. Los resultados confirman las hipótesis: A) Análisis de series temporales: (1) la población desprotegida es más susceptible frente a la enfermedad, mientras que no lo es una sociedad con un alto nivel de vida ; (3) los trastornos orgánicos y multiorgánicos facilitan la progresión de la tuberculosis; (4) la capacidad económica, una mejor financiación del sistema sanitario y una planificación eficiente de estrategias en salud contribuyen a una menor incidencia de la tuberculosis y a una utilización más eficiente de los recursos; (5) los estilos de vida perjudiciales y una climatología adversa producen más utilización de los servicios sanitarios y una mayor incidencia. B) Modelos estructurales: tanto el modelo MIMIC como el modelo PATH confirman que los pesos relativos de cada determinante son diferentes. La importancia de variables representativas del medio ambiente y estilos de vida puede ser cuatro veces más grande que la de variables relacionadas con el determinante biológico. / Background. Tuberculosis is related to biological factors, as well as, to other health factors. Objective. The purpose of this thesis is to analyse the contribution of health determinants to understand changes in the epidemiological behaviour of tuberculosis in Spain. The relative importance of each health determinant effect is evaluated. It is shown that the evolution of tuberculosis is not only related to health determinants, but also to non-health factors. Methodology. (1) Review of the literature and data collection; (2) time series cointegration analysis to describe the consistency of each of the determinants and to confirm its long-term relationships with the disease; and (3) cross-sectional data analysis through structural equations models that allow to measure latent multidimensional phenomena, which are not directly measurable, such as the propensity to tuberculosis. The results confirmed our hypothesis: A) Time series analysis: (1) the unprotected population is more susceptible against tuberculosis. In contrast, a welfare society is more resistant against the disease; (2) organic and multi-organic disorders facilitate the progression of tuberculosis; (3) the size of the budget devoted to health, a better health care financing system and effective health care planning strategies contribute to a lower incidence of tuberculosis and more efficient use of resources; (4) harmful lifestyles and adverse weather conditions increase the use of health services and the incidence of tuberculosis. B) Structural equation modeling: both the hypothesized multiple indicators multiple causes (MIMIC) model and the path model show significant differences in the relative weight of the determinants in explaining tuberculosis indicators. Interestingly, the impact of environment and lifestyles variables on tuberculosis is four times higher than the impact of biological health variables.

La neumonía adquirida en la comunidad (NAC) representa uno de los problemas más importantes de salud pública en todo el mundo. Debido a la alta incidencia y frecuencia de esta enfermedad, el coste económico derivado del manejo de la NAC es muy elevado. Éste se correlaciona de forma estrecha con la duración del ingreso hospitalario. A pesar de los avances en el diagnóstico y el tratamiento de la NAC, la morbilidad y mortalidad relacionada siguen siendo muy elevadas. En los países industrializados la NAC constituye la séptima causa de mortalidad general y la primera entre las causas infecciosas. La mortalidad anual estimada en España en pacientes hospitalizados con NAC es de 12 muertos por 100.000 habitantes. Estas cifras se elevan hasta 61 muertos por 100.000 habitantes en pacientes mayores de 65 años. Por todo lo expuesto anteriormente, la NAC se considera un importante problema de salud pública y por lo tanto un área preferente de investigación con el objetivo de mejorar los conocimientos sobre la enfermedad y conseguir optimizar su manejo. En los últimos años se ha producido avanzes importantes en el manejo de la NAC. Se ha racionalizado los criterios de ingreso hospitalario, se ha producido una evidencia científica de la importancia de un tratamiento precoz, y han aparecido nuevas técnicas diagnósticas y nuevos antibióticos. En esta tesis nos marcamos como objetivo optimizar el manejo de la NAC incidiendo en 4 puntos básicos: la reducción de la estancia media hospitalaria, la mejoría en el conocimiento de los factores asociados a shock séptico en la neumonía neumocócica, la descripción de los factores relacionados con la mortalidad precoz y la identificación de factores que permitieran reducir el número de recurrencias. Para ello se desarrollaron 5 estudios prospectivos: 1.