Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-20T09:33:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1242987 bytes, checksum: 40686c6cb351db885dae39bee568b193 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-20T09:33:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1242987 bytes, checksum: 40686c6cb351db885dae39bee568b193 (MD5) Previous issue date: 2016-02-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O estudo da diversidade genética é fundamental, pois permite a identificação de genitores apropriados que podem ser usados para obtenção de uma população com maior variabilidade genética e consequentemente, com melhores possibilidades de combinações alélicas. Neste sentido, objetivou-se com este trabalho avaliar a variabilidade fenotípica e a diversidade genética de 160 linhagens elites de sorgo granífero, visando à utilização destas linhagens no desenvolvimento de futuros híbridos e populações melhoradas. Conduziu-se um experimento de campo para avaliar 23 descritores morfoagronômicos, em delineamento com blocos incompletos, com duas repetições. Adicionalmente, realizou-se a extração de DNA e as linhagens foram genotipadas com 29.649 marcadores SNPs, por meio da técnica de GBS (Genotyping by sequencing). Os dados morfoagronômicos foram analisados com base em modelos mistos. As análises de diversidade foram realizadas para os dados morfoagronômicos e moleculares, a partir de uma matriz de distâncias, formando- se agrupamentos das linhagens através do método de Neighbor-Joining. Foram realizadas análises de desequilíbrio de ligação, de estrutura populacional e de componentes principais para os dados moleculares. Paralelamente, avaliou-se 55 híbridos, para estimativas de correlações entre as distâncias genéticas dos parentais e rendimento de grãos de seus híbridos. Os resultados indicaram que: os caracteres morfoagronômicos foram menos informativos do que os moleculares. Considerando r 2 ~ 0,2, foi estimada a distância variando 100 a 800 kb entre pares de marcadores, sendo considerado um decaimento lento. A análise populacional indicou a existência provável de duas subpopulações nas linhagens. O agrupamento das linhagens com os dados genotípicos apresentaram-se mais coerentes de acordo com as características dos progenitores; e apesar da baixa variabilidade genética, houve divergência genética entre os grupos de linhagens mantenedoras e restauradoras. Conclui-se que os materiais avaliados possuem base genética próxima, o que sugere a necessidade de ampliar a diversidade genética do programa de melhoramento de sorgo granífero para aumentar a probabilidade de obtenção de híbridos superiores. / The study of genetic diversity is essential because it enables the identification of appropriate genitors for obtaining a population with greater genetic variability and more possibility of combinations. This study aimed to evaluate the phenotypic variability and genetic diversity of 160 grain sorghum elite inbred lines, seeking to use these for development of future hybrid and improved plant populations. An experiment was carried out in order to evaluate the 23 morpho-agronomic descriptors in a design of incomplete blocks with two replications. Additionally, DNA extraction was performed and genotyped with 29,649 SNPs markers by GBS technique (Genotyping by sequencing).The diversity analyses were performed based on morph-agronomic and molecular markers data, obtaining a distance matrix and forming clusters of inbred lines through the Neighbor- Joining method. Analyses of population structure and main components for the molecular data were performed. In parallel, 55 hybrids were evaluated to estimate the correlations between genetic distances of genitors and the performance of their hybrids regarding grain yield. The results indicated that: the morpho-agronomic traits were less informative than the molecular ones. Considering r2 ~ 0.2, was estimated the distance 100-800 kb between markers pairs, what is considered a slow decay. The population analysis indicated the probable existence of two subpopulations in the lines. The grouping of lines with the genotypic data was more consistent according to the characteristics of the progenitors; despite the low genetic variability, there was genetic divergence between groups of maintainers and restorers lines. It was concluded that the evaluated materials have similar genetic basis, which suggests the need to increase the genetic diversity of sorghum breeding program to increase the likelihood of obtaining superior hybrids.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-20T15:08:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 752976 bytes, checksum: 5dc0767b007ff80cf5270e1487a3cb18 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-20T15:08:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 752976 bytes, checksum: 5dc0767b007ff80cf5270e1487a3cb18 (MD5) Previous issue date: 2016-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Objetivou-se, com este estudo, contribuir para a implementação da metodologia bayesiana na avaliação nutricional animal e analisar resultados de pesquisas para determinação da proteína bruta em dietas de suínos da raça naturalizada brasileira Piau. Para tanto, foi utilizado um banco de dados originado de um experimento realizado no ano de 2012, em que foi avaliada a exigência de proteína bruta de suínos da raça naturalizada brasileira Piau. O experimento foi conduzido por meio de em um delineamento inteiramente casulizado, sendo considerado um esquema fatorial 4 x 2 (quatro níveis de proteína bruta e dois sexos) com 24 repetições. Os tratamentos consistiram em níveis de proteína, sendo considerados 10,2%, 12,6%, 15% e 17,4% na fase inicial; 9,6%, 12,0%, 14,4% e 16,8% na fase de crescimento; e 9,0%, 10,6%, 12,2% e 13,8% na fase de terminação. Durante estas três fases de desempenho foram avaliados o consumo total de ração, consumo diário de ração, ganho de peso total, ganho de peso diário, espessura de toucinho, ganho em espessura de toucinho e conversão alimentar. Após as avaliações na fase de terminação, os animais foram abatidos e avaliados os principais cortes e medidas das