A ordem Quiroptera pode ser considerada um componente importante das comunidades neotropicais. Seus membros são de particular interesse para a biologia evolutiva, pois, devido a sua capacidade de voar a longas distâncias, podem apresentar, potencialmente, padrões de dispersão distintos daqueles exibidos por outros pequenos mamíferos que não voam. Além disso, são excelentes ilustrações de radiação adaptativa, ótimo forrageamento, altruísmo recíproco e coevolução, entre outros atributos. A família Phyllostomidae é a mais diversificada dos morcegos neotropicais e apresenta grande diversidade morfológica, relacionada aos variados hábitos alimentares. Esta variedade de hábitos dificulta a reconstrução da história filogenética do grupo. Os diversos estudos feitos não têm alcançado um consenso quanto às relações de parentesco em vários níveis (desde o subfamiliar ao genérico) com conseqüente variação nos arranjos classificatórios e a monofilia de algumas dessas subfamílias, bem como a monofilia de muitos gêneros. O único consenso parece ser com relação ao monofiletismo da família em si, consensualmente evidenciado por vários estudos. Utilizando seqüências dos genes mitocondrial citocromo b e nuclear RAG2 analisou-se espécies de morcegos da família Phyllostomidae coletadas ao sul do paralelo 07°S em território brasileiro e comparamos com outras seqüências obtidas no GenBank visando verificar se a inclusão de espécimes do sul da região Neotropical altera ou não as relações já descritas para esta família, basicamente com representantes da América Central e Norte da América do Sul. Além disso, testaram-se as diferentes hipóteses de agrupamento dentro dos Stenodermatinae tendo por base representantes dos biomas brasileiros Mata Atlântica e Cerrado, regiões sub-amostradas em outras análises filogenéticas e, mais especificamente, investigou-se as relações filogenéticas das espécies de grandes Artibeus com ênfase àquelas provenientes do território brasileiro. Estudou-se, também, a variação genética e possível estruturação geográfica de duas espécies deste gênero, A, fimbriatus e A. lituratus. Com relação à análise filogenética, na base da árvore gerada situou-se o gênero Macrotus. A seguir, encontrou-se o clado formado por Diphylla e Desmodus.O próximo clado une duas espécies - TonatiasilvIcola e Trachops cirrhosus, e, logo a seguir, no próximo nodo colocou-se a espécie Glossophaga soricina, que, na análise realizada apenas com o gene RAG2 agrupou-se ainda com Anoura geoffroyi. Rhinophyla pumilio situou-se no ramo seguinte e, na seqüência, observou-se um clado formado pelos representantes da subfamília Stenodermatinae. Dentro dos Stenodermatinae, as espécies do gênero Sturnira representam a linhagem mais basal. O segundo clado inclui os gêneros Chiroderma, Vampyressa, Uroderma, Vampyrodes e Platyrrhinus. O último clado apresenta um ramo representado por Enchisthenes hartii e, então, se divide em dois grupos-irmãos, o primeiro incluindo os gêneros Ametrida, Pygoderma, Sphaeronycteris, Stenoderma e Phyllops. No outro grupo irmão (o grupo dos Artibeus), as relações encontradas estão de acordo com a maioria dos trabalhos que discutem a filogenia deste gênero. Especificamente na árvore dos Artibeus encontrou-se que A. obscurus é o grupo irmão de Artibeus sp., localizando-se na posição mais basal, seguida por A. fimbriatus. A jamaicensis ocupa uma posição intermediária, seguida por um clado formado por A. hirsutus, A. inopinatus e A. fraterculus. Já A. lituratus, A. amplus e A. planirostris estão entre as espécies mais derivadas. Vale a pena destacar na filogenia dos Artibeus, no entanto, que a posição basal observada para A. obscurus diverge da encontrada em outras análises filogenéticas. Além disso, os resultados aqui obtidos reforçam a idéia de que A. planirostris é uma espécie plena e não uma subespécie de A. jamaicensis e indicam que Artibeus sp. possa ser uma nova espécie. Quanto aos marcadores moleculares utilizados neste trabalho observa-se que o gene mitocondrial citocromo b foi bastante eficiente para detectar relações filogenéticas no nível intragenérico, mas foi limitado em termos de resolução para estudos de níveis taxonômicos superiores. Já o gene nuclear RAG2 apresentou uma boa resolução para o estudo dos Phyllostomidae, mas demonstrou-se ineficaz na tentativa de desvendar as relações genéticas entre as espécies de morcegos do gênero Artibeus. / The order Chiroptera may be considered a very important component of Neotropical communities. Its members are particularly interesting to evolutionary biology, as, due to its ability to long distances fly, they could present, potentially, dispersal patterns distinct from those depicted by other small mammals that do not fly. Besides these, they constitute excellent examples of adaptive radiation, optimal feed habits, reciprocal altruism, and co-evolution, among other attributes. The Phyllostomidae family is the most diversified of Neotropical bats, presenting significant morphologic diversity that is linked to the varied food habits they show. This variety in food habits makes it difficult to reconstruct the phylogenetic history of the group. The numerous studies that have been carried out did not reach a consensus about the multi-level kinship relationships (from sub-family to genus). Consequently, taxonomic arrangements vary considerably, side by side with the monophyly of some of these sub-families, and also the monophyly of several genera.The only consensus may lie in the monophyly of the family itself, reached after the conduction of several studies. This study analyzed sequences of the cytochrome b mitochondrial gene and RAG2 nuclear gene of bats of the Phyllostomidae family collected south of parallel 07° S in the Brazilian territory, which were compared to other sequences deposited in GenBank, aiming to ascertain whether the inclusion of specimens collected south of the Neotropical region alters the relationships previously described for the family, basically done with representatives from Central America and northern South America. Apart from this, different cluster hypothesis were tested within Stenodermatinae, based on specimens of the Brazilian biomes Atlantic Forest and Cerrado, regions that have been but under-sampled in other phylogenetic analyses. More specifically, the phylogenetic relationships of the large Artibeus species were investigated, with emphasis on species inhabiting the Brazilian territory. Also, the genetic diversity and the possibility that two species ranked under the genus, namely A. fimbriatus and A. lituratus, were geographically structured were investigated. Concerning the phylogenetic analysis, the Macrotus genus took the base of the generated tree. Next, the clade formed by Diphylla and Desmodus was found. A