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Estudo genético de linhas puras e cruzadas de suínos / Genetic study of swine purebred and crossbred lines

Torres Filho, Rodolpho de Almeida 12 December 2005 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T19:00:46Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 240431 bytes, checksum: 153b3bb50df42114c17fa4b8d8a58a40 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T19:00:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 240431 bytes, checksum: 153b3bb50df42114c17fa4b8d8a58a40 (MD5) Previous issue date: 2005-12-12 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Registros de características de desempenho e reprodutivas de duas linhas puras de suínos da raça Large (L1 e L2) e uma linha (L3) formada pelo cruzamento entre linhas L1 e L2 foram utilizados para avaliar a divergência genética entre as duas linhas, estimar a heterose direta e seu comportamento ao longo das gerações, estudar a divergência genética entre grupos genéticos constituintes da linha L3, testar diferentes modelos na avaliação genética da linha L3 e avaliar a ocorrência de heterogeneidade de variâncias entre grupos genéticos e seu efeito na classificação dos animais pelo valor genético. A divergência genética foi avaliada utilizando-se técnicas de análise multivariada, as estimativas de heterose foram obtidas por meio de contrastes entre médias dos grupos genéticos e a significância estatística dos contrastes entre médias foi verificada computando-se a estatística t. As estimativas dos componentes de variâncias foram obtidas pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML). O teste de razão de verossimilhança foi aplicado para identificar qual o modelo mais adequado à avaliação genética animal, com a ressalva de que no modelo unicaracterística se assumiram variâncias homogêneas entre os grupos genéticos, e no modelo tricaracterística foi considerada a expressão da característica em cada grupo genético como uma característica diferente. A partir do arquivo com os valores genéticos estimados dos animais com os dois diferentes modelos, obteve-se a correlação de ordem entre as classificações dos animais. As duas linhas puras avaliadas (L1 e L2) apresentaram divergência genética tanto para características de desempenho quanto para reprodutivas. A estimativa de heterose direta na geração F1 foi de 8,74% para número de leitões nascidos total (NLN), 8,50% para número de leitões nascidos vivos (NLNV), 2,41% para ganho de peso diário (GPD) e ausente para peso da leitegada ao nascimento (PLN). Os efeitos de heterose nas gerações F2 e F3 ocorreram apenas para GPD, observando redução do efeito de heterose ao longo das gerações para NLN e NLNV. Os grupos genéticos que constituem a linha L3 (F1, F2 F1xF2 e F3) apresentaram divergência genética, ressaltando-se que a análise de agrupamento indicou que eles poderiam ser agrupados em dois grupos: I constituído por F2, F1xF2 e F3, e II que engloba apenas o grupo genético F1. Nas três características (NLNV, PLN e GPD) em que se avaliou o modelo mais adequado, o tricaracterística foi o mais indicado, evidenciando-se a existência de heterogeneidade de variâncias entre os grupos genéticos avaliados. Nas três características, as maiores estimativas de herdabilidades foram obtidas no grupo genético F3 e as menores, no grupo genético F1. As correlações de ordem obtidas indicam que a heterogeneidade de variância exerce mais efeito na classificação dos animais na característica ganho de peso diário do que no número de leitões nascidos vivos e peso da leitegada ao nascimento. / Data on reproductive and performance traits of two purebred Large White lines (L1 and L2) and a crossbred line L3 (L1 X L2) were used to evaluate the genetic divergence between the two lines; estimate the direct heterosis and its effects over generations; study the genetic divergence between the genetic groups forming line L3; test different models for the genetic evaluation of line L3; and evaluate the occurrence of variance heterogeneity between genetic groups and its effect on swine classification via genetic value. The genetic divergence was evaluated using multivariate analysis; heterosis estimates were obtained by contrasts between the genetic group means; and the significance of contrasts between means was tested by t-statistics. Variance component estimates were obtained by restricted maximum likelihood (REML). REML was used to identify the most suitable model for swine genetic evaluation, with the restriction that in the one-trait model it was assumed homogeneous variances between the genetic groups, and in the three-trait model the expression of the trait in each genetic group was considered as a different trait. The order correlation between animal classification was obtained from the estimated genetic values in the two different models. The two evaluated purebred lines (L1 and L2) showed genetic divergence for both performance and reproductive traits. The estimates of direct heterosis for F1 generation was 8.74% for total born pigs (NLN), 8.50% for live born pigs (NLNV), 2.41% for daily weight gain (GPD) and absent for litter birth weight (PLN). The effect of heterosis on F2 and F3 generations only occurred for GPD, with reduction of the heterosis effect over the generations for NLN and xNLNV. The genetic groups forming L3 line (F1, F2 F1xF2 and F3) showed genetic divergence, and the grouping analysis indicated that they could be grouped in two clusters: Group I comprising F2, F1xF2 and F3, and Group II comprising only the F1 group. The three evaluated traits (NLNV, PLN and GPD) indicated the three-trait model as being the most suitable, proving the existence of variance heterogeneity between the studied genetic groups. The highest heritability estimates were obtained in the F3 group, and the lowest estimates in the F1 group, for the three traits. The order correlations indicate that the variance heterogeneity has more effect on animal classification for daily weight gain than for live born pigs and litter birth weight.