carcaças. As análises estatísticas foram realizadas seguindo três modelos bayesianos, caracterizados por: Modelo I) ausência do efeito aleatório de animal; Modelo II) inclusão do efeito aleatório de animal, mas desconsiderando o parentesco entre os animais; e o Modelo III) inclusão do efeito aleatório de animal, mas considerando a matriz de parentesco entre os animais. Considerando o valor do DIC (Critério de Informação da “Deviance”), o modelo III apresentou o melhor ajuste para todas características de desempenho e carcaça, sendo utilizado para a realização das inferências sobre todos efeitos do modelo. O efeito de sexo foi significativo apenas na fase de crescimento, evidenciando diferença de desempenho entre os animais machos castrados e fêmeas nesta fase. O efeito de interação entre os níveis de proteína bruta e o sexo não foi significativo nas características avaliadas, sendo este resultado encontrado em todas fases e nas avaliações das características de carcaças, demonstrando que o desempenho das duas classes de sexo foram semelhantes dentro de cada tratamento. Os níveis de proteína bruta não influenciaram significativamente as características de desempenho avaliadas durante as fases inicial, de crescimento e terminação. Para as avaliações das características de carcaça, foi encontrado efeito significativo dos níveis de proteína bruta apenas na medida do peso da paleta, que variou de forma quadrática reduzindo até o nível de 12,07%. A metodologia bayesiana mostrou-se eficiente e de fácil interpretação, sendo indicada para avaliações nutricionais animal. A inclusão da informação de parentesco nas análises, foi de grande importância na estimação e interpretação dos efeitos incluídos no modelo. A partir dos resultados obtidos, os níveis de 10,2%, 9,6% e 9,0% de proteína bruta foram os indicados para suínos da raça naturalizada brasileira Piau nas fases inicial, de crescimento e terminação, respectivamente. / For this, we used a database originated from an experiment conducted in 2012, in which was evaluated the requirement of crude protein in pig diets of local breed Piau. Animals were assigned to treatments in completely randomized design, in a factorial system 4x2 (four levels of crude protein and both sexes) with 24 replications. Treatments were crude protein levels considering 10.2%, 12.6%, 15% and 17.4% during the initial phase; 9.6%, 12.0%, 14.4% and 16.8% during the growing phase; and 9.0%, 10.6%, 12.2% and 13.8% during the finishing phase. Were evaluated the total feed intake, daily feed intake, total weight gain, average daily gain, backfat thickness, backfat thickness gain and feed conversion. After the finishing phase, animals were slaughtered to evaluate major cuts and carcasses measures. Statistical analyzes were performed following three bayesian models, in which they were characterized by: Model I) absence of random effect of animal; Model II) inclusion of random effect of animal but without using the relationship between the animals; and the Model III) including the random effect of animal, but considering the relationship matrix. Considering the DIC (Deviance Information Criterion), Model III presented the best data fit for all performance and carcass traits; therefore, it was used to make the inferences about all model effects. The sex effect was significant only in the growing phase, showing difference on performance of barrows and gilts. The interaction effect between crude protein levels and sex was not significant in the evaluated traits, and this result was observed in all phases and carcass traits, showing that barrows and gilts performance were similar in each treatment. There were no significant influences of crude protein levels on performance of evaluated traits during the initial, growing and finishing phases. Considering the carcass traits evaluation, significant effect of crude protein levels was detected only on shoulder weight, which exponentially changed up to the level of 12.07%. The Bayesian methodology was efficient and easy of interpretation, therefore being indicated for nutritional animal evaluation. Based on these results, the 10.2%, 9.6% and 9.0% of crude protein levels were indicated for local breed Piau pigs during the initial, growing and finishing phases, respectively.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-23T09:16:08Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 247566 bytes, checksum: b498750eacf17d46311cbcc9ec15dfdb (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-23T09:16:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 247566 bytes, checksum: b498750eacf17d46311cbcc9ec15dfdb (MD5) Previous issue date: 1997-07-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Foram utilizados 573 registros zootécnicos de vacas primíparas da raça Gir Leiteiro para estimar os componentes de covariância das características de conformação, produção de leite em até 305 dias de lactação (PLEI), duração da lactação (DURLAC) e idade ao primeiro parto (IPP) pelo Método da Máxima Verossimilhança Restrita (REML). Esses componentes foram utilizados no cálculo dos coeficientes de herdabilidade e nas correlações genéticas, fenotípicas e residuais. Para análise dos efeitos de meio sobre as características estudadas, foi empregado o Método Henderson III. As medidas de conformação, circunferência torácica (CTOR), altura na garupa (AG), comprimento corporal (CC), comprimento de garupa (CG), largura nos ísqueos (LIS) e nos íleos (LIL), comprimento de tetas (CT), diâmetro de tetas (DT) e altura de úbere (AU) foram realizadas em vacas à primeira lactação, com idade média de 4,05 anos. As médias de mínimos quadrados e as respectivas herdabilidades foram 2.865,43±62,49 kg e 0,28 para PLEI, 289,45±3,99 dias e 0,19 para DURLAC, 1.382,22±15,95 dias e 0,56 para IPP. Com relação às características de conformação as estimativas foram as seguintes: 171,04±0,44 cm e 0,23 para CTOR, 134,95±0,24 cm e 0,37 para AG, 97,20±0,33 cm e 0,11 para CC, 39,67±0,12 cm e 0,32 para CG, 17,00±0,12 cm e 0,48 para LIS, 45,46±0,17 cm e 0,24 para LIL, 6,90±0,09 cm e 0,46 para CT, 3,31±0,03 cm e 0,07 para DT e 63,07±0,23 cm e 0,35 para AU. As estimativas