clade that jointtwo species, Tonatia silvicola and Trachops cirrhosus, followed and then, in the forthcoming node is located the species Glossophaga soricina. This specie, in the analysis of the RAG2 gene alone clustered also with Anoura geoffroyi. Rhinophyla pumilio was found at the same branch, followed by a clade formed by the representatives of the Stenodermatinae sub-family. Among the Stenodermatinae, the species of the Sturnira genus represented the most basal lineage. The second clade included the genera Chiroderma, Vampyressa, Uroderma, Vampyrodes, and Platyrrhinus. The last clade presented a branch formed by Enchistenes hartii, which branches out into two sister-groups, the first including the genera Ametrida, Pygoderma, Sphaeronycteris, Stenoderma and Phyllops. In the other sister-group (the Artibeus group), the relationships observed are in accordance with what has been reported in most studies that address the phylogeny of the genus. Concerning the Artibeus tree, A. obscurus is a sister-group of Artibeus sp., lying at a more basal position, followed by A. fimbriatus. A. jamaicensis takes an intermediary position, followed by a clade formed by A. hirsutus, A. inopinatus, and A. fraterculus. As for A. lituratus, A. amplus, and A. planirostris, these species are among the most derived It is worth mentioning that the basal position observed for A. obscurus in the Artibeus phylogeny. Nevertheless this place differs from that observed in other phylogenetic studies. Moreover, the results obtained in the present study underline the notion that A. planirostris is a species itself, and not a sub-species of A. jamaicensis, and also suggest that Artibeus sp. may be a new species As regards the molecular markers employed in the present study, the mitochondrial gene cytochrome b was found to be more efficient in the detection of phylogenetic relationships at intra-genus level, but failed to afford an enhanced resolution for higher taxonomic levels. In turn, the RAG2 gene showed good resolution in the study of Phyllostomidae, but was incapable to shed more light on the genetic relationships between the species of the Artibeus genus.

O presente estudo foi realizado para investigar os padrões filogeográficos de sete espécies de canídeos sul-americanos. Um fragmento de 588pb da região controladora do DNA mitocondrial foi obtido para seis espécies do gênero Lycalopex, e usado para inferir as relações evolutivas entre estas espécies. A análise indicou L. vetulus como espécie basal, L. fulvipes como taxa monofilético, L. culpaeus e L. griseus como espécies muito próximas. Padrões intraespecificos da variação genética foram também abordados para o gênero Lycalopex e intensivamente investigados em Cerdocyon thous, neste através de um fragmento de 512pb da região controladora do DNA mitocondrial, três íntrons nucleares e dez loci de microssatélites. L. fulvipes, L. gymnocercus e Cerdocyon thous mostraram partição geográfica entre a distribuição de seus haplótipos, indicando que barreiras históricas influenciaram a variabilidade genética atual. Os processos que geraram estes padrões e causaram a especiação do gênero Lycalopex provavelmente ocorreram no Pleistoceno, determinados pelas modificações na distribuição da vegetação e pelas oscilações nos níveis do mar. Os três diferentes marcadores utilizados para a abordagem de Cerdocyon thous mostraram-se informativos e sua análise conjunta indicou que a maior parte do fluxo gênico é determinado pelos machos nesta espécie. Os marcadores nucleares inferiram alta variabilidade e ausência de isolamento entre as populações do cachorro-do-mato. / The present study was performed to investigate phylogeographic patterns of seven South American canid species. A 588bp fragment of mitochondrial DNA control region was obtained for the six species of Lycalopex genera, and used to infer evolutionary relationships between them. These analysis indicates L. vetulus as a basal species, L. fulvipes as a monophyletic taxa, and that L. culpaeus and L. griseus are closer species. Intraspecific patterns of genetic variation were also investigated for Lycalopex genera and were intensively investigated on Cerdocyon thous, in this latter by 512bp fragment of mitochondrial DNA control region, three nuclear introns and ten microsatellite loci. L. gymnocercus, L. fulvipes and Cerdocyon thous shown geographic partition between haplotype distributions, inferring that historical barriers had influenced the actual genetic variability. The processes that generate these patterns and caused the Lycalopex speciation probably took place on Pleistocene, caused by the modifications on vegetation distribution and variation on sea levels. Three different markers used for Cerdocyon thous approach were informative and their conjunct analysis indicates that gene flow can be male biased in this species. Nuclear markers inferred high variability and no geographic isolation between crab-eating fox populations.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-12-05T19:53:58Z No. of bitstreams: 1 2017_LorenaPereiradeAndrade.pdf: 1424019 bytes, checksum: d72d0cdae4788595afe7126188d2f9a4 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-01-31T19:32:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_LorenaPereiradeAndrade.pdf: 1424019 bytes, checksum: d72d0cdae4788595afe7126188d2f9a4 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-31T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_LorenaPereiradeAndrade.pdf: 1424019 bytes, checksum: d72d0cdae4788595afe7126188d2f9a4 (MD5) Previous issue date: 2018-01-31 / Fundação de Apoio à Pesquisa do Distrito Federal (FAP-DF); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). / Marcadores fluorescentes são amplamente empregados para a análise da biologia celular, permitindo investigar e monitorar biomoléculas e organelas durante os processos metabólicos relacionados à vida e a morte das células. Em particular a marcação de lipídios vem se tornando cada vez mais empregada, devido à importância destas moléculas na homeostase das células e dos organismos. Existem diversos marcadores comerciais disponíveis para atender esta demanda, no entanto esses marcadores apresentam uma série de desvantagens que tornam seu uso uma alternativa pouco atrativa. Nosso grupo de pesquisa tem buscado desenvolver novas moléculas fluorescentes visando seu emprego no imageamento celular, contornando as limitações impostas pelos agentes fluorescentes comerciais de referência atualmente empregados. Neste contexto, nosso grupo vem trabalhando com moléculas que apresentam o núcleo 2,1,3- benzotiadiazola (BTD) que possui um conjunto de características químicas desejáveis para o seu emprego na síntese de compostos fluorescentes. Este trabalho apresenta três