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Identificação de genitores de milho para solos com baixa disponibilidade de fósforo / Identification of corn genitors for soils with low phosphorus availability

Silva, Jaeveson da 08 December 2005 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-06-09T18:27:59Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 545585 bytes, checksum: 84e8d5f8542f3f0c928cc05bd2e74a49 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-09T18:28:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 545585 bytes, checksum: 84e8d5f8542f3f0c928cc05bd2e74a49 (MD5) Previous issue date: 2005-12-08 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A alta demanda por alimentos pode trazer sérios riscos à qualidade de vida da população mundial. No entanto, o crescimento da oferta dos produtos agrícolas pode ser obtido através do aumento da área e, ou, da produtividade. Um meio economicamente viável para atingir esta meta é utilizar cultivares que sejam produtivos em ambientes tecnificados e, ou, que não reduzam sua produção quando na presença de algum tipo de estresse. Em geral, as novas áreas agrícolas não têm condições ideais para o cultivo. O manejo do solo tem se apresentado como um dos principais componentes para melhorar o ambiente, aliado ao uso de variedades de plantas que adquiram e utilizem eficientemente os nutrientes disponíveis na solução e sob adsorção nos minerais do solo, principalmente o fósforo (P). Os objetivos deste trabalho também foram identificar genótipos de milho produtivos em solo com baixa disponibilidade de P e verificar a eficácia dos métodos de classificação na seleção das plantas produtivas e eficientes e na seleção precoce de plantas (casa de vegetação). Dois experimentos foram conduzidos em Viçosa-MG, um em casa de vegetação (seleção precoce), em 2002, e o outro em campo, em 2002/2003, considerando dois níveis de disponibilidade de P no solo. Outros quatro experimentos foram realizados em condições de campo, em Viçosa, Capinópolis, Coimbra e Florestal (Minas Gerais), considerando os níveis de adubação utilizados pelos agricultores. Como tratamentos foram considerados 23 genótipos de milho, sendo 15 combinações híbridas (CH) e oito cultivares. As 15 CH foram advindas da combinação de seis desses cultivares. Nos genótipos foram avaliados, em casa de vegetação, as massas secas e os teores e acúmulos de P na parte aérea, raiz e planta inteira, como também as relações parte aérea/raiz de massa seca e P acumulado. Em campo, foram avaliadas a produtividade de grãos e as alturas de planta e de espiga. Os dados foram submetidos às análises de variância simples e conjunta, ao teste de médias e às análises de correlação e dialélicas, bem como a alguns índices de eficiência nutricionais (IEN), para comparação dos genótipos quanto à tolerância e ao uso de P. Na seleção precoce de plantas, considerando a massa seca da parte aérea, as combinações híbridas CH 3 x 6 e CH 3 x 5 e os genitores AG 9010 e Caiano foram classificados como importantes para obtenção de cultivares produtivos quando em baixa disponibilidade de P. Em campo, quanto à produtividade de grãos, destacaram-se novamente os genótipos CH 3 x 6, AG 9010 e, também, o CH 1 x 3. A seleção precoce foi eficiente, pois possibilitou a presença de diferenças entre plantas quanto à aquisição e ao uso de P, assemelhando-se, em alguns casos, com os resultados obtidos em campo. Houve diferença na classificação dos genótipos, dependendo dos IEN, portanto devem-se utilizar aqueles com maior correlação com os dados de produtividade. / The high demand for foods can lead to severe risks to the quality of life of the worldwide population. However, the increase in the supply of agricultural products can be obtained by the increase of the area and / or yield. An economically viable method to reach this goal is to use high yielding cultivars in technified environments and / or that do not reduce its yield in the presence of some type of stress. In general, new agricultural frontiers do not have the ideal conditions for cultivation. Soil management has presented as one of the main components to improve the environment, along with the use of plant varieties that acquire and use the available nutrients efficiently in the solution and under adsorption in soil minerals, especially phosphorus (P). The objectives of this work were also to identify high yielding corn genotypes in soils presenting low P availability and verify the efficacy of the methods of classification in the selection of high yielding and efficient plants and of the early selection of plants (greenhouse). Two experiments were conducted in Viçosa-MG: one under greenhouse conditions (early selection), in 2002, and the other in the field, in 2002/2003, considering two levels of P availability in the soil. Other four experiments were conducted under field conditions, in Viçosa, Capinópolis, Coimbra and Florestal (Minas Gerais), considering the levels of fertilizers used by the producers. Twenty-three corn genotypes were considered as the treatments, being 15 hybrid combinations (HC) and eight cultivars. The 15 HC proceeded from the combination of six of these cultivars. For the genotypes under greenhouse conditions, the dry matter and the amount of P accumulated in the canopy, root and entire plant, as well as the canopy/root ratio of dry matter and accumulated P, were evaluated. In the field, grain yield and plant and ear height were evaluated. The data was submitted to simple and combined variance analysis, average tests and diallel and correlation analysis as well as to some nutritional efficiency indexes (NEI), for the comparison of the genotypes regarding tolerance and P use. In the early selection of plants, considering dry matter of canopy, the hybrid combinations HC 3 x 6 and HC 3 x 5 and the genitors AG 9010 and Caiano, were considered important for the obtainment of productive cultivars under low P availability. In the field, regarding grain yield, again, the genotypes HC 3 x 6, AG 9010 and also HC 1 x 3, were pointed out. The early selection was efficient, for it enabled the obtainment of differences between plants regarding the acquisition and use of P, resembling, in some cases, the results obtained in the field. There was difference in the classification of the genotypes depending on the NEI, therefore, those presenting greater correlation with the yield data should be used.
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Seleção de genitores de milho para sistema de produção orgânico / Selection of maize parents for organic production system

Oliveira, Lucimar Rodrigues de 02 August 2005 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-06-13T18:15:44Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 133199 bytes, checksum: ee73804583149743586d4a5502fdfcf0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-13T18:15:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 133199 bytes, checksum: ee73804583149743586d4a5502fdfcf0 (MD5) Previous issue date: 2005-08-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os objetivos deste trabalho foram avaliar, em sistema orgânico de produção, o potencial de cultivares comerciais de milho como genitores para programas de melhoramento; comparar o controle genético da produtividade de grãos em sistemas orgânico e convencional de produção; e definir qual a melhor estratégia de desenvolvimento de cultivares em sistema orgânico de produção. Os ensaios foram instalados em novembro, no Campo Experimental Diogo Alves de Mello (ambiente orgânico) e na Estação Experimental do Aeroporto (ambiente convencional). O delineamento experimental utilizado foi em blocos ao acaso, com três repetições. Cada parcela foi constituída de duas fileiras de 5 m, espaçadas em 0,90 m; entre as plantas o espaçamento foi de 0,20 m. A não-significância do efeito ambiente para produtividade de grãos caracterizou que os ambientes não f ram contrastantes, mas a significância o dos efeitos das interações tratamentos x ambientes e combinações híbridas x ambientes evidenciou que as diferenças entre as médias dos tratamentos e das combinações híbridas foram influenciadas pelos ambientes, sendo possível a seleção, visando a otimização do potencial produtivo. A não-significância do contraste (combinações híbridas versus testemunhas) x ambientes para produtividade de grãos mostrou a viabilidade comercial das combinações híbridas. A interação capacidade geral de combinação x ambientes, significativa para as características produtividade de grãos, altura de plantas e número de espigas, indicou que os efeitos genéticos aditivos foram diferentes nos ambientes orgânico e convencional. No ambiente orgânico os cultivares AG 1051 e AL 25 foram os que apresentaram maiores valores de capacidade geral de combinação e no convencional, os cultivares AG 1051, AG 4051 e AL 25. O efeito isolado da capacidade específica de combinação foi significativo para produtividade de grãos e altura de plantas. As combinações híbridas que se destacaram quanto à produtividade no ambiente orgânico foram AG 1051 x AL 25 (7.974 kg ha -1) e AG 1051 x D 170 (7.621 kg ha -1); e no convencional, AG 1051 AG 4051 (6.868 kg ha-1) e D 270 AG 4051 (6.367 kg ha -1). Assim, conclui-se que no ambiente orgânico os cultivares AG 1051 e AL 25 são os mais indicados como genitores; os efeitos genéticos aditivos e não-aditivos são importantes, porém os efeitos aditivos são mais importantes do que os não-aditivos para produtividade de grãos em ambiente orgânico e convencional; os grupos heteróticos utilizados no ambiente convencional podem ser usados no ambiente orgânico; e a seleção recorrente recíproca, visando a otimização do potencial produtivo, é a melhor estratégia de melhoramento de milho para