- Factores asociados con una estancia media hospitalaria prolongada en la neumonía adquirida en la comunidad.C. Garcia-Vidal, J. Carratalà, V. Díaz, J. Dorca, R. Verdaguer, F. Manresa, F. Gudiol. Enfermedades infecciosas y microbiología clínica 2009 Mar; 27 (3): 160-4.Factor de impacto: 1.432. Cuartil: cuarto.2.- Effectiveness of a 3-step clinical pathway to reduce duration of intravenous antibiotic therapy and length of stay in community-acquired pneumonia. J. Carratalà, C. Garcia-Vidal, L.Ortega, N. Fernández-Sabé, M. Clemente, V. Díaz, X. Castellsague, J. Dorca, R. Verdaguer, J. Martínez, F. Manresa, F. Gudiol.(En revisión)3.- Etiology and risk factors of recurrent community-acquired pneumonia. C. Garcia-Vidal, J. Carratalà, N. Fernández-Sabé, J. Dorca, R. Verdaguer, F. Manresa, F. Gudiol. Clinical Microbiology and Infection 2009; 15: 1033-1038.Factor de impacto: 3.554. Cuartil: primero.4.- Pneumococcal pneumonia presenting with septic shock: Host- and pathogen-related factors and outcomesC. Garcia-Vidal, C. Ardanuy, F. Tubau, D. Viasus, J. Dorca, J. Liñares, F. Gudiol, J. Carratalà.Aceptado para su publicación en ThoraxFactor de impacto: 7.069. Cuartil: primero.5.- Early mortality in patients with community-acquired pneumonia: causes, and risk factors. C. Garcia-Vidal, N. Fernández-Sabé, J. Carratalà, V. Díaz, R. Verdaguer, J. Dorca, F. Manresa, F. Gudiol. European Respiratory Journal 2008; 32 (3):733-9. Factor de impacto: 5.545. Cuartil: primero.Las conclusiones más destacadas son:8.1 ESTANCIA MEDIA HOSPITALARIA EN LOS PACIENTES CON NEUMONÍA ADQUIRIDA EN LA COMUNIDAD8.1.1 FACTORES RELACIONADOS CON UNA ESTANCIA MEDIA HOSPITALARIA PROLONGADA EN LA NEUMONÍA ADQUIRIDA EN LA COMUNIDAD · Los factores independientes asociados con una estancia media prolongada fueron la edad avanzada, el abuso de alcohol, la gravedad de la NAC, la neumonía aspirativa, la presencia de derrame pleural complicado y el tiempo hasta la estabilidad clínica. · Los factores identificados deberían ser considerados al evaluar la idoneidad de la duración del ingreso hospitalario en la NAC en una institución determinada, así como en el diseño de estudios que propongan nuevas estrategias para reducir la estancia media. 8.1.2 EFICACIA DE UNA GUÍA CLÍNICA DE 3 PASOS PARA REDUCIR LA DURACIÓN DEL TRATAMIENTO ANTIBIÓTICO ENDOVENOSO Y LA ESTANCIA MEDIA HOSPITALARIA EN LA NEUMONÍA ADQUIRIDA EN LA COMUNIDAD · La aplicación de una guía clínica de 3 pasos es eficaz para disminuir el tiempo de tratamiento antibiótico endovenoso en los pacientes con NAC. · La aplicación de una guía clínica de 3 pasos es eficaz para reducir la estancia media hospitalaria en los pacientes con NAC. · El uso de la guía clínica de 3 pasos para el manejo de los pacientes con NAC es segura. Los efectos secundarios, las complicaciones, los reingresos y la mortalidad no aumentó en los pacientes asignados a la aplicación de la guía clínica.· La reducción de la estancia media de 2 días que se obtiene con la aplicación de nuestra guía de 3 pasos tiene importantes connotaciones económicas.· Esta estrategia de manejo se debe considerar de elección para el tratamiento de los pacientes con NAC. 8.2 NEUMONÍA ADQUIRIDA EN LA COMUNIDAD RECURRENTE. AGENTES ETIOLÓGICOS Y DESCRIPCIÓN DE LOS FACTORES DE RIESGO · La edad avanzada, la ausencia de vacunación antineumocócica, la enfermedad pulmonar obstructiva crónica y el uso de corticoesteroides se asociaron de manera independiente con mayor riesgo de NAC recurrente. · Nuestros hallazgos proporcionan argumentos adicionales a las recomendaciones actuales de vacunación y deberían estimular a los profesionales sanitarios a incrementar la implementación de la vacuna en los grupos de riesgo. 8.3 NEUMONÍA NEUMOCÓCICA QUE SE PRESENTA CON SHOCK SÉPTICO: FACTORES DE RIESGO ASOCIADOS AL MICROORGANISMO Y AL HUÉSPED· Los pacientes con shock séptico precisaron más frecuentemente ventilación mecánica y tuvieron ingresos más prolongados. Asimismo, la mortalidad, tanto precoz como tardía, fue mayor. · El tabaquismo, el uso crónico de corticoesteroides y la infección causada por el serotipo 3 fueron factores independientes asociados a la presencia de shock séptico. 8.4 ANÁLISIS DE LA MORTALIDAD PRECOZ DE LOS PACIENTES CON NEUMONÍA ADQUIRIDA EN LA COMUNIDAD. AGENTES ETIOLÓGICOS, CAUSAS Y FACTORES ASOCIADOS · Las causas principales de mortalidad precoz fueron la insuficiencia respiratoria y el shock/fallo multiorgánico. · La mortalidad precoz en la NAC acontece mayoritariamente en pacientes ancianos, que presentan alteración del nivel de consciencia, afectación multilobar y shock séptico al ingreso. La neumonía bacteriémica neumocócica y el tratamiento empírico inadecuado, a expensas de la neumonía por P. aeruginosa son también factores independientes asociados a mortalidad precoz.