moléculas inéditas derivadas do núcleo BTD (BJL16#unb1, BJL16#unb2 e BJL16#unb3), idealizadas para ter alta afinidade por lipídios sem perder sua propriedade de solubilidade em solução aquosa. Estas moléculas possuem estrutura molecular com características únicas e este trabalho procurou demonstrar a ótima relação entre a arquitetura molecular, sua solubilidade e seletividade ao alvo celular predito através de ensaios de imageamento celular in vitro e no modelo C. elegans N2 selvagem. Os resultados demonstraram a alta afinidade dos compostos por vesículas de lipídios, emitem um ótimo sinal fluorescente, no entanto apresentaram taxas de solubilidade variada. O composto BJL16#unb1 apesar de ser o de menor intensidade de fluorescência dentre os três compostos testados, foi o mais solúvel, com melhor desempenho de permeabilidade no ensaio com o modelo C. elegans. Comparados ao Bodipy® que é o marcador comercial de lipídios de referência, os compostos apresentaram melhor solubilidade, intensidade de fluorescência similar, sendo que o compostoBJL16#unb3 apresentou maior intensidade e marcação mais ampla, uma vez que marcou estruturas não marcadas pelo Bodipy®. Além disso, foi demonstrado para os compostos testados, ausência de citotoxicidade, estabilidade durante armazenamento e fotoestabilidade durante o uso, características também superiores às do Bodipy®. / Fluorescent probes are widely used to cellular biology analysis, allowing the investigation and monitoring of biomolecules and organelles during metabolic processes related to life and death of cells. In particular the lipid probes have becoming increasingly employed because of the importance of these molecules in the homeostasis of cells and organisms. There are many commercial probes available to meet this demand; however these probes have a number of disadvantages that make its use an unattractive choice. Our research group has sought to develop new enhanced fluorescent molecules targeting its use in cellular imaging, bypassing the limitations imposed by commercial fluorescent agents currently employed as reference probes. In this context, our group has been working with molecules that have the core 2,1,3 benzotiadiazola (BTD) that has a set of chemical characteristics desirable for its use in the synthesis of fluorescent compounds. In this work, was evaluated three new molecules derived from BTD core (BJL16 # unb1, BJL16 # unb2 and BJL16 # unb3), idealized to have high affinity for lipids without losing their solubility properties in aqueous solution. These molecules have molecular structure with unique characteristics and this work will seek to show the relationship between the molecular architecture, its solubility and selectivity to the predicted target cell organelles through cell imaging assays in vitro and in C. elegans model. The results show that the compounds have high affinity for lipid vesicles, and an intense fluorescent signal. However, the solubility rates were not constant to all compounds. The BJL16 # unb1 molecule shows the lowest intensity of fluorescent signal from the three tested compounds, but also was the most soluble among them, with the better permeability performance in the C. elegans model test as compared with the Bodipy® which is the commercial reference probe to lipids staining. Furthermore, the three compounds had shown better solubility, a similar fluorescence intensity, but the BJL16unb#3 exhibited a better solubility and wider staining profile to those obtained with Bodipy® which failed to staining lots of lipids structures. Finally, it was shown that the tested compounds, lack of cytotoxicity, was stable in stock solution and shows high photostability during its use, all these characteristics also were higher than those found in Bodipy®.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2016. / Texto liberado parcialmente pelo autor. Conteúdo restrito: Capítulo 2. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-09-15T18:07:58Z No. of bitstreams: 1 2016_JessicadaMatadosSantosMonteiro_Parcial.pdf: 2663839 bytes, checksum: 28d1311d340c2d4b676cd94badb7eef2 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-01-27T16:53:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_JessicadaMatadosSantosMonteiro_Parcial.pdf: 2663839 bytes, checksum: 28d1311d340c2d4b676cd94badb7eef2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-27T16:53:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_JessicadaMatadosSantosMonteiro_Parcial.pdf: 2663839 bytes, checksum: 28d1311d340c2d4b676cd94badb7eef2 (MD5) / Os nematoides-das-galhas são classificados no gênero Meloidogyne e estão amplamente distribuídos ao redor do mundo com mais de 100 espécies descritas e mais de 2000 espécies hospedeiras, representando ameaça à produção agrícola mundial. A identificação precisa e acurada das espécies é de extrema importância para o controle efetivo das doenças causadas por esses organismos. A taxonomia do gênero Meloidogyne no passado, geralmente era baseada em caracteres morfológicos e biométricos, e as vezes citológicos. No entanto, a variabilidade dos padrões perineais e dos caracteres morfológicos diagnósticos, variações na biometria e cromossomos muito pequenos, muitas vezes difíceis de se observar e de se contar, constituem até aos dias de hoje, limitações que tornam a identificação específica difícil, até para os taxonomistas mais experientes. Por isso, faz-se necessário a integração dos métodos clássicos de identificação com as técnicas mais modernas, como o uso dos marcadores enzimáticos e moleculares, que corroborem para uma identificação específica mais precisa. Neste trabalho, são apresentados os resultados dos estudos da diversidade genética de populações brasileiras de Meloidogyne spp. recentemente descritas, em comparação com espécies comumente encontradas no Brasil. É feita também, a sinonimização de M. brasiliensis com M. ethiopica, com base em estudos enzimáticos (perfil de esterase), marcadores SCAR espécie – específicos, sequênciamento das regiões ITS1-5.8S-ITS2 e fragmento D2-D3 do rRNA, e uma análise comparativa das descrições originais de ambas espécies. Além disso, é feito também, o primeiro relato de M. konaensis no Brasil e comparação com M. paranaensis. Das cinco espécies de Meloidogyne descritas no Brasil nas últimas duas décadas, tradadas como espécies brasileiras de Meloidogyne (M. petuniae, M. brasiliensis, M. pisi, M. phaseoli e M. polycephannulata), quatro delas foram descritas apenas com base em caracteres morfológicos e morfométricos. Essas espécies foram submetidas a análises adicionais com marcadores bioquímicos e moleculares. Análises de isoenzimas realizadas com essas espécies revelaram novos padrões de esterase para M. petuniae (Est Pe2 Rm: 0,95, 1,1) e M, pisi (Est Pi5 Rm: 0,85, 