ambiente orgânico. / The objectives of this work were to evaluate, under an organic production system, the potential use of commercial maize cultivars as parents for breeding programs; to compare the genetic control of grain yield under organic and conventional production systems; and to define the best strategy for cultivar development under organic production system conditions. The trials were installed in November at the Diogo Alves de Mello Experimental Field (organic environment) and at the Airport Experimental Station (conventional environment). The experimental design used was randomized blocks, with three repetitions. Each plot was constituted of two 5 m rows spaced 0.90 apart; between the plants, the spacing was 0.20 m. The non-significance of the effect environment for grain yield characterized the environments as not contrasting, but the significance of the effects of the interactions treatments x environments and hybrid combinations x environments showed that the differences among the averages of the treatments and hybrid combinations were influenced by the environments, thus allowing selection aiming at productive potential optimization. The non-significance of the contrast (hybrid combinations vs controls) x environments for grain yield showed the commercial viability of the hybrid combinations. The interaction general combining ability x environments, significant for the traits grain yield, plant height, and number of ears, indicated that the additive genetic effects were different under organic and conventional environment conditions. Under organic environment conditions, the cultivars AG 1051 and AL 25 presented the highest general combining ability values, and under conventional environment conditions, the cultivars AG 1051, AG 4051 and AL 25. The isolated effect of specific combining ability was significant for grain yield and plant height. The most outstanding hybrid combinations in relation to productivity in the organic environment were: AG 1051 x AL 25 (7,974 kg ha -1) and AG 1051 x D 170 (7,621 kg ha -1), and in the conventional were: AG 1051 x AG 4051 (6,868 kg ha -1) and D 270 x AG 4051 (6,367 kg ha -1). Thus, it was concluded that in the organic environment, the cultivars AG 1051 and AL 25 are the best indicated as parents; the additive and non-additive genetic effects are important but the former are more important than the latter for grain yield under organic and conventional environment conditions; the heterotic groups used in the conventional environment can be used in the organic environment; and reciprocal recurrent selection aiming at productive potential optimization is the best strategy for maize breeding under organic environment conditions.
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Melhoramento de feijão do tipo carioca com ênfase na piramidação de genes de resistência à antracnose / Breeding of “carioca-type” common bean with emphasis in the pyramiding of resistance genes to the anthracnose

Arruda, Klever Márcio Antunes 21 February 2005 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-06-26T11:34:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 244166 bytes, checksum: 28b894d0c84b084bd5eff97592beb6a0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-26T11:34:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 244166 bytes, checksum: 28b894d0c84b084bd5eff97592beb6a0 (MD5) Previous issue date: 2005-02-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O objetivo geral deste trabalho foi piramidar genes de resistência à antracnose em um cultivar de feijoeiro de grão tipo “carioca”. Em uma primeira etapa, 30 linhagens elite de feijoeiro com grãos tipo “carioca”, desenvolvidas por diversos centros de pesquisa do país, e que têm se destacado em ensaios de competição, foram inoculadas com 18 patótipos de Colletotrichum lindemuthianum. Os resultados das inoculações mostraram que a grande parte das linhagens é altamente suscetível à maioria dos patótipos avaliados. No entanto, de certa forma, os programas de melhoramento têm evoluído em relação ao desenvolvimento de cultivares de maior espectro de resistência, pois quatro das linhagens apresentaram resistência a todos os patótipos de ocorrência nacional avaliados. Para piramidar os dois principais genes de resistência à antracnose do cultivar G 2333, duas populações derivadas do cruzamento entre Rudá (recorrente) e G 2333 (doador) foram utilizadas. Uma população RC1F3 foi selecionada com base no marcador molecular OPAB3450C ligado ao gene Co-5, e outra população RC3F5 foi selecionada com base no marcador OPAS13950C ligado ao gene Co-42. Foram feitos testes de progênie por meio de inoculações com C. lindemuthianum; análises moleculares com primers RAPD para determinação das distâncias genéticas. Obteve-se 10 famílias homozigotas para o gene Co-42 e similares ao genitor recorrente, e sete famílias homozigotas para o gene Co-5 e com distância genética relativa em relação ao genitor recorrente variando de 40,9 a 27,8%, com todas as famílias, apresentando características de grãos similares às do cultivar Rudá. Estas 17 famílias foram inoculadas com 12 patótipos de C. lindemuthianum, sendo 10 de ocorrência freqüente no território nacional e outros dois de alta virulência, provenientes de outros países. As linhagens portadoras do gene Co-5 comportaram-se como suscetíveis apenas aos patótipos estrangeiros, enquanto as linhagens portadoras do gene Co-42 apresentaram resistência a todos os patótipos, inclusive ao 2047. Com base nos dados de distância genética e espectro de resistência, as linhagens 1-46-7 (Co-5) e 19-1-1-7 (Co-42) foram selecionadas para serem utilizadas na etapa final da piramidação. Essas duas linhagens foram cruzadas com a linhagem Rudá “R” portadora dos genes Co-4, Co-6, Co-10, Ur- ON e Phg-1. Plantas F1 provenientes de cada cruzamento foram intercruzadas e geraram sementes F1. Das plantas F1 obtidas destas sementes, foi extraído DNA para análise com marcadores moleculares estreitamente relacionados aos genes de resistência (SCAR Y20, AB3, AZ20, F10, BA8, H13 e RAPD AS13). Plantas F1 que apresentaram marcas relacionadas a todos os genes de resistência foram submetidas à autofecundação para gerar sementes F2. Destas, foram obtidas 505 plantas F2, das quais o DNA foi extraído para novas análises moleculares. A partir destas análises, foram selecionadas 52 plantas F2, contendo as sete marcas moleculares. Estas plantas foram autofecundadas, obtendo- se famílias F3 que foram abertas em teste de progênie com o patótipo 2047, a fim de se diferenciar as plantas que possuem o alelo Co-42 das que possuem o alelo Co-4. Das 52 famílias abertas no teste de progênie, 18 apresentaram resistência não segregante ao patótipo 2047, o que permite dizer que estas famílias apresentam o alelo Co-42 fixado. / This work aimed to pyramid anthracnose resistance genes in a "carioca-type" common bean line. Initially, 30 elite “carioca-type” common bean lines developed by several research centers in the country, with outstanding performance in official trials, were inoculated with 18 pathotypes of Colletotrichum lindemuthianum. The inoculation results showed that most of the lines were highly susceptible to most of the pathotypes. They also showed that the breeding programs have advanced lately in the development of lines with larger resistance spectrum. Four lines were resistant to all the pathotypes tested that occur in Brazil. To pyramid the two main anthracnose resistance genes present in cultivar G 2333, two populations derived from crosses between Rudá (recurent parent) and G 2333 (donor parent) were used. One population (BC1F3) underwent selection based on the presence of RAPD molecular marker OPB03450C linked to the allele Co-5. The other population (BC3F5) was selected based on the marker OPAS13950C linked to the allele Co-42. Progeny tests were performed by inoculations with C. lindemuthianum, and molecular analyses were done with RAPD primers for genetic distances determination. Ten homozygous families were obtained for the allele Co-42, all genetically similar to the recurrent parent. Seven homozygous families for the allele Co-5 with relative genetic distance in relation to the recurrent parent varying from 40.9 to 27.8% were also obtained. All the selected families presented “carioca-type” grains like the recurrent parent Rudá. These 17 lines were inoculated with 12 C. lindemuthianum pathotypes, 10 of which frequently detected in several growing regions in Brazil and two highly virulent pathotypes from other countries. The lines bearing the Co-5 allele were susceptible only to the foreign pathotypes, while the lines bearing the Co-42 allele were resistant to all pathotypes, including pathotype 2047. Based on the genetic distance and resistance spectrum data lines 1-46-7 (Co-5) and 19-1-1-7 (Co-42) were selected to be used in the final stage of the pyramiding process. These two lines were crossed with the line Rudá "R" bearing the alleles Co-4, Co-6, Co-10, Ur-ON and Phg-1. F1 plants derived from each cross were intercrossed producing F1 seeds. DNA was extracted from these plants for analyses with molecular markers closely linked to the resistance genes (SCAR Y20, AB3, AZ20, F10, BA8, H13 and RAPD AS13). F1 plants bearing all the markers were selfed and a total of 505 F2 plants were obtained. Molecular analyses of these plants revealed that 52 of them contained the seven molecular markers. These plants were selfed, and the resulting F3 families were inoculated with pathotype 2047, in order to allow the distinction of plants bearing the Co-42 allele from the ones with the Co-4 allele. From 52 F3 families, 18 did not segregate for resistance to pathotype 2047. This result allows to conclude that these families have fixed the Co-42.