El treball presentat en aquesta tesi doctoral te com objectiu principal la contribució en el camp de la microbiologia per entendre el biofilms i el possible control de desenvolupament mitjançant l’ús de mètodes i enfoc multidisciplinari. Els biofilms estan definits com comunitats de microorganismes que creixen envoltats en una matriu exopolisacárida i s’adhereixen a una superfície inert o teixit viu. La formació dels biofilms bacterians tenen un gran interès en microbiologia clínica degut al desenvolupament d’infeccions que son causades pel contacte directe o per colonització de dispositius mèdics implantats i pròtesis. Actualment es consideren causa de més del 60 % de les infeccions bacterianes. El problema dels biofilms bacterians a nivell clínic es que mostren millor resistència a antibiòtics arribant inclús a ser de 500 a 5000 cops més resistents a agents antimicrobians comparant amb la mateixa bactèria planctònica (bactèria en suspensió). Hi ha hagut moltes temptatives d’adaptar mètodes a laboratoris clínics on es reprodueixen les condicions pel desenvolupament de biofilms, però encara no s’ha arribat a obtenir òptims protocols estàndard per a aquest propòsit de monitoritzar la formació i toxicitat a temps real. Ha crescut l’interès en disseny, desenvolupament i utilització de dispositius de microfluídica que poden emular els fenòmens biològics que ocorren amb diferents geometries, dinàmica de fluids i restriccions de transport de biomassa en microambients fisiològics. La recerca descrita en aquesta tesis s’ha dut a terme amb diferents mètodes “label-free” basats en la variació acústica y/o propietats elèctriques per a la monitorització de biofilms. El treball presentat en la monografia descriu un dispositiu “custom-made” per a la utilització d’Espectroscòpia de impedància electroquímica com a eina útil per a l’obtenció d’informació d’adherència i formació de biofilms. El fet d’afegir nanopartícules com a segon biosensor permet la correlació de biofilm amb la seva toxicitat a temps real per a la detecció del punt òptim de tractament de biofilms. Finalment el disseny d’aquesta tecnologia s’utilitza per l’assaig de la resposta de biofilms a antibiòtics com a model in vitro d’infeccions causades per biofilms. / El trabajo presentado en esta tesis doctoral tiene como principal objetivo la contribución en el campo de la microbiología para entender los biofilms y el posible control de desarrollo mediante el uso de métodos y enfoque multidisciplinar. Los biofilms están definidos como comunidades de microorganismos que crecen embebidos en una matriz exopolisacárida y se adhieren a una superficie inerte o tejido vivo. La formación de los biofilms bacterianos tiene un gran interés en microbiología clínica debido al desarrollo de infecciones que son causadas por contacto directo o por colonización de dispositivos médicos implantados y prótesis. Actualmente se consideran la causa de más del 60 % de las infecciones bacterianas. El problema de los biofilms bacterianos a nivel clínico es que muestran mejor resistencia a antibióticos llegando incluso a ser de 500 a 5000 veces más resistentes a agentes antimicrobianos comparado a la misma bacteria planctónica (bacteria en suspensión). Ha habido muchas tentativas de adaptar métodos a laboratorios clínicos donde se reproducen las condiciones para el desarrollo de biofilms, pero aún no se ha llegado a obtener óptimos protocolos estándar para este propósito de monitorizar la formación y toxicidad en tiempo real. Ha crecido el interés en diseño, desarrollo y utilización de dispositivos de microfluídica que puedan emular los fenómenos biológicos que ocurren con diferentes geometrías, dinámica de fluidos y restricciones de transporte de biomasa en microambientes fisiológicos. La investigación descrita en esta tesis se lleva a cabo con diferentes métodos “label-free” basados en variación acústica y/o propiedades eléctricas para la monitorización de biofilms. El trabajo presentado en esta monografía describe un dispositivo “custom-made” para la utilización de Espectroscopia de impedancia electroquímica como herramienta útil para obtener información de adherencia y formación de biofilms. El hecho de añadir nanopartículas como segundo biosensor permite la correlación de biofilm con su toxicidad en tiempo real para la detección del punto óptimo del tratamiento de biofilms. Finalmente el diseño de esta tecnología es usada para el ensayo de la respuesta de biofilms a antibióticos como modelo in vitro de infecciones causadas por biofilms. / The work presented in this thesis has the main aim to contribute in the field of clinical microbiology to understand the biofilms and