0,90, 1,0, 1,25, 1,30). M. brasiliensis, M. phaseoli e M. polycephannulata, apresentaram padrões de esterases idênticos aos padrões de espécies anteriormente descritas como, M. ethiopica (Est E3 Rm: 0,9, 1,05, 1,20), M. morocciensis (Est A3 Rm: 1,1, 1,2, 1,3) e M. incognita (Est I1 Rm: 1,05, 1.1), respectivamente. Marcadores SCAR espécie-específicos desenvolvidos para M. ethiopica, M. phaseoli e M. morocciensis, e, testados paras as espécies brasileiras cujos padrões de esterase tinham sido idênticos ao dessas espécies, resultou na amplificação de um único produto de 350 pb para populações de M. ethiopica e M. brasiliensis, 420 pb para populações de M. morocciensis e M. phaseoli, e 399 pb para M. incognita e M. polycephannulata, corroborando com os padrões de esterase. O estudo da variabilidade genética dentro desses grupos foi realizado com utilização de 30 primers RAPD e 11 AFLP, e os resultados revelaram níveis de polimorfismos médios entre as populações dessas espécies, sendo 40,7% de polimorfismo nas populações de M. ethiopica e M. brasiliensis, 43,6% em populações de M. morocciensis e M. phaseoli e 34.7% em populações de M. incognita e M. polycephannulata. No entanto, populações de M. ethiopica e M. brasiliensis, M. morocciensis e M. phaseoli, e M. incognita e M. polycephannulata se agruparam entre si em dendograma obtido a partir das análises desses marcadores com suporte de bootstrap de 77%, 100% e 100%, respectivamente. Meloidogyne brasiliensis foi sinonimizado com M. ethiopica, com base em estudos comparativos das descrições de ambas espécies e estudo da proximidade genética entre elas, baseados em análise com marcadores enzimáticos e SCAR espécie – específicos e sequênciamento das regiões ITS1-5.8S-ITS2 e D2-D3 (28S) do rRNA. Finalmente, M. konaensis, descrita pela primeira vez a partir de espécimes coletadas em solos provenientes de áreas cultivadas com café (Coffea arabica) na Ilha do Kona, Hawai, foi relatada pela primeira vez no Brasil em plantas de repolho, mamão, noni e canapum, no estado do Ceará. Estudos morfológicos mostraram características típicas de M. konaensis. O padrão de esterase K3 é finalmente caracterizado como espécie-específico para essa espécie, com três bandas principais de Rm: 1,0, 1,17, 1,27 e uma banda secundária Rm: 1,10. Alguns equívocos acerca da verdadeira identidade de M. konaensis são esclarecidos neste estudo, incluindo as suas diferenças com M. paranaensis. / The root-knot-nematodes are classified in the genus Meloidogyne, and are widely distributed around the world with more than 100 described species and more than 2000 hosts, representing threat worldwide to agriculture. Accurate and precise species identification is very important for effective control of diseases caused by these organisms. The taxonomy of the genus Meloidogyne years ago, was generally based on morphological and biometric characters, and sometimes cytological. However, variability of the perineal patterns and diagnostic morphological characters, variations in biometrics and small chromosomes, often difficult to be observed and counted, are up to today, limitations that make it difficult or impossible to specific identification, even for experienced taxonomists. Therefore, the integration of classical methods of identification with modern techniques such as the use of enzymatic and molecular markers is necessary to a more accurate and reliable specific identification. In this work, we present the results of the study of genetic diversity of Brazilian populations of Meloidogyne spp. recently described, compared with previously identified species. Meloidogyne brasiliensis was synonymized with M. ethiopica. Moreover, Meloidogyne konaensis is reported here for the first time in Brazil. The five Meloidogyne species described in Brazil in the last two decades, treated as Brazilian species (M. petuniae, M. brasiliensis, M. pisi, M. phaseoli and, M. polycephannulata), four of which were described based only on morphological and morphometric characters. In this study, these species were subjected to further analysis with biochemical and molecular markers. Isoenzyme analysis performed with these species revealed new patterns of esterase for M. petuniae (Est Pe2 Rm: 0.95, 1.1) and M. pisi (Est Pi5 Rm: 0.85, 0.90, 1.0, 1.25, 1.3). Meloidogyne brasiliensis, M. phaseoli and M. polycephannulata showed esterase patterns very similar to the patterns of previously existing species as M. ethiopica (Est E3 Rm: 0.9, 1.05, 1.20), M. morocciensis (Est A3 Rm: 1.1, 1.2, 1.3) and M. incognita (Est I1 Rm: 1.05, 1.1), respectively. Species-specific SCAR markers developed to M. ethiopica, M. morocciensis and M. incognita and tested for these group of species, resulted in amplification of a single 350 bp product for M. ethiopica and M. brasiliensis populations, 420 bp for M. morocciensis and M. phaseoli populations, and 399 bp for M. incognita and M. polycephannulata populations, corroborating with the esterase patterns. The study of genetic variability within these groups was carried out using 30 RAPD primers and 11 AFLP, and the results showed relatively medium levels of polymorphism between populations of these species, 40.7% polymorphism within populations of M. ethiopica and M. brasiliensis, 43.6% in M. morocciensis and M. phaseoli populations and 34.7% in M. incognita and M. polycephannulata populations. However, populations of M. ethiopica and M. brasiliensis; M. morocciensis and M. phaseoli; M. incognita and M. polycephannulata clustered together in the same clade in dendrogram obtained from the analysis of these markers with 77%, 100% and 100% bootstrap support, respectively. Meloidogyne brasiliensis described and illustrated from specimens collected from tomato and pea plants based only on the morphology and morphometry, now is synonymized with M. ethiopica based on comparative studies of descriptions of both species and genetic study of the similarities between them, based on analysis of enzymatic markers, species – specific SCAR and sequencing of the ITS1-5.8S-ITS2 regions and D2-D3(28S) rRNA. Finally, M. konaensis, first described in soil cultivated with coffee plants in Kona Island, Hawaii, is now reported for the first time in Brazil, parasitizing plants of cabbage, papaya, noni and canapum in Ceará state. Morphological studies showed typical characteristics for the species M. konaensis. The esterase pattern K3 is unique and species-specific with three major bands (Rm: 1.0, 1.17, 1.27) and a secondary band (Rm 1.10). Confusion on the real identity of this species is clarified in this study, including the differentiation from M. paranaensis. Pathogenicity tests indicated that coffee is not a host of M. konaensis as previously reported in the original description of this species.