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Identification, molecular characterization and differential expression studies of genes activated during Coffea arabica L. - Hemileia vastatrix interactions Berk. & Broome / Identificação, caracterização molecular e estudos de expressão diferencial de genes ativados durante as interações Coffea arabica L. - Hemileia vastatrix Berk. & Broome

Barka, Geleta Dugassa 20 February 2017 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-08-31T17:16:55Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1685656 bytes, checksum: a49ca8f6839390edc084480df61921ae (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-31T17:16:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1685656 bytes, checksum: a49ca8f6839390edc084480df61921ae (MD5) Previous issue date: 2017-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O café é uma das culturas de maior valor econômico mundial, além de proporcionar e qualidade de vida para milhões de pessoas em países em desenvolvimento. Embora existam vários programas de melhoramento para essa cultura e cultivares comerciais disponíveis que apresentam fatores de resistência a estresse biótico, verifica-se ainda prejuízos significativos devidos à ferrugem do cafeeiro causada por Hemileia vastatrix. A compreensão dos mecanismos moleculares da resistência à ferrugem desempenha papel importante na eficiência do desenvolvimento de novas cultivares resistentes. O objetivo do presente trabalho é identificar, caracterizar e compreender os padrões de expressão de genes de resistência do cafeeiro que são ativados após inoculação com H. vastatrix. Foi utilizada a metodologia de Hibridação Subtrativa de Supressão (HSS) para identificar os genes diferencialmente expressos (upregulated e dowregulated) às 12 e 24 horas após inoculação (h.a.i.) de Coffea arabica com o patógeno, em interações compatíveis e incompatíveis. A partir de 433 clones obtidos e sequenciados, 352 foram anotados e categorizados. Observou-se proporção relativamente menor de genes expressos em interação compatível. A análise RT-qPCR de sete genes de sinalização de resistência mostrou padrões de expressão semelhantes para a maioria dos genes em ambas as interações, indicando que esses genes estão envolvidos na resistência (não específica) durante a qual as reações imunes são semelhantes. Na segunda etapa do trabalho, resistance gene analogs (RGAs), que conferem resistência à ferrugem do café, foram identificados, sequenciados e caracterizados a partir de uma biblioteca BAC do cafeeiro. Cinco RGAs foram anotados e mapeados no cromossomo 0 (zero) de C. canephora. Destes, quatro RGAs são ativados na interação incompatível entre C. arabica e H. vastatrix. Os resultados obtidos no trabalho sugerem que um desses genes RGA sequenciado (gene 11) é um novo gene S H (S H 10) ainda não identificado biologicamente. Com base nesses dados, foi verificado pela primeira vez o novo gene S H (S H 10) no clone diferenciador 644/18 H. Kawisari. Foi realizado a análise comparativa entre os cincos RGAs e verificado alta similaridade entre dois destes, os quais são pertencentes à família de genes CC-NBS-LRR. Foi verificado intensa seleção diversificada promovida pela substituição não sinônima e pela recombinação genética. Foi realizada a análise filogenética de genes ortólogos para as espécies de café, tomate e uva e observou-se alta variabilidade intraespecífica destes dois genes CC-NBS-LRR para as espécies, exceto para o café. Estes genes sequenciados são as maiores e mais completas sequências disponíveis para o C. arabica. Estes resultados são de extrema importância para o melhoramento genético molecular visando a resistência à ferrugem do cafeeiro. De modo geral, a compreensão dos padrões de expressão de genes de resistência e a caracterização molecular de novos RGAs são resultados valiosos e estabelece nova base para estudos futuros. / Coffee is one of the most valued cash crops making the economies of many developing countries and sustaining the livelihoods of millions around the world. Despite many decades of breeding efforts with great achievements in incorporating resistance components into elite cultivars, coffee leaf rust (caused by Hemileia vastatrix) is increasingly damaging coffee production. Understanding the molecular mechanisms of rust resistance is believed to play a vital part in enhancing resistant cultivar development. The objective of the present work is to understand the expression patterns of resistance genes activated following pathogen inoculation and characterize some major resistance genes. Suppression subtractive hybridization (SSH) was used to identify genes differentially over expressed and repressed at 12 and 24 hours after pathogen inoculation during incompatible and compatible interactions between C. arabica and H. vastatrix. From 433 clones of expressed sequence tags (ESTs) sequenced, 352 were annotated and categorized of which the proportion of genes expressed during compatible interaction were relatively smaller. RT-qPCR analysis of seven resistance-signaling genes showed similar expression patterns for most of the genes in both interactions, indicating these genes are involved in basal (non-specific) defense during which immune reactions are similar. In another experiment, resistance gene analogs (RGAs) conferring coffee rust resistance were identified from a BAC library, sequenced and characterized. Five RGAs were annotated and mapped to chromosome 0 of C. canephora. Four of the RGAs are actively expressed during C. arabica-H. vastatrix incompatible interaction. The result obtained in this work suggests that one of the RGAs sequenced (gene 11) is a new S H gene (S H 10) not yet identified biologically. We also report an S H gene (S H 10) in differential host clone 644/18 H. Kawisari for the first time. Moreover, comparative analysis of two RGAs belonging to the CC-NBS-LRR gene family showed intense diversifying selection due to nonsynonymous substitution and genetic recombination. Phylogenetic analysis of orthologous genes showed high interaspecies variability among the two genes in related species than in coffee. Overall, differential gene expression analysis provided a compiled expression profile of genes upregulated and downregulated at 12 and 24 h. a. i. during incompatible and compatible interactions. Likewise, the NBS- LRR genes sequenced in this work are the largest and most complete gene reported in Arabica coffee to date, which makes the work extremely important for molecular breeding of coffee rust resistance.