de herdabilidades, com exceção daquelas obtidas para CC e DT, indicam que é possível obter resposta à seleção $ $ para estas características. As correlações genéticas ( rg ) e fenotípicas ( r P ) entre $ $ $ PLEI e DURLAC foram ( rg = 0,84, r P = 0,68), entre PLEI e IPP ( rg = 0,49, $ $ $ $ $ r P = 0,18) e entre DURLAC e IPP ( rg = 0,66, r P = 0,31). As rg e r P entre as características de tamanho corporal foram: CTOR-AG (0,68; 0,43), CTOR-CC (0,49; 0,15), CTOR-CG (0,68; 0,43), CTOR-LIS (0,13; 0,17), CTOR-LIL (0,63; 0,51), AG-CC (0,60; 0,29), AG-CG (0,53; 0,46), AG-LIS (0,34; 0,22), AG-LIL (0,63; 0,33), CC-CG (0,09; 0,16), CC-LIS (0,27; 0,16), CC-LIL (0,42; 0,20), $ $ CG-LIS (-0,13; 0,11), CG-LIL (0,26; 0,31) e LIS-LIL (0,36; 0,14). As rg e r P entre as características de sistema mamário foram: CT-DT (0,66, 0,55), CT-AU $ $ (0,08; 0,06) e DT-AU (0,24; -0,05). As rg e r P entre PLEI e as características de conformação foram: PLEI-CTOR (-0,37; 0), PLEI-AG (-0,62; 0,02), PLEI- CC (-0,52; -0,02), PLEI-CG (-0,33; 0,07), PLEI-LIS (-0,26; -0,01), PLEI-LIL (- 0,15; 0,09), PLEI-CT (-0,08; 0,06), PLEI-DT(-0,12; 0,16) e PLEI-AU (-0,69; - $ $ 0,25). As rg e r P entre IPP e as características de tamanho corporal foram: IPP- CTOR (-0,05; 0,04), IPP-AG (-0,37; -0,07), IPP-CC (0,25; 0,10), IPP-CG (- 0,06; 0,09), IPP-LIS (-0,45; -0,10) e IPP-LIL (-0,06; -0,07). Os resultados do $ estudo mostraram que as rg entre produção de leite e características de $ conformação foram moderadas e negativas; enquanto que as rg entre idade ao primeiro parto e características de tamanho corporal variaram muito, limitando as conclusões a respeito. / Data from 573 primiparous lactating Gir cows were used to estimate the (co)variance components of conformation, milk production, milk production up to 305 days of lactation (PLEI), lactation length (DURLAC) and age at first calving (AFC) traits by REML method. These components were used to calculate heritability coefficients and genetic, phenotypic and residual correlations. For the analysis of environment effects on the studied traits, Henderson III method was used. The conformation, heart girth (HG), croup height (CH), body length (BL), croup length (CL), width in the isqueo (WIS) and ileum (WIL), teats length (TL), teats diameter (TD) and udder heigth (UH) measures were realized in the cows at first lactation, averaging 4.05 years. The least square means and respective heritabilities were the following: 2,865.43±62.49 kg and 0.28 for PLEI, 289.45±3.99 days and 0.19 for DURLAC, 1,382.22±15.95 days and 0.56 for AFC. For the conformation traits, the estimates were 171.04±0.44 cm and 0,23 for TORC, 134.95±0.24 cm and 0.37 for CH, 97.20±0.33 cm and 0.11 for BL, 39.67±0.12 cm and 0.32 for CL, 17.00±0.12 cm and 0.48 for WIS, 45.46±0.17 cm and 0.24 for LIL, 6.90±0.09 cm and 0.46 for TL, 3.31±0.03 cm and 0.07 for TD and 63.07±0.23cm and 0.35 for UH. The heritability estimates, except for those obtained for BL and TD, indicate that it is possible to obtain $ $ response to selection for these traits. The genetic ( rg ) and phenotypic ( r P ) $ $ correlations between PLEI and DURLAC were ( rg =0.84, r P =0.68) between $ $ $ PLEI and AFC ( rg =0.49, r P =0.18) and between DURLAC and SFC ( rg =0.66, $ $ $ r P =0.31). The rg and r P among body length traits were: HG-CH (0.68, 0.43), HG-BL (0.49, 0.15), HG-CL (0.68, 0.43), HG-WIS (0.13, 0.17), HG-WIL (0.63, 0.51), CH-BL (0.60, 0.29), CH-CL (0.53, 0.46), CH-WIS (0.34, 0.22), CH-WIL (0.63, 0.33), BL-CL (0.09, 0.16), BL-WIS (0.27, 0.16), BL-WIL (0.42, 0.20), $ CL-WIS (-0.13, 0.11), CL-WIL (0.26, 0.31) and WIS-WIL (0.36, 0.14). The rg $ and r P among mammary system traits were: TL-TD (0.66, 0.55), TL-UH (0.08, $ $ 0.06) and TD-UH (0.24, -0.05). The rg and r P between PLEI and conformation traits were: PLEI-HG (-0.37, 0), PLEI-CH (-0.62, 0.02), PLEI-BL (-0.52, -0.02), PLEI-CL (-0.33, 0.07), PLEI-WIS (-0.26, -0.01), PLEI-WIL (-0.15, 0.09), PLEI- $ TL (-0.08, 0.06), PLEI-TD (-0.12, 0.16) and PLEI-UH (-0.69, -0.25). The rg and $ r P between AFC and body length traits were: AFC-HG (-0.05, 0.04), AFC-CH (-0.37, -0.07), AFC-BL (0.25, 0.10), AFC -CL (-0.06, 0.09), AFC -WIS (-0.45, $ -0.10) and AFC-WIL (-0.06, -0.07). Results of this study showed that the rg between milk production and conformation traits were moderate and negative, $ whereas the rg between age at first calving and body length varied, showing restrict conclusions for these one.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-07-27T16:43:09Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 501792 bytes, checksum: efd6bf837f4264306980a223ad2fcaa1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-27T16:43:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 501792 bytes, checksum: efd6bf837f4264306980a223ad2fcaa1 (MD5) Previous issue date: 2016-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os estudos de divergência genética são fundamentais para subsidiar ações de conservação, de utilização dos recursos genéticos e posterior aplicação em programas de melhoramento, visando à obtenção de genótipos superiores. Sendo assim, este trabalho teve por objetivo avaliar a diversidade genética de acessos de pimenta, Capsicum chinense Jacq., por meio de técnicas multivariadas de agrupamentos utilizando os métodos hierárquicos (UPGMA e Ward) e de otimização (Tocher e Tocher modificado). O experimento foi conduzido na área experimental do setor de olericultura do Departamento de Fitotecnia da Universidade Federal de Viçosa (UFV), sob delineamento inteiramente casualizado, com quatro repetições e uma planta por parcela. Foram avaliados 11 acessos de C. chinense registrados no Banco de Germoplasma de Hortaliças (BGH/UFV), com base em 11 caracteres. Os resultados indicaram pelos métodos hierárquicos a formação de dois grupos, sendo que 72,73% dos acessos pertenciam ao grupo I e 27,27% ao grupo II; e ambas as estruturas de agrupamento foram validadas pelo coeficiente de correlação cofenética (r). Os métodos de otimização, Tocher e Tocher modificado, reuniram os acessos em seis e quatro grupos, respectivamente, revelando maior diversidade dos acessos em relação aos métodos