A ordem Quiroptera pode ser considerada um componente importante das comunidades neotropicais. Seus membros são de particular interesse para a biologia evolutiva, pois, devido a sua capacidade de voar a longas distâncias, podem apresentar, potencialmente, padrões de dispersão distintos daqueles exibidos por outros pequenos mamíferos que não voam. Além disso, são excelentes ilustrações de radiação adaptativa, ótimo forrageamento, altruísmo recíproco e coevolução, entre outros atributos. A família Phyllostomidae é a mais diversificada dos morcegos neotropicais e apresenta grande diversidade morfológica, relacionada aos variados hábitos alimentares. Esta variedade de hábitos dificulta a reconstrução da história filogenética do grupo. Os diversos estudos feitos não têm alcançado um consenso quanto às relações de parentesco em vários níveis (desde o subfamiliar ao genérico) com conseqüente variação nos arranjos classificatórios e a monofilia de algumas dessas subfamílias, bem como a monofilia de muitos gêneros. O único consenso parece ser com relação ao monofiletismo da família em si, consensualmente evidenciado por vários estudos. Utilizando seqüências dos genes mitocondrial citocromo b e nuclear RAG2 analisou-se espécies de morcegos da família Phyllostomidae coletadas ao sul do paralelo 07°S em território brasileiro e comparamos com outras seqüências obtidas no GenBank visando verificar se a inclusão de espécimes do sul da região Neotropical altera ou não as relações já descritas para esta família, basicamente com representantes da América Central e Norte da América do Sul. Além disso, testaram-se as diferentes hipóteses de agrupamento dentro dos Stenodermatinae tendo por base representantes dos biomas brasileiros Mata Atlântica e Cerrado, regiões sub-amostradas em outras análises filogenéticas e, mais especificamente, investigou-se as relações filogenéticas das espécies de grandes Artibeus com ênfase àquelas provenientes do território brasileiro. Estudou-se, também, a variação genética e possível estruturação geográfica de duas espécies deste gênero, A, fimbriatus e A. lituratus. Com relação à análise filogenética, na base da árvore gerada situou-se o gênero Macrotus. A seguir, encontrou-se o clado formado por Diphylla e Desmodus.O próximo clado une duas espécies - TonatiasilvIcola e Trachops cirrhosus, e, logo a seguir, no próximo nodo colocou-se a espécie Glossophaga soricina, que, na análise realizada apenas com o gene RAG2 agrupou-se ainda com Anoura geoffroyi. Rhinophyla pumilio situou-se no ramo seguinte e, na seqüência, observou-se um clado formado pelos representantes da subfamília Stenodermatinae. Dentro dos Stenodermatinae, as espécies do gênero Sturnira representam a linhagem mais basal. O segundo clado inclui os gêneros Chiroderma, Vampyressa, Uroderma, Vampyrodes e Platyrrhinus. O último clado apresenta um ramo representado por Enchisthenes hartii e, então, se divide em dois grupos-irmãos, o primeiro incluindo os gêneros Ametrida, Pygoderma, Sphaeronycteris, Stenoderma e Phyllops. No outro grupo irmão (o grupo dos Artibeus), as relações encontradas estão de acordo com a maioria dos trabalhos que discutem a filogenia deste gênero. Especificamente na árvore dos Artibeus encontrou-se que A. obscurus é o grupo irmão de Artibeus sp., localizando-se na posição mais basal, seguida por A. fimbriatus. A jamaicensis ocupa uma posição intermediária, seguida por um clado formado por A. hirsutus, A. inopinatus e A. fraterculus. Já A. lituratus, A. amplus e A. planirostris estão entre as espécies mais derivadas. Vale a pena destacar na filogenia dos Artibeus, no entanto, que a posição basal observada para A. obscurus diverge da encontrada em outras análises filogenéticas. Além disso, os resultados aqui obtidos reforçam a idéia de que A. planirostris é uma espécie plena e não uma subespécie de A. jamaicensis e indicam que Artibeus sp. possa ser uma nova espécie. Quanto aos marcadores moleculares utilizados neste trabalho observa-se que o gene mitocondrial citocromo b foi bastante eficiente para detectar relações filogenéticas no nível intragenérico, mas foi limitado em termos de resolução para estudos de níveis taxonômicos superiores. Já o gene nuclear RAG2 apresentou uma boa resolução para o estudo dos Phyllostomidae, mas demonstrou-se ineficaz na tentativa de desvendar as relações genéticas entre as espécies de morcegos do gênero Artibeus. / The order Chiroptera may be considered a very important component of Neotropical communities. Its members are particularly interesting to evolutionary biology, as, due to its ability to long distances fly, they could present, potentially, dispersal patterns distinct from those depicted by other small mammals that do not fly. Besides these, they constitute excellent examples of adaptive radiation, optimal feed habits, reciprocal altruism, and co-evolution, among other attributes. The Phyllostomidae family is the most diversified of Neotropical bats, presenting significant morphologic diversity that is linked to the varied food habits they show. This variety in food habits makes it difficult to reconstruct the phylogenetic history of the group. The numerous studies that have been carried out did not reach a consensus about the multi-level kinship relationships (from sub-family to genus). Consequently, taxonomic arrangements vary considerably, side by side with the monophyly of some of these sub-families, and also the monophyly of several genera.The only consensus may lie in the monophyly of the family itself, reached after the conduction of several studies. This study analyzed sequences of the cytochrome b mitochondrial gene and RAG2 nuclear gene of bats of the Phyllostomidae family collected south of parallel 07° S in the Brazilian territory, which were compared to other sequences deposited in GenBank, aiming to ascertain whether the inclusion of specimens collected south of the Neotropical region alters the relationships previously described for the family, basically done with representatives from Central America and northern South America. Apart from this, different cluster hypothesis were tested within Stenodermatinae, based on specimens of the Brazilian biomes Atlantic Forest and Cerrado, regions that have been but under-sampled in other phylogenetic analyses. More specifically, the phylogenetic relationships of the large Artibeus species were investigated, with emphasis on species inhabiting the Brazilian territory. Also, the genetic diversity and the possibility that two species ranked under the genus, namely A. fimbriatus and A. lituratus, were geographically structured were investigated. Concerning the phylogenetic analysis, the Macrotus genus took the base of the generated tree. Next, the clade formed by Diphylla and Desmodus was found. A clade that jointtwo species, Tonatia silvicola and Trachops cirrhosus, followed and then, in the forthcoming node is located the species Glossophaga soricina. This specie, in the analysis of the RAG2 gene alone clustered also with Anoura geoffroyi. Rhinophyla pumilio was found at the same branch, followed by a clade formed by the representatives of the Stenodermatinae sub-family. Among the Stenodermatinae, the species of the Sturnira genus represented the most basal lineage. The second clade included the