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Caracterização molecular de alelos associados à qualidade do grão de soja / Molecular characterization of alleles associated with soybean grain quality

Silva, Luiz Cláudio Costa 08 March 2017 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-09-01T10:47:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2024328 bytes, checksum: 08c459cde47f95de6b200e6cfd84a5e0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-01T10:47:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2024328 bytes, checksum: 08c459cde47f95de6b200e6cfd84a5e0 (MD5) Previous issue date: 2017-03-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A soja (Glycine max (L.) Merrill) é um dos mais importantes produtos do agronegócio brasileiro, apresentando como principais atrativos seus altos teores de óleo e proteína no grão. A proteína de soja apresenta grande importância histórica na pecuária brasileira, sendo ingrediente básico da maioria das rações de suínos, aves e peixes. Atualmente, a soja também é importante fonte de proteína na alimentação humana, sendo consumida na forma de diferentes produtos, alguns dos quais têm na sacarose um importante componente. O óleo de soja, por sua vez, apresenta grande importância tanto na indústria alimentícia quanto na produção de biodiesel, uma forma de combustível biodegradável cuja utilização vem aumentando consideravelmente no país devido a leis de incentivo do Governo Federal. O Programa de Melhoramento da Qualidade da Soja (PMQS/BIOAGRO/UFV) tem como objetivo o desenvolvimento de cultivares de soja especiais, visando melhor atender ao mercado de soja para alimentação humana e para produção de óleo de qualidade. O presente trabalho insere-se dentro deste contexto e foi dividido em dois capítulos. No Capítulo I foi caracterizada uma nova mutação no gene GmFAD3A da variedade CS303TNKCA, desenvolvida pelo PMQS e que apresenta baixo teor de ácido linolênico. Esta mutação (delA) foi avaliada em uma população F 2 segregante para teor de ácido linolênico contendo 187 plantas, e em populações F 2:3 e F 2:4 , em diferentes ambientes, por meio de um marcador molecular baseado em High Resolution Melt (HRM). DelA explicou entre 48,81-65,97% da variação da característica, reduzindo os teores de ácido linolênico para 3,4-4,4%, se mostrando uma boa fonte de variabilidade genética para o desenvolvimento de cultivares de soja com óleo de maior qualidade. No Capítulo II, foi avaliado o efeito de uma mutação anteriormente caracterizada por outros pesquisadores no gene rafinose sintase 2 (GmRS2) da linhagem PI200508 sobre características de qualidade do grão de soja, pela da avaliação de uma população F 2 contendo 168 indivíduos. A mutação explicou 69,61%, 51,81% e 31,96% dos teores de estaquiose, rafinose e sacarose, respectivamente, e foi capaz de produzir soja com 0,18% de estaquiose no grão, em média. Os baixos valores de coeficiente de determinação encontrados para teor de proteína e óleo indicam que a mutação pode ser utilizada para aumentar o teor de sacarose e reduzir os teores de rafinose e estaquiose sem mudanças significativas nos teores de óleo e proteína. / Soybean (Glycine max (L.) Merrill) is one of the most important products in Brazilian agribusiness, presenting high oil and protein contents as major attractives. Soy protein has a historical importance in Brazilian livestock, as the basic ingredient in pig, poultry and fish feed. Currently, soy is also an important source of protein for human consumption, in the form of different products, some of which depend on the amount of sucrose in the grain. Soybean oil, in turn, has great importance both in food industry and in the biodiesel production, a form of biodegradable fuel whose use has been increasing considerably in the country due to Federal Government's incentive laws. The purpose of the Soybean Quality Improvement Program (PMQS / BIOAGRO / UFV) is to develop special soybean cultivars, for better attend the soybean market for human consumption and for the production of high quality oil. The present work falls within this context and was divided into two chapters. In Chapter I, a new mutation in GmFAD3A gene of CS303TNKCA variety was characterized. This variety was developed by the PMQS and shows low linolenic acid content. This mutation (delA) was evaluated in a F 2 population containing 187 plants segregating for linolenic acid content, and in F 2:3 and F 2:4 populations, in different environments, using a molecular marker based on High Resolution Melt (HRM). DelA explained between 48.81-65.97% of the phenotype variation, reducing the linolenic acid levels to 3.4-4.4%, and was considered a good source of genetic variability for the development of soybean cultivars with a better quality soybean oil. In Chapter II, the effect of a previously characterized mutation in the raffinose synthase 2 gene (GmRS2), from lineage PI200508, on soybean quality characteristics was evaluated by an F 2 population containing 168 individuals. The mutation explained 69.61%, 51.81% and 31.96% of the stachyose, raffinose and sucrose contents, respectively, and we were able to produce soybean with 0.18% of stachyose in the grain, on average. The low coefficient of determination value found for protein and oil content indicates that the mutation can be used to increase sucrose and reduce raffinose and stachyose contents without significant changes in oil and protein.