anteriores. Assim, independente do método utilizado foi possível identificar os acessos mais divergentes e, consequentemente, contribuir para futuras pesquisas de cruzamento buscando híbridos com maior efeito heterótico. / Studies of genetic diversity are essential to subsidize conservation actions, utilization of genetic resources and subsequent application in breeding programs aimed at obtaining superior genotypes. Thus, this study aimed to evaluate the genetic diversity of pepper accessions, Capsicum chinense Jacq., through multivariate clustering techniques using hierarchical methods (UPGMA and Ward) and optimization (Tocher and modified Tocher). The experiment was conducted in the experimental area of the horticulture sector of the Department of Plant Science at the Universidade Federal de Viçosa (UFV), under completely randomized design with four replications and one plant per plot. They evaluated 11 accessions of C. chinense recorded at the Germplasm Bank (BGH/UFV), based on 11 characters. The results indicated by hierarchical methods the formation of two groups, with 72.73% of the accessions belonging to the group I and 27.27% in group II; both grouping structures were validated by cophenetic correlation coefficient (r). The optimization methods, Tocher and modified Tocher, gathered the accessions in six and four groups, respectively, revealing greater diversity of accessions compared to the previous methods. Thus, regardless of the method used it was possible to identify the most divergent access and, consequently, contribute to future researches seeking cross hybrids with greater heterotic effect.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-07-28T18:19:39Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 698486 bytes, checksum: 6632da2c088b4b1018c260c4cd2827c0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-28T18:19:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 698486 bytes, checksum: 6632da2c088b4b1018c260c4cd2827c0 (MD5) Previous issue date: 2016-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / É importante para a preservação da variabilidade genética e da biodiversidade a correta classificação dos indivíduos. As técnicas de estatística multivariada comumente utilizada nessas situações são as funções discriminantes de Fisher e de Anderson, que permitem alocar um indivíduo inicialmente desconhecido em uma das g populações prováveis ou grupos pré-definidos. Entretanto, para o caso de populações não linearmente separáveis, esses métodos tem se mostrado pouco eficientes devido ao fato de não conseguir detectar a diferença entre as populações. Em alguns casos é preciso captar o máximo de informação possível e para tal outro método é necessário quando não for possível adquirir resultados pelos métodos multivariados. Portanto uma alternativa como possível solução para tal finalidade são as redes neurais artificiais, utilizadas em diversos problemas da Estatística, como agrupamento de indivíduos similares, previsão de séries temporais e em especial, os problemas de classificação. Outra técnica computacional que também vem adquirindo credibilidade e grande atenção nos últimos anos é conhecida como Máquina de Vetor Suporte (Support Vector Machines - SVMs). As SVMs vêm sendo utilizadas em diversas tarefas de reconhecimento de padrões, obtendo resultados superiores ou similares aos alcançados por técnicas similares em várias aplicações como em detecção de faces em imagens e na categorização de textos. Diante do exposto, o objetivo deste trabalho é avaliar a utilização da máquinas de vetores suporte em problemas de discriminação de populações com estruturas genéticas conhecidas. Além disso, os resultados obtidos pela técnica foram comparados com aqueles advindos de análises discriminante de Anderson e redes neurais. Cada população foi caracterizada por um conjunto de elementos mensurados por características de natureza contínua. Foram geradas considerados 50 locos independentes, cada qual com dois alelos. As relações de parentescos e a estruturação hierárquica foram estabelecidas considerando populações genitoras geneticamente divergentes, híbrido F 1 e três gerações de retrocruzamentos em relação a cada um dos genitores, permitindo estabelecer parâmetros de eficácia das metodologias testadas. Os dados fenotípicos das populações foram utilizados para estabelecimento da função discriminante de Anderson e para o cálculo da taxa de erro aparente (TEA), que mede o número de classificações incorretas. As estimativas de TEA foram comparadas com as obtida por meio das Redes Neurais Artificiais e a Máquina de Vetor Suporte para verificação dos problemas de classificações, buscando minimizar o número de classificações incorretas em comparação aos obtidos pela função discriminante. De acordo com os resultados avaliados, a Rede Neural obteve resultados satisfatórios com TEA a 0% enquanto que o método SVM obteve TEA de 14,44% a 67,41% enquanto que a de Anderson manteve TEA entre 18,89% a 74,07%. No entanto são necessários mais estudos quanto a utilização da SVM com base em algoritmos de otimização de busca para o espaço de parâmetros para pôr fim tentar alcançar resultados mais satisfatórios. / It is important for the preservation of genetic variability and biodiversity the correct classification of the individuals. The techniques of multivariate statistics commonly used in these situations are the Fisher and Anderson discriminant functions, which allow you to allocate an individual initially unknown to one of g populations likely or groups pre-defined. However, for the case of populations that are not linearly separable, these methods have been shown little efficient due to the fact it’s not able to detect the difference between the populations. In some cases, it is necessary capturing as much information as possible and for that other method is required when it is not possible to acquire the results frommultivariate methods. Therefore an alternative as a possible solution for this purpose is the artificial neural networks, used in various problems of Statistics, such as grouping of individuals with similar forecasting time series and in particular, the problems