genera Chiroderma, Vampyressa, Uroderma, Vampyrodes, and Platyrrhinus. The last clade presented a branch formed by Enchistenes hartii, which branches out into two sister-groups, the first including the genera Ametrida, Pygoderma, Sphaeronycteris, Stenoderma and Phyllops. In the other sister-group (the Artibeus group), the relationships observed are in accordance with what has been reported in most studies that address the phylogeny of the genus. Concerning the Artibeus tree, A. obscurus is a sister-group of Artibeus sp., lying at a more basal position, followed by A. fimbriatus. A. jamaicensis takes an intermediary position, followed by a clade formed by A. hirsutus, A. inopinatus, and A. fraterculus. As for A. lituratus, A. amplus, and A. planirostris, these species are among the most derived It is worth mentioning that the basal position observed for A. obscurus in the Artibeus phylogeny. Nevertheless this place differs from that observed in other phylogenetic studies. Moreover, the results obtained in the present study underline the notion that A. planirostris is a species itself, and not a sub-species of A. jamaicensis, and also suggest that Artibeus sp. may be a new species As regards the molecular markers employed in the present study, the mitochondrial gene cytochrome b was found to be more efficient in the detection of phylogenetic relationships at intra-genus level, but failed to afford an enhanced resolution for higher taxonomic levels. In turn, the RAG2 gene showed good resolution in the study of Phyllostomidae, but was incapable to shed more light on the genetic relationships between the species of the Artibeus genus.

Made available in DSpace on 2018-08-01T22:35:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8999_Paula Mauri Bernardes.pdf: 3028277 bytes, checksum: 859a4c3e8480a8134df1b73b49807c12 (MD5) Previous issue date: 2018-02-22 / O gênero Passiflora é composto por 17 gêneros e 630 espécies aproximadamente, com potencial farmacológico, ornamental, industrial e alimentício. A cultura do maracujá vem ganhando mercado no setor da fruticultura, por apresentar rápida produção, retorno econômico e renda aos agricultores. Além das espécies cultivadas, existem as espécies silvestres, que vêm ganhando enfoque por possuir características desejáveis para programas de melhoramento. O conhecimento da diversidade genética entre as espécies de maracujá pode ser realizado de forma multidisciplinar envolvendo técnicas moleculares, agronômicas, citogenéticas, taxonômicas e químicas. Objetivou-se neste trabalho caracterizar as espécies silvestres e comerciais do gênero Passiflora utilizando caracteres agronômicos, moleculares e fitoquímicos, gerando informações que agreguem conhecimento e orientem estudos de melhoramento, conservação, identificação e utilização. Com relação ao desempenho vegetativo e reprodutivo das espécies, foram realizados dois experimentos em delineamento em blocos casualizados para 38 espécies, e foram avaliadas as características de crescimento vegetativo e físico-química dos frutos. Na análise de transferibilidade foi usado 44 microssatélites desenvolvidos para P. edulis e P. alata, em 26 espécies de Passiflora pertencentes a Mata Atlântica colhidas no Espírito Santo. Na análise de diversidade genética foram usados nove microssatélites em 150 indivíduos, e foi calculado os valores de PIC: conteúdo de informação polimórfico; H0: heterozigosidade observada; FM: frequência máxima; NA: número de alelo; %A: porcentagem de perda de alelos. Na caracterização fitoquímica foram utilizados extratos aquoso e clorofórmico de dez espécies de Passiflora e realizada ressonância magnética nuclear (RMN) usando o Espectro Bruker Avance III de 500 MHz. Para os testes macroscópicos e microscópicos foram colocadas para germinar 30 sementes de Lactuca sativa em contato com as infusões nas concentrações: C4: 100mg/mL; C3: 50 mg/mL-1; C2: 25 mg/mL-1; C1: 12,5 mg/mL-1, e como controle negativo (Co-) água destilada e controle positivo (Co+) o Picloram. O resultado demonstrou que o híbrido BRS gigante amarelo apresentou as maiores médias para diâmetro do ramo ortotrópico, largura da folha para os ramos ortotrópico e plagiotrópico e não diferiu estatisticamente de BRS Rubi do cerrado, BRS Pérola do cerrado e de P. alata para comprimento de entre nó. No experimento II as espécies não diferiram para as variáveis comprimento dos ramos ortotrópico e plagiotrópico; diâmetro do ramo ortotrópico e número de ramos plagiotrópicos. As espécies dentro e entre experimentos apresentaram similaridades no comportamento de crescimento acumulado, no período de florescimento e frutificação. Para as características de peso do fruto, peso da polpa e diâmetro transversal houve diferenças significativas entre as espécies, e não houve diferença entre as espécies para acidez titulável e vitamina C. O agrupamento formado pelos dados de transferibilidade para as 26 espécies permitiu a formação de grupos de acordo com as espécies pertencentes aos subgêneros. A árvore de regressão multivariada demonstrou que são necessários 14 loci microssatélites para identificar as 26 espécies do gênero. Os locus PE88, PA05 e PA08 foram os mais conservados para as espécies. Os valores médios de PIC variaram de 0.10 a 0.69; Ho: 0.12 a 0.73; FM: 0.39 a 0.89; NA: 1.33 a 7. A técnica de RMN permitiu identificar glicose, frutose, sacarose, sucarose, colina, alanina, glicina, triptofano, asparagina, treonina e compostos fenólicos para o extrato aquoso. No extrato clorofórmico verificou a presença de flavonoides, alcaloides, taninos, lactonas, saponinas, ácidos graxos e compostos do grupo aldeído. No teste macroscópico e microscópico as infusões causaram danos nas maiores concentrações para germinação, crescimento radicular e índice mitótico, quando comparados ao controle negativo. E, houve um aumento das alterações cromossômicas e nucleares nas maiores concentrações. Observou-se que as espécies estudadas apresentam características químicas e físicas desejáveis para o mercado consumidor e estão de acordo com a legislação brasileira, e houve diversidade genética entre elas. Os dados de transferibilidade usando microssatélites permitiram separar as espécies de acordo com os subgêneros, isto demonstra a existência de marcadores conservados nas espécies de Passiflora. E, este marcador também permitiu verificar diversidade genética existente entre as espécies estudadas. O espectro do extrato aquoso demonstrou três regiões principais: açúcares, aminoácidos e dos compostos fenólicos. Os flavonóides e ácidos graxos foram encontrados em todas as espécies, e o alcalóide apenas em BRS gigante amarelo de acordo com os espectros do extrato clorofórmico. As infusões das dez espécies causaram efeitos fitotóxicos, citotóxicos e genotóxicos nas raízes de Lactuca sativa nas análises macro e microscópicas, sendo mais frequentes nas maiores concentrações. Essas alterações podem estar relacionadas com a presença de compostos fenólicos. Assim, conclui-se que as análises usadas permitiram diferenciar as espécies de acordo com as características agronômicas, moleculares e fitoquímicas. Isto permite que essas espécies possam ser usadas nas áreas de melhoramento vegetal, de conservação e na farmacêutica por conter compostos que possuem efeitos terapêuticos.