the possible of development through the use of methods with multidisciplinary approach. Biofilms are defined as communities of microorganisms that grow embedded in a matrix of exopolysaccharides and adhering to an inert surface or living tissue. The formation of bacterial biofilms has an interest in clinical microbiology with the development of infections that usually arise from either direct contact or the colonization of implanted medical devices and prostheses. Currently they are considered the cause of over 60% of bacterial infections. The problem of bacterial biofilms at clinical level is showing great resistance to antibiotics, so that the biofilm bacteria are 500 to 5000 times more resistant to antimicrobial agents that the same bacteria grown in planktonic cultures (bacteria in suspension). There have been attempts to adapt methods to clinical laboratories where they reproduce the conditions of biofilms, but have not yet adopted an optimal standard protocol for this purpose to follow-up the formation and toxicity in real-time. There has been a growing interest in design, development and utilization of microfluidic devices that can emulate biological phenomena that occur in different geometries, fluid dynamics and mass transport restrictions in physiological microenvironments. The research described in this thesis deals with different label-free methods based on variation of acoustic and electric properties for biofilm monitoring. The work presented in this monograph describe a custom-made device for using electrochemical impedance spectroscopy (EIS) as useful tool to obtain information of adherence and formation of biofilms. The addition of nanoparticles as toxicity biomarker allows the correlation of biofilm formation with its toxicity in real-time for detention of the optimal point for biofilm treatment. Finally the design of this technology is used for testing the biofilm response to antibiotic as in vitro model of biofilm-related infection.

Tesi amb tres estudis immunogenètics, que tenen per objectiu determinar si les variants al·lèliques dels coreceptors majors (CCR5 i CXCR4) necessaris per a que el VIH-1 pugui entrar a l'interior de les cèl·lules hoste, i dels seus principals lligands naturals les quimiocines RANTES i SDF-1 respectivament, modulen els risc d'infecció i/o la història natural en una cohort de pacients blancs espanyols. Un quart estudi immunopatogènic investiga la possible relació entre el dany mitocondrial i l'apoptosi induïda pel VIH-1 en les cèl·lules mononuclears de sang perifèrica (CMSP). Els estudis immunogenètics no troben una associació de les variants al·lèliques de les citades quimiocines i coreceptors amb infección pel VIH-1 no progressiva. En l'estudi immunopatogènic es troba una associació entre el dany mitocondrial i l'apoptosi en les CMSP de pacients amb una replicació activa del VIH-1. / Tesis con tres estudios inmunogenéticos, que tienen por objetivo determinar si las variantes alélicas de los correceptores mayores (CCR5 y CXCR4) necesarios para que el VIH-1 pueda entrar al interior de las células huésped, y de sus principales ligandos naturales las quimiocinas RANTES y SDF-1 respectivamente, modulan el riesgo de infección y/o la historia natural en una cohorte de pacientes blancos españoles. Un cuarto estudio immnopatogénico investiga la posible relación entre el daño mitocondrial y la apoptosis, ambos inducidos por el VIH-1, en células mononuclerares de sangre periférica (CMSP). Los estudios immunogenéticos no encuentran una asociación de las variantes alélicas de las mencionadas quimiocinas y correceptores con la infección por el VIH-1 no progresiva. En el estudio immunopatogénico se encuentra una asociación entre el daño mitocondrial y la apoptosis en las CMSP de pacientes con una replicación activa del VIH-1. / Thesis based on 3 immunogenetics studies whose objective are to determine whether the major allelic variants of the main HIV-1 coreceptors through which HIV-1 enters into host cells (CCR5 and CXCR4) and their natural and respective ligands RANTES and SDF-1 chemokines, modulate the risk of infection and/or the natural history in a cohort of Spanish Caucasian patients. A fourth immunopathogenic study evaluates the posible relationship between mitochondrial damage and apoptosis, both HIV-1 induced, in peripheral blood mononuclear cells (PBMC). The immunogenetic studies do not find any association between chemokines allelic variants and HIV-1 coreceptors in long-term non progressor patients. In the immunopathogenic study an association between mitochondrial damage and apoptosis is found in the PBMCs of patients with active HIV-1 replication.