of classification. Another computational technique that has been acquiring credibility and great attention in recent years is known as the Support Vector Machines (SVM).The SVMs have been used in various tasks of pattern recognition, achieving higher results or similar to those achieved by similar techniques in various applications, such as detection of faces in images, and in the categorization of texts. The aim of this study is to evaluate the use of Support Vector Machines in problems of population’s discrimination with a known genetic structure. In addition, the results obtained by the technique is compared with those resulting from analysis of Anderson discriminant function and neural networks. Each population was characterized by a set of elements measured by characteristics of continuous nature. Were generated considering 50 locos independent, each with two alleles. The relations of kinship and the hierarchical structuring were established considering populations genetically divergent, F1 hybrid and three generations of backcrossing in relation to each of the parents, allowing to establish parameters of effectiveness of the tested methodologies. The phenotypic data of the populations were used to establish the discriminant function of Anderson and for the calculation of the error rate apparent (TEA), that measures the number of incorrect ratings. Estimates of TEA were compared with those obtained by means of Artificial Neural Networks and Support Vector Machine for verification of classification problems, seeking to minimize the number of incorrect ratings in comparison to discriminant function. According to the results, the neural network obtained satisfactory results with a TEA of 0%, while the SVM method obtained TEA between 14.44% and 67.41%, while the results of Anderson function have TEA between 18.89% and 74.07%. However, it is necessary more studies about the use of the SVM based on the optimization algorithms for the search of the space of parameters in order to try to achieve results that are more satisfactory.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-08-04T16:12:51Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 800691 bytes, checksum: 71ffa9b9eb53def621a281f57e76fa35 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-04T16:12:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 800691 bytes, checksum: 71ffa9b9eb53def621a281f57e76fa35 (MD5) Previous issue date: 2016-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Para o sucesso de um programa de melhoramento é indispensável que população de trabalho disponha de variabilidade genética de forma que a prática de seleção seja viável. Nesse sentido, a avaliação da divergência genética têm sido de grande importância por fornecerem parâmetros para a identificação de combinações híbridas cujo cruzamento proporcione maior efeito heterótico e maior probabilidade de recuperar genótipos superiores nas gerações segregantes. O estudo sobre diversidade genética elucida relações genéticas, quantifica ou prediz o nível de variabilidade total existente e sua distribuição entre indivíduos, acessos de bancos de germoplasma, linhagens e cultivares ou dentro de populações e espécies. Conhecimento que tem proporcionado, dentre outras coisas, importantes contribuições ao melhoramento genético, ao gerenciamento de bancos de germoplasma e à conservação de recursos genéticos. Assim, o interesse maior, em estudos de caracterização da diversidade genética das espécies vegetais, animais e de microrganismos consiste na identificação de grupos de genótipos similares de forma que a maior diferença entre os grupos formados seja realçada. Para isso, algumas técnicas multivariadas, como análise discriminante, componentes principais, análise de coordenadas e de agrupamento podem ser utilizadas nesse tipo de estudo. Contudo, de modo geral, tais técnicas ainda exigem a utilização de todas as variáveis para a avaliação dos indivíduos/acessos, o que nem sempre é possível devido ao alto custo ou mesmo o grau de dificuldade envolvido na obtenção de determinadas variáveis. É necessária, portanto, a aplicação de algum método de seleção de variáveis ou de um critério de seleção baseado em alguma técnica analítica, como é o caso do critério apresentado por Jolliffe (1972). Baseado na técnica de componentes principais, esse critério é usualmente utilizado na determinação da importância relativa de caracteres no estudo da diversidade de modo que caracteres de menor importância serão desconsiderados do estudo. Há também outra metodologia baseada em Análise de Procrustes ainda pouco utilizada em estudos de diversidade genética, sobretudo para este fim, por meio da qual é possível selecionar variáveis com base no padrão de dissimilaridade ou similaridade entre acessos. Desta forma, este trabalho tem por objetivo propor um critério baseado em Análise de Procrustes como nova possibilidade para a seleção de variáveis no estudo da diversidade genética. Em seguida, comparar o critério apresentado com o critério proposto por Jolliffe (1972) - ambos os critérios estabelecidos por meio do uso de componentes principais. Para elucidar a teoria apresentada, foram consideradas informações de 40 acessos de café Conilon avaliados em Sooretama/ES no ano 2000 segundo 16 caracteres agronômicos. As técnicas apresentadas neste trabalho demonstram ser vantajosas na seleção (ou descarte) de variáveis proporcionando relevante contribuição para os estudos sobre diversidade genética. A técnica apresentada, baseada em análise de Procrustes, torna-se uma alternativa mais eficaz do que o uso do critério de Jolliffe (1972) para fins de estudo da diversidade genética. / For the success of a breeding program, it is essential the existence of genetic variability in the base population so that selection practice can be feasible. In this context, the evaluation of genetic diversity have been very important because gives parameters to identify hybrid combinations whose cross provides the greatest heterotic effect and the highest probability of recovering superior genotypes in segregating generations. The study about genetic diversity aims to elucidate genetic