Foram isoladas 169 colônias de bactérias endofíticas de folhas de diferentes genótipos de plantas de milho sadias, pertencentes às populações BR-105, BR-106 e população de híbridos simples entre essas, em duas localidades e coletas distintas. Trinta isolados foram identificados por não de testes morfológicos e bioquímicos clássicos, definindo-se a ocorrência e porcentagem relativa dos gêneros: Bacillus (55%), Corynebacterium (15%), Micrococcus (12%), Listeria (9%), Pseudomonas (6%) e Erwinia (3%). A técnica de RAPD foi aplicada a treze isolados do gênero Bacillus, o mais ocorrente, para medir o grau de similaridade genética entre esses e linhagens de referência, não endofíticas de Bacillus megaterium e Bacillus subtilis, e relacionar a origem dos isolados com o local de coleta e número da coleta. A análise de RAPD permitiu a diferenciação de quatro grupos entre Bacillus sp. endofíticos e as linhagens de referência, com aproximadamente de 32% de similaridade entre si. Revelou-se grande variabilidade dentro do grupo, havendo relação dentro de dois grupos com o local de coleta e o número de coleta. Foi realizado um ensaio in vitro de antagonismo fungo-bactéria endofítica, entre dez isolados de bactérias, sendo os principais gêneros testados, Bacillus e Micrococcus e os fungos endofíticos Penicillium purpurogenum, P. spinulosum e Fusarium moniliforme, todos isolados de milho, e duas linhagens produtoras de antibióticos não endofíticas de P. chrysogenum IFO-4626 e IZ1671. Este ensaio revelou não haver inibição do crescimento das bactérias pelos fungos endofíticos. Entretanto dois isolados endofíticos foram inibidos pelas linhagens de P. chrysogenum, indicando um tipo de associação diferente da que ocorreu entre os endofíticos, caracterizada por uma antibiose / Endophytic bacteria were isolated in healthy maize leaves from different genotypes of BR-105 and BR-106 populations and from their simple hybrids population. Isolation was performed on two experimental areas by two distinct harvests. The total number of isolated bacteria colonies was 169. Thirty isolates were identified by classic morphologic and biochemical tests, and defined the genus occurence and relative percentage: Bacillus (55%), Corynebacterium (15%), Micrococcus (12%), Listeria (9%), Pseudomonas (6%) and Erwinia (3%). RAPD technique was performed to measure the genetic similarities among the thirteen main occurring Bacillus endophytes, and the reference strains not endophytes Bacillus megaterium and Bacillus subtilis, also relating the endophyte origins with the harvest area and harvest number. RAPD analysis allowed to differentiate four groups among Bacillus endophytes and Bacillus reference strains, presenting nearly 32% of similarity themselves. High variability was detected within the group, being detected within two groups relationships with harvest area and harvest number. It was performed an in vitro endophyte bacteria- fungi antagonism assay, with ten bacteria isolates, being the major genus assayed Bacillus and Micrococcus, and the endophytes Penicillium purpurogenum, P. spinulosum and Fusarium moniliforme, all of them isolated from maize, and two antibiotic producers, not endophytes, P. chrysogenum IF04626 and IZ1671. Such assay has shown that endophytic fungi was not able to inhibit endophytic bacteria growth. Althoug, two endophytes were inhibited by antibiotic producers lineages P. chrysogenum, indicating a different kind of association from that occuring among endophytes, characterized by antibiosis

Marcadores genéticos foram obtidos na linhagem MT, utilizando-se a luz UV como mutagênico. Os mutantes foram isolados pelos métodos de isolamento total e enriquecimento por filtração. Foram obtidos mutantes simples, duplos e triplos. Também foram obtidos segregantes, pelo mecanismo parassexual, envolvendo mutantes da linhagem MT e E6. Os recombinantes foram analisados por auxonografia, alguns deles aquilatados quanto à estabilidade e grau de ploidia com a avaliação do crescimento em meio contendo Benlate (Benomil), determinação da quantidade de DNA e análise citológica dos conídios. Embora um possível diplóide tenha setorizado (onde um setor combinava marcas de ambos parentais) não foi confirmada sua diploidia. Provavelmente estaríamos diante de um diplóide altamente instável em que tenha sido analisado um recombinante prototrófico do mesmo. A eletroforese de esterases das linhagens selvagens, mutantes e recombinantes do heterocário E6.7 + MT12 mostrou uma grande homologia entre as linhagens MT e E6. Os recombinantes não apresentaram diploidia. / Genetic markers were obtained in the MT strain, using U.V. light as mutagenic. The mutants were isolated with the methods of total isolation by the filtration enrichment technique. It was obtained simple, double and triple mutants. It was obtained segregants as well, from the parasexual mecanism, envolving mutants from the MT strain and MT and E6 strains. The recombinants were analysed by auxonography, some of them evaluated for the stability and ploidy levels with evaluation of growth in Benlate (Benomyl) medium, determination of DNA quantity and citological analysis of the conidia. Although a possible diploid was setorized (where a setor combinated markers from both parent), its diploid condition was not confirmed. Probably we might have a highly unstable diploid train, in wich have been analysed a prototrophic recombinant from the same strain. The sterase electrophoreses from wild, mutant and recombinant strains from the heterokaryons E6.7 + MT12 showed a wide homology between the MT and E6 strains. The recombinants did not presented a diploid state.