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Uso de modelos mistos no melhoramento da soja para teores de óleo e proteína nos grãos / Use of mixed models in soybean breeding to grain oil and protein content

Del Conte, Murilo Viotto 17 February 2017 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-01T15:40:23Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 624208 bytes, checksum: b09a1c2e15ff9c6095dab545c7d10825 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-01T15:40:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 624208 bytes, checksum: b09a1c2e15ff9c6095dab545c7d10825 (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A soja é uma commodity de grande importância no agronegócio brasileiro e é amplamente cultivada em território nacional. Os teores de óleo e proteína fazem com que os grãos sejam de grande interesse na alimentação humana e animal. Apesar da importância que se dá a qualidade de grãos, os teores de óleo e proteína são negativamente correlacionados e dificultam os ganhos simultâneos para ambos os caracteres. Para o sucesso de programas de melhoramento, uma fase crucial é a escolha das melhores populações. No entanto, a literatura não apresenta muitos relatos de estudos sobre estratégias para seleção entre populações F 1 . O presente estudo teve como objetivo investigar estratégias de seleção para populações F 1 em soja para altos teores de óleo e proteína nos grãos, sendo estas, o uso de índices de seleção ou a seleção via capacidade geral de combinação; investigar as correlações genéticas entre componentes crescimentos, de produção e de qualidade de grãos; e as relações de causa e efeito de tais caracteres sobre o teor de óleo nos grãos. Para o teor de óleo nos grãos de soja não foi verificada variabilidade entre as capacidades de combinação das populações e, portanto a estratégia utilizada para escolha de populações foi o uso de índice de seleção. As cultivares TMG 132 RR, DM 5958 IPRO, M 8349 IPRO, P98Y30, M7739 IPRO e DM 6563 IPRO são recomendadas para serem utilizadas como genitores em um programa para ganhos em teor de óleo. O índice de coincidência apontou que 6 populações das populações foram selecionadas para alto teor de proteína por meio das duas estratégias. As cultivares BMX Apolo RR, BMX Desafio RR, P98Y30, TMG 7062 IPRO, M 8221 RR e P98N71 são recomendadas para serem utilizadas como genitores em um programa de melhoramento para ganhos no teor de proteína nos grãos. Notou-se uma tendência de plantas de ciclo mais prolongado apresentarem maior produção de grãos por planta pelas altas correlações dos caracteres dias para maturação x número de nós, número de nós x número de vagens por planta e número de vagens x massa de grãos por planta. Verificou-se pela análise de trilha a relação de causa e efeito entre o peso de grãs por planta e teor de óleo nos grãos. O caractere teor de proteína apresentou alta correlação negativa e efeito direto baixo de mesmo sinal sobre o teor de óleo, logo devem ser empregados índices de seleção multivariados para obter ganhos genéticos sobre o teor de óleo. A exclusão de caracteres da análise de trilha é a alternativa mais simples para contornar os problemas com a multicolinearidade e neste estudo permitiu a obtenção das estimativas mais confiáveis. / Soybean is an important commodity in the Brazilian agribusiness and the crop is widely cultivated in this country. The oil and protein content make the grains of great interest in the human and animal feed. Despite of the importance given to the quality of grains, oil and protein content are negatively correlated and this makes it difficult to obtain simultaneous gains on both characters. To breeding programs being successful, a crucial step is the choice of the best populations. However, it is not found in the bibliography many reports about selection strategies of F 1 populations. This study aimed to investigate F 1 selection strategies of populations to improve the oil and protein content, these being, the use of selection index and populations selection by specific combining ability; investigate the genetics correlations among growth, yield and grains quality component; and direct and indirect effects of these characters on oil content in grains. Was not verified variability of specific combining ability among populations to oil content, therefore we used index selection as a strategy of population selection. The cultivars TMG 132 RR, DM 5958 IPRO, M 8349 IPRO, P98Y30, M7739 IPRO e DM 6563 IPRO are recommended to be used as genitors in a breeding program to improve oil content in grains. The coincidence index indicated that 6 of all populations were selected to high protein content in grains by both strategies. The cultivars: BMX Apolo RR, BMX Desafio RR, P98Y30, TMG 7062 IPRO, M 8221 RR e P98N71 are recommended to be used as genitors in breeding program that aims to improve the protein content in grains. There was a tendency of late plants to show higher grain yield per plant which is explained by high correlations of characters maturation days x number of nodes, number of nodes x number of pods per plant and number of pods x grain yield per plant. It was verified through the path analysis the relations of cause and effect among grain yield per plant and grain oil content. The character grain protein content showed high negative correlation and low negative indirect effect on grain oil content, wherefore, multivariate selection indexes must be used to obtain gains on grain protein content. The exclusion of characters of the analysis is a simpler alternative to work around multicollinearity problems and in this case it provided the more reliable.
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Caracterização de linhagens endogâmicas de milho tropical para morfologia de raiz e eficiência nutricional em condições contrastantes de nitrogênio / Characterization of tropical maize inbred lines for root morphology and nutritional efficiency in contrasting nitrogen conditions

Torres, Lívia Gomes 16 February 2017 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-01T16:51:36Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 984010 bytes, checksum: bc35ab844ac34506287f179d38ecc19e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-01T16:51:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 984010 bytes, checksum: bc35ab844ac34506287f179d38ecc19e (MD5) Previous issue date: 2017-02-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A adubação nitrogenada tem sido um fator impulsionador do aumento de produtividade das lavouras de milho, entretanto, esta prática cultural realizada de forma excessiva é apontada como causa de impactos ambientais e econômicos. Muitos programas de melhoramento genético de milho têm buscado identificar cultivares mais eficientes no uso de nitrogênio (N), que produzem mais com menos N. A eficiência no uso de N é obtida a partir de dois componentes, a eficiência na absorção e utilização de N. Na literatura, muitos trabalhos atribuem aos sistemas radiculares superiores maior eficiência na absorção de nutrientes. A presença de variabilidade genética para caracteres de morfologia de raiz e componentes da eficiência no uso de N em linhagens de milho pode ser explorada com a finalidade de selecionar materiais mais adaptados a solos tropicais, onde predominam a ocorrência de seca e de baixa fertilidade natural. No capítulo 1, um painel de 150 linhagens endogâmicas de milho tropical foi caracterizado para morfologia de raiz e caracteres de parte aérea em estádio de plântulas. No capítulo 2, um painel de 64 linhagens foi caracterizado para eficiência na absorção e utilização de N em condição de campo. Em ambos os experimentos, as linhagens foram avaliadas em condições contrastantes de N. Parâmetros genéticos foram estimados com o objetivo de se obter um maior conhecimento sobre o germoplasma em questão. Os painéis de linhagens endogâmicas de milho tropical apresentaram variabilidade genética para os caracteres avaliados, e, portanto, têm potencial para serem utilizados para fins de melhoramento genético. Linhagens promissoras foram identificadas para caracteres de raiz e para eficiência nutricional de N, nos capítulos 1 e 2, respectivamente. As informações obtidas no presente trabalho servirão como base para orientar o planejamento de cruzamentos entre as linhagens visando à obtenção de híbridos de milho mais eficientes no uso do N. / Nitrogen fertilization has been a driving factor for increased productivity of maize crops. However, this cultural practice performed excessively is indicated as the cause of environmental and economic impacts. Many maize breeding programs have sought to identify more efficient cultivars in the use of nitrogen (N), which present high yields under low N conditions. The N use efficiency is obtained from two components, N uptake and N utilization efficiencies. In the literature, many studies attribute to superior root systems the higher efficiency of nutrient uptake. The presence of genetic variability for root morphology traits and N use efficiency components in maize inbred lines can be explored in order to select materials more adapted to tropical soils, where the occurrence of drought and low natural fertility predominate. In chapter 1, a panel of 150 inbred lines of tropical maize was characterized for root morphology and shoot traits in seedling stage. In chapter 2, a panel of 64 inbred lines was characterized for N uptake efficiency and N utilization efficiency under field conditions. In both experiments, the inbred lines were evaluated in contrasting conditions of N. Genetic parameters were estimated in order to obtain a better knowledge about the germplasm in question. The panels of tropical maize inbred lines presented genetic variability for the evaluated traits, thus they have potential to be used for breeding purposes. Promising inbred lines were identified for important root traits and for N uptake and utilization efficiencies in chapters 1 and 2, respectively. The information obtained in the present work will be used to guide the planning of crosses among the inbred lines aiming to obtain efficient maize hybrids in N use.
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Capacidade combinatória de genitores de soja nas gerações F 1 e F 2 visando melhoramento para precocidade e produtividade de grãos / Combining ability of soybean parents in the F 1 and F 2 generations aiming to improve precocity and grain yield

Bueno, Thays Vieira 17 February 2017 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-05T16:48:00Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 603431 bytes, checksum: 2a2810dc0897990172fba2aa6d8bace2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-05T16:48:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 603431 bytes, checksum: 2a2810dc0897990172fba2aa6d8bace2 (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A cultura da soja apresenta grande importância socioeconômica no Brasil e no mundo devido, principalmente, a sua participação na cadeia produtiva animal e na alimentação humana. O melhoramento dessa cultura tem sido uma das principais ferramentas que auxiliam no aumento da produtividade e adaptação da soja em diversas regiões do país. A precocidade e a produtividade são algumas das principais características buscadas no melhoramento de soja. Nos programas de melhoramento, a seleção de genitores e a identificação de cruzamentos superiores são etapas importantes no desenvolvimento de cultivares. Desse modo, a análise dialélica é uma ferramenta importante para essa finalidade, pois permite estimar a capacidade de combinação de genitores. Essa estimativa é usualmente obtida a partir dos dados da geração F 1 , porém, atualmente existem diversos autores que utilizam os dados de gerações avançadas como F 2 por apresentarem maior número de sementes. Diante disso, objetivou-se obter informações sobre a capacidade geral e específica de combinação de genitores utilizando as populações F 1 e F 2 , com vistas à obtenção de populações segregantes de soja que associem precocidade e alto potencial de produção. Foram realizados cruzamentos entre sete cultivares de soja, provenientes de dois grupos, em esquema de dialelo parcial 3x4. O grupo I consistiu em três cultivares que apresentam alto potencial de produção (UFV 18, UFVS 2011 e UFV 16), e o grupo II em quatro cultivares comerciais, com alto potencial de produção e ciclo precoce (FPS Netuno RR, BMX Potência RR, Anta 82 RR e TMG 1174 RR). As 12 populações F 1 e os sete genitores foram semeados em vasos em casa de vegetação na Universidade Federal de Viçosa, em Viçosa, MG. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso, com cinco repetições. Os tratamentos consistiram de 12 populações F 1 e sete genitores, totalizando 19 tratamentos. A parcela experimental foi constituída por uma planta por vaso. As características avaliadas na geração F 1 foram número de dias para o florescimento, número de dias para a maturidade, altura de planta no florescimento, altura de planta na maturidade, número de vagens por planta, número de grãos por vagem, número de grãos por planta, massa de grãos por planta e massa de cem grãos. As sementes colhidas nas plantas F 1 das 12 populações compuseram as populações F 2 que juntamente com as sementes dos sete genitores foram semeadas na área experimental da Horta Nova, em Viçosa, MG. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso, com três repetições. As parcelas foram constituídas de quatro linhas de 3 m com espaçamento de 0,50 m e 12 sementes por metro linear. As características avaliadas na geração F 2 foram número de dias para o florescimento e altura de planta no florescimento. As cultivares UFV 16, UFVS 2011, Anta 82 RR se destacaram quanto à redução de ciclo com valores de CGC negativos e significativos para número de dias para o florescimento nas gerações F 1 e F 2 . Na geração F 1 , as cultivares UFVS 2011 e FPS Netuno RR se destacaram na redução de altura de planta no florescimento e na maturidade, com valores negativos e significativos de CGC, e para massa de grãos por planta a cultivar UFV 18 apresentou valor positivo e significativo de CGC. Conclui-se que as cultivares UFVS 2011, UFV 16 e Anta 82 RR são genitores promissores para redução de ciclo da cultura, enquanto que UFV 18 para aumento da produção por planta. A análise dialélica parcial em soja na geração F 2 é eficiente na escolha de genitores de soja promissores para precocidade. / The soybean crop has great socio-economic importance in Brazil and worldwide, mainly due to their participation in animal production chain and in food. The soybean breeding has been one of the main tools that help in increasing the yield and adaptation of the soybean in several regions of the country. Precocity and yield are some of the main characteristics sought in soybean breeding. At the breeding programs, selection of parents and identification of superior crosses are important steps in the development of cultivars. Thus, diallel analysis is an important tool for this purpose, because it allows to estimate the combining ability of parent. This estimate is usually obtained from the data of the F 1 generation, however, there are currently several authors who use data from advanced generations like F 2 because they have a higher number of seeds. On this, the objective was to obtain information about the general and specific capacity of combination of parents using the F 1 and F 2 populations, in order to obtain segregant soybean populations that associate precocity and high production potential. Crosses were made among seven soybean cultivars, from two groups, in a 3x4 partial diallel scheme. Group I consisted of three cultivars with high production potential (UFV 18, UFVS 2011 and UFV 16), and group II of four commercial cultivars with high production potential and early cycle (FPS Netuno RR, BMX Potência RR, Anta 82 RR and TMG 1174 RR). The 12 F 1 populations and the seven parents were sown in pots at a greenhouse at the Federal University of Viçosa, in Viçosa, MG. The experimental design was a randomized block design with five replications. The treatments consisted of 12 F 1 populations and seven parents, totaling 19 treatments. The experimental plot consisted of one plant per pot. The characteristics evaluated in F 1 generation were number of days for flowering, number of days for maturity, plant height at flowering, plant height at maturity, number of pods per plant, number of grains per pod, number of grains per plant, mass of grains per plant and mass of one hundred grains. Seeds collected from the F 1 plants of the 12 populations made up the F 2 populations that together with the seeds of the seven parents were sown in the experimental area of Horta Nova, in Viçosa, MG. The experimental design was a randomized complete block design, with three replications. The plots were composed of four 3 m rows with spacing of 0.50 m and 12 seeds per linear meter. The characteristics evaluated in the F 2 generation were number of days for flowering and plant height at flowering. The cultivars UFV 16, UFVS 2011, Anta 82 RR stood out for cycle reduction with negative GCA values and significant for number of days for flowering in the F 1 and F 2 generations. In the F 1 generation, cultivars UFVS 2011 and FPS Netuno RR stood out in the reduction of plant height at flowering and at maturity, with negative and significant values of GCA, and for grain mass per plant the cultivar UFV 18 showed positive and significant value of GCA. It is concluded that cultivars UFVS 2011, UFV 16 and Anta 82 RR are promising parents in the reduction of crop cycle, while UFV 18 to increase yield per plant. Partial diallel analysis in soybean in the F 2 generation is efficient in the choice of promising soybean parents for precocity.