relationships, quantify or predict the level of total variability existing and its distribution among genotypes, accessions of germplasm banks, landraces and cultivars or within populations and species. This knowledge have provided, among other things, important contributions to genetic breeding, the management of germplasm banks and the conservation of genetic resources. So, the main interest in characterization studies of genetic diversity of vegetable, animals and microorganisms species consists of identifying groups of similar genotypes, so that the largest difference between groups formed is highlighted. Some multivariate techniques such as discriminant analysis, principal component analysis, coordinate analysis and cluster analysis can be used in these studies. However, in general, these techniques still require the use of all variables for evaluation of genotypes - accessions, which is not always possible due to high cost or even the degree of difficulty involved in obtaining some variables. Thus, it is required the application of a variables selection method or a selection criterion based in an analytical technique, such as the criterion presented by Jolliffe (1972). Based on principal component technique, this criterion is commonly used to determine the relative importance of traits in diversity study, so that less important traits will be eliminated of the study. There is also another methodology based on Procrustes analysis still little used in genetic diversity studies, particularly for this purpose. By this methodology is possible to select variables based on the pattern of dissimilarity or similarity among accessions. Thus, this work aims to propose a criterion based on Procrustes analysis as a new possibility to select variables in genetic diversity study. Then, compare the criterion proposed with the criterion presented by Jolliffe (1972) - both criteria established through the use of principal components. To elucidate the theory presented, it was used the information from 40 accessions of Conilon coffee evaluated in Sooretama/ ES in the year 2000 regarding to 16 agronomic traits. The techniques presented in this work demonstrated to be advantageous in the selection (or discarding) of variables and consequently providing relevant contributions for genetic diversity study. The technique presented, based on Procrustes analysis, it becomes an alternative more effective than the criterion of Jolliffe (1972) for genetic diversity study.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-09-14T12:25:10Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 330637 bytes, checksum: 1a725a6ecc315fa811ede727452e848f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-14T12:25:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 330637 bytes, checksum: 1a725a6ecc315fa811ede727452e848f (MD5) Previous issue date: 2016-04-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O presente trabalho teve como objetivos introduzir o alelo Bush, de cultivares comerciais com hábito de crescimento tipo moita, em acessos de Cucurbita moschata e selecionar os melhores cruzamentos quanto ao potencial produtivo e ao formato de fruto padrão “menina brasileira” através da capacidade geral de combinação (CGC) e da capacidade específica de combinação (CEC). Para determinar o CGC e o CEC, foi realizada uma analise dialélica parcial, onde um grupo parental (grupo I) compôs-se de duas cultivares comerciais que continham o gene de nanismo Bush, enquanto que o segundo grupo (grupo II) compôs-se de cinco acessos do Banco de Germoplasma de Hortaliças da UFV, com alto potencial produtivo e formato de fruto “menina brasileira”. As características avaliadas foram: produtividade, formato de fruto, taxa de crescimento até os 50 dias e comprimento da rama principal aos 50 dias. Para as características taxa de crescimento até os 50 dias e comprimento da rama principal aos 50 dias, houve diferenças significativas apenas entre os genitores do grupo I e ao se observar o crescimento das plantas no campo, nota-se que as plantas cresceram em formato moita até o seu florescimento, a partir daí começaram a emitir ramas. Esse fenômeno ocorre devido a uma característica peculiar do gene Bush, quando o mesmo está em heterozigose, conhecida como reversão de dominância. Para as características produtividade e formato de fruto a análise dialélica mostrou-se eficiente no estudo dos efeitos de CGC, onde no grupo I a cultivar Piramoita e no grupo II os acessos BGH- 4360 e BGH-5253 apresentaram valores positivos, o que indica maior frequência de alelos favoráveis para essas duas características nesses genitores. Também houve significância nos efeitos da CEC para produtividade, onde se destacou o cruzamento Piramoita x BGH-4360, sendo essa combinação a mais promissora e a mais indicada para seguir no programa de melhoramento de abóboras. / This study aimed to introduce the allele Bush of commercial cultivars with the growth habit ‘’Bush type’’ in Cucurbita moschata accessions and select the best crosses for its production potential and for its fruit standard shape "menina brasileira" through the general combining ability (GCA) and specific combining ability (SCA). To determine the GCA and SCA, a partial diallel analysis was performed, where a parent group (group I) consisted of two cultivars containing the dwarfism gene Bush, while the second group (Group II) is made up of five accessions of Germplasm Vegetable Bank of UFV, with high production potential and fruit shape "menina brasileira." The characteristics evaluated were: ‘’productivity’’, ‘’fruit shape’’, ‘’growth rate until 50 days’’ and ‘’length of the main branch at the end of 50 days’’. For the characteristics ‘’growth rate until 50 days’’ and ‘’length of main branch at the end of 50 days’’, there were significant differences only between the genitors in group I and by observing the growth of plants in the field, it ́s noted that the plants grew in bush type until its blossoming and from this moment it began producing branches. This phenomenon occurs due to a peculiar feature of the Bush gene when it is in heterozygous, known as dominance reversion. For productivity and fruit format characteristics the diallel analysis was efficient in the study of the effects of GCC, where the group I the cultivar Piramoita and group II the BGH-4360 and BGH-5253 accessions presented positive values, indicating the higher frequency of favorable alleles for these two characteristics in these progenitors. There were also significant effects of SBA for Productivity, which the Piramoita x BGH-4360 cross was highlighted, so this combination is the most promising and the most suitable for the pumpkins breeding program.