Xylella fastidiosa é bactéria Gram-negativa e fastidiosa, limitada ao xilema das plantas com uma ampla gama de hospedeiros, incluindo mono e dicotilêdoneas, algumas de grande interesse econômico. No Brasil a X. fastidiosa é o agente causal da Clorose Variegada dos Citros (CVC), sendo observada nos Estados de São Paulo, Minas Gerais e Paraná. O objetivo deste trabalho foi o isolamento de X. fastidiosa de laranja doce (Citrus sinensis), análise molecular da variabilidade genética e resistência a antibióticos. A linhagem 9a5c de X. fastidiosa e isolados de cafeeiro e videira foram utilizados como controle nos estudos genéticos e de resistência a antibióticos juntamente com os isolados obtidos neste estudo. A diversidade genética de dezenove isolados foi determinada pela técnica de RAPD. Os resultados mostraram três grupos: o primeiro compreende dezesseis isolados de CVC (incluindo a linhagem 9a5c), o segundo dois isolados de cafeeiro, o terceiro um isolado de videira. Dois subgrupos foram observados no grupo citros, mostrando 72% de similaridade. A linhagem 9a5c foi incluída em um subgrupo menor, mostrando maior divergência que os outros isolados. Os níveis de resistência aos antibióticos foram avaliados empregando duas técnicas: difusão do antibiótico em meio de cultura sólido e diluição em meio líquido. A análise de resistência a antibióticos mostrou que a polimixina B, rifampicina, estreptomicina, canamicina, ampicilina, neomicina, tetraciclina, cloranfenicol e vancomicina o inibiram o crescimento dos isolados estudados, mas esses isolados foram resistentes a penicilina. Estes resultados dão suporte para a hipótese de homogeneidade entre isolados causadores da CVC e indicam quais os antibióticos que poderão ser utilizados no desenvolvimento de um sistema de transformação para esta bactéria, além de indicar o potencial emprego da antibiótico-terapia como uma alternativa a mais de convivência com a CVC. Testes de interação com bactérias endofíticas e X. fastidiosa mostraram que Methylobacterium sp. estimulou"in vitro"o crescimento de X. fastidiosa / not available

A aveia nuda apresenta a formação de grãos com lema pouco lignificada. Esta característica facilita a separação dos grãos da lema e da pálea durante o processo de trilha. Embora, estudos sobre o caráter nuda iniciaram aproximadamente um século atrás, o controle genético deste caráter ainda não é totalmente compreendido em aveia. Os objetivos deste estudo foram avaliar o caráter nuda em duas populações de linhagens de aveia, determinar o número de genes e mapear regiões genômicas associadas a este caráter. Linhagens obtidas dos cruzamentos simples ‘UFRGS 01B7114-1-3 x UFRGS 006013-1’ e ‘URS Taura x UFRGS 017004-2’, foram avaliadas nas gerações F5:6 e F5:7. Os genitores de cada população são contrastantes para a formação de grãos com casca e sem casca. Com base nos resultados fenotípicos observados, as linhagens foram classificadas em nuda, parcialmente nuda, parcialmente casca e casca. As hipóteses genéticas de quatro e cinco genes controlando o caráter foram testadas. A análise de QTL foi realizada através do mapeamento por intervalo simples, utilizando os dados fenotípicos e o mapa genético de ligação desenvolvido para cada população. Nas duas populações e gerações avaliadas, um grande número de linhagens apresentou expressividade variável, sendo que o maior percentual de grãos sem casca foi observado no terço superior da panícula. Com base no modelo genético proposto, o caráter nuda deve ser controlado por um gene principal N1 com atuação de genes modificadores, os quais desempenham um papel importante no grau de lignificação da lema. A análise de QTL detectou uma única região genômica com grande efeito sobre o caráter nuda nas populações de mapeamento. O marcador ‘GMI_ES14_c19259_657’ apresentou efeito significativo nas duas populações e gerações de autofecundação avaliadas. Estudos complementares serão necessários para confirmar a associação deste marcador com o caráter nuda em diferentes germoplasmas e investigar o potencial de uso deste marcador no melhoramento genético de aveia nuda. / Naked oat presents the formation of grains with a less lignified lemma. This feature allows the grain to be easily separated from palea and lemma during the thresh process. However, studies regarding the formation of naked grains began approximately a century ago; genetic control of this characteristic is not yet fully understood in oats. The objectives of this study were to evaluate the naked trait in two populations of oat lines, to determine the number of genes and to map genomic regions associated with this trait. Lines obtained from the simple crosses ‘UFRGS 01B7114-1-3 x UFRGS 006013-1’ and ‘URS Taura x UFRGS 017004-2’ were evaluated at the F5:6 and F5:7 generations. Parents of each population show the contrasting phenotypes hulled and naked grains. Based on the phenotypic data observed in this study, oat lines were classed as naked, partially naked, partially hulled and hulled. The genetic hypothesis of four and five genes controlling the trait were tested. QTL analysis was performed through simple interval mapping, using the phenotypic data and the genetic linkage map developed for each population. In both populations and generations, a great number of lines exhibited variable expressivity, with the highest percentage of naked grains observed in the upper third of the panicle. Based on the proposed genetic models, the formation of naked grains must be controlled by a principal or major gene (N1) acting with modifier genes, which plays an important role in the degree of lemma lignification. QTL analysis detected a unique genomic region with high association with the naked trait in the mapping populations. The SNP marker ‘GMI_ES14_c19259_657’ presented a significant effect in both populations and generations analyzed. Further studies are needed in order to confirm the association of this marker with the formation of naked grains in different germplasm and to investigate the potential of use this marker in breeding naked oat varieties.