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Seleção genômica ampla para escolha de genitores de soja e predição do desempenho de populações híbridas / Soybean parental selection with genome wide selection and prediction of hybrid populations performance

Tessele, Augusto 28 April 2017 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-06T16:08:53Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 542389 bytes, checksum: 16711f10ab30fbe3018e7a5d3be9aa19 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-06T16:08:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 542389 bytes, checksum: 16711f10ab30fbe3018e7a5d3be9aa19 (MD5) Previous issue date: 2017-04-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A seleção de genitores é a primeira etapa em um programa de melhoramento e define o potencial de sucesso no desenvolvimento de uma cultivar superior. A seleção genômica ampla (do inglês, genome wide selection – GWS) associa informações moleculares e fenotípicas e prediz o desempenho de progênies futuras (valor genético genômico predito) com informações moleculares. Neste cenário, o objetivo deste estudo foi avaliar o potencial da GWS na predição do desempenho de híbridos e, consequentemente, na seleção de genitores para cruzamentos, utilizando-se somente informações genotípicas dos híbridos. Ademais, almejou-se comparar os resultados com técnicas tradicionais de seleção de genitores (seleção univariada e multivariada), visando o estabelecimento de blocos de cruzamento, para, então, parametrizar o potencial da GWS. Para execução do experimento foram utilizados dados simulados tomando como referência o genoma da soja. Foram criadas 200 RILs (do inglês, recombinant inbred line) com informações moleculares de 5400 SNPs e quatro características fenotípicas (produtividade, altura de planta, acamamento e ramificações laterais). Além disso, foram gerados 19900 híbridos oriundos do intercruzamento de todas as RILs. O conjunto de informações das RILs foram criadas fazendo alusão ao processo de fenotipagem e genotipagem de um conjunto de linhagens de soja com potencial para serem selecionadas como genitores em um programa de melhoramento. Primeiramente, foram selecionadas 10 linhagens seguindo critério univariado para a característica de interesse, ou seja, baseando-se no desempenho fenotípico per se para a produtividade. Em seguida, utilizou-se de um critério multivariado para seleção de genitores. Neste, foi empregado o método de agrupamento de Tocher, utilizando-se a distância euclidiana média, e a técnica de componentes principais para seleção de 10 linhagens geneticamente divergentes. Posteriormente, a seleção de genitores (10 linhagens) foi baseada no valor genético genômico estimado das RILs, cuja estimação foi obtida a partir da metodologia de seleção genômica ampla, considerando o carácter produtividade. Neste caso, foram selecionadas as linhagens com maior valor genético genômico estimado. Os três blocos de cruzamentos gerados foram avaliados pelo modelo de análise dialélica proposto por Griffing (1956). Paralelamente, os valores fenotípicos dos híbridos foram analisados visando a seleção das melhores populações híbridas de cada bloco de cruzamento. Além disto, estimou-se o valor genético genômico predito de todos os híbridos oriundos do intercruzamento das 200 linhagens e o potencial preditivo foi verificado analisando-se o desempenho fenotípico dos melhores híbridos preditos. As metodologias de seleção de genitores univariada com base em valores fenotípicos e predição pela GWS apresentaram quatro populações híbridas promissoras de acordo com a análise dialélica, enquanto que o critério multivariado para seleção de genitores rendeu seis híbridos superiores. Entretanto, considerando-se a seleção dos 20% melhores híbridos baseados apenas em dados fenotípicos, foi observado que as populações mais promissoras foram encontradas no bloco de cruzamento baseado no valor genético genômico estimado dos genitores, seguido pelo critério multivariado e univariado. O desempenho fenotípico médio destes híbridos superiores foi 1,14, 1,11 e 0,93, respectivamente. A predição de performance empregada pela GWS para quatro características fenotípicas apresentou resultados promissores. O desempenho fenotípico dos melhores híbridos preditos para as características produtividade, altura de planta, acamamento e ramificações laterais apontou que 30%, 47%, 46% e 46% dos melhores híbridos preditos apresentaram excelente desempenho fenotípico, respectivamente. Além disso, observou-se que os genitores das populações híbridas com excelente desempenho fenotípico apresentavam elevados valores genético genômicos, destacando a importância de se considerar informações de genitores. Este resultado ressalta o potencial da GWS na predição do desempenho de híbridos e, consequentemente, na determinação dos genitores selecionados para cruzamentos. / Parental selection is the main stage in a breeding program, once it delimits the success in developing a new cultivar. The Genome Wide Selection (GWS) enables the association of molecular information with phenotypic data and predicts the performance of future progenies (estimated breeding value) using molecular information. In this scenario, the aim of this study was to evaluate the potential of GWS to predict hybrid performance and, consequently, support parental selection, only employing genotypic information of hybrid populations. Besides, we aimed to compare the results with traditional methods of parental selection (univariate and multivariate selection), in order to form crossing blocks, and, therefore, to parametrize the GWS potential. We ran this study based on simulated data from the soybean reference genome. We created 200 RILs (recombinant inbred line) associated to molecular information (5400 SNP markers) and four phenotypic traits (yield, plant height, lodging and number of branches). We created the 19900 hybrids from the intercross of all RILs as well. The group of RILs data was created aiming to allude the process of genotyping and phenotyping a set of soybean inbred lines with potential to yield promising hybrids. First, 10 inbred lines were selected according to per se performance criteria for yield, that is, the most yielding lines were selected. Then, a multivariate approach was employed for parental selection. In this case, the Tocher grouping technique, based on average Euclidean distance, and Principal Components analysis were employed to select the most genetically divergent inbred lines (10 inbred selected). Next, the parental selection (10 inbred lines selected) was based on estimated breeding value of RILs, whose estimation was made according to the GWS methodology for yield. All three crossing blocks were evaluated through diallele cross analysis following the method proposed by Griffing (1956). Alongside, the hybrids phenotypic performance was analyzed solely as well. Moreover, we estimated all hybrids breeding value from the intercross of the 200 RILs and its prediction capability was verified analyzing the phenotypic performance of the best predicted hybrids. The parental selection approaches based on univariate criteria and GWS prediction displayed four promising hybrid populations according to the diallele cross analysis, while the multivariate criteria yielded six superior hybrids. However, considering selecting the 20% best hybrids based solely on phenotypic performance, we observed that the most promising ones were found in the crossing block based on estimated breeding value, follow by the multivariate approach and univariate criteria. The phenotypic average performance of these superior hybrids populations were 1.14, 1.11 and 0.93, respectively. The performance prediction employed for four agronomic traits by GWS delivered promising results. The phenotypic analysis of the best hybrids according to the GWS prediction model (ones with highest estimated breeding value) for yield, plant height, lodging and number of branches pointed out that 30%, 47%, 46% and 46% of theses hybrids performed phenotypically greatly, respectively. In addition, the genitors of the hybrid populations with excellent phenotypic performance had great estimated breeding value, indicating parental information importance. These results highlight the potential of GWS in predicting the best hybrids and, therefore, establishing the best parents for crossing.

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