As espécies do gênero Paspalum destacam-se pela maior resistência ao frio, produção e qualidade de forragem, quando comparados a outras gramíneas estivais nativas do Rio Grande do Sul. O objetivo deste trabalho foi avaliar o desempenho de híbridos interespecíficos de Paspalum, em relação à produção de forragem nos municípios de Eldorado do Sul e Coronel Barros e tolerância ao frio em Eldorado do Sul. “Foram avaliados os híbridos: “140”, “131”, ‘138”, “129”, “78”, “176”, “142”, “208”, “165”, “172”, “197”, “329”, “491”, “89”, “162” originados pelo cruzamento de P. plicatulum (4c-4x) x P. lepton; juntamente os híbridos: “1” e “44”, cruzamento de P. plicatulum (4c-4x) x P. guenoarum ecótipo “Azulão”; e os híbridos “43”, “31”, “90”, cruzamento de P. plicatulum (4c-4x) x P. guenoarum ecótipo “Azulão”; ou P. plicatulum (4c-4x) x P. guenoarum ecótipo “Baio”; ou P. plicatulum (4c-4x) x P. lepton, respectivamente. A cultivar Aruana (Panicum maximum) foi utilizada como testemunha. O delineamento utilizado foi de blocos casualizados com três repetições. As avaliações foram realizadas por meio de cortes, totalizando sete cortes. A variável massa seca de folhas foi a que apresentou maior correlação com a massa seca total. Ao selecionar os híbridos com maior massa seca total também estão sendo selecionadas as plantas de maior altura e diâmetro. Os híbridos apomíticos “129”, “138”, “208”, “329”, híbridos sexuais “78” e “165” e o híbrido “1” (modo de reprodução não determinado) apresentaram ao longo das avaliações altas produções de massa seca total e massa seca de folhas e em alguns cortes se destacaram, sendo superiores aos seus progenitores. Portanto foram selecionados para seguir no programa de melhoramento visando à obtenção de cultivares mais adaptadas às nossas condições de clima sub-tropical. / The genus Paspalum species stand out for the highest resistance to cold, production and forage quality compared to other native summer grasses of Rio Grande do Sul. The purpose of this study was to evaluate the performance of interspecific hybrids of Paspalum in relation to the production of forage in Eldorado do Sul and Coronel Barros cities and cold tolerance in Eldorado do Sul. They were evaluated hybrids "140", "131", "138", "129", "78", " 176 ","142”, "208 "," 165 "," 172 "," 197 "," 329 "," 491 "," 89 "," 162 " originated by crossing P.plicatulum (4c-4X) x P. lepton; and hybrids, "1" and "44", crossing P. plicatulum (4c-4x) x P. guenoarum ecotype "Azulão"; and hybrid "43", "31", "90", crossing P. plicatulum (4c-4x) x P. guenoarum ecotype "Azulão"; or P. plicatulum (4c-4x) x P. guenoarum ecotype "Baio"; or P. plicatulum (4c-4x) x P. lepton, respectively. Cultivar Aruana of Panicum maximum was used as control. The design was a randomized block with three replications. The evaluations were made through cuts, totaling seven cuts. The variable dry mass of leaves showed the highest correlation with total dry matter. When selecting hybrids with higher total dry matter are also being selected plants of greater height and diameter. The apomictic hybrids "129", "138", "208", "329", sexual hybrids "78" and "165" and the hybrid "1" (mode of reproduction not determined) presented during the evaluations high productions of total dry mass and dry mass of leaves, and in some cuts stood out and were higher than their parents. So, they were selected to follow in the breeding program aimed at getting cultivars more adapted to sub-tropical conditions.

MOREIRA, R. C. Reação de clones de cajueiro comum à resinose. 2011. 50 f. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitotecnia) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2011. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2014-07-29T20:47:43Z No. of bitstreams: 1 2011_dis_rcmoreira.pdf: 1025018 bytes, checksum: e1b7f6949d2d3421c19394408a8c619f (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2014-08-06T20:28:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_dis_rcmoreira.pdf: 1025018 bytes, checksum: e1b7f6949d2d3421c19394408a8c619f (MD5) / Made available in DSpace on 2014-08-06T20:28:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_dis_rcmoreira.pdf: 1025018 bytes, checksum: e1b7f6949d2d3421c19394408a8c619f (MD5) Previous issue date: 2011 / The cashew nut (Anacardium occidentale) represents a social and economic tradition in Brazilian northeastern as one of the most important source of income and labor for its people. The releasing of early-dwarf clones contributed to increase yield and nut and apple quality, allowing gain in profit by small growers, in spite of increase genetic vulnerability of orchards. Cashew gummosis is presently the most important disease of this species in semi-arid regions of northeast. This study aimed to evaluate reactions of common selected clones of cashew to gummosis under high disease pressure of semi-arid region. Twenty clones selected by the cashew breeding program of Embrapa Agroindústria Tropical were evaluated for three consecutive years. Clones named CNPAT 06, CNPAT 08, CNPAT 11, CNPAT 12 and CNPAT 13 attained the highest levels of resistance, while CNPAT 07, CNPAT 09, CNPAT 14, COMUM 05 and COMUM 31 otherwise were the most susceptible ones. It was also found that clones CNPAT 08, CNPAT 11 and CNPAT 15 are able to heal gummosis cankers, which points to a new kind of resistance to be considered. Finally, it was shown that monitoring gummosis incidence it is possible to estimate disease severity. / O cajueiro (Anacardium occidentale) no nordeste brasileiro caracterizando-se como uma das mais importantes fontes de emprego e renda das populações. O lançamento de clones de cajueiro tipo anão-precoce aumentou a produtividade e qualidade das castanhas e pendúculos, permitindo uma exploração comercial mais vantajosa aos produtores, porem a uniformidade genética deixou os pomares mais vulneráveis. A resinose hoje é considerada a principal doença do cajueiro no semiárido nordestino. Esse estudo teve por objetivo avaliar a reação de genótipos de cajueiro do tipo comum à resinose sob condições de elevada incidência no semiárido. Vinte clones de cajueiro-comum previamente selecionados pelo programa de melhoramento genético da Embrapa Agroindústria Tropical foram usados no estudo e dessa forma foi possível concluir que há fontes de resistência para uso em programas de melhoramento. Os clones CNPAT 06, CNPAT 08, CNPAT 11, CNPAT 12 e CNPAT 13 se apresentara como os mais resistentes a resinose, enquanto que os clones CNPAT 07, CNPAT 09, CNPAT 14, COMUM 05 e COMUM 31 forma os que obtiveram maiores notas de severidade de resinose. Outro importante resultado obtido foi que os clones CNPAT 08, CNPAT 11 e CNPAT 15 apresentaram capacidade de recuperação da resinose. Por fim, sugere-se que com a avaliação da incidência é possível estimar a severidade de resinose em pomares de cajueiro.

SILVA, F. D. A. Caracterização bioquímica e molecular de uma 2-cis-peroxirredoxina de feijão-de-corda [Vigna unguiculata (L.) Walpers]. 2011. 104 f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2011. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2015-03-12T11:33:18Z No. of bitstreams: 1 2011_dis_fdasilva.pdf: 2610057 bytes, checksum: 7d820816e20ddbbc55e76ef2b7175733 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2016-01-29T20:48:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_dis_fdasilva.pdf: 2610057 bytes, checksum: 7d820816e20ddbbc55e76ef2b7175733 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-29T20:48:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_dis_fdasilva.pdf: 2610057 bytes, checksum: 7d820816e20ddbbc55e76ef2b7175733 (MD5) Previous issue date: 2011 / O feijão-de-corda [Vigna unguiculata (L.) Walpers] é uma das culturas de grande importância para a região Nordeste, pois representa um dos constituintes básicos da dieta de sua população. Embora a produção venha aumentando anualmente no país, a cultura enfrenta diversos tipos de estresses de natureza biótica e abiótica. Durante condições de estresses, espécies reativas de oxigênio (ROS) são produzidas acima da condição fisiológica, como consequência de alterações do metabolismo. O acúmulo de ROS, em vários tecidos, é nocivo para ácidos nucléicos, proteínas e lipídeos. Sendo assim, a busca de mecanismos que atuem na remoção e controle da produção dessas espécies reativas é de fundamental importância. O presente trabalho teve como objetivos purificar e caracterizar, nos seus aspectos bioquímicos, fisiológicos e moleculares, uma enzima antioxidante de folhas de feijão-de-corda, denominada de 2-cis-peroxirredoxina, que atua reduzindo o peróxido de hidrogênio (H2O2) e hidroperóxidos de alquil, produzindo água ou álcool, respectivamente. A 2-cis-peroxirredoxina purificada de folha de V. unguiculata, nomeada de Vu-2-cis-prx, foi obtida por fracionamento com sulfato de amônio (30-60%), cromatografia de afinidade em matriz de quitina e cromatografia de troca iônica em Resource Q. A Vu-2-cis-prx foi capaz de reduzir hidroperóxidos usando o poder redutor do NADPH e do DTT com auxílio do sistema tioredoxina. Apresentou massa molecular de, aproximadamente, 44 kDa/46 kDa, determinada por SDS-PAGE e cromatografia de exclusão molecular em coluna Superose 12, respectivamente. Já em condições redutoras, apresentou massa molecular de 22 kDa, indicativo de se tratar de uma proteína homodimérica, formada pelo estabelecimento de pontes dissulfeto intermoleculares. A Vu-2-cis-Prx apresentou pI de cerca de 4,7 e a análise por eletroforese bidimensional, com e sem DTT, revelou que a Vu-2-cis-Prx foi focalizada em vários spots protéicos, indicando diferentes estados de oxidação. Sua sequência N-terminal revelou haver similaridade de 96% com a peroxirredoxina de Phaseolus vulgaris e de Populus tricocarpa, e de 94% com aquelas de Vigna radiata, Pisum sativum, Ricinus cummunis e Nicitiana tabacum, além de um resíduo de cisteína altamente conservado na posição 52 (Cys52). Análises por ESI-Q-TOF MS/MS demonstrou massa molecular e pI de 28,622 kDa/5,18, respectivamente. O espectro de dicroísmo circular e desconvolução em pH 7,0 revelaram que a estrutura secundária é composta de 7,6% de ?-hélice, 39% de folha-?, 22,1% de volta-?, e 31% de padrão não ordenado. A Vu-2-cis-Prx se comportou estável ao calor e apresentou temperatura de desnaturação (Tm) de 74 °C. Apresentou, ainda, ótimo de atividade em pH 7.0 e mudanças estruturais e funcionais em pH 3 e 9. Vu-2-cis-Prx não foi capaz de apresentar atividade antifúngica contra Colletrotrichum gloeosporioides, contudo foi capaz de prevenir a degradação de DNA plamidial por ROS (H2O2). Os transcritos de Vu-2-cis-Prx foram altamente expressos em raízes, caules e folhas e a sequência de seu gene demonstrou 100% de homologia com os ESTs FG931548.1 e FG883990.1 de feijão-de-corda, depositados no NCBI. A sequência putativa de aminoácidos revelou 2 resíduos de cisteína conservados e diversos domínios típicos de membros da subfamília de 2-cis-peroxirredoxinas. Modelagem molecular da Vu-2-cis-Prx revelou que o resíduo de cisteína que participa do sítio-redox, denominada de cisteína peroxidásica, está em um bolso no qual o solvente tem acesso, sendo formado por um motivo “loop-hélice”. A Cys52 foi localizada na primeira volta da hélice rodeada pelos aminoácidos Pro45, Thr49 e Arg128, que são conservados em todas as 2-cis-peroxirredoxinas. Além disso, a Vu-2-cis-Prx se mostrou capaz de formar oligômeros com diferentes estados de oxidação. Em suma, foi descrito aqui, pela primeira vez, a purificação e caracterização de uma 2-cis-peroxirredoxina de feijão-de-corda que, semelhantemente a outros membros desta família, deve desempenhar papel crucial na protecção dos cloroplastos de plantas contra o estresse foto-oxidativo prevenindo, assim, danos